La prise en compte du microbiote intestinal porcin est une approche de plus en plus considérée dans la qualification des mesures de contrôle des pathogènes alimentaires issus de cette filière de production. Toutefois, ces études, en conditions protégées, sont généralement réalisées in vivo, nécessitent des installations spécialisées, coûteuses en fonctionnement. Une alternative possible à l’utilisation des animaux serait la disponibilité d’un système in vitro mimant le microbiote intestinal cultivé en bioréacteur. Ce projet de recherche vise la mise au point d’un système de culture en bioréacteur pour la production d’un microbiote dérivé du microbiote intestinal porcin, puis la mesure de l’effet de deux huiles essentielles sur le microbiote. Un système, original par son alimentation continue par un digestat d’aliment conventionnel porcin, a été utilisé dans le cadre de ce projet. En effet, ce système est composé de huit réacteurs, dont un réacteur mère permettant la croissance du microbiote qui a été distribué dans les sept réacteurs fils afin de disposer de conditions reproductibles. Les résultats obtenus par séquençage métagénomique 16S par Illumina MiSeq des échantillons démontrent une grande évolution de la composition des échantillons à 48 h par rapport au contenu intestinal utilisé pour l’inoculation. Toutefois, cette variation a diminué considérablement entre 48h et 72h, pour offrir une fenêtre d’analyse de microbiotes complexes d’origine intestinale porcine pour l’évaluation d’additifs alimentaires. Dans le cadre de cette étude, l’introduction de deux huiles essentielles, le Thymol et le Carvacrol, a été testée dans le système à 48h, pour deux concentrations (200 ou 1000 ppm). Les résultats de PCR quantitative ont démontré une augmentation significative des populations de Lactobacilles dans les réacteurs contenant du Thymol à 1000 ppm en 24h (entre l’ajout à 48h et la fin de l’expérience, à 72 h) ou par comparaison avec le réacteur contrôle sans huile à la fin de l’essai, mais aucune différence significative n’a été observée pour le Carvacrol. Toutefois, aucune différence significative n’a été observée au niveau de la composition du microbiote entre les réacteurs comportant des additifs différents. Cette étude a permis le développement d’un système de bioréacteur permettant de maintenir un microbiote dérivé du microbiote intestinal porcin sur 72h, ainsi que sa mise en oeuvre pour mesurer l’effet de l’addition d’une huile essentielle dans un réacteur. / Pig intestinal microbiota is an approach more considered in the foodborne pathogen control qualification in the pig production. However, these studies are commonly conducted in vivo needing specific installation and significant costs. A possible alternative to the use of animals would be the used of an in vitro system to mimic the intestinal microbiota, in a bioreactor. This research project aims to setup a bioreactor system to produce a microbiota derived from the pig intestinal microbiota, and to assess the effect of two essentials oils on this microbiota. The system used in this project is unique by its design, continuously supplied using digested piglet feed as a culture media. This system is composed of eight reactors, including a mother reactor for the growth of the microbiota that was divided between seven daughter reactors to obtain reproducible conditions. Results obtained by 16S metagenomic sequencing using Illumina MiSeq of the samples showed an evolution of the sample composition at 48h compared to intestinal content used for inoculation. However, this variation decreases between 48h and 72h, offering a window for the analysis of food additives effect on the microbiota from piglet origin. In this study, two essentials’ oils, Thymol and Carvacrol, were added to the system at 48h, at a concentration of 200 and 1000 ppm, respectively. Quantitative PCR showed a significant increase of Lactobacilli in reactors containing Thymol at 1000 ppm in 24h (between the addition at 48h and the end of the experiment at 72h) or when comparing with the control reactor without oils at the end of the experiment, but no significative difference was observed for the Carvacrol. However, no significative difference was observed in microbiota composition between the reactors containing the different additives. This study enabled the development of a bioreactor system to maintain a microbiota derived from the pig intestinal microbiota over 72h, and the possibility to assess the effect of essential oils addition in a reactor.

