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Este trabalho teve o objetivo de estimar a frequência de deficiência mental causada por mutações no cromossomo X entre pacientes do sexo masculino, que constituem casos isolados de deficiência mental. A estratégia adotada foi a determinação do padrão de inativação do cromossomo X nas mães dos afetados, com base (a) nas indicações de que desvios extremos do padrão casual de inativação do cromossomo X têm alta probabilidade de estar relacionados à presença de mutações do cromossomo X e (b) na observação de que a frequência desses desvios está significantemente aumentada em mulheres certamente portadoras de mutações que causam deficiência mental de herança ligada ao X. A vantagem seletiva das células que possuem o alelo não mutado no cromossomo X ativo é uma explicação para tais desvios extremos da inativação do cromossomo X, raramente encontrados na população geral. Selecionamos 115 meninos portadores de deficiência mental moderada a grave associada a outros sinais clínicos, não característicos de síndrome conhecida e que tinham cariótipos normais e teste negativo para a síndrome do cromossomo X frágil; suas genitoras concordaram com a participação no estudo. Esses pacientes foram encaminhados ao Serviço de Aconselhamento Genético do Laboratório de Genética Humana, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, por diferentes serviços médicos, para diagnóstico e orientação quanto a riscos de recorrência na família. O padrão de inativação do cromossomo X nas mães dos afetados foi investigado, com base na metilação diferencial dos alelos do gene AR (Androgen Receptor gene) , no cromossomo X ativo e inativo. As mães de 100 desses meninos se revelaram heterozigóticas quanto à repetição polimórfica CAG do gene AR, requisito do teste para determinar o padrão de inativação do cromossomo X. Onze mulheres (11%) apresentaram desvios extremos do padrão de inativação do X (≥ 98:2), frequência significativamente maior (P = 0.0001; teste exato de Fisher) do que aquela que a literatura registra, em estudo utilizando o mesmo ensaio, entre mulheres adultas da população geral (0,017; IC 95% = 0,007 0,034). A raridade de desvios tão extremos na população geral permite admitir que as mães dos afetados que apresentam tais desvios sejam portadoras de mutação no cromossomo X, que causa a deficiência mental em seus filhos. Sendo assim, estimamos em 11% a frequência de deficiência mental em nossa amostra de 100 meninos casos isolados de deficiência mental (IC 95% = 0,056 0,188), sem incluir a síndrome do X frágil, responsável por 2,5% a 3% da deficiência mental no sexo masculino. Essa nossa estimativa para a proporção de deficiência mental moderada grave ligada ao X entre indivíduos do sexo masculino com DM é da mesma ordem de grandeza daquelas relatadas na literatura, baseadas (a) na frequência da síndrome do X frágil em coortes de homens com deficiência mental e entre famílias com deficiência mental de herança ligada ao X ou (b) nas inferências da prevalência de deficiência mental e de deficiência mental causada por mutações no cromossomo X na população geral masculina. Entretanto, a frequência por nós determinada deve ser uma subestimativa, considerando que os desvios extremos do padrão de inativação ocorrem em apenas um terço das portadoras obrigatórias de mutações que causam deficiência mental com herança ligada ao X. Com base nos resultados deste estudo, consideramos indicada a avaliação do padrão de inativação do cromossomo X em mães de indivíduos do sexo masculino, casos isolados de deficiência mental. A detecção de desvio extremo da inativação deve ser considerada indicativa de deficiência mental de herança ligada ao X, constituindo subsídio para o aconselhamento genético da família e podendo levar á identificação da mutação causadora da deficiência mental. / Nearly a third of obligate carriers of mutations causative of X-linked mental retardation (XLMR) have been reported to have extreme X-inactivation skewing in peripheral blood cells, compared to their non-carrier relatives. Selective advantage of cells with the non-mutated allele on the active X chromosome would explain this skewing. Based on these findings, we used the pattern of X-inactivation in mothers of mentally retarded boys, as a parameter to evaluate the frequency of XLMR among non-familial cases. To determine the X-inactivation pattern in these women, we investigated the methylation status of the AR (Androgen Receptor) alleles in blood cells. We selected 115 boys with moderate to severe mental retardation of unknown cause, who had normal karyotypes and tested negative for fragile X syndrome; the mothers of 100 of these boys were found to be heterozygous for the polymorphic CAG repeat of the AR gene, a requisite of the X-inactivation assay. Eleven women (11%) had extremely skewed X-inactivation (≥ 98:2), a frequency significantly higher (P = 0.0001; Fisher exact test) than the frequency reported for adult women from the general population (1.7%; 95% CI = 0.007 0,034). Assuming that every mother with extremely skewed X-inactivation is a carrier of an X-chromosome mutation that causes mental retardation in her son, the frequency of XLMR in our sample of 100 boys is 11% (95% CI = 0,056 0,188), the fragile X syndrome being excluded. Although these figures are quite in agreement with previous estimations of the frequency of XLMR among mentally retarded men, they might be an underestimation, when it is taken into account that only about a third of obligate carriers of XLMR mutations have highly skewed X inactivation.