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Modern Computational Physical Chemistry : An Introduction to Biomolecular Radiation Damage and Phototoxicity / Modern fysikalisk-kemisk beräkningsmetodik : En introduktion till biomolekylära strålningsskador och fototoxicitetLlano, Jorge January 2004 (has links)
The realm of molecular physical chemistry ranges from the structure of matter and the fundamental atomic and molecular interactions to the macroscopic properties and processes arising from the average microscopic behaviour. Herein, the conventional electrodic problem is recast into the simpler molecular problem of finding the electrochemical, real chemical, and chemical potentials of the species involved in redox half-reactions. This molecular approach is followed to define the three types of absolute chemical potentials of species in solution and to estimate their standard values. This is achieved by applying the scaling laws of statistical mechanics to the collective behaviour of atoms and molecules, whose motion, interactions, and properties are described by first principles quantum chemistry. For atomic and molecular species, calculation of these quantities is within the computational implementations of wave function, density functional, and self-consistent reaction field theories. Since electrons and nuclei are the elementary particles in the realm of chemistry, an internally consistent set of absolute standard values within chemical accuracy is supplied for all three chemical potentials of electrons and protons in aqueous solution. As a result, problems in referencing chemical data are circumvented, and a uniform thermochemical treatment of electron, proton, and proton-coupled electron transfer reactions in solution is enabled. The formalism is applied to the primary and secondary radiation damage to DNA bases, e.g., absorption of UV light to yield electronically excited states, formation of radical ions, and transformation of nucleobases into mutagenic lesions as OH radical adducts and 8-oxoguanine. Based on serine phosphate as a model compound, some insight into the direct DNA strand break mechanism is given. Psoralens, also called furocoumarins, are a family of sensitizers exhibiting cytostatic and photodynamic actions, and hence, they are used in photochemotherapy. Molecular design of more efficient photosensitizers can contribute to enhance the photophysical and photochemical properties of psoralens and to reduce the phototoxic reactions. The mechanisms of photosensitization of furocoumarins connected to their dark toxicity are examined quantum chemically.
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Photon-Echo-Spektroskopie zur Dynamik der Solvatation in Wasser und an Lipidmembran-Wasser-Grenzschichten / Photon-echo spectroscopy in water and at lipidmembrane-water-interfaces: a solvation dynamic studyBürsing, Helge 24 April 2002 (has links)
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C<sub>2</sub>-Symmetric Pyrazole-Bridged Ligands and Their Application in Asymmetric Transition-Metal CatalysisBöhnisch, Torben 23 July 2015 (has links)
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Etude thermodynamique des liquides ioniques : applications à la protection de l'environnement / Thermodynamic study of ionic liquids : applications to the environmental protectionRevelli, Anne-Laure 17 September 2010 (has links)
De nos jours, remplacer les solvants organiques utilisés traditionnellement dans l'industrie chimique par une nouvelle génération de solvants moins toxique, moins inflammable et moins polluante est un défi considérable. Les liquides ioniques, sels liquides qui satisfont ces critères, sont envisagés comme alternatives. Le but de ce travail est d'étudier le comportement des liquides ioniques en présence de composés organiques ou de gaz afin d'établir leur domaine d'applications dans le génie des procédés.Dans un premier temps, une étude chromatographique présente les interactions entre composés organiques et les liquides ioniques. Les données de rétention ont permis d'estimer la sélectivité à dilution infinie de plusieurs liquides ioniques pour différents problèmes de séparation. Un modèle de solvatation <<GC-LSER>> a été développé afin de prédire les coefficients de partage de solutés dans des liquides ioniques classiques et fonctionnalisés. Ensuite, l'étude des équilibres liquide-liquide de systèmes ternaires ont permis d'évaluer l'efficacité de trois liquides ioniques pour trois problèmes de séparation fréquemment rencontrés dans l'industrie chimique (extraction des composés aromatiques, du thiophène ou des alcools linéaires). Les valeurs des sélectivités et des coefficients de distribution élevées indiquent que les liquides ioniques étudiés peuvent remplacer les solvants traditionnels. Enfin, les performances des liquides ioniques pour la capture des gaz à effet de serre sont évaluées grâce à des mesures de solubilités du dioxyde de carbone et du protoxyde d'azote dans les liquides ioniques sous hautes pressions. Les données expérimentales ont été utilisées afin d'étendre le modèle PPR78 (Predictive 1978, Peng-Robinson equation of state) aux systèmes {CO2+ liquide ionique} / Nowadays, replacement of conventional organic solvents by a new generation of solvents less toxic, less flammable and less polluting is a major challenge for the chemical