Made available in DSpace on 2014-12-17T14:05:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoanaCMT_TESE.pdf: 5399741 bytes, checksum: 9af0d84203a9976314d4eb5bba7e4067 (MD5) Previous issue date: 2013-03-25 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Human mesenchymal stem cells (MSC) are powerful sources for cell therapy in regenerative medicine. The long time cultivation can result in replicative senescence or can be related to the emergence of chromosomal alterations responsible for the acquisition of tumorigenesis features in vitro. In this study, for the first time, the expression profile of MSC with a paracentric chromosomal inversion (MSC/inv) was compared to normal karyotype (MSC/n) in early and late passages. Furthermore, we compared the transcriptome of each MSC in early passages with late passages. MSC used in this study were obtained from the umbilical vein of three donors, two MSC/n and one MSC/inv. After their cryopreservation, they have been expanded in vitro until reached senescence. Total RNA was extracted using the RNeasy mini kit (Qiagen) and marked with the GeneChip ? 3 IVT Express Kit (Affymetrix Inc.). Subsequently, the fragmented aRNA was hybridized on the microarranjo Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 arrays (Affymetrix Inc.). The statistical analysis of differential gene expression was performed between groups MSC by the Partek Genomic Suite software, version 6.4 (Partek Inc.). Was considered statistically significant differences in expression to p-value Bonferroni correction ˂.01. Only signals with fold change ˃ 3.0 were included in the list of differentially expressed. Differences in gene expression data obtained from microarrays were confirmed by Real Time RT-PCR. For the interpretation of biological expression data were used: IPA (Ingenuity Systems) for analysis enrichment functions, the STRING 9.0 for construction of network interactions; Cytoscape 2.8 to the network visualization and analysis bottlenecks with the aid of the GraphPad Prism 5.0 software. BiNGO Cytoscape pluggin was used to access overrepresentation of Gene Ontology categories in Biological Networks. The comparison between senescent and young at each group of MSC has shown that there is a difference in the expression parttern, being higher in the senescent MSC/inv group. The results also showed difference in expression profiles between the MSC/inv versus MSC/n, being greater when they are senescent. New networks were identified for genes related to the response of two of MSC over cultivation time. Were also identified genes that can coordinate functional categories over represented at networks, such as CXCL12, SFRP1, xvi EGF, SPP1, MMP1 e THBS1. The biological interpretation of these data suggests that the population of MSC/inv has different constitutional characteristics, related to their potential for differentiation, proliferation and response to stimuli, responsible for a distinct process of replicative senescence in MSC/inv compared to MSC/n. The genes identified in this study are candidates for biomarkers of cellular senescence in MSC, but their functional relevance in this process should be evaluated in additional in vitro and/or in vivo assays / C?lulas-tronco mesenquimais humanas (CTMH) s?o muito ?teis na terapia celular. O longo per?odo de cultivo pode resultar em senesc?ncia replicativa ou estar relacionado com o aparecimento de altera??es cromoss?micas respons?veis pela aquisi??o de um car?ter tumorig?nico in vitro . Neste estudo, foi comparado o transcriptoma de CTMH jovens e senescentes obtidas de diferentes doadores. Al?m disso, pela primeira vez, o perfil de express?o de CTMH com uma invers?o cromoss?mica parac?ntrica (CTMH/inv) foi comparado ao de CTMH que possuem cari?tipo normal (CTMH/n) em passagens jovens e senescentes de cultivo in vitro . As CTMH utilizadas neste estudo foram isoladas da veia do cord?o umbilical de tr?s dadores, dois CTMH/n e de um CTMH/inv. Ap?s a criopreserva??o, elas foram expandidas in vitro at? alcan?arem a senesc?ncia. O RNA total foi extra?do utilizando o RNeasy mini kit (Qiagen), marcado, purificado e fragmentado com o ? 3 GeneChip IVT expresso Kit (Affymetrix, Inc.). Subsequentemente, o RNA fragmentado foi hibridado no microarranjo Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 (Affymetrix, Inc.). A an?lise estat?stica da express?o diferencial foi realizada usando o Partek Suite Software Genomic, vers?o 6.4 (Partek, Inc.). Foram consideradas estatisticamente significativas as diferen?as na express?o com valor de P ˂0.01 corrigido com Bonferroni. Apenas os sinais com fold change ˃3.0 foram inclu?dos na lista de diferencialmente expressos. Diferen?as na express?o g?nica observadas no estudo dos microarranjos foram confirmadas por resultados de RT-PCR em tempo real. Para a interpreta??o biol?gica dos dados foram utilizados: IPA (Ingenuity Systems) para an?lise de enriquecimento de fun??es; STRING 9,0 para a constru??o de redes de intera??es; Cytoscape 2,8 para a visualiza??o das redes e an?lises de gargalos com o aux?lio do software GraphPad Prism 5.0. O pluggin BiNGO do Cytoscape foi utilizado para avaliar a representa??o de categorias funcionais no Gene Ontology nas redes biol?gicas. A compara??o entre senescentes e jovens em cada grupo de CTMH mostrou que h? uma diferen?a no perfil de express?o, sendo maior nas senescentes do grupo CTMH/inv. Os resultados tamb?m mostraram que h? diferen?a nos perfis de express?o entre as CTMH/inv e CTMH/n, sendo maior a diferen?a quando as c?lulas est?o senescentes. Novas xiv redes foram identificadas para genes relacionados com a resposta ao longo do tempo de cultivo nos dois grupos de CTMH. Foram identificados genes que podem coordenar fun??es importantes mais enriquecidas nas redes, como por exemplo, CXCL12, SFRP1, EGF, SPP1, MMP1 e THBS1. A interpreta??o biol?gica destes dados sugere que a popula??o de c?lulas CTMH/inv tem diferentes caracter?sticas constitucionais, relacionadas com o seu potencial de prolifera??o, diferencia??o e resposta a est?mulos, respons?veis por um processo de senesc?ncia replicativa em CTMH/inv distinto das CTMH/n. Os genes identificados neste estudo s?o candidatos a marcadores da senesc?ncia celular em CTMH, mas a sua relev?ncia funcional neste processo deve ser testada em experi?ncias adicionais in vitro e/ou in vivo

