481 |
Uso de vetores adenovirais na identificação de grupo de complementação gênica de pacientes com Xeroderma pigmentosum e em animais deficientes em reparo de DNA. / Use of adenoviral vectors in the identification of genetic complementation group of patients with Xeroderma pigmentosum um and animals deficient in DNA repair.Leite, Ricardo Alexandre 30 September 2008 (has links)
Um dos mais versáteis mecanismos de reparo de DNA é o reparo por excisão de nucleotídeos (nucleotide excision repair- NER). Defeitos genéticos associados a esta via podem gerar diferentes síndromes com deficiência de reparo. Dentre essas, Xeroderma pigmentosum (XP) é a que apresenta maior sensibilidade à luz solar, resultando em um grande aumento na incidência de tumores em regiões expostas da pele e, em alguns casos, degeneração neurológica progressiva e envelhecimento prematuro. Na primeira parte deste projeto é apresentado o uso de adenovírus recombinantes portando genes da via de NER para identificar a deficiência gênica de três pacientes portadores de XP. Na segunda parte do trabalho os estudos de reparo de DNA são estendidos a modelos animais, com deficiências nos mesmos genes carregados pelos vetores adenovirais. A expressão gênica do vetor foi avaliada pela detecção de proteína e por visualização da fluorescência de EGFP na pele dos animais infectados. Em resumo, este trabalho apresenta o uso eficiente de vetores adenovirais portando genes de reparo em ensaios in vitro e in vivo, e descreve duas mutações deletérias no gene XPC de pacientes XP brasileiros, incluindo uma mutação nova. / One of the most versatile mechanisms of DNA repair is the nucleotide excision repair (NER). Genetic defects in NER can generate different syndromes. Among these, Xeroderma pigmentosum) presents the highest sensitivity to sunlight, resulting in a large increase in the incidence of skin cancer, especially in areas exposed to the sunlight, and in some cases, progressive neurological degeneration and premature aging. In the first part of this project, adenoviral vectors carrying NER genes were used to identify genetic deficiency of three XP patients. The second part of work was extended to animal models, deficient for the same XP genes carried by adenoviral vectors. The genetic expression of vector was evaluated by detection of protein and EGFP fluorescence visualization in the skin of animals transduced. In summary, this work presents the use of adenovirus, carrying DNA repair genes for in vitro in vivo studies reports two deleterious mutations in Brazilian XP patients, including a new mutation.
|
482 |
Resposta de genótipos de citros à leprose e variabilidade genética da ORF p29 do vírus da leprose dos citros C (CiLV-C) / Response of citrus genotypes to leprosis and genetic variability of ORF p29 from Citrus leprosis virus C (CiLV-C)Pereira, Juliana Aparecida 16 May 2012 (has links)
Os vírus possuem potencial de variabilidade genética muito alto, isso porque necessitam divergir seu material genético suficientemente para se adaptar às inúmeras mudanças às quais são submetidos. Portanto, a variabilidade genética é essencial para a sobrevivência desses organismos; é o primeiro passo para a adaptação em um novo hospedeiro, quebra de resistência, alterações nos sintomas e virulência, o que justifica o interesse em estudos nessa área. Os estudos de variabilidade consistem numa excelente ferramenta para a compreensão da evolução dos vírus e busca pelo manejo adequado de doenças virais. Por isso objetivou-se estudar a variabilidade genética da ORF p29 do CiLV-C, a fim de gerar informações relevantes acerca do patossistema e da preponderância de isolados, com possíveis implicações na epidemiologia da doença e seu manejo no campo, além de uma melhor compreensão sobre a evolução desse vírus, que até então nunca havia sido explorada. Neste trabalho foram avaliadas plantas de citros e outras hospedeiras potenciais do CiLV-C. Os resultados sugerem que as plantas de tangerina Cravo, Tardia da Sicília, Cleópatra, Vermelha, tangor Ortanique, laranja Azeda e trapoeraba são suscetíveis à doença e também podem servir como fontes de inóculo do vírus para citros. Já as plantas de limão Siciliano e Cravo, e limas ácidas Tahiti e Galego e Mimosa caesalpiniaefolia mostraram-se resistentes à doença, mas não à colonização do ácaro vetor. As plantas de Malvaviscus arboreus e Solanum violaefolium não apresentaram sintomas, mas mostraram-se possíveis fontes de inóculo do vírus para plantas de citros. Além disso, foram avaliadas as respostas de 62 genótipos de tangerinas e seus híbridos à doença, sendo que 15 mostraram-se resistentes e podem, posteriormente, ser utilizados em programas de melhoramento genético, que é uma das alternativas para reduzir o uso de pesticidas para o controle do vetor. Foi identificada baixa variabilidade genética entre os isolados do CiLV-C, independentemente do hospedeiro ou localidade, entretanto, o isolado de São José do Rio Preto pareceu ser o mais divergente e capaz de passar suas alterações durante sua transmissão a outros hospedeiros. Mais estudos devem ser feitos para que conclusões inquestionáveis sejam tiradas desse assunto, mas os resultados obtidos abriram um novo leque de possibilidades para futuros estudos nessa área até então pouco explorada. / Viruses have, potentially, broad genetic variability because of their need to adapt to several changes that they are exposed to. Therefore, genetic variability is essential for their survival; it is the first step to adapt to a new host, to break resistance down, to change symptoms and virulence, which justifies the interest in studies in this area. These studies consist in a great tool for a better understanding on the virus evolution and the search for a proper management of viral diseases. Hence, it was aimed to study the genetic variability of ORF p29 from CiLV-C in order to generate relevant information about the pathosystem and the predominance of isolates with possible implications on the epidemiology of the disease and its management in the field, besides a better understanding on the evolution of this virus, which has never been explored before. In this work, we evaluated citrus plants and potential hosts for CiLV-C. The results suggest that the plants of Cravo, Tardia da Sicília, Cleopatra, and Vermelha mandarin, Ortanique tangor, Sour orange and spiderwort are susceptible to the disease and can also serve as sources of inoculum of the virus to citrus. Siciliano lemon, Rangpur, Tahiti, and Mexican limes, and Mimosa caesalpiniaefolia were resistant to the disease, but not to the colonization of the mite vector. Malvaviscus arboreus and Solanum violaefolium plants did not present symptoms, but can be considered possible sources of CiLV-C inoculum to citrus plants. In addition, we evaluated the response of 62 mandarin genotypes and their hybrids to the disease. Fifteen of them were considered resistant and could be used in breeding programs with the objective to reduce the use of pesticides to control the vector. Low genetic variability was found amongst CiLV-C isolates, regardless of the host or geographic region; however, the São José do Rio Preto isolate was the most divergent and the changes in nucleotides were transmitted to the other hosts. Further studies should be conducted before unquestionable conclusions can be drawn from this issue, but the results obtained here have opened a new range of possibilities for future studies in this area so far almost unexplored.