Le narval (Monodon monoceros) est une espèce emblématique de l'Arctique. Les narvals sont de plus en plus exposés à des perturbations anthropiques, pouvant augmenter leur niveau de stress et, par conséquent, avoir des impacts inconnus sur la dynamique de la population. La validation et l’étude de biomarqueurs de stress chronique pourraient donc améliorer les efforts de conservation chez cette espèce. La déhydroépiandrostérone (DHEA) et son métabolite sulfaté, la DHEA-S, sont collectivement appelés DHEA(S). Lorsque combinés sous forme de ratios avec le cortisol (cortisol/DHEA(S)), ils se sont révélés prometteurs dans l'évaluation du stress chronique chez les humains et certaines espèces animales domestiques ou sauvages. Au cours de projets de pose d’émetteurs en 2017 et 2018 dans la baie de Baffin, Nunavut, Canada, des narvals (n = 14) ont été échantillonnés au début et à la fin des manipulations. La DHEA(S) sérique a ensuite été mesurée à l’aide de deux techniques immuno-enzymatiques (ELISAs) développées pour les humains et disponibles commercialement. Une validation partielle des deux ELISAs a pu être réalisée par détermination du coefficient de variation intra-essai, confirmation de la linéarité de dilution de la DHEA(S) et calcul du pourcentage de récupération. La DHEA était également bien conservée dans le sérum de narvals suite à un stockage prolongé de 12 et 24 mois à -80°C, soulignant le potentiel d'analyse d'échantillons archivés. Les valeurs sériques moyennes (ng/ml ± SEM) de cortisol, de DHEA(S) et des ratios cortisol/DHEA(S) au début et à la fin des manipulations respectivement étaient les suivantes : cortisol = 30,74 ± 4,87 et 41,83 ± 4,83; DHEA = 1,01 ± 0,52 et 0,99 ± 0,50; DHEA-S = 8,72 ± 1,68 et 7,70 ± 1,02; cortisol/DHEA = 75,43 ± 24,35 et 84,41 ± 11,76; cortisol/DHEA-S = 4,16 ± 1,07 et 6,14 ± 1,00). Le cortisol sérique et le ratio cortisol/DHEA-S étaient statistiquement plus élevés à la fin des manipulations (P = 0,024 et P = 0,035 respectivement). De plus, le cortisol sérique à la fin des manipulations était positivement corrélé à la longueur totale du corps de l’animal (P = 0,042) et avait tendance à être plus élevé chez les mâles (P = 0,086). Cette étude confirme que ces ELISAs sont une méthode d’analyse facile à réaliser, rapide et appropriée pour mesurer la DHEA(S) sérique chez le narval. La DHEA(S) sérique et les ratios cortisol/DHEA(S) représentent des biomarqueurs potentiels pour évaluer le stress chronique chez les narvals et possiblement chez d'autres espèces de cétacés. / Narwhals (Monodon monoceros) are an iconic Arctic species and are increasingly being exposed to anthropogenic disturbances that may increase their stress levels with unknown consequences for the overall population dynamics. The validation and measurement of chronic stress biomarkers could contribute towards an improved understanding and conservation efforts for this species. Dehydroepiandrosterone (DHEA), and its sulfated metabolite DHEA-S, are collectively referred to as DHEA(S). When serum DHEA(S) concentrations are combined in a ratio with cortisol (cortisol/DHEA(S)), it has shown promise for evaluating chronic stress in humans, domestic animals, and wildlife. During field tagging in 2017 and 2018 on Baffin Bay, Nunavut, Canada, wild narwhals (n = 14) were sampled at the beginning and end of capture-tagging procedures (acute stressor). Serum DHEA(S) were measured with commercially available competitive enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA) developed for humans. A partial validation of the assays was performed by determination of the intra-assay coefficient of variation, confirmation of the DHEA(S) dilutional linearity, and the calculation of the percentage of recovery. In addition, DHEA was conserved following extended storage at -80°C, highlighting the potential to analyze archival samples. Mean values (ng/mL ± SEM) of narwhal serum cortisol, DHEA(S), and cortisol/DHEA(S) ratios at the beginning and at the end of handling respectively are reported (cortisol = 30.74 ± 4.87, 41.83 ± 4.83; DHEA = 1.01 ± 0.52, 0.99 ± 0.50; DHEA-S = 8.72 ± 1.68, 7.70 ± 1.02; cortisol/DHEA = 75.43 ± 24.35, 84.41 ± 11.76, and cortisol/DHEA-S = 4.16 ± 1.07, 6.14 ± 1.00). Serum cortisol and cortisol/DHEA-S were statistically higher at the end of the capture (P = 0.024 and P = 0.035 respectively). Moreover, serum cortisol at the end of handling and prior to release was positively correlated to total body length (P = 0.042) and tended to be higher in males (P = 0.086). This study showed that these assays are easy to perform, rapid, and suitable for measuring serum DHEA(S) of narwhals and that serum DHEA(S) and calculated cortisol/DHEA(S) are potential biomarkers for chronic stress in narwhals and possibly other species of cetaceans, but this requires additional study.

