Metagenômica é a técnica que permite analisar os genomas de microorganismos que habitam determinados nichos do ambiente sem a necessidade de isolar e cultivar cada um separadamente. Ao conjunto de microorganismos que habita um determinado nicho se dá o nome de microbi- oma. Análises do perfil da diversidade taxonômica e funcional de comunidades microbianas em microbiomas são comuns em estudos de metagenômica. No entanto, atualmente as plata- formas de uso geral (como MG-RAST e IMG/M) tendem a separar as análises baseadas em reads (sequências não montadas) das baseadas em contigs (sequências montadas), isto dificulta as análises destes dados. Motivado por esta separação, desenvolvemos uma plataforma web, batizada de CARAVELA, que facilita a conexão entre os resultados de análises de diversidade taxonômica e funcional baseadas em reads e contigs respectivamente. Uma das principais fun- ções da plataforma CARAVELA é associar a identificação taxonômica de cada read com o contig que este read faz parte e, anotações funcionais do contig, quando existirem. Essa função deve permitir a rápida identificação de contigs potencialmente quiméricos bem como contigs taxonomicamente bem resolvidos. Também é possvel fazer buscas, tais como: listar todos os contigs que tenham um ou mais reads classificados como Pseudoxanthomonas suwonensis em sua composição e ainda, é possvel navegar nos contigs de maneira similar a navegadores de metagenomas tradicionais. Podem ser utilizados como arquivos de entrada a sada de outros programas, desde que o formato atenda certos padrões. A plataforma CARAVELA foi desenvol- vida com Java, HTML, CSS, Javascript e Mysql, e com o fim de testar a ferramenta, utilizamos o conjunto de dados metagnômicos obtidos a partir da operação de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo. / The taxonomic diversity analysis (read-based) and functional analysis (contig / gene-based) from metagenomic studies usually generate information that is complementary. However, the tools that produce gene annotations (eg IMG / M) and taxonomic assignments (eg MyTaxa) do not allow easy integration of these results. Motivated by this split, we are develop a web platform called Caravela to facilitate the integration, search and visualization of information provided by read-based analyzes and contig / gene-based analyzes. The tool is able to display the list of contigs and for each contig, it displays annotated genes, reads participating in its composition and rate associated with each read (when such association exists). Such a capability enable manual / automated curation of assembly as well as taxonomic assignments (detection of possible mis-assignments). The platform able to accept output files from a variety of tools, as long as the file formats follow certain standards. The tests was performed on a dataset of metagenomic reads obtained from the composting operation of the São Paulo Zoological Park. The tool was implemented using Java technology, HTML, CSS and Javascript. Information was stored in a MySQL database.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:47:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaLFM.pdf: 903790 bytes, checksum: 70d26a43bc5418b76d2ecdc1716d862c (MD5) Previous issue date: 2008-06-09 / Aspect Oriented approaches associated to different activities of the software development process are, in general, independent and their models and artifacts are not aligned and inserted in a coherent process. In the model driven development, the various models and the correspondence between them are rigorously specified. With the integration of aspect oriented software development (DSOA) and model driven development (MDD) it is possible to automatically propagate models from one activity to another, avoiding the loss of information and important decisions established in each activity. This work presents MARISA-MDD, a strategy based on models that integrate aspect-oriented requirements, architecture and detailed design, using the languages AOV-graph, AspectualACME and aSideML, respectively. MARISA-MDD defines, for each activity, representative models (and corresponding metamodels) and a number of transformations between the models of each language. These transformations have been specified and implemented in ATL (Atlas Definition Language), in the Eclipse environment. MARISA-MDD