Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-02-27T13:30:37Z No. of bitstreams: 5 63.pdf: 608811 bytes, checksum: 0b8fbde661633ab83210b52bdc12bee7 (MD5) license_url: 52 bytes, checksum: 3d480ae6c91e310daba2020f8787d6f9 (MD5) license_text: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) license.txt: 2109 bytes, checksum: aa477231e840f304454a16eb85a9235f (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-02-27T19:44:32Z (GMT) No. of bitstreams: 5 63.pdf: 608811 bytes, checksum: 0b8fbde661633ab83210b52bdc12bee7 (MD5) license_url: 52 bytes, checksum: 3d480ae6c91e310daba2020f8787d6f9 (MD5) license_text: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) license.txt: 2109 bytes, checksum: aa477231e840f304454a16eb85a9235f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-27T19:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 5 63.pdf: 608811 bytes, checksum: 0b8fbde661633ab83210b52bdc12bee7 (MD5) license_url: 52 bytes, checksum: 3d480ae6c91e310daba2020f8787d6f9 (MD5) license_text: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) license.txt: 2109 bytes, checksum: aa477231e840f304454a16eb85a9235f (MD5) Previous issue date: 2012 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (Capes) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Objetivou-se, com este trabalho, selecionar gen?tipos de batata-doce com potencial de utiliza??o na alimenta??o animal. Foram avaliados a produtividade de ramas e efeito do emuchecimento sobre a composi??o bromatol?gica e a capacidade fermentativa das ramas de batata-doce, utilizando-se arranjo fatorial 7x2 (gen?tipos X ramas emurchecidas ou n?o), delineamento em blocos ao acaso, com 4 repeti??es. Os gen?tipos diferiram quanto ? PMS e teores de MS, FDN, FDA, CEL, LIG, CS, NIDA e CIN. O emurchecimento promoveu aumento nos teores de MS, PB, NIDA e componentes fibrosos e redu??o nos teores de carboidrato sol?vel, tornando as ramas emurchecidas de pior qualidade. N?o foi observado efeito do emurchecimento sobre a capacidade fermentativa das ramas in natura e emurchecidas. Os gen?tipos BD-25, BD-08 e BD-23, apresentaram produtividades superiores a 7,0 t ha-1, enquanto, o gen?tipo BD-43, apresentou baixos teores de FDA. Al?m dessas caracter?sticas, foram avaliadas a composi??o bromatol?gicas e a popula??o de microrganismos das silagens de batata-doce inoculadas ou n?o, por meio de arranjo fatorial 5x2 (gen?tipos x inoculante ou n?o). As silagens obtidas com os diferentes gen?tipos diferiram quanto aos teores de FDA, HEM e valores de pH. A utiliza??o de inoculante n?o promoveu altera??es na popula??o de microrganismos e nem nas caracter?sticas bromatol?gicas das silagens, exceto para o valor de pH. De maneira geral, a silagem produzida por todos os gen?tipos avaliados apresenta boa caracter?stica nutricional, entretanto, a silagem do gen?tipo BD-43 se destacou, apresentando baixos teores de FDA. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Produ??o Vegetal, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2012. / ABSTRACT The objective of this work was to select sweet potato genotypes with potential for use in animal feed. The vine?s yield and wilting effect on the chemical composition and fermentative capacity of the sweet potatoes? vines have been evaluated, using a 7x2 factorial arrangement (genotypes ?X? vines wilted or not), a randomized block design with four replications. Genotypes differed on the SMP and DM, NDF, ADF, CEL, LIG, CS, NIDA and CIN contents. Wilting promoted an increase in DM, CP, NIDA and fibrous components and reduction in levels of soluble carbohydrates, making wilted vines of poorer quality. There was not observed effect of wilting on the fermentative ability of in natura or wilted vines. Genotypes BD-25, BD-08 and BD-23, had yields higher than 7.0 t ha-1, while the genotype BD-43, showed low levels of ADF. Besides these features, There have been analyzed the chemical-bromatological composition of the microbial population of sweet potato silage inoculated or not by means of a factorial arrangement 5x2 (genotype ?x? with or without inoculation). The silages with different genotypes differ in ADF, HEM, and pH values. The use of inoculum did not change the microbial population and the characteristics or nutritive value of silages, except for the pH value. In general, the silage produced by all genotypes has good nutritional characteristics, however, the silage genotype BD-43 stood out, showing low levels of ADF.

