Salmonella est un agent pathogène animal et zoonotique d'importance mondiale. Les infections causées par cette bactérie chez les animaux d’élevage peuvent être asymptomatiques ou se traduire par une gastro-entérite ou une maladie invasive. Chez les humains, les maladies d’origines alimentaires associées à Salmonella sont principalement causées par l'ingestion de produits d'origine animale contaminés. Cependant, aucune étude n’a déterminé la prévalence ou caractérisé le profil de virulence et d’antibiorésistance de Salmonella provenant des fermes ovines du Québec, alors que cette province détient le 2ème plus grand cheptel ovin canadien. Ainsi, cette étude visait à estimer la prévalence des fermes ovines positives à Salmonella dans la province du Québec, à identifier les sérotypes circulant dans ces troupeaux, à caractériser le profil de virulence et de résistance aux antimicrobiens de souches de Salmonella isolées dans ces fermes et à évaluer l'influence de certains facteurs de risque (ex. la saisonnalité, la taille des troupeaux et le type de production) sur la prévalence de fermes ovines positives à Salmonella au Québec. Pour cela, 61 fermes ovines du Québec ont été sélectionnées aléatoirement et ont été échantillonnées. Un pool fécal provenant de 10 animaux a été prélevé par ferme. Des milieux sélectifs ont été utilisés pour isoler Salmonella dans chaque échantillon. La confirmation de Salmonella a été faite par des tests biochimiques suivis par la détection du gène invA par PCR et les sous-espèces ont été identifiées par PCR multiplex. Le rapport de prévalence a été calculé pour évaluer l’association entre les facteurs de risque et la présence de Salmonella dans les fermes. Le séquençage du génome complet de 76 isolats a permis d’identifier les sérotypes et de déterminer le profil de virulence et de résistance génotypique de ces isolats. La confirmation de la résistance phénotypique de différentes souches a été effectuée en utilisant la méthode de diffusion en milieu solide (antibiogramme) et la méthode de dilution en milieu liquide. Les résultats indiquent que 83,6% (95% CI 74,3%-92,9%) des troupeaux sont porteurs de Salmonella. Le sérotype Salmonella enterica sous-espèce diarizonae 61 k:1, 5, (7) (Sheep associated Salmonella diarizonae (SASd) a été le seul sérotype identifié dans tous les isolats qui ont été séquencés. Aucun des facteurs de risque évalués n’était associée à la présence de Salmonella. En outre, aucun gène de résistance aux antimicrobiens n’a été identifié à partir de l’analyse des génomes séquencés et toutes les souches ont été révélées comme étant phénotypiquement sensibles aux différents antimicrobiens testés. De plus, des facteurs de virulence, comme les ilots de pathogénicité (SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-5, SPI-9 et SPI-13) et le plasmide (IncX1), ont été identifiés chez les 84 SASd. Cette étude est la première à rapporter que la prévalence des fermes ovines positives à Salmonella est élevée au Québec (83,6%). Seule la présence du sérotype 61 k:1, 5, (7) a été détectée. Finalement, toutes les souches de Salmonella isolées dans le cadre de cette étude étaient sensibles aux antimicrobiens testés. / Salmonella is a world-known animal and zoonotic pathogen. Infections caused by this bacterium in livestock can be asymptomatic or result in gastroenteritis or an invasive disease. In humans, food-related diseases associated with Salmonella are mainly caused by the ingestion of contaminated products of animal origin. However, no studies have determined the prevalence or characterized the virulence and antimicrobial resistance (AMR) profiles of Salmonella from sheep farms in Quebec, where the province holds the second largest sheep population in Canada. This study aimed to estimate the prevalence of Salmonella-positive sheep farms in the province of Quebec, to identify the serotypes circulating in these flocks, to characterize the virulence and AMR profiles of Salmonella strains isolated from these farms and to assess the influence of some potential risk factors on the prevalence of Salmonella-positive sheep farms in the province of Quebec. For this purpose, 61 sheep farms in Quebec were randomly selected and sampled. A fecal pool including samples from 10 animals was collected per farm. Selective culture media were used to isolate Salmonella in each sample. Salmonella was confirmed by biochemical tests followed by the detection of invA gene by PCR and the subspecies were identified by multiplex PCR. The prevalence ratio was calculated to assess the association between risk factors and the presence of Salmonella in farms. The Whole genome sequencing (WGS) of 76 