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Critical fluctuations and anomalous diffusion in two-component lipid membranes: Monte Carlo simulations on experimentally relevant scalesEhrig, Jens 18 February 2013 (has links) (PDF)
This work addresses properties of two-component lipid membranes on the experimentally relevant spatial scales of order of a micrometer and time intervals of order of a second by means of lattice-based Monte Carlo (MC) simulations. To be able to do that with reasonable computational efforts the lipid membrane is modeled as a square lattice of lipid molecules with next-neighbor interaction. This allows for efficient computation and thus provides a large-scale simulation with which it was possible to obtain important results previously not reported in simulation studies of lipid membranes. After properly tuning the next-neighbor interaction energies the simulation reproduces the experimental phase diagram of the DMPC/DSPC lipid system which is used as a model system in this work. Beyond that, the MC simulation provides a more detailed description of the phase behavior of the lipid mixture than the experimental data. It is found that, within a certain range of lipid compositions, the phase transition from the fluid phase to the fluid–gel phase coexistence proceeds via near-critical fluctuations, while for other lipid compositions this phase transition has a quasi-abrupt character. The complete combined state and component phase diagram is constructed by structure function analysis which confirms the existence of a critical point in the system.
The dynamics of membrane coarsening after an abrupt temperature quench to the fluid–gel coexistence region of the phase diagram are studied. In this context, it is found that lateral diffusion of lipids plays an important role in the fluid–gel phase separation process. Dynamic scaling is observed only if the ratio of gel and fluid phase in the membrane stays constant in time.
The line tension characterizing lipid domains in the fluid–gel coexistence region is found to be in the pN range thus matching values both predicted theoretically and measured experimentally. When approaching the critical point, the line tension, the inverse correlation length of fluid–gel spatial fluctuations, and the corresponding inverse order parameter susceptibility of the membrane vanish in agreement with recent experimental findings for model lipid membranes.
By simulating single particle tracking and fluorescence correlation spectroscopy experiments it is found that in the presence of near-critical fluctuations lipid molecules show transient subdiffusive behavior, which is a new result important for understanding the origins of subdiffusion in cell membranes which are believed to be close to a critical point.
The membrane–cytoskeleton interaction strongly affects phase separation, enhances subdiffusion, and eventually leads to hop diffusion of lipids. Thus, a minimum realistic model for membrane rafts showing the features of both microscopic phase separation and subdiffusion is established.
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Random Walks in Complex Systems - Anomalous RelaxationSchubert, Sven 04 March 1999 (has links)
Ziel dieser Arbeit ist die Untersuchung der Dynamik
in komplexen Systemen. Eine zentrale Rolle spielen
dabei Random Walks, mit deren Hilfe die anomale Relaxation
in solchen Systemen simuliert wird. Die Komplexität der
in dieser Arbeit untersuchten Systeme spiegelt sich
in hohem Maße in deren Zustandsraumstruktur wider.
Nach einer Einführung verschiedener komplexer Systeme wird
kurz auf Algorithmen eingegangen, die bei der Erfassung der
zum Teil sehr großen Zustandsräume eine wichtige Rolle
spielen. Ein sogenannter Branch-and-Bound Algorithmus
wird für die Untersuchung des niedrigenergetischen Anteils
komplexer Zustandsräume eingesetzt.
Die Simulation der Dynamik wird durch Random Walk Prozesse
simuliert und im Wahrscheinlichkeitsbild durch eine Mastergleichung
beschrieben. Auf verschiedene Formen der Mastergleichung und
deren Lösung wird detailliert eingegangen.
Wichtige Anwendungen sind Simulationen von Random Walks auf
Fraktalen bzw. auf hierarchischen Baumstrukturen. Solche
Simulationen lassen den Vergleich mit experimentellen Befunden
zu, wie z.B. der anomalen Diffusion bzw. den Nichtgleichgewichts-
phänomenen in Spingläsern. Anhand einer solchen Modellbildung
können experimentelle Ergebnisse reproduziert und besser verstanden
werden. Ein weiterer wichtiger Beitrag zum Verständnis solcher
Prozesse wird durch einen neu entwickelten Algorithmus zur
Vergröberung des Zustandsraumes geleistet.
