Les leucémies aiguës myéloïdes (LAM) du sujet âgé sont les plus fréquentes des leucémies aiguës. Bien que de physiopathologie hétérogène, elles partagent un pronostic défavorable. L’azacitidine est devenue un des traitements de référence pour les patients jugés inéligibles pour une chimiothérapie intensive mais les critères de sélection des patients entre ces deux approches sont controversés. L’identification de biomarqueur prédictif de réponse à l’azacitidine doit permettre de rationnaliser ce choix thérapeutique. Les facteurs pronostiques classiques d’une cohorte de 334 patients atteints de LAM manquent de précision pour guider la meilleure stratégie pour un patient donné. A partir du séquençage de 224 patients traités par azacitidine, nous montrons un impact défavorable des mutations de TP53 sur la survie globale, quel que soit leur caractérisation fonctionnelle. Le séquençage des exomes de 49 patients selon leur réponse à l’azacitidine (26 répondeurs et 23 non répondeurs), suivi du re-séquençage ciblé de 4 polymorphismes chez 175 patients a montré un impact positif du polymorphisme rs7622799 de MECOM sur la survie globale sous azacitidine. / Elderly patients with acute myeloid leukemias (AML) represent the most frequent acute leukemias. Although they differ in their pathophysiology, they all share an adverse prognosis. Azacitidine has become one of the reference low-intensity frontline therapy for patients deemed unfit for intensive chemotherapy. Patients selection between these 2 options remains controversial. Predictive biomarkers of response to azacitidine should allowed to rationalize this decision making. Classical prognosis factors of a cohort of 334 newly diagnosed AML lack of precision to determine the optimum strategy for any individual patient. By sequencing of a 224-patients series of azacitidine-treated AML patients, we demonstrate an adverse impact of TP53 mutation on overall survival, irrespective of the functional characterization of p53 mutants. Exome sequencing of 49 patients with extreme phenotype as defined by their response under azacitidine (26 responders versus 23 non-responders), followed by targeted sequencing of 4 common polymorphisms in a validation set of 175 patients, showed a positif impact of MECOM rs7622799 on overall survival.

A cascade of metabolomic studies have been developed in the recent decade. The application of metabolomics in the clinical field has been shown to be promising since even subtle physiological changes can be revealed by a metabolomic study which determines variations in the metabolome.Personalized clinical care is currently proposed for almost all the diseases, however, it is still difficultto be executed for the scarce of clinical biomarkers. This thesis work concerns the applications of both ¹H NMR-based and MS-based metabolomics in the determination of potential serumbiomarkers which help to improve personalized diagnosis and prognosis. It is composed by twoprincipal parts. The first part of the work aims to find out metabolite biomarkers predicting themortality of septic shock before clinical intervention and first 12 hours after hospitalization using NMR-based and LC-MS-based metabolomic methods respectively. The goal of the second part of the work is to seek potential biomarkers predicting the recurrence of HCC before and after RFA treatment. Our findings not only show that both the two applied techniques were useful for the discovery of novel clinical biomarkers, but also show that the two techniques are complementary / De nombreuses études métabolomiques a été développée au cours de la dernière dizaine année.L'application de la métabolomique dans le traitement clinique s'est révélée prometteuse puisque même des faibles modifications physiologiques peuvent être révélées par une étude métabolomique. Des soins cliniques personnalisés sont actuellement proposés pour presque toutes les maladies, mais il est encore difficile de les réaliser à cause du manque de biomarqueurs cliniques. Ce travail de thèse a pour le but de la détermination de biomarqueurs cliniques par la spectroscopie RMN et par la spectrométrie de masse. Il est composé de deux parties : la première partie du travail vise à déterminer les biomarqueurs des métabolites prédisant la mortalité du choc septique avant l'intervention clinique et les 12 premières heures après l'hospitalisation en utilisant respectivement des méthodes métaboliques basées sur la RMN et la LC-MS. L'objectif de la deuxième partie du travail est de rechercher des biomarqueurs potentiels prédisant la récidive du CHC avant et après le traitement RFA. Nos résultats montrent non seulement que les deux techniques appliquées ont été utiles pour la découverte de nouveaux biomarqueurs cliniques, maismontrent également que les deux techniques sont complémentaires.

