Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-25Bitstream added on 2015-04-09T12:47:59Z : No. of bitstreams: 1 000817146.pdf: 479870 bytes, checksum: d3427b349dc719a504332ddf82064866 (MD5) / O estudo da interação planta-patógeno é de grande importância para o entendimento do cancro cítrico, justificando assim a busca por genes que estejam ligados a patogenicidade e virulência em Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), agente causal dessa doença. Neste estudo, foi realizada mutagênese aleatória por inserção do transposon EZ-Tn5 in vitro no genoma da Xac. Obteve-se 8000 mutantes onde 292 foram conduzidos em ensaio experimental in planta. Cinco mutantes expressaram sintomatologia alterada, dois com ausência total de sintomas e três com leve hiperplasia. A análise da sequência dos genes onde se inseriu o transposon indicam mutações nos genes purF, yapH, oar, um gene que codifica uma proteína hipotética (XAC 0196), e na região entre os genes pobB (XAC0362) e glpR (XAC0361). As análises de curvas de crescimento bacteriano in planta demonstraram que, exceto o gene purF, todos os demais podem ser genes envolvidos na patogenicidade de Xac. Dois destes, yapH e oar são descritos como relacionados à adesividade bacteriana, evidenciando que a interferência nesse processo exerce influência direta no sucesso da infecção de Xac. Destaca-se também a importância da identificação de uma proteína hipotética, já que essa apresentou sintomatologia atenuada quando ocorreu a inserção do transposon / The study of plant-pathogen interaction is very important to citrus canker understanding, justifying the search for virulence and pathogenicity related genes in Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), causal agent of this disease. In this study, a random mutagenesis by Tn5 transposon insertion into Xac’s genome was performed. Eight thousand mutants were produced and 292 mutants were tested in planta. From those, five mutants expressed altered symptomatology, two showed complete absence of symptoms and three reduced hyperplasia. Gene sequences analysis where transposon was inserted, indicated mutations in purF, yapH and oar genes, in a region that codes for a hypothetical protein (XAC0196), and in a region between pobB (XAC0362) and glpR (XAC0361) genes. Analysis of bacteria growth curve in planta showed that, except for purF gene, all the others genes may be involved in Xac pathogenicity. Two of these genes, yapH and oar, are described as bacterial adhesion related genes, highlighting that interference in this process has direct influence in the Xac infection success. The importance of hypothetical protein identification is emphasized, since it presented attenuated symptomatology when mutated

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:51:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-16Bitstream added on 2014-08-13T17:59:37Z : No. of bitstreams: 1 000776405.pdf: 3048630 bytes, checksum: dd7162075858785d5b09e7766ce033f4 (MD5) / O objetivo deste estudo foi avaliar in vitro e in vivo as interações entre as diferentes espécies de Candida por meio da formação de biofilme em placas de 96 poços, indução de candidose experimental em modelo de Galleria mellonella e de camundongos imunossuprimidos. Foram estudadas as cepas padrão das seguintes espécies: C. albicans (ATCC 18804), C. krusei (ATCC 6258) e C. glabrata (ATCC 90030). A partir de cada espécie, foram formados biofilmes monotípicos e heterotípicos no fundo da placa de 96 poços por 48 h. A seguir, a quantidade de biofilme formado foi analisada pela determinação do número de unidades formadoras de colônias (UFC/mL). G. mellonella foi inoculada com suspensões homotípicas e heterotípicas de Candida (105 células/mL) e incubadas a 37°C. Durante 5 dias, o número de lagartas mortas foi avaliado diariamente para análise da curva de sobrevivência. Em outro experimento, após 0, 2, 4, 8, 12 e 24 h da infecção por Candida, a hemolinfa das lagartas foi extraída para contagem das células fúngicas (UFC/mL). Para a indução da candidose bucal em camundongos, os animais foram inoculados com suspensões microbianas homotípicas ou heterotípicas contendo 108 células/mL. Após 48 h da última inoculação, amostras do dorso da língua foram coletadas e semeadas em ágar cromogênico HiCrome para contagem de UFC/mL recuperadas da cavidade bucal. Em seguida, os animais foram eutanasiados e as línguas retiradas para análise macroscópica e microscópica. A análise dos dados de UFC/mL dos biofilmes in vitro, de Candida na hemolinfa de G. mellonella e da recuperação dos camundongos foi feita por Análise de Variância, Teste de Tukey ou t de Student. A análise da curva de sobrevivência foi realizada utilizando o teste Log-rank (Mantel-Cox). Para avaliação dos escores obtidos na análise macroscópica e histológica foram aplicados os testes de Krusk-Wallis ou Mann-Whitney ... / The aim of this study was to evaluate in vitro and in vivo interactions between different Candida species through the formation of biofilms in 96-well plates, induction of experimental candidiasis in Galleria mellonella model and immunosuppressed mice. We studied the standard strains of the following species: C. albicans (ATCC 18804), C. krusei (ATCC 6258) and C. glabrata (ATCC 90030). Monotypic biofilms of each species and heterotypic biofilms were performed on the bottom of 96-well plate for 48 h. Then, the amount of biofilm was analyzed by determining the number of colony forming units (CFU/mL). The larvae of G. mellonella were inoculated with homotypic and heterotypic suspensions of Candida (105 cells/mL) and