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Fatores promotores e inibidores do alinhamento estratégico da tecnologia da informação em uma situação de fusão : o caso de uma rede varejista

PEREIRA, Christiane Maria Leite January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:07:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1367_1.pdf: 2119524 bytes, checksum: 89d68868e9259388b467446638a7d96f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / As empresas estão percebendo que é preciso maximizar as oportunidades que surgem do alinhamento estratégico entre estratégia de tecnologia da informação e estratégia empresarial e minimizar as limitações e ameaças do desalinhamento dessas duas estratégias. Neste sentido esta dissertação buscou identificar quais foram os fatores promotores e inibidores do alinhamento estratégico entre a estratégia de tecnologia da informação e a estratégia empresarial em uma situação de fusão de empresas em um ambiente varejista. A pesquisa nasceu do interesse de necessidades de estudos de alinhamento durante processos de fusão. Visou, também, identificar a percepção do corpo gerencial sobre alinhamento estratégico entre a estratégia de tecnologia da informação e a estratégia empresarial e sobre os fatores que promovem e inibem esse alinhamento. A pesquisa buscou ainda estabelecer com base na percepção do corpo gerencial quais as características específicas de alinhamento estratégico em casos de fusão como o estudado. A pesquisa se deu por meio de um estudo de caso, dentro de empresas varejistas: Wal-Mart Brasil e Bompreço S.A, e configurou-se como um caso significativo dentro deste segmento dada a representatividade das organizações estudadas. A implementação da pesquisa foi feita através de entrevistas com o corpo gerencial das duas empresas que estavam sendo fundidas, a fim de colher as percepções sobre os fatores que promoviam e inibiam o alinhamento estratégico entre a estratégia de tecnologia da informação e a estratégia empresarial. Os resultados encontrados exibem esses fatores e mostram as especificidades que esses fatores têm durante um processo de fusão de empresas
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O Ministério Público e a defesa do direito à educação: um estudo de caso sobre a atuação dos promotores de justiça da grande São Paulo

Côrtes, Lara Barbosa Quadros 10 May 2010 (has links)
Submitted by Cristiane Oliveira (cristiane.oliveira@fgv.br) on 2011-06-10T20:35:53Z No. of bitstreams: 1 61080200035.pdf: 374766 bytes, checksum: 0ae6d2a483a2809afd04beab2862c95a (MD5) / Approved for entry into archive by Vera Lúcia Mourão(vera.mourao@fgv.br) on 2011-06-10T20:38:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 61080200035.pdf: 374766 bytes, checksum: 0ae6d2a483a2809afd04beab2862c95a (MD5) / Approved for entry into archive by Vera Lúcia Mourão(vera.mourao@fgv.br) on 2011-06-10T20:39:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 61080200035.pdf: 374766 bytes, checksum: 0ae6d2a483a2809afd04beab2862c95a (MD5) / Made available in DSpace on 2011-06-10T21:37:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 61080200035.pdf: 374766 bytes, checksum: 0ae6d2a483a2809afd04beab2862c95a (MD5) Previous issue date: 2010-05-10 / The Brazilian Federal Constitution of 1988, following the tendency of former legislative innovations, conferred to the Brazilian Public Prosecution Service an important role on the defense of public interests, among them the right to education. This masters thesis, which identifies and analyzes efforts of the Public Prosecution Service of the state of São Paulo to handle this function, was guided by the hypotheses that the actions of the Public Prosecution Service of the state of São Paulo in questions related to the right to education (i) guarantee the expression of the less empowered population’s interests; and (ii) are guided by a specific institutional strategy of the Public Prosecution Service in this area. The collected data lead to the conclusion that the actions of the Public Prosecutors of the state of São Paulo for the guarantee of the right to education (i) are not guided by an institutional project specifically designed for this area; (ii) vary mostly according to their personal motivations; and (iii) even if they are not guided by an institutional project specifically designed for this area, they have given rise to discussions about the defense of the right to education at the Supreme Court. / A Constituição Federal de 1988, seguindo a tendência de inovações legislativas anteriores, conferiu ao Ministério Público um importante papel na defesa dos interesses sociais, entre eles o direito à educação. Este trabalho, que identifica e analisa ações do Ministério Público do Estado de São Paulo no exercício dessa função, foi norteado pelas seguintes hipóteses: (i) a atuação do Ministério Público na área do direito à educação ocorre no sentido de garantir a expressão de interesses de grupos desfavorecidos economicamente; (ii) essa atuação é guiada por uma política institucional específica do Ministério Público do Estado de São Paulo para a área do direito à educação. Os dados levantados permitem concluir que a atuação dos Promotores de Justiça do Ministério Público do Estado de São Paulo na defesa do direito à educação (i) não é guiada por um projeto institucional especificamente delineado para a área; (ii) varia principalmente de acordo com suas motivações pessoais; e (iii) embora não seja guiada por uma projeto institucional específico para a área do direito à educação, vem pautando as discussões no Supremo Tribunal Federal na defesa desse direito.
