L'augmentation de la décomposition de la matière organique des cryosols arctiques sous l'effet du réchauffement et de la dégradation du pergélisol contribuerait à une rétroaction positive sur les changements climatiques. Nous étudions le fonctionnement biogéochimique de deux Cryosols: un cryosol histique (H) et un cryosol turbique (T), en conditions naturelles et réchauffés. Les profils ont été instrumentés à Salluit (Nunavik, Canada) et les mesures ont été faites pendant les étés 2010 et 2011. Le réchauffement augmente la respiration de l'écosystème (ER) de manière plus intense pour H que pour T, bien que ER pour H soit plus faible. La sensibilité thermique de ER (Q10) est supérieure pour T que pour H et diminue avec le réchauffement. L'étude montre que les cycles journaliers de ER en fonction de la temperature forment des hystérésis. La variance de ER est mieux expliquée en utilisant la température minimale de la journée et la profondeur du front de dégel pour H. Pour T, l'ajout de la vitesse du vent et la radiation solaire améliore l'explication de la variance de ER. Nous montrons trois dynamiques spécifiques aux écosystèmes nordiques: 1) ER dépendant des propriétés du sol et de la solution du sol ; 2) rôle de variables thermo-indépendantes sur ER et 3) variations journalières du Q10 et interannuelles de la respiration basale. La décomposition de la matière organique est la principale source de CO2 pour H alors que les processus végétaux contrôlent ER pour T. Nos résultats contribuent à la compréhension et à l'extrapolation des mesures ponctuelles dans les écosystèmes de toundra, améliorant ainsi la modélisation du cycle du carbone dans les cryosols. / Increased organic mater decomposition rate in Arctic Cryosols due to warming and to permafrost thawing can lead to the release of greenhouse gases, thus potentially creating a positive feedback on climate change. We studied the biogeochemical functioning of two different permafrost-affected soils (i.e. Cryosols): a Histic Cryosol (H) and a Turbic Cryosol (T), both in natural conditions and under an experimental warming. Profiles were instrumented in Salluit (Nunavik, Canada) and monitored during summers 2010 and 2011. The induced warming increased CO2 fluxes in both soils; this impact was however more striking at H even if ER was lower than at T. Temperature sensitivity of ER (Q10) was higher at T than at H and decreased both with warming. We highlighted that diurnal ER cycles as a function of temperature showed hysteretic loops. Linear models performed to explain ER variance were improved adding daily minimum temperature and thaw front depth at H. In contrast at T, adding wind speed and solar radiation in models improved the ER variance explanation. We showed three specific CO2 flux dynamics related to northern ecosystems: 1) the large difference of ER depending on soil properties and soil solution composition; 2) environmental variables strongly alter CO2 fluxes and 3) the diurnal Q10 variations and the inter annual variability of basal respiration. Our results support the assumption that organic matter decomposition might be the major source of CO2 at H while plant-derived processes dominated ER at T. Our results contribute to understand and extrapolate the numerous punctual measurements of CO2 fluxes from tundra ecosystems improving carbon cycle modeling in Cryosols.