|
483 |
Análise dos proteomas extracelulares e do acúmulo de moléculas sinais durante o crescimento da Xylella fastidiosa 9a5c in vitro. / Analyses of the extracellular proteomes and accumulation of signal molecules during Xylella fastidiosa 9a5c growth in vitro.Silva, Denise Santos da 11 March 2004 (has links)
A bactéria Xylella fastidiosa 9a5c é o agente causal da clorose variegada dos citros (CVC) e responsável por grandes perdas econômicas na citricultura. O genoma de X. fastidiosa 9a5c foi totalmente seqüenciado e a sua análise permitiu identificar vários genes possivelmente envolvidos na patogenicidade/virulência da bactéria. Como os sintomas da CVC desenvolvemse um longo tempo após a infecção da planta pela bactéria e a severidade da doença têm sido associada à altas temperaturas, é possível que a expressão de fatores de patogenicidade/virulência seja dependente de densidade celular e/ou estresses térmicos. Desta forma, o crescimento in vitro da X. fastidiosa foi monitorado através da absorbância de suspensões bacterianas à 600nm (A600), número de unidades formadoras de colônias (UFC) e viabilidade celular, durante 16 dias de cultivo em meio PW modificado líquido, à 28 e 32ºC. Proteínas extracelulares foram extraídas e analisadas através da eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D-PAGE). Bioensaios foram utilizados para verificar a produção de moléculas sinais por X. fastidiosa. Os resultados obtidos mostraram que o crescimento de X. fastidiosa à 32ºC, com base na A600, não diferiu do crescimento à 28ºC. No entanto, com base no número de UFCs e viabilidade celular, o crescimento de X. fastidiosa diferiu em função da temperatura, tempos de incubação e a interação entre esses fatores. X. fastidiosa produziu maior número de proteínas extracelulares à 32 do que à 28ºC, mostrando que a secreção de proteínas em X. fastidiosa é regulada pela temperatura de incubação. Várias proteínas extracelulares produzidas por X. fastidiosa à 28 e 32ºC são moduladas durante o crescimento da bactéria. A maior parte das proteínas extracelulares produzidas por X. fastidiosa são proteínas ácidas e de massa molecular aparente entre 20-60 kDa. X. fastidiosa não sintetizou moléculas de lactonas de homoserina aciladas (LHAs) reconhecidas pelo sistema repórter utilizado, mas sintetizou uma molécula extracelular em meio de cultivo, semelhante ao DSF produzido por X. campestris pv. campestris, capaz de restaurar a atividade da endoglucanase através do sistema repórter utilizado. A concentração desta molécula em meio PW modificado foi dependente da densidade de células de X. fastidiosa no meio. / The bacterium Xylella fastidiosa is the causal agent of the citrus variegated chlorosis (CVC) and is responsible for significant economic losses in citriculture. The genome of X. fastidiosa has been completely sequenced and revealed several genes probably involved in pathogenicity/virulence. Since CVC symptoms are develop a long time after infection of plant by the bacterium and the severity of the disease has been associated with high temperatures, its possible that the expression of pathogenicity/virulence factors is dependent on cellular density and/or temperature stresses. Thus, the growth of X. fastidiosa in modified liquid PW medium was measured based on the absorbance of suspensions at (A600), number of colony-forming units (CFU) and cellular viability, during 16 days at 28 and 32ºC. Extracellular proteins were extracted and analysed by two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE). Bioassays were used to determine whether X. fastidiosa produces signal molecules involved in quorum perception. The results showed that temperatures of 28 and 32ºC did not affect the growth of the bacterium, based on A600. Temperatures of 28 and 32ºC, incubation times and the interaction of both factors affected bacterial growth based on CFU numbers and the cellular viability. X. fastidiosa produced higher number of extracellular proteins at 32 than at 28ºC, showing that protein secretion is dependent on growth temperature. Several extracellular proteins produced by X. fastidiosa at 28 and 32ºC were modulated the bacterial growth. Most of the extracellular proteins produced by X. fastidiosa were acidic with apparent molecular mass within 20-60 kDa. X. fastidiosa did not synthesize N-acyl homoserine lactone (AHL) recognizes by the reporter system used. However, it synthesized an extracellular molecule in modified PW medium, similar to DSF produced by X. campestris pv. campestris, which is able to restore endoglucanase activity by the reporter system. The concentration of this extracellular molecule produced by X. fastidiosa was dependent on cellular density.
