A implementação de programas de controle de salmonela em suínos, com objetivo de diminuir os riscos de infecção alimentar em humanos, exige métodos rápidos e baratos para medir a intensidade da infecção, bem como reduzir seus fatores de risco. A partir disso, desenvolveu-se um teste de ELISA, utilizando antígeno lipopolissacarídeo do sorovar Typhimurium, pela sua similaridade antigênica com os sorovares prevalentes em suínos no Rio Grande do Sul. O teste padronizado foi utilizado na determinação da soroprevalência em 65 rebanhos suínos, os quais participaram de estudo para identificação de fatores de risco. As granjas foram classificadas em três categorias de soroprevalência, baixa (até 40%), média (40-70%) e alta (mais de 70%) prevalência, estabelecidas como variável explicada. As respostas do questionário contituíram as variáveis explicativas. Aquelas associadas à variável explicada pelo teste de χ2 (p ≤ 0,1) foram submetidas à análise fatorial de correspondência múltipla (AFCM). Paralelamente, foram avaliados seis desinfetantes (amônia quaternária, glutaraldeído, iodóforo, hipoclorito de sódio (1 e 0,1%), fenol e ácido peracético) frente a amostras de Salmonella Typhimurium isoladas de suínos. Os produtos foram testados na presença e ausência de matéria orgânica, sob duas diferentes temperaturas e, posteriormente, frente a 8 isolados com diferentes perfis de resistência antimicrobiana, por um tempo de contato de 5 minutos. O teste de ELISA identificou a soroconversão nos animais inoculados (7 dias p.i.) e contatos (21 dias p.i.), bem como o aumento no número de animais positivos após infecção natural (28,6% para 76,9%). A sensibilidade e a especificidade do teste foram respectivamente de 92 e 100%. Após adaptações para suco de carne, estabelecendo o soro como referência, a sensibilidade do teste para suco de carne foi de 88,12% e a especificidade 70,43%. Em análise de concordância entre os testes, o índice kappa foi de 5,78, com p=0,002 no teste MacNemar. A AFCM identificou a associação da maior soroprevalência com o seguinte grupo de variáveis: nas granjas terminadoras, uso de ração peletizada, distribuição de dejetos a menos de 100m do local de captação de água, não utilização de comedouro do modelo comedouro/bebedouro, transporte com freteiro misturando animais de várias granjas; enquanto nas granjas de ciclo completo apareceram ingredientes de ração desprotegidos de outros animais, ausência de controle de roedores, ração seca, ausência de cerca, não uso da pintura com cal após lavagem e desinfecção e a entrada de outras pessoas além do técnico na granja. Todos os desinfetantes foram eficazes na ausência de matéria orgânica, nas duas temperaturas testadas. Entretanto, quando na presença de matéria orgânica ou após cinco minutos de contato, somente o hipoclorito de sódio (1%), fenol e o ácido peracético foram eficazes. Dessa forma, ao estabelecer uma ferramenta sorológica para medir a infecção pelos principais sorovares de Salmonella que afetam os suínos no sul do Brasil e identificar fatores de risco associados à alta soroprevalência, será possível dar início à implementação e validação de protocolos de controle da infecção em rebanhos.

