Un important dispositif de détection de QTL caprin laitier basé sur 2 254 chèvres génotypées sur puce SNP 50K et issues de 20 mâles d'IA séquencés a été mis en place. Des QTL avaient déjà été détectés pour de nombreux caractères laitiers ou de morphologie. Un certain nombre de caractères restait néanmoins à étudier ou à approfondir. Dans un premier temps, une analyse de type GWAS a été réalisée sur cinq caractères. Pour deux d'entre eux, les trayons surnuméraires et le débit de traite, nos résultats sont en faveur d'un déterminisme polygénique. Pour deux phénotypes de coloration indésirables en race Saanen et la présence de pampilles, une région du génome a été trouvée comme très significativement associée au phénotype (chromosomes 11, 13 et 10 respectivement). Le gène ASIP est un candidat fonctionnel et positionnel très prometteur pour le QTL du chromosome 13 qui agit sur la coloration rose des animaux Saanen. En revanche, malgré une analyse plus poussée des deux autres zones via l'analyse de séquences et des génotypages, aucune mutation causale candidate n'a pu être identifiée. Enfin, nous avons étudié deux mutations associées à des différences de taux butyreux qui avaient été précédemment identifiées dans le gène DGAT1 caprin. Après avoir produit in vitro les différentes versions de la protéine en système " baculovirus/cellules de lépidoptère ", l'activité enzymatique des différents variants a été testée sur le diglycéride DAG 10 :10. Nos résultats confirment l'effet délétère des mutations sur la production de triglycérides et signent ainsi la causalité de ces mutations. Ces travaux ont permis de mettre en évidence de nouvelles régions du génome impliquées dans le contrôle de caractères d'intérêt pour la filière et ont prouvé la causalité de deux mutations. L'ensemble de ces résultats pourra aider la filière à mieux gérer ces phénotypes dans le schéma. / A large daughter design based on 2 254 genotyped dairy goats genotyped on a 50K SNP chip and their 20 sequenced fathers was carried out for mapping traits of interest in French dairy goats and QTL have been detected for some dairy and morphologic traits. However, in-depth studies were needed and some unstudied traits remained. A GWAS analysis was performed on five different traits. For two of them: supernumerary teats and milk flow, results showed a polygenic determinism. For the three others: two undesired coat color in the Saanen breed and the presence of wattles, a genome region was very significantly associated with each of these phenotypes (chromosomes 11, 13 and 10 respectively). The ASIP gene is a strong functional and positional candidate for the QTL on chromosome 13 for the pink coat trait. Despite in-depth analyses for the two other regions using sequences data and genotyping, no candidate causal mutation has been identified. Finally, two mutations previously identified in the DGAT1 gene and statistically associated with differences of milk fat content have been investigated. After in vitro production of the different version of the protein by a baculovius system, the enzymatic activity was assessed on diglyceride DAG 10:10. The results attest the deleterious effect of these mutations on triglyceride production and prove the causality of the mutations. This work lead to the identification of new genome regions associated with traits of interest and will be useful for the breeding organization.

