O Mycobacterium tuberculosis infecta um terço da população mundial. Cerca de 7 a 8 milhões de novos casos e 1,7 milhão de mortes ocorrem por ano no mundo. A disseminação de isolados clínicos de M. tuberculosis mostra grande dispersão destas cepas mundialmente, influenciando na transmissão e possivelmente o desenvolvimento de quadros clínicos distintos. O presente estudo teve como objetivo a avaliação da relação clonal, da sensibilidade aos agentes antimicrobianos específicos e da resistência ao Nitrito de Sódio de 19 isolados clínicos de M. tuberculosis, obtidos de estudo epidemiológico para averiguação da transmissão em contatos domiciliares. Foi observado que 36,8% (n=7) dos isolados foram resistentes aos radicais de nitrogênio em que o percentual de viabilidade ao NaNO2 variou de 17,1 a 114%. O teste de sensibilidade aos agentes antimicrobianos demonstrou que 42,1% (n=8) das cepas se mostraram resistentes a pelo menos uma das drogas testadas. Cinco cepas (26,3%) apresentaram resistência a uma droga, 15,7% (n=3) se mostraram resistentes a três ou mais drogas antimicobacterianas, demonstrando a circulação do fenótipo XDR. A maioria das cepas (57,8%) foram sensíveis as 6 drogas testadas. Quanto ao perfil molecular, avaliado através das técnicas de MIRU e Spoligotyping, foi demonstrado a inexistência de clones entre as amostras estudadas. No entanto, apesar de alguns isolados pertencerem a famílias previamente descritas como circulantes no território nacional (LAM, LAM 3, LAM 6, LAM 9, Haarlem - H, Haarlem 1 - H1, Haarlem 3 - H3), alguns deles pertenceram a famílias ainda não descritas como circulantes no país (T1 e U), demonstrando a dispersão e emergência de clones distintos na cidade do Rio de Janeiro. / Mycobacterium tuberculosis infects one third of the population of the world. Almost 7 to 8 million of new cases are diagnosed, and 1.7 million of deaths are reported by year. The dissemination of clinical isolates demonstrates a great dispersion of clones, and may influence the transmission and possibly, the development of distinct clinical outcomes. This study aimed to evaluate the clonal relationship among the isolates, the susceptibility to antimicrobial agents, and the resistance to sodium nitrite of M. tuberculosis clinical strains from a previous epidemiological study to evaluate the transmission within close contacts. It was found that 36.8% (n=7) were resistant to nitrogen reactive species (percentage of viability varied from 17.1 to 114%). The susceptibility to six antimicrobials demonstrated that 42.1% (n=8) of isolates were resistant to at least one of the drugs and 15.7% (n=3) presented resistance to two or more drugs, demonstrating the circulation of extensive drug resistant phenotype (XDR). Most of the clinical strains (57.9%) was sensitive to 6 tested drugs. In relation to the molecular profile evaluated by MIRU and Spoligotyping, it was observed the inexistence of clones among the isolates. Although some strains were related to families already described as circulating in our country (LAM, LAM 3, LAM 6, LAM 9, Haarlem - H, Haarlem 1 - H1, Haarlem 3 - H3), some isolates were characterized within families never previously described in Brazil or Latin America (T1 e U), showing the dispersion and the emergency of distinct clones in Rio de Janeiro.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Enterococcus tem emergindo como um dos mais importantes patógenos em infecções relacionadas à assistência à saúde no mundo. Estes microrganismos apresentam habilidade de adquirir genes de resistência a vários antimicrobianos, incluíndo à vancomicina, além de possuir diversos fatores associados à virulência, que contribuem sobremaneira para a sua permanência no hospedeiro, facilitando sua disseminação, particularmente, no ambiente hospitalar. Os objetivos deste estudo foram caracterizar, por testes fenotípicos e genotípicos, amostras de Enterococcus isoladas de quadros infecciosos em pacientes atendidos em quatro instituições de saúde localizadas na cidade do Natal, RN, no período de setembro de 2010 a junho de 2011. As espécies de Enterococcus foram caracterizadas por testes fisiológicos convencionais e por reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex, utilizando oligonucleotídeos específicos para caracterização do gênero e espécies. O perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos foi avaliado por testes de difusão em ágar. Os valores de concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina, teicoplanina e linezolida foram determinados pelo emprego do teste E; e o genótipo