O uso de bactérias promotoras de crescimento vegetal ou agentes de biocontrole como inoculantes agrícolas é uma alternativa importante e ecologicamente correta, com grandes benefícios na agricultura para substituir, ou ao menos suplementar, a excessiva utilização de fertilizantes e pesticidas. Neste trabalho avaliamos a capacidade de biocontrole e de competência rizosférica de três bactérias com características de promoção de crescimento vegetal (Plant growth promoting - PGP): Bacillus mycoides B38V, Paenibacillus riograndensis SBR5 e Burkholderia sp. 89. As três bactérias avaliadas apresentaram grande versatilidade na utilização de substratos, o que poderia lhes garantir uma vantagem competitiva no ambiente rizosférico. Porém, inconsistências foram observadas nos ensaios em câmara de crescimento, ou seja, as características de PGP e de biocontrole observadas in vitro não se refletiram em benefícios para a planta. A linhagem 89 destacou-se pela produção de um metabólito estável com ampla atividade contra fungos fitopatogênicos. Através de abordagens genômicas e de análises multilocus, descrevemos Burkholderia sp. 89 como uma nova espécie membro do complexo Burkholderia cepacia, denominada de B. catarinensis 89T. O sequenciamento de seu genoma, seguido de uma análise pela ferramenta AntiSMASH, revelou a presença de um agrupamento gênico de peptídeo sintetases não ribossomais (NRPS) relacionadas com a biossíntese do sideróforo ornibactina e um agrupamento híbrido NRPS-policetídeo sintetase responsável pela biossíntese do glicolipopeptideo cíclico com atividade antifúngica burkholdina. Como estratégia de purificação de metabólitos secundários foi utilizada a metodologia da mineração de genoma combinada com fracionamento guiado por bioensaios seguida de análises em espectrômetro de massas. Desta forma, purificamos com sucesso duas variantes de ornibactina, D e F (761 e 789 Da, respectivamente), e detectamos a variante ornibactina B (m/z= 733) e as moléculas sinalizadoras homoserina lactonas C6-HSL, 3OH-C8-HSL e C8-HSL. Análises de espectrometria de massas demonstraram a presença de um grupo de metabólitos com massas de 1240, 1254, 1268, 1216, 1244 e 1272 Da, que, provavelmente, são novas variantes do antifúngico burkoldina. Sendo assim, B. catarinensis 89T possui potencial biotecnológico com possíveis aplicações farmacêuticas e agronômicas para o biocontrole de fungos fitopatogênicos. / The use of plant growth promotion bacteria or biocontrol agents as agricultural inoculants is an important eco-friendly alternative to substitute, or at least supplement, the excessive use of fertilizers and pesticides. In this work, we evaluated the biocontrol potential and rhizosphere competence of three bacteria that had shown plant growth promotion (PGP) abilities: Bacillus mycoides B38V, Paenibacillus riograndensis SBR5 and Burkholderia sp. 89. All three bacteria presented great versatility in their substrate utilization, which could enable them to survive in a competitive rhizosphere environment. However, inconsistencies were observed in the greenhouse experiments, whereas their interesting abilities observed in vitro did not result in benefits to the plants. Strain 89 produces a stable metabolite with a wide range of antifungal activity. Genomic comparisons and multilocus sequence analysis revealed Burkholderia sp. 89 as a new species of the Burkholderia cepacia complex and we described it as B. catarinensis 89T. We sequenced its genome and analyzed it with the AntiSMASH tool. This in silico prediction revealed the presence of a nonribosomal peptide synthetase (NRPS) cluster, which is related to the production of the siderophore ornibactin. Moreover, a hybrid NRPS- polyketide synthetase cluster for the production of the antifungal cyclic glicolipopeptide burkholdin was also found. A genome mining combined with a bioassay-guided fractionation with further mass spectrometry analysis was applied for the purification of these compounds. This approach enabled us to purify and characterize two variants of the siderophore ornibactin, D and F (761 and 789 Da, respectively). Also, we could detect the variant ornibactin B (m/z= 733) and the quorum sensing molecules homoserine lactones C6-HSL, 3OH-C8-HSL and C8-HSL in the supernatant of B. catarinensis 89T. Mass spectrometry analysis showed the presence of a group of metabolites with the masses 1240, 1254, 1268, 1216, 1244 and 1272 Da, which are probably new variants of the antifungal metabolite burkoldin. Therefore, B. catarinensis 89T has a great biotechnological potential for the production of metabolites with pharmaceutical and agricultural applications for the biocontrol of phytopathogenic fungi.

Made available in DSpace on 2015-02-24T17:42:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MagdaRAF_DISSERT.pdf: 2639129 bytes, checksum: 3c6efd5066d343bdfde86e4cf41e1a70 (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / The increase in the incidence of fungal infections due to the drug-resistance or to the number of patients with immune alterations such as AIDS, chemotherapy or organ transplantation, has done the research necesseray for new antifungal drugs. The species from Northeastern Brazil may become an important source of innovative natural molecules. To evaluate the antifungal activity of 10 medicinal plants from Northeastern Brazil, traditionally used as antimicrobial agents, 30 crude extracts (CE) were tested in vitro against four standard species of Candida spp. The CE most promising of these plants were evaluated against yeasts of the oral cavity of kidney transplant patients and through a bioassay-guided fractionation. The extracts form leaves of E. uniflora, the stem bark of L. ferrea and leaves of P. guajava showed significant activity against all yeasts evaluated, with MIC values between 15.62 and 62.5 μg/mL. E. uniflora also showed fungicidal properties against all yeasts, especially against Candida dubliniensis. In patients with immune systems compromised, such as transplanted, oral candidiasis manifests mainly due to immunosuppressive therapy, and resistance to conventional antifungals. The CE of E. uniflora presented range of MIC values between 1.95 to 1000 μg/mL, and lower MIC50 and MIC90 values were observed against C. non-albicans. Due the better results, the