Les systèmes CRISPR-Cas confèrent aux bactéries une immunité adaptative contre les éléments génétiques mobiles jouant ainsi un rôle important dans l’évolution bactérienne. Cependant, moins de la moitié des génomes bactériens encodent des systèmes CRISPR-Cas ; cela, malgré la protection qu’ils confèrent et leur haut taux de transfert horizontal. Des hypothèses telles que le coût des phénomènes d’auto-immunité ou de posséder des défenses adaptatives plutôt qu’innées ont été mises en avant pour expliquer ce paradoxe. Je propose une nouvelle hypothèse complémentaire : le contexte génétique jouerait un rôle important dans la fixation d’un système CRISPR-Cas après son transfert. Plus précisément, j’ai étudié comment les interactions entre les systèmes de réparation de l’ADN et les CRISPR-Cas influencent la distribution de ces derniers. Pour cela, j’ai d’abord examiné finement la distribution des systèmes CRISPR-Cas dans les génomes bactériens. J’ai ensuite analysé les co-occurences des systèmes de réparation de l’ADN et des CRISPR-Cas et démontré l’existence d’associations positives et négatives entre eux. Enfin, je me suis concentrée sur une des associations négatives découvertes pour valider mes prédictions expérimentalement et comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents. Mes travaux permettent de mieux comprendre les interactions complexes entre systèmes de réparation de l’ADN et CRISPR-Cas et démontrent la nécessite d’accommodation des CRISPR-Cas à un contexte génétique pour être sélectionnés et maintenus dans les génomes bactériens. / CRISPR-Cas systems confer bacteria and archea an adaptative immunity against phages and other invading genetic elements playing an important role in bacterial evolution. Only 47% of bacterial genomes harbor a CRISPR-Cas system despite their high rate of horizontal transfer. Hypothesis such as the cost of autoimmu- nity or the trade off between a constitutive or an inducible defense system have been put forward to explain this paradox. I propose that the genetic background plays an important role in the process of maintaining a CRISPR-Cas system af- ter its transfer. More precisely I hypothesized that CRISPR-Cas systems interact with DNA repair pathways. To test this idea, we detected DNA repair pathways and CRISPR-Cas systems in bacterial genomes and studied their co-occurences. We report both positive and negative associations that we interpret as poten- tial antagonistic or synergistic interactions. We then focused on one interaction to validate our result experimentally and explored molecular mechanisms behind those interactions. My findings give insights on the complex interactions between CRISPR-Cas systems and DNA repair mechanisms in bacteria and provide a first example on the necessity of accommodation of CRISPR-Cas systems to a specific genetic context to be selected and maintained in bacterial genomes.

The main aim of this contribution is to introduce the potential that modern information technologies open to authors converting a teaching material from a printed to an electronic version. The authors come out of their own experience and propose options that are suitable especially for creation of study materials in mathematics education. Among others the contribution presents the use of flash animations, java scripts and Computer Algebra Systems.