La paratuberculose est une maladie entérique incurable causée par la bactérie Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) endémique dans la plupart des régions du monde. Cette affection ciblant les ruminants est responsable d’importantes pertes économiques dans les productions animales et son contrôle est particulièrement difficile. L’ingestion de matières contaminées (fèces, lait et colostrum) est considérée comme la voie principale de transmission. La situation épidémiologique de la paratuberculose dans les troupeaux ovins du Québec demeure inconnue. Ce projet visait à évaluer la prévalence de MAP et à caractériser les facteurs de risque associés aux statuts positifs des ovins du Québec. Au total, 2942 brebis provenant de 70 fermes ovines, dont 10 productions laitières et 60 productions de boucherie, ont été échantillonnées dans le cadre de ce projet entre février 2020 et mars 2022. La prévalence réelle des moutons positifs dans la province a été estimée à 8.3% (IC 95% 4.7-14.1%) alors que la prévalence apparente de troupeaux positifs a été estimée à 29.9% (IC 95% 25.7-34.1%). L’analyse multivariée des facteurs de risque a permis d’identifier la présence de signes cliniques comme facteur de risque à un statut positif individuel (RC = 3.0; IC 95% 1.3-7.4) et l’utilisation d’un logiciel de régie pour les données de santé des animaux comme un facteur protecteur à un statut de troupeau positif (RC = 0.1; IC 95% 0.0-0.6). Les résultats de cette étude permettront l’exploration de mesures de contrôle de l’infection dans les troupeaux ovins de la province. / Paratuberculosis is an incurable enteric disease caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), which is endemic in most parts of the world. This disease affecting ruminants is responsible for significant economic losses in livestock production and is particularly difficult to control. Ingestion of contaminated material (e.g., faeces, milk, colostrum) is considered the main route of transmission of MAP. The epidemiological situation of paratuberculosis in Quebec sheep flocks remains unknown. Hence, the purpose of this project was to evaluate the prevalence of MAP as well as to characterize the risk factors associated with positive status within Quebec sheep. A total of 2942 ewes from 70 sheep farms, including 10 dairy and 60 meat farms, were sampled between March 2020 and March 2022. The true prevalence of positive sheep in the province was estimated at 8.3% (IC 95% 4.7-14.1%) while the apparent prevalence of positive flocks was estimated at 29.9% (95% IC 25.7-34.1%). Multivariable analysis of risk factors identified the presence of clinical signs as risk factor for a positive ewe status (OR = 3.0; 95% CI 1.3-7.4) and the use of animal health data management software as a protective factor for positive flock status (OR = 0.1; 95% CI 0.0-0.6). The results of this study will enable the implementation of MAP-tailored infection control measures in the province's sheep flocks.

Soils in many regions in North America, including Quebec, are selenium (Se) deficient. To date, no field study has been conducted in Quebec regarding the Se status of horses. The objectives of this study were (1) to measure plasma Se in horses from different geographical locations in the province of Quebec and (2) to survey the Se consumption of the sampled horses. Four samplings were done on 59 horses over a 1-year period. Plasma was analyzed for Se, vitamin E and GSH-Px. Hay, concentrate and water were also analyzed for Se. Horses were classified in four groups for statistical analysis according to their forage:concentrate consumption respectively: group 1- 100% : 0%; group 2- 75-99% : 1-24%; group 3- 51-74% : 25-49%; group 4- < 50% : ≥ 50%. Owners were asked questions from a survey questionnaire at each visit. Results demonstrate that plasma Se varies according to BCS (P = 0.031) (n = 224 measures, 1 measure/horse/season), the season (P = 0.015) and the feeding group (P< 0.001). Plasma vitamin E was affected by the sex (P = 0.047) (mares: n = 37, geldings: n = 18, stallions: n = 4), the exercise level (P< 0.001) and the season (P< 0.001). GSH-Px activity was influenced by the type of feeding only (P = 0.002). When comparing plasma Se, vitamin E and GSH-Px results along with the answers of the survey questionnaire, it is possible to conclude that feeding practices of horse owners in Quebec are not appropriate to meet the Se requirements of horses. / Les sols de plusieurs régions en Amérique du Nord, incluant le Québec, sont déficients en sélénium (Se). À ce jour, aucune étude sur le terrain n’a été menée au Québec en ce qui concerne le statut en Se des chevaux. Les objectifs de cette étude étaient (1) de mesurer le Se sanguin chez des chevaux de différentes régions du Québec et (2) de recenser la consommation de Se des chevaux échantillonnés. Quatre échantillonnages ont été réalisés sur 59 chevaux durant une période d’un an. Le plasma a été analysé pour les éléments suivants : le Se, la vitamine E (interagit avec le Se en tant qu’antioxydant) et la glutathion peroxydase (GSH-Px). Le foin, les concentrés et l’eau consommés pas les chevaux ont aussi été analysés pour le Se. Les chevaux étaient classés en quatre groupes en raison de leur consommation de fourrages:concentré respectivement : groupe 1 - 100% : 0%; groupe 2- 75-99% : 1-24%; groupe 3- 51-74% : 25-49%; groupe 4- < 50% : ≥ 50%. Les propriétaires ont été sondés à chaque visite en utilisant un questionnaire validé. Les résultats démontrent que le niveau de Se plasmatique varie en fonction de l’état de chair (P = 0.031) (n = 224 mesures, 1 mesure/cheval/saison), de la saison (P = 0.015) et du groupe alimentaire (P< 0.001). La vitamine E plasmatique était influencée par le sexe (P = 0.047) (juments : n = 73, hongres : n = 18, étalons : n = 4), le niveau d’exercice (P< 0.001), et par la saison (P< 0.001). L’activité de la GSH-Px variait en fonction du groupe alimentaire (P = 0.002). À partir des résultats sanguins et des réponses au questionnaire, il est possible de conclure que les pratiques alimentaires des propriétaires de chevaux du Québec ne sont pas appropriées afin de répondre aux besoins en Se des chevaux.