A velocidade de renovação das proteínas musculares define o crescimento muscular, e afetam a qualidade da carne, destacando-se a renovação de colágeno e taxa proteolítica que tem implicação no fenótipo de maciez. No entanto, existe pouca informação na literatura sobre mudanças no processo de remodelação de proteínas musculares em resposta à taxa de recuperação do ganho de peso, após um período de subnutrição em animais fisiologicamente maduros. Dessa forma, o uso de sequenciamento de RNA pode indicar mudanças no tecido muscular através de um perfil de expressão diferencial que explicam mudanças nos fenótipos associados ao crescimento muscular. Portanto, o objetivo deste estudo foi avaliar as mudanças no transcriptoma associado a fenótipos de carne de vacas adultas Nelore submetidas a diferentes taxas de recuperação de peso. Neste experimento foram utilizadas 28 vacas adultas de 5 a 16 anos, sendo que 23 animais, por apresentarem baixo escore corporal no inicio do experimento como resultado de perda de peso durante uma estação seca, foram aleatoriamente distribuídas em 3 grupos baseados em ganho diário de peso vivo: GB - Base (abatidos com baixo escore corporal, n=4); GL - Lento (0,6 kg/dia, n=9); GR - Rápido (1,2 kg/dia, n=10). Um quarto grupo (GM - Manutenção, n=5), foi formado de animais com alto escore corporal do início ao final do experimento. Os animais foram abatidos em quatro pontos definidos por dias (d) de confinamento (A1(0d) = GB; A2(51d) = GL e GR; A3(74d) = GR; A4(104d) = GL e GM), e as amostras do musculo Longissimus thoracis foram coletadas para obtenção do RNA total. Após a obtenção do mRNA e a preparação das bibliotecas de cDNA, o sequenciamento das amostras foi feito em um equipamento HiScanSQ. Vinte e quatro horas após o abate, foram determinados o pH e a cor instrumental (L*, a*, b*) medidos no músculo Longissimus thoracis. Dois bifes foram amostrados para a análise de força de cisalhamento às 24h e 21 dias. Na comparação entre fenótipos e genes, os contrastes utilizaram o grupo GB como referência. As análises estatísticas foram realizadas no programa R, usando ANOVA e teste de Tukey. Menores força de cisalhamento aos 21 dias (P<=0,05) foram encontradas para o grupo GL (A4) e GM (A4) comparadas ao GB. Valores de L*, a*, b* no músculo do GR (A3) também foram maiores em relação ao GB. Somente o valor de b* na gordura foi diferente (P<=0,05) em GR (A2 e A3) em relação ao GB. Foram identificados o total de 578 genes diferencialmente expressos (DE; FDR 5%) nos cinco contrastes avaliados. A análise funcional de genes DE entre contrastes identificou uma via KEEG para o grupo GL (\"Ribosome\") e cinco para o grupo GR (\"ECM receptor interaction\", \"Focal Adhesion\", \"Protein digestion and absorption\", \"PI3K-Akt signaling pathway\"). Para o enriquecimento GO, foram obtidas quatro categorias, sendo \"Semaphorin receptor activity\" para o grupo GL, enquanto \"Cellular response to amino acid stimulus\", \"Collagen trimer\" e \"Extracellular matrix structural constituent\" foram identificadas para GR. As vias em geral estão associadas a alterações no tecido conjuntivo do músculo. As diferenças encontradas entre fenótipos e genes indicam que as taxas de crescimento afetam de forma diferente os fenótipos associados à qualidade da carne. A realimentação em animais adultos, ao alterar o transcriptoma com possíveis impactos no tecido conjuntivo, parece mostrar um cenário de fibrose muscular no ganho rápido de peso, diferentemente do ganho lento, que mostrou ser uma alternativa para melhorar a qualidade da carne. Todavia, os impactos na estrutura muscular e proteica que possam explicar incremento em aspectos de textura da carne precisam ser determinados. / The speed of renewal of muscle proteins defines muscle growth, and affect meat quality, especially the renewal the of collagen turnover and proteolytic rate that has implication in the tenderness phenotype. There is little information in the literature about changes in the muscle protein remodeling process in response to the rate of recovery of weight gain after malnutrition in physiologically mature animals. In this way, the use of RNA sequencing may indicate changes in muscle tissue through a differential expression profile that explains changes in phenotypes associated with muscle growth. Therefore, the objective of this study was to evaluate changes in the transcriptome associated with meat phenotypes of Nellore adult cows submitted to different rates of weight recovery. In this experiment, 28 adult cows from 5 to 16 years old were used, being that twenty-three animals were distributed randomly in 3 groups based on daily gain of live weight, since they presented low body score at the beginning of the experiment as a result of weight loss during a dry season: GB - Base (slaughtered with low body score, n=4); GL - Slow (0.6kg/day, n=9); GR - High (1.2 kg/day, n=10). A fourth group (GM - Maintenance, n = 5) was formed from animals with high body score from the beginning to the end of the experiment. The animals were slaughtered at four points defined by confinement days(d) (A1(0d) = GB; A2(51d) = GL and GR; A3(74d) = GR; A4(104d) = GL and GM), and Longissimus thoracis muscle samples were collected to obtain the total RNA. After obtaining the mRNA and preparation of the libraries, the sequencing of the samples was done in a HiScanSQ equipment. Twenty-four hours after slaughter, the pH and instrumental color (L*, a*, b*) were determined in the Longissimus thoracis muscle. Two steaks were collected for shear force analysis at 24h and 21 days. In the comparison of the phenotypes and genes, contrasts were used the GB group as reference. Statistical analysis were performed in R software, using ANOVA and Tukey test. Lower shear forces at 21 days (P<=0.05) were found for the GL (A4) and GM (A4) groups compared to GB. Values of L*, a*, b* in the GR (A3) muscle were also higher in relation to GB. Only the value of b* in fat was different (P<=0.05) in GR (A2 and A3) in relation to GB. A total of 578 differentially expressed genes (DE; false discovery rate 5%) in the five contrasts evaluated. Functional analysis of DE genes between contrasts identified a KEEG pathway for the GL group (\"Ribosome\") and five for the GR group (\"ECM receptor interaction\", \"Focal Adhesion\", \"Protein digestion and absorption\", \"PI3K-Akt signaling pathway\"). For GO enrichment, four categories were obtained, being \"Semaphorin receptor activity\" for GL, while \"Cellular response to amino acid stimulus\", \"Collagen trimer\" and \"Extracellular matrix structural constituent\" were identified for GR. Pathways in general are associated with changes in connective tissue of muscle. Re-feeding in adult animals by altering the transcriptome with possible impacts on connective tissue, seems to show a scenario of muscle fibrosis in the fast gain of weight, unlike the slow gain, which proved to be an alternative to improve meat quality. However, the impacts on muscle and protein structure that may explain the increase in meat texture aspects need to be determined.