Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Orlando Moreira Filho / Resumo: Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / Abstract: B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ... / Mestre

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral-de-Mello / Coorientador: Dardo A. Martí / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Guilherme Targino Valente / Resumo: Os cromossomos sexuais se originam independentemente de um par de homólogos autossômicos e em várias linhagens apresentam características comuns, representando um exemplo fascinante de convergência evolutiva. Algumas destas características incluem a acumulação de vários tipos de DNAs repetitivos, restrição de recombinação e perda ou ganho de genes que derivam na diferenciação morfológica e genética entre os cromossomos sexuais X e Y ou Z e W. Em Orthoptera, o sistema cromossômico sexual comumente encontrado na maioria das espécies estudadas é do tipo X0♂/XX♀; entretanto, na subfamília Melanoplinae sistemas cromossômicos sexuais derivados dos tipos neo-XY♂/XX♀ e neo-X1X2Y♂/X1X1X2X2♀ são frequentemente observados, tendo evoluído repetidamente por fusões Robertsonianas (Fusão Rb) entre autossomos e cromossomos sexuais ancestrais. Sendo assim, o objetivo do presente trabalho foi analizar os sitemas cromossômicos sexuais em Melanoplinae utilizando como modelo as espécies dos gêneros filogeneticamente relacionados Chlorus, Eurotettix e Dichromatos, e adicionalmente Ronderosia bergi. Assim, nós integramos citogenética clásica, FISH para distintos DNAs repetitivos, microdissecção de cromossomos sexuais e imunolocalização para diferentes modificações de histonas. Além disso, em R. bergi os cromossomos sexuais microdissectados foram usados como molde para a amplificação específica de famílias multigênicas com o objetivo de entender a variação destas sequências nos cromossomos sexuais. Com relação as espécies filogeneticamente relacionadas, nossos dados revelam não propagação de blocos heterocromáticos e da fração de DNA C0t-1, mas foi observada uma remarcável propagação de famílias multigênicas entre os neo-sistemas sexuias de Eurotettix e Dichromatos, pricipalmente para o DNAr 5S. Estes resultados também sugeriram uma origem comun e subsequente acumulação diferencial de DNAs... / Abstract: Sex chromosomes have been evolved independently from a pair of homologous autosomes and several lineages share common characteristics, representing fascinating examples of evolutionary convergence. Some of those features include accumulation of various kinds of repetitive DNAs, recombination constraint, loss or gain of genes that derived in the genetic and morphological differentiation among the sex chromosomes X and Y or Z and W. In Orthoptera, sex chromosome systems commonly found in the most studies species is the type X0♂/XX♀; however, in the subfamily Melanoplinae, derived variants neo-XY or neo-X1X2Y evolved several times by repeated autosome-sex chromosome Robtersonian fusions (Rb-fusions). Thus, the aim of this study was to analyze sex chromosome systems in Melanoplinae using as model species of the phylogenetically related genera Chlorus, Eurotettix and Dichromatos, in addition Ronderosia bergi. For this proposes it was integrated classical cytogenetic analysis, cytogenetic mapping for distinct repetitive DNAs and microdisssected sex chromosomes and immunolocalization for distinct histone modifications. Moreover in R. bergi the microdissected chromosomes were used as source for specific amplification of multigene families in order to address the specific variation of these sequences in the sex chromosomes. Concerning to the phylogenetically related genera, our data indicate a non-spreading of heterochromatic blocks and pool of repetitive DNAs (C0t-1 DNA) in the sex chromosomes, but the spreading of multigene families among the neo-sex chromosomes of Eurotettix and Dichromatos was remarkable, particularly for 5S rDNA. These results also suggest a common origin and subsequent differential accumulation of repetitive DNAs in the sex chromosomes of Dichromatos and an independent origin of the sex chromosomes of the neo-XY and neo-X1X2Y systems intragenerically. In the species R. bergi, our data supports the argument that the... / Mestre

O gênero Rhamdia, popularmente conhecido como jundiá, pertence à família Heptapteridae, uma das maiores radiações de bagres neotropicais de água doce. Estes peixes de médio porte e hábitos oportunistas e noturnos são encontrados em pequenos rios e córregos. No passado, Rhamdia foi considerado um dos gêneros mais especiosos dentro de Siluriformes, contando com cerca de 100 espécies descritas. Entretanto, após uma revisão taxonômica recente o número de espécies desse gênero foi reduzido a 12. Dados genéticos, de natureza cromossômica e molecular, caracterizam o gênero Rhamdia como um grupo que apresenta grande diversidade, sugerindo a existência de complexos de espécies, principalmente para a espécie R. quelen, a única estudada do ponto de vista citogenético até o momento. No presente trabalho, foram utilizadas diferentes metodologias com o intuito de caracterizar cromossomicamente populações de diferentes espécies de Rhamdia, bem como estabelecer as relações evolutivas entre elas, contribuindo para o reconhecimento de padrões e processos evolutivos envolvidos em sua diferenciação. Foram analisados exemplares de R. enfurnada, R. itacaiunas, R. laukidi e R. quelen, provenientes das principais bacias hidrográficas da América do Sul, sendo somadas as análises sequências de genes mitocondriais de R. cinerascens, R. guatemalensis e R. laticauda provenientes do GenBank, totalizando sete das 12 espécies reconhecidas para o gênero. A análise de cinco regiões do genoma mitocondrial identificou a existência de 15 grupos bem definidos e com altos valores de suporte para o que hoje é reconhecido como R. quelen, confirmando a existência de um complexo de espécies. A divisão das espécies de Rhamdia em um grupo Cis-Andino e um grupo