allows the automatic propagation between AOV-graph, AspectualACME, and aSideML models. To validate the proposed approach two case studies, the Health Watcher and the Mobile Media have been used in the MARISA-MDD environment for the automatic generation of AspectualACME and aSideML models, from the AOV-graph model / As abordagens orientadas a aspectos relacionadas a diferentes atividades do processo de desenvolvimento de software s?o, em geral, independentes e os seus modelos e artefatos n?o est?o alinhados ou inseridos em um processo coerente. No desenvolvimento orientado a, modelos, os diversos modelos e a correspond?ncia entre eles s?o especificados com rigor. Com a integra??o do desenvolvimento orientado a aspectos (DSOA) e o desenvolvimento baseado em modelos (MDD) pode-se automaticamente propagar modelos de uma atividade para outra atividade, evitando a perda de informa??es e de decis?es importantes estabelecidas em cada atividade. Este trabalho apresenta MARISA-MDD, uma estrat?gia baseada em modelos que integra as atividades de requisitos, arquitetura e projeto detalhado orientado a aspectos, usando as linguagens AOV-graph, AspectualACME e aSideML, respectivamente. MARISA-MDD define, para cada atividade, modelos representativos (e metamodelos correspondentes) e um conjunto de transforma??es entre os modelos de cada linguagem. Tais transforma??es foram especificadas e implementadas em ATL (Atlas Definition Language), no ambiente Eclipse. MARISA-MDD permite a propaga??o autom?tica entre modelos AOV-graph, AspectualACME e aSideML. Para validar a abordagem proposta dois estudos de caso, o Health Watcher e o Mobile Media foram usados no ambienteMARISA-MDD para gera??o autom?tica dos modelos AspectualACME e aSideML, a partir do modelo AOV-graph

Made available in DSpace on 2016-08-17T14:52:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alisson lindoso2.pdf: 6722921 bytes, checksum: 2f55fa8a7f109106c015f0307cb7582c (MD5) Previous issue date: 2006-03-10 / The increasing demand of software applications constructed conciliating productivity, low cost and high quality, even in complex and changeable domains, turns necessary the elaboration of techniques and methodologies focusing on development paradigms more suitable for approaching these conflicting features, like the multiagent one. On the other hand, the sotware reuse process promotes the creation of new applications employing reusable software artifacts previously developed. This work introduces MAAEM, an ontology-driven methodology for analysis, design and implementation of multi-agent applications through the reuse of models and components that represent the requirements of a family of applications in a domain as well as the corresponding agent-oriented solutions to these ones. ONTORMAS, an ontology whose instantiation is useful for modeling and representing specific applications developed with MAAEM methodology, is also presented. Two case studies elaborated in order to evaluate the methodology and ontology are also described, exploring the cases with and without reuse, respectively, in the touristic and juridical domains. / A crescente demanda por aplicações de software cuja construção concilie produtividade, baixo custo e alta qualidade, mesmo em domínios complexos e mutáveis, torna necessária a elaboração de técnicas e metodologias que foquem paradigmas de desenvolvimento mais adequados para abordar aquelas características conflitantes, tal como o paradigma multiagente. Por outro lado, o processo de reutilização de software permite promover a criação de novas aplicações empregando artefatos de software reutilizáveis previamente desenvolvidos. Esse trabalho introduz a MAAEM, uma metodologia baseada em ontologias para a análise, o projeto e a implementação de aplicações multiagente através do reuso de modelos e componentes que representam os requisitos de uma família de aplicações em um domínio, assim como as correspondentes soluções orientadas a agentes para tais requisitos. É também apresentada a ONTORMAS, uma ontologia cuja instanciação é útil para modelar e representar aplicações específicas desenvolvidas com a metodologia MAAEM. São descritos ainda dois estudos de caso elaborados no sentido de avaliar a metodologia e a ontologia, explorando os casos com e sem reuso, respectivamente, nos domínios turístico e jurídico.