Au cours de la première décennie du XXIe siècle l'Arctique a fait l’objet d’une attention croissante de la part des chercheurs, des politiciens et des multinationales. En effet, les problématiques liées au changement climatique, et le regain d’interêt politique et économique des Etats côtiers et non côtiers, a peu à peu fait apparaître cette région comme un endroit stratégique sur l'échiquier des grandes puissances. Depuis 2001, la Fédération de Russie a entrepris plusieurs actions afin de garantir ses intérêts nationaux dans ce qu'elle considère comme l’Arctique russe, un espace qui comprend environ 22600 kilomètres de littoral avec l'océan Arctique. Or, le changement climatique, les développements socio-économiques et les impératifs stratégiques ont conditionné cette politique pour l’Arctique. Les oblasts de Mourmansk et d’Arkhangelsk jouent, de nos jours, un rôle majeur dans la mise en œuvre de la stratégie russe pour la région arctique. Ce travail évaluera donc les défis majeurs de stratégie et de sécurité nationale russes en Arctique occidental au regard des récents changements du modèle politique et économique russe, du rôle émergent d'acteurs privés et étrangers ainsi que des spécificités des régions arctiques et sous-arctiques. Dans une première partie de notre travail nous essayerons de souligner l’importance stratégique et économique de l’Arctique Occidental pour la Fédération de Russie. Une approche historique nous permettra de mieux comprendre le rôle actuel des oblasts de Mourmansk et d’Arkhangelsk tandis que l’analyse de l’évolution démographique, industrielle et commerciale de ces régions nous fera apprécier son potentiel socio-économique. Enfin, une analyse de l’adaptation des industries énergétiques et du complexe militaro-industriel aux marchés internationaux sera entreprise ainsi qu’une évaluation des risques liés au changement climatique et à la pollution industrielle. Dans une deuxième partie, nous analyserons les principales problématiques rencontrés par les acteurs étatiques et privés en Arctique occidental. Afin d’identifier les principaux enjeux, nous avons transposé des théories des relations internationales à la géopolitique (Waltz, Keohane, Putnam). Tout particulièrement, nous utiliserons pour cette analyse les modèles conceptuels de Graham Allison et son approche sur les intérêts nationaux. / During the first decade of the XXIth century, the Arctic has received growing attention from scholars, policymakers and multinational corporations. Climate change as well as renewed political and economical interests from coastal and non-coastal States had repositioned this region as a prospective theater in the Great powers chessboard. Since 2001, the Russian Federation has taken several international and domestic actions to guarantee its national interest in what it considers as the Russian Arctic, a space that comprises about 22 600 kilometers of national coastline with the Arctic Ocean. But climate change, historical socio-economic developments and strategic imperatives have conditioned this engagement.The Murmansk and Arkhangelsk oblasts plays nowadays a leading role in the implementation of a cross-domain Russian strategy for the Arctic region. This dissertation will then assess the central challenges of Russian National Security and Strategy in the Occidental Arctic taking in consideration recent changes in the Russian Federation political and economical model, the emerging role of private and foreign actors and the specificity of Arctic and sub-Arctic regions.The first part of this dissertation will try to underline the past/current strategic and economical relevance of the Occidental Arctic for the Russian Federation. A historical approach will allow us to better understand the current role of Murmansk and Arkhangelsk oblasts while we will appreciate its socio-economic potential thanks to the analysis of demographic, industrial and commercial developments of these regions. Finally, a study on defense and energy industries adaptation to international markets will be conducted as well as a regional risk-assessment concerning climate change and industrial pollution.In a second part, our main objective is to demonstrate the strategic and economical importance of the Murmansk and Arkhangelsk oblasts for the Russian Arctic policy. This will lead us to analyse core issues in the Occidental Arctic for state and industry actors. The methodology applied to identify the main trends in these issues is a combination of the French school of geopolitics with relevant theories of international relations (Waltz, Keohane, Putnam). Graham Allison’s conceptual models and his approach on national interests will be applied in the analysis.

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Dans le contexte actuel de changements climatiques, il est crucial d'approfondir nos connaissances des nuages de glace fins (TIC) et de leurs paramètres intensifs et extensifs. Les TICs peuvent avoir pour effet de refroidir ou de réchauffer le climat, en fonction de leurs paramètres météorologiques et microphysiques. Ainsi, l'épaisseur optique (COD) et la taille des particules sont essentiels pour pouvoir simuler les nuages de glace dans les modèles climatiques. L'objectif de notre recherche est d'évaluer le potentiel des mesures radiométriques infrarouge thermique (IRT) afin d'inverser le COD et le diamètre effectif (Deff ) des particules des nuages de glace en Arctique. Une étude de la sensibilité des mesures IRT aux paramètres d'études a permis de conclure que le COD engendre des fortes variations en termes de température de brillance alors que la taille entraîne des variations du second ordre. Nous avons également précisé la sensibilité de l'IRT à d'autres paramètres tels que le contenu en vapeur d'eau, l'altitude et l'épaisseur du nuage, la forme des particules et leur type de distribution. En s'appuyant sur la sensibilité de l'IRT aux paramètres d'études, nous avons développé une méthode d'inversion basée sur une méthode de recherche de concurrence entre les mesures radiométriques et des simulations réalisées par un modèle de transfert radiatif, pour lesquelles varient le COD ainsi que Deff. L'étape de validation s'effectue avec les résultats d'inversion du LIDAR et du RADAR présents sur le site d'étude. La méthode d'inversion et la validation ont été appliquées sur 100 cas de TICs observés à la station polaire d'Eureka, Nunavut, Canada (80 N, 86 W). Les résultats présentés montrent une bonne inversion du COD et ont permis d'effectuer une classification des TICs en termes de TIC1 (pour les cristaux de Deff< 30 microns) et de TIC2 (Deff> 30 microns et jusqu'à 300 microns). Nous avons également testé l'influence des divers paramètres sur les résultats de l'inversion. Les résultats de l'inversion ont permis de classifier les TICs durant deux hivers. Au terme de cette recherche, nous avons proposé des perspectives d'application de la méthode d'inversion en insistant sur les originalités de ce travail.