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-08T15:00:36Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1186772 bytes, checksum: e0f4566d7496f1e70c3befb3afd2df41 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-08T15:00:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1186772 bytes, checksum: e0f4566d7496f1e70c3befb3afd2df41 (MD5) Previous issue date: 2015-08-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A raça XXXIII de Hemileia vastatrix foi recentemente identificada no Brasil, infectando algumas cultivares resistentes à ferrugem do cafeeiro. Embora o processo infeccioso de H. vastatrix seja bem estudado, não existem informações acerca da interação de cafeeiros com esta raça do fungo. Diante disso, um dos objetivos deste trabalho foi avaliar o processo de colonização do fungo e as respostas de defesa da planta em genótipos de cafeeiro resistente (Híbrido de Timor – HDT CIFC 832/1) e suscetível (C. arabica cv. Caturra CIFC 19/1) infectados pela raça XXXIII. As primeiras respostas citológicas induzidas pelo fungo foram observadas particularmente nas células estomáticas de ambos os genótipos, às 17 horas após inoculação (hai), e corresponderam à morte celular e ao acúmulo de compostos fenólicos. No genótipo suscetível, o fungo foi capaz de colonizar os tecidos do hospedeiro e produziu um grande número de haustórios, culminando na esporulação cerca de 20 dias após a inoculação (dai). Ao contrário, no genótipo resistente, o crescimento do fungo foi impedido, com alta frequência no estádio pré-haustorial. Estas observações citológicas indicam que a resistência de HDT CIFC 832/1 à raça XXXIII de H. vastatrix é pré-haustorial, ao contrário da resistência pós-haustorial que é geralmente descrita para interações cafeeiro - H. vastatrix. Com base nesta análise, foram definidos os tempos mais adequados para o estudo de genes expressos ao longo do processo infeccioso. Embora o sequenciamento do transcriptoma tenha sido bastante utilizado em estudos de interação planta-patógeno, uma das maiores dificuldades consiste na separação dos transcritos provenientes da planta e do fungo, principalmente quando não existe genoma de referência. Por esta razão, foi realizado o sequenciamento e a montagem do transcriptoma de esporos hidratados e germinados da raça XXXIII de H. vastatrix. A montagem resultou em 32.882 contigs, a partir dos quais foi gerado um conjunto de 11.989 genes preditos. Plantas de C. arabica cv. Caturra Vermelho (CIFC 19/1) e Híbrido de Timor (CIFC 832/1) foram inoculadas com esporos frescos de H. vastatrix (raça XXXIII) para estabelecer uma interação compatível e incompatível, respectivamente. Como controle, foram utilizadas folhas não inoculadas. Nos tempos de coleta pré-definidos (12, 24, 96 horas e 17 dias após a inoculação), as folhas foram removidas e utilizadas para extração de RNA. O sequenciamento das dez bibliotecas de cDNA foi realizado na plataforma Illumina MiSeq, gerando um total de 206 milhões de reads. Após tratamento dos reads, foi realizado o mapeamento das bibliotecas da interação, utilizando como referência o transcriptoma de H. vastatrix previamente montado. Os dados obtidos mostraram que muitos genes de H. vastatrix são similares aos genes do cafeeiro, o que dificulta o estudo da expressão de genes na interação. Por outro lado, genes não conservados entre os dois organismos puderam ser avaliados quanto à sua expressão. Foi verificada a presença de muitos genes comuns às duas interações (compatível e incompatível), sendo que a grande maioria não apresentou expressão diferencial, principalmente nas fases iniciais do processo infeccioso. As maiores diferenças entre as interações foram encontradas aos 17 dai, consistindo principalmente de genes “no hit”, ou seja, genes que não apresentam similaridade com sequências dos bancos de dados de proteínas. Estas sequências podem corresponder a genes específicos de H. vastatrix. As informações geradas nesta pesquisa poderão auxiliar no melhor entendimento da interação entre H. vastatrix e o cafeeiro. O conhecimento dos genes expressos durante a infecção poderá auxiliar no entendimento dos mecanismos moleculares que levam à suplantação da resistência por novas raças do fungo. / The race XXXIII of Hemileia vastatrix was recently identified in Brazil, infecting some cultivars that had been released as resistant to coffee leaf rust. To gain new insights into the interaction between coffee plants and this race of the fungus, we evaluated the fungal growth and the plant defence responses in coffee genotypes resistant (Híbrido de Timor – HDT CIFC 832/1) and susceptible (C. arabica cv. Caturra CIFC 19/1) to race XXXIII. The first cytological responses induced by the fungus were observed particularly in stomatal cells of both coffee genotypes by 17 hours post-inoculation (hpi) and corresponded to hypersensitive-like response (HR) and accumulation of phenolic-like compounds. In the susceptible genotype, the fungus was able to colonize the host tissues, produced a large number of haustoria and sporulated around 20 days post-inoculation (dpi). Reversely, in the leaves of resistant genotype, the fungus stopped its growth with higher frequency at pre-haustorial stages. These cytological observations indicate that the resistance of HDT CIFC 832/1 to race XXXIII of H. vastatrix is pre-haustorial, contrary to the post-haustorial resistance that is generally described for coffee - H. vastatrix interactions. Based on this analysis, the most suitable key time points of the infection process were defined, aiming at the study of differentially expressed genes in the interaction. Although the transcriptome sequencing has been widely used in plant-pathogen interaction studies, a major challenge is to separate transcripts from the plant and the fungus, especially in the absence of reference genomic sequences. For this