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Uso de óleos essenciais e doses de suplemento proteico energético, para bovinos mantidos em pastagens: consumo, digestibilidade aparente dos nutrientes, parâmetros ruminais e crescimento microbiano / Use of essential oils and dose of protein energy supplement for grazing cattle: intake, apparent digestibility of nutrients, ruminal parameters and microbial growth

Santos, Murilo Garrett Moura Ferreira dos 31 January 2019 (has links)
A inclusão de óleos essenciais em suplementos concentrados de bovinos de corte recriados e terminados em pastejo pode melhorar a eficiência da fermentação ruminal, devido às suas propriedades antimicrobianas e terapêuticas. Dois experimentos foram conduzidos para investigar a inclusão de uma mistura de óleos essenciais (MOE; Crina ®) composta por Timol, Eugenol, Vanilina e Limoneno sobre o consumo de forragem e total, digestibilidade aparente dos nutrientes, parâmetros ruminais e o crescimento microbiano. Para a realização do do Experimento 1, 12 bovinos machos não castrados, da raça Nelore com 436 ± 34,14 kg de peso corporal inicial médio (PCI) foram distribuídos em três Quadrados Latinos 4 X 4. Foram avaliadas doses da MOE e os tratamentos consistuídos por: Controle (0 mg), 100 mg, 200 mg e 400 mg de MOE para cada 100 kg peso corporal (PC). Todos os animais receberam suplemento proteico-energético na dose de 0,3% do PC (matéria natural) com os respectivos tratamentos. Os animais foram alocados em um piquete de 2,2 ha de Brachiaria brizantha cv. Xaraés, sob lotação contínua. No Experimento 2, foram utilizados oito bovinos, machos não castrados da raça Nelore com 481,8 ± 28,2 kg de PCI, dispostos em 2 Quadrados Latinos 4 X 4. Foram avaliados 2 aditivos, monensina sódica (Rumensin ®) e MOE+AM (Crina ® combinado com &#945- amilase) para bovinos na fase de terminação em pasto com dois níveis de suplementação (1% x 1,5% do PC). Os tratamentos testados foram: T1) monensina + 1% do PC; T2) monensina + 1,5% do PC; T3) MOE+AM + 1,0% do PC; T4) MOE+AM + 1,5% do PC de suplemento proteico-energético. Os animais foram alocados em um piquete de 2.2 ha de Brachiaria brizantha cv. Xaraés, sob lotação contínua. As análises estatísticas foram conduzidas com a utilização do programa estatístico SAS. No Experimento 1 a inclusão de doses da MOE na dieta não afetou (P>0,10) o consumo e a digestibilidade aparente dos nutrientes, a concentração de AGCC totais, as proporções molares de acetato, propionato, butirato, isobutirato, isovalerato, a relação acetato:propionato e a concentração de N-NH3 no fluido ruminal. Houve efeito linear positivo de doses crescentes da MOE na dieta sobre o pH ruminal e efeito quadrático na proporção molar de valerato. A inclusão de doses de MOE na dieta também não afetou (P>0,10) o N ingerido, N excretado (fezes), N absorvido e a síntese microbiana em bovinos mantidos em pastagens tropicais suplementados com suplemento proteico-energético na dose de 0,3% do PC. No Experimento 2, houve interação entre aditivo e nível de suplemento para todas as variaveis de consumo (kg e %PC) avaliadas (P<0,10). A suplementação com 1,5% do PC aumentou o CMSt, o CMO, CMSD e o CMOD dos animais suplementados com monensina, mas não nos animais suplementados com MOE+AM. Na presença de MOE+AM o nível alto de suplementação (1,5% do PC) causou redução no CMS de forragem e consequentemente no consumo de FDN. As digestibilidades da MS e da PB foram maiores nas dietas com nível de suplementação de 1,5% do PC que nas de 1% do PC (P<0,10) independente do aditivo fornecido. As digestibilidades da MS, MO, FDN e PB foram maiores nas dietas contendo monensina em comparação com MOE+AM, independentemente do nível de suplemento fornecido. A suplementação com MOE+AM resultou em menor pH ruminal, maior concentração 7 molar de AGCC e maior proporção molar de C2 que a monensina (P<0,10). A suplementação com 1,5% do PC reduziu o pH ruminal, a proporção molar de C2, e aumentou a concentração ruminal de N-NH3, a concentração molar de AGCC e a proporção molar de valerato (P<0,10). Houve interação (P<0,10) entre nível de suplemento e aditivo para a proporção molar de C3, de isobutírico, de isovalérico e para a relação C2:C3. Tanto a monensina quanto o nível alto (1,5% PC) de suplementação aumentaram a proporção molar de C3, entretanto, não houve diferença entre os tratamentos monensina + 1,0% PC e MOE+AM + 1,5% PC. A relação C2:C3 foi reduzida tanto pela monensina quanto pelo nível de suplementação de 1,5% PC, entretanto, o efeito da monensina só ocorreu em combinação com suplementação a 1,0% PC. A suplementação com MOE+AM aumentou (P<0,10) a eficiência e a produção de proteína microbiana em comparação com a monensina, enquanto o nível de suplementação não teve efeito (P>0,10) sobre esses parâmetros. / The inclusion of essential oils in supplements for growing and finishing grazing cattle can improve the efficiency of ruminal fermentation due to its antimicrobial and therapeutic properties. Two experiments were conducted to investigate the effects of of the inclusion of a mixture of essential oils (EOM; Crina®) composed of Timol, Eugenol, Vanillin and Limonene in supplements for grazing beef cattle on forage intake, total dry matter intake, apparent digestibility of nutrients, ruminal parameters and microbial growth. In Experiment 1, twelve Nellore bulls with IBW of 436 ± 34.14 kg were alloted to three 4 X 4 Latin Squares. Four doses of EOM were evaluated: Controll (0 mg), 100 mg, 200 mg e 400 mg for every 100 kg of body weight (BW). All the animals were fed an energy-protein supplement at 0.3% BW (AF). The animals grazed a 2.2 ha paddock of Brachiaria brizantha cv. Xaraés, under continuous stocking. In Experiment 2, eight Nellore bulls with IBW of 481.8 ± 28.2 kg, were allotted to two 4 x 4 Latin Squares. Two feed additives, monensin (MON; Rumensin®) and a mixture of essential oil (EOM+AM; Crina® combined with exogenous &#945-amylase), were compared for grazing cattle fed an energy-protein supplement at 1.0 or 1.5% of BW (AF). Treatments were: MON+1%, M+1.5%, EOM+1.0% and EOM+1.5%. The animals grazed a 2.2 ha paddock of Brachiaria brizantha cv. Xaraés, under continuous stocking. Statistical analyzes were performed using the SAS statistical program. In Experiment 1, doses of EOM had no effect (P>0.10) on DMI, apparent digestiibility of nutrientes, ruminal concentration of SCFA, molar concentrations of acetate, propionate, butirate, isobutirate, isovalerate, the C2:C3 ratio and on the rumen concentration of N-NH3. There was a positive linear effect (P<0.10) of