A cause de l’actuel déclin mondial de la biodiversité, la compréhension des conséquences de chaque menace sur la biodiversité est un élément crucial en biologie de la conservation. Les espèces exotiques envahissantes représentent une de ces menaces à l’échelle mondiale, et peuvent induire localement des dommages au sein des écosystèmes. Etudier les phénomènes régissant les effets négatifs de ces espèces, et leurs potentiels d’expansion apparaît actuellement comme un élément crucial pour déterminer leurs effets sur le long terme. Dans cette étude, nous focalisons nos efforts sur une population exotique envahissante du Xénope lisse, Xenopus laevis, en France, pour apporter de nouvelles connaissances sur les interactions de cette population avec son environnement et pour étudier les changement dans l’allocation des ressources aux traits d’histoire de vie liés à la reproduction la survie et la dispersion durant l’expansion de l’aire de répartition. Nous étudions le régime alimentaire de l’espèce en France et dans d’autres populations introduites et autochtones et concluons que cette espèce peut étendre sa répartition en consommer une faible, comme une importante diversité de proies. Nous détectons également un potentiel impact de l’espèce sur les amphibiens autochtones de France. Dans la seconde section de la thèse, nous rapportons une réduction de l’allocation des ressources à la reproduction et une augmentation de la dispersion, sur le front de colonisation. Enfin, nous étudions la dynamique des populations et détectons une faible probabilité de survie, et une faible densité en individus dans le centre de l’aire de répartition. La combinaison de ces résultats suggère que les potentiels effets négatifs sur le long terme sont importants pour cette espèce, en France, tout comme dans d’autres zones où l’espèce a été, ou sera, introduite. / Because of the current global biodiversity decline, understanding the consequences of each threat on biodiversity is crucial for conservation biology. Invasive species are among the main threats at the global scale, and can locally imply harmful damages on ecosystems. Studying the phenomena driving the effects and potential for expansion of these species appears as a crucial element to assess their long terms impacts. In this study, we focused our efforts on an invasive population of the African clawed frog, Xenopus laevis, in France, to bring insight about the interactions of this population with its environment and to study the changes in resource allocation to the life history traits, related to reproduction, survival and dispersal probabilities, during the range expansion of the population. We studied the diet in the French invasive population and in other invasive and native populations, and found that this species can expand by predating a narrow, as well as a broad, range of prey categories. We also detected an impact of X. laevis on the native amphibian community in France. In the second section of the thesis, we reported a decrease in reproductive investment, and an increased dispersal allocation of resources at the range edge. We finally studied population dynamics and detected a lower survival probability and density at the range core. All these results combined suggest that the potential for long term impacts is important in France for X. laevis as well as in other areas where the species has been, or will be, introduced.

De nombreuses invasions par les mouches des fruits de la famille des Tephritidae sont observées dans le monde. C'est notamment le cas aux Comores, de par sa position géographique et de ses importations de produits frais depuis les pays voisins. Afin de déterminer les stratégies nécessaires permettant de diminuer les populations de plusieurs espèces de cette famille, il est indispensable de disposer d'un état des lieux sur l'écologie et la distribution des espèces présentes dans l'archipel. Les objectifs de cette thèse étaient : i) d'inventorier les espèces de Tephritidae présentes aux Comores et d'analyser les fluctuations saisonnières des populations en lien avec les facteurs climatiques et la phénologie des principales plantes-hôtes, ii) de déterminer la gamme de plantes-hôtes des principales espèces et iii) d'inventorier les parasitoïdes indigènes des Tephritidae et de suivre l'acclimatation du parasitoïde Fopius arisanus introduit à partir de 2013. Afin de mener à bien ces objectifs, un suivi