No Rio Grande do Sul, um grupo clonal de Salmonella Enteritidis vem sendo identificada como o principal microrganismo causador de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) nos últimos anos. Em vista disso, o objetivo deste trabalho foi avaliar a sobrevivência em fluido gástrico simulado (FGS) e a capacidade de invasão intestinal de Salmonella Enteritidis (SE86) em comparação à Salmonella Typhimurium (ST99) em dois modelos animais. Os microrganismos foram cultivados em meio de cultura e meio de cultura suplementado com glicose, objetivando a adaptação ácida. Aproximadamente 9logUFC dos microrganismos SE86 e ST99, ácido-adaptados ou não adaptados, foram expostos ao FGS, com pH 1,5, e também inoculados por via oral em ratos Wistar adultos machos. Um inóculo de 2logUFC foi utilizado nos experimentos com camundongos “germ-free”, de 21 dias, mantidos em condições assépticas. As fezes e porções do trato gastrintestinal foram analisadas microbiologicamente, sendo que os ratos foram também investigados quanto a lesões morfológicas intestinais. Os camundongos foram analisados por histopatologia e submetidos à curva de mortalidade. Os resultados indicaram que SE86 ácido-adaptadas apresentaram uma sobrevivência significativamente maior (p <0,05) que às SE86 e ST99 não adaptadas ao ácido e também às ST99 ácidoadaptadas no FGS. Os experimentos “in vivo” demonstraram que as bactérias inoculadas foram capazes de provocar lesões morfológicas intestinais e foram recuperadas das fezes, do jejuno e da junção íleo-cecal dos ratos, sendo que contagens mais altas de SE86 e ST99 ácido-adaptadas foram encontradas nas fezes. SE86 ácido-adaptada demonstrou maior contagem no ileo-ceco do que as outras linhagens, sugerindo que a adaptação ácida influenciou na virulência deste microrganismo. Nos animais “germ-free” houve rápida multiplicação de todos os microrganismos inoculados, contudo a mortalidade ocorreu de forma mais rápida devido à infecção por SE86 ácido-adaptada. A análise histopatológica revelou maior severidade da infecção provocada pela SE86, o que foi confirmado pela mortalidade dos animais a partir do quarto dia de infecção, ao contrário da ST99 que não provocou a morte dos animais por até 12 dias. A maior sobrevivência e virulência apresentadas pela SE86 podem estar relacionadas com o freqüente envolvimento desta cepa com salmoneloses alimentares na última década no Rio Grande do Sul. / In Rio Grande do Sul (RS) State, Southern Brazil, a clonal group of Salmonella Enteritidis has been identified as the main cause of foodborne diseases, in the last years. Given that, the objective of this study was to evaluate the survival in simulated gastric fluid (FGS) and the intestinal invasion ability of Salmonella Enteritidis (SE86) and Salmonella Typhimurium (ST99) submitted or not to acid adaptation. The microorganisms were grown in culture media and culture media supplemented with glucose, aiming to promote acid adaptation. After that, approximately 9log of SE86 (Isolated from a foodborne outbreak) and ST99 (not involved with foodborne outbreaks), acid-adapted or not adapted, were exposed to FGS with pH 1.5, and inoculated in adult male Wistar rats. Germ-free mice were also inoculated but with approximately 2 log, and the animals were observed during 21 days, at aseptic conditions. Animal feces and portions of the gastrointestinal tract were examined by microbiological analysis, and the rats were also investigated for intestinal morphological damage. The mice were analyzed by histopathology and submitted to the mortality curve. The results indicated that acid-adapted SE86 had a significant higher survival rate (p<0.05) than not adapted SE86, not adapted ST99, and also than acid-adapted ST99, in the FGS. The “in vivo" experiments demonstrated that the strains were capable of causing intestinal morphological damage and were recovered from feces, jejunum and ileum-cecal junction of rats, with higher counts being demonstrated for acid-adapted SE86 and acid-adapted ST99. Acid-adapted SE86 showed higher counts in the ileum-cecal junction than the other strains, suggesting that acid adaptation influenced the virulence of this microorganism. After inoculation, all strains were able to rapidly multiply in germ-free animals, but mortality caused by acid-adapted SE86 was more intense. Histopathological analyses revealed greater infection’s severity caused by SE86, and it was confirmed by the death of animals starting at the fourth day of infection, unlike the ST99 which did not cause the death of animals until twelve days of inoculation. Based on these results, the higher survival rates in FGS and the higher virulence presented by the SE86 can be related to the frequent involvement of this strain with foodborne salmonellosis occurred in the last decade in RS.