Les régions boréales seront les plus affectées par le réchauffement climatique, c'est pourquoi cette thèse s'est intéressée à l'étude du cycle hydrologique de ces régions. Une nouvelle méthodologie d'extraction du volume de neige à partir de données radiométriques sur l'ensemble des régions boréales a été validée et a permis de montrer une différence de comportement entre 1988 et 2006 sur les variations du volume de neige de l'Eurasie et celui de l'Amérique du Nord. L'étude des variations de volume des eaux de surface des régions arctiques est par contre plus difficile à estimer avec les données satellitaires actuelles. C'est pourquoi un nouveau projet de satellite, la mission SWOT (Surface Water and Ocean Topography), a été proposé qui vise à fournir des cartes de hauteurs d'eau sur l'ensemble du globe. L'apport de cette mission à l'étude des régions arctiques a été estimé en implémentant une modélisation de l'Ob inférieur, fleuve de l'Ouest sibérien, en couplant un modèle hydrologique à grande échelle et un modèle hydrodynamique d'inondations. En ajustant certains paramètres de ces modèles, il a été possible d'obtenir une modélisation réaliste du débit et des hauteurs d'eau du fleuve. L'utilisation d'un lisseur de Kalman d'ensemble local a permis de montrer que les données SWOT devraient permettre de réduire significativement (de plus de 50%) les erreurs de modélisation. L'intérêt de la mission pour l'observation du débit de l'ensemble des fleuves a aussi été estimé en se basant sur un bilan d'erreur préliminaire. L'utilisation de courbes de tarage, ainsi que la prise en compte des erreurs de mesure SWOT ont permis de montrer que ces nouvelles données devraient permettre d'estimer un débit moyen avec une erreur inférieure à 30% pour tous les fleuves ayant une profondeur de plus de 1 m. D'autre part, il a été montré que l'erreur sur l'estimation du débit mensuel due seulement à l'échantillonnage temporel de SWOT diminue avec l'aire drainée et que, pour une aire drainée supérieure à 6 900 km2, cette erreur devrait être inférieure à 20%. Enfin, une méthodologie simple a permis de calculer que la variation annuelle totale du volume de l'ensemble des lacs est de l'ordre de 9 000 km3. Les données spatiales actuelles ne peuvent pas en observer plus de 15%. Selon notre estimation, SWOT quant à lui devrait pouvoir mesurer entre 50% et 65% de cette variation de volume.

À l’heure actuelle, l’Arctique fait face à d’importantes menaces environnementales, qui risquent, en raison de sa précarité singulière, d’affecter son écosystème ainsi que ses communautés locales. Alors que ces problèmes posent des défis uniques de gestion, des solutions existent, mais sont peu efficaces. Aux échelles internationale, régionale, subrégionale, bilatérale ou nationale, le milieu marin arctique fait l’objet de plusieurs instruments de droit dur et de droit mou, qui présentent des lacunes. Face à ces enjeux, la question de la gouvernance du milieu marin arctique est devenue incontournable. Équilibrer le besoin de protéger le milieu marin arctique, son écosystème et ses habitants d’une part, et les impératifs économiques d’exploitation des ressources et d’augmentation du niveau de vie de l’autre, est nécessaire. Pour ce faire, la protection du milieu marin arctique doit (1) proposer un instrument qui inclut mécanismes de mise en œuvre et de conformité, flexibilité, précision et profondeur, et transparence et responsabilité ; (2) être pensée en terme de continuum et de complémentarité des différents niveaux de gouvernance plutôt qu’en isolant les différents paliers de gouvernance ; (3) privilégier un complexe de régimes internationaux ; (4) inclure une pléthore d’acteurs dans la gouvernance et (5) établir des aires marines protégées reconnaissant les concepts d’une gestion axée sur les écosystèmes en respectant des principes propres à la science environnementale. De cette façon, un équilibre entre les besoins environnementaux, sociaux et économiques et une gouvernance efficace pourront être atteints. / The Arctic is currently facing significant environmental threats. Yet, because of its particular precariousness, those threats will possibly impact its ecosystem and local communities. As those problems are posing unique management challenges, some solutions have been put in place, but are not really effective. In order to protect the arctic marine environment, several hard law and soft law instruments have been set at the international, regional, subregional, bilateral and national scales, but they are all facing serious shortcomings. The question of arctic marine environmental governance has therefore become inevitable in addressing those issues. The needs to protect the arctic marine environment, its ecosystem and inhabitants and the economic imperatives of resources exploitation and economic growth have to be balanced. Thus, arctic marine environmental protection has to (1) put forth an instrument with more implementation and conformity mechanisms, with more flexibility, more precision and depth, and more transparence and accountability; (2) be thought in terms of continuum and synergies of the different levels of governance instead of approaching them separately; (3) put forward an international regimes complex; (4) include a plethora of actors in the governance system and (5) establish marine protected areas that recognize the concepts of ecosystem-based management and respect some environmental principles. In this way, equilibrium between environmental, social and economical needs and effectiveness in governance will be reached.

