published_or_final_version / abstract / Zoology / Master / Master of Philosophy

published_or_final_version / Biological Sciences / Master / Master of Philosophy

published_or_final_version / Surgery / Master / Master of Philosophy

Plant microRNAs play important roles in plant growth and development. Here we investigated the roles of miRNAs in the plant abiotic stress, development and viral infection. MicroRNA membrane array analysis using five different abiotic stress treatments resulted in the identification of 8 novel stress inducible miRNA-families. Functional studies on novel stress inducible miR168 revealed its functional relation with abiotic stress. Over expression of miR168 in Arabidopsis showed upregulation of four stress related miRNAs (miR163, miR167, miR398 and miR408). Analysis of 9 independent transgenic lines showed induction of miR398, an oxidative stress responsive miRNA with a corresponding down regulation of its target genes. Heavy metal oxidative stress tolerance bioassays confirmed the susceptibility of transgenics compared to the wild types indicating the fact that the miR168 is indirectly involved in plant abiotic stress by inducing other stress responsive miRNAs. MicroRNAs are highly conserved across the plant kingdom. A miRNA atlas was drafted for different tomato organs and fruit stages using the known miRNA sequences from different plants species. A large variation in both number and level of miRNA expression pattern was observed among different organs as well as among fruit stages. In the present investigation, we have found a window of expression for different miRNAs during the fruit development. A gradual decrease in the expression levels of miR160h, miR167a and miR399d and a gradual increase in miR164a have been noticed towards the fruit maturation while miR398b showed dual peaks during fruit development indicating a potential role of various miRNAs in fruit development and maturation. Sonchus yellow net virus (SYNV) infected Nicotinana benthamiana leaves showed severe disease symptoms at two weeks post infection (WPI) and gradually recovered from the SYNV infection after 4-5 WPI correlating with the overall miRNA levels. The miRNA array and northern analysis showed an overall reduction of miRNA biogenesis during 2WPI followed by restoration to normal levels supporting the idea that the SYNV indeed interfered with the host miRNA levels which caused the symptoms and recovery phenotypes. Overall studies on plant abiotic stress, development and viral infection showed important roles of miRNAs in different aspects of plant life.

O HLB tem sido uma das principais doenças responsáveis pelos prejuízos econômicos enfrentados na citricultura mundial. Essa doença é associada a três espécies de bactérias de colonização restrita ao floema das plantas, as quais são transmitidas pelo psilídeo Diaphorina citri. Uma vez que na?o ha? medidas curativas para a doenc?a, o manejo baseia-se em medidas preventivas incluindo o controle do inseto vetor. O silenciamento gênico por interferência de RNA (RNAi) é uma nova ferramenta biotecnológica no controle de pragas, pois, proporciona uma ação eficiente e gene-espécie específica. Entretanto, essa tecnologia depende de análises de expressão gênica com genes de referência adequados e estáveis. Este trabalho buscou selecionar e validar a estabilidade da expressão de seis genes de referência potenciais de D. citri sob diferentes condições experimentais e avaliar a biologia deste inseto em plantas transgênicas de laranja doce expressando dsRNA do gene DcV-ATPase-A visando o seu controle. Para isso, foram avaliados: 1) a estabilidade de seis genes candidatos a referência: fator de elongação 1alfa (EF 1-α), actina (ACT), gliceradeído-3-fosfato desidrogenase (GAPDH), proteina ribossomal L7 (RPL7), proteina ribossomal L17 (RPL17) e alfa tubulina (TUB), através de diferentes algorítimos matemáticos: Delta