L'étude du bassin du Chiapas nous a amené à mettre au point une zonation basée sur les foraminifères planctoniques, zonation qui peut être exactement corrélée avec celle des bassins européens. Cette zonation a conduit à un découpage en 8 zones du Paléocène: 4 au Danien, 2 au Sélandien et 2 au Thanétien. Elle nous a permis de corréler les évènements majeurs enregistrés dans les Chiapas avec ceux des bassins européens. Nous avons ainsi retrouvé deux régressions très importantes à la limite Danien/Sélandien (limite des zones à Acarinina uncinata et à Morozovella angulata) et au sommet du Thanétien (limite des zones à Luterbacheria pseudomenardii et à Morozovella velascoensis) et deux épisodes transgressifs majeurs dans le Sélandien (zone à Igorina albeari) et dans le Thanétien (zone à Luterbacheria pseudomenardii). Le bassin paléocène du Chiapas est pourtant un bassin étroitement contrôlé par la tectonique liée aux grandes failles est-ouest de décrochement senestre qui ont joué un rôle dans la délimitation du rebord de la plate-forme au Danien et dans les périodes d'intenses remaniement gravitaires, tant à la limite Danien/Sélandien que dans le Thanétien au sommet de la zone à Luterbacheria pseudomenardii.

La synthèse des connaissances sur la sédimentation au Berriasien supérieur et au Valanginien inférieur dans les domaines jurassien et nord-vocontien et l'homogénéisation des interprétations séquentielles ont abouti à une reconstruction de l'agencement des corps sédimentaires le long d'un transect plate-forme-bassin. Une interprétation phylogénétique de l'évolution des faunes de calpionelles en domaine de bassin autorise un nouveau découpage zonal à très haute résolution (précision de l'ordre de +/- 250 000 ans) notamment pour l'intervalle Berriasien supérieur-Valanginien inférieur. Dans ce cadre chronostratigraphique, les répartitions de quelques foraminifères benthiques ont également pu être calées et utilisées pour les corrélations à longue distance. Une trentaine de coupes en domaine de bassin, de talus et de plate-forme a fait l'objet d'une étude sédimentologique et biostratigraphique fine qui a permis d'enrichir le découpage séquentiel. La nature et l'importance des transferts de sédiments dans les corps sédimentaires en fonction des variations du niveau marin relatif ont pu être ainsi estimés. Il ressort de cette étude que la plupart des particules sédimentaires dans les dépôts carbonatés peuvent être, contrairement à l'idée classiquement admise, allochtones, comme dans le cas des dépôts silicoclastiques. Depuis la plate-forme jurassienne jusqu'au Bassin Vocontien, les corrélations biochronologiques, séquentielles et géométriques aboutissent à un schéma correspondant à une morphologie de rampe carbonatée complexe pour la période étudiée. Dans cet intervalle, le long du transect, les accumulations sédimentaires sont particulièrement disproportionnées: - Sur la plate-forme, notamment dans les parties les plus internes (Jura neuchâtelois), l'ensemble Berriasien-Valanginien n'excède pas 25 mètres: les séquences Be0, Be1, Be2, Be3, Va0 et Va3 ne sont représentées que très partiellement, les autres séquences Be4, Be5 et Val ont été érodées (karstifiées) ou n'ont pas été déposées (Be6). Certaines séquences (Be5 ou Va3) sont préservés de façon très variable d'une coupe à l'autre en domaine de plate-forme, l'importance des matériaux remaniés et l'irrégularité de la surface qui les caractérise semble liée à des géométries de vallées incisées. - Dans la partie médiane de la rampe (bordure de plate-forme et talus), le même intervalle stratigraphique peut être représenté par plus de 500 mètres de dépôt ; les séquences de dépôt qui constituent la série deviennent de plus en plus complètes et de nouveaux corps sédimentaires apparaissent (cortèges de bas niveau progradant et agradant). - Dans le bassin, la sédimentation est aussi lacunaire (limite de séquence Va0 par exemple) à cause de la présence de surfaces de discontinuité (liées ou non à des remaniements gravitaires). Les séquences de dépôt qui constituent la série deviennent de plus en plus complètes en direction du talus et de nouveaux corps sédimentaires apparaissent (cortèges de bas niveau). La synthèse des coupes de terrain a abouti à un transect à haute résolution chonostratigraphique qui permet par encadrement des corrélations fines à l'échelle de la séquence de dépôt. Ces datations montrent qu'en domaine de plate-forme, les intervalles de temps documentés par des sédiments sont beaucoup plus réduits que les intervalles de temps correspondant aux périodes de non-dépôt ou de non préservation des dépôts.