|
484 |
Caracterização morfológica das glândulas de Brindley e metasternais, identificação química das suas secreções e comportamento sexual em Triatoma brasiliensis (Reduviidae, Triatominae) / Morphologic characterization of the glands of brindley and metasternais, chemical identification of its secretions and sexual behavior in Triatoma brasiliensis (Reduviidae, Triatominae)Vitta, Ana Cristina Renna de 25 February 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 4221966 bytes, checksum: 09f2c3231a81c4d2d8a60ef298168caa (MD5)
Previous issue date: 2005-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Adults of Triatoma brasiliensis (Reduviidae) show two pairs of exocrine glands: the metasternal and the Brindley glands. The first one is located in the ventral part of the metathorax, while Brindleys glands are found in the lateral part of the superior metathorax. In both glands, the secretory cells correspond to type III, according to the classification of Noirot & Quennedey (1991). Metasternal glands present tricoid sensilla next to their external opening. In the cytoplasm of the secretory cells of these glands granules strongly stained were usually found, suggesting that these glands produce different substances than those of Brindleys glands. The substances found in the secretion of the Brindleys glands of T.brasiliensis were identified for the first time, as a mixture of five fatty acids: acetic; propanoic; isobutyric; butyric and 2-methyl-butyric acids. Isobutiric acid was found to be the most abundant compound and no qualitative or quantitative differences were observed in relation to gland contents for both sexes. Our results demonstrated that the metasternal glands of T. brasiliensis are also involved in the synthesis of volatile substances. These glands produce basically ketones and alcohols, 3-pentanone was the major constituent of the mixture found in these glands for both sexes. After their mechanical disturbance, adults of T. brasiliensis emitted a mixture of 10 different compounds consisting of ketones, alchools and fatty acids, including substances from both metasternal and Brindleys glands,. Finally, we analyzed the sexual behavior of T. brasiliensis: the copula last, in average, 6 ± 1 min and the number of male attempts to copulate varied according to the insect age. Females of T. brasiliensis showed three types of rejection in response to male attempt to copulate: flattening, abdominal movements and evasion. The analysis of the female behavior revealed that the number of rejections in response to male attempts stayed the same during the pre-feeding period. After feeding a gradual decrease in the number of rejections was observed, diminishing until reaching zero rejection at approximately the day 8 post-feeding. We suggest a behavioral mechanism in the female, after feeding, that may trigger the acceptance of the male attempt to copulate in T. brasiliensis. The relevance of the results for understanding the behavioral repertoire of the specie, particularly in the sexual context, is discussed. / As glândulas exócrinas de T. brasiliensis foram analisadas do ponto de vista morfológico e histológico no presente trabalho. Insetos adultos de Triatoma brasiliensis apresentam dois pares de glândulas exócrinas produtoras de voláteis: as glândulas metasternais, localizadas no metatoráx ventral e as glândulas de Brindley, situadas no metatórax lateral superior. Nossos resultados descrevem pela primeira vez detalhes histológicos e morfológicos destas glândulas em Triatoma brasiliensis. Em ambas glândulas metasternais e de Brindley as células secretoras seriam do tipo III, segundo classificação proposta por Noirot & Quennedey (1991). A glândula metasternal apresenta sensilas tricóides na região próxima à sua abertura externa. No citoplasma de suas células secretoras foram encontrados grânulos fortemente corados, sugerindo que esta glândula produz substâncias diferentes daquelas produzidas pelas glândulas de Brindley, que apresentam vacúolos não corados, indicando ausência de grânulos. Uma mistura de cinco ácidos graxos foi identificada: ácido acético; ácido propanóico; ácido isobutírico; ácido butírico e ácido 2-metil-butírico. O componente mais abundante foi o ácido isobutírico e nenhuma diferença qualitativa ou quantitativa entre os sexos foi observada em relação ao seu conteúdo. Nossos resultados também demonstram que as glândulas metasternais de T. brasiliensis estão envolvidas na síntese de substâncias voláteis. Estas glândulas produzem basicamente álcoois e cetonas, sendo que o principal constituinte encontrado nas glândulas de ambos os sexos foi a 3-pentanona. Durante a perturbação mecânica, adultos de T. brasiliensis liberam uma mistura de 10 componentes diferentes, constituída por ácidos, cetonas e álcoois, incluindo substâncias provenientes das glândulas metasternais e de Brindley. Paralelamente, foi analisando o comportamento sexual de T. brasiliensis. Observamos que a cópula tem uma duração média de 6 +ou- 7 min. Fêmeas desta espécie apresentaram somente três tipos de comportamento de rejeição frente ás tentativas de cópula dos machos como o achatamento corporal, os movimentos abdominais e a evasão. O número de tentativas de cópula realizadas pelos machos variou em função da idade. A análise do comportamento das fêmeas revelou que o número de rejeições em resposta às tentativas dos machos se manteve igual durante o período pré-alimentação, não sendo afetado pela sua idade. No período pós-alimentação foi observada uma mudança gradual na porcentagem de tentativas de cópula rejeitadas pelas fêmeas que, diminuiu gradativamente até atingir 0 %. Sugere-se que algum mecanismo comportamental desencadeado na fêmea dias após alimentação esteja determinando a ausência de rejeições e conseqüente aceitação da cópula em T. brasiliensis. A importância destes resultados com relação ao comportamento destes insetos, e particularmente no contexto sexual, é discutida.