Ct, NormFinder, BestKeeper e Genorm em cinco estádios de desenvolvimento (Ninfas de 1° e 2° ínstar; Ninfa de 3° ínstar; Ninfas de 4° e 5° ínstar , Adulto de 1 dia; Adulto de 10 dias) e dois hospedeiros (Citrus sinensis e Murraya paniculata). O ranquamento final dos genes foi obtido através do RefFinder e a validação dos mesmos através do gene V-ATPase-A; 2) a sobrevivência de psilídeos adultos alimentados em plantas transgênicas; a biologia da D. citri em plantas transgênicas expressando o dsRNA do gene DcV-ATPase-A; e a expressão relativa deste gene. Recomenda-se a utilização de dois genes de referência quando consideram-se diferentes hospedeiros e fases de desenvolvimento distintas. Para análise de expressão gênica, independentemente da fase de desenvolvimento do inseto, quando utiliza-se M. paniculata como hospedeiro de criação, recomenda-se a utilização dos genes GAPDH e RPL7, enquanto que para C. sinensis sugerem-se os genes GAPDH e EF 1-α. Os bioensaios demonstraram a internalização pelo inseto das moléculas de dsRNA/siRNA produzidas pelas plantas transgênicas e o potencial de redução da expressão do gene alvo pelo RNAi. Apesar da ausência de fenótipo letal em psilídeos adultos alimentados nas plantas transgênicas, alterações significativas na duração, sobrevivência e longevidade foram verificadas em D. citri quando esta desenvolveu seu ciclo biológico nas plantas que expressam dsRNA do gene DcVAPTase-A. / HLB has been one of the main diseases responsible for the economic losses faced in the citriculture worldwide. This disease is associated to three species of colonization bacteria restricted to the phloem of the plants, which are transmitted by the psyllid Diaphorina citri. Since there are no curative methos for the disease, management is based on preventive methods including vector insect control. Gene silencing by RNA interference (RNAi) has been presented as a new biotechnological tool in pest control, since it provides a efficient and especific gene-specie control. However, this technology depends on analyzes of gene expression with suitable and stable reference genes. Thus, this work aimed to select and validate the stability of the expression of six potential reference genes of D. citri under different experimental conditions and to evaluate the biology of this insect on sweet orange transgenic plants expressing dsRNA of DcV-ATPase-A gene aiming their control. In order to do this, it was evaluated: 1) the stability of six candidate reference genes: elongation factor 1 alpha (EF 1-α), actin (ACT), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), ribosomal protein L7 (RPL7), ribosomal protein L17 (RPL17) e alpha tubulin (TUB), through different mathematical algorithms: Delta Ct, NormFinder, BestKeeper and Genorm in five developmental stages and two hosts (Citrus sinensis and Murraya paniculata). The final rank was obtained through the RefFinder and validated by the V-ATPase-A gene; 2) the survival of adult psyllids fed on transgenic plants; the biology of D. citri in transgenic plants expressing dsRNA of the DcV-ATPase-A gene; and the relative expression of this gene. According to our results, two reference genes are recommended when different hosts and different developmental stages are considered. For gene expression analysis, regardless the insect developmental stage, when using M. paniculata as a breeding host, it is recommended to use GAPDH and RPL7 genes, whereas for C. sinensis GAPDH and EF 1-α are indicated. The bioassays demonstrated the insect\'s internalization of the dsRNA / siRNA molecules produced by the transgenic plants and the potential for reducing the target gene expression by RNAi. Despite the absence of lethal phenotype in adult psyllids fed to transgenic plants, significant changes in duration, survival and longevity were observed for D. citri when it developed its biological cycle in plants that express dsRNA of the DcVAPTase-A gene.