de resistência à vancomicina foi analisado por PCR. Genes associados à virulência (asa1, cylA, esp, gelE e hyl) foram detectados por ensaios de PCR multiplex. O polimorfismo genético das amostras bacterianas foi avaliado por metodologia de eletroforese em campo pulsado (PFGE), com a utilização da enzima SmaI. Foram obtidas 117 amostras, a partir de quadros infecciosos em 116 pacientes. Os resultados revelaram que a espécie E. faecalis foi a prevalente (91,4%). Os testes de susceptibilidade revelaram que as taxas de resistência mais elevadas estiveram associadas à tetraciclina (58,2%) e a níveis elevados de estreptomicina (36,7%). A resistência à vancomicina foi detectada em uma amostra de E. faecium, portadora do genótipo vanA, correspondendo ao primeiro isolamento de amostra com essa característica de resistência no RN. Esta amostra foi isolada em um caso de co-infecção com E. faecalis sensível à vancomicina. Adicionalmente, susceptibilidade intermediária a linezolida foi identificada em três amostras de E. faecalis. Dentre os determinantes de virulência identificados, gelE foi o prevalente (83,8%). De acordo com as espécies E. faecalis o perfil mais detectado foi gelE + esp (31,6%), na espécie E. faecium foi o perfil esp (28,6%) e a única amostra de E. gallinarum apresentou dois determinantes de virulência (asa1 + cylA). O gene hyl não foi identificado em nenhuma das amostras. A análise do polimorfismo genético das amostras por PFGE evidenciou uma elevada policlonalidade. Diante das características de resistência e de virulência observadas e da sinalização da emergência de mecanismos de resistência importantes no Estado do RN, este estudo chama atenção para a necessidade de rastreamento, particularmente entre portadores sadios, e estabelecimento de políticas de controle da disseminação dessas amostras nas instituições de saúde, mesmo em regiões onde tais características ainda sejam pouco frequentes. / Enterococcus has emerged worldwide as one of the most important pathogens related to health care. They have ability to acquire resistance genes, including vancomycin, and have several virulence-associated factors, which contribute greatly to their permanence in the host, facilitating its dissemination, particularly in the hospital environment. The aim of this study was to characterize, by phenotypic and genotypic tests, strains of Enterococcus isolated from infections occurred in patients enrolled in four health-care institutions located in the city of Natal, in the period September 2010 to June 2011. Enterococcus species were characterized by conventional physiological tests and polymerase chain reaction (PCR) multiplex, using specific primers for the characterization at genus and species level. The antimicrobial susceptibility profiles were evaluated by agar diffusion testing. MIC values for vancomycin, teicoplanin and linezolid were determined by E-test, and the vancomycin resistance genotype was analyzed by PCR. Virulence (asa1, cylA, esp, gelE and hyl) were detected by multiplex PCR assays. The genetic polymorphism was evaluated by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) using the SmaI. 117 samples were obtained from 116 patients. The results revealed that the species E. faecalis was prevalent (91.4%). The susceptibility testing revealed that the highest resistance rates were associated with tetracycline (58.2%) and high-levels of streptomycin (36.7%). The resistance to vancomycin was detected in one isolate of E. faecium carrying the vanA genotype, corresponding to the first detection of this resistance trait in RN State. This sample was isolated from a case of co-infection with E. faecalis susceptible to vancomycin. Additionally, intermediate resistance to linezolid was found in three isolates of E. faecalis. Among the virulence encoding genes, gelE was the prevalent (83.8%). According to the species, the prevalent genotype among E. faecalis isolates was the concomitant presence of esp and gelE (31.6%). While in E. faecium isolates the presence of esp (28.6%) was prevalent. E. gallinarum isolate harbored both asa1 and cylA. The hyl gene was not detected. Analysis of genetic polymorphism of the strains by PFGE showed a high polyclonality. Given the characteristics of resistance and virulence observed in this study and the emergence of vancomycin-resistance, this study calls the attention to the need for screening, particularly among healthy carriers, and establishing policies to control the spread of these strains in health institutions, even in areas where such features are still uncommon.

