O \"huanglongbing\" (HLB), ou \"greening\" dos citros, tem sido considerada a pior e mais destrutiva doença que ocorre em cultivares comerciais de citros do mundo. Até hoje, não se conhecem medidas eficientes para o controle da doença. Apesar disso, são recomendadas três medidas que podem reduzir a disseminação da mesma, (1) propagação de material sadio, (2) eliminação de planta sintomática tão logo seja constatada e (3) redução da população do vetor, o psilídeo Diaphorina citri Kuwayama. O HLB foi constatado no Brasil, no estado de São Paulo, em março de 2004. Desde então, foram constatadas duas bactérias associadas a plantas com sintomas, \"Candidatus Liberibacter americanus\" e \"Candidatus Liberibacter asiaticus\", ambas transmitidas por D. citri. A proposta deste trabalho foi estudar: (1) a distribuição temporal deste inseto em pomares comerciais de laranja (Citrus sinensis) nas regiões de Araras, Bauru, Botucatu, Casa Branca, Lins e São Carlos, estado de São Paulo, no período de julho de 2004 a junho de 2007, (2) a distribuição espacial de D. citri em Bauru, Botucatu, Franca, Lins e São Carlos com base na relação variância/média, coeficiente de Taylor e índice de Morisita, (3) inimigos naturais de D. citri e taxas de parasitismo de ninfas do psilídeo por Tamarixia radiata (Waterston) (Hymenoptera: Eulophidae) em diferentes pomares, no período de 2005 a 2007 e (4) a tabela de vida ecológica das fases imaturas deste inseto, em Araras e Piracicaba, por quatro gerações. As proporções de ramos de C. sinensis infestados por ninfas e adultos do psilídeo variaram de 0 a 68,3% e se mostraram dependentes da disponibilidade de ramos em crescimento (novos), embora o tamanho da população seja dependente do clima. A maior infestação de ninfas foi observada em São Carlos e as maiores infestações de adultos ocorreram em Bauru, Botucatu, Lins e São Carlos. Por outro lado, as menores proporções de ramos infestados foram observadas em Araras e Casa Branca. D. citri mostrou uma distribuição do tipo agregada, tanto para a fase ninfal quanto para a fase adulta. Não foram observados coccinelídeos predando ovos ou ninfas do psilídeo. A predação de D. citri por crisopídeos foi muito baixa nas condições estudadas. As taxas médias de parasitismo de ninfas, de quarto e quinto ínstares, por T. radiata variaram entre as áreas amostradas e épocas, de 0 a 91,6%, sendo tal parasitismo variável de acordo com a cultivar de citros. Na tabela de vida ecológica, verificou-se que as durações do período de ovo a adulto, em campo, foram semelhantes entre as quatro gerações, de 18,0 a 24,7 dias (temperaturas médias de 21,6 a 26,0°C) e seguiram os modelos de exigências térmicas do inseto obtidos em laboratório. Entretanto, as viabilidades deste mesmo período variaram consideravelmente, de 1,7 a 21,4%, sendo que as maiores mortalidades foram verificadas nas fases de ovo e ninfa pequena (primeiro a terceiro ínstares), as quais são consideradas fatores chaves para o crescimento populacional da praga. / Huanglongbing (HLB), or citrus greening disease, has been considered the worst and most destructive disease that occurs in all citrus varieties in the world. Until today, effective control measures are unknown. However, three main measures have been recommended that may reduce the spread of the disease: (1) propagation of healthy plants; (2) elimination of symptomatic trees as soon as they are observed; and (3) reduction of the insect vector population, the citrus psylla Diaphorina citri Kuwayama. HLB was first found in Brazil in the State of São Paulo in March 2004. Since then, two bacteria were found associated with plants with symptoms, \"Candidatus Liberibacter americanus\" and \"Candidatus Liberibacter asiaticus\", both transmitted by D. citri. This research aimed to study: (1) the seasonal distribution of D. citri in citrus groves (Citrus sinensis) in Araras, Bauru, Botucatu, Casa Branca, Lins and São Carlos, State of São Paulo, from July 2004 through June 2007; (2) the spatial distribution of D. citri in Bauru, Botucatu, Franca, Lins and São Carlos according to the variance/mean ratio, Taylor\'s power law coefficients, and Morisitas index; (3) natural enemies of D. citri and parasitism rates of citrus psylla nymphs by Tamarixia radiata (Waterston) (Hymenoptera: Eulophidae) in different groves in three years, 2005, 2006, and 2007; and (4) the ecological life table of the immature stages of this insect, in Araras and Piracicaba, over four generations. The proportions of C. sinensis flushes or branches infested with nymphs and adults of citrus psylla ranged from 0 to 68.3%, and were dependent on the availability of new flushes, although population size depends on the climate. The largest infestation of nymphs was observed in São Carlos and the largest infestations of adults occurred in Bauru, Botucatu, Lins, and São Carlos. On the other hand, the lowest proportions of infested flushes or branches were observed in Araras and Casa Branca. D. citri nymphs and adults showed an aggregate distribution. No coccinellids were observed preying on eggs and nymphs of D. citri. Predation of D. citri by lacewings was very low under the conditions studied. The average parasitism rates of fourth- and fifth-instar nymphs by T. radiata varied among the sampled areas and seasons from 0 to 91.6%, and also varied with citrus variety. In the ecological life table, the mean developmental period from egg to adult in the field was similar between the four generations, 18.0 to 24.7 days (average temperatures of 21.6 to 26.0°C) and values were not different from the thermal requirement models obtained in the laboratory. However, immature survival ranged considerably, from 1.7 to 21.4%, and the highest mortalities were observed in eggs and small nymphs (first to third instars), which are considered the key factors for population growth of the pest.