Le sujet de cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet NODDICCAP initié par l'entreprise bioMérieux et visant le développement de Nouveaux Outils pour le Dépistage, le DIagnostic, l'évaluation du pronostic et le suivi du Cancer Colorectal par une Approche Protéomique. Le développement de ces nouveaux outils passe nécessairement par l'identification de marqueurs tumoraux discriminants et spécifiques du cancer colorectal. L'objectif de la thèse a été d'optimiser l'analyse des images et des données issues de la technologie DIGE (Differential In-Gel Electrophoresis), afin de permettre la découverte de marqueurs potentiels du cancer colorectal. Après avoir identifié les maillons faibles de la chaîne de traitement classique des images de gel d'électrophorèse 2D, nous avons été amenés à reconsidérer les approches utilisées et à rechercher des méthodes de traitement d'image et de données innovantes, ou bien existantes mais issues de domaines voisins. Le choix des méthodes a été guidé par l'évaluation de leur efficacité en comparaison aux méthodes classiquement employées, et également par les contraintes liées au contexte biologique et technologique. Les principales avancées issues de ce travail sont la définition du schéma expérimental, l'approche stratégique de l'analyse d'images ainsi que l'analyse statistique des données. En ce qui concerne le schéma expérimental, le choix d'une lignée cellulaire comme standard commun a permis un meilleur recoupement des données entre différentes expériences. L'analyse stratégique de l'analyse d'image a été améliorée grâce à l'utilisation d'un patron de détection unique. Ce patron unique a été réalisé à l'aide d'une méthode de fusion d'images originale permettant une juste représentativité de chacune des tâches protéiques de l'ensemble des images considérées. Enfin, les méthodes pour l'analyse statistique des données ont tenu compte de l'intensité des tâches protéiques grâce à une régulation de la variance lors de la comparaison des ratios. Par ailleurs, la spécification par le biologiste d'un profil de risque a permis, par exemple, de porter une plus grande attention aux protéines fortement exprimées. L'ensemble des méthodes mises en place depuis l'acquisition des images jusqu'à la découverte et la visualisation des marqueurs protéiques potentiels constitue le workflow IDADIGE (Image and Data Analysis for Differential In Gel Electrophoresis). Ce workflow exploite différents logiciels ainsi que plusieurs fonctions implémentées sous Matlab et regroupées sous le nom ProDIGE. L'exploitation par le laboratoire de protéomique de bioMérieux du workflow IDADIGE a été utilisée en routine et a permis la découverte de marqueurs protéiques du cancer colorectal qui doivent maintenant être validés biologiquement.

Les pyréthrinoïdes et les pyréthrines sont des insecticides neurotoxiques auxquels on attribue également des effets néfastes sur les systèmes immunitaire, hormonal et reproducteur. Ils sont abondamment utilisés en agriculture, mais aussi en horticulture, en extermination et dans le traitement d’infestations parasitaires humaines et animales (gale, poux). Il y a donc un intérêt en santé environnementale à connaître l’ampleur de l’exposition humaine à ces pesticides. La mesure des métabolites urinaires des pyréthrinoïdes et des pyréthrines apparaît une approche de choix pour arriver à cette fin puisqu’elle permet, en théorie, d’obtenir un portrait global de l’exposition. Or,traditionnellement et par soucis de simplicité les concentrations volumiques ou ajustées pour la créatinine) de ces biomarqueurs dans des urines ponctuelles sont déterminées, mais l’effet de l’utilisation de ces unités sur la validité des estimations de dose quotidienne absorbée n’a jamais été vérifié. L’objectif général de cette thèse était donc de développer, appliquer et valider une nouvelle stratégie de mesure et d’analyse de biomarqueurs pour améliorer la précision et la fiabilité des évaluations de l’exposition individuelles et populationnelles aux pyréthrinoïdes et pyréthrines. Les objectifs spécifiques étaient : i) de caractériser l’exposition humaine à ces contaminants en région urbaine et rurale au Québec et ii) de comparer la validité de la nouvelle stratégie de mesure et d’analyse de biomarqueurs urinaires proposée avec les autres méthodes plus usuelles utilisées pour estimer l’exposition individuelle et populationnelle et les doses absorbées de pyréthrinoïdes. Des adultes et des enfants, recrutés dans la population de l’Île de Montréal et de la Montérégie ont recueilli leurs urines pendant une période d’au moins douze heures et complété un questionnaire documentant les sources potentielles d’exposition. Les quantités de métabolites de pyréthrinoïdes et pyréthrines (pmol) mesurées dans les urines ont été ajustées pour une période de douze heures exactement et pour le poids corporel. Les quantités excrétées en région urbaine ont été comparées à celles excrétées en région rurale et les données individuelles et populationnelles ont été comparées à celles qui auraient été obtenues si des concentrations volumiques