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2016-06-09T12:50:17Z No. of bitstreams: 1 Maria Taciana Ralph.pdf: 2037861 bytes, checksum: 741dc14a84d30b0c1c5f968794b721c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-09T12:50:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Taciana Ralph.pdf: 2037861 bytes, checksum: 741dc14a84d30b0c1c5f968794b721c9 (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Carica candamarcensis é uma planta pertencente à família Caricaceae, cujo látex possui proteínas com importantes atividades biológicas descritas. A fração proteica P1G10, obtida por cromatografia de gel-filtração a partir do conjunto de proteínas desse látex, já foi relatada por suas atividades mitogênica, angiogênica e gastroprotetora. No presente estudo, um modelo de infecção sistêmica experimental, causada por Salmonella enterica Sor. Typhimurium, em camundongos, foi utilizado para avaliar o potencial de P1G10 no controle da infecção e inflamação decorrente. Os animais receberam P1G10 (1, 5 ou 10 mg/ Kg), ou solução salina tamponada (PBS), via intraperitoneal, 24 horas antes da infecção por Salmonella Typhimurium (0,2 mL; 107 UFC/ mL). A taxa de sobrevivência dos animais pré-tratados com 10 mg/ Kg de P1G10 atingiu 60% após 7 dias da infecção, ao passo que o grupo controle sucumbiu por inteiro até o terceiro dia após o desafio infeccioso. As análises histológicas dos fígados e baços dos animais experimentais, após 72 horas de infecção, mostraram células mais preservadas em relação ao grupo controle. Apesar do menor número de bactérias no fígado, P1G10 não estimulou o clareamento bacteriano no baço, fluido peritoneal e sangue dos animais após a infecção e não demonstrou atividade antibacteriana in vitro contra S. Typhimurium na dosagem máxima de 1 mg/ ml. Após 72h de infecção, houve maior migração de leucócitos para a cavidade peritoneal dos animais experimentais, porém não houve diferença significativa na quantidade de leucócitos no sangue ou na produção de óxido nítrico entre os animais controle e experimentais. A avaliação da expressão gênica de citocinas, por RT-PCR Tempo Real, demonstrou que ocorreu diminuição relativa na produção de transcritos de TNF-α e IL-1β no fígado dos animais experimentais em relação ao grupo controle e que IL-10 não foi expresso por nenhum dos grupos. Para melhor compreensão do efeito das proteínas presentes em P1G10 sobre a resposta inflamatória foi utilizado um modelo de peritonite, em camundongos, induzia pelo agente flogístico carragenina . Foi observado que quando administrada por via intraperitoneal a fração proteica P1G10 potencializa o efeito pró-inflamatório desenvolvido pelo agente flogístico, por outro lado, um efeito anti-inflamatório é desencadeado quando P1G10 foi administrado via endovenosa. Tal efeito parece estar relacionado à inibição da cascata do sistema complemento, uma vez que a exposição de P1G10 ao soro humano e ovino, inibiu a lise de Escherichia coli in vitro, nas concentrações de 5 e 10 mg/ mL, o mesmo não foi observado quando as proteínas presentes em P1G10 foram desnaturadas pelo calor, sugerindo que a ação anti-complemento seja devido a intensa atividade proteolítica presente nesta fração proteica. Conclui-se que, P1G10 possui potencial anti-inflamatório, além de estimular a migração de leucócitos para o foco infeccioso e diminuir relativamente a expressão das citocinas inflamatórias TNF-α e IL-1β evitando assim o choque séptico nos animais pré-tratados, desta forma, P1G10 capaz de aumentar a sobrevida de animais infectados por S. Typhimurium. / Carica candamarcensis é uma planta pertencente à família Caricaceae, cujo látex possui proteínas com importantes atividades biológicas descritas. A fração proteica P1G10, obtida por cromatografia de gel-filtração a partir do conjunto de proteínas desse látex, já foi relatada por suas atividades mitogênica, angiogênica e gastroprotetora. No presente estudo, um modelo de infecção sistêmica experimental, causada por Salmonella enterica Sor. Typhimurium, em camundongos, foi utilizado para avaliar o potencial de P1G10 no controle da infecção e inflamação decorrente. Os animais receberam P1G10 (1, 5 ou 10 mg/ Kg), ou solução salina tamponada (PBS), via intraperitoneal, 24 horas antes da infecção por Salmonella Typhimurium (0,2 mL; 107 UFC/ mL). A taxa de sobrevivência dos animais pré-tratados com 10 mg/ Kg de P1G10 atingiu 60% após 7 dias da infecção, ao passo que o grupo controle sucumbiu por inteiro até o terceiro dia após o desafio infeccioso. As análises histológicas dos fígados e baços dos animais experimentais, após 