reason, we performed the transcriptome sequencing and assembly of H. vastatrix (race XXXIII) hydrated and germinated spores. A total of 32.882 contigs were assembled, from which 11.989 genes were predicted. Plants of C. arabica cv. Caturra (CIFC 19/1) and Híbrido de Timor (CIFC 832/1) were inoculated with fresh spores of H. vastatrix race XXXIII to establish a compatible and an incompatible interaction, respectively. No inoculated leaves were used as control. In each time point (12, 24, 96 hours and 17 days post- inoculation), the leaves were removed and used for RNA extraction. Illumina MiSeq sequencing of ten cDNA libraries generated 206,000,000 reads. High quality reads of the H. vastatrix and coffee interacting transcriptomes were mapped against the H. vastatrix (race XXXIII) hydrated and germinated spores transcriptome previously assembled. The data showed that many genes of H. vastatrix are similar to coffee genes, which makes difficult the study of gene expression in the interaction. On the other hand, genes not conserved between the organisms could be evaluated for their expression. The presence of many common genes to both interactions (compatible and incompatible) was verified, and the majority did not show differential expression, especially in the early stages of the infection process. The major differences between interactions were found at 17 dpi, consisting mainly of genes that showed no similarity to protein databases. Those sequences can correspond to H. vastatrix specific genes. This investigation provides new insights into the coffee-rust interaction. The knowledge of gene expression profiling during the infection process may contribute to understanding the molecular mechanisms that lead to the breakdown of resistance by new physiological races of the fungus.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-01-20T08:05:24Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 603500 bytes, checksum: 433189cac3305d7e763e298611ad0d96 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-20T08:05:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 603500 bytes, checksum: 433189cac3305d7e763e298611ad0d96 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Um dos principais desafios da biologia molecular é medir e avaliar os perfis de expressão gênica em diferentes tecidos biológicos com o objetivo de entender os mecanismos de transformação molecular. O método RNA-Seq usa transcriptoma a partir de tecnologias de sequenciamentos de nova geração (SNG), utilizados para sequenciar cDNA que é derivado de uma amostra de RNA, e, assim, produzir milhões de sequenciamentos de leitura. Porém, apesar do custo dessas tecnologias vir diminuindo, é comum realizar experimentos com pouca ou nenhuma repetição. Assim, torna-se necessária a descoberta e o aprimoramento de metodologias estatísticas eficientes para a otimização das análises de dados gerados em plataformas de sequenciamento de genomas. O objetivo geral desse trabalho consistiu na comparação de metodologias estatísticas a fim de estudar o padrão de expressão gênica relacionado à quantificação desses genes conforme determinadas condições/tratamentos, em experimentos de RNA-Seq. Para a realização das análises utilizou-se um conjunto de dados simulados através do pacote TCC do R, com diferentes cenários, para comparar os métodos estatísticos DESeq e baySeq. Foram exploradas tecnologias de RNA-Seq do perfil de expressão gênica de um banco de dados contendo 1000 genes em duas condições, nos cenários com cinco repetições, três repetições, 2 repetições e sem repetição. Em um primeiro momento, tais dados foram analisados pelos dois métodos separadamente, comparando-se o efeito do número de repetições dentro de cada um. Em seguida, foi realizada a comparação entre os métodos, levando em conta também o número de repetições em cada cenário. De acordo com os resultados gerados nas análises não podemos afirmar que um método, entre os avaliados, é ótimo em todas as circunstâncias, pois o método de escolha para uma situação em particular depende das condições experimentais. No entanto, sob as condições utilizadas no desenvolver do experimento, o método abordado pelo baySeq foi o que apresentou um bom desempenho, nas combinações ocorridas entre os métodos e os tipos de genes analisados, ou seja, esse foi o método que obteve uma maior capacidade de identificação dos genes diferencialmente expressos. / One of the main challenges of molecular biology is to measure and assess the gene expression profiles in different biological tissues in order to understand the molecular mechanisms of transformation. The method uses RNA Seq transcriptome from Young generation sequencing technologies (NGS), used to sequence the cDNA which is derived from an RNA sample, and thus produce millions of reading sequencing. However, despite the cost of these technologies come decreasing, it is common experiment with little or no repetition. Thus, it becomes necessary discovery and improvement of efficient statistical methods to optimize the data analysis generated genome sequencing platforms. The aim of this study was to compare statistical methodologies to study the pattern of gene expression related to the quantification of these genes as certain conditions / treatments in RNA-Seq experiments. To carry out the analysis used a set of simulated data via the R TCC package with different scenarios to compare the statistical methods DESeq and baySeq. RNA-Seq technology of gene expression profile of a database containing 1000 genes were explored in two groups, in scenarios with five repetitions, three replicates, 2 repetitions and without repetition. At first, these data were analyzed by two methods separately, comparing the effect of the number of repetitions within each. Then, the comparison between the methods was carried out, taking into account also the number of repetitions in each scenario. According to the results generated in the analyzes can not be said that a method, among the evaluated, is great in all circumstances, as the method of choice for a particular situation depends on the experimental conditions. However, under the conditions used in developing the experiment, the method was approached by baySeq which performed well, in combinations that occurred between the methods and the types of genes analyzed, that is, that was the method that obtained a greater capacity Identification of differentially expressed genes.