L'étude des dépôts de l'Hauterivien-Aptien du Jura a permis de mettre en évidence le caractère discontinu de la sédimentation carbonatée en domaine de plate-forme. Dans cette région en effet, les niveaux de l'Urgonien se composent de plusieurs séquences de dépôt superposées, fréquemment limitées par des surfaces émersives et érosives. L'étude sédimentologique et microfaciologique de détail a conduit à l'élaboration d'un modèle d'agencement de microfaciès et a permis également de mieux comprendre l'évolution verticale des milieux de dépôt de chaque coupe. L'analyse d'un grand nombre de coupes dans cet intervalle permet enfin de connaître précisément l'importance des variations latérales de faciès. L'étude minéralogique fait ressortir que les intervalles riches en kaolinite coïncident plutôt avec les faciès de transgression (FT) et les faciès de plate-forme. La présence de pyrophyllite dans toutes les séquences de dépôt rencontrées et de la paragonite dans les niveaux de la séquence de dépôt Ju6 n'avaient jusqu'alors jamais été mises en évidence dans les séries du Jura neuchâtelois et vaudois. Un inventaire micropaléontologique systématique de toutes les faunes de cet intervalle a été entrepris ainsi qu'une analyse critique permettant de rejeter la lignée phylétique proposée par Schroeder [1994]. Les données micropaléontologiques et sédimentologiques ont permis de caractériser précisément sept séquences de dépôt. La comparaison des répartitions des faunes jurassiennes avec celles du Vercors, chronostratigraphiquement calées par ammonites, permet d'attribuer les deux premières séquences à l' Hauterivien (Ju1, Ju2) ; les séquences Ju5, Ju6 sont attribuées au Barrémien supérieur et Ju7 à l'Aptien inférieur. La présence de niveaux du Barrémien supérieur dans le Jura est maintenant prouvée. En revanche, l'âge des séquences Ju3 et Ju4 n'est pas précisément connu, en raison de leur pauvreté en éléments de valeur chronostratigraphique. La séquence Ju4, qui peut manquer totalement par érosion dans la plupart des coupes étudiées, pourrait être placée soit dans la partie élevée de l'Hauterivien, soit dans la partie inférieure du Barrémien. L'analyse séquentielle a permis de plus de démontrer que les corrélations lithostratigraphiques antérieurement proposées sont, dans la plupart des cas, erronées sur le plan chronologique. Le découpage en séquences de dépôt permet de reconnaître quatre épisodes paléoenvironnementaux dans cet intervalle stratigraphique : - le premier se compose de niveaux calcaréo-mameux d'environnements circalittoraux ouverts d'âge clairement Hauterivien (séquences Jul-2), fréquemment marqués par des surfaces d'érosion majeures; - le second se compose de niveaux essentiellement carbonatés, d'environnements de lagon d'âge inconnu (séquences Ju3-Ju4) ; - le troisième épisode, situé au-dessus d'une surface d'érosion d'extension verticale pluridécamétrique, se compose de faciès calcaires de lagon ouvert et de lagon à rudistes fréquemment émergés, d'âge Barrémien supérieur (séquences Ju5 et Ju6), qui forment l' Urgonien jurassien; - le quatrième épisode, qui marque l'interruption brutale de la sédimentation carbonatée et la fin des dépôts urgoniens dans cette région (séquence de dépôt Ju7) est d'âge Aptien inférieur. Les sédiments de l'Urgonien jurassien, de puissance réduite, ne représentent en réalité que des séquences partielles de l'Hauterivien et du Barrémien supérieur pro parte, documentées par l'interprétation des données sédimentologiques, diagénétiques, et micropaléontologiques.

