Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T15:07:29Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1959285 bytes, checksum: 899be21930ffc050976fe55ee57f724f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T15:07:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1959285 bytes, checksum: 899be21930ffc050976fe55ee57f724f (MD5) Previous issue date: 2012-07-06 / O Brasil possui uma grande biodiversidade de orquídeas, principalmente de espécies epífitas. Dentre essa diversidade ressaltam-se as espécies Hadrolaelia jongheana, Hoffmannseggella cinnabarina, Hoffmannseggella caulescens presentes em diferentes formações vegetacionais da Floresta Atlântica. As espécies pertencentes à família Orchidaceae associam-se com fungos micorrízicos para promover a germinação de sementes e o estabelecimento do protocormo em seu ambiente natural. O conhecimento da diversidade da comunidade microbiana com qual a orquídea mantém essa associação é de extrema relevância para a compreensão da ecologia e complexidade das associações simbióticas. O presente trabalho teve como objetivo estudar a diversidade genética dos fungos associados às orquídeas H. jongheana, H. cinnabarina, H. caulescens, utilizando-se abordagens moleculares, como a contrução de bibliotecas de clones e amplificação do DNA diretamente das raízes. Os valores do índice de diversidade de Shannon-Wiener para H. cinnabarina, coletada em distintas áreas, foram diferentes, sugerindo que os fatores locais influenciam na diversidade. Observamos que as comunidades fúngicas das três espécies de orquídeas analisadas apresentaram alta diversidade, sendo a composição dessas comunidades estruturalmente diferentes entre si de acordo com as análises do LIBSHUFF. A construção de bibliotecas de clones permitiu identificar táxons de fungos basidiomicetos e ascomicetos associados às raízes dessas plantas. Os fungos basidiomicetos encontrados, em sua maioria, são potenciais candidatos a fungos micorrízicos de orquídeas. Ao passo que, os ascomicetos identificados são, possivelmente, fungos endofíticos dessas plantas. Além disso, verificamos que essas orquídeas tropicais são generalistas em suas associações micorrízicas com fungos rizoctonióides sebacinóides e tulasnelóides. Estes resultados são relevantes à medida que são informações importantes para traçar estratégias de conservação para espécies da flora brasileira ameaçadas de extinção e endêmicas de um importante e ameaçado hotspot. / Brazil has a huge orchid biodiversity, mostly epiphytic species. Among this we emphasize Hadrolaelia jongheana, Hoffmannseggella cinnabarina, and Hoffmannseggella caulescens species occur in different vegetation formations of the Atlantic Forest. The species belonging to the family Orchidaceae are associated with mycorrhizal fungi to promote seed germination and establishment of protocormo in their natural environment. The knowledge of the microbial community diversity which the orchids maintain association is extremely important for understanding the ecology and complexity of symbiotic associations. The present work aimed to study the genetic diversity of fungi associated with orchids H.jongheana, H. cinnabarina, H. caulescens, using molecular approaches, such as the clone library construction and DNA amplification directly from the roots. The values of diversity index Shannon-Wiener for H. cinnabarina, collected in different areas were different, suggesting that local factors influence the diversity.We observed that the fungal communities of those three orchid species analyzed showed high diversity, and the composition of these communities are structurally different from each other according to the LIBSHUFF analysis. The clones libraries construction allowed to identify Basidiomycetes and Ascomycetes taxa associated with the roots of these plants. Basidiomycete fungi found, mostly, are potential candidates for orchid mycorrhizal fungi. While the identified Ascomycete fungi found are possibly endophytes of these plants. Furthermore, we found that these tropical orchids are generalists in their mycorrhizal associations with sebacnioid and tulasnelloid Rhizoctonia-like fungi. These results are relevant as they are important information to develop conservation strategies to threaten and endemic Brazilian orchid species from an important and threatened hotspot. / Dissertação antiga