L’épidémie du VIH/SIDA a particulièrement touché l’Afrique Sub-Saharienne. En 1998, le gouvernement sénégalais a mis en place une cohorte observationnelle d’adultes infectés par le VIH-1 afin d’évaluer l’impact des antirétroviraux donnés au sein de l’Initiative Sénégalaise d’Accès aux Antirétroviraux (ISAARV). Plus spécifiquement, cette évaluation portait sur l’efficacité clinique et biologique des traitements, leur tolérance clinique et biologique, l’observance et l’émergence de résistances virales. La cohorte ANRS 1215 a été mise en place entre 1998 et 2002 à partir des 404 premiers patients inclus dans l’ISAARV. Cette thèse a utilisé les données recueillies au sein de cette cohorte pour analyser certains aspects de la réponse bio-cliniques aux traitements antirétroviraux en Afrique. Dans la première partie de ce travail, différents aspects de l’infection par le VIH en Afrique Sub-Saharienne et les questions relatives à la réponse bio-cliniques aux traitements antirétroviraux ont été passés en revus. Dans la seconde partie, les aspects méthodologiques de l’analyse des données longitudinales de cohorte ainsi que les problématiques associées ont été étudiés. Enfin, différents aspects de la réponse bio-cliniques après initiation des antirétroviraux ont été analysés au travers de 5 articles portant sur la mortalité précoce, la reconstitution immunologique, la survenue d’évènements classant, la réponse et la tolérance à deux régimes thérapeutiques différents. / Sub-Saharan Africa has been heavily affected by the HIV/AIDS epidemic. In 1998, the Sengalese government launched an observational cohort of HIV-1 infected adults that aimed to assess the impact of antiretroviral therapy (ART) provided by the “l’Initiative Sénégalaise d’Accès aux Antirétroviraux” (ISAARV). This assessment focused more specifically on the clinical and biological effectiveness of ART, on the clinical and biological tolerance and on the emergence of virological resistances. The cohort was made of the first 404 patients included in the ISAARV between 1998 and 2002. The data collected through this cohort have been used to analyse in this work various aspects of biological and clinical answer to ART in Africa. In the first section, different aspects of the HIV/AIDS infection in Sub-Saharan countries have been reviewed with an emphasis put on the remaining bio-clinical questions. In the second, methodological aspects of the analysis of longitudinal data and related questions have been studied. Then, various aspects of the biological and clinical answer to ART have been analysed through five articles about early mortality, immune reconstitution, AIDS-defining illness occurrence, and the effectiveness and tolerance of two regimen.

Dans cette thèse, nous nous intéressons aux trois types d’expressions dont la structure s’écarte du modèle de la proposition transitive canonique, à savoir les constructions : anticausatives, à causalité interne, et impersonnelles en polonais et en russe. Leur point commun est que l’écart par rapport à une phrase transitive porte sur la référence du sujet de la proposition. Dans tous les cas, le référent du sujet est non-agentif. Dans certains cas, le marquage morphologique reflète cette absence, tant sur le prédicat qui est marqué à la troisième personne du singulier neutre que par l’absence d’un sujet nominatif. Ailleurs, la morphologie ne laisse rien, ou presque rien apparaître, le prédicat s’accordant avec l’argument Thème ou le Patient. Ces expressions feront l’objet d’une étude comparative, dans laquelle seront étudiées : la nature de chaque participant non-canonique qui apparaît dans la proposition, les caractéris¬tiques de chaque prédicat présent, et enfin, les propriétés combinatoires entre les participants et les prédicats. Il sera montré que la nature et la structure et enfin la manière dont sont légi¬timés les sujets non-canoniques ne sont pas seulement liées aux propriétés du réfé¬rent de sujet, mais aussi dépendent de la nature du prédicat. Tout comme cela a été proposé pour les constructions anticausatives et à causalité interne (cf. Alexiadou & Anagnostopou¬lou (2003), Alexiadou, Anagnostopoulou & Schäfer (2006), Schäfer (2008)), nous avancerons que les constructions impersonnelles comportent un prédicat Cause qui est responsable de la légitimation thématique des caus(at)eurs nominatifs et obliques. Les différences entre ces structures sont dues à la présence ou à l’absence de la tête Voice. Vues sous cet angle, les constructions impersonnelles sont une sorte de causativisation. Le caus(at)eur indéfini (cf. Kibort (2004)) présent dans les constructions impersonnelles d’une part, et la possible présence des causeurs obliques d’autre part, sont des preuves qui étaient cette hypothèse. / In this dissertation we study three kinds of expressions that deviate from the model