Submitted by Fernando Souza (fernandoafsou@gmail.com) on 2017-08-16T11:42:54Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2606529 bytes, checksum: e6d5e9c7169bad77fb641468b804b962 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-16T11:42:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2606529 bytes, checksum: e6d5e9c7169bad77fb641468b804b962 (MD5) Previous issue date: 2016-07-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The problem of scheduling on a single machine, proven to be NP-hard, consists of de ning the job grouping in batches and of the sequence in which these batches will be processed on a machine. Each job is associated with a release date, a processing time, a due date, a priority level in relation to the others and a size. The machine is able to process a group of jobs (batch) simultaneously, provided that the sum of the job sizes belonging to the referred batch does not exceed the machine capacity. Each job must be processed only once and only one batch is processed at a time on the machine. In this work, we consider the objective as the minimization of total weighted tardiness, where the tardiness of a job is the di erence between its completion time and its due date, in case the job processing is nished after its due date and hence is late, or equals zero, otherwise. In the literature, this problem is usually referred to as 1jbatch; rj ; sj ; comptjPwjTj . When all jobs are available to be processed at time zero, the problem is usually represented as 1jbatch; sj ; comptjPwjTj . These problems are still poorly explored in the literature and in addition, cover a large number of variant forms. There are few studies involving the application of exact methods for solving both. Only one mathematical formulation was identi ed in the literature for these problems. Hence, four time-indexed formulations were developed to solve the aforementioned problems, one of which is capable of dealing with both problems. The results achieved by the developed models were compared between themselves and with the results of the model available in the literature. These computational results reveal that two of the proposed models obtained higher performance both in terms of quality of the solution, particularly regarding the achieved lower bounds, and in numbers of open nodes and of proven optimal solutions. / O problema de sequenciamento de lotes da produ c~ao em uma m aquina, comprovadamente tido como NP-dif cil, consiste na de ni c~ao do agrupamento de tarefas em lotes e da sequ^encia em que estes ser~ao processados em uma m aquina. Cada tarefa est a associada a uma data de libera c~ao, um tempo de processamento, uma data de entrega, um n vel de prioridade em rela c~ao as demais, e um tamanho. A m aquina e capaz de processar um conjunto de tarefas (lote) simultaneamente, contanto que a soma dos tamanhos das tarefas pertencentes ao referido lote respeite a capacidade da m aquina. Cada tarefa deve ser processada apenas uma vez e somente um lote e processado por vez na m aquina. Neste trabalho, considera-se como objetivo a minimiza c~ao do total de atrasos ponderados, onde o atraso de uma tarefa e igual ao seu tempo de t ermino menos a sua data de entrega, caso o processamento da tarefa seja nalizado ap os a sua data da entrega e, portanto, em atraso, e e igual a zero, caso contr ario. Na literatura, este problema e geralmente referenciado como 1jbatch; rj ; sj ; comptjPwjTj . Quando todas as tarefas est~ao dispon veis para serem processadas no instante de tempo zero, o problema e usualmente representado por 1jbatch; sj ; comptjPwjTj . Estes s~ao problemas ainda pouco investigados na literatura e, al em disso, abordam uma grande quantidade de variantes. Existem poucos trabalhos envolvendo a aplica c~ao de m etodos exatos para a resolu c~ao de ambos. Apenas uma formula c~ao matem atica foi identi cada na literatura para estes problemas. Dessa forma, quatro formula c~oes matem aticas com vari aveis indexadas no tempo foram desenvolvidas para resolver os problemas mencionados anteriormente, das quais uma e capaz de tratar de ambos os problemas. Os resultados alcan cados por meio dos modelos desenvolvidos foram comparados entre si e com os resultados do modelo dispon vel na literatura. Tais resultados computacionais demonstram que dois dos modelos propostos obtiveram desempenho superior tanto em termos de qualidade da solu c~ao, em especial em rela c~ao aos limites inferiores alcan cados, quanto em n umeros de n os abertos e quantidade de solu c~oes otimas comprovadas.