ou ajustées pour la créatinine avaient été mesurées. Les résultats montrent que l’exposition à ces pesticides est ubiquiste puisque plus de 90% des participants excrétaient les principaux métabolites de pyréthrinoïdes et pyréthrines à un niveau supérieur au seuil de détection analytique. Les résultats suggèrent que l’alimentation pourrait être à l’origine de ce niveau de base puisque les autres sources d’exposition connues n’ont été que rarement rapportées. Au Québec, l’exposition en milieu rural apparaissait légèrement plus importante qu’en milieu urbain et certains facteurs d’exposition, comme l’utilisation de pesticides domestiques, ont été rapportés plus fréquemment en milieu rural. Enfin, il a été démontré que la mesure des concentrations volumiques ou ajustées pour la créatinine de biomarqueurs est une approche qui peut entraîner des biais importants (jusqu’à 500% d’erreur et plus) en particulier lors de l’évaluation de l’exposition individuelle. Il est évident que les autorités de santé publique et de santé environnementale employant des biomarqueurs urinaires afin d’évaluer l’exposition aux pyréthrinoïdes et aux pyréthrines (ainsi qu’à d’autres molécules ayant des demi-vies d’élimination similaire)devraient diriger leurs efforts vers la mesure des quantités excrétées pendant une période d’au moins douze heures pour obtenir un portrait le plus valide possible de l’exposition. Il serait aussi souhaitable de mieux documenter la toxicocinétique de ces molécules chez l’humain afin d’établir avec une plus grande confiance la relation entre les quantités excrétées de biomarqueurs et les doses absorbées de ces contaminants. / Pyrethroids and pyrethrins are neurotoxic insecticides also considered to have negative effects on the immune, endocrine and reproductive systems. They are abundantly used for agricultural and horticultural purposes, for pest control and to treat human and animal parasitic infestations (scabies, lice). Consequently, there is in environmental health an interest in evaluating the extent of human exposure to these pesticides. The measurement of pyrethroid and pyrethrin metabolites in urine seems to be the best approach because it provides in theory a global depiction of the exposure. Because of it straightforwardness, it is common practice to use the biomarkers volume-weighted or creatinine-adjusted concentrations in spot urine samples, however the validity of daily doses estimates derived from these units has yet to be assessed. The main goal of this research was to develop, apply and validate a new approach to the measurement and analysis of biomarkers to improve the precision and the reliability of estimates of pyrethroid and pyrethrin exposure at the individual and population levels. The specific objectives were: i) to characterize human exposure to these contaminants in urban and rural populations in Quebec and ii) to assess the validity of this new strategy of measurement and analysis of urinary biomarkers with the biological monitoring strategies generally used to assess individual and population pyrethroid exposure and absorbed doses. Adults and children recruited in the population of the Island of Montreal and of Monteregie collected their urines for at least twelve hours and filled a questionnaire about their potential sources of exposure. The amounts of pyrethroid and pyrethrin metabolites measured in urine (pmol) were adjusted to a fixed twelve hour period and for the body weight. The amounts excreted in the urban area were compared to those from the rural area and individual and population data were compared to those that would have been obtained if volume-weighted or creatinine-adjusted concentrations would have been used. Results show that exposure to these pesticides is very common, with more than 90% of the participants excreting the main pyrethroid and pyrethrin metabolites above the analytical limit of detection. These results also suggest that the diet could be the main contributor to this base level because the other known sources of exposure were rarely reported. In the province of Quebec, the exposure in a rural area seemed slightly more important than in an urban area and some exposure factors, like the use of household pesticides, were reported more frequently in rural area. Finally, it was shown that the measurement of volume-weighted or creatinine-adjusted concentrations is an approach that can lead to an important bias (an error of up to 500% and more) especially for the assessment of individual exposure. It becomes obvious that public health and environmental health authorities using urinary biomarkers to assess pyrethroid and pyrethrin exposure (or other compounds with similar half-lives) should focus their efforts on measuring the amounts excreted during a period of at least twelve hours to obtain the best picture of the exposure. It would also be pertinent to increase the knowledge of the toxicokinetic behaviour of these compounds in humans in order to establish with greater confidence the relation between the excreted amounts and the absorbed doses of these contaminants.