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:36:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucany Silva Bueno.pdf: 1019918 bytes, checksum: 4177f5a5d7038a6cde1d0fb754184fc0 (MD5) Previous issue date: 2005-08-09 / This dissertation is a study of the traditional techniques used by the city of Hidrolandia s weavers and embroiderers. It reveals aspects of culture, identity and cultural inheritance, approaching the relationship between materiality and immateriality of technical know-how. It also presents a brief survey on the origins of weaving, its myths, the female presence, the necessary instruments and the manual weaving as well in Brasil, Goiás state and the city of Hidrolandia. In Hidrolandia, specifically, this study approaches the kow-how involved in the weaving process beginnig with the acquisition of the raw material cotton and how it is changed into a finished product ready for consumption. It presents and analises the gathering of the weavers which main goal is to value and show the several ways to work the cotton and the productive chain that involves the know-how of weavers. / Essa dissertação é um estudo das técnicas tradicionais utilizadas pelas fiandeiras e tecedeiras de Hidrolândia. Aborda aspectos da cultura, da identidade e do patrimônio cultural, discutindo a relação entre a materialidade e a imaterialidade do saber fazer técnico. Apresenta também um breve levantamento sobre as origens da tecelagem em geral, seus mitos, a presença feminina, os instrumentos utilizados assim como a tecelagem manual no Brasil, no Estado de Goiás e em Hidrolândia. Em Hidrolândia, especificamente, aborda-se o fazer e o saber que envolve a tecelagem, começando pela forma de aquisição da matéria prima, o algodão, e de como ele é transformado em produto acabado para consumo. Apresenta e analisa o mutirão das fiandeiras cujo objetivo é valorizar e mostrar as formas de trabalhar o algodão, bem como a cadeia operatória que envolve o fazer e o saber das fiandeiras e tecedeiras.

O paralelismo entre antigos cinturões colisionais e sistemas de riftes mais jovens é amplamente reconhecido e especialmente observado ao longo do Oceano Atlântico. A relação entre estruturas litosféricas herdadas e a nucleação de sistemas de riftes tem sido o foco de muitos estudos. Entretanto, a relação entre estruturas herdadas e estruturas neo-formadas (i.e. durante a extensão) e a estruturação de margens passivas conjugadas ainda é pouco entendida. Na presente tese, usamos uma versão muito eficiente do código computacional Lagrangiano- Euleriano de elementos finitos FANTOM para modelar fluxos termo-mecânicos acoplados visco-plásticos de forma a entender a geodinâmica do processo de rifteamento considerando os efeitos das estruturas tectônicas herdadas e da estrutura reológica na litosfera continental. Os modelos consideram quantias variadas de extensão e contração prévios para desenvolver a herança tectônico-estrutural, a qual é ou não reativada durante o desenvolvimento da margem passiva. Nossos resultados mostram que: 1) as primeiras reativações da cunha orogênica ocorrem seguindo zona de cisalhamento principal de escala litosférica (antiga sutura); 2) zonas de cisalhamento crustais (antigos cavalgamentos) são parcial ou totalmente reativadas dependendo da quantia de contração anterior; 3) com pouca contração anterior, os cavalgamentos thick-skin são eficientemente reativados e controlam a formação da margem passiva; 4) maiores quantias de contração prévia permitem que zonas de cisalhamento afastadas da sutura não dão reativadas e preservam a estrutura orogênica; 5) a reativação de zonas de cisalhamento compressivas dominam durante os estágios iniciais do rifteamento, enquanto que em estágios finais e de afinamento crustal, dominam estruturas neo-formadas. Nossos modelos ajudaram a explicar algumas características das margens passivas conjugadas do Espírito Santo - Kwanza no Atlântico Central Sul, e da margem passiva norueguesa no Mar do Norte. Nossos modelos também mostraram que diferenças reológicas entre a crosta superior e a crosta inferior causam um desacoplamento durante subducção e posterior educção. Este último processo, associado ao necking termal da astenosfera ascendente, é responsável por deixar lascas de crosta inferior no canal de subducção-educção no manto litosférico, como é evidenciado por antigas zonas de subdução fósseis associadas à margem conjugada Newfoundland-Iberia. Dessa forma, a remoção de crosta inferior em margens passivas conjugadas pode ocorrer muito antes do processo de rifteamento. / The parallelism between older collisional belts and younger rift systems is widely known and particularly portrayed along the Atlantic Ocean. In what follows, the relationship between lithospheric inherited structures and nucleation of rift systems has been focus of many studies. Nevertheless, it is still poorly understood how inherited tectonic and new-formed structures (i.e. during