A presença de Pseudomonas aeruginosa resistentes a antimicrobianos no esgoto hospitalar contribui para sua disseminação em corpos d´água e possibilita o estabelecimento de reservatórios ambientais de resistência bacteriana. Os objetivos deste estudo foram comparar isolados de P. aeruginosa de amostras de esgoto hospitalar e água superficial quanto ao perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos, a presença e diversidade de genes de metalo β-lactamases (MBLs) e a similaridade genética entre os isolados. Para isso, as amostras de esgoto hospitalar foram coletadas de cinco hospitais, localizados em Passo Fundo e Porto Alegre, RS, Brasil. As amostras de água superficial foram coletadas dos corpos d´água que recebem os esgotos de dois hospitais estudados. Os isolados foram identificados por provas bioquímicas clássicas e pela amplificação de um fragmento do rDNA 16S. O perfil de susceptibilidade foi avaliado pela técnica de disco-difusão. Os genes blaSPM-1, blaVIM e blaIMP foram pesquisados por PCR. A relação clonal entre os isolados foi avaliada pela ERIC-PCR e PFGE. A diversidade nos genes de MBLs encontrados foi avaliada pela DGGE. Foram analisados 614 isolados de P. aeruginosa, dos quais somente 5,0% apresentaram o gene blaSPM-1. Todos os isolados com este gene apresentaram fenótipo de multirresistência. A análise de similaridade genética pela ERIC-PCR e PFGE não mostrou relação clonal entre isolados de água superficial e esgoto hospitalar ou entre isolados provenientes de amostras de diferentes esgotos hospitalares. A presença de isolados resistentes e com o gene blaSPM-1, em amostras de esgoto hospitalar, atenta para o risco de disseminação ambiental de resistência bacteriana. / The presence of Pseudomonas aeruginosa resistant to antimicrobials in hospital sewage contributes to its dissemination into water bodies and may lead to the establishment of environmental reservoirs of bacterial resistance. The objectives of this study were to compare P. aeruginosa strains isolated from hospital sewage and superficial water samples, about the susceptibility profile to antimicrobials, the presence and diversity of the metallo β-lactamases (MBLs) genes and the genetic similarity among the strains. For this purpose, hospital sewage samples were collected from five hospitals located in Passo Fundo and Porto Alegre, RS, Brazil. The superficial water samples were collected from the water bodies where the sewage from two of the analyzed hospitals were discharged. The isolates were identified by classical biochemical tests and amplification of 16S rDNA fragment. The susceptibility was determined by the disk-diffusion method. The blaSPM-1, blaVIM e blaIMP genes were screened by PCR. The clonal relationship among the strains was evaluated by ERIC-PCR and PFGE. The diversity on MBL genes found was analyzed by DGGE. A total of 614 P. aeruginosa strains were analyzed, of which only 5,0 % showed the blaSPM-1 gene. All isolates with this gene showed the multirresistance phenotype. The genetic similarity analysis by ERIC-PCR and PFGE didn´t show clonal relationship between the strains from superficial water and hospital sewage or between the strains from samples of different hospital sewages. The presence of resistant isolates and isolates with the blaSPM-1 gene in hospital sewage samples call attention to the risk of environmental dissemination of bacterial resistance.

Orientador: Domingos da Silva Leite / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T00:21:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Domingos_DanielaFerreira_M.pdf: 1627311 bytes, checksum: ba7a6545a75d72a741bfe8d1cda234f4 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O número de animais de companhia tem crescido substancialmente na sociedade atual, com estimativas de 48 milhões de cães e gatos no Brasil. A relação entre animais de companhia e os humanos mudou radicalmente nos últimos anos, esses estão em contato mais próximo com humanos. Como consequência dessas mudanças, agentes antimicrobianos, incluindo antibióticos usados no tratamento de infecções humanas, tem sido utilizados em cães. O objetivo deste trabalho foi investigar fenotipicamente a ocorrência de ß-lactamase de espectro estendido (ESBL) em amostras de Escherichia coli isoladas de cães e identificar os genes de resistência nestas amostras. A presença e variedade de integrons nas amostras de E. coli foi analisada. A classificação das amostras nos grupos filogenéticos A, B1, B2 e D também foram investigadas. Dentre 158 amostras de E. coli isoladas de cães sendo 51 de ITU (infecção do trato urinário), 52 de piometra e 55 de fezes de cães sadios, foram selecionadas 67 amostras que apresentavam pelo menos uma marca de resistência aos ß-lactâmicos. As amostras selecionadas: 41 isoladas de ITU, 20 isoladas de piometra e seis isoladas de fezes de animais sadios, foram submetidas a testes de sensibilidade microbiana pelo método de difusão de disco. A produção de ESBL foi verificada pelo método de aproximação de disco. A identificação dos genes das ß-lactamases foi realizada em ensaios de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) com primers específicos para os genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaGES-1, blaOXA-10, ampC e cmy. A classificação filogenética (chuA, yjaA, TspE4.C2), bem como a detecção de integrons das classes 1 e 2 (intI1 e intI2) também foram realizadas por PCR. Os resultados dos antibiogramas mostraram elevada resistência aos ß-lactâmicos de 1ª geração, ampicilina (82,0%) e cefalexina (62,7%) entre as amostras selecionadas. Resistência aos antimicrobianos ß-lactâmicos de 3ª e 4ª geração e ao monobactam foi observada em 7,5% das amostras. As amostras também apresentaram resistência aos antimicrobianos tetraciclina (82,0%), trimetoprim-sulfametoxazol (62,7%), enrofloxacina (35,8%), florfenicol (34,3%) e ciprofloxacina (32,3%). A expressão fenotípica de ESBL foi observada em duas amostras (3,3%), ambas isoladas de animais sadios. Na