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A savana (Lavrado) de Roraima ocupa 17% de seu território. Estas áreas apresentam um mosaico de vegetações e uma diversidade pedológica devido aos fatores de formação do solo. As formigas estão presentes praticamente em todos os ambientes terrestres e desempenham inúmeros papéis no ecossistema. O objetivo desta pesquisa foi avaliar as relações entre as características físicas e químicas do solo com as assembleias de formigas em uma área de savana próxima de Boa Vista, RR, situadas no Campus do Cauamé/UFRR. O trabalho foi desenvolvido nas 12 parcelas permanentes do Programa de Pesquisa em Biodiversidade (PPBio). Foram utilizadas duas técnicas de coleta (iscas e pitfalls), sendo instaladas10 subamostras em cada parcela, separadas 25 m uma da outra, totalizando 120 sub-amostras por método de coleta. Os pitfalls permaneceram em operação por 48 horas e as iscas ficaram expostas por 40 minutos. O material foi coletado e levado ao laboratório para identificação. Os dados químicos e físicos do solo foram obtidos através dos metadados disponíveis no site do PPBio. Adicionalmente foram coletadas as variáveis umidade e resistência a penetração (RP). Os dados das classes de solo foram obtidos de estudos detalhados do campus Cauamé. As assembleias de formigas foram ordenadas com base na presença/ausência dos indivíduos utilizando o escalonamento multidimensional não-métrico (NMDS). Para verificar a influencia das variáveis ambientais sobre a distribuição das formigas, foi realizada uma Analise Multivariada da Variância (MANOVA). A similaridade entre as técnicas de coleta foram analisadas com o teste de Mantel. Na área de estudo identificou-se cinco classes de solos, e nestas foram coletadas 8936 formigas distribuídas em 7 subfamílias, 22 gêneros e 49 espécies onde 39 são morfotipos. A espécie Kalathomyrmex emery foi registrada pela primeira vez para o estado de Roraima. Os gêneros mais abundantes ncontrados nas iscas foram Crematogaster (46,3%) e Camponotus (25,5%). A similaridade entre as técnicas pitfall e isca foi baixa (35%), porém o pitfall foi 92% similar as duas técnicas em conjunto. Dentre as variáveis ambientais testadas, verificamos que não houve diferença significativa em relação às classes de solo, umidade e pH com a distribuição das formigas, sendo que a argila foi à única variável que influenciou em sua distribuição. Os pitfalls podem ser o único método de coleta de formigas em áreas de savanas. A maior riqueza de espécies de formigas foi verificada no Latossolo Amarelo. O solo com menor riqueza foi o Gleissolo, porém, foi o que apresentou maior número de espécies exclusivas. / Savanna (Lavrado) of Roraima occupy 17% of its territory. These areas have a mosaic of vegetation and pedological diversity due to factors of soil formation. The ants are present in virtually all terrestrial environments, and playing numerous roles in the ecosystem. The objective of this research was to evaluate the relationships between the physical and chemical characteristics of soil with ant assemblages in a savanna area near Boa Vista, Roraima (Campus Cauamé/UFRR). The study was conducted in 12 permanent plots of the Biodiversity Research Program (PPBio). We used two techniques (baits and pitfalls), and 10 sub-samples from each plot, 25 m apart from each other, a total of 120 sub-samples using the method of collection. The pitfalls remained in operation for 48 hours and the baits were exposed for 40 minutes. The material was collected and taken to the laboratory for identification. The chemical and physical soils were obtained from the metadata available from the PPBio. Additionally we collected moisture content and resistance to penetration (RP). Data from the soil classes were obtained from detailed studies of Cauamé campus. Ant assemblages were sorted based on the presence / absence of individuals using non-metric multidimensional scaling (NMDS). To check the influence of environmental variables on the distribution of ants, we performed a Multivariate Analysis of Variance (MANOVA). The similarity between the techniques was analyzed with the Mantel test. In the study area were identified five classes of soil, and these were collected 8,936 ants distributed in 7 subfamilies, 22 genera and 49 species which are 39 morphotypes. The species Kalathomyrmex emery was first recorded for the state of Roraima. The most abundant genera were found in the bait Crematogaster (46.3%) and Camponotus (25.5%). The similarity between the techniques and bait pitfall was low (35%), but the pitfall was 92% similar the two techniques together. Among the environmental variables tested, we found that there was no significant difference in the classes of soil, moisture and pH with the distribution of ants, and the clay was the only variable that influenced the distribution of ants. The pitfalls may be the only method of collecting ants in savanna areas. The highest species richness of ants was found in the Yellow Latosol. And the soil with less wealth was the Gleysol, however, was the soil with the highest number of exclusive species.

Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Daniel Rodrigues Ericeira.pdf: 2002346 bytes, checksum: df76ac081a5d0e5816a81b5699935561 (MD5) Previous issue date: 2011-03-17 / Mammography is the exam of the breast, used as breast cancer prevention and also as a diagnostic method. This exam, which consists in an X-Ray of the breast, allows cancer detection. The purpose of this work is to use image processing techniques and computer vision to help specialists in detecting suspect regions and masses in digital mammographies. The first stage of the methodology consists in pre-processing the images to make them more suitable to registration, through noise reduction, image segmentation and re-scale. The next stage presents bilateral left and right breast image pairs registration. In order to correct position and compression differences that occur during the exams, rigid registration (followed by optic flow deformable registration) was applied in each image pair. Corresponding pairs of regions were related and their mutual variations were measured through cross-variogram spatial description. On the next stage, a training model for a Support Vector Machine (SVM) was created using as characteristics the cross-variogram values of each pair of regions of 180 cases. This SVM was tested for 100 new cases. The region pairs that contained lesions were classified as suspect regions , and the other regions as non-suspect regions . From the suspect regions, variogram characteristics were extracted as tissue texture descriptors. The regions that contained masses were classified as mass regions and the other regions as non-mass regions . Stepwise linear discriminant analysis was applied to select the most significant characteristics to train the second SVM. Tests with 30 new cases were performed for the trained SVM final classification in mass or non-mass . The best case presented on the final classification: 96% accuracy, 100% sensitivity and 95,34% specificity. The worst case presented: 70% accuracy, 100% sensitivity and 67,56% specificity. On average, the 30 cases presented: 90% accuracy, 100% sensitivity and 85% specificity. / A mamografia é um exame de mama, utilizado de forma preventiva ao câncer de mama e também como método diagnóstico. Este exame, que consiste em uma radiografia das mamas, permite a detecção do câncer. O objetivo deste trabalho é utilizar técnicas de processamento de imagens e visão computacional para auxiliar especialistas na detecção de regiões suspeitas e detecção de massas mamárias em mamografias digitais. A primeira etapa da metodologia consiste em pré-processar as imagens de forma a torná-las mais apropriadas ao registro, através de redução de ruído, segmentação e re-dimensionamento. A etapa seguinte apresenta o registro bilateral de pares de mamas esquerda e direita. Para corrigir as diferenças de posicionamento e compressão ocorridas no momento do exame, o método de registro rígido foi aplicado (seguido do método de registro deformável com fluxo óptico) para cada par de imagens. Pares de regiões correspondentes foram relacionados e suas variações foram medidas através do descritor espacial variograma cruzado. Na etapa seguinte, foi criado um modelo para treinamento de uma Máquina de Vetores de Suporte (MVS) utilizando como características os valores de variograma cruzado de cada par de janelas de 180 casos. Esta MVS foi testada em 100 novos casos. Os pares que continham lesões foram classificados como regiões suspeitas ; as demais, como regiões não-suspeitas . Destas regiões suspeitas, foram extraídas características de variograma como descritores de textura de tecido. As regiões que continham massas foram classificadas como regiões de massa e as demais como regiões de não-massa . Análise linear discriminante stepwise foi aplicada para selecionar as características mais significativas para treinamento de uma segunda MVS. Foram realizados testes com 30 novos casos para a classificação final pela MVS treinada em massa e nãomassa . O melhor resultado apresentou na classificação final: 96% de acurácia, 100% de sensibilidade e 95,34% de especificidade. O pior caso apresentou: 70% de acurácia, 100% de sensibilidade e 67,56% de especificidade. Em média, os 30 casos apresentaram: 90% de acurácia, 100% de sensibilidade e 85% de especificidade.

Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Peterson.pdf: 1362910 bytes, checksum: 963fec328036941a0790b198cc0d6187 (MD5) Previous issue date: 2012-04-20 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / Breast cancer is the second most common in the world and which more affects women. In recent years, several Computer Aided Detection/Diagnosis Systems has been developed in order to assist health specialists in the detection and diagnosis of cancer, serving as a second opinion. The aim of this paper is to present a methodology for discrimination and classification of regions extracted from mammograms in mass and non-mass. In this study, Digital Database for Screening Mammography (DDSM) is used. To describe the texture of the region of interest is applied McIntosh Diversity Index, commonly used in ecology. The calculation of this index is proposed in four approaches: through the Histogram, through the Gray Level Co-occurrence Matrix, through the Gray Level Run Length Matrix and through the Gray Level Gap Length Matrix. For the classification of regions in mass and non-mass, is used the supervised classificator Support Vector Machine (SVM). The methodology shows promising results for the classification of masses and non-masses, reaching an accuracy of 93,68%. / O câncer de mama é o segundo tipo de câncer mais frequente no mundo e o que mais acomete as mulheres. Nos últimos anos, vários Sistemas de Detecção e Diagnóstico auxiliados por Computador (Computer Aided Detection/Diagnosis) têm sido desenvolvidos no intuito de auxiliar especialistas da área da saúde na detecção e diagnóstico de câncer, servindo como uma segunda opnião. O objetivo deste trabalho é apresentar uma metodologia de discriminação e classificação de regiões extraídas de mamografias em massa e não massa. Neste estudo, o Digital Database for Screening Mammography (DDSM) é usado. Para descrever a textura da região de interesse é aplicado o Índice de Diversidade de McIntosh, comumente usado em ecologia. O cálculo deste índice é proposto em quatro abordagens: através do Histograma, da Matriz de Co-ocorrência de Níveis de Cinza, da Matriz de Comprimentos de Corrida de Cinza e da Matriz de Comprimentos de Lacuna de Cinza. Para classificação das regiões em massa e não massa, é utilizado o classificador supervisionado Support Vector Machine (SVM). A metodologia apresenta resultados promissores para a classificação de massas e não massas, alcançando uma acurácia de 93,68%.