Trans-Andino, proposta anteriormente, também foi recuperada, embora o gênero não tenha sido confirmado como monofilético. Os dados citogenéticos permitiram o estabelecimento de tendências de evolução cromossômica dentro do grupo e a sugestão de um possível mecanismo de origem e diferenciação dos cromossomos supranumerários. O presente trabalho reforça a importância da utilização de diferentes abordagens na realização de estudos taxonômicos e evolutivos, sugerindo uma nova revisão do gênero Rhamdia que leve em consideração os dados genéticos obtidos. / The genus Rhamdia, popularly known as jundia, belongs to the family Heptapteridae, one of the greatest radiations within neotropical freshwater catfish. This group of middle-sized fish of opportunistic behavior is found in small rivers and streams. In the past, Rhamdia was considered one of the most specious genera of Siluriformes, comprising about 100 described species. However, after a recent taxonomic review, the number of species within this genus was reduced to 12. Genetic data, whether chromosomal or molecular, have characterized the genus Rhamdia as a high diverse group, suggesting the existence of species complexes, mainly in R. quelen, the only species where cytogenetic data are available so far. In the present work, different methodologies were used in order to characterize cytogenetically populations of distinct species of Rhamdia, as well as their evolutionary relationships, thus contributing to the recognition of evolutionary patterns and processes involved in their differentiation. Specimens of R. enfurnada, R. itacaiunas, R. laukidi and R. quelen, from the main South-American hydrographic basins were analyzed, coupled with sequence analyses of the mitochondrial genes of R. cinerascens, R. guatemalensis and R. laticauda, available in the GenBank, thereby comprising seven of the 12 valid species in the genus. The analysis of five regions of mitochondrial genome identified 15 well-defined groups with high bootstrap values within the so-called R. quelen, confirming the occurrence of a species complex. The division of Rhamdia species into a Cis-Andean group and a Trans- Andean group, as previously proposed, was also revalidated, although the genus seems not to be monophyletic. The cytogenetic data allowed establishing trends of chromosomal evolution within the group and a hypothesis for the origin and differentiation of supernumerary chromosomes could be drawn. The present work reinforces the importance of distinct approaches in taxonomic and evolutionary studies, suggesting a new revision within the genus Rhamdia that takes the present genetic data into account.

A endometriose é uma doença ginecológica benigna comum, mas agressiva, caracterizada pela presença de tecido endometrial ectópico. A teoria mais aceita para explicá-la é a teoria de Sampson, na qual o tecido endometrial descamado durante a menstruação sofre refluxo através das tubas uterinas, adere e se prolifera em sítios ectópicos da cavidade peritoneal. Por outro lado, apenas o refluxo tubário não é capaz de estabelecer a doença e vários estudos sugerem uma etiologia multidimensional incluindo fatores hereditários, hormonais e imunológicos. Várias metodologias têm sido propostas com o objetivo de identificar genes candidatos para a endometriose. A hibridação genômica comparativa (CGH) é uma técnica que permite que o genoma inteiro seja analisado em um só experimento, sem a necessidade de cromossomos metafásicos obtidos por cultura celular. Nossa proposta foi avaliar, por CGH, amostras de endometriomas ovarianos e de tecido endometrial eutópico de dez pacientes com diagnóstico firmado de endometriose, para screening do genoma. No grupo eutópico, 6/10 amostras apresentaram alterações caracterizadas por perdas ou ganhos de regiões cromossômicas e no grupo ectópico foram encontradas alterações em 7/10 casos. A presença de perdas e ganhos de regiões cromossômicas no endométrio eutópico, histologicamente normal, de mulheres com endometriose ovariana, pode ser considerada como alteração primária ao desenvolvimento da doença. A metodologia de CGH permitiu a detecção das regiões cromossômicas 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 e 17q25.3-qter como regiões críticas, direcionando investigações futuras para identificação de genes associados à endometriose. / Endometriosis is a common benign gynecological disease, very aggressive, characterized by the presence of ectopic endometrial tissue. The most accepted theory to explain it is Sampson\'s implantation theory, which says that the endometrial tissue exfoliated during menstruation undergoes reflux through the uterine tubes, adheres and proliferates in ectopic sites of the peritoneal cavity. On the other hand, only reflux is not enough to the establishment of the disease and a number of studies suggest a multidimensional etiology including hereditary, hormonal and immunological factors. Several methodologies have been proposed for the identification of candidate genes for endometriosis. The comparative genomic hybridization (CGH) is a versatile technique that allows the entire genome to be analyzed in only one experiment without the necessity of metaphasic chromosomes from the sample, excluding the cell culture. We aimed to evaluate, by CGH, ovarian endometriomas and eutopic endometrial tissue samples from 10 patients with confirmed diagnosis of endometriosis, for a genomic screening. In the eutopic group, 6/10 samples presented genomic imbalances and 7/10 cases showed alterations in the ectopic group. The presence of losses and gains of chromosomic regions in the histologically normal eutopic endometrium from women with ovarian endometriosis can be considered as a primary alteration in the development of the disease. The CGH methodology allowed the detection of chromosomic regions 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 and 17q25.3-qter as critical regions, leading to future investigations for the identification of genes associated to endometriosis.