Desenvolveu-se, pela Universidade de São Paulo, o protótipo de um equipamento submersível de captura para estudo de plâncton. Baseado na técnica shadowgraph, é formado por um feixe de LED infravermelho colimado e uma câmera de alta resolução, executados por um sistema de controle automatizado. Foram utilizados softwares de visão computacional desenvolvidos pelo Laboratório de Sistemas Planctônicos (LAPS) que executam várias tarefas, incluindo a captura e segmentação de imagens e a extração de informações com o intuito de classificar automaticamente novos conjuntos de regiões de interesse (ROIs). O teste de aprendizado de máquina contou com 57 mil quadros e 230 mil ROIs e teve, como base, dois algoritmos de classificação: o Support Vector Machine (SVM) e o Random Forest (RF). O conjunto escolhido para o treinamento inicial continha 15 classes de fito e zooplâncton, às quais foi atribuído um subconjunto de 5 mil ROIs. Os ROIs foram separados em grandes classes de, pelo menos, 100 ROIs cada. O resultado, calculado por meio do algoritmo de aprendizagem RF e SVM e fundamentado no método de validação cruzada, teve uma precisão de 0,78 e 0,79, respectivamente. O conjunto de imagens é proveniente de Ubatuba, no estado de São Paulo. Os perfis verticais elaborados apresentaram diferentes padrões de distribuição de partículas. O instrumento tem sido útil para a geração de dados espacialmente refinados em ecossistemas costeiros e oceânicos. / The University of São Paulo developed an underwater image capture system prototype to study plankton. Based on the shadowgraphic image technique, the system consists of a collimated infrared LED beam and a high-resolution camera, both executed by an automated control system. Computer vision software developed by the research laboratory was used to perform various tasks, including image capturing; image segmentation; and extract information to automatic classify news regions of interest (ROIs). The machine learning test had 57,000 frames and 230,000 ROIs, based on two classification algorithms: Support Vector Machine (SVM) and Random Forest (RF). The chosen set of the initial training had 15 classes of phytoplankton and zooplankton, which was assigned a subset of 5,000 ROIs. Big classes of, at least, 100 ROIs each were organized. The result, calculated by the RF and SVM learning algorithm and based on the cross-validation method, had a 0.78 and 0.79 precision score, respectively. The image package comes from Ubatuba, in the state of São Paulo. The vertical profiles elaborated presented different particles distribution patterns. The instrument has been useful for spatially refined data generation in coastal and oceanic ecosystems.

O crescimento do número de laboratórios acreditados na ISO 17025:2005, ocasionou, por consequência, um aumento na demanda de diversos serviços relacionados a manutenção destes tipos de sistema. Um Item de grande importância da norma ressalta a importância da garantia da qualidade de resultados de ensaio, uma maneira de se verificar isto é através da participação em um tipo de ensaio interlaboratorial conhecido como programa de ensaio de proficiência ou EP. Este tipo de serviços apresentou um crescimento considerável em sua demanda, especialmente no território nacional, devido a um requisito do próprio INMETRO presente na NIT DICLA-026, o qual exige que um laboratório participe de um EP para que o mesmo se torne elegível a obter a sua acreditação em ISO 17025:2005. Com o aumento em sua demanda, surge o interesse por parte dos provedores de ensaios de proficiência de otimizar seus processos sem que os requisitos da qualidade sejam comprometidos. Uma maneira de se atingir este objetivo é através da modernização de seus sistemas de armazenamento de informação e cálculos para um sistema computadorizado. Entretanto o mercado não apresenta ferramentas especialmente desenvolvidas para esta finalidade, e as utilizadas para isto não apresentam todas as características exigidas pelas normas ISO 17025:2005 e ISO 17043:2011 e, para serem utilizadas neste tipo de ambiente, exigem longos processos de avaliação e validação dos sistemas atuais. Em muitos casos o usuário é forçado a utilizar múltiplos softwares ao longo do processo, tornando todo o processo ainda mais passível de erros e, em casos extremos, gerando erros na apresentação de resultados finais. Portanto, surge a necessidade do desenvolvimento de uma ferramenta computacional especializada e desenvolvida com o foco neste tipo especifico de laboratório, atendendo aos requisitos normativos e trazendo características úteis para uma melhor otimização do processo. / The growth in the number of laboratories certified in the ISO 17025:2005 triggered, therefore, an increase in the demand for several services related to the maintenance of these kinds of systems. One very important topic in the standard emphasizes on the importance of the assurance of the quality of the result obtained, which may be verified by participating in a type of interlaboratory tests known as proficiency testing programs or PT. These types of services have grown considerably in demand., especially in the national territory, due to a requirement of INMETRO present on the standard NIT DICLA-026, which demands that laboratories take place on EP to become eligible for an accreditation in ISO 17025:2005. With its increase in demand, it becomes more interesting for proficiency test providers to optimize their systems all the while without compromising their quality, one of the ways of achieving this objective is through and upgrade on their information storage systems and calculation systems to a computerized one. However, the market does not feature specialized tools developed for this specific task, and the ones being used for this goal do not feature all of the characteristics required by the ISO 17025:2005 and ISO 17043:2011 standards, and, therefore, require a long process of evaluation and validation for being used in this type of environment. In a lot of cases its also common that the enterprise is forced to use multiple software\'s throughout the process, making the entire process more susceptible to mistakes and in extreme cases even generating mistakes that might be present on the end results sent to the client. Therefore, the necessity of developing a specialized computer tool arises, one developed focused specifically on these types of laboratories, complying with every requirement made by the standard and bringing with it useful features for a better optimization of the process.

