Made available in DSpace on 2016-05-02T13:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carmen_vieira_ioc_dout_2015.pdf: 6531759 bytes, checksum: 8c78e754c64e162a1229bcecc9f3e83b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A disseminação de vírus entéricos em ambientes aquáticos está diretamente relacionada ao despejo in natura de esgotos e, consequentemente, associada a doenças de veiculação hídrica. Atualmente, os vírus vêm sendo sugeridos como marcadores espécie-específicos para rastreamento microbiológico de fonte de contaminação fecal (Microbial Source Tracking [MST]) destes ambientes, podendo ser utilizados em estratégias de monitoramento e gestão de bacias hidrográficas. Neste contexto, este estudo teve como objetivo rastrear fontes de contaminação fecal de origem humana e animal utilizando marcadores virais e determinar a concentração dos principais vírus associados a gastroenterite aguda na bacia hidrográfica do Rio Negro, Manaus, Amazonas (AM), a fim de estimar o risco de infecções por estes vírus por diferentes vias de exposição da população local. Com este propósito, avaliou-se a metodologia de concentração viral por floculação orgânica, além de ensaios quantitativos (qPCR) de detecção. Posteriormente, realizou-se um monitoramento trimestral (2011-2012) ao longo do Rio Negro e dos igarapés da cidade, quando 272 amostras foram coletadas, assim como uma amostragem adicional durante a cheia histórica deste rio (junho de 2012). Parâmetros físico-químicos e bacteriológicos (E. coli e enterococos) também foram determinados, sendo investigada uma possível correlação bactéria-vírus. Adenovírus humanos (HAdV) e poliomavírus JC (JCPyV), utilizados como marcadores de contaminação humana, foram detectados em 91,9 % e 69,5 % das amostras, respectivamente, revelando a origem humana de contaminação dos ecossistemas estudados Adenovírus suíno (PAdV) e poliomavírus bovino (BPyV) foram observados em baixos percentuais, 0,7 e 1,8 %, respectivamente. Rotavírus grupo A (RVA) e norovírus genogrupo II (NoV GII) foram detectados em 23,9 % e 7,4 % das amostras, respectivamente. O NoV GII foi detectado apenas na estação seca enquanto o RVA foi prevalente na cheia, quando suas concentrações apresentaram um aumento significativo. As concentrações dos vírus humanos variaram de 102 a 106 cópias de genoma (CG)/L, sendo observadas maiores contaminações de HAdV e JCPyV nos igarapés e no período de cheia, enquanto as concentrações dos vírus de origem animal variaram de 101 a 102 CG/L. Correlações de 0,274 a 0,762 foram observadas entre HAdV, JCPyV, E. coli e enterococos e apontaram a utilização de HAdV como possível marcador viral de contaminação fecal humana. Pelos resultados obtidos, realizou-se um estudo de avaliação de risco de infecções por RVA, onde estimou-se probabilidades médias de infecção variando de 0,3954 a 0,868 pela exposição por atividades recreacionais ou contato mão-boca com os ambientes aquáticos de Manaus Durante a cheia histórica do Rio Negro, demonstrou-se uma correlação entre o nível de água do rio e o número de casos de gastroenterite, assim como um aumento na concentração de RVA, NoV e HAdV. A investigação de astrovírus e vírus emergentes, como NoV GIV, sapovírus, bocavírus, aichivírus e klassevírus, foi realizada nestas amostras, porém não foram detectados. Globalmente, este estudo representa um grande avanço nos estudos de virologia ambiental no Brasil, sendo pioneiro nas análises de MST e risco virológico, que demonstraram a precariedade de saneamento básico na cidade de Manaus e os riscos de infecção viral associados a esta condição / The dissemination of enteric viruses in aquatic environments is directly related to the discharge of raw sewage and consequently associated with waterborne diseases. Currently, viruses have been suggested as host-specific markers for Microbial Source Tracking (MST) in these environments, and can be used in monitoring and management strategies of watersheds. In this context, this study aimed to assess human and animal sources of contamination by viral markers and the concentrations of the main gastroenteric viruses in the Negro River catchment, Manaus, Amazonas (AM), in order to estimate the risk of infection associated with the use of these waters by the locals. For this purpose, a concentration procedure by organic flocculation and quantitative assays (qPCR) for viruses detection were evaluated. Later, a quarterly monitoring (2011-2012) along the Negro River and the igarapés of the city was carried out, when 272 surface water samples were collected, as well as an additional sampling during the extreme flood of this river (June 2012). Physico-chemical and bacteriological (E. coli and enterococci) parameters were also measured, being investigated the correlation between viruses and bacteria. Human adenovirus (HAdV) and JC polyomavirus (JCPyV) were used as viral markers of human contamination, being detected in 91.9 % and 69.5 % of the samples, respectively, showing the contamination of human origin in the study ecosystems. Porcine adenovirus (PAdV) and bovine polyomavirus (BPyV) were detected in low percentages, 0.7 and 1.8 %, respectively. Group A rotavirus (RVA) and genogroup II norovirus (NoV GII) were detected in 23.9% and 7.4% of the samples, respectively. NoV GII was detected only in the dry season whereas RVA was prevalent in the flood season, when its concentration showed a significant increase. Concentrations of human viruses ranged from 102 to 106 genome copies (GC)/L, being higher contaminations with HAdV and JCPyV observed in the igarapés and during the flood season, whereas concentrations of animal viruses ranged from 101 to 102 GC/L. Correlations between HAdV, JCPyV, E. coli and enterococci ranged from 0.274 to 0.762 and suggested the use of HAdV as a possible viral marker of human fecal contamination. Based on the obtained results, a risk assessment study of RVA infection due to recreational and hand-to-mouth contacts with these contaminated waters was carried out and the estimated mean probabilities of infection ranged from 0.3954 to 0.868. During the extreme flood of the Negro River, a correlation between the river level and number of gastroenteritis cases was demonstrated, as well as an increase in the concentration of RVA, NoV and HAdV. Astrovirus and emerging viruses such as NoV GIV, sapovirus, bocavirus, aichivirus, and klassevirus were also investigated in these samples, but were not detected. The overall results of this thesis represent major advances in environmental virology in Brazil, since it is pioneer in both MST and virological risk assessment studies, which demonstrated the precariousness of basic sanitation in the city of Manaus and risks associated with this condition / 2017-07-26

