Orientador: Marcos Rogério André / Coorientador: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Paulo Eduardo Neves Ferreira Velho / Banca: José Maurício Barbanti Duarte / Resumo: Patógenos transmitidos por vetores artrópodes são mundialmente importantes, podendo causar enfermidades tanto no homen quanto nos animais. Recentemente, diversos estudos têm sido realizados a fim de elucidar o papel dos animais selvagens na epidemiologia desses patógenos. A identificação desses microrganismos, assim como dos seus vetores e hospedeiros, permite mapear áreas de ocorrência desses patógenos, auxiliando os órgãos competentes na elaboração de medidas de controle. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo detectar e caracterizar, por métodos moleculares, micoplasmas hemotróficos e bartonelas em amostras de baço de roedores selvagens e sinantrópicos distribuídos em cinco biomas brasileiros. Para tal, foram analisadas 500 amostras de roedores pertencentes a 51 espécies distribuídas em 13 estados. Dentre as 457 amostras de DNA positivas nos ensaios de PCR baseados nos genes Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] ou Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH], 100 (21,9%) mostraram-se positivas para Mycoplasma spp. por meio da cPCR baseada no gene 16S rRNA. A análise filogenética de 24 sequências do gene 16S rRNA mostrou a presença de dez diferentes clusters, todos agrupados dentro do grupo Mycoplasma haemofelis. O posicionamento filogenético associado com a baixa porcentagem de identidade entre as sequências amplificadas no presente estudo e aquelas previamente depositadas no Genbank sugere a circulação de novas espécies de hemoplasmas em roedo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arthropod-borne pathogens are wordwide important, causing diseases in humans and animals. Recently, several studies have been performed in order to elucidate the role of wild animals in the epidemiology of these pathogens. The identification of these microorganisms, as well as their vectors and hosts, allow to map the areas of occurrence of these pathogens, helping competent agencies in the development of control measures. Therefore, the present study aimed to detect and characterize, using molecular methods, hemotrophic mycoplasmas and Bartonella in wild and sinantropic rodent spleen samples distributed in five Brazilian biomes. For this purpose, 500 rodent samples belonging to 51 species distributed in 13 states were analyzed. Among 457 DNA samples positive to PCR assays based on the Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] or Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH]) genes, 100 (21.9%) were positive to Mycoplasma spp. by cPCR based on 16S rRNA gene. The phylogenetic analysis of 24 sequences of the 16S rRNA gene showed the presence of ten different clusters, which grouped within the Mycoplasma haemofelis group. The phylogenetic position associated with the low percentage of identity between the sequences amplified in the present study and those previously deposited in Genbank suggest the circulation of new hemoplasmas species in rodents in Brazil. Additionally, 117 (25.6%) samples were positive to Bartonella sp. by qPCR. The diversity analysis of the gltA ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_angela_rohr.pdf: 1097467 bytes, checksum: 6a58273c690b74d83e088521e72f61ff (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / The potato is the third major food crop in the world and is one of the most sensitive species to water deficit. Given the climate change scenario, the cultivation of potatoe is highly threatened, and it is urgent the need to develop varieties adapted to this demand. This work was developed aiming to characterize the genetic structure of the potato germplasm from Embrapa breeding program and to evaluate the response of potato genotypes to water deficit in two growing seasons. To evaluate the genetic structure from potato germplasm, 131 genotypes were characterized with seven SSR loci. The results showed that although the evaluated germplasm has shown a wide and unstructured genetic variability, there is a trend of narrowing the genetic base that is actually being used by the breeding program. To evaluate the response of potato genotypes to drought stress, 12 genotypes were evaluated in two seasons, spring and fall, in hydroponic culture using polyethyleneglycol to simulate a water deficit of -0.129 MPa. The genotypes were evaluated with respect to various morphological and agronomic characters, such as root and shoot dry weight as well as number of tubers produced per plant. Based on the results of this work can be seen that the potato genotypes respond differently to drought stress depending on the growing season that it is cultivated, if spring or fall. It was also found that the negative effect of drought stress in tuber development and yield is more pronounced in spring season than in autumn. / A batata é o terceiro principal alimento no mundo e é um dos cultivos mais sensíveis ao déficit hídrico. Diante do cenário de mudanças climáticas o cultivo de batata está fortemente ameaçado, sendo urgente a necessidade de desenvolver variedades adaptadas a essa demanda. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar a estrutura genética do germoplasma usado pelo programa de melhoramento da Embrapa e avaliar a resposta de genótipos de batata submetidos ao déficit hídrico em duas épocas de cultivo. O primeiro trabalho, para caracterizar a estrutura genética do germoplasma do programa de melhoramento de batata da Embrapa foi caracterizado 131 genótipos com sete loci SSR. Como resultado, embora o germoplasma avaliado tenha mostrado uma ampla variabilidade genética e não estruturada, há uma tendência de estreitamento da base genética que está efetivamente sendo utilizada pelo programa. No segundo trabalho, com o objetivo de verificar a resposta de genótipos de batata ao estresse hídrico foram avaliados doze genótipos, em duas épocas, primavera e outono, em cultivo hidropônico com o uso de polietilenoglicol simulando um déficit hídrico -0,129 Megapascal (MPa). Durante o experimento foram mensurados vários caracteres morfo-agronômicos, como a massa seca de raiz e de parte aérea e o número e massa seca de tubérculos produzidos por planta. Com base nos resultados obtidos foi constatado que os genótipos de batata respondem diferencialmente ao estresse hídrico dependendo da época de cultivo, se primavera ou outono. Também foi observado que o estresse hídrico provoca um efeito negativo no desenvolvimento e produção de tubérculos sendo que esse efeito é mais pronunciado no cultivo de primavera do que no outono.