doses of EOM on rumen pH and a quadratic effect (P<0.10) on proportion of valerate. The EOM had no effect (P<0.10) on N ingested, N excreted, N absorbed and on microbial synthesis and efficiency. In Experiment 2, there was interaction between feed additive and supplement level for all consumption variables (kg and% BW) evaluated (P <0.10). Supplementation with 1.5% of BW increased DMI, OMI, DDMI and DOMI of animals supplemented with monensin, but not in animals supplemented with EOM+AM. In the presence of EOM+AM, the high level of supplementation (1.5% of CP) caused a reduction in forage DMI and consequently in the consumption of NDF. The digestibilities of DM and CP were greater for cattle supplemented at 1.5% of BW than at 1.0% of BW (P<0.10) regardless of the feed additive. The digestibilities of DM, OM, NDF and CP were greater in diets containing monensin compared to EOM+AM, regardless of the supplement level provided. The supplementation with EOM+AM resulted in lower ruminal pH, greater molar concentration of total VFA and greater molar proportion of C2 than monensin (P<0.10). Feeding supplement at 1.5% of BW decreased rumen pH, molar proportion of C2, and increased the concentration of rumen N-NH3, total VFA and the molar proportion of valerate (P<0.10). There was interaction (P<0.10) between feed additive and level of supplement for molar proportion of C3, isobutyrate, isovalerate and for the C2:C3 ratio. Both monensin and the high level of supplement (1.50% of BW) increased ruminal proportion of C3, however, there was no difference between the treatments monensin + 1.0% of BW and EOM+AM + 1.5% of BW. The ratio C2:C3 was decreased by both monensin and supplement fed at 1.50% of BW, 9 however, the monensin effect occurred only when combined with supplement fed at 1.0% of BW. The EOM+AM increased (P<0.10) the efficiency and production of microbial protein compared with monensin, while the level of supplement had no effect (P>0.10) on those parameters.
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Isolamento e caracterização de promotores de genes constitutivos de Citrus sinensis / Isolation and characterization of constitutive gene promoters from Citrus sinensis

Erpen, Lígia 07 April 2017 (has links)
A transformação genética é uma alternativa ao melhoramento convencional de citros que permite a modificação de genótipos pela introdução de um ou mais genes oriundos de organismos semelhantes ou filogeneticamente distantes do hospedeiro. Os genes transferidos para espécies de interesse devem ser controlados por promotores, os quais regulam a expressão gênica de forma temporal, espacial e na magnitude desejada. Na maioria dos casos, os genes são expressos de forma constitutiva utilizando o promotor CaMV35S isolado do Vírus do Mosaico da Couve Flor. No entanto, o desenvolvimento de novas abordagens de transformação de plantas (cisgenia e intragenia), que fazem o uso de genes e sequências regulatórias derivadas da mesma espécie ou espécies relacionadas, requer a disponibilidade de elementos genéticos, incluindo promotores constitutivos, isolados de citros. Assim, o objetivo do trabalho foi clonar e caracterizar promotores constitutivos de Citrus sinensis. Para isso, a região promotora dos genes Fator de elongação 1-&alpha; (CsEF1), Gliceraldeido-3-fosfato-desidrogenase C2 (CsGAPC2) e Cyclofilina (CsCYC) foi isolada e avaliados pela fusão ao gene repórter uidA. A funcionalidade dos três promotores foi confirmada por ensaio histoquímico da atividade GUS em folhas, caules e raízes de plantas transgênicas de citros cv. \'Hamlin\'. A análise de RT-qPCR mostra que a expressão do gene uidA sob controle dos promotores CsCYC, CsGAPC2 e CsEF1 correspondeu a uma atividade aproximada de 64%, 58% e 47%, respectivamente em comparação com o promotor CaMV35S. A análise in silico dos promotores CsGAPC2, CsCYC e CsEF1 mostra que a atividade de cada um é controlada por uma série de putativos elementos cis-regulatórios. A sequência completa e versões truncadas originadas a partir de deleções em cada promotor foram fundidas ao gene uidA e analisadas em plantas transgênicas de Nicotiana benthamiana pelo ensaio histoquímico e fluorimétrico da atividade GUS. As análises de deleções não causaram perda de função dos promotores em estudo, mas afetaram a expressão gênica nos promotores CsGAPC2 e CsEF1. Os promotores isolados representam bons candidatos a serem utilizados em trabalhos de transformação genética de citros. / Genetic transformation is an alternative to citros conventional breeding that allows the modification of genotypes by the introduction of one or more genes derived from different organisms that can not be crossed by natural means. The transferred genes to the species of interest are controlled by promoters, which regulate a gene expression temporally, spatially and in the desired magnitude. In most cases, the introduced genes have been constitutively expressed using the CaMV35S promoter obtained from the cauliflower mosaic virus. However, the development of novel plant transformation approaches (cisgenesis and intragenesis) imply the use of genetic material from the same species or from closely related species capable of sexual hybridization, which requires the isolation of genetic elements, including citros constitutive promoters. The objective of this study was clone and characterize Citrus sinensis constitutive promoters. For this, the promoter region of the genes Elongation Factor 1-&alpha; (CsEF1), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase C2 (CsGAPC2) and Cyclofiline (CsCYC) was isolated and evaluated by fusion to the uidA reporter gene. The functionality of three promoter was confirmed by histochemical GUS assay in leaves, stems and roots of transgenic citrus plants cv. \'Hamlin\'. RT-qPCR analysis revealed that uidA gene expression under control of the CsCYC, CsGAPC2 and CsEF1 promoters was approximately 64%, 58% and 47% expression compared with the CaMV35S promoter. In silico analysis of the CsGAPC2, CsCYC and CsEF1 promoters displays their activity is controlled by a series of putative cis-regulatory elements. The full length promoter and truncated versions originated from deletions in promoters sequences were fused to the uidA gene and analyzed in Nicotiana benthamiana transgenic plants by histochemical and fluorimetric GUS assay. Deletion analysis did not cause loss of function on any of the promoters, but affected the gene expression on CsGAPC2 and CsEF1 truncated versions. The isolated promoters represent good candidates to be used in citros genetic transformation.