CE of E. uniflora was elected to performe the bioassay-guided fractionation. Thus it was possible to obtain enriched fractions, which showed good inhibitory ability against ATCC strains of Candida spp. It was also possible to perform experiments to verify the production of biofilm in two strains of C. dubliniensis and action of extracts and fractions on the same. With this, we observed a behavior between the yeast ATCC and clinical isolate. In addition, CE, fractions and subfractions of E. uniflora inhibit planktonic cells to preventing the growth of biofilm. The preliminary chemical characterization of the fractions obtained revealed the presence of polyphenols (especially flavonoids and tannins). Finally, the results suggests that among the plant species studied, E. uniflora showed a pattern very promising as regards the antifungal, requiring further study of purification and structural elucidation of compounds in order to verify that the antifungal effect found can be attributed to a specific compound or some mechanism depends on synergistic the mixture of polyphenols / O aumento na incid?ncia de infec??es por fungos, devido ? resist?ncia ?s drogas ou ao n?mero de pacientes com altera??es imunol?gicas, tais como SIDA, quimioterapia ou transplante de ?rg?os; tem feito a investiga??o de novas drogas antif?ngicas necess?ria. As esp?cies vegetais da regi?o Nordeste do Brasil podem se tornar uma importante fonte de mol?culas naturais inovadoras. Para avaliar a atividade antif?ngica de 10 plantas medicinais da regi?o Nordeste do Brasil, tradicionalmente usadas como antimicrobianas, 30 extratos brutos (EB) foram submetidos ? teste in vitro contra quatro cepas padr?o ATCC de Candida spp. Extratos das folhas de E. uniflora, cascas do caule de L. ferrea, e folhas de P. guajava mostraram atividade significativa contra as leveduras avaliadas, com valores MIC entre 15,62 e 62,5 μg/mL. E. uniflora tamb?m mostrou propriedade fungicida contra todas as leveduras, principalmente contra C. dubliniensis. O EB de E. uniflora apresentou intervalo de valores CIM entre 1,95-1000 μg/mL, e menores valores de MIC50 e MIC90 foram observados contra C. n?o albicans. Devido ao melhor desempenho, o EB de E. uniflora foi eleito para realiza??o do fracionamento biomonitorado. Assim, foi poss?vel obter fra??es enriquecidas, as quais apresentaram boa capacidade inibit?ria, na faixa entre 0,48 a 500 μg/mL, frente ?s cepas ATCC de Candida spp. Tamb?m foi poss?vel realizar experimentos para verificar a produ??o de biofilme de duas cepas de C. dubliniensis e a??o dos extratos e fra??es sobre o mesmo. Com isso, observou-se um comportamento diferente entre a levedura ATCC e o isolado cl?nico. Al?m disso, extrato bruto, fra??es e subfra??es de E. uniflora inibiram as c?lulas planct?nicas impedindo de se agragarem ao biofilme. A caracteriza??o qu?mica preliminar das fra??es obtidas revelou a presen?a de polifen?is (principalmente, flavon?ides e taninos). Por fim, os resultados permitiram afirmar que entre as esp?cies vegetais estudadas, E. uniflora apresentou comportamento bastante promissor no que diz respeito a a??o antif?ngica, sendo necess?rio a continua??o do estudo de purifica??o e elucida??o estrutural dos compostos presentes, a fim de verificar se a a??o antif?ngica encontrada poder? ser atribu?da a um composto espec?fico ou depende de algum mecanismo sin?rgico da mistura de polifen?is

O uso de bactérias promotoras de crescimento vegetal ou agentes de biocontrole como inoculantes agrícolas é uma alternativa importante e ecologicamente correta, com grandes benefícios na agricultura para substituir, ou ao menos suplementar, a excessiva utilização de fertilizantes e pesticidas. Neste trabalho avaliamos a capacidade de biocontrole e de competência rizosférica de três bactérias com características de promoção de crescimento vegetal (Plant growth promoting - PGP): Bacillus mycoides B38V, Paenibacillus riograndensis SBR5 e Burkholderia sp. 89. As três bactérias avaliadas apresentaram grande versatilidade na utilização de substratos, o que poderia lhes garantir uma vantagem competitiva no ambiente rizosférico. Porém, inconsistências foram observadas nos ensaios em câmara de crescimento, ou seja, as características de PGP e de biocontrole observadas in vitro não se refletiram em benefícios para a planta. A linhagem 89 destacou-se pela produção de um metabólito estável com ampla atividade contra fungos fitopatogênicos. Através de abordagens genômicas e de análises multilocus, descrevemos Burkholderia sp. 89 como uma nova espécie membro do complexo Burkholderia cepacia, denominada de B. catarinensis 89T. O sequenciamento de seu genoma, seguido de uma análise pela ferramenta AntiSMASH, revelou a presença de um agrupamento gênico de peptídeo sintetases não ribossomais (NRPS) relacionadas com a biossíntese do sideróforo ornibactina e um agrupamento híbrido NRPS-policetídeo sintetase responsável pela biossíntese do glicolipopeptideo cíclico com atividade antifúngica burkholdina. Como estratégia de purificação de metabólitos secundários foi utilizada a metodologia da mineração de genoma combinada com fracionamento guiado por bioensaios seguida de análises em espectrômetro de massas. Desta forma, purificamos com sucesso duas variantes de ornibactina, D e F (761 e 789 Da, respectivamente), e detectamos a variante ornibactina B (m/z= 733) e as moléculas sinalizadoras homoserina lactonas C6-HSL, 3OH-C8-HSL e C8-HSL. Análises de espectrometria de massas demonstraram a presença de um grupo de metabólitos com massas de 1240, 1254, 1268, 1216, 1244 e 1272 Da, que, provavelmente, são novas variantes do antifúngico burkoldina. Sendo assim, B. catarinensis 89T possui potencial biotecnológico com possíveis aplicações farmacêuticas e agronômicas para o biocontrole de fungos fitopatogênicos. / The use of plant growth promotion bacteria or biocontrol agents as agricultural inoculants is an important eco-friendly alternative to substitute, or at least supplement, the excessive use of fertilizers and pesticides. In this work, we evaluated the biocontrol potential and rhizosphere competence of three bacteria that had shown plant growth promotion (PGP) abilities: Bacillus mycoides B38V, Paenibacillus riograndensis SBR5 and Burkholderia sp. 89. All three bacteria presented