industry. Ionic liquids have been widely promoted as interesting substitutes for traditional solvents. The aim of this work is to study the behavior of ionic liquids with organic compounds or gases in order to determine their range of applications in process engineering.First, interactions between organic compounds and ionic liquids are studied using inverse gas chromatography. The activity coefficients at infinite dilution are used to calculate capacity and selectivity of different ionic liquids for different separation problems. A solvation model <<GC-LSER>> is proposed in order to estimate the gas-to-ionic liquid partition coefficients in alkyl or functionalized ionic liquids. Then, liquid-liquid equilibria measurements of ternary systems were carried out in order to evaluate the efficiency of three ionic liquids for three separation problems frequently encountered in chemical industry (extraction of aromatic compounds, thiophene or linear alcohols). The high values of distribution coefficients and selectivities indicate that the investigated ionic liquids could replace the traditional solvents. Finally, the performance of ionic liquids for greenhouse gases capture was examinated through solubility measurements of carbon dioxide and nitrous oxide in ionic liquids at high pressure. The experimental data is used in order to extend the model PPR78 (Predictive 1978, Peng-Robinson equation of state) to systems containing {CO2+ ionic liquid}
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Protonierungs-, Komplexbildungs- und Verteilungseigenschaften von tripodalen AzaligandenLanger, Matthias 18 March 2006 (has links) (PDF)
Ziel der Untersuchungen war die Charakterisierung der Protonierungs-, Komplexbildungs- und Verteilungseigenschaften von tripodalen Azaliganden unter Anwendung thermodynamischer und spektroskopischer Verfahren. Im Vordergrund stand dabei der Einfluß des Lösungsmittels auf die zugrundeliegenden Gleichgewichte. Ausgehend von dem Aminopodanden Tris(2-aminoethylamin) (tren) wurden für eine Reihe abgeleiteter Verbindungen mit unterschiedlichen Stickstoffdonorfunktionen und Substituenten Faktoren untersucht, welche die beteiligten Gleichgewichte beeinflussen. Das Protonierungsverhalten der Polyaminverbindungen ist im starken Maße von elektrostatischen, elektronischen und Solvenseinflüssen abhängig, welche durch den Abstand der benachbarten Aminfunktionen, die Substitution am Aminstickstoffatom und die sterischen Eigenschaften der Substituenten bestimmt werden. Faktoren, welche die Solvatation der Aminfunktionen verringern, führen zu einer Verringerung der Protonierungskonstanten. Zudem beeinflussen die Zusammensetzung der verwendeten Methanol-Wasser-Gemische sowie das verwendete Leitsalz die Protonierungskonstanten z.T. deutlich. Die Komplexbildung der untersuchten Azapodanden mit Ag+ in Methanol zeigt Unterschiede, welche hauptsächlich auf die unterschiedliche Basizität von Imin- bzw. Aminstickstoffatomen sowie Substituenteneffekte zurückzuführen sind. Von sterisch aufwendigen Substituenten an den Donorfunktionen der Podandarme können zudem destabilisiernde Effekte infolge der Beeinflussung der Koordinationsgeometrie von Ag+ ausgehen. Heteroditope Tetraazacryptanden zeigen gegenüber abgeleiteten offenkettigen Podanden erhöhte Stabilitätskonstanten, wobei auch die Verknüpfungsposition der tripodalen Einheiten am Phenylspacer und die Bindung von Wasser im Käfighohlraum eine Rolle spielen. Lösungsmittelpolarität und Gegenion haben einen deutlichen Einfluß auf die Komplexbildung mit Ag+. Der Schwerpunkt von Untersuchungen an Zweiphasensystemenen wäßrig-organisch lag auf dem Übergang von Wasser in die organische Phase unter dem Einfluß von extrahierten Spezies bei der Kationen- und Anionenextraktion. Mit der Verteilung von Liganden und Kationen- bzw. Anionenkomplexen lassen sich Änderungen des Wassersättigungsgehaltes in der niedrigpolaren organischen Phase registrieren, die mit der unterschiedlichen Hydratation der Spezies korrelieren. Qualitativ wurde die Hydratation von Azapodanden mittels IR- und 1H-NMR-Spektroskopie nachgewiesen, wobei auch Hinweise auf bestimmte, die Hydratation verringernde Faktoren, wie intramolekulare Wasserstoffbrücken, erhalten wurden. Quantitativ konnten mittels Karl-Fischer-Titration und Verteilungsmessungen Hydratationszahlen für ausgewählte Ligansysteme bestimmt werden. Extrahierte Komplexe der Verbindungen mit Ag+, Co2+, Ni2+ und Zn2+ zeigen eine gegenüber den freien Komplexbildnern veränderte Hydratation. Bei Ag+ kann in allen Fällen von einer deutlichen Verringerung der Hydratationszahlen ausgegangen werden. Für die zweifachgeladenen Kationen konnte kein klarer Nachweis erbracht werden. Es ergeben sich aber Hinweise, wonach zum Teil keine Verringerung auftritt, was auf eine zusätzliche Koordinationsstellen von Wasser am Kation hinweist. Bei der Iodidextraktion treten bei gleichzeitiger pH-Abhängigkeit mehrere Komplexspezies auf, was die Bestimmung von Hydratationszahlen erschwert. Als hilfreich erwies sich die Simulation für verschiedene mögliche Zusammensetzungen. Dabei stellte sich heraus, daß der 1:1-Komplex des untersuchten monoprotonierten Aminopodanden in Chloroform wahrscheinlich stärker hydratisiert ist als der freie Ligand, während die entsprechende 1:2-Spezies (Ligand:Iodid) eine ähnliche oder schwächere Hydratation aufweist als der Ligand.