|
485 |
PCR multiplex para detecção de patógenos de Apis mellifera L. (Hymenoptera, Apidae) em mel / PCR multiplex para detecção de patógenos de Apis mellifera L. (Hymenoptera, Apidae) em mel / Multiplex PCR for detection of pathogens of Apis mellifera L. (Hymenoptera, Apidae) in honey / Multiplex PCR for detection of pathogens of Apis mellifera L. (Hymenoptera, Apidae) in honeyPuker, Anderson 22 February 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 1210474 bytes, checksum: 54a2d68e22373c9be043b1a04f343b11 (MD5)
Previous issue date: 2011-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Recently, a decline of pollinators, especially the bees Apis mellifera L. (Hymenoptera: Apidae), has affected beekeeping and consequently agricultural harvests in some countries, although the damage to ecosystems has not been effectively accounted. Among the causes listed for this unexplained phenomenon, pathogens are among the possible factors responsible. There are several pathogens that attack the bees A. mellifera around the world, as bacteria Paenibacillus larvae (White) and the fungi Ascosphaera apis (Maassen ex Claussen) Olive & Spiltoir, Nosema apis Zander and Nosema ceranae Fries et al. Their distributions in some parts of the world, such as Brazil, are not exactly known, not only because of the difficulty of collecting samples in such a large country, and also because of the time and cost of diagnoses involved. At this point, it is important to standardize techniques for rapid diagnosis and to facilitate the safe conduct of epidemiological surveys, and therefore assist in controlling the spread of these microorganisms. The aim of this work was standardize a multiplex PCR for simultaneous detection of the spores of A. apis, N. ceranae and P. larvae present in honey and use it in the analysis of honey samples from some regions. The multiplex PCR was standardized using specific primers and DNA was extracted from honey samples positive for each of the pathogens. The recommendations of existing national legislation were used for the preparation of the solutions of honey to be submitted to the technique developed. The standard technique in this study was effective for diagnosing three pathogens to A. mellifera in honey, A. apis, N. ceranae and P. larvae. The detection threshold of monospecific PCR was of 10 CFU/mL of honey, and of 10 and 100 spores/mL of honey for A. apis and N. ceranae, respectively. The detection sensitivity of multiplex PCR was of 10 CFU/mL of honey for P. larvae, and of 100 spores/mL of honey for A. apis and for N. ceranae. Did not match any of those pathogens in 120 honey samples analyzed with standardized multiplex PCR. Thus this method was suitable for simultaneous detection of pathogens to A. mellifera in honey, but can probably be used in other bee products with minor modifications. / Recentemente, o declínio global dos polinizadores, especialmente das abelhas Apis mellifera L. (Hymenoptera: Apidae), tem acometido a atividade apícola e agrícola de alguns países causando prejuízos econômicos e ambientais, notadamente para os ecossistemas, ainda não efetivamente contabilizados. Dentre as causas elencadas para esse inexplicável fenômeno os patógenos estão entre os principais possíveis responsáveis. Vários são os patógenos que acometem as abelhas A. mellifera pelo mundo, entre eles a bactéria Paenibacillus larvae (White), e os fungos Ascosphaera apis (Maassen ex Claussen) Olive e Spiltoir, Nosema apis Zander e Nosema ceranae Fries et al. Suas distribuições em algumas partes do mundo, como o Brasil, são pouco conhecidas, não apenas pela dificuldade de coleta de amostras em um país com tamanha dimensão, mas também em virtude da morosidade e custo dos diagnósticos envolvidos. Diante disso, torna-se importante a padronização de técnicas para o diagnóstico rápido e seguro que facilite a realização de levantamentos epidemiológicos e que, consequentemente, auxilie no controle da disseminação desses micro-organismos. O objetivo desse trabalho foi padronizar uma técnica de PCR multiplex para detecção simultânea da presença de A. apis, N. ceranae e P. larvae em mel, bem como empregá-la na análise de amostras de mel provenientes de algumas regiões brasileiras. A PCR multiplex foi padronizada com primers específicos e DNA dos micro-organismos obtidos de amostras de mel positivas para cada um dos patógenos. Utilizou-se as recomendações da legislação nacional vigente para o preparo das soluções de mel a serem submetidas à técnica desenvolvida. A técnica padronizada neste estudo foi eficiente para diagnosticar simultaneamente três patógenos de A. mellifera em mel: A. apis, N. ceranae e P. larvae. O limiar de detecção da PCR monoespecífica foi 10 UFC/mL de mel para P. larvae e de 10 e 100 esporos/mL de mel para A. apis e N. ceranae, respectivamente. A sensibilidade de detecção da PCR multiplex foi de 10 UFC/mL de mel para P. larvae e 100 esporos/mL de mel para A. apis e N. ceranae. Não foram encontrados nenhum dos referidos patógenos nas 120 amostras de mel que foram analisadas com a PCR multiplex padronizada. A PCR multiplex foi adequada para detecção simultânea de patógenos de A. mellifera em mel, mas, provavelmente, poderá ser utilizada em outros produtos apícolas com pequenas modificações.