Ce projet de thèse vise à modéliser puis à apporter la preuve de concept d’une thérapie cellulaire et génique autologue de maladies héréditaires du foie par la transplantation d’hépatocytes différenciés à partir des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) spécifiques du patient, une fois celles-ci corrigées du défaut génétique. L’hémophilie B (HB) est une maladie héréditaire causée par une mutation du gène F9, codant le facteur IX (FIX) de la coagulation synthétisé dans le foie par les hépatocytes. Des fibroblastes d’un patient porteur de la « mutation royale » ont été reprogrammés en iPSC puis différenciés en hépatocytes. L’étude de l’ARNm du F9 par séquençage haut débit a confirmé la présence d’un site d’épissage anormal codant une protéine tronquée. D’autres iPSC ont été obtenues à partir des cellules d’un second patient HB exprimant un FIX inactif. Après insertion ciblée d’une cassette thérapeutique codant le FIX dans un site génomique sûr à l’aide d’endonucléases artificielles (CRISPR/Cas9), nous avons différencié les iPSC corrigées et non corrigées en hépatocytes (respectivement corr-HB-Heps et HB-Heps) et confirmé une expression plus importante de l’ARNm du F9 et de la protéine FIX dans les corr-HB-Heps. En revanche, nous n’avons pas détecté d’activité du FIX transgénique sans doute à cause d’une différenciation incomplète des hépatocytes. Nous avons alors développé un protocole de différenciation en sphéroïdes permettant une différenciation plus efficace confirmée aux niveaux ARN et protéine FIX. L’analyse de l’activité du FIX produit nous permettra de valider la correction in vitro avant de la valider in vivo en transplantant les corr-HB-Heps dans un modèle de souris F9KO. Finalement, la dernière partie de ce travail a consisté à développer un protocole de différenciation d’iPSC de singe en hépatocytes en vue d’une transplantation autologue dans le foie de l’animal donneur pour valider la faisabilité et la sécurité de cette approche chez le gros animal. / This PhD project aims to model and to bring a proof of concept for autologous cell/gene therapy of inherited liver diseases by transplanting hepatocytes differentiated from patient-specific induced pluripotent stem cells (iPSCs), after correction of the genetic defect. Hemophilia B (HB) is an inherited disease caused by a mutation in the F9 gene encoding clotting factor IX (FIX), synthesized in the liver by hepatocytes. Fibroblasts of a patient with the "royal mutation" were reprogrammed in iPSCs then differentiated into hepatocytes. The study of the F9 mRNA by high-throughput sequencing confirmed the presence of an abnormal splice site leading to a truncated protein explaining hemophilia. Other iPSCs were obtained and characterized from the cells of a second HB patient expressing an inactive FIX. By targeting in these iPSCs the insertion of a therapeutic cassette encoding FIX into a safe harbor site using artificial endonucleases (CRISPR/Cas9), we differentiated the corrected and non-corrected iPSC into hepatocytes. Quantitative analyzes confirmed a higher expression of F9 mRNA and FIX protein in the corrected clones. In contrast, we did not detect transgenic FIX activity due to a lack of post-translational modifications necessary for FIX activity. We then developed a protocol of differentiation in spheroids quantitatively more efficient to produce FIX. Detection of FIX activity will validate our in vitro approach before validation in vivo by transplanting the corrected hepatocytes in a F9KO mouse model. Finally, the last part of this work consisted in the development of a differentiation protocol of nonhuman primate iPSCs into hepatocytes for autologous transplantation into the liver of the donor animal in order to validate the feasibility and the safety of such an approach in the large animal