[pt] Construção de vocabulário é uma heurística para problemas de otimização combinatória que propõe identificar porções de boas soluções e recombiná-las de modo a intensificar a busca em regiões do espaço de soluções identificadas como promissoras. A técnica de construção de vocabulário pode ser aplicada de diversas maneiras na resolução de problemas. Para facilitar a implementação e comparação de algoritmos de um mesmo domínio, a tecnologia de frameworks é uma solução que já demonstrou ser muito eficaz. O objetivo deste trabalho é desenvolver um framework para a implementação de heurísticas baseadas em construçao de vocabulário. O desenvolvimento foi fundamentado em extensa revisão bibliográfica sobre a técnica e em boas práticas de engenharia de software, como frameworks orientados a objetos e padrões de projeto. Como um estudo de caso, foram geradas aplicações a partir do framework para a resolução do problema de seqüenciamento da produção de carros, que é um problema combinatório proposto a partir de necessidades reais da indústria / [en] Vocabulary building is a heuristic for solving combinatorial optimization problems, based on the identification of solution fragments which are common to good solutions and on their combination to intensify the search on promising regions of the solution space. This technique can be vastly applied on problem solving. The technology of frameworks is an efficient strategy to facilitate the implementation and comparison of same domain algorithms. The objective of this work is to develop a framework for the implementation of heuristics based on vocabulary building. Its development was based on a wide bibliographic revision about the technique and good software engineering practices, like oriented objects frameworks and design patters. We generated applications of the framework to solve the car sequencing problem, which is a combinatorial problem proposed by real requirements of the industry

Submitted by LIVIA MARIA GONÇALVES ROSSI null (liv.rossi@yahoo.com) on 2016-01-25T14:04:25Z No. of bitstreams: 1 TESE_HCV Multi-region_LIVIA ROSSI.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-01-25T17:23:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 rossi_lmg_dr_sjrp.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T17:23:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 rossi_lmg_dr_sjrp.pdf: 6853283 bytes, checksum: d2ce231bc1292f9fa0469f971cf0856b (MD5) Previous issue date: 2016-01-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O vírus da Hepatite C (HCV) afeta cerca de 3% da população mundial. A cada ano, 3-4 milhões de novos casos são diagnosticados. A identificação de redes transmissão é complexa devido ao longo período de incubação, à falta de sintomas na fase aguda da doença e à heterogeneidade do HCV, que dificulta o estabelecimento de vínculos entre casos relacionados. Uma ampla caracterização das populações intra-hospedeiros pode ser realizada de forma eficiente através do sequenciamento de nova geração (NGS). Com base neste contexto, o sequenciamento de múltiplas regiões subgenômicas é uma solução às limitações impostas pela rápida evolução molecular do HCV. Variantes virais das regiões HVR1 e NS5A de 16 pacientes cronicamente infectados com o HCV, genótipos 1a e 1b, foram sequenciadas com a técnica de NGS. Os pacientes 1-7 compartilhavam fatores de risco, pertencendo ao mesmo grupo de usuários de drogas injetáveis, porém o parentesco genético desses casos não pode ser estabelecido com base apenas no sequenciamento da HVR1 (distância nucleotídica mínima entre 16-23). A amplificação de um fragmento maior (~450 pb), correspondente a um segmento da região NS5A, aprimorou a relação epidemiológica entre os pacientes 1-5, onde as distancias genéticas mínimas foram consideravelmente menores (9-13). Os pacientes 6 e 7 não compartilharam sequências com os outros cinco pacientes dessa rede, apresentando populações virais mais homogêneas. Adicionalmente, Median Joining Networks foram construídas para melhor analisar a variabilidade genética intra-hospedeiro. Em geral, observou-se que as sequências derivadas da NS5A formaram comunidades mais homogêneas e menos divergentes geneticamente. Assim, a tecnologia NGS e o sequenciamento das regiões subgenômicas HVR1 e NS5A podem ajudar a restaurar elos perdidos quando somente a região HVR1 é analisada, aprimorando portanto, a resolução de estudos de associação genética entre populações de HCV. / The hepatitis C virus (HCV) affects approximately 3% of the world's population. Each year 3-4 million new cases are diagnosed. The identification of transmission networks is complicated due to the characteristic long incubation period, the lack of symptoms during the acute phase of the disease and the heterogeneity of HCV, making it challenging to link related cases to a common source of infection. Extensive characterization of intra-host populations can be reliably archived using next generation sequencing (NGS) approaches. Sequencing of multiple and longer subgenomic regions has been proposed as an alternative to overcome the limitations imposed by the rapid molecular evolution of the HCV HVR1. Thus, the NS5A and HVR1 regions of 16 chronically infected