hebdomadaire d'un réseau de piégeage ainsi que la phénologie des plantes présentes dans les îles Grande-Comore, Mohéli et Anjouan, a été réalisé durant une période deux ans. De même, des fruits cultivés et sauvages ont été échantillonnés dans différentes régions de la diversité écoclimatique de l'île de la Grande-Comore durant une période de trois ans. Cinq espèces de mouches de fruits ont été retrouvées dans l'ensemble de l'archipel à partir du réseau de piégeage : Bactrocera dorsalis, Ceratitis capitata, Dacus bivittatus, Dacuspunctatifrons et Dacus ciliatus. Une forte dominance de l'espèce envahissante B. dorsalis a été observée à toutes les saisons et dans tous les sites. La densité des espèces de Tephritidae était plus importante durant la saison chaude et humide que pendant la saison fraiche et sèche. De plus, les résultats ont montré une forte abondance de B. dorsalis dans les régions humides de basses altitudes alors que C. capitata, subsiste dans les régions sèches et d'altitude plus élevée. Les résultats suggèrent un phénomène de séparation de niches entre ces deux espèces liée au climat. Parmi 42 espèces de fruits échantillonnées apparentant à 22 familles de plantes, 22 fruits de 11 familles étaient infestés par des Tephritidae. Six espèces de mouches des fruits ont émergées des fruits échantillonnés avec une large dominance (91%) de B. dorsalis. Cette dernière espèce occupe une large gamme de plantes-hôtes (16 espèces), utilisant des fruits préalablement infestés par C. capitata. Quatre espèces de parasitoïdes de la famille des Braconidae, sous-famille d'Opiinae ont émergés des fruits dont l'espèce introduite F. arisanus. Cependant très peu d'individus ont été retrouvés pour le moment et il sera nécessaire de suivre l'acclimatation du parasitoïde, en termes de taux de parasitisme, de distribution et de gamme de fruit et d'espèces de Tephritidae hôtes. / Numerous invasions by fruit flies of the Tephritidae family are observed worldwide. This is particularly the case in Comoros, because of its geographical position and its imports of fresh products from neighboring countries. In order to determine the strategies necessary to reduce the populations of several species of this family, it is essential to have a current status on the ecology and distribution of the species present in the archipelago. The objectives of this thesis were to: (i) inventory the Tephritidae species present in Comoros and analyze the seasonal fluctuations of populations in relation to climatic factors and phenology of the main host plants, (ii) determine the host plants range of the main species and (iii) inventory the Tephritidae indigenous parasitoids and follow the acclimatization of theparasitoid Fopius arisanus introduced since 2013. In order to achieve these objectives, a weekly monitoring of a trapping network as well as plants phenology present in Grande-Comore, Mohéli and Anjouan islands was carried out during a period of two years. Similarly,cultivated and wild fruits were sampled in different regions of the ecoclimatic diversity of Grande-Comore island during a period of three years. Five fruit fly species were found throughout the archipelago from the trapping network: Bactrocera dorsalis, Ceratitis capitata, Dacus bivittatus, Dacus punctatifrons and Dacus ciliatus. High dominance of the invasive species B. dorsalis was observed at all seasons and at all sites. The density of Tephritidae species was greater during the hot and wet season than during the cool and dry season. In addition, the results showed a high abundance of B. dorsalis in humid regions of low altitudes while C. capitata, persists in dry regions of higher elevation. The results suggest a niche separation phenomenon between these two species related to climate. Among 42 fruit species sampled from 22 plant families, 22 fruits belonging to 11 families were infested with Tephritidae. Six fruit fly species have emerged with a large dominance (91%) of B. dorsalis. The latter species occupies a wide range of host plants (16 species), using fruits previously infested with C. capitata. Four parasitoids species of Braconidae subfamily Opiinae have emerged in fruits including introduced species F. arisanus. However, very few individuals have been found at this timeand it will be necessary to follow acclimatization of the parasitoid in terms of parasitism rates, distribution and host fruit and Tephritidae species range.

