Le pronostic des victimes d’arrêts cardiaques traumatiques (ACT) est considéré comme très péjoratif et la « futilité » d’une réanimation est souvent évoquée chez ces patients. Les recommandations internationales concernant leur prise en charge font l’objet d’un réel débat. L’objectif de cette thèse est de fournir des données épidémiologiques à grande échelle de ces patients, de leur prise en charge et de leur survie afin d’orienter les recommandations.Matériel et Méthode : Etude nationale multicentrique basée sur les données du Registre national français des arrêts cardiaques (RéAC). Tous les ACT survenus entre le 01/07/2011 et le 01/01/2016 dont les données étaient disponibles dans la base RéAC étaient inclus. La première étape consistait en la description de la population. La seconde partie consistait en la comparaison de la population d’ACT à une population d’AC médicaux (ACM) avant et après appariement sur score de propension.Résultats : Sur la période choisie, 3303 patients ont été inclus. Trois quarts des victimes d’ACT étaient des hommes et l’âge médian était de 45 ans. L’ACT survenait hors domicile dans 75,9% des cas. Un témoin était présent lors de l’AC dans 54,3% des cas mais ils n’initiaient une réanimation cardiopulmonaire (RCP) que chez 31,8% des victimes. A l’arrivée du SMUR, 86,9% des patients étaient en asystolie, 5,9% présentaient un rythme sans pouls, 1,4% un rythme choquable et 5,8% une activité efficace. Une RCP spécialisée avait été initiée chez 71,3% des patients, au décours ou à l’issue de laquelle 16,5% avaient eu une reprise d’activité cardiaque spontanée. A l’admission, 14,5% étaient en vie. A J+30, 1,5% (n=51) avaient survécu dont 67,4% avec un bon pronostic neurologique. Parallèlement, 48 patients (1,4%) avaient fait l’objet d’un prélèvement d’organes: à cœur arrêté (n=8) ou sur patient en état de mort encéphalique (n=40).Sur la même période, 42628 ACM ont été inclus. Cette population était statistiquement plus âgée, plus féminine et l’ACM survenait davantage à domicile. Les patients étaient plus pris en charge par les témoins, les pompiers et le SMUR. A l’admission comme à J+30, les victimes d’ACM survivaient plus (OR des ACT respectivement 0,629[0,570;0,695]; p<10-3 et 0,253[0,191;0,335]; p<10-3). Après appariement, 2449 paires ont été obtenues. Ainsi, sur populations appariées, les victimes d’ACT survivaient statistiquement moins que les victimes d’ACM. Leurs chances de survie étaient 2,4 fois moindres à l’admission (OR : 0,416[0,359;0,482]; p<10-3) et 6 fois moindres à J+30 (OR : 0,168[0,117;0,241]; p<10-3).Discussion : Les caractéristiques des victimes d’ACT incluses sont comparables à une partie du corpus bibliographique, notamment européen. On constate des faiblesses dans la chaîne de survie qui ont été évoquées par ailleurs. Les taux de survie sont faibles, parfois même en comparaison de