incubated at 37°C. For 5 days, the number of dead larvae was assessed daily for survival curve analysis. In another experiment, after 0, 2, 4, 8, 12 and 24 h of infection with Candida, hemolymph of worms was extracted for counting the fungal cells (CFU/mL). For induction of oral candidiasis in mice, the animals were inoculated with homotypic or heterotypic microbial suspensions containing 108 cells/mL. After 48 h of the last inoculation, samples of the tongue were collected and seed in HiCrome chromogenic agar for counting of CFU/mL recovered from the oral cavity. Then, the animals were euthanized and their tongues removed for macroscopic and microscopic analysis. The analysis of Candida biofilms in vitro CFU/mL, the hemolymph of G. mellonella and recovery of mice were made by ANOVA, Tukey test or Student’s t test. The analysis of the survival curve was performed using GraphPad Prism using the Log-rank test (Mantel - Cox). Kruskal-Wallis or Mann-Whitney were applied for evaluation scores of macroscopic and histological analysis (p≤0,05). The results of biofilms in vitro have demonstrated a lower number of CFU/mL of C. albicans biofilms in heterotypic biofilm compared ...

A Escherichia coli é um microorganismo pertencente à flora bacteriana entérica de animais e seres humanos, estando amplamente disseminada na natureza. A colonização intestinal ocorre logo após o nascimento, sendo que 10 a 20% das E. coli podem ser potencialmente patogênicas para as aves. Esta bactéria representa um problema econômico na indústria avícola, pois é responsável por causar as colibaciloses. Este termo refere-se a qualquer tipo de infecção, localizada ou sistêmica, causadas total ou parcialmente por amostras patogênicas de E. coli. Como exemplos, podem-se citar os problemas respiratórios, como aerosaculite e pneumonias, além de peritonite, onfalite, salpingite e sinovite, entre outros. Além disso, a E. coli é o agente mais freqüentemente isolado nos casos de celulite aviária, provocando lesões cutâneas que levam as carcaças à condenação total ou parcial no momento do abate, provocando relevantes prejuízos. O objetivo deste trabalho foi verificar o perfil bioquímico de 261 amostras de E. coli, obtidas a partir de diferentes materiais de origem aviária, coletados no Rio Grande do Sul. Posteriormente, estes resultados foram associados com os Índices de Patogenicidade (IP) de cada amostra, verificando a possibilidade de relacioná-los. Além do teste de hemólise, foram realizadas 21 provas bioquímicas, sendo dez variáveis para E. coli. Dentre os testes variáveis, a melibiose, o sorbitol e a ramnose foram considerados positivos para as bactérias analisadas, pois mais de 90% das amostras fermentaram estes carboidratos. A salicina, a sacarose, a rafinose, o adonitol e o dulcitol, bem como a arginina e a ornitina continuaram apresentando-se como testes variáveis para E. coli. Os demais testes tiveram resultados positivos ou negativos de acordo com o esperado para E. coli. Constatou-se que as amostras positivas para arginina, dulcitol, rafinose e sacarose têm maiores Índices de Patogenicidade que as negativas. Por outro lado, as amostras negativas para a salicina e para o teste de indol também possuem IP’s mais altos que as positivas. Os resultados dos testes também foram analisados agrupando-se as amostras de acordo com a sua origem (quadros respiratórios, camas de aviários e lesões de celulite), apontando-se diferenças nos IP ao compará-los entre si. / The Escherichia coli are microorganisms that belong to the enteric bacterial flora of animals and humans, and are widespread in the nature. The intestinal colonization occurs right after de birth, as 10 to 20% could be potentially pathogenic to birds. The E. coli represents an economic trouble in the poultry industry, as it’s the responsible for causing the colibacilosis. This term refers to any kind of infection, localized or systemic, caused entirely or partly by pathogenic E. coli. As examples, it’s possible to quote the respiratory problems, as aerosaculitis and pneumonia, yonder peritonitis, onfalitis, salpingitis and sinovitis, among others symptoms. Besides that, E. coli is the most frequently isolated agent in avian cellulitis cases, promoting cutaneous lesions that brings the carcasses to total or partial condemnation in the abattoir, resulting in relevant prejudices. The objective of the present work was to verify the biochemical profile of 261 E. coli samples, obtained from different avian materials, collected in Rio Grande do Sul. Later, these results were associated to the Pathogenic Index (PI) of each sample, to verify if it was possible to relate them. Besides the hemolysis test, 21 biochemical’s tests were done, as ten were variable for E. coli. Among the variable tests, the melibiose, sorbitol and rhamnose were considered positive for the analyzed samples, as more than 90% fermented these carbohydrates. The salicin, sucrose, raffinose, adonitol and dulcitol, as arginine and ornithine still variable to E. coli. The results of the rest of the tests (positives and negatives) agree with what were expected for E. coli. It was noticed that the samples that were positive for arginine, dulcitol, raffinose and sucrose have higher Pathogenic Indexes than the others. On the other hand, the samples that were negative for salicin and indole test also possess high PI’s. The results of those tests were also analyzed aggregating the samples according to their origin (respiratory symptoms, avian litter and celullitis lesions), pointing to differences in the PI when comparing to each other.