L’objectif de ce travail est d’identifier les contraintes économiques à prendre en compte pour encourager l’investissement (public et prive) dans la restauration des écosystèmes aquatiques à partir du prisme de l’économie néo-institutionnelle. Au cours de ce travail nous avons mobilisé des matériaux et des méthodes variés qui nous ont permis d’identifier trois types de contraintes : des contraintes de coûts, des contraintes organisationnelles et des contraintes institutionnelles.Nos résultats montrent que ces projets sont exposés à une grande variabilité de coûts de production dans laquelle certains attributs jouent un rôle clé: le type d’écosystème cible, le contexte institutionnel, le degré de perturbation initial, l’ampleur des travaux à réaliser, le climat et la taille des projets.La mobilisation du cadre de l’économie néo-institutionnelle nous a conduits à nous intéresser aux coûts de transaction qui entourent les actions d’investissement dans la restauration des écosystèmes aquatiques. Ces coûts sont liés à l’existence de dispositifs de coordination particuliers entre acteurs du fait de la complexité des dynamiques de la biodiversité. Trois caractéristiques des projets sont à l’origine des coûts de transaction : la spécificité des actifs, l’incertitude et la fréquence des transactions. À partir de l’étude du marché de la compensation aux États-Unis et de quatre cas d’étude en France, nous montrons le lien qui existe entre source des coûts de transaction et efficacité organisationnelle du système. Nous montrons notamment qu’il existe une tension entre un objectif ambitieux de conservation et un objectif de développement des incitations à l’investissement. / The objective of this work was to develop the framework of the new institutional economics to identify the economic constraints to overcome in order to encourage public or private agents to invest in restoring aquatic ecosystems. In the course of this work we mobilized different materials and methods that allowed us to identify three types of constraints: cost constraints, organizational constraints and institutional constraints.Our results show that these projects are exposed to a great variability of production costs, some key attributes play a decisive role in this variability: the type of targeted ecosystem, the institutional context, the initial degree of disturbance, the amount of works needed, the climate and the size of projects.Using the new institutional economics framework, we were interested in the transaction costs that surround investment project of restoring aquatic ecosystems. These costs are associated to the need of specific coordination devices between actors adapted to the complexity of biodiversity dynamics. Transaction costs originate from three different characteristics of projects: asset specificity, uncertainty and frequency of transactions. From the study of the market of wetland mitigation in the United States and of four case study in France, we show the link between the origin of transaction costs and organizational efficacy of the system. Among other results, we show that there is a tradeoff between an objective of challenging conservation and an objective of creating incentives for investment for the restoration of aquatic ecosystems.

Au cours de leur cycle de vie, la plupart des espèces de poissons marins côtiers passent par des nourriceries littorales dont la qualité influence largement le succès du recrutement et donc le maintien de l’abondance de leurs populations. Or, la construction de ports entrain irrémédiablement une perte de fonction pour les habitats côtiers impactés. Dans ce contexte,l’objectif général de cette thèse était de voir si les zones portuaires peuvent malgré tout servir de nourriceries alternatives pour les poissons marins côtiers. Pour cela, les abondances des juvéniles de quatre espèces de sars, du genre Diplodus, ont d’abord été suivies dans cinq ports méditerranéens. Ceci a permis de montrer que ces espèces côtières peuvent s’installer et grandir avec succès dans les ports. La complexification de la structure 3D de l’habitat augmente sensiblement les abondances de juvéniles. Dans un second temps, la croissance, la condition et les niveaux de contamination desjuvéniles de deux espèces de sars (D. sargus et D. vulgaris) ont été comparés entre différents ports et habitats naturels de la rade de Toulon. Ceci a montré que la croissance et la condition des juvéniles peut être équivalente dans certains ports et dans les zones naturelles adjacentes, avec des niveaux de contamination faibles, même dans les zones les plus polluées. Enfin, la composition multi- élémentaire des otolithes des juvéniles de D. sargus et D. vulgaris a été comparée entre trois ports et deux zones naturelles de la rade de Toulon. Aucun élément chimique lié aux activités portuaires n’aété retrouvé en plus forte concentration dans les otolithes des juvéniles issus des ports. Il n’existe donc pas une signature unique caractéristique de l’ensemble des ports. La composition chimique des otolithes peut néanmoins être utilisée pour étudier la contribution relative des ports aux stocks d’adultes à condition de caractériser la signature de l’ensemble des habitats juvéniles potentiels. L’ensemble des résultats acquis indiquent que les ports peuvent être utilisés comme nourriceries alternatives par plusieurs espèces de poissons marins côtiers. Les projets