Numerous mutations contribute to tumorigenesis of cancer cells. For most of them it remains unclear whether they are driver or passenger mutations. A classic knock-out to study their function in cancer cells used to take a lot of effort. The CRISPR/Cas-system can be used as a programmable “genome editing” tool. In this work, oncogenes have been inactivated with the CRISPR/Cas-system. Considering off-targets, Streptococcus pyogenes sgRNAs can be designed for 88% of the known cancer mutations. The activity of 15 sgRNAs, targeting 13 mutations in proto-oncogenes (deletions, insertions and point mutations), has been tested with a RFP-GFP-reporter plasmid. For 13 sgRNAs, activity prediction scores correlated with measured activity. Furthermore, sgRNAs have shown preferential binding to mutated versions of targeted proto-oncogene sequence and did not induce double strand breaks in the wild type sequence. For 10 sgRNAs, the activity against their target sequence has been more than 4 times higher than against the wild type sequence. Most of those sgRNAs target insertions or deletions and fewer target point mutations. Permanent knock-out of three mutated proto-oncogenes NPM1, BRAF and PIK3CA has been achieved with a lentiviral expression of CRISPR/Cas. Accordingly, effects on proliferation and phenotype have been studied. Knock-out of NPM1 c.863_864insTCTG mutation has been studied in heterozygous mutated OCI AML3 cell line. Proliferation was strongly inhibited by the corresponding sgRNA. Cells arrested in G0/1-phase of cell cycle (77%) compared to control cells (56%), although no difference was observed for sub-G1 phase, indicating no induction of apoptosis. Cells treated with NPM1 sgRNA had 88% reduced expression of NPM1 c.863_864insTCTG mRNA as well as less cytoplasmic localization of nucleophosmin as assessed by immunostaining. The activity of sgRNA has been confirmed by deep sequencing, showing a shift of wild type to mutated allele ratio from 51:49 to 68:32. This effect was enhanced by the additional treatment with the NHEJ inhibitor SCR7. A BRAFV600E sgRNA was tested in homozygously mutated melanoma cell lines A-375 and SK MEL-28. No differences were detected in comparison to controls. However, in the CRC cell line RKO, heterozygous for BRAFV600E and PIK3CAH1047R, proliferation was inhibited through sgRNAs against either BRAF or PIK3CA. A combination of both had no synergistic effect on proliferation. Activity and specificity of the sgRNA targeting BRAF were confirmed by deep sequencing, while the PIK3CA sgRNA showed a moderate induction of double strand breaks also in the wild type allele. The relation of wild type to mutated allele of BRAF was changed from 32:68 before treatment to 51:49 afterwards. This effect can be explained by a “re mutation” to the wild type after DSB via HDR with wild type sister chromatid as template. This effect was observed for PIK3CA sgRNA to a lesser extent. In conclusion, these results show the applicability of the CRISPR/Cas-system for the inactivation of mutated proto-oncogenes.:List of tables III List of figures IV List of abbreviations V 1 Introduction 1 1.1 Cancer 1 1.2 Oncogenes 2 1.2.1 Role in cancer 2 1.2.2 Targeted therapies 3 1.2.3 NPM1 5 1.2.4 BRAF 6 1.2.5 PIK3CA 7 1.3 CRISPR/Cas-system 7 1.4 Aim and motivation 10 2 Material and Methods 11 2.1 Design of sgRNAs 11 2.2 Plasmids 11 2.3 Cell culture 12 2.4 FACS analysis 14 2.5 T7 assay 14 2.6 Cell cycle analysis 15 2.7 Immunostaining 15 2.8 Apoptosis assay 16 2.9 Quantification of mutant NPM1 transcripts 16 2.10 Deep sequencing 16 2.11 Statistical Analysis 19 3 Results 20 3.1 Design of sgRNAs targeting oncogenes 20 3.2 Evaluation of sgRNA efficacy and selectivity 23 3.3 Effects of oncogene knock-out in cancer cell lines 27 3.3.1 Targeting NPM1 in AML cells 27 3.3.2 Targeting BRAF in melanoma cells 30 3.3.3 Targeting BRAF and PIK3CA in colorectal carcinoma cells 31 4 Discussion 37 4.1 The design of sgRNAs is possible for most cancer mutations 37 4.2 sgRNAs targeting oncogenes have to be tested 37 