Submitted by THAÍSA ZANETONI MARTINS null (thaisa_martins00@hotmail.com) on 2016-05-02T21:00:40Z No. of bitstreams: 1 Dissertação completa e corrigida em pdf.pdf: 3120972 bytes, checksum: 2a88d2765e9af6b31401eaf64047de8a (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-05-04T19:30:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 martins_tz_me_jabo.pdf: 3120972 bytes, checksum: 2a88d2765e9af6b31401eaf64047de8a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-04T19:30:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 martins_tz_me_jabo.pdf: 3120972 bytes, checksum: 2a88d2765e9af6b31401eaf64047de8a (MD5) Previous issue date: 2016-04-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O cancro cítrico tem como agente causal a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), que afeta diferentes espécies de citros economicamente importantes. É uma doença ainda sem método curativo, e pela sua relevância e dano econômico, faz-se necessário o entendimento em termos moleculares da interação Xac-citros para o desenvolvimento de estratégias que controlem a doença. O objetivo do presente trabalho foi investigar os efeitos da deleção da ORF XAC0024 presente no genoma da Xac isolado 306, que codifica uma proteína hipotética conservada e que apresenta vários domínios putativos, entre eles o domínio peptidase M23. A hipótese é que esta proteína pode estar envolvida com a patogenicidade e/ou virulência da bactéria. Para obter o mutante ΔXAC0024 foi utilizada a técnica de mutagênese sítio-dirigida, seguida de recombinação homóloga com o vetor suicida pOK1. O mutante ΔXAC0024 foi analisado em relação às características de patogenicidade, crescimento in vivo e in vitro, capacidade de autoagregação, produção de biofilme e produção de goma xantana. O teste de patogenicidade e a curva de crescimento in vivo foram realizados em limão cravo utilizando o método de infiltração por seringa para a inoculação da bactéria. Os sintomas do desenvolvimento da doença foram registrados por fotografia digital até o 25º dia após a inoculação (dai) e a curva de crescimento in vivo também foi determinada até o 25º dai. A curva de crescimento in vitro e a agregação célula-a-célula foram analisadas em meio de cultura líquido NB. O ensaio de produção de biofilme foi feito em meio de cultura líquido XVM2 em superfície abiótica empregando cristal violeta para sua visualização e espectrofotometria para sua quantificação. A extração da goma xantana foi realizada por meio da precipitação com isopropanol após dissolução de KCl em meio goma com as bactérias multiplicadas em 96 horas. Verificou-se que o mutante ΔXAC0024 foi menos virulento em relação à Xac selvagem e que o seu desenvolvimento in planta é limitado; porém, em meio nutritivo NB apresenta crescimento similar à Xac selvagem. O mutante ΔXAC0024 apresentou ainda maior formação de goma xantana, diminuição na capacidade de se autoagregar e inalterabilidade na formação de biofilme em relação à Xac selvagem. Essa é a primeira evidência de que a ORF XAC0024 interfere na virulência da bactéria, afeta a produção de goma xantana e a agregação celular de Xac 306. A hipótese é de que a proteína codificada pela ORF XAC0024 participe do sistema de degradação do peptideoglicano na divisão celular em Xac, sendo que experimentos adicionais são necessários para confirmar esta hipótese. / The bacteria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects different species of economically important citrus. There is no a curative method for this disease, and do to its relevance and economic damage, it is necessary to understand at molecular level the Xac-citrus interaction in order to develop strategies to control the disease. The objective of this study was to investigate the effects of the deletion of the ORF XAC0024 present in the genome of Xac strain 306, which encodes a conserved hypothetical protein and has several putative domains, including peptidase M23 domain. It is hypothesized that this protein may be involved in the pathogenicity and / or virulence of the bacterium. For the ΔXAC0024 mutant was used for site-directed mutagenesis technique, followed by homologous recombination with the suicide vector pOK1. The ΔXAC0024 mutant was analyzed in relation to pathogenicity characteristics, growth in vivo and in vitro, self-aggregation capacity, biofilm production and production of xanthan gum. The pathogenicity test and in vivo growth curves were performed on Rangpur lime using syringe-infiltration method for the inoculation of bacteria. Symptoms of the disease development were recorded by digital photography to the 25° day after inoculation (dai) and in vivo growth curve was also determined to give the 25°. The growth curve in vitro and cell-to-cell aggregation were analyzed in liquid culture medium NB. Biofilm production test was done in a liquid culture medium XVM2 on abiotic surface using crystal violet for your viewing and spectrophotometry for its quantification. The extraction of xanthan gum was performed by isopropanol precipitation after dissolving KCl among gum with bacteria grown in 96 hours. It was found that the ΔXAC0024 mutant was less virulent compared to the wild Xac and its development in planta is limited; however, in nutrient medium NB presents similar growth to the wild Xac. The ΔXAC0024 mutant also showed increased formation of xanthan gum, decreased ability to self-aggregation and inviolability in biofilm formation compared to wild Xac. This is the first evidence that ORF XAC0024 interfere with bacterial virulence affects the production of xanthan gum and cell aggregation Xac 306. The hypothesis is that the protein encoded by ORF XAC0024 participate in the peptidoglycan degradation in division system cell in Xac, and further experiments are needed to confirm this hypothesis.

