Introdução: As polimixinas são consideradas as opções terapêuticas de resgate para o tratamento das infecções de corrente sanguínea (ICS) por bacilos Gram-negativos (BGN) com resistência aos carbapenens (CR) e a combinação com outro antimicrobiano tem sido utilizada apesar da falta de evidência clínica para esta prática. Objetivo: Avaliar o uso de polimixina B intravenosa em monoterapia e em combinação com outro antimicrobiano para ICS por BGN CR. Pacientes e Métodos: Foi um estudo de coorte retrospectivo em um hospital terciário, incluindo 99 pacientes. A comparação dos tipos terapias foi através do propensity score. Resultados: A mortalidade global em 30 dias foi de 43,4%: 40,7% (24 de 59) e 47,5% (19 de 40), p=0,51, em pacientes que receberam combinação e monoterapia, respectivamente. A sepse grave/choque séptico no dia da ICS, alta pontuação do escore de bacteremia de Pitt e a presença de neoplasia como doença de base foram, independentemente, associados a maior mortalidade em 30 dias no modelo de regressão de Cox. A terapia combinada não foi significativamente associada a este resultado (hazard ratio, 0,70; intervalo de confiança de 95%, 0,36-1,36); p=0,29). Apesar de não ser significativa, houve uma tendência a um efeito benéfico da associação em pacientes com ICS por BGN CR da família Enterobacteriaceae. Não houve diferença no desenvolvimento de insuficiência renal aguda em pacientes que receberam terapia de combinação comparado com os que receberam monoterapia. Conclusão: Não houve diferença na mortalidade em 30 dias em pacientes com ICS por BGN CR tratados com polimixina B em combinação com outro antimicrobiano ou em monoterapia. A prática rotineira de combinar um segundo antibiótico em esquemas baseados em polimixinas, especialmente, se a bactéria apresenta resistência in vitro ao carbapenem, ainda necessita estudos clínicos adicionais. / Background: Polymyxins are usually the last resort therapy for carbapenem-resistant Gram-negative bacteria (CR GNB) bloodstream infections (BSIs), combination with another antimicrobial has been used despite the lack of clinical evidence supporting such practice. Objetive: We aimed to assess the use of intravenous polymyxin B in combination with another antimicrobial in comparison with polymyxin B as a single drug for CR GNB BSIs, adjusting for a propensity score for indication of combination therapy. Patient and methods: We compared combination versus monotherapy with polymyxin B for CR GNB BSIs, adjusting for a propensity score for indication of combination therapy. It was a retrospective cohort study at a tertiary-hospital including 99 patients. Results: The overall 30-day mortality was 43.4%: 40.7% (24 of 59) and 47.5% (19 of 40), P=0.51, in patients receiving combination and monotherapy, respectively. Severe sepsis/ septic shock at BSI onset higher Pitt bacteremia score and neoplasia were independently associated with higher 30-day mortality in a Cox-regression model. Combination therapy was not significantly associated with this outcome (Hazard Ratio, 0.70; 95% confidence interval, 0.36-1.36); P=0.29). Although not significant, there was a tendency to a beneficial effect of combination in patients with Enterobacteriaceae CR GNB BSIs. There was no difference in development of AKI in patients receiving combination therapy compared to those receiving monotherapy. Conclusions: There was no difference in 30-day mortality in patients with CR GNB BSIs treated with polymyxin B in combination with another antimicrobial compared with polymyxin B alone. The routine practice of combining a second antibiotic in polymyxins-based regimes, especially if the bacteria present in vitro resistance to the agent, still lacks support from clinical studies.

Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2017-08-30T18:18:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao Caio Fernandes Araujo Versão Biblioteca.pdf: 4719896 bytes, checksum: 223db1c4382e6f970dc2cd659978ab60 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T18:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao Caio Fernandes Araujo Versão Biblioteca.pdf: 4719896 bytes, checksum: 223db1c4382e6f970dc2cd659978ab60 (MD5) Previous issue date: 2016-08-12 / CAPES / Segmentar imagens de maneira automática é um grande desafio. Apesar do ser humano conseguir fazer essa distinção, em muitos casos, para um computador essa divisão pode não ser tão trivial. Vários aspectos têm de ser levados em consideração, que podem incluir cor, posição, vizinhanças, textura, entre outros. Esse desafio aumenta quando se passa a utilizar imagens médicas, como as ressonâncias magnéticas, pois essas, além de possuírem diferentes formatos dos órgãos em diferentes pessoas, possuem áreas em que a variação da intensidade dos pixels se mostra bastante sutil entre os vizinhos, o que dificulta a segmentação automática. Além disso, a variação citada não permite que haja um formato pré-definido em vários casos, pois as diferenças internas nos corpos dos pacientes, especialmente os que possuem alguma patologia, podem ser grandes demais para que se haja uma generalização. Mas justamente por esse possuírem esses problemas, são os principais focos dos profissionais que analisam as imagens médicas. Este trabalho visa, portanto, contribuir para a melhoria da segmentação dessas imagens médicas. Para isso, utiliza a ideia do Bagging de gerar diferentes imagens 2D para segmentar a partir de uma única imagem 3D, e conceitos de combinação de classificadores para uni-las, para assim conseguir resultados estatisticamente melhores, se comparados aos métodos populares de segmentação. Para se verificar a eficácia do método proposto, a segmentação das imagens foi feita utilizando quatro técnicas de segmentação diferentes, e seus resultados combinados. As técnicas escolhidas foram: binarização pelo método de Otsu, o K-Means, rede neural SOM e o modelo estatístico GMM. As imagens utilizadas nos experimentos foram imagens reais, de ressonâncias magnéticas do cérebro, e o intuito do trabalho foi segmentar a matéria cinza do cérebro. As imagens foram todas em 3D, e as segmentações foram feitas em fatias 2D da imagem original, que antes passa por uma fase de pré-processamento, onde há a extração do cérebro do crânio. Os resultados obtidos mostram que o método proposto se mostrou bem sucedido, uma vez que, em todas as técnicas utilizadas, houve uma melhoria na taxa de acerto da segmentação, comprovada através do teste estatístico T-Teste. Assim, o trabalho mostra que utilizar os princípios de combinação de classificadores em segmentações de imagens médicas pode apresentar resultados melhores. / Automatic image segmentation is still a great challenge today. Despite the human being able to make this distinction, in most of the cases easily and quickly, to a computer this task may not be that trivial. Several characteristics have to be taken into account by the computer, which may include color, position, neighborhoods, texture, among others. This challenge increases greatly when it comes to using medical images, like the MRI, as these besides producing images of organs with different formats in different people, have regions where the intensity variation of pixels is subtle between neighboring pixels, which complicates even more the automatic segmentation. Furthermore, the above mentioned variation does not allow a pre-defined format in various cases, because the internal differences between patients bodies, especially those with a pathology, may be too large to make a generalization. But specially for having this kind of problem, those people are the main targets of the professionals that analyze medical images. This work, therefore, tries to contribute to the segmentation of medical images. For this, it uses the idea of Bagging to generate different 2D images from a single 3D image, and combination of classifiers to unite them, to achieve statistically significant better results, if compared to popular segmentation methods. To verify the effectiveness of the proposed method, the segmentation of the images is performed using four different segmentation techniques, and their combined results. The chosen techniques are the binarization by the Otsu method, K-Means, the neural network SOM and the statistical model GMM. The images used in the experiments were real MRI of the brain, and the dissertation objective is to segment the gray matter (GM) of the brain. The images are all in 3D, and the segmentations are made using 2D slices of the original image that pass through a preprocessing stage before, where the brain is extracted from the skull. The results show that the proposed method is successful, since, in all the applied techniques, there is an improvement in the accuracy rate, proved by the statistical test T-Test. Thus, the work shows that using the principles of combination of classifiers in medical image segmentation can obtain better results.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-01-17T11:13:15Z No. of bitstreams: 1 samuelbelinidefilippo.pdf: 2610291 bytes, checksum: 6c4f48d00a0649b56977f6c8a7ada4e0 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-01-22T16:33:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 samuelbelinidefilippo.pdf: 2610291 bytes, checksum: 6c4f48d00a0649b56977f6c8a7ada4e0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-22T16:33:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 samuelbelinidefilippo.pdf: 2610291 bytes, checksum: 6c4f48d00a0649b56977f6c8a7ada4e0 (MD5) Previous issue date: 2017-09-20 / Todo a produção, transmissão e distribuição de energia elétrica ocorre concomitantemente com o consumo da energia. Isso é necessário porque ainda não existe hoje uma maneira viável de se estocar energia em grandes quantidades. Dessa forma, a energia gerada precisa ser consumida quase que instantaneamente. Isso faz com que as previsões de demanda sejam fundamentais para uma boa gestão dos sistemas de energia. Esse trabalho focaliza métodos de previsão de demanda a curto prazo, até um dia à frente. Nos métodos mais simples, as previsões são feitas por modelos lineares que utilizam dados históricos da demanda de energia. Contudo, modelos baseados em inteligência computacional têm sido estudados para este fim, por explorarem a relação não-linear entre a demanda de energia e as variáveis climáticas. Em geral, estes modelos conseguem melhores previsões do que os métodos lineares. Seus resultados, porém, são instáveis e sensíveis a erros de medição, gerando erros de previsão discrepantes, que podem ter graves consequências para o processo de produção. Neste estudo, empregamos redes neurais artificiais e algoritmos genéticos para modelar dados históricos de carga e de clima, e combinamos estes modelos com métodos lineares tradicionais. O objetivo é conseguir previsões que não apenas sejam mais acuradas em termos médios, mas que também menos sensíveis aos erros de medição. / The production, transmission and distribution of electric energy occurs concomitantly with its consumption. This is necessary because there is yet no feasible way to store energy in large quantities. Therefore, the energy generated must be consumed almost instantaneously. This makes forecasting essential for the proper management of energy systems. This thesis focuses on short-term demand forecasting methods up to one day ahead. In simpler methods, the forecasts are made by linear models, which use of historical data on energy demand. However, computer intelligence-based models have been studied for this end, exploring the nonlinear relationship between energy demand and climatic variables. In general, these models achieve better forecasts than linear methods. Their results, however, are unstable and sensitive to measurement errors, leading to outliers in forecasting errors, which can have serious consequences for the production process. In this thesis, we use artificial neural networks and genetic algorithms for modelling historical load and climate data, and combined these models with traditional linear methods. The aim is to achieve forecasts that are not only more accurate in mean terms, but also less sensitive to measurement errors.