great versatility in their substrate utilization, which could enable them to survive in a competitive rhizosphere environment. However, inconsistencies were observed in the greenhouse experiments, whereas their interesting abilities observed in vitro did not result in benefits to the plants. Strain 89 produces a stable metabolite with a wide range of antifungal activity. Genomic comparisons and multilocus sequence analysis revealed Burkholderia sp. 89 as a new species of the Burkholderia cepacia complex and we described it as B. catarinensis 89T. We sequenced its genome and analyzed it with the AntiSMASH tool. This in silico prediction revealed the presence of a nonribosomal peptide synthetase (NRPS) cluster, which is related to the production of the siderophore ornibactin. Moreover, a hybrid NRPS- polyketide synthetase cluster for the production of the antifungal cyclic glicolipopeptide burkholdin was also found. A genome mining combined with a bioassay-guided fractionation with further mass spectrometry analysis was applied for the purification of these compounds. This approach enabled us to purify and characterize two variants of the siderophore ornibactin, D and F (761 and 789 Da, respectively). Also, we could detect the variant ornibactin B (m/z= 733) and the quorum sensing molecules homoserine lactones C6-HSL, 3OH-C8-HSL and C8-HSL in the supernatant of B. catarinensis 89T. Mass spectrometry analysis showed the presence of a group of metabolites with the masses 1240, 1254, 1268, 1216, 1244 and 1272 Da, which are probably new variants of the antifungal metabolite burkoldin. Therefore, B. catarinensis 89T has a great biotechnological potential for the production of metabolites with pharmaceutical and agricultural applications for the biocontrol of phytopathogenic fungi.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / RizÃbios sÃo bactÃrias gram-negativas que vivem de maneira simbiÃtica nas raÃzes de leguminosas induzindo a formaÃÃo de nÃdulos. Dentro dos nÃdulos, essas bactÃrias, na sua forma endossimbiÃtica, podem fixar o nitrogÃnio atmosfÃrico e fornecÃ-lo para as cÃlulas da planta hospedeira. Diversas condiÃÃes ambientais sÃo fatores limitantes para a fixaÃÃo biolÃgica de nitrogÃnio e o desenvolvimento do vegetal, como estresse hÃdrico, salinidade, pH e temperatura. Rhizobium tropici CIAT899 à uma estirpe de rizÃbio que forma efetiva simbiose com Phaseolus vulgaris, esta estirpe mostra ser tolerante a diversos estresses ambientais, incluindo altas temperaturas, ambientes Ãcidos e de alta salinidade. Lectinas sÃo (glico) proteÃnas de origem nÃo imune que se ligam especificamente e reversÃvelmente a carboidratos, ou ainda a glicoconjugados. Devido essa capacidade de reconhecer especificamente carboidratos, lectinas mostram ser uma importante ferramenta de estudo que favorece a interaÃÃo entre rizÃbio e planta hospedeira. Nesse trabalho buscamos demonstrar a atividade das lectinas isoladas de sementes de Canavalia brasiliensis (ConBr) e Canavalia ensiformis (ConA) sobre o crescimento âin vitroâ de Rhizobium tropici. Os dados mostraram que a lectina ConBr foi capaz de estimular de maneira significante o crescimento âin vitroâ de Rhizobium tropici. O efeito encontrado foi revertido na presenÃa do aÃÃcar inibidor (manose), sugerindo uma efetiva atividade lectinica. No entanto a lectina ConA nÃo demonstrou nenhuma atividade sobre o crescimento do microrganismo. A lectina ConBr associada com FITC, como jà era esperado, demonstrou interaÃÃo com a superfÃcie bacteriana, esses resultados foram muito semelhantes aos obtidos com ConA, apesar dessa lectina nÃo demonstrar qualquer atividade sobre o crescimento microbiano de Rhizobium tropici. A diferenÃa na atividade biolÃgica destas lectinas, apesar da alta similaridade, provavelmente à devido à diferenÃa estrutural nos seus domÃnios de reconhecimento de carboidrato. / Rizobia are gram-negative bacteria that lives as symbiotic cells in roots of leguminous inducing the formation of nodules. Inside of these nodules, these bacteria in their endosymbiotic life style, fixate the atmospheric nitrogen and make it available for the cells from the host plant. Different environment conditions are limiting factors for the biological nitrogen fixation and for the plant development, like drought-stressed, salinity, pH and temperature. Rhizobium tropici CIAT899 is a rizobia‟s strain that has effective symbioses with Phaseolus vulgaris, this strain shows tolerance to many different environment stress, such as high temperatures, acid environment and high salinity. Lectins are (glico) proteins from non-immune origin that binds specific and reversible to carbohydrates or to glicoconjugates. Due to their capacity of recognizing specific carbohydrates, lectins shows to be an important tool that helps the interaction between rizobia and the host plant. In this work we tried to demonstrate the activity of the lectin isolated from Canavalia brasiliensis (ConBr) and Canavalia ensiformis seeds on the in vitro growth of Rhizobium tropici. The data demonstrate that the lectin ConBr was capable of stimulating, in a significant way, the in vitro growth of Rhizobium tropici. The effect that was found was reverted in the presence of the inhibitory sugar (mannose), suggesting an effective lectin activity. However the lectin ConA didn‟t show any activity on the growth of the microorganisms. The ConBr-FITC conjugates, as been expected, showed interaction between the bacteria surface, these results were similar with those from ConA, although this lectin doesn‟t show any activity in the microbial growth of Rhizobium tropici. The difference between the biological activities of these similar lectins, probably is due to their structure differences in the carbohydrate binding domain.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-01-13T17:30:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Mara Cunha Freitas - 2013.pdf: 1356945 bytes, checksum: aae126546b262676d8da9435c96ce3d3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-14T11:25:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Fernanda Mara Cunha Freitas - 2013.pdf: 1356945 bytes, checksum: aae126546b262676d8da9435c96ce3d3 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-14T11:25:09Z (GMT). 