72 horas de infecção, mostraram células mais preservadas em relação ao grupo controle. Apesar do menor número de bactérias no fígado, P1G10 não estimulou o clareamento bacteriano no baço, fluido peritoneal e sangue dos animais após a infecção e não demonstrou atividade antibacteriana in vitro contra S. Typhimurium na dosagem máxima de 1 mg/ ml. Após 72h de infecção, houve maior migração de leucócitos para a cavidade peritoneal dos animais experimentais, porém não houve diferença significativa na quantidade de leucócitos no sangue ou na produção de óxido nítrico entre os animais controle e experimentais. A avaliação da expressão gênica de citocinas, por RT-PCR Tempo Real, demonstrou que ocorreu diminuição relativa na produção de transcritos de TNF-α e IL-1β no fígado dos animais experimentais em relação ao grupo controle e que IL-10 não foi expresso por nenhum dos grupos. Para melhor compreensão do efeito das proteínas presentes em P1G10 sobre a resposta inflamatória foi utilizado um modelo de peritonite, em camundongos, induzia pelo agente flogístico carragenina . Foi observado que quando administrada por via intraperitoneal a fração proteica P1G10 potencializa o efeito pró-inflamatório desenvolvido pelo agente flogístico, por outro lado, um efeito anti-inflamatório é desencadeado quando P1G10 foi administrado via endovenosa. Tal efeito parece estar relacionado à inibição da cascata do sistema complemento, uma vez que a exposição de P1G10 ao soro humano e ovino, inibiu a lise de Escherichia coli in vitro, nas concentrações de 5 e 10 mg/ mL, o mesmo não foi observado quando as proteínas presentes em P1G10 foram desnaturadas pelo calor, sugerindo que a ação anti-complemento seja devido a intensa atividade proteolítica presente nesta fração proteica. Conclui-se que, P1G10 possui potencial anti-inflamatório, além de estimular a migração de leucócitos para o foco infeccioso e diminuir relativamente a expressão das citocinas inflamatórias TNF-α e IL-1β evitando assim o choque séptico nos animais pré-tratados, desta forma, P1G10 capaz de aumentar a sobrevida de animais infectados por S. Typhimurium.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-04-20T15:56:22Z No. of bitstreams: 1 Maria Taciana Ralph.pdf: 1518939 bytes, checksum: 6323c9b273c3c6fe6cd2f08eca1537a5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-20T15:57:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Maria Taciana Ralph.pdf: 1518939 bytes, checksum: 6323c9b273c3c6fe6cd2f08eca1537a5 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Calotropis procera (Apocynaceae) is a medicinal plant by which its laticifer proteins have been reported as having important biological activities. In particular, a protein fraction rich in cysteine proteases (LPPII) was shown antinflammatory and capable to maintain blood clotting homeostasis in Salmonella-infected mice. In the present study, a murine model of systemic infection caused by Salmonella Typhimurium was used to evaluate the influence of LPPII on control of infection-induced inflammation. Preventive and curative treatment regimens were evaluated. In the preventive treatment schedule, experimental animals received LPPII (10mg/kg) intravenously (ev), whereas the control groups were administered with LPPII + IAA (10mg/kg), whose proteases were inactivated with Iodoacetamide, PBS intravenously or dexamethasone (0.5mg/animal) (ip). After 30 min, the animals were challenged with S. Typhimurium (105 CFU/mL) intraperitoneally (ip). After 6 hours of infection, the mice were submitted to euthanasia procedures and analyzes. In the curative treatment schedule, the animals were infected with S. Typhimurium (105 CFU/mL) (ip) and for two consecutive days were treated with LPPII (10mg/kg) or administered with LPII + IAA (10mg/kg), PBS intravenously or dexamethasone (ip). After 72 hours of infection, the groups were submitted to euthanasia procedures for sample collection and analysis. The results showed that, in the two treatment regimens, there was no bacterial clearance in the spleen, liver, peritoneal fluid and blood of the experimental animals when compared to the controls. The treatments with LPPII significantly reduced the amount of leukocytes in the peritoneal cavity of the animals in comparison to the LPPII + IAA and PBS control groups. The treatments also reduced gene expression of TNF-α, IL-12 and IFN-γ in animals receiving LPPII. Furthermore, there was no increase in survival of LPPII-treated and Salmonella-infected animals. Finally, peritoneal macrophages previously stimulated with LPS were exposed to an osmotin isolated from LPPII. It was observed that the treatments significantly reduced the IL-1 gene expression, but