isolates was used to determine the serotypes, the virulence and the AMR profile of these isolates. The confirmation of the phenotypic AMR of these isolates (n=76) was carried out using the Kirby–Bauer disk diffusion method (antibiogram) or the broth microdilution method. The results indicated that 83.6% (95% CI 74.3%-92.9%) of the flocks are carrier of Salmonella and only the Salmonella enterica subspecies diarizonae serotype 61: k: 1, 5, (7) (sheep associated S. diarizonae, SASd) was identified. None of the tested risk factors was associated with Salmonella positivity at the flock level. In addition, no AMR genes were identified from the WGS data, and all strains were phenotypically sensitive to the various antimicrobials tested. In addition, virulence factors such as pathogenicity islands (SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-5, SPI-9 and SPI-13) and plasmid (IncX1) have been identified in the sequenced strains. This study was the first to report a high prevalence of Salmonella-positive sheep farms in Quebec (83.6%). Only the presence of serotype 61 k:1, 5, (7) was detected. Interestingly, all Salmonella strains isolated in this study were sensitive to the tested antimicrobials.

Il est actuellement bien établi que les facteurs nutritionnels sont les principaux déterminants de l’émergence des maladies chroniques. Au Maroc, il n’existe pas à ce jour de données étayant ces propos, bien que ce pays soit en pleine transition épidémiologique. L’objectif de la thèse était d’étudier la relation entre les facteurs nutritionnels et l’obésité ou surpoids chez un échantillon représentatif des adultes marocains âgés de 18 ans et plus obtenu par tirage au sort et stratification sur le sexe et l’origine. Au total, 2896 sujets ont participé à cette enquête transversale. L’obésité et le surpoids étaient très fréquents (13,5% et 29,9% respectivement) avec de grandes disparités socioéconomiques. Pour mieux décrire le comportement alimentaire des marocains, très probablement en rapport avec l’émergence de ce phénomène, plusieurs approches complémentaires ont été utilisées. D’abord, l’adhérence au régime de type méditerranéen, a été mesurée par un score construit selon une approche confirmatoire. Puis, l’identification des principaux profils de consommation spontanément observés par des méthodes exploratoires (analyse en composantes principales). Il s’avère que le régime méditerranéen n’était pas le régime communément suivi par toute la population marocaine. De plus, quatre principaux profils étaient identifiés et décrivent mieux le phénomène de transition nutritionnelle dont la spécificité au Maroc est le maintien de certains aliments traditionnels tels les céréales et légumes en plus de l’introduction des aliments occidentalisées tels les produits laitiers. Ces profils étaient associés aux caractéristiques sociodémographiques des individus. Une association significative a été notée entre l’obésité et les profils alimentaires occidentalisés mais pas avec le régime méditerranéen qui était, par ailleurs, associé au surpoids. / It is now well established that nutritional factors are the main determinants of the emergence of chronic diseases. In Morocco, there is currently no data to support this evidence, although this country is experiencing an epidemiological transition. The aim of the thesis was to study the relationship between nutritional factors and overweight or obesity in a representative sample of Moroccan adults aged 18 years and above. This sample was obtained by a simple random technique after stratification by sex and origin. In total, 2896 subjects have participated in this cross-sectional survey. Obesity and overweight were very frequent (13.5% and 29.9% respectively) with large socioeconomic disparities. To better describe the behavior of Moroccan food, most likely related to the emergence of this phenomenon, several complementary approaches were used. First, adherence to Mediterranean diet was measured by a score constructed using a confirmatory approach. Then, the identification of major patterns of consumption observed spontaneously by exploratory methods (Principal Component Analysis). Mediterranean diet was not the commonly diet followed by the entire Moroccan population. In addition, four major patterns were identified and describe better the nutritional transition in Morocco whose specificity is the maintenance of some traditional foods such as cereals and vegetables with some Westernized foods newly introduced such as dairy products. These profiles were associated with sociodemographic characteristics of individuals. A significant association was found between obesity and westernized dietary patterns but not with the Mediterranean diet which was associated with overweight.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