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-01-12T11:44:53Z No. of bitstreams: 1 douglasdeoliveiramatosbraga.pdf: 1221207 bytes, checksum: 2e8c8b8de9aa188f87fe5670354d478c (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-01-23T13:56:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 douglasdeoliveiramatosbraga.pdf: 1221207 bytes, checksum: 2e8c8b8de9aa188f87fe5670354d478c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T13:56:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 douglasdeoliveiramatosbraga.pdf: 1221207 bytes, checksum: 2e8c8b8de9aa188f87fe5670354d478c (MD5) Previous issue date: 2017-08-31 / O planejamento energético é base para as tomadas de decisões nas companhias de energia elétrica e, para isto, depende fortemente da disponibilidade de previsões acuradas para as cargas. Devido á inviabilidade de armazenamentos em larga-escala e o custo elevado de compras de energia a curto prazo, além da possibilidade de multas e sanções de órgãos governamentais, previsões em curto prazo são importantes para a otimização da alocação de recursos e da geração de energia. Neste trabalho utilizamos nove métodos univariados de séries temporais para a previsão de cargas a curto prazo, com horizontes de 1 a 24 horas a frente. Buscando melhorar a acurácia das previsões, propomos um método de combinação de previsões através de Regressão Simbólica, que combina de forma não-linear as previsões obtidas pelos nove métodos de séries temporais utilizados. Diferente de outros métodos não-lineares de regressão, a Regressão Simbólica não precisa de uma especificação previa da forma funcional. O método proposto é aplicado em uma série real da cidade do Rio de Janeiro (RJ), que contém cargas horárias de 104 semanas dos anos de 1996 e 1997. Comparamos, através de critérios indicados na literatura, os resultados obtidos pelo método proposto com os resultados obtidos por métodos tradicionais de combinação de previsões e ao resultado de simulações de redes neurais artificiais aplicados ao mesmo conjunto de dados. O método proposto obteve melhores resultados, que indicam que a não-linearidade pode ser aspecto importante para combinação de previsões no problema de previsão de carga a curto prazo / Decision-making in energy companies relies heavily on the availability of accurate load forecasts. Because storing electricity on a large scale is not viable, the cost of short-term energy purchasing is high, and there are government fines and sanctions for failing to supply energy on demand, short-term load forecasts are important for the optimization of resource allocation and energy production. In this work we used nine univariate time series methods for short-term load forecasts, with forecast horizons ranging from 1 to 24 hours ahead. In order to improve the accuracy of forecasts, we propose a method of combining forecasts through Symbolic Regression, which combines in a non-linear way the forecasts obtained by the nine methods of the time series used. Unlike other non-linear regression methods, Symbolic Regression does not need a previous specification of the function structure. We applied the proposed method to a real time series of the city of Rio de Janeiro (RJ), which contains data on hourly loads of 104 weeks in the years 1996 and 1997. We compare, through the criteria indicated in the literature, the results obtained by the proposed method with the results obtained by traditional methods of forecasts combination and the result obtained by artificial neural networks applied to the same dataset. The method has yielded better results, indicating that non-linearity may be important in combining predictions in short term load forecasts.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:04:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao-dalva-aparecida.pdf: 328745 bytes, checksum: 4af67ad606d4d4ef8515b6d4cc3d79eb (MD5) Previous issue date: 2008-03-24 / The high effectiveness of the combined antiretroviral therapy for HIV/AIDS is wellknown, but it depends on the efficient adhesion of the patient to the treatment. The efficient adhesion to the treatment guarantees its effectiveness because increasing the patient s adherence to the antiretroviral treatment constitutes a global goal to stop the HIV/AIDS epidemic. This study aimed to understand the adhesion to the treatment the HIV/AIDS in the experience of the woman. Ethnographic study based on Geertz theoretical presuppositions. The data collection occurred by semistructuralized interviews and participant observation ith eight women of a Public Hospital Group of Adhesion in Goiás, Brazil, from 2007 January to December. The first moment of data analysis started as soon as it was initiate the interviews and where we sought to find the units of meanings. The second moment occurred in an inference process and findings theorization and its interrelation with our subject, but always searching answers to the study objectives and the theoretical concepts. From data analysis process emerged four meaning units, as known, confrontation of the cultural values in the experience of the adhesion; the rite of the experience in