A presente pesquisa tem como contexto linguístico dois bairros da cidade de Jundiaí, formados inicialmente por imigrantes italianos. Desse modo, buscamos responder a seguinte pergunta de pesquisa: como a língua italiana, por meio da memória e do sentimento de pertencimento, se faz presente nas representações sociais das comunidades dos bairros Traviú e Colônia? Este trabalho se justifica pelo fato de, ainda, não existirem pesquisas com base científica sobre as variedades linguísticas das comunidades acima destacadas. Portanto, a tese tem como objetivo central realizar um estudo nesse local para analisar os processos de silenciamento e substituição, oriundos dos contatos entre a língua materna (o português), e língua de imigração (as línguas minoritárias de diferentes regiões da Itália que ali chegaram com os imigrantes). A análise tem como base a modalidade oral, coletada por meio de entrevistas com os descendentes, e a escrita, com base nos poucos registros escritos e preservados, nas variedades da língua italiana ou na língua italiana standard. Os resultados deste trabalho são apresentados com base nas particularidades evidentes nos excertos analisados, em relação às pesquisas referentes ao contato linguístico entre a língua materna brasileira e as línguas dos imigrantes, em nosso caso o português brasileiro e as variedades da língua italiana. Conjuntamente, faz parte desta investigação uma reflexão sobre as dissertações, delimitadas à análise lexical, coordenadas pelo Programa de Língua, Literatura e Cultura Italianas, da Universidade de São Paulo, para destacarmos um estudo que apresente outras possibilidades de estudar as confluências, o silenciamento, a substituição e o quadro atual desses acontecimentos nas comunidades discursivas analisadas. Para tanto, nosso referencial teórico está embasado nos conceitos da Análise do Discurso de linha francesa, iniciados por Michel Foucault, sistematizados por Michel Pêcheux e, no Brasil, a contribuição de Eni Pulcinelli Orlandi. Nas análises do corpus de nosso estudo, verificamos que o processo lento de silenciamento das variedades da língua italiana se afirma com a falta de interlocutores, no entanto, o sentimento de pertencimento, a memória e a busca pela ascendência, têm contribuído para o estudo da língua italiana standard, apresentando um quadro que procura valorizar e registrar o que ainda se faz presente nas comunidades discursivas dos bairros Colônia e Traviú, de Jundiaí SP. Dados que, assim, formam o patrimônio linguístico imaterial com sentidos e valores não substituídos por outros signos linguísticos em tais comunidades. / This research sets its linguistic context in two districts of the city of Jundiaí, in the state of São Paulo, Brazil. Such districts were initially formed by immigrants of Italian descent. Thereby, we seek to answer the following research question: how is the Italian language, by means of memory and the feeling of belonging, present in the social representations of the communities of these districts of Traviú and Colônia? This research is relevant due to the fact that, so far, no scientifically based research has been made on the linguistic varieties in the communities aforementioned. Thus, the main objective of this thesis is to study the processes of silencing and substitution arising from the contact between the mother tongue (Portuguese), and the immigrants languages (several varieties of the Italian language from different minorities coming from different parts of Italy). This analysis is based on the oral modality, collected through interviews conducted with descendants, and through the writing modality, based on the few preserved written samples of the Italian varieties or the standard Italian. The results presented here are based on the specificities found in the excerpts analyzed, concerning researches on the linguistic contact between the Brazilian mother tongue and the immigrants languages, or, for us, the Brazilian Portuguese and the Italian language varieties. It is also part of this research, considerations on the dissertations which are limited to the lexical analysis, under the coordination of the Program of Italian Culture, Literature and Language in the University of São Paulo, so as to bring into focus a study that presents other possibilities for studying the convergences, the silencing, the substitution and the current status of such events in the discursive community studied. For such purpose, our theoretical framework is based on the French School of Discourse Analysis, which began with Michel Foucault and was systematized by Michel Pêcheux and which counts with the contributions of Eni Pulcinelli Orlandi in Brazil. In the analyses of the corpus studied we found that the slow process of silencing of the Italian language varieties occurs through the lack of interlocutors, although, the feeling of belonging, the memory and the research of ancestry have been contributing to the studies of the standard variety of the Italian language, revealing a scenario where it is sought to value and register what is still present in the discursive communities in the Colônia and Traviú districts. Such data thus, constitutes the immaterial linguistic heritage with meanings and values that are not substituted by other linguistic signs in those communities.