La présente thèse de doctorat visait d’abord à valider les résultats des études antérieures démontrant un accroissement de la prévalence des problèmes de santé mentale et ensuite, à évaluer l’importance du contexte social dans l’explication des changements de prévalence, à partir des effets d’âge, de période et de cohorte. L’atteinte de ces objectifs s’est faite à partir de deux études empiriques, chacune ciblant sa propre problématique en santé mentale. La première étude, basée sur les données de l’Enquête longitudinale nationale sur les enfants et les jeunes (ELNEJ) de Statistique Canada, a permis de conclure à un accroissement réel de la prévalence du diagnostic de trouble déficitaire de l’attention/hyperactivité (TDA/H) et de la consommation de psychostimulants chez les enfants canadiens entre 1994 et 2007. Toutefois, cette tendance n’est ni constante, ni universelle, puisque des effets de période et d’âge apparaissent clairement : l’augmentation des prévalences est uniquement remarquée dans les années 2000, et survient seulement chez les enfants d’âge scolaire. L’identification d’inégalités de prévalence dues à la période historique et à l’âge des enfants souligne l’importance du contexte social dans la problématique du diagnostic de TDA/H et de la consommation de psychostimulants. La seconde étude a été réalisée à partir des données du Panel Study of Belgian Households (PSBH) et cherchait à expliquer l’accroissement des symptômes dépressifs observé ces vingt dernières années chez les adultes belges. L’utilisation de l’analyse multiniveaux longitudinale permettant la distinction des effets d’âge et des effets de cohortes a été privilégiée. Bien que l’intensité des symptômes dépressifs ait varié de manière relativement importante chez les individus au cours des années 1990, nos conclusions démontrent que les symptômes auto-rapportés de dépression sont davantage associés aux conditions de vie, qu’à la personnalité. L’augmentation résulte d’un effet de la succession des cohortes, où les individus des cohortes les plus récentes rapportent toujours une plus grande intensité de symptômes dépressifs que les individus des cohortes précédentes. Les membres d’une même cohorte de naissance partagent donc des expériences communes à un âge similaire, ce qui a un impact durable sur leurs comportements et sur leur santé mentale. De manière générale, les résultats des deux articles empiriques ont, chacun à leur manière, confirmé la réalité de l’accroissement des problèmes de santé mentale dans les sociétés occidentales contemporaines, et permis de constater que la prévalence diffère selon l’âge et la cohorte de naissance des individus, ainsi que selon la période historique, renforçant ainsi l’hypothèse de l’importance des facteurs sociaux dans l’étiologie des problèmes de santé mentale. Bien que la nature de ces facteurs n’ait pu être testée de manière directe, de nombreuses explications sociales furent tout de même proposées. À cet égard, des changements dans les normes comportementales associées à l’âge, dans les normes sociales, dans la conceptualisation des troubles mentaux, des modifications dans la sphère éducative, ainsi que des innovations pharmacologiques, médicales et technologiques constituent des explications sociales aux effets d’âge, de période et de cohorte qui ont été observés. / This doctoral dissertation aimed to validate findings from previous studies indicating an increase in the prevalence of mental health problems, and to evaluate the importance of contextual factors in explaining this increase in prevalence. Age, period and cohort effects were considered proxies for social context factors. These objectives were achieved through two empirical studies, each one focusing on a specific mental health problem. The first study analyzed data from the Statistics Canada National longitudinal survey on children and youth (NLSCY) and found significant increase in the prevalence of Attention-deficit/hyperactivity disorder (ADHD) diagnosis and the prescription of ADHD medications for Canadian children between 1994 and 2007. However, this tendency was not constant, or linear, as some period and age effects were found: an increase in prevalence was found only during the 2000s, and only for school-age children. These differences in prevalence rate by historical period and children’s age underline the importance of the social context in the diagnosing of ADHD diagnosis and prescription of ADHD medications. The second study used the data from the Panel Study of Belgian