CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPEMIG - Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Tese (Doutorado) / O sistema imune é um importante mecanismo de defesa contra agressões, bem como participa na manutenção do equilíbrio orgânico. As moléculas sinalizadoras do sistema imune além de participarem de sinais que visam eliminar os antígenos, se relacionam com danos teciduais. Desta forma se tornam importantes alvos de estudos. Com o advento de técnicas imunológicas, nano biotecnológicas e ainda a inserção das ciências ômicas tem avançado em passos largos na busca de respostas ao desenvolvimento e interações de doenças, assim como na inserção de novas terapias ou mesmo mecanismos de prevenção. Essa abordagem traz 5 capítulos, todos relacionam o estudo de moléculas sinalizadoras para indução, tratamento ou diagnóstico de doenças. O primeiro capítulo aborda de forma geral todos os temas que foram discutidos ao longo da tese. O segundo capítulo aborda a interação de um beta bloqueador adrenérgico não seletivo com proteínas sinalizadoras da resposta inflamatória na doença periodontal associadas à participação da indução de doenças cardiovasculares. Os resultados demonstram uma diminuição das proteínas associadas com desenvolvimento de doença cardiovasculares após tratamento com antagonista beta adrenérgico não seletivo em baixas concentrações. O terceiro relaciona descritores que possibilitam a indicação de principais proteínas sinalizadores na doença periodontal crônica no idoso. Neste relatamos a falta de associação e/ou abordagens que inclua esta importante população relacionada com diminuição da capacidade responsiva do sistema imune e aumento de índices de doença periodontal. Ainda assim, evidenciamos uma proteína que pode estar relacionada ao processo fisiopatogênico da doença periodontal, incluindo ao idoso, a IL-33; da qual é relacionada com a ativação de osteoclastos independente de RankL. Após certificar do aumento de moléculas sinalizadoras, e evidentemente com o aumento de metabólitos no local que ocorre o processo inflamatório, o estudo foi direcionado para predizer alvos para diagnóstico na doença periodontal crônica do idoso. Esta abordagem do 4º capítulo permitiu a predição de 2 metabólitos fortemente correlacionado na população idosa com doença periodontal crônica. Por fim no quinto capítulo predizemos possíveis sequências com alta associação em se relacionar com o eixo IL-33/ST2, eixo este relacionado com a fisiopatogênese de diversas doenças inflamatórias, mediadas pelo perfil Th2, incluindo a doença periodontal crônica. Nesta abordagem foi possível indicar sequências com alto potencial na monitoração da ativação e/ou repressão de ST2, tanto diretamente pela interação de um pequeno peptídeo no sítio de ligação ST2, como pela interação com a proteína ligante a IL-33. Contudo esta tese permitiu contribuir para uma melhor compressão dos mecanismos fisiopatológicos da doença periodontal crônica experimental, bem como na indicação de um possível marcador biológico ao diagnóstico e tratamento da doença.

Dengue fever is caused by an arbovirus of the Flaviridae family, transmitted from person to another through an intermediate fly vector, Aedes aegypti. It is a tropical and subtropical infectious disease characterized by fever and strong pain in joints, which could also lead to bleeding in its hemorrhagic form. In this investigation, Phage Display technology was used to identify recombinant peptides with affinity to polyclonal antibodies (IgY) raised in immunized chickens with total proteins of the DENV-3 culture. Animal sera was purified in a HiTrap column and concentrated through dialysis. The IgY s were immunoreactive against DENV cultures, but were not type specific. Phage clones were selected from a random peptide library (PhD-7) in four cycles of biopanning against IgY. Selected phages were amplified in deepwell microtiter plates and submitted to ELISA tests. Immunoreactive clones against IgY were sequenced, translated and analysed through bioinformatics. Fourteen distinct clones were selected and aligned against viral proteome sequences and among themselves. Three consensus sequences among phage clones were detected: VLRN, APP and LPP. The peptide search in BLASTp showed similarity to the following viral proteins: polyprotein, envelop, and the nonstructural proteins NS1, NS2a, NS3 and NS5. All of them have matched with DENV-1, -2, -3, and/or -4 sequences, corroborating with the lack of type specificity of the raised IgY. Considering the VLRN motif, the analyses of antigenicity indexes of similar peptides demonstrated that its antigenicity is highly influenced by neighboring residues. Three-dimensional analysis of the DENV-2 capsid protein, with the alignment of the VLRN motif, have identified two target sequences, NRVSTVQQL and EIGRMLNILNRR, that are present in the polyprotein of all four viral types, which may contain the two possible domains VxRN and LRN, respectively. Six selected phages have presented known protein domains, and five of them presented specific phosphorylation and glycosylation sites, similar to known eukaryotic viruses; however, they may not be physiologically active sites in the dengue virus. Finally, the peptides were used to detect human IgG and IgM. ELISA tests were performed in two patients with isolated infections of DENV-1 or DENV-3. The reactivity of the 14 clones was superior to total antigens obtained from cultures, but they were not type