Introdução: O câncer gástrico é a segunda causa mais comum de mortes relacionadas à neoplasia no mundo. Apesar de o Helicobacter pylori ser classificado como um carcinógeno grupo I, a presença dessa infecção não é um fator que, isoladamente, possa levar ao desenvolvimento de câncer gástrico, sendo que, entre as possíveis justificativas, está a existência de diferentes linhagens de Helicobacter pylori com diferentes graus de virulência. Material e métodos: Foram pareados, por sexo e por idade, 29 pacientes com adenocarcinoma gástrico distal e 58 pacientes submetidos à endoscopia digestiva alta, cujo diagnóstico não fosse câncer gástrico. Em todos os pacientes, foi pesquisado o status da infecção por Helicobacter pylori (através de teste da urease, histopatológico e PCR para os genes ureA e 16S-rRNA), além de determinação do status de infecção por linhagem cagApositiva do Helicobacter pylori (através de PCR para o gene cagA). Resultados: A porcentagem de pacientes com infecção por Helicobacter pylori foi idêntica nos dois grupos (68,9%). Quando avaliamos a presença de infecção pelo Helicobacter pylori linhagem cagA-positiva, verificamos que a freqüência desta é significativamente mais alta no grupo caso, quando comparado com o grupo controle, ocorrendo em 62,1% e 29,3% desses, respectivamente (OR=3,95; IC 95% 1,543-10,096). Ao avaliarmos apenas os pacientes Helicobacter pylori-positivos, a freqüência de infecção por linhagem cagApositiva também é mais elevada no grupo caso (90%), quando comparado com o grupo controle (42,5%) (OR=12,18; IC 95% 2,71-52,9). Conclusões: Existe associação entre infecção por Helicobacter pylori linhagem cagApositiva e adenocarcinoma gástrico distal, independente do status de infecção pelo Helicobacter pylori. / Background: Gastric cancer is the second most common cause of cancer related death worldwide. Although Helicobacter pylori has been classified by the World Health Organization as a class I carcinogen, the presence of the infection is not a factor that alone is able to lead to gastric cancer, and one of the possible explanations for this is the existence of different strains of Helicobacter pylori with different degrees of virulence. Materials and methods: 29 patients with gastric cancer were matched by sex and age (+/- 5 years) with 58 patients without gastric cancer, submitted to upper gastrointestinal endoscopy. All patients were evaluated for the status of infection by Helicobacter pylori (through urease test, histological analysis and PCR for the genes ureA and 16S-rRNA) and for the status of infection by cagA-positive strain (through PCR for the gene cagA) Results: evaluating the presence of infection by cagA-positive Helicobacter pylori, it was verified that the rate of infection was significantly higher in the group with gastric cancer when compared with the matched controls, occurring in 62,1% and 29,3%, respectively (OR=3,95; IC 95% 1,543-10,096). Evaluating only Helicobacter pylori-positive patients, the rate of infection by cagA-positive strains was also significantly higher in the group with gastric cancer (OR=12,18; IC 95% 2,71-52,9). Conclusions: There is association between cagA-positive Helicobacter pylori and risk of gastric cancer, independent of the status of infection by Helicobacter pylori.