the adhesion to the treatment; practical customs and in the experience of the adhesion and taking care of in the interpersonal relations. Results allow an understanding that adhesion to the treatment for HIV/AIDS is ruled in the aspects of the local culture, in spite of the biomedical deductions and reducing imposed by professionals with a large scientific and technological knowledge. Also allow to understand that the experience of the adhesion to the treatment for the HIV/AIDS in the woman perceptions consists in a wire of meanings built inside a popular culture. And the culture where these women are inserted, keeps its controlling mechanisms for the person living with the HIV/AIDS survival. / A alta eficácia da terapia antiretroviral combinada para HIV/AIDS é notória, mas depende da adesão eficiente do paciente ao tratamento. A adesão eficiente ao tratamento garante sua efetividade porque aumentando a adesão do paciente ao tratamento antiretroviral constitui uma meta global para frear a epidemia HIV/AIDS. Este estudo teve como objetivo compreender a adesão ao tratamento pra o HIV/AIDS na experiência da mulher. Estudo etnográfico baseado nos pressupostos de Geertz como aporte teórico. A coleta de dados ocorreu através de entrevistas semi-estruturadas e observação participante com oito informantes do Grupo de Adesão de um Hospital Público de Goiás, no período de janeiro a dezembro de 2007. O primeiro momento da analise dos dados começou com a realização das primeiras entrevistas, quando buscamos identificar as unidades de significados. O segundo momento ocorreu em um processo de inferência e teorização dos achados e a sua relação com o nosso tema, mas sempre buscando o enlace aos nossos objetivos e pressupostos teóricos. Do processo de análise dos dados emergiram quatro unidades de significados tais como, enfrentamento dos valores culturais na experiência da adesão; o rito da experiência na adesão ao tratamento; costumes e práticas na experiência da adesão e o cuidar nas relações interpessoais. A análise nos permite compreender que a adesão ao tratamento para o HIV/AIDS está pautada nos aspectos da cultura local, apesar das deduções biomédicas e reducionistas impostas por profissionais com um vasto conhecimento científico tecnológico. Também nos permite compreender que a experiência da adesão ao tratamento para o HIV/AIDS na visão da mulher consiste em uma teia de significados construídos dentro da cultura popular. E a cultura onde estas mulheres estão inseridas, mantém seus mecanismos de controle para a sobrevivência da pessoa vivendo com o HIV/AIDS.

A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica e endêmica na América Latina com maior prevalência no Brasil, Colômbia e Venezuela. A doença é causada pelos fungos P. brasiliensis e P. lutzii. As células dendríticas são eficientes apresentadoras de antígenos e quando utilizadas como adjuvante podem ser de 100 a 1000 vezes mais efetiva nesta função. O peptídeo P10 corresponde a um trecho específico de 15 aminoácidos derivado da gp43, principal antígeno diagnóstico, e é reconhecido pelos linfócitos T CD4+ capaz de induzir resposta preferencialmentedo tipo Th1 e conferindo proteção no modelo experimental. Células indiferenciadas foram obtidas a partir de medula óssea de camundongos machos BALB/c B10.A, cultivadas na presença de GM-CSF e IL-4 por 9 dias, para a diferenciação de células dendríticas (DC). As células foram incubadas na presença do P10 por 2 horas, em estufa com 5% de CO2 a 37°C, e foram utilizadas nas imunizações. A maturação das células foi observada por citometria de fluxo com os marcadores CD11c, MHC-II, CD80 e CD86. Camundongos da linhagem BALB/c e B10.A foram submetidos à imunossupressão com dexametasona, por 20 dias, seguido pela infecção intratraqueal com o isolado Pb18. Após 30 dias, os grupos foram tratados com DCs ou DCs pulsadas com P10 em associação ou não com sulfametoxazol/Trimetoprim, por um período de 15 dias. O sacrifício ocorreu 45 dias após a infecção e foram retirados os pulmões, baço e fígado para quantificação de carga fúngica, análise histológica e dosagem de citocinas. Observamos diminuição significativa da carga fúngica nos pulmões dos animais que receberam DCs pulsadas com P10 associada ou não ao tratamento medicamentoso. Não foi observado crescimento fúngico em outros órgãos como fígado e baço em ambos os grupos. A análise histológica revelou redução da carga fúngica e preservação do parênquima pulmonar nos grupos tratados com Dcs pulsadas com P10. As dosagens das citocinas indicaram uma resposta imune mista Th1/Th2. Inicialmente reportamos que as DCs pulsadas com P10 reduz a carga fúngica em camundongos infectados. Neste trabalho, reportamos que as DCs pulsadas com P10 podem também reduzir a carga fúngica em animais anérgicos, mimetizando pacientes com a forma aguda/subaguda da doença / Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic and endemic mycosis in South America, with higher prevalence in Brazil, Colombia and Venezuela. This disease is caused by fungi P. brasiliensis and P. lutzii. The peptide P10 matches a specific path of 15 amonoacids which is derived from