specific. / RESUMO - GERAL A dengue é uma doença infecciosa febril aguda, transmitida de uma pessoa doente a uma pessoa sadia pela picada da fêmea contaminada de um mosquito Aedes aegypti. A doença é causada por um arbovírus, membro da família Flaviviridae e do gênero flavivirus. Existem quatro tipos de vírus da dengue: Dengue 1, Dengue 2, Dengue 3 e Dengue 4, e há um grande espectro de manifestações clínicas da doença, sendo as duas principais, a dengue clássica e a dengue hemorrágica. O diagnóstico geralmente é baseado em sintomas, e laboratorialmente é tardio, no entanto vários testes específicos para cada sorotipo. A tecnologia do Phage Display (exposição de biomoléculas em fagos) tem sido amplamente utilizada no mapeamento de epítopos de diversos antígenos, constituintes de vários agentes causadores de doenças. Com o objetivo de selecionar peptídeos recombinantes expressos no capsídeo de bacteriófagos produziu-se soro policlonal em galinhas previamente sensibilizadas com proteínas totais do vírus da dengue tipo 3. Após 4 ciclos de seleção de uma biblioteca de fagos com peptídeos recombinantes lineares de 7 resíduos contra a IgY policlonal, 14 fagos imunorreativos foram selecionados e suas seqüências de ácidos nucléicos foram posteriormente analisadas por bioinformática. Foi possível identificar domínios protéicos comuns entre os peptídeos, sendo que o principal domínio mapeado foi VLRN. Testes subseqüentes se fazem necessários para a melhor caracterização destes peptídeos, incluindo possíveis aplicações diagnósticas e vacinais dos peptídeos selecionados. RESUMO - CAPÍTULO I A dengue é causada por um arbovírus da família Flaviridae, transmitido de uma pessoa à outra através de um hospedeiro intermediário, o mosquito Aedes aegypti. É uma doença infecciosa tropical e subtropical caracterizada por febre e dor intensa nas articulações, além de sangramentos intensos quando na sua forma hemorrágica. Neste trabalho utilizou-se da tecnologia de exposição de peptídeos randômicos em fagos, phage display, no intuito de identificar peptídeos recombinantes com afinidade a anticorpos policlonais (IgY) gerados em galinhas imunizadas com proteínas totais do vírus da dengue tipo 3. As IgYs dos animais foram purificadas em coluna HiTrap e concentradas por diálise. As IgYs foram imunorreativas contra todas as culturas de DENV, mas não foram tipo específico. Os clones foram selecionados de uma biblioteca de fagos randômicos (PhD-7) por quatro ciclos de seleção contra as IgYs. Os fagos selecionados foram amplificados em placas deepwell e submetidos a testes ELISA. Clones imunorreativos contra IgY foram seqüenciados, traduzidos e analisados por bioinformática. Quatorze clones distintos foram selecionados e alinhados contra a seqüência de dados do proteoma viral e entre todos eles. Três seqüências consenso entre os clones foram detectadas: VLRN, APP e LPP. A procura por prováveis seqüências protéicas do vírus da dengue no BLAST mostrou similaridade a diversos sítios protéicos virais: poliproteína, envelope e as proteínas não-estruturais NS1, NS2a, NS3 e NS5. Todas elas se alinharam com as seqüências dos tipos DENV-1, -2, -3, e/ou -4, corroborando com a falta de especificidade das IgYs. Considerando o motivo VLRN, as análises dos índices de antigenicidade dos peptídeos similares demonstraram que estes índices são altamente influenciados pelos resíduos vizinhos. Análise 3-D da proteína do capsídeo viral do tipo DENV-2, com superposição do motivo VLRN, identificou duas seqüências alvos, NRVSTVQQL e EIGRMLNILNRR, que estavam presentes na poliproteína dos quatro tipos virais, os quais podem conter dois prováveis domínios, VxRN e LRN, respectivamente. Domínios de fosforilação e glicosilação, encontrados em vírus eucarióticos, foram similares às seqüências presentes em cinco fagos recombinantes selecionados, o que não implica que estes motivos sejam fisiologicamente ativos no vírus da dengue. Finalmente, os peptídeos foram usados para detectar IgG e IgM humana. Testes ELISA foram realizados em dois pacientes com infecções isoladas de DENV-1 ou DENV-3. A reatividade dos 14 clones foi superior àquela observada para antígenos totais obtidos das culturas, embora não tenha sido específica. / Mestre em Genética e Bioquímica

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_otavio_martins_cruz.pdf: 364672 bytes, checksum: 4c494367518aef716a4090f1f8e5da0e (MD5) Previous issue date: 2012-10-25 / The spontaneous abortion (SA) is characterized as a loss of fetal product before 20 weeks of gestation and its etiology has not completely understood. Numerous studies have shown that polymorphisms in the gene of the enzyme metilenotetrahydrofolate reductase (MTHFR) are involved in susceptibility to AE. Then, the present study was conducted to evaluate the polymorphisms 677C>T and 1298A>C MTHFR gene and their associations in susceptibility to spontaneous abortion in a sample of women in the South of Brazil in a casecontrol approach. Ninety-eight women with SA (cases) and two hundred and twenty-seven healthy women with no history of miscarriage (controls) were studied. Genotyping of MTHFR677C>T and MTHFR1298A>C polymorphisms were analyzed by allele discrimination with TaqMan® pre-designed probes in Real Time PCR. The results showed that there was not difference in the distribution of allelic and genotypes frequencies of MTHFR677C>T and MTHFR1298A>C SNPs between cases and control group. It was observed an increase in the risk of SA in relation to genotype