not TNF-α. We have shown that cysteine proteases present in the latex of C. procera are capable to decrease inflammation in the peritoneum of Salmonella Typhimurium-infected mice. Although the mechanisms involved in this effect are not fully elucidated, it has been demonstrated that an osmotin present in LPPII possesses anti-inflammatory potential and possible therapeutic relevance. / Calotropis procera (Apocynaceae) é uma planta medicinal, cujas proteínas extraídas do seu látex têm sido reportadas por apresentar importantes atividades biológicas. Em particular, foi identificado que uma fração proteica rica em proteases cisteínicas (LPPII), quando administradas em animais de laboratório, demonstra relevante ação anti-inflamatória e mantem a homeostase da coagulação sanguínea em camundongos infectados por Salmonella. No presente estudo, um modelo murino de infecção sistêmica causada por Salmonella Typhimurium foi utilizado para avaliar a influência de LPPII sobre o controle da inflamação decorrente da infecção. Dois esquemas de tratamentos foram avaliados, preventivo e curativo. No modelo de tratamento preventivo, os animais experimentais receberam LPPII (10mg/kg) por via endovenosa (ev), enquanto os grupos controles foram administrados com LPPII+IAA (10mg/kg), cujas as proteases foram inativadas com Iodoacetamida, PBS (ev) ou dexametasona (0,5mg/cavidade). Após 30 min, os animais foram desafiados com S. Typhimurium (105 UFC/mL), por via intraperitoneal (ip). Após 6 horas da infecção, os camundongos foram submetidos aos procedimentos de eutanásia e análises. No modelo de tratamento curativo, os animais foram infectados com S. Typhimurium (105 UFC/mL) (ip) e durante dois dias consecutivos foram tratados com LPPII (10mg/kg) ou administrados com LPII+IAA (10mg/kg), PBS (ev) ou dexametasona (ip). Após 72 horas de infecção, os grupos foram submetidos aos procedimentos de eutanásia para coleta de amostras e análises. Os resultados demonstraram que, nos dois esquemas de tratamento, não houve depuração bacteriana no baço, fígado, fluido peritoneal e sangue dos animais experimentais quando comparados aos controles. Também foi possivel observar que o tratamento com LPPII reduziu significativamente a quantidade de leucócitos na cavidade peritoneal dos animais, em relação aos grupos controles LPPII+IAA e PBS. Também houve redução da expressão gênica de TNF-α, IL-12 e IFN-γ nos animais que receberam LPPII. Ainda, não houve aumento da sobrevida de animais tratados com LPPII e infectados com Salmonella. Finalmente, uma osmotina obtida de LPPII foi exposta a culturas de macrófagos peritoneais previamente estimulados com LPS. Foi observado que os tratamentos reduziram de forma significativa da expressão gênica de IL-1β, mas não TNF-α. Conlui-se que proteases cisteínicas presentes no látex de C. procera são capazes de diminuir a inflamação no peritoneo de camundongos infectados com Salmonella Typhimurium. Apesar dos mecanismos envolvidos neste efeito não estejam completamente elucidados, foi demonstrado que uma osmotina presente em LPPII apresenta potencial anti-inflamatório e possível relevância terapêutica.

Tissue biopsy and swab culture are the gold standards for diagnosing tissue infection; these tests require significant time, diagnostic costs, and resources. Towards earlier and specific diagnosis of infection, a non-destructive, rapid, and mobile detection device is described to distinguish bacterial species via light scatter spectra from the surface of an infected tissue, reagent-free. Porcine skin and human cadaveric skin models of wound infection were used with a 650 nm LED and an angular photodiode array to detect bacterial infections on the tissue surface, which can easily be translated to a typical CMOS array or smartphone. Tissue samples were inoculated with Escherichia coli, Salmonella Typhimurium, or Staphylococcus aureus and backscatter was collected from 100 degrees to 170 degrees in 10 degrees increments; each bacterial species resulted in unique Mie scatter spectra. Distinct Mie scatter spectra were obtained from epidermis (intact skin model) and dermis (wound model) samples, as well as from porcine and human cadaveric skin samples. Interactions between bacterial colonies and lipid particles within dermis samples generated a characteristic Mie scatter spectrum, while the lipid itself did not contribute to such characteristic spectrum as corroborated with body lotion experiments. The designed angular photodiode array is able to immediately and non-destructively detect tissue bacterial infection and identify the species of infection within three seconds, which could greatly improve point of care diagnostics and antibiotic treatments.