gp43, main diagnostic antigen. This peptide is recognized by the T CD4+ lymphocytes and induces a response type Th1, giving protection at an experimental mode. Some dendritic cells (DC) have an efficient antigen and, when used as adjuvant, they can be 100 to 1000 times more effective. Undifferentiated cells were obtained from bone marrow of male mice type BALB/c and B10.A and cultivated in the presence of GM-CSF and IL-4 for 9 days, so that DCs would be differentiated. The cells were incubated in the presence of P10 for 2 hours in incubator at 37°C with 5% of CO2, and later utilized in the immunizations. Maturation of the cells was observed by flow cytometry with CD11c, MHC-II, CD80 and CD86 markers. Mice types BALB/c and B10.A had been submitted to an immunosuppression with dexamethasone for 20 days, before being intratracheally infected with isolate Pb18. After 30 days, the group of animals received immunizations with DCs or DCs pulsed with P10 associated or not with the treatment by Sulfametoxazol/Trimetoprim, this for a period of 15 days. The sacrifice occurred 45 day after the animals had been infected, and their lungs, spleen and liver were taken out for quantification of fungal burden, histology and cytokine assay. We observed a significant decrease of fungal burden in the lungs of animal that received DC pulsed with P10, associated or not with the drug treatment. In both groups we didn\'t observe fungal growth in organs such as liver and spleen. The histological analyses showed reduced fungal burden and preservation of lung parenchyma. The dosages of cytokines showed an immune response mixed Th1/Th2 type. At first we reported that the DCs pulsed with P10 were responsible for reducing the fungal burden in infected mice. In this paper we report that the DCs pulsed with P10 may also be responsible for reducing fungal burden in anergic animals, mimicking patients with the acute/subacute form of the disease

Nas duas últimas décadas, houve um enorme aumento no número de estruturas proteicas resolvidas, e entre elas há uma variedade imensa de proteínas com mais de uma conformação observada. Essa quantidade incontestável de dados experimentais corroboram a hipótese de que cada proteína exista num espaço conformacional próprio, onde ela possa adotar inúmeras conformações, umas mais distintas ou estáveis que outras. Essas conformações estão distribuídas nesse espaço de acordo com sua energia potencial, que pode ser definida como uma superfície cheia de rugosidades, poços e barreiras energéticas. Duas conformações distantes nesse espaço são muito diferentes entre si, enquanto que duas conformações próximas são mais semelhantes. Da mesma forma, se distinguem os movimentos necessários para passar de uma conformação à outra. Para uma proteína passar de um estado a outro, geralmente identificados com grandes mudanças conformacionais, é necessário um movimento coletivo. Por ser de grande amplitude, esse tipo de movimento ocorre com baixa frequência, e dificilmente é observado em simulações clássicas de dinâmica molecular. Assim, existem métodos dedicados à obtenção destes movimentos, como a análise de modos normais, os modelos de redes elásticas e a análise de componentes principais. Neste trabalho, adaptamos o método de transformada de Fourier para recuperar modos harmônicos que compõem uma trajetória simulada suficientemente longa para analisar três proteínas distintas quanto a seus movimentos biológicos de importância funcional. Uma é a DEA, cuja simetria hexagonal observamos influenciar nos modos coletivos e na transição entre estados. Outra é a MosR, que simulamos em seus dois estados diferentes, oxidado ou reduzido, para encontrar como a oxidação é capaz de impedir os movimentos coletivos que levam à conformação ligada ao DNA. Nestas duas proteínas, observamos que nenhum modo por si só é responsável pela transição entre as conformações experimentais, mas que eles dependem de outros modos ou outras mudanças conformacionais ocorrendo de forma combinada. A terceira proteína analisada é um regulador transcricional, assim como a MosR, a ElrR, cuja estrutura é conhecida somente na forma apo. Neste trabalho, construímos modelos da ElrR ligada ao DNA pela combinação linear de modos harmônicos para modelar um possível ligante na nova conformação do sítio alostérico. As amplitudes usadas nessa combinação foram obtidas pelo método de mínimos quadrados, visando minimizar o desvio em relação somente às coordenadas que as hélices de reconhecimento devem apresentar para se ligar ao sítio de DNA. Este prognóstico foi feito pela análise metódica das estruturas de 27 reguladores transcricionais, homodiméricos com o motivo HTH, em complexo com DNA. Essa análise também nos permitiu descrever a estereoquímica do encaixe das hélices de reconhecimento nos sulcos maiores do DNA com novos parâmetros geométricos, intimamente relacionados com a simetria do complexo, com a sequência de resíduos das hélices de reconhecimento e com a sequência de bases do sítio de DNA, de forma a auxiliar na modelagem de novos complexos. / There was an enormous increase in the deposited protein structures in the