individuals, genotypes 1a and 1b, were sequenced using a NGS platform. Patients 1-7 shared risk factors and belonged to the same injection drug users network. However, genetic relatedness could not be established based on the HVR1 sequences (minimal nucleotide distance ranging from 16-23). Amplification and sequencing of a larger PCR fragment (~450 bp) targeting the NS5A region reestablished lost epidemiological links between patients 1-5. The minimum genetic distances in those patients were considerable smaller than the HVR1 counterparts (9-13). Patients 6 and 7 displayed a rather homogeneous viral population and were clearly not sharing any sequences with all other five patients in this network. Additionally, Median Joining Networks analysis was carried out to further analyze the intrahost genetic variability of all seven patients. Overall, NS5A sequences were significantly less diverse than their HVR1 equivalents. Thus, NGS technology and use of both HVR1 and NS5A sequences might help restored otherwise lost links when the HVR1 region alone is analyzed, improving the resolution of HCV genetic relatedness studies. / CAPES: 33004153079P9

Submitted by KETERYNE RODRIGUES DA SILVA null (kethy-rs@hotmail.com) on 2016-04-18T13:44:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertação PRONTA pdf.pdf: 2073917 bytes, checksum: a152ff76ebcbbec56c3a78a1d420c107 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-18T19:53:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_kr_me_rcla.pdf: 2073917 bytes, checksum: a152ff76ebcbbec56c3a78a1d420c107 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-18T19:53:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_kr_me_rcla.pdf: 2073917 bytes, checksum: a152ff76ebcbbec56c3a78a1d420c107 (MD5) Previous issue date: 2016-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O DNA pode estar organizado no genoma em sequências de cópias únicas e em sequências que se repetem várias vezes, denominadas sequências repetitivas. Estas sequências são constituídas basicamente por repetições em tandem (satélites, minissatélites e microssatélites) ou dispersas (transposons ou retrotransposons), e parecem estar envolvidas em diversos eventos celulares importantes, como por exemplo nos processos de replicação do DNA, de recombinação, de expressão gênica e de evolução dos cromossomos, auxiliando na manutenção e propagação do material genético celular. Em nível cromossômico parecem ser responsáveis por proporções significativas das variações cariotípicas observadas em diversos grupos. O gênero Ancistrus (Siluriformes, Loricariidae) apresenta atualmente 68 espécies nominais, e uma enorme quantidade de espécies ainda não identificadas. Alguns trabalhos vêm utilizando sequências repetitivas também em análises citogenéticas e moleculares para identificação de cromossomos homólogos e marcadores cariotípicos interessantes que podem auxiliar os trabalhos de identificação de espécies. Apesar de serem amplamente estudadas em diversos organismos, há ainda muito a ser entendido sobre essas sequências e sua organização no genoma. Este trabalho teve como objetivo isolar sequências repetitivas no genoma de espécies de Ancistrus, afim de encontrar possíveis marcadores para o gênero, que pudessem contribuir para o entendimento da taxonomia deste grupo, bem como auxiliar no entendimento do processo de evolução dos cromossomos sexuais dessas espécies. Dentre as sequências isoladas está um transposon da família TC1/mariner que se mostrou presente em todos os cromossomos das espécies analisadas e dois DNAs satélites que se apresentam acumulados em regiões centroméricas de alguns cromossomos. Sendo assim, este estudo resultou em dados que poderão contribuir com o entendimento da evolução cariotípica do gênero Ancistrus bem como fornecer mais informações sobre características e evolução dos cromossomos sexuais em peixes. / DNA may be organized in the genome as single copy sequences and as sequences that are repeated several times, called repetitive sequences. These sequences are basically constituted by tandem repeats (satellites, minisatellites and microsatellites) or scattered (transposons and retrotransposons), and seem to be involved in important cellular events such as, DNA replication process, recombination, gene expression and chromosome evolution, assisting in maintenance and spread the genetic material of cells. At chromosome level, seems to be significant proportions of karyotypic variations observed in several groups. The genus Ancistrus (Siluriformes, Loricariidae) has, actually, 68 nominal species and several species not identified yet. Repetitive sequences have been used in molecular cytogenetic analysis for identification of homologous chromosomes and interesting karyotypic markers that can assist in