Bien que connu en tant que pathogène bactérien porcin majeur et agent zoonotique responsable principalement de méningites, septicémies et de morts soudaines, Streptococcus suis a également été isolé chez une variété d’autres animaux tels que les ruminants. Malgré sa diversité génotypique et sérologique, des études taxonomiques récentes ont mené à la reclassification de 6 de ses sérotypes dont le sérotype 33, maintenant dénommé comme nouvelle espèce Streptococcus ruminantium. Contrairement à S. suis, S. ruminantium a principalement été décrit chez les ruminants comme pathogène responsable de diverses manifestations cliniques telles que des endocardites et des arthrites. En raison de sa description récente, plusieurs lacunes concernant ses caractéristiques biologiques et pathologiques demeurent. De plus, S. suis et S. ruminantium sont très difficiles à différencier l’un de l’autre par l’entremise des tests biochimiques traditionnellement utilisés dans les laboratoires de diagnostic. Ainsi, plusieurs souches de S. suisisolées de ruminants malades avant la mise à jour de la classification, s’avèrent mal identifiées. D’où la raison pour laquelle l’importance étiologique de S. ruminantium chez les ruminants reste incertaine. Pour y remédier, 14 isolats de S. suis provenant d’échantillons cliniques chez des ruminants au Canada, ont été reclassifiés en S. ruminantium selon les nouvelles analyses génétiques moléculaires décrites. À ces derniers s’ajoutent 7 isolats de S. ruminantium provenant de cas d’endocardites bovines au Japon, qui ont été également davantage caractérisés génotypiquement et phénotypiquement et leurs interactions avec différentes cellules de l’hôte ont été évaluées. En résumé, on a pu démontrer que tous les isolats étaient faiblement voire non encapsulés avec une surface cellulaire hydrophobe, ils avaient une grande capacité d’auto-agrégation et une habileté à produire du biofilm. Ces phénotypes pourraient contribuer à la pathogénèse de l’infection en intensifiant la capacité d’adhésion et d’invasion des cellules épithéliales et endothéliales et en augmentant la résistance à l’effet bactéricide du sang entier et à la phagocytose par les cellules immunitaires de l’hôte. Cependant, certains isolats étaient plus susceptibles que d’autres à la phagocytose, suggérant que d’autres mécanismes de protection seraient impliqués dans cette étape. Ainsi, cette étude aide à améliorer notre connaissance sur la pathogénicité et la virulence de S. ruminantium pour les maladies chez les ruminants. / Although Streptococcus suis is known as a major swine bacterial pathogen and zoonotic agent mainly responsible for meningitis, septicemia, and sudden death, it has also been isolated from a variety of other animals including ruminants. Despite its genotypical and serological diversity, recent taxonomic studies led to the reclassification of 6 S. suis serotypes such as S. suis serotype 33 currently renamed as the novel species Streptococcus ruminantium. Unlike S. suis, S. ruminantium has been mainly described in ruminants as a cause of endocarditis and arthritis. Because of its recent description, information on its biological and pathological characteristics remains unclear. Moreover, S. suis and S. ruminantium are not easily differentiated by traditional biochemical tests done in diagnostic laboratories. Hence, some S. suis isolates recovered from diseased ruminants before the updated classification, have been misidentified. Consequently, the aetiological importance of S. ruminantium in ruminants remains unknown. To address this,14 S. suis isolates from clinical samples of ruminants in Canada have been reclassified, based on the new genetic molecular testing described for the identification of S. ruminantium. In addition of them, 7 S. ruminantium isolates from bovine endocarditis in Japan, were further genotypically and phenotypically characterized and their interactions with various host cells were studied. Overall, we demonstrated that all isolates were poorly or non-capsulated with a high cell surface hydrophobicity, had a high capacity of self-aggregation and the ability to produce biofilm. These biological phenotypes might contribute to the pathogenesis of the infection by enhancing the adhesion/invasion capacity of both epithelial and endothelial cells, and by increasing the resistance to whole blood killing and phagocytosis by host immune cells. However, some isolates were more susceptible to the phagocytosis than others suggesting that other protective mechanisms might be implicated in this step. Taken together, this study will help to increase our understanding of the pathogenicity and the virulence of S. ruminantium in ruminant diseases.