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Estudo comparativo de promotores de micobactérias utilizando GFP como gene repórter para o desenvolvimento de vacinas de BCG recombinante. / Comparative study of mycobacterial promoters using GFP as a reporter gene for the development of recombinant BCG vaccines.

Nascimento, Larissa Vilela 07 August 2015 (has links)
BCG é uma das vacinas mais usadas no mundo. Avanços na manipulação genética têm permitido o seu uso como carreador de antígenos heterólogos, porém o aprimoramento dos sistemas de expressão se faz necessário, sendo o promotor um importante elemento, uma vez que regula o nível de produção do antígeno, induzindo uma resposta imunológica adequada. Avaliamos a atividade de diferentes promotores de micobactérias, como o PAg, PAN, PBlaF*, Phsp60 e um promotor ainda não caracterizado do micobacteriófago L5, usando o gene gfp como repórter da expressão, todos clonados no vetor extracromossomal, pLA71. Foi possível avaliar as cepas de M. smegmatis e BCG fluorescentes para quase todas as construções e alguns plasmídeos pLA71-p mostraram características diferentes dependentes da micobactéria transformada. Numa escala de força de expressão, os diferentes promotores se apresentaram como fraco (pLA71-PAN-gfp), médio (pLA71-PBlaf*-gfp) e forte (pLA71-Phsp60-gfp). Os rBCG foram usados para infecção de macrófagos e a atividade dos promotores não foi afetada após a internalização. Para ensaio de localização, camundongos foram inoculados com BCG e foi possível confirmar a presença de colônias (recombinantes ou não) nos pulmões após 1 e 3 dias de inoculação, por plaqueamento em meio sólido e por microscopia confocal. / BCG is one of the most widely used vaccines in the world. Advances in genetic manipulation have allowed their use as a carrier for heterologous antigens, however the improvement of systems of expression is necessary, the promoter being an important element, since it regulates the expression level of the antigen, inducing an adequate immune response. We evaluated the activity of different promoters of mycobacteria, such as PAg, PAN, PBlaF* and Phsp60, and the not yet characterized promoter of the micobacteriophage L5, using GFP as a reporter gene expression activity, all cloned in the extrachromosomal vector, pLA71. It was possible to evaluate promoters in the M. smegmatis and BCG strains, fluorescent for almost all constructions and some pLA71-p plasmids showed different characteristics dependent on the transformed mycobacterium. The different promoters showed expression levels as weak (pLA71-PAN-gfp), medium (pLA71-PBlaf*-gfp) and strong (pLA71-Phsp60-gfp). The rBCG were used for infection of macrophages and the activity of the promoters wasnt affected after internalization. For BCG location test, mice were inoculated and it was possible to confirm the presence of colonies (recombinant or not) in the lungs after 1 and 3 days after inoculation by plating on solid medium and by confocal microscopy.
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Clonagem de promotores de cana-de-açúcar e análise do transcriptoma de genótipos segregantes para teor de sacarose / Cloning of sugarcane promoters and transcriptome analysis of genotypes segregating for sugar content

Andrade, Rodrigo Fandiño de 23 November 2012 (has links)
A cana-de-açúcar é uma gramínea com fotossíntese do tipo C4, com capacidade de acumular sacarose nos colmos em quantidades que excedem 50% de seu peso seco, característica única no reino vegetal (Moore, 1995). Sacarose e seu derivado mais importante, etanol, são dois produtos de grande importância mundial. Assim, o teor de sacarose em cana tem fundamental importância no aumento da produtividade dessas duas commodities. O melhoramento clássico parece ter alcançado seu limite, já que incrementos expressivos no teor de sacarose em novas variedades não têm sido observados e tudo aponta para a necessidade de estudos que levem a uma maior compreensão dos mecanismos moleculares associados à produção, transporte e acúmulo de sacarose em cana (Casu et al., 2005; Moore, 1995). Procurar seqüências promotoras de genes de interesse é importante para a obtenção de transgênicos, já que promotores constitutivos não apresentam resultados satisfatórios em cana (Lakshmanan et al., 2005). É também objetivo aqui hibridar mRNA de genótipos de cana-de-açúcar com segregação para acúmulo de sacarose, em uma plataforma customizada de oligos (Agilent), com aproximadamente 44k elementos, que compõe uma representatividade gênica não alcançada em esforços anteriores com microarranjos de cDNA. Genome walking foi a técnica utilizada na obtenção de regiões à montante do primeiro éxon, predito in silico, para três proteínas quinase de interesse, SASGMS11561, SASGMS16343 e SASGMS09047, que se mostraram moduladas em experimentos anteriores de hibridação com amostras segregantes para conteúdo de sacarose. Foi obtido sucesso nos três casos, tendo os fragmentos de DNA sido seqüenciados e oportunamente alinhados à montante dos correspondentes genes ortólogos em sorgo, bem como ao banco ainda em construção de contigs do genoma de cana-de-açúcar, obtidos por shotgun. A plataforma Agilent, com seus 43803 SAS únicos, mostrou-se uma ferramenta muito adequada para as hibridações de genótipos de mais alto Brix contra genótipos de mais baixo Brix. Um total de 569 genes diferencialmente expressos