análise genotípica, foram identificados os genes blaTEM, (98,5%), ampC (95,5%), blaCTX-M (35,8%), blaSHV (6%) e cmy (2,9%) destacando que os genes blaCTX-M, blaSHV e cmy apresentaram-se associados ao blaTEM e ao ampC. Pelo sequenciamento foi possível identificar as ß-lactamases do tipo TEM-1 e CTX-M-2. Na classificação filogenética as amostras foram agrupadas nos grupos B2 (59,7%), B1 (25,4%) e A (14,9%). Dentre as 67 amostras com marcas de resistência aos ß-lactâmicos, o gene int foi detectado em 26,9% , das quais 71,4% da classe 1 e 28,6% da classe 2. Por outro lado, dentre as 91 amostras sem marcas de resistência a à ß-lactâmicos, somente 3,3% apresentaram integrons, sendo todos da classe 1. As amostras com integrons foram mais comumente alocadas nos grupos filogenéticos A e B1. A presença de ESBL, de genes de resistência e integrons em E. coli isoladas de cães é um achado importante, uma vez que o contato íntimo entre humanos e cães oferece condições para a transmissão das amostras e ainda, que estes animais podem servir de reservatórios de genes de resistência. Esses resultados reforçam a necessidade de controle no uso de antimicrobianos em animais de companhia e bem como o papel dos animais domésticos como reservatório de genes de resistência bacteriana, precisa ser melhor investigado / Abstract: The number of cats and dogs has substantially increased in modern society, with an estimated population of above 48 million in Brazil. The relationship between companion animals and humans has radically changed throughout the years, and animals have become in closer contact with humans. As a consequence of these changes, antimicrobial agents, including antimicrobial preparations licensed for human use, are frequently used in dogs. The aim of this study was to investigate, in Escherichia coli strains isolated from dogs, the occurrence of ß-extended-spectrum ß-lactamase (ESBL) phenotype and to identify resistance genes in these samples. The presence and diversity of integrons in strains of E. coli was analyzed. The classification of microorganisms in the phylogenetic groups A, B1, B2 and D was also determined. Among 158 E.coli strains isolated from dogs (51 from UTI [urinary tract infection], 52 from piometra and 55 from faeces of healthy dogs) 67 strains were selected that had at least one sign of resistance to ß-lactams. The strains selected: 41 isolated from UTI, 20 isolated from piometra and six isolated from the faeces of healthy dogs, were tested for antibiotic sensitivity by the disk diffusion method. ESBL production was screened by the double-disk synergy method. The identification of ß-lactamases was performed by PCR (Polymerase Chain Reaction) using specific primers for blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaGES-1, blaOXA-10, ampC and cmy and, subsequently, sequencing of the PCR product of strains showing the ESBL phenotype was performed. The phylogenetic classification (chuA, yjaA, TspE4.C2), as well as the detection of class 1 and class 2 integrons, were also determined by PCR. The results of susceptibility tests showed high resistance to 1st generation ß lactams, ampicillin (82.0%) and cephalexin (62.7%), among the selected strains. Resistance to 3rd and 4th generation ß-lactam antibiotics and monobactam was observed in 7.5% of isolates. The strains also showed resistance to antimicrobial tetracycline (82%), trimethoprim-sulfamethoxazole (62.7%), enrofloxacin (35.8%), florfenicol (34.3%) and ciprofloxacin (32.3%). Phenotypic expression of ESBL was observed in 2 samples (3.3%), both isolated from healthy animals. In the genotypic analysis, were identified the genes, blaTEM, (98.5%), ampC (95.5%), blaCTX-M (35.8%), blaSHV (6%) and cmy (2.9%); the genes blaCTX-M, blaSHV and cmy were shown to be associated with blaTEM and ampC. By sequencing, it was possible to identify the TEM-1 and CTX-M-2 ß-lactamases. In the phylogenetic classification, strains were classified B2 (59.7%), B1 (25.4%) and A (14.9%) groups. Among the 67 strains with resistance markers to ß-lactams, the int gene was detected in 26.9% of the strains (71.4% of class 1 and 28.6% of Class 2). Moreover, among the 91 samples without a trace of resistance to ß-lactams, only 3.3% had integrons, all of class 1. Strains with integrons were more commonly housed in the phylogenetic groups A and B1. The presence of ESBL, resistance genes and integrons in E. coli isolated from dogs is an important finding, due to close contact between humans and dogs provides conditions for the transmission of microorganisms and these animals may also serve as reservoirs of isolates harboring resistance genes. These results emphasize the need to control the use of antimicrobials in companion animals and the role of livestock as a reservoir for genes of resistance should be further investigated / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-03-16T21:40:17Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lara Stefânia Netto de Oliveira Leão Vasconcelos - 2013.pdf: 3438615 bytes, checksum: 0860846b3615244c0123e230f0e5c789 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-03-16T21:41:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lara Stefânia Netto de Oliveira Leão Vasconcelos - 2013.pdf: 3438615 bytes, checksum: 0860846b3615244c0123e230f0e5c789 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-16T21:41:52Z (GMT). 