THFR1298CC when compared to genotype MTHFR1298AA (RR: 1,13 95%CI: 1,04; 1,23; p=0.02). Moreover, the classification of the type of abortion is different between genotypes of MTHFR1298A>C polymorphism (p = 0.03). In the control group, non-electron carriers of 677T allele have a higher number of pregnancies than women 677T (p = 0.04). The results presented in our work suggests that the CC genotype of polymorphism MTHF1298A > C is associated with increased risk of SA. However, the polymorphism MTHFR677C>T is not involved in the occurrence of miscarriage in studied population. / O aborto espontâneo (AE) é caracterizado como a perda do produto fetal antes de 20 semanas de gestação e sua etiologia não é completamnete esclarecida. Inúmeros estudos têm demonstrado que polimorfismos no gene da enzima metilenotetraidrofolato redutase (MTHFR) estão envolvidos na susceptibilidade ao AE. Dessa forma, o presente trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar os polimorfismos 677C>T e 1298A>C do gene da MTHFR e suas associações na susceptibilidade ao aborto espontâneo em uma amostra de mulheres do Sul do Brasil em uma abordagem de caso-controle. Noventa e oito mulheres com AE (casos) e duzentas e vinte sete mulheres saudáveis e sem histórico de aborto espontâneo (controles) foram estudadas. A genotipagem dos polimorfismos MTHFR677C>T e MTHFR1298A>C foi analisada através da técnica de discriminação alélica com uso de sondas pré-desenhadas TaqMan® por PCR em tempo real. Os resultados mostraram que não houve diferença na distribuição das frequências dos alelos e dos genótipos dos SNPs MTHFR677C>T e MTHFR1298A>C entre os casos e o grupo controle. Foi observado um aumento do risco de AE em relação ao genótipo MTHFR1298CC quando comparado ao genótipo MTHFR1298AA (RR: 1,13 95%IC: 1,04; 1,23; p=0.02). Além disso, a classificação do tipo de aborto é diferente entre os genótipos do polimorfismo MTHFR1298A>C (p = 0,03). No grupo controle, mulheres não-carreadoras do alelo 677T apresentam um maior número de gestações do que mulheres 677T (p = 0,04). Os resultados apresentados neste trabalho sugerem que o genótipo CC do polimorfismo MTHF1298A>C é associado ao aumento do risco do AE, entretanto, em nossa população, o polimorfismo MTHFR677C>T não está envolvido na ocorrência do aborto espontâneo.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-02-15T11:27:01Z No. of bitstreams: 1 talithacaiafaferreiraalvesbotelho.pdf: 1130454 bytes, checksum: c1b10245c9b48a2632cac3cd710bbb13 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-02-26T12:22:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 talithacaiafaferreiraalvesbotelho.pdf: 1130454 bytes, checksum: c1b10245c9b48a2632cac3cd710bbb13 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-26T12:22:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 talithacaiafaferreiraalvesbotelho.pdf: 1130454 bytes, checksum: c1b10245c9b48a2632cac3cd710bbb13 (MD5) Previous issue date: 2014-05-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A crescente busca por novos compostos antimicrobianos, devido a altas taxas de resistência aos mesmos, tem sido objeto de estudo de vários pesquisadores no desenvolvimento de ferramentas para descobrimento e desenho de novos antimicrobianos. No presente trabalho utilizamos três estirpes de Brucella abortus: RB51, S19 e S2308. As bactérias são cocobacilos, gram-negativas, intracelulares facultativas e, agente etiológico da brucelose em bovinos, bubalinos, humanos, ovinos e outros animais. O difícil tratamento da doença através da combinação de diferentes antibióticos está associado às altas taxas de resistência aos antibióticos utilizados contra a Brucella abortus, tornando-a uma bactéria de difícil controle e ao mesmo tempo um campo extenso de estudo para novos agentes antimicrobianos. Os peptídeos sintéticos são uma alternativa promissora como agentes antimicrobianos. No presente trabalho foram usados os peptídeos (Lalb1; Lalb1.2; Lalb1.3; Lrot3.5; Lrot3.6; Lrot3.7 e Lrot3.8) que possuem características baseadas em peptídeo naturais produzidos pelas plantas Lippia alba(Lalb) e Lippia rotundifolia (Lrot), e que foram modificados utilizando-se ferramentas computacionais de modelagem. Todos os peptídeos apresentaram atividade antimicrobiana em alguma das concentrações testadas (8, 16, 32, 64 e 128 μg/mL). Os peptídeos Lrot3.5 e Lrot3.6 além de apresentarem atividade antimicrobiana contra as três estirpes estudas na concentração 32μg/mL e demonstraram não diminuir a viabilidade celular de macrófagos em testes com redução de tetrazolio (MTT). Estes são, portanto, peptídeos promissores para estudos adicionais. / The search for new antimicrobial compounds leads many researchers to the development of tool for antimicrobial prospection and design due to the increasing of antibiotic resistance by bacteria. In the present study, three strains of Brucella abortus were used: RB51, S19 and S2308. The bacteria are coccobacilli, gramnegative, facultative intracellular and etiological agents of brucellosis in cattle, buffaloes, humans, sheep, and other animals. The treatment is very difficult and a combination of different antibiotics associated to high antibiotic resistance rates for commonly used drugs against Brucella abortus increases the difficult of microorganism control. Thus, an avenue of opportunities for an extensive research field for antimicrobial agents’ studies is opened. Synthetic peptides are a promising alternative for the development of new antimicrobial agents. In this study, the following synthetic peptides were used: Lalb1.2; Lalb1.3; Lrot3.5; Lrot3.6; Lalb1; Lrot3.7 and Lrot3.8 against Brucella strains. These peptides were developed based on natural characteristics of antimicrobial peptides produced by plants using Lippia alba (Lalb) and Lippia rotundifolia (Lrot) leaf transcritptome for antimicrobial prospection. All peptides showed antimicrobial activity for all of the evaluated concentrations (8, 16,32, 64 and 128 mg/mL). TheLrot3.5 and Lrot3.6 peptides showed antimicrobial activity against all of the three studied strains at the concentration 32μg/mL. These peptides at this concentration do not decrease cell viability of macrophages in tetrazolium reduction (MTT) tests and are prospective peptides for additional studies.