O vírus da tristeza dos citros (CTV) é uma das maiores ameaças à citricultura mundial. No Brasil, mesmo com a pré-imunização e com a substituição de porta-enxertos, estirpes fortes de CTV ainda causam prejuízos consideráveis. Com o aparecimento da Morte Súbita dos Citros em 1999 e a possível relação desta doença com o CTV, este vírus voltou a figurar como patógeno de importância no cenário da citricultura brasileira. Uma das possíveis soluções para o controle de viroses em fruteiras é a obtenção de plantas transgênicas resistentes ou imunes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência ao CTV de plantas transgênicas de laranja \'Hamlin\' contendo três construções gênicas oriundas de seqüências do genoma do CTV. Estas construções gênicas visaram ativar rotas de RNAi (hairpin da capa protéica e seqüência conservada antisenso do CTV) e mecanismos de defesa relacionados à expressão da capa protéica do CTV. As plantas transgênicas foram desafiadas com uma estirpe fraca de CTV (CTV-IAC) por meio de borbulhas e pulgões pretos (Toxoptera citricida Kirkaldy) contendo o vírus. A avaliação da resistênica à replicação viral foi feita por análises de ELISA. As plantas transgênicas foram consideradas não resistentes à infecção e translocação viral quando inoculadas com borbulhas. Entretanto algumas plantas mostraram retardamento da infecção. Não foi possível determinar se houve resistência à transmissão de CTV por pulgões já que a técnica utilizada não foi capaz de infectar os controles de maneira uniforme. / The Citrus tristeza virus (CTV) is one of the greatest threats to the citrus industry worldwide. In Brazil, CTV continues to cause damage through strong strains despite the use of techniques like cross-protection and substitution of intolerant rootstocks. With the appearance and spread of the Citrus Sudden Death disease in 1999 and its possible relation to CTV, this virus was again among important pathogens within the Brazilian citrus industry. One of the possible solutions for controlling virus diseases in fruit crops is the development of immune or resistant transgenic plants. The objective of this work was to evaluate the resistance to CTV of transgenic \'Hamlin\' sweet orange plants containing three transgenic constructs obtained from CTV genomic sequences. The genetic constructs used aimed to activate RNAi defense routes (coat protein hairpin and a conserved sequence from CTV) and resistance mechanisms related to the coat protein expression. The transgenic plants were challenged with a weak strain of CTV, CTV-IAC, by bud and aphid (Toxoptera citricida Kirkaldy) inoculation. The evaluation of viral replication was done by ELISA analysis. The transgenic plants were considered susceptible to viral replication and translocation when bud inoculated. However, a few plants showed retardation of infection. It was not possible to determine resistance in the aphid transmission assay since the controls were not uniformly inoculated.

O objeto deste texto é o ruído em sua relação com a música. Minha ideia é investigar, nem sempre num percurso linear, o papel que ele desempenha na música, especialmente no período que vai do início do século XX aos dias de hoje. Essa investigação não está voltada para um levantamento técnico, nem historicista do tema. Minha preocupação está mais voltada a uma camada mais profunda em que transparecem algumas conexões entre o que chamamos de pensamento musical e a própria cultura que engendra esse pensamento. O ruído é um elemento essencial para o entendimento de certos aspectos da Modernidade, especialmente no que diz respeito à produção musical (e porque não dizer, à produção das artes em geral) no período. O que pretendo mostrar é que muitas das contradições e tensões que alimentam a música moderna podem ser entendidas como movimentos em direção à aceitação ou rejeição do ruído. A ideia central deste texto é a de que existe um processo dialético recorrente na relação entre música e ruído. Como algo incômodo, marginal, o ruído tende a ser evitado, pois sempre traz o risco de desagregação de um sistema. Minha intenção é investigar a passagem do ruído, enquanto elemento desorganizador, para som quando incorporado na música. Essa relação se direciona a uma compreensão da maneira como o ruído, no século XX, tornou-se um elemento desestabilizador, instaurando uma tensão dialética entre sua rejeição e sua aceitação enquanto elemento musical. / The object of this research is the noise and its relationship with music. My idea is to investigate, not always through linear path, the role it plays in music, especially in the period from early twentieth century to now. This investigation is not focused on a technical survey, nor on an historicist approach to the theme. My concern is more focused on a deeper layer in which one can find some connections between what we call \"musical\" and the very culture that generates it. Noise is an essential element for the understanding of certain aspects of modernity, especially in respect of music production (and why not to say, of art production in general) in that period. What I want to show is that many of the contradictions and tensions that feed modern music can be understood as a movement toward acceptance or rejection of noise. The central idea of this text is that there is a recurring dialectical process in the relationship between music and noise. As a disturbance, as a marginal element, noise tends to be avoided, because it always brings the risk of desegregating a system. My intention is to investigate the passage from noise as a disruptive element to music. This relationship is directed to an understanding of how noise has become a destabilizing element, establishing a dialectic tension between its rejection and acceptance as a musical element.