Submitted by JULIANA JOICE PEREIRA LIMA null (julianajoicelima@yahoo.com.br) on 2016-06-28T20:01:19Z No. of bitstreams: 1 Final_version_UNESP com ficha.pdf: 2890371 bytes, checksum: 99c3a37a64a79be1ed5e60fb7720deb9 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-06-29T18:48:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_jjp_dr_bot_par.pdf: 731237 bytes, checksum: 6b7a35a2397a27e5b7522bcee2cf6435 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T18:48:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_jjp_dr_bot_par.pdf: 731237 bytes, checksum: 6b7a35a2397a27e5b7522bcee2cf6435 (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Item withdrawn by Maria Lucia Martins Frederico null (mlucia@fca.unesp.br) on 2018-10-09T12:55:09Z Item was in collections: Teses - Agronomia (Agricultura) - FCA (ID: 320) No. of bitstreams: 3 lima_jjp_dr_bot_par.pdf.jpg: 3708 bytes, checksum: f4776b7545f49e0381732de6fe127643 (MD5) lima_jjp_dr_bot_par.pdf.txt: 70796 bytes, checksum: a8b790348c0cd59ac464aff1569d634a (MD5) lima_jjp_dr_botfca.pdf: 2807174 bytes, checksum: 00e8dea3c713cb320435c39d6d97bae6 (MD5) / Item reinstated by Vivian Rosa Storti null (vstorti@reitoria.unesp.br) on 2018-10-10T14:33:51Z Item was in collections: Teses - Agronomia (Agricultura) - FCA (ID: 320) No. of bitstreams: 3 lima_jjp_dr_bot_par.pdf.jpg: 3708 bytes, checksum: f4776b7545f49e0381732de6fe127643 (MD5) lima_jjp_dr_bot_par.pdf.txt: 70796 bytes, checksum: a8b790348c0cd59ac464aff1569d634a (MD5) lima_jjp_dr_botfca.pdf: 2807174 bytes, checksum: 00e8dea3c713cb320435c39d6d97bae6 (MD5) / Item reinstated by Vítor Silvério Rodrigues (vitor.s.rodrigues@unesp.br) on 2018-11-06T19:07:52Z Item was in collections: Teses - Agronomia (Agricultura) - FCA (ID: 320) No. of bitstreams: 5 lima_jjp_dr_bot_par.pdf.jpg: 3708 bytes, checksum: f4776b7545f49e0381732de6fe127643 (MD5) lima_jjp_dr_botfca.pdf.jpg: 4544 bytes, checksum: af481a0bb7992130d84da3a17c3b7c0d (MD5) lima_jjp_dr_bot_par.pdf.txt: 70796 bytes, checksum: a8b790348c0cd59ac464aff1569d634a (MD5) lima_jjp_dr_botfca.pdf.txt: 211012 bytes, checksum: 72d4f897af91998bbeca736aa4fc7e7f (MD5) lima_jjp_dr_botfca.pdf: 2807174 bytes, checksum: 00e8dea3c713cb320435c39d6d97bae6 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Le soja est l'une des plus importantes espèces de cultures d'huile utilisée aussi bien en nourriture que dans diverses gammes d'applications industrielles. C'est pourquoi produire des graines vigoureuses est un levier essentiel pour augmenter efficacement de la production de la récolte. La qualité de graine physiologiquement faible, qui est plus à même de se produire sous un environnement tropical, mène à un pauvre établissement des plantes ainsi qu'à une diminution du rendement. La longévité d'une graine est la capacité de celle-ci à survivre à la sécheresse durant de longues périodes et représente une caractéristique importante sur la qualité d'une graine. Ici, l'objectif était d'obtenir une idée sur les mécanismes en régulant l'acquisition progressive de la longévité. En utilisant le séquençage à haut-débit, ARN a été séquencé en sept différentes étapes durant l'acquisition de longévité, générant entre 14 et 38 millions de reads. Ces reads ont été alignés sur les modeles de gene de Glycine max Wm82.a2.v1. Les transcripts différentiellement exprimés (DET) sont corrélée avec l'augmentation de la longévité de la graine. L’analise d’enrichissement via GO de ces DET ont révélé une importante surreprésentation des termes associés à la réponse au stress et traitement et modification de l'ARN. Le processu biologique Photosynthèse était liée à une faible longévité des semences. HSF (heat shock factor) et plusieurs facteurs de transcription associés à la défense biotique (WRKY 3 et NLFX1) sont des gènes candidats dont putative rôle dans la longévité des graines et méritent une caractérisation plus poussée. Nous avons également effectué la détermination de la teneur en sucres solubles non réducteurs, et nous avons observé que l'accumulation de sucres solubles non réducteurs sont liés à l'acquisition de la longévité, mais seulement l’accumulation d’eux ne suffit pas à expliquer la croissance de la longevité. / Soja é uma das mais culturas oleaginosas usadas para alimentação animal e humana bem como para uma larga aplicação industrial. Dada a sua capacidade de fixar nitrogênio atmsférico, é fundamental para o desenvolvimento de uma agricultura sustentável. Produzir sementes altamente vigorosas é a chave para aumentar a eficiência da produção da cultura. Longevidade de semente é a capacidade de sobreviver no estado seco por períodos prolongados e representa uma importante característica de qualidade da semente. Nesta pesquisa o objetivo foi obter insights sobre processos moleculares que regulam a aquisição de longevidade em sementes de soja. Com o sequenciamento de nova geração da Illumina, o RNA foi sequenciado a partir de sete estágios diferentes durante a aquisição de longevidade, gerando entre 14 e 38 milhões de reads. Estes reads foram alinhados com os modelos de genes de Glycine max Wm82.a2.v1 preditos no genoma de soja. Transcritos diferencialmente expressos (DET) foram correlacionados com o aumento da longevidade. Análise de enriquecimento da ontologia do gene daqueles DET revelaram uma siginificante sobre representação de termos associados com resposta a estresse e processamento e modificação de RNA. Processo biológico fotossíntese foi relacionado à baixa longevidade. Heat Shock Factors (HSF) e vários fatores de transcrição associados com resposta a estresse biótico (WRKY e NFXL1) são genes candidatos com possíveis papéis na longevidade de semente e merecem uma caracterização. Também foi determinado o conteúdo de açúcares solúveis não redutores. Foi observado que o acúmulo desses açúcares estão relacionados à aquisição da longevidade, porém somente eles não são suficientes para explicar o ganho da longevidade. / Soybean is one of the most important oil crop species used for food and feed as well as a range of industrial applications. However, producing highly vigorous seeds is a key lever to increase crop production efficiency. Low physiological seed quality, which is more prone to occur under tropical environment, leads to poor stand establishment and decreased in yields. Seed longevity is the ability to survive the dry state for prolonged periods of time and represents an important trait for seed quality. Here, the objective was to obtain insights into the mechanisms regulating the progressive acquisition of longevity. Using Illumina high-throughput sequencing, RNA was sequenced from seven different stages during the acquisition of longevity, generating between 14 and 38 million of reads. These reads were aligned to the Glycine max Wm82.a2.v1 gene model. Differentially expressed transcripts (DET) were correlated with the increase in seed longevity. Transcriptome and GO enrichment analyses of these DET revealed a significant over-representation of terms associated with response to stress and RNA processing and modification. Photosynthesis biological process was related to low seed longevity. HSF and several TF associated with biotic defense (WRKY3 and NLFX1) are candidate genes whose putative role in seed longevity deserve further characterization. We also performed the determination of the content of non-reducing soluble sugars, and we observed that the accumulation of non-reducing soluble sugars are related to acquisition of longevity but only the accumulation of them is not enough to explain the increase in longevity.