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Development and improvement of methods for characterization of HPLC stationary phasesUndin, Torgny January 2011 (has links)
High Performance Liquid Chromatography (HPLC) is a widely used tech-nique both for detecting and purifying substances in academy and in the industry. In order to facilitate the use of, and knowledge in HPLC, character-ization of stationary phases is of utmost importance. Tailor made characteri-zation methods and workflows are steadily increasing the speed and accura-cy in which new separation systems and methods are developed. In the field fundamental separation science and of preparative chromatography there is always the need for faster and more accurate methods of adsorption isotherm determination. Some of that demand are met with the steadily increase of computational power, but the practical aspects on models and methods must also be further developed. These nonlinear characterization methods will not only give models capable of describing the adsorption isotherm but also actual values of local adsorption energies and monolayer saturation capacity of an individual interaction sites etc.The studies presented in this thesis use modern alkali stable stationary phas-es as a model phase, which will give an insight in hybrid materials and their separation mechanism. This thesis will include an update and expansion in using the Elution by Characteristic Points (ECP) method for determination of adsorption isotherms. The precision is even further increased due to the ability to use slope data as well as an increase in usability by assigning a set of guidance rules to be applied when determine adsorption isotherms having inflection points. This thesis will further provide the reader with information about stationary phase characterization and the power of using existing tech-niques; combine them with each other, and also what the expansion of meth-ods can revile in terms of precision and increased usability. A more holistic view of what benefits that comes with combining a non-linear characteriza-tion of a stationary phase with more common linear characterization meth-ods are presented.
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Protonierungs-, Komplexbildungs- und Verteilungseigenschaften von tripodalen AzaligandenLanger, Matthias 13 January 2006 (has links)
Ziel der Untersuchungen war die Charakterisierung der Protonierungs-, Komplexbildungs- und Verteilungseigenschaften von tripodalen Azaliganden unter Anwendung thermodynamischer und spektroskopischer Verfahren. Im Vordergrund stand dabei der Einfluß des Lösungsmittels auf die zugrundeliegenden Gleichgewichte. Ausgehend von dem Aminopodanden Tris(2-aminoethylamin) (tren) wurden für eine Reihe abgeleiteter Verbindungen mit unterschiedlichen Stickstoffdonorfunktionen und Substituenten Faktoren untersucht, welche die beteiligten Gleichgewichte beeinflussen. Das Protonierungsverhalten der Polyaminverbindungen ist im starken Maße von elektrostatischen, elektronischen und Solvenseinflüssen abhängig, welche durch den Abstand der benachbarten Aminfunktionen, die Substitution am Aminstickstoffatom und die sterischen Eigenschaften der Substituenten bestimmt werden. Faktoren, welche die Solvatation der Aminfunktionen verringern, führen zu einer Verringerung der Protonierungskonstanten. Zudem beeinflussen die Zusammensetzung der verwendeten Methanol-Wasser-Gemische sowie das verwendete Leitsalz die Protonierungskonstanten z.T. deutlich. Die Komplexbildung der untersuchten Azapodanden mit Ag+ in Methanol zeigt Unterschiede, welche hauptsächlich auf die unterschiedliche Basizität von Imin- bzw. Aminstickstoffatomen sowie Substituenteneffekte zurückzuführen sind. Von sterisch aufwendigen Substituenten an den Donorfunktionen der Podandarme können zudem destabilisiernde Effekte infolge der Beeinflussung der Koordinationsgeometrie von Ag+ ausgehen. Heteroditope Tetraazacryptanden zeigen gegenüber abgeleiteten