Este trabalho foi conduzido com o objetivo de gerar dados de resistência a agentes antimicrobianos de Salmonella Enteritidis (SE) isoladas de amostras clínicas e do ambiente criatório de aves, nos anos de 1999, 2000 e 2001, de cortes de frango, no ano de 1996, ambos na região Sul, bem como de carcaças de frango, nos anos de 2004 e 2005, na região Nordeste, detectar mutação no gene gyrA da região determinante de resistência a quinolonas das cepas que apresentaram resistência ao ácido nalidíxico e fagotipá-las. Realizou-se também a ribotipagem de 28 cepas de SE isoladas de carcaças resfriadas de frango no ano de 2004, na região Sudeste. Cento e dezesete cepas de SE foram submeitdos foram submetidas a testes de sensibilidade a agentes antimicrobianos e os resultados indicaram que 84,6% (99/117) das cepas de Salmonella Enteritidis apresentaram resistência a um ou mais agentes antimicrobianos, sendo que o maior percentual está entre as cepas isoladas de carcaças resfriadas de frango, 100% (17/17), seguidas pelas isoladas de cortes de frango, 85,7% (18/21) e das de amostras clínicas e de ambiente criatório de aves, 81% (64/79). Cepas com diferentes níveis de resistência foram encontradas para ampicilina (0,8%), canamicina (1,7%), ciprofloxacina (1,7%), enrofloxacina (10,2%), gentamicina (14,5%), estreptomicina (16,2%), ácido nalidíxico (35,9%), nitrofurantoína (47%) e tetracicilna (59%). Nenhuma das 117 cepas de Salmonella Enteritidis foi resistente ao cloranfenicol, norfloxacina e polimixina B. Dentre as 99 amostras de SE que apresentaram resistência, 66,6% (66), foram resistentes a dois ou mais agentes antimicrobianos. Trinta e três cepas (33,3%), foram resistentes somente a um agente antimicrobiano, 16 a tetraciclina, 12 a nitrofurantoína, três ao ácido nalidíxico, uma a estreptomicina e uma a gentamicina. Para detectar mutação no gene gyrA da região determinante de resistência a quinolonas, 42 cepas de SE que apresentaram resistência ao ácido nalidíxico foram submetidas a reação em cadeia da polimerase e sequenciamento. Das 42 cepas, 30 (71,4%) apresentaram algum tipo de mutação no gene gyrA da região determinante de resistência a quinolonas. As alterações gênicas ocorreram nos aminoácidos dos codons Gly-81 (3,5%), Asp-82 (3,5%), Ser-83 (31%) ou Asp-87 (62%). As mutações continham alterações de Gly para Asp (n: 1) no codon 81, Asp para Asn (n: 1) no codon 82, Ser para Phe (n: 9) no codon 83 e Asp para Tyr (n: 9) ou Asn (n: 9) no codon 87. Uma amostra apresentou uma inclusão do aminoácido prolina entre os codons 56 e 57. A fagotipificação de 116 cepas de SE apresentou que 68,9% (80/116) pertencem ao fagotipo (FT) 4, 15,5% (18/116) ao FT 4a, 12,2% (14/116) ao FT 1, 0,9% (1/116) ao FT6, 0,9% (1/116) ao FT 6a, 0,9% (1/116) ao FT 7 e 0,9% (1/116) ao FT 7a. Quando leva-se em consideração a origem dos isolados, observamos que nas SE isoladas de amostras clínicas e ambientais criatório de aves, 56,4% pertencem ao FT 4, 21,8% ao FT 4a, 17,9% ao FT 1, 1,3% ao FT 6, 1,3% ao FT 6a e 1,3% ao FT 7a. Nas amostras isoladas de carne cortes de frango, o FT 4 predomina com 95,2% (20/21) e 4,8% (1/21), pertencem ao FT 7. Nos isolados de carcaças resfriadas de frango 94,1% são do FT 4 e 5,9% (1/17) do FT 4a. A caracterização por ribotipagem foi realizada utilizando-se o RiboPrinter® system (DuPont), e apresentou quatro diferentes ribotipos, sendo que o mais comum foi o 25-S-1 (82,1%), seguido pelo 29-S-5 (10,7%) e 28-S-5 e 38-S-3 com 3,5% cada um. Baseados nos dados do presente estudo, conclui-se que: houve uma elevada percentagem de cepas de Salmonella Enteritidis resistente a um ou mais agentes antimicrobianos, indicando que levantamentos contínuos são necessários na indústria avícola e que existe a necessidade de um uso responsável dos agentes antimicrobianos, baseado na compreensão da ecologia da resistência, da transmissão da bactéria resistente e de genes de resistência, da relação entre o uso do antibiótico e aumento da resistência e de um conhecimento de intervenções efetivas; Que