4.3 Oncogenes can be knocked out with the CRISPR/Cas-system 37 4.3.1 NPM1 in AML cells 37 4.3.2 BRAF in melanoma cells 38 4.3.3 BRAF and PIK3CA in CRC cells 38 4.4 Advantages and disadvantages to target oncogenes with the CRISPR/Cas-system 40 4.5 Concluding remarks 41 5 Original Article 43 6 Summary 47 7 Zusammenfassung 49 List of references 51 Appendix VIII / In Krebszellen tritt eine Vielzahl von Mutationen auf. Für den Großteil der Mutationen ist ungeklärt, ob es sich um krebsverursachende oder passagere Mutationen handelt. Ein gezieltes Ausschalten (Knock-out) dieser Gene zur Untersuchung ihrer Funktion in Krebszellen war bisher mit großem Aufwand verbunden. Das CRISPR/Cas-System lässt sich als programmierbares „Genome-editing“ Werkzeug einsetzen und wurde in der vorliegenden Arbeit verwendet, um gezielt mutierte Protoonkogene zu inaktivieren. Für 88% der bekannten, in Krebszellen auftretenden Mutationen lassen sich, unter Berücksichtigung von off-targets, Streptococcus pyogenes sgRNAs entwerfen. Mit Hilfe eines RFP-GFP-Reporter-Plasmides wurde die Aktivität von 15 sgRNAs gegen 13 Mutationen (Deletionen, Insertionen und Punktmutationen) in Protoonkogenen überprüft. Für 13 der sgRNAs zeigte sich eine Aktivität, die mit der Vorhersage durch den Algorithmus korrelierte. Außerdem wurde gezeigt, dass die sgRNAs spezifisch genug binden, um zwar bei der mutierten Sequenz eines Protoonkogens, jedoch nicht bei der Wildtyp-Sequenz Doppelstrangbrüche zu erzeugen. Unter den sgRNAs waren 10 mit mehr als 4-fach höherer Aktivität bei komplett übereinstimmender Zielsequenz gegenüber der Wildtyp-Sequenz. Diese spezifischen sgRNAs waren vor allem gegen Insertions- oder Deletionsmutationen gerichtet, einige auch gegen Punktmutationen. Durch permanente, lentivirale Expression von CRISPR/Cas wurden die Effekte eines Knock-out von drei mutierten Protoonkogenen, NPM1, BRAF und PIK3CA, auf das Wachstum und phänotypische Aspekte humaner Krebszelllinien untersucht. Ein Knock-out der NPM1 c.863_864insTCTG Mutation wurde in heterozygot mutierten OCI AML3 Zellen untersucht, es zeigte sich eine starke Proliferationshemmung. In der Zellzyklusanalyse trat ein G0/1-Arrest dieser Zellen (77%) im Vergleich mit Kontroll-Zellen (56%) auf, jedoch keine Unterschiede in der sub-G1-Analyse, sodass nicht von einer vermehrten Apoptose auszugehen ist. Die mit sgRNA behandelten OCI-AML3 Zellen zeigten sowohl eine um 88% verminderte NPM1 c.863_864insTCTG mRNA-Expression als auch verminderte zytoplasmatische Sublokalisation des Nucleophosmins in der Immunfärbung. Die hohe Aktivität der gRNA gegen mutiertes NPM1 wurde durch Deep Sequencing bestätigt, außerdem hat sich das Verhältnis vom Wildtyp- zu mutiertem Allel von 51:49 zu 68:32 verschoben. Dieser Effekt wurde durch Zugabe des NHEJ-Hemmstoffes SCR7 noch verstärkt. Die sgRNA gegen BRAFV600E wurde in den homozygot mutierten Melanom-Zelllinien A-375 und SK-MEL-28 getestet. Bei Proliferationsversuchen zeigten sich keine Unterschiede im Vergleich zu Kontrollzellen. In der kolorektalen Krebszelllinie RKO, die heterozygot BRAFV600E und PIK3CAH1047R ist, zeigte sich bei der Testung von sgRNAs gegen BRAF, PIK3CA und Kombination beider sgRNAs eine Wachstumshemmung. Jedoch lag kein synergistischer Effekt bei sgRNA-Kombination vor. Zudem bestätigten sich Aktivität und Spezifität der sgRNA gegen BRAF im Deep Sequencing, während die sgRNA gegen PIK3CA in mäßigem Umfang Doppelstrangbrüche im Wildtyp-Allel verursachte. Das Verhältnis vom Wildtyp- zu mutiertem BRAF Allel verschob sich von 32:68 ohne sgRNA zu 51:49 nach sgRNA-Behandlung. Eine mögliche Erklärung dieser Beobachtung ist die Rückmutation zum Wildtyp-Allel nach Doppelstrangbruch mit Hilfe homologer Rekombination durch das Wildtyp-Schwesterchromatid. Für PIK3CA konnte dieser Effekt in schwächerem Ausmaß ebenfalls beobachtet werden. Zusammengefasst zeigen diese Ergebnisse, dass das CRISPR/Cas-System zur Inaktivierung mutierter