Submitted by TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD null (tatischud@gmail.com) on 2018-03-13T20:36:16Z No. of bitstreams: 1 Tese_Tatiane_Cristina_Seleguim_Chud.pdf: 4849443 bytes, checksum: b950a6891cf2829637cfa58f2ae8367a (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-03-16T18:20:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 chud_tcs_dr_jabo.pdf: 4849443 bytes, checksum: b950a6891cf2829637cfa58f2ae8367a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-16T18:20:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 chud_tcs_dr_jabo.pdf: 4849443 bytes, checksum: b950a6891cf2829637cfa58f2ae8367a (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com o avanço das tecnologias genômicas, permitiu-se detectar no genoma de humanos e animais domésticos elevado número de variações estruturais cromossômicas, como variação no número de cópias (CNV). No melhoramento genético de animais domésticos, CNVs podem auxiliar no entendimento da variabilidade genética de características de importância econômica, pois a maioria dessas regiões influenciam a expressão de genes com funções biológicas específicas. Com a finalidade de verificar possíveis relações de CNVs com características de sanidade, reprodutivas e produtivas em rebanhos leiteiros, o objetivo deste trabalho foi detectar e caracterizar CNVs em bovinos da raça composta Girolando (Gir X Holandês), identificar CNVs específicas em animais Girolando oriundas de animais da raça Gir e Holandês e investigar a diferenciação populacional entre as três raças por meio da variação no número de cópias nas regiões próximas aos genes anotados no genoma bovino. Para detecção das CNVs por meio dos dados de painel de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP), no capítulo 2, foram utilizados registros de 1.607 vacas genotipadas com painel de SNP de média densidade (50K SNP) e de 280 touros genotipados com painel de alta densidade (HD SNP). A detecção foi realizada por meio do modelo oculto de Markov implementado pelo programa PennCNV. Foram utilizados dois touros ressequenciados para identificação das CNVs pelo método “read -depth” por meio dos dados de sequenciamento de nova-geração (NGS). Um total de 203 e 213 regiões candidatas de CNVs foram selecionadas pelos painéis de 50K e HD, respectivamente. Deleções e duplicações relacionadas a resistência a parasitas, susceptibilidade à doenças e reprodução, foram encontradas principalmente nos cromossomos BTA 5 e BTA 17. A detecção e caracterização das CNVs realizadas em bovinos de leite de raça composta demonstrou melhor entendimento das características de adaptabilidade ao clima tropical, como resistência à doenças e eficiência reprodutiva. No capítulo 3, foram utilizados cinco animais da raça Holandês, 14 animais da raça Gir e dois animais da raça Girolando. Após o alinhamento do genoma foi realizada a detecção das CNVs pela metodologia baseada em “read-depth”. A estatística VST.foi calculada pela média do número de cópias nas regiões próximas aos genes anotados no genoma bovina. Genes relacionados com fertilidade (MEPCE, ASB3) e susceptibilidade às doenças (HLX, MIR-455) foram anotados nas regiões específicas compartilhadas entre Girolando e as raças formadoras (Gir e Holandês). Os valores de VST variaram de -0,37 a 0,98. Os genes AOX1, SLBP, TACC3 e PRAME, apresentaram elevado VST, indicando diferenciação populacional pelo número de cópias, possivelmente originárias durante os processos de domesticação das subespécies. Regiões especificas de CNVS foram identificadas nos animais Girolando provenientes do Gir e do Holandês. O estudo de diferenciação populacional evidenciou seleção positiva no genoma de animais da raça Gir e Girolando para características relacionadas à adaptação desses animais aos ambientes de clima tropical, possivelmente originadas do processo de domesticação. / The advances of the genomic technologies has enabled to identify a high number of chromosomal structural variations in human and domestic animal genomes, such as copy number variation (CNV). In animal breeding, CNVs may assist to understand genetic variability of the economic important traits due most of the CNVs influence gene expression with specific biological functions. To identify possible CNVs linked to health, reproductive and productive traits in dairy cattle, the objective of this work was to detect and to describe CNVs in Girolando cattle (Gir x Holstein), to identify breed-specific CNV regions in Girolando from Gir and Holstein, and to investigate the population differentiation among the breeds using the copy number located on regions within annotated genes. In chapter 2, the CNV detection using single-nucleotidepolymorphism (SNP) panel was carried out on 1.607 females genotyped with the medium-density SNP panel (50K SNP) and 280 bulls genotyped with high-density panel (HD SNP) using Hidden Markov model implemented by PennCNV software. CNV calling also was perform using read-depth method applied on next-generation sequencing (NGS) data from two bulls resenquenced. A total of 203 and 213 CNVs candidate’s regions were picked using 50K e HD panels, respectively. Deletions and duplications related to parasite resistance, to disease susceptibility, and to reproductive efficiency was observed mainly located on chromosome BTA 5 and BTA 17. The detection and characterization of the CNVs in composite dairy cattle breed demonstrated better understanding of the traits, such disease resistance and reproductive efficiency. In chapter 3, the CNV calling was carried out on three Girolando bulls, 14 Gir bulls, and five Holstein bulls resequenced using the “readdepth” method implemented by CNVnator software. The VST statistic was calculated for the average of the copy number in regions located near annotated genes. Genes linked to fertility (MEPCE, ASB3) and disease susceptibility (HLX, MIR-455) were mapped on specific regions shared between Girolando and the pure-breeds (Gir ans Holstein). VST values ranged from -0.37 to 0.98. The genes AOX1, SLBP, TACC3 and PRAME, showed high VST, indicating high level of the population differentiation for the copy number located on the regions near of these genes. We found CNVR regions in Girolando specific from Gir and Holstein. The population differentiation study evidenced positive selection in genome of the Gir and Girolando animals for traits related to the adaptability of the breeds in tropical environmental may have originated from the domestication process. / FAPESP : 15/08939-0