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:43:08Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_fa_dr_jabo.pdf: 1200881 bytes, checksum: de16e9283bd6c69ea47cb6957b6c81fb (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seca é o principal estresse abiótico que afeta a produtividade das plantas. Para detectar os genes expressos sob condições de deficiência hídrica foi desenvolvido um estudo de expressão gênica usando plantas de cana-de-açúcar tolerantes (cv. SP83-5073) e sensíveis (cv. SP90-1638) à seca. A metodologia de macroarranjos de DNA foi empregada para monitorar a expressão gênica de 3.575 clones de folhas de cana-de-açúcar e os resultados foram confirmados por PCR quantitativo. Na cultivar tolerante 165 genes foram identificados em resposta ao déficit hídrico severo, em contraste à cultivar sensível, na qual um maior número de genes (n = 432) foi diferencialmente expresso ao longo do tratamento de deficiência hídrica. A cultivar tolerante ativou um menor número de genes em função do déficit hídrico aplicado. No entanto, 94% destes genes foram induzidos, enquanto na cultivar sensível 45% dos genes diferencialmente expressos foram reprimidos sob condições de deficiência hídrica. Comparando os perfis de expressão identificados em cada planta verifica-se que aproximadamente 55% dos genes expressos na cultivar tolerante também foram comuns à cultivar sensível, a maioria exibindo um perfil de expressão muito similar entre os genes induzidos. A classificação funcional dos genes foi realizada com base no papel exercido pela proteína no metabolismo celular, e mostrou que importantes vias metabólicas relacionadas ao déficit hídrico foram reprimidas na resposta das plantas sensíveis à seca. Além disso, 50% dos transcritos identificados em cada cultivar representam novos genes, os quais não estão descritos nos bancos de dados ou cuja função ainda não foi caracterizada / Drought is a major abiotic stress that affects the plant productivity. To detect expressed genes under drought conditions, a gene expression study using tolerant (SP83-5073) and sensitive (SP90-1638) sugarcane plants was performed. Macroarray methodology was used to monitor the gene expression profile of the 3,575 cDNA clones from sugarcane leaves and the results were confirmed by real time PCR analysis. For the tolerant cultivar 165 genes were identified in response to severe water stress, contrasting with sensitive cultivar, in which a higher number of genes (n = 432) were responsive to the stress-treatment. Tolerant cultivar expressed a few genes in stress conditions. However 94% of them were induced, while for sensitive cultivar 45% of the differentially expressed genes were down-regulated under water stress conditions. Comparing the gene expression profiles identified in each cultivar, it is possible to verify that 55% of the expressed genes in tolerant cultivar were also observed in sensitive cultivar, the majority showing a very similar gene expression pattern. Functional gene classification was performed according to roles in cellular metabolism, and showed that important drought-pathways were repressed in sensitive plants response. Besides, 50% of the identified transcripts in each cultivar represent novel genes, which were not described in databases or whose functions were not characterized yet

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissWMJ.pdf: 1908548 bytes, checksum: ce0f41a2d326cd2c20167496826208d6 (MD5) Previous issue date: 2004-01-22 / Universidade Federal de Minas Gerais / A síndrome de Down (SD) é a anomalia genética mais freqüente em humanos e apresenta características como retardo mental, malformações cardíacas, defeitos do sistema imunológico, risco aumentado de desenvolvimento de leucemia e doença de Alzheimer, entre outras. Seus fenótipos são causados pela trissomia total ou parcial do cromossomo 21 (CH21) e provavelmente se originam devido a um desequilíbrio dos produtos gênicos deste cromossomo. Inserido em um contexto de Genômica Funcional , o presente trabalho analisou o perfil de expressão gênica de leucócitos de portador da SD na busca de informações sobre o provável padrão molecular anômalo do transcriptoma do paciente. Para tanto, utilizou-se a técnica de Análise Serial da Expressão Gênica (SAGE). Foram listadas e analisadas diferenças entre os transcriptomas de leucócitos de indivíduos normais e de portador de SD. Verificou-se que a condição de SD comparada a não portadores apresenta baixa expressão relativa de transcritos envolvidos com o sistema imune e o metabolismo, além de transcritos ribossomais. Alguns transcritos diferencialmente expressos foram selecionados como possíveis candidatos ao envolvimento com a SD no contexto celular de leucócitos. Eles serviram também para validar os dados da SAGE. Assim, foi realizado o primeiro estudo de análise de expressão gênica em larga escala envolvendo transcriptoma de portadores de SD e utilizando a SAGE. Com isto foi disponibilizado um conjunto de dados importantes para estudos futuros que visem esclarecer a patogênese da SD.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissFMBT.pdf: 987220 bytes, checksum: 107f58e278ff027f5e79eec4c744b5d5 (MD5) Previous issue date: 2006-02-26 / A síndrome de Down (SD) é a anomalia genética mais freqüente em humanos e apresenta características como retardo mental, malformações cardíacas, defeitos do sistema imunológico, risco aumentado de desenvolvimento de leucemia e doença de Alzheimer, entre outras. Seus fenótipos são causados pela trissomia total ou parcial do cromossomo 21 (CH21) e provavelmente se originam devido a um desequilíbrio dos produtos gênicos deste cromossomo. Inserido em um contexto de Genômica Funcional , o presente trabalho analisou o perfil de expressão gênica de leucócitos de portador da SD na busca de informações sobre o provável padrão molecular anômalo do transcriptoma do paciente. Para tanto, utilizou-se a técnica de Análise Serial da Expressão Gênica (SAGE). Foram listadas e analisadas diferenças entre os transcriptomas de leucócitos de indivíduos normais e de portador de SD. Verificou-se que a condição de SD comparada a não portadores apresenta baixa expressão relativa de transcritos envolvidos com o sistema imune e o metabolismo, além de transcritos ribossomais. Alguns transcritos diferencialmente expressos foram selecionados como possíveis candidatos ao envolvimento com a SD no contexto celular de leucócitos. Eles serviram também para validar os dados da SAGE. Assim, foi realizado o primeiro estudo de análise de expressão gênica em larga escala envolvendo transcriptoma de portadores de SD e utilizando a SAGE. Com isto foi disponibilizado um conjunto de dados importantes para estudos futuros que visem esclarecer a patogênese da SD.