species identification works. Despite being widely studied in several organisms, there is still much to be understood about these sequences and their organization in the genome. This study aimed to isolate repetitive sequences in the genome of Ancistrusspecies in order to find possible markers for the genus, which could contribute to the understanding of the taxonomy of this group and to the understanding of the process of evolution of sex chromosomes of these species. Among the isolated sequences, there is a family of TC1/mariner transposon that showed to be present in all the chromosomes of the analyzed species, and two satellites DNAs that have accumulated in centromeric regions. Thus, this study resulted in data that could be contribute to understanding the karyotype evolution of Ancistrus genus as well as providing more information on the characteristics and evolution of sex chromosomes in fish.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Two vaccinia viruses (VACV) genetically and phenotypically divergent were isolated, in a mixed infection, from a horse lesion during an outbreak of vesicular and exanthematous disease in horses in Southern Brazil and termed Pelotas 1 (P1V) and Pelotas 2 (P2V). This thesis describes studies performed to investigate the pathogenesis of P1V and P2V infection in rabbits and guinea pigs, and to analyze the sequence of genes potentially involved in their phenotype. Chapter 1 investigated the dose-dependent susceptibility of rabbits to P1V and P2V after intranasal (IN) inoculation. Groups of weaning rabbits were inoculated with three doses of each VACV isolate (102.5 TCID50, 104.5 TCID50 e 106.5 TCID50/rabbit). The inoculation resulted in severe respiratory distress and death of most inoculated rabbits regardless the viral strain. Clinical signs started three to six days post-inoculation (pi) and culminated in death or euthanasia at days 5 to 10 pi. Viremia was detected in animals of all groups. All rabbits surviving the infection beyond day 9 pi developed neutralizing antibodies. Interstitial pneumonia, necrossupurative bronchopneumonia and diarrhea were observed in animals which died or were euthanized in extremis. These results demonstrate that P1V and P2V are virulent for rabbits and show no apparent differences in phenotype in this species. Chapter 2 describes the investigation of the susceptibility of rabbits to intradermal (ID) inoculation to VACV, in single or mixed infection. All inoculated animals developed skin lesions characterized by hyperemia, papules, vesicles pustules and ulcers. Infectious virus was detected in cutaneous lesions, lungs and intestine of animals that died during acute infection. These results demonstrate that rabbits develop cutaneous disease and systemic infection after P1V and P2V ID inoculation. Apparently, co-infected animals developed lesions more severe than those submitted to single virus infection. In chapter 3, the susceptibility and the potential of transmission of P1V and P2V by guinea pigs were investigated. For that, guinea pigs were inoculated IN with both P1V and P2V (106 TCID50/ml). The guinea pigs did not showed clinical signs but developed viremia, shed virus in secretions and seroconverted to VACV. Nevertheless, the virus was not transmitted to guinea pig sentinels maintained in close contact or when exposed to food and feces contaminated with VACV. In Chapter 4, four genes involved in virus phenotype/virulence (C7L, K2L, N1L e B1R) were submitted to nucleotide sequencing and analysis. A 15 nucleotide (nt) deletion in K2L gene was identified in P2V. The same pattern of nucleotide deletion was also detected in other genogroup 1 Brazilian VACV isolates. Point mutations were identified in K2L, C7L and N1R genes from P2V isolates when compared to P1V and to a standard VACV strain. The molecular analysis of these genes would not allow the establishment of association between the sequences/genotype and phenotype. However, this analysis indicate that the 15 nt deletion in K2L gene may be used as a molecular marker for genogroup 1 Brazilian VACV isolates. In summary, the results obtained in these studies demonstrate: i. P1V and P2V produce systemic and cutaneous disease in rabbits but they do not exhibit evident differences in virulence for rabbits; ii. Guinea pigs are susceptible to mixed P1V an P2V infection but apparently do not effectively transmit the virus; iii. P1V and P2V present some sequence differences in virulence genes and that a 15 nt deletion in K2L gene may be used as a molecular marker to distinguish between VACV genogroups. / Duas amostras de vírus vaccínia (VACV) geneticamente e fenotipicamente distintas foram isoladas de um mesmo animal em um surto de doença vesicular e exantemática em equinos no Rio Grande do Sul, e denominados