d’ingénierie écologiquevisant à augmenter la complexité structurale des habitats portuaires sont des pistes intéressantes pour maintenir la biodiversité côtières et les stocks de poissons. / During their life cycle, most of the marine coastal fish species use nursery grounds which quality influence their recruitment and then the conservation of their populations. However, the construction of ports impair irremediably fish nursery function of the coastal areas impacted. The ultimate aim of the PhD research was to assess if ports could provide suitable alternative nursery habitats for coastal fish species. Firstly, abundances of the juveniles of four Diplodus species were surveyed in five marinas located along the French Mediterranean coast. This showed that coastal fishes can successfully settle and grow inside these artificialized coastal areas. Moreover, increasing the complexity of port habitats can considerably enhance their suitability for juveniles, especially at the youngest stages. Secondly, body condition, growth rate and metal contamination in the juveniles of two Diplodus species (D. sargus and D. vulgaris) were compared between different ports and natural areas in the Bay of Toulon. Juvenile growth and condition can be equivalent between fish collected from ports and from adjacent natural areas. Contamination levels in fish were low, even in highly polluted areas. Finally, otolith composition in the juveniles of D. sargus and D. vulgaris was investigated in three ports and two natural areas in the Bay of Toulon. None of the port related had systematically higher concentrations in otoliths from Diplodus juveniles collected in ports. Therefore, otolith microchemistry cannot provide a unique and reliable fingerprint discriminating ports and natural areas. Nevertheless, otolith microchemistry could provide an effective natural tag to determine the contribution of ports to adult stocks provided that a library of all potential juvenile habitat fingerprints is established. All these results confirm that ports can be used as alternative nursery habitats by marine coastal fishes. Ecological engineering projects aiming at increasing structural complexity of port habitats seem promising for biodiversity and fish stock conservation.

Le « topsoil » comme outil de restauration écologique des terrains miniers dégradés, consiste à récupérer la couche de sol naturellement riche en matières organiques, semences et micro-organismes (qui définissent le potentiel biologique de restauration), lors d'une opération qui précède l'exploitation minière, puis à l'épandre sur les sites à restaurer. Au coeur desproblématiques de restauration écologique, les topsoils apparaissent à travers la littérature comme une technique efficiente et leur utilisation est abondamment préconisée. Toutefois celle-ci ne date, en Nouvelle-Calédonie, que des années 2000. Les connaissances actuelles locales liées à cet outil sont encore fragmentaires, et les caractéristiques des topsoils, tout comme les résultats obtenus sont hétérogènes. Ce travail de recherche a permis d'améliorer notre compréhension des interactions entre les composantes biologiques des topsoils et les phénomènes intervenant dansleur évolution (banque de graines, micro-organismes, et caractéristiques physico-chimiques). Les résultats obtenus ont montré que l'utilisation des topsoils en restauration écologique peut favoriser la restauration des écosystèmes ultramafiques néo-calédoniens, et pourraient trouver une application dans la conception de nouvelles stratégies de restauration écologiques des terrains miniers dégradés du territoire. Néanmoins, il est également apparu que les topsoils ne peuvent à eux seuls restaurer la totalité de la diversité végétale qui caractérise les substrats ultramafiques du territoire, et doivent donc être associés à d'autres techniques de restauration. / "Topsoil", as an ecological tool of restoration of the mines made in terraces, consist of getting back the layers full of organic matter, seeds and micro-organisms (which define the biological potential of restoration), during a procedure made following the exploitation of the mines, then could be extend to the sites which require some restoration.While the problem of ecological restoration is at the center of the debate, topsoil appears, according to the literature, as an efficient technique and their uses are well recommended. However, they only have been used in New Caledonia since the beginning of the XXI century. The actual knowledge of this specific tool is still incomplete, and the characteristics of topsoil, same as the results, remain inconsistent. The research made around this topic gave us a better understanding of the interaction between the biological components of topsoil and their way of evolving (seeds’ bank, micro-organisms and the physic and chemical characteristics). The results obtained demonstrate that the use of topsoil as an ecological restoration could be beneficial for the restoration of the ultramafic ecosystem of New Caledonia. It could, as well, find a place in the development of new strategies of ecological restoration of mines in terrace of the country. However, it has been shown in another hand that topsoil would not be sufficient to restore the entire vegetal diversity of the ultramafic bedrock of the country. For this reason, it has to be associated with different techniques of restoration.