|
486 |
Proposta de implementa??o em FPGA de m?quina de vetores de suporte (SVM) utilizando otimiza??o sequencial m?nima (SMO)Noronha, Daniel Holanda 20 November 2017 (has links)
Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-12-01T23:34:00Z
No. of bitstreams: 1
DanielHolandaNoronha_DISSERT.pdf: 2617561 bytes, checksum: 88cfc246d074eabfd971d5b81edbf109 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-12-05T21:07:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1
DanielHolandaNoronha_DISSERT.pdf: 2617561 bytes, checksum: 88cfc246d074eabfd971d5b81edbf109 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-05T21:07:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1
DanielHolandaNoronha_DISSERT.pdf: 2617561 bytes, checksum: 88cfc246d074eabfd971d5b81edbf109 (MD5)
Previous issue date: 2017-11-20 / A import?ncia do uso de FPGAs como aceleradores vem crescendo fortemente nos ?ltimos
anos. Companhias como Amazon e Microsoft est?o incorporando FPGAs em seus data
centers, objetivando especialmente acelerar algoritmos em suas ferramentas de busca. No
centro dessas aplica??es est?o algoritmos de aprendizado de m?quina, como ? o caso da
M?quina de Vetor de Suporte (SVM). Entretanto, para que essas aplica??es obtenham
a acelera??o desejada, o uso eficiente dos recursos das FPGAs ? necess?rio. O projeto
possui como objetivo a implementa??o paralela em hardware tanto da fase feed-forward
de uma M?quina de Vetores de Suporte (SVM) quanto de sua fase de treinamento. A
fase feed-forward (infer?ncia) ? implementada utilizando o kernel polinomial e de maneira
totalmente paralela, visando obter a m?xima acelera??o poss?vel ao custo de uma maior
utiliza??o da ?rea dispon?vel. Al?m disso, a implementa??o proposta para a infer?ncia ?
capaz de computar tanto a classifica??o quanto a regress?o utilizando o mesmo hardware.
J? o treinamento ? feito utilizando Otimiza??o Sequencial M?nima (SMO), possibilitando
a resolu??o da complexa otimiza??o da SVM atrav?s de passos simples. A implementa??o
da SMO tamb?m ? feita de modo extremamente paralelo, fazendo uso de t?cnicas para
acelera??o como a cache do erro. Ademais, o Kernel Amig?vel ao Hardware (HFK) ?
utilizado para diminuir a ?rea utilizada pelo kernel, permitindo que um n?mero maior
de kernels seja implementado em um chip de mesmo tamanho, acelerando o treinamento.
Ap?s a implementa??o paralela em hardware, a SVM ? validada por simula??o e s?o feitas
an?lises associadas ao desempenho temporal da estrutura proposta, assim como an?lises
associadas ao uso de ?rea da FPGA. / The importance of Field-Programmable Gate Arrays as compute accelerators has dramatically
increased during the last couple of yers. Many companies such as Amazon, IBM and
Microsoft included FPGAs in their data centers aiming to accelerate their search engines.
In the center of those applications are many machine learning algorithms, such as Support
Vector Machines (SVMs). For FPGAs to thrive in this new role, the effective usage of
FPGA resources is required. The project?s main goal is the parallel FPGA implementation
of both the feed-forward phase of a Support Vector Machine as well as its training phase.
The feed-forward phase (inference) is implemented using the polynomial kernel in a highly
parallel way in order to obtain maximum throughput at the cost of some extra area.
Moreover, the inference implementation is capable of computing both classification and
regression using a single hardware. The training phase of the SVM is implemented using
Sequential Minimal Optimization (SMO), which enables the resolution of a complex convex
optimization problem using simple steps. The SMO implementation is also highly parallel
and uses some acceleration techniques, such as the error cache. Moreover, the Hardware
Friendly Kernel (HFK) is used in order to reduce the kernel?s area, enabling the increase in
the number of kernels per area. After the parallel implementation in hardware, the SVM is
validated by simulation. Finally, analysis associated with the temporal performance of the
proposed structure, as well as analysis associated with FPGA?s area usage are performed.
|
487 |
Seletividade e resposta comportamental do predador Doru luteipes a inseticidas / Selectivity and behavioral response of the predator Doru luteipes to insecticidesCampos, Mateus Ribeiro de 28 July 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 1307951 bytes, checksum: a9d2e7710b0423035200284b202f8283 (MD5)
Previous issue date: 2009-07-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Spodoptera frugiperda (Smith) (Lepidoptera: Noctuidae) is a major pest of corn in Brazil. Its control is mainly performed by insecticides. Due to the high cost of insecticides and its polluter effect on the environment, the use of biological control might be more a management tool with the chemical control. Among the natural enemies, the earwigs, D. luteipes (Scudder) (Dermaptera: Forficulidae), has been presented as potential biological control agent of S. frugiperda. As a biological agent little is known about selectivity of chemical insecticides used in corn. Thus, this study evaluated the selectivity of insecticides to D. luteipes and the effect on their behavior when exposed to insecticides