Made available in DSpace on 2016-04-27T18:12:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hedilamar Bortolotto.pdf: 842924 bytes, checksum: 44274588e35ebd044ff891e082281374 (MD5) Previous issue date: 2008-10-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The present clinical-qualitative research deals with a case study based on the symptomatic speech of a male child affected by the Fragile X Syndrome, diagnosed at the age of four and a half year. This paper follows on the therapeutical process from the age of four years up to six years old, with the purpose of identifying, in a more specific way, how the language functioning laws emerge in the child s speech. The elected approach privileges a view on the relative autonomy of the speech and language, moving away from the notion of lineal causality of the genetic syndrome and the language symptoms. There were elected, for analysis, enigmatic episodes extracted from the therapeutical sessions. Based on the Linguistics, more specifically, the Brazilian Interacionism, on the Lacanian Psychoanalyses and on the Speech-Language Clinic Therapy focused on the subject relation with the Other/other, a clinical practice that lays on the subjectivity was aimed. The analyses allowed to outline the child s trajectory in the singular interlacement of his speech to the functioning laws of the language, pointing out the therapist s language interpretations and scansions, meaning cuts and variations of intonation, rhythm and melody in the therapist s speech that leaded to displacements in the child s position as a speaker of the language. It was concluded that interpretative actions resting on the verbal stereotype and echolalia generate changes in the child s position and that the therapist s silence can open spaces for the child to establish his speaker position, which represent promising paths to the pathological Speech-Language Clinic Therapy / A presente pesquisa clínico-qualitativa aborda um estudo de caso por meio da fala sintomática de um menino afetado pela Síndrome de X Frágil, diagnosticada aos quatro anos e meio de idade. O trabalho acompanha o processo terapêutico dos quatro aos seis anos de idade, visando identificar, de forma mais específica, como as leis de funcionamento da Língua se manifestam na fala da criança. O foco escolhido privilegia o olhar sobre o funcionamento relativamente autônomo da Língua, afastando-se da noção de causalidade linear entre a síndrome genética e os sintomas na linguagem. Elegeram-se, para análise, episódios enigmáticos extraídos de gravações de sessões fonoaudiológicas. Fundamentando-se na Lingüística, mais especificamente no Interacionismo, na Psicanálise Lacaniana e na Clínica Fonoaudiológica que mira a relação do sujeito com o Outro/outro, buscou-se uma prática clínica assentada sobre a subjetividade. As análises permitiram delinear o percurso da criança no enlaçamento singular de sua fala ao modo de funcionamento da Língua, pontuando interpretações e escansões, isto é, cortes e alterações de entonação, ritmo e melodia da fala da fonoaudióloga que provocaram deslocamentos na posição de falante da criança pesquisada. Conclui-se que ações interpretativas sobre as ecolalias e estereotipias geram mudanças na posição da criança e que o silenciamento do terapeuta pode abrir espaços para que a criança ocupe sua posição de falante, caminhos promissores para a Clínica Fonoaudiológica que atua com falas patológicas

Este trabalho teve o objetivo de identificar genes candidatos para deficiência mental de herança ligada ao cromossomo X (DMLX). Foram investigadas quatro famílias, nas quais a deficiência mental de causa desconhecida segregava num padrão típico de herança ligada ao X, e 24 irmandades que incluíam pelo menos dois afetados do sexo masculino. O padrão de inativação do cromossomo X foi determinado nas mães dos afetados, pois desvios extremos no padrão de inativação são frequentes em mulheres portadoras de mutações no cromossomo X que causam DMLX. Nas famílias com padrão de herança ligada ao X, a deficiência mental foi mapeada, usando marcadores moleculares do tipo microssatélite, localizados ao longo do cromossomo X. Desequilíbrios cromossômicos submicroscópicos foram investigados por hibridação genômica comparativa baseada em array (array-CGH). Genes candidatos posicionais que já haviam sido associados a deficiência mental foram sequenciados pelo método de Sanger, em busca de mutações patogênicas. Em três famílias com DMLX, o probando teve seu exoma sequenciado. Nas três famílias com DMLX em que o sequenciamento do exoma foi realizado, foram detectadas mutações missense, levando à substituição de resíduos de aminoácidos conservados, que segregavam com a deficiência mental. Essas mutações foram consideradas como prováveis causas dos fenótipos nessas famílias: c.12378C>G no gene HUWE1 (HECT, UBA and WWE domain containing 1, E3 ubiquitin protein ligase); c.1413C>A no gene SHROOM4 (shroom family member 4) e c.262G>A no gene KIAA2022. As mulheres heterozigóticas quanto a essas mutações apresentaram desvio completo de inativação do cromossomo X (100:0). Mutações de ponto ou interrupção desses genes por rearranjos cromossômicos foram previamente descritas em alguns pacientes com deficiência mental. Em uma família, em que a DMLX estava associada a microcefalia e malformação de Dandy-Walker, uma microduplicação de aproximadamente 300 kb em Xq28 (ChrX :153,578,110-153,880,794;Hg19) foi detectada segregando com a doença. As mulheres heterozigóticas quanto a essa duplicação apresentaram desvios de inativação do X (80:20 e 90:10). Duplicações semelhantes foram anteriormente descritas em três famílias europeias e em um caso esporádico; a malformação de Dandy-Walker foi documentada em alguns desses pacientes. No estudo das 24 irmandades com pelo menos dois indivíduos do sexo masculino apresentando deficiência mental, o padrão de inativação do cromossomo X de suas mães foi determinado. Quatro mulheres (16,7%) apresentaram desvio total de inativação do cromossomo X (100:0), frequência significativamente maior do que a descrita para população geral de mulheres adultas (cerca de 2 %). Considerando