A família Teiidae é restrita à região neotropical e possui cerca de 110 espécies distribuídas em dez gêneros. Estudos moleculares, juntamente com citogenéticos e morfológicos e as recentes descrições de novas espécies, apontam para uma necessidade urgente de estudos multidisciplinares mais amplos que caracterizem melhor a grande diversidade nos Teiidae, especialmente quanto a espécies brasileiras, de modo a fornecer importantes contribuições à sistemática, evolução cromossômica, possibilitando a formulação de hipóteses filogenéticas mais robustas. Assim, esse trabalho tem por objetivos dar continuidade aos estudos evolutivos em Teiidae, tanto citogeneticamente, quanto molecularmente e discutir, se possível, sobre a reprodução partenogenética encontrada em muitas espécies deste grupo de lagartos. A ampla amostragem geográfica disponível para os estudos, associada ao estudo de um grupo reconhecidamente variável citogeneticamente e taxonomicamente complexo, contribui para orientar revisões futuras e também para uma avaliação da diversidade entre as populações estudadas. Do ponto de vista interpretativo, os dados obtidos também fornecem importantes contribuições à sistemática, biogeografia e programas de conservação desse grupo de lagartos neotropicais. Cariótipos de cinco espécies de lagartos teídeos sulamericanos da subfamília Teiinae (Ameiva Ameiva, Cnemidophorus ocellifer, Kentropyx calcarata, K. paulensis e K. vanzoi) são descritos e comparados em coloração convencional e diferencial. Dados meióticos também estão incluídos. Cariótipos de K. paulensis, K. vanzoi e C. ocellifer são apresentados aqui pela primeira vez. As técnicas de coloração diferencial aqui apresentadas fornecem importantes informações sobre a diversidade cariotípica da subfamília Teiinae e possibilitou a comparação entre as espécies, contribuindo tanto para a melhor compreensão da evolução cromossômica e da sistemática do grupo. Para a subfamília Tupinambinae, foram descritos cariótipos para Crocodilurus amazonicus, Tupinambis merianae, T. quadrilineatus e T. teguixim, após coloração convencional e diferencial. O artigo contribui para o esclarecimento de alguns cariótipos conflitantes de Tupinambinae presentes na literatura e descreve padrões espécie-específico de bandas C para T. quadrilineatus. Foi proposta uma filogenia molecular para 17 espécies de lagartos pertencentes à família Teiidae usando 1415 pb de seqüências do DNA mitocondrial (cit B e ND4) e nuclear (c-mos), com o uso de análises de máxima parcimônia (MP), máxima verossimilhança (MV) e inferência bayesiana (MB). A árvore proposta recuperou o monofiletismo da família Teiidae, assim como para as subfamílias Tupinambinae e Teiinae e a tribo Cnemidophorini. Na tribo Cnemidophorini, o gênero Ameiva foi identificado como monofilético e basal. Cnemidophorus se mostrou parafilético, com a espécie C. leminiscatus mais relacionada ao gênero Kentropyx, identificado por sua vez como monofilético e com a espécie K. calcarata basal e K. paulensis grupo irmão de K. vanzoi. As demais espécies que compõem o gênero Cnemidophorus formam grupo monofilético que corresponde ao grupo ocellifer, irmão do clado Kentropyx + C. leminiscatus. Conseqüências da filogenia obtida sobre a evolução cromossômica do grupo, são também apresentadas. A partenogênese (reprodução virginal) é um mecanismo reprodutivo, pelo qual um óvulo se desenvolve sem fertilização. Assim, para uma espécie sexuada se reproduzir por partenogênese, o maior problema é evitar a redução do número de cromossomos durante a meiose, uma vez que óvulos haplóides são inviáveis em vertebrados. Diversos estudos citológicos tentaram descrever os eventos meióticos responsáveis por esse modo reprodutivo, não encontrando resultados precisos. Esse trabalho descreve em detalhes uma hipótese sobre como deleções no proto-oncogene c-mos podem favorecer a reprodução partenogenética, na forma da partenogênese automítica facultativa (PAF), nos lacertiformes e nos Squamata / The Teiidae family is restrict to neotropical region and comprises around 110 species distributed in ten genera. Molecular studies, besides cytogenetical and morphological data and the new species recently described, reinforces the need of multidisciplinary studies that better comprises the huge diversity found within Teiidae, specially related to Brazilian species, giving lights on the systematics, chromosomal evolution and robust phylogenetic hypotheses. The aim of this work is study cytogenetically and molecularlly lizards form Teiidae family and discuss, if possible, about the parthenogenetical reproduction found in many species from this group of lizards. Karyotypes of five south American species of teiid lizards (Ameiva Ameiva, Cnemidophorus ocellifer, Kentropyx calcarata, K. paulensis and K. vanzoi) are herein described and compared. Meiotic data are also included. Chromosomal data for K. paulensis, K. vanzoi and C. ocellifer are presented for the first time. Differential staining techniques presented revealed many pieces of information about the karyotypic diversity within Teiinae and made possible the