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA10MA065.pdf: 574095 bytes, checksum: 57eb26bddb6a6d197fe88cd5d25475f2 (MD5) Previous issue date: 2010-10-08 / The present study was intended to characterize Rickettsia spp. circulating in arthropod vectors in Santa Catarina, Brazil, utilizing to technical of Reaction of Chain of the Polimerase (PCR) and sequencing genetic and investigate the presence of antibodies against the spotted fever Rickettsiae group (SFRG) in horses. 288 arthropods were collected and taxonomically identified in the Laboratório de Parasitologia e Doenças Parasitárias do Centro de Ciências Agroveterinárias da Universidade do Estado de Santa Catarina (CAV/UDESC) and, subsequently prosecuted by the PCR and sequencing in the Laboratório de Doenças Parasitárias do Departamento de Medicina Preventiva e Saúde Animal (VPS) of the Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ) of the Universidade de São Paulo (USP). Amblyomma ovale, A. aureolatum, A. longirostre, Rhipicephalus sanguineus and Dermacentor nitens showed sequences homology with R. parkeri cepa Mata Atlântica e R. amblyommi cepa AL. Equine (150) serum samples were tested by indirect fluorescent antibody (IFA) using R. rickettsii, R. parkeri, R. amblyommi, R. rhipicephali, R. belli and R. felis antigen. Only two of the equine sera tested (1.33%) had conclusive results of antibody titers. Molecular detection of rickettsiae species potentially pathogenic to humans in arthropod vectors and the presence of seroreactivity to SFRG in horses show the risk of transmission of rickettsiosis in this area and the need to maintain continuous epidemiological surveillance for rickettsial diseases / O presente trabalho foi realizado com objetivo de investigar as espécies de Rickettsia spp. que ocorrem no estado de Santa Catarina, por meio de pesquisa em ixodídeos coletados de diversas espécies animais, utilizando a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e sequenciamento genético, e detectar anticorpos contra Rickettsia spp. em equinos, pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI). Os carrapatos coletados foram encaminhados para o Laboratório de Parasitologia e Doenças Parasitárias do Centro de Ciências Agroveterinárias da Universidade do Estado de Santa Catarina (CAV/UDESC) para identificação taxonômica e, posteriormente processados pela PCR e sequenciamento no Laboratório de Doenças Parasitárias do Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal (VPS) da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ) da Universidade de São Paulo (USP). Os carrapatos (n=288) foram analisados para os genes rickettsiais gltA, presente possivelmente em todas as espécies do gênero Rickettsia, e ompA, comum às rickettsias do grupo da febre maculosa. Para o gene gltA, 14 amostras foram positivas, infectando os vetores das espécies Rhipicephalus sanguineus, Amblyomma aureolatum, A. ovale, A. longirostre, A. tigrinum e Anocentor nitens. Nove amostras foram positivas para o gene ompA (A. aureolatum, A. ovale, A. longirostre, R. sanguineus). As amostras positivas para ompA foram sequenciadas. O resultado do sequenciamento indica que em Santa Catarina circulam os agentes Rickettsia parkeri cepa Mata Atlântica e Rickettsia amblyommii cepa AL. Além dos carrapatos, 150 amostras de sangue foram colhidas de equinos de duas mesorregiões de Santa Catarina (Serra Catarinense e Vale do Itajaí) para análise de anticorpos contra Rickettsia spp. Foram considerados positivos animais com RIFI ≥1:64. A soroprevalência para Rickettsia spp. observada em equinos do estado de Santa Catarina foi de 18,66%, ocorrendo reações cruzadas em todas as amostras para, no mínimo, duas das espécies testadas. Somente dois animais resultaram em um sorodiagnóstico conclusivo para R. bellii e R. rickettsii nas diluições máximas de 1:4096 e 1:512, respectivamente. Os resultados obtidos comprovam a importância do estudo da febre maculosa no estado de Santa Catarina e indicam a circulação de agentes da febre maculosa brasileira (FMB), tanto nos reservatórios como em seus vetores, e sugere que esta doença possa estar ocorrendo neste estado

Orientador: Paula Rahal / Resumo: O vírus da Hepatite C (HCV) afeta cerca de 3% da população mundial. A cada ano, 3-4 milhões de novos casos são diagnosticados. A identificação de redes transmissão é complexa devido ao longo período de incubação, à falta de sintomas na fase aguda da doença e à heterogeneidade do HCV, que dificulta o estabelecimento de vínculos entre casos relacionados. Uma ampla caracterização das populações intra-hospedeiros pode ser realizada de forma eficiente através do sequenciamento de nova geração (NGS). Com base neste contexto, o sequenciamento de múltiplas regiões subgenômicas é uma solução às limitações impostas pela rápida evolução molecular do HCV. Variantes virais das regiões HVR1 e NS5A de 16 pacientes cronicamente infectados com o HCV, genótipos 1a e 1b, foram sequenciadas com a técnica de NGS. Os pacientes 1-7 compartilhavam fatores de risco, pertencendo ao mesmo grupo de usuários de drogas injetáveis, porém o parentesco genético desses casos não pode ser estabelecido com base apenas no sequenciamento da HVR1 (distância nucleotídica mínima entre 16-23). A amplificação de um fragmento maior (~450 pb), correspondente a um segmento da região NS5A, aprimorou a relação epidemiológica entre os pacientes 1-5, onde as distancias genéticas mínimas foram consideravelmente menores (9-13). Os pacientes 6 e 7 não compartilharam sequências com os outros cinco pacientes dessa rede, apresentando populações virais mais homogêneas. Adicionalmente, Median Joining Networks foram construídas para ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The hepatitis C virus (HCV) affects approximately 