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-27T20:41:15Z No. of bitstreams: 1 DissWJSD.pdf: 2131217 bytes, checksum: 65c3deee90f5da124b4a13c80563af29 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-04T18:45:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissWJSD.pdf: 2131217 bytes, checksum: 65c3deee90f5da124b4a13c80563af29 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-04T18:46:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissWJSD.pdf: 2131217 bytes, checksum: 65c3deee90f5da124b4a13c80563af29 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T18:46:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissWJSD.pdf: 2131217 bytes, checksum: 65c3deee90f5da124b4a13c80563af29 (MD5) Previous issue date: 2015-08-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Iron (Fe) is an essential micronutrient for cellular homeostasis. Structural component of proteins or enzyme cofactor, Fe has participation in important metabolic pathways that include oxidative metabolism, oxygen transport, cell proliferation and immune system function. Despite of its essentiality, Fe has a toxic potential to cells when in excess. So, a sophisticated system is needed to coordinate the process of absorption, recycling, use and storage. Mutations in genes related to homeostasis of this mineral may potentially alter the cellular distribution and storage. Furthermore, the Fe levels affect biological pathways such as carbohydrate and lipid metabolism. Iron content in cattle muscle has been associated with many sensory and technological parameters of meat quality. However, to date, studies that evaluate how the iron levels in the muscle can alter gene expression and the consequences for the metabolism in cattle are still absent. Therefore, this study aims to identify differentially expressed genes, metabolic pathways, gene interactions and potential regulatory biological mechanisms of physiological processes related to meat quality parameters. Longissimus dorsi (LD) muscle were collected at slaughter for total RNA extraction and determination of CFe by optical emission spectrometry (ICP OES). Eight Nelore steers, who are representatives of extreme value for Genetic Genomic Estimate (GEBV) for iron content (CFe), were selected from a reference population of 373 animals. The sequencing of the total mRNA of extreme animals was carried out from the next generation Illumina technology, which resulted in average l9.13 million of reads per sample after quality control and trimming. Data analysis carried out by Tuxedo Suite pipeline identified 49 annotated and differentially expressed genes (DE) (FDR <0.05) between groups of extremes for GEBV value for CFe. From the DE genes, 18 genes were up-regulated and 31 down-regulated for animals of low GEBV for CFe. Candidate genes for meat quality traits were identified in this study and they are related to transport and lipid metabolism. Other pathways identified through functional enrichment analysis include cell growth and development, function of the hematological system, among others. Canonical signaling pathways (interferon signaling, thyroid receptor activation (TR/RXR) and complement system) and canonical metabolic pathways (biosynthesis of stearate, fatty acid biosynthesis and palmitate biosynthesis) were also identified. Although this study did not identify genes with direct role in the regulation of Fe content, our results suggest biological pathways influenced by this mineral and contribute with information to the understanding of their participation in processes affecting quality of meat. This information will be useful in developing strategies that contribute to the production of better quality meat, healthy and nutritionally rich. In addition, this information may help in understanding of metabolic disorders in other species, including humans. / O ferro (Fe) é um micronutriente essencial à homeostase celular. Necessário como componente estrutural de proteínas ou cofator enzimático, o Fe participa de vias metabólicas importantes que incluem metabolismo oxidativo, transporte de oxigênio, proliferação celular e funcionamento do sistema imune. Apesar de essencial, apresenta um potencial tóxico às células quando em excesso. Por isso, é necessário um sofisticado sistema que coordene os processos de absorção, reciclagem, uso e armazenamento. Mutações em genes relacionados à homeostase desse mineral podem potencialmente alterar a sua distribuição e armazenamento celular. Ademais, os níveis de Fe afetam vias biológicas, tais como metabolismo de carboidratos e lipídeos. O conteúdo de Fe no músculo em bovinos tem sido associado a diversos parâmetros sensoriais e tecnológicos de qualidade de carne. Entretanto, até a presente data, são escassos estudos que avaliem como os níveis de ferro no músculo podem alterar a expressão gênica e quais as consequências para o metabolismo em bovinos. Portanto, o presente estudo tem como objetivo principal identificar genes diferencialmente expressos, vias metabólicas, interações gênicas e potenciais mecanismos biológicos que participam de processos fisiológicos relacionados à regulação do ferro e de parâmetros de qualidade da carne. Amostras do músculo Longissimus dorsi (LD) foram coletadas no momento do abate para extração de RNA total e determinação do conteúdo de ferro (CFe) por espectrometria de emissão óptica (ICP OES). Oito machos castrados da raça Nelore, representantes dos extremos para Valor Genético Genômico Estimado (GEBV) para CFe foram selecionados a partir de uma população referência de 373 animais. O equenciamento do mRNA total dos animais extremos foi realizado a partir da tecnologia de nova geração Illumina, o qual resultou em média 9,13 milhões de reads por amostra após o controle de qualidade. Por meio da análise de dados realizada pelo Tuxedo Suíte pipeline foram identificados 49 genes anotados diferencialmente expressos (DE) (FDR <0,05) entre os grupos de extremos para o valor de GEBV para CFe. Dentre os genes DE, 18 genes apresentaram-se up-regulated e 31 down-regulated para os animais do grupo de baixo GEBV para CFe. Genes candidatos para características de qualidade de carne foram identificados no presente estudo e estão relacionados ao transporte e metabolismo de lipídeos. Outras vias identificadas por meio das análises de enriquecimento funcional incluem crescimento e desenvolvimento celular, função do sistema hematológico, entre outras. Vias canônicas de sinalização (sinalização do interferon, ativação do receptor da tireóide (TR/RXR) e sistema complemento) e metabólicas (biossíntese do estearato, biossíntese de ácidos graxos e biossíntese do palmitato) foram também identificadas. Embora o presente estudo não tenha identificado genes com papel direto na regulação do conteúdo de Fe, nossos resultados apontam rotas biológicas influenciadas por esse mineral e contribui com informações para o entendimento da sua participação em vias que afetem a qualidade da carne. Essas informações serão úteis no desenvolvimento de estratégias que contribuam para a produção de carne de qualidade, saudável e nutricionalmente rica. Além disso, essas informações poderão auxiliar no entendimento de distúrbios metabólicos em outras espécies, inclusive a humana.