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Anomalous Diffusion and Random Walks on FractalsSchulzky, Christian Berthold 14 July 2000 (has links)
In dieser Arbeit werden verschieden Ansätze diskutiert, die zum Verständnis und zur Beschreibung anomalen Diffusionsverhaltens beitragen, wobei insbesondere zwei unterschiedliche Aspekte hervorgehoben werden. Zum einen wird das Entropieproduktions-Paradoxon beschrieben, welches bei der Analyse der Entropieproduktion bei der anomalen Diffusion, beschrieben durch fraktionale Diffusionsgleichungen auftritt. Andererseits wird ein detaillierter Vergleich zwischen Lösungen verallgemeinerter Diffusionsgleichungen mit numerischen Daten präsentiert, die durch Iteration der Mastergleichung auf verschiedenen Fraktalen produziert worden sind.
Die Entropieproduktionsrate für superdiffusive Prozesse wird berechnet und zeigt einen unerwarteten Anstieg beim Übergang von dissipativer Diffusion zur reversiblen Wellenausbreitung. Dieses Entropieproduktions-Paradoxon ist die direkte Konsequenz einer anwachsenden intrinsischen Rate bei Prozessen mit zunehmendem Wellencharakter. Nach Berücksichtigung dieser Rate zeigt die Entropie den erwarteten monotonen Abfall. Diese Überlegungen werden für generalisierte Entropiedefinitionen, wie die Tsallis- und Renyi-Entropien, fortgeführt.
Der zweite Aspekt bezieht sich auf die anomale Diffusion auf Fraktalen, im Besonderen auf Sierpinski-Dreiecke und -Teppiche. Die entsprechenden Mastergleichungen werden iteriert und die auf diese Weise numerisch gewonnenen Wahrscheinlichkeitsverteilungen werden mit den Lösungen vier verschiedener verallgemeinerter Diffusionsgleichungen verglichen.
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Diffusion on FractalsPrehl, geb. Balg, Janett 21 March 2006 (has links)
We study anomalous diffusion on fractals with a static external field applied.
We utilise the master equation to calculate particle distributions and from
that important quantities as for example the mean square displacement
<r^2(t)>.
Applying different bias amplitudes on several regular Sierpinski
carpets we obtain maximal drift velocities for weak field strengths.
According to <r^2(t)>~t^(2/d_w), we
determine random walk dimensions of d_w<2 for applied external
fields.
These d_w corresponds to superdiffusion, although diffusion is hindered
by the structure of the carpet, containing dangling ends.
This seems to result from two competing effects arising within an external
field.
Though the particles prefer to move along the biased direction,
some particles get trapped by dangling ends.
To escape from there they have to move against the field direction.
Due to the by the bias accelerated particles and the trapped ones the
probability distribution gets wider and thus d_w<2. / In dieser Arbeit untersuchen wir anomale Diffusion auf Fraktalen unter
Einwirkung eines statisches äußeres Feldes.
Wir benutzen die Mastergleichung, um die Wahrscheinlichkeitsverteilung der
Teilchen zu berechnen, um
daraus wichtige Größen wie das mittlere Abstandsquadrat <r^2(t)> zu bestimmen.
Wir wenden unterschiedliche Feldstärken bei verschiedenen regelmäßigen
Sierpinski-Teppichen an und erhalten maximale Driftgeschwindigkeiten
für schwache Feldstärken.
Über <r^2(t)>~t^{2/d_w} bestimmen wir die Random-Walk-Dimension d_w als d_w<2.
Dieser Wert für d_w entspricht der Superdiffusion, obwohl der
Diffusionsprozess durch Strukturen des Teppichs, wie Sackgassen, behindert wird.
Es schient, dass dies das Ergebnis zweier konkurrierender Effekte ist, die durch
das Anlegen eines äußeren Feldes entstehen.
Einerseits bewegen sich die Teilchen bevorzugt entlang der Feldrichtung.
Andererseits gelangen einige Teilchen in Sackgassen.
Um die Sackgassen, die in Feldrichtung liegen, zu verlassen, müssen sich die
Teilchen entgegen der Feldrichtung bewegen. Somit sind die Teilchen eine
gewisse Zeit in der Sackgasse gefangen.
Infolge der durch das äußere Feld beschleunigten und der gefangenen Teilchen,
verbreitert sich die Wahrscheinlichkeitsverteilung der Teilchen und somit ist
d_w<2.