La première partie de ces recherches s’attache à étudier les causes de l’apparition de la Charte de l’environnement et plus particulièrement du droit pour chacun de vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé (article 1er de la Charte). Elle développe ensuite les définitions de ce droit, à la lumière notamment du droit international et national antérieur à la Charte, pour enfin analyser son effectivité. Le manque d’effectivité du droit pour chacun de vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé contraint, dans une deuxième partie, à rapprocher le préjudice environnemental, en tant que préjudice subjectif, d’un dommage écologique objectif. Ce qui permet d’analyser la responsabilité induite par les atteintes environnementales et sanitaires. Il est enfin constaté qu’à travers l’ensembledes règles environnementales, un équilibre environnemental entre l’homme et la nature et une préservation de la santé sont à la fois systématiquement recherchés. Cette protection sanitaire passe par l’encadrement d’une nature sauvage et, suite à des transformations environnementales, par des aménagements permettant de réparer les dommages écologiques nuisibles à l’être humain. Si toutes ces règles convergeaient vers un seul et même objectif, celui de vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé, il serait possible de dire que ce droit est le signe de l’apparition d’un nouveau concept. Cependant il demeure à ce jour un droit purement politique, hypothétique, dont l’effectivité n’existe que ponctuellement à travers une multitude de règles environnementales et urbanistiques dont l’ampleur reste un frein. / The first part of these researches aims at studying the causes of the apparition of the Charter of the environment and in particular the right for everyone to live in a balanced and environment, which is conducive to health (Article 1 of the Charter). It then develops the definitions of this right, particularly in the light of international and national laws prior to the Charter,to finally analyze its effectiveness. The lack of effectiveness of the right for everyone to live in a balanced environment that is conducive to health constrains, in a second part, to assimilate the environmental prejudice, as a subjective prejudice, to an objective ecological damage. This allows to analyze the responsibility induced by environmental and health damages. Finally, it is noted that, through all the environmental regulations, an environmental balance between man and nature, and health preservation have systematically been sought. This health protection requires the supervision of wild nature and,subsequently to environmental transformations, the development of solutions to remediate to environmental damage harmful to humans. If all these rules were converging towards a single objective, which would be to live in a balanced environment conducive to health, it could be possible to say that this right is the sign of the emergence of a new concept. However, this body of law remains, to this day, purely political and hypothetical. Its effectiveness exists only occasionally, through a multitude of environmental and urban planning rules, whose large scope also remains an obstacle.

Le silicium (Si) sous forme dissoute (DSi) est indispensable à la croissance des diatomées, (microalgues) qui sont un élément clé des réseaux trophiques aquatiques terrestres et océaniques et qui jouent un rôle majeur dans le cycle global du carbone.<p>La construction d’un modèle global du cycle de Si le long du continuum aquatique continent-océan a permis de mettre en évidence l’importance de la zone de transition fleuve-mer pour le transfert du silicium continental vers les océans. Ce transfert est influencé par les diatomées planctoniques qui fixent le DSi et, en sédimentant, retiennent une partie du silicium continental dans les sédiments des estuaires.<p>Les modifications des flux de Si continentaux par les diatomées planctoniques dans les estuaires ont été clarifiées par :<p>1) des expériences sur l’écophysiologie d’une diatomée d’eau douce euryhaline (Cyclotella meneghiniana) particulièrement peu affectée par l’augmentation de salinité subi par le plancton lors de son transport des fleuves à la mer,<p>2) l’étude de la dissolution de la silice biogénique (bSiO2) qui constitue la coque externe des diatomées, et notamment l’effet de la salinité et des bactéries sur ce processus de recyclage du DSi,<p>3) la reconstitution du mélange des eaux et des diatomées dans un estuaire par l’expérimentation (3 espèces de diatomées dans un gradient salin artificiel) et par la construction et l’utilisation d’un modèle de Si dans la zone de mélange estuarienne.