comparison between al the species sampled, giving lights on chromosomal evolution and systematics. Karyotypes of Tupinambinae subfamily were described for Crocodilurus amazonicus, Tupinambis merianae, T. quadrilineatus and T. teguixim. The article presented contributes for make clear some cytogenetical incongruences found in literature and describes a specie-specific C-banding pattern for T. quadrilineatus. A molecular phylogenetical propose was obtained for 17 species of teiid lizards, from 1415 bp of mitochondrial (cit B e ND4) and nuclear (c-mos) DNA, using maximum parcimony (MP), maximum likelihood (MV) and bayesian inference (MB) analyses. The consensus tree reconstructed revealed the monofiletism of Teiidae family, as well as for Tupinambinae and Teiinae subfamily plus Cnemidophorini tribe. Whithin Cnemidophorini, the genus Ameiva was monofiletic and basal. Cnemidophorus was parafiletic, with C. leminiscatus closely related to Kentropyx, identified in your turn as monofiletic with K. calcarata basal and K. paulensis sister group of K. vanzoi. The remaining Cnemidophorus species sampled corresponds to the monofiletic group ocellifer, sister group of Kentropyx + C. leminiscatus. Chromosomal evolution of the family was also discussed in face of the molecular phylogenetic hypothesis proposed. Parthenogenesis (virgin birth) is a reproductive mechanism in with an egg develops without fertilization. In this view, for a bisexual species reproduces in that form ,the main obstacle is avoid the reduction of diploid number during meiosis, once that haploid oocites are unlikely to occur in vertebrates. Many cytological studies had attempt to clarify the meiotic events that make possible this reproductive mechanism, without any precise results. This article describes in detail a hypothesys about how delections foun in c-mos sequence may favour the parthenogenetical reproduction, in the form of facultative automitic partenogenesis (PAF), in Lacertiformes and Squamata.

Em estudos etiológicos sobre a deficiência mental (DM), as anomalias cromossômicas, tanto numéricas quanto estruturais, são fatores que apresentam frequência relativa significante. O objetivo deste trabalho foi estudar as frequências e os tipos de anomalias cromossômicas em afetados por DM nas APAEs (Associação de Pais e Amigos dos Deficientes) de Batatais, Altinópolis e Serrana, objetivando conhecer melhor a contribuição destas anomalias na DM nessa região, caracterizando os tipos e as freqüências das aberrações cromossômicas observadas e compará-las entre as APAEs. Pacientes com suspeita de anomalias cromossômicas foram selecionados para o estudo. O critério usado para a seleção da amostra foi a realização do cariótipo em todos os afetados por DM com anomalias estruturais maiores e/ou menores. A análise citogenética foi feita através de cultura de linfócitos do sangue periférico e a coloração utilizada foi banda G, sendo analisadas 20 metáfases por paciente. Dos 505 indivíduos avaliados nas três APAES, 265 realizaram estudo citogenético, sendo encontradas 61 alterações cromossômicas (12,1% do total e 23,0% dos selecionados para cariótipo). Na APAE de Batatais, dos 305 indivíduos avaliados, 174 realizaram cariótipo, sendo encontradas 33 (10,8% do total) anomalias cromossômicas. Em Altinópolis, dos 107 indivíduos avaliados, 54 realizaram cariótipo, sendo observados 16 cariótipos anômalos (14,9% do total). Na APAE de Serrana, dos 93 indivíduos avaliados, 37 realizaram cariótipo, sendo encontradas 12 (12,9% do total) anomalias cromossômicas. Esses resultados demonstram que anomalias cromossômicas contribuem significativamente para a etiologia da DM e que a citogenética clássica possui importantes implicações na prática médica para o diagnóstico dos indivíduos afetados, assim como, para o aconselhamento genético das famílias. Além disso, observa-se que a APAE de Batatais, por apresentar uma porcentagem menor de indivíduos afetados por DM grave, 60,7%, possui uma menor incidência de anomalias cromossômicas quando comparada as APAEs de Altinópolis e Serrana que apresentam uma frequência de 87,8% e 83,9% de indivíduos com DM grave, respectivamente, indicando que alterações cromossômicas são mais frequentes em indivíduos afetados por DM grave. / In etiological studies on mental retardation (MR), the chromosomal abnormalities, both numerical and structural, are factors that have significant relative frequencies. The objective was to study the frequencies and types of chromosomal abnormalities in patients affected by MR in APAEs (Associação de Pais e Amigos dos Deficientes) of Batatais, Altinópolis and Serrana. This aims to better understand the contribution of these abnormalities to MR in these regions, and thus characterizing the types and frequencies of chromosomal aberrations observed in order to compare them between APAEs. Patients suspected of chromosomal abnormalities were selected for the study. The criterion used for sample selection was the achievement of the karyotype of all patients affected by MR with major and/or minor structural abnormalities. Cytogenetic analysis was