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Deterministic transport: from normal to anomalous diffusionKorabel, Nickolay 05 November 2004 (has links)
The way in which macroscopic transport results from microscopic dynamics is one of the important questions in statistical physics. Dynamical systems theory play a key role in a resent advance in this direction. Offering relatively simple models which are easy to study, dynamical systems theory became a standard branch of modern nonequilibrium statistical physics. In the present work the deterministic diffusion generated by simple dynamical systems is considered. The deterministic nature of these systems is more clearly expressed through the dependencies of the transport quantities as functions of systems parameters. For fully hyperbolic dynamical systems these dependencies were found to be highly irregular and, in fact, fractal. The main focus in this work is on nonhyperbolic and on intermittent dynamical systems. First, the climbing sine map is considered which is a nonhyperbolic system with many physical applications. Then we treat anomalous dynamics generated by a paradigmatic subdiffusive map. In both cases these systems display deterministic transport which, under variation of control parameters, is fractal. For both systems we give an explanation of the observed phenomena. The third part of the thesis is devoted to the relation between chaotic and transport properties of dynamical systems. This question lies at the heart of dynamical systems theory. For closed hyperbolic dynamical systems the Pesin theorem links the sum of positive Lyapunov exponents to the Kolmogorov-Sinai entropy. For open hyperbolic systems the escape rate formula is valid. In this work we have formulated generalizations of these formulas for a class of intermittent dynamical systems where the chaotic properties are weaker.
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Critical fluctuations and anomalous diffusion in two-component lipid membranes: Monte Carlo simulations on experimentally relevant scalesEhrig, Jens 23 November 2012 (has links)
This work addresses properties of two-component lipid membranes on the experimentally relevant spatial scales of order of a micrometer and time intervals of order of a second by means of lattice-based Monte Carlo (MC) simulations. To be able to do that with reasonable computational efforts the lipid membrane is modeled as a square lattice of lipid molecules with next-neighbor interaction. This allows for efficient computation and thus provides a large-scale simulation with which it was possible to obtain important results previously not reported in simulation studies of lipid membranes. After properly tuning the next-neighbor interaction energies the simulation reproduces the experimental phase diagram of the DMPC/DSPC lipid system which is used as a model system in this work. Beyond that, the MC simulation provides a more detailed description of the phase behavior of the lipid mixture than the experimental data. It is found that, within a certain range of lipid compositions, the phase transition from the fluid phase to the fluid–gel phase coexistence proceeds via near-critical fluctuations, while for other lipid compositions this phase transition has a quasi-abrupt character. The complete combined state and component phase diagram is constructed by structure function analysis which confirms the existence of a critical point in the system.
The dynamics of membrane coarsening after an abrupt temperature quench to the fluid–gel coexistence region of the phase diagram are studied. In this context, it is found that lateral diffusion of lipids plays an important role in the fluid–gel phase separation process. Dynamic scaling is observed only if the ratio of gel and fluid phase in the membrane stays constant in time.
The line tension characterizing lipid domains in the fluid–gel coexistence region is found to be in the pN range thus matching values both predicted theoretically and measured experimentally. When approaching the critical point, the line tension, the inverse correlation length of fluid–gel spatial fluctuations, and the corresponding inverse order parameter susceptibility of the membrane vanish in agreement with recent experimental findings for model lipid membranes.
By simulating single particle tracking and fluorescence correlation spectroscopy experiments it is found that in the presence of near-critical fluctuations lipid molecules show transient subdiffusive behavior, which is a new result important for understanding the origins of subdiffusion in cell membranes which are believed to be close to a critical point.
The membrane–cytoskeleton interaction strongly affects phase separation, enhances subdiffusion, and eventually leads to hop diffusion of lipids. Thus, a minimum realistic model for membrane rafts showing the features of both microscopic phase separation and subdiffusion is established.