assim como em outros trabalhos amostras de S. Enteritidis resistentes ao ácido nalidíxico, isoladas no Brasil, também apresentam mutação no gene gyrA, da região determinante de resistência a quinolonas; Que o FT 4 foi o predominante e que entre as cepas de S. Enteritidis isoladas de aves e de seu ambiente criatório existe uma maior diversidade de fagotipos quando comparada as isoladas de carcaças de frango; E que ao avaliarmos os dados gerados pela ribotipagem observamos um baixo grau de diversidade gênica entre as cepas de Salmonella Enteritidis utilizadas no presente estudo. / This work aimed to evaluate the antimicrobial resistance of Salmonella Enteritidis (SE) isolated from clinical and environmental poultry samples, during the years of 1999, 2000 and 2001, broiler chicken parts, in 1996, both in Southern Brazil, broiler chicken carcasses, during the years 2004 and 2005, in Northeastern Brazil, detect mutations in the gyrA gene from nalidixic acid resistant and identify their phage type. Also, 28 SE strains isolated during the year 2004 in Southeastern Brazil were characterized by ribotyping. The antimicrobial resistance test was performed using the disk diffusion method on Mueller-Hinton Agar. The results indicated that 84.6% (99/117) of SE strains were resistant to at least one of the antimicrobial agents tested. Resistance at different levels was found to ampicillin (0.8%), kanamycin (1.7%), cyprofloxacin (1.7%), enrofloxacin (10.2%), gentamycin (14.5%), streptomycin (16.2%), nalidixic acid (35.9%), nitrofurantoin (47%), and tetracycline (59%). None of the SE strains were resistant to chloramphenicol, norfloxacin and polimyxin B. Among the 99 SE strains showing resistance, 66.6% (66) presented multiple resistance, to two or more antimicrobial agents. Thirty-three strains (33.3%) were resistant to only one of the antimicrobial agents, 16 to tetracycline, 12 to nitrofurantoin, 3 to nalidixic acid, 1 to gentamycin, and 1 to streptomycin. Fourty-two nalidixic acid resistant strains were submited to PCR and sequencing to detect gyrA mutation genes. Thirty SE strains (71.4%) showed at least one mutation in gyrA genes of quinolone resistance determining region (QRDR), in the codons corrosponding to Gly-81 (3,5%), Asp-82 (3,5%), Ser-83 (31%) or Asp-87 (62%). These mutants contained a change from Gly to Asp (n: 1) at codon 81, Asp to Asn (n: 1) at codon 82, Ser to Phe (n: 9) at codon 83 and Asp to Tyr (n: 9) or Asn (n: 9) at codon 87. In one sample there was a Pro inclusion between the 56 and 57 codons. The phage typing of 116 SE isolates showed that 68.9% (80/116) belonged to the phage type (PT) 4, 15.5% (18/116) to the PT 4a, 12.2% (14/116) to the PT 1, 0.9% (1/116) to the PT 6, 0.9% (1/116) to the PT 6a, 0.9% (1/116) to the PT 7, and 0.9% (1/116) to the PT 7a. The ribotyping characterization was done using RiboPrinter® system (DuPont), and showed four different ribotypes. The most common ribotype was 25-S-1 (82.1%). The other ribotypes were 29-S-5 (10.7%), 38-S-3 (3.6%) and 28-S-5 (3.6%). In conclusion, the antimicrobial resistance levels presented here suggest a high occurrence of Salmonella Enteritidis strains resistant to at least one antimicrobial agent, indicating the need for continuous surveillance in the poultry industry, and the need for responsible use of antimicrobial agents in food animals, based on a understanding of the ecology of resistance, the transmission of both bacteria and resistance genes, the relationship between antimicrobial agents use and resistance amplification, and the knowledge of effective interventions. S. Enteritidis nalidixic acid resistant strains isolated in Southern and Northeastern Brazil showed mutation in the gyrA gene of QRDR. Phage type 4 was the most common isolated and among S. Enteritidis strains isolated from clinical and environmental poultry samples there were a higher phagetype diversity when compared with broiler chicken carcasses. The S. Enteritidis strains that were ribotyping showed a lower degree of genetic diversity.

