Les embryons d'ascidies se développent avec un lignage cellulaire stéréotypé et évolutionairement conservé pour produire en quelques heures ou jours un têtard comportant un petit nombre de cellules. De ce fait, ils fournissent un cadre intéressant pour décrire avec une résolution cellulaire le programme de développement d’un organisme complet. Pendant mon doctorat, j’ai développé une approche quantitative pour décrire l’évolution morphologique embryonnaire pendant le développement de Phallusia mammillata. J’ai ensuite utilisé cette approche pour systématiquement caractériser en détail les logiques des événements de spécifications de destin cellulaire.Pour caractériser quantitativement les comportements cellulaires pendant l’embryogenèse, nous avons utilisé de la microscopie à feuille de lumière multi-angles pour imager des embryons entiers à haute résolution spatio-temporelle. Les membranes plasmiques étaient marquées pour permettre l’identification des cellules. Pour extraire les informations biologiques de ce jeu de donnés, j’ai développé une nouvelle méthode pour segmenter les cellules en 4D, ASTEC. Une fois appliquée aux embryons de Phallusia mammillata imagés pendant 6 heures entre le stade 64 cellules et le début des stades bourgeon caudal, cette méthode a permis de récupérer la forme et de suivre 1030 cellules pendant 640 divisions. L’embryon digital 4D résultant peut être formalisé par un graphe dynamique, dans lequel les cellules sont représentées par des sommets reliés par des arrêtes représentant au sein d’un point de temps leur voisinage spatial, et entre différents points de temps leur lignage cellulaire.Basé sur cette représentation digitale et quantitative, nous avons systématiquement identifié les événements de spécification cellulaire jusqu’au dernier stade de la gastrulation. Des simulations informatiques ont révélé que des règles remarquablement simples intégrant les aires de contacts cellulaires et les expressions spatio-temporelles booléennes de signaux moléculaires extracellulaires sont suffisantes pour expliquer les inductions cellulaires au cours du développement précoce. Ce travail suggère que pour les embryons établissant des contacts stéréotypés et précis entre cellules voisines, les contraintes génomiques sont relâchées, ce qui permet une évolution plus rapide du génome. / Ascidian embryos develop with stereotyped and evolutionarily conserved invariant cell lineages to produce in a few hours or days tadpole larvae with a small number of cells. They thus provide an attractive framework to describe with cellular resolution the developmental program of a whole organism. During my PhD, I developed a quantitative approach to describe the evolution of embryonic morphologies during the development of the ascidian Phallusia mammillata. I then used this approach to systematically characterize in detail the logic of cell fate induction events. To quantitatively characterize cell behaviors during embryogenesis, we used multi-angle light-sheet microscopy to image with high spatio-temporal resolution entire live embryos with fluorescently labeled plasma membranes. To extract biological information from this imaging dataset, I then developed a conceptually novel automated method for 4D cell segmentation, ASTEC. Applied to a Phallusia mammillata embryo imaged for 6 hours between the 64-cell and the initial tailbud stages, this method allows the accurate tracking and shape analysis of 1030 cells across 640 cell divisions. The resulting 4D digital embryo can be formalized as a dynamic graph, in which cells are represented by nodes, linked within a time point by edges that represent their spatial neighborhood, and between time points by temporal edges describing cell lineages.Based on this quantitative digital representation, we systematically identified cell fate specification events up to the late gastrula stage. Computational simulations revealed that remarkably simple rules integrating measured cell-cell contact areas with boolean spatio-temporal expression data for extracellular signalling molecules are sufficient to explain most early cell inductions. This work suggests that in embryos establishing precise stereotyped contacts between neighboring cells, the genomic constraints for precise gene expression levels are relaxed, thereby allowing rapid genome evolution.