En dépit de nombreux essais thérapeutiques, les syndromes septiques sont la première cause de mortalité en service de soins intensifs. La population septique étant très hétérogène, une meilleure caractérisation des patients serait essentielle afin de mieux individualiser et cibler les thérapeutiques potentiellement bénéfiques. Une approche multiparamétrique de l'utilisation des biomarqueurs est une alternative qui viserait à appréhender la situation de manière plus globale. Notre travail s'inscrit dans ce contexte au travers de l'étude plus spécifique de la défaillance des systèmes cardio-vasculaire et immunitaire. Au-delà de la confirmation de l'intérêt des biomarqueurs présentement étudiés (prohormones cardio-vasculaires et PD-1) dans la prédiction de la mortalité et du risque d'infections nosocomiales, nos résultats apportent des éléments nouveaux. Nous avons montré que (1) la sur-expression des molécules PD-1 est associée à l'énergie leucocytaire, (2) un même biomarqueur peut apporter une information différente au cours du temps, (3) l'information apportée par l'analyse simultanée de deux biomarqueurs est supérieure à celle de la somme de leurs valeurs individuelles, et (4) l'expression dynamique d'un biomarqueur est meilleure que son expression à un temps donné. Au total, notre travail illustre l'intérêt potentiel d'un panel de biomarqueurs pour mieux appréhender la complexité des états septiques et leur rapide évolution. Il reste néanmoins à développer des outils biostatistiques capables de donner au clinicien une vision globale en temps réel des processus en cours. Cela constituera une étape clé pour mieux stratifier et cibler les prochains essais cliniques dans le domaine.

La pollution croissante des milieux aquatiques nécessite la mise au point de nouvelles technologies permettant d'optimiser la surveillance de la qualité de l'eau. Dans ce contexte, nous avons développé un biomarqueur de susceptibilité du degré de la pollution globale des milieux aquatiques intitulé " Sentinelle ". Le principe du biomarqueur Sentinelle est basé sur le niveau de coexpression de deux protéines " Multidrug Resistance " (MDR), la protéine ABCG2-like et la P-gp, dans les érythrocytes de la truite Salmo trutta fario. Le biomarqueur sentinelle a été validé en conditions in vitro grâce au développement des cultures primaires d'érythrocytes de truite. Après l'exposition des globules rouges de truites à des concentrations croissantes d'un polluant modèle, le Benzo-a-pyrène, l'expression de la protéine ABCG2-like et de la P-gp augmente d'une manière dose dépendante. Le biomarqueur Sentinelle a ensuite été validé en milieu naturel sur des truites fario en provenance de différents cours d'eau d'Auvergne. En milieu naturel, les deux protéines MDR sont exprimées différemment dans les érythrocytes de truites fario selon le degré de contamination du cours d'eau. En effet, dans une rivière où la pollution est faible voire nulle, seule la protéine ABCG2-like est exprimée, alors que dans une rivière présentant une contamination plus importante, la P-gp et l'ABCG2-like sont toutes les deux coexprimées par une réponse de type relais. Les expériences menées en conditions in vitro et en milieu naturel, laissent supposer que la protéine ABCG2-like assure une fonction de garde alors que la P-gp assurerait une fonction de protection défensive. En conséquence, selon le niveau d'expression de la protéine de garde et de la protéine de défense, le degré de contamination de la rivière pourrait être évalué. L'intérêt de l'utilisation du biomarqueur Sentinelle a aussi été validé sur des Salmonidés en provenance de pisciculture. Ce nouvel outil biologique apporte des informations plus intégratives et plus précoces sur la qualité des milieux aquatiques, informations essentielles pour une meilleure gestion des ressources en eau.