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Eight treatments were tested in mini-silos: pure sugarcane (CN); sugarcane with bacterial inoculant (CNIB); sugarcane with 0.5% urea (CNUR); CNUR + IB (CNIBUR); CNUR + 10% soybean hulls (CNUR10%CS); CNUR + 20% soybean hulls (CNUR20%CS); CNIBUR + 10% CS (CNIBUR10% CS) and CNIBUR + 20% CS (CNIBUR20%CS). The experimental design was a completely randomized with 9 opening periods (1, 2, 3, 7, 15, 30, 60, 120 and 180 days post-closing) with three replicates. We evaluated total, gaseous, and effluent losses as well as the percentages of dry matter, crude protein, neutral detergent (NDF) and acid detergent fiber (ADF). There was no significant effect of bacterial innoculant or urea on silage characteristics: neither pH, dry matter content of silage or gaseous and effluent losses. Urea and bacterial inoculant increased the level of lactic acid and reduced ethanol level (P<0.05) of the silages. The addition of 10 or 20% of soy hulls, by the other side, led to an improvement of silage composition and reduced gaseous and effluent losses, but showed no effect on ethanol or lactic acid of the ensiled sugarcane. In the second experiment, we evaluate the performance of lactating cows fed sugarcane silages with and without soybean hulls or bacterial innoculant. Four lactating cows were randomly assigned to a 4x4 Latin Square design. The experimental treatments tested were: sugarcane silage with bacterial inoculant (CNIB), CNIB with 10% soybean hulls (CNIB10%CS) and CNIB with 20% CS (CNIB20%CS), and a control treatment without additive (CN) pure cane silage (CN). The four experimental periods, lasting 21 days, were splitted into 14 days of adaptation and the following seven days for data collection (milk yield and composition and live weight of the animals). Bacterial inoculant affected negatively dry matter, NDF and protein intake, whereas addition of soybean hulls increase intake of DM, NDF, milk yield and weight gain. The higher the level of soy hulls the higher gain in weight. The inclusion of soy hulls led to weight gain whereas CN or CNIB led to weight losses. It is recommended the addition of soy hulls to the sugarcane chopped material to be ensiled at levels from 10 to 20%. / Objetivou-se com este trabalho avaliar o perfil fermentativo de silagem de cana-de-açúcar aditivada com casca de soja, inoculante bacteriano Lactobacillus buchneri e uréia, em diferentes combinações, além de avaliar consumo e desempenho de vacas lactantes (quantidade e composição do leite produzido). Foram confeccionadas oito silagens diferentes, utilizando a cultivar de cana-de-açúcar IAC 86-2480. Como aditivos foram utilizados: inoculante bacteriano foi o Lactobacillus buchneri (cepa NCIMB 40788), uréia na proporção de 0,5% da matéria original e casca de soja nas proporções de 10 e 20% na matéria original. No primeiro experimento, foram utilizados mini-silos, com oito tratamentos: cana pura (CN); CN + inoculante bacteriano (CNIB); CN com 0.5% uréia (CNUR); CNUR + IB (CNIBUR); CNUR + 10% casca de soja (CNUR10%CS); CNUR + 20% de casca de soja (CNUR20%CS); CNIBUR + 10% CS (CNIBUR10% CS) and CNIBUR + 20% CS (CNIBUR20%CS). O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, com 9 períodos de abertura dos silos experimentais (1, 2, 3, 7, 15, 30, 60, 120 e 180 dias pós-fechamento) e 3 repetições. Foram avaliadas as perdas totais, gasosas e por efluentes, além das porcentagens de matéria seca, proteína bruta, fibra em detergente neutro e fibra em detergente ácido. Não foram detectados efeitos do inoculante bacteriano ou uréia sobre as características da silagem, como pH, teor de matéria seca e perdas por efluentes ou gases. Uréia e inoculante bacteriano aumentaram o teor de ácido lático e reduziu o teor de etanol das silagens (P<0,05). A adição de casca de soja, por outro lado, melhorou a composição da silagem com redução nas perdas, mas não afetou os teores de etanol ou ácido lático da cana ensilada. No segundo experimento, foram utilizadas quatro vacas para avaliação da produção de leite e sua composição. Essas foram alimentadas com silagem de cana-de-açúcar com e sem casca de soja, em delineamento experimental quadrado latino 4x4. Os tratamentos foram silagem de cana com inoculante bacteriano (CNIB), silagem de cana com inoculante bacteriano e 10% de casca de soja (CNIB+10%CS) e silagem de cana com inoculante bacteriano e 20% de casca de soja (CNIB+20%CS). O tratamento controle foi silagem de cana pura (CN). Os quatro períodos experimentais, com duração de 21 dias, foram divididos em adaptação (14 dias) e coleta de dados de produção e composição do leite, e mudanças no peso vivo. O inoculante bacteriano afetou negativamente o consumo de matéria seca, de FDN e proteína bruta, enquanto a adição de casca de soja aumentou o consumo de matéria seca, de FDN e a produção de leite. A adição de casca de soja proporcionou ganho de peso, com o nível de 20% superando o nível de 10%. Enquanto a inclusão de casca de soja proporcionou ganho de peso, os tratamentos CN e CNIB levaram a perdas de peso. Recomenda-se a adição de casca de soja a massa a ser ensilada de cana-de-açúcar em níveis entre 10 a 20%.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-08-20T14:55:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Henriette Soares Pereira Paskinn.pdf: 1749750 bytes, checksum: a27b1ad66bc6a166ea02a478efd07806 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-24T20:19:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Henriette Soares Pereira Paskinn.pdf: 1749750 bytes, checksum: a27b1ad66bc6a166ea02a478efd07806 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-08-24T20:23:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Henriette Soares Pereira Paskinn.pdf: 1749750 bytes, checksum: a27b1ad66bc6a166ea02a478efd07806 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-24T20:23:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Henriette Soares Pereira Paskinn.pdf: 1749750 bytes, checksum: a27b1ad66bc6a166ea02a478efd07806 (MD5) Previous issue date: 2013-05-10 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Evidence has shown that the integument of social bees has a primary protective barrier with antimicrobial properties. Various types of bacteria inhabit the seed coat of healthy social bees and can interact antagonistically