Foram coletadas amostras de água de piscinas térmicas e não térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil entre os meses de maio de 2006 e março de 2007, com o objetivo de determinar a presença do gênero Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e trofozoítos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. O potencial patogênico foi avaliado usando testes de osmotolerância e termotolerância. Das 65 amostras analisadas, 13 (20%) foram positivas para amebas de vida livre e identificados morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 9 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 4 com o grupo III. Todos os isolados identificados morfologicamente quando submetidos à Reação de PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba e 38% (5/13) dos isolados foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Neste estudo, o método molecular de RAPD ("Random Amplified Polymorphic-DNA") foi utilizado para investigar a relação genética entre os 13 isolados de piscinas e dois isolados de referência da ATCC. De 10 oligonucleotídeos decaméricos testados, quatro foram selecionados por gerarem produtos de amplificação passíveis de análise. A similaridade entre os isolados foi calculada utilizando-se o coeficiente de Jaccard e o dendrograma construído pelo método da média das distâncias entre grupos ("Average Linkage"). Quatro grupos distintos (G1-G4) de isolados foram formados de acordo com a similaridade genética entre eles. Sugeriu-se que os isolados do G1 por agruparem-se aos isolados de referência de A. castellanii (ATCC 30010 e 50492) possam pertencer a esta espécie. Os dados fenotípicos, tais como, morfologia e testes de tolerância foram relacionados aos dados genotípicos de RAPD e permitiram a caracterização dos isolados. Os resultados deste primeiro estudo de isolamento e caracterização de Acanthamoeba de água de piscinas na cidade de Porto Alegre-RS, Brasil confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana. / Water samples were collected from both heated and unheated swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil between May 2006 and March 2007, to determine the presence of Acanthamoeba in the water of swimming pools as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Escherichia coli. The identification of the isolates was based on the trophozoites and cysts morphology and on the amplification through PCR with genus-specific oligonucleotides. The potential pathogenic was assessed by osmotolerance and temperature tolerance assays. From the 65 samples analyzed, 13 (20%) were positive for free-living amoebae, and the isolates morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 9 presented characteristics compatible with morphological group II, and 4 with group III. All the morphologically identified isolates, when submitted to PCR, were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba, and 38% (5/13) of the isolates were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature tolerance assays. In this study, the molecular RAPD method (Random Amplified Polymorphic-DNA) was used to investigate the genetic relationship among 13 isolates from swimming pools and two strains from the ATCC reference. From the ten decameric oligonucleotides tested, four were selected for generating products of amplification possible to be analyzed. The similarity between isolates was calculated using the Jaccard coefficient and the dendrogram constructed by using the method of the average distances between groups ("Average Linkage"). Four distinct groups (G1-G4) of isolates were separated according to genetic similarity between them. It was suggested that the isolates from G1 once group up with the reference isolates of A. castellanii may belong to this species. The phenotypic data such as morphology and tolerance tests were related to RAPD genotypic data and led to the characterization of isolates. The results of this study about isolation and characterization of Acanthamoeba in swimming pools water at Porto Alegre, RS, Brazil confirm the presence of potentially pathogenic isolates which can present risks to human health.

Orientador: Antonio Olavo Cardoso Jorge / Banca: Juliana Campos Junqueira / Banca: Graziella Nuernberg Back Brito / Banca: Martha Simões Ribeiro / Banca: Célia Regina Gonçalves e Silva / Resumo: Os micro-organismos estão se tornando cada vez mais resistentes aos antimicrobianos e cepas de Candida albicans resistentes aos antifúngicos tem sido isoladas, assim, torna-se importante e necessário a realização de pesquisas que avaliem os efeitos de novos métodos terapêuticos, como a inativação fotodinâmica antimicrobiana (aPDI). Assim, o objetivo deste estudo foi verificar os efeitos da inativação fotodinâmica sobre biofilmes de Candida albicans, avaliando seus efeitos sobre a expressão dos genes TEC1 (fator de transcrição), HWP1 (proteína de parede celular das hifas), EFG1 (regulador transcricional relacionado com a morfogênese), BCR1 (regulador da formação de biofilme e da parede celular), CPH1 (regulador transcricional envolvido na morfogênese) e ALS3 (adesina) de C. albicans. Foram avaliadas 30 amostras isoladas de pacientes portadores de HIV e 30 amostras de pacientes com