3% of the world's population. Each year 3-4 million new cases are diagnosed. The identification of transmission networks is complicated due to the characteristic long incubation period, the lack of symptoms during the acute phase of the disease and the heterogeneity of HCV, making it challenging to link related cases to a common source of infection. Extensive characterization of intra-host populations can be reliably archived using next generation sequencing (NGS) approaches. Sequencing of multiple and longer subgenomic regions has been proposed as an alternative to overcome the limitations imposed by the rapid molecular evolution of the HCV HVR1. Thus, the NS5A and HVR1 regions of 16 chronically infected individuals, genotypes 1a and 1b, were sequenced using a NGS platform. Patients 1-7 shared risk factors and belonged to the same injection drug users network. However, genetic relatedness could not be established based on the HVR1 sequences (minimal nucleotide distance ranging from 16-23). Amplification and sequencing of a larger PCR fragment (~450 bp) targeting the NS5A region reestablished lost epidemiological links between patients 1-5. The minimum genetic distances in those patients were considerable smaller than the HVR1 counterparts (9-13). Patients 6 and 7 displayed a rather homogeneous viral population and were clearly not sharing any sequences with all other five patients in this network. Additionally, Median Joining... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-10-04T23:03:13Z No. of bitstreams: 1 IasmimSantosMangabeiraESilva_DISSERT.pdf: 2613750 bytes, checksum: 2033efb9279dea1592d2eee5ce08363a (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-10-16T19:14:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 IasmimSantosMangabeiraESilva_DISSERT.pdf: 2613750 bytes, checksum: 2033efb9279dea1592d2eee5ce08363a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-16T19:14:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 IasmimSantosMangabeiraESilva_DISSERT.pdf: 2613750 bytes, checksum: 2033efb9279dea1592d2eee5ce08363a (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O objetivo deste estudo foi compreender os mecanismos moleculares associados ? resist?ncia de ovinos ?s infec??es por nematoides gastrintestinais. Foi comparado o transcriptoma da mucosa do abomaso de 17 ovinos mesti?os ? Santa In?s e ? Dorper, previamente classificados como infectados (resistentes e suscept?veis) e n?o infectados, distribu?dos em dois sistemas de alimenta??o (ad libitum e alimenta??o restrita) em resposta a infec??o por Haemonchus sp., utilizando a tecnologia RNA-Seq. A prepara??o das bibliotecas, o sequenciamento do genoma e a an?lise de dados foram realizadas no Laborat?rio de Biotecnologia Animal - ESALQ, Piracicaba, Brasil. A m?dia de sequ?ncias por amostra antes e depois da filtragem foi de 12.522.573 e 9.626.457, respectivamente, e a m?dia da taxa de mapeamento das leituras filtradas contra o genoma de refer?ncia do ovino Oar_v4.0 foi de 79,66%. Foram identificados como diferencilamente expressos (DE) 421 e 1123 genes quando comparado os animais infectados e n?o infectados, dentro do grupo de alimenta??o restrita e ad libitum, respectivamente. Quando avaliados os infectados inseridos na alimenta??o ad libitum versus alimenta??o restrita, 13 genes foram DE. Quando avaliados os animais resistentes e suscept?veis com efeito fixo de alimenta??o, apenas 36 genes foram DE. E por fim, comparando-se os animais infectados versus os controles tendo a alimenta??o como efeito fixo, foram identificados 881 genes DE. A an?lise de enriquecimento funcional mostrou que alguns termos do Gene Ontology foram significativamente enriquecidos (valor p ajustado<0,05). Nossos achados sugerem que al?m dos genes que participam diretamente do sistema imunol?gico, genes que participam de outras vias biol?gicas como o metabolismo do ?cido araquid?nico, via de sinaliza??o e sistema de complemento s?o essenciais na resposta do hospedeiro a Haemonchus contortus. Al?m disso, a alimenta??o n?o apresentou um efeito significativo no perfil de express?o g?nica dos animais infectados e n?o infectados, mostrando que a diferen?a entre a express?o dos genes foi devido ? infec??o por H. contortus. / The aim of this study was to understand molecular mechanisms underlying host resistance. We compared the abomasal mucosal transcriptome of 17 crossbred ? Santa In?s and ? Dorper lambs, previously classified as infected (resistant and susceptible) and uninfected distributed in two feeding system (ad libitum and restrict feed) in response to Haemonchus sp. infection using RNA-Seq technology. The libraries preparation, genome sequencing and sequence analyses were performed at the Laboratory of Animal Biotechnology - ESALQ, Piracicaba, Brazil. The average of reads per sample before and after filtering was 12.522.573 and 9.626.457, respectively, and the average of mapping rate of filtered reads against to Ovis aries Oar_v4.0 reference genome assembly was 79.66%. 421 and 1123 differentially expressed (DE) genes were identified when compared to infected and uninfected animals, within the restricted and ad libitum feed groups, respectively. When evaluated the infected animals inserted in the ad libitum feed versus restricted feeding, 13 genes were DE. When evaluated the resistant and susceptible animals with fixed feeding effect, only 36 genes were DE. Finally, by comparing infected versus control animals with feed as a fixed effect, 881 DE genes were identified. Functional enrichment analysis showed that some Gene Ontology terms were significantly enriched (adjusted p-value <0.05). Our findings suggest that in addition to genes that participate directly in the immune system, genes that participate in other biological pathways such as arachidonic acid metabolism, signaling pathway and complement system, for example, are essential in the host's response to Haemonchus contortus, generating a greater sheep resistance. In addition, feeding did not have a significant effect on the gene expression profile, showing that the difference between gene expressions was due to H. contortus infection.