against bacteria or not, contributing to the health and function of the nest. Despite its likely importance in maintaining the balance of the hive, few studies have focused on the characterization of the microbiota of this tissue, since the exoskeleton is considered largely responsible for the evolutionary success of insects, not only for the protection and support that gives them, but also the interface between the animal and is environment, and can also act as a carrier and vector of microorganisms. Thus, the main objective of this study was to isolate and identify bacteria with antagonistic activity in front of pathogenic bacteria (Staphylococcus aureus ATCC 25927 and ATCC 29212 Enteroccus faecalis) by biochemical tests and 16S rRNA gene amplification. In this study it was found Staphylococus coagulase negative and positive, Serratia liquefacies and Enterococcus sp. The genera and species of bacteria found in this study were able to produce substances in the course of their growth in vitro, exerting bactericidal or bacteriostatic effect against gram-positive and are largely related to social insects. This feature may suggest that interactions between stingless bees and bacteria are at a level of association such that both are essential for both insect as microorganisms. / Evidências demonstram que o tegumento de abelhas sociais apresenta uma barreira de proteção primária com propriedades antimicrobianas. Diversos tipos de bactérias habitam o tegumento de abelhas sociais saudáveis e podem interagir de forma antagônica frente a bactérias benéficas ou não, contribuindo para a saúde e funções do ninho. Apesar de sua provável importância na manutenção do equilíbrio da colméia, poucos estudos tem se voltado para a caracterização da microbiota deste tecido, visto que o exoesqueleto é considerado como um dos grandes responsáveis pelo sucesso evolutivo dos insetos, não somente pela proteção e ao suporte que lhes confere, mas também a interface que representa entre o animal e o meio ambiente, podendo também atuar como transportador e vetor de microrganismos. Sendo assim, o principal objetivo deste trabalho foi isolar e identificar bactérias com atividade antagônica contra bactérias patogênicas (Staphylococcus aureus ATCC 25927 e Enteroccus faecalis ATCC 29212) por meio de testes bioquímicos e amplificação do gene 16S rRNA. Neste trabalho encontrou-se Staphylococus coagulase negativo e positivo, Serratia liquefacies e Enterococcus sp. Os gêneros e espécies bacterianas encontrados neste estudo foram capazes de produzir substâncias, exercendo efeito bactericida ou bacteriostático contra gram- positivos, no curso de seu crescimento in vitro e são amplamente relacionados com insetos sociais. Tal característica pode sugerir que interações entre abelhas sem ferrão e bactérias estão num patamar de associação tal que sejam imprescindíveis para ambos, tanto inseto quanto microrganismos.

Submitted by Marilene Donadel (marilene.donadel@unioeste.br) on 2018-11-23T16:43:21Z No. of bitstreams: 1 Andre_Souza_2018.pdf: 3532438 bytes, checksum: 75b2d4c04117567967dd3496b7c4c303 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-23T16:43:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andre_Souza_2018.pdf: 3532438 bytes, checksum: 75b2d4c04117567967dd3496b7c4c303 (MD5) Previous issue date: 2018-09-28 / The development of societies, has always been interconnected energy sources, this way the H2 appears as a possible source. Nowadays, the biological pathway, the bacterial fermentation, has been highlighted, as it presents good productivity and low cost. The present work proposes to evaluate the potential of microbial consortia, which are easily accessible in the production of BioH2, by fermentation using the whey as a culture medium. This was done by productive complexes called PUBC (Pure Bacterial Complex), PIBC ( Pig Bacterial Complex), LACB (Land Bacterial Complex) and OXBC (Ox Bacterial Complex), where the fermentative medium was formed with 1ml of each complex and 6ml of culture medium, kept in a greenhouse with a temperature of 33ºC for a period of 07 days, where the concentration and production of the organic acids and gases were verified, resulting in 35% PUBC and 700 mLBioH2 / L (substrate) and with higher productivity of acetic acid, PIBC 36% and 1594 mLBioH2 / L, with higher concentration of butyric acid,LACB 37% and 1691 mLBioH2 / L, with higher productivity of succinic acid and OXBC 51% and 4371 mLBioH2 / L, with the productivity of organic acids divided into butyric and succinic. The results obtained showed a productive capacity of BioH2 and of organic acids, which in the case of OXBC obtained higher productive yield than works found in the current literature, making possible a new research and analysis to be done later. / O desenvolvimento das sociedades, sempre esteve interligadas as fontes energéticas, desta forma o H2 aparece como possível fonte. Atualmente a via biológica, a fermentação bacteriana, vem apresentando destaque, por apresentar boa produtividade e baixo custo. O presente trabalho propõem-se a avaliar o potencial de consórcios microbianos, de fácil acesso na produção de BioH2, por via fermentativa, utilizando o soro de leite como meio de cultivo. Esta foi realizada por complexos produtivos denominados de CBPU (Complexo Bacteriano Puro), CBPO (Complexo Bacteriano Porco), CBTE (Complexo Bacteriano Terra) e CBBO (Complexo Bacteriano Boi), onde o meio fermentativo foi formado com um 1ml de cada complexos e 6ml de meio de cultivo, mantidos em uma estufa com a temperatura em 33ºC, por um período de 07 dias, onde foi verificado a concentração e produção dos gases e ácidos orgânicos, tendo como resultado no CBPU 35% e 700 mLBioH2/L(substrato) e com maior produtividade de ácido acético, o CBPO 36% e 1594 mLBioH2/L, com maior concentração de ácido butírico, o CBTE 37% e 1691 mLBioH2/L, com maior produtividade de ácido succínico e o CBBO 51% e 4371 mLBioH2/L, com a produtividade de ácidos orgânicos dividida em butírico e succínico. Os resultados obtidos demonstraram ter capacidade produtiva de BioH2 e de ácidos orgânicos, que no caso do CBBO obteve rendimento produtivo maior que trabalhos encontrados na literatura atual, possibilitando um direcionamento para novas pesquisas e análises a serem feitas posteriormente.