Submitted by ELKIN FERNANDO RODAS MENDOZA null (elferodas@yahoo.es) on 2016-09-24T23:11:18Z No. of bitstreams: 1 Tese Final.pdf: 4482779 bytes, checksum: 749ee0c558bf2e2ec8bbdc14d079523e (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-09-27T14:22:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mendoza_efr_dr_jabo.pdf: 4482779 bytes, checksum: 749ee0c558bf2e2ec8bbdc14d079523e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T14:22:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mendoza_efr_dr_jabo.pdf: 4482779 bytes, checksum: 749ee0c558bf2e2ec8bbdc14d079523e (MD5) Previous issue date: 2016-08-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial. Atualmente não há uma maneira eficiente de controle do cancro, e novos métodos devem ser desenvolvidos para o tratamento desta doença. Assim, o estudo dos mecanismos utilizados pela Xac durante o processo infeccioso pode revelar novos alvos para o desenvolvimento de compostos farmacológicos que possam eliminar ou controlar o patógeno. Neste estudo, a técnica de RNA-Seq foi utilizada para a identificação de genes diferencialmente expressos (GDE) na Xac em condições in vivo e in vitro. Para isso, cinco variedades de citros com níveis diferentes de suscetibilidade ao cancro cítrico, e meios de cultura indutores de fatores de virulência foram utilizados. Muitos dos genes que codificam para proteínas relacionadas ao sistema de secreção tipo 3 (T3SS), enzimas extracelulares, resposta ao estresse oxidativo, transportadores de ferro e fósforo foram induzidos pela Xac nas condições in vivo. No entanto, in vitro, os perfis de expressão para estes mesmos genes foram diferentes. Estes dados permitiram compreender melhor o ambiente intracelular do hospedeiro, e como este se relaciona com os mecanismos de ativação dos fatores de virulência e patogenicidade de Xac. Neste sentido, os dados apresentados neste estudo mostraram que o T3SS é o principal fator de virulência expresso por esta bactéria em condições in vivo. Além disso, nossos resultados sugerem também que as baixas concentrações de fósforo inorgânico (Pi) e nitrogênio que a bactéria percebe no apoplasto das plantas, são interpretadas como sinais para a ativação do T3SS. Mutações realizadas em genes relacionados com o transporte de Pi (∆phoR e ∆pstB) em Xac demostraram a perda de virulência por alteração na expressão dos genes do T3SS. Assim, estes dados demostram pela primeira vez em Xac um possível mecanismo de regulação entre o sistema de transporte de Pi e o T3SS. Este estudo revelou diferentes fatores de virulência e patogenicidade utilizados pela Xac para vencer as defesas da planta, o que permitirá levantar hipóteses sobre a identificação de possíveis alvos quimioterapêuticos para o tratamento do cancro. / Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a major disease affecting citrus worldwide. Currently there is no effective way of cancer control, and new methods must be developed for the treatment of this disease. Thus, the study of the mechanisms used by Xac during the infectious process can reveal new targets for the development of pharmacologic compounds that can eliminate or control the pathogen. In this study, RNA-Seq technique was used to identify Xac differentially expressed genes (DEG) in vivo and in vitro conditions. For this purpose, five citrus varieties with different levels of susceptibility to citrus canker and culture mediums inducing virulence factors were used. Many of the genes encoding proteins of the type 3 protein secretion system (T3SS), extracellular enzymes, oxidative stress response, iron and phosphorus transport were induced in Xac in vivo conditions. However, the expression profiles for these same genes were different than observed in vitro conditions. These data allowed us to better understand the intracellular environment of the host, and how this relates to the activation mechanisms of pathogenicity and virulence factors in Xac. In this context, the data presented in this study show the T3SS as the main virulence factor expressed by the bacteria in vivo conditions. Furthermore, our results also suggest that low concentrations of inorganic phosphorus (Pi) and nitrogen, that bacteria sense in the plant apoplast, are interpreted as signals to activation of the T3SS. In this respect, mutations carried out in genes related to the transport of Pi (ΔphoR and ΔpstB) in Xac demonstrated loss of virulence by altering the expression of T3SS genes. Thus, these data identifies for the first time in Xac a possible regulatory mechanism between Pi transport system and T3SS. This study revealed different virulence and pathogenicity factors used by Xac to overcome the plant defenses. These discoveries allow raise hypotheses about the identification of potential chemotherapeutic targets to canker treatment.