Made available in DSpace on 2016-08-17T15:00:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel Silva Fonteles.pdf: 595737 bytes, checksum: 1cef131034266e95108a1695a3835c0b (MD5) Previous issue date: 2009-02-12 / In this study we examined, whether L. whitmani is susceptible to experimental infection by L. brasiliensis, causing Cutaneous and Mucocutaneous Leishmaniasis, and L. amazonensis, causing Diffuse Cutaneous Leishmaniasis. L. whitmani individuals were collected to establish a colony free from these parasites. Mice were experimentally infected with L. brasiliensis or L. amazonensis parasites. Female of this L. whitmani colony were permitted to feed on mice exhibiting clinical signs of the disease. Phlebotominae infected with parasites were detected by amplifying a Leishmania 120 bp specific kinetoblast DNA by means of PCR. The L. whitmani infection rate for Leishmania brasiliensis and Leishmania amazonensis was 65.2% and 47.4%, respectively and confirmed that the vector is susceptible to experimental L. brasiliensis and L. amazonensis infection. Comparison of the infection rates revealed statistically significant differences. The high L. whitmani infection rate together with epidemiological and entomological studies, verified that L. whitmani is responsible for L. brasiliensis infection. Remarkably, here we report for the first time that L. whitmani is vulnerable to experimental L. amazonensis infection and may be a vector of this pathogen and the distributor for Diffuse Cutaneous Leishmaniasis. / Este estudo teve como objetivo a análise da suscetibilidade experimental de Lutzomyia whitmani para infecção com Leishmania brasiliensis causadora da Leishmaniose Cutânea e Cutâneo-Mucosa e Leishmania amazonensis causadora da Leishmaniose Cutânea Difusa. Para isso, uma colônia de L. whitmani foi estabelecida com a finalidade de fornecer espécimes livres destes parasitas que foram submetidos à alimentação em camundongos experimentalmente infectados com L. brasiliensis e L. amazonensis. A infecção com parasita foi detectada a partir da amplificação por PCR de fragmentos de 120 pb de DNA cinetoplasto do gênero Leishmania sp. As taxas de infecção encontradas foram de 65,2% e 47,4% para L. brasiliensis e L. amazonensis, respectivamente, sendo, portanto, L. whitmani suscetível à infecção experimental por estas espécies de Leishmania. A comparação entre as taxas de infecção mostrou diferenças significativas. Assim, concluímos que a alta taxa de infecção desse vetor com L. brasiliensis associados à estudos epidemiológicos e entomológicos podem responsabilizá-lo pela transmissão da Leishmaniose Cutânea e Cutâneo-Mucosa. Notavelmente, pela primeira vez foi detectado que este flebotomíneo é suscetível à infecção experimental por L. amazonensis podendo ser um vetor para transmissão desse patógeno e dispersor da Leishmaniose Cutânea Difusa.

O vírus da mancha das orquídeas (“Orchid fleck virus” - OFV), transmitido pelo ácaro Brevipalpus californicus, causa manchas cloróticas e necróticas em orquídeas de vários gêneros e foi relatado em diversos países. O diagnóstico de "orchid fleck", doença causada pelo OFV, tem sido feito através da análise dos sintomas, sorologia, observação de cortes ultrafinos de tecido infectado em microscópio eletrônico de transmissão ou RT-PCR. No entanto, apesar de testes moleculares serem freqüentemente mais eficientes e específicos que outros métodos, os "primers" disponíveis na literatura nem sempre detectam o vírus em baixas concentrações no tecido vegetal, ou amplificam regiões da planta sadia. Com base nas seqüências nucleotídicas da capa protéica viral depositadas no GenBank foram desenhados novos “primers”, que amplificam um fragmento de 326 pb. Esses “primers” foram utilizados para a detecção do OFV por RT-PCR e para a marcação com digoxigenina de sondas para hibridização. A variabilidade de um fragmento do gene da capa protéica deste vírus foi estudada por polimorfismo conformacional de fita simples ("Single strand conformational polymorphism" – SSCP) e seqüenciamento de nucleotídeos. Quarenta e oito amostras de 18 gêneros de orquídeas foram coletadas no Brasil, Costa Rica e Austrália. As análises dos padrões de SSCP resultaram em seis haplótipos diferentes e em agrupamentos baseados na origem geográfica das amostras. Amostras representando cada um desses padrões foram seqüenciadas e comparadas com aquelas disponíveis no GenBank. A análise de SSCP provou ser eficiente para fornecer informações preliminares sobre a variabilidade do OFV. No entanto, apenas através do seqüenciamento de nucleotídeos das amostras foi possível determinar a real variabilidade das mesmas. / Orchid fleck virus (OFV), transmitted by the mite Brevipalpus californicus, causes chlorotic and necrotic ringspots in many orchid genera and was reported in several countries. The diagnosis of the Orchid fleck disease has been performed by symptomatology, transmission electon microscopy, serology or RT-PCR. Even though the molecular tests are usually more efficient and specific than other methods, the available primers did not always detect the OFV in low concentrations or sometimes amplified healthy plant samples. Based on the nucleotide sequences of the coat protein gene (cp) available in the GenBank, new primers were designed. These primers amplified a 326 pb specific OFV fragment and were used for RT-PCR and as hybridization probes. The variability of a fragment of the cp of this virus was investigated by “single strad conformational polymorphism (SSCP)” and nucleotide sequencing. Forty eight samples of 18 genera of orchids were collected from Brazil, Costa Rica and Australia. The SSCP analysis resulted in six different haplotypes and demonstrated a clustering in samples based on geographical origin. Samples representing the different SSCP patterns were sequenced and compared with those available in the GenBank. The SSCP analysis proved to be efficient to provide preliminary information about OFV variability. However, only through nucleotide sequencing it was possible to determine the actual variability amongst the samples.