extension) affect the final architecture of rifted conjugate passive margins. In this thesis we use a modified highly efficient version of the Arbitrary Lagrangian-Eulerian finite- element code FANTOM to model thermal-mechanical coupled, plane-strain, viscous-plastic creeping flows to understand the geodynamics of the rifting process considering the effects of tectonic structural inheritance and rheology on the final architecture of rifted conjugate margins. The models consider different amounts of previous extension and contraction to produce the structural inheritance that is reactivated or not during rifting. Our results show that: 1) first reactivations occur along the lithospheric former suture zone; 2) upper crustal thick skinned basement thrusts are partially or fully reactivated depending on the amount of prior contraction and size of the orogen; 3) with a small amount of contraction, thick skinned thrusts are efficiently reactivated in extension and provide the template for rifted margin formation; 4) with larger amounts of precursor contraction, thick skinned thrusts distal to the lithospheric suture zone do not reactivate in extension; 5) reactivation of prior contractional shears dominates during the early stages of rifting, whereas during the final stage of rifted passive margin formation new-formed extensional shears dominate. Models with less precursor extension and more contraction resulted in a rifted conjugate passive margin similar to the Espírito Santo-Kwanza conjugate in the Central South Atlantic, whereas more precursor extension and less contraction, develops into margin showing similar behavior of fault reactivations in the Norwegian margin, North Atlantic. Our models also show that rheological differences between upper and lower continental crusts cause them to decouple both during subduction and subsequent eduction. The latter process, associated to thermal necking of the upwelling asthenosphere, is responsible to leave slivers of previously subducted lower continental crust within the eduction channel in the mantle lithosphere, as it is seismically evidenced under the Newfoundland-Iberia rifted conjugate margins. In what follows, lower continental crust of the former subducting plate can be removed long before depth-dependent extension during magma-poor rifted margin development.

INTRODUÇÃO: Muitos são os fatores que contribuem para o desempenho cognitivo, porém o peso dos fatores genético, ambiental e sociodemográfico na composição das funções cognitivas ainda é pouco conhecido, especialmente em amostras brasileiras. Portanto, como o cálculo de herdabilidade estima a proporção da variância total do fenótipo atribuída ao fator genético, o presente trabalho avaliou a herdabilidade do desempenho em diferentes testes cognitivos em uma coorte de famílias com o propósito de melhor investigar os aspectos biológicos associados à performance cognitiva. MÉTODOS: Foram avaliados 1 717 indivíduos (60% mulheres, idades entre 18 e 91 anos e, 0 a 23 anos de escolarização), todos participantes do \'Projeto Corações de Baependi\'. Os domínios cognitivos foram avaliados por meio dos testes de lista de palavras (usando três escores diferentes), fluência verbal semântica - categoria animais (escores total e particionados por quartis de minuto) - e o teste de trilhas - parte B. As estimativas de herdabilidade, bem como o impacto de covariáveis sobre o desempenho nos testes, foram calculadas utilizando-se o modelo misto poligênico implementado no software SOLAR. RESULTADOS: Os valores de herdabilidade e respectivas covariáveis de influência significativa para os fenótipos (melhor modelo ajustado) foram os seguintes: teste de lista de palavras - escore total (h2= 0,30; idade, sexo e escolaridade), teste de lista de palavras - primeira evocação (h2= 0,22; idade, escolaridade, cronotipo e horário do dia) -, teste de fluência verbal (h2= 0,21; sexo, idade, escolaridade e horário do dia) - apresentando 4 quartis de minuto, o primeiro quartil (h2= 0,17; idade, escolaridade e horário do dia), o segundo quartil (h2= 0,09; escolaridade e horário do dia), o terceiro quartil (h2= 0,12; escolaridade e horário do dia) e o quarto quartil (h2= 0,0003; escolaridade e sexo) -, teste de lista de palavras - evocação tardia (h2= 0,28; idade e escolaridade) e teste de trilhas (h2= 0,42; sexo, idade e escolaridade). CONCLUSÕES: Os resultados indicaram que o teste de trilhas apresentou o componente genético mais alto de todos os testes e foi mais fortemente influenciado por idade. Testes de lista de palavras estimaram herdabilidades intermediárias e o teste de fluência verbal indicou a menor variância genética dentre os fenótipos e foi expressivamente impactado por escolaridade. O primeiro quartil de minuto do teste de fluência verbal apresentou maior componente herdável sugerindo que processos cognitivos automáticos são melhor explicados por componentes genéticos do que os demais. Efeitos de idade e escolaridade indicaram exercer influência significativa sobre todos os fenótipos e, por consequência, sobre o desempenho cognitivo de uma maneira geral. Maiores graus de escolaridade indicaram melhores performances e o avanço da idade indicou declínio no desempenho cognitivo. As estimativas do componente genético das funções