Terra Preta Antropogênica (TPA) é um dos tipos de solos mais \"férteis\" do mundo. A TPA recebe esta denominação por ser encontrada em sítios arqueológicos onde viveram grupos pré-históricos. São pequenas faixas de solos que apresentam altas concentrações de nutrientes, matéria orgânica e encontram-se distribuídas aleatoriamente pela região Amazônica. A verdadeira origem destes solos ainda não está bem esclarecida. Devido à falta de informações sobre sua diversidade bacteriana, este trabalho estudou a diversidade bacteriana em amostras de solos TPA coletadas em duas regiões: Lagoa Balbina - sítio Terra preta (Amazônia Central- Amazonas) e Floresta Nacional de Caxiuanã - sítio arqueológico Mina I (Amazônia Oriental - Pará), através de técnicas moleculares independentes de cultivo. O DNA genômico total das amostras de solo foi extraído e usado como molde em uma reação de PCR utilizando oligonucleotídeos específicos do gene 16S rRNA para o Domínio Bactéria. O produto de PCR amplificado foi clonado no vetor pGEM-T e 980 clones foram selecionados e comparados com o banco de dados de 16S rRNA do RDP II e GenBank (NCBI-EUA). Os resultados apresentaram predominância com microrganismos não-conhecidos representando 41,6 % das seqüências de solo TPA- Balbina, 68,3 % das seqüências de ADJ-Balbina, 84,8% das seqüências de solo TPAMina e 47,7 % das seqüências de ADJ-Mina. O filo mais predominante nas amostras TPABalbina foi Firmicutes, representando 37,1% do total de seqüências analisadas. Os filos em destaque foram Proteobacteria (9,6%), seguidos de Verrucomicrobia (5,6%), Acidobacteria (2,5%), Gemmatimonadetes (2,5%), Actinobacteria (0,5%) e Nitrospira (0,5%). Por outro lado, em ADJ-Balbina destacaram-se os filos Proteobacteria 15,1%, Acidobacteria (12,5%), Firmicutes (2,3%), Nitrospira (1,1%) e Verrucomicrobia (0,8%). Em TPA-Mina, os filos apresentados foram Proteobacteria (6,5%), Acidobacteria (4,7%), Firmicutes (1,4%), Nitrospira (1,1%), Planctomycetes (1,1%) e Verrucomicrobia (0,4%). Contudo, na biblioteca ADJ-Mina verificou a presença dos filos Acidobacteria (27,2%), Proteobacteria (14,2%), Firmicutes (3,8%), Verrucomicrobia (3,8%), Nitrospira (1,3%), Planctomycetes (1,3%), Actinobacteria (0,4%) e Gemmatimonadetes (0,4%). O pH do solo pode ser um dos atributos do solo que pode ter influência direta na diversidade bacteriana dos solos estudados, assim como pode ter efeito uma floresta natural sobre as populações microbianas em seu solo, fato observado na adjacência do solo Terra Preta em Caxiuanã - PA. A estimativa da riqueza de UTOs pelo Bootstrap corroborou diretamente os valores de diversidade obtidos pelos índices de Simpson e Shannon. De um modo geral, uma maior probabilidade de ocorrência de UTOs únicas empregadas pelo estimador Jackknife se correlacionou com uma maior percentagem de baixas frequências de filotipos nas quatro bibliotecas. Os métodos não-paramétricos ACE e Chao1 para a estimativa da riqueza de UTOs também corroboraram com os valores obtidos com o estimador Jackknife. / Anthropogenic Dark Earth (ADE) is one of the most fertile soils in the world. ADE soils have received this nomination due to the pre-historical origin of these archaeological sites, established by pre-colombian populations. ADEs are small areas of soil which present high nutrient and organic matter contents and are randomly distributed throughout the Amazonian region. The true origin of these soils is not known yet. Due to the lack of information concerning the bacterial diversity, this work studied the bacterial diversity in ADE soils collected from two regions: Lagoa Balbina - site Terra Preta (Central Amazonia- Amazonas state) and National Forest of Caxiuanã - archaeological site Mina I (Oriental Amazonia - Pará state), using culture-independent molecular techniques. The total genomic DNAs extracted from the soil samples were used as templates in the PCR reactions using the universal primers for the 16S rRNA bacterial gene. The PCR-products were cloned into the pGEM-T vector and 980 clones were selected and searched using the GenBank (NCBI-USA) and the RDP II program. Data analyses indicated predominance of unknown microorganisms, representing 41.6 % among the sequences from ADE-Balbina, 68.3 % from Adjacent-Balbina, 84.8% from ADE-Mina and 47.7 % from Adjacent-Mina. The predominant phylum in ADEBalbina was Firmicutes, representing 37.1% of the total sequences from that site, followed by Proteobacteria (9.6%), Verrucomicrobia (5.6%) Acidobacteria (2,5%), Gemmatimonadetes (2,5%), Actinobacteria (0,5%) and Nitrospira (0.5%). On the other hand, in the adjacent soil ADJ-Balbina, the predominant phylla were Proteobacteria (15.1%), Acidobacteria (12.5%), Firmicutes (2.3%), Nitrospira (1.1%) and Verrucomicrobia (0.8%). In the Oriental Amazon, the prevalent phylla from the ADE-Mina soil were Proteobacteria (6.5%), Acidobacteria (4.7%), Firmicutes (1.4%), Nitrospira (1.1%), Planctomycetes (1.1%) and Verrucomicrobia (0.4%). In the