Avec la fonte des glaces, l’océan Arctique devient progressivement accessible. Ce fait entraine avec lui un regain d’intérêt pour une région ayant été longtemps oubliée par les États. Les nouvelles licences d’exploration et d’exploitation d’hydrocarbures octroyées au sein de la région témoignent du phénomène de la globalisation de l’Arctique. Cependant, avant d’accepter un projet économique, celui-ci doit être soumis à une évaluation d’impact environnemental (EIE). Cette procédure a pour but d’informer les autorités publiques des effets qu’un projet pourrait avoir sur l’environnement. L’EIE a pour objectif de tendre vers une décision consciencieuse et écologiquement raisonnable vis-à-vis de l’avenir d’un projet. Ainsi, la portée et le type d’informations recueillies lors d’une EIE revêtent une importance cruciale car ils peuvent influencer le choix des autorités décisionnaires. La globalisation de l’Arctique soulève donc la question de la pertinence d’une telle procédure dans le contexte du développement d’hydrocarbures. En effet, dans cette région, les projets d’extraction d’énergies fossiles sont généralement acceptés, et ce, même s’ils prennent place dans un environnement caractérisé par sa fragilité et son unicité. Il est donc légitime de se demander si les obligations internationales et nationales d’entreprendre une évaluation environnementale (EE) pour un projet d’extraction d’hydrocarbures sont adaptées à l’environnement spécifique de l’Arctique. / As the ice melts, the Arctic Ocean becomes progressively accessible. It brings a renewed interest for a region that has long been forgotten by states. The new licenses granted for the exploration and the exploitation of hydrocarbons evidence a globalization of the Arctic. However, before accepting an economic project, it must undergo an environmental impact assessment (EIA). This procedure is intended to inform the public authorities about the impacts that a project will have on the environment. The goal of an EIA is to move towards a conscientious and ecological decision. Thus, the scope and the type of information collected is of a crucial importance as it will influence the stakeholders’ choice. Therefore, the globalization of the Arctic raises the question of the relevance of such a procedure because new hydrocarbon development projects are generally accepted even if they take place in an environment characterized by its fragility and uniqueness. As a consequence, it is legitimate to ask whether the international and national obligations to undertake an environmental assessment (E.A) for hydrocarbon projects are adapted to the specific environment of the Arctic.