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-05-18T17:10:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alessandro Fernandes Vaz - 2014.pdf: 2674595 bytes, checksum: 4be2a3df9927e868ec83389dd6ab3365 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-05-18T17:13:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alessandro Fernandes Vaz - 2014.pdf: 2674595 bytes, checksum: 4be2a3df9927e868ec83389dd6ab3365 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-18T17:13:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alessandro Fernandes Vaz - 2014.pdf: 2674595 bytes, checksum: 4be2a3df9927e868ec83389dd6ab3365 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Paracoccidioides spp. is the etiological agent of paracoccidioidomycosis, the most important endemic systemic mycosis in Latin America. Paracoccidioides spp. is a dimorphic fungus; mycelia is found in soil at temperatures below 25ºC, while in host tissues, and temperature around 36-37ºC the fungus takes the yeast form. Infection begins with the inhalation of conidia or mycelia propagules that upon reaching the host lungs differentiate into yeast, establishing disease. The morphological transition from mycelia-to-yeast is involved in the virulence of this pathogen and this aspect of morphogenesis deserves special attention due to its relevance to the fungal virulence. In the present study, we employed proteomic strategies using liquid chromatography coupled to mass spectrometry to evaluate the differential proteomic profile of cells ongoing transition from mycelia-to-yeast after 22 h of temperature shift from 22ºC to 36ºC (P. brasiliensis Pb-18 phylogenetic lineage S1). Nine hundred and ninety-one proteins were identified (350 in the mycelia, 288 in the transition and 353 in the yeast), and 251 were differentially regulated. The analysis of the functional categories to which those proteins belong provided us a comprehension on the metabolic reprogramming that occurs during the cell differentiation process, providing putative virulence factors. / Paracoccidioides spp. é o agente etiológico da paracoccidioidomicose, a mais importante micose sistêmica endêmica da América Latina. Paracoccidioides spp. é um fungo dimórfico, que apresenta alteração morfológica de acordo com a temperatura do ambiente. A forma miceliana é encontrada no solo a temperaturas inferiores a 25 ºC, enquanto que em tecidos do hospedeiro e sob temperaturas de 36-37 ºC o fungo assume forma leveduriforme. A infecção se inicia com a inalação de conídios presentes na forma filamentosa do fungo, os quais ao atingirem os pulmões se diferenciam na forma leveduriforme, estabelecendo a paracoccidioidomicose. A transição de micélio para levedura está envolvida na virulência desse patógeno e esse aspecto da morfogênese do fungo não está totalmente compreendido. No presente estudo, foi utilizada a cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas (nanoUPLC-MSE) para avaliar o perfil proteômico durante a transição de micélio para levedura após 22 h da mudança da temperatura de 22ºC para 36ºC (P. brasiliensis – isolado Pb18). Um total de 991 proteínas foram identificadas (350 em micélio, 288 na transição e 353 em levedrua) e 251 foram diferencialmente expressas durante o processo de diferenciação celular. Entre as proteínas que foram abundantes em micélio estão as subunidades da ATPase que participa na cadeia transportadora de elétrons e enzimas envolvidas na fermentação alcoólica. Proteínas relacionadas à via glicolítica e alguns potenciais fatores de virulência começam sua acumulação após 22 h do início da transição morfológica. Em levedura enzimas relacionadas com a glicólise e a beta-oxidação tiveram alta expressão. As análises das categorias funcionais a que essas proteínas pertencem, forneceram uma melhor compreensão da reorganização metabólica que ocorre durante a transição morfológica de micélio para levedura, incluindo possíveis fatores de virulência.