Made available in DSpace on 2016-05-19T13:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 fernanda_oliveira_ipec_dout_2011.pdf: 3783514 bytes, checksum: 22fcadff51352547d6bc3ff6d3c09f88 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O presente estudo teve como principal objetivo avaliar a diversidade genética de Leishmania (Viannia) braziliensis nos níveis inter e intrapacientes, diretamente em lesões cutâneas e mucosas de indivíduos com leishmanioses mucocutânea (LMC), disseminada (LD) e mucosa (LM), incluindo indivíduos coinfectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Um total de 61 amostras procedentes de 38 pacientes foi analisado pelas técnicas da reação em cadeia da polimerase (PCR), da reação em cadeia da polimerase com primer único em condições de baixa estringência (LSSP-PCR) e da análise fenética, tendo como alvo molecular a região variável do minicírculo do DNA do cinetoplasto (kDNA). Neste estudo, predominaram indivíduos do sexo masculino e com acometimento mucoso nasal. A presença de DNA do parasita foi evidenciada pela banda diagnóstica de 750 pb, em todas as amostras analisadas, possibilitando o diagnóstico específico. Na investigação do perfil genotípico de subpopulações de L. (V.) braziliensis, através da LSSP-PCR, foi revelado o polimorfismo genético intrafragmento traduzido como uma assinatura do kDNA do parasito para cada amostra. Assinaturas de kDNAs similares em amostras de paciente coletadas ao mesmo tempo (mucosa oral e nasal), e a divergência nos perfis genéticos em amostras coletadas em tempos diferentes na mesma localização (mucosa nasal) sugerem a clonalidade do inóculo inicial, como consequência da estrutura populacional clonal de Leishmania No estudo da variabilidade genética de L. (V.) braziliensis nos níveis inter e intrapacientes foram evidenciadas similaridades genotípicas entre as amostras de lesões cutânea e mucosa intrapacientes. As análises fenética e estatística possibilitaram afirmar que a diversidade genética no nível intrapacientes é menor do que a observada entre os pacientes. Nenhuma associação pode ser observada entre os perfis genéticos de L. (V.) braziliensis e as formas clínicas da doença (LM, LMC, LD), e nem em relação à localização da lesão cutânea ou mucosa (nasal ou oral). O polimorfismo genético de L. (V.) braziliensis também foi evidenciado nos pacientes coinfectados pelo HIV, cuja análise fenética reuniu os perfis genéticos em dois grupos distintos, os quais discriminaram entre as amostras obtidas de pacientes com coinfecção Leishmania/ HIV daquelas obtidas de pacientes não coinfectados. A discriminação de perfis genéticos diferenciados de L. (V.) braziliensis em pacientes coinfectados pelo HIV sugere que a imunossupressão tem impacto na estrutura populacional do parasita. Os nossos resultados corroboram a complexidade genética existente nos parasitos do gênero Leishmania, reforçando a diversidade na dinâmica populacional e na plasticidade genética de L. (V.) braziliensis / Oliveira, F S. C linic al and molecular study in mucocutaneous leishmaniasis : Diagno ses and s creening of subpopulation of Leishmania (Viannia) braziliensis in the inter and intrapatient levels . Rio de Janeiro, 2011 . 10 1 f. Thesis [ PhD in Clinic research in Infectious Diseases ] – Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. ABSTRACT The present study has as its main objective to evaluate the genetic diversity of L eishmania (V iannia ) braziliensis in the inter and intrapatient levels, directly from cutaneous and mucosal lesions of individuals with mucocutaneous (MCL), disseminated (DL) and mucosal (ML) leishmaniasis, including individuals with the human immunodeficiency virus (HIV) infection . A total of 61 samples recovered from 38 patients was analyzed by the techniques of pol y merase chain reaction (PCR), low - s tringency single - specific - primer PCR (LSSP - PCR) and phenetic analysis, directed to the variable region of the kinetoplast DNA ( kDNA ) minicirc les. In this study, male individuals with nasal mucosa involvement predominated . The presence of the parasite’s DNA was revealed by the diagn osis band of 750 bp, in all analyzed samples, making the specific diagnosis possible. In the investigation of the genotypic profile of the subpopulations of L. (V.) braziliensis , through LSSP - PCR, it was revealed the intrafragment genetic polymorphism tran slated as a kDNA signature for each sample. Similar kDNAs signatures in patient’s samples collected simult aneously (oral and nasal mucosa ), and the divergence in the genetic profiles in samples collected at different times on the same location (nasal mucos a ) suggest the clonality of the initial inoculu m , as a consequence of the clonal population structure of Leishmania. In the study of the genetic variability of L. (V.) braziliensis in the int er and intr a patient levels, genotypic similarities were observed among the cutaneous and mucos al lesions intrapatients. The statistic and phenetic analyzes made it possible to assure that the genetic diversity in the intrapatient level is lower than the observed among the patients. No association could be observed betw een the genetic profiles of L. (V.) braziliensis and the clinical forms of the disease (ML, MCL, DL) and neither in relation to the location of the cutaneous or mucosal lesion (nasal or oral). The genetic polymorphism of L. (V.) braziliensis was also detec ted in the HIV - infected patients . The phenetic analysis has grouped the genetic profiles into two different clusters, which discriminated between samples from patients with Leishmania / HIV co - infections from that of non - HIV - i nfected patients. The discrimin ation of L. (V.) braziliensis divergent genetic profiles in patients co - infected with HIV suggests that the immunosupression has some impact on the parasite’s populat ional structure. Our result s corroborate the genetic complexity in parasites of the genus Leishmania reinforcing the diversity in the populacional dynamics and genetic plasticity of L. (V.) braziliensis .