La formation des neurites constitue une étape cruciale dans le processus de différenciation neuronale. Cependant, les mécanismes qui permettent de déterminer comment et à quelle position les neurites émergent sont toujours largement méconnus. Nous avons postulé qu'une marque moléculaire pouvait préfigurer la différenciation morphologique. Au cours de ma thèse, j'ai cherché à identifier de nouvelles molécules capables de s'accumuler aux sites d'initiation des neurites et d'en contrôler la protrusion. De manière intéressante, chez la levure, la marque moléculaire qui contrôle le site de protrusion du bourgeon a été caractérisée. Parmi les centaines de protéines contrôlant le site d'initiation chez la levure, les Septines constituent une famille de protéines bien conservée chez les vertébrés. Ces GTPases forment des filaments qui agissent comme barrière de diffusion ou « échafaudage » moléculaire. Au cours de ma thèse, je me suis donc intéressée au rôle des Septines lors de l'initiation axonale dans le modèle des neurones sensoriels de DRG chez l'embryon de poulet. Nous avons pu démontrer qu'aux stades précoces de leur développement, ces neurones formaient deux axones, un au pôle ventral et l'autre au pôle dorsal, indiquant que le nombre et la position des sites d'initiation des axones sont bien contrôlés dans ces neurones. Nous avons, ensuite, démontré que les Septines étaient bien exprimées dans les DRG aux stades précoces du développement. Mes analyses en vidéo-microscopie de la localisation de la septine 7 au cours de la différentiation des neurones de DRG montrent que les Septines s'accumulent au site d'émergence de l'axone, juste avant ou lors de sa formation. L'inhibition des Septines induite par une construction dominant-négative (DN) ou par ajout d'un inhibiteur pharmacologique bloque la formation des axones. De plus, cette inhibition entraine une modification précoce de la morphologie, qui se traduit par l'apparition de cellules multipolaires complexes et de cellules rondes sans prolongement suggérant que, conformément à notre hypothèse, les Septines sont impliquées dans l'initiation des neurites. L'ensemble de ces résultats montre que les Septines régulent la différenciation morphologique précoce des neurones sensoriels / Neurite formation is a crucial step of neuronal differentiation. However, the mechanisms that determine how and at which position neurites emerge in the soma are still poorly understood. We postulated that a molecular polarity could prefigure the morphological differentiation, with some molecules that could accumulate at the future site of axon initiation. Interestingly, such molecular polarity has been evidenced in the contest of yeast budding, with bud forming at specific position relatively to the previous bud site. Genome-wide screen identified hundreds of proteins that control bud site location. Among the vertebrate molecules homologous to those involved in budding site selection, we selected the Septins as promising candidates. These GTP-ases form filaments that act as diffusion barriers and molecular scaffolds. We investigated the contribution of Septins to axon initiation using the chick dorsal root ganglion (DRG) neurons as a model. Monitoring of cell morphology in nascent ganglia indicates that DRG neurons form a single axon at the ventral pole and a second one at the dorsal pole and that these axons seem to emerge directly after their last division. This suggests that two initiation sites are selected at opposite pole of the soma.We found that Septins homologous with those controlling budding are expressed in the early DRG developmental stages. My analyses by time-lapse video-microscopy showed that Septin7 accumulate at the site of axon emergence, just before or during its formation.We observed that a pharmacological inhibitor and a dominant-negative construct block axon formation both in vitro and in vivo respectively. Furthermore, blocking Septin function leads to the appearance of uncommon round or sea urchin-like neurons. Thus, Septins appear to regulate early step of morphological differentiation of DRG neurons, possibly by controlling axon initiation site selection

Longtemps considérés comme les parents pauvres du système commercial international et quémandeurs de traitements préférentiels, les pays en développement (PED) représentent aujourd’hui 50% du commerce mondial. Ils sont perçus à la fois comme de gigantesques marchés potentiels ou comme de dangereux concurrents pour les entreprises des pays développés. Leur place sur la scène commerciale internationale est plus que jamais à l'ordre du jour. La meilleure preuve en est le surnom de «cycle du développement» attribué au round de négociations lancé en novembre 2001 à l'issue de la Conférence ministérielle de Doha de l'Organisation Mondiale du Commerce. En choisissant d’étudier la problématique de la participation des PED à l'OMC, nous nous fixons deux objectifs ; le premier consiste à mieux comprendre les enjeux de l'application des règles de l'OMC sur les PED. En examinant cette question, nous serons amenés à observer comment ces pays collaborent et contribuent d’une manière directe aux activités principales de cette organisation. Le deuxième objectif consiste à étudier la nécessité d’accorder