of canonical transitive sentences, namely anticausative, internal causation and impersonal constructions in Polish and in Russian. The common point is that the deviation from a transitive sentence has to do with the subject’s reference. In all cases, the referent of the subject is non-agentive. In some cases, the morphological marking reflects this absence, both on the predicates which is frozen in the third person singular (neuter), and by the absence of a nominative subject. In the other two cases, the non-canonicity is not morpologically revealed because the inflected verb agrees with the nominative argument whose referent is the Theme or the Patient.A comparative study of these expressions will be given, in so far as the nature of the non-canonical participants that appear in the sentence, the characteristics of each predicate, and finally, the combinatorial properties between participants and predicates are concerned.It will be shown that the nature, the structure and ultimately the way that non-canonical subjects are licensed are not only related to the properties of the subject’s reference, but also depend on the nature of the predicate. Just as it was proposed for anticausatives and internal causal constructions (Alexiadou & Anagnostopoulou (2003), Alexiadou, Anagnostopoulou & Schäfer (2006), Schäfer (2008)), it will be shown that impersonal constructions include a Cause predicate that is responsible for the thematical licensing of nominative and oblique causers. The differences between these structures are due to the presence or absence of a Voice head. From this perspective, impersonal constructions encode a kind of causativisation. The indefinite causer (analysed in Kibort (2004)), which is present in impersonal constructions on the one hand, and the possible presence of other oblique causer, are thus deemed to be evidence that supports this hypothesis.

Ce mémoire examine le thème des causes finales dans l’Éthique (1677) de Spinoza. À l’aide d’une classification quadripartite des types de discours sur les causes finales, il identifie d’abord en le finalisme théologico-métaphysique la cible philosophique visée par la critique de l’Appendice de la première partie de cet opus magnum. Radicalisant le postulat épistémologique cartésien voulant que la volonté divine ne puisse servir de principe explicatif aux phénomènes naturels, Spinoza rejette complètement l’idée selon laquelle le rapport entre Dieu et sa création puisse être conçu sous le mode de la cause finale et élabore, à l’ombre de cette critique, une conception de la causalité divine selon laquelle la production du monde est le résultat nécessaire de l’essence de Dieu. Ensuite, notre mémoire se penche sur le concept de conatus qui se situe à l’intersection de la philosophie naturelle et de l’ontologie. Nous explorons, selon trois hypothèses convoquées tour à tour pour comprendre son fonctionnement, la possibilité de dynamiques téléologiques dans la nature malgré la critique de l’Appendice. Finalement, la dernière partie de notre mémoire tente de faire la lumière sur l’articulation entre, d’une part, la philosophie naturelle et l’ontologie de Spinoza et, d’autre part, sa philosophie pratique. Nous démontrons ainsi l’utilité de faire appel aux causes finales pour expliquer sa conception de la psychologie humaine et pour rendre compte de la dernière station de son éthique, à savoir la beatitudo. De cette façon, nous entendons reconstruire le rapport qu’entretiennent les différents volets de la philosophie spinoziste avec la question des causes finales. / This paper examines the theme of the final causes in Spinoza’s Ethics (1677). Using a quadripartite classification of the types of discourse on the final causes, we define theological-metaphysical finalism as the main philosophical target of Spinoza’s critics. Radicalizing the epistemological Cartesian postulate according to which the divine will cannot serve as an explanatory principle for natural phenomena, Spinoza completely rejects the idea that the relationship between God and his creation can be conceived under the mode of the final cause and elaborates, in the shadow of this criticism, a conception of divine causality that presents the production of the world as a necessary result of God’s essence. Then, we briefly look at the concept of conatus, which is at the intersection of natural philosophy and ontology. We explore, according to three hypotheses, the possibility of teleological dynamics in nature. Finaly, the last part of our thesis tries to shed light on the articulation between, on the one hand, Spinoza’s natural philosophy and ontology and, on the other hand, his practical philosophy. We thus demonstrate the usefulness of using the final causes to explain human psychology and to account for the last station of the spinozist ethics, the beatitudo.