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-29T11:22:10Z No. of bitstreams: 1 Robortella_Diagnóstico molecular de infecção maláricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-29T11:22:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Robortella_Diagnóstico molecular de infecção maláricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T11:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Robortella_Diagnóstico molecular de infecção maláricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-22T13:24:59Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Robortella_Diagnostico molecular de infeccao malaricas_2016.pdf.txt: 147676 bytes, checksum: e74efc2c2c5793a2927f4ba6c4952b6f (MD5) Robortella_Diagnostico molecular de infeccao malaricas_2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Nos últimos anos, a incidência de malária no Brasil vem reduzido significativamente, particularmente, em virtude das medidas de controle. Neste novo cenário, faz-se necessário identificar e tratar a malária submicroscópica, uma vez que estes indivíduos constituem fonte de infecção para o mosquito vetor. Neste contexto, nosso grupo de pesquisa vem aprimorando o diagnóstico molecular de malária e, recentemente, padronizou uma reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR), altamente sensível, para a detecção de alvos não ribossomais (Pvr47 e Pfr364) dos plasmódios. Baseado nestes achados, o objetivo do presente trabalho foi investigar a malária subpatente em tribos indígenas de povos Ianomâmis, onde as baixas parasitemias parecem ser frequentes. A população de estudo foi constituída de indivíduos pertencentes a cinco aldeias ianomâmis do Polo Base Marari, estado do Amazonas. O estudo envolveu dois cortes transversais, sendo realizados nos meses de setembro (primeiro corte transversal) e novembro (segundo corte trans versal) de 2014. Foram incluídos no estudo um total de 914 indígenas, com cerca de 1590 amostras de sangue coletadas em papel de filtro. Para o diagnóstico molecular de malária, quatro diferentes protocolos de PCR foram utilizados, sendo três baseados em alvos ribossomais (18S rRNA) e um em alvos não ribossomais (Pvr47/Pfr364) dos plasmódios. Os resultados aqui obtidos permitiram demonstrar que os alvos Pvr47/Pfr364 foram os mais sensíveis para o diagnóstico de malária submicroscópica, embora não se mostraram adequados para o diagnóstico de espécie. Dentre os protocolos baseados no gene 18S rRNA aqui utilizados (Nested-PCR, RT-Mangold e RT-Rougemont), a Nested-PCR (método molecular de referência) se mostrou mais apropriada para o diagnóstico específico das infecções maláricas submicroscópicas. Em conjunto, este estudo de infecção malárica em populações ianomâmis permitiu demonstrar que: (i) enquanto 0,9% das amostras foram positivas pela microscopia ótica (MO), diagnóstico de rotina, os protocolos moleculares identificaram 7,8% de postividade; (ii) P. vivax foi a espécie predominante, seguido do P. malariae e P. falciparum em proporções similares; (iii) a positividade por malária diminuiu com a idade (crianças>adolescentes>adultos) e foi influenciada pelas variações sazonais (setembro>novembro); (iv) a prevalência de malária variou significativamente nas diferentes aldeias, sugerindo que a doença não está homogeneamente distribuída na área de estudo. Espera-se que os resultados aqui obtidos possam contribuir para o direcionamento e monitoração de medidas de controle em reservas indígenas, bem como estimar a real incidência de malária nas áreas sob vigilância epidemiológica. / In the last few years, considerable success in reducing malaria incidence has been achieved in Brazil mainly as result of global efforts to control disease. In this new scenario, the need to detect and treat submicoscopic infections is becoming increasing important, as these individuals can be a source of infection for mosquito vectors. Aiming to improve molecular diagnosis of malaria, our research group has standardized a real-time PCR protocol (RT-PCR), highly sensible, for the detention of non-ribossomal plasmodium targets. Based on these findings, the goal of the present work was to investigate subpatent malaria infection in ianomâmis indigenous tribes, where low levels of parasitaemia seems to be common. The study population involved five Ianomâmis communities from the indigenous district of “Polo Base Marari”, Amazon state. Two cross-sectional studies were carried-out by the research team, in september (first survey) and november (second survey) of 2014. A total of 914 indigenous were involved in the study, and 1590 blood samples were collected in filter paper. For molecular diagnosis of malaria, four different PCR protocols were tested, three based on ribossomal (18S rRNA) target and one non-ribosomal (Pvr47/Pfr364). The result s obtained demonstrated that Pvr47/Pfr364 was the most sensitive protocol, however, these targets did not differentiate Plasmodium species. Among the protocols based on the 18S rRNA gene (Nested-PCR, RT-Mangold and RT-Rougemont), the Nested-PCR (reference molecular method) was more suitable for the specific diagnosis of submicroscopic infection. Taken together, this study of malaria infection in Yanomani population showed that: (i) while 0.9% of positivity was detected by the optical microscopy (MO), the conventional routine diagnosis, molecular diagnosis was able to detect 7,8%; (ii) P. vivax was the most prevalent specie in the area, followed by P. malariae and P. falciparum in similar proportions; (iii) malaria positivity decreased with age (children>teenagers>adults) and fluctuates according to seasonal variations (september>november); (iv) malaria prevalence varied accor ding to the Yanomani tribe, which suggest that malaria is not homogeneous transmitted in the study area. The results presented here may account for strategic plans to control malaria in indigenous populations, and to estimate the real malaria incidence in areas under epidemiological vigilance.