Les HAP sont des polluants ubiquitaires de l'environnement. Certains d'entre eux, comme le benzo[a]pyrène (B[a]P) sont cancérigènes pour l'homme. Il est donc primordial d'évaluer l'exposition des individus au B[a]P. Pour cela, la mesure des adduits de l'ADN est d'un intérêt majeur puisqu'elle permet de quantifier la dose génotoxique. Deux voies métaboliques du B[a]P conduisent à la formation de divers adduits de l'ADN. Afin de définir de nouveaux biomarqueurs d'exposition, nous avons cherché à identifier la nature chimique des adduits majoritairement formés dans des modèles cellulaires de kératinocytes et d'hépatocytes humains exposés au B[a]P. Pour cela, une méthode analytique par chromatographie liquide haute performance couplée à la spectrométrie de masse en mode tandem a été mise au point pour permettre le dosage spécifique de sept adduits, avec une limite de détection de l'ordre de 1 adduit/108 nucléosides normaux. Les adduits majoritaires sont les adduits stables du diol-époxyde du B[a]P (BPDE), et les cinétiques de formation et de réparation sont différentes entre les deux types cellulaires. Chez l'homme, la méthode analytique développée ne nous a pas permis de mettre en évidence ces adduits que ce soit dans l'urine de sujets exposés professionnellement aux HAP ou dans l'ADN lymphocytaire de sujets fumeurs. De plus les nucléosides oxydés dans l'urine s'avèrent ne pas être de bons biomarqueurs d'effet des HAP. Les adduits stables du BPDE apparaissent donc comme des biomarqueurs pertinents de l'exposition au B[a]P, mais il est nécessaire d'améliorer la limite de détection de notre méthode pour permettre leur dosage chez l'homme.

Les biomarqueurs sanguins peuvent être utilisés pour définir le pronostic des patients ou permettre de déterminer les altérations moléculaires des cancers, et peut-être pouvoir guider les traitements de thérapies ciblées.Les cellules tumorales circulantes sont le reflet de la cascade métastatique et de la progression tumorale. La détection et la caractérisation des CTC est un domaine clé de la recherche dans le cancer. Cependant, il n'existe pas de méthode standard pour la détection des CTC, et le premier objectif de notre étude a été de comparer deux systèmes de détection des CTC basé sur l'expression de l'antigène EpCAM (CellSearch), ou la taille des cellules (ISET). Nos résultats montrent qu'il existe une bonne corrélation pour la détection des CTC dans les cancers du sein ou de la prostate, mais pas dans les cancers bronchiques. Ces résultats suggèrent qu'il est nécessaire de développer d'autres techniques de détection des CTC pour l'énumération et la caractérisation pour permettre une médecine de précision.A ce jour il n'existe aucun marqueur validé pour prédire l'efficacité des antiangiogéniques. Les CEC et CEP sont des marqueurs prometteurs. Dans notre étude, nous avons fait l'hypothèse que les CEC et les CEP pouvaient être pronostic de la survie des patients inclus dans les études de phases précoces. Nos résultats montrent qu'un taux élevé de CEP est associé à un mauvais pronostic, et que les CEP pourraient permettre de mieux sélectionner les patients. En conclusion, les marqueurs sanguins comme les CTC, les CEC ou les CEP peuvent être utilisés comme des facteurs pronostiques ou permettre une caractérisation moléculaire, et être une partie intégrante des programmes de médecine de précision.