methomyl, chlorfenapyr, etofenprox, chlorpyrifos, deltamethrin, λ- cyhalothrin, spinosad and chlorantraniliprole. S. frugiperda and D. luteipes were submitted to the bioassays of concentration-mortality to determine the LC50 and LT50, respectively. Adults of D. luteipes underwent two bioassays with surface arena fully treated and arena partially treated with insecticide, to observe the effects of pesticides on their behavior. In the results of the concentrationmortality bioassays showed that the insecticide spinosad was more toxic to S. frugiperda. In the bioassays with adults of D. luteipes showed that the chlorantraniliprole was less toxic and more selective for adults of D. luteipes, and the insecticide chlorpyrifos showed higher toxicity and lower selectivity. In the mortality time bioassays for S. frugiperda with insecticides etofenprox, chlorpyrifos, λ-cyhalothrin and methomyl, these insecticides had higher value for times-lethal. Bioassay of time mortality for adults of D. luteipes observed that the insecticides chlorpyrifos and λ-cyhalothrin showed less lethal time. In behavioral bioassays in arena fully treated for the adults of D. luteipes, they showed a reduction in walking distance and average speed in the treatments, when exposed to the insecticide spinosad. The methomyl and chlorantraniliprole insecticides hadn't effect on the behavior of the predator movement. In the behavioral bioassays in arena partially treated showed that deltamethrin, spinosad and λ-cyhalothrin had effect of attractiveness to adults of D. luteipes. Already chlorpyrifos, chlorfenapyr and etofenprox showed effect repellency to adults of D. luteipes. Thus, one can conclude that assessments of the effects of insecticides on the behavior of natural enemies are important tool to obtain information about the selectivity and toxicity of these insecticides. Thus, the insecticide chlorantraniliprole was highly selective for D. luteipes. Moreover, no effect of irritability or preference in behavioral bioassays was observed. Thus, this insecticide could be used on the integrated management program for control of S. frugiperda in corn. / Spodoptera frugiperda (Smith) (Lepidoptera: Noctuidae) é considerada a principal praga do milho no Brasil. O seu controle é realizado principalmente por inseticidas. Devido ao alto custo dos inseticidas e ao seu efeito poluidor no meio ambiente, a utilização do controle biológico pode vir a ser mais uma ferramenta de manejo junto ao controle químico. Dentre os inimigos naturais, a tesourinha, D. luteipes (Scudder) (Dermaptera: Forficulidae), tem-se apresentado como potencial agente de controle biológico da S. frugiperda. Quanto a esse agente biológico pouco se sabe sobre seletividade dos inseticidas químicos utilizados na cultura do milho. Dessa forma, neste trabalho foi avaliada a seletividade dos inseticidas para D. luteipes e o efeito em seu comportamento de movimentação quando exposto aos inseticidas metomil, clorfenapir, etofemproxi, clorpirifós, deltametrina, λ-cialotrina, espinosade e clorantraniliprole. A S. frugiperda e a D. luteipes foram submetidas a bioensaios de concentração-mortalidade e tempo mortalidade para determinar a CL50 e TL50, respectivamente. Os adultos de D. luteipes foram submetidos a dois ensaios de movimentação em superfície com arena totalmente tratada e arena parcialmente tratada com resíduo seco de inseticida, para observar os efeitos dos inseticidas em seu comportamento. Nos resultados dos bioensaios o espinosade foi o inseticida mais tóxico para S. frugiperda. Nos bioensaios com adultos de D. luteipes verificou-se que o clorantraniliprole foi o menos tóxico e o mais seletivo; e o inseticida clorpirifós apresentou maior toxicidade e menor viii seletividade. Nos bioensaios de tempo mortalidade com a S. frugiperda os inseticidas etofemproxi, clorpirifós, λ-cialotrina e metomil apresentaram maiores razões entre os tempos letais. No bioensaio de tempo mortalidade para adultos de D. luteipes observou-se que os inseticidas clorpirifós e λ-cialotrina apresentaram menor tempo letal. Nos bioensaios de comportamento em arena totalmente tratada para os adultos de D. luteipes, estes apresentaram redução na distância caminhada e na velocidade média nos tratamentos em que foram expostos ao inseticida espinosade. Os inseticidas metomil e clorantraniliprole não apresentaram efeito sobre o comportamento de movimentação do predador. Nos bioensaios de comportamento em arena parcialmente tratada observou-se que os inseticidas deltametrina, espinosade e λ-cialotrina mostraram efeito de atratividade aos adultos de D. luteipes. Já o clorpirifós, clorfenapir e etofemproxi mostraram efeito de repelência aos adultos de D. luteipes. Desse modo, pode-se concluir que avaliações dos efeitos dos inseticidas no comportamento dos inimigos naturais é uma importante ferramenta para obter informações sobre a seletividade e toxicidade destes inseticidas. Desta forma, o inseticida clorantraniliprole foi altamente seletivo para D. luteipes. Além disso, não foi observado efeito de irritabilidade ou preferência nos bioensaios comportamentais. Assim, este inseticida pode vir a ser utilizado junto ao programa de manejo integrado para o controle de S. frugiperda na cultura de milho.