Esta tese apresenta o estudo dos casos de desligamentos de cinco professores da Escola de Comunicações e Artes da Universidade de São Paulo (ECA/USP) durante o regime militar (1969-1979): Jean Claude Bernardet, Thomaz Farkas, José Freitas Nobre, Jair Borin e José Marques de Melo. O objetivo desta pesquisa foi entender, por meio de documentos, depoimentos e pesquisa bibliográfica, a perseguição a intelectuais e cientistas na ditadura militar. O propósito foi realizar um estudo de caso para compreender como funcionava a lógica de investigações e controles dos expurgos nas universidades nesse contexto histórico brasileiro. Além disso, esta investigação tratou das diferentes estratégias de expurgos realizadas na USP, dentre elas as chamadas \"cassações brancas\", nas quais docentes não eram cassados formalmente, mas eram desligados dos quadros universitários sumariamente, sem justificativas. Para entender esses fenômenos, tratamos das trajetórias dos docentes desde o ingresso na ECA/USP, passando pelo desligamento, até o retorno na década de 1980 após a Lei da Anistia. Para tanto, utilizamos como base metodológica o método historiográfico, o paradigma indiciário e qualitativo de análise. Assim, dentro das discussões de que temos participado do Observatório de Comunicação, Censura e Liberdade de Expressão da ECA/USP, pudemos concluir que a intimidação e a autocensura foram preponderantes nas práticas de interdição dos dispositivos de vigilância nas universidades, gerando grandes consequências para a produção de conhecimento, principalmente no que se referiu à área de comunicação. / This thesis presents the study of the cases of dismissals of five professors of the School of Communications and Arts of the University of São Paulo (ECA/USP) during the military regime (1969-1979): Jean Claude Bernardet, Thomaz Farkas, José Freitas Nobre, Jair Borin and José Marques de Melo. The objective of this research was to understand, through documents, testimonies and bibliographic research, the persecution of intellectuals and scientists in the military dictatorship. The purpose was to carry out a case study to understand how the logic of investigations and controls of purges in universities in this Brazilian historical context worked. In addition, this investigation dealt with the different strategies of purges carried out at USP, among them the so-called \"white cassation\", in which teachers were not formally revoked, but were summarily dismissed from university staff without justification. In order to understand these phenomena, we have examined the trajectories of teachers since joining the ECA/USP, passing through the dismissal, until the return in the 1980s, after the Amnesty Law. For that, we use as methodological basis the historiographic method, the indiciary paradigm and qualitative analysis. Thus, within the discussions that we have participated in the Observatory of Communication, Censorship and Freedom of Expression of ECA/USP, we could conclude that intimidation and self-censorship were preponderant in the practices of interdiction of surveillance devices in universities, generating great consequences for the knowledge production, especially in the area of communications.

Submitted by Filipe dos Santos (fsantos@pucsp.br) on 2018-10-10T10:19:10Z No. of bitstreams: 1 Francisco Afranio Rodrigues Teles.pdf: 2115889 bytes, checksum: b0671b66e960dad17c203fb8fe50e472 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-10T10:19:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Francisco Afranio Rodrigues Teles.pdf: 2115889 bytes, checksum: b0671b66e960dad17c203fb8fe50e472 (MD5) Previous issue date: 2018-09-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The main objective of this research is to investigate the agency constitution of adolescents who participate in the Digit-M-Ed Project Parnaíba-PI. Specifically, it aims to identify how the argumentation is organized in the discursive interactions of the Digit-M-Ed Parnaíba participants, and to analyze how development opportunities of adolescents’ agency are created in this Project. The research assumes that the school context, in general, is usually embedded in a silence culture, understood as a set of representations and behaviors expressed by the dependency condition that controls the students' ways of being, thinking and expressing, reflecting the social structure of macro domination. Considering this, collaborative argumentation is seen as a producer of unsilencing possibilities, advocated as the recognition, by participants, of the conditions equity and their action capacities as agents, in the spaces in which they are inserted. The research is grounded in the theoretical-methodological choices of the Language in Activity in the School Context Research Group, of PUC-SP, based on the Social-Historical-Cultural Activity Theory. This theoretical framework supports reflections on argumentation and critical