foram obtidos em pelo menos uma das três hibridações realizadas. Um grupo de genes, de diferentes categorias e perfis de modulação, foi validado por PCR em tempo real, obtendo uma taxa de aproximadamente 90%. Apesar do grande número de SAS diferencialmente expressos, por volta de 70% dos mesmos ainda se encontram não categorizados, seja por falta de similaridade de seqüência em bancos de dados de organismos próximos ou pela alta complexidade e esforço prático na cura desse processo de categorização manual. Assim, três fragmentos de seqüências promotoras para três proteínas quinase de interesse foram obtidos e seqüenciados, como parte dos esforços do grupo em formar um catálogo de promotores específicos para cana-de-açúcar. Um grupo de genes foi analisado dos resultados das hibridações por seus papéis relevantes nos processos que levam ao maior teor de sacarose em cana, devidamente corroborados por trabalhos do próprio grupo, bem como de outros / Sugarcane is a C4 plant with the unique characteristic of being capable of accumulating sucrose in its culms in quantities that exceed 50% of its dry weight (Moore, 1995). Sucrose and ethanol are highly valued products in the world of today. Sucrose content is a trait with fundamental importance in the on-going process of increasing productivity of these two sugarcane byproducts. Classic improvement of sugarcane seems to have reached its practical limits, given that it has become increasingly harder to obtain varieties with increased sugar content. This obstacle points towards the necessity of better comprehension of the molecular mechanisms associated to the production, transport and accumulation of sucrose in sugarcane (Casu et al., 2005; Moore, 1995). The search for promoter sequences of genes of interest is crucial for the production of transgenic lines, since the use of constitutive promoters in sugarcane has been highly problematic, leading to unsatisfactory results in most cases (Lakshmanan et al., 2005). Another objective was to hybridize sugarcane genotypes with contrasting sugar content in a customized Agilent oligo platform, containing approximately 44k elements, which signifies the best effort so far regarding gene representativeness. Genome walking was the chosen technique to obtain upstream regions of the first in silico predicted exon of three proteins kinases of interest, SASGMS11561, SASGMS16343 and SASGMS09047, all of them selected from previous hybridization experiments with contrasting sucrose content samples. Success was achieved in all three cases, and the obtained fragments were sequenced and aligned to their respective syntenic region on the sorghum genome as well as on contigs from an increasingly larger bank of genomic sugarcane sequences, from our group, which has been acquired using the shotgun sequencing method. The Agilent platform, with its 43803 unique sugarcane assembled sequences (SAS), has proven valuable as a powerful high scale tool for the hybridization of genotypes with contrasting Brix values (high versus low Brix). A total of 569 differentially expressed genes were obtained from at least one of the three experiments accomplished. A group of genes from different categories and modulation profiles was depicted and validated through real time PCR, with an approximate validation rate of 90%. Although the number of differentially expressed genes is high, around 70% of them is still uncategorized, mostly because of their unique identity and therefore lack of reference organisms to compare with and the high complexity and laboriousness of categorizing them manually. In summary, three promoter fragments from three different protein kinases of interest were obtained and sequenced, as a part of a greater effort to create a sugarcane promoter sequence catalogue. From the hybridization assays, a group of genes were analyzed, due to their putative importance in the processes that lead to a higher sucrose content in sugarcane, also corroborated by previous studies from our group as well as from others.
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Avaliação do desempenho de Suínos Alimentados com Mananoligossacarídeos (MOS) / Effects of mannan oligosaccharides on gilts and litters performance

Horta, Felipe de Conti 21 August 2009 (has links)
O presente estudo buscou avaliar os efeitos dos Mananoligossacarídeos (MOS) como aditivo alimentar no desempenho de primíparas suínas em final de gestação e em lactação, bem como no desempenho e na saúde dos leitões até os 65 dias de idade. O experimento foi realizado no Laboratório de Pesquisa em Suínos (VNP-FMVZ-USP) Pirassununga SP. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado em arranjo fatorial de tratamentos, sendo um fator o fornecimento dos MOS para fêmeas e o segundo para os leitões. Foram utilizadas 17 primíparas prenhes, tratadas a partir de 81 &plusmn;1,36 dias de gestação com 0,2% de MOS na dieta. Aos 82 &plusmn; 1,36 dias de gestação as fêmeas foram submetidas à coleta de sangue e à vacinação contra rinite atrófica progressiva, sendo pesadas quinzenalmente até a transferência para a maternidade, aos 109 &plusmn; 1,36 dias de gestação. Na segunda quinzena as fêmeas tratadas apresentaram uma vantagem numérica no ganho de peso médio diário (P=0,063). Durante o parto foram colhidas amostras de sangue e colostro para titulação de anticorpos contra o antígeno vacinal, sendo consideradas positivas 66,67% das fêmeas MOS e 42,86% das fêmeas controle. Os leitões aleitados por fêmeas tratadas tiveram um maior ganho numérico de peso na primeira semana (p=0,0614), significativo na segunda semana (p=0,047). Na terceira semana foi introduzido o segundo fator através do oferecimento de alimento sólido (0,4% de MOS). No período total, do nascimento aos 21 dias, foi observada uma vantagem numérica (p=0,0989) no ganho de peso a favor dos leitões de fêmeas MOS. As fêmeas, contudo, não diferiram quanto à variação de peso ou consumo durante a fase de lactação. Aos 23 &plusmn; 1,91 dias de idade dos leitões foi realizado o desmame abrupto com a transferência dos leitões para unidade de creche, onde foram alojados em gaiolas para 4 animais. O peso ao desmame foi maior nos leitões aleitados por fêmeas tratadas (p<0,0001), bem como em todas as pesagens semanais até a quinta semana pós-desmame. O consumo na primeira semana sofreu influência da suplementação de MOS nas fêmeas e do maior peso à desmama se mostrando superior nesses animais (P=0,049) influenciando diretamente o ganho de peso, superior na segunda semana (p=0,002). O MOS para os leitões aumentou o consumo de alimento (p=0,0784), e a conversão alimentar na segunda semana (p=0,0103). Aos 14 dias pós-desmame foram colhidas amostras de sangue para hemograma e realizada a aplicação oral de 108 UFC de Salmonella Typhimurium. Foram observadas diariamente a consistência das fezes por 28 dias e aferidas as temperaturas retais por 9 dias. Leitões tratados com MOS e os leitões oriundos de fêmeas MOS tenderam a apresentar o pico de hipertermia mais cedo que os demais (p=0,0629 e p=0,0976, respectivamente) e os leitões alimentados com MOS tenderam a ter uma temperatura de pico mais baixa (p=0,0989). Na última semana os leitões de fêmeas MOS apresentaram um maior consumo (p=0,0007) e uma incidência de Salmonella numéricamente inferior em linfonodos mesentéricos e nas fezes colhidas aos 36 dias pós-desafio. Pode-se concluir que a suplementação de MOS para primíparas prenhes e lactentes pode melhorar o desempenho e a saúde entérica de seus leitões nas fases de aleitamento e creche. / The present study evaluated the effects of mananoligossacarides (MOS) as a feed additive on the performance of primiparous sows in late gestation and lactation, as well as on performance and health status of their progeny up to 65 days of age. The experiment was conducted in the Laboratory of Swine Research (FMVZ/USP) Pirassununga SP. For this purpose a completely random factorial design was used, factors which corresponded to (1) feeding sows with MOS and (2) feeding piglets with MOS, characterizing 4 treatments: MM Feeding MOS to both sows and piglets, MC Feeding MOS only to the sows, CM Feeding MOS only to piglets, CC Control diets for both sows and piglets. A total of seventeen pregnant gilts were used, and divided into 2 groups: MOS (n=9) and Control (n=8). MOS gilts had 0,1% MOS added to their diets from 81 &plusmn; 1,36 days of gestation onward. On day 82 &plusmn; 1,36 blood was collected and vaccination against Progressive Atrophic Rhinitis was conducted. Animals were weighted biweekly until 109 &plusmn; 1,36 days of gestation, when transference to the farrowing unit was conducted. Between the first and second weighing, MOS gilts show a numerical advantage in daily weight gain (p=0,063). At farrowing, blood and colostrum samples were collected for determination antibodies titles against vaccine antigen, being considered positive 66,67% and 42,86% of MOS and Control sows, respectively. Piglets nursed by MOS sows had a numerical advantage in weight gain in the first week (p=0,0614), with statistical significance in the second week (p=0,047). On the third week, the second factor was introduced by the offering of solid feed (0,4% MOS). During the suckling period, from birth to 21 days of age, a numerical advantage in weight gain was observed for MOS sows piglets (p=0,0989). The sows themselves did not differ in weight change or feed consumption. At 23 &plusmn; 1,91 days of age, weaning was conducted, as piglets were transferred to nursing facilities and allocated in pens of 4 animals. Weight of MOS sows piglets was higher at weaning (p<0,001) and until the 5th week port-weaning. Feed consumption was affected by MOS supplementation of sows and by the higher weaning weight (p=0,0049), directly influencing weight gain, which was superior in the 2nd week. Feeding MOS to piglets enhanced feed consumption (p=0,0784) and feed conversion (p=0,0103) on the 2nd week. At 14 days of age, blood samples were collected for hemogram analysis and an oral dose of 108 CFU of Salmonella Typhimurium administered. Fecal consistency and rectal temperature were evaluated for 28 and 9 days, respectively. Piglets treated with MOS and MOS sows\' piglets tended to show a peek of hyperthermia earlier (p=0,0629 e p=0,0976, respectively). Piglets fed with MOS tended to show a lower temperature peek (p=0.0989). In the last week, MOS sows\' piglets show a higher feed consumption (p=0.0007) and a numerically inferior Salmonella incidence in mesenteric lymph nodes and feces 36 days after the bacterial challenge. In conclusion, supplementing primiparous sows with MOS during gestation and lactation can enhance their body weight gain and the performance and intestinal health of the offspring during the suckling and nursing period.