Nous proposons une plateforme d’annotation sémantique, appelée « EXCOM-2 ». Basée sur la méthode de l’ « Exploration Contextuelle », elle permet, à travers une diversité de langues, de procéder à des annotations automatiques de segments textuels par l'analyse des formes de surface dans leur contexte. Les textes sont traités selon des « points de vue » discursifs dont les valeurs sont organisées dans une « carte sémantique ». L’annotation se base sur un ensemble de règles linguistiques, écrites par un analyste, qui permettent d’identifier les représentations textuelles sous-jacentes aux différentes catégories de la carte. Le système offre, à travers deux types d’interfaces (développeur ou utilisateur), une chaîne de traitements automatiques de textes qui comprend la segmentation, l’annotation et d’autres fonctionnalités de post-traitement. Les documents annotés peuvent être utilisés, par exemple, pour des systèmes de recherche d’information, de veille, de classification ou de résumé automatique. Comme exemple d'application, nous proposons un système d'identification et de catégorisation automatiques du discours rapporté en arabe et en français. / We propose a platform for semantic annotation, called “EXCOM-2”. Based on the “Contextual Exploration” method, it enables, across a great range of languages, to perform automatic annotations of textual segments by analyzing surface forms in their context. Texts are approached through discursive “points of view”, of which values are organized into a “semantic map”. The annotation is based on a set of linguistic rules, manually constructed by an analyst, and that enables to automatically identify the textual representations underlying the different semantic categories of the map. The system provides through two sorts of user-friendly interfaces (analyst or end-user) a complete pipeline of automatic text processing which consists of segmentation, annotation and other post-processing functionalities. Annotated documents can be used, for instance, for information retrieval systems, classification or automatic summarization. As example, we propose an analysis of the linguistic markers of the enunciative modalities in direct reported speech, in a multilingual framework concerning Arabic and French.

Face à la complexité des logiciels multitâches, liée aux contextes économique et concurrentiel très pressants, la portabilité des applications et la réutilisabilité des processus de déploiement sont devenues un enjeu majeur. L'ingénierie dirigée par les modèles est une approche qui aspire répondre à ces besoins en séparant les préoccupations fonctionnelles des systèmes multitâches de leurs préoccupations techniques, tout en maintenant la relation entre eux. En pratique, cela se concrétise par des transformations de modèles capables de spécialiser les modèles pour des plates-formes cibles. Actuellement, les préoccupations spécifiques à ces plates-formes sont décrites implicitement dans les transformations eux même. Par conséquence, ces transformations ne sont pas réutilisables et ne permettent pas de répondre aux besoins hétérogènes et évolutifs qui caractérisent les systèmes multitâches. Notre objectif est alors d'appliquer le principe de séparation de préoccupation au niveau même de la transformation des modèles, une démarche qui garantie la portabilité des modèles et la réutilisabilité des processus de transformation.Pour cela, cette étude propose premièrement une modélisation comportementale détaillée des plates-formes d'exécutions logicielles. Cette modélisation permet d'extraire les préoccupations spécifiques à une plate-forme de la transformation de modèle et les capturer dans un modèle détaillé indépendant et réutilisable. Dans un second temps, en se basant sur ces modèles, elle présente un processus générique de développement des systèmes concurrents multitâches. L'originalité de cette approche réside dans une véritable séparation des préoccupations entre trois acteurs à savoir le développeur des chaînes de transformation, qui spécifient une transformation de modèle générique, les fournisseurs des plates-formes qui fournissent des modèles détaillés de leurs plates-formes et le concepteur des applications multitâche qui modélise le système. A la fin de cette étude, une évaluation de cette approche permet de montrer une réduction dans le coût de déploiement des applications sur plusieurs plates-formes sans impliquer un surcoût de performance. / Given the complexity of multitasked software, linked to very pressing economic and competitive contexts, application portability and deployment process reusability has become a major issue. The model driven engineering is an approach that aspires to meet these needs by separating functional concerns of multitasking systems from their technical concerns, while maintaining the relationship between them. In practice, this takes the form of model transformations that specializes models for target platforms. Currently, concerns specific to these platforms are described implicitly in the transformations themselves. Consequently, these transformations are not reusable and do not meet the heterogeneous evolutionary needs that characterize multitasking systems. Our objective is then to apply the principle of separation of concern even at the level of transformation models, an approach that guarantees portability and reusability of models transformation process.To do this, this study provides first a detailed behavioral modeling of software execution platform. This modeling allows to extract specific concerns from model transformation and to capture them in a detailed platform model independent and reusable. In a second step, based on these models, it presents a generic process for developing concurrent systems. The originality of this approach is a true separation of concerns between three actors: the developer of transformation tool, who specifies a generic model transformation, platform providers that provide detailed models of their platforms and the multitasked system designer that models the system. At the end of this study, an evaluation of this approach shows a reduction in the cost of deploying applications on multiple platforms without incurring an additional cost of performance.