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We also aimed to detect co-colonization by Staphylococcus and Pseudomonas, as well as describe the profile socio-demographic, professional, disease/infection and behavioral of individuals colonized by Enterobacteriaceae. It was a descriptive cross-sectional epidemiological study conducted from May/2009 to November/2010 and saliva was collected a from each subjected. A total of 294 individuals participated in the research, being 149 healthcare members and 145 from the support team. The microbiological procedures were performed according to recommended techniques and data collection obtained by a questionnaire and analyzed through descriptive statistics. Among the participants, 55 (18.7%) were colonized by Enterobacteriaceae in the oral cavity. Were isolated 64 bacteria, including species potentially pathogenic. The most prevalent specie was gergoviae Enterobacter (17.2%). The highest rates of resistance were observed to β-lactams and 48.4% of isolates were considered multiresistant. The Extended Spectrum β-lactamases (ESBL) production was negative for the Enterobacteriaceae and none Klebsiella pneumoniae produced Carbapenemase (KPC). However, among the 43 CESP isolates group (Citrobacter, Enterobacter, Serratia, Providencia), 51.2% produced AmpC β- lactamase by induction and 48.8% were hiper producers. Staphylococcus and Pseudomonas were detected in the saliva of 56.4% individuals. The majory of the healthcare workers colonized by Enterobacteriaceae was men over 40 years. The nursing technician was the professional category most colonized (52.7%), followed by the cleaning staff (23.6%). The cleaning and hygiene sector (23.6%) and nursing stations (18.2%) represented the largest number of workers colonized. Some professionals (27.3%) had second job in another health service, while 41.8% remained in the institution around 40 hours or more a week. Some infection was reported among carriers, as tonsillitis, sinusitis and pharyngitis, being the first the most frequent (52.7%). Enterobacteriaceae carriage (18.2%) reported the use of personal protective equipment (PPE) as unnecessary to their s activity, 7.3% did not use the mask as precautionary measure, 23.6% realized sporadically the exchange of mask and 1.8 % never changed. The use of oral antiseptics was observed in 29.1% of the workers, the recent use of antimicrobials in 16.4% and self-medication in 27.3%. Among the colonized persons was observed lack of knowledge about multiresistant microorganisms. The prevalence Enterobacteriaceae carriage is considered high and the resistance is a problem especially due to multidrug resistance and production of β-lactamase AmpC observed. The results of this research contribute with important subsidies to the programs for nosocomial infections prevention and control of, since knowledge of carrier status reduces the risk of transmission of microorganisms. / O ambiente da assistência à saúde apresenta inúmeros riscos que o torna um local insalubre, propício à colonização e ao desenvolvimento de infecções. Inseridos neste cenário estão os trabalhadores dos serviços de saúde, os quais são vulneráveis à condição de portador. A cavidade bucal representa assim um importante sítio de colonização. Este estudo buscou caracterizar o fenótipo de Enterobacteriaceae isoladas da cavidade bucal de trabalhadores de um hospital oncológico referência no Centro-Oeste brasileiro. Também fizeram parte dos objetivos desta pesquisa detectar co-colonização por Staphylococcus e Pseudomonas, bem como descrever o perfil sócio-demográfico, profissional, doença/infecção e comportamental dos indivíduos colonizados por Enterobacteriaceae. Estudo epidemiológico transversal do tipo descritivo realizado de maio/2009 a novembro/2010. Participaram 294 trabalhadores, sendo 149 membros da equipe de saúde e 145 da equipe de apoio. Os procedimentos microbiológicos foram realizados segundo técnicas padronizadas e a coleta de dados realizada por meio da aplicação de um formulário. Foi coletada uma amostra de saliva de cada sujeito Os dados foram analisados por meio de estatística descritiva. Dentre os participantes, 55 (18,7%) estavam colonizados por Enterobacteriaceae na cavidade bucal. Foram isoladas 64 bactérias, incluindo espécies potencialmente patogênicas. A espécie mais prevalente foi Enterobacter gergoviae (17,2%). As maiores taxas de resistências foram observadas para os β-lactâmicos e 48,4% dos isolados foram considerados multirresistentes. Para as enterobactérias pesquisadas, a produção de β-lactamase de Espectro Ampliado (ESBL) e Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) foi negativa. Porém, dentre os 43 isolados do grupo CESP (Citrobacter, Enterobacter, Serratia, Providencia), 51,2% foram considerados produtores de β-lactamase AmpC por indução e 48,8% mutantes hiperprodutores. Staphylococcus e Pseudomonas estavam presentes na saliva de 56,4% dos sujeitos colonizados por Enterobacteriaceae. O maior número de portadores foi constituído por homens acima de 40 anos. Entre os técnicos de enfermagem, 52,7% estavam colonizados, seguidos dos auxiliares de limpeza (23,6%). O setor de higienização e limpeza (23,6%) e os postos de enfermagem (18,2%) contemplaram o maior número de trabalhadores colonizados. Alguns trabalhadores (27,3%) possuíam segundo emprego em outro serviço de saúde, enquanto que 41,8% permaneciam na instituição 40 horas ou mais na semana. Quadros frequentes de infecção foram relatados entre os portadores, como amigdalites, sinusites e faringites, sendo o primeiro o mais frequente (52,7%). Alguns portadores de Enterobacteriaceae (18,2%) relataram o uso de EPI como desnecessário à sua atividade, 7,3% não faziam o uso de máscara como medida de precaução, 23,6% realizavam a troca de máscara esporadicamente e 1,8% nunca trocava. O uso de antissépticos bucais foi observado em 29,1% dos trabalhadores, o uso recente de antimicrobianos em 16,4% e a prática da automedicação em 27,3%. A desinformação sobre micro-organismos multirresistentes foi comum entre os colonizados. A prevalência de portadores de Enterobacteriaceae foi elevada e o fenótipo de resistência dos isolados preocupante, especialmente pela multirresistência e produção de β-lactamases AmpC. As variáveis avaliadas revelaram realidades relevantes para o contexto da assistência à saúde e para a saúde do trabalhador. Os resultados desta pesquisa contribuíram com subsídios importantes para os programas de prevenção e controle das infecções nosocomiais, pois o conhecimento do estado portador reduz os riscos de transmissão de micro-organismos.