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2016-05-04T17:52:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lanusse Andrade Fernandes - 2015.pdf: 1698917 bytes, checksum: b237e0d0c80dfe44acee928225ef0aa4 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-05T12:45:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lanusse Andrade Fernandes - 2015.pdf: 1698917 bytes, checksum: b237e0d0c80dfe44acee928225ef0aa4 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-05T12:45:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lanusse Andrade Fernandes - 2015.pdf: 1698917 bytes, checksum: b237e0d0c80dfe44acee928225ef0aa4 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) Previous issue date: 2015-06-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Handroanthus impetiginosus, known as ipê roxo, is a species present in several Brazilian biomes, with ecological and economic importance. The species has suffered strong exploration thanks to the quality of its wood. Despite of its ecological importance, economic value and medicinal potential, there is virtually no genomic study published with this species. This work aimed to take advantage of the large sequencing capacity of next generation platforms to generate, assemble and functional annotate the sequences of the entire transcriptome of H. impetiginosus. Seeds were collected from two trees on the Campus II of the Universidade Federal de Goiás. The seeds were germinated, their aerial tissues collected and the RNA extracted and sent to the University of Illinois to be sequenced on the HiSeq 2500 platform (Illumina). A total of 148,359,530 sequencing reads were generated. The adapters and low-quality sequences were removed. Contaminating sequences were detected and eliminated, and the remaining sequences were normalized. Sequences were then assembled, annotated and polymorphisms were detected. A total of 190,885 scaffolds were assembled from 23,002 genes. Mimulus guttatus was the species with the most Blast best hit against the sequences of H. impetiginosus. Of all the Gene Ontology (GO) annotated sequences, the majority had categories for Biological Process (50.94%), followed by Cellular Component (28.34%) and Molecular Function (20.72%). The most frequent GO categories related to Biological Process were metabolic and cellular processes, while in Cell Components the most frequent were cell and organelles. Catalytic activity and binding of ions and molecules were the most frequent annotated categories of Molecular Function. As the sequences were generated from a pool of RNA from four plants, 25,169 InDels and 278,121 SNPs were identified. As expected, InDels are depleted in coding regions (CDS) when compared to SNPs. These results will be important for future studies with an interest in gene expression of the species. Furthermore, the possible SNPs identified can facilitate genetic studies and genomic H. impetiginosus populations. / Handroanthus impetiginosus, conhecida como ipê-roxo, é uma espécie presente em vários biomas brasileiros, tendo importância ecológica e econômica. O ipê-roxo vem sofrendo forte exploração graças à qualidade de sua madeira. Apesar de sua importância ecológica, seu valor econômico e de seu potencial medicinal, inexistem estudos genômicos publicados com esta espécie. Assim, este trabalho teve como objetivo principal aproveitar a grande capacidade de sequenciamento das plataformas de nova geração para gerar, montar e fazer anotação funcional da sequência do transcritoma de Handroanthus impetiginosus. Foram coletadas sementes de duas árvores matrizes de H. impetiginosus dispersas pelo Campus II da Universidade Federal de Goiás. As sementes foram germinadas, seus tecidos aéreos coletados e o RNA foi extraído e enviado à Universidade de Illinois para ser sequenciado na plataforma HiSeq 2500 da Illumina. Foi gerado um total de 148.359.530 sequências. Os adaptadores e as sequências de baixa qualidade foram removidos. Em seguida, possíveis sequências contaminantes foram detectadas e eliminadas, e as sequências restantes foram normalizadas. Ao final da normalização, as sequências foram montadas, anotadas e os polimorfismos detectados. Foram montados 190.885 transcritos (scaffolds), totalizando 23.002 genes. Mimulus guttatus, popularmente conhecida como flor de macaco, foi a espécie com maior número de sequências mais similares às de Handroanthus impetiginosus. De todas as sequências anotadas com categorias GO (Gene Ontology) a maioria teve anotações para Processo Biológico (50.94%), seguido de Componente Celular (28.34%) e Função Molecular (20.72%). As sequências mais frequentes relacionadas à Processo biológico estão ligadas a processos metabólicos e celulares, em Componentes Celulares as sequências mais frequentes estão ligadas a célula e a organelas. Já em Função Molecular as sequências mais frequentes estão relacionadas a atividade catalítica e ligação de íons e moléculas. Como as sequências foram geradas a partir de amostras de RNA de quatro plantas, 25.169 InDels e 278.121 SNPs foram identificados. Como esperado, os InDels são significativamente mais deplecionados em regiões codantes (CDS) que os SNPs.Estes resultados serão importantes para futuros estudos com interesse na expressão gênica da espécie. Além disso, os possíveis SNPs identificados poderão facilitar estudos de genética e genômica de populações para H. impetiginosus.

Made available in DSpace on 2015-09-25T12:20:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Wanessa Porto Tito Gambarra.pdf: 3492589 bytes, checksum: 3c41a91fa9b3b301b8f6bbcd99c71cf5 (MD5) Previous issue date: 2010-11-19 / The frequent use of temephos has resulted in development of insecticide resistance in Aedes aegypti, compromising control and favoring the transmission of diseases transmitted by him. This study aimed to obtain information on temephos resistance of A. aegypti collected in the municipalities of Paraíba, aiming to support health workers to develop strategies to monitor and control the populations of this vector. The twenty-four populations were collected in the towns of Alagoa Grande, Alagoa Nova, Campina Grande, Esperança, LagoaSeca e Serra Redonda, where eggs were collected using ovitraps from neighborhoods with