O cancro bacteriano, causado por Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), é uma das doenças mais importantes da cultura do tomate (Lycopersicon esculentum Mill.), especialmente para tomateiros estaqueados. O controle está fundamentado na adoção de um conjunto de medidas preventivas, pois poucas são as informações sobre materiais resistentes à doença e não existe um produto químico que a controle eficientemente. Os objetivos desta tese foram determinar um método de inoculação adequado à seleção de genótipos de tomateiro resistentes ao cancro bacteriano; avaliar a reação de genótipos de tomateiro à inoculação com Cmm; e avaliar o efeito de acibenzolar-S-metil e outros produtos fitossanitários no controle da doença. Para o ensaio de metodologia, foram avaliados quatro métodos de inoculação (aspersão de suspensão bacteriana na face inferior das folhas; aspersão, sob pressão, de suspensão bacteriana na face inferior das folhas; corte do sistema radicular, com tesoura, seguido de imersão na suspensão bacteriana; e ferimento na haste com alfinete entomológico transpassando uma gota de suspensão de inóculo depositada na axila foliar) e três concentrações de inóculo (108 ufc/mL, 107 ufc/mL e 106 ufc/mL). Posteriormente, foi avaliado o efeito da inoculação em plantas com diferentes idades, aos 7, 14, 21 e 28 dias após a emergência. Foram utilizados os genótipos Kadá e Rotam-4 e um isolado bacteriano proveniente de Bragança Paulista, SP. A avaliação foi realizada através de uma escala descritiva, atribuindo-se notas que foram convertidas em índice de murcha bacteriana. A inoculação de Cmm, quatorze dias após a emergência das plantas, através da aspersão de suspensão bacteriana (108 ufc/mL) na face inferior das folhas, com avaliação aos 30 dias após inoculação, foi a metodologia mais apropriada para a avaliar a reação de genótipos de tomateiro. Estabelecida a metodologia, foram avaliados dez genótipos comerciais de tomateiro (Carmen, Débora max, IPA-6, Santa Clara, Alambra, Júpiter, Olimpo, Fanny, Jumbo e Densus) para identificação de materiais resistentes ao cancro bacteriano, tendo-se Kadá e Rotam-4 como controles suscetível e resistente, respectivamente. Alambra e Jumbo apresentaram comportamento semelhante a Rotam-4, sendo materiais promissores para o plantio em áreas com histórico de ocorrência da doença. Para a avaliação de controle do cancro bacteriano foram testados os seguintes produtos: acibenzolar-S-metil (ASM), ASM + mancozeb, ASM + oxicloreto de cobre, mancozeb + oxicloreto de cobre, e oxitetraciclina. Três esquemas de aplicação dos produtos foram adotados: (E1) 4 aplicações (a primeira e a segunda realizadas seis e três dias antes da inoculação; a terceira e a quarta, aos três e seis dias após a inoculação); (E2) apenas as duas aplicações préinoculação; (E3) apenas as duas aplicações pós-inoculação. Esses produtos foram incorporados a meio de cultura para avaliação in vitro de seus efeitos sobre Cmm. Independente da forma de aplicação, o ASM, isolado ou em mistura com fungicidas, proporcionou reduções significativas na severidade da doença e não inibiu o desenvolvimento da bactéria in vitro. / Bacterial canker, caused by Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), is one of the most important diseases of tomato (Lycopersicon esculentum Mill.). Its control is based on a set of preventive measures, once there is a few information about resistant materials and the chemical control is not efficient. The objectives of this thesis were to determine a suitable inoculation methodology to bacterial canker resistance studies; to evaluate the reaction of commercial tomato genotypes to the inoculation with Cmm; and to evaluate the acibenzolar-S-methyl and other phytossanitary products effects on the control of that disease. To methodology trial, four inoculation methods were evaluated, including foliar pulverization with bacterial suspension; foliar pulverization under pressure with bacterial suspension; cutting of roots with scissor, followed by their immersion in bacterial suspension; and stem wounding with a pin passing over a drop of inoculum suspension deposited on the insertion point of leaf. Besides the inoculation methods, three inoculum concentrations were investigated: 108 cfu/mL; 107 cfu/mL and 106 cfu/mL. Later, it was evaluated the effect of inoculation on plants with different ages: 7, 14, 21 and 28 days after emergency. To those trials, genotypes Kadá and Rotam-4, and a bacterial isolate from Bragança Paulista, SP, were employed. The evaluation was accomplished through a descriptive scale, being attributed notes that were turned into bacterial wilt index. Inoculation of Cmm, fourteen days after emergency of plants, through aspersion with bacterial suspension (108 cfu/mL) over the inferior face of leaves, and evaluation 30 days after inoculation, was the most appropriated methodology to evaluate resistance to bacterial canker in tomato genotypes. After the establishment of the inoculation methodology, ten commercial tomato genotypes (Carmen, Débora max, IPA-6, Santa Clara, Alambra, Jupiter, Olimpo, Fanny, Jumbo and Densus) were investigated to identify resistant materials to the bacterial