<p>Les résultats soulignent notamment l’importance des variations de salinité, de la turbidité de l’eau, de la nature des diatomées de rivière (sténohalines versus euryhalines) et de la viabilité des cellules sur les transformations et la rétention du silicium dans la zone de transition fleuve-mer. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le droit de l’environnement est un droit relativement jeune, dont la filiation naturelle à l’intérêt général en a fait l’affaire exclusive des pouvoirs publics. Mais aujourd’hui, alors que « toute personne a le devoir de prendre part à la préservation et à l’amélioration de l’environnement » (article 2 de la Charte de l’environnement), il ne saurait rester cantonné dans les bastions du droit public. La tendance contemporaine à la contractualisation du droit, traversant de nombreuses branches, touche le droit de l’environnement qui y puise les ressources de son déploiement. A cette fin, parler de « contractualisation du droit de l’environnement » recouvre deux réalités. C’est, d’abord, constater que le droit de l’environnement investit le contrat, qu’il s’agisse de diversifier son objet environnemental ou laisser y proliférer des obligations environnementales. La stratégie est simple. Le droit de l’environnement se place dans le contrat. Et le contrat, tel un « cheval de Troie », le fait pénétrer dans l’enceinte des relations interindividuelles. Vecteur de diffusion du droit de l’environnement, le contrat en devient un outil de gestion favorisant sa réception par les individus. C’est, ensuite, remarquer que le contrat agit sur le droit de l’environnement. Son action est, en premier lieu, créatrice de droit. A cet égard, la contractualisation recoupe, pour une part, l’hypothèse du droit négocié portant une dimension collective dans l’élaboration du droit et soulève, pour une autre part, la question débattue du potentiel normatif du contrat individuel, qui paraît pleinement se déployer en matière environnementale. L’action du contrat est, en second lieu, réformatrice. Une profonde mutation structurelle du droit de l’environnement est en effet à l’oeuvre, posant les fondations d’un ordre juridique environnemental, dont l’architecture glisse « de la pyramide au réseau ». Un tel changement de physionomie s’accompagnerait d’un changement de philosophie, vers un droit du développement durable. Mais c’est davantage au soutien d’un développement durable du droit de l’environnement que la dynamique de contractualisation trouvera sa pertinence. Dans le contrat et par le contrat, le droit de l’environnement prend de l’envergure : il rayonne et il s’impose, prêt à relever le défi de sa « modernisation ». / Environmental law is a relatively young law. Due to its natural filiation to public interest, it was exclusively governed by the public authorities. But today, while "everyone has the duty to participate in the conservation and in the improvement of the environment" (article 2 of the Charter for the environment), it could not remain quartered in the realm of public law. The contemporary trend to the law contractualization, crossing lots of branches, concerns environmental law which draws from it the resources of its deployment. To this end, speaking about "contractualization of the environmental law" covers two realities. It is, at first, to notice that environmental law moves into the contract, whether it is a question of diversifying its environmental object or of letting proliferate environmental obligations there. The strategy is simple. Environmental law takes place in the contract. And the contract, like a Trojan horse, makes it penetrate the enclosure of the interpersonal relations. Like a vehicle for dissemination of environmental law, the contract becomes one management tool favoring its reception by individuals. It is, then, to notice that the contract acts on environmental law. In this connexion, the contractualization overlaps, for one part, the hypothesis of the negotiated law carrying a collective dimension in the elaboration of the law, and for another part, that of the spontaneous law revealing the normative potential of the individual contract. A profound structural transformation of environmental law is at work, putting the foundations of an ecological public order, the architecture of which slides "from the pyramid to the network". Such a change of face comes along with a change in philosophy, towards a sustainable development law. But it is more in the support of a sustainable development of environmental law that the dynamics of contractualization will find its relevance. In the contract and by the contract, environmental law expands: it shines and it stands out, ready to take up the challenge of its "modernization".