un traitement spécial et différencié aux PED. Ainsi nous allons examiner les enjeux de la participation des PED à l'OMC (Partie I). La seconde partie (partie II) est consacrée, quant à elle, à une étude exhaustive de leur statut actuel au sein de l'Organisation Mondiale du Commerce. Les différentes dispositions relatives au traitement spécial et différencié en leur faveur sont mises en évidence, ainsi que leur efficacité parfois toute relative / Long time considered as weak entities of the international trading system and requesters for preferential treatment, developing countries account for 50% of global trade today. They are seen both as huge potential markets and as dangerous competitors for developed countries’ firms. Their place on the international trade scene is more than ever on the agenda. The best proof is their denomination «development round» attributed to the round of negotiations launched in November 2001 after the Doha Ministerial Conference of the World Trade Organization. By studying the issue of developing countries in the WTO's participation we set two goals. The first is to better understand the issues of the application of WTO rules on developing countries. When considering this question, we must bear in mind (or consider sans bear in mind) how these countries work together and contribute in a direct way to the main activities of this organization. The second purpose is to study the need for a special and differential treatment for developing countries. Thus, we examine the participation of developing countries in the WTO' issues (Part I). The second part (Part II) is devoted, in its turn, to a comprehensive study of their current status in the World Trade Organization. The various measures related to a special and differential treatment in their favor are highlighted and also their effectiveness, sometimes all link with

Ce travail de thèse propose de s’intéresser au développement des capacités de compréhension et de marquage graphique des émotions de manière conjointe. Ce manuscrit aborde plusieurs questions comme le décalage pouvant exister entre ces deux capacités ou encore l’influence des stéréotypes liés au genre sur la manière dont les enfants comprennent les émotions dans une histoire et les représentent dans leurs dessins (Etudes 1 et 2). Dans une visée plus appliquée, ce travail de thèse pose la question de la pertinence d’utiliser une tâche de dessin pour évaluer la compréhension des émotions chez des enfants présentant des troubles du langage oral (Etude 3). Pour répondre à ces questions, nous avons demandé à des enfants âgés de 6 à 10 ans d’identifier l’état émotionnel du personnage d’un récit (i.e., tâche d’identification) et/ou de marquer cette émotion dans leur dessin en complétant le visage du personnage (i.e., tâche de marquage graphique). Contrairement aux travaux déjà existant dans le domaine, les histoires utilisées pour examiner les capacités de compréhension et de marquage des émotions sont issues de la littérature jeunesse. Les résultats de ce travail de thèse suggèrent que l’âge, l’émotion mais aussi l’importance de l’évènement déclencheur de l’émotion sont autant de facteurs pouvant expliquer le décalage existant entre la capacité à comprendre une émotion et celle consistant à la représenter dans un dessin. Par ailleurs, les enfants semblent identifier et représenter les émotions en tenant compte des stéréotypes de genre. Enfin, la tâche de dessin semble être une tâche intéressante lorsque nous nous intéressons à la compréhension émotionnelle des enfants présentant des troubles du langage. Les apports de ce travail de doctorat sont discutés au regard des connaissances théoriques et méthodologiques qu’il fournit à propos des capacités de compréhension et de marquage des émotions. Nos perspectives de recherches futures sont également abordées. / This thesis deals with the development of two abilities: understanding and drawing of emotions studied together. This work considers many questions, namely on the gap between both abilities, and the influence of gender stereotypes on how children understand emotions in a story and how children represent these emotions in their drawings (Study 1 and 2). On an applied basis, we consider the interest of using a drawing task to assess the emotional understanding in children with language impairment (Study 3). To answer these questions, we ask children aged 6 to 10 to identify the emotional state of a character in a story (i.e., identification task) and to depict this emotion in a drawing by completing the character’s face (i.e., drawing task). Contrary to prior studies, we used natural stories from children literature to assess abilities to understand and to depict emotions. Our results suggest that age, emotion and the trigger event of the emotion can explain in part the difference between both abilities. Moreover, children seem to identify and depict emotions taking account of gender stereotypes. Finally, the drawing task seems to be relevant to assess the emotional understanding in children with language impairment. Contributions of this thesis are discussed in view of theoretical and methodological knowledge about abilities to understand and to depict emotions. Research perspectives are also approached.