performed on cultures of peripheral blood lymphocytes, where the band G was used for staining. Twenty metaphases were analyzed per patient. Of the 505 individuals evaluated in three APAEs, a cytogenetic study was performed on 265 patients, and 61 chromosomal abnormalities were found (12.1% of the total and 23.0% of the selected karyotypes). In APAE of Batatais, karyotypes were performed on 174 of the 305 subjects studied, and we found 33 chromosomal abnormalities (10.8% of total). In Altinópolis, 54 karyotypes were performed out of the 107 subjects studied, and we observed 16 abnormal karyotypes (14.9% of total). In APAE Serrana, 37 karyotypes were performed out of the 93 subjects studied, and 12 chromosomal abnormalities (12.9% of total) were found. These results show that chromosomal abnormalities contribute significantly to the etiology of MR and that classical cytogenetics have important implications in medical practice for diagnosis of affected individuals as well as for genetic counseling of the families. Moreover, it is noted that in the APAE of Batatais, because of the smaller percentage of individuals affected by severe MR, 60.7% have a lower incidence of chromosomal abnormalities when compared to the APAEs of Altinópolis and Serrana which have frequencies of 87.8% and 83.9% of individuals with severe MR, respectively. This indicates that chromosomal abnormalities are more frequent in individuals affected by severe MR.

INTRODUÇÃO: As alterações cromossômicas são a primeira suspeita etiológica em indivíduos com múltiplas anomalias congênitas, atraso de desenvolvimento neuropsicomotor e/ou deficiência cognitiva. Verifica-se que em alguns pacientes esse fenótipo está associado a alterações pigmentares como as manchas cutâneas. Porém, nem sempre o resultado do cariótipo em sangue periférico para esses pacientes revela alterações cromossômicas. Dessa forma, a análise cromossômica de outro tecido, como a cultura e cariotipagem dos fibroblastos da pele, torna-se importante para verificar a ocorrência de mosaicismo oculto que poderia explicar o fenótipo clínico. OBJETIVOS: Padronizar e implantar um protocolo para cultura de fibroblastos de pele humana, oriunda de manchas cutâneas de pacientes com atraso de desenvolvimento neuropsicomotor e/ou malformações. Estabelecer o método de cariotipagem molecular de fibroblastos em tecido epitelial e realizar a correlação com o fenótipo. MÉTODOS: Os pacientes foram provenientes do ambulatório de Genética do Instituto da Criança do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (ICR-HCFMUSP). Foram realizados cariótipos de fibroblastos de pele de 15 pacientes com cariótipo de sangue periférico normal, portadores de manchas cutâneas associadas ao atraso de desenvolvimento neuropsicomotor e/ou malformações. A análise citogenética dos fibroblastos foi feita a partir de biópsia cutânea das manchas, seguida dos seguintes procedimentos: cultura de fibroblastos, processamento, cariotipagem por bandamento G e análise citogenética molecular. RESULTADOS: Dentre os 15 casos estudados, 8 apresentaram isocromosomo de 12p (síndrome de Pallister-Killian), 1 apresentou um mosaicismo sexual atípico e os outros 6 apresentaram resultado normal. CONCLUSÃO: A análise cromossômica de fibroblastos foi imprescindível para o diagnóstico de pacientes com manchas cutâneas associadas à múltiplas anomalias congênitas, atraso de desenvolvimento neuropsicomotor e/ou deficiência cognitiva. A abordagem diagnóstica adequada é fundamental para conduzir o tratamento de forma apropriada e para definir o prognóstico desses pacientes, sendo também imprescindível para a realização do aconselhamento genético / INTRODUCTION: Chromosomal aberrations are the first suspected etiology in individuals with multiple congenital anomalies, developmental delay and/or intellectual disability. This phenotype is sometimes associated with pigmentary skin anomalies. However, in some cases the peripheral blood cells karyotype is normal. Therefore, the cytogenetic analysis of other tissues such as culture and karyotyping of skin fibroblasts is important to verify the occurrence of cryptic mosaicism that may explain the clinical phenotype. OBJECTIVES: To standardize and set a protocol for culture of human skin fibroblasts. To perform molecular karyotyping of fibroblasts and establish the correlation with phenotype. METHODS: Patients were recruited from the outpatient clinic of the Genetics Unit of Instituto da Criança do Hospital das Clínicas d Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (ICR-HCFMUSP). The karyotypes of skin fibroblasts were performed in 15 patients with normal blood karyotype, presenting with pigmentary skin anomalies associated with developmental delay and/or malformations. The cytogenetic analysis of fibroblasts was made from skin biopsy of the spots, followed by fibroblast culture, processing, karyotyping by G-banding analysis and molecular cytogenetics. RESULTS: Among the 15 cases studied, 8 showed isochromosome 12p (Pallister-Killian syndrome), 1 had atypical sexual mosaicism and the other 6 had normal results. CONCLUSION: The cytogenetic analysis of skin fibroblasts is crucial for the diagnosis of patients with pigmentary skin anomalies associated with developmental delay and/or malformations. The proper diagnosis is fundamental for the appropriate treatment, to define prognosis for these patients and essential for the genetic counselling