past two decades, among them there is a great variety of proteins with more than one observed conformation. This undenieble amount of experimental data ratify the hypothesis that each protein posseses its own conformational space, where it can adopt countless conformations, some more distinct or stable than others. These conformations are distributed in the space according to its potential energy, which maybe defined as a rough landscape fulled with energetic wells and barriers. Two conformations lying apart from each other in this landscape do not carry much resemblances, while neighbouring conformations are very similar. The motions required to get one conformation to another are just as distinguishable. There must be a collective motion inbetween two states of a protein, commonly characterized by large conformation changes. This type of motion is related to large amplitudes and low frequencies, thus it is hardly seen in classical molecular dynamics simulations. Therefore, there are dedicated methods to obtain these motions, as normal modes analysis, elastic network models and essential dynamics. In this work we adapted the method of Fourier transform filtering to retrieve harmonic modes that compose a simulated trajectory and thus analise the biological motions with functional importance of three distinct proteins. One is DEA, which hexagonal symmetry was observed to affect its collective motions and the transition between biological states. Another protein is MosR, which we simulated in two different states, oxidized or reduced, to learn how the formation of a disulphide bridge is able to preclude the collective motions that lead to a DNA-binding conformation. With these two proteins we observed that no mode by itself is responsible for the transition between experimental conformations, and they actually depend on other conformational changes occurring in a combined manner. The third protein that we analised, ElrR, is a transcriptional regulator, like MosR, which structure is known only on its apo form. Hence in this work we built models of ElrR bound to DNA by the linear combination of harmonic modes aiming to model a ligand that would fit in the allosteric site upon the conformational changes driven by the collective motions. The amplitudes we used in this method were calculated by the least square method to minimize the deviation to the positions of the recognition helices when bound to the DNA. This prognostic of the target position of the recognition helices was made upon the methodical analysis of 27 structures of homodimeric transcriptional regulators, that present the Helix-Turn-Helix motif, complexed with DNA. This approach allowed us to describe the stereochemical fitting of the recognition helices into the DNA major grooves with new geometrical parameters intimatelly related to the symmetry of the complex, the residue sequence of the recognition helices and the base sequence of the DNA site, providing thus support to model new complexes.

Nos últimos anos tem sido observada uma significativa redução do uso das telhas pesadas nas edificações industriais, como as telhas de fibrocimento, por exemplo, e a preferência por telhas mais leves e que permitem maior racionalização da construção, como as telhas metálicas (aço zincado e alumínio). Assim, a fixação por meio de ganchos foi naturalmente sendo substituída por parafusos auto-atarraxantes, permitindo uma elevada eficiência estrutural da interação terça-telha, portanto, as terças que eram tratadas como elementos estruturais independentes passaram a ser projetadas com base no comportamento conjunto com as telhas. Diante disso, este trabalho apresenta um estudo sobre o comportamento estrutural de terças de aço considerando a interação terça-telha, com ênfase na distorção lateral. Para tanto, são analisados os modelos teóricos encontrados na literatura e os procedimentos normativos, bem como são desenvolvidas análises numéricas de sistemas representativos de coberturas, via método dos elementos finitos (MEF), que incluem os efeitos da não-linearidade física e geométrica. Através destes modelos numéricos, validados por resultados experimentais de ensaios realizados na EESC-USP, é realizada uma avaliação da influência da rigidez à flexão da terça, da conexão telha-terça, do tipo de seção da terça e da presença e posicionamento de tirantes de travamento lateral das terças. Neste contexto, concluiu-se que as telhas, desde que fixadas adequadamente as terças, contribuem para a estabilidade lateral, impondo mecanismos de falha que diferem substancialmente dos mecanismos clássicos da teoria da estabilidade elástica. / Recent years have seen a significant reduction in the use of heavy sheeting such as fiber cement roof sheets in industrial buildings, and an increasing preference for lighter sheeting that allows for greater rationalization of the construction, such as metallic sheeting (zinc-coated and aluminum). Thus, fixing by means of hooks was naturally replaced by screws, allowing for high structural efficiency of the purlin-sheeting combination, and purlins, which heretofore had been treated as independent structural