Pelotas 1 (P1V) e Pelotas 2 (P2V). Esta tese descreve estudos realizados para investigar a patogenia dos isolados P1V e P2V em coelhos e cobaias, e analisar a sequência de genes potencialmente envolvidos no fenótipo desses isolados. O Capítulo 1 relata a investigação da susceptibilidade dose-dependente de coelhos ao P1V e P2V. Os animais foram inoculados pela via intranasal (IN) com três doses (102,5 DICC50, 104,5 DICC50 e 106,5DICC50/coelho) de cada um dos isolados. A inoculação resultou em enfermidade respiratória grave e morte na maioria dos coelhos, independente do isolado utilizado. Os sinais clínicos iniciaram nos dias 3 e 6 pós-inoculação (pi) e culminaram com a morte ou eutanásia dos animais, 5 a 10 dias pi. Viremia foi detectada em coelhos de todos os grupos. Anticorpos neutralizantes foram detectados em todos os animais que sobreviveram além do dia 9 pi. Pneumonia intersticial com broncopneumonia necrossupurativa e conteúdo líquido intestinal foram lesões observadas em animais inoculados com o P1V ou P2V que evoluíram para a morte ou foram motivo para a eutanásia in extremis. Esses resultados demonstram que P1V e P2V são virulentos para coelhos e não apresentam diferenças evidentes de patogenia nessa espécie. No Capítulo 2 foi investigada a susceptibilidade de coelhos após inoculação de VACV pela via intradérmica (ID). Para isso, os coelhos foram inoculados com um dos isolados ou com ambos. Todos os coelhos inoculados apresentaram lesões de pele caracterizadas por hiperemia, pápulas, vesículas, pústulas e úlceras. Excreção viral foi detectada nas lesões cutâneas e também em amostras de pulmão e intestino de animais que morreram durante a fase aguda da infecção. Os resultados desta inoculação demonstraram que coelhos desenvolvem doença cutânea e sistêmica após a inoculação ID de P1V e P2V. Algumas evidências indicam que os coelhos co-infectados desenvolveram lesões mais severas do que na infecção simples. No Capítulo 3, investigou-se a susceptibilidade e o potencial de transmissibilidade dos isolados P1V e P2V por cobaias. Para isso, cobaias foram inoculadas pela via intranasal (IN) com uma mistura dos isolados P1V e P2V (106 DICC50/ml). As cobaias não apresentaram sinais clínicos, porém excretaram o vírus nas secreções nasais, desenvolveram viremia e soroconverteram para VACV. Apesar disso, o vírus não foi transmitido a sentinelas por contato direto, indireto (aerossóis) ou por água e alimentos contaminados com fezes deliberadamente infectadas com o vírus. No Capítulo 4, quatro genes (C7L, K2L, N1L e B1R) envolvidos no fenótipo do VACV foram amplificados por PCR, sequenciados e submetidos à análise molecular. Uma deleção de 15 nucleotídeos (nt) no gene K2L foi identificada no P2V. Essa mesma deleção também foi identificada em isolados brasileiros do VACV pertencentes ao genogrupo 1. Mutações pontuais foram identificadas nos genes K2L, C7L e N1L no P2V comparando-se com o P1V e cepas de referência do VACV. A análise molecular desses genes não permite associar essas deleções/mutações presentes no P2V com o fenótipo, mas sugere que a deleção de 15 nt no gene K2L possa ser utilizado como marcador molecular de isolados de VACV do genogrupo 1. Em resumo, os resultados obtidos nesses experimentos demonstram que: i. P1V e P2V produzem doença sistêmica e cutânea em coelhos, mas não diferem fenotipicamente nessas espécies; ii. cobaias são susceptíveis à infecção mista pelo P1V e P2V, mas aparentemente não transmitem o vírus com eficiência; iii. P1V e P2V apresentam algumas diferenças em genes de virulência, sendo que a deleção de 15 nt no gene K2L pode ser utilizada como marcador de genogrupos de VACV.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5001.pdf: 2740278 bytes, checksum: 9d646e9df12b2864a43bac973517db51 (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / A serpente Lachesis muta rhombeata (Viperidae), popularmente conhecida como surucucu pico-de-jaca, é uma subespécie de Lachesis muta endêmica na Mata Atlântica brasileira, podendo ser encontrada do Ceará até o Rio de Janeiro. O gênero Lachesis apresenta uma peçonha complexa que engloba diferentes proteínas que possuem uma ampla variedade de atividades biológicas, como por exemplo, aquelas que afetam os fatores da coagulação sanguínea, agem na fibrinólise, provocam uma ação inflamatória no local da picada, e induzem um choque hipotensivo. Com o auxílio de técnicas proteômicas e de Bioinformática, este projeto teve como objetivo principal analisar o proteoma da peçonha de L. m. rhombeata, identificando as principais famílias proteicas presentes. Para isso, 200μg da peçonha desta serpente foram aplicados em géis bidimensionais-2D. As proteínas obtidas foram extraídas dos géis, tratadas, e posteriormente identificadas e analisadas por meio de espectrometria