Protoonkogene genutzt werden kann.:List of tables III List of figures IV List of abbreviations V 1 Introduction 1 1.1 Cancer 1 1.2 Oncogenes 2 1.2.1 Role in cancer 2 1.2.2 Targeted therapies 3 1.2.3 NPM1 5 1.2.4 BRAF 6 1.2.5 PIK3CA 7 1.3 CRISPR/Cas-system 7 1.4 Aim and motivation 10 2 Material and Methods 11 2.1 Design of sgRNAs 11 2.2 Plasmids 11 2.3 Cell culture 12 2.4 FACS analysis 14 2.5 T7 assay 14 2.6 Cell cycle analysis 15 2.7 Immunostaining 15 2.8 Apoptosis assay 16 2.9 Quantification of mutant NPM1 transcripts 16 2.10 Deep sequencing 16 2.11 Statistical Analysis 19 3 Results 20 3.1 Design of sgRNAs targeting oncogenes 20 3.2 Evaluation of sgRNA efficacy and selectivity 23 3.3 Effects of oncogene knock-out in cancer cell lines 27 3.3.1 Targeting NPM1 in AML cells 27 3.3.2 Targeting BRAF in melanoma cells 30 3.3.3 Targeting BRAF and PIK3CA in colorectal carcinoma cells 31 4 Discussion 37 4.1 The design of sgRNAs is possible for most cancer mutations 37 4.2 sgRNAs targeting oncogenes have to be tested 37 4.3 Oncogenes can be knocked out with the CRISPR/Cas-system 37 4.3.1 NPM1 in AML cells 37 4.3.2 BRAF in melanoma cells 38 4.3.3 BRAF and PIK3CA in CRC cells 38 4.4 Advantages and disadvantages to target oncogenes with the CRISPR/Cas-system 40 4.5 Concluding remarks 41 5 Original Article 43 6 Summary 47 7 Zusammenfassung 49 List of references 51 Appendix VIII

La thèse "Sang sucré, pouvoirs codés et médecine amère" est le résultat d'une démarche relevant de l'anthropologie médicale critique s'étant principalement déroulée dans la communauté Innue de Pessamit sur la Haute-Côte-Nord du Québec. Cette recherche vise initialement à répondre à cette première question : à quels facteurs peut-on attribuer les insuccès répétés des campagnes de prévention concernant le diabète en milieu autochtone? En particulier, elle cherche à jeter un nouvel éclairage sur l'avènement des conditions d'émergence de l'épidémie de diabète qui afflige un nombre grandissant de membres des Premières Nations. Cette thèse soutient que le développement de ce que la santé publique nomme des "facteurs de risque", fait d'avantage appel à l'émergence de nouvelles caractéristiques identitaires qui doivent être comprises dans le cadre du développement d'un mouvement de revendication et d'affirmation nationale qui est intimement lié à un long et fastidieux processus de décolonisation. Le postulat de départ ici veut qu'il soit utopique de chercher à comprendre les dynamiques qui animent le niveau local sans préalablement les situer dans le cadre du mouvement de mondialisation et de globalisation des marchés. Notre lecture met donc en évidence un ensemble de facteurs sociaux, politiques, économiques et culturels qui créent les conditions d'émergence et de développement du diabète, appréhendé bien sûr en tant que maladie par le monde biomédical, mais également et surtout en tant que "normalité" dans le milieu de vie des Autochtones. Nous démontrons, entre autres, que l'obésité est aujourd'hui en milieu innu, une réalité intégrée à un système complexe de codes identitaires porteurs de sens, permettant l'inclusion et l'exclusion des acteurs de la société. En prenant en considération les niveaux "micro" et "macro" , cette thèse met en lumière qu'à un niveau intermédiaire "méso" , État colonial et "colonisés" se sont mutuellement dotés de systèmes de contrôle puissants assurant l'exercice et l'application du pouvoir au quotidien. Et c'est en prenant en considération ces forces vives en jeu dans la société autochtone moderne que cette thèse apporte un nouvel éclairage sur une question de fond qui intéresse tout particulièrement les milieux de la santé publique : pourquoi les campagnes de prévention primaire, secondaire et tertiaire de la santé publique en milieu autochtone se butent-elles constamment à d'importants insuccès et ce malgré l'injection d'importants investissements humains, scientifiques et budgétaires ?