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Disentangling sources of anomalous diffusionThiel, Felix 02 November 2015 (has links)
Zufällige Bewegungen wie Diffusion sind ein allgegenwärtiges Phänomen, anzufinden nicht nur in der Physik. Das Hauptobjekt von Diffusionsmodellen ist oft die mittlere quadratische Verschiebung eines Teilchens, welche für sogenannte normal-diffusive Prozesse linear mit der Zeit anwächst. Anomale Diffusion bezeichnet Prozesse, für welche sie nicht-linear wächst; ein wichtiges Beispiel ist die Bewegung großer Moleküle in biologischen Zellen. Erscheinungen wie schwache Ergodizitätsbrechung sind ebenfalls bei anomaler Diffusion zu finden, und es gibt viele mathematische Modelle zu ihrer Beschreibung. Oft ist es schwierig für ein bestimmtes Experiment das "richtige" Modell, d.h. die physikalische Ursache der Anomalie, zu finden. Eine Methode zur Trennung oder Identifikation der physikalischen Ursachen wird also dringend benötigt. In dieser Arbeit stellten wir uns diesem Problem. Zuerst betrachteten wir ein recht allgemeines Modell zur Diffusion in ungeordneten Medien. Mithilfe der Netzwerktheorie trennten wir zwei Mechanismen, nämlich energetische und strukturelle Unordnung, welche beide zu anomaler Diffusion führen. Diese Klassen wurden dann in die Sprache der stochastischen Prozesse übertragen. Das erlaubte uns eine einfache Methode, die des fundamentalen Momentes, zu formulieren. Jene Methode ist in der Lage die energetischen und strukturellen Anteile eines Diffusionsprozesses voneinander zu trennen. Zuletzt behandelten wir Ergodizität und Ergodizitätsbrechung aus der Sicht der energetischen und strukturellen Unordnung. / Random motion, in particular diffusion, is a ubiquitous phenomenon that is encountered not only in physics. The main object of a diffusion model is usually the mean squared displacement (msd) of a particle, which for so-called normal diffusion grows linearly in time. Anomalous diffusion denotes processes, in which the msd grows non-linearly; an important example is the motion of large molecules in biological cells. Many interesting properties like weak ergodicity breaking are connected to anomalous diffusion, and there are many mathematical models exhibiting anomalous behaviour. Given an experiment, it is often difficult to decide, what is the "correct" model, i.e. the physical cause for the anomaly. Therefore, a method capable of separation and identification of different physical mechanisms is urgently required. This thesis approached the mentioned issue. First of all, we considered a quite general model for diffusion in disordered media. We used some network theory to distinguish two physical mechanisms - energetic and structural disorder. Both cause anomalous diffusion. Those classes of disorder were then translated into the language of stochastic processes. This put ourselves in position to propose a simple method, the fundamental moment, that is capable of separating the energetic and structural components of a diffusion process. At last, we discussed ergodicity and ergodicity breaking from the point of view of energetic and structural disorder.
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Weak nonergodicity in anomalous diffusion processesAlbers, Tony 02 December 2016 (has links) (PDF)
Anomale Diffusion ist ein weitverbreiteter Transportmechanismus, welcher für gewöhnlich mit ensemble-basierten Methoden experimentell untersucht wird.
Motiviert durch den Fortschritt in der Einzelteilchenverfolgung, wo typischerweise Zeitmittelwerte bestimmt werden, entsteht die Frage nach der Ergodizität.
Stimmen ensemble-gemittelte Größen und zeitgemittelte Größen überein, und wenn nicht, wie unterscheiden sie sich?
In dieser Arbeit studieren wir verschiedene stochastische Modelle für anomale Diffusion bezüglich ihres ergodischen oder nicht-ergodischen Verhaltens hinsichtlich der mittleren quadratischen Verschiebung.
Wir beginnen unsere Untersuchung mit integrierter Brownscher Bewegung, welche von großer Bedeutung für alle Systeme mit Impulsdiffusion ist.
Für diesen Prozess stellen wir die ensemble-gemittelte quadratische Verschiebung und die zeitgemittelte quadratische Verschiebung gegenüber und charakterisieren insbesondere die Zufälligkeit letzterer.
Im zweiten Teil bilden wir integrierte Brownsche Bewegung auf andere Modelle ab, um einen tieferen Einblick in den Ursprung des nicht-ergodischen Verhaltens zu bekommen.
Dabei werden wir auf einen verallgemeinerten Lévy-Lauf geführt.
Dieser offenbart interessante Phänomene, welche in der Literatur noch nicht beobachtet worden sind.