elements, began to be designed based on their combined behavior with sheeting. This paper discusses the findings of a comprehensive on the structural behaviour of steel purlins under wind uplift considering the purlin-sheeting combination, with emphasis on lateral distortional. To this end, an analysis is made of the theoretical models available in the literature and in standard procedures, and systems representative of roofs are analyzed numerically via the finite elements method (FEM), including the effects of physical and geometrical nonlinearity. Based on these numerical models, which are validated by the experimental results of tests conducted at School of Engineering of São Carlos - University of São Paulo, an evaluation is made of the influence of the purlin\'s flexural stiffness, the sheeting-purlin connection, the type of purlin section (channel and Z-sections), and the number of rows of bridging (bracing). In this context, it was concluded that sheeting, provided it is properly fixed to the purlins, contributes toward lateral stability, imposing failure modes that differ considerably from the classic mechanisms of the theory of elastic stability.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2018-07-20T15:07:16Z No. of bitstreams: 1 eudesioeduimdasilva.pdf: 771603 bytes, checksum: f4e775ab970d99d2708823edc10c427c (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-09-03T16:17:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 eudesioeduimdasilva.pdf: 771603 bytes, checksum: f4e775ab970d99d2708823edc10c427c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-03T16:17:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 eudesioeduimdasilva.pdf: 771603 bytes, checksum: f4e775ab970d99d2708823edc10c427c (MD5) Previous issue date: 2018-06-05 / Esta tese tem como objetivo estudar os erros de previsão para inflação e os determinantes do erro de previsão fiscsal na União Econômica e Monetária do Oeste Africano (UEMOA). No que concerne a previsão de inflação, se comparados dois períodos: aquele em que o Banco Central da UEMOA (BCEAO) utiliza o modelo de metas para inflação (entre 2011 e 2015) e o período anterior (entre 1997 e 2010). Para tal, foram estimadas as Raízes dos Erros Quadrados Médios (REQMs) de diferentes modelos econométricos e de suas combinações (similares àqueles utilizados na previsão da inflação da Zona Monetária do Euro). Os resultados mostram uma redução dos erros de previsão da inflação, após a implementação do modelo de metas. Em relação aos determinantes do erro de previsão do saldo orçamentário na zona da União, Econômica e Monetária da África Ocidental (UEMOA) no período entre 2000 e 2015, a análise preliminar dos dados mostra que a maioria dos países da UEMOA apresentam erros de previsão positivos, sugerindo uma postura prudente em relação a previsão do saldo orçamentário. Destarte, foram feitas estimações por meio de quatro métodos econométricos: Mínimos quadrados ordinários em Painel (POLS), Mínimos quadrados ordinários com efeito fixo (FE-OLS), método generalizado de momentos em diferença (DGMM) e método generalizado de momentos sistêmico (S-GMM). Os resultados mostram a relevância dos fatores econômicos na explicação do erro de previsão do saldo orçamentário, especialmente o erro de previsão do PIB. Por outro lado, a hipótese do efeito da crise de subprime de 2008 não foi confirmada na zona da UEMOA. Os fatores políticos, institucionais e de governança também não tiveram relevância na determinação do erro de previsão fiscal. / The main objective of this thesis is to study inflation forecasting errors and the determinants of fiscal forecast error in the West African Economic and Monetary Union (WAEMU). Concerning inflation forecasting, two periods are compared: the one in which the UEMOA (BCEAO) uses the inflation targeting model (between 2011 and 2015) and the previous period (between 1997 and 2010). In order to do so, the Mean Square Error Roots (REQMs) of different econometric models and their combinations (similar to those used in inflation forecasting of the Euro Monetary Zone) were estimated. The results show a reduction of inflation forecast errors after the implementation of the target model. Regarding the determinants of the forecast error of the budget balance in the West African Economic and Monetary Union (WAEMU) area between 2000 and 2015, preliminary data analysis shows that most WAEMU countries have positive forecast errors, suggesting a cautious approach to forecasting the budget balance. Thus, estimations were made through four econometric methods: Ordinary least squares in Panel (POLS), Ordinary least squares with fixed effect (FE-OLS), generalized method of moments in difference (D-GMM) and systemic generalized method of moments (S-GMM). The results show the relevance of the economic factors to explain forecast error of the budget balance, especially the forecast error of GDP. On the other hand, the hypothesis of the effect of the 2008 subprime crisis was not confirmed in the UEMOA zone. The political, institutional and governance factors were also not relevant in determining the fiscal forecast error.