La caractérisation des tremblements de terre est un domaine de recherche primordial en sismologie, où l'objectif final est de fournir des estimations précises d'attributs de la source sismique. Dans ce domaine, certaines questions émergent, par exemple : quand un tremblement de terre s’est-il produit? quelle était sa taille? ou quelle était son évolution dans le temps et l'espace? On pourrait se poser d'autres questions plus complexes comme: pourquoi le tremblement s'est produit? quand sera le prochain dans une certaine région? Afin de répondre aux premières questions, une représentation physique du phénomène est nécessaire. La construction de ce modèle est l'objectif scientifique de ce travail doctoral qui est réalisé dans le cadre de la modélisation cinématique. Pour effectuer cette caractérisation, les modèles cinématiques de la source sismique sont un des outils utilisés par les sismologues. Il s’agit de comprendre la source sismique comme une dislocation en propagation sur la géométrie d’une faille active. Les modèles de sources cinématiques sont une représentation physique de l’histoire temporelle et spatiale d’une telle rupture en propagation. Cette modélisation est dite approche cinématique car les histoires de la rupture inférées par ce type de technique sont obtenues sans tenir compte des forces qui causent l'origine du séisme.Dans cette thèse, je présente une nouvelle méthode d'inversion cinématique capable d'assimiler, hiérarchiquement en temps, les traces de données à travers des fenêtres de temps évolutives. Cette formulation relie la fonction de taux de glissement et les sismogrammes observés, en préservant la positivité de cette fonction et la causalité quand on parcourt l'espace de modèles. Cette approche, profite de la structure creuse de l’histoire spatio-temporelle de la rupture sismique ainsi que de la causalité entre la rupture et chaque enregistrement différé par l'opérateur. Cet opérateur de propagation des ondes connu, est différent pour chaque station. Cette formulation progressive, à la fois sur l’espace de données et sur l’espace de modèle, requiert des hypothèses modérées sur les fonctions de taux de glissement attendues, ainsi que des stratégies de préconditionnement sur le gradient local estimé pour chaque paramètre du taux de glissement. Ces hypothèses sont basées sur de simples modèles physiques de rupture attendus. Les applications réussies de cette méthode aux cas synthétiques (Source Inversion Validation Exercise project) et aux données réelles du séisme de Kumamoto 2016 (Mw=7.0), ont permis d’illustrer les avantages de cette approche alternative d’une inversion cinématique linéaire de la source sismique.L’objectif sous-jacent de cette nouvelle formulation sera la quantification des incertitudes d’un tel modèle. Afin de mettre en évidence les propriétés clés prises en compte dans cette approche linéaire, dans ce travail, j'explore l'application de la stratégie bayésienne connue comme Hamiltonian Monte Carlo (HMC). Cette méthode semble être l’une des possibles stratégies qui peut être appliquée à ce problème linéaire sur-paramétré. Les résultats montrent qu’elle est compatible avec la stratégie linéaire dans le domaine temporel présentée ici. Grâce à une estimation efficace du gradient local de la fonction coût, on peut explorer rapidement l'espace de grande dimension des solutions possibles, tandis que la linéarité est préservée. Dans ce travail, j'explore la performance de la stratégie HMC traitant des cas synthétiques simples, afin de permettre une meilleure compréhension de tous les concepts et ajustements nécessaires pour une exploration correcte de l'espace de modèles probables. Les résultats de cette investigation préliminaire sont encourageants et ouvrent une nouvelle façon d'aborder le problème de la modélisation de la reconstruction cinématique de la source sismique, ainsi, que de l’évaluation des incertitudes associées. / The earthquake characterization is a fundamental research field in seismology, which final goal is to provide accurate estimations of earthquake attributes. In this study field, various questions may rise such as the following ones: when and where did an earthquake happen? How large was it? What is its evolution in space and time? In addition, more challenging questions can be addressed such as the following ones: why did it occur? What is the next one in a given area? In order to progress in the first list of questions, a physical description, or model, of the event is necessary. The investigation of such model (or image) is the scientific topic I investigate during my PhD in the framework of kinematic source models. Understanding the seismic source as a propagating dislocation that occurs across a given geometry of an active fault, the kinematic source models are the physical representations of the time and space history of such rupture propagation. Such physical representation is said to be a kinematic approach because the inferred rupture histories are obtained without taking into account the forces that might cause the origin of the dislocation.In