Cette recherche est fondée sur l'importance de dépister les élèves qui éprouvent des difficultés en identification de mots au début du 2e cycle du primaire. L'objectif général de l'étude est d'analyser, avec une clientèle québécoise, la valeur d'un instrument conçu pour des écoliers français, le Test d'identification de mots écrits élaboré par Ecalle (2006). L'épreuve a été passée à 197 élèves de 3e année. Les enseignants ont également porté un jugement sur les habiletés en décodage de leurs élèves. L'analyse des résultats a permis de conclure à une bonne validité psychométrique de l'épreuve lorsqu'elle est soumise à des élèves québécois. De plus, les résultats ont montré que l'instrument pouvait être plus sensible que le jugement de l'enseignant pour détecter des problèmes de décodage chez certains élèves et qu'il pouvait servir à dresser des profils pertinents en identification de mots.

Thèse présentée à la Faculté des études supérieures et postdoctorales de l’Université Laval comme exigence partielle du programme de doctorat en philosophie offert à l'Université de Sherbrooke en vertu d'un protocole d'entente avec l’Université Laval pour l’obtention du grade de Philosophiæ Doctor (Ph. D.) / Cette recherche vise à clarifier le rôle du sujet dans la formulation du choix en matière de sexualité. Au cours du dernier demi-siècle, nous serions passés d’un encadrement religieux à une situation où les encadrements sont pluriels, nécessitant de nouvelles balises, qu'elles soient juridiques ou éthiques. Notre société démocratique, libérale et pluraliste pourrait voir dans la notion de consentement individuel l'expression concrète et personnelle de la liberté. Une analyse des arrêts de la Cour suprême du Canada vérifie la pertinence et les limites du consentement quand se pose un problème moral en matière de sexualité et que le droit ne semble pas pouvoir résoudre de prime abord. Un premier chapitre porte sur le contexte sociohistorique, identifiant trois étapes au cours desquelles la morale sociale en matière de sexualité évolua vers la notion de consentement individuel. Un deuxième chapitre, constituant le cadre conceptuel de la recherche, portera sur la clarification des différentes notions de morale et d'éthique et précisera la conception que j'associe à ma définition du désir comme choix éthique. Le troisième chapitre se consacre à l'analyse d’un certain nombre d'arrêts de la Cour suprême. Mais d'abord il présente la méthodologie de la recherche et la grille de lecture qu'elle suppose ainsi que les thématiques privilégiées dans le choix des arrêts. Le quatrième chapitre discute des résultats de l'analyse en posant la question suivante : les arrêts répondent-ils au besoin d'éthique ? En conclusion, je récapitulerai la démarche de la recherche et soulignerai les découvertes qu'elle apporte. Ce qui me conduira à traiter du rôle des magistrats de la Cour suprême quant à la formulation de la morale sociale. Enfin, je terminerai par une réflexion sur le rôle du sexologue comme accompagnateur éthique.

Je m'intéresse à l'usage des adverbes de manière et de degré dans les écrits d'une scriptrice saguenéenne qui a vécu au XXe siècle. Par cette étude, les principes proposés dans les théories contemporaine et historique à propos des adverbes (et de leur relation avec les adjectifs) peuvent être observés dans l'usage. Cela permet de rendre compte de l'utilisation réelle qui est faite des adverbes à une époque spécifique dans le but de formuler quelques observations quant à leur emploi général. Dans un corpus de documents intimes, 1 359 occurrences d'adverbes et d'adjectifs ont été extraites. Leur analyse a corroboré de nombreux postulats émis dans les ouvrages scolaires historiques ainsi que dans les études théoriques contemporaines. Cependant, elle a aussi permis de mettre en lumière quelques phénomènes plus particuliers. Par exemple, l'analyse de la variabilité a permis de considérer la thèse de l'hypercorrection graphique et elle a soulevé des questions par rapport à la catégorisation des mots en classes grammaticales (Hummel, 2017a; Hummel, 2017b). De plus, l'observation des occurrences met en exergue le fait que la modification syntaxique semble subordonnée à la catégorisation