This thesis describes the detection, and characterization of putative extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) producing Escherichia coli isolated from feedlot cattle in southern Alberta. Cattle either received no antimicrobials or were administered subtherapeutic antimicrobials in feed. In total, 7,184 E. coli isolates were collected, and screened for resistance to either ceftazidime (2μg mL-1 ) or cefpodoxime (2μg mL-1), and from these results 237 E. coli isolates were considered presumptive ESBL producers. Antimicrobial resistant bacteria were isolated throughout the experiment; however, ESBL-producing E. coli were not prevalent throughout the study. In total, only three isolates (B221B1, C152C1, C98A1) exhibited the ESBL phenotype. Molecular subtyping of these isolates revealed no clonality between these strains. Molecular characterization of the 237 isolates investigated in this study revealed blaTEM to be the most prevalent AMR determinant among the ampicillin-resistant isolates with resistance to ceftazidime (2μg mL-1 ) or cefpodoxime (2μg mL-1). These data suggest that ESBLs are not frequent among Canadian feedlot cattle and MDR resistance (55 of 237) was observed but is not prominent among both the subgroup and total isolates collected. It was determined that isolate B221B1 was ESBL-producing, and harboured the blaTEM-1 gene. The genes responsible for ESBL production in isolates C98A1 and C152C1 were not characterized. In order to characterize the antimicrobial resistance (AMR) genes coding for ESBL-production in these 2 isolates, cloning and conjugation experiments were attempted. However, I was unable to resolve the mechanism responsible for ESBL phenotype in these two isolates. The results of this study imply that the development of ESBL-producing E. coli is complex, and is probably affected by both the administration of antimicrobials and numerous other presently undefined environmental factors. / xii, 104 leaves : ill. ; 28 cm

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T14:50:16Z No. of bitstreams: 1 Thiago Pavoni.pdf: 1955163 bytes, checksum: b15140ec10d9f1473101f075a2a57a86 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T14:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thiago Pavoni.pdf: 1955163 bytes, checksum: b15140ec10d9f1473101f075a2a57a86 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Drogas antimicrobianas e bactérias resistentes aos antimicrobianos estão disseminadas em grandes quantidades no ambiente, como resultado do aumento e freqüente uso indiscriminado dos antibióticos. Bactérias e seus genes de resistência têm sido detectados em diferentes ambientes, tais como esgoto hospitalar, esgoto doméstico e águas de rios contaminados. O esgoto hospitalar é um importante poluente, representando riscos para a saúde pública se chegar aos sistemas de distribuição. Ambientes fortemente seletivos, como os hospitais, permitem a geração bactérias resistentes, as quais podem ser lançadas no esgoto hospitalar. O presente trabalho tem como objetivo investigar a presença bactérias resistentes aos antimicrobianos em efluentes de uma estação de tratamento de esgoto hospitalar no Rio de Janeiro, avaliando o potencial do sistema de tratamento para a eliminação de micro-organismos. A estação de tratamento de esgoto fica localizada na região metropolitana. O sistema de lodo ativado por aeração prolongada é constituído por três partes básicas: o tanque de aeração, o decantador e o tanque de cloração. Vinte e quatro amostras de esgoto foram coletadas no período de Julho a Dezembro de 2008. Oito amostras (1000 mL) foram coletadas a partir de diferentes pontos: afluente, efluente do tanque decantador e efluente clorado. Micro-organismos indicadores também foram investigados. Os isolados bacterianos foram identificados a partir de provas bioquímicas convencionais. A sensibilidade aos antimicrobianos das bactérias isoladas foi determinada através do método fenotípico de difusão em ágar, de acordo com as orientações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). A identificação da produção fenotípica de beta-lactamases de espectro estendido e de carbapenemases entre os isolados também seguiram as recomendações do CLSI. Ensaios de PCR foram processados para a identificação dos genes blaKPC, blaTEM, blaSHV e blaCTX-M. A genotipagem das amostras bacterianas foi realizada por eletroforese em gel de campo pulsado. Concentrações significativas de coliformes totais e fecais foram detectadas nos efluentes hospitalares. Um total de 226 isolados foi identificado, entre os quais 213 (94%) pertenciam à família Enterobacteriaceae. Outros grupos de micro-organismos, como Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii e Aeromonas spp., foram também observados. A maioria das cepas era sensível ao imipenem e ao meropenem; e resistente à cefalotina, à cefotaxima e ao sulfametoxazol-trimetoprim. O fenótipo de ESBL foi caracterizado em 97 (43%) isolados. Os produtores de ESBL mais comuns foram: Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae e Escherichia coli. Micro-organismos patogênicos e altas taxas de resistência ainda puderam ser observados nos efluentes clorados. Os genes blaTEM, blaSHV e blaCTX-M foram detectados em 82%, 48% e 67% dos isolados