|
488 |
Interactions of Ricoseius loxocheles (Acari: Phytoseiidae) and coffee leaf rust / Interação entre Ricoseius loxocheles (Acari: Phytoseiidae) e ferrugem-do-cafeeiroOliveira, Cleber Macedo de 12 July 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 1742267 bytes, checksum: ae0589b45125685c7e5b788f9a1372ad (MD5)
Previous issue date: 2012-07-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O cafeeiro apresenta perdas econômicas devido a pragas e doenças. Entre as pragas, os ácaros fitófagos merecem atenção devido à redução da área fotossintética. Além dos danos dos ácaros, alguns patógenos também atacam plantas de café como a ferrugem-do-cafeeiro, Hemileia vastatrix (Uredinales). Este patógeno causa perdas de produtividade de 30% em algumas variedades de Coffea arabica. Ácaros da família Phytoseiidae normalmente controlam populações de ácaros fitófagos e podem desenvolver-se e reproduzirem usando diversas fontes alimentares, além dos ácaros presa. Dentro da família Phytoseiidae, que é composto por ácaros carnívoros e os que se alimentam de pólen, em levantamentos foi encontrado a espécie Ricoseius loxocheles (De Leon) (Acari: Phytoseiidae) sobre áreas de necrose causada pela ferrugem do cafeeiro, durante sua fase reprodutiva. Existem poucas informações sobre o seu desenvolvimento, parâmetros biológicos e hábitos alimentares. Avaliou-se a taxonomia, desenvolvimento, parâmetros de sobrevivência e reprodução de R. loxocheles alimentando-se de urediosporos da ferrugem do cafeeiro e sua capacidade predatória e sucesso reprodutivo sobre Oligonychus ilicis (McGregor, 1971). Uredosporos da ferrugem-do-cafeeiro apoiaram a sobrevivência, desenvolvimento e reprodução do ácaro fitoseídeo estudado e este não foi capaz de predar O. ilicis. A sobrevivência e oviposição de R. loxocheles só foi observada quando este ácaro alimentou-se de ferrugem. Em arenas sem o fungo esses parâmetros foram iguais as arenas sem alimento. A reprodução tem a exigência nutricional mais elevada do que o desenvolvimento. R. loxocheles alimentados com ferrugem obteve parâmetros reprodutivos mais elevados do que outros fitoseídeos alimentados em outros fungos, alguns ácaros ou pólen. Conclui-se que este ácaro é um fitoseídeo generalista e são necessários mais estudos para medir a capacidade de alimentarem-se em outras fontes alimentares, tais como ácaros fitófagos pragas do cafeeiro. É possível que R. loxocheles tenha um papel no controle da ferrugem do cafeeiro, uma vez que se alimenta de uma grande quantidade de uredosporos da ferrugem. / Coffee crops have economic losses due pests and diseases. Among them, the phytophagous mites deserve attention due to the reducing photosynthetic area caused on the leaves. Besides of mite damages, some pathogens also attack coffee plants, as the coffee rust fungus, Hemileia vastatrix (Uredinales). This pathogen cause yield losses around 30% in some varieties of Coffea arabica. Predatory mites from the Phytoseiidae family normally control phytophagous mites and can develop and reproduce using various alternative food sources than their primary prey, tetranychid mites. Within the Phytoseiidae family that is composed by carnivorous and pollen-feeding mites, we surveyed in the field the species Ricoseius loxocheles (De Leon) (Acari: Phytoseiidae) on the necrosis area caused by coffee rust during its reproductive phase. Searching in the literature showed that there is little information related to this mite development, biological parameters and feeding habits. So, this study was carried out to assess the taxonomy, development, survivorship and reproduction parameters of R. loxocheles feeding on coffee rust fungus, its predation capacity on Oligonychus ilicis (McGregor, 1971) and its reproductive success. Coffee rust supported the survival, development and reproduction of the phytoseiid mite and that it was not able to feed on different stages of O. ilicis. Survival and oviposition of R. loxocheles was only observed when this mite was in arenas with fungi. In arenas without fungi these parameters were equal as arenas without food. It is known that reproduction has a higher nutritional requirement than development. The fertility of R. loxocheles fed on coffee rust is highest that the other phytoseiid fed in others fungi or some mites or pollen. We suggest that this mite is a phytoseiid generalist and it is necessary more studies to measure the ability of this mite specie to feed on other food sources, such as herbivore mites pests of coffee crops. It is possible that R. loxocheles has a role in the control of coffee rust since it feeds on a large amount of rust uredospore.
|
489 |
Estudos de algumas populações brasileiras de Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani s.l. (Diptera: Psychodidae: Phlebotominae), importante transmissor de agentes da leishmaniose tegumentar americana / Studies of some Brazilian populations of Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani s.l. (Diptera: Psychodidae: Phlebotominae), important transmitter of agents of American cutaneous leishmaniasisCosta, Simone Miranda da 29 July 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 598225 bytes, checksum: b52ee586ca1555dc273c3952237b3272 (MD5)
Previous issue date: 2005-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani s.l. (Antunes & Coutinho 1939) has a large distribution in Brazil, being registered in all geographic regions. In American continent this specie was found in French Guyana, Paraguay, Peru and Argentina. In Brazil it s incriminated as a vector of Leishmania (Viannia) braziliensis and Leishmania (Viannia) shawi. Considering the large geographic distribution, the different aspects of biology and the possibility of Leishmania spp. transmission, the objective of the present study was to increase the knowledge about Lutzomyia (N.) whitmani s.l., an important vector of American Cutaneous Leishmaniasis (ACL) in Brazil, determining its geographic distribution in association with epidemiologic circuits of LTA, as well as to evaluate the vectorial competence, the genetic variability and the structure level of some L. (N.) whitmani s.l. Brazilian population. Two maps were created which enabled one to visualize the distribution of. L. (N.) whitmani s.l in the different Brazilian municipalities in association with the different types of vegetation and active transmission of ACL. L. (N.) whitmani s.l. was registered in 720 Brazilian municipalities, been verified in 26 federal units, hadn t been registered only, in state of Santa Catarina, inhabiting different kinds of vegetation and associated with different climates. The discussion about L. (N.) whitmani s.l. representing a species complex is based on aspects of its biology and vetorial competence, that reveal its capacity