que desvios extremos de inativação do cromossomo X são observados em aproximadamente 30% das portadoras de mutações que causam DMLX, concluiu-se que as quatro mães de homens que apresentam deficiência mental eram provavelmente portadores de mutações no cromossomo X, causadoras da deficiência mental em seus filhos. Não foram encontradas microdeleções ou microduplicações no cromossomo X nos probandos das quatro irmandades. / This study aimed at identifying candidate genes for X-linked intellectual disability (ID). Four families in which ID of unknown cause segregated as an X-linked trait, and 24 sibships with at least two affected males were investigated. The pattern of X-inactivation was determined in the mothers of affected males, taking into account that extremely skewing of X-inactivation is frequently found in women carrying mutations causative of X-linked intellectual disability (XLID). In the XLID families, ID was mapped by the genotyping of microsatellite markers localized throughout the X chromosome. Cryptic X-chromosome imbalances were investigated by array-based comparative genomic hybridization (a-CGH). Positional candidate genes that had been associated with ID were directly sequenced in the search for causative mutations. In three XLID families, the propositus had their exome sequenced. In three XLID families missense mutations that led to substitutions of conservative aminoacid residues were found that segregated with ID, and were probably causative of the clinical phenotypes: c.12378C>G in HUWE1 (HECT, UBA and WWE domain containing 1, E3 ubiquitin protein ligase) gene; c.1413C>A in the SHROOM4 (shroom family member 4) gene; c.262G>A in the KIAA2022 gene. Heterozygotes for these mutations had completely skewed X-inactivation (100:0 inactivation ratio). Point mutations or disruption of these genes by rearrangement breakpoints have been previously described in a few patients with ID. In one family in which XLID was associated with microcephaly and Dandy-Walker malformation, a duplication of approximately 300 kb at Xq28 (ChrX:153,578,110-153,880,794 - Hg19) was found segregating with the disease. Heterozygotes for this duplication had skewed X-inactivation (80:20 and 90:10 inactivation ratios). Similar duplications have been described in three European families and one sporadic case, Dandy-Walker malformation being documented in some patients. In the study of the 24 sibships with at least two males presenting with ID, the maternal pattern of X-inactivation was determined. Four women (16.7%) showed completely skewing of X-inactivation (100:0 inactivation ratio), a frequency significantly higher than the reported frequency of skewing >= 95% in women from the general population (about 2%). Considering this finding and that extremely skewed X-inactivation have been reported in about 30% of carriers of mutations causing XLID, it was assumed that the four mothers of males presenting with ID were most probably carriers of the mutations causative of ID in their sons. Chromosome X microimbalances were not found in the propositus, in these four sibships.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-04-27Bitstream added on 2014-06-13T21:01:36Z : No. of bitstreams: 1 araujo_d_dr_rcla.pdf: 1858376 bytes, checksum: dbeb43d42be45d0e0d9524437faa5d74 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dentre todas as ordens de aracnideos conhecidas taxonomicamente, Araneae e a segunda mais diversa, com numero de especies menor somente em relacao a Acari. Atualmente, 39.725 especies ja foram descritas, sendo que centenas de novas descricoes sao feitas a cada ano em diversas familias de aranhas. O conhecimento citogenetico sobre a ordem restringe-se a analise de 638 especies (ca 2%) do total descrito do ponto de vista taxonomico. Este trabalho tem como objetivos fornecer uma compilacao dos dados citogeneticos existentes para a ordem na literatura ate a presente data, bem como caracterizar e estabelecer as estrategias de diferenciacao cromossomica em 13 especies de aranhas pertencentes ao grupo das haploginas, clado que corresponde a somente 3.257 especies (ca 8%) do total da ordem e a apenas 41 especies (ca 6%) do total cariotipado ate os dias atuais. Aliado a baixa representatividade dos dados cariologicos, outros pontos que fazem das haploginas um grupo interessante para estudos sao a predominancia de cromossomos meta/submetacentricos e de sistemas cromossomicos de determinacao sexual simples e multiplos, muitas vezes incluindo um cromossomo Y, ambas caracteristicas raras entre os outros clados de Araneae. As especies analisadas pertencem a tres familias de haploginas, Pholcidae (Mesabolivar luteus e Micropholcus fauroti), Sicariidae (Loxosceles amazonica, Loxosceles gaucho, Loxosceles hirsuta, Loxosceles intermedia, Loxosceles laeta, Loxosceles puortoi, Loxosceles similis e Sicarius tropicus) e Scytodidae (Scytodes fusca, Scytodes globula e Scytodes itapevi). Em Pholcidae, os resultados ineditos para os dois generos mostraram... / Mesabolivar luteus (Keyserling 1891) and Micropholcus fauroti (Simon 1887) specimens were collected in Ubatuba and Rio Claro, both in the state of São Paulo, Brazil. Mesabolivar luteus showed 2n(.) = 15 = 14 + X and 2n(.) = 16 = 14 + XX in mitotic metaphases and 7II + X in diplotenic cells. During late prophase I, all bivalents presented a ring shape, evidencing two chiasmata per bivalent. In this species, some diplotenic cells appear in pairs, maybe due to specific characteristics of the intercellular bridges. The metaphases II showed n = 7 or n = 8 = 7 + X chromosomes. Micropholcus fauroti evidenced 2n(.) = 17 = 16 + X in spermatogonial metaphases and 8II+X in diplotenic cells, with only one chiasma per bivalent, contrasting with M. luteus. In both species, all chromosomes were metacentrics. The X sexual chromosome was the largest element and appeared as a univalent during meiosis I. These are the first cytogenetical data for the genera Mesabolivar and Micropholcus. Additionally, M. luteus is the first chromosomally analyzed species of the New World clade and the observed diploid number for M. fauroti had not yet been recorded in Pholcidae.

A infertilidade afeta aproximadamente 15% dos casais, sendo atualmente reconhecido o envolvimento de fatores masculinos em metade dos casos. Alterações nas análises seminais são detectadas na maioria dos homens inférteis e a mais frequente é a baixa concentração de espermatozoides no ejaculado, conhecida como oligozoospermia. Vários estudos mostram uma forte relação entre fatores genéticos e a infertilidade, incluindo alterações cromossômicas e microdeleções do cromossomo Y, porém as causas da oligozoospermia ainda permanecem obscuras. O desenvolvimento de novas tecnologias de investigação vem possibilitando a detecção de alterações a nível genômico, como mutações e variações no número de cópias (CNVs). O presente trabalho teve por objetivo a caracterização genômica de homens com oligozoospermia sem causa definida, visando estabelecer correlação entre alterações no número de cópias e perdas de heterozigosidade (LOHs) e o fenótipo de infertilidade. Foram selecionados 18 pacientes após rigorosa avaliação clínica e investigação do histórico reprodutivo, sendo excluídos pacientes portadores de alterações cromossômicas e portadores de microdeleções do cromossomo Y. Seis homens comprovadamente férteis foram selecionados para o grupo controle. A investigação genômica de ambos os grupos, amostral e controle, foi realizada pela técnica de hibridação genômica comparativa em microarranjos (aCGH) utilizando a plataforma de resolução 180K (Agilent®,US), analisada pelo software Nexus 8.0. Foram detectadas alterações possivelmente patogênicas no cromossomo Y, no cromossomo X e em autossomos. Um ganho na região de AZFc envolvendo apenas os genes DAZ1 e DAZ4 foi detectado em nove pacientes e em quatro controles, sendo classificado como alteração benigna. Porém, alterações na região de AZFc possivelmente relacionadas ao fenótipo de oligozoospermia foram detectadas em três pacientes e incluíram extensas duplicações e deleções envolvendo, entre outros genes, as quatro cópias do gene DAZ. Após comparação de regiões selecionadas com a literatura e com diferentes bancos de dados genéticos, sugerimos que os genes PLEC, SPATC1, COL1A1, MOV10L1, SYCE3 e ODF3B possam estar associados a alterações na produção espermática. Adicionalmente, entre os doze miRNAs presentes em regiões de LOH possivelmente relacionadas ao fenótipo de infertilidade, dez têm como alvo genes com funções relacionadas à espermatogênese e reprodução humana. Estudos adicionais a nível de expressão e sequenciamento gênico são necessários para confirmar a correlação entre o genótipo e o fenótipo de oligozoospermia. / Infertility affects about 15% of the couples, and it is currently recognized, that male factors are involved in about 50% of cases. Changes in seminal parameters are detected in most infertile men and the most common alteration, known as oligozoospermia, is a low concentration of sperm in the ejaculate. Several studies show a strong relationship between genetic factors and infertility, including chromosomal abnormalities and microdeletions of Y chromosome, however, the causes of oligozoospermia remain unclear. The development of new research technologies has allowed the detection of changes at genomic levels, such as mutations and copy number variations (CNVs). This study aimed to perform a genomic characterization of patients with idiopathic oligozoospermia to determine whether there is a correlation between changes of copy number and losses of heterozygosity (LOHs) in relation to the phenotype of infertility. Eighteen patients were selected for the cases after rigorous clinical examination and investigation of their reproductive history. Patients with chromosomal abnormalities or microdeletions of the Y chromosome were excluded. Six proven fertile men comprised the control group. Genomic investigation of both groups was performed by microarray comparative genomic hybridization (aCGH) using 4X180K platform (Agilent, US) analysed by Nexus 8.0 software. Potential pathogenic changes were detected on Y chromosome, as well as on the X and autosome chromosomes. A gain in AZFc region involving only DAZ1 and DAZ4 genes was detected in nine patients and four controls, and was considered as benign. However, changes in AZFc region, that could be related to the oligozoospermia phenotype were detected in three patients. These changes included extensive duplications and deletions involving the four copies of the DAZ gene together with copy number changes affecting other genes. After comparing the selected regions with the literature and with different databases, we suggest that changes such as LOH affecting PLEC, SPATC1, COL1A1, MOV10L1, SYCE3 and ODF3B genes may influence sperm production. Our analysis indicates that, ten out of the twelve miRNAs present in LOH regions could be involved in the infertility phenotype and could have target genes with functions related to spermatogenesis and human reproduction. Additional studies involving gene sequencing and expression analysis are needed to confirm the the correlation between the genotype and oligozoospermia phenotype.

Cette thèse part de la proposition d’une rencontre possible entre psychanalyse et génétique médicale par le biais des soins offerts aux enfants porteurs de syndromes génétiques, notamment le syndrome de l’X fragile. Nous avons trouvé dans les recherches en épigénétique une voie de rapprochement de ces différents champs du savoir. L’idée selon laquelle l’environnement est capable de modifier l’expression des gènes représente la rupture d’un certain déterminisme génétique autrefois accepté, et ouvre un espace où penser la singularité. Notre travail propose d’élargir le concept d’environnement, en y considérant la relation de l’enfant avec l'Autre, lieu du langage, comme opérateur de marques sur son corps : marques symboliques, constituées dès le tout début de la rencontre de l’infans et de ceux qui s’occupent de lui. C’est justement dans cet espace d’échange avec l'Autre qu’a lieu l’émergence d’un sujet. Nous avons opté pour les concepts de sujet et de transfert pour soutenir l’articulation de la clinique psychanalytique et de la génétique médicale en ce qui concerne le traitement. Nous avons donc exposé trois cas cliniques issus de notre pratique, d’enfants traversés par le diagnostic de l’X fragile afin d’illustrer de quelle manière les conceptions de sujet et de transfert se reflètent dans la clinique. Tenant compte que la psychothérapie est également prise comme objet d’étude de l’épigénétique, et qu’elle est donc considérée comme un environnement capable de provoquer, voire de renverser des marques épigénétiques, l’enjeu de notre travail repose sur la proposition suivante : et pourquoi pas la psychanalyse également ? La psychothérapie psychanalytique, ancrée sur le transfert, ne peut-elle pas, elle aussi, laisser des marques sur le petit patient ? / The current thesis assumes a possible encounter between psychoanalysis and medical genetics based on the treatment applied to children carrying genetic syndromes such as the Fragile X Syndrome. Epigenetic studies are a way to approximate different knowledge fields. The assumption that the environment is able to change gene expression strays from the genetic determinism we once believed and opens the way for us to reason about singularity. The proposition in the present study lies on expanding the concept of environment, by taking into consideration the relation between the child and the Other in the environment in question, as well as the place of language as the operator marking the child’s body. These symbolic marks start emerging in the first encounter between the infans and caregivers. The subject emerges precisely within an environment of exchanges that is set with the Other. The concepts of subject and transference were chosen to support the treatment articulation between psychoanalytic clinic and medical genetics. Thus, the present study reports three clinical cases followed by the authors, which involved children diagnosed with fragile X syndrome. These cases illustrate how the aforementioned concepts affect the clinical practice. Since psychotherapy has also been taken as the object of epigenetic studies, and as it is considered an environment able to cause, and even reverse, epigenetic marks, the current study relies on the following proposition: why not psychoanalysis as well? Can the psychoanalytic psychotherapy, anchored in the concept of transference, leave marks on the little patient too? / Esta tese parte da proposição de um encontro possível entre psicanálise e genética médica através do tratamento oferecido às crianças com síndromes genéticas, notadamente a Síndrome do X Frágil. Encontramos nas pesquisas em epigenética uma via de aproximação entre os distintos campos de saber. A ideia de que o ambiente é capaz de alterar a expressão dos genes quebra com um certo determinismo genético outrora acreditado, abrindo espaço para se pensar a singularidade. Nosso trabalho propõe a ampliação do conceito de ambiente, considerando nele a relação da criança com o Outro, lugar da linguagem, como operadora de marcas no seu corpo: marcas simbólicas, constituídas desde os primórdios do encontro do infans com seus cuidadores. É justamente nesse ambiente de trocas com o Outro que se dá a emergência de um sujeito. Os conceitos de sujeito e transferência foram escolhidos para sustentarmos a articulação da clínica psicanalítica com a genética médica no que concerne o tratamento. Assim, expusemos três casos clínicos oriundos de nossa prática, de crianças atravessadas pelo diagnóstico de X frágil no intuito de ilustrar de que forma as concepções de sujeito e transferência incidem na clínica. Levando-se em conta que a psicoterapia tem sido igualmente tomada como objeto de estudo da epigenética, sendo, desta forma, considerada como ambiente capaz de provocar e até mesmo reverter marcas epigenéticas, a aposta de nosso trabalho repousa na seguinte proposição: e por que não a psicanálise também? Será que a psicoterapia psicanalítica, ancorada na transferência, não pode ela também provocar marcas no pequeno paciente?

Produzidos pela inserção ou deleção de um ou mais nucleotídeos em um ou ambos os cromossomos homólogos, os marcadores InDel são os polimorfismos mais abundantes depois dos SNPs. Apresentam baixa taxa de mutação quando comparados a outros polimorfismos, ampla distribuição no genoma, simples e rápida genotipagem e frequências alélicas diferentes entre populações distintas. Além disso, uma aplicação relevante dos InDel é a possibilidade de se direcionar a amplificação de sequências alvo específicas, através do desenho de primers que se ligam com regiões de interesse e amplifiquem alelos específicos em um lócus, capacidade esta que melhora a detecção e quantificação do DNA, inclusive do DNA fetal na circulação materna. Apesar de marcadores autossômicos serem os mais utilizados para estudos de mistura em populações, o cromossomo X tem ganhado significativa importância em estudos populacionais e de genética forense, graças ao seu padrão especial de transmissão, a uma deriva genética menor e à sua menor taxa de recombinação. Dessa forma, marcadores genéticos do cromossomo X têm potencial de apresentar parâmetros forenses mais eficientes do que autossômicos em casos de investigação complexa de parentesco, complementar informações fornecidas pelos autossomos e permitir identificar haplótipos com mais facilidade. Neste trabalho, propomos a seleção e descrição formal de um número adequado de lócus do tipo InDel bialélicos ligados ao cromossomo X que possam ser aplicados em estudos de análises populacionais, a fim de complementar os trabalhos de padronização de conjuntos de InDel autossômicos anteriormente desenvolvidos neste laboratório. Foram selecionados sete lócus do cromossomo X que formam dois blocos de haplótipos. Primers flanqueadores e inserção-específicos desenhados para estes lócus tiveram suas condições de PCR convencional padronizadas e foram aplicados na análise fenotípica de uma amostra da população urbana brasileira, composta por 80 trios (Mãe-Filha(o)-Pai), para estimar parâmetros populacionais e de interesse forense. A estimativa das frequências alélicas dos lócus revelou que o alelo inserção é mais frequente para todos os lócus estudados, com exceção do lócus MIDX550. Foram encontrados 60 haplótipos, com o mais frequente correspondendo a 7,5%. Os parâmetros forenses gerados com base nestes lócus estudados mostraram-se eficazes, todos com heterozigose acima de 0,2. Não é possível fornecer afirmações definitivas sobre a paternidade com estes lócus, uma vez que não foi encontrado nenhuma Probabilidade Média de Paternidade W > 99,99%. Entretanto, se combinados com outras informações que aumentem seu poder de discriminação, integrados em painéis e combinados com marcadores autossômicos, os lócus analisados neste trabalho são capazes de fornecer alta informatividade na identificação humana, ancestralidade e quantificação e dosagem de misturas desbalanceadas de DNA. / Originated by the insertion or deletion of one or more nucleotides in one or both homologous chromosomes, InDel markers are the polymorphisms more abundant after SNPs. They have a low mutation rate when compared to other polymorphisms, wide spreading in the genome, simple and rapid genotyping and distinct allelic frequencies between different populations. In addition, a relevant application of the InDel is the possibility to target a specific sequence in PCR, by designing primers that anneal to the regions of interest and amplify specifics alleles in that locus, which improves the DNA detection and quantification in DNA mixtures situations, including fetal DNA in the maternal circulation. Despite being the autosomic markers the most used for DNA mixtures in populations studies, the X chromosome has significant importance in population and forensic genetics studies, thanks to its special transmission pattern, to a lesser genetic drift and to the lower recombination rate. Thus, the genetic markers of the X chromosome have the potential to generate more efficient parameters than the autosomal ones in cases of complex kinship invetigation, adding information in that provided by the autosomes and allow haplotypes with more easily identification. In this work, we propose the selection and formal description of a set of biallelic X-InDel loci that can be applied in population analysis, to complement the standardization work of autosomes InDel sets previously developed in this laboratory. Seven loci of the X chromosome forming two haplotypes blocks were selected. We standardized flanking and insertion-specific primers designed for these loci in conventional PCR conditions. Then, these primers were applied in the phenotypic analysis of a brazilian urban population sample, composed of 80 trios (MotherChild-Father), to estimate the population and forensic interest parameters. The estimation of allele frequencies of loci showed that the insertion allele is more frequent for all the loci studied, with the exception of the MIDX550 locus. Sixty haplotypes were found, most frequently corresponding to 7.5%. The forensic parameters generated for these loci were effective, all with heterozygosis above 0.2. It was not possible to provide statements about paternity with these loci, since no Average Paternity Probability W> 99.99% was found. However, combined with other information that increase its power of discrimination, integrated in panels and combined with the autosomal markers, the analyzed loci in this work are able to provide high informativity for human identification, ancestrality and quantification and dosage of unbalanced DNA mixtures.

Hematopoietic tumors are the most common neoplastic disorders in felines. Many of these tumors are associated with infection by feline leukemia virus (FeLV) and one of the described mechanisms is the integration of viral material into the feline genome, which can lead to genomic instability and consequent alteration of genes related to proliferation control and cell death. When larger DNA fragments are affected, such changes can be observed by cytogenetic analysis. The present study aimed to observe cytogenetic changes in felines with hematopoietic neoplasms. The study was performed in eight felines, seven of them with a diagnosis of leukemia or lymphoma. The control consisted of a healthy feline FeLV negative with normal karyotype. At least 10 metaphases of each animal were analyzed. Additionally, 1000 lymphocytes of these two patients, were analyzed and classified cytologically by their viability (necrosis, apoptosis), mitotic state (mononuclear, binucleate (BN), mitotic multinucleate) and their chromosomal damage or instability state (presence of micronucleus (MN) in mononuclear, binucleate, as well as nuclear buds (NBUD). The results of this observation were statistically analyzed by the Wilcoxon paired test. In this chromosomal analysis two of these animals presented monosomy of the E3 chromosome, one with diagnosis of acute myeloid leukemia of the M6a (LMA-M6a) FAB subtype and another with multicenter lymphoma (LM). There were significant differences in LMA-M6a scores (N = 7, Z = 2.36, p = 0.01) and LM scores (N = 8, Z = 2.52, p = 0.01) when group control. However, there was no difference between AML and lymphoma (N = 8, Z = 0.07, p = 0.94). The E3 chromosome has 1401 genes, several related to cell cycle control (Plk1, Sun, Mad1l1, Mcm7), DNA repair (Pms2, Usp42), tumor suppression (Bcl7b). The loss of DNA fragments, such as the loss of the E3 chromosome in the two patients described, led to the haploinsufficiency of important genes for the cell cycle, and this could be a cause of genomic instability and consequently susceptibility to the development of cancer. The observation of cytogenetic alterations, in this way, allows a better understanding of the cancer in the feline species and translational research. / Os tumores hematopoiéticos são os distúrbios neoplásicos mais comuns em felinos. Muitos desses tumores estão associados à infecção pelo vírus da leucemia felina (FeLV) e um dos mecanismos descritos é pela integração de material viral no genoma felino, que pode levar à instabilidade genômica e consequente alteração de genes relacionados com o controle da proliferação e morte celular. Quando fragmentos maiores de DNA são afetados, tais alterações podem ser observadas pela análise citogenética. O presente estudo objetivou observar as alterações citogenéticas em felinos com neoplasias hematopoiéticas. O estudo foi realizado em oito felinos, sete destes com diagnóstico de leucemia ou linfoma. O controle foi constituído por um felino saudável FeLV negativo com cariótipo normal. Foram analisadas no mínimo 10 metáfases de cada animal. Adicionalmente, destes dois pacientes foram analisados 1.000 linfócitos e classificados citologicamente pelo seu estado de viabilidade (necrose, apoptose), seu estado mitótico (mononucleado, binucleado (BN), multinucleado, mitótico) e seu dano cromossômico ou estado de instabilidade (presença de micronúcleo (MN) em célula mononucleada, binucleada, bem como brotos nucleares (NBUD). Os resultados dessa observação foram analisados estatisticamente pelo teste pareado de Wilcoxon. Nesta análise cromossômica dois destes animais apresentaram monossomia do cromossomo E3, um com diagnóstico de leucemia mieloide aguda do subtipo FAB M6a (LMA-M6a) e outro com linfoma multicêntrico (LM). Houve diferença significativa nas contagens de LMA-M6a (N=7; Z=2,36; p=0,01) e de LM (N=8; Z=2,52; p=0,01) quando comparados com o grupo controle. No entanto, não houve diferença entre LMA e linfoma (N=8; Z=0,07; p=0,94). No cromossomo E3 são descritos 1401 genes, sendo vários relacionados com controle de ciclo celular, (Plk1, Sun, Mad1l1, Mcm7), reparo de DNA (Pms2, Usp42) e supressão tumoral (Bcl7b).A perda de fragmentos de DNA, como o cromossomo E3 nos dois pacientes descritos, que leva a haploinsuficiência de genes importantes para o ciclo celular, poderia ser a causa de instabilidade genômica e, consequentemente suscetibilidade ao desenvolvimento do câncer. A observação de alterações citogenéticas, dessa forma, possibilita o melhor entendimento do câncer na espécie felina e serve como subsídio para a pesquisa translacional.

The slave trade across the Atlantic brought an estimated four million Africans to Brazil since the beginning of the XVI century until mid-XIX century, thus contributing to the significant miscegenation of Brazil s population. The current genetic condition is a result of the interbreeding process between the Native American (Amerindian), European populations and the African population. Presently, despite this population s elevated heterogeneity, small isolated groups can still be found, as is the case of the Quilombolas, who are the product of the resistant movement against slavery imposed by Portuguese colonization. With the objective of conducting research of the genetic composition and the origin of paternal lineages in nine Afro-descendent communities of Alagoas, Brazil, 15 Y-SNP markers were analyzed by applying the SNaPshot (Applied Biosystems) method. Utilizing the updated nomenclature of the Y-Chromosome Phylogenetic Tree, it was possible to identify nine haplogroups of the Y-Chromosome in a total of 209 individuals. The calculated genetic diversity ranged from 0.2000 to 0.7190, thus evidencing against a standardized composition of this population. As a result of patriarchal domination of the Portuguese economic model of colonization in Brazil, haplogroup R1b1b2*-M269, of European origin, was observed in all populations at a frequency of 5.26 - 79.17%. Haplogroup F*(xK)-M213 was found at a rate of 4.17% and 36.84%, suggesting an origin of European male ancestry in these individuals. Seven populations corresponded to haplogroup E1b1a1*-M2, of Sub-Saharan African descent, which presented a frequency above Alagoas population diversity, varying from 13.3% to 90.0%. However, Q1a3a*-M3, of the Amerindian group was observed in only 2 chromosomes. Sub-clades of Haplogroup E, of African descent, including E1b1b1b1*M81, E1b1b1a1*-M78 and E1b1b1c*-M123 were considerably frequent among the Portuguese. Applying AMOVA test, occurrences of heterogeneity among Alagoas Quilombola population (FST=0.23964, P=0,00000±0,00000) were verified, had a genetic intrapopulation variation of 23.96%. The study revealed no significant genetic variances between populations from Alagoas, Rio de Janeiro, Portugal and the Quilombola populations of Jacu, Palmeira dos Negros, Paus Pretos, Poços do Lunga and Carrasco. However, Cajá dos Negros, Muquém, Filus and Povoado Cruz presented distinct genetic constituents, thereby highlighting the hypothesis that the aforementioned communities were originally places of refuge for slaves. An analysis of hierarchies pertaining to Y-SNP markers improved the basis of knowledge of Afro-descendant populations in Alagoas, and in union with historical and anthropological facts and demographics, establishes itself as an important instrument in the field of population genetics. / O tráfico de escravos no Atlântico trouxe cerca de quatro milhões de africanos para o Brasil desde o início do século XVI até meados do século XIX, contribuindo para demasiada miscigenação da população brasileira. O cenário genético atual é resultante do processo de mistura entre a população nativa americana (ameríndios), as populações européias e de origem africana. Atualmente, apesar da elevada heterogeneidade desta população, pequenos grupos humanos isolados ainda podem ainda ser encontrados, como é o caso das populações remanescentes de quilombos, fruto da resistência ao regime escravista imposto na então colônia pelos portugueses. Objetivando estudar a composição genética e a origem das linhagens paternas em 9 comunidades afro descendentes de Alagoas, Brasil, foram analisados 15 marcadores Y-SNPs pelo método SNaPshot (Applied Biosystems), possibilitando a identificação de 9 haplogrupos do cromossomos Y em um total de 209 indivíduos, de acordo com a nomenclatura atualizada da Árvore Filogenética do Cromossomo Y. A estimativa de diversidade genética variou de 0,2000 a 0,7190, atestando não haver uniformidade na composição genética destas populações. De origem européia, o haplogrupo R1b1b2*-M269 foi observado em todas as populações, com frequências entre 5,26 - 79,17%, resultado da dominação patriarcal resultante do modelo econômico português de colonização do Brasil. O haplogrupo F*(xK)- M213 foi encontrado com frequências entre 4,17 e 36,84%, sugerindo origem européia aos ancestrais masculinos destes indivíduos. Sete populações apresentaram para o haplogrupo E1b1a1*-M2, de origem subsaariana, frequências acima das observadas na população miscigenada de Alagoas, variando entre 13,3% e 90,0%. Já Q1a3a*-M3, característico de ameríndios, foi observado apenas em 2 cromossomos. Foram observados ainda E1b1b1b1*-M81, E1b1b1a1*-M78 e E1b1b1c*-M123, ramos do haplogrupo E, de origem africana, porém apresentando frequências consideráveis entre os portugueses. Usando o teste de AMOVA, verificou-se a ocorrência de heterogeneidade entre as populações quilombolas de Alagoas (FST=0,23964, P=0,00000±0,00000), com variação genética interpopulacional de 23,96%. O estudo revelou não haver distâncias genéticas significativas entre as populações de Alagoas, Rio de Janeiro, Portugal e as populações quilombolas de Jacu, Palmeira dos Negros, Paus Pretos, Poços do Lunga e Carrasco, enquanto que Cajá dos Negros, Muquém, Filus e Povoado Cruz apresentam-se com distintas constituições genéticas, reforçando a hipótese de que estas comunidades foram originadas de locais de refúgio de escravos. As análises hierárquicas com marcadores Y-SNPs aprimoraram o conhecimento sobre as populações afro descendentes de Alagoas e, em conjunto com dados históricos, demográficos e antropológicos, constituem uma importante ferramenta na área da genética de populações.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-31 / We report here on a girl who, despite her 45,X/46,X,der(Y) karyotype, showed no signs of virilization or physical signs of the Ullrich-Turner syndrome [UTS], except for a reduced growth rate. After prophylactic gonadectomy due to the risk of developing gonadoblastoma, the gonads and peripheral blood samples were analyzed by fluorescence in situ hybridization [FISH] and polymerase chain reaction [PCR] to detect Y-specific sequences. These analyses allowed us to characterize the Yderived chromosome as being an isodicentric Yp chromosome [idic(Yp)] and showed a pronounced difference in the distribution of the 45,X/46,X,idic(Yp) mosaicism between the two analyzed tissues. It was shown that, although in peripheral blood almost all cells (97.5%) belonged to the idic(Yp) line with a duplicated SRY gene, this did not determine any degree of male sexual differentiation in the patient, as in the gonads the predominant cell line was 45,X (60%). / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-29T21:44:32Z No. of bitstreams: 1 Taisa Manuela Bonfim Machado. Migração estrutura populacional Tese 2012.pdf: 1095441 bytes, checksum: 16e3cea3a6b286c226470a459e5720fb (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-29T21:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Taisa Manuela Bonfim Machado. Migração estrutura populacional Tese 2012.pdf: 1095441 bytes, checksum: 16e3cea3a6b286c226470a459e5720fb (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A migração é o fator evolutivo capaz de dispersar a diversidade genética entre populações, inserindo novas características fenotípicas e genotípicas. A dinâmica matrimonial, juntamente como a estrutura da população são fatores que podem alterar a frequência destas características. Exemplo dessas características são as doenças genéticas, onde a frequência e distribuição destas auxilia na compreensão da influência de fatores evolutivos em uma população. No município de Monte Santo, localizado no interior da Bahia, foram encontradas doenças genéticas com elevada frequência, como mucopolissacaridose do tipo VI e fenilcetonúria. Existem evidências que algumas doenças mostram associação entre a raça e o risco de sua ocorrência. Dados moleculares mostraram que na Bahia a contribuição africana é de 47,2%, entretanto, dados baseados em classificação fenotípica apontam para o aumento da contribuição europeia com o afastamento do litoral. Para inferir a origem de algumas doenças genéticas em Monte Santo foram analisados marcadores informativos de ancestralidade autossômicos (AT3-I/D, APO, PV92 e SB19.3 genotipados por PCR; GC*1F e GC*1S por PCR/RFLP; e os marcadores FYnull, CKMM e LPL por PCR em tempo real) e marcadores uniparentais do mtDNA (sequenciamento da região HVS-I) e do cromossomo Y (marcador YAP por PCR; DYS 199, 92R7 e M207 por PCR/RFLP; e M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 por sequenciamento). Assim, através da identificação da origem desses marcadores foi possível inferir a contribuição das populações que formaram a população de Monte Santo, e a origem de algumas das alterações gênicas responsáveis pelas doenças genéticas aqui estudadas (síndrome de Treacher Collins, hipotireoidismo congênito, fenilcetonúria, mucopolissacaridose tipo VI, surdez hereditária não sindrômica e osteogênese imperfeita). Os dados do cromossomo Y e dos autossômicos apontam para maior contribuição europeia, e os resultados dos marcadores mitocondriais para elevada contribuição africana e ameríndia. A elevada contribuição europeia tanto paterna quanto autossômica sugere origem europeia para as mutações c.35delG e R252W, responsáveis por aproximadamente 24% dos casos de surdez hereditária não sindrômica e por todos os casos de fenilcetonúria, respectivamente. A mucopolissacaridose do tipo VI tem como causa a mutação p.H178L, a presença desta alteração apenas em pacientes brasileiros, que compartilham o mesmo haplótipo intragênico sugere origem autóctone. Além de marcadores moleculares também foram analisados os tipos de casamentos (endogâmicos, exogâmicos e entre imigrantes) e sua frequência no município. Foi observada elevada frequência de casamentos endogâmicos e baixa taxa de migração, sugerindo crescimento populacional interno. Além disso, a maioria da população reside em povoados, cujo tamanho varia de 113 a 582 pessoas por povoado. Nesta cidade 80% da população tem renda mensal equivalente a meio salário mínimo, o que explica a baixa taxa de migração por ausência de atrativos econômicos. Avaliando os casamentos dentro das genealogias dos afetados é possível observar que a maioria deles é filho de pais consanguíneos. Estes resultados mostram que o elevado grau de endogamia e endocruzamento assim como possível efeito fundador e deriva genética estão associados ao aumento da frequência e manutenção das doenças genéticas neste município. / Migration is the evolutionary factor able to disperse the genetic diversity among populations, inserting new phenotypic and genotypic characteristics. The dynamic of marriage and population structure are factors that may maintain or eliminate these characteristics. Examples of these traits are genetic diseases, where the frequency of these helps in understanding the evolutionary factors influence in a population. In Monte Santo city, situated in county of Bahia, were found genetic diseases with high frequency such as mucopolysaccharidosis type VI and phenylketonuria. It has been shown that some diseases have an important racial factor in determining risk of its occurrence. Molecular results show that in Bahia the African contribution is 47.2%. However, phenotypic classification data show an increase of European contribution with the distance from the coast. To infer the origin of some genetic disease in Monte Santo were analyzed autosomal ancestry informative markers (AT3-I/D, APO, PV92 and SB19.3 genotyped by PCR, GC*1F and GC*1S by PCR/RFLP and FYnull, CKMM and LPL genotyped by real time PCR) and uniparental markers of mtDNA (sequencing of the HVS-I region) and the Y chromosome (YAP marker by PCR; DYS199, 92R7 and M207 by PCR/RFLP, and M60, PN2, PN3, M34, M89, M9 by sequencing). Thus, by identifying the origin of these markers was possible to infer the contribution of the populations that formed Monte Santo, and the origin of some genetic mutations responsible for genetic diseases studied here (Treacher-Collins syndrome, congenital hypothyroidism, phenylketonuria, mucopolysaccharidosis type VI, hereditary non-syndromic deafness and osteogenesis imperfecta). The Y chromosome and autosomal results indicate greater European contribution, and the results from mtDNA show high contribution of African and Amerindian contribution. The high European contribution both paternal and autosomal suggests European origin for the c.35delG and R252W mutations, responsible for approximately 24% of cases of hereditary non-syndromic deafness and all phenylketonuria cases, respectively. The mucopolysaccharidosis type VI is caused by p.H178L mutation, the presence of this mutation only in Brazilian patients, who share the same intragenic haplotype suggest an autochthonous origin. In addition to molecular markers were also analyzed the types of marriages (endogamic, exogamous and between immigrant) and how often they occur in the city. We observed a high frequency of endogamic marriages and low migration rates, suggesting internal population growth. The population of Monte Santo is characterized by division into villages, where the majority of the population, the number of inhabitants varies from 113 to 582 people per village. In this city 80% of the population has income equivalent to half the minimum wage, which reinforces the absence of compelling economic and low migration rate. Evaluating the marriages inside the genetic diseases pedigree families can be observed that most of those affected are children of consanguineous parents. These results suggest that the high degree of inbreeding as well as the occurrence of founder effect and genetic drift were associated with increased frequency and maintenance of genetic diseases in the city.