do efluente hospitalar, respectivamente. Em muitos isolados, a ocorrência de mais de um tipo de ESBL foi observada, sendo a associação dos tipos TEM e CTX-M a mais frequente. O gene blaKPC foi detectado em dois isolados do efluente. Foi possível observar isolados clínicos e do esgoto geneticamente relacionados. Concluímos que, apesar do tratamento, o esgoto hospitalar pode ser considerado um veículo ambiental de disseminação de bactérias multirresistentes. A ocorrência destes micro-organismos nos efluentes é preocupante e tem impacto sobre a saúde pública. Medidas urgentes são necessárias para enfrentar este problema. Vale ressaltar que, em muitos países em desenvolvimento, os efluentes hospitalares não recebem tratamento adequado. / Antimicrobial drugs and antimicrobial - resistant bacteria are discharged in large quantities in the environment as a result of increasing ly frequent and indiscriminate use of antibiotics . Antimicrobial - resistant bacteri a and antimicrobial - resistant genes have been detected in different environments, such as domestic sewage, hospital sewage and sewage - contaminated river waters. Hospital sewage is an important pollutant , representing risks to public health if it reaches th e distribution system. The occurrence of strongly selective environments, such as hospitals, leads to an incre ase of multiresistant bacteria, which can be released in hospital sewage. The aim of this study was to investigate the antimicrobial - resistant bac teria isolated from a hospital sewage treatment plant in Rio de Janeiro city, evaluating the treatment plant’s potential to remove these microorganisms. The sewage treatment plant serve a hospital located in the metropolitan area of the Rio de Janeiro city (RJ), Brazil. The extended aeration activated sludge plant is divided into three parts, an aeration tank, a clarifier tank and a chlorine contact tank. During the study, twenty - four sewage samples were collected in the period from July to December 2008. E ight samples (1000 ml) were collected on each day from the following: influent; clarifier tank effluent; and chlorine contact tank effluent. Total and faecal coliforms concentrations were also determined . Isolates were identified using established biochemi cal procedures. The antimicrobial susceptibilities of bacterial isolates were determined using the agar diffusion method according to Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) guidelines. Isolates were screened for the KPC - and ESBL - producing phen otype according to the CLSI. PCR experiments were used for the molecular detection of bla KPC , bla TEM , bla SHV and bla CTX - M genes. The genetic relat ionships of isolates were determined by PFGE. High concentrations of total and faecal coliforms were detected in the influent , clarifier tank and chlorine contact tank effluent. A total of 226 isolates were identified, among which 213 (94%) were Enterobacteriaceae . In addition , Pseudomonas aeruginosa , Acinetobacter baumannii and Aeromonas spp . in hospital effluent were observed . The majority of the strai ns were susceptible to imipenem and meropenem and resistant to cefalothin, cefotaxime and trimethoprim - sulphametoxazole. ESBL phenotype was characterized in 97 (43%) isolates. The most common ESBL - producing isolates were: Klebsiella pneumoniae , Enterobacter cloacae , and Escherichia coli . Pathogenic microorganisms and higher antimicrobial resistance rates were detected in chlorine contact tank effluent. The bla TEM , bla SHV and bla CTX - M genes were detected in 82%, 48% a nd 67% of isolates respectively. Many of the isolates harboured other β - lactam resistance enzymes and the a ssociation of types TEM and CTX - M was more frequent. The bla KPC was detected in isolates from effluents. PFGE analysis revealed clonal types among cl inical isolates and isolates from effluents. Despite the treatment of the wastewater, hospital effluent may be considered as a potential environmental vehicle of multiresi s tant microorganisms. The occurrence of multiresistant bacteria isolates in hospital effluents is worrisome and has a real impact on public health. Urgent measures are necessary in order to counteract this problem. It should be noted that effluents from hospitals in developing countries do not receive adequate treatment

Made available in DSpace on 2015-11-11T12:04:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 22.pdf: 3102930 bytes, checksum: 2f67ffbd3b5474aacabccf998ea6f22e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Este estudo visou a caracterização molecular de mecanismos de virulência e resistência aos antimicrobianos em isolados de K. pneumoniae MDR provenientes de um hospital universitário em Recife-PE. Seis isolados de K. pneumoniae produtores de carbapenemase foram obtidos de pacientes hospitalizados na UTI de um hospital universitário do Recife. Os isolados apresentaram resistência a todos os antimicrobianos beta-lactâmicos e quinolonas testados, mas sensibilidade a amicacina, polimixina B e tigeciclina, por meio de microdiluição em caldo. A tipagem molecular por PFGE revelou que os isolados são intimamente relacionados, apresentando três subclones distintos. Dois STs foram detectados, o ST340 e o ST11, ambos pertencentes ao