A colibacilose é a denominação comum a diferentes lesões locais ou sistêmicas causadas pela bactéria E.coli com propriedades patogênicas . Essas lesões são conhecidas como a principal causa infecciosa de condenação de carcaças. No Brasil, entre 2001 e 2005, essa condenação gerou um prejuízo estimado em US 58 milhões à avicultura . Deste total, 19 milhões podem ser creditados à presença de lesões cutâneas de celulite e 39 milhões a lesões sistêmicas. A E.coli é o principal habitante do trato gastrintestinal de mamíferos e de aves. Nos aviários, é possível encontrar 106 UFC/grama de fezes, tornando praticamente impossível a eliminação deste agente no ambiente. A dificuldade que envolve a E.coli está na classificação desta como patogênica, haja vista que a diferenciação entre cepas virulentas e avirulentas continua sendo um problema após o diagnóstico bacteriológico. A biologia molecular vem auxiliando no maior entendimento dos mecanismos de patogenicidade das E. coli e cada vez mais, é demonstrada a grande importância da interação dos diversos fatores de virulência na determinação da patogenicidade. Este trabalho tem como objetivo gerar novos elementos para o maior entendimento da patogenicidade da E.coli, traçando uma nova metodologia de classificação, através de um índice no qual, além do número de animais mortos, também se consideraram o tempo de morte e a capacidade da cepa causar lesão compatível à colibacilose em pintos de 1 dia. Observou-se diferença significativa entre amostras oriundas de celulite e quadro respiratório em relação a amostras oriundas de cama no método proposto, além do fato de também existir a mesma relação entre o tipo e a quantidade de lesões formadas, conforme a origem do isolado. Obteve-se, ainda, um banco de dados gerado a partir desse primeiro experimento, que permitiu o uso de Redes Neurais Artificiais na construção de modelos que simulavam esse mesmo teste de patogenicidade, sem o uso de animais, adotando como informações de entrada alguns dos principais fatores de virulência associados a amostras patogênicas, origem das amostras e o índice de patogenicidade obtidos. Os resultados quanto às predições corretas foram em torno de 80,00%, permitindo concluir que as redes podem ser uma alternativa para substituir testes de patogenicidade in vivo na classificação de amostras de E.coli de origem aviária. / The colibacillosis is the common denomination for different local or systemic lesions caused by E. coli bacteria with pathogenic properties. These lesions are known as the leading infectious cause of condemnation of carcasses. In Brazil, between 2001 and 2005, that disease led to a loss estimated at 58 million for poultry. Of this total, 19 million can be credited to the presence of cutaneous lesions of cellulitis and 39 million to other organs. E. coli is the main habitant of the gastrointestinal tract of mammals and birds. In the aviaries, you can find 106 CFU / gram of feces, making it virtually impossible to eliminate this agent in the environment. The difficulty surrounding the E. coli in this classification as pathogenic, given that the differentiation between virulent and avirulent strains remains a problem after the bacteriological diagnosis. Molecular biology has helped in better understanding the mechanisms of pathogenicity of E. coli and, increasingly, it demonstrated the great importance of the interaction of different virulence factors in determining the pathogenicity. This work aims to generate new elements for better understanding the pathogenicity of E. coli, marking a new classification methodology, through an index in which, besides the number of dead animals are often considered the time of death and the capacity of strains cause lesions compatible with colibacillosis in chicks of 1 day old. There was significant difference between samples from cellulitis and respiratory symptoms compared to samples from litter in the proposed method, besides the fact that there is also the same relationship between the type and number of lesions formed depending on the origin of the isolate. We obtained also a database generated from this first experiment, which allowed the use of Artificial Neural Networks in the construction of models that simulated the same pathogenicity test, without the use of animals, taking as input information some main virulence factors associated with pathogenic samples, origin of samples and pathogenicity index obtained. The results regarding the predictions have been around 80.00%. These results show that neural networks can be an alternative to replace pathogenicity tests in vivo in the classification of samples of E. coli of avian origin.