cognitivas podem ser exploradas em estudos de associação genômica ampla / INTRODUCTION: Many factors contribute to cognitive performance. The specific contribution of genetic, environmental or sociodemographic factors in the composition of cognitive functions is still unclear, especially in Brazilian samples. The calculation of heritability estimates the proportion of the total variance of the phenotype which is attributed to its genetic component. Thus, in order to better investigate the biological aspects associated to cognitive performance, this work assessed the heritability of performance in different cognitive tests in a family-based cohort. METHODS: 1,717 participants in the Baependi Heart Study were evaluated (60% women, ages between 18 and 91 years-old, 0 to 23 years of schooling). Cognitive domains were assessed using the words list test (immediate and delayed recall), semantic verbal fluency - category animals (total score and partitioned in quartiles of minute) and the trail making test - part B. The heritability estimates, as well as the impact of covariates over the performance, were calculate using the SOLAR software. RESULTS: The heritability values and the respective covariates of significant influence to the phenotypes (best-fit model) were as follows: Words list test (h2= 0,30; age and schooling), words list test - firs trial recall (h2= 0,22; age, schooling, chronotype and time of day), verbal fluency test (h2= 0,21; sex, age, schooling and time of day), quartiles of minute of the verbal fluency test - first quartile (h2= 0,17; age, schooling and time of day), second quartile (h2= 0,09; schooling and time of day), third quartile (h2= 0,12; schooling and time of day), fourth quartile (h2= 0,0003; schooling and sex), words list test - delayed recall (h2= 0,28; age and schooling and, trail making test (h2= 0,42; sex, age and, schooling). The results indicated that the trail making test - part B presented the highest genetic component of all tests and that it was strongly influenced by age. Words list tests showed intermediate heritability, and the verbal fluency test reflected the lowest heritability amongst the phenotypes, being markedly influenced by schooling. The first quartile of minute of the verbal fluency test presented the highest heritable component, suggesting that automatic cognitive processes are better explained by genetic component then the following ones. Effects of age and schooling influenced significantly all phenotypes and, as a consequence, cognitive performance as a whole. Higher education level was associated with better performances and advanced age with a decrease in cognitive performance. Our findings of genetic components for cognitive functions can be exploited in genome-wide association studies

Submitted by Filipe dos Santos (fsantos@pucsp.br) on 2017-01-11T15:47:43Z No. of bitstreams: 1 Raquel Helena Valesi.pdf: 1773531 bytes, checksum: 7e531d9cba407e87360eda30fd73dcfb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-11T15:47:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Raquel Helena Valesi.pdf: 1773531 bytes, checksum: 7e531d9cba407e87360eda30fd73dcfb (MD5) Previous issue date: 2016-12-13 / Every transformation of social reality concerns the science of law to be based on the normative reality. There is no way to separate the right to change behaviors and rules. In the case of family law he was one of the Civil Law of the branches that more has changed with the advent of the Constitution of 1988. The Constitution determines legal protection to any form of family no matter the model from which it takes. The legal vertex is the protection of the family unit and which has as a starting point, and also its end, the protection of the human person. If it is in the family that promote affective values and human solidarity, one should not give different treatment to persons of its members is one derived from biological affiliation, marital or social-affective way. Therefore, the principles inherent to family, based on mutual affection between the members should be extended to the inheritance law equally, otherwise, to counter the constitutional dictum. For assignment due to each of the heirs, it would be important to have legal mechanism for immediate reference to membership, which brings together parents to biological children, adopted or social-affective, declared or recognized, because that would avoid some descendants and their strain, had not access to the inherited assets to which they are entitled by inheritance. This can be done by formal registration note of the descendants of parents birth certificate / Toda transformação da realidade social interessa a Ciência do Direito por basear-se na realidade normativa. Não há possibilidade de se separar o direito à variação de comportamentos e regras. No caso do Direito de Família ele foi um dos ramos do Direito Civil que mais sofreu alterações com o advento da Constituição de 1988. A Constituição condiciona proteção jurídica a qualquer forma de família não importando o modelo do qual ela se reveste. O vértice legal é a proteção ao núcleo familiar e, que tem como ponto de partida, e também seu término, a tutela da pessoa humana. Se é na família que se promoção os valores afetivos e de solidariedade