high levels of vector infestation - area A neighborhoods and equidistant at 500 m, 1,000 m and 1,500 m away from the area, constituted the areas B, C and D, respectively. The eggs were taken to the laboratory for mosquito breeding, identification and determination of the index for Oviposition Trap (IAO). Geographical coordinates of each collection point were obtained, mounted an array of geographical distance with the number of blocks, the total number of residences and/or establishments positive or not. The laboratory bioassays were conducted from temephos, which was determined with the diagnostic dose. The homogenate protein L4 larvae was subjected to electrophoresis on 7.5% polyacrylamide gels. In this study we found that the IAO was high, above 20%. The highest incidence of vector was found for the Catolé district, area C of the City of Esperança with IAO 90%. All populations underwent diagnostic dose of 0.352 mg de i.a./L, where we had 0% mortality. Most LC90 was found in the city of Alagoa Nova, about thirty-eight times the value of LC90 to the susceptible population (Rockefeller - default). All populations showed RR bigger than 20, therefore is considered highly resistant. The esterase activity was visualized using the substrates α and β-naphthyl acetate, allowed the visualization of six regions of α and β-esterase, called EST- 1 EST- 6. The populations characterized as resistant showed two to six regions of esterase activity, whereas the susceptible population was viewed only one region of activity. / O uso frequente do temefós tem levado ao desenvolvimento de resistência a inseticida em Aedes aegypti, comprometendo o controle e favorecendo a transmissão das doenças por ele veiculadas. Assim, este trabalho teve como objetivo obter informações sobre a resistência ao temefós de populações de A. aegypti coletadas em municípios da Paraíba, visando subsidiar os agentes sanitários a desenvolverem estratégias de monitoramento e controle das populações deste vetor. As vinte e quatro populações estudadas foram coletadas nos municípios de Alagoa Grande, Alagoa Nova, Campina Grande, Esperança, Lagoa Seca e Serra Redonda, onde foram realizadas coletas de ovos utilizando-se ovitrampas, a partir de bairros com altos índices de infestação do vetor área A- e em bairros equidistantes a 500 m, 1.000 m e 1.500 m de distância da área A, constituindo as áreas B, C e D, respectivamente. Os ovos coletados foram levados ao laboratório para criação do mosquito, identificação e determinação do Índice de Infestação para Armadilha de Oviposição (IAO). Coordenadas geográficas de cada ponto de coleta foram obtidas, montada uma matriz de distância geográficas com o número dos quarteirões, o total de residências e/ou estabelecimentos positivos ou não. Os bioensaios de laboratório foram realizados com o temefós, do qual se determinou a dose diagnóstica. O homogenato protéico de larvas L4 foi submetido à eletroforese em géis de poliacrilamida 7,5%. Nesse estudo foi observado que o IAO foi elevado, acima de 20%. A maior incidência do vetor foi constatada para o bairro Catolé, área C do município de Esperança com IAO de 90%. Todas as populações foram submetidas à dose diagnóstica de 0,352 mg de i.a./L, onde obtivemos 0% de mortalidade. A maior CL90 foi verificada no município de Alagoa Nova, aproximadamente trinta e oito vezes o valor da CL90 para a população susceptível (Rockefeller padrão). Todas as populações estudadas apresentaram RR maior que 20, sendo, portanto, consideradas altamente resistentes. A atividade esterásica foi visualizada através dos substratos α e β-naftil acetato, possibilitando a visualização de seis regiões de α e β-esterase, denominadas EST-1 a EST-6. As populações caracterizadas como resistentes mostraram de duas a seis regiões de atividade esterásica, enquanto que a população suscetível foi visualizada apenas uma região de atividade.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-04-27T19:34:22Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Cristina da Silva Araújo - 2017.pdf: 2199979 bytes, checksum: f02e05314927339cf3c54225f8ad52db (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-03T12:09:43Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Cristina da Silva Araújo - 2017.pdf: 2199979 bytes, checksum: f02e05314927339cf3c54225f8ad52db (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-03T12:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Vanessa Cristina da Silva Araújo - 2017.pdf: 2199979 bytes, checksum: f02e05314927339cf3c54225f8ad52db (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Large-scale sequencing of transcripts via RNA-Seq has been changing paradigms by demonstrating that transcription is prevalent throughout the eukaryotic genome. In these organisms, the vast majority of transcripts are non-coding (ncRNA). One type of RNA that has aroused great interest, given its prevalence, is long non-coding RNAs (lncRNAs), which are ncRNA with more than 200 nucleotides. However, little is known about the role and prevalence of these lncRNAs in plant genomes, even in model species such as Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. The objective of this work was to identify lncRNAs in the Arabidopsis genome and to characterize their size, structure and nucleotide diversity. The sequences were obtained from previous work that sequenced total RNA from A. thaliana, grown under different light regimes, using Illumina Hiseq 2000 platform. These sequences were mapped into the