CC258. Os genes blaKPC-2 e blaSHV-11 foram detectados em todos os isolados, seguido do gene blaCTX-M-15 em quatro dos seis isolados e por fim os genes blaCTX-M-2, qnrB19, aac(6')-31 em dois dos seis isolados. Os genes blaKPC-2 e blaCTX-M-15 estavam presentes em um mesmo plasmídeo de aproximadamente 133 Kb pertencente ao IncI-gama em quatro isolados. Nos demais isolados os genes blaKPC-2 e blaCTX-M-2 eram carreados também por um plasmídeo de, aproximadamente, 133 Kb, entretanto, não foi possível tipar o mesmo com as metodologia utilizada. O gene qnrB19 foi detectado sendo carreado por um plasmídeo de 15 Kb pertencente ao IncY. Todos os isolados apresentaram integron de classe 1, associado com a resistência aos aminoglicosídeos / Mutações na região QRDR de GyrA (Ser83Ile) e ParC (Ser80Ile) foram detectadas em todos os isolados analisados, sendo esse o principal mecanismo de resistência as quinolonas detectadas ao longo do estudo. Adicionalmente, a permeabilidade de membrana externa foi analisada, verificando-se a ausência da Ompk35 em todos os isolados e da OmpK36 em uma das amostras analisadas. A investigação dos genes de virulência revelou a presença de antígenos capsulares do tipo K2 entre os isolados. Genes codificadores das fímbrias do tipo I e III foram detectados, assim como genes envolvidos na síntese de LPS e operon da urease. A presenca de micro-organismos multirresistentes e virulentos em unidades hospitalares reforça a necessidade de medidas para a rápida contenção de possíveis infecções hospitalares causadas por esses patógenos

Orientador: Mara Correa Lelles Nogueira / Banca: Renata Cristina Picão / Banca: Eleni Gomes / Resumo: Pseudomonas aeruginosa é um bacilo Gram-negativo, aeróbio, não formador de esporos encontrado no solo, água, plantas e animais, incluindo os seres humanos, onde provoca infecções oportunistas. Infecções causadas por P. aeruginosa são de difícil tratamento devido a sua virulência e resistência a vários antimicrobianos. Os carbapenêmicos são geralmente ativos contra P. aeruginosa multirresistentes, mas as altas taxas de resistência a estas drogas estão se tornando comuns e podem indicar a produção de metalo-betalactamases (MβLs). O propósito deste estudo foi detectar e identificar, em cepas de P. aeruginosa resistentes a carbapenêmicos genes que codificam a produção de MβLs (blaSPM, blaIMP e blaVIM) e ESBLs (blaCTX-M e blaGES), e avaliar a similaridade genética entre as cepas. Foram avaliadas sessenta cepas de P. aeruginosa resistentes aos carbapenêmicos isoladas de pacientes do Hospital de Base de São José do Rio Preto, no período de junho de 2009 a dezembro de 2009. Os testes de sensibilidade foram realizados de acordo com a padronização do "Clinical and Laboratory Standards Institute" (CLSI) (2009) utilizando o método de disco-difusão. O teste fenotípico para a produção de MβLs foi realizado através do método de aproximação de discos, com os substratos ceftazidima e imipenem e com o inibidor de MβLs 2-MPA. A detecção dos genes de MβLs blaIMP, blaVIM e blaSPM e de ESBLs blaCTX-M e blaGES foi realizada por PCR, e a identificação através de seqüenciamento. A avaliação da similaridade genética entre as cepas foi realizada nas amostras produtoras de MβL e ESBLs do tipo CTX-M através de PFGE. No teste de suscetibilidade por disco-difusão 98,3% (59/60) das cepas apresentaram resistência ao imipenem e 75% (45/60) ao meropenem. Polimixina B foi o único agente a inibir o crescimento de 100% das amostras... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Pseudomonas aeruginosa is a versatile microorganism, with low nutritional demands and easy proliferation in culture medium. It's a Gram-negative bacillus, aerobic, nonsporulated and it can be isolated from soil, water, plants and animals, including humans. P. aeruginosa infections are hard to treat because of its virulence and resistance to various antimicrobials. Carbapenens are usually active against multiresistant P. aeruginosa, but high levels of resistance to these antibiotics are becoming common and it can indicate metallo-beta-lactamases presence (MβLs). The purpose of this study was to detect and identify, in P. aeruginosa strains, MβL and ESBL encoding genes (blaSPM, blaIMP, blaVIM, blaCTX-M and blaGES) and to determine genetic similarity between the carrier strains. The study was done analyzing sixty P. aeruginosa strains resistant to carbapenens isolated at Hospital de Base de São José do Rio Preto, in the period of june/2009 to December/2009. The isolates were submitted to disc-diffusion susceptibility test, as standardized by the "Clinical and Laboratory Standards Institute" (CLSI) (2009). The phenotypic test for MβL production was performed by means of the double disk synergy method, having ceftazidime and imipenem used as substratum and 2-MPA as an inhibitor. The polymerase chain reaction (PCR) was used to detect the MβLs genes (blaIMP, blaVIM, blaSPM) and the ESBL genes (blaCTX-M and blaGES) and sequencing was carried out for their identification. The genetic similarity between the strains was evaluated in samples which were positive for MβLs and ESBLs genes using the PFGE technique. In disc-diffusion susceptibility test, 98,3% (59/60) of the strains were imipenem resistant and 75% (45/60) were meropenem resistant. All isolates were inhibited by Polymixin B. Tracheal aspirate were the most frequent isolated clinic specimen, with 40% (24/60) of total. / Mestre