Des charges cycliques élevées induisent la formation de microfissures dans l'os, déclenchant un processus de remodelage ciblé, mené par les ostéoclastes et suivi par les ostéoblastes, visant à réparer et à prévenir l'accumulation des dommages. L'os de cheval de course est un modèle idéal pour étudier les effets d'une charge de haute intensité, car il est sujet à une accumulation focale de microfissures et à la résorption qui s'ensuit dans les articulations. Les ostéoclastes équins ont rarement été étudiés in vitro. Le volume de résorption des ostéoclastes est considéré comme un paramètre direct de l'activité des ostéoclastes, mais des méthodes indirectes de quantification en 2D de la résorption osseuse sont plus souvent utilisées. L'objectif de cette étude était de développer une méthode précise, à haut débit et assistée par l'apprentissage profond pour quantifier le volume de résorption des ostéoclastes équins dans les images micro tomodensitométrie (µCT) 3D. Des ostéoclastes équins ont été cultivés sur des tranches d'os équins, imagés par μCT avant et après la culture. Le volume, le ratio de forme et la profondeur maximale de chaque événement de résorption ont été mesurés dans les images volumétriques de trois tranches d'os. Un convolution neural network (CNN) a ensuite été entraîné à identifier les événements de résorption sur les images μCT post-culture, puis le modèle a été appliqué à des tranches d'os d'archives (n=21), pour lesquelles l’aire de résorption en 2D, et la concentration du biomarqueur de résorption CTX-I étaient connues. Cela a permis d'obtenir des informations 3D sur la résorption des tranches d’os pour lesquels aucune imagerie n'avait été réalisée avant la mise en culture. La valeur modale du volume, la profondeur maximale et le ratio de forme des événements de résorption discrète étaient respectivement de 2,7*103µm3, 12 µm et 0,18. Le volume de résorption moyen par tranche d'os archivés était de 34155,34*103µm3. Le volume de résorption mesuré par le CNN était en forte corrélation avec les mesures de CTX-I (p <0,001) et d’aire (p <0,001). Cette technique de segmentation des images µCT des coupes osseuses assistée par apprentissage profond pour quantifier le volume de résorption osseuse des ostéoclastes équins permettra des recherches futures plus précises et plus approfondies sur l'activité des ostéoclastes. Par exemple, les effets antirésorptifs de médicaments tels que les corticostéroïdes et les bisphosphonates pourront être étudiés à l'avenir. / High cyclic loads induce the formation of microcracks in bone, initiating a process of targeted remodeling, led by osteoclasts, and followed by osteoblasts, aimed at repairing and preventing accumulation of damage. Racehorse bone is an ideal model for studying the effects of high-intensity loading, as it is subject to focal accumulation of microcracks and subsequent resorption within joints. Equine osteoclasts have rarely been investigated in vitro. The volume of osteoclast resorption is considered a direct parameter of osteoclast activity, but indirect 2D quantification methods are used more often. The objective of this study was to develop an accurate, high-throughput, deep learning-aided method to quantify equine osteoclast resorption volume in µCT 3D images. Equine osteoclasts were cultured on equine bone slices, imaged with μCT pre- and post-culture. Volume, aspect ratio (shape factor) and maximum depth of each resorption event were measured in volumetric images of three bone slices. A convolutional neural network (U-Net-like) was then trained to identify resorption events on post-culture μCT images and then the network was applied to archival bone slices (n=21), for which the area of resorption in 2D, and the concentration of a resorption biomarker CTX-I were known. This unlocked the 3D information on resorption for bone slices where no pre-culture imaging was done. The modal volume, maximum depth, and aspect ratio of discrete resorption events were 2.7*103µm3, 12 µm and 0.18 respectively. The mean resorption volume per bone slice on achieved bone samples was 34155.34*103µm3. The CNN-labeled resorption volume correlated strongly with both CTX-I (p <0.001) and area measurements (p <0.001). This technique of deep learning-aided feature segmentation of µCT images of bone slices for quantifying equine osteoclast bone resorption volume allows for more accurate and extensive future investigations on osteoclast activity. For example, the antiresorptive effects of medications like corticosteroids and bisphosphonates can be investigated in the future.