estomatite protética, quanto a produção de biofilme, peso seco e filamentação. Destas, foram selecionadas as amostras mais virulentas de cada grupo que apresentaram melhor capacidade de formação de biofilme e filamentação. Assim, foi utilizada uma amostra clínica de C. albicans isolada de paciente portador de HIV, uma amostra clínica de C. albicans isolada de paciente com estomatite protética e uma cepa padrão ATCC 18804. A quantificação da expressão dos genes foi relacionada à produção desses genes nas amostras clínicas e na cepa de referência utilizando-se ensaio de PCR em tempo real. Para a aPDI, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Micro-organisms are becoming increasingly resistant to antimicrobial agents and Candida albicans resistant strains to antifungal has been isolated, so it is important and necessary to carry out studies that evaluates the effects of new therapeutic methods, such as antimicrobial photodynamic inactivation (aPDI). The objective of this study was verify the effects of aPDI on C. albicans biofilms, evaluating its effects on genes expression: TEC1 (transcription factor), HWP1 (cell wall protein hyphae), EFG1 (transcriptional regulator related to morphogenesis), BCR1 (regulator of biofilm formation and cell wall), CPH1 (transcriptional regulator involved in morphogenesis) and ALS3 (adhesin) of C. albicans. Were evaluated 30 samples isolated from patients with HIV and 30 samples from patients with denture stomatitis, as the production of biofilm, dry weight and filamentation. Of these, the most virulent strains of each group that presented better biofilm formation capacity and filamentation were selected. Therefore, were used a clinical sample of C. albicans isolated from HIV positive patient, a clinical sample of C. albicans isolated from patient with denture stomatitis and a standard strain ATCC 18804. The quantification of gene expression was related to the production of these genes in clinical samples and in the reference strain using PCR assay in real time. For aPDI, were used the photosensitizer methylene blue at 300 uM and erythrosine at 400 uM, sensitized with low power laser... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Eleni Gomes / Coorientador: Éder Antônio Giglioti / Banca: Fernando Barbosa Noll / Banca: Marcia Maria de Souza Moretti / Banca: José Eduardo Marcondes de Almeida / Banca: Jeferson Gross / Resumo: A broca da cana-de-açúcar é considerada a principal praga da cultura, cujo controle químico não tem sido eficaz. O controle biológico com Cotesia flavipes, em função da expansão do plantio, não será suficiente para o controle em áreas de alta infestação. O clima quente e úmido das regiões Noroeste e Centro-Oeste do Estado de São Paulo potencializam a utilização dos fungos Beauveria bassiana e Metarhizium anisopliae para o controle desta praga. O presente trabalho teve como objetivos estudar as variações genéticas dentre uma população pré-selecionada de 20 isolados de Metarhizium spp. associada ao controle de Diatraea saccharalis para identificar espécies e isolados com potencial de uso como agentes para o controle desta praga e a compatibilidade dos mesmos com o parasitoide Cotesia flavipes para serem utilizados em programas de manejo integrado dessa praga-MIP. Neste sentido, foram realizados testes para determinação da agressividade desse grupo de isolados de Metarhizium spp. previamente selecionados sobre D. saccharalis. Os isolados foram inicialmente caracterizados quanto ao potencial de patogenicidade, posteriormente foi realizada a seleção de cepas com alta eficiência de infecção sobre a D. saccharalis através da TL90. Também foi realizada a avaliação da compatibilidade dos isolados selecionados de Metarhizium spp. com o parasitoide C. flavipes para serem utilizados juntamente em programas de Manejo de Pragas - MIP. Os resultados do presente estudo demonstraram que todos... / Abstract: The sugarcane borer is considered as a major crop pest, whose chemical control has not been very effective. The biological control by Cotesia flavipes, due to the expansion of the plan, are not enough to control in areas of high infestation. The hot and humid climate of the Northwest and Miwest regions of São Paulo state potentiate the utilization of the fungi Beauveria bassiana and Metarhizium anisopliae to control this pest. The present work aims to study the genetic variations among a pre-selected population of 20 isolates of Metarhizium spp. associated to the control of Diatraea saccharalis to identify species and isolates with potential of use as agents for the control of this pest and their compatibility with the Cotesia flavipes parasitoid to be used in Integrated Pest Management (IPM) programs. In this sense, the tests were carried out to aggressiveness determination of this Metarhizium spp isolate groups previously selected on Diatraea saccharalis. The isolates were initially characterized for the pathogenicity potential, later the strain selection was made of highly efficient of infection on D. saccharalis through TL90. Also was made the evaluation of Metarhizium spp selected isolates compatibility with the Cotesia flavipes parasitoid to be used together in Integrated Pest Management (IPM) programs. The results of the present study demonstrated that all the isolates evaluated showed high virulence against D. saccharalis caterpillars, and being possible to prove the efficiency of these isolates in the control of this pest, but they showed differences in mortality distribution over time, and the estimate of the lethal time to kill 90% of insect population (TL90) ranged from 5.39 days for M13 to 7.49 days for M20. Moreover, the results of the compatibility tests showed that most of the isolates of the Metarhizium spp. fungus presented some toxicity degree to C. flavipes, ... / Doutor