in transmit two distinct parasites and has different habits living in diversified habitats. The isoenzymatic analysis indicated that the L. (N.) whitmani s.l. populations of the study areas (Paragominas, Santarém, Londrina and Ilhéus) represent only one species with great chances of suffer subdivisions due to the course of evolution. We observed that the population of Paragominas municipality was detached from others by presenting the biggest genetic differentiation, which contributed for the formation of an isolated bunch in the grouping analysis. In an epidemiologic macro-territorial view, independent of being transmitting Leishmania (Viannia) braziliensis and Leishmania (Viannia) shawi, L. (N.) whitmani s.l. can be suggested as the most important vector of American Cutaneous Leishmaniasis in Brazil. / Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani s.l. (Antunes & Coutinho, 1939) possui uma ampla distribuição no território brasileiro, sendo registrada em todas as regiões geográficas e, no Continente Americano, a espécie foi assinalada na Guiana Francesa, no Paraguai, no Peru e na Argentina. No Brasil está incriminada como vetora de Leishmania (Viannia) braziliensis e Leishmania (Viannia) shawi. Considerando a vasta distribuição geográfica, aspectos diferenciados da biologia e, a possível veiculação de duas leishmânias dermotrópicas, o objetivo do trabalho foi ampliar os conhecimentos sobre Lutzomyia (N.) whitmani s.l., importante transmissor de Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) no Brasil, determinando a distribuição espacial deste flebotomíneo associada aos circuitos epidemiológicos de LTA, bem como avaliar a competência vetorial, a variabilidade e o grau de estruturação genética de algumas populações brasileiras. Foram elaborados dois mapas temáticos que, por sobreposição, permitiram visualizar o registro de L. (N.) whitmani s.l em municípios associados aos circuitos epidemiológicos da LTA e aos diferentes tipos de vegetação. L. (N.) whitmani s.l foi registrada em 720 municípios brasileiros, de vinte e seis unidades federadas, não tendo registro, apenas, em Santa Catarina, habitando diferentes tipos de vegetação e associados a variados climas. A discussão sobre L. (N.) whitmani s.l. representar um complexo de espécies está baseada em aspectos da sua biologia e da competência vetorial, que revelam sua capacidade em transmitir duas leishmânias distintas e ter hábitos diferenciados com a ocupação de diferentes ecótopos. Através da análise de isoenzimas, foi sugerido que as populações de L. (N.) whitmani s.l. das áreas estudadas (Paragominas, Santarém, Londrina e Ilhéus) representariam uma única espécie, com grandes chances de sofrer subdivisões em decorrência da evolução. Observou-se que a população do Município de Paragominas se destacou das demais por apresentar uma maior diferenciação genética, o que contribuiu para a formação de um ramo isolado na análise de agrupamentos. Numa visão epidemiológica macro-territorial, independente de estar transmitindo Leishmania (Viannia) braziliensis ou Leishmania (Viannia) shawi, sugere-se L. (N.) whitmani s.l. como o mais importante transmissor da Leishmnaiose Tegumentar Americana no Brasil.
|
490 |
Estudo de algumas populações de Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani (Atunes & Coutinho, 1939) (Díptera: Psychodidae: Phlebotominae) procedentes de áreas de transmissão de Leishmaniose Tegumentar Americana no norte e nordeste do BrasilSilva, Daniel Motta da January 2010 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-07-06T17:37:06Z
No. of bitstreams: 1
daniel_m_silva_ioc_bp_0026_2010.pdf: 1427559 bytes, checksum: 532cc287ce2cf619826a2b8055638b91 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-06T17:37:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1
daniel_m_silva_ioc_bp_0026_2010.pdf: 1427559 bytes, checksum: 532cc287ce2cf619826a2b8055638b91 (MD5)
Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani é incriminado como vetor de Leishmaniose
Tegumentar Americana (LTA), associada à transmissão de duas leishmânias
dermotrópicas: Leishmania (Viannia) braziliensis e Leishmania (Viannia) shawi. No
entanto, além da competência comprovada para transmitir dois parasitos, diferenças
no comportamento entre populações geograficamente distintas têm sugerido que
esta não seria uma única espécie e sim um complexo de espécies crípticas. A
segura identificação destas populações é de fundamental importância para os
estudos eco-epidemiológicos da LTA, possibilitando o entendimento dos ciclos de
transmissão, uma vez que esta espécie ocorre na grande maioria dos estados
brasileiros. No presente estudo foi avaliada a variabilidade genética de populações L.
(N.) whitmani procedentes de Buriticupu (MA), área de transmissão de Le. (V.) shawi
e Le. (V.) braziliensis, de Paragominas (PA), de transmissão de Le. (V.) shawi, e de
Ilhéus (BA), localidade tipo, e de Meruoca (CE), áreas de transmissão de Le. (V.)
braziliensis. A partir das análises por RAPD-PCR e sequenciamento do gene do
Citocromo b foi possível observar três agrupamentos, onde os espécimes de
Buriticupu e Paragominas compõem o mesmo grupo, os de Ilhéus formaram um
segundo grupo e os de Meruoca o terceiro. As análises mostram um alto grau de
diferenciação e sugerem que os três agrupamentos possam representar diferentes
espécies crípticas do “complexo” whitmani. / Lutzomyia (Nyssomyia) whitmani is incriminated as vectors of leishmaniasis (ACL)
associated with the transmission of two leishmania dermotropic: Leishmania (Viannia)
braziliensis and Leishmania (Viannia) shawi. However, in addition to proven
competence to transmit two parasites, differences in behavior between
geographically distinct populations have suggested that this would not be a single
species but a complex of cryptic species. The secure identification of these
populations is of fundamental importance to the eco-epidemiological studies of LTA,
allowing for better understanding of transmission cycles, since this species occurs in
most Brazilian states. In this study we evaluated the genetic variability of populations
L. (N.) whitmani coming Buriticupu (MA) transmission area of Le. (V.) shawi and Le.
(V.) braziliensis, Paragominas (PA), transmission of Le. (V.) shawi, and Ilhéus (BA),
type locality, and Meruoca (CE), transmission area of Le. (V.) braziliensis. From the
analysis by RAPD-PCR and sequencing of the cytochrome b gene it was possible to
observe three clusters, where the specimens Buriticupu and Paragominas comprise
the same group, from Ilhéus formed a second group and from Meruoca of the third.
The analysis shows a high degree of differentiation and suggests that the three
groups may represent different cryptic species “whitmani complex”.
|
Page generated in 0.0829 seconds