de massas (MALDI-TOF/TOF). Os arquivos brutos provenientes dessas análises foram aplicados no programa MASCOT utilizando para a identificação proteica o banco de dados SwissProt e como especificação taxonômica o banco de dados SNAKES contido no site do NCBI. Foram identificadas 11 famílias proteicas: PLA2s (37,93%), inibidores de proteases (22,41%), proteínas de sinalização intracelular (13,79%), NGFs (5,17%), metaloproteases (3,45%), fatores associados à DDB1 e CUL4 (3,45%), oxidorredutases (3,45%), proteínas de transdução de sinal (1,72%), componentes do complemento (1,72%), proteínas NipSnap (1,72%) e proteínas lin-7 (1,72%), das quais a grande maioria é de função metabólica e ajuda na difusão/entrada dos componentes tóxicos no organismo da vítima/presa. Cerca de 1-5mg da mesma peçonha também foram analisados por meio de FPLC e sequenciamento proteico e as proteínas obtidas foram identificadas por meio de busca no banco de dados nr (nonredundant protein sequences) do NCBI utilizando a ferramenta blast-p. As seguintes famílias proteicas foram encontradas: serinoproteases (30,03%), metaloproteases (24,17%), BPPs (19,64%), PLA2s (14,95%), lectinas tipo C (1,94%), LAAOs (1,40%) e metaloendopeptidases (0,73%), ressaltando a toxicidade da peçonha. Os dois resultados obtidos foram comparados com proteomas de outras serpentes do gênero Lachesis encontrados na literatura. Observou-se que há uma grande similaridade entre os proteomas das peçonhas deste gênero, mas que alguns componentes proteicos são diferenciais e assim, podem ajudar na taxonomia destas serpentes, mantendo-as em suas respectivas espécies e subespécies. Além disso, a peçonha também foi analisada por eletroforese unidimensional (SDS-PAGE) para avaliar se o espécime em estudo era um neonato, um juvenil ou um adulto. A presença de uma proteína similar à mutalisina II (metaloprotease) confirmou que a L. m. rhombeata utilizada neste estudo era uma adulta. O conhecimento do proteoma da peçonha de L. m. rhombeata auxiliará (1) os estudos envolvendo a Sistemática do gênero e (2) a produção de novos fármacos que poderão ser desenvolvidos para o tratamento de diversas doenças.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:34:57Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-02Bitstream added on 2014-06-13T20:25:34Z : No. of bitstreams: 1 gonzalez_to_dr_jabo.pdf: 459034 bytes, checksum: 09affcd8cd969944ecfadd924ad3cffc (MD5) / Universidade Central da Venezuela / A diversidade genética de quinze estirpes de rizóbios isoladas do feijoeiro, provenientes de várias localidades do Brasil e da Venezuela, foi determinada pelo seqüenciamento do gene 16S rRNA. Selecionaram-se as duas melhores estirpes de cada país, com base em nodulação, produção de massa seca e de nitrogênio total em plantas de feijão, e compararam-se as suas produtividades e nodulação no feijoeiro, com duas estirpes comerciais, CIAT-899 e PRF-81, em um solo Latossolo Vermelho-Escuro da região de Jaboticabal SP. Determinou-se ainda a diversidade genética das populações nativas do solo e das quatro estirpes, pelo seqüenciamento do espaço intergênico, entre os genes 16S e 23S rRNA. Experimentos foram conduzidos em blocos casualizados com três repetições, em casa de vegetação, na UNESP, em 2007. O primeiro foi realizado em tubetes com vermiculita e quinze tratamentos: sete diluições seriadas do solo de 10-1 a 10-7, as quatro estirpes, as comerciais e duas testemunhas com e sem nitrogênio. Das colônias isoladas extraiu-se o DNA genômico e realizou-se o seqüenciamento do espaço intergênico. O segundo experimento foi realizado em vasos contendo solo e treze tratamentos: as quatro estirpes isoladamente e misturadas com a estirpe PRF- 81, as comerciais, a mistura delas, e duas testemunhas com e sem nitrogênio. Houve coincidência entre os marcadores moleculares do gene 16S rRNA e o espaço intergênico na identificação das espécies. Encontraram-se estirpes tão produtivas quanto as comercias. A mistura com a estirpe PRF-81 não incrementou a produtividade e produziu um efeito antagônico com a estirpe LBMP-12BR. A população nativa do solo foi identificada como Rhizobium sp., sendo ineficiente na fixação de nitrogênio. Há estirpes promissoras que mostram uma resposta diferencial quando são misturadas nos inoculantes. / The genetic diversity of 15 rhizobia strains isolated from common beans grown in Brazil and Venezuela was determined by sequencing the 16S rRNA gene. Two strains were selected from each country for further study based on nodulation, dry weight, and total nitrogen in the common bean plants, and productivity and nodulation on the common bean of these strains were evaluated in Latossolo Vermelho Escuro soil of Jaboticabal SP, in comparison to two commercial strains, CIAT-899 and PRF-81. The genetic