ADJ-Mina verificou a presença dos filos Acidobacteria 27.2%, Proteobacteria 14.2%, Firmicutes 3.8%, Verrucomicrobia 3.8%, Nitrospira 1.3%, Planctomycetes 1.3%, Actinobacteria 0.4% e Gemmatimonadetes 0.4%. The soil pH may be of the soil attributes which may have directly influenced the bacterial diversity in those soils, as well as the above-ground vegetation from the natural forest in Caxiuanã-Pará. The estimates of the Operational Taxonomic Units (OTUs) richness using Bootstrap directly corroborated the diversity values obtained from the Simpson and Shannon indexes. Unique UTOs using Jackknife estimator were correlated with a higher percentage of the low frequencies of phylla in all the four clone libraries. The nonparametric ACE and Chao1 methods to estimate the OTUs richness also corroborated the Jackknife values.

Rhynchosciara americana é estudada desde a década de 50 quando foi evidenciada a amplificação gênica em regiões de seus cromossomos politênicos. Os fenômenos de amplificação e a formação destes cromossomos gigantes se dão por meio da ocorrência de endociclos, regulados pela oscilação na atividade do complexo ciclinaE/CDK2. Nas glândulas salivares de nosso modelo, durante o desenvolvimento, há ocorrência de cromossomos politênicos. Foi seqüenciada uma mensagem de uma quinase dependente de ciclina (CDK10) que não apresenta qualquer ligação com os endociclos, descrita na literatura. Este transcrito teve sua sequencia revelada por experimentos de 5\'RACE. A sequência genômica foi parcialmente determinada. O perfil de expressão deste gene foi determinado nos ovários, glândulas salivares e corpo gorduroso. A presença da proteína CDK10 foi determinada por experimentos de western blot em glândulas salivares. A localização celular foi determinada nos ovários. Resultados sugerem a existência de duas isoformas deste gene nos tecidos analisados. / Rhynchosciara americana is studied since the 50s decade when gene amplifications was discovered in some regions of its polytene chromosomes. The phenomena of amplification and the formation of these giant chromosomes happens through the endocycles, regulated by an activity oscillation of the complex CyclinE/CDK2. It is known that, in the salivary glands of our model, during it is development, there is the occurrence of these polytene chromosomes, formed since the beginning of the larval life. It was sequenced a message of CDK10, a cyclin depended kinase that shows no participation with the endocycles, as described at the literature. This transcript was fully sequenced by 5\'RACE experiments. Its genomic sequence was partially determined. The relative expression pattern was determined for ovaries, salivary glands and fat body. The CDK10 protein was observed by western blot experiments in the salivary glands. Its cellular location was determined at the ovaries. Results suggest the existence of two isoforms of the RaCDK10 gene at the tissues analyzed.

An interdisciplinary approach integrating micro and macroevolution, genomic, morphometric and morphological variation, systematics, quantitative genetics, and biogeography was employed to investigate the evolutionary history of the genus Holochilus (Rodentia: Sigmodontinae). Holochilus presents poorly defined species, with nomenclatural problems and phylogenetic relationships on species level unknown. The current species number possibly does not reflect its real diversity, and no work combining genetic and morphometric evidences from all its geographic range was performed. This genus belongs to the tribe Oryzomyini, and along with other 14 genera constitute the Oryzomyini clade D, the most comprehensive generic diversity of the tribe, occupying distinct environments. The internal phylogenetic relationship within this clade is still unclear and variable. Due to its broad geographic distribution, Holochilus also represents a key piece on the study of the evolution of oryzomines of open formations of South America. Based on a comprehensive sampling, I analyzed patterns of morphometric and genomic variation within Holochilus, in order to delimit the species belonging to this genus, as well as access the phylogenetic relationship between these lineages. I investigated the sexual and ontogenetic variation in this group, comparing natural and captive populations, seeking for understand the effect of the environmental differences in the pattern of variation and ontogenetic trajectories (Chapter 1). I also evaluated and compared the genomic variation among three species of Holochilus to verify the influence of the biomes and the climatic changes in the genomic signatures (Chapter 2). I applied a model-based approach to delimit species (Chapter 3). And finally, additional investigations were made to propose the phylogenetic relationship between members of clade D, and provide date intervals for the main diversifications events, as well as the possible process responsible for the biogeographic pattern current observed