this PhD dissertation, I present a new hierarchical time kinematic source inversion method able to assimilate data traces through evolutive time windows. A linear time-domain formulation relates the slip-rate function and seismograms, preserving the positivity of this function and the causality when spanning the model space: taking benefit of the time-space sparsity of the rupture model evolution is as essential as considering the causality between rupture and each record delayed by the known propagator operator different for each station. This progressive approach, both on the data space and on the model space, does require mild assumptions on prior slip-rate functions or preconditioning strategies on the slip-rate local gradient estimations. These assumptions are based on simple physical expected rupture models. Successful applications of this method to a well-known benchmark (Source Inversion Validation Exercise 1) and to the recorded data of the 2016 Kumamoto mainshock (Mw=7.0) illustrate the advantages of this alternative approach of a linear kinematic source inversion.The underlying target of this new formulation will be the future uncertainty quantification of such model reconstruction. In order to achieve this goal, as well as to highlight key properties considered in this linear time-domain approach, I explore the Hamiltonian Monte Carlo (HMC) stochastic Bayesian framework, which appears to be one of the possible and very promising strategies that can be applied to this stabilized over-parametrized optimization of a linear forward problem to assess the uncertainties on kinematic source inversions. The HMC technique shows to be compatible with the linear time-domain strategy here presented. This technique, thanks to an efficient estimation of the local gradient of the misfit function, appears to be able to rapidly explore the high-dimensional space of probable solutions, while the linearity between unknowns and observables is preserved. In this work, I investigate the performance of the HMC strategy dealing with simple synthetic cases with almost perfect illumination, in order to provide a better understanding of all the concepts and required tunning to achieve a correct exploration of the model space. The results from this preliminary investigation are promising and open a new way of tackling the kinematic source reconstruction problem and the assessment of the associated uncertainties.

Le domaine des problèmes inverses est une discipline qui se trouve à la frontière des mathématiques appliquées et de la physique et qui réunit les différentes solutions pour résoudre les problèmes d'optimisation mathématique. Dans le cas de la déconvolution 1D, ce domaine apporte un formalisme pour proposer des solutions avec deux grands types d'approche: les problèmes inverses avec régularisation et les problèmes inverses bayésiens. Sous l'effet du déluge de données, les géosciences et la planétologie nécessitent des algorithmes de plus en plus plus complexe pour obtenir des informations pertinentes. Dans le cadre de cette thèse, nous proposons d'apporter des connaissances dans trois problèmes de déconvolution 1D sous contrainte avec régularisation dans le domaine de l'hydrologie, la sismologie et de la spectroscopie. Pour chaque problème nous posons le modèle direct, le modèle inverse, et nous proposons un algorithme spécifique pour atteindre la solution. Les algorithmes sont définis ainsi que les différentes stratégies pour déterminer les hyper-paramètres. Aussi, des tests sur des données synthétiques et sur des données réelles sont exposés et discuté du point de vue de l'optimisation mathématique et du point de vue du domaine de l'application choisi. Finalement, les algorithmes proposés ont l'objectif de mettre à portée de main l'utilisation des méthodes des problèmes inverses pour la communauté des Géosciences. / The inverse problem field is a domain at the border between applied mathematics and physics that encompasses the solutions for solving mathematical optimization problems. In the case of 1D deconvolution, the discipline provides a formalism to designing solutions in the frames of its two main approaches: regularization based inverse problems and bayesian based inverse problems. Under the data deluge, geosciences and planetary sciences require more and more complex algorithms for obtaining pertinent information. In this thesis, we solve three 1D deconvolution problems under constraints with regularization based inverse problem methodology: in hydrology, in seismology and in spectroscopy. For every of the three problems, we pose the direct problem, the inverse problem, and we propose a specific algorithm to reach the solution. Algorithms are defined but also the different strategies to determine the hyper-parameters. Furthermore, tests on synthetic data and on real data are presented and commented from the point of view of the inverse problem formulation and that of the application field. Finally, the proposed algorithms aim at making approachable the use of inverse problem methodology for the Geoscience community.