Master of Science / Department of Animal Sciences and Industry / J. Ernest Minton / Enteric pathogens are responsible for major economic losses in the swine industry. In the U.S., Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhimurium (ST) and serovar Choleraesuis (SC) account for essentially all cases of salmonellosis in swine. Previous studies documented that oral ST eroded growth and produced unmistakable changes in the endocrine stress and somatotropic axis of young growing pigs. However, these effects occurred in the absence of elevated systemic inflammatory cytokines that were previously thought to accompany disease-associated growth retardation. In the current study, it was hypothesized that SC would produce very different systemic inflammatory cytokine responses compared to ST given the likelihood of SC to produce systemic disease in pigs. Weaned pigs were housed two per pen with free access to feed and water during a 14 d experiment. On d 0, pigs were fed either 108 CFU SC or 108 ST, and bacteria were re-fed twice weekly through the course of the experiment. Control pigs were fed dough without bacteria. Serum was collected on d 0, 7, and 14 for determination of tumor necrosis factor alpha (TNFα), interleukin-1beta (IL-1β), and insulin-like growth factor-I (IGF-I) were determined. Rectal temperatures (RT) were monitored daily beginning 2 d prior to challenge with bacteria and until 7 d following the first bacterial feeding. Pigs were weighed initially, and at the conclusion of the study. Daily body weight gain was reduced by 25.4% in pigs fed SC (P<.0001) compared to control, while growth was similar between control pigs and those fed ST. Pigs fed SC had increased RT beginning on d 2 and continuing though d 7 (P < 0.05) with the greatest elevation spike on d 3 (P < 0.001) when compared to controls. On d 7, pigs fed SC had reduced IGF-I when compared to both control (P < 0.01) and ST pigs (P = 0.01). Despite the obvious febrile response, and the reductions in body weight gain and serum IGF-I, circulating TNFα and IL-1β were not affected by treatment. It was concluded that elevated TNFα and IL-1β are not obligatory correlates of SC-induced pathology and growth retardation in weaned pigs.

The genotoxicity of energetic compounds (i.e., explosives) that are known to be present in contaminated soils at military training sites has not been extensively investigated. Thus, the Salmonella mutagenicity and Muta(TM)Mouse assays were employed as in vitro assays to examine the mutagenic activity of twelve explosive compounds, as well as three soil samples from Canadian Forces Base Petawawa. Salmonella analyses employed strains TA98 (frameshift mutations) and TA100 (base-pair substitution mutations), as well as the metabolically-enhanced YG1041 (TA98 background) and YG1042 (TA100 background), with and without exogenous metabolic activation (S9). For Salmonella analyses, the results indicate that ten of the explosive compounds were mutagenic, and consistently elicited direct-acting, base-pair substitution activity. All three soil samples were also observed to be mutagenic, eliciting direct-acting, frameshift activity. Mutagenic potencies were significantly higher on the metabolically-enhanced strains for all compounds and soil samples. For Muta(TM)Mouse analyses on FE1 cells, the results indicate that the majority of explosive compounds did not exhibit mutagenic activity. All three soil samples elicited significant positive responses (PET 1 and PET 3 without S9, and PET 2 with S9), and although there is some evidence of a concentration-related trend, the responses were weak. Correspondence of the mutagenic activity observed with the two assay systems, for both the explosive compounds and soil samples, was negligible. The differential response is likely due to differences in metabolic capacity between the two assay systems. Furthermore, it is likely that there are unidentified compounds present in these soil samples that are, at least in part, responsible for the observed mutagenic activity. Additional testing of other explosive compounds, as well as soil samples from other military training sites, using a variety of in vitro and in vivo assays, is warranted in order to reliably estimate mutagenic hazard and subsequently assess risk to human health.