Os dados obtidos neste trabalho contribuem para o conhecimento da família Gymnophthalmidae, acrescentando dados genéticos de três novos genes para a tribo Ecpleopodini e descrição de 11 novos cariótipos para a família, pertencentes às tribos Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini e Gymnophthalmini. As análises filogenéticas obtidas para a tribo Gymnophthalmini pretenderam investigar o posicionamento de Scriptosaura Catimbau, espécie descrita recentemente que apresenta 2n=48, que foi recuperada como grupo irmão de Nothobachia ablephara, relacionados ainda à Calyptommatus. Já em Ecpleopodini, as análises foram realizadas para a investigação das relações filogenéticas entre os gêneros da tribo e do posicionamento de Kaieteusosauros hindsi. Foi recuperado o monofiletismo da tribo e do clado composto pelos gêneros Anotosaura, Dryadosaura (2n=44, 20M+24m) e Colobosauroides (2n=44, 20M+24m), entretanto, as relação entre os demais gêneros, inclusive de Kaieteurosaurus, não puderam ser estabelecidas e, com base nos dados citogenéticos, nota-se o predomínio de cariótipos com divisão entre macro e microcromossomos. Apesar de a família Gymnophthalmidae apresentar uma elevada diversidade cariotípica, as tribos Heterodactylini e Iphisiini apresentaram um cariótipo altamente conservado, sendo que as oito espécies descritas apresentam cariótipos compostos por 42 cromossomos com divisão clara entre macro e microcromossomos (18M+24m) e Ag-RONs em um par de microcromossomos. Os motivos que contribuem para a manutenção deste número diplóide nessas tribos ainda deverão ser investigados, mas aparentemente, este pode ser o cariótipo ancestral para a subfamília Gymnophithalminae e teria originado a diversidade cariotípica da tribo Gymnophthalmini por ocorrência de eventos de fissão e fusão cêntrica. Novos estudos cariotípicos e moleculares devem ser conduzidos para estabelecimento de tendências cromossômicas e evolutivas na tribo Ecpleopodini, que parece apresentar uma divergência rápida e simultânea, e para um melhor conhecimento da família que apresenta uma diversidade cromossômica elevada e sistemática longe de estar bem estabelecida. / This study contributes to knowledge of the family Gymnophthalmidae, adding new genetic data of three genes for the tribe Ecpleopodini and description of 11 new karyotype for the family, belonging to the tribes Ecpleopodini, Heterodactylini, Iphisiini and Gymnophthalmini. Phylogenetic analysis for the tribe Gymnophthalmini aimed to investigate the position of Scriptosaura Catimbau, recently described species which has 2n = 48 and was recovered as sister group of Nothobachia ablephara, both related to Calyptommatus. In Ecpleopodini, the analysis was performed to investigate the phylogenetic relationships among genera of the tribe and the placement of the species Kaieteusosauros hindsi. It was recovered the monophyly of the tribe and a clade composed of the genera Anotosaura, Dryadosaura (2n = 44, 20M+24m) and Colobosauroides (2n = 44, 20M+24m), however, the relationship among other genera, including Kaieteurosaurus, could not be established and, based on cytogenetic data, it can be seen the predominance of karyotype with a division into macro and microchromosomes. Although the family gymnophthalmids exhibit a high karyotypic diversity, the tribes and Heterodactylini Iphisiini showed a conservative karyotype, and the eight described species present karyotypes composed of 42 chromosomes with a clear division between macro and microchromosomes (18M +24 m) and Ag-NORs in a pair of microchromosomes. The reasons that contributed to the maintenance of this diplod number in the two tribes are still to be investigated, but apparently, this may be the ancestral karyotype for the subfamily Gymnophithalminae and may have originated the karyotypic diversity in the Gymnophthalmini for a series of fission events centric. New karyotypic and molecular studies should be conducted to establish trends in chromosomal and evolution in the tribe Ecpleopodini, which seems to have a simultaneous and rapid divergence, and to a better understanding of the family that has a high diversity and systematic chromosome far from well established.