Dans l’optique d’ajouter à la compréhension de la gentrification et en réponse aux développements récents au niveau de la théorisation, cette recherche analyse le rôle des gouvernements locaux dans la production du discours. Pour y arriver, nous utilisons une méthode tripartite qui situe la gentrification à Montréal, identifie et spatialise le discours de l’État local et analyse la perception sociale face à sa concrétisation. Nous expliquons que le lien de causalité entre la gentrification et l’exclusion doit être renversé lorsque le rôle de l’État local est considéré. Ainsi, le gouvernement local crée des catégories d’inclus et d’exclus en construisant un discours autour d’un idéal de développement urbain particulier et encourage par le fait même la gentrification. Ces résultats soulignent l’importance d’insérer la gentrification dans un processus de construction sociopolitique de l’espace urbain et non pas de la considérer simplement comme symptôme de la logique économique capitaliste contemporaine.

Dans le contexte du processus de «décolonisation» et de redistribution annoncé par le Movimiento al Socialismo en Bolivie, la thèse étudie la stratégie d’une économie plurielle (étatique, privée, sociale et communautaire) afin d’analyser son potentiel dans l’implantation d’une économie sociale et solidaire (ESS) en milieu rural. La thèse avance que l’ESS doit dépasser une vision techniciste du développement et intégrer une modification des structures de propriété, la participation des organisations sociales et un investissement en faveur des secteurs social et communautaire. La thèse étudie la réforme agraire initiée en 2006 et les politiques d’appui aux organisations économiques paysannes (OECA), et identifie pour la période 2006-2012 des avancées en termes de reconnaissance de la pluralité, mais aussi des limites: non-rétroactivité de la réforme et portée limitée des restitutions; gouvernance ayant tendance à neutraliser les mouvements sociaux; imprécision de la notion de communauté; persistance d’un mode de développement extractif.

Le tourisme est une industrie qui croît à une vitesse exponentielle. Elle est souvent mise de l’avant comme moyen d’amoindrir la pauvreté dans plusieurs régions du monde. Cependant, la littérature lui consacre beaucoup de critiques et de reproches. Ainsi, la mondialisation a favorisé la naissance d’un tout nouveau mouvement : le tourisme alternatif. C’est dans cette logique que la présente thèse s’attarde sur l’étude du tourisme alternatif dans la zone désertique algérienne, plus précisément à Timimoune. Ainsi, elle interroge les attitudes et perceptions des divers acteurs (touristes, agences touristiques, guides touristiques locaux et les populations locales) à considérer le tourisme alternatif comme levier à l’amélioration des conditions de vies des communautés locales en termes de santé, d’éducation et de création d’emploi.