canker. Kadá and Rotam-4 were employed as susceptible and resistant controls, respectively. Alambra and Jumbo had a similar behavior to Rotam-4, being the most promising materials for the planting in areas with report of occurrence of bacterial canker. To evaluate the bacterial canker control following products were tested: acibenzolar-S-methyl (ASM), ASM + mancozeb, ASM + copper oxicloride, mancozeb + copper oxicloride, and oxytetracycline. Three schemes of application of the products were adopted: (E1) 4 applications (first and second ones were accomplished six and three days before inoculation; third and fourth ones, three and six days after inoculation); (E2) two applications before inoculation only; (E3) two applications after inoculation only. The effect in vitro of these products on Cmm was also evaluated. ASM, isolated or in mixture with fungicides, provided significant reductions in the disease severity independent of the scheme of application and had no effect on bacterial development in vitro.

A cana-de-açúcar (S. officinarum) é uma gramínea perene de grande importância na economia brasileira. Devido a isto, estudos relativos ao aprimoramento das condições de cultivo são de grande interesse, podendo ser uma destas bases um melhor conhecimento sobre as comunidades microbianas associadas à cana-de-açúcar. Sabe-se que a rizosfera é um ambiente de íntima interação entre as plantas e seus respectivos microbiomas, sendo esta relação intermediada pela exsudação radicular. Este estudo teve como objetivo realizar o cultivo de bactérias da rizosfera e do solo de cana-de-açúcar, sendo os isolados obtidos posteriormente caracterizados genética (BOX-PCR e sequenciamento parcial do gene 16S rRNA) e metabolicamente (BIOLOG®). Os resultados demonstraram que o número de bactérias cultiváveis na rizosfera é maior comparado ao solo, sendo que dentre os isolados destaca-se a maior afiliação taxonômica ao filo Proteobacteria (principalmente as classes &gamma;-proteobacteria e &beta;- proteobacteria). A análise de BOX-PCR mostrou uma grande diversidade genética, mesmo quando comparados isolados obtidos a partir do mesmo meio de cultivo, ou pertencentes ao mesmo grupo taxonômico. Em contrapartida, a análise de sequenciamento parcial do gene 16S rRNA mostrou que muitos isolados preservam grande similaridade do gene ribossomal analisado. A análise de perfil metabólico corroborou com os dados de BOX-PCR, onde isolados com afiliação taxonômica bastante correlata apresentaram capacidades distintas de utilizar as diversas fontes de carbono avaliadas. Por fim, esta diversidade metabólica se traduziu na obtenção de respostas distintas de isolados pertencentes aos mesmos gêneros bacterianos, isolados do solo ou da rizosfera, quando estes foram cultivados na presença de exsudatos radiculares. De maneira geral, este estudo demonstrou que as plantas de cana-de-açúcar podem influenciar o comportamento das comunidades bacterianas presentes no solo, e indicaram que existe uma grande diversificação dos organismos presentes na rizosfera, sendo a resposta a este ambiente diferenciada de forma independente da afiliação taxonômica dos isolados. / The sugarcane plant (S. officinarum) is a perennial gamineous with a great importance for the Brazilian economy. Due to this, studies related to the improvement of cultivation conditions are of great importance, indicating that one of these bases must contribute with the better knowledge about the microbial communities associated with sugarcane. It is known that the rhizosphere is an environment that hosts an intimate interaction between plants and their respective microbiomes, being it mediated by the roots exudates. This study aimed to cultivate bacterial isolates from soil and rhizosphere of sugarcane, followed by the genetic (BOX-PCR and partial sequencing of the 16S rRNA gene) and metabolic (BIOLOG&reg;) characterization of them. Results demonstrated higher numbers of cultivable bacteria in rhizosphere when compared to soil samples, with the prevalent affiliation of the isolates to the phylum Proteobacteria (specially with the classes &gamma;-proteobacteria and &beta;- proteobacteria). The BOX-PCR results showed a great genetic diversity, even when isolates obtained in the same culture medium or affiliated to the same taxa are compared. In counterpart, the analysis of the 16S rRNA gene sequence indicated that several isolates preserve high similarities in the ribosomal gene. The metabolic profiling results corroborated with the BOX-PCR data, which isolates highly correlated in the taxonomical analyses presented distinct capacities to use the carbon sources that were tested. At the end, this metabolic diversity was evidenced by the distinct behavior of isolates belonging to the same genera, isolated from soils or rhizosphere samples as well, when cultivated in the presence of roots exudates. In general, this study demonstrated that sugarcane plants can influence the behavior of bacterial communities present in soils, and indicated a great diversification of organisms present in the rhizosphere being the response to this environment very particular, regardless of the taxonomical affiliation of the isolates.