Essa dissertação possui como objetivo traçar, uma nova metodologia de classificação de patogenicidade da Escherichia.coli,.através de um índice no qual, além do número de animais mortos, também foi considerado o tempo de morte e a capacidade da cepa causar lesão compatível à colibacilose em pintos de 1 dia. Para gerar esse critério, foram utilizadas 300 amostras de E.coli oriundas de lotes com lesão de celulite, cama desses mesmos aviários e amostras de quadros respiratórios. Através desse experimento foi possível observar que as amostras de E.coli originadas das camas dos aviários, apresentavam índice de patogenicidade significativamente menor do que aquelas isoladas das lesões cutâneas e de quadros respiratórios.Também foi associado às cepas de E.coli a capacidade de causar lesões de: pericardite, perihepatite, aerossaculite, peritonite e celulite. Dentre as lesões citadas somente a celulite foi considerada de apresentação significativamente mais freqüente em comparação às outras.

O gênero Proteus é caracterizado pela rápida mobilidade, fenômeno denominado swarming . Quanto à homologia de seu DNA, apresenta apenas uma discreta relação com o da Escherichia coli. Freqüentemente relacionado com infecções urinárias, facilitadas pela sua capacidade em degradar uréia, tem sido encontrado colonizando cateteres e sondas vesicais, principalmente a espécie Proteus mirabilis. Devido a sua crescente importância na prática clínica, tanto como agente infeccioso de difícil erradicação, quanto como microrganismo com possibilidade de produzir β-lactamases de espectro expandido, seu controle no ambiente hospitalar tornou-se essencial. A necessidade da correta identificação dessa bactéria estimulou com que métodos de identificação molecular sejam constantemente estudados e aprimorados para essa finalidade. Métodos baseados em PCR têm se mostrado úteis, mas precisam ser validados para a rotina laboratorial. Diversos fatores de patogenicidade, ou seja, características biológicas de Proteus que favorecem a sua participação em processos infecciosos têm sido identificados, tais como: a capacidade de mobilidade e fixação celular, produção de protease, urease e hemolisina. Diversos autores inferem que a correta co-regulação desses fatores de virulência durante a diferenciação de swarming está relacionada com a capacidade de colonizar e invadir o tecido do hospedeiro. Vários estudos sugerem que extratos vegetais podem ser importantes produtos no controle de P. mirabilis ao interferir em sinais de quorum sensing , e consequentemente, na diferenciação celular e expressão de fatores de virulência. Neste sentido, os terpenos, compostos presentes em óleos essenciais, podem representar uma alternativa viável no controle de infecções por esses microrganismos. As proteases microbianas vêm se destacando como importantes fatores de virulência devido a ação direta sobre proteínas do hospedeiro, particularmente imunoglobulinas. O estudo em P. mirabilis tem sido focalizado na protease ZapA (mirabilisina), enzima capaz de degradar IgA, IgG, entre outras proteínas. Trabalhos relatam que não somente ZapA é regulada durante o swarming , mas também hemolisinas, fatores ligados à diferenciação celular e hiperprodução do flagelo. Assim sendo, na presente tese foram avaliados distintos sistemas via PCR (RAPD, ERIC-PCR, REP-PCR, BOX-PCR e ISSR) para caracterização molecular de isolados clínicos de P. mirabilis, o efeito de monoterpenos sobre a diferenciação celular e a produção de fatores de patogenicidade dessas bactérias, e realizado um estudo bioinformático sobre o complexo de metaloproteases com base no recentemente publicado genoma de P. mirabilis. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-05-22T17:39:53Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lessandra Michelim.pdf: 1136815 bytes, checksum: 25bc56ba17160011b1aba3b4e7732643 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-22T17:39:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lessandra Michelim.pdf: 1136815 bytes, checksum: 25bc56ba17160011b1aba3b4e7732643 (MD5) / O gênero Proteus é caracterizado pela rápida mobilidade, fenômeno denominado swarming . Quanto à homologia de seu DNA, apresenta apenas uma discreta relação com o da Escherichia coli. Freqüentemente relacionado com infecções urinárias, facilitadas pela sua capacidade em degradar uréia, tem sido encontrado colonizando cateteres e sondas vesicais, principalmente a espécie Proteus mirabilis. Devido a sua crescente importância na prática clínica, tanto como agente infeccioso de difícil erradicação, quanto como microrganismo com possibilidade de produzir β-lactamases de espectro expandido, seu controle no ambiente hospitalar tornou-se essencial. A necessidade da correta identificação dessa bactéria estimulou com que métodos de identificação molecular sejam constantemente estudados e aprimorados para essa finalidade. Métodos baseados em PCR têm se mostrado úteis, mas precisam ser validados para a rotina laboratorial. Diversos fatores de patogenicidade, ou seja, características biológicas de Proteus que favorecem a sua participação em processos infecciosos têm sido identificados, tais como: a capacidade de mobilidade e fixação celular, produção de protease, urease e hemolisina. Diversos autores inferem que a correta co-regulação desses fatores de virulência durante a diferenciação de swarming está relacionada com a capacidade de colonizar e invadir o tecido do hospedeiro. Vários estudos sugerem que extratos vegetais podem ser importantes produtos no controle de P. mirabilis ao interferir em sinais de quorum sensing , e consequentemente, na diferenciação celular e expressão de fatores de virulência. Neste sentido, os terpenos, compostos presentes em óleos essenciais, podem representar uma alternativa viável no controle de infecções por esses microrganismos. As proteases microbianas vêm se destacando como importantes fatores de virulência devido a ação direta sobre proteínas do hospedeiro, particularmente imunoglobulinas. O estudo em P. mirabilis tem sido focalizado na protease ZapA (mirabilisina), enzima capaz de degradar IgA, IgG, entre outras proteínas. Trabalhos relatam que não somente ZapA é regulada durante o swarming , mas também hemolisinas, fatores ligados à diferenciação celular e hiperprodução do flagelo. Assim sendo, na presente tese foram avaliados distintos sistemas via PCR (RAPD, ERIC-PCR, REP-PCR, BOX-PCR e ISSR) para caracterização molecular de isolados clínicos de P. mirabilis, o efeito de monoterpenos sobre a diferenciação celular e a produção de fatores de patogenicidade dessas bactérias, e realizado um estudo bioinformático sobre o complexo de metaloproteases com base no recentemente publicado genoma de P. mirabilis.