O objetivo deste estudo foi o isolamento de Toxoplasma gondii de ovinos e caprinos e posterior caracterização genotípica desses isolados. Amostras de soros ovinos (495) de 36 Municípios do Estado de São Paulo e de caprinos (143) de seis Municípios dos Estados da Bahia (10), Paraíba (12), Rio Grande do Norte (7) e São Paulo (114) foram testadas, através do Teste de Aglutinação Modificado (MAT&ge;25) à presença de anticorpos anti-T. gondii. Dos animais amostrados, 24,2% e 32,2% dos ovinos e caprinos respectivamente, apresentaram-se positivos com títulos que variaram de 25 a 3200 em ambas espécies. Dentre os ovinos houve associação (p<0,001) entre sexo, idade e sistema de produção com a presença de anticorpos anti-T. gondii. Os caprinos apresentaram associação entre idade, sistema de produção, e raça com a soropositividade. Para o isolamento do agente o bioensaio em camundongos foi realizado utilizando-se pool de tecidos de ovinos (cérebro, coração e diafragma) e caprinos soropositivos (cérebro, coração e diafragma e masseter). Dos 82 bioensaios realizados com amostras de ovinos, 16 isolados (19,5%) foram obtidos. Houve associação entre o título de anticorpos anti-T. gondii e o isolamento do agente (p<0,001) com maior quantidade de isolados obtidos de animais com títulos mais altos. Para a caracterização genotípica das amostras utilizou-se a análise de polimorfismo de comportamento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela PCR, que as identifica em genótipos I, II e III. Amostras do tipo I (87,5% dos ovinos e 100 % dos caprinos) e do tipo III (12,5% dos isolados de ovinos) foram obtidas e não houve o encontro de isolados tipo II ou mistas. Nos tecidos dos animais com títulos de anticorpos superiores a 400, e dos quais não se obteve o isolamento do agente pelo bioensaio (21 amostras de ovinos), foi realizada a nested-PCR das amostras primárias (homogeneizado de tecidos), não sendo obtida nenhuma amplificação. Amostras do tipo III não causaram óbitos nos camundongos e as tipo I causaram óbitos em 51,0% e 83,4% dos isolados de ovinos e caprinos, respectivamente. Houve associação entre a sobrevida dos camundongos infectados com o genótipo I de caprinos e ovinos (p<0,001). / The aim of this study was to analyze the SAG2 locus of Toxoplasma gondii isolated from sheep and goats in order to determine the frequency of occurrence of the three different lineages (types I, II and III). Serum samples of sheep (495) from 36 counties in São Paulo State and goat (143) from six counties in States of Bahia (10), Paraíba (12), Rio Grande do Norte (7) and São Paulo (114) were analyzed by the modified agglutination test (MAT&ge;25) for the detection of antibodies anti-T. gondii. Occurrence of antibodies anti-T. gondii was 24.2% and 32.2% in sheep and goats, respectively. The titers varied from 25 to 3200 in both species. Among sheeps, association of seropositivity (p<0,001) with sex, age, production system and presence of antibodies anti-T. gondii was observed. Association was also observed between the frequency of seropositive goats and age, production system and breed. For T. gondii isolation, pool of tissues of each seropositive sheep (brain, heart and diaphragm) and goat (brain, heart, diaphragm and masseter) were bioassayed in mice. From a total of 82 bioassay performed with sheep samples, 16 isolates (19.5%) were obtained. Association between antibodies anti-T. gondii titers and isolation was observed (p<0.001). Considering the goats, 12 isolates (42.6%) were obtained from 26 bioassays. For the genotypic characterization (genotype I, II and III), the restriction fragment length polymorphism (RFLP) was performed on fragments of the locus SAG2 amplified by PCR. Samples of type I (87.5% from sheep and 100% from goats) and type III (12.5% from sheep) was observed. Neither type II nor mixed samples were observed. In tissues samples from animals with antibodies titers above 400 in which T. gondii was not isolated (21 sheep sample), nested-PCR was performed and no amplification was observed. Mortality was not observed in the mice infected by the isolates type III. The isolates of type I from sheep and goats, respectively, killed 51.0% and 83.4% of the infected mouse. Association was also observed between mortality rate in infected mice and genotype I of sheep and goat (p<0.001).