related with the forest and open areas occupation (Chapter 4). Sexual dimorphism exhibited small degree of variation among populations. The greater ontogenetic variation is found in the younger age classes, but oldest individuals also show larger degree of differentiation. There are also great differences in the ontogenetic trajectories among samples, where individuals from the captive population exhibited the lower degree of variation between all age classes. The quantitative genetic analysis showed that genomic differences are observed across the taxa, and it was associated with geography. Ecological niche models revealed that biomes with larger areas of stability also presented more genomic structure, suggesting that historical dimension impacted population isolation/connectivity. Results also shows that biomes not only differ geographically and environmentally (based on past climatic conditions), but also show significant association between the environmental space and the genetic variation that is not related with geography. Eight independent lineages within Holochilus were recovered, and the phylogenetic arrangement partially corroborates previous studies. Finally, the phylogeny proposed for the clade D presented some differences in comparisons with other previously reported, and suggest that most of the cladogenetic events happened during the Pleistocene, being the expansion of open environments an important driver of diversification in this group. / Uma abordagem interdisciplinar integrando micro e macroevolução, variação genômica, morfométrica e morfológica, sistemática, genética quantitativa e biogeografia foi empregada para investigar a história evolutiva do gênero Holochilus (Rodentia: Sigmodontinae). O gênero Holochilus apresenta espécies mal definidas, com problemas nomenclaturais e relações desconhecida. O número atual de espécies possivelmente não reflete a sua diversidade real e, até o momento, não foi realizado nenhum trabalho combinando evidências genéticas e morfométricas englobando toda a distribuição geográfica desse grupo. Este gênero pertence à tribo Oryzomyini, e juntamente com outros 14 gêneros (a diversidade genérica mais abrangente da tribo) formam o clado D. A relação filogenética interna dentro deste clado ainda é variável. Devido à sua ampla distribuição geográfica, Holochilus também representa uma peça chave no estudo da evolução dos oryzomíneos de formações abertas da América do Sul. Com base em uma amostragem abrangente, analisei padrões de variação morfométrica e genômica dentro de Holochilus, a fim de delimitar as espécies pertencentes a este gênero, bem como acessar a relação filogenética entre essas linhagens. Investiguei a variação sexual e ontogenética deste grupo, comparando populações naturais e de cativeiro, buscando entender o efeito das diferenças ambientais no padrão de variação e nas trajetórias ontogenéticas (Capítulo 1). Eu também avaliei e comparei a variação genômica entre três espécies de Holochilus a fim de verificar a influência dos biomas e das mudanças climáticas nas assinaturas genômicas das espécies (Capítulo 2). Em seguida eu apliquei uma abordagem baseada em modelos para delimitar as espécies (Capítulo 3). Finalmente, investigações adicionais foram realizadas para propor as relações filogenéticas entre os membros do clade D, fornecendo datas para os principais eventos de diversificação, e inferências sobre possíveis processos responsáveis pelo padrão biogeográfico atual, relacionado os mesmos com a ocupação florestal e áreas abertas (Capítulo 4). O dimorfismo sexual apresentou pequeno grau de variação entre as populações. A maior variação ontogenética é encontrada nas classes etárias mais jovens e mais velhas. Há também grandes diferenças nas trajetórias ontogenéticas entre as amostras, onde indivíduos da população cativeiro exibiram o menor grau de variação entre todas as classes etárias. A análise genética quantitativa mostrou que diferenças genômicas são observadas em todos os táxons e essa diferença está associada à geografia. Modelos de nichos ecológicos revelaram que os biomas com maiores áreas de estabilidade também apresentaram maior estruturação genômica, sugerindo que uma dimensão histórica impactou o isolamento/conectividade entre as populações. Os resultados também mostram que os biomas não só diferem geograficamente e ambientalmente (baseado em condições climáticas passadas), mas também mostram associação significativa entre o espaço ambiental e a variação genética que não está relacionada com a geografia. Adicionalmente, foi recuperado oito linhagens independentes dentro de Holochilus, e o arranjo filogenético parcialmente corrobora estudos anteriores. Finalmente, a filogenia proposta para o clado D apresentou algumas diferenças em comparação com outros estudos, e sugeriu que a maioria dos eventos cladogenéticos ocorreram durante o Pleistoceno, sendo a expansão dos ambientes abertos um importante motor de diversificação neste grupo.