Submitted by FERNANDA ZANI MANIERI null (fernandamanieri@gmail.com) on 2017-06-05T18:55:06Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Fernanda Zani Manieri.pdf: 1725459 bytes, checksum: eece7e9f99805d25a8e5ce4b31d531db (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-06-06T16:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 manieri_fz_me_arafcf.pdf: 1725459 bytes, checksum: eece7e9f99805d25a8e5ce4b31d531db (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-06T16:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 manieri_fz_me_arafcf.pdf: 1725459 bytes, checksum: eece7e9f99805d25a8e5ce4b31d531db (MD5) Previous issue date: 2017-05-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Salmonella Typhimurium é um patógeno causador de gastroenterite em humanos e outros mamíferos, e sua habilidade de invadir as células epiteliais e replicar-se dentro de macrófagos a torna um importante modelo de estudo de mecanismos de virulência e interação patógeno-hospedeiro. O estudo desta interação baseia-se na sinalização química via hormônios do hospedeiro e do patógeno, e durante a investigação destes processos foi detectada uma nova proteína denominada VisP, relacionada a funções celulares diversas como manutenção de membrana, metabolismo, virulência bacteriana e resposta ao estresse. A motilidade via flagelos, importante na colonização e exploração de novos nichos, é um dos importantes mecanismos de patogenicidade bacteriana durante o processo de infecção. O objetivo deste trabalho foi investigar a motilidade mediada por flagelos e seu funcionamento em S. Typhimurium, bem como a participação de VisP durante o processo. Para isso, foram feitos ensaios de motilidade, análise da expressão gênica de genes alvos importantes para a patogênese, expressão da flagelina FliC e microscopia em cada um dos mutantes isogênicos comparados à cepa selvagem. Foi evidenciado que a retirada do gene visP afeta a motilidade de S. Typhimurium, bem como promove um desequilíbrio na homeostase da membrana celular, gerando um aumento exacerbado de flagelina através de um mecanismo ainda não elucidado. A compreensão destes processos é essencial para o entendimento da relação patógeno-hospedeiro, e contribui para o desenvolvimento de novas tecnologias e terapias. / Salmonella Typhimurium is a pathogen that promotes gastroenteritis in humans and mammals, and its ability to invade epithelial cells and replicate inside macrophages makes Salmonella an important model for the study of virulence and host-pathogen interactions. This interaction is based on chemical signaling via host and pathogen hormones, and during this investigation a novel protein named VisP was described. This protein is related to diverse cell processes as membrane maintenance, metabolism, virulence and stress response. Flagellar motility, which is important for colonization and exploration of new niches, is one of the bacterial pathogenicity mechanisms that occurs during infection. The aim of the study was to investigate flagellar motility and its operation in S. Typhimurium and verify the participation of VisP protein during this process. Motility assays, gene expression analysis of target genes important for pathogenesis, expression of FliC protein and microscopy were performed with the isogenic mutants comparative to the wild type. The results demonstrated that the visP gene impacts motility in S. Typhimurium, promoting a misbalance in cellular membrane and increasing levels of flagellin via an unknown mechanism. The elucidation of these processes is essential to understanding host-pathogen associations, and contributes to the development of novel technologies and therapies. / FAPESP: 2014/06779-2 / CNPq: 441884/2014-8

Orientador: Silvia Renata Siciliano Wilcken / Banca: Wilson Badiali Crocomo / Banca: Luis Garrigos Leite / Resumo: No Brasil, Cornitermes cumulans é uma das espécies de cupim mais freqüentes, principalmente nas regiões sul, sudeste e centro-oeste do país. Causam danos diretos e indiretos em várias culturas agrícolas. Os nematóides das famílias Steinernematidae e Heterorhabditidae têm sido considerados agentes promissores no controle biológico de pragas, inclusive para cupins. Com a finalidade de avaliar a possibilidade de utilização desses nematóides no controle de Cornitermes cumulans, a presente pesquisa teve como objetivo verificar a suscetibilidade de C. cumulans a diferentes isolados de Steinernema e Heterorhabditis. De acordo com os resultados obtidos na