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-24T18:25:15Z No. of bitstreams: 1 D_Mestrado_Robortella_Diagnóstico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-06-24T18:25:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 D_Mestrado_Robortella_Diagnóstico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-24T18:25:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 D_Mestrado_Robortella_Diagnóstico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) Previous issue date: 2016 / Made available in DSpace on 2016-07-22T13:25:02Z (GMT). No. of bitstreams: 3 D_Mestrado_Robortella_Diagnostico_CPqRR-2016.pdf.txt: 147676 bytes, checksum: e74efc2c2c5793a2927f4ba6c4952b6f (MD5) D_Mestrado_Robortella_Diagnostico_CPqRR-2016.pdf: 1869875 bytes, checksum: f2ad512eae8aaa93188f43cda2c1a19a (MD5) license.txt: 2991 bytes, checksum: 5a560609d32a3863062d77ff32785d58 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Nos últimos anos, a incidência de malária no Brasil vem reduzido significativamente, particularmente, em virtude das medidas de controle. Neste novo cenário, faz-se necessário identificar e tratar a malária submicroscópica, uma vez que estes indivíduos constituem fonte de infecção para o mosquito vetor. Neste contexto, nosso grupo de pesquisa vem aprimorando o diagnóstico molecular de malária e, recentemente, padronizou uma reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR), altamente sensível, para a detecção de alvos não ribossomais (Pvr47 e Pfr364) dos plasmódios. Baseado nestes achados, o objetivo do presente trabalho foi investigar a malária subpatente em tribos indígenas de povos Ianomâmis, onde as baixas parasitemias parecem ser frequentes. A população de estudo foi constituída de indivíduos pertencentes a cinco aldeias ianomâmis do Polo Base Marari, estado do Amazonas. O estudo envolveu dois cortes transversais, sendo realizados nos meses de setembro (primeiro corte transversal) e novembro (segundo corte transversal) de 2014. Foram incluídos no estudo um total de 914 indígenas, com cerca de 1590 amostras de sangue coletadas em papel de filtro. Para o diagnóstico molecular de malária, quatro diferentes protocolos de PCR foram utilizados, sendo três baseados em alvos ribossomais (18S rRNA) e um em alvos não ribossomais (Pvr47/Pfr364) dos plasmódios. Os resultados aqui obtidos permitiram demonstrar que os alvos Pvr47/Pfr364 foram os mais sensíveis para o diagnóstico de malária submicroscópica, embora não se mostraram adequados para o diagnóstico de espécie. Dentre os protocolos baseados no gene 18S rRNA aqui utilizados (Nested-PCR, RT-Mangold e RT-Rougemont), a Nested-PCR (método molecular de referência) se mostrou mais apropriada para o diagnóstico específico das infecções maláricas submicroscópicas. Em conjunto, este estudo de infecção malárica em populações ianomâmis permitiu demonstrar que: (i) enquanto 0,9% das amostras foram positivas pela microscopia ótica (MO), diagnóstico de rotina, os protocolos moleculares identificaram 7,8% de postividade; (ii) P. vivax foi a espécie predominante, seguido do P. malariae e P. falciparum em proporções similares; (iii) a positividade por malária diminuiu com a idade (crianças>adolescentes>adultos) e foi influenciada pelas variações sazonais (setembro>novembro); (iv) a prevalência de malária variou significativamente nas diferentes aldeias, sugerindo que a doença não está homogeneamente distribuída na área de estudo. Espera-se que os resultados aqui obtidos possam contribuir para o direcionamento e monitoração de medidas de controle em reservas indígenas, bem como estimar a real incidência de malária nas áreas sob vigilância epidemiológica. / In the last few years, considerable success in reducing malaria incidence has been achieved in Brazil mainly as result of global efforts to control disease. In this new scenario, the need to detect and treat submicoscopic infections is becoming increasing important, as these individuals can be a source of infection for mosquito vectors. Aiming to improve molecular diagnosis of malaria, our research group has standardized a real-time PCR protocol (RTPCR), highly sensible, for the detention of non-ribossomal plasmodium targets. Based on these findings, the goal of the present work was to investigate subpatent malaria infection in ianomâmis indigenous tribes, where low levels of parasitaemia seems to be common. The study population involved five Ianomâmis communities from the indigenous district of “Polo Base Marari”, Amazon state. Two cross-sectional studies were carried-out by the research team, in september (first survey) and november (second survey) of 2014. A total of 914 indigenous were involved in the study, and 1590 blood samples were collected in filter paper. For molecular diagnosis of malaria, four different PCR protocols were tested, three based on ribossomal (18S rRNA) target and one non-ribosomal (Pvr47/Pfr364). The results obtained demonstrated that Pvr47/Pfr364 was the most sensitive protocol, however, these targets did not differentiate Plasmodium species. Among the protocols based on the 18S rRNA gene (Nested-PCR, RT-Mangold and RT-Rougemont), the Nested-PCR (reference molecular method) was more suitable for the specific diagnosis of submicroscopic infection. Taken together, this study of malaria infection in Yanomani population showed that: (i) while 0.9% of positivity was detected by the optical microscopy (MO), the conventional routine diagnosis, molecular diagnosis was able to detect 7,8%; (ii) P. vivax was the most prevalent specie in the area, followed by P. malariae and P. falciparum in similar proportions; (iii) malaria positivity decreased with age children>teenagers>adults) and fluctuates according to seasonal variations (september>november); (iv) malaria prevalence varied according to the Yanomani tribe, which suggest that malaria is not homogeneous transmitted in the study area. The results presented here may account for strategic plans to control malaria in indigenous populations, and to estimate the real malaria incidence in areas under epidemiological vigilance.