Nas últimas quatro décadas, métodos e algoritmos para análise e formação de arranjos físicos de máquinas, equipamentos, departamentos e serviços auxiliares vêm sendo desenvolvidos para reduzir o fluxo de materiais e o deslocamento de pessoal entre eles, objetivando diminuir custos e aumentar a eficiência do sistema produtivo. Diversos autores têm proposto algoritmos e ferramentas computacionais para aumentar a produtividade do projetista de arranjo físico, mas todos focam em um determinado conjunto de algoritmos, método, ou tipo de arranjo físico. Neste contexto, este trabalho de pesquisa buscou desenvolver um software que atue em um escopo mais amplo que o dessas ferramentas computacionais. A partir de uma estrutura baseada em um framework de aplicação orientado a objeto, o software proposto é capaz de suportar a introdução de novos métodos, algoritmos e ferramentas gráficas para análise e formação dos diversos tipos de arranjos físicos existentes, à medida que estes forem necessários, sem sofrer modificações ou gerar alterações significativas em seu código fonte. Isso permite ao desenvolvedor adaptar facilmente o software proposto às necessidades de um projeto de arranjo físico / In the last four decades, methods and algorithms have been developed to analyse and arrange the layout of machines, equipments, departments, and auxiliary services in order to minimize the movement of people and material flow. It is normally made to reduce costs and improve the production system efficiency. Several authors have proposed computational algorithms and tools to increase productivity of the layout designer, but all of them focus on a limited set of algorithms or methods, or on a particular layout type. In this research work, a computer program with a broader scope than current computational tools has been developed. By adopting a structure based on an object-oriented application framework, the proposed software supports the addition of new methods, algorithms, and graphical tools, which can be applied, as required, on several different layout design types without significant structural or source code changes. It enables the developer to adapt the proposed software for new layout design requirements easily

Engenharia Dirigida por Modelos, ou Model Driven Engineering (MDE), é uma abordagem para desenvolvimento de software a partir de modelos. Código-fonte ou artefatos executáveis são gerados de forma automática, total ou parcialmente, a partir de transformações descritas por funções de mapeamento. Com isso, obtém-se as vantagens de desenvolver software em nível de abstração maior em relação às linguagens de programação tradicionais e da possibilidade de gerar implementações do mesmo sistema para diversas plataformas a partir do mesmo modelo. Uma das áreas de pesquisa da MDE é a formalização de teorias e conceitos relacionados a essa abordagem, tais como modelos, metamodelos, relação de conformidade, operações sobre metamodelos, etc. Embora existam na literatura propostas de formalização, observam-se lacunas e falta de consenso geral, o que leva autores a introduzir suas próprias definições quando desejam apresentar desenvolvimentos ou deduções, as quais nem sempre se encaixam entre si. Alguns autores consideram que, enquanto uma completa formalização de conceitos e relações da MDE não for estabelecida, seus potenciais podem não ser plenamente atingidos. A partir de estudos de proposições existentes na literatura, identificação de lacunas e necessidades, este trabalho apresenta uma proposta de arcabouço teórico para MDE, baseada nas teorias de conjuntos e linguagens, e em lógica de primeira ordem. Conceitos e operações relacionados à MDE são definidos sobre uma base comum e, a partir dela, algumas formulações originais são desenvolvidas, tais como a função de mesclagem de metamodelos e uma definição de modelos executáveis, que podem servir como base para a construção de motores de execução de modelos, consolidando e ampliando o conhecimento da área teórica da MDE. Do ponto de vista de aplicabilidade prática, a proposta é validada por meio de uma ferramenta de prova de conceito, criada também como parte desta pesquisa, e pela apresentação de exemplos de aplicações. / Model Driven Engineering (MDE) is a software development approach in which models are essential artifacts to build software systems. Source code or executable