Orientador: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Hélio José Montassier / Banca: José Carlos Rende / Resumo: O presente estudo foi realizado no período de janeiro de 2012 a janeiro de 2013 em fazendas leiteiras da região de Dracena, São Paulo. Durante o período, foram coletadas 800 amostras de fezes com suabes retais em vacas leiteiras. Essas amostras foram levadas para o Laboratório de Microbiologia do Campus Experimental de Dracena, onde foram isoladas e identificadas 561 amostras para Escherichia coli. Após o isolamento foram extraídos os DNAs de todas as amostras pelo método da fervura e por PCR o DNA foi amplificado para se detectar a presença dos genes de virulência de E. coli pertencentes ao grupo STEC, produtora de toxina tipo shiga em 446 amostras. De todas as cepas isoladas 90 eram portadoras do gene stx1, 97 do gene stx2, 45 do gene eae, 37 dos genes stx1 e stx2, 110 dos genes stx1 e eae e 67 dos genes stx2 e eae. Foram isoladas também 115 cepas que não eram portadoras de nenhum dos genes de virulência de STECs do estudo. Todos os isolados de E. coli portadores de cada gene de virulência foram avaliados quanto a resistência frente a 10 antimicrobianos. Os percentuais de resistências aos antimicrobianos foram maiores para a lincomicina, penicilina e novobiocina e menores para ampicilina, neomicina e tetraciclina. Foram identificados os sorogrupos, dos quais os mais frequentes entre os isolados portadores do gene de virulência stx1 foram o O119 e O114; do gene de virulência stx2 foram os sorogrupos O9 e O8; e do gene de virulência eae foram os sorogrupos O9, O8 e O127. Todos os isolados de E. coli apresentaram multirresistência e a maioria apresentou maior percentagem de multirresistência contra 2 a 3 e contra 10 antimicrobianos. Não foi verificado estatisticamente relação entre os padrões de virulência e os padrões de resistência aos antimicrobianos entre as amostras / Abstract: The present study was conducted between january 2012 to january 2013 on dairy farms of Dracena city region, São Paulo. During the period, 800 samples of faeces were collected with rectal suabs from dairy cattle cows. Those samples were taken to the laboratory of microbiology of Dracena Experimental Campus, where 561 samples were isolated and identified for Escherichia coli. After the DNA from the samples were extracted by the boiling method and with PCR the genetic material was amplified to detect the presence of virulence genes from STEC, shiga-like toxin producer E. coli, on 446 samples. Of those samples, 90 were carriers of the stx1 gene, 97 of the gene stx2, 45 of the gene eae, 37 of the genes stx1 and stx2, 110 of the genes stx1 and eae, 67 of the genes stx2 and eae. Also were isolated 115 samples that did not carry none of the virulence genes from STECs of the study. All the E. coli isolates of each virulence gene were evaluated for resistence to 10 antibiotics. The percentual of resistence were higher for lincomycin, penicillin and novobiocin and lower for ampicillin, neomycin and tetracycline. A serogroup test was made, of which the most frequent among isolates carrying the virulence gene stx1 were O119 and O114; of the gene stx2 were serogroups O8 and O9; and of the gene eae were the serogroups O9, O8 and O127. All the E. coli isolates presented multirresistence and most isolates presented more percentage of multirresistence against 2 to 3 and against 10 antibiotics. Was not verified statistically relationship between virulence patterns and patterns of antimicrobial resistance among the samples / Mestre

Orientador: Ana Cláudia Pavarina / Abstract: Este estudo avaliou longitudinalmente a expressão de genes de virulência de isolados clínicos de Candida albicans de pacientes com candidose oral tratados com Terapia Fotodinâmica Antimicrobiana (aPDT) ou Nistatina (NIS). Inicialmente, a especificidade de primers da literatura e novos primers desenhados para os genes de virulência de C. albicans ALS1, CAP1, CAT1, EFG1, HWP1, LIP3, PLB1, SAP1, SAP4, SOD1, SOD5 e ACT1 (gene de controle) foi avaliada através de análises in silico e in vitro. Para a análise in silico, foi realizada uma busca no Pubmed por artigos com sequências de primers que avaliaram a expressão gênica de C. albicans. Em seguida, a homologia dos primers foi analisada (BLAST e ClustalW2) assim como a presença de estruturas secundárias (Mfold). Novos primers foram desenhados (Beacon Designer™) a partir de sequências obtidas do "Candida Genome Database". Os primers foram sintetizados e testados in vitro pela técnica de PCR utilizando um painel de DNA genômico de diferentes espécies de Candida, com seus produtos visualizados em gel de agarose. Reações de qPCR foram realizadas para determinar a concentração ótima e a eficiência dos primers. Para a análise da expressão gênica, os pacientes foram submetidos à aPDT [6 sessões com aplicações do fotossensibilizador Photoditazine™ (200 mg/mL) no palato e na prótese por 20 minutos com posterior aplicação de luz LED (660 nm - 50 J/cm²)] ou submetidos ao tratamento convencional [bochechos de um minuto com 1 mL da solução de ... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: This study evaluated longitudinally the expression of Candida albicans virulence genes on clinical isolates from patients with oral candidiasis treated with Antimicrobial Photodynamic Therapy (aPDT) or Nystatin (NIS). First, specificity of primers from the literature and newly designed primers for C. albicans virulence genes ALS1, CAP1, CAT1, EFG1, HWP1, LIP3, PLB1, SAP1, SAP4, SOD1, SOD5 and ACT1 (control gene) was evaluated through in silico and in vitro analyzes. For in silico analysis, a Pubmed search was performed for studies with primer sequences that evaluated gene expression of C. albicans. Then, the homology of these primers was checked (BLAST and ClustalW2) as well as the presence of secondary structures (Mfold). New primers were designed (Beacon Designer ™) from sequences obtained from the "Candida Genome Database". The primers were synthesized and tested in vitro by PCR using a panel of genomic DNA from different Candida species, with their products visualized on agarose gel. qPCR reactions were performed to determine primers' optimal concentration and efficiency. For gene expression analysis, patients were submitted to aPDT (6 sessions with applications of Photoditazine™ photosensitizer (200 mg/mL) on the palate and dentures for 20 minutes with subsequent application of LED (660 nm - 50 J / cm² )] or conventional treatment [1 minute mouthwash with 1 mL of Nystatin solution (100.000 UI/ mL) four times a day for 15 days]. Microbiological cultures were taken at the ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza da Cunha / Resumo: Indivíduos colonizados podem contribuir para disseminação de Staphylococcus aureus, que se destaca por sua patogenicidade e alta frequência, capaz de produzir doenças tanto em indivíduos sadios quanto em imunocomprometidos, sendo esse risco aumentado na imunodeficiência humana (HIV/aids). Esse estudo teve como objetivos determinar a relação clonal de MRSA (Staphylococcus aureus Resistente à Meticilina) e MSSA (Staphylococcus aureus Sensível à Meticilina) entre as cepas isoladas de pessoas vivendo com HIV/aids (PVHA) e seus contactantes domiciliares, e os fatores de virulência que podem contribuir para o carreamento desses micro-organismos. S. aureus foram isolados da nasofaringe e orofaringe de 368 PVHA do Serviço de Ambulatórios Especializados de Infectologia “Domingos Alves Meira” (SAE/DAM) do complexo da Faculdade de Medicina de Botucatu (FMB) e Fundação para o Desenvolvimento Médico Hospitalar (FAMESP), sendo 112 residentes em Botucatu e 256 provenientes de cidades da região. A técnica de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) foi utilizada para detecção do gene mecA, genes das enterotoxinas (sea, seb, e sec-1), esfoliatinas A e B (eta e etb), toxina 1 da síndrome do choque tóxico (tst), leucocidina Panton–Valentine (lukS-PV e lukF-PV), hemolisinas alfa e delta (hla and hld) e biofilme (icaA e icaD) e para tipagem do SCCmec. Para a tipagem molecular foi utilizado a técnica de Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multilocus Sequence Typing (MLST) e spa Typing. Os pacient... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Colonized individuals may contribute to the dissemination of Staphylococcus aureus, which stands out for its pathogenicity and high frequency, capable of producing diseases in both healthy and immunocompromised individuals, with an increased risk of human immunodeficiency (HIV/AIDS). This study aimed to determine the clonal relationship between MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) and MSSA (Methicillin-Sensitive Staphylococcus aureus) between strains isolated from people living with HIV/aids (PLHA) and their home contacts, and virulence factors which may contribute to the transport of these microorganisms. S. aureus were isolated from the nasopharynx and oropharynx of 368 PLHA from the Specialized Outpatient Services “Domingos Alves Meira” (SAE/DAM) of the Botucatu Medical School (FMB) and Hospital Medical Development Foundation (FAMESP), of which 112 were residents in Botucatu and 256 from cities in the region. The PCR (Polymerase Chain Reaction) technique was used to detect the mecA gene, enterotoxin genes (sea, seb, and sec-1), esfoliatins A and B (eta and etb), toxic shock syndrome toxin 1 (tst), Panton-Valentine leukocidin (lukS-PV and lukF-PV), alpha and delta hemolysins (hla and hld) and biofilm (icaA and icaD) and for typing SCCmec. For molecular typing were used techniques of the Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multilocus Sequence Typing (MLST) and spa Typing. The patients residing in Botucatu were invited to more two collections with the inclu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor