Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-08-13T18:00:59Z : No. of bitstreams: 1 000749628.pdf: 2138126 bytes, checksum: b934c7fd0a1cb3a925aa91c6b3804923 (MD5) / Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ...

O objetivo do presente estudo foi avaliar os efeitos genotóxicos/citotóxicos ocasionados por disjuntores de Haas em células epiteliais esfoliadas da mucosa bucal de pacientes submetidos a tratamento ortodôntico, por meio do ensaio de micronúcleos. Participaram do estudo 22 pacientes entre 06 a 12 anos de idade, de ambos os gêneros, que necessitaram de disjuntores de Haas para correção de mordida cruzada posterior. Foi efetuada a coleta de células epiteliais da mucosa da bochecha, por meio de raspagem suave com escova científica. As células foram coletadas antes (T0), um mês após a instalação do aparelho (T1) e 3 meses após o travamento dos disjuntores (T2). As células foram processadas para obtenção de lâminas, as quais foram coradas com o método de Feulgen/Fast Green para quantificação do número de células normais, cariolíticas, picnóticas, brotos nucleares, bi/trinucleadas e com a presença de micronúcleos, em microscospia de luz. Os resultados foram submetidos à analise estatistica por meio do teste ANOVA, seguido do pós-teste de Tukey. O nível de significância adotado foi de 5%. Os resultados demonstraram que não houve diferença estatisticamente significante com relação à preença de micronúcleos, nos períodos avaliados (p>0,05). Os brotos nucleares sofreram aumento em T1 (p>0,05), com retorno aos níveis baseline em T2. Em relação às outras anormalidades (células cariolíticas, picnóticas e bi/trinucleadas), houve aumento significante em T1 e T2 (p<0,0001). Concluindo, este estudo demonstrou que os disjuntores de Haas não ocasionaram aumento de micronúcleos em células da mucosa bucal. Entretanto, foram observadas aumento estatisticamente significante das células cariolíticas, picnóticas e bi/trinucleadas durante o tratamento, sugerindo possíveis efeitos citotóxicos. / The aim of the present study was to evaluate the genotoxic and cytotoxic effects caused by Haas appliance through micronuclei assay in buccal mucosa epithelial cells of patients submitted to orthodontic treatment. The study included 22 patients between 06 and 12 years of age, both genders, who required Haas appliance for correction of posterior crossbite. Epithelial cells from the cheek mucosa were collected performed by gentle scraping scientific toothbrush. The cells were collected before (T0), one month after the device was installed (T1) and 3 months after the appliance immobilization (T2). The cells were processed to obtain slides and Feulgen/Fast Green was used as staining method for counting the number of normal, karyolytic, pyknotic, nuclear buds, binucleated and micronucleus cells under light microscopy. The cellular abnormalities were evaluated with the parametric tests for comparison of the means by ANOVA test followed by the Tukey post-test. The significance level was 5%. The results of this study showed that there were no statistically significant results for the micronuclei in the evaluated periods (p>0,05). Nuclear buds increased in T1 (p<0,05), returning to baseline levels in T2. In relation to the other abnormalities (cariolytic, pyknotic and bi/trinucleated cells), there were a significant increase in T1 and T2 (p<0.0001). In conclusion, this study demonstrated that Haas appliance did not cause micronuclei increase in cells of buccal mucosa. However, a statistically significant increase in cariolytic, pyknotic and bi/trinucleated cells were observed during treatment, suggesting possible cytotoxic effects.

A produção citrícola se encontra dispersa por todos os continentes e no Brasil, os citros são a produção frutícola de maior volume de produção. A produção de citros de mesa, como as tangerinas, possibilita ao produtor obter maior valor pelo seu produto. O mercado consumidor é ávido por novas variedades e para tanto, um programa de melhoramento deve estar sempre em busca de genótipos que atendam ao mercado consumidor, bem como a cadeia produtiva. Na Estação Experimental Agronômica da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, está localizada uma população de tangerineiras híbridas oriundas do cruzamento da tangerineira ‘Clementina Fina’ (Citrus clementina Hort. ex Tan.) e ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Ten.) a qual foi caracterizada neste estudo, avaliando-se características morfológicas de acordo com os descritores propostos pelo International Board for Plant Genetic Resources, além da identificação da época de maturação, viabilidade de pólen, número cromossômico e caracterização molecular, utilizando marcadores do tipo microssatélites. Através da análise morfológica foi possível distinguir todas as 96 plantas avaliadas, porém não foi possível agrupar a F1 em grupos distintos de cada um dos genitores. A época de maturação de frutos das plantas se concentra entre a primeira quinzena de abril até a primeira quinzena de agosto. Todas as plantas analisadas apresentaram um alto grau de viabilidade de pólen, variando entre 79,04 e 98,08 %. Todas as plantas avaliadas são diplóides com um número cromossômico de 2n=18. Utilizando 12 pares de primers de microssatélites foi possível diferenciar 90 acessos do estudo, e agrupar a F1 em indivíduos mais próximos do genitor feminino e do genitor masculino. O PIC (Conteúdo de Informação de Polimorfismo) dos primers variou de 0,27 a 0,65. Não foi possível estabelecer uma relação entre a caracterização utilizando marcadores morfológicos e a caracterização utilizando marcadores moleculares. / Citrus production is widespread all over the world and in Brazil it represents the major volume of fruit production. Production of fresch fruit, as tangerines, allow the farmer to obtain a better value for the product. The consuming market is keen for new varieties and a breeding program should be always searching for genotypes that satisfy the market as well as the productive chain. At the Agronomic Experimental Station of Federal University of Rio Grande do Sul there is a population of hybrid tangerines, as result of crosses between ‘Clementina Fina’ (Citrus clementina Hort. ex Tan.) and ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Ten.). In this study, this population was characterized using the morphological descriptors proposed by the International Board for Plant Genetic, besides other characteristics such as ripening period, pollen viability, chromosome number and a molecular characterization with SSR markers. It was possible to distinguish all the 96 evaluated plants by the morphological descriptors, but it was not possible to separate the F1 in groups distinct from the parents. Ripening occurred between mid April and mid August. All the analyzed plants had a high pollen viability, ranging from 79.04% to 98.08%. All plants are diploid, with 2n = 18. By using 12 pairs of primers it was possible to differentiate 90 of the analyzed accessions and group F1 individuals closer to the female and male parents. The PIC (polymorphism information content) ranged from 0.27 and 0.65. It was not possible to establish a relation between the morphological and the molecular characterizations. 1Master of Science dissertation in Agronomy, Faculdade de Agronomia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS, Brazil. (67p.) March, 2006.

O gênero Mimosa, dividido nas seções Mimadenia, Batocaulon, Calothamnos, Habbasia e Mimosa, possui cerca de 530 espécies, e, destas, cerca de 490 ocorrem nas Américas, ocupando diferentes tipos de habitats. No Brasil, ocorrem principalmente no Cerrado, uma zona de alta biodiversidade. Muitas espécies de grande importância econômica e, dentre elas, destaca-se M. scabrella, arbórea nativa da região Sul do Brasil. Apesar da grande importância do gênero, poucos são os estudos de citogenética. Portanto, o objetivo maior do presente trabalho foi determinar o número cromossômico de um grande número de espécies de Mimosa e tentar estabelecer relações entre distribuição dos níveis de ploidia com posição taxonômica, filogenética e distribuição geográfica. O outro objetivo foi de analisar um grande número de populações de M. scabrella, da região Sul do Brasil, quanto ao número cromossômico e caracterizar sua variabilidade utilizando marcadores moleculares do tipo RAPD. Os resultados, que aumentaram o número de determinações de número cromossômico para o gênero de 10% para mais de 20% dos táxons, são inéditos para 83% das espécies estudadas. O nível diplóide, 2n=2x=26, foi verificado em 76% das espécies. Das demais espécies, 24% são tetraplóides (2n=4x=52), e uma triplóide (2n=3x=39). Variabilidade intraespecífica, com acessos di e tetraplóides, foi verificada em M. pigra var. dehiscens, M. setosa var. paludosa e M. somnians. Com exceção de Mimadenia, onde só uma espécie foi estudada, poliplóides estão presentes em todas as seções taxonômicas. Os resultados indicam que o número cromossômico não é uma característica citotaxonômica distintiva e a poliploidia não foi um fator decisivo para a evolução deste gênero. Células polissomáticas, em ponta de raiz, foram observadas em 43 espécies, com freqüência que variou de 3 a 86%, mas somente logo após a germinação das sementes, não sendo verificado em plantas adultas, sugerindo que a polissomatia parece estar relacionada com um rápido desenvolvimento e estabelecimento da plântula, logo após a germinação. As 25 populações de M. scabrella estudadas foram todas tetraplóides. O resultado da análise molecular RAPD mostrou que a similaridade genética média entre as populações variou de 0,18 a 0,48, indicando grande variabilidade interpopulacional. Os resultados deste trabalho representam uma importante contribuição para um melhor conhecimento do gênero Mimosa. / The genus Mimosa, divided in sections Mimadenia, Batocaulon, Calothamnos, Habbasia and Mimosa, has around 530 species and, from these, approximately 490 occur in the Americas , in a wide range of habitats. In Brazil, they occur mainly in the Cerrado, an area of high biodiversity. Many species are of great economic importance, and among them is M. scabrella, a tree native to southern Brazil. Despite the great importance of the genus, cytogenetic studies are few. Therefore, the main objective of this work was to determine chromosome numbers is a great number of Mimosa species and try to correlate ploidy levels with taxonomic and phylogenetic position and geographic distribution.The other objective was to analyze a great number of M. scabrella populations from southern Brazil regarding chromosome number and genetic variability using RAPD markers. The results, that increased the number of chromosome number determinations for the genus from 10% to more than 20% of the taxa are original for 83% of the studied species. The diploid level 2n=2x=26, was verified in 76% of the species. Among the others, 24% are tetraploid (2n=4x=52), and one triploid (2n=3x=39). Intraspecific variability, with diploid and tetraploid accessions, was found in M. pigra var. dehiscens, M. setosa var. paludosa and M. somnians. With the exception of Mimadenia section, with only one species studied, polyploids occur in all the taxonomic sections. The results indicate that chromosome number is not a distinctive cytotaxonomic characteristic and that polyploidy was a decisive factor in the genus evolution. Polysomatic root-tip cells were found in 43 species, ranging from 3 to 86%, but only soon after seed germination and not in adult plants, suggesting that polysomaty is related to a rapid seedling development and establishment after germination. The 25 M. scabrella populations studied were all tetraploid. RAPD molecular analysis disclosed an average similarity index among populations ranging from, 0.18 to 0.48, indicating great interpopulational variability. The results of this work represent an important contribution to a better knowledge of genus Mimosa.

Com o desenvolvimento da citogenética convencional, a partir da metade do século passado, houve um enorme crescimento no entendimento da etiologia das síndromes malformativas, sendo as anomalias cromossômicas reconhecidas como a causa genética mais freqüente dos defeitos congênitos. Assim sendo, a investigação de aberrações cromossômicas através do cariótipo se tornou uma rotina na investigação das malformações e de outras condições. Desde os anos 70, quando o diagnóstico pré-natal para a detecção de anomalias cromossômicas no feto foi estabelecido, este tem se tornado uma prática usual em muitos países, e uma importante ferramenta para o aconselhamento genético. A introdução da ultra-sonografia pré-natal na obstetrícia permitiu a identificação precoce de fetos com malformações, os quais têm grande probabilidade de serem portadores de alguma anormalidade cromossômica. O conhecimento da etiologia de sua doença é fundamental para diminuir a ansiedade da família e para tomada de decisões sobre a gestação em curso e sobre gestações futuras. Foi realizado um estudo retrospectivo de 18 anos (1989-2007) que teve como objetivos gerais: estimar a freqüência das anormalidades cromossômicas mais comuns através do cariótipo convencional e suas indicações para as gestantes do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (artigo 1). Embora o cariótipo seja considerado o exame padrão ouro para este tipo de investigação, o mesmo possui algumas limitações. Entre elas se destaca a dependência de uma cultura de células, o que significa uma espera de 10 a 14 dias para se obter um resultado, tempo este precioso para a família e para a gestante. Além disto, corre-se o risco de perda da cultura por contaminação ou falta de crescimento celular, e com isso nenhum resultado é atingido, permanecendo a família sem um esclarecimento sobre a situação. Na tentativa de solucionar estes problemas, nesta tese, também foi proposta uma continuação do estudo (de 2006 a 2008) em fetos com múltiplas malformações, para testar a aplicação de técnicas moleculares, como QF-PCR e MLPA em diferentes materiais fetais (artigo 2). Ainda, quando a coleta de materiais tradicionais como líquido amniótico, ou biópsia de vilosidades coriônicas, eram impossíveis de se coletar por alguma dificuldade, incluindo os problemas morfológicos do feto, materiais alternativos, como urina, foram obtidos para se testar sua utilidade para se atingir o diagnóstico citogenético. Os achados citogenéticos relatados no artigo 1 foram compatíveis com os da literatura, sendo a trissomia do 21 a anormalidade cromossômica mais freqüentemente detectada no pré-natal. Entretanto, como o risco de recorrência desta síndrome foi zero neste estudo, um filho anterior com síndrome de Down foi considerado uma indicação fraca, sendo priorizadas para a realização do exame outras famílias carentes de maior risco. Por outro lado, com a técnica de MLPA (artigo 2) não foram obtidos resultados satisfatórios, provavelmente porque as amostras não permitiam obter DNA na qualidade necessária para esse procedimento. Com a técnica de QF-PCR pode-se obter 30 resultados (alguns parciais) nas 50 amostras coletadas. O estudo citogenético convencional de 13 amostras em que materiais diversos dos usuais foram empregados teve 100% de sucesso. Com a aplicação desse arsenal de técnicas, a chance de se obter uma informação citogenética ficou bem maior, diminuindo a ansiedade do casal e auxiliando nas suas decisões reprodutivas. / With the development of conventional cytogenetic techniques, since the second half of the last century, there was an enormous growth in knowledge of the etiology of malformed syndromes, being the chromosomal abnormalities considered the most common genetic causes of congenital defects. Therefore, the investigation of chromosomal aberrations by karyotype became a routine in the investigation of the malformations and many other conditions. Since the 70's, when prenatal diagnosis to detect chromosomal abnormalities in the fetus was set up, this became usual practice in many countries, and an important tool for genetic counseling. The introduction of the ultrasound in the obstetrician practice allowed the early identification of the malformed fetus, which has a great probability of being a carrier of some chromosomal aberration. The knowledge of the etiology of the disease is essential to reduce the anxiety of the family and to plan future pregnancies. From 1989 to 2007, 905 pregnant women from Hospital de Clinicas de Porto Alegre had an investigation for their fetus conditions by conventional karyotypes. With this information, a study was made which the main objectives were: to estimate the frequency of the most common chromosomal abnormalities and to estimate the most frequent indications that lead those women to make this invasive procedure (manuscript 1). Although the karyotype is considered the gold standard test for this type of research, it has some limitations, among them: the necessity of a cell culture, which means an expected time between 10 to 14 days to obtain the desired result, and time is a very precious aspect in pregnancy. Moreover, there is a risk of loss of culture because of contamination or lack of cell growth, leaving the family without a result. In an attempt to solve these problems, we proposed another study (from 2006 to 2008) to check the application of molecular techniques such as MLPA and QF-PCR in different malformed fetal materials (manuscript 2). Still, when the collection of traditional materials such as amniotic fluid, blood cord or chorionic villus biopsy were impossible to collect because of morphological problems on the malformed fetus, other alternative materials such as urine or intraperitoneal fluid were collected in an attempt to test these materials as a manner to reach the cytogenetic diagnosis. Our cytogenetics findings were similar to the literature, being trisomy 21 the most frequent chromosomal abnormalities. On the other hand, we did not find any recurrent case of this syndrome, so the indication for doing the exam, as having a previous child with Down syndrome, stayed as a weak indication that comes after others priorities, like pregnancies with greater risks. When we tried to introduce the MLPA technique, we did not achieve satisfactory results, probably because the samples were not suitable for good quality of DNA extraction. We then applied QF-PCR, and obtained 30 results (some partials) from 50 samples collected. The karyotype results of 13 samples from additional materials, not commonly used elsewhere, achieved 100% of success. With all these alternatives techniques, the chance to achieve a diagnosis was much higher, reducing the anxiety of the couple and helping the family to make decisions for futures pregnancies.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T17:58:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 606320 bytes, checksum: 39f5d5af70ea59ca04c8b23200d0b407 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T17:58:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 606320 bytes, checksum: 39f5d5af70ea59ca04c8b23200d0b407 (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O estudo do cariótipo de plantas possibilita a identificação e classificação dos cromossomos provendo informações básicas e aplicadas à taxonomia, sistemática, evolução e melhoramento de plantas. Com o advento dos projetos genômicos e de sequenciamento de plantas, a caracterização do cariótipo da forma tradicional passou a ser insuficiente quanto a contribuição de informação de dados. Dessa forma, a quantificação do conteúdo de DNA dos cromossomos por citometria de imagem (CI) pode ser incorporada à caracterização do cariótipo. Essa metodologia fornece uma análise quantitativa a partir de imagens digitais. As imagens são convertidas em pixels, que estão relacionados a uma cor e uma intensidade em específico, e processadas pelo programa de análise de imagens, gerando valores de absorbância relacionados com a área, denominados valores de densidade óptica integrada (DOI). Por meio da quantificação de DNA cromossômico é possível resolver pequenas diferenças na quantidade de DNA de cromossomos morfologicamente semelhantes e pequenos. A utilização de técnicas que possibilitam uma melhor diferenciação dos homólogos, ou mesmo a análise do conteúdo de DNA cromossômico poderá agregar conteúdo informacional ao cariótipo de Z. mays e contribuir com projetos de sequenciamento de genoma. Portanto, o objetivo deste estudo foi determinar o conteúdo de DNA por cromossomo, bem como para os seus respectivos braços via CI em Zea mays L. Inicialmente, foi realizado a quantificação de DNA nuclear que resultou em um valor médio de 2C = 6,10 pg. As análises de CF mostraram variação nos genomas entre os acessos de Z. mays. Essa variação foi evidenciada pela comparação do conteúdo de DNA nuclear dos dois cultivares, o ‘CE-777’ e o ‘AL Bandeirante’. A variação no conteúdo nuclear em plantas tem sido atribuída principalmente aos elementos transponíveis. As técnicas de dissociação celular e secagem ao ar foram empregadas no preparo das lâminas, e essas hidrolisadas e coradas com reativo de Schiff. As imagens foram capturadas por uma vídeo-câmera CCD monocromática, acoplada a um microscópio, e analisadas com recursos digitais de análise de imagem. Distribuindo o valor 2C médio de DNA nuclear, estabelecido pela citometria de fluxo (CF), em relação aos valores médios da DOI, quantificado pela CI, o conteúdo de DNA foi mensurado para todos os cromossomos de Z. mays e seus braços. Essa metodologia possibilitou quantificar o conteúdo de DNA dos cromossomos, sendo que eles variaram de 2C = 0,803 pg (cromossomo 1) a 0,385 pg (cromossomo 10). A média dos valores para os braços cromossômicos em metáfases variaram para o braço curto de 0,376 (cromossomo 1) a 0,131 (cromossomo 10), e para o braço longo 0,427 a 0,255 dos mesmos cromossomos, respectivamente. O conteúdo de DNA da região satélite do cromossomo 6 também foi mensurado e apresentou 2C = 0,053 pg. No presente estudo, o cromossomo classificado como 9 apresentou uma maior quantidade de DNA que o cromossomo 8, devido a sua maior área. O conhecimento do conteúdo de DNA nuclear e cromossômico em plantas constitui uma informação básica, importante e útil para estudos taxonômicos e evolutivos. / The plant karyotype studies allows the identification and classification of chromosomes providing basic and applied information to the taxonomy, systematics, evolution and breeding of different crops. With the advent of plant genomic and sequencing projects, the traditional karyotype characterization became insufficient as to the contribution of data information. Thus, the quantification of DNA amount of chromosomes by image cytometry (ICM) can be incorporated to the karyotype characterization. This methodology provides a quantitative analysis from digital images. The images are converted to pixels, which are related specifically to a color and intensity, and processed by an image analysis program, generating absorbance values related with area, denominated values of integrated optical density (IOD). Through the chromosomal DNA quantification, it is possible to resolve small differences in DNA amount of morphologically similar and short chromosomes. Therefore, this study aimed to determine the DNA content by chromosome, as well for its arms by ICM in Zea mays L. Initially, nuclear DNA quantification was performed and resulted in medium value of 2C = 6.10 pg. The cell dissociation and air-drying techniques were employed in the slides preparations, and these were hydrolyzed and stained with Schiff’s reagent. The images were captured by a monochrome CCD video camera coupled to a microscope, and analyzed using digital image analysis capabilities. Distributing the average value 2C nuclear DNA, as established by the flow cytometry (FCM) in relation to the average values of IOD quantified by ICM, DNA content was measured for all Z. mays chromosomes and arms. This methodology allowed to quantify the DNA content of the chromosomes, which ranged from 2C = 0.803 pg (chromosome 1) to 0.385 pg (chromosome 10). The average values for the chromosomes arms in metaphase ranged from 0.376 short arm (chromosome 1) to 0.131 short arm (chromosome 10) 0.427 long arm to 0.255 long arm of the same chromosome, respectively. The DNA content of the satellite regions of chromosome 6 in metaphase was also measured and presented 0.053 pg. The knowledge of the plant nuclear and chromosomal DNA contents constitutes a basic, important and useful information for taxonomic and evolutionary studies. Furthermore, the results obtained in the present work may contributes to improve the informational content of maize karyotype and provides subsidies for genome sequencing projects.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-11T11:13:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2601231 bytes, checksum: 62be8f91844bf0c41fda635d73dc60d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T11:13:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2601231 bytes, checksum: 62be8f91844bf0c41fda635d73dc60d6 (MD5) Previous issue date: 2004-02-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Herreria salsaparilha Martius (Herreriaceae), é uma planta utilizada tradicionalmente pela população como depurativa e anti-sifilítica. Tendo em vista sua importância na medicina popular e a escassez de informações sobre a espécie, os objetivos do presente trabalho foram: caracterizar anatomicamente H. salsaparilha, determinar seu cariótipo e conteúdo de DNA nuclear, estabelecer protocolo para sua propagação in vitro, via proliferação de gemas axilares, e avaliar a influência do tipo de vedação na composição gasosa do ambiente interno de frascos utilizados na cultura in vitro de suas brotações axilares. Para os estudos anatômicos foram analisadas amostras das folhas, do caule, da raiz e de flores. O estudo citogenético foi realizado com ápices radiculares pela técnica de dissociação celular e secagem ao ar e o conteúdo de DNA nuclear foi determinado por citometria de fluxo a partir de tecidos foliares. Na propagação in vitro, as condições de cultivo testadas, em tubos de ensaio e em frascos, foram: meio semi-sólido com ágar ou Phytagel ® , meio líquido estacionário e sob agitação. Em tubos de ensaio foram utilizadas as concentrações de 0, 0,5 1,0, 1,5, 2,0 mg l -1 de BAP e em frascos apenas a concentração de 1,0 mg l -1 de BAP. No experimento de vedação utilizou-se: tampa rígida de polipropileno (T), tampa rígida de polipropileno com filtro (TF), filme de PVC com uma (PVC1) ou duas camadas (PVC2). A organização anatômica das folhas, do caule, da raiz, dos ápices radicular e caulinar e da flor de H. salsaparilha é semelhante em vários aspectos à maioria das monocotiledôneas. Entretanto, estilóides (não documentados antes para a família Herreriaceae) foram observados nas folhas em idioblastos cristalíferos inseridos no mesofilo. H. salsaparilha possui 2n=58 cromossomos, 12 pares acrocêntricos (1,75 a 10,51μm), 16 pares submetacêntricos (1,30 a 3,45 μm) e 1 par metacêntrico (2,80 μm). O conteúdo de DNA nuclear determinado pela citometria de fluxo corresponde a 2C=5,5 picogramas. O conteúdo de DNA nuclear, determinado por citometria de fluxo, corresponde a 2C=5,5 picogramas. A multiplicação de H. salsaparilha em tubos de ensaio contendo meio básico MS semi-sólido com ágar e 1,0 mg l -1 de BAP proporcionou a obtenção de elevado número de brotações. Em frascos contendo meio básico MS líquido, o número de brotações axilares foi maior se comparado ao obtido em meio semi-sólido. O ambiente interno dos frascos foi influenciado pelo tipo de vedação: a evaporação e a evapotranspiração foram superiores nos frascos vedados com TF e nos frascos com brotações vedados com PVC a concentração de O 2 aumentou significativamente ocasionando estufamento do filme de PVC. / Herreria salsaparilha Martius (Herreriaceae) is a species traditionally known for its depurative and anti-syphilitic properties. Due to its importance in popular medicine and the lack of information about the species, this present study was carried out in order to: characterize the species based on anatomical evaluations; determine the nuclear DNA content (in picograms) and set up the caryogram; establish an in vitro propagation protocol based on axillary shoot proliferation from green-house grown adult material; and to evaluate the influence of vessel culture closure type on the internal atmosphere composition throughout proliferation phase. For anatomical studies, samples obtained from leaf, stem, root and flowers were processed. For cytogenetics, root-tip samples were used and processed according to the air-dry cellular dissociation technique. Leaf DNA content (pg) was determined by flow cytometry using a PARTEC flow cytometer. In vitro propagation experiments were set up using either test tubes or baby-food jars, and MS-based medium in both semi-solid (gelled by Phytagel or agar), and liquid (stationary or agitated). Also, several BAP concentrations (0; 0.5.; 1.0; 1.5, and 2.0 mg l -1 ) were tested. The following vessel closures were evaluated: polypropylene closure (T), polypropylene closure with one Millipore filter membrane (0.22 μm) (TF), and one (PVC1) or two (PVC2) PVC plastic film (Goodyear, Brasil). It was found that the anatomical organization of H. salsaparilha is similar in many aspects with other monocotyledons species. However, stiloids were detected in leaf mesophyll within crystalliferous idioblasts, and it has not been previously reported for Herreriaceae. The species has 2n = 58 chromosomes, among them 12 acrocentric pairs (1.75 to 10.51 μm), 16 submetacentric pairs (1.30 to 3.45 μm), and 1 metacentric pair (2.80 μm). Total DNA content, as revealed by flow cytometry, corresponded to 5.5 picograms (2C value). Regarding to in vitro propagation carried out in test tubes, MS-based semi solid medium, supplemented with 1.0 mg l -1 BAP, yielded higher number of axillary shoots among the tested BAP concentrations. However, cultures in baby-food jars presented higher number of axillary shoots in MS-based liquid medium supplemented with 1.0 mg l -1 BAP, as compared to semi-solid counterpart. The internal environment of the culture vessels was influenced by the closure type. The evaporation and evapotranspiration rates were higher in culture vessels sealed with TF closures, whereas in those flasks sealed with PVC film occurred a marked increase in O 2 concentration, making the PVC film to inflate. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-09T14:05:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-09T14:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 569168 bytes, checksum: decebf3107d30e830c8a2d2c48a86ffd (MD5) Previous issue date: 2001-08-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cromossomos B são cromossomos extras ao complemento normal, dispensáveis e que seguem suas próprias vias evolutivas, ou seja, têm um padrão de herança distinto do usual (mendeliano) entre os indivíduos que os carreiam. Eles podem se originar tanto intraespecificamente, a partir de quebra dos cromossomos do complemento normal, como interespecificamente, por transposição ou hibridação interespecífica. Estes cromossomos possuem uma característica típica resultante da sua evolução molecular, que os torna heterocromatinizados, com acúmulo de seqüências repetitivas e elementos transponíveis, ás vezes possuindo genes que podem ter efeitos diretos ou indiretos no “fitness” dos indivíduos que os apresentam. Em Partamona helleri foram encontrados indivíduos com até quatro cromossomos B. No intuito de obter informações sobre a origem e estrutura dos cromossomos B dessa espécie foi utilizada a técnica de RAPD para se isolar fragmentos de DNA associados a esses cromossomos. Verificou-se que a técnica de RAPD é útil para detectar seqüências específicas dos indivíduos portadores de cromossomos B. Um marcador RAPD associado aos cromossomos B em Partamona helleri, identificado previamente, foi isolado, clonado e seqüenciado. Os clones obtidos serão muito importantes para a construção de uma sonda específica para cromossomos B em Partamona helleri. Isto permitirá posterior hibridização in situ dessa sonda no genoma desta espécie e de outras relacionadas fornecendo dados sobre a origem dos cromossomos B. Um dos clones do marcador RAPD associado aos cromossomos B isolado foi seqüenciado. Uma análise desta seqüência mostrou que a mesma não codifica nenhuma proteína conhecida, não apresenta homologia com nenhuma outra seqüência específica de cromossomos B e possivelmente é característica de regiões de DNA repetitivo desses cromossomos de Partamona helleri. / B chromosomes are additional dispensable chromosomes that follow their own evolutionary pathway showing an unusual pattern of heredity (non-mendelian) among the individuals that carry them. The B chromosomes could be arised intraespecificaly as fragments of normal chromosomes, or interespecificaly for transposition or hybridization. The typical morphological traits of these chromosomes are results of their molecular evolution that become them heterochromatic, with repeated sequences and transposable elements, sometimes show genes affecting directly or indirectly the fitness of the individuals. Partamona helleri presented at most for chromosomes B per individual. In order to obtain information about the origin and structure of the B chromosomes of Partamona helleri was used a RAPD technical to isolated DNA fragments joined with these chromosomes. The work verified RAPD technical is useful to detect specific sequences of the individual with B chromosomes. One RAPD marker joined with B chromosomes in Partamona helleri, previously identified, was isolated, cloned and sequenced. The clones got will be so important to make specific probe to B chromosomes in Partamona helleri. This becomes possible in situ hybridization of this probe in the genome of this specie and other related species supply information about the origin of the B chromosomes. One of the clones of the RAPD marker joined with B chromosomes isolated was sequenced. Analysis of this sequence showed that it does not codify any protein known, does not present homology with any other B chromosome specific sequence and probably it is characteristic of repetitive DNA regions of the Partamona helleri B chromosomes. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T18:05:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 889327 bytes, checksum: 2e422435078bdf3008be0c06d51d330e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T18:05:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 889327 bytes, checksum: 2e422435078bdf3008be0c06d51d330e (MD5) Previous issue date: 2004-08-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O Brasil lidera o mercado mundial de café em produção e exportação e é o segundo maior consumidor desse grão. Parte do aumento da produção tem sido atribuída aos investimentos em programas de melhoramento e às inovações geradas pelos processos biotecnológicos. Espécies do gênero Coffea têm sido objetos de estudos citogenéticos e citométricos, os quais procuram dados de base citológica e genética para contribuir com programas de melhoramento. Entre os diversos níveis de contribuição, essa linha de pesquisa tem forte potencial como ferramenta de prospecção e monitoramento de genomas, considerando-se que a caracterização dos cariótipos e a quantificação do conteúdo genômico geram dados que se estendem da cultura de tecidos a processos de hibridação. Levando em conta a necessidade de aprimoramento de estratégias de pesquisas citogenética e citométrica, desenvolveram-se quatro ferramentas de estudo em Coffea. Citogeneticamente, procurou-se obter cromossomos com morfologia adequada para caracterização de C. congensis, com aplicação de metodologias que aumentam o índice metafásico e fornecem cromossomos com morfologia mais adequada para caracterização e montagem de cariogramas. O complemento de C. congensis corresponde a 2x=22 cromossomos, sendo quatro metacêntricos (4, 6, 8 e 9) e sete submetacêntricos (1, 2, 3, 5, 7, 10 e 11). A constrição secundária foi identificada na porção distal do braço curto do cromossomo 7. A citometria de imagem foi utilizada para estimar o conteúdo de DNA em picogramas (pg) de cada cromossomo de C. canephora cv. Apoatã. Neste estudo foi possível mensurar, a partir da densidade óptica, o conteúdo de DNA, com 2C=1,43 pg, dos 11 cromossomos. Os valores encontrados variaram entre 0,18 pg (cromossomo 1) e 0,10 pg (cromossomos 10 e 11). Amostras de calos e agregados celulares de C. canephora cv. Apoatã foram coletadas para verificar se há relação entre os núcleos interfásicos com diferente número e o tempo de manutenção das culturas nas condições in vitro. A partir dos valores percentuais de células com um, dois, três ou quatro nucléolos, foi aplicada a análise de regressão, que indicou que o tempo das culturas in vitro altera o número de nucléolos por núcleo, o que pode ser utilizado como ferramenta no monitoramento de ocorrências de variações somaclonais. Em termos de citometria de fluxo, analisaram-se suspensões nucleares extraídas de agregados celulares fixados de C. arabica cv. Catuaí Vermelho e corados com DAPI. Os histogramas gerados evidenciaram a ocorrência de variação somaclonal (aneuploidias e euploidias) ao longo dos subcultivos das suspensões de agregados celulares com células em diferentes fases do ciclo celular. Com este estudo, espera-se que os resultados descritos representem um avanço na prospecção do genoma do cafeeiro. / Brazil leads the world coffee market in production and exportation, and is the second biggest worldwide consumer of the grain. Part of the production increase has been ascribed to the investments on breeding programs and to the innovations brought by the biotechnological processes. Species from the genus Coffea have been investigation to cytogenetical and cytometrical studies, which search for data with cytological and genetical basis, so as to contribute with breeding programs. Among the many contribution levels, this research line has strong potential as a research and genome monitoring tool, considering that karyotype characterization and genomic content quantification generate data that range from tissue culture to hybridization processes. Considering the necessity of improving cytogenetical and cytometrical research strategies, four studying tools have been developed in Coffea. Cytogenetically, it was seeked to obtain chromosomes with adequate morphology for the characterization of C. congensis was seeked, with use of methodologies that increase the metaphasic index and provide chromosomes with adequate morphology for karyogram characterization and assembly. The complement of C. congensis corresponds to 2x=22 chromosomes, being four metacentric chromosomes (4, 6, 8 and 9) and seven submetacentric ones (1, 2, 3, 5, 7 10 and 11). The secondary constriction was identified on the distal portion of the short arm of chromosome 7. Image cytometry was used to estimate the DNA content in picograms (pg) in each chromosome of C. canephora cv. Apoatã. In the present study it was possible to measure, based on optical density, the DNA content, with 2C=1,43 pg, for the eleven chromosomes. The values found varied between 0,18 pg (chromosome 1) and 0,10 pg (chromosomes 10 and 11). Samples of calli and cell aggregates of C. canephora cv. Apoatã were collected for verification of the existence of a relationship between the interphasic nuclei with different number of nucleoli and time maintenance of the cultures an in vitro condition. Based on the percentage values of cells with one, two, three or four nucleoli, regression analysis was applied, and it suggested that the in vitro culture time alters the number of nucleoli per nucleus, which can be used as a tool for monitoring the occurrence of somaclonal variations. In terms of flow cytometry were analyzed nuclei suspensions of C. arabica cv. Catuaí Vermelho, extracted from fixed cell aggregates and stained with DAPI. The generated histograms evidenced the occurrence of somaclonal variations (aneuploidies and euploidies) throughout the passages of the cell aggregate suspensions with cells in different phases of the cell cycle. With this study, it is expected that the described results represent an advance on the research of the coffee tree genome.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-16T16:24:56Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3101446 bytes, checksum: 21bfb505e31d919a89cf8e3398f33a43 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-16T16:24:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3101446 bytes, checksum: 21bfb505e31d919a89cf8e3398f33a43 (MD5) Previous issue date: 2017-07-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A detecção de sequências de DNA in situ por meio de técnicas de citogenética molecular consiste em uma das metodologias mais utilizadas para o mapeamento físico. Embora seja amplamente aplicada na pesquisa genômica, a Hibridização Fluorescente In Situ (FISH - Fluorescent In Situ Hybrid/zation) tem sido considerada uma técnica relativamente demorada, uma vez que requer a construção de uma sonda marcada. A Reação de Amplificação In Situ (PRINS Primed ln situ Label/ing), por sua vez, consiste em uma alternativa sensível e rápida em relação a FISH. No entanto, a especificidade e sensibilidade