Schließlich führen wir eine neue Größe für die Analyse anomaler Diffusionsprozesse ein, die Verteilung der verallgemeinerten Diffusivitäten, welche über die mittlere quadratische Verschiebung hinausgeht,
und analysieren mit dieser ein oft verwendetes Modell der anomalen Diffusion, den subdiffusiven zeitkontinuierlichen Zufallslauf. / Anomalous diffusion is a widespread transport mechanism, which is usually experimentally investigated by ensemble-based methods.
Motivated by the progress in single-particle tracking, where time averages are typically determined, the question of ergodicity arises.
Do ensemble-averaged quantities and time-averaged quantities coincide, and if not, in what way do they differ?
In this thesis, we study different stochastic models for anomalous diffusion with respect to their ergodic or nonergodic behavior concerning the mean-squared displacement.
We start our study with integrated Brownian motion, which is of high importance for all systems showing momentum diffusion.
For this process, we contrast the ensemble-averaged squared displacement with the time-averaged squared displacement and, in particular, characterize the randomness of the latter.
In the second part, we map integrated Brownian motion to other models in order to get a deeper insight into the origin of the nonergodic behavior.
In doing so, we are led to a generalized Lévy walk.
The latter reveals interesting phenomena, which have never been observed in the literature before.
Finally, we introduce a new tool for analyzing anomalous diffusion processes, the distribution of generalized diffusivities, which goes beyond the mean-squared displacement, and we analyze with this tool an often used model of anomalous diffusion, the subdiffusive continuous time random walk.
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Weak nonergodicity in anomalous diffusion processesAlbers, Tony 23 November 2016 (has links)
Anomale Diffusion ist ein weitverbreiteter Transportmechanismus, welcher für gewöhnlich mit ensemble-basierten Methoden experimentell untersucht wird.
Motiviert durch den Fortschritt in der Einzelteilchenverfolgung, wo typischerweise Zeitmittelwerte bestimmt werden, entsteht die Frage nach der Ergodizität.
Stimmen ensemble-gemittelte Größen und zeitgemittelte Größen überein, und wenn nicht, wie unterscheiden sie sich?
In dieser Arbeit studieren wir verschiedene stochastische Modelle für anomale Diffusion bezüglich ihres ergodischen oder nicht-ergodischen Verhaltens hinsichtlich der mittleren quadratischen Verschiebung.
Wir beginnen unsere Untersuchung mit integrierter Brownscher Bewegung, welche von großer Bedeutung für alle Systeme mit Impulsdiffusion ist.
Für diesen Prozess stellen wir die ensemble-gemittelte quadratische Verschiebung und die zeitgemittelte quadratische Verschiebung gegenüber und charakterisieren insbesondere die Zufälligkeit letzterer.
Im zweiten Teil bilden wir integrierte Brownsche Bewegung auf andere Modelle ab, um einen tieferen Einblick in den Ursprung des nicht-ergodischen Verhaltens zu bekommen.
Dabei werden wir auf einen verallgemeinerten Lévy-Lauf geführt.
Dieser offenbart interessante Phänomene, welche in der Literatur noch nicht beobachtet worden sind.
Schließlich führen wir eine neue Größe für die Analyse anomaler Diffusionsprozesse ein, die Verteilung der verallgemeinerten Diffusivitäten, welche über die mittlere quadratische Verschiebung hinausgeht,
und analysieren mit dieser ein oft verwendetes Modell der anomalen Diffusion, den subdiffusiven zeitkontinuierlichen Zufallslauf. / Anomalous diffusion is a widespread transport mechanism, which is usually experimentally investigated by ensemble-based methods.
Motivated by the progress in single-particle tracking, where time averages are typically determined, the question of ergodicity arises.
Do ensemble-averaged quantities and time-averaged quantities coincide, and if not, in what way do they differ?
In this thesis, we study different stochastic models for anomalous diffusion with respect to their ergodic or nonergodic behavior concerning the mean-squared displacement.
We start our study with integrated Brownian motion, which is of high importance for all systems showing momentum diffusion.
For this process, we contrast the ensemble-averaged squared displacement with the time-averaged squared displacement and, in particular, characterize the randomness of the latter.
In the second part, we map integrated Brownian motion to other models in order to get a deeper insight into the origin of the nonergodic behavior.
In doing so, we are led to a generalized Lévy walk.
The latter reveals interesting phenomena, which have never been observed in the literature before.