Households (PSBH) and aimed to explain the increase of depressive symptoms observed recently among Belgian adults. A longitudinal multilevel analysis, allowing for the disentanglement of age and cohort effects, was conducted. Our findings demonstrate that, despite a variation in the intensity of depressive symptoms within individuals during the 1990s, self-reported symptoms are mostly associated with a reaction to life conditions rather than with personality. The increase over time results from an effect of cohort succession, where individuals from the most recent cohort always report more depressive symptoms than individuals from the oldest cohorts. Members from the same cohort share common experiences at a similar age, which has a durable impact on their behaviors and mental health. In general, results from our two empirical studies confirmed, each in their own way, that mental health problems have increased in contemporary Western societies. Moreover, findings demonstrated that prevalence differs according to age, birth cohort and historical period, thus reinforcing the importance of social factors in the etiology of mental health problems. Although the true nature of these social factors could not be directly examined, many social explanations were proposed. For example, the changes in behavioral norms associated with age, social norms, the conceptualization of mental health problems, and to the school system, as well as innovations in pharmacological, medical and technological fields across this period are all potential factors explaining these age, period and cohort effects.

Au Canada, Francisella tularensis, une bactérie zoonotique causant la tularémie, affecte principalement le lièvre d’Amérique, le rat musqué et le castor. Malgré les nombreuses études sur cette maladie, les connaissances sur l’écologie et les réservoirs naturels de la tularémie demeurent limitées. Une étude transversale a été réalisée afin d’estimer la prévalence d’infection par F. tularensis chez le lièvre d’Amérique, le rat musqué et le coyote dans quatre régions du Québec (Canada) et de décrire le risque d’infection d’après des caractéristiques individuelles (âge, sexe et état de chair) et environnementales. D’octobre 2012 à avril 2013, 345 lièvres d’Amérique, 411 rats musqués et 385 coyotes capturés par des trappeurs ont été échantillonnés. Les caractéristiques environnementales autour du site de capture ont été extraites de base de données géographiques. La séroprévalence (test de microagglutination) était de 2.9% chez les coyotes, 0.6% chez les lièvres et 0% chez les rats musqués. Tous les rats musqués et les lièvres étaient négatifs à une PCR en temps réel réalisée à partir d’un pool de foie, rein, rate et poumon; par contre, le type AI a été détecté dans les organes individuels des deux lièvres séropositifs. Des analyses de régression logistique exacte ont démontré que l’âge était un facteur de risque pour la séropositivité du coyote, ainsi que la proportion de forêts et la proportion de l’environnement considéré approprié pour le lièvre autour de la localisation de capture des coyotes. Les résultats de cette étude suggèrent la présence du cycle terrestre dans les régions étudiées. / In Canada, Francisella tularensis, the zoonotic bacterial agent of tularemia, affects mostly snowshoe hares, muskrats and beavers. Despite numerous studies, knowledge of its ecological occurrence and natural reservoirs is limited. A cross-sectional study was conducted to estimate the prevalence of F. tularensis in snowshoe hares, muskrats and coyotes in four regions of Québec, Canada, and to describe the risk of infection in relation to individual host (age, sex and body condition) and environmental characteristics. Between October 2012 and April 2013, 345 snowshoe hares, 411 muskrats and 385 coyotes were captured by trappers. Ecological characteristics of the location of capture were extracted from geographical databases. Prevalence of antibodies against F. tularensis (microagglutination test) was 2.9% in coyotes, 0.6% in hares and 0% in muskrats. F. tularensis DNA was not detected by real-time PCR in the pools of liver, kidney, lung and spleen from muskrats and hares but F. tularensis type AI was detected during testing of individual organs of two seropositive hares. Exact logistic regression analyses showed that age was a significant risk factor for seropositivity of coyotes, as were the proportion of forest and the proportion of area considered suitable for hares in the environment around the location of capture of the coyotes. The results of this study suggest the presence of the terrestrial cycle of F. tularensis in the regions studied.