Les océans sont remplis de sons naturels et sont aujourd’hui de plus en plus envahis par des bruits d'origine humaine (bruits anthropiques). Ce mémoire étaye l’état actuel des connaissances sur les différentes sources de bruits sous-marins et leurs effets négatifs pour les espèces marines, les écosytèmes et les populations côtieres. Bien que le bruit soit un facteur de stress environnemental similaire à d'autres formes de pollution, la gestion du bruit anthropique a été négligée par les États et par le droit international. Cette étude met en lumière les difficultés pour le droit international et les États d’adopter des instruments spécialisés pour contrer le bruit anthropique alors que planent plusieurs incertitudes scientifiques. Le mémoire identifie et analyse les instruments contraignants et de soft law actuellement en vigueur, à l’international et au Canada, pour découvrir s’ils peuvent être mobilisés dans la lutte contre la pollution sonore dans les eaux arctiques canadiennes. L’adoption d’instruments juridiques ciblant spécifiquement les bruits anthropiques sous-marins est prônée mais avec la mise en garde que ce processus nécessitera une coopération inter et intra sectorielle concertée aux niveaux national, régional et international entre les milieux législatifs, scientifiques et décisionnels. / The world oceans are filled with natural sounds, which are being increasingly encroached upon by human sourced noises (anthropogenic noise). This thesis provides an overview of the current state of knowledge on the different sources of underwater noise and their negative effects on marine species, ecosystems and coastal populations. While anthropogenic noise is an environmental stressor similar to other forms of pollution, the management of anthropogenic noise has been neglected by States and by international law. This study highlights how scientific uncertainties and gaps complicate the process of crafting specialized international and domestic instruments to mitigate the impacts of underwater anthropogenic noise. The thesis identifies and analyzes binding and soft law instruments currently in force, internationally and in Canada, to discover whether they can be used to reduce noise pollution in Canadian Arctic waters. The adoption of legal instruments specifically applicable to anthropogenic underwater noise is advocated but with the caveat that it will require concerted inter and intra sectoral cooperation at the national, regional and international levels between legislative, scientific and decision-making circles.

Onze espèces de mammifères marins vivent toute l’année en Arctique et dépendent de ce milieu marin si particulier. Ces espèces endémiques et uniques au monde se déplacent à grande échelle en traversant plusieurs zones maritimes des huit États côtiers et la haute mer. Toutefois, leurs conditions de vie sont menacées par les effets des changements climatiques et l’accroissement des activités humaines dans la région. Bien qu’il existe des règles juridiques de protection au niveau national, le phénomène de « déplacement » affaiblit leur efficacité. En effet, les mammifères marins ne connaissent pas les délimitations maritimes et sont donc assujettis à des protections variables et potentiellement incohérentes. Il est ainsi nécessaire de trouver une stratégie pour harmoniser les règles nationales et développer de nouvelles normes pour leur protection. L’objectif de ce mémoire est de découvrir si le droit international assure une protection adéquate aux mammifères marins qui se déplacent en Arctique. Cette étude identifie et analyse les forces et les faiblesses de plusieurs instruments juridiquement contraignants et de soft law au contenu général et spécifique. Bien qu’il n’existe aucun texte qui traite des mammifères marins en Arctique purement et simplement, ces instruments juridiques protègent certaines espèces de mammifères marins et certaines parties de la région Arctique. Pourtant, les onze mammifères marins connaissent les mêmes enjeux et forment un tout interdépendant. Les conclusions indiquent d’adopter une approche intégrée et d’opter pour une meilleure collaboration entre les États côtiers qui sont les mieux placés pour protéger ces espèces qui se déplacent en Arctique. / Eleven species of marine mammals live year-around in the Arctic and are dependent on its distinctive marine environment. These unique endemic species, which travel long distances, traverse the different maritime zones of the eight coastal States and cross into the high seas. However, their living conditions and habitats are under threat because of climate change and the expansion of human activity in the region. Although the coastal States have all adopted national legislation and regulations for the protection of marine mammals, the fact of their large scale “movement” weakens the efficacy of those laws. Indeed, marine mammals are the subject of various and potentially inconsistent domestic protections. For this reason, it is necessary to develop strategies to harmonise national measures and to devise new norms of protection. The objective of this thesis is to discover whether international law offers adequate protection to marine mammals that roam across the Arctic region. This study identifies and analyses the strengths and the weaknesses of a number of legally binding and soft law instruments of both a general and specialised nature. Many of the legal instruments target specific Arctic marine mammals or distinct areas of the Arctic region for protection. Yet, the eleven species at the heart of this enquiry are all experiencing the same difficulties and constitute an interconnected whole. The findings herein indicate the need for an integrative approach and for increased cooperation among the Arctic coastal States who are in a unique position to protect these species that roam throughout the Arctic.