collaboration in the school context, methodologically developed by the Critical Collaborative Research, that focuses on the development and collective intervention of its participants. Two Workshops, ocurred in the second half of 2015, constituted the context of production and data collection in Digit-M-Ed Parnaíba. The research participants are members of the Project, composed by leaders, teachers, administrators, mothers and students of a public Elementary School. The analysis and interpretation of data are based on the Bakhtinian view of dialogic-enunciative language, considering argumentative, enunciative, discursive and multimodal categories, guided by the following interpretative categories: argumentation for submission, collaborative argumentation, silencing and unsilencing. The study reveals that the argumentation has an essential role in the adolescents' constitution, considering two aspects: on the one hand, when there is no collaboration, the argumentation seems to point to the maintenance of submissive subjects, emphasizing the idea of silenced adolescents; on the other hand, when there is collaboration, the argumentation gives indications of a language that subsidizes opportunities for the development of the adolescents' agency, fulfilling the necessary conditions for an unsilenced act. At times, for example, teens remain quiet, are ignored, or receive adult authorization to participate. In others, they enter freely, presenting and justifying concordant or controversial positions; are questioned or ask about the content proposed for discussion. The research yields subsidies for the reorganization of how language is structured in the discourses of Digit-M-Ed Parnaíba participants, creating bases for critical and collaborative interventions / Esta pesquisa tem como objetivo geral investigar a argumentação na constituição da agência dos adolescentes do Projeto Digit-M-Ed Parnaíba (PI). Especificamente, objetiva: identificar como a argumentação é organizada nas interações discursivas dos participantes do Digit-M-Ed Parnaíba e analisar como são criadas oportunidades de desenvolvimento da agência dos adolescentes, nesse Projeto. A investigação pressupõe que o contexto escolar, em geral, está inserido em uma cultura do silêncio, entendida como um conjunto de representações e comportamentos expressos pela condição de dependência que controla formas de ser, pensar e expressar dos alunos, como espelhamento da macro estrutura de dominação da sociedade. Perante o exposto, a argumentação colaborativa é vista como produtora de possibilidades de dessilenciamento, e defendida, neste estudo, como o reconhecimento, pelos participantes, da equidade de condições e de capacidades de atuação como agentes, nos espaços em que estão inseridos. A pesquisa está ancorada nas escolhas teórico-metodológicas do grupo de pesquisa Linguagem em Atividade no Contexto Escolar, da PUC-SP, e fundamentada na Teoria da Atividade Sócio-Histórico-Cultural. Esse arcabouço teórico, metodologicamente desenvolvido pela Pesquisa Crítica de Colaboração, cujo foco reside no desenvolvimento e na intervenção coletiva dos participantes, alicerça as reflexões sobre a argumentação e a colaboração crítica no contexto escolar. Dois Workshops, ocorridos no segundo semestre de 2015, constituíram o contexto de produção e de coleta dos dados no Digit-M-Ed Parnaíba. Os participantes da investigação são os membros do Projeto, composto por líderes, professores, gestores, alunos dos anos finais do Ensino Fundamental e mães de alunos de uma escola pública. A análise e a interpretação dos dados estão embasadas na visão bakhtiniana da linguagem dialógico-enunciativa, considerando as categorias argumentativas, enunciativas, discursivas e multimodais, norteadas pelas categorias interpretativas: argumentação para submissão, argumentação colaborativa, silenciamento e dessilenciamento. O estudo revela que a argumentação tem papel essencial na constituição dos adolescentes participantes do Projeto, considerando duas vertentes: por um lado, quando não existe colaboração, a argumentação parece apontar para a manutenção de sujeitos submissos, aproximando-os da ideia de adolescentes silenciados; por outro, quando há colaboração, a argumentação dá indícios de uma linguagem que subsidia oportunidades para o desenvolvimento da agência dos adolescentes, preenchendo as condições necessárias para um agir dessilenciado. Em alguns momentos, por exemplo, os adolescentes permanecem calados, são ignorados, ou recebem de um adulto autorização para participar. Em outros, eles se inserem livremente, apresentando e justificando posições concordantes ou controversas; são questionados ou questionam sobre o conteúdo proposto para discussão. A pesquisa produz subsídios para a reorganização do modo como a linguagem é estruturada nos discursos dos participantes do Digit-M-Ed Parnaíba, criando bases para intervenções críticas e colaborativas