Comment rendre compte du fait que le mental est efficace causalement, si les relations causales impliquent des relations nomologiques (lois), et que le monde mental est exempt d’une telle caractéristique? Dans un article intitulé «Mental Events», Donald Davidson tente de résoudre ce problème en soutenant l’idée que les occurrences d’événements mentaux sont identiques à des occurrences d’événements physiques. Toutefois, cette thèse de l’identité des occurrences, le Monisme Anomal, est problématique dans la mesure où si c’est en tant qu’événements physiques que les événement mentaux sont efficaces causalement, alors le mental en tant que mental n’a aucune efficacité causale : les événements mentaux ne sont que des épiphénomènes. Pour résoudre cette difficulté, Davidson soutient d’abord que ce n’est pas en tant que physiques ou mentaux que les événements sont des causes, mais en tant que particuliers, quoi qu’il en soit des propriétés qu’ils exemplifient. Il introduit aussi une version de la notion de survenance pour rendre compte du rapport entre les propriétés mentales et physiques, notion dont je me sers finalement pour formuler une deuxième réponse possible à l’objection épiphénoméniste.

Selon des thèses développées au cours des années 1990 et 2000, le développement économique constitue à la fois la source et la solution aux problèmes environnementaux. Au sujet des forêts, les transitions forestières (c’est-à-dire le passage de la déforestation à la reforestation) documentées dans certains pays développés seraient causées par des dynamiques universelles intrinsèques au développement et à la modernisation des sociétés. Nos travaux ont porté sur l’application de cette vision optimiste et controversée à l’évolution des superficies forestières en Thaïlande. S’appuyant sur une recension de la littérature, sur des données secondaires ainsi que nos travaux de terrain dans la région de Phetchabun, la thèse offre les apports suivants. Elle démontre que contrairement à l’idée répandue en Thaïlande, le ralentissement de la déforestation a été suivi par une expansion forestière substantielle entre environ 1995 et 2005. Ce regain forestier est lié à la disparition presque complète de l’expansion agricole, à l’établissement de plantations sylvicoles et, surtout, à l’abandon de terres agricoles. Cet abandon agricole découle d’abord et avant tout de la faible et incertaine rentabilité de l’agriculture dans certaines zones non irriguées. Ce phénomène s’explique, entre autres, par la dégradation des sols et par l’incapacité des agriculteurs à contrer l’impact des transformations économiques internes et externes à la Thaïlande. L’accroissement de la pression de conservation n’a pu contribuer à l’expansion forestière que dans certains contextes (projets de reforestation majeurs appuyés par l’armée, communautés divisées, terres déjà abandonnées). Sans en être une cause directe, l’intensification agricole et la croissance des secteurs non agricoles ont rendu moins pénibles la confiscation et l’abandon des terres et ont permis que de tels phénomènes surviennent sans entraîner d’importants troubles sociaux. Dans un contexte d’accroissement des prix agricoles, notamment celui du caoutchouc naturel, une partie du regain forestier aurait été perdu depuis 2005 en raison d’une ré-expansion des surfaces agricoles. Cela illustre le caractère non permanent de la transition forestière et la faiblesse des mesures de conservation lorsque les perspectives de profit sont grandes. La thèse montre que, pour être robuste, une théorie de la transition forestière doit être contingente et reconnaître que les variables macro-sociales fréquemment invoquées pour expliquer les transitions forestières (ex. : démocratisation, intensification agricole, croissance économique) peuvent aussi leur nuire. Une telle théorie doit également prendre en compte des éléments d’explication non strictement économiques et souvent négligés (menaces à la sécurité nationale, épuisement des terres perçues comme arables et libres, degré d’attachement aux terres et capacité d’adaptation et résilience des systèmes agricoles). Finalement, les écrits sur la transition forestière doivent reconnaître qu’elle a généralement impliqué des impacts sociaux et même environnementaux négatifs. Une lecture de la transition forestière plus nuancée et moins marquée par l’obsession de la seule reforestation est seule garante d’une saine gestion de l’environnement en respect avec les droits humains, la justice sociale et le développement durable. / Recent