Objectif de la thèse est de fournir République de Djibouti inventaire de la pandémie de grippe A/H1N1/2009-H1N1p et arbovirus hiver 2010. Elle a confirmé la capacité de surveillance locale pour détecter la grippe SG pic lors de la première vague de la pandémie, dont le profil était compatible avec H1N1p. Dans l'enquête CoPanFlu, une prévalence élevée (30%) de H1N1p a été confirmée par la jeune et District 4 résidents (plus de inégalités sociales) portant le plus lourd fardeau. Par conséquent, le contrôle futur de SG exigerait une approche queue pour atteindre des individus spécifiques et vulnérables. L'absence de données de surveillance robustes dans les pays du Sud pourrait être responsable de la sous-estimation de la charge, même lorsque le profil de la maladie ressemblait à ceux des pays développés. Sur arbovirus, la plupart des facteurs prédictifs de cas étaient statistiquement mieux décrits par de l'espace de logement et les caractéristiques environnementales du quartier, qui en corrélation avec les acteurs écologiques de leurs vecteurs de la survie des individus dans la niche locale. Cela confirme circulations arbovirus autochtones dans la République de Djibouti et a fourni l'inventaire pour la cartographie des risques et les futurs programmes de prévention et de contrôle. Les arbovirus sont les plus répandus dans le centre-ville (quartier 1), mais des cas ont diminué vers la périphérie de la banlieue (District 4). L'inverse est vrai pour les cas de grippe, ce qui démontre que des solutions sur mesure convenant à un des besoins de santé de la région, se garantir un rendement optimal sur les ressources allouées. / Thesis purpose was to provide Republic of Djibouti inventory of pandemic Influenza A/H1N1/2009 (H1N1p) and arboviruses events in the winter of 2010. The demonstrated local surveillance was capable of detecting (influenza) ILI peaking during the first pandemic wave, whose profile was consistent with H1N1p. In a Copanflu investigation that occurred during second pandemic wave, a high prevalence (30%) of H1N1p was confirmed and conspicuously, the young and District 4 residents (highest social inequalities) bored the greatest burden. Therefore, concluded that future ILI control would require a tailed approach to reach specific and vulnerable individuals. Lack of robust ILI data from surveillance in southern countries could be responsible for the underestimation of burden, even when the illness profile resembled those of developed countries. On arboviral, most case predictors were statistically best described by individuals' housing space and neighbourhood environmental characteristics, which correlated with the ecological actors of their respective transmission vectors' survival in the local niche. This study confirmed autochthonous arboviral circulations in the republic of Djibouti and provided an epidemiological inventory for risk mapping and future prevention and control programs. The arboviruses were most prevalent in city centre (District 1), but cases declined towards the periphery of the suburb (District 4). The inverse was true for pandemic and ILI cases, demonstrating that a tailored solutions suiting local area health needs, would guarantee an optimal return on allocated resources.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La présente thèse de doctorat visait d’abord à valider les résultats des études antérieures démontrant un accroissement de la prévalence des problèmes de santé mentale et ensuite, à évaluer l’importance du contexte social dans l’explication des changements de prévalence, à partir des effets d’âge, de période et de cohorte. L’atteinte de ces objectifs s’est faite à partir de deux études empiriques, chacune ciblant sa propre problématique en santé mentale. La première étude, basée sur les données de l’Enquête longitudinale nationale sur les enfants et les jeunes (ELNEJ) de Statistique Canada, a permis de conclure à un accroissement réel de la prévalence du diagnostic de trouble déficitaire de l’attention/hyperactivité (TDA/H) et de la consommation de psychostimulants chez les enfants canadiens entre 1994 et 2007. Toutefois, cette tendance n’est ni constante, ni universelle, puisque des effets de période et d’âge apparaissent clairement : l’augmentation des prévalences est uniquement remarquée dans les années 2000, et survient seulement chez les enfants d’âge scolaire. L’identification d’inégalités de prévalence dues à la période historique et à l’âge des enfants souligne l’importance du contexte social dans la problématique du diagnostic de TDA/H et de la consommation de psychostimulants. La seconde étude a été réalisée à partir des données du Panel Study of Belgian Households (PSBH) et cherchait à expliquer l’accroissement