primeira fase, S. carpocapsae foi o isolado mais patogênico às castas de C. cumulans. Na segunda fase da pesquisa, a patogenicidade desse isolado à C. cumulans foi estudada em colônias artificiais, nas concentrações de 133, 166, 267, 332 e 533 juvenis infectivos (JI)/inseto, e duas formas de exposição (substrato e alimento). Nesta fase também foi conduzido um experimento em placas de Petri utilizando as concentrações de 2.000 e 4.000 JI/inseto. O isolado S. carpocapsae foi patogênico a C. cumulans, em todos os experimentos, proporcionando 100% de mortalidade dos insetos. / Abstract: In Brazil, Cornitermes cumulans is one of the most frequent termite species, mainly in the south, southeast and center-west of country. They cause direct and indirect loss many crops. The nematodes of Steinernematidae and Heterorhabditidae families have been considered promising agents for the biological control of pests, including for termites. With the purpose of evaluating the possibility of use those nematodes for the Cornitermes cumulans control, this research had the objective to verify the susceptibility of C. cumulans to different isolates of Steinernema and Heterorhabditis. According to the results obtained in the first phase, S. carpocapsae was the most pathogenic one to C. cumulans castes. In the second phase of the research, the effect action of this nematode to C. cumulans was investigated in artificial colonies, in different concentrations (133, 166, 267, 332 and 533 juveniles infectives (JI)/insect), and two exhibition forms (substratum and food). An experiment in Petri dishes was also conducted with two concentrations (2.000 and 4.000 JI/insect). The S. carpocapsae isolate was pathogenic to C. cumulans, for all experiments, providing 100% mortality of insects. / Mestre

Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Jesus Aparecido Ferro / Banca: Flavia Maria de Souza Carvalho / Banca: Fabrício José Jaciani / Resumo: O estudo da interação planta-patógeno é de grande importância para o entendimento do cancro cítrico, justificando assim a busca por genes que estejam ligados a patogenicidade e virulência em Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), agente causal dessa doença. Neste estudo, foi realizada mutagênese aleatória por inserção do transposon EZ-Tn5 in vitro no genoma da Xac. Obteve-se 8000 mutantes onde 292 foram conduzidos em ensaio experimental in planta. Cinco mutantes expressaram sintomatologia alterada, dois com ausência total de sintomas e três com leve hiperplasia. A análise da sequência dos genes onde se inseriu o transposon indicam mutações nos genes purF, yapH, oar, um gene que codifica uma proteína hipotética (XAC 0196), e na região entre os genes pobB (XAC0362) e glpR (XAC0361). As análises de curvas de crescimento bacteriano in planta demonstraram que, exceto o gene purF, todos os demais podem ser genes envolvidos na patogenicidade de Xac. Dois destes, yapH e oar são descritos como relacionados à adesividade bacteriana, evidenciando que a interferência nesse processo exerce influência direta no sucesso da infecção de Xac. Destaca-se também a importância da identificação de uma proteína hipotética, já que essa apresentou sintomatologia atenuada quando ocorreu a inserção do transposon / Abstract: The study of plant-pathogen interaction is very important to citrus canker understanding, justifying the search for virulence and pathogenicity related genes in Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), causal agent of this disease. In this study, a random mutagenesis by Tn5 transposon insertion into Xac's genome was performed. Eight thousand mutants were produced and 292 mutants were tested in planta. From those, five mutants expressed altered symptomatology, two showed complete absence of symptoms and three reduced hyperplasia. Gene sequences analysis where transposon was inserted, indicated mutations in purF, yapH and oar genes, in a region that codes for a hypothetical protein (XAC0196), and in a region between pobB (XAC0362) and glpR (XAC0361) genes. Analysis of bacteria growth curve in planta showed that, except for purF gene, all the others genes may be involved in Xac pathogenicity. Two of these genes, yapH and oar, are described as bacterial adhesion related genes, highlighting that interference in this process has direct influence in the Xac infection success. The importance of hypothetical protein identification is emphasized, since it presented attenuated symptomatology when mutated / Mestre