reference genome with TopHat and assembled with Cufflinks. The assembled transcripts were compared with the genome annotation with Cuffcompare, to identify non-annotated transcripts. A total of 4,305 long putative RNAs were obtained, with 314 (7%) sense in relation to coding transcripts (mRNAs), 392 (9%) intergenic, 2,216 intronic (52%) and 1,383 (32%) antisense mRNAs. The lncRNAs obtained were filtered to eliminate those with coding potential, as well as those related to rRNA, tRNA and miRNA synthesis. A total of 3,710 high-confidence lncRNAs (HC-lncRNA) were obtained, of which 58.6% were not previously annotated. These HC-lncRNA emcompass a low proportion (~ 1%) lncRNAs in the genome of Arabidopsis thaliana. A functional enrichment analysis of Gene Ontology (GO) categories demonstrated that among genes containing lncRNAs there is a high proportion of categories linked to the localization and transport of proteins within the cell, as well as to nucleic acid binding. A gene expression analyses identified only 22 differentially expressed lncRNAs under the different light conditions in which samples were exposed. Using the SNP data from the 1001 genomes project, identified high nucleotide diversity within lncRNAs regions, indicating low conservation of the primary structure of these transcripts. The nucleotide diversity in regions of long noncoding RNAs is lower than in coding regions, but less than a diversity observed in neutral regions such as pseudogenes. / O sequenciamento em larga escala de transcritos, via RNA-Seq, vêm mudando paradigmas ao demonstrar que a transcrição é prevalente por todo o genoma dos eucariotos. Nesses organismos, a grande maioria dos transcritos não codificam proteínas (ncRNA). Um tipo de RNA que vêm despertando grande interesse, dado sua prevalência, são os RNAs longos não codificantes (lncRNAs), que são ncRNA com mais de 200 nucleotídeos. No entanto, pouco se sabe sobre o seu papel e prevalência nos genomas de plantas, mesmo em espécies modelo como Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. O objetivo desse trabalho foi identificar lncRNAs no genoma de Arabidopsis e caracterizar seus tamanhos, estruturas e diversidade genética. As sequências utilizadas foram obtidas de um trabalho que sequenciou RNA total de A. thaliana, sob diferentes regimes de luminosidade, utilizando a plataforma Illumina HiSeq 2000. Estas sequências foram mapeadas no genoma referência com o programa TopHat e montadas com o Cufflinks. Os transcritos montados foram comparados com a anotação do genoma com o Cuffcompare, afim de identificar transcritos ainda não anotados. Um total de 4.305 RNAs longos putativos foi obtido, sendo 314 (7%) senso em relação a transcritos codantes (mRNAs), 392 (9%) intergênicos, 2.216 intrônicos (52%) e 1.383 (32%) antisenso de mRNAs. Os lncRNAs obtidos foram filtrados para eliminar aqueles com potencial de codificação, bem como aqueles relacionados com a síntese rRNA, tRNA e miRNA. Após essa filtragem, foram obtidos 3.710 lncRNAs de alta cofiança (HC-lncRNA), sendo que desses 58,6% ainda não foram previamente anotados. Esses HC-lncRNA representam uma baixa proporção (~1%) do genoma de Arabidopsis thaliana. Uma análise de enriquecimento funcional de categorias do Gene Ontology (GO) demonstrou que os genes que contém lncRNAs apresentam enriquecimento para processos ligados à localização e transporte de proteínas dentro da célula, bem como para ligação a ácidos nucléicos. Uma análise de expressão gênica identificou apenas 22 lncRNAs diferencialmente expressos entre as diferentes condições de luminosidade em que as amostras foram expostas. Utilizando os SNPs do projeto 1001 genomes, identificou-se alta diversidade nucleotídica em regiões de lncRNAs, indicando baixa conservação da estrutura primária destes transcritos. A diversidade nucleotídica em regiões de RNAs longos não codificantes é menor do que em regiões codantes, mas menor do que a diversidade observada em regiões neutras como os pseudogenes.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_gustavo_cerqueira.pdf: 757400 bytes, checksum: 75fc7b471af1fa029ccf13d06c0042eb (MD5) Previous issue date: 2006-03-31 / Pathogenic Leptospira species contain one or more genes of the lig family, which code for Lig-family proteins. Lig proteins ( Leptospiral immunoglobulin-like proteins ) are considered important virulence factors, and they may be involved in tissue penetration and adhesion to host cells. Lig proteins have been implicated as the main factors involved in pathogenesis of Leptospira spp. Three genes, ligA, ligB and ligC are known, which code for proteins with the same name. The increasing interest in the characterization of the genes code for Lig proteins is due to their strong immunoprotective and diagnosis potential. Thus, it was necessary to evaluate the degree of conservation among Lig genes and proteins in order to predict their usefulness as antigens for the induction of a broad range protection. Four of the pathogenic species of Leptospira had the lig genes sequenced in this study, comprising L. interrogans, L. noguchii, L. weilli and L. borgpetersenii. Among the LigB proteins sequenced so far, LigB from L. interrogans Copenhageni FIOCRUZ L1-130 appears as the most conserved when compared to LigB from other species. The sequencing and comparative analysis of lig genes and proteins demonstrated a low identity among the different genomospecies of Leptospira spp. The alignment of lig genes sequences from all the