L'accident vasculaire cérébral (AVC) est la principale cause de handicap acquis chez l'adulte. Au-delà de l'étroite fenêtre thérapeutique et des risques éventuels de la thrombolyse et de la thrombectomie mécanique, la thérapie cellulaire par cellules souches présente un fort potentiel. Plusieurs études ont montré que les cellules souches transplantées peuvent améliorer la récupération fonctionnelle après un AVC sur des modèles de rongeurs. L’imagerie multiparamétrique par résonance magnétique (IRM), qui inclue l'imagerie de diffusion et de perfusion, est aujourd’hui le protocole standard pour caractériser l'AVC. L'imagerie permet également de suivre in vivo les mécanismes sous-jacents de la thérapie cellulaire après un AVC de la phase aigüe à la phase chronique. Cependant, la quantification de l'hétérogénéité spatiale des lésions, clairement visible par IRM, reste un défi à l'heure actuelle. En effet, les techniques d'analyses d'images utilisées en routine sont basées sur le calcul des valeurs moyennes à partir de régions d'intérêts (ROI). Cette technique par ROI ne peut pas refléter l'hétérogénéité intra-lésionnelle. C'est pourquoi, de nouvelles stratégies d'analyses d'images doivent être développées et évaluées afin de quantifier l'hétérogénéité des lésions ischémiques mais aussi pour suivre l'évolution de cette hétérogénéité au cours du temps. Des approches utilisant des analyses par histogramme permettent d'évaluer l'hétérogénéité des lésions mais perdent l'information spatiale. Une alternative est l'utilisation d'une analyse d'image à l'échelle du voxel appelée "Parametric Response Map (PRM)". Cet outil a été décrit comme plus sensible que l'analyse par ROI dans le pronostic mais aussi dans le suivi thérapeutique chez des patients porteurs de tumeurs cérébrales ou encore atteints d'hémorragies cérébrales.Mon projet de thèse est divisé en deux parties: une étude préclinique chez le rat et une étude clinique (projet ISIS / HERMES). La première partie de ma thèse vise à évaluer les changements physiopathologiques mesurés par l'IRM après un traitement par cellules souches mésenchymateuses humaines (CSMh) sur un modèle d'AVC chez le rat. Des animaux présentant une occlusion transitoire de l'artère cérébrale moyenne (oACM) ou non (Sham) ont été traités ou non par une injection de CSMh. Au cours de cette étude, différents paramètres IRM ont été cartographiés en utilisant une IRM 7T (4 temps d'imagerie): le coefficient apparent de diffusion (ADC), le volume sanguin cérébral (CBV) et l'indice de taille des vaisseaux (VSI). Les cartes d'ADC, CBV et VSI ont été analysées en utilisant l'approche classique par ROI mais aussi par PRM. L'objectif de cette étude était de déterminer si l'analyse par PRM était capable de détecter plus précocement l'effet des CSMh que l'analyse par ROI. Durant la seconde partie de ma thèse, 6 paramètres IRM (imagerie de diffusion et de perfusion) ont été acquis chez 30 patients AVC. Les données IRM, analysées par valeur moyenne classique et par PRM, ont été corrélées avec des évaluations de la récupération fonctionnelle : le score NIHSS (National Institutes of Health Stroke Score) et l'échelle de Rankin modifiée (mRS) mesurés à différents temps post-ischémie. L’analyse PRM des cartes paramétriques IRM révèle des changements fins de la lésion et corrèle avec le pronostic à long terme après l’ischémie.En conclusion, la PRM pourrait être utilisée comme biomarqueur d’efficacité thérapeutique (combinaison d’images IRM et d’outils innovants d’analyse d'images) et comme biomarqueur pronostique des patients AVC. / Stroke is the leading cause of disability in adults. Beyond the narrow time window and possible risks of thrombolysis and mechanical thrombectomy, cell-therapies have strong potential. Reports showed that transplanted stem cells can enhance functional recovery after ischemic stroke in rodent models.To assess the mechanisms underlying the cell-therapy benefit after stroke, imaging is necessary. Multiparametric magnetic resonance imaging (MRI), including diffusion-weighted imaging (DWI) and perfusion-weighted imaging (PWI), has become the gold standard to evaluate stroke characteristics. MRI also plays an important role in the monitoring of cerebral tissue following stroke from the acute to the chronic phase. However, the spatial heterogeneity of