Les apports importants d'eau douce en provenance d'un grand bassin versant constituent l'une des caractéristiques principales de la baie d'Hudson, une mer subarctique située au Canada. Dans la baie d'Hudson, le couplage entre l'eau salée et l'eau douce exerce une grande influence sur l'ensemble des paramètres physiques, biogéochimiques et biologiques. Au cours des dernières décennies, la baie d'Hudson a subi d'importantes modifications associées aux changements climatiques mais aussi à l'installation de grandes infrastructures hydroélectriques qui régulent les apports d'eau douce par les rivières. Alors que ces changements sont susceptibles d'avoir un impact sur les écosystèmes dans la baie, peu d'attention a été portée sur la composition et la distribution des communautés planctoniques qui sont pourtant un maillon essentiel des réseaux trophiques marins. Au sein du projet BaySys qui vise à fournir une base scientifique afin de séparer les impacts liés aux changements climatiques de ceux de la régulation des cours d'eau dans la baie d'Hudson, cette thèse de doctorat a pour objectif d'établir un état des lieux de la diversité et de la distribution spatiale des communautés microbiennes présentes dans la baie d'Hudson. Pour répondre à cet objectif, nous avons utilisé une approche de séquençage haut débit des gènes de l'ARNr et de l'ARNr 18S et 16S afin de déterminer l'influence des paramètres environnementaux mesurés sur le terrain sur les communautés de protistes et de procaryotes. Les résultats ont montré que le débit des rivières modifie la composition des communautés de protistes au niveau des estuaires dans la rivière Nelson, Churchill et Grande Rivière de la Baleine. Dans la rivière Nelson, la forte circulation estuarienne permet la remontée d'eau riches en nutriments qui favorise la présence de diatomées du genre Rhizosolenia. Cependant, à l'échelle de la baie, les apports d'eau douce au printemps et a l'été au niveau des cotes entraine une forte stratification qui limite la croissance du phytoplancton et favorise les taxa hétérotrophes, notamment les Dinoflagellés. Dans ces eaux de surface fortement stratifiées, nous avons pu mettre en évidence la présence de 7 espèces phytoplanctoniques potentiellement toxiques. Le changement de régime de la glace de mer au printemps entraine une succession d'organismes eucaryotes et procaryotes associés à la dégradation des efflorescences de phytoplancton. Ces changements de communautés en surface modifient l'origine des apports de matière organique dans les écosystèmes profonds de la baie. En générant un nouvel état des lieux de la composition des communautés de protistes et de procaryotes à différentes échelles spatiales, les résultats de cette étude permettent de mieux comprendre l'influence des apports d'eau douce sur les communautés microbiennes dans la baie d'Hudson. Cette thèse constitue ainsi un nouvel outil pour mieux appréhender l'influence des perturbations d'origine anthropique sur les réseaux microbiens marins dans la baie d'Hudson. / The Hudson Bay is a sub-Arctic sea in Canada that receives massive freshwater inflows from a large watershed. In Hudson Bay, the freshwater-marine coupling has a strong influence on physical, biogeochemical and biological processes. In recent decades, Hudson Bay has undergone significant changes associated with climate change and the installation of large hydroelectric infrastructures that regulate freshwater inflows from rivers. While these changes are likely to have an impact on ecosystems in the bay, little attention has been paid to the composition and distribution of planktonic communities, which are an essential link in marine food webs. As part of the BaySys project, which aims to provide a scientific basis to separate climate change effects from those of regulation of freshwater on physical, biological and biogeochemical conditions in Hudson Bay, this PhD thesis aims to establish a baseline of the diversity and spatial distribution of microbial communities in Hudson Bay. To address this objective, we used a high-throughput sequencing approach for 18S rRNA and 16S rRNA genes to determine the potential influence of environmental parameters measured in the field on protist and prokaryote communities. The results showed that river flow altered the composition of protist communities in the estuaries of the Nelson, Churchill and Great Whale rivers. In the Nelson River estuary, strong estuarine circulation allows the upwelling of nutrient-rich water which favours the presence of diatoms of the genus Rhizosolenia. At the bay scale in spring and summer, the freshwater inflow leads to a strong stratification which limits the growth of phytoplankton species and favours heterotrophic taxa, particularly dinoflagellates. In these highly stratified surface waters, we were able to identify the presence of 7 potentially toxic phytoplankton species. The changing of the sea ice regime in spring resulted in a succession of eukaryotic and prokaryotic organisms associated with the degradation of phytoplankton blooms. These changes modified the diatom sinking particles reaching the bottom of the Hudson Bay. By generating a new picture of the composition of protists and prokaryotes at different spatial scales, the results of this study provide a better understanding of the influence of freshwater inputs on microbial communities in Hudson Bay. This study thus constitutes a new tool to better understand the influence of anthropogenic disturbances on marine microbial networks in Hudson Bay.