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CRISTIANO LUIZ RIBEIRO.pdf: 575229 bytes, checksum: 94f5c01fc439ef40126c533a4e1c43c8 (MD5) Previous issue date: 2009-03-16 / This was a study of a low incidenced disease in the population that is myelodysplastic syndrome (MDS). This disease comprises a group of heterogeneous hematopoietic disorders of clonal nature that have in common, varying degrees of bone marrow failure and distinct levels of peripheral blood cytopenias and dysplasia in cell differentiation and may provide various forms of cytogenetic changes, sometimes progressing to leukemia. For MDS, can be identified through the changes with the aid of the karyotype, determine prognosis and to classify them into risk groups, which each patient will be subjected to a more individualized treatment.The objective of this study was to evaluate the cytogenetic and correlated the cytogenetic findings found with the clinical data of patientes in an attempt to improve prognostic information in cases of MDS. This study was conducted at NPR Núcleo de Pesquisas Replicon of Universidade Católica de Goiás e LaGene - de Citogenética Humana e Genética Molecular / SuLeide Superintendência Leide das Neves Ferreira, SES-GO in partnership with the Hospital of the Universidade Federal de Goiás and Hospital Araújo Jorge. We evaluated samples of peripheral blood and bone marrow with the aid of conventional cytogenetics, of 25 patients with clinical indication of MDS, with only 15 confirmed cases with MDS were included in this study. The results of cytogenetic tests showed a wide range of chromosomal abnormalities, including trisomy of chromosomes 21 and 22, monosomy of chromosomes 17 and Y translocation between chromosomes 3q, 8q and 10q, 16q and a duplication on chromosome 1. The deletions appeared more frequently, including deletions on chromosomes 7p, 5q 10q, 11q and 12p. We also observed an isochromosome 17, a ring chromosome and a marker chromosome of unknown origin in addition to the normal karyotypes. This diversity of findings is related to genomic instability, and the monosomy and deletions may be related to inactivation of tumor suppressor genes (TSG) and translocations can activate oncogenes, so these changes are related to the ineffective hematopoiesis in MDS. Also associated with prognosis, the clinical course and progression of the disease, and providing information to assist the diagnosis, classification, monitoring, treatment choice and a more adequate understanding to the broad diversity of the disease. This research will be important to stimulate new research in this area and may establish new partnerships between research centers and treatment, primarily to provide a better quality of life for patients with MDS and their families. / Tratou-se de um estudo sobre uma doença de baixa incidência na população que é a síndrome mielodisplásica (SMD). Esta doença compreende um grupo de desordens hematopoiéticas heterogêneas de natureza clonal que tem em comum, graus variados de insuficiência medular e níveis distintos de citopenias no sangue periférico e displasias na diferenciação celular podendo apresentar várias formas de alterações citogenéticas, evoluindo algumas vezes para leucemia. Para SMD, pode-se através das alterações identificadas com auxílio do cariótipo, determinar o prognóstico e classificá-las em grupos de risco, cujo, cada paciente será submetido a um tratamento mais individualizado. O objetivo deste estudo foi avaliar as alterações citogenéticas nas síndromes mielodisplásicas, utilizando a citogenética convencional, correlacionando os achados citogenéticos encontrados com os dados clínicos dos pacientes, na tentativa de incrementar informações de valor prognóstico para os casos de SMD. O presente estudo foi conduzido no NPR Núcleo de Pesquisa Replicon da Universidade Católica de Goiás e no LaGene Laboratório de Citogenética Humana e Genética Molecular / SuLeide Superintendência Leide das Neves Ferreira, SES-GO em parceria com o Hospital das Clínicas, da Universidade Federal de Goiás e com Hospital Araújo Jorge. Foram avaliadas amostras de sangue periférico e medula óssea com auxílio da citogenética convencional de 25 pacientes com indicação clínica de SMD, sendo que somente os 15 casos confirmados com SMD foram incluídos neste estudo. Os resultados dos testes citogenéticos demonstraram uma grande diversidade de alterações cromossômicas, entre elas trissomias nos cromossomos 21 e 22, monossomias dos cromossomos 17 e Y, translocações entre o os cromossomos 3q;10q e 8q;16q e uma duplicação no cromossomo 1. As deleções apareceram com mais freqüência, entre elas citamos deleções nos cromossomos 7p, 5q 10q, 11q e 12p. Foi observado também um isocromossomo de 17, um cromossomo em anel e um cromossomo marcador de origem indeterminada além dos cariótipos normais. Esta diversidade de achados está relacionada com uma instabilidade gênomica, sendo que as monossomias e as deleções podem estar relacionadas com inativação de genes supressores tumorais (GST) e as translocações podem ativar os oncogenes, logo estas alterações estão relacionadas com a hematopoiese ineficaz em SMD. Também apresenta relação com o prognóstico, o curso clínico e a evolução da doença, oferecendo ainda informações para auxiliar o diagnóstico, a classificação, o acompanhamento, a escolha terapêutica e um entendimento mais adequado em função da grande diversidade biológica da doença. Esta pesquisa será importante para estimular novos estudos nesta área podendo estabelecer novas parcerias entre centros de pesquisas e de tratamento, principalmente para oferecer uma melhor qualidade de vida para os pacientes com SMD e seus familiares.