O Brasil é o único produtor, em escala comercial, de guaraná do mundo e o Estado do Amazonas destaca-se como o segundo maior produtor do Brasil, sendo superado apenas pelo Estado da Bahia. O principal fator limitante à expansão da cultura do guaranazeiro na região amazônica é a antracnose, causada por Colletotrichum guaranicola Alburq. Este trabalho teve como objetivo caracterizar isolados do fungo visando sua correta identificação. Foram realizadas as caracterizações cultural, morfológica, fisiológica, enzimática, patogênica e molecular (filogenia multilocus). Na caracterização morfo-cultural houve variação no tamanho de conídios e apressórios entre os isolados, porém todos ficaram dentro da faixa de amplitude descrita para a espécie C. guaranicola e para duas outras espéciess (C. gloeosporioides e C. boninense). Predominaram conídios de formato cilindro a oblongo e apressórios arredondados. Com exceção de um grupo de isolados de Maués (série C), todos os demais exibiram hilo na base do conídio. Comprimento e largura de conídios e apressórios não foram características importantes na diferenciação dos isolados de C. guaranicola devido à sobreposição no tamanho. A taxa de crescimento micelial foi determinada em meio BDA e permitiu diferenciar dois grupos de isolados: com taxa de crescimento acima de 10 mm/dia e abaixo dessa taxa. Com exceção de C-12 e C-14, todos os isolados da série C cresceram acima dos demais, comparando-se aos isolados padrões das espécies C. gloeosporioides, C. boninense e C. acutatum. Todos os demais cresceram abaixo desse valor. O maior crescimento foi registrado para C-09 (12,25 mm/dia) e o menor para 2601 (2,71 mm/dia). Os demais ficaram na faixa intermediária. Diferença na coloração da colônia também permitiu separar os isolados em duas categorias: colônia branca a creme amarelada e colônias cinza a cinza escuro, semelhante aos padrões de C. boninense e C. gloesoporioides, respectivamente. Todos os isolados cresceram melhor na faixa de 25 ºC, porém os isolados C-18 e C-19 foram capazes de crescer em temperaturas mais altas, em relação aos demais isolados. A caracterização enzimática revelou que C. guaranicola produz várias enzimas, destacando-se a pectinase. Por outro lado, houve baixa produção de amilase. Somente dois isolados de C. guaranicola (C-18 e C-19) e os padrões de C. gloeosporioides e C. boninense foram capazes de utilizar o ácido cítrico como fonte de carbono. Com exceção dos isolados 2361, 2419 e 2554, os demais isolados testados foram capazes de utilizar o tartarato de amônio. A caracterização filogenética foi realizada com base na amplificação e sequenciamento parcial dos genes Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase (GAPDH), Actina, Quitina Sintase, Calmodulina e região transcrita interna (ITS). Os isolados testados formaram dois clados distintos, o primeiro (25 isolados) agrupou no complexo C. boninense próximo a C. petchii e o outro no complexo C. gloeosporioides próximo a C. siamense. A caracterização patogênica foi realizada com base no diâmetro da lesão produzida por oito isolados de C. guaranicola em dois genótipos de guaranazeiro (suscetível e resistente). O isolado C-18 expressou maior severidade quando inoculado nos dois genótipos, enquanto o isolado 2512 demonstrou a menor severidade. / Brazil is the world\'s sole producer of guaraná on a commercial scale, and the Amazonas State stands out as Brazil\'s the second largest producer, only after the Bahia State. The main limiting factor for the expansion of guaraná culture in the Amazon region is anthracnose caused by Colletotrichum guaranicola Alburq. This study aimed to characterize isolates of the fungus for its correct identification. Cultural, morphological, physiological, enzymatic, pathogenic, and molecular characterizations were performed (multilocus phylogeny). In the morpho-cultural characterization, there was variation in the size of conidia and appressoria among the isolates, but all remained within the range of amplitude described for the species C. guaranicola and for two other species (C. gloeosporioides and C. boninense). The cylinder-shaped conidia were oblong and the appressoria were round, except for a group of isolates of Maués (C series), all other isolates exhibited a hilo at the base of the conidium. Length and width of conidia and appressoria were not important features in the differentiation of isolates of C. guaranicola due to the overlap in size. The mycelial growth rate was determined in BDA medium and allowed to differentiate two groups of isolates: growth rate above 10 mm/day and growth rate below 10 mm/day. With the exception of C-12 and C-14, all C-series isolates grew above the rest, comparing to standard isolates of species C. gloeosporioides, C. boninense and C. acutatum. All others grew below the standard values. The highest growth was registered for C-09 (12.25 mm/day) and the lowest for 2601 (2.71 mm/day). The others remained within an intermediate range. Color difference of the colony also allowed to separate the isolates into two categories: white to yellowish cream colony and grey to dark grey colonies, similar to standards of C. boninense and C. gloesoporioides, respectively. All isolates grew best at the range of 25°C, but the isolates C-18 and C-19 were able to grow at higher temperatures, compared to other isolates. The enzymatic characterization showed that C. guaranicola produces various enzymes, mainly pectinase. On the other hand, there was low production of amylase. Only two isolates of C. guaranicola (C-18 and C-19) and the standards of C. gloeosporioides and C. boninense were able to use citric acid as a carbon source. With the exception of isolates 2361, 2419 and 2554, the other isolates tested were able to use the ammonium tartrate. The phylogenetic characterization was performed based on amplification and partial sequencing of genes Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH), Actin, Chitin Synthase, Calmodulin and internal transcribed section (ITS). The isolates tested formed two distinct clads. The first (25 isolates) grouped in the complex C. boninense near C. petchii and the other in the complex C. gloeosporioides near C. siamense. The pathogenic characterization was performed based on the lesion diameter caused by eight isolates of C. guaranicola in two guaraná genotypes (susceptible and resistant). The isolate C-18 expressed greater severity when inoculated into both genotypes, while isolate 2512 showed least severity.

De um total de 187 amostras fecais coletadas no ambulatório do Hospital Universitário/USP, entre 1994 a 1996, 54 (28,9%) foram positivas para rotavírus. Entre as amostras caracterizadas por EGPA foram identificados nove perfis eletroforéticos longos, dois curtos e um tipo não usual. O subgrupo II e o sorotipo G2 foram os mais freqüentemente identificados. Foram caracterizadas três amostras com misturas de sorotipos. As amostras positivas e mais 163 amostras, coletadas em um laboratório particular, em 2000, foram genotipadas. Os genótipos G2P[4] e G1P[8] foram os mais freqüentes nos anos de 1994-1996 e G1P[8] e G9P[8], os mais freqüentes em 2000. Os genótipos G3 e G4 foram detectado em menor freqüência. No HU, 20 (38,5%) amostras foram caracterizadas como misturas de genótipos G e 16 (29,6%), como misturas de genótipos P; não foram identificadas misturas em 2000. Dezoito amostras foram caracterizadas como P[10] por RT-PCR mas a análise da seqüência de nucleotídeos mostrou uma homologia de 90,7 a 98,0% com a amostra padrão P[8]. / From 187 fecal samples collected from outpatients at Hospital Universitário (HU)/ USP, between 1994 to 1996, 54 (28,9%) were positive for rotavirus. Positive samples were submitted to electropherotyping, subgrouping, and G serotype. Electropherotypes were characterized as nine different long genome profiles, one short and one unusual profile. Subgroup II and G2 serotype were the most frequently found and three samples showed mixed serotypes. Rotavirus samples and an additional 163 positive fecal samples, collected in a private laboratory in 2000, were G and P genotyped. Genotypes G2P[4] and G1P[8] were the most frequently found in 1994-1996 and, in 2000, G1P[8] and G9P[8] were the most frequent. Genotype G3 and G4 were detected as minor strains in both years. For HU, G genotype mixtures were found in 20 (38.5%) samples and P mixtures were found in 16 (29.6%). No mixtures were identified in 2000. Nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of 18 P[10] samples by RT-PCR showed 90.7 to 98.0% homology with the P[8] prototype.

Foi realizada a pesquisa de anticorpos anti-Toxoplasma gondii, através do teste de aglutinação modificado (MAT), em 68 amostras de soros de capivaras de seis municípios no estado de São Paulo. Anticorpos (MAT?25) foram encontrados em 51 (75%) capivaras examinadas. Dentre estas realizou-se o bioensaio em camundongos, com tecidos do cérebro, coração e língua, de 40 capivaras, sendo obtidos 36 isolados (90%). Não houve associação entre o número de isolados e idade das capivaras (p=0,21), sexo (p=0,58) ou tipo de criação (p=0,62), isto é, criadouros e vida livre, bem como a freqüência de isolamentos e os títulos de anticorpos (p=0,99). A análise de polimorfismo de comprimento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela reação em cadeia pela polimerase (PCR) revelou que 20 isolados (55,5%) pertenciam ao genótipo I, 14 (38,9%) ao genótipo III e dois (5,6%) que apresentaram genótipo misto (tipos I e III). Não foi encontrado isolado tipo II. A proporção de isolados tipo I entre as capivaras de vida livre foi maior (p=0,049) do que entre as capivaras provenientes de criadouros. Por outro lado, entre as capivaras de criadouros, a proporção de isolados tipo III foi maior (p=0,041). A maioria dos isolados tipo I (12/20) causou óbito em todos os camundongos infectados e, em nenhum grupo com este isolado, 100% dos camundongos sobreviveram. A maioria dos isolados tipo III (8/14) não matou nenhum camundongo infectado. A freqüência de óbitos em camundongos com genótipo I (86%) foi maior do que o tipo III (44,9%) (p<0,001), enquanto a sobrevida dos camundongos com genótipo III foi significativamente maior que a dos camundongos com genótipo I (p<0,001). Foram encontrados cistos nos cérebros dos camundongos infectados em todos os 36 isolados. A análise genotípica também foi realizada diretamente dos tecidos de 35 das 36 capivaras (homogeneizados de tecidos) das quais houve isolamento pelo bioensaio, usando nestedPCR-RFLP no locus SAG2. Foram caracterizadas 22 amostras (62,8%), 21 delas idênticas aos dos isolados correspondentes. Em uma amostra genótipo misto foi obtido dos tecidos primários e tipo I no isolado. Os genótipos mistos foram confirmados pelo seqüenciamento de DNA dos produtos da nestedPCR obtidos das amostras primárias das capivaras. / Antibodies to Toxoplasma gondii were assayed by the modified agglutination test (MAT) in serum samples of 68 capybaras from six counties in São Paulo state, Brazil. Antibodies (MAT?25) were found in 51 (75%) capybaras examined. Tissues (brain, heart and tongue) of 40 of the seropositive capybaras were bioassayed in mice and 36 (90%) isolates were obtained. There was no statistical association between number of isolates and age (p=0.21), gender (p=0.58) and type of rearing (p=0.62), as well as no association with frequency of isolations and antibody titer distribution (p=0.99). Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis in PCR-amplified SAG2 locus products revealed that 20 isolates (55.5%) were genotype I, 14 (38.9%) were genotype III and two (5.6%) were mixed genotypes (types I and III). Type II isolate was not found. The proportion of type I isolates in the group of wildlife capybaras was higher (p=0.049) than in the captive rearing group. On the other hand, the proportion of type III isolates was significantly higher in the captive rearing group (p=0.041). Most of the type I isolates (12/20) killed all infected mice and none of those groups had 100% of surviving mice. Most of the mice infected with genotype III isolate survived. The mortality rate in mice infected with genotype I (86%) was higher than the type III (44.9%) (p<0.001) and mice infected with type III isolates survived for longer periods than type I isolates (p<0.001). Tissue cysts were found in mice infected with all 36 isolates. Genotyping was also done directly from the tissue homogenates from the 35 of 36 capybaras using nested-PCR-RFLP analysis on the SAG2 locus. Twenty?two samples (62.8%) were characterized and in 21 the genotypes found were the same as those from the corresponding isolates. In one sample, mixed genotype was detected directly from the primary sample and type I from the mice isolate. The mixed genotype was confirmed by direct DNA sequencing of the nestedPCR products from the capybaras primary samples.

Os vírus da influenza aviária têm provocado epidemias e pandemias através dos tempos, a pandemia mais devastadora que se tem notícia, a gripe espanhola em 1918, teve sua origem no vírus aviário do tipo A subtipo H1N1. Desde 2003 o vírus aviário do subtipo H5N1 infectou 442 pessoas e levou a morte 262. Além do aspecto de saúde os vírus da gripe aviária causam grande impacto econômico. O Brasil como maior exportador de frango do mundo tem muito a perder caso a gripe aviária chegue ao país. Devido às aves selvagens serem o reservatório natural influenza A, é que se faz necessário a execução do monitoramento. Apesar de existir programas de monitoramento contínuo de aves selvagens na Europa, EUA, Canadá, Japão entre outros, pouco foi feito no Brasil. Amostras coletadas de 671 aves foram testadas por meio das técnicas de GeneScan, PCR em tempo real e RT-PCR e Duplex Nested-PCR. / The avian influenza virus has caused epidemics and pandemics through the ages, the most devastating pandemic that we know, the Spanish flu in 1918, had its origin in the avian virus type A subtype H1N1. Since 2003 the avian virus subtype H5N1 has infected 442 people and led to death 262. Besides the health aspect of the avian influenza viruses cause major economic impact. Brazil as the largest exporter of chicken in the world has much to lose if bird flu reaches the country. Because wild birds are the natural reservoir of influenza A, is that it is necessary to implement the monitoring. Although programs exist for continuous monitoring of wild birds in Europe, USA, Canada, Japan and others, little has been done in Brazil. Samples collected from 671 birds were tested by GeneScan techniques, real-time PCR and RT-PCR and nested-PCR Duplex.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Joice_Costa.pdf: 1218899 bytes, checksum: 93178d81a8f2ef95cc6d5f75deb0fef8 (MD5) Previous issue date: 2008-08-27 / There are different sorotypes of Escherichia coli responsable for enteric disfunctions, and in the most of time those are related with meat consume or contaminated food that had not been cooked with an efficient thermal treatment before been ingested. In Brazil there aren t inform data of possible outbreaks caused by E. coli O157:H7, but this pathogen has been frequently isolated from cattle s feces, and it was recently isolated from bovine carcass at two slaughterhouses in Goiás. The present study has the objective to characterize by ERIC-PCR E. coli and E. coli O157:H7 detected at bovine carcass surfaces and check the power of this methodology to identify different isolates of E. coli and E. coli O157:H7. ERIC-PCR was used to characterize 111 samples, and it was obtained 32 fingerprints separated in 90 isolates of E. coli and eight fingerprints separated in 16 isolates of E. coli O157:H7. From the total of 111 samples, two isolates of E. coli and five of E. coli O157:H7 were non-tipables. The fingerprints varies from one to 18 bands. The discrimination between the samples was high, showing the big power of ERIC-PCR to discriminate isolates from one specie. The discriminatory index between E. coli and E. coli O157:H7 obtained was 0,96. / São diferentes os sorotipos de Escherichia coli responsáveis por distúrbios entéricos, muitas vezes relacionados com o consumo de carne ou alimentos que foram contaminados e não passaram por tratamento térmico eficiente antes de serem ingeridos. No Brasil não há dados sobre possíveis surtos causados por E. coli O157:H7, mas este patógeno vem sendo frequentemente encontrado em fezes bovinas e recentemente foi isolado de meias carcaças quentes e resfriadas bovinas destinadas à exportação no Estado de Goiás. O presente trabalho objetivou identificar os perfis de ERIC-PCR em E. coli e E. coli O157:H7 isoladas de superfícies de meias-carcaças quentes e resfriadas de bovinos de dois matadouros-frigoríficos de Goiás além de verificar a capacidade de discriminação desta metodologia. A técnica de ERIC-PCR foi utilizada na caracterização molecular das 111 amostras analisadas, sendo obtidos 32 perfis distribuídos em 90 cepas de E. coli e oito perfis distribuídos em 16 cepas de E. coli O157:H7. De um total de 111 amostras, duas cepas de E. coli e cinco de E. coli O157:H7 eram não-tipáveis. Os perfis de ERIC-PCR de E. coli variavam de um a 18 fragmentos. A discriminação entre as cepas de E. coli e E. coli O157:H7 pela técnica utilizada foi alta, mostrando a grande capacidade da técnica de ERIC-PCR em discriminar cepas de uma mesma espécie. O índice de discriminação entre E. coli e E. coli O157:H7 foi de 0,96

Este trabalho teve como objetivos a identificação de sequências 18S rDNA amplificadas de Cryptosporidium spp. de diversas espécies de hospedeiros e avaliar variabilidade em sequências gênicas deste lócus, com vistas ao desenho de sondas moleculares com melhor eficiência diagnóstica para detecção e identificação deste parasito. Foram coletadas 392 amostras de animais domésticos (bovinos, eqüinos, suínos, ovinos, cães e felinos) de 98 propriedades rurais do município de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, 474 de aves silvestres de cativeiro de diversas famílias, provenientes de criadouros comerciais do Estado de São Paulo e criadas como estimação, 141 de sagüis de cativeiro do Estado de São Paulo, e 24 de humanos imunodeprimidos provenientes de hospital do município de São Paulo. As amostras foram submetidas a prova coproparasitológica e molecular para detecção e identificação de Cryptosporidium. Alinhamentos múltiplos obtidos de seqüências 18S rDNA de Cryptosporidium spp. determinadas neste estudo e de sequências recuperadas do Genbank foram analisados visualmente para a definição das regiões polimórficas. Após a definição das regiões polimórficas, foram realizadas análises filogenéticas empregando-se separadamente cada uma delas. Pelo exame coproparasitológico foi encontrado positividade em amostras de nove (4,57%) bovinos, três (11,11%) cães, 41 (8,64%) aves silvestres, 13 (9,20%) sagüis e todas as de humanos. As outras espécies de animais domésticos não apresentaram positividade para o parasita no exame coproparasitológico. Nos bovinos foi encontrado o Cryptosporidium Andersoni, em cães o Cryptosporidium canis, em sagüis o Cryptosporidium parvum e em humanos, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Dentre as amostras de aves nenhuma foi identificada como Cryptosporidium meleagridis. As amostras de curiós (Oryzoborus angolensis) foram classificadas como Cryptosporidium galli, com exceção de uma, identificada como Cryptosporidium baileyi. C. galli foi encontrado também em um Sabiá Laranjeira (Turdus rufiventris), um Picharro (Saltator similis), dois canários e um Pintassilgo (C. carduelis). C. baileyi foi encontrado em um pintassilgo (Carduelis carduelis) um Pichochó (Sporophila frontalis), um Galo da Campina (Paroaria dominicana) e dois Canários (Sicalis flaveola). Pelos resultados, duas regiões polimórficas em sequência 18S rDNA de Cryptosporidium spp. (denominadas regiões 1 e 3) permitiram discriminar as diferentes espécies neste gênero de parasita, podendo ser utilizadas isoladamente como marcadores moleculares para identificação molecular dentro deste gênero. Saguis (Chalitrix spp.) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium parvum apresentando-se como um hospedeiro de importância epidemiológica para esta zoonose. Curiós (O. angolensis) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium galli apresentando-se como hospedeiro de importância epidemiológica para esta espécie de parasito. A não detecção de Cryptosporidium parvum em animais domésticos na região de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, mostra uma condição sanitária favorável, já que este agente é causador de importante zoonose. A presença de espécies de Cryptosporidium spp. adaptadas a animais domésticos (como o C. felis e o C. canis) em humanos na cidade de São Paulo mostra que estes animais podem desempenhar importante papel na cadeia epidemiológica da criptosporidiose humana. / The objectives of this study were to identify 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. From various species of hosts and to avaluate the variability in gene sequences of this locus, aiming the design of molecular probes with better diagnostic efficiency for the detection and identification of this parasite. It was collected 392 samples of domestic animals (cattle, horses, pigs, sheeps, dogs and cats) of 98 rural properties of Teodoro Sampaio city, São Paulo State, 474 captive wild birds of various families, from pet and comercial breeding in São Paulo State, 141 captive marmosets, of São Paulo State, and 24 immunossupressed humans from a São Paulo city hospital. The samples were submitted to coproparasitological and molecular tests for the detection and identification of Cryptosporidium. Multiple alignment of Cryptosporidium 18S rDNA sequences, that was determinated in this study and other download from GenBank were visually inspected in order to define polymorphic regions. After the definition of polymorphic regions, phylogenetic trees were reconstructed using each polymorphic region. Cryptosporidium spp. Were found by using coproparasitological tests in nine (4,57%) samples of cattle, tree (11,11%) dogs, 41 (8,64%) wild birds, 13 (9,20%) marmosets and all human samples. The other animal species were negative by coproparasitological tests. In cattle it was found Cryptosporidium andersoni, in dogs Cryptosporidium canis, in marmosets Cryptosporidium parvum and in humans, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Among the samples of birds Cryptosporidium meleagridis was not found. All the samples of lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) were classified as Cryptosporidium galli, except for that from one