Orientador : Fumio Yokoya / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos e Agricola / Made available in DSpace on 2018-07-20T00:41:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leite_ClariceQueicoFujimura_D.pdf: 3804903 bytes, checksum: d606b7f70d7b2f4627cf89586684ed12 (MD5) Previous issue date: 1984 / Resumo: Dentro da linha de pesquisa de identificação e enumeração rápida de microrganismos, o presente trabaiho foi realizado no sentido de verificar a viabilidade do emprego da membrana filtrante na recuperação de Escherichia cali e Salmanella trphimurium, inoculadas experimentalmente em ovo de galinha (clara, gema e ovo liquido). Após ó tratamento com a protease bacteriana "Alcalase", viabilizou-se a filtragem de 5,0 g de clara, 2,5 g de ovo liquido e l,O g de gema, através da membrana HAWG 47 mm da marca Millipore. A recuperaçao de E..ca}i em clara foi realizada através do emprego siImultâneo da técnica de plaqueamento em profundidade e de um método por nós desenvolvido, utilizando a membrana filtrante. Os resultados obtidos com a técnica do plaqueamento foram próximos aos conseguidos com a técnica proposta. Colocando os dois resultados em gráfico, foi obtida uma reta de regressão com coeficiente de correlação de 0;95 e coeficiente angular de 0,99. Os resultados da experiência de inoculação de ovo liquido com E. cali, obtidos com o emprego das duas técnicas, forneceram uma reta com coeficiente de correlação de 0,98. O coeficiente angular"foi baixo, 0,39 .havendo necessidade da introdução de um fator de correção multiplicativo de 2,6, para compensar a menor recuperação obtida com o uso da técnica da membrana filtrante. O isolamento de E. coli da gema foi insatisfatório, com o emprego da técnica da membrana filtrante. A S. typhimurium, previamente .inoculada em clara e em ovo liquido, foi recuperada como emprego da técnica clássica de enriquecimento e isolamento em meios seletivos e com o método por nós desenvolvido. Os resultados demonstraram que mesmo em concentrações tão baixas como 0,3 microrganismo por grama de clara, é possivel recuperar a s. typhimurium através da técnica da membrana filtrante. A recuperação deste microrganismo do ovo liquido foi insatisfatória / Abstract: In the line of research for the identification and rapid enumeration of micro-organisms, the present work was carried out with the object of verifying the viabili ty of the use of a membrane filter in the recuperation of Escherichia coli and Salmonella typhimurium, inoculated experimentally into the hen'g egg (white, yolk, and whole liquid egg). After treatment wi th bacterian protease "Alcala se", 5.0 g of egg white, 2.5 g of whole liquid egg, and 1,0 g of egg yolk were filtered through the 47 mm HAWG filter (Millipore). The recuperation of E. coli from the egg white was done by means of the simultaneous use of pour plate method and a method developed by us, using a membrane filter. The results obtained using the pour plate technique were very similar to those developed by the authors of this research. When both results were plotted on a graph, a line of regression with a correlation coefficient of 0,95 and an angular coefficient of 0,99 was obtained. The results of the experiment involving the inoculationof the whole liquid egg with E. coli, using both techniques, showed a line with a correlation coeficient of 0.98. The angular coefficient of 0.39 was low, making the introduction of a manipulative correction factor of 2,6 necessary in order to compensate for a lesser recuperation obtained using the membrane filter technique. The isolation of E. coli from the yolk was not satisfactory using the membrane filter technique. The S.typhimurium, previously inoculated into the white and whole liquid egg, was recuperated us1ng the classic technique of enrichment and isolation in selective media and als,oby methods developed by USe The results show that even in concentrations as low as 0.3 micro-organisms per gram of egg white, it is possible to recuperate the S. typhimurium by use of the membrane filter technique. The recuperation of this microorganism from the who1e 1iquid egg was insatisfactory / Doutorado / Ciência de Alimentos / Doutor em Ciência de Alimentos