humana, não se deve conferir tratamentos diferentes às pessoas de seus membros seja de uma filiação advinda de forma biológica, civil ou socioafetiva. Por isso, os princípios inerentes à convivência familiar, baseada no afeto recíproco entre os integrantes deve se estender ao direito sucessório de forma igualitária, sob pena, de contrariar o ditame constitucional. Para atribuição do devido a cada um dos herdeiros, seria importante haver mecanismo jurídico de imediata referência à filiação que associasse os pais aos filhos biológicos, adotivos ou socioafetivos, declarados ou reconhecidos, porque assim, evitaria que alguns descendentes e, sua estirpe, não tivessem acesso ao acervo hereditário a que tenham direito, por herança. Isso poderá ser feito pela anotação registrária dos descendentes em assento de nascimento dos pais

As bases genéticas e moleculares da resistência de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) a lufenuron foram exploradas no presente estudo. Inicialmente, uma linhagem de S. frugiperda resistente a lufenuron foi selecionada a partir de uma população coletada na cultura do milho na região de Montevidiu-GO com intenso uso desse inseticida. As curvas de concentração-resposta a lufenuron para as linhagens de S. frugiperda suscetível (SUS) e resistente (LUF-R) a lufenuron foram caracterizadas pelo método de bioensaio com tratamento superficial da dieta artificial. As CL50 (I.C. 95%) estimadas para as linhagens SUS e LUF-R foram de 0,23 (0,18 - 0,28) e 210,6 (175,90 - 258,10) ?g de lufenuron.mL-1 respectivamente, com razão de resistência de ? 915 vezes. A partir dos resultados de cruzamentos recíprocos entre as linhagens SUS e LUF-R, concluiu-se que a herança da resistência de S. frugiperda a lufenuron é autossômica e incompletamente recessiva. Os testes de retrocruzamentos da progênie F1 de cruzamentos recíprocos com o parental LUF-R demonstraram um efeito poligênico para a resistência, com a estimativa do número mínimo de segregações independentes entre 1,54 e 1,71, indicando que o número de loci associado à resistência é baixo. Para conhecer o perfil de transcritos de lagartas de S. frugiperda e avaliar o padrão de expressão gênica diferencial entre lagartas da linhagem LUF-R em comparação ao de lagartas da linhagem SUS, buscando identificar o(s) mecanismo(s) de resistência a lufenuron, foram utilizadas novas tecnologias de sequenciamento em larga escala. Para isso, foram utilizados sequenciamentos de quatro bibliotecas de cDNA (plataforma HiScan 1000, Illumina©) obtidas de lagartas de 4º ínstar de S. frugiperda das linhagens LUF-R e SUS, induzidas ou não com lufenuron. O transcritoma foi construído utilizando aproximadamente 19,6 milhões de leituras single-end, o que gerou 18.506 transcritos, com N50 de 996 pb. A pesquisa contra o banco de dados nr (NCBI) proporcionou anotação funcional de 51,1% (9.457) dos transcritos obtidos, grande parte dos alinhamentos apresentaram homologia a insetos, com o maior número deles (45%) se assemelhando aos de Bombyx mori (Lepidoptera: Bombycidae), enquanto 10% se assemelharam a sequências de diversas espécies do gênero Spodoptera (Lepidoptera: Noctuidae), sendo 3% dos alinhamentos obtidos contra sequências de Spodoptera frugiperda. A análise comparativa da expressão gênica entre lagartas de S. frugiperda resistente e suscetível a lufenuron identificou 1.224 transcritos expressos diferencialmente (p <= 0,05, teste t; expressão relativa > 2). Sete destes transcritos foram associados ao metabolismo da cutícula, sendo cinco deles superexpressos na linhagem LUFR. O metabolismo de detoxificação apresentou 48 transcritos expressos diferencialmente, dos quais foram identificados 40 transcritos associados às monooxigenases P450, cinco a glutationa-S-transferase, dois às carboxilesterases e um a esterase. Foi observado que 39 dos 48 transcritos associados ao metabolismo de detoxificação foram superexpressos na linhagem resistente. Este padrão foi confirmado a partir da expressão relativa utilizando \"PCR quantitativa em Tempo Real - qPCR\". Estes resultados representam um importante passo para o entendimento dos mecanismos moleculares da resistência de S. frugiperda a lufenuron, proporcionando, ainda, uma visão mais ampla do perfil de expressão gênica de insetos a inseticidas. / The genetic and molecular basis of resistance to lufenuron in Spodoptera frugiperda (J.E. Smith, 1797) (Lepidoptera: Noctuidae) were exploited in this study. The resistant population of S. frugiperda was selected from a population collected in Montevidiu, Goiás. Initially, a luferunon-resistant strain of S. frugiperda was selected from a population collected in cornfields located in Montevidiu, Goiás State, Brazil, with intense use of this insecticide. The diet surface treatment bioassay was used to characterize the concentration-response to lufenuron in the susceptible (SUS) and resistant (LUF-R) strains of S. frugiperda. The estimated LC50s (95% C.I.) for the SUS and LUF-R strains were 0.23 (0.18 - 0.28) and 210.6 (175.90 - 258.10) ?g of lufenuron.mL-1 respectively, with resistance ratio of ? 