Les centromères contribuent à garantir la distribution égale de l'ADN en mitose. Leur identité n'est pas codifiée par la séquence d'ADN, mais de manière épigénétique par le variant de l'histone H3 CENP-A. Dans des lignées cellulaires humaines transformées, CENP-A est incorporé au centromère par son chaperon HJURP, au début de la phase G1. Pendant ma thèse, j'ai utilisé le modèle murin pour étudier les particularités de la chromatine centromérique et son dysfonctionnement dans le cancer. J'ai montré que CENP-A est maintenu sur le génome paternel au cours de la spermatogenèse, contrairement aux autres histones, et peut constituer une marque transgénérationnelle du centromère. Nous avons généré une souris KO pour HJURP pour l'étudier in vivo, et avons détecté son amplification dans de multiples souches de souris. En parallèle, nous avons étudié l'interaction entre la dynamique des variants d'histone et la structure d'ordre supérieur de la chromatine centromèrique. Nous avons découvert que la réorganisation de l'hétérochromatine péricentrique au cours du cycle cellulaire contrôle les deux modes distinctifs d'incorporation des variants d'H2A et la stoechiométrie de CENP A. Pour explorer le lien entre la tumorigenèse et la surexpression de CENP A/HJURP dans des cancers humains, nous avons utilisé un modèle de transformation de fibroblastes murins embryonnaires. Dans le fond génétique nul pour p53 de ces cellules, la surexpression exogène des deux facteurs n'apportait pas un avantage prolifératif mesurable, mais leur accumulation était une conséquence de la transformation. Actuellement, nous analysons si cette surexpression contribue à augmenter la capacité de transformation. / Centromeres are genomic loci ensuring equal distribution of the two sets of chromosomes in mitosis. Their identity is not encoded in the underlying DNA sequence but specified epigenetically by the histone H3 variant CENP-A. In transformed human cell lines, CENP A is deposited at centromeres by the histone chaperone HJURP in a distinct window of the cell cycle. During my PhD I have taken advantage of the mouse model to address cell cycle and developmental features of centromeric chromatin, as well as its dysfunction in cancer.Using an organism-level approach, I could observe that contrary to most histones, CENP-A is retained on the paternal genome during spermatogenesis, acting as a transgenerational mark of the centromere. To study the role of HJURP in vivo, we generated a knockout mouse and discovered that its genomic locus underwent amplification in several mouse subspecies.In parallel, we addressed the crosstalk between histone variant dynamics and higher-order chromatin structure at the centromere, and revealed that the dynamic reorganization of pericentric heterochromatin during the cell cycle controls the distinct incorporation of H2A variants and CENP-A stoichiometry.Finally, to explore the connection between tumorigenesis and CENP-A/HJURP overexpression, recorded in a number of human cancers, we used a mouse embryonic fibroblast model of transformation. We determined that whereas their overexpression did not confer a measurable proliferative advantage in a p53-deficient background, CENP-A/HJURP upregulation was a consequence of transformation. Whether their accumulation has a functional role to enhance tumorigenesis in this system was further investigated.

Nous avons cherché à caractériser le phénotype de deux lignées de souris transgéniques pour lesquelles le lignage mélanocytaire est affecté.La lignée Tyr ::NRASQ61K ; Ink4a-/- est un modèle murin de mélanome cutané. Nous avons montré qu'il existait dans ce modèle un développement séquentiel avec au moins quatre types de lésions mélanocytaires cutanées. Nous avons également caractérisé des lésions mélanocytaires primitives dans des organes autres que la peau. Sur le plan morphologique, nous avons enfin montré que les lésions cutanées se rapprochaient plus de la famille des naevi bleus que des naevi et mélanomes conventionnels.La lignée Dct::Sbno2 surexprime le gène Strawberry Notch homolog 2 (Sbno2) sous contrôle du promoteur du gène de la Dopachrome tautomérase (Dct), spécifique du lignage mélanocytaire. Ces souris ont les extrémités des pattes et de la queue blanches, le ventre blanc et le reste de leur pelage blanchit prématurément, traduisant un défaut d'expansion du lignage mélanocytaire pendant l'embryogenèse et un défaut de maintien des cellules souches de mélanocytes en période postnatale. En outre, ces souris présentent des lésions histologiques des nerfs périphériques associant diminution du nombre d'axones et fibrose endoneurale. Cliniquement, elles montrent une hyperactivité locomotrice spontanée. Nos données expérimentales sont en faveur d'un biais de différenciation des cellules dérivées des crêtes neurales chez les souris Dct ::Sbno2, au détriment des mélanoblastes et en faveur des neurones et précurseurs gliaux pendant l'embryogenèse ; au détriment des neurones et en faveur des fibroblastes endoneuraux dans les nerfs périphériques en période postnatale. / In this work, we characterized the phenotype of two transgenic mouse strains for which the melanocytic lineage is affected. The Tyr ::NRASQ61K, Ink4a-/- strain is a murine model for cutaneous melanoma. We showed that, in this model, there was a sequential development with at least four types of melanocytic lesions. We also characterized primitive melanocytic lesions at extracutaneous sites. Finally, we showed that cutaneous lesions were, morphologically, closer to the blue naevi family than to the conventional naevi and melanoma. The Dct::Sbno2 strain overexpresses the Strawberry Notch homolog 2 (Sbno2) gene under control of the Dopachrome tautomerase (Dct) gene which is specific for the melanocytic lineage. These mice have white limb and tail extremities, a white belly, and the rest of the coat exhibits premature graying. These findings are related to defects in expansion of the melanocytic lineage during embryogenesis and maintenance of melanocyte stem cells post-natally. Furthermore, these mice have peripheral nerve lesions associating reduced number of axons and endoneural fibrosis. Clinically, they show spontaneous locomotor hyperactivity. Our data suggest an abnormal differentiation of neural crests-derived cells in Dct::Sbno2 mice: at the expanse of melanoblasts during and in favor of neurons and glial precursors during embryogenesis, at the expanse of neurons and in favor of endoneural fibroblasts in peripheral nerves post-natally.