des symptômes dépressifs observé ces vingt dernières années chez les adultes belges. L’utilisation de l’analyse multiniveaux longitudinale permettant la distinction des effets d’âge et des effets de cohortes a été privilégiée. Bien que l’intensité des symptômes dépressifs ait varié de manière relativement importante chez les individus au cours des années 1990, nos conclusions démontrent que les symptômes auto-rapportés de dépression sont davantage associés aux conditions de vie, qu’à la personnalité. L’augmentation résulte d’un effet de la succession des cohortes, où les individus des cohortes les plus récentes rapportent toujours une plus grande intensité de symptômes dépressifs que les individus des cohortes précédentes. Les membres d’une même cohorte de naissance partagent donc des expériences communes à un âge similaire, ce qui a un impact durable sur leurs comportements et sur leur santé mentale. De manière générale, les résultats des deux articles empiriques ont, chacun à leur manière, confirmé la réalité de l’accroissement des problèmes de santé mentale dans les sociétés occidentales contemporaines, et permis de constater que la prévalence diffère selon l’âge et la cohorte de naissance des individus, ainsi que selon la période historique, renforçant ainsi l’hypothèse de l’importance des facteurs sociaux dans l’étiologie des problèmes de santé mentale. Bien que la nature de ces facteurs n’ait pu être testée de manière directe, de nombreuses explications sociales furent tout de même proposées. À cet égard, des changements dans les normes comportementales associées à l’âge, dans les normes sociales, dans la conceptualisation des troubles mentaux, des modifications dans la sphère éducative, ainsi que des innovations pharmacologiques, médicales et technologiques constituent des explications sociales aux effets d’âge, de période et de cohorte qui ont été observés. / This doctoral dissertation aimed to validate findings from previous studies indicating an increase in the prevalence of mental health problems, and to evaluate the importance of contextual factors in explaining this increase in prevalence. Age, period and cohort effects were considered proxies for social context factors. These objectives were achieved through two empirical studies, each one focusing on a specific mental health problem. The first study analyzed data from the Statistics Canada National longitudinal survey on children and youth (NLSCY) and found significant increase in the prevalence of Attention-deficit/hyperactivity disorder (ADHD) diagnosis and the prescription of ADHD medications for Canadian children between 1994 and 2007. However, this tendency was not constant, or linear, as some period and age effects were found: an increase in prevalence was found only during the 2000s, and only for school-age children. These differences in prevalence rate by historical period and children’s age underline the importance of the social context in the diagnosing of ADHD diagnosis and prescription of ADHD medications. The second study used the data from the Panel Study of Belgian Households (PSBH) and aimed to explain the increase of depressive symptoms observed recently among Belgian adults. A longitudinal multilevel analysis, allowing for the disentanglement of age and cohort effects, was conducted. Our findings demonstrate that, despite a variation in the intensity of depressive symptoms within individuals during the 1990s, self-reported symptoms are mostly associated with a reaction to life conditions rather than with personality. The increase over time results from an effect of cohort succession, where individuals from the most recent cohort always report more depressive symptoms than individuals from the oldest cohorts. Members from the same cohort share common experiences at a similar age, which has a durable impact on their behaviors and mental health. In general, results from our two empirical studies confirmed, each in their own way, that mental health problems have increased in contemporary Western societies. Moreover, findings demonstrated that prevalence differs according to age, birth cohort and historical period, thus reinforcing the importance of social factors in the etiology of mental health problems. Although the true nature of these social factors could not be directly examined, many social explanations were proposed. For example, the changes in behavioral norms associated with age, social norms, the conceptualization of mental health problems, and to the school system, as well as innovations in pharmacological, medical and technological fields across this period are all potential factors explaining these age, period and cohort effects.

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