genomospecies enabled us to design primers that allowed the amplification of a fragment from each gene. Such approach demonstrated that ligB gene is present in all the pathogenic species, while ligA gene is only found in L. interrogans and L. kirschneri and ligC gene is present in L. interrogans, L. kirschneri, L. weilli and some serovars of L. noguchii. The sequencing of the amplified fragment, derived from 33 serovars which comprise 6 genomospecies, and their comparative analysis together with the corresponding region from ligB sequences available in GenBank, enabled a phylogenetic analysis. It was possible to differentiate pathogenic species based on the DNA sequence of this ligB fragment. / Leptospiras patogênicas carregam um ou mais genes lig, os quais codificam para proteínas da família Lig. As proteínas Lig ( Leptospiral immunoglobulin-like ) são importantes fatores de virulência, e acredita-se que estejam envolvidos na penetração do tecido e na adesão da Leptospira às células do tecido hospedeiro. Até o presente momento, as proteínas Lig são apontadas como um dos principais fatores envolvidos na patogênese de Leptospira spp. Três genes, ligA, ligB e ligC são conhecidos, os quais codificam para proteínas com o mesmo nome. O interesse pela caracterização dos genes que codificam para as proteínas Lig surgiu pelo fato destas apresentarem potencial imunoprotetor e como antígenos para testes de diagnóstico. Frente a esta constatação, fez-se necessário conhecer o grau de conservação destes genes para inferir se a utilização de uma destas proteínas como antígeno vacinal seria capaz de induzir uma imunidade de amplo espectro. Dentre as espécies patogênicas de Leptospira, 4 tiveram seus genes lig seqüenciados neste estudo, as quais compreendem L. interrogans, L. noguchii, L. weilli e L. borgpetersenii. Entre as proteínas Lig seqüenciadas até o momento, LigB oriunda de L. interrogans Copenhageni FIOCRUZ L1-130 aparece como a mais conservada quando comparada com LigB de outras espécies. Com o alinhamento da seqüência dos genes lig das diversas espécies, foi possível desenhar primers capazes de amplificar por PCR um fragmento interno de cada um dos três genes. Esta abordagem permitiu comprovar a presença do gene ligB em todas as espécies patogênicas, enquanto ligA aparece apenas em L. interrogans e L. kirschneri, e ligC é encontrado nas espécies L. interrogans, L. kirschneri, L. weilli e alguns sorovares de L. noguchii. O seqüenciamento do fragmento de ligB amplificado por PCR a partir do DNA de 33 sorovares de 6 espécies, e sua análise comparativa juntamente com o fragmento correspondente pertencente aos genes ligB depositados no GenBank, possibilitou uma análise filogenética onde verificou-se que é possível diferenciar as espécies pela seqüência deste fragmento.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_gustavo_cerqueira.pdf: 9683705 bytes, checksum: a1d0f93c3566774a1f0e953cc32fb912 (MD5) Previous issue date: 2009-03-06 / In this study, Himar1 was used to obtain a total of 929 transposon mutants, of which, 721 correspond to coding sequences (CDS) disrupted by the transposon in 551 different genes. Some mutants were evaluated regarding the effect of gene disruption to virulence in the hamster model, and two attenuated mutants containing the transposon into hypothetical genes were identified. Another study aimed to develop a new genetic tool to help in the study of specific genes. Thus, an inducible expression system for L. biflexa was developed. Such inducible expression system employed as reporter genes the green fluorescence protein (gfp) and the gene encoding for the flagelin B protein (flaB). Fluorescent L. biflexa (GFP) and motile leptospires (FlaB) were observed after induction by IPTG. Finally, another study was conducted to determine, by PCR amplification, the presence of the lig genes in different pathogenic species. ligB appeared to be ubiquitously distributed, while ligA and ligC were detected only in a reduced number of serovars. In addition, a 214 bp specific ligB fragment was used to constitute a new method for pathogenic Leptospira species classification. / Neste estudo, o Himar1 foi utilizado para a obtenção de um total de 929 mutantes, dos quais, 721 correspondem a seqüências codificadoras (CDS) interrompidas pelo transposon, cobrindo 551 genes diferentes. Alguns mutantes foram avaliados com relação aos efeitos da interrupção gênica sobre a virulência em modelo animal, e dois mutantes atenuados contendo o transposon em genes hipotéticos foram identificados. Outro estudo realizado buscou desenvolver uma nova ferramenta genética para auxiliar no estudo da função de genes específicos. Assim, foi desenvolvido um sistema de expressão induzível para L. biflexa. Este sistema de expressão empregou como repórter o gene da proteína verde fluorescente (gfp) e o gene da proteína flagelina B (flaB). L. biflexa fluorescente foi observada, assim como leptospiras que voltaram a ter mobilidade após a adição do agente indutor (IPTG). Finalmente, foi conduzido um estudo para a determinação da presença dos genes da família lig nas diversas espécies de leptospiras patogênicas, através da técnica de PCR. O gene ligB apareceu amplamente distribuído, enquanto que ligA e ligC foram detectados apenas em um reduzido número de sorovares. Além disso, a sequência de um fragmento específico de 214 pb do gene ligB pode ser usada para a constituição de um novo método para a classificação das espécies patogênicas de Leptospira