popular ideas and theories portray economic development as both a cause and a solution to environmental degradation. Concerning forest cover, many authors view forest transitions (the passage from deforestation to reforestation) as resulting from near-universal causal dynamics linked to economic development. The thesis evaluates the validity of these controversial ideas and their relevance to the Thai case. Based on an analysis of secondary literature and official data as well as extensive fieldwork in Phetchabun region, the thesis makes the following points. Contrary to the dominant view, forest cover did expand significantly between ~1995 and 2005. Forest regrowth is linked to the near-interruption of agricultural expansion, the establishment of forest plantations, and, most importantly, agricultural abandonment. The latter derives first and foremost from the declining and currently uncertain profitability of agriculture in non-irrigated zones. These agricultural problems are linked to declining soil fertility and the incapacity of some farmers to counter the impact of rapid economic changes occurring within and outside Thailand. Conservation efforts contributed to forest expansion only in some contexts (ex.: military-backed projects, divided communities, land already abandoned). Agricultural intensification and the growth of non-agricultural sectors made land confiscation and agricultural abandonment less distressing and allowed these land transformations to occur without leading to major social troubles. Since 2005, part of the forest regrowth has been lost to the rubber boom. This illustrates both the potentially non-permanent nature of the forest transition and the limited power of forest conservation in the face of major politico-economic interests. A robust forest transition theory must be contextually-bounded and recognize that forest transitions can be encouraged, blocked or countered by the same frequently invoked macro-social variables: economic growth, agricultural intensification, and democratisation. It must also take into account neglected causal factors, such as geopolitical threats, the resilience of agrarian systems, the perception of land scarcity and the degree of attachment to the land and an agrarian life. Typically, social distress, violence and, in some cases, negative environmental impacts have accompanied forest transitions. Human rights, social justice and sustainable development principles require that a more nuanced view of forest transitions be adopted.

Cette présentation examinera le degré de certitude qui peut être atteint dans le domaine scientifique. Le paradigme scientifique est composé de deux extrêmes; causalité et déterminisme d'un côté et probabilité et indéterminisme de l'autre. En faisant appel aux notions de Hume de la ressemblance et la contiguïté, on peut rejeter la causalité ou le hasard objectif comme étant sans fondement et non empirique. Le problème de l'induction et le sophisme du parieur proviennent d’une même source cognitif / heuristique. Hume décrit ces tendances mentales dans ses essais « Of Probability » et « Of the Idea of Necessary Connexion ». Une discussion sur la conception de la probabilité de Hume ainsi que d'autres interprétations de probabilité sera nécessaire. Même si la science glorifie et idéalise la causalité, la probabilité peut être comprise comme étant tout aussi cohérente. Une attitude probabiliste, même si elle est également non empirique, pourrait être plus avantageuse que le vieux paradigme de la causalité. / This presentation examines the degree of certainty which can be attained in science. The scientific paradigm is composed of two extremes; causality and determinism on one end and probability and indeterminism on the other. By appealing to Hume’s notions of resemblance and contiguity, we can dismiss any claim of objective causality or chance as being ungrounded for lack of an empirical basis. The problem of induction as well as the gambler’s fallacy stem from the same cognitive/heuristic source. Hume describes these mental tendencies in his essays ‘Of Probability’ and ‘Of the Idea of Necessary Connexion’. This will necessitate a discussion of Hume’s notion of probability, as well as other interpretations of probability. While science has glorified and romanticized causality, probability can be understood as being just as consistent. While a probabilistic stance is as non-empirical as a causal stance, it will be remarked that we may benefit from a paradigmatic switch to probabilism.