da técnica de PRINS podem ser influenciadas por fatores especie-específicos. Desse modo, o presente estudo teve como objetivo adaptar um protocolo de PRINS reprodutível para o mapeamento físico de genes de rRNA 58 em duas espécies com cromossomos de tamanhos relativamente diferentes: Eucalyptus dunnii Maiden e Zea mays L. Inicialmente, meristemas radiculares de ambas as espécies foram sincronizados com hidroxiureia e tratados com o agente anti- tubulínico amiprofos-metil para o acúmulo de metáfases. Em seguida, os meristemas foram submetidos a maceração enzimática e as lâminas confeccionadas pelas técnicas de dissociação celular e secagem ao ar. Após o pré-tratamento das lâminas, um par de primers específicos para a região 58 de E. glóbulus foi utilizado para a reação de PRINS, que consistiu de um único ciclo. A reação foi conduzida em preparações de E. dunnii e Z. mays contendo cromossomos metafásicos morfologicamente preservados, sem resíduos de citoplasma ou sobreposições. A técnica de FISH foi adicionalmente aplicada na espécie Z. mays com o intuito de confirmar os resultados obtidos pela PRINS. O mesmo par de primers foi utilizado para a construção de sondas marcadas com fluorescência, as quais foram posteriormente hibridizadas com o DNA alvo. Os cariótipos de E. dunnii e Z. mays exibiram 2n = 2x = 22 e Zn = 2x = 20 cromossomos, respectivamente. Em ambas as espécies, o cromossomo portador da constrição secundaria foi classificado como o número 6. O protocolo de citogenética clássica associado a reação de PRIN8 resultou em sinais nítidos para a sequência de rDNA 58 tanto em núcleos interfásicos quanto em cromossomos metafásicos de E. dunnii e Z. mays. Em E. dunnii, os genes de rRNA 58 foram mapeados no braço curto do cromossomo 5, em posição pericentromérica. Na espécie Z. mays, o sinal foi localizado na região terminal do braço longo do cromossomo 2. A técnica de FISH confirmou o resultado obtido pela PRIN8 nessa especie. Embora o tamanho dos cromossomos possa influenciar na resolução de técnicas de citogenética molecular, o protocolo descrito resultou em uma elevada razão sinal:background para ambas as espécies estudadas, evidenciando sua reprodutibilidade. Esse estudo consiste no primeiro relato do mapeamento de sequências específicas em E. dunnii e Z. mays pela PRIN8, contribuindo para o desenvolvimento e aperfeiçoamento das técnicas de mapeamento físico em espécies vegetais. Além disso, a localização dos genes de rDNA 58 ainda não se encontra disponível no mapa de ligação ou no genoma sequenciado de Eucalyptus. Dentro desse contexto, a localização física das sequências de rDNA 58 de E. dunnii pode ser integrada aos dados de sequenciamento e auxiliar no alinhamento de sequencias e posicionamento dos genes de rDNA 58 no genoma sequenciado. / The in situ detection of DNA sequences by molecular cytogenetic techniques is one of the most used methodologies for physical mapping. Although widely applied in genomic research, the Fluorescent ln situ Hybridization (FISH) has been considered a relatively time-consuming technique, due to the need of constructing a labeled probe. The Primed ln situ Labelling (PRIN8), on the other hand, is a sensitive and fast alternative to FI8H. Nevertheless, the specificity and sensitivity of the PRIN8 technique may be influenced by species-specific factors. Therefore, the present study aimed to adapt a reproducible PRIN8 protocol for the physical mapping of 58 rRNA genes in two species with chromosomes of relatively different sizes: Eucalyptus dunnii Maiden and Zea mays L. Initially, root meristems of both species were synchronized with hydroxyurea (HU) and treated with the anti-tubulin agent amiprophos methyl (APM) for metaphase accumulation. Then, the meristems were submitted to enzymatic maceration and the slides were prepared by the cell dissociation and air drying techniques. After pre-treatment of the slides, a pair of primers specific to the 58 region of E. globulus was used to the PRIN8 reaction, which consisted of a single cycle. The reaction was conducted on preparations of both E. dunnii and Z. mays containing morphologically preserved metaphasic chromosomes, without cytoplasmic debris or overlaps. The FISH technique was additionally conducted in the species Z. mays with the aim to confirm the results obtained by PRIN8. The same pair of primers was used for constructing the fluorescently labeled probes, which were subsequently hybridized to the target DNA. The karyotypes of E. dunnii and Z. mays exhibited 2n = 2x = 22 and 2n = 2x = 20 chromosomes, respectively. In both species, the chromosome carrying the secondary constriction was classified as number 6. The classical cytogenetics protocol associated with PRIN8 resulted in clear signals for the 58 rDNA sequence in both interphase nucleus and metaphase chromosomes of E. dunnii and Z. mays. ln E. dunnii, the 58 rRNA genes were mapped on the short arm of chromosome 5, in pericentromeric position. In the species Z. mays, the signal was located in the terminal region of the chromosome 2 long arm. The FISH technique confirmed the result obtained by the PRINS reaction in this species. Although the chromosome size may influence the resolution of molecular cytogenetic techniques, the described protocol resulted in a high signal:background ratio for both studied species, evidencing its reproducibility. This study comprises the first report on the mapping of specific sequences in E. dunnii and Z. mays by the PRINS technique, contributing to de development and improvement of physical mapping techniques in plant species. In addition, the localization of 58 rDNA genes is not yet available in the linkage map or in the sequenced genome of Eucalyptus. In this context, the physical localization of E. dunnii 58 rDNA may be integrated With sequencing data and assist in sequence alignment and positioning of 58 rDNA genes in the sequenced genome.