OCADAQUE, Crister José. Aspectos clínicos e epidemiológicos de pneumonias infantis associadas aos quatro tipos de vírus para influenza em Fortaleza-CE. 2016. 103 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T11:26:05Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) Previous issue date: 2016 / Pneumonia are public health problems worldwide, especially in children younger than five years old. Human parainfluenza virus (HPIV-1, 2 and 3) are common agents of pneumonia, little was know about the involvement of HPIV-4 due to difficulties of isolation in cell culture, the absence of antigens specific for this virus in panels routine detection of respiratory viruses, and are associated only with cases of mild respiratory infections. The aim of this study is to describe the clinical and epidemiological profile of pneumonia caused by four types of HPIV in the study population, from January 2013 to December 2014. To this end, nasopharyngeal aspirates of 542 children under five treated at Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), who were diagnosed with pneumonia, were subjected to RT-PCR for the detection of HPIV-1, 2, 3 and 4. These samples had been previously analyzed by indirect immunofluorescence for respiratory syncytial virus (RSV), influenza (A and B), adenovirus, and HPIV (1, 2 and 3). The HPIV were detected in 165 cases, followed by RSV (136), adenovirus (34) and influenza (30). Clinical and epidemiological characteristics of pneumonia by HPIV were analyzed in 104 samples with isolated infection with one of four types of HPIV. The HPIV most frequently detected, in descending order, were the HPIV-3 types (64.42%), HPIV-4 (19.23%), HPIV-1 (14.42%) and HPIV-2 (1.92 %). The HPIV-4 was the most associated with co-infection. The HPIV-4 was the only HPIV whose circulation was associated with the rainy season of two years of study (p <0.0001). The HPIV-3 and HPIV-1 had a circulation peak associated with the dry season. The HPIV are frequent agents of pneumonia in children younger than five years in the city of Fortaleza. / As pneumonias são problemas de saúde publica mundial, especialmente em crianças menores que cinco anos de idade. Os vírus parainfluenza (VPI-1, 2 e 3) são agentes frequentes de pneumonia, pouco se conhecendo sobre a participação do VPI-4 devido a dificuldades do seu isolamento em cultura de células, a ausência de antígenos específicos para este vírus nos painéis de rotina de detecção dos vírus respiratórios, além de serem relacionados apenas a casos de infecções respiratórias leves. O objetivo do presente estudo é descrever o perfil epidemiológico e clínico das pneumonias causadas pelos quatro tipos de VPI na população de estudo, no período de janeiro de 2013 a dezembro de 2014. Para tanto, aspirados nasofaríngeos de 542 crianças de até cinco anos atendidas no Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), que receberam o diagnóstico de pneumonia, foram submetidos à RT-PCR para a detecção dos VPI-1, 2 e 3 e 4. Estas amostras tinham sido analisadas anteriormente por imunofluorescência indireta para vírus sincicial respiratório (VSR), influenza (A e B), adenovírus e VPI (1, 2 e 3). Os VPI foram detectados em 165 casos, seguido de VSR (136), adenovírus (34) e influenza (30). As características clínicas e epidemiológicas de pneumonias pelos VPI foram analisadas em 104 amostras que apresentaram infecção isolada por um dos quatro tipos de VPI. Os VPI mais frequentemente detectados, em ordem decrescente, foram os tipos VPI-3 (64,42%), VPI-4 (19,23%), VPI-1(14,42%) e VPI-2 (1,92%). O VPI-4 foi o mais associado a co-infecções. O VPI-4 foi o único VPI cuja circulação esteve associada à estação chuvosa dos dois anos de estudo (p<0,0001). O VPI-3 e o VPI-1 apresentaram pico de circulação associado à estação seca. Os VPI são agentes frequentes de pneumonias em crianças menores que cinco anos na cidade de Fortaleza.

OLIVEIRA, Francisco Mário Sidney. Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012. 2014. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T11:34:12Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_fmsoliveira.pdf: 1279732 bytes, checksum: b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T12:06:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_fmsoliveira.pdf: 1279732 bytes, checksum: b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T12:06:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_fmsoliveira.pdf: 1279732 bytes, checksum: b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd (MD5) Previous issue date: 2014 / Four genotypes of human coronavirus (CoVh-229E, OC43, NL63 and HKU1) are often associated with diseases of the upper respiratory tract as well as in the lower.Despite the diversity of human coronavirus associated with acute respiratory infections, little is known about the impact of infections associated with them in child populations living in tropical regions.The present study had as objective detect CoVh in nasopharyngeal samples from pediatric patients with pneumonia treated at emergency rooms and wards of a referral hospital in the city of Fortaleza - Ceará, during the years 2011 and 2012.To that end, we collected 522 nasopharyngeal aspirates, where the principle indirect immunofluorescence (IIF) was used for detection of influenza A and B viruses, respiratory syncytial virus, adenovirus and parainfluenza 1, 2 and 3, and 99 (19%) samples positive by this technique. Negative samples by IFA were subjected to polymerase chain reaction in real-time (RT-qPCR) for detection of CoVh. Of the 423 negative samples by IFA, 71 (16.80%) had a positive result for CoVh, where the type 229E was the most frequent (34.11%), followed by genotypes OC43 and NL63 with 28.23% each and with lower detection HKU1 genotype (9.4%).We observed 14 (19.71%) co-detections with at most two genotypes among CoVh.All types of CoVh were observed during the study period.A rate of 67.60% of the infected children was treated by CoVh in emergency, but it is worth mentioning the high detection rate in hospitalized patients (32.40%).HKU1 genotype identified in a child with one month old who died, where the only risk factor was age observed.Our results show the circulation four types of CoVh in our city,being detected in pediatric patients with pneumonia, demonstrating the potential importance of these viruses in severe respiratory syndromes. / Quatro genótipos de coronavírus humanos (CoVh-229E, OC43, NL63 e HKU1) são frequentemente associados a doenças no trato respiratório superior como também no inferior. Apesar da diversidade de coronavírus associados a infecções respiratórias agudas humanas pouco se conhece sobre o impacto das infecções a eles associadas em populações infantis que vivem em regiões tropicais. O presente estudo teve como objetivo detectar os CoVh em amostras de nasofaringe provenientes de pacientes pediátricos com pneumonia atendidos na emergência e nas enfermarias de um hospital de referênciana cidade de Fortaleza – Ceará, durante os anos de 2011 e 2012. Para tanto, foram coletadas 522 aspirados de nasofaringe, onde a princípio foi utilizada a técnica