Les vaches laitières en transition sont sensibles aux infections utérines en raison de l'immunité compromise autour du vêlage et de la contamination bactérienne importante dans l'utérus immédiatement après le vêlage. Les vaches atteintes d'infections utérines sont plus susceptibles de développer d'autres maladies périnatales, ce qui entraîne une baisse de la production de lait et une diminution de la fertilité. L'infertilité liée aux infections utérines est devenue la principale cause d'élimination d'une vache du troupeau. Jusqu'à présent, il n'y a pas eu d'approches efficaces pour traiter les infections utérines. Environ 90 % des vaches laitières subissent une contamination bactérienne post-partum de l'utérus. La plupart des vaches sont capables d'éliminer l'infection en 8 semaines au cours du processus d'involution, mais jusqu'à 20 % des vaches développent une métrite, qui est une infection de toute la paroi utérine ; et dans certains troupeaux, 30 à 50 % des vaches développent une endométrite, qui est une infection de la paroi interne de l'utérus. Il a été indiqué que le microbiome et les facteurs immunitaires innés de l'appareil reproducteur ont un effet sur la maladie utérine post-partum, mais le microbiome reproducteur bovin et son effet sur la fertilité suivante ne sont pas bien compris. Les maladies sont négativement corrélées aux performances de reproduction et, combinées au taux d'incidence élevé, elles sont coûteuses pour les agriculteurs. Les études traditionnelles basées sur la culture sont biaisées en faveur des bactéries qui se développent dans un environnement de laboratoire. Dans ce projet, la diversité bactérienne vaginale et utérine pendant la période d'attente volontaire a été étudiée par des méthodes de microbiologie moléculaire, principalement l'ARNr 16S et le séquençage de nouvelle génération. L'objectif de cette étude est d'étudier les variations du microbiote et des facteurs immunitaires innés tels que les populations IL1, IL8 et AGP pendant la période d'attente volontaire. L'objectif de la présente étude était de caractériser les communautés bactériennes de l'appareil reproducteur et la quantité de cytokines avant le vêlage et après le vêlage chez les vaches ayant développé ou non une endométrite. . De plus, notre deuxième objectif de la présente étude était de décrire la réponse immunitaire innée locale cellulaire et humorale lors de la cervicite clinique dans l'utérus et les échantillons vaginaux dans les périodes pré et post-partum des vaches laitières. Pour l'étude prospective de cohorte, un total de 61 vaches multipares ont été prélevées avec une cytobrosse dans le vagin 7 jours avant le vêlage (J-7) et dans l'utérus 7 jours (J+7), 21 jours (J+21), et 35 jours (J+35) après vêlage. Des échantillons de vaches en bonne santé (n = 11) et de vaches atteintes d'endométrite (n = 11) ont été traités pour l'extraction d'ADN et les gènes de séquençage de l'ARNr 16S. La diversité alpha du microbiote utérin n'était pas significantment différente entre les groupes sains et malades. La diversité β n'était pas différente au niveau de l'UTO au cours de la même période d'échantillonnage entre les vaches saines et les vaches atteintes d'endométrite, mais le microbiote utérin était différent entre les groupes trois semaines après le vêlage. Les vaches malades avaient une abondance relative moindre de Firmicutes et de Bacteroidetes que les vaches en bonne santé et les vaches atteintes d'endométrite avaient une plus grande abondance relative d'Actinobacteria que les vaches en bonne santé. T. pyogenes, Peptoniphilus et Helcococcus étaient nettement plus abondants chez les vaches atteintes d'endométrite clinique. De plus, les concentrations d'interleukine 1α (IL1), d'interleukine 8 (IL8) et de glycoprotéine acide α1 (AGP) ont été déterminées. Les cas de CC avec des signes cliniques au temps +5w tels que des pertes vaginales purulentes et une endométrite subclinique ont montré la production de cytokines la plus élevée. En conclusion, le post-partum de 3 semaines est un point critique pour évaluer les cytokines et les protéines de phase aiguë ; où la variation d'IL1 et d'IL8 a gardé une relation directe avec le nombre et la fonction des neutrophiles. / Transition dairy cows are more susceptible to uterine infections due to the compromised immunity around calving and substantial bacterial contamination in the uterus immediately after calving. Cows with uterine infections are at higher odds of developing other periparturient diseases, resulting in lower milk production and impaired fertility. Infertility related to uterine infections has become the main reason for a cow to be culled from the herd and therapeutic approaches to treat uterine infections. Currently, about 95 are of limited success. Approximately 90% of dairy cows exhibit contamination in the uterine cavity during the first 2 weeks following calving. Up to 40% of dairy cows still have contamination in the genital tract 3 weeks after calving. When infection or inflammation persists in the uterus beyond 4 weeks postpartum, the infected uterus is associated with infertility. The microbiome and innate immune factors of the reproductive tract have been indicated to have an effect on postpartum uterine disease, however the bovine reproductive microbiome and its effect on fertility is not well understood. Diseases are negatively correlated to reproductive performance, and in combination with the high incidence rate, they are costly for the farmers. Traditional culture based studies are biased towards bacteria that thrive in a laboratory environment. In this project, the vaginal and uterine bacterial diversity during voluntary waiting period (time between parturition and the time at which the cow os first eligible for insemination) were investigated by molecular microbiology methods, primarily 16S rRNA next generation sequencing. The objective of the present study was to characterize the reproductive tract bacterial communities and the number of cytokines before and after calving in cows that developed or not endometritis. Also, the present study aimed to describe the innate immune response such as IL1, IL8 and AGP in the uterus and vaginal in the pre- and post-partum periods of dairy cows with clinical cervicitis. For the cohort prospective study, a total of 61 multiparous cows were sampled with a cytobrush in the vagina 7 days before calving (D-7) and in the uterus 7 days (D+7), 21 days (D+21), and 35 days (D+35) after calving. Samples of healthy cows (n=11) and cows with endometritis (n=11) were processed for DNA extraction and sequencing of the 16S rRNA gene. Alpha-diversity of uterine microbiota was not significantly different between healthy and endometritis groups. Microbiota composition (β diversity) was significantly different between healthy and endometritis cows three weeks after calving. Diseased cows, but not at the other sampling times. Disease cows had lower relative abundance of Firmicutes and Bacteroidetes and greater abundance of Actinobacteria than healthy cows. Trueperella spp, Peptoniphilus spp. and Helcococcus spp. were significantly more abundant in disease dairy cows. Additionally, in three weeks after calving the concentrations of interleukin 1α (IL1), interleukin 8 (IL8) and α1-acid glycoprotein (AGP) were determined. Cows with clinical and subclinical endometritis at time +5w (5 wks after calving) showed the highest cytokine production compared to the other sampling time ( -1week, +1 week and+3 weeks).

Le recours aux cellules souches pour améliorer la réparation et guérison des blessures et maladies musculosquelettiques chez le cheval est de plus en plus fréquent. Les développements récents dans la reprogrammation cellulaire ont permis le développement de nouvelles sources de cellules souches pour ces thérapies régénératives. Des cellules souches pluripotentes induites (iPS) autologues peuvent être dérivées de cellules adultes par la reprogrammation directe à travers l'expression induite des gènes de pluripotence. Le clonage par transfert nucléaire (SCNT) suivi de la dérivation de cellules souches embryonnaires (ES) permet la reprogrammation indirecte des cellules adultes. Cependant, l’efficacité de ces deux méthodes pour la dérivation de cellules pluripotentes génétiquement stables est faible. Nous avons donc combiné les techniques SCNT et iPS dans le but de développer un protocole efficace de dérivation de cellules iPS autologues à partir de fibroblastes de la peau équine. Quatre facteurs de reprogrammation ont été introduits dans les cellules fibroblastes de fœtus clonés (ntFF) ainsi que les cellules ES provenant d’embryons clonés (ntES) pour induire leur reprogrammation en cellules iPS autologues. Les cellules ntFF-iPS et ntES-iPS ont des capacités prolifératives avancées et expriment des marqueurs de pluripotence importants. Par contre, les cellules ntES ont une efficacité de reprogrammation significativement supérieure aux cellules nt-FF et forment des colonies trois fois plus rapidement. Contrairement aux cellules ntES, les cellules ntES-iPS démontrent une augmentation de l’expression des marqueurs de pluripotence et survivent à la culture cellulaire prolongée. Les résultats présentés dans ce mémoire attestent que l’utilisation de la reprogrammation secondaire de cellules FF et ES clonées permet la production de cellules souches pluripotentes autologues stables chez le cheval. / For veterinarians, regenerative medicine in horses has focused mainly in the use of stem cells for arthritis, tendon and ligament repair, indicating a need for treating musculoskeletal injuries. The recent developments in cell reprogramming have paved the way for alternative cell sources for stem cell therapies. Autologous pluripotent stem cell lines can be derived from adult cells either by direct reprogramming through induced expression of pluripotency genes (iPS) or indirectly by reprogramming through somatic cell nuclear transfer (SCNT) followed by the derivation of embryonic stem cells (ESC). However, outcome efficiencies of SCNT and iPS protocols are invariably low, indicating that alone neither of these reprogramming routes is sufficient for deriving genetically and epigenetically stable pluripotent stem cells. We hereby report on the production of autologous equine iPS cells by combining SCNT and iPS reprogramming protocols. Adult skin fibroblasts were used for SCNT, and the resulting cloned embryos were either used to obtain cloned fetal fibroblast cells (ntFF), or used for ESC culture (ntES). Cells were then transfected with reprogramming factors to derive autologous iPS cells. Both ntFF-iPS and ntES-iPS cells are capable of extensive proliferation and express important pluripotency factors. However, ntES reprogramming efficiency is significantly higher than ntFF cells, with ntES-iPS colonies forming three times faster. Additionally, ntES-iPS cells showed improved pluripotency marker expression when compared with ntES cells. The results presented in this memoir indicate that stable equine iPS cell lines may be readily obtained from secondary reprogramming of cloned ntFF and ntES cells, opening novel avenues for developing autologous pluripotent stem cell therapies.