Operações em alta frequência demonstraram crescimento nos últimos anos; em decorrência disso, surgiu a necessidade de estudar o mercado de ações brasileiro no contexto dos dados em alta frequência. Os estimadores da volatilidade dos preços de ações utilizando dados de negociações em alta frequência são os principais objetos de estudo. Conforme Aldridge (2010) e Vuorenmaa (2013), o HFT foi definido como a rápida realocação de capital feita de modo que as transações possam ocorrer em milésimos de segundos por uso de algoritmos complexos que gerenciam envio de ordens, análise dos dados obtidos e tomada das melhores decisões de compra e venda. A principal fonte de informações para análise do HFT são os dados tick by tick, conhecidos como dados em alta frequência. Uma métrica oriunda da análise de dados em alta frequência e utilizada para gestão de riscos é a Volatilidade Percebida. Conforme Andersen et al. (2003), Pong et al. (2004), Koopman et al. (2005) e Corsi (2009) há um consenso na área de finanças de que as projeções da volatilidade utilizando essa métrica de risco são mais eficientes de que a estimativa da volatilidade por meio de modelos GARCH. Na gestão financeira, a projeção da volatilidade é uma ferramenta fundamental para provisionar reservas para possíveis perdas;, devido à existência de vários métodos de projeção da volatilidade e em decorrência desta necessidade torna-se necessário selecionar um modelo ou combinar diversas projeções. O principal desafio para combinar projeções é a escolha dos pesos: as diversas pesquisas da área têm foco no desenvolvimento de métodos para escolhê-los visando minimizar os erros de previsão. A literatura existente carece, no entanto, de uma proposição de método que considere o problema de eventual projeção de volatilidade abaixo do esperado. Buscando preencher essa lacuna, o objetivo principal desta tese é propor uma combinação dos estimadores da volatilidade dos preços de ações utilizando dados de negociações em alta frequência para o mercado brasileiro. Como principal ponto de inovação, propõe-se aqui de forma inédita a utilização da função baseada no Lower Partial Moment (LPM) para estimativa dos pesos para combinação das projeções. Ainda que a métrica LPM seja bastante conhecida na literatura, sua utilização para combinação de projeções ainda não foi analisada. Este trabalho apresenta contribuições ao estudo de combinações de projeções realizadas pelos modelos HAR, MIDAS, ARFIMA e Nearest Neighbor, além de propor dois novos métodos de combinação -- estes denominados por LPMFE (Lower Partial Moment Forecast Error) e DLPMFE (Discounted LPMFE). Os métodos demonstraram resultados promissores pretendem casos cuja pretensão seja evitar perdas acima do esperado e evitar provisionamento excessivo do ponto de vista orçamentário. / The High Frequency Trading (HFT) has grown significantly in the last years, in this way, this raises the need for research of the high frequency data on the Brazilian stock market.The volatility estimators of the asset prices using high frequency data are the main objects of study. According to Aldridge (2010) and Vuorenmaa (2013), the HFT was defined as the fast reallocation of trading capital that the negotiations may occur on milliseconds by complex algorithms scheduled for optimize the process of sending orders, data analysis and to make the best decisions of buy or sell. The principal information source for HFT analysis is the tick by tick data, called as high frequency data. The Realized Volatility is a risk measure from the high frequency data analysis, this metric is used for risk management.According to Andersen et al. (2003), Pong et al. (2004), Koopman et al.(2005) and Corsi (2009) there is a consensus in the finance field that the volatility forecast using this risk measure produce better results than estimating the volatility by GARCH models. The volatility forecasting is a key issue in the financial management to provision capital resources to possible losses. However, because there are several volatility forecast methods, this problem raises the need to choice a specific model or combines the projections. The main challenge to combine forecasts is the choice of the weights, with the aim of minimizingthe forecast errors, several research in the field have been focusing on development of methods to choice the weights.Nevertheless, it is missing in the literature the proposition of amethod which consider the minimization of the risk of an inefficient forecast for the losses protection. Aiming to fill the gap, the main goal of the thesis is to propose a combination of the asset prices volatility forecasts using high frequency data for Brazilian stock market. As the main focus of innovation, the thesis proposes, in an unprecedented way, the use of the function based on the Lower Partial Moment (LPM) to estimate the weights for the combination of volatility forecasts. Although the LPM measure is well known in the literature, the use of this metric for forecast combination has not been yet studied.The thesis contributes to the literature when studying the forecasts combination made by the models HAR, MIDAS, ARFIMA and Nearest Neighbor. The thesis also contributes when proposing two new methods of combinations, these methodologies are referred to as LPMFE (Lower Partial Moment Forecast Error) and DLPMFE (Discounted LPMFE). The methods have shown promising results when it is intended to avoid losses above the expected it is not intended to cause provisioning excess in the budget.