A leprose dos citros é considerada uma das doenças mais destrutivas da indústria citrícola. O patossistema dessa doença envolve o agente causal o Citrus leprosis virus C, o vetor Brevipalpus phoenicis Geijskes (Acari: Tenuipalpidae) e as plantas hospedeiras. Este vírus com genoma conhecido é membro tipo do gênero Cilevirus. Causa sintomas localizados nas folhas, frutos e caules e está restrito ao continente Americano. Apesar de muitos esforços para se conhecer o patossistema, ainda existem muitas questões pendentes sobre as interações. O presente trabalho teve como objetivo obter informações detalhadas sobre as relações vetorvírus- hospedeiro da leprose citoplasmática, estando dividido em três objetivos: 1. Procurou-se uma planta indicadora padrão que fosse de facil obtenção, manejo e baixo custo, e que expressase em curto tempo os sintomas de CiLV-C e outros vírus transmitidos por Brevipalpus (VTBr); 2. Determinar parâmetros como o período de acesso para aquisição e inoculação do CiLV-C pelo ácaro vetor, o período de retenção do vírus pelo ácaro, avaliação da capacidade das diferentes fases do ácaro de transmitir o vírus e a % de indivíduos de uma população de ácaros colonizando plantas afetadas pela leprose capazes de transmitir o vírus; 3. Avaliar um grande número de espécies de plantas, de diferentes famílias botânicas, quanto à suscetibilidade experimental à infecção pelo CiLV-C, pelo ácaro vetor. A presença de CiLV-C nestes ensaios foi confirmada por testes de ELISA, RT-PCR, microscopia eletrônica de transmissão e imunofluorescência. O feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) reage com lesões necróticas locais em apenas cinco dias à inoculação com ácaros virulíferos, podendo-se reduzir para dois dias se as plantas forem incubadas a 28ºC. O cv. ,,Una\" foi selecionado como planta-teste padrão dentre 113 cvs. avaliados. Outros vírus transmitidos por Brevipalpus do tipo citoplasmático (VTBr) como vírus da pinta verde do maracujá (Passion fruit green spot virus PFGSV), vírus da mancha anular de Ligustrum (Ligustrum ringspot virus LigRSV) e mancha verde do hibisco (Hibiscus green spot vírus HGSV) também causaram lesões locais necróticas em feijoeiro. Usando feijão como planta teste e ácaros virulíferos, se determinou o período de acesso à aquisição do vírus-4 h; período de acesso à inoculação do vírus-4h; período de retenção do vírus no ácaro de 12 dias, porcentagem de ácaros virulíferos, colonizando tecidos infectados, transmitirem CiLV-C em até 45%. Os experimentos também confirmaram que todas as etapas de desenvolvimento do ácaro (larvas, proto-deutoninfa e adultos) são capazes de transmitir CiLV-C, inclusive confirmou-se que o macho tem a capacidade de transmissão e que o vírus pode ser adquirido a partir de lesões de folhas, frutos e caules. Não se constatou transmissão transovariana do CiLV-C. Foram testadas 140 espécies, de 45 famílias, dentro das quais 62 espécies de 26 famílias apresentaram lesões localizadas nas folhas. Destas, 46 espécies sintomáticas, o CiLV-C foi detectado em pelo menos um dos testes para sua detecção, confirmando a transmissão. O conhecimento de parâmetros de alimentação, retenção do vírus e porcentagem de ácaros viruliferos na população, além do genoma de hospedeiras suscetíveis ao vírus tem importantes implicações no entendimento da epidemiologia, na quarentena e podem oferecer indícios da origem do CiLV-C. / Citrus leprosis (CL), caused by the Citrus leprosis virus C (CiLV-C), is reported only in the American continent. The pathosystem of the CL involves the causal agent, the main vector Brevipalpus phoenicis Geijeskes (Acari: Tenuipalpidae) and the susceptible hosts. For long time only Citrus spp. were considered the sole susceptible host. The entire genome of the CiLV-C was sequenced and a new genus, Cilevirus, was assigned for this virus. CL is characterized by the induction of localized symptoms on the leaves, fruits and stems. Important advances were made recently for the understanding of CL pathosystem, but despite these efforts little is known about details of the virus/vector/host relationship. The present work aimed to cover such deficiencies. In the first place a search of suitable indicator plant was made and the common bean (Phaseolus vulgaris L.) was found to respond with localized necrotic lesions after infestation with viruliferous B. phoenicis in five days and when infested leaves are incubated at 28°C. Furthermore, bean plants are easy and cheap to produce and handle. The black bean cv. ,,IAC Una\" was adopted as a standard test variety, among 113 assayed cultivars of various genetic backgrounds. Common bean plants mite-inoculated with other cytoplasmic-type Brevipalpus-transmitted viruses (BrTVs) [Passion fruit green spot virus (PFGSV), Solanum violaefolium ringspot virus (SvRSV), Ligustrum ringspot virus (LigRSV) and Hibiscus green spot virus (HGSV)] also responded with necrotic local lesions and could serve as test plants for these viruses. Detecion of these viruses were made by RTPCR and/or transmission electron microscopy. Using common bean as test plant, some parameters of the vector/virus relationship were determined: virus acquisition feeding period- 4 h; virus inoculation feeding period- 4h; period of retention of the virus by a single viruliferous mite- at least 12 days; percentage of viruliferous mites from a mites colonizing infected tissues- 45%. The experiments also confirmed that all the developmental stages of the mite (larvae, proto- and deutonymph, adult) as well as males are able to transmit CiLV-C. No transovarial passage of the CiLV-C was registered. The virus can be acquired from lesions of leaves, fruits and stems. To assess the experimental host range of CiLV-C, a large number of plant species were inoculated with B. phoenicis, viruliferous to CiLV-C, under experimental conditions. Of the140 species tested, belonging to 45 families, 62 (of 26 families) produced localized lesions on inoculated leaves. Of these 62 plants producing local lesions, 45 had the presence of CiLV-C confirmed by at least one of the assays to detect the virus (RT-PCR, ELISA, transmission electron microscopy and immunofluorescence). These assays were also used to confirm the presence of CiLV-C in transmission experiments. Although only few non Citrus species were found naturally infected by CiLV-C, present results show that a large number of plant species are susceptible to the virus with implications on the epidemiology, quarantine and the evolution of the citrus leprosis pathosystem.

Huanglongbing é a mais destrutiva doença da citricultura mundial. Seu recente relato no Brasil, em 2004, e a detecção de duas espécies bacterianas associadas à doença -Candidatus Liberibacter asiaticus e Candidatus Liberibacter americanus resultaram em poucos estudos do comportamento do Huanglongbing nas condições dos pomares brasileiros. Os objetivos deste trabalho foram (i) comparar a eficiência de infecção por Candidatus Liberibacter asiaticus e Candidatus Liberibacter americanus em plantas cítricas inoculadas por meio de enxertia com as duas espécies bacterianas, separadamente, e mantidas sob diferentes temperaturas, e (ii) comparar o progresso temporal e espacial do Huanglongbing causado por ambas as espécies, a partir da infecção natural por Diaphorina citri, tendo plantas de citros ou Murraya paniculata (murta) como fonte primária de inóculo. Para alcançar o primeiro objetivo, dois experimentos foram conduzidos em câmaras de crescimento com temperatura e fotofase controladas. A incidência da doença foi determinada por Real-Time PCR de amostras foliares. As temperaturas mais amenas foram favoráveis à infecção por Candidatus Liberibacter americanus, enquanto que altas temperaturas não afetaram a infecção de Candidatus Liberibacter asiaticus. A eficiência de infecção para esta última espécie foi favorecida nas temperaturas de 17/22°C e 22/27°C (noturna/diurna, respectivamente). Para cumprir com o segundo objetivo, um experimento foi conduzido com diferentes fontes de inóculo, que corresponderam aos seguintes tratamentos: (i) plantas de laranjeira doce da variedade Natal infectadas por Candidatus Liberibacter asiaticus ou Candidatus Liberibacter americanus, (ii) unicamente plantas de Murraya paniculata infectadas por Candidatus Liberibacter americanus e (iii) unicamente plantas de laranjeira doce da variedade Natal infectadas por Candidatus Liberibacter americanus. Cada tratamento foi aplicado em um compartimento isolado de uma casade- vegetação. O primeiro tratamento foi repetido. Em todos os compartimentos, 156 a 158 plantas de laranjeira doce da variedade Valência foram dispostas ao redor das plantas fonte de inóculo. Psilídeos livres das bactérias foram periodicamente confinados em plantas fonte de inóculo e, posteriormente foram liberados na casa-de-vegetação para livre movimentação e multiplicação. Quando as duas espécies bacterianas estavam presentes nas diferentes plantas cítricas utilizadas como fonte de inóculo, houve maior detecção de Candidatus Liberibacter asiaticus e maior eficiência de aquisição desta espécie bacteriana por psilídeos. Quando somente Candidatus Liberibacter americanus estava presente nas plantas fonte de inóculo, a eficiência de transmissão foi maior quando Murraya paniculata foi utilizada como fonte de inóculo, mostrando que Diaphorina citri pode adquirir naturalmente Candidatus Liberibacter 12 americanus de Murraya paniculata e transmiti-la para plantas cítricas. A eficiência de aquisição da espécie Candidatus Liberibacter americanus também foi maior tendo Murraya paniculata como planta fonte de inóculo e não citros. / Huanglongbing is the most destructive disease of citrus worldwide. There are few studies on the behavior of Huanglongbing in the Brazilian orchards conditions due to the recent report in Brazil, in 2004. Two bacterial species were associated with the disease in Brazil: Candidatus Liberibacter asiaticus and Candidatus Liberibacter americanus. The aims of this work were (i) to compare the efficiency of infection by Candidatus Liberibacter asiaticus and Candidatus Liberibacter americanus in citrus graft-inoculated plants with both bacterial species, separately, and kept under different temperatures, and (ii) to compare the spatio-temporal progress of Huanglongbing caused by both species, naturally transmitted by Diaphorina citri, having infected citrus plants or Murraya paniculata (jasmine orange) as primary inoculum sources. To achieve the first objective, two experiments were carried out in plant growth chambers with controlled temperature and light. Disease incidence in the inoculated plants was determined by Real-Time PCR of the leaf samples. The milder temperatures were favorable to Candidatus Liberibacter americanus infection, while the higher temperatures did not affect the infection by Candidatus Liberibacter asiaticus. The infection by this latter species was favored by temperatures of 17/22ºC and 22/27°C (night/day, respectively). To achieve the second objective, an experiment was carried out with different sources of inoculum, corresponding to the following treatments: (i) Natal sweet orange plants infected by Candidatus Liberibacter asiaticus or Candidatus Liberibacter americanus, (ii) only Murraya paniculata plants infected by Candidatus Liberibacter americanus and (iii) only Natal sweet orange plants infected by Candidatus Liberibacter americanus. Each treatment was applied in an isolated compartment of a screenhouse. The first treatment was repeated. In all of the compartments, from 156 to 158 Valencia sweet orange plants were located around the source of inoculum plants. Psyllids free of the bacteria were periodically confined in source of inoculum plants and, after this period, they were set free, and allowed to the free movement and multiplication inside the screenhouse. When both bacterial species were present in the different citrus plants as source of inoculum, there was higher detection of Candidatus Liberibacter asiaticus than Candidatus Liberibacter americanus and higher acquisition efficiency of the former bacterial species than the later by psyllids. When only Candidatus Liberibacter americanus was present in the source of inoculum plants, the higher transmission efficiency was reached when Murraya paniculata served as source of inoculum, showing that Diaphorina citri can naturally acquire Candidatus Liberibacter americanus from Murraya paniculata and transmit it to citrus plants. The acquisition efficiency of the 14 Candidatus Liberibacter americanus species was higher with Murraya paniculata as source of inoculum than with citrus plants was the source of inoculum.

A leprose é uma das principais doenças na citricultura brasileira devido à sua ocorrência difundida nos pomares e aos altos custos para o controle químico do ácaro vetor. A doença compromete a produção da planta e sua vida útil, manifestando-se através de lesões locais cloróticas ou necróticas em folhas, ramos e frutos, levando à queda prematura destes órgãos e à seca de ramos. O patógeno, Citrus leprosis virus C (CiLV-C), recentemente classificado como espécie tipo de um novo gênero de vírus de planta, Cilevirus, é transmitido pelo ácaro Brevipalpus phoenicis (Geijskes). Apesar de haver consenso de que a doença tem etiologia viral, ainda existem muitas questões pendentes sobre as interações vírus-planta-vetor, cujas soluções contribuirão para o controle integrado da doença. O presente trabalho teve como objetivo obter informações sobre a interação do vírus com células hospedeiras através de ensaios de imunolocalização das proteínas MP (putativa proteína de movimento), helicase (associada à replicação) e p29 (putativa proteína capsidial) do CiLV-C. Para tal, as sequências codificadoras das ORFs mp e hel foram amplificadas via RT-PCR e clonadas em vetor de expressão. Em seguida, promoveu-se a expressão in vitro das respectivas proteínas em células de E. coli e purificação por cromatografia de afinidade e troca iônica. A proteína MP pura foi utilizada para produção de antissoro policlonal específico que foi testado quanto à especificidade por métodos sorológicos. Os resultados do ELISA mostraram que o antissoro apresentou reação positiva com extratos foliares de lesões lepróticas em todos os estágios de desenvolvimento da doença, quando utilizado em altas concentrações. Além disso, lesões maduras reagiram mais intensamente que lesões mais novas. Por Western Blot, detectou-se somente a proteína pura, não sendo possível obter reação positiva em extrato de lesões foliares. Também não foi possível detectar a MP por imunolocalização in situ. Os resultados em conjunto sugerem que ocorre baixo nível de expressão da MP nos tecidos do hospedeiro. Empregando-se anticorpo policlonal contra proteína p29 do CiLV-C, foi possível detectar o CiLV-C em extratos de lesões foliares de leprose por ambos os métodos sorológicos testados e também por Tissue Blotting. Ensaios de imunolocalização in situ permitiram confirmar que as partículas baciliformes presentes em cisternas do retículo endoplasmático de tecidos de lesões lepróticas em plantas representam de fato vírions do CiLV-C. Além disso, também demonstrou-se que o viroplasma que ocorre no citoplasma representa o sítio de acúmulo da proteína p29. Este mesmo ensaio revelou que partículas baciliformes que ocorrem entre membranas de células adjacentes (intestino médio, glândulas prosomais, músculos e epiderme) de B. phoenicis virulíferos são de fato do CiLV-C. A ausência de viroplasma no ácaro sugere que a relação vírus/vetor seria do tipo circulativo, sem replicação. Baseado neste fato discutem-se alternativas para explicar como o vírus trafegaria do lúmen do intestino até o duto salivar para causar infecção numa planta sadia. / Citrus leprosis is one of the most important diseases in the Brazilian citrus production due to the wide occurrence in orchards and also to the high costs involved in the chemical control of the mite vector. The disease affects the plant production and longevity and it is characterized by localized chlorotic and/or necrotic spots on the leaves, stems and fruits. Affected leaves and fruits may drop prematurely and dieback can be observed in stems. The pathogen, Citrus leprosis virus C (CiLV-C), recently considered as the type member of a new genus, Cilevirus, is transmitted by the mite Brevipalpus phoenicis Geijskes. Despite the consensus that citrus leprosis has viral etiology, there are many pending questions regarding the viral interactions with the infected plant and the viruliferous mites. The solution of these questions may contribute to a better disease integrated management. This work aimed to obtain a better understanding about the virus-plant-vector relationship with the host cell by immunolocalization assays of the putative movement protein (MP), helicase (protein involved in the viral replication) and p29 (putative coat protein) of the CiLV-C. ORFs coding sequences of mp and hel was amplified by RT-PCR and cloned in the expression vector. Afterwards, in vitro expression of these proteins in E. coli and its purification by affinity chromatography were realized. The purified MP was used to produce specific polyclonal antibody that was tested for specificity by serological methods. The ELISA results showed that high concentration antibody reacted with the leaves extracts from lesions in all the disease stage of development. Furthermore, the old lesions reacted more intensely than the younger. Western blot (which detected only the pure protein) and in situ immunolocalization assays failed to detect the native MP in lesioned leave extracts. The results as a hole suggest the occurrence of low expression of MP in host tissue. The polyclonal antibody against p29 was able to detect the virus in lesioned plant extracts by PTA-ELISA, Western Blot, and Tissue Blotting. The viral nature of the putative viral particles, present within endoplasmic reticulum cisternae of infected leaf tissue, was confirmed by immunogold label. The labeling also occurred intensely in the viroplasmas, indicating that these structures represent p29 protein accumulation site. Putative virus particles, visualized in viruliferous B. phoenicis, between membranes of adjacent cells (midgut, prosomal glands, epidermis, muscles), was also immunogold labeled indicating that they represent CiLV-C. The absence of viroplasma in the mite tissues suggests that CiLV-C / B. phoenicis relationship is of the circulative type, without replication. Based on this finding, we search for possible alternatives for the viral circulation in the mite body from the midgut lumen to the salivary duct for the infection of a healthy plant to occur.

A cultura do tomateiro (Solanum lycopersicum L.) é importante mundialmente devido ao alto consumo de seus frutos. Nos últimos anos surgiram nesta cultura no Brasil alguns vírus emergentes com altas taxas de disseminação, como begomovírus e crinivírus, transmitidos pela Bemisia tabaci biótipo B, que podem causar danos à produção do tomateiro. A espécie de begomovírus atualmente mais encontrada no Brasil, em plantios de tomateiro, é o Tomato severe rugose virus (ToSRV). De 2002 a 2004, pesquisadores relataram incidências desse vírus em mais da metade das amostras com sintomas de geminiviroses coletadas em vários estados brasileiros e sua presença continua sendo verificada frequentemente. No ano de 2006, um crinivírus, o Tomato chlorosis virus (ToCV), foi relatado no Brasil, infectando plantas de tomate no Estado de São Paulo e atualmente encontra-se presente em diveros estados brasileiros. Os objetivos desse trabalho foram: determinar os períodos mínimos de acesso à aquisição e à inoculação do ToSRV e do ToCV pela B. tabaci biótipo B; identificar o período de retenção do ToSRV no inseto e a interação do ToSRV e do ToCV na aquisição e na transmissão por esse aleirodídeo. Também foi avaliada a eficiência do inseticida cloridrato de cartape no controle da disseminação primária e secundária do ToSRV pela B. tabaci biótipo B em tomateiros em gaiolas em casa de vegetação. Finalmente avaliou-se a eficiência do aleirodídeo Trialeurodes vaporariorum na transmissão de um isolado brasileiro do ToCV. Os períodos mínimos de acesso à aquisição e à inoculação de ambos os vírus pela B. tabaci biótipo B foram de cinco minutos. O tempo de retenção do ToSRV em B. tabaci biótipo B foi de 25 dias. A eficiência de um único adulto de B. tabaci na transmissão simultânea do ToSRV e do ToCV para tomateiros foi de 44,7%, similar àquela da transmissão isolada do ToRSV (47,4%) e do ToCV (44,7%). A eficiência de T. vaporariorum na transmissão do ToCV foi inferior à da B. tabaci biótipo B. Usando 40 insetos por vaso com duas plantas as eficiências de transmissão foram 57,7% e 100%, respectivamente. O inseticida cloridrato de cartape reduziu a infecção secundária do ToSRV pela B. tabaci biótipo B, mas não foi eficiente para reduzir a infecção primária em tomateiros. / Tomato (Solanum lycopersicum) is one of the leading vegetables grown and consumed in Brazil and in the world, after potato. The importance of tomato is related to its high consumption worldwide and also its nutritive value. Presently the most important virus diseases responsible for yield losses on tomato crops in Brazil are those caused by begomovirus and crinivirus, both transmitted by Bemisia tabaci biotype B. At the moment the prevalent species of begomovirus is Tomato severe rugose virus (ToSRV). From 2002 to 2004, researchers reported incidence of this virus in more than half of the symptomatic tomato samples collected in several Brazilian states. In 2006, a crinivirus, Tomato chlorosis virus (ToCV), was reported for the first time in Brazil, infecting tomato plants in the State of São Paulo and at present the virus occurs in several Brazilian states. The objectives of this study were to determine the minimum acquisition and inoculation access periods of ToSRV and ToCV by B. tabaci biotype B; identify the retention period of ToSRV in the insect; and the interaction of ToSRV and ToCV on the transmission by this aleyrodidae. It was also evaluated the effectiveness of the insecticide cartap hydrochloride in controlling the primary and secondary spread of ToSRV by B. tabaci biotype B on tomato plants in a greenhouse. Finally, it was evaluated the efficiency of Trialeurodes vaporariorum in the transmission of a Brazilian isolate of ToCV. The minimum acquisition and inoculation access periods for both viruses by B. tabaci biotype B were five minutes. The maximum retention time of ToSRV in B. tabaci biotype B was 25 days. The efficiency of a single adult of B. tabaci to simultaneously transmit ToSRV and ToCV to tomato plants was 44.7%, similar to the transmission of ToRSV (47.4%), and ToCV (44.7%) separately. T. vaporariorum was less efficient than B. tabaci on the transmission of ToCV. Using 40 insects per pot with two plants, transmission efficiencies were 57.7% and 100%, respectively. The insecticide cartap hydrochloride reduced secondary infection of ToSRV transmitted by B. tabaci biotype B, but was not effective in reducing the primary infection in tomato.