A resistência aos antimicrobianos pela produção de β-lactamases em enterobactérias é um problema adicional neste cenário. Staphylococcus spp é considerado um patógeno humano freqüentemente associado a infecções adquiridas no ambiente hospitalar. O objetivo desse trabalho foi estudar a resistência aos antimicrobianos em cepas de Enterobactérias e Staphylococcus spp. isoladas de equipamentos utilizados no preparo de dietas destinadas à pacientes internados em um hospital universitário no município do Rio de Janeiro, além de verificar a presença de genes codificadores de enterotoxinas nas cepas de Staphylococcus spp. As enterobactérias e os Staphylococcus spp. foram isolados e identificados por metodologia convencional. Para o teste de susceptibilidade aos antimicrobianos foram utilizados discos contendo antimicrobianos clinicamente relevantes. Foi determinada a concentração inibitória mínima (CIM) pela técnica de microdiluição em caldo para os antimicrobianos clinicamente relevantes. A pesquisa de genes que codificam β-lactamases em enterobactérias foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento para os genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaOXA-1 e blaCMY-2. Para Staphylococcus spp. foram pesquisados, através da PCR e sequenciamento, os genes de resistência a meticilina, gentamicina e eritromicina e os genes codificadores de enterotoxinas (sea-see, seg-sej, sen-ser e seu). Foram isoladas 97 cepas de enterobactérias, 40 de liquidificador e 57 de batedeira e 40 cepas de Staphylococcus spp., 20 de cada equipamento. Dentre as enterobactérias, o gênero Enterobacter foi isolado com maior frequencia (n=37, 38%). Foram ainda isoladas seis cepas de Salmonella spp. Das enterobactérias, 80% (n=79) foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano e 38% (n=37) a três ou mais. A expressão fenotípica presuntiva de b-lactamases do tipo AmpC foi detectada em 32 cepas. O gene blaCMY-2 não foi encontrado. Doze cepas apresentaram halos de inibição com screaning positivo para a pesquisa de ESBL. Foi detectada a presença do gene blaSHV em K. pneumoniae subsp. pneumoniae. O sequenciamento desse gene permitiu identificá-lo como sendo blaSHV-36. Dentre os Staphylococcus spp., oito foram identificados como coagulase-positivas (SCP) e 32 como coagulase-negativas (SCN). As oito cepas de SCP foram identificadas como S. aureus subsp. aureus. Dentre os SCN, as espécies identificadas com maior frequência foram: S. caprae (n=7, 17,5%), S. simulans (n=5, 12,5%) e S. epidermidis (n=4, 10%). Destas, 83% (n=33) foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano e 30% (n=12) foram resistentes a mais do que três. Duas cepas (5%) de S. epidermidis apresentaram perfil de resistência a até seis antimicrobianos e genes de resistência a meticilina, a eritromicina e a gentamicina. Todas as sete cepas que foram resistentes no TSA e na CIM a gentamicina, apresentaram o gene aac(2)/aph(6). O gene ermB foi observado ainda em uma S hominis subsp hominis que apresentou resistência na CIM e no TSA. Foi detectada a presença de pelo menos um gene codificador de enteroxotxina em 83% (n=33) das cepas. O gene seg foi detectado em 11 cepas, o gene sei em 17 cepas e o gene sen em 31 cepas. Os resultados encontrados implicam as dietas preparadas com esses equipamentos como veículo de disseminação de enteropatógenos e Staphylococcus spp. com marcadores de resistência e genes codificadores de enterotoxinas relevantes no ambiente hospitalar.

A resistência aos antimicrobianos pela produção de β-lactamases em enterobactérias é um problema adicional neste cenário. Staphylococcus spp é considerado um patógeno humano freqüentemente associado a infecções adquiridas no ambiente hospitalar. O objetivo desse trabalho foi estudar a resistência aos antimicrobianos em cepas de Enterobactérias e Staphylococcus spp. isoladas de equipamentos utilizados no preparo de dietas destinadas à pacientes internados em um hospital universitário no município do Rio de Janeiro, além de verificar a presença de genes codificadores de enterotoxinas nas cepas de Staphylococcus spp. As enterobactérias e os Staphylococcus spp. foram isolados e identificados por metodologia convencional. Para o teste de susceptibilidade aos antimicrobianos foram utilizados discos contendo antimicrobianos clinicamente relevantes. Foi determinada a concentração inibitória mínima (CIM) pela técnica de microdiluição em caldo para os antimicrobianos clinicamente relevantes. A pesquisa de genes que codificam β-lactamases em enterobactérias foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento para os genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaOXA-1 e blaCMY-2. Para Staphylococcus spp. foram pesquisados, através da PCR e sequenciamento, os genes de resistência a meticilina, gentamicina e eritromicina e os genes codificadores de enterotoxinas (sea-see, seg-sej, sen-ser e seu). Foram isoladas 97 cepas de enterobactérias, 40 de liquidificador e 57 de batedeira e 40 cepas de Staphylococcus spp., 20 de cada equipamento. Dentre as enterobactérias, o gênero Enterobacter foi isolado com maior