individual with was identified as Cryptosporidium baileyi. Cryptosporidium galli was also found in one rufous-bellied thrush (Turdus rufiventris), one green-winged saltator (Saltator similis), two saffron finch (Sicalis flaveola) and one eurasian goldfinch (Carduelis carduelis). C. baileyi was found in one eurasian goldfinch (C. carduelis), one buffy-fronted seedeater (Sporophila Frontalis), one red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and two saffron finch (S. flaveola). From the results two polymorphic regions within 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. (named as regions 1 and 3) enabled the discrimination of the different species in this genera, and then could be used alone as molecular markers for identification within this genera. Captive marmosets (Chalitrix spp.) are susceptible species for Cryptosporidium infection, presenting itself as an important source of infection for this zoonosis. Captive lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) are susceptible species for Cryptosporidium galli infection presenting itself as an epidemologic important host for this parasite. The absence of Cryptosporidium parvum in domestic animals of Teodoro Sampaio, São Paulo State, is indicative of a favorable health condition, as C. parvum is an agent causative of an important zoonosis. The presence of Cryptosporidium spp. species adapted to domestic animals (as C. felis and C. canis) in humans at São Paulo State indicate that these animals could play an important role in the epidemiology of human cryptosporidiosis.

Giardia duodenalis é um protozoário entérico de distribuição mundial responsável por causar a giardíase em uma grande variedade de mamíferos, incluindo os humanos. É considerada uma espécie complexa, no qual os isolados podem ser classificados em sete agrupamentos genéticos distintos apesar de serem morfologicamente indistinguíveis. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genotípica de isolados de G. duodenalis provenientes de humanos naturalmente infectados, residentes em cidades do litoral de São Paulo, na Baixada Santista. A caracterização molecular de 43 isolados pelo seqüenciamento parcial de genes codificadores da enzima glutamato-desidrogenase (gdh) e da proteína beta-giardina (bg) mostrou que o assemblage B da G. duodenalis é o mais freqüente na região litorânea, ocorrendo em 53,5% (n=23) das amostras, sendo o assemblage A identificado em 34,8% (n=15). A maioria das seqüências obtidas pelo gene gdh se mostrou polimórfica, caracterizada por picos duplos de nucleotídeos em algumas posições em cromatograma e quando a análise dos dois genes foi combinada cinco isolados apresentaram identidades diferentes. A esses fenômenos duas explicações são atribuídas, infecção mista ou heterozigose de seqüência alélica. As análises filogenéticas mostraram que o gene bg é mais conservado que o gene gdh, não sendo capaz de discriminar os sub-agrupamentos que constituem os Assemblages do parasita. Com base nos resultados apresentados podemos concluir que a participação de genótipos zoonóticos é relevante na epidemiologia das giardíases nos indivíduos residentes das cidades litorâneas do estado de São Paulo e que estudos de caracterização molecular da G. duodenalis são indispensáveis para melhor conhecimento da epidemiologia desta infecção. / Giardia duodenalis is an enteric protozoa of global distribution responsible for causing giardiasis in a wide range of mammals including humans. Is considered complex specie in which the isolates can be classified in different genetic groups despite to be morphologically indistinguishable. The purpose of this study was evaluating the genetic variability of G. duodenalis isolates from humans naturally infected residents in the coast cities of Sao Paulo, in Baixada Santista. The molecular characterization of 43 isolates using the gene encoding glutamate-desidrogenasi enzyme (gdh) and beta-giardin protein (bg) showed that the assemblage B is the most common in the coast region, occurring in 53.5% (n=23) samples, the assemblage A was identified in 34.8% (n=15). Most sequences obtained by the gdh gene showed polymorphism, characterized for double peaks of nucleotides in some chromatogram positions and when the analysis of two genes was combined five isolates were differently identified. For this phenomena can be attributed two explanations, mixed infections or heterozygosis allelic sequence. The phylogenetic analysis showed that bg gene is more conserved than gdh gene, not being able to discriminate the sub-groups of parasite assemblages. Based on the presented results we can conclude the participation of zoonotic genotypes is important in the epidemiology of giardiasis in residents of the coast cities of Sao Paulo state and molecular characterization studies of G. duodenalis are essential for better understanding the epidemiology of this infection.