915-fold. Based on reciprocal crosses between SUS and LUF-R strains, the inheritance of S. frugiperda resistance to lufenuron was incomplete autosomal recessive. Backcrosses between F1 of the reciprocal crosses and the parental LUF-R revealed a polygenic resistance, with an estimation of the minimum number of resistance genes from 1.54 to 1.71, indicating that the number of loci associated to resistance is low. Then, a new high-throughput cDNA sequencing technologies was explored to characterize the transcriptional profile of larvae of Spodoptera frugiperda, and to compare the differential gene expression between resistant and susceptible strains of S. frugiperda to lufenuron in order to identify the resistance mechanism(s) involved. Four cDNA libraries obtained from fourth instars of the resistant (LUF-R) and the susceptible (SUS) S. frugiperda strains, exposed or not to lufenuron, were sequenced in a HiScan1000® platform (Illumina©). The transcriptome was de novo assembled using nearly 19.6 million single-end reads, leading to 18,506 transcripts with a N50 of 996 bp in length. A Blast search against the non-redundant database available in NCBI allowed the functional annotation of 51.1% (9,457) of the obtained transcripts. Most of these transcripts aligned with insect sequences, and a majority of them (45%) with Bombyx mori (Lepidoptera: Bombycidae). Nearly 10% of the transcripts aligned with species belonging to Spodoptera (Lepidoptera: Noctuidae), with 3% of the alignments matching sequences from Spodoptera frugiperda. Differential gene expression analysis between the resistant and the susceptible strains identified 1,224 differentially expressed transcripts (p <= 0.05, t-test; fold change > 2). Seven of them were associated with the cuticle metabolism, and five out seven were up-regulated in the resistant strain (LUF-R). A large set of transcripts (48) associated with the detoxification metabolism was differentially expressed; 40 P450 monooxygenases, five glutathione-Stransferases, two carboxylesterase and one esterase were identified. Thirty-nine out of these 48 transcripts were up-regulated in the resistant strain. Gene expression data obtained by RNA-Seq analysis was validated by quantitative real time PCR (qPCR) of several selected target transcripts. These results represent an important step toward the understanding of the molecular mechanisms of resistance of S. frugiperda to lufenuron, and provide a broader view on the gene expression profile of insects to insecticides.

Saccharomyces yeasts are ideal candidates for genomic and evolutionary studies in eukaryotes due to their small genome, short generation time and availability of genomic data. Species freely hybridize producing viable but largely sterile cells. A hybridization event can be a swift mechanism for evolutionary innovation that if successful, may produce individuals fitter than either parents. It is largely unclear which mechanisms contribute to such hybrid vigour. This thesis investigated three mechanisms by which a natural hybrid may utilise one or both subgenomes to its advantage: recombination, the formation of chimeric protein complexes and the inheritance of mitochondrial DNA. Three strains of Saccharomyces pastorianus, a natural hybrid of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces eubayanus, used in the lager fermentation process were sequenced using a NGS SOLiD platform. An analysis of recombination between each subgenome revealed the presence of 30 breakpoints, 28 of which are found within coding regions. Two breakpoints, present within the genes XRN1 and HSP82 have been reused in all three strains of S. pastorianus. This thesis investigated the formation of chimeric protein complexes in S. pastorianus by determining the configuration of protein complex-forming gene pairs to see whether they were mainly uni-specific, with all members belonging to the same parent, or chimeric, comprising one member from each parental species. A total of 21 pairwise protein complexes were found to be obligatorily chimeric in three strains of S. pastorianus. We used PCR-mediated gene deletion to recreate chimeric protein complexes in laboratory hybrids of S. cerevisiae and S. uvarum. The allelic configuration of one protein-complex forming gene pair, MLP2 and SPC110, impacted the growth of hybrid strains in a temperature-dependent manner. Finally, we looked at the mitochondrial inheritance in hybrids. Yeast hybrids can initially inherit mitochondrial DNA (mtDNA) from both parents, but rapidly become homoplasmic. To investigate the mechanisms influencing mtDNA inheritance, strains of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces uvarum were crossed under different environmental conditions. The majority of hybrids inherited S. cerevisiae mtDNA when crossed in glycerol, a carbon source that can only be respired by yeast, in a range of temperatures. Those crossed in glucose, a fermentable source, did not show a preference for the inheritance of mtDNA at 30°, but at 10°C preferentially inherited S. uvarum mtDNA. In subsequent growth assays, hybrids with S. cerevisiae mtDNA grew better than those with S. uvarum mtDNA at 30°C and 20°C. However, at 10°C, the reverse was true: hybrids with S. uvarum mtDNA grew better that those with S. cerevisiae mtDNA, although only in glycerol. Overall this works sheds light on the molecular mechanisms contributing to fitness and evolutionary vigour in yeast hybrids.