Determina la capacidad virulenta de una cepa aislada de la vesícula biliar de un cuy, con signos compatibles con salmonelosis, para identificar sus genes asociados a virulencia y resistencia a antibióticos. En este estudio, el genoma completo de S. Typhimurium cepa VET1 se sometió a un análisis in silico, que comenzó con el secuenciamiento mediante la plataforma Illumina HiSeq para generar lecturas de 2 × 101 pb. La calidad de los datos se verificó con FASTQC y los adaptadores fueron recortados con Trimmomatic. Las lecturas fueron ensamblados usando Velvet v.1.2.10 y se generaron 149 contigs con una cobertura de 111.0x, que dio como resultado un tamaño total del genoma de 4 905041 pb, con un contenido de G + C del 52.14%. La anotación génica mostró 4 885 genes, de los cuales 4 630 fueron CDS y 255 ARN, incluyendo 2 de ARNr, 56 ARNr y 197 ARNnc. Usando PHASTER, se identificaron tres regiones de profagos, incluyendo Gifsy-2, 118970_sal3 y RE-2010. La cepa VET1 fue asignada a ST19 utilizando el tipo de secuencia multilocus (MLST). Se identificó un total de 244 factores de virulencia. Entre ellos, 78 pertenecían a genes codificadores del sistema de secreción tipo 3 (T3SS), 68 a genes codificadores de la adherencia fimbrial y 51 a genes que codifican flagelos. Se consultó la base de datos CARD para identificar genotipos relacionados con la resistencia en el genoma de S. Typhimurium VET1. Se identificaron un total de 16 proteínas relacionadas a resistencia antimicrobiana, que pertenecen a 6 familias diferentes de genes de resistencia a antibióticos. Este estudio mostró que la cepa VET1 alberga genes que codifican adhesinas, proteínas flagelares, T3SS, sistemas de adquisición de hierro y genes de resistencia a antibióticos que pueden explicar la patogenicidad, capacidad de colonización y persistencia en el cuy. La existencia de elementos genéticos móviles sugiere que esta cepa podría adquirir y transferir material genético. El análisis genómico comparativo entre VET1 y otras cepas de Salmonella proporcionaría información fructífera para comprender la especificidad del huésped y desarrollar medidas de control contra la infección por S. Typhimurium. / Perú. Ministerio de la Producción. Programa Nacional de Innovación para la Competitividad y Productividad (Innóvate Perú) / Tesis

abstract: The discovery that mechanical forces regulate microbial virulence, stress responses and gene expression was made using log phase cultures of Salmonella Typhimurium (S. Typhimurium) grown under low fluid shear (LFS) conditions relevant to those encountered in the intestine. However, there has been limited characterization of LFS on other growth phases. To advance the growth-phase dependent understanding of the effect of LFS on S. Typhimurium pathogenicity, this dissertation characterized the effect of LFS on the transcriptomic and phenotypic responses in both stationary and lag phase cultures. In response to LFS, stationary phase cultures exhibited alterations in gene expression associated with metabolism, transport, secretion and stress responses (acid, bile salts, oxidative, and thermal stressors), motility, and colonization of intestinal epithelium (adherence, invasion and intracellular survival). Many of these characteristics are known to be regulated by the stationary phase general stress response regulator, RNA polymerase sigma factor S (RpoS), when S. Typhimurium is grown under conventional conditions. Surprisingly, the stationary phase phenotypic LFS stress response to acid and bile salts, colonization of human intestinal epithelial cells, and swimming motility was not dependent on RpoS. Lag phase cultures exhibited intriguing differences in their LFS regulated transcriptomic and phenotypic profiles as compared to stationary phase cultures, including LFS-dependent regulation of gene expression, adherence to intestinal epithelial cells, and high thermal stress. Furthermore, the addition of cell-free conditioned supernatants derived from either stationary phase LFS or Control cultures modulated the gene expression of lag phase cultures in a manner that differed from either growth phase, however, these supernatants did not modulate the phenotypic responses of lag phase cultures. Collectively, these results demonstrated that S. Typhimurium can sense and respond to LFS as early as lag phase, albeit in a limited fashion, and that the lag phase transcriptomic and phenotypic responses differ from those in stationary phase, which hold important implications for the lifecycle of this pathogen during the infection process. / Dissertation/Thesis / Transcriptomic Data / Doctoral Dissertation Microbiology 2020