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Identificação de genes e promotores relacionados ao estresse de seca em cana-de-açúcar e obtenção de plantas transgênicas / Identification of genes and promoters related to drought stress in sugarcane and the generation of transgenic plants

Horta, Carolina Gimiliani Lembke 22 April 2013 (has links)
A cana-de-açúcar possui uma característica única entre as plantas de interesse econômico mundial: a capacidade de acumular altos níveis de sacarose no colmo. No Brasil, em virtude do aumento da demanda interna e mundial por fontes energéticas renováveis, é nítida a expansão da cultura canavieira para regiões menos propícias para cultivo, como as regiões secas do centro-oeste brasileiro. O déficit hídrico é um dos principais agentes que afetam o desenvolvimento das plantas e a obtenção de variedades melhor adaptadas é fundamental para a sustentabilidade e expansão da agroindústria canavieira. Neste sentido, genes regulados por seca são alvos importantes para a obtenção de plantas transgênicas mais tolerantes ao estresse. Como a expressão constitutiva do transgene pode causar efeitos indesejáveis nas plantas transgênicas, também é necessária a identificação de promotores induzíveis pelo estímulo ambiental. O objetivo deste trabalho é a identificação de genes e sequências promotoras reguladas pela seca em cana-de-açúcar que, além de contribuir com o entendimento dos mecanismos envolvidos na tolerância ao estresse, podem ser utilizados como alvos para obtenção de plantas transgênicas mais resistentes. Para a identificação de genes diferencialmente regulados por seca, utilizamos diferentes plataformas de microarranjo: SUCAST (com 1.830 genes relacionados à transdução de sinal), SUCAMET (com 4.594 genes relacionados a metabolismo) e CaneRegNet (com sondas para a identificação de transcritos senso e antisenso que correspondem a 14.522 genes únicos). Nestas plataformas, analisamos a expressão dos genes de quatro variedades de cana-de-açúcar, duas tolerantes e duas sensíveis à seca, submetidas a 24, 72 e 120 h de déficit hídrico. Dos genes diferencialmente expressos (alguns identificados como transcritos pelas fitas senso e/ou antisenso), 53 foram selecionados para validação por PCR em tempo real. As regiões promotoras de quatro dos genes selecionados foram identificadas por meio das técnicas de andamento cromossômico, de seleção e sequenciamento de cromossomos artificiais de bactéria contendo DNA de cana-de-açúcar e de análise de contigs obtidos por Whole Genome Shotgun. Sete sequências promotoras foram selecionadas e clonadas em um vetor contendo o gene repórter gus. As atividades promotoras destas sequências foram testadas e verificadas em transformações transientes de calos embriogênicos de cana-deaçúcar. Para obtenção de plantas de cana-de-açúcar transgênicas, selecionamos o gene induzido por seca que codifica uma PP2C. Através da transformação de calos embriogênicos de cana-de- açúcar com vetor de silenciamento de pp2c, obtivemos algumas plantas com expressão de pp2c reduzida. O transcriptoma das plantas transgênicas foi avaliado. Em comparação com plantas controles e em condições normais de irrigação, identificamos 352 transcritos com expressão alterada. As plantas transgênicas com pp2c silenciado e plantas controles também foram estudadas num experimento de supressão de rega. Os dados fisiológicos e as observações morfológicas demonstraram que um dos eventos transgênicos apresentou tolerância à seca. A comparação do transcriptoma das plantas irrigadas contra as submetidas à seca e da planta tolerante contra não tolerantes ao estresse mostrou que diversos genes estavam diferencialmente regulados, inclusive aqueles envolvidos na sinalização por ABA, via no qual o gene pp2c atua. / Sugarcane has a unique characteristic among crop plants in the world: the ability to accumulate high levels of sucrose in its stems. In Brazil, due to the local and global increasing demand for renewable energy sources, it is notable the expansion of sugarcane cultivation to areas less favorable for cultivation, such as the dry regions of central-western Brazil. Water deficit is one of the main agents that affect plant development. The production of better varieties is critical to the sustainability and expansion of the sugarcane industry. In this way, genes regulated by drought are important targets for obtaining transgenic plants tolerant to stress. Since transgene constitutive expression may cause unwanted effects in transgenic plants, it is also important to identify of stress inducible promoters. The goal of this work is the identification of genes and promoters regulated by drought in sugarcane that, in addition to contributing to the understanding of the mechanisms involved in stress tolerance, can be used as targets for the production of transgenic plants more resistant to water stress. For the identification of genes differentially expressed in response to drought, we have used different microarray platforms: SUCAST (contains 1,830 genes related to signal transduction), SUCAMET (contains 4,594 genes related to metabolism) and CaneRegNet (contains probes for the identification of sense and antisense transcripts that correspond to 14,522 unique genes). In these platforms we analysed gene expression of four different sugarcane varieties, two tolerant and two sensitive to drought, after 24, 72 and 120 h of water deficit. From the genes differentially expressed (some transcribed by the sense and/or antisense strand), 53 were selected for qPCR validation. Promoter regions of four genes were identified by Chromosome Walking, selection and sequencing of BACs and the analyses of Whole Genome Sequencing contigs. Seven promoter sequences were selected and cloned into a vector containing the gus reporter gene. Promoter activity was tested and verified through the transient transformation of sugarcane embryogenic calli. For sugarcane transgenics production we selected the drought-induced pp2c gene. Through the transformation of sugarcane embryonic calli with a vector for pp2c silencing we obtained transformed plants with pp2c gene expression reduced. The transcriptome of transgenic plants was analysed. In comparison with control plants and in irrigated conditions, we identified 352 differentially expressed transcripts. Transgenic plants with silenced pp2c and control plants were studied in a pilot drought experiment. Physiological data and morphological observations indicated that one of the transgenic events presented tolerance to drought. The comparison between irrigated and drought plants and between tolerant and no tolerant showed that a large number of genes was differentially regulated including genes related to the ABA signaling, pathway in which pp2c acts.