Este trabalho procura utilizar algumas das idéias de J. Piaget, em especial a "Lógica Operatória Intraproposicional", para uma análise das relações de herança entre classes empregadas em sistemas de representação de conhecimento. Procura-se sistematizar a noção de taxonomias do conhecimento "científico", ou "classificações sistemáticas". Estas estruturas foram utilizadas por Piaget como ponto de partida para a descoberta de estruturas cognitivas do conhecimento científico. Em especial, define-se a relação CS, que determina quais quais relações de herança seguem de uma taxonomia do conhecimento científico. A noção de classificação do conhecimento científico é comparada com a de "classificação do senso comum". São mostradas as diferenças entre estes conceitos. Determina-se a semântica das classificag6es do senso comum nas estruturas de agrupamentos de Piaget, via uma extensão epistêmica da lógica de classes. É estudada a relação de herança do senso comum que admite exceções. É também apresentada a formulação usual em lógica de predicados, e é proposta uma formulação em lógica de classes estendida. Conclui-se que a definição intuitiva da relação de herança empregada em uma formulação em lógica de classes pode ser diferente daquela que é empregada em uma formulação em lógica do proposições. Observa-se, em especial na formulação em lógica de classes, que as relações de herança não-estrita não se adaptam A estrutura de grafo direcionado acíclico. Na verdade, a relação de herança não-estrita não estabelece uma ordenação entre as classes (no sentido de conjunto parcialmente ordenado, ou CPO), mas uma possível simetria entre estas classes. Esta observação não aparece tão claramente na formulação proposicional, já que a relação de herança é mascarada pelo uso da implicação lógica (->), o que dá uma aparência de ordenação parcial. Verifica-se o que ocorre quando são combinadas relações de herança com ou sem exceções em uma única teoria de herança. É feita ainda alguma sistematização da lógica operatória intraproposicional de Piaget. Esta sistematização não prima pelo rigor, mas em fornecer algum entendimento básico para os não iniciados em Piaget. O trabalho abrange a sistematização dos quatro agrupamento de classes da lógica intraproposicional, e relega o estudo dos quatro agrupamentos de relações para um trabalho posterior. / This work use some ideas of Jean Piaget, mainly the Operating Logic, for an analysis of inheritance relationships used in knowledge representation systems. The notion of "scientific" knowledge classifications as defined by Piaget is shown. These structures were used by Piaget as a starting point to find the cognitive structures of scientific knowledge. It is also defined a relation CS. This relation tells whether an inheritance relationship follows from a scientific knowledge taxonomy or not. The notion of scientific knowledge classification is compared with that of "commonsense classification". The differences between these concepts are shown. The semantics of common sense classifications is determined in terms of Piaget's "groupments", through an epistemic extension of the logic of classes. The common sense inheritance relationship with exceptions is studied. The usual formulation of inheritance in propositional logic is presented, and a formulation in the extended logic of classes is proposed. The conclusion is that the intuitive definition of inheritance relationship in one formulation may be different of that in the other. It is observed in the formulation in logic of classes that non-strict inheritance relationships don't adapt to the structure of an acyclic directed graph. In fact, the non-strict inheritance relation doesn't stablish an ordering between classes (in the sense of a partially ordered set, or POSET), but it stablishes a possible simmetry between these classes. This is not so clear in the propositional formulation, because the inheritance relation is masked by using logic implication (->), what gives an appearance of partial ordering. It is verified what occurs when inheritance relations with or without exceptions are mixed in one single theory. It is made some sistematization of the Piaget's intrapropositional operating logic. This sistematization doesn't try to be rigorous, but gives some basic understanding on this theme. The work involves the sistematization of the four groupmonts of classes of the intrapropositional logic, and leaves the study of the four groupments of relations for a future work.