La probabilité et la causalité sont deux outils indispensables à la prise en compte des situations de risque social. Lesrelations causales sont le fondement des représentations à partir desquelles on peut évaluer le risque et concevoirdes actions de prévention, de mitigation ou d’indemnisation. La probabilité permet de quantifier cette évaluation et de calibrer ces actions. Dès lors, il semble non seulement naturel, mais nécessaire d’expliciter la place de la causalité et de la probabilité dans la définition d’un problème de décision en situation de risque social. C’est l’objet de cette thèse.Un tour d’horizon de la terminologie du risque et des logiques d’intervention publique dans différentes catégories de risque social nous permettent de mieux comprendre la notion et les problèmes soulevés par sa représentation. Nous approfondissons notre analyse dans le cas de la sûreté nucléaire, en examinant en détail les méthodes et doctrinesdéveloppées dans ce domaine et leur évolution au cours du temps, ce qui nous conduit à formuler différentesobservations au sujet des évaluations de risque et de sûreté.En généralisant la notion d’intervention dans les réseaux bayésiens, nous développons une forme de réseau bayésien causal qui répond à nos besoins. Nous parvenons, par son biais, à une définition du risque qui semble pertinente pour un grand nombre de situations. Nous proposons ensuite des applications simples de ce modèle à certains aspects de l’accident de Fukushima et d’autres problèmes de sûreté nucléaire. Outre certains enseignements spécifiques, ceci nous amène à souligner la nécessité d’une démarche systématique d’identification des incertitudes dans ce domaine.Étendu en direction de la théorie de la décision, notre outil débouche naturellement sur un modèle de décision dynamique dans lequel les actes causent les conséquences et sont causalement liés entre eux. Il apporte en outre une interprétation causale au cadre conceptuel de Savage et permet d’en résoudre certains paradoxes et clarifier certains aspects. Il conduit enfin à envisager la question de l’ambigüité comme incertitude concernant la structure causale d’un problème de décision, ce qui correspond à une vision courante du principe de précaution. / Probability and causality are two indispensable tools for addressing situations of social risk. Causal relations are the foundation for building risk assessment models and identifying risk prevention, mitigation and compensation measures. Probability enables us to quantify risk assessments and to calibrate intervention measures. It therefore seems not only natural, but also necessary to make the role of causality and probability explicit in the definition of decision problems in situations of social risk. Such is the aim of this thesis.By reviewing the terminology of risk and the logic of public interventions in various fields of social risk, we gain a better understanding of the notion and of the issues that one faces when trying to model it. We further elaborate our analysis in the case of nuclear safety, examining in detail how methods and policies have been developed in this field and how they have evolved through time. This leads to a number of observations concerning risk and safety assessments.Generalising the concept of intervention in a Bayesian network allows us to develop a variety of causal Bayesian networks adapted to our needs. In this framework, we propose a definition of risk which seems to be relevant for a broad range of issues. We then offer simple applications of our model to specific aspects of the Fukushima accident and other nuclear safety problems. In addition to specific lessons, the analysis leads to the conclusion that a systematic approach for identifying uncertainties is needed in this area.When applied to decision theory, our tool evolves into a dynamic decision model in which acts cause consequencesand are causally interconnected. The model provides a causal interpretation of Savage’s conceptual framework, solves some of its paradoxes and clarifies certain aspects. It leads us to considering uncertainty with regard to a problem’s causal structure as the source of ambiguity in decision-making, an interpretation which corresponds to a common understanding of the precautionary principle.