offenkettigen Podanden erhöhte Stabilitätskonstanten, wobei auch die Verknüpfungsposition der tripodalen Einheiten am Phenylspacer und die Bindung von Wasser im Käfighohlraum eine Rolle spielen. Lösungsmittelpolarität und Gegenion haben einen deutlichen Einfluß auf die Komplexbildung mit Ag+. Der Schwerpunkt von Untersuchungen an Zweiphasensystemenen wäßrig-organisch lag auf dem Übergang von Wasser in die organische Phase unter dem Einfluß von extrahierten Spezies bei der Kationen- und Anionenextraktion. Mit der Verteilung von Liganden und Kationen- bzw. Anionenkomplexen lassen sich Änderungen des Wassersättigungsgehaltes in der niedrigpolaren organischen Phase registrieren, die mit der unterschiedlichen Hydratation der Spezies korrelieren. Qualitativ wurde die Hydratation von Azapodanden mittels IR- und 1H-NMR-Spektroskopie nachgewiesen, wobei auch Hinweise auf bestimmte, die Hydratation verringernde Faktoren, wie intramolekulare Wasserstoffbrücken, erhalten wurden. Quantitativ konnten mittels Karl-Fischer-Titration und Verteilungsmessungen Hydratationszahlen für ausgewählte Ligansysteme bestimmt werden. Extrahierte Komplexe der Verbindungen mit Ag+, Co2+, Ni2+ und Zn2+ zeigen eine gegenüber den freien Komplexbildnern veränderte Hydratation. Bei Ag+ kann in allen Fällen von einer deutlichen Verringerung der Hydratationszahlen ausgegangen werden. Für die zweifachgeladenen Kationen konnte kein klarer Nachweis erbracht werden. Es ergeben sich aber Hinweise, wonach zum Teil keine Verringerung auftritt, was auf eine zusätzliche Koordinationsstellen von Wasser am Kation hinweist. Bei der Iodidextraktion treten bei gleichzeitiger pH-Abhängigkeit mehrere Komplexspezies auf, was die Bestimmung von Hydratationszahlen erschwert. Als hilfreich erwies sich die Simulation für verschiedene mögliche Zusammensetzungen. Dabei stellte sich heraus, daß der 1:1-Komplex des untersuchten monoprotonierten Aminopodanden in Chloroform wahrscheinlich stärker hydratisiert ist als der freie Ligand, während die entsprechende 1:2-Spezies (Ligand:Iodid) eine ähnliche oder schwächere Hydratation aufweist als der Ligand.
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Time-resolved spectroscopic study on fundamental chemical reactions in a unique class of solvents / 時間分解分光法による化学反応素過程の研究 : 超臨界流体からイオン液体まで / ジカン ブンカイ ブンコウホウ ニヨル カガク ハンノウ ソカテイ ノ ケンキュウ : チョウリンカイ リュウタイ カラ イオン エキタイ マデ藤井 香里, Kaori Fujii 22 March 2021 (has links)
多数の溶媒分子に取り囲まれている溶液中において溶質分子の化学反応素過程を考える場合、溶媒分子による反応の平衡論的、動的な効果を考える必要がある。本研究では、ユニークな反応場として水や有機溶媒とは区別される、超臨界流体とイオン液体をとり上げ、溶質分子のプロトン移動反応、光解離反応について、時間分解レーザー分光と分子動力学計算、理論的解析を行い、その現象を明らかにする試みをおこなった。 / In solution, solvent molecules involve chemical reaction of solute molecules and could alter both reaction yield and kinetics. In this thesis, the author focused on fundamental chemical reactions (intermolecular proton transfer and photodissociate reaction) in a unique class of solvents, supercritical fluids and ionic liquids. By measuring time-resolved fluorescence spectrum and transient absorption spectrum of solutes, the author discusses how the reaction yield and kinetics are described by solvent physicochemical properties. / 博士(理学) / Doctor of Philosophy in Science / 同志社大学 / Doshisha University
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Solvatationsdynamik an biologischen Grenzschichten / Solvation dynamics at biological interfacesSeidel, Marco Thomas 05 November 2003 (has links)
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Electrostaticanalisys the Ras active siteKhan, Abdul Kareem 05 March 2009 (has links)
La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu. / The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions byinteracting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy g cat for the catalytic process. It has been proposed thatsuch electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in thecell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed.
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