Le genre Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) comprend des ecto-parasitoïdes s'attaquant essentiellement aux stades larvaires et nymphaux de divers insectes holométaboles. Jusqu'à présent, la systématique du genre Eupelmus restait mal résolue compte tenu des données limitées et restreintes à la morphologie et de l'absence de révisions taxonomiques récentes, fiables et globales. Dans ce contexte, de nombreuses questions se posent concernant (i) la pertinence de la classification infra-générique actuelle du genre Eupelmus; (ii) la validité du statut taxonomique des certaines espèces décrites; (iii) la fiabilité des informations écologiques telles que la gamme d'hôtes et la distribution géographique et, donc, (iv) la compréhension des processus de spécialisation écologique et du rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus comme auxiliaires de lutte biologique. Ce travail de thèse a donc eu pour objectif d'aborder l'ensemble de ces questions en utilisant, à des fins de phylogénie et de taxonomie, une approche intégrative combinant des données moléculaires (ADN mitochondrial et nucléaire) et morphologiques.Les résultats obtenus concernant les relations phylogénétiques infra-générique montrent que la structuration supposée du genre Eupelmus en trois sous-genres (Eupelmus, Episolindelia et Macroneura), ne peut pas être retenue et que ce genre se structurerait plutôt, à l'échelle géographique retenue, en une douzaine de groupes d'espèces. De plus, l'étude de la taxonomie de deux complexes (ensemble d'espèces morphologiquement proches), les complexes “urozonus” et “vesicularis”, met globalement en évidence une diversité insoupçonnée dans la zone Euro-méditerranéenne et plus d'une dizaine d'espèces ont été découvertes et décrites comme de nouvelles espèces à l'occasion de ces travaux. D'une façon générale, les caractères morphologiques, les marqueurs nucléaires et les marqueurs mitochondriaux se sont révélés relativement concordants sauf au sein du complexe vesicularis qui présente une divergence plus marquée au niveau d'ADN mitochondrial.Dans le cadre particulier du groupe urozonus, ce travail de thèse nous a également permis d'étudier l'évolution de la spécificité d'hôtes en lien avec une phylogénie moléculaire multi-locus relativement bien résolue et une estimation de la longueur d'ovipositeur, un caractère morphologique susceptible d'expliquer l'accès aux hôtes. D'une façon générale, les analyses comparatives révèlent que la spécificité d'hôtes n'est pas contrainte par la phylogénie. Nous observons ainsi des spectres d'hôtes très contrastés entre des espèces phylogénétiquement très proches. De même, la longueur d'ovipositeur, qui semble un caractère très labile à cette échelle, ne semble pas déterminer le spectre d'hôtes. L'ensemble des résultats obtenus ont finalement été utilisées de façon à mieux comprendre le rôle potentiel de certaines espèces d'Eupelmus sur des insectes ravageurs, la mouche de l'olive Bactrocera oleae et le cynips du châtaignier Dryocosmus kuriphilus. / The genus Eupelmus Dalman (Chalcidoidea: Eupelmidae: Eupelminae) includes ecto-parasitoids attacking mostly nymphal and larval stages of various holometabolous insects. So far, the systematics of the Eupelmus genus remained poorly resolved due to limited data restricted to morphological information and the absence of recent, reliable and comprehensive taxonomic revisions. In this context, many questions arise concerning (i) the relevance of the current sub-generic classification of the Eupelmus genus; (ii) the availability of the taxonomic status of some species described; (iii) the reliability of ecologic information such as the host range and the geographical distribution; and therefore, (iv) the understanding of the ecological specialization's processes and the potential role of certain species of Eupelmus as auxiliaries of biological control. This thesis work has therefore aimed to address all of these questions by using, for the purposes of phylogeny and taxonomy, an integrative approach combining molecular (nuclear and mitochondrial DNA) and morphological data.The results obtained concerning the sub-generic phylogenetic relationships show that the supposed structuration of Eupelmus genus into three subgenera (Eupelmus, Episolindelia and Macroneura), can not be retained and that this genus would be rather structured, at the retained geographical scale, in a dozen of species groups. In addition, the study of taxonomy of two complexes (sets of morphologically similar species), the complex “urozonus” and “vesicularis”, overall highlights unsuspected diversity in the Euro-Mediterranean area and more than ten species have been discovered and described as new species on the occasion of this work. Generally, the morphological characteristics, nuclear markers and mitochondrial markers have been relatively consistent except within the vesicularis complex which exhibits more marked divergence in the mitochondrial DNA.In the particular case of the urozonus species group, this thesis work has also allowed us to study the evolution of the host specificity in relation to a relatively well-resolved multi-locus molecular phylogeny and an estimate of the length of ovipositor, a morphological character that could explain the ability to parasitize protected hosts. In general, the comparative analyses show that the host specificity is not constrained by the phylogeny. We indeed observe highly contrasted hosts ranges between closely phylogenetically related species. Similarly, the length of ovipositor, which seems a very labile character at this scale, does not seem to determine the host range. All the results obtained have finally been used to better understand the potential role of some Eupelmus species on two insect pests, the fruit olive fly Bactrocera oleae and the chestnut gall wasp Dryocosmus kuriphilus.