de imunofluorescência indireta (IFI) para detecção dos vírus influenza A e B, sincicial respiratório (VSRh), adenovírus (ADVh), e parainfluenza 1, 2 e 3 (VPIh 1, 2 e 3), sendo 99 (19%) amostras positivas por esta técnica. As amostras negativas por IFI foram submetidas à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR) para detecção dos CoVh. Das 423 amostras negativas por IFI, 71 (16,80%) tiveram o resultado positivo para os CoVh, onde o tipo 229E foi o mais frequente (34,11%), seguidos pelos tipos OC43 e NL63 com 28,23% cada e como menor detecção o HKU1 (9,4%). Todos os tipos de CoVh puderam ser observados durante o período de estudo. Uma taxa de 67,60% das crianças infectadas pelos CoVh foram atendidas na emergência, mas vale ressaltar a alta taxa de detecção em pacientes hospitalizados (32,40%). Quanto aos sinais e sintomas clínicos, observamos uma maior frequência de coriza, tosse, febre e dispnéia nos pacientes positivos para os CoVh. Identificamos o tipo HKU1 em uma criança com um mês de idade que foi a óbito, onde o único fator de risco observado foi a idade. Nossos resultados demonstram a circulação de quatro tipos de CoVh no Nordeste do Brasil, sendo detectados em pacientes pediátricos com pneumonia, mostrando a possível importância desses vírus em síndromes respiratórias mais graves. Este estudo representa a primeira análise sobre a epidemiologia dos CoVh em nosso estado.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6843_RESUMO NAYARA.pdf: 95537 bytes, checksum: c7dc2ac95e7ea64f2eafa92433cdfb1f (MD5) Previous issue date: 2013-07-29 / As hortaliças são uma fonte importante de vitaminas, minerais e fibras, que são essenciais para o bom funcionamento do organismo, por isso cada vez mais cresce o seu consumo. A alface é uma das hortaliças mais consumidas no Brasil, principalmente na sua forma crua, entretanto nos últimos anos tem sido associada a surtos alimentares. Várias metodologias podem ser utilizadas para determinação de micro-organismos em alimentos. No entanto, é crescente a necessidade da utilização de métodos que proporcionem resultados mais rápidos. Dessa forma a técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem se mostrado uma ferramenta eficaz para tal finalidade. Este trabalho objetivou em avaliar a ocorrência de Salmonella spp. em alface (Lactuca sativa) do tipo crespa, comercializada no município de Alegre-ES. Para realização do estudo foram utilizadas 60 amostras de alface do tipo crespa e cultivo convencional comercializadas na feira livre e outros estabelecimentos da cidade. Foi realizada a determinação dos seguintes grupos microbianos nas amostras avaliadas: mesófilos aeróbios, fungos filamentos e leveduras, coliformes totais e termotolerantes. A determinação da ocorrência de Salmonella spp. ocorreu por meio das seguintes etapas: pré-enriquecimento, enriquecimento seletivo, plaqueamento seletivo-diferencial e para confirmação foi utilizada a técnica de PCR. Foram avaliados 11 estabelecimentos, incluindo a feira livre. As amostras analisadas apresentaram contagens médias de mesófilos aeróbios de 6,80 log UFC.g-1 e fungos filamentosos e leveduras de 4,07 log UFC.g-1. Foi constatado que 100 % das amostras apresentaram coliformes totais e, com relação à presença de coliformes termotolerantes, 58 % das amostras apresentaram valores < 3 NMP g-1, 30 % entre 4 e 21 NMP g-1, e 12 % entre 43 e 93 NMP g-1. Pela técnica de PCR, 21,66 % (n = 13) das 60 amostras de alface avaliadas foram consideradas positivas para Salmonella spp. As amostras positivas para Salmonella spp. foram provenientes de oito dos 11 estabelecimentos avaliados. A partir dos resultados obtidos ressalta-se a importância da adoção de medidas preventivas para reduzir a contaminação da alface in natura e demais hortaliças ao longo de toda cadeia produtiva, como uma forma de reduzir os riscos à saúde associados ao consumo deste alimento.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-03-27T20:34:56Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Keyla Fonseca da Cunha.pdf: 1856967 bytes, checksum: 6b6cfc6d1a359bd14e7736905e4b5ac4 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-04-09T19:12:19Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Keyla Fonseca da Cunha.pdf: 1856967 bytes, checksum: 6b6cfc6d1a359bd14e7736905e4b5ac4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-09T19:12:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Keyla Fonseca da Cunha.pdf: 1856967 bytes, checksum: 6b6cfc6d1a359bd14e7736905e4b5ac4 (MD5) Previous issue date: 2013-08 / A diarreia é a segunda causa de mortalidade em <5 anos e é responsável pela diminuição da produtividade na população economicamente ativa. Dentre os agentes infecciosos envolvidos, seis patotipos diarreiogênicos de Escherichia coli (DEC) merecem destaque: E. coli enteropatogênica (EPEC), E.coli enteroinvasora (EIEC), E. coli enterotoxigênica (ETEC), E. coli enteroemorrágica ou produtora de toxina de Shiga (EHEC/STEC), E. coli enteroagregativa (EAEC) e E. coli de aderência difusa (DAEC). O objetivo deste estudo foi determinar a frequência dos patotipos de DEC e caracterizar fenotípica e genotipicamente EAEC, DAEC, aEPEC e E. coli chain-like adhesion (CLA) isolados de fezes indivíduos de todas as idades atendidos nas Unidades de Saúde do município de Vitória, ES, entre janeiro de 2008 e junho de 2011. Os isolados de E. coli foram submetidos à: (i) PCR para detecção dos genes eae, bfpA, aat, lt, st, ipaH, stx1 e stx2; (ii) hibridização de colônia com as sondas eae, aat e daaC; (iii) adesão em cultura de células HEp-2 para evidenciar padrão de aderência agregativa (AA), difusa (DA) e chain-like adhesion (CLA). PCR para detecção de genes de virulência foi realizado em isolados de EAEC, CLA, DAEC e aEPEC. Isolados de EAEC e CLA, foram submetidos a testes de formação de biofilme e de película. Foram obtidos 328 espécimes fecais e E. coli foi isolada de 85,7%. Os seguintes patotipos foram identificados: EAEC (18,3%), DAEC (11%), aEPEC (2,6%), ETEC (0,7%). CLA foi identificada em 4,9% e EIEC, tEPEC e STEC não foram detectados. Dos 60 isolados de EAEC (AA) (25% aat+ por PCR e 35% por hibridização), fímbrias de aderência agregativa foram evidenciadas em baixa frequência (aggA- 1,7%, aafA- 0%, agg3A- 11,7%, hdA- 8,3%). EAEC típica correspondeu a 31,7% dos isolados de EAEC (aggR+), e foram significantes nestas a formação de biofilme, escore 3+ de produção de película e presença dos genes aat, agg3A, hdA, aap, sat, pet, set1A e iucA. Todos os isolados CLA apresentaram o gene pet, 87,5%, foram aggR-, formaram película e nenhum produziu biofilme. Dentre dos 42 isolados de DAEC (DA), a sonda daaC detectou 52,4%. PCR evidenciou adesinas afa/Dr (daaD e afa) em 59,5% e adesina AIDA-I não foi encontrada, sugerindo que outras adesinas estejam envolvidas na adesão da DAEC. Isolados de DAEC afa/Dr + foram estatisticamente mais isolados de <5 anos. Em aEPEC, os genes da ilha de patogenicidade OI-122 pesquisados, nleE, efa1/lifA e paa foram evidenciados em 30% dos isolados, todos provenientes de <5 anos. Características de virulência de tEAEC e DAEC Afa/Dr sugerem que