artifacts are automatically generated, completely or partially, by transformations described by mapping functions. Two main advantages can be obtained: software development in a higher level of abstraction than that of traditional programming languages and the possibility of generating implementations of the same system for multiple platforms from the same source model. One of the research fields of MDE is the formalization of theories and concepts related to this approach, such as models, metamodels, conformity relationship, operations over metamodels, etc. Although there are proposals of formalization in the literature, some gaps and a lack of general consensus can be identified, which leads some authors to introduce their own definitions when they want to present their work. These definitions not always fit to each other. Some authors claim that unless a complete formalization of MDE concepts and relations is given, the potentials of this approach may not be fully unfolded. Starting from studies on existing proposals, gaps and requirements, this work proposes a theoretical framework for MDE based on the set theory, language theory and first order logic. Concepts and operations related to MDE are defined over a common basis and some original formulations are developed, such as the metamodel merging function and definitions about executable models, which can be used as a foundation to build model execution engines, consolidating and expanding the theoretical field of MDE. From the applicability point of view, the proposal is validated by a proof-of-concept tool, created as part of this research, and by examples of applications.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-23T15:01:28Z No. of bitstreams: 1 DIS_ILDO_INES_ROBAO_MASSITELA_COMPLETO.pdf: 2008637 bytes, checksum: 895eea8912eb209a16b0a13fa5ec0421 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-23T15:01:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_ILDO_INES_ROBAO_MASSITELA_COMPLETO.pdf: 2008637 bytes, checksum: 895eea8912eb209a16b0a13fa5ec0421 (MD5) Previous issue date: 2016-03-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The proliferation of the use of software on a daily basis from various institutions is an indisputable fact, whether academic institutions, industrial, commercial, among others. This great looking software creates a great pressure environment in academia and software industry regarding the responsiveness of the great demand. The performance assessment can be a major benefit to the institutions, decision-making can contribute in increasing and improving the responsiveness of growing demand. This paper aims to show, based on a case study, the use of stochastic modeling for performance evaluation of a software development team that has the waterfall model based software design. Despite being a model that has been criticized, it has been a feature in various software projects for its rigid structure and focused management. Some of the factors that ensure a good management are very different design phases where one phase does not start without the other has finished and documentation that helps to focus the institutional history over time. / O prolifera??o do uso de softwares no dia a dia de diversas institui??es ? um fato incontest?vel, quer seja institui??es acad?micas, industriais, comerciais, dentre outras. Esta grande procura de softwares cria um ambiente de grande press?o na academia e na ind?stria de software no que se refere a capacidade de resposta da grande demanda. A avalia??o de desempenho pode ser um dos grandes benef?cios para as institui??es, na tomada de decis?es que podem contribuir no aumento e melhoria da capacidade de resposta da crescente demanda. O presente trabalho tem como objetivo mostrar, com base num estudo de caso, a aplica??o de modelagem estoc?stica para avalia??o de desempenho de uma equipe de desenvolvimento de software que tem o modelo de processos Waterfall como base do projeto de software. Apesar de ser um modelo que vem sofrendo cr?ticas, tem sido um recurso em v?rios projetos de software pela sua estrutura r?gida e muito focada no gerenciamento. Alguns dos fatores que garantem um bom gerenciamento s?o as fases do projeto bem distintas, onde uma fase n?o se inicia sem que a outra tenha terminado e o foco para documenta??o que ajuda no hist?rico institucional ao longo do tempo.