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Reconhecimento e predição de promotores procarióticos: investigação de uma metodologia in silico baseada em HMMs

Reis, Adriana Neves dos 03 March 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-05T13:53:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 3 / Universidade do Vale do Rio dos Sinos / A expressão dos genes em procariotos é desencadeada quando a enzima RNApolimerase interage com uma região adjacente ao gene, chamada de promotor, onde se encontram os principais elementos regulatórios do processo de transcrição. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais em biologia molecular, caracterizar e identificar um número significante de promotores, presentes em um dado genoma, continua sendo uma tarefa demorada e cara. Abordagens in silico são bastante utilizadas para reconhecer essas regiões em procariotos. Entretanto, além do alto número de falsos positivos obtidos, elas enfrentam a inexistência de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método criterioso e confiável para predizêlos em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. Esta dissertação propõe um protocolo de uso de hidden Markov models (HMMs) que emprega Estimação de Limiar de Decisão (ELD) e Análise de Discriminação (AD) neste problema. Quatro espécie / Gene expression on prokaryotes initiates when the RNA-polymerase enzyme interacts with DNA regions called promoters. In these regions are located the main regulatory elements of the transcription process. Despite the improvement of in vitro techniques for molecular biology analysis, characterizing and identifying a great number of promoters on a genome is a complex task. In silico approaches are usually employed to recognize theses regions on prokaryotes. Nevertheless, the main drawback is the absence of a large set of promoters to identify conserved patterns among the species. Hence, a in silico method to predict them on any species is a challenge. This work proposes a protocol to use hidden Markov models (HMMs) methodology with Decision Threshold Estimation and Discrimination Analysis on this problem. Four prokaryotic species are investigated (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Helicobacter pylori e Helicobacter hepaticus). The influence of different aspects in the recognition and prediction are examined:
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Avaliação do potencial da monensina em predispor o acúmulo hepático de cobre em ovinos / Evaluation of monesin potential in the predisposition of liver cooper accumulation in sheep

Rodrigues, Frederico Augusto Mazzocca Lopes 15 September 2014 (has links)
Objetivou-se avaliar a influência da monensina sódica sobre o acúmulo hepático de cobre em ovinos. Haja vista, que ionóforos podem alterar a absorção, disponibilidade e distribuição tecidual de minerais em muitos tecidos do organismo. Foram utilizados 24 ovinos mestiços das raças Santa Inês x Dorper com média de três meses de idade e peso medio de 30 kg ao início do experimento, que receberam dieta basal calculada em 2,75% do peso corpóreo, sendo 50% de concentrado comercial (7,13 ppm de Cu) e 50% de feno de capim coast-cross (3,72 ppm de Cu) e 10 gramas de sal mineral (5,9 ppm de Cu). Os cordeiros foram distribuídos em quatro grupos distintos, sendo: Controle apenas dieta basal; Monensina (Mon) - dieta basal e 30 ppm de monensina sódica; Cobre (Cu) - dieta basal acrescida de 10 mg/kg P.V./dia de cobre, na forma de sulfato de cobre pentahidratado; e grupo Monensina+Cobre (MonCu) - dieta basal acrescida de 10 mg/kg P.V./dia de cobre e 30 ppm de monensina sódica. O período experimental teve duração de 14 semanas. Foram coletadas amostras de figado e bile no início por biópsia, e ao final do experimento por necropsia, para determinação de minerais, assim como amostras semanais de sangue para avaliação bioquímica, hematológica e mineral. Foi realizada análise estatística por meio de fatorial 2x2 considerando como fatores a inclusão ou não de cobre e monensina na dieta. Somente um animal apresentou quadro clínico de intoxicação cúprica acumulativa. As concentrações de cobre no fígado no início do experimento variaram entre 243,8 e 345,4 ppm não havendo diferença entre os grupos experimentais. As concentrações médias e desvios-padrão em ppm do cobre hepático ao final do experimento foram 3.363 ± 576 para o grupo MonCu; 2560 ± 524 para o grupo Cu; 562 ± 168 para o grupo Mon e 253 ± 131 para o grupo Controle. Ao final do estudo a concentração de cobre hepático foi influenciada pela suplementação com cobre (P = 0,0001) e monensina (P = 0,0003). Os grupos suplementados com cobre tiveram redução dos teores de ferro hepático (P = 0,0287) e aumento das concentrações de cobre na bile. A avaliação bioquimica demonstrou elevação da atividade sérica da GGT e AST (P < 0,05) nos grupos Cu e MonCu a partir da décima primeira semana do experimento em relação aos grupos Controle e Mon. O aumento da atividade destas enzimas foram influenciadas pela suplementação de cobre (P = 0,0340), enquanto os grupos suplementados com monensina apresentaram menores valores de creatinina quinase. Os resultados obtidos permitem concluir que a monensina interfere positivamente com o acúmulo hepático de cobre sendo que a sumplentação deste aditivo pode predispor a quadros de intoxicações cúprica em ovinos. / The aim of this study was to verify if monensin can change the accumulation of cooper in the liver of sheep, in view of ionophores can alter the absorption, availability, tiissue distribution of many minerals in the body. Twenty four crossbred Dorper X Santa Inês lambs wiht mean age of 3 months and wheitgh 30 kg at the begining of trial recived a basal diete calculated by 2,75% of body wheigth of 50% concentrade (7,13 ppm of Cu) and 50% cost-cross hay (3,72 ppm of Cu) and 10 g of mineral salt (5,9 ppm of Cu). Lambs were randomly distributed in four groups: Control: basal diet, Mon Group reciving basal diet plus 30 mg of monensin; Cu group: basal diet plus 10 mg Cu B.W of CuSO4.5H2O solution; Group CuMon: basal diet plus 30 mg of monensin and 10 mg of Cu B.W. The exeperimental period lasted for fourteen weeks. Liver samples were obtined by liver biopsy initially and at the end by necropsy when lambs were slaughterd. Blood samples were obtained weekly for determination of biochemical, hematological and mineral. Statistical analysis using a 2x2 factorial was conducted considering the factors copper and monensin in the diet and the interaction between them to evaluate the hepatic copper at the beginning and at the end of the study. Only one of animal of group MonCu exhibit clinical sings of copper toxicosis. Copper concentrations in the liver at the beginning of the experiment ranged between 243,8 and 345,4 ppm with no difference between experimental groups. Mean concentrations and standard deviations in ppm of hepatic copper at the end of the experiment were 3,363 ± 576 for MonCu group; 2560 ± 524 for Cu group; 562 ± 168 for the Mon group and 2538 ± 131 for the control group. At the end of the study liver concentrations and total hepatic copper accumulation were influenced both by the amount of dietary copper (P = 0.0001) and of monensin (P = 0.0003). The groups supplemented with copper had reduced levels of hepatic iron (P = 0.0287) and increased concentrations of copper in the bile. The biochemical evaluation demonstrated elevated serum AST and GGT activity (P <0.05) with Cu and MonCu from the eleventh week of the experiment compared to the control groups and Mon. The increased activity of these enzymes were influenced by copper supplementation (P = 0.0340), while group monensin had lower values of creatinine kinase. The results indicate that monensin interferes positively with hepatic copper accumulation and supplementation of this additive can predispose cupric poisoning in sheep.

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