sejam subpopulações relacionadas com diarreia. CLA não parece ser variante de EAEC. / Diarrhea is the second leading cause of mortality in <5 years and is responsible for decreased productivity in the economically active population. Among the infectious agents involved six diarrheagenics pathotypes of Escherichia coli (DEC) are worth mentioning: enteropathogenic E. coli (EPEC), enteroinvasive E. coli (EIEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enterohemorragic E. coli or Shiga toxin-producing (EHEC/STEC), enteroaggregative E. coli (EAEC) and diffuselly adherent E. coli (DAEC). The aim of this study was to determine the frequency of DEC and to characterize phenotypic and genotypically EAEC, DAEC, aEPEC and chain-like adhesion E. coli (CLA) isolated from feces of all ages individuals treated at health units in the city of Vitória, between January 2008 and June 2011. E. coli were subjected to: (i) PCR for detection of eaeA, bfpA, aat, lt, st, ipaH, stx1 and stx2 genes; (ii) colony hybridization with eae, aat and daac probes; (iii) HEp-2 cells culture to show aggregative adherence (AA), diffuse (DA) and chain-like adhesion (CLA). PCR for detection of virulence genes was carried out in EAEC, CLA, DAEC and aEPEC. CLA and EAEC isolates were tested for biofilm formation and clump test. Fecal specimens (n=328) were obtained and E. coli was isolated from 85.7%. The following pathotypes were identified: EAEC (18.3%), DAEC (11%), aEPEC (2.6%), ETEC (0.7%). CLA was identified in 4.9% and EIEC, STEC and tEPEC were not detected. Out of the 60 isolates of EAEC (AA) (25% aat+ by PCR and 35% by hybridization) the aggregative adherence fimbriae were observed at low frequency (aggA-1.7%, aafA-0%, agg3A-11.7%, hda-8.3%). Typical EAEC were 31.7% of the EAEC isolates (aggR+), and among these, biofilm formation, score 3+ in clump test and the presence of aat, agg3A, hda, aap, sat, pet, iucA and set1A were significant. CLA isolates (87.5%) possessed the pet gene, all were aggR- and were clump test+, and no one was biofilm forming. Among the 42 isolates of DAEC (DA), the probe detected DAAC 52.4%. PCR showed adhesin afa/Dr (daad+/afa+) in 59.5% and AIDA-I adhesin was not found, suggesting that other adhesins are involved in DAEC adhesion. afa/Dr DAEC isolates were significant among <5 years. In aEPEC, the genes of pathogenicity island OI-122 (nleE, efa1/lifA and paa) and were seen in 30% all from <5 years. Virulence characteristics of tEAEC and DAEC Afa/Dr suggest that subpopulations are related diarrhea. CLA does not appear to be a EAEC variant.

Submitted by Maykon Nascimento (maykon.albani@hotmail.com) on 2016-04-13T18:31:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao Lorena Carnielli.pdf: 1224533 bytes, checksum: 5ce69a9e54fbbc313add5eab9ac14e1b (MD5) / Approved for entry into archive by Patricia Barros (patricia.barros@ufes.br) on 2016-05-16T14:30:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao Lorena Carnielli.pdf: 1224533 bytes, checksum: 5ce69a9e54fbbc313add5eab9ac14e1b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-16T14:30:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao Lorena Carnielli.pdf: 1224533 bytes, checksum: 5ce69a9e54fbbc313add5eab9ac14e1b (MD5) / CAPES / A cultura do abacaxi tem grande destaque para o Brasil devido sua importância econômica. No entanto, doenças que atingem os abacaxizeiros têm causado elevados prejuízos e dentre elas, destaca-se a fusariose. O agente etiológico da fusariose é o fungo Fusarium guttiforme. A dificuldade com o diagnóstico convencional para a correta identificação tem levado à busca de novas metodologias. Nesse trabalho, utilizou-se a técnica de PCR em tempo real com o objetivo de desenvolver uma metodologia rápida, sensível e específica para o diagnóstico do F. guttiforme. Os isolados foram avaliados quanto às características morfológicas e também identificados por PCR multiplex (β-tubulina e fator de elongação 1-α) e pela patogenicidade. No diagnóstico realizado por PCR em Tempo Real usou-se o corante SYBRGreen e um par de primer específico para o gene fator de elongação 1-α (tef1). Os resultados obtidos na caracterização morfológica demonstraram que as estruturas micromorfológicas dos isolados avaliados estavam de acordo com os descritores para espécie e verificou-se variabilidade no crescimento dos isolados nas temperaturas de 25 ºC e 30 ºC. No teste de patogenicidade em mudas da cv. Pérola (suscetível) houve variação entre os isolados em relação à severidade de doença. A presença de dois pares de primers contribui para um menor número de falsos negativos, mas o teste teve uma especificidade muito baixa. Entretanto o diagnóstico por meio da PCR em tempo real teve uma excelente sensibilidade (90,5%), especificidade (100%) com nível de significância de p<0,0001. A simplicidade do método, a especificidade e a sensibilidade, com a utilização do SYBRGreen, levam à recomendação do método como rápido, de reduzido risco de contaminação pós-amplificação e detecção de quantidades relativamente pequenas de DNA alvo. A facilidade de quantificação e a melhoria nos protocolos faz com que a tecnologia de PCR em tempo real seja referência para a detecção do Fusarium guttiforme em abacaxizeiro. / The pineapple crop has high significance in Brazil, due to its economic magnitude. However, diseases of the pineapple plant have caused major economic losses, and among those, the fusariosis is the most important. The etiological agent of the fusariosis is the fungus Fusarium guttiforme. The difficulty with the conventional diagnosis for correct identification has led to the search for new methods. In this study, the real time PCR method was tested with the goal of developing a rapid, specific and sensitive method for the diagnose of the F. guttiforme. The isolates were analyzed on its morphological characteristics and also identified by multiplex PCR (β-tubulin and factor 1-α gene) and by pathogenicity tests. In the diagnosis by real time PCR, SYBRGreen dye along with and a specific pair of primers for the elongation factor 1-α gene (tef1). The result obtained on the morphological characterization demonstrated that the micromorphological structures analyzed agreed with those described for the species and that there is variability in the growth of the isolates at 25ºC and 30ºC. In the pathogenicity test in seedlings of cv. Perola (susceptible) there was variation among isolates. The presence of two pairs of primers contributed to a low false number of negatives, but the test also had low specificity. However, the diagnostic by real time PCR showed good results, with high sensitivity (90,5%) and specificity (100%) with statistically significant p-value (p < 0,0001). The simplicity of the method, the specificity and the sensitivity using the SYBRGreen dye, indicates that de real time PCR technologies is recommended as fast, reduced risk of contamination and post-amplification detection of relatively low amount of target DNA. The ease of quantification and improving protocols makes real time PCR is a reference for the detection of Fusarium guttiforme in the pineapple plant.

Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2013-10-10T16:05:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) DISSERTAÇÃO_DetecçãoLeishmaniaPCR.pdf: 1009268 bytes, checksum: f3643332a0889fcb5d973bed29de784f (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2013-10-21T14:45:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) DISSERTAÇÃO_DetecçãoLeishmaniaPCR.pdf: 1009268 bytes, checksum: f3643332a0889fcb5d973bed29de784f (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-21T14:46:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23599 bytes, checksum: 9e2b7f6edbd693264102b96ece20428a (MD5) DISSERTAÇÃO_DetecçãoLeishmaniaPCR.pdf: 1009268 bytes, checksum: f3643332a0889fcb5d973bed29de784f (MD5) Previous issue date: 2013 / A detecção do DNA de Leishmania spp, pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e suas variações, surgem como alternativas para o diagnóstico da LVC, por serem métodos altamente sensíveis e específicos. O objetivo deste trabalho foi comparar a PCR e suas variações (Seminested PCR e PCR em tempo real) utilizando amostras de pele e de baço de 60 cães soropositivos (RIFI e ELISA). Os animais foram agrupados considerando a forma clínica, sendo classificados como assintomáticos (CA; n=20), oligossintomáticos (CO; n= 22) e sintomáticos (CS; n= 18). Como controle negativo, foram utilizados fragmentos de três cães não infectados provenientes do canil da UFOP. O diagnóstico parasitológico, utilizado como padrão ouro, foi realizado por meio de duas metodologias: cultivo de aspirado medular em meio de cultura NNN/LIT e pela visualização direta de formas amastigotas do parasito em lâminas com imprints de pele e de baço. As análises moleculares foram realizadas utilizando iniciadores direcionados para a região conservada do minicírculo do kDNA de Leishmania – L150/L152 e LINR4/LIN17/LIN19 para as técnicas de PCRc e snPCR, respectivamente. Na qPCR foram utilizados iniciadores que amplificam o gene da DNA polimerase (DNA pol α) de L. infantum. De acordo com os testes parasitológicos 61,7% das amostras foram positivas. Nos fragmentos de pele, a sensibilidade da PCRc foi de 89,2%, já para a snPCR e qPCR foi de 86,5% e 97,3% respectivamente. VPP para a PCRc foi de 36,0%, snPCR de 35,3% e da qPCR foi 38,1%. O VPN foi de 93,6%, 92,1% e 98,3% pelas técnicas de PCRc, snPCR e qPCR respectivamente. Em amostras de baço, a sensibilidade da PCRc foi 81,1%, snPCR de 94,6% e de 100,0% pela qPCR. O VPP para a PCRc foi 33,9%, snPCR 37,4% e qPCR 38,7%. O VPN da PCRc foi de 89,3%, snPCR 96,7% e qPCR 100,0%. A positividade nos testes moleculares aumentou de acordo com a gravidade dos sinais clínicos. Foi observado que a qPCR apresentou os melhores resultados na pele e no baço devido a maior sensibilidade, VPP e VPN, em comparação as outras técnicas moleculares. Sendo assim, concluímos que a melhor técnica e tecido para o diagnóstico molecular da LVC é a qPCR de pele, devido à elevada sensibilidade e fácil obtenção da amostra biológica. ____________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: The detection of Leishmania DNA based on polymerase chain reaction (PCR) and its variations represent alternatives for CVL diagnosis with highly sensitive and specific methods. The aim of this work was to compare the PCR and its variations (Seminested PCR and quantitative PCR) in samples of skin and spleen of 60 seropositive dogs (IFAT and ELISA). The animals were divided according to their clinical presentation and were classified as asymptomatic (CA, n = 20), oligosymptomatic (CO, n = 22) and symptomatic (CS, n = 18). As a negative control, we used fragments of three uninfected dogs from the kennel of UFOP. The parasitological diagnosis used as gold standard was performed by two methods: culture of bone marrow aspirate in culture medium NNN/LIT and direct visualization of amastigotes of the parasite on slides with imprints of skin and spleen. The primers L150/L152 and LINR4/LIN17/LIN19 were used to amplify the conserved region of the Leishmania kDNA minicircle in the cPCR and snPCR and qPCR were performed out using the DNA polymerase gene (DNA pol α) primers from L. infantum. According to the parasitological test 61.7% the samples were positive. In skin samples, the sensitivity of cPCR was 89.2%, snPCR was 86.5% and qPCR was 97.3%. PPV for cPCR was 36.0%, snPCR was 35.3% and qPCR was 38.1%. The NPV was 93.6%, 92.1% and 98.3% by the techniques of cPCR, snPCR and qPCR. In spleen samples, the sensitivity of cPCR was 81.1%, snPCR was 94.6% and qPCR was 100.0%. PPV for cPCR was 33.9%, snPCR was 37.4% and qPCR was 38.7%. NPV for cPCR was 89.3%, snPCR was 96.7% and qPCR was 100.0%. Positivity in molecular tests increased with the progression of clinical signs. It was observed that the qPCR showed the best results in skin and spleen due to higher sensitivity, PPV and NPV compared to other molecular techniques. Thus, we conclude that the best technique and tissue for molecular diagnosis of CVL is the qPCR skin due to the high sensitivity and easy obtaining the biological sample.