sémantique des adverbes : l'appartenance à une sous-catégorie adverbiale parait ainsi avoir une incidence sur les syntagmes modifiés. Des constats ont aussi été faits du côté de la sélection : ce concept est lié de près à celui de la modification. Le rôle de la sémantique dans la sélection des adverbes (et des adjectifs) ne semble pas non plus à négliger. Enfin, d'autres particularités ont été mises de l'avant et ces dernières ont notamment permis d'illustrer l'importance discursive des adverbes à l'écrit. Il convient toutefois de rappeler que cette étude constitue une brève incursion : de nombreuses pistes de recherche en syntaxe et en sociolinguistique doivent encore être approfondies (entre autres par l'analyse d'un plus grand nombre d'occurrences)

Cette recherche s’intéresse aux perspectives des Inuit vivant à Montréal par rapport à leur santé et leur capacité à la maintenir et à la rétablir en contexte montréalais. Faite en partenariat avec le projet Qanuikkat Siqinirmiut?, cette étude en anthropologie médicale est une contribution à la création d’une base de connaissance sur la santé et le bien-être des Inuit du sud du Québec. Ancrée dans une perspective critique et post-coloniale, l’analyse des données ethnographiques collectées dans le cadre de cette recherche s’intéresse à la manière dont les Inuit vivant à Montréal perçoivent leur santé et leur bien-être, ainsi que leur capacité à les maintenir ou à les rétablir selon les ressources institutionnelles, communautaires et personnelles disponibles en contexte urbain. Dans le cadre de l’analyse macro-sociale, nous explorons en quoi la colonisation est un processus historique, politique et économique qui influence encore aujourd’hui les options, les choix et les comportements possibles des participants face aux ressources de santé et de bienêtre disponibles en ville. Au niveau méso-social, nous nous intéressons plus particulièrement aux perspectives et aux expériences des Inuit montréalais par rapport au secteur professionnel (le système de santé public et les services de santé non assurés) et alternatif (ressources communautaires et personnelles) de soins. Enfin, au niveau micro-social, nous tentons de mieux saisir la manière dont les participants vivent, négocient et définissent leur santé et leur bien-être, et ce, dans l’objectif de dresser les pourtours conceptuels de ces notions selon les perspectives des participants. Quatre dimensions (physique, mentale, culturelle et identitaire ainsi que sociale) sont ressorties de cette analyse du secteur populaire, où se définissent les représentations individuelles et collectives de la santé. / This study explores the way Inuit who live permanently in Montreal perceive their health and their ability to maintain and restore it in their local urban context. In partnership with the Qanuikkat Siqinirmiut? project, this research in medical anthropology aims to contribute to a knowledge base on the health and well-being of Inuit living in southern Quebec. Rooted in a critical and post-colonial perspective, the analysis of the ethnographic data collected during this fieldwork focuses on urban Inuit’s perspectives of their health and well-being, as well as their capacity to maintain or restore it, according to the institutional, community and personal resources available in Montreal. As part of the macro-social analysis, we explore how colonization is a historical, political and economic process that still influences participants' options, choices and behaviours regarding their ability to maintain or restore their health and well-being in an urban context. At the meso-social level, we focus on their perspectives and experiences within the professional (the public health system and non-insured health services) and alternative (community and personal resources) sectors of healthcare. Finally, at the microsocial level, we are seeking to capture how participants live, negotiate and define their health and their well-being in order to emphasize the outlines of their conceptualization of these notions. Four dimensions (physical, mental, cultural/identity and social) emerged from the analysis of the popular sector, a sector where depictions of health are individually and collectively defined.