Finally, we introduce a new tool for analyzing anomalous diffusion processes, the distribution of generalized diffusivities, which goes beyond the mean-squared displacement, and we analyze with this tool an often used model of anomalous diffusion, the subdiffusive continuous time random walk.
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Influence of Molecular Diffusion on the Transport of Passive Tracers in 2D Laminar FlowsPöschke, Patrick 05 November 2018 (has links)
In dieser Arbeit betrachten wir das Strömungs-Diffusions-(Reaktions)-Problem für
passive Markerteilchen, die in zweidimensionalen laminaren Strömungsmustern mit
geringem thermischem Rauschen gelöst sind. Der deterministische Fluss umfasst Zellen
in Form von Quadraten oder Katzenaugen. In ihnen tritt Rotationsbewegung auf.
Einige der Strömungen bestehen aus wellenförmigen Bereichen mit gerader Vorwärtsbewegung.
Alle Systeme sind entweder periodisch oder durch Wände begrenzt. Eine
untersuchte Familie von Strömungen interpoliert kontinuierlich zwischen Reihen von
Wirbeln und Scherflüssen. Wir analysieren zahlreiche numerische Simulationen, die
bisherige theoretische Vorhersagen bestätigen und neue Phänomene offenbaren. Ohne
Rauschen sind die Teilchen in einzelnen Bestandteilen des Flusses für immer gefangen.
Durch Hinzufügen von schwachem thermischen Rauschen wird die normale Diffusion
für lange Zeiten stark verstärkt und führt zu verschiedenen Diffusionsarten für
mittlere Zeiten. Mit Continuous-Time-Random-Walk-Modellen leiten wir analytische
Ausdrücke in Übereinstimmung mit den numerischen Ergebnissen her, die je nach
Parametern, Anfangsbedingungen und Alterungszeiten von subdiffusiver bis superballistischer
anomaler Diffusion für mittlere Zeiten reichen. Wir sehen deutlich, dass
einige der früheren Vorhersagen nur für Teilchen gelten, die an der Separatrix des
Flusses starten - der einzige Fall, der in der Vergangenheit ausführlich betrachtet wurde
- und dass das System zu vollkommen anderem Verhalten in anderen Situationen
führen kann, einschließlich einem Schwingenden beim Start im Zentrum einesWirbels
nach einer gewissen Alterungszeit. Darüber hinaus enthüllen die Simulationen, dass
Teilchenreaktionen dort häufiger auftreten, wo sich die Geschwindigkeit der Strömung
stark ändert, was dazu führt, dass langsame Teilchen von schnelleren getroffen werden,
die ihnen folgen.
Die umfangreichen numerischen Simulationen, die für diese Arbeit durchgeführt
wurden, mussten jetzt durchgeführt werden, da wir die Rechenleistung dafür besitzen. / In this thesis, we consider the advection-diffusion-(reaction) problem for passive tracer
particles suspended in two-dimensional laminar flow patterns with small thermal noise.
The deterministic flow comprises cells in the shape of either squares or cat’s eyes. Rotational
motion occurs inside them. Some of the flows consist of sinusoidal regions of
straight forward motion. All systems are either periodic or are bounded by walls. One
examined family of flows continuously interpolates between arrays of eddies and shear
flows. We analyse extensive numerical simulations, which confirm previous theoretical
predictions as well as reveal new phenomena. Without noise, particles are trapped
forever in single building blocks of the flow. Adding small thermal noise, leads to
largely enhanced normal diffusion for long times and several kinds of diffusion for
intermediate times. Using continuous time random walk models, we derive analytical
expressions in accordance with numerical results, ranging from subdiffusive to superballistic
anomalous diffusion for intermediate times depending on parameters, initial
conditions and aging time. We clearly see, that some of the previous predictions are
only true for particles starting at the separatrix of the flow - the only case considered in
depth in the past - and that the system might show a vastly different behavior in other
situations, including an oscillatory one, when starting in the center of an eddy after a
certain aging time. Furthermore, simulations reveal that particle reactions occur more
frequently at positions where the velocity of the flow changes the most, resulting in
slow particles being hit by faster ones following them.
The extensive numerical simulations performed for this thesis had to be done now
that we have the computational means to do so. Machines are powerful tools in order
to gain a deeper and more detailed insight into the dynamics of many complicated dynamical
and stochastic systems.
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