each stroke lesion and its dynamic reorganization over time, which may be related to the effect of a therapy, remain a challenge for traditional image analysis techniques. To evaluate the effect of new therapeutic strategies, spatial and temporal lesion heterogeneities need to be more accurately characterized and quantified.The current image analysis techniques, based on mean values obtained from regions of interest (ROIs), hide the intralesional heterogeneity. Histogram-based techniques provide an evaluation of lesion heterogeneity but fail to yield spatial information. The parametric response map (PRM) is an alternative, voxel-based analysis technique, which has been established in oncology as a promising tool to better investigate parametric changes over time at the voxel level which concern the therapeutic response or prognosis of disease.The PhD project was divided into two parts: a preclinical and a clinical study. The goal of the first study was to evaluate the PRM analysis using MRI data collected after the intravenous injection of human mesenchymal stem cells (hMSCs) in an experimental stroke model. The apparent diffusion coefficient (ADC), cerebral blood volume (CBV) and vessel size index (VSI) were mapped using 7T MRI. Two analytic procedures, the standard whole-lesion approach and the PRM, were performed on data collected at 4 time points in transient middle cerebral artery occlusion (MCAo) models treated with either hMSC or vehicle and in sham animals. During the second PhD project, 6 MR parametric maps (diffusion and perfusion maps) were collected in 30 stroke patients (the ISIS / HERMES clinical trial). MRI data, analyzed with both a classic mean value and a PRM approaches, were correlated with the evaluation of functional recovery after stroke measured with the National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS) and the modified Rankin Scale (mRS) at 4 time points.In both studies, PRM analysis of MR parametric maps reveals fine changes of the lesion induced by a cell therapy (preclincal study) and correlate with long-term prognosis (clinical study).In conclusion, the PRM analysis could be used as an imaging biomarker of therapeutic efficacy and of prognostic biomarker of stroke patients.

Le carcinome de Merkel est un cancer cutané de différenciation neuroendocrine rare, mais agressif, dont le facteur étiologique principal est le polyomavirus de Merkel (MCPyV). L’objectif de ce travail a été d’identifier des marqueurs virologiques et cellulaires pronostiques ou théranostiques à l’aide d’une cohorte historicoprospective de patients ayant un carcinome de Merkel. Les patients ayant des titres élevés d’anticorps dirigés contre la protéine de capside VP1 du MCPyV ont un pronostic favorable, tandis les anticorps dirigés contre les oncoprotéines virales reflètent l’évolution tumorale. Par ailleurs, il existe une hétérogénéité d’expression des récepteurs à la somatostatine dans les carcinomes de Merkel. Ce marqueur cellulaire peut constituer un outil théranostique lors de thérapies ciblées utilisant les analogues de la somatostatine. Enfin, nos travaux actuels portent sur l’évaluation de l’immunité cellulaire chez ces patients, avec une étude ayant montré la valeur pronostique du ratio neutrophiles/lymphocytes sanguin. / Merkel Cell Carcinoma is a rare and aggressive neuroendocrine skin cancer. The Merkel cell polymavirus has been identified as the main etiological agent of such cancer. We aimed to identify viral and cellular markers relevant as prognostic and theranostic tools in patients with Merkel Cell Carcinoma. Using serological immunoassays, we observed that patients with high levels of serum antibodies against the MCPyV major capsid protein at baseline had better outcomes, whereas antibodies directed against the MCPyV oncoproteins reflected the tumor burden and course of disease. We also demonstrated that Merkel Cell Carcinoma tumors displayed a heterogeneous expression of receptors to somatostatin, which could constitute a theranostic tool for the use of targeted therapies using somatostatin analogs. Finally, current studies focus on the assessment of cellular immunity in Merkel Cell Carcinoma patients. Our results indicate that the blood neutrophil-to-lymphocyte ratio is an independent marker of mortality in Merkel Cell Carcinoma patients.