La demande en énergies renouvelables est en constante augmentation. Le maïs est le plus utilisé en Amérique du Nord pour la production de bioéthanol. Toutefois, sa culture est exigeante et son utilisation pour des fins énergétiques est controversée. De nouvelles plantes énergétiques comme le millet perlé et le sorgho sucrés ont alors été explorées. Ces plantes poussent très bien dans des sols de moindre qualité, requièrent peu d'amendements et tolèrent bien le manque d'eau. Par ailleurs, aucune technique n'a été mise au point pour extraire le jus de leur biomasse directement à la ferme. L'objectif principal de ce travail de recherche était de concevoir et fabriquer une presse commerciale permettant d'extraire efficacement le jus de la biomasse du sorgho et du millet perlé sucrés et aussi intégrer une chambre d'accumulation de blocs de bagasse pour former des balles d'ensilage dédiées à l'alimentation animale. Un cahier des charges a d'abord permis de spécifier les critères de conception à respecter. Un remue-méninge et une matrice de décision ont par la suite été utilisés pour déterminer la meilleure solution répondant aux besoins. Finalement, une conception et une optimisation par ordinateur ont permis de produire le concept final. La presse et la chambre d'accumulation de blocs de bagasse ont été fabriquées au Département des sols et de génie agroalimentaire de l'Université Laval. Aussi, un système d'attache des blocs de bagasse a été intégré à la presse afin d'évaluer la faisabilité d'une valorisation de la bagasse sous forme de balles d'ensilage rectangulaires. Plusieurs essais intensifs au champ ont permis de tester le système presse/chambre d'accumulation de blocs de bagasse et de se prononcer sur son efficacité. Ce système a été testé avec succès et les résultats obtenus indiquent que la presse est capable de traiter 1.75 m³ de biomasse à la fois (environ 700 kg). Des taux d'extraction de 45 L de jus par 100 kg de biomasse ont été atteints, ce qui dépasse de loin les taux obtenus antérieurement à l'aide de petits prototypes de presse. Parmi les méthodes d'attache testées, l'enrobage dans un tube de plastique s'est avéré le plus adéquat. L'instrumentation installée sur la presse a permis de maximiser l'information obtenue lors des essais, ce qui a permis de mieux optimiser les cycles de pressage. Les données recueillies grâce à l'instrumentation ont permis de développer un modèle prédictif de la quantité de jus recueillie suite au pressage de la biomasse. L'information supplémentaire a aussi permis de caractériser les efforts internes subis par la presse lors des essais, ce qui permettra de mieux optimiser la structure d'un prochain prototype afin de réduire sa masse et donc les coûts de fabrication. Il est par ailleurs recommandé de réaliser d'autres essais incluant la biomasse de millet perlé sucré afin d'améliorer le modèle proposé et en étendre les limites d'utilisation. Des modèles plus étendus et précis permettront de mieux évaluer les étendues de la rentabilité du processus de pressage. / Demand for renewable energy is on the rise now more than ever. Right now, corn is the most used crop for ethanol production. It is, however, the most demanding crop to grow and its use as an energy source is controversial. For that reason, new energy crops like sweet pearl millet and sweet sorghum have been explored. Those plants grow easily on low potential soils, require little fertilizers and resist drought. However, no method is currently available to extract the juice from the biomass directly on the farm. The main objective of this research work was to design, build, and test a commercial scale press that extracts efficiently the juice from the biomass of sweet sorghum and sweet pearl millet and to integrate an attachment system to wrap the bagasse as silage bales. A design specification sheet first regrouped the design criteria. A brainstorm and a decision matrix were then used to determine the most adequate solution that best suites our requirements. Finally, computer aided design and optimisation allowed to produce the final solution. The press and bale forming attachment were built at the Department of Soil and Agri-Food Engineering of Université Laval. Also, a bagasse attachment system was integrated to the press in order to assess the feasibility of valorising the bagasse as rectangular silage bales. Intensive field trials allowed testing the press/bale attachment system and determining its efficiency. The system has been used with success and the results showed that the press is able to process 1.75 m³ (approx. 700 kg) at a time. Extraction rates of up to 45 L of juice per 100 kg of biomass were obtained, which surpassed results from previous tests with small scale press prototypes. Among the attachment methods tested, wrapping the blocs in a plastic tube proved to be the most adequate option. The instrumentation installed on the press allowed maximising the data obtained during the tests, which made it possible to better optimise the pressing cycles. The data was also used to develop a predictive model of the juice extraction from the biomass. The additional data also allowed better characterising the internal mechanical forces experienced by the press. This will be useful in optimizing the structure of another eventual prototype to reduce its mass and consequently manufacturing costs. Further tests including the biomass of sweet pearl millet are however recommended to refine the extraction model and expand its limits. More extensive and precise models will allow better assessing the limits of the pressing process profitability.