Le soja est l'un des produits alimentaires les plus importants et en croissance rapide sur le marché mondial. Grace à l'introduction de variétés de soja GM, l'Argentine est devenue le troisième producteur mondial, ce qui a entraîné des impacts relevant au niveau environnemental, social et économique. Objectif de l'étude est d'évaluer la résilience sociale des communautés rurales cultivant du soja en Argentine et d'évaluer la durabilité actuelle du système du soja. Au même temps, l'analyse de l'expansion de la production de soja de l’Amérique latine vers les pays africains représente un élément de continuité dans l'évaluation du phénomène au niveau mondial. Le cas d’étude du système de soja en Argentine - fortement influencé par l'introduction des OGM et par les changements qui en découlent dans l'utilisation des terres, la modernisation et l'organisation du travail - avec son accent particulier sur les communautés rurales, souligne que la résilience sociale et la résilience écologique sont étroitement interconnectées pour garantir la durabilité sociale, qui, à son tour, est en corrélation étroite avec la durabilité environnementale et économique. Le secteur agricole argentin a montré une bonne capacité d'adaptation et de réorganisation démontrant être économiquement performant, mais les coûts sociaux et environnementaux qui en découlent sont lourds, consistant en une perturbation profonde de la structure originaire des communautés rurales et de l'écosystème naturel. Le système du soja est extrêmement rigide - en raison de la hyper spécialisation et de la dépendance marquée de l'exportation - ce qui le rend très vulnérable aux changements de la demande internationale de soja. Le système actuel est fortement critiqué par la société civile, le blâmant d'être la cause de problèmes environnementaux et de risques pour la santé humaine. Pour contraster efficacement les conséquences négatives du modèle du soja, un rôle important doit être joué par les politiques, qui devraient définir des mesures de développement durable pour améliorer la résilience des communautés rurales et favoriser une transition vers des systèmes de production alimentaire plus durables / Soy is one of the most important and fast growing food commodities in the global market. Thanks to the introduction of GM soy varieties, Argentina has become the third producer in the world, what entailed significant impacts at environmental, social and economic level. Objective of the study is to assess the social resilience of the rural communities cultivating soy in Argentina and to evaluate the current sustainability of the soy system. At the same time, the analysis of the expansion of the soy production from Latin America to African countries represents an element of continuity in the evaluation of the phenomenon at global level. The case study of the soy system in Argentina – strongly influenced by the introduction of GMOs and the consequent changes in land use, modernization and work organization – with its specific focus on rural communities, highlights how strongly social and ecological resilience are intertwined in the identification of mechanisms to guarantee social sustainability, which, in turn, is strictly interrelated with environmental and economic sustainability. The agricultural sector showed a good capacity of adaptation and reorganization demonstrating being economically performing, but social and environmental costs were heavy, consisting in a deep disruption of the original rural communities structure and of the original natural ecosystem. The soy system appears extremely rigid – because of the hyper specialization and the marked dependence on export – what makes it very vulnerable to changes in the international demand for soy. The current system is strongly criticized by the civil society, blaming it to be the cause of environmental problems and of health risks. To effectively contrast the negative consequences of the soy model, a significant role must be played by policy makers, who should define sustainability policies to enhance the resilience of the rural communities and to move towards more sustainable food production systems.