diversity of the native soil population and the four strains was determined by sequencing of the intergenic space between the 16S and 23S rRNA genes. In 2007, experiments were carried out under glass house conditions at the UNESP. The first was conducted in tubs with vermiculite, and 15 treatments were examined: seven soil serial dilutions (10-1 to 10-7), the four novel strains, two commercial strains, and two controls with and without nitrogen. From the pure isolated colonies, DNA was extracted, and the intergenic space was sequenced. The second experiment was conducted in pots filled with soil, and 13 treatments were examined: the four strains alone and in mixture with the PRF-81 strain, the two commercial strains alone and in mixture, and two controls with and without nitrogen. There was coincidence between the 16S rRNA gene and the intergenic space molecular markers for species identification. Strains that had productivity values equivalent to the commercial strains were identified. The mixture of PRF-81 strain to each one of the four strains did not increase productivity and produced an antagonistic effect on the LBMP-12BR strain. The native soil population was identified as Rhizobium sp. and was found to be inefficient in nitrogen fixation. This study identified promising new Rhizobium strains that exhibit differential responses in mixtures on inoculants.

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-01Bitstream added on 2015-05-14T16:59:00Z : No. of bitstreams: 1 000822315.pdf: 2572073 bytes, checksum: 28c07c8704c57c478b3bb4d84bef72f3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As proteínas desacopladoras (UCPs) são proteínas especializadas no transporte mitocondrial que dissipam o gradiente eletroquímico de prótons gerados na respiração. Essas proteínas desempenham um papel na manutenção da função mitocondrial e sua importância como componente da tolerância celular ao estresse oxidativo tem sido demonstrada em diversos estudos realizados tanto in vitro com em in vivo. No presente estudo, foram realizados dois estudos empregando UCPs de plantas. Numa primeira abordagem foi realizada uma análise do transcriptoma de plantas transgênicas de tabaco que superexpressam o gene AtUCP1 de Arabidopsis thaliana utilizando a técnica de RNA-Seq. Para o RNA-Seq foi gerado de mais de um milhão de reads com 150 pb em média para cada biblioteca testada. A partir desses reads, um conjunto de aproximadamente 34.000 contigs foi obtido. Após as análises foi possível identificar um total de 816 genes diferencialmente expressos entre as linhagens transgênicas e o controle selvagem, sendo 239 genes induzidos (p≤0,001) e 577 reprimidos (p≤0,001). Em paralelo, uma análise de expressão gênica foi empreendida utilizando mutantes de inserção de arabidopsis para os genes AtUCP1-3, dois deles caracterizados no presente estudo (atucp2 e atucp3), com o objetivo de verificar a funcionalidade e redundância entre essas isoformas. Segundo os resultados obtidos, uma possível compensação só foi observada no mutante atucp3 no qual os genes AtUCP1 e AtUCP2 foram induzidos tanto em condições fisiológicas normais como em condições de estresse salino e osmótico / Mitochondrial inner membrane uncoupling proteins (UCP) dissipate the proton electrochemical gradient established by the respiratory chain, thus affecting the yield of ATP synthesis. These proteins play a role in maintaining mitochondrial function and their importance as cellular oxidative stress tolerance component has been demonstrated in several studies performed in vitro and in vivo. In this study, the functional role of plant UCPs was investigated. In a first approach, a transcriptomic analysis of tobacco plants overexpressing the AtUCP1 gene of Arabidopsis thaliana was performed using RNA-seq analysis. The RNA-sequencing generated over a million of reads with 150 base pair on average for each library. From these reads, a set of approximately 34,000 contigs was obtained. A total of 816 differentially expressed genes between transgenic lines and wild-type control was identified. Amongst them, 239 were up-regulated (p≤0,001) and 577 were down-regulated (p≤0,001). In parallel, a gene expression analysis was performed using Arabidopsis insertion mutants for the AtUCP1-3 genes, two of them (atucp2 and atucp3) being characterized in this study. The main purpose was to verify the functionality and the existence of redundancy between the target genes. According to the obtained results, a compensatory expression was observed only in the atucp3 background, in which the AtUCP1 and AtUCP2 genes were induced both in normal physiological conditions and under salt and osmotic stresses

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). / Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.

Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-10-10T14:05:39Z No. of bitstreams: 1 DissMCR.pdf: 3216972 bytes, checksum: 2d913b1a10ee2d91bd23a9ef265576e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2017-12-20T18:51:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMCR.pdf: 3216972 bytes, checksum: 2d913b1a10ee2d91bd23a9ef265576e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2017-12-20T18:51:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMCR.pdf: 3216972 bytes, checksum: 2d913b1a10ee2d91bd23a9ef265576e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-20T18:51:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMCR.pdf: 3216972 bytes, checksum: 2d913b1a10ee2d91bd23a9ef265576e3 (MD5) Previous issue date: 2017-03-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Amazonian floodplains are complex networks that play relevant roles in global biogeochemical cycles, and the bacterioplankton degradation of organic matter is key in regional carbon budget in these systems. The Amazon undergoes seasonal variations in water level, which produces changes in landscape and in sources of organic inputs into floodplain systems. Although these changes should affect bacterioplankton, no studies have addressed the question of which factors drive spatial and temporal patterns of bacterioplankton in these systems. We used high-throughput (Illumina MiSeq) sequencing of the V3-V4 region of the 16SrRNA gene to investigate the spatiotemporal patterns of bacterioplankton community at different diversity layers and size fractions, and their correlation with environmental variables in an Amazon floodplain lake. Overall, four phyla dominated the community throughout the study: Actinobacteria, Cyanobacteria, Proteobacteria and Planctomycetes, but their abundance were different between size fractions, hydrologic periods and influence area. The rare biosphere had an important contribution for the composition patterns of all community and showed be more influenced by the spatial complexity. We found that the floodpulse was the mainly drive force of community composition patterns for the free-living fraction, and the distance from the Amazon river was the main driver for the particle-attached fraction. We also found differences between the combination of local and regional factors across space and time shaping the community. This is the first detailed characterization of the bacterioplankton community composition in an Amazon floodplain lake and we demonstrated that the spatial and temporal complexity of this system were reflected in bacterioplankton community composition. / Planícies de inundação Amazônicas são redes complexas que desempenham papéis relevantes nos ciclos biogeoquímicos globais e a degradação da matéria orgânica é um processo chave no balanço regional de carbono desses sistemas. A Amazônia sofre variações sazonais no regime hidrológico, o que produz mudanças na paisagem e nas fontes de matéria orgânica nos sistemas de inundação. Embora essas mudanças possam afetar o bacterioplâncton, nenhum estudo abordou a questão de quais fatores direcionam os padrões espaciais e temporais dessa comunidade nesses sistemas. Neste estudo, foi usado o sequenciamento de alto rendimento (Illumina MiSeq) da região V3-V4 do gene 16S do rRNA para investigar os padrões espaçotemporais do bacterioplâncton em diferentes camadas de diversidade e frações de tamanho, e sua correlação com as variáveis ambientais em um lago de várzea Amazônico. No geral, quatro filos dominaram a comunidade ao longo do estudo: Actinobacteria, Cyanobacteria, Proteobacteria e Planctomycetes, porém suas abundâncias foram diferentes entre frações de tamanho, períodos hidrológicos e área de influência. A biosfera rara teve uma importante contribuição para os padrões de composição de toda a comunidade e mostraram ser mais influenciadas pela complexidade espacial. Nós encontramos que o pulso de inundação foi a principal força motora dos padrões de composição para a fração livre, e a distância do rio Amazonas para a fração aderida a partículas. Nós também encontramos diferenças entre a combinação de fatores locais e regionais através do espaço e do tempo modulando a comunidade. Esse é a primeira caracterização detalhada da composição da comunidade do bacterioplâncton em um lago de várzea Amazônico e nós demonstramos que a complexidade temporal e espacial deste sistema foi refletida na composição da comunidade do bacterioplâncton. / CNPq: 490634/2013-3 / CNPq: 132749/2015-7 / FAPESP: 2014/13139-3 / FAPESP: 2013/18083-0