Les tumeurs mammaires canines (CMT) sont les plus fréquents néoplasmes chez les chiennes intactes. Aucun consensus n’existe, actuellement, concernant le protocole thérapeutique des tumeurs invasives ou métastatiques. Des études récentes démontrent l’implication du dérèglement de la voie Hippo dans le développement et la progression des CMTs. Les statines, en inhibant la geranylgeranylation (GGylation) protéique, activent la voie Hippo et suspendent les effets transcriptionnels de YAP et TAZ. Cette étude évalue le ciblage thérapeutique de la voie Hippo avec deux statines (atorvastatine et fluvastatine) sur deux lignées cellulaires de CMT (CMT9 et CMT47). Les deux statines ont démontré une cytotoxicité pour CMT9 et CMT47 avec de IC50 de 0,95 µM et 23,5 µM respectivement. Les statines ont également diminué les niveaux des protéines effectrices de la voie, YAP et TAZ, ainsi que les niveaux d’ARNm de trois gènes cibles de YAP-TAZ/TEAD connus pour leur rôle dans la progression du cancer du sein et la chimiorésistance : CYR61, CTGF et RHAMM. De plus, la migration cellulaire de CMT47 et la croissance indépendante de l’ancrage des deux lignées ont été inhibées en présence de statines mais pas l’invasion de la matrice extracellulaire. Enfin, les analyses FACS ont montré une augmentation de l’apoptose et un arrêt du cycle cellulaire. Nos résultats suggèrent que les statines activent la voie Hippo et ciblent différents mécanismes moléculaires et cellulaires dans les CMT in vitro. Les statines agissent sur la voie Hippo et pourraient représenter une approche innovante pour le traitement des tumeurs mammaires canines invasives ou métastatiques. / Canine mammary tumours (CMTs) are the most common neoplasms in intact bitches, and no effective chemotherapeutic options are available for highly invasive and metastatic tumors. Recent studies show the potential involvement of dysregulated Hippo signaling in CMT development and progression. Protein geranylgeranylation (GGylation) is an important post-translational modification for many signaling molecules, and its blockade with statins has been shown to inhibit YAP/TAZ-mediated transcriptional activity via activation of the Hippo pathway. In this study, we sought to determine if protein GGylation represents a valid pharmacological target in CMTs. Two CMT cell lines (CMT9 and CMT47) were evaluated for their sensitivity to atorvastatin and fluvastatin. Results demonstrated statins to be cytotoxic to both cell lines, with IC50 values ranging from 0.95 µM to 23.5 µM. In addition, both statins lowered Hippo pathway effector proteins YAP and TAZ and reduced the mRNA levels of key transcriptional target genes known to be involved in breast cancer progression and chemoresistance (CYR61, CTGF and RHAMM). Moreover, both statins effectively inhibited cell migration in CMT47 and anchorage independent growth in CMT9 and CMT47, but did not modulate matrix invasion. Finally, our FACs results showed that both statins increase apoptosis and promote cell cycle arrests. Taken together, our results indicate that statins activate the Hippo pathway in CMTs and modulate several aspects of CMT’s molecular and cellular behaviours. These findings suggest that targeting the Hippo pathway with statins could be a novel approach for the treatment of invasive, metastatic or inoperable canine mammary gland cancers.

Les coraux durs font face à des menaces croissantes dues à des facteurs anthropogéniques, les rendant vulnérables à des maladies telles que la maladie de perte de tissu des coraux (MPTC). Découverte en Floride en 2014, la MPTC s'est propagée dans la mer des Caraïbes et a atteint la Grenade en 2018, menaçant les récifs locaux. La relation complexe entre les facteurs environnementaux et la susceptibilité des coraux reste mal comprise. De plus, une hyperpigmentation cutanée a été observée chez divers poissons récifaux en Grenade, avec des causes et liens environnementaux inexplorés. Notre étude explore les corrélations potentielles entre la MPTC et l'hyperpigmentation chez la gorette jaune (Haemulon flavolineatum) et le chirurgien océanique (Acanthurus bahianus) sur 12 sites de plongée de la côte ouest de la Grenade. Nous examinons également les liens entre les scores de pression anthropique et la santé des coraux. Les résultats indiquent une prévalence de la MPTC de 45% à l'ouest de la Grenade en mai 2023, inférieure à celle observée en Floride. La baie de Saint-Georges, soumise à une pression anthropique élevée, montre un taux de mortalité moyen des coraux de 11%, dépassant significativement les sites à faible pression anthropique (P=0,020). De plus, la prévalence des poissons hyperpigmentés est corrélée significativement à celle de la MPTC chez les coraux (P=0.004), et le score de pression anthropique est positivement corrélé aux pourcentages de coraux morts (P=0.001). Cette étude préliminaire pose les bases pour des investigations longitudinales futures, fournissant un aperçu crucial de la MPTC en Grenade. / Hard coral, as vital habitats for reefs organisms, are threatened by anthropogenic factors, making them more susceptible to diseases, including Stony Coral Tissue Loss Disease (SCTLD). First described in Florida in 2014, SCTLD has spread throughout the Caribbean Sea and has been observed in Grenada since 2018, threatening local reefs. The intricate relationship between local environmental factors and coral susceptibility remains poorly understood. Additionally, Grenada's reefs have witnessed skin hyperpigmentation in various fish species, whose etiology and connection to environmental factors remain unexplored. This study investigated potential correlations between SCTLD and hyperpigmentation in French grunt (Haemulon flavolineatum) and ocean surgeonfish (Acanthurus bahianus) across 12 popular dive sites. It also explored potential links between anthropic pressure scores and coral health. The findings revealed a 45% prevalence of SCTLD among hard coral colonies, lower than observed in Florida. Saint George's Bay, subjected to high anthropic pressure, experienced a significant 11% mean coral mortality rate, surpassing sites with minimal anthropic pressure (P=0.020). Furthermore, the prevalence of hyperpigmented fishes significantly correlated with SCTLD prevalence in coral (P=0.004), and anthropic pressure scores exhibited a positive relationship with dead coral percentages (P=0.001). This preliminary study provides crucial insights into SCTLD in Grenada, laying the groundwork for future longitudinal investigations.