Au cours du processus neurodégénératif lié à la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA), les motoneurones innervant les muscles des membres sont très atteints tandis que ceux innervant les muscles axiaux sont relativement préservés. Les motoneurones diffèrent aussi dans leur réponse à plusieurs facteurs neurotrophiques (NTF). Je me suis intéressée aux mécanismes moléculaires déterminant la morphologie distincte et les réponses aux NTF de sous-populations de motoneurones pertinentes dans la SLA. J'ai démontré que les sous-populations de motoneurones murins innervant les muscles axiaux (MN-MMC) ou les muscles des membres (MN-LMC) ont de fortes différences morphologiques. Ces différences sont dues à une régulation différentielle de gènes codant pour la Péripherine et la Diacylglycérol kinase beta (DGK-β) qui sont régulés par les facteurs de transcription LIM-HD FoxP1/HB9. J'ai montré que les MN-LMC et les MN-MMC répondaient distinctement à trois facteurs neurotrophiques: le HGF (Hepatocyte Growth Factor), l'Artémine et le CNTF (Ciliary Neurotrophic Factor). J'ai étudié les motoneurones lombaires dans deux situations pathologiques: 1) les altérations de l'appareil de Golgi et du trafic axonal suite à la perte de TBCE (Tubulin Binding Cofactor E), 2) l'effet de l'augmentation de KCC2 à la membrane plasmique des motoneurones sur la transmission synaptique inhibitrice après lésion.Enfin, j'ai développé une nouvelle méthode de purification de motoneurones dérivés d'iPS (induced Pluripotent Stem Cell) humains en utilisant un vecteur rapporteur lentiviral Hb9::GFP et un anticorps dirigé contre le récepteur de faible affinité des neurotrophines, p75. / Muscles are highly vulnerable whereas motor neurons innervating axial muscles are relatively resistant. Motor neurons also seem to differ in their response to several neurotrophic factors (NTF). I investigated the molecular mechanisms determining the distinct morphology and the differential NTF response of ALS-relevant motor neuron subsets. First, I demonstrated that mouse lumbar motor neurons innervating either axial muscles (MMC-MN) or hindlimb muscles (LMC-MN) display remarkable morphological differences. These differences involve a differential regulation of genes coding for Peripherin and Diacylglycerol kinase-b (DGK-β) which are regulated by the transcription factors FoxP1/HB9. Second, I showed that LMC-MN and MMC-MN respond differentially to the three neurotrophic factors HGF (Hepatocyte Growth Factor), Artemin and CNTF (Ciliary NeuroTrophic Factor). Their differential survival is explained by the corresponding receptor gene expression in specific pools of MMC-MN and LMC-MN. Third, I studied lumbar motor neurons in two pathological conditions: 1) alteration of Golgi apparatus and axonal trafficking induced by loss of TBCE (Tubulin Binding Cofactor E) 2) the effect of KCC2 increase at motor neuron plasma membrane on inhibitory synaptic transmission after trauma.Finally, I developed a new FACS-based method for isolating human iPS (induced Pluripotent Stem Cell)-derived motor neurons with both an HB9::GFP reporter lentivirus and an antibody directed against the low-affinity neurotrophin receptor p75.