Les facteurs environnementaux, tels que les pesticides, peuvent induire des changements phénotypiques dans une variété d'organisme incluant les mammifères. Nous avons étudié chez la souris les effets d'un pesticide largement utilisé, l'atrazine (ATZ), sur la méiose, une étape clé du processus de spermatogenèse. L'utilisation des méthodes de puces à ADN (Gene-Chip) et de séquençage de chromatine immunoprécipité (ChIP-seq) nous a permis de mettre en évidence l'effet de l'ATZ sur une variété de fonctions cellulaires, incluant l'activité GTPase, la fonction mitochondriale et le métabolisme des hormones stéroïdes. De plus, les souris traitées présentent un enrichissement des marques d'histone H3K4me3 au niveau des régions de forte recombinaison (sites de cassures double brin) de gènes très long et une réduction de ces mêmes marques au niveau des régions pseudo-autosomal du chromosome X. Nos données démontrent que l'exposition à l'ATZ interfère avec le déroulement normal de la méiose, ceci affectant la production des spermatozoïdes. Nous avons trouvé que les marques H3K4me3, chez la souris mâle, sont largement affectées par l'ATZ grâce à l'utilisation de technique de séquençage du génome entier. La reprogrammation embryonnaire nécessite l'action coordonnée d'un grand nombre de gène et de facteurs épigénétiques afin de permettre la transition de cellules somatique en cellules germinales. Les modifications épigénétiques imposées pendant la transition des cellules somatiques en cellules germinales et affectées par des expositions nocives, peuvent être héritées et transmises aux générations suivantes via les gamètes. Dans cette étude, nous avons examiné l'héritage des histones modifié aux générations suivantes. Nous avons exposés des femelles gestantes CD1 non consanguines à l'ATZ et les mâles issus de ces femelles ont été croisés pendant trois générations avec des femelles non traitées. Nous avons démontré ici que l'exposition à l'ATZ réduit le nombre de spermatozoïdes sans affecter la morphologie cellulaire ou la proportion des différents types cellulaires constituant l'épithélium séminifère chez les individus issus de la 3ème génération après traitement. Beaucoup de gènes associés avec la réparation de l'ADN, la reproduction et les fonctions mitochondriales sont dérégulés chez les mâles issus de la 3ème génération après traitement. De façon importante, l'exposition à l'ATZ change dramatiquement l'initiation de la transcription, l'épissage et la polyadénylation alternative des ARN. Nous avons aussi observé chez les mâles F3 issus de souris traitées à l'ATZ une altération de la localisation des marques H3K4me3 dans le promoteur de gène associé à la régulation de processus métaboliques cellulaires, à la régulation de la transcription et à la mitose. Les changements de localisation des marques H3K4me3 chez les mâles F3 issus de souris traitées à l'ATZ correspondent à des changements de la localisation de ces marques au niveau de gènes impliqués dans la différenciation des cellules de type souche de la génération F1.Nos données suggèrent que l'héritage transgénérationnel est permis grâce à de multiples voies et repose sur le statut épigénétique de gènes impliqués dans la différenciation des cellules de type souches tels que Pou5f1 et Sox2, l'action des facteurs de transcription et la rétention d'histones dans le sperme. / Environmental factors such as pesticides can cause phenotypic changes in various organisms, including mammals. We studied the effects of the widely used herbicide atrazine (ATZ) on meiosis, a key step of gametogenesis, in male mice. We demonstrate that exposure to ATZ reduces testosterone levels and the number of spermatozoa in the epididymis and delays meiosis. Using Gene-Chip and ChIP-Seq analysis of H3K4me3 marks, we found that a broad range of cellular functions, including GTPase activity, mitochondrial function and steroid-hormone metabolism, are affected by ATZ. Furthermore, treated mice display enriched histone H3K4me3 marks in regions of strong recombination (double-strand break sites), within very large genes and reduced marks in the pseudoautosomal region of X chromosome. Our data demonstrate that atrazine exposure interferes with normal meiosis, which affects spermatozoa production.We found that the H3K4me3 marks in male mice are broadly affected by the widely used herbicide atrazine with genome wide ChIP-sequencing. Embryonic reprogramming requires the coordinated action of many genes and epigenetic factors to perform somatic to germline transition. The epigenetic modifications imposed during somatic to germline transition and affected by harmful exposure can be inherited and transferred to subsequent generations via the gametes. In this study, we examine the inheritance of altered histone modifications by subsequent generations. We exposed pregnant outbred CD1 female mice to the widely used herbicide atrazine (ATZ), and the male progeny were crossed for three generations with untreated females. We demonstrate here that exposure to ATZ reduces the number of spermatozoa without changing the cell morphology or types in testis tissue in the third generation after treatment. Many genes associated with DNA repair, reproduction and mitochondrial function became dysregulated in the third generation (F3) of males after treatment. Importantly, exposure to ATZ dramatically changes the transcription initiation, splicing and alternative polyadenylation of RNA. We also observed altered occupancy of H3K4me3 markers in the F3 generation of ATZ-derived males in gene promoters associated with the regulation of cellular metabolic processes, transcriptional regulation and mitosis. The changes in H3K4me3 occupancy in F3 ATZ-derived males correspond to changes in the H3K4me3 occupancy of stem cell differentiation genes in the F1 generation. Our data suggest that transgenerational inheritance is accomplished through multiple pathways and relies on the epigenetic state of stem cell differentiation genes such as Pou5f1 and Sox2, transcription factor action and sperm histone retention.