O presente trabalho propõe uma Abordagem de Monitoramento e Vigilância do Espaço Aéreo para a Região Amazônica. A Amazônia ocupa mais 50% do território brasileiro e possui áreas inóspitas e cobiçadas internacionalmente. As tecnologias de Vigilância, com base nos conceitos de Comunicação, Navegação e Vigilância para o Gerenciamento do Tráfego Aéreo (Communication, Navigation and Surveillance for Air Traffic Management - CNS/ATM), apoiadas por métodos, técnicas, ferramentas e procedimentos de Engenharia de Software, no atual estado da arte, servem de subsídio a este trabalho. Foram pesquisadas informações relacionadas aos sistemas existentes de vigilância, com o objetivo de verificar quais eram as inovações propostas pelo CNS/ATM em relação ao sistema atual, auxiliando na identificação das principais funcionalidades do Sistema Proposto denominado SIMOVE - Sistema de Monitoramento e Vigilância do Espaço Aéreo. Foi utilizado o Processo Unificado da Rational (Rational Unified Process - RUP), de maneira simplificada e adaptada composto pelas seguintes fases: 1 - Iniciação - responsável pela identificação do protótipo a ser desenvolvido, a qual originou-se um Estudo de Caso, e a partir dele levantou-se os requisitos iniciais; 2 - Elaboração - onde detalhou-se as funcionalidades encontradas na fase anterior de iniciação; 3 - Construção - onde coube o desenvolvimento do protótipo do SIMOVE, e algumas funcionalidades foram implementadas; e 4 - Transição - fase em que ocorreram, por fim, alguns testes para verificação, validação e entrega do Protótipo. Ao longo das fases do RUP foi possível aplicar os principais assuntos pesquisados tais como conceitos de novas tecnologias sobre Vigilância Dependente Automática (Automatic Dependent Surveillance - ADS), abrindo-se as portas para aplicações futuras da Vigilância Dependente Automática por Radiodifusão (Automatic Dependent Surveillance - Broadcast - ADS-B). Dentre as contribuições deste trabalho acadêmico destacam-se a metodológica, a documental, a modelagem, a prototipação e a tecnológica. Conclui-se no presente trabalho sobre a importância da utilização de novas tecnologias como ADS e ADS-B para o auxílio na vigilância aérea, adequando-se o Sistema de Vigilância da Amazônia - SIVAM ao sistema CNS/ATM. Para que ele fosse desenvolvido com sucesso foi fundamental a utilização do RUP apoiado nas tecnologias de Engenharia de Software Auxiliada por Computador (Computer Aided Software Engineering - CASE) em conjunto com as tecnologias ADS e ADS-B, que proporcionaram o desenvolvimento do Protótipo de Sistema Software, que representa um apoio adicional para a capacitação dos profissionais que desejam atuar ou já atuam no domínio do conhecimento do CNS/ATM.

Este trabalho de investigação envolve sistemas de comunicação no campo aeroespacial. Nele, foi desenvolvida uma Estrutura de Comunicação de Dados entre um Órgão de Controle de Tráfego Aéreo e Aeronaves. Ele descreve a necessidade de levantamento e acompanhamento dos mais evidentes e significativos avanços tecnológicos no ambiente de Comunicação, Navegação e Vigilância para o Gerenciamento de Tráfego Aéreo (Communication, Navigation, Surveillance/Air Traffic Management - CNS/ATM) brasileiro, com enfoque nas comunicações por enlace de dados. Ele aborda também as principais dificuldades atuais enfrentadas por controladores de tráfego aéreo e pilotos de aeronaves durante o processo de troca e compreensão de mensagens. Este trabalho pode servir de base para a investigação sobre o desenvolvimento e implementação de aplicativos que diminuam o esforço requerido por controladores e pilotos durante a troca e compreensão de mensagens. Nele, abordou-se tópicos relacionados ao ambiente CNS/ATM, ao controle de tráfego aéreo, aos sistemas de comunicação, à Engenharia de Software, às metodologias para o seu desenvolvimento, às ferramentas de auxílio à criação e às linguagens de programação orientadas a objeto. Nele, foram ainda utilizadas: a Técnica de Modelagem de Objetos (Object Modeling Technique - OMT) adaptada ao padrão da Linguagem de Modelagem Unificada (Unified Modeling Language - UML); e as Ferramentas de Engenharia de Software auxiliadas por computador, propiciando maior agilidade no desenvolvimento. Isso possibilitou a geração dos diagramas e documentação necessários para uma melhor compreensão. A etapa de implementação ocorreu, por meio de ferramentas com recursos visuais para edição e compilação do código, facilitando a geração do Protótipo e a realização de seus testes funcionais. Finalmente, uma Interface Gráfica para o Usuário foi desenvolvida como parte integrante de um Protótipo, para reduzir esforços de comunicação e assegurar o processo de troca e interpretação de mensagens entre Controladores e Pilotos.