As fissuras orofaciais, ou fissuras labiopalatinas, são malformações prevalentes na população mundial, presente em cerca de um a cada 700 nascimentos. Dentro das fissuras orofaciais, um grupo etiologicamente distinto é composto pelas fissuras de lábio com ou sem fissura de palato, que, em 70% dos casos, não estão associadas a nenhuma comorbidade (fissuras de lábio com ou sem palato não sindrômicas, FL/P NS). A etiologia das FL/P NS é complexa, e em muitos casos apresenta herança multifatorial. A contribuição genética para as FL/P NS, embora sabidamente relevante, ainda é pouco conhecida. Ainda, os loci de suscetibilidade consistentemente associados às FL/P NS, não conferem um risco que explique a herdabilidade total da doença. O objetivo do presente trabalho foi investigar, por meio de diferentes estratégias, variantes de risco às FL/P NS. Utilizando sequenciamento de exoma em casos familiais, verificamos que o gene codificante da caderina epitelial, CDH1, contribui importantemente com variantes raras de efeito moderado a alto na etiologia das FL/Ps. Além disso, propusemos que também podem ter relevância etiológica genes envolvidos na via de polaridade planar celular, transição epitélio-mesênquima, adesão celular, regulação de ciclo celular ou de interação com microtúbulos. Por meio de um estudo de associação com correção para estratificação populacional, caracterizamos o intervalo de associação da região 8q24, o principal locus de suscetibilidade às FL/P, e identificamos associação significativa também para a região 20q12. Por fim, combinando o estudo de associação com mapeamento de eQTLs, encontramos pela primeira vez a associação entre marcadores na região 2p13, que regulam MRPL53, em FL/P NS. Em conclusão, este trabalho contribui para o melhor entendimento da relevância de variantes raras, de efeito moderado a alto, e comuns, de efeito pequeno, na etiologia das FL/P NS / Orofacial clefts (or cleft lip/palate) are congenital malformations with high prevalence in population (&sim;1:700 births). Among the orofacial cleft types, an etiologically distinct group is composed by cleft lip with or without cleft palate, which, in 70% of cases, is not accompanied by other malformations (nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P). NSCL/P presents complex etiology, often with multifactorial inheritance. Although important, the genetic contribution to NSCL/P is still poorly comprehended, and the susceptibility loci that have been associated with NSCL/P do not explain the totality of the disease\'s heritability. In light of this, our aim was to investigate risk variants for NSCL/P by means of different strategies. With exome sequencing for NSCL/P familial cases, we report that the epithelial cadherin-encoding gene contributes with rare, moderate-to-high risk variants to NSCL/P etiology. In addition, we suggest an etiological contribution of genes laying in planar cell polarity pathway, or involved with epithelial-mesenchymal transition, cell adhesion, cell cycle regulation, and interaction with microtubules. Using structured association approach, we narrowed the associated interval of 8q24 region in a Brazilian population, and also validated the association for 20q12. Finally, by combining association analysis with eQTL mapping, we found association of regulatory variants of MRPL53, in 2p13, with NSCL/P. In conclusion, this study contributes with a deeper comprehension of the etiological role of rare and common variants for NSCL/P

A síndrome de Waardenburg é uma síndrome geneticamente heterogênea, com uma taxa de penetrância muito alta e expressividade extremamente variável. O objetivo desse estudo foi a caracterização molecular de uma amostra brasileira de pacientes com SW, dando continuidade ao estudo clínico feito em Pardono (2005), por meio do estudo de 48 probandos classificados com a síndrome de Waardenburg tipo 1 ou 2. Foram estudados os genes PAX3, MITF, SOX10, SNAI2, EDN3 e EDNRB, por meio do sequenciamento pelo método de Sanger, e investigadas as microdeleções e microduplicações dos genes PAX3, MITF e SOX10 pela técnica de MLPA (Multiplex Ligationdependent Probe Amplification). Dentre os resultados obtidos, identificou-se 17 mutações potencialmente patogênicas (35,4% dos probandos). Dessas, seis são variações de número de cópias (12,5% dos probandos). Além disso, foi realizado um levantamento na base de dados LOVD (Leiden Open Variation Database), no qual constam 105 mutações não sinônimas exônicas consideradas causativas da SW. Diversos algoritmos foram utilizados para avaliar a possível patogenicidade dessas mutações, os quais levam em conta as frequências das mutações na base de dados do projeto 1000 genomas e 6500 exomas, anotam as previsões dadas pelos programas Polyphen2, MutationTaster, LRT e SIFT e verificam a conservação em mamíferos e primatas. Por meio dessa análise, verificou-se que em 19 mutações desse tipo (18%) faltam evidências de sua patogenicidade, colocando-se em dúvida a sua relação com a síndrome de Waardenburg / Waardenburg syndrome (WS) is a genetically heterogeneous syndrome, with a very high penetrance rate and highly variable expressivity. The focus of this study was the molecular characterization of a Brazilian sample of patients with WS (48 probands classified with Waardenburg syndrome type 1 or 2). The analysis of genes PAX3, MITF, SOX10, SNAI2, EDN3 and EDNRB were performed by the Sanger sequencing method. Microduplications and microdeletions in genes PAX3, MITF and SOX10 were investigated by MLPA technique (Multiplex Ligationdependent Probe Amplification). We detected 17 mutations considered as potentially pathogenic in 17 probands of the sample (35,4 % of probands). Among these, six are copy number variations (12,5% of probands). In addition, we performed a survey using the database of LOVD (Leiden Open Variation Database), which contains 105 non-synonymous exonic mutations considered causative of WS. Several algorithms were used to evaluate the possible pathogenicity of these mutations, taking into account the frequency of mutations in the database project in 1000 genomes and 6500 exomes, and using programs : Polyphen2, MutationTaster, LRT and SIFT. These algorithms also verify the conservation of the variations in mammals and primates. Through this analysis, lack of evidence was found for the pathogenicity of 19 non-synonymous mutations (18%) and association of these with Waardenburg syndrome is questioned