frequencia (n=37, 38%). Foram ainda isoladas seis cepas de Salmonella spp. Das enterobactérias, 80% (n=79) foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano e 38% (n=37) a três ou mais. A expressão fenotípica presuntiva de b-lactamases do tipo AmpC foi detectada em 32 cepas. O gene blaCMY-2 não foi encontrado. Doze cepas apresentaram halos de inibição com screaning positivo para a pesquisa de ESBL. Foi detectada a presença do gene blaSHV em K. pneumoniae subsp. pneumoniae. O sequenciamento desse gene permitiu identificá-lo como sendo blaSHV-36. Dentre os Staphylococcus spp., oito foram identificados como coagulase-positivas (SCP) e 32 como coagulase-negativas (SCN). As oito cepas de SCP foram identificadas como S. aureus subsp. aureus. Dentre os SCN, as espécies identificadas com maior frequência foram: S. caprae (n=7, 17,5%), S. simulans (n=5, 12,5%) e S. epidermidis (n=4, 10%). Destas, 83% (n=33) foram resistentes a pelo menos um antimicrobiano e 30% (n=12) foram resistentes a mais do que três. Duas cepas (5%) de S. epidermidis apresentaram perfil de resistência a até seis antimicrobianos e genes de resistência a meticilina, a eritromicina e a gentamicina. Todas as sete cepas que foram resistentes no TSA e na CIM a gentamicina, apresentaram o gene aac(2)/aph(6). O gene ermB foi observado ainda em uma S hominis subsp hominis que apresentou resistência na CIM e no TSA. Foi detectada a presença de pelo menos um gene codificador de enteroxotxina em 83% (n=33) das cepas. O gene seg foi detectado em 11 cepas, o gene sei em 17 cepas e o gene sen em 31 cepas. Os resultados encontrados implicam as dietas preparadas com esses equipamentos como veículo de disseminação de enteropatógenos e Staphylococcus spp. com marcadores de resistência e genes codificadores de enterotoxinas relevantes no ambiente hospitalar.

Introdução - A crescente resistência antimicrobiana em bactérias responsáveis por infecções hospitalares é um grande desafio à Saúde Pública. as B-lactamases de espectro estendido (ESBL), que hidrolisam a maioria dos compostos B-lactâmicos, são reconhecidas mundialmente como um grande problema para pacientes hospitalizados, devido à localização de seus genes em elementos transferíveis, facilitando sua disseminação. Objetivo - Caracterizar geneticamente cepas de Enterobactérias produtoras de ESBL isoladas de pacientes de um hospital público da cidade de São Paulo. Material e métodos - Todas as cepas de enterobactérias produtoras de ESBL isoladas em um ano foram submetidas a análises moleculares pela PCR, com iniciadores específicos para oito genes bla, e as cepas de Klebsiella pneumoniae ESBL positivas (ESBL-Kp) identificadas nesse período foram comparadas pela técnica de PFGE.Resultados - Os genes, bla(tem), bla(shv), bla(ctx-m), bla(per-2) bla(veb) and bla(ges) foram identificados em 9 espécies: Klebsiella pneumoniae (71,5 por cento), Escherichia coli (13,5 por cento), Morganella morganii (6 por cento), Proteus mirabilis (3 por cento), Klebsiella oxytoca (1,5 por cento), Providencia rettgeri (1,5 por cento), Providencia stuartii (1,5 por cento), Enterobacter aerogenes (0,75 por cento). Os genes bla(per-1) e bla(oxa) não foram detectados. O PFGE revelou 8 perfis moleculares principais em 68,4 por cento das ESBL-Kp, e 31,6 por cento das cepas não estavam relacionadas. Conclusões - Os resultados de PCR revelaram uma grande variedade de grupos de ESBL, e aparentemente este é o primeiro relato de grupos GES e VEB em enterobactérias no Brasil. / Introduction - The increasing antimicrobial resistance in pathogenic bacteria causing nosocomial infections is a major public health challenge. The extended-spectrum β-lactamases (ESBL), which hydrolyze most of β-lactams, are recognized worldwide as a great problem to hospitalized patients, due to the transferable location of their genes, which facilitates their spreading. Objective - Genetically characterize ESBL-producing Enterobacteriaceae strains isolated from patients of a Public Hospital in the city of São Paulo. Material and Methods - All Enterobacteriaceae ESBL-producing strains isolated in an 1-year period were submitted to molecular analysis by PCR with specific primers for eight bla genes, and all ESBL Klebsiella pneumoniae (ESBL-Kp) identified in this period were compared by the PFGE technique. Results - Genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaPER-2, blaVEB and blaGES were identified in 9 species: Klebsiella pneumoniae (71,5%), Escherichia coli (13,5%), Morganella morganii (6%), Proteus mirabilis (3%), Klebsiella oxytoca (1,5%), Providencia rettgeri (1,5%), Providencia stuartii (1,5%), Enterobacter aerogenes (0,75%) and Enterobacter cloacae (0,75%). Genes blaPER-1 and blaOXA were not detected in any strain. PFGE revealed 8 distinct main molecular patterns in 68,4% of ESBL-Kp, and 31,6% of the strains were totally unrelated. Conclusions - PCR results showed a great variety of ESBL groups in the institution, and apparently this is the first report of GES- and VEB-ESBL groups in enterobacteria in Brazil. The results suggest the spread of resistance genes in different strains of ESBL-Kp in some hospital wards, and also that some strongly related clones of these bacteria colonized patients from a neonatal ward in a 3-month period.