As síndromes mielodisplásicas (SMD) constituem um grupo heterogêneo de doenças hematológicas de origem clonal, caracterizado por hematopoese ineficaz, citopenia e risco de evolução para leucemia mieloide aguda (LMA). As anormalidades citogenéticas adquiridas são marcadores prognósticos bem estabelecidos em SMD. No entanto, a técnica de citogenética metafásica apresenta limitações, incluindo baixa resolução e necessidade de divisão celular, sendo que defeitos cromossômicos podem não ser detectados. Tecnologias baseadas em microarranjo (array) de DNA, como o Single Nucleotide Polymorphism Array (SNP-A), são importantes para avaliação do genoma normal e neoplásico. O SNP-A foi desenvolvido para o estudo de todo o genoma, apresenta uma resolução superior a citogenética metafásica convencional, pode ser realizado em células na interfase, e detecta alterações cromossômicas não visualizadas pela citogenética metafásica. Além disso, o SNPA fornece dados de genotipagem para detecção de perda neutra de heterozigose, também denominada de dissomia uniparental somática. Regiões cromossômicas com deleção, perda neutra de heterozigose ou ganho são comuns em pacientes com neoplasias hematológicas e sugeriu genes candidatos a supressores de tumor e oncogenes. O objetivo do presente estudo foi a caracterização da coorte de pacientes com suspeita clínica de SMD e o uso integrado do método de citogenética convencional e SNP-A no serviço de hematologia da nossa instituição na investigação de alterações citogenéticas em pacientes com SMD e doenças relacionadas. Durante o período do estudo, foram recebidas um total de 114 amostras de pacientes com suspeita clínica de SMD. A análise clínica, morfológica e citogenética permitiu confirmar o diagnóstico de SMD ou doenças relacionadas em 43 pacientes (SMD [n=34], SMD/NMP [n=5], LMA com alterações mielodisplásicas [n=4]). Vinte e um pacientes foram classificados como citopenia idiopática de significado indeterminado (CISI) e 50 indivíduos apresentaram outros diagnósticos. SNP-A foi realizado em 17 pacientes com SMD e doenças relacionadas. Dentre os pacientes selecionados para o SNP-A, anormalidades cromossômicas foram observadas em 6/17 (35%) casos pelo cariótipo convencional e em 8/17 (47%) casos pela técnica de SNP-A. SNP-A não detectou quatro alterações cromossômicas previamente identificadas pela citogenética convencional: duas translocações balanceadas e duas alterações numéricas. SNP-A confirmou os demais achados identificados pela citogenética convencional e detectou um total de 32 novas lesões (1 ganho, 19 perdas e 12 UPDs) em 6 pacientes com SMD ou doenças relacionadas. SNP-A pode complementar a citogenética convencional na detecção de anormalidades cromossômicas em neoplasias mieloides. / Myelodysplastic syndromes (MDS) are a heterogeneous group of clonal hematopoietic diseases, characterized by inefficient hematopoiesis, peripheral blood cytopenias and a risk to progress to acute myeloid leukemia (AML). Acquired chromosomal abnormalities have prognostic value in MDS. However, metaphase cytogenetics has some limitations including low resolution and the requirement of cell division, and chromosomal abnormalities may not be detected. New technologies based on array, the Single Nucleotide Polymorphism Array (SNP-A), are able to evaluate the whole genome. The SNP-A has superior resolution compared to metaphase cytogenetics, may be used in interphase cells, and may detect chromosomal abnormalities not detected by metaphase cytogenetics. In addition, the SNP-A read-out includes genotyping calls and hybridization signal strength, corresponding to gene copy number, allowing detecting copy neutral loss of heterozigosity (CN-LOH), also known as uniparental dissomy (UPD). Deletions, copy neutral loss of heterozigosity or gain are frequent in patients with haematopoietic neoplasms and has already suggested the location of tumor suppressor genes and oncogenes. The aim of this study was to characterize the cohort of patients with clinical suspicion of MDS and to establish the integrative use of the conventional cytogenetic and the SNP-A in the investigation of chromosomal abnormalities in patients with MDS and related diseases followed at our institution. The clinical, morphological and cytogenetic evaluation allowed us to confirm the diagnosis of MDS or related disease in 43 patients (MDS [n=34], MDS/MPN [n=5], AML with myelodysplastic changes [n=4]). Twenty-one patients were diagnosed with idiopathic cytopenia with undetermined significance (ICUS) and 50 patients had other diagnosis. SNP-A were performed in 17 patients with MDS and related disease. Chromosomal abnormalities were observed in 6/17 (35%) cases by metaphase cytogenetics, and in 8/17 (47%) of the cases by SNP-A. SNP-A did not detected two balanced translocations and two numerical alterations previously observed by metaphase cytogenetics. SNP-A confirmed all the other findings observed by metaphase cytogenetics and SNP-A detected a total of 32 new lesions (1 gain, 19 losses and 12 UPDs) in 6 MDS and related diseases. SNP-A may complement metaphase cytogenetics to improve the detection of chromosomal abnormalities in myeloid neoplasms.