Le présent travail étudie le comportement couplé hydromécanique de la couche intermédiaire des plates-formes ferroviaires anciennes. L'objectif principal est de vérifier le fonctionnement des plates-formes sans drainage et d'optimiser les travaux de modernisation de voies anciennes en déblai. Premièrement, les essais d'identification ont été réalisés sur les matériaux prélevés sur le site de Sénissiat. Les résultats ont montré que le sol de la couche intermédiaire de ce site présente une granulométrie bien étalée de 0 à 63 mm et une densité très élevée (d = 2,39 Mg/m3). Deuxièmement, une nouvelle colonne d'infiltration et un moule de compression de 300 mm de diamètre ont été développés permettant d'étudier le comportement hydraulique de la couche intermédiaire. Une faible perméabilité (ks  2,2.10-7 m/s) de cette couche a été estimée à partir des résultats expérimentaux. Troisièmement, une étude expérimentale sur le comportement mécanique de la couche intermédiaire a été réalisée. Cette étude a mis en évidence l'influence marquée de la teneur en eau sur le comportement mécanique de la couche intermédiaire. Un modèle de fatigue avec prise en compte de l'influence du nombre de cycles, du niveau de contrainte appliqué et de l'état hydrique a été élaboré en se basant sur les résultats expérimentaux. Finalement, les mesures de succion, de température et de paramètres météorologiques ont été réalisées sur les plates-formes en déblai sans drainage du site de Moulin Blanc pour compléter l'étude du comportement des plates-formes sans drainage. Une analyse globale des résultats obtenus au laboratoire avec les mesures in-situ a montré que la décision de ne pas mettre en place un dispositif de drainage devra être assortie de justificatifs permettant de s'assurer de la limitation de la teneur en eau de la couche intermédiaire, en se basant sur une étude approfondie sur le cycle d'eau pour chaque site concerné / The present work deals with the coupled hydro-mechanical behaviour of the blanket layer of the old railway trackbed. The main aim is to check the operation of the trackbed without drainage and to optimize the works of modernization of old railway in cutting. Firstly, identification tests were carried out on materials taken from the site of Sénissiat. The results showed that the blanket layer soil of this site is well graded from 0 to 63 mm and has a very high density (d = 2.39 Mg/m3). Secondly, an infiltration column of 300 mm in diameter were developed to study the hydraulic behaviour of the blanket layer. A low hydraulic conductivity (ks  2.2x10-7 m/s) of this layer was estimated according to the experimental results. Thirdly, an experimental study on the mechanical behaviour of the blanket layer was performed. This study shows a significant effect of the water content on the mechanical behaviour of the blanket layer. A permanent deformation model accounting for the influence of loading cycles, loading level and hydric state was elaborated based on the experimental results. Finally, the measurements of suction, temperature and weather parameters were carried out in a cutting without drainage at the site of Moulin Blanc to complete the study of the behaviour of the trackbed without drainage. A global analysis of the laboratory results with in-situ measurements shows that the decision regarding the setup of the drainage system required to establish justifications showing limited effects of the water content, based on a in-depth study on the water cycle for each site concerned

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Résumé indisponible / The objective of this thesis focuses on the study and the development of bioinformatics platforms and tools on the grid. The second objective is to develop applications in molecular epidemiology and metagenomics based on these tools and platforms. Based on the studies of existing bioinformatics platforms and tools, we propose our solution: a platform and a portal for molecular epidemiology and high throughput metagenomics on the grid. The main idea of ​​our platform is to simplify the submission of jobs to the grid via the pilots jobs (jobs generic that can control and launch many real tasks) and the PULL model (tasks are retrieved and executed automatically). There are other platforms that have similar approaches but our platform focuses on the simplicity and the saving time for the submission of jobs. Bioinformatics tools chosen to deploy the platform are popular tools that can be used in many bioinformatics analyses. We apply a workflow engine in the platform so that users can make the analysis easier. Our platform can be seen as a generalized system that can be applied to both the epidemiological surveillance and metagenomics of which two use cases are deployed and tested on the grid. The first use case is used to monitor bird flu. The approach of this application is to federate data sequences of influenza viruses and provide a portal with tools on the grid to analyze these data. The second use case is used to apply the power of the grid in the analysis of high throughput sequencing of amplicon sequences. In this case, we prove the efficiency of the grid by using our platform to gridifier an existing application, which has much less performance than the gridified version.

Les plateformes carbonatées sont typiquement caractérisées par une architecture sédimentaire et stratigraphique complexe qui s’exprime à une échelle qui peut dépasser le simple affleurement. Ce travail est centré sur les dépôts Barrémien (Crétacé inférieur) de la falaise de Gresse-en-Vercors (sud-est de la France) qui nous procure une fenêtre d’observation à l’échelle de la sismique à travers une bordure de plateforme – analogue des réservoirs du Moyen Orient - idéale pour étudier en continu et à grande échelle le développement des plateformes carbonatées. Cette falaise de 500 m de haut pour 25 km de long permet d’étudier la transition entre les dépôts de peu profonds de la plateforme et ceux du bassin. De nouvelles données biostratigraphiques montrent que la série de plate-forme de Gesse-en-Vercors est essentiellement Barrémien inférieur. Quatre séquences stratigraphiques ont été définies, avec deux épisodes complets de plateforme, séparés par trois « drowning ». Les nouvelles données numériques hautes résolutions (nuage de points LIDAR et photos géoréférencées hautes résolutions) acquises par hélicoptère permettent la réalisation d’un DEM 3D haute résolution pour l’ensemble de l’affleurement. L’intégration des observations stratigraphiques et du DEM dans gOcad abouti à la création d’un modèle 3D en continu de l’architecture stratigraphique et de la répartition des facies de l’affleurement qui peu être utilisé pour interprétations stratigraphiques et sédimentologiques. Le modèle géologique qui en résulte démontre que les données numériques d’affleurement et la modélisation géologique en 3D sont des outils pertinents pour tester la caractérisation des affleurements carbonatés et les modèles conceptuels de système de plateformes carbonatées. Il permet d’appréhender les variations subtiles de profils sédimentaires et d’établir une mosaïque de facies à haute résolution tout au long de la plateforme à l’échelle de la sismique. Cette approche est particulièrement critique en ce qui concerne la caractérisation 3D des clinoformes et des cortèges de dépôts sédimentaires dans un modèle non cylindrique tel que la plateforme carbonaté : par exemple, un prisme de bas niveau apparent ou des lobes distaux qui « onlappent » en 2D correspondent en réalité à des progradations en contexte de haut niveau en 3D. / Carbonate platforms are characterized by complex sedimentary and stratigraphic architectures that can be expressed at length scale exceeding single outcrops. This work focuses on the Barremian (Lower Cretaceous) deposits of the Gresse-en-Vercors cliff (southeastern France) that provide a seismic-scale slice though a platform margin - analogous to Middle East reservoirs - ideal to study large scale carbonate platform developments in continuous. The cliffs are 500 m high and extend for 25 km along depositional dip, straddling the transition from shallow water platform to deeper basin. New biostratigraphical data shows that the Vercors platform is mainly Lower Barremian. Four stratigraphic sequences were defined, with two complete platform stages, separated by three drowning events.New high-resolution numerical data (LIDAR point-set and high-resolution georeferenced photos) obtained by helicopter survey, allowed the realization of a 3D high-resolution DEM over the entire outcrops. Integrating the stratigraphic observations and the DEM in gOcad result in a continuous 3D stratigraphic architecture and facies model of the carbonate outcrop that can be used for stratigraphic and sedimentological interpretations. The resulting geological model demonstrates that outcrop numerical data and 3D geological modeling are pertinent tools for improving carbonate outcrop characterization and conceptual models of carbonate platform systems. It allows to establish subtle sedimentary profiles and high resolution facies mosaic along seismic scale platform trend. This approach is particularly critical for the 3D characterization of clinoforms and stratigraphic system tracts in non-cylindrical carbonate systems: for example, apparent low stand wedge or distal onlapping lobes in 2D are in reality prograding high stand systems in 3D.

La pollution phytosanitaire diffuse est un enjeu majeur à l’interface de l’agriculture et l’environnement. Ses conséquences sur la santé humaine et l’environnement ont poussé la société à interroger les scientifiques sur les outils d’aide à la décision et d’évaluation adéquats. Dans cette perspective, ce travail interdisciplinaire entre géographie et agronomie porte sur la mise en place d’outils pour une gestion concertée de la pollution phytosanitaire diffuse au niveau d’un territoire: la Merja Zerga au Maroc. Dans le cadre d’une approche participative, ce travail est basé sur l’utilisation conjointe et interactive de plusieurs outils interdisciplinaires: les Systèmes d’Informations Géographiques (SIG), l’indicateur de fréquence de traitement (IFT), un indicateur de risque de toxicité sur la santé de l’applicateur (IRSA) et environnementale (IRTE), une plate-forme technico-économique et un jeu de simulation par lesquels sont exploitées les données issues de la recherche bibliographique, des relevés de terrain et d’enquêtes auprès des acteurs du territoire. Les résultats de l’analyse multi-échelle du territoire ont permis de mettre en exergue la construction de l’espace du territoire de la Merja Zerga, les conséquences des pratiques phytosanitaires sur la santé humaine de l’applicateur et l’environnement, l’iniquité spatiale et sociale en terme de propension à polluer. En dépassant la simple évaluation, cette approche basée sur des outils génériques, constitue une étape originale pour la mise en place de stratégies de gestion des pesticides sans nuire à la viabilité économique des exploitations agricoles. / The phytosanitary diffuse pollution is a major focus for the interface of the agriculture and the environment. Its consequences for the human health and the environment urged the society to question the scientists on adequate tools of decision-making support and evaluation. In this perspective, we adopted an interdisciplinary approach between geography and agronomy in order to implement tools for a joint management of the diffuse phytosanitary pollution at the level of a territory: Merja Zerga in Morocco. Within the framework of a participatory approach, this work was based on the joint and interactive use of several interdisciplinary tools: the Geographical Information systems (GIS), the indicator of frequency of treatments (IFT), an indicator of risk of toxicity for the health of the applicator (IRSA) and for the environment (IRTE), a technical-economic platform and a simulation game. These tools enabled us to analyze the data gathered from the bibliographic research, the field statements and the surveys with the farmers and stakeholders of the territory.The results of this multi-scale analysis, from the farmer plots to the watershed basin allowed us to highlight the construction of the Merja Zerga space as a territory and to understand the consequences of the phytosanitary and agricultural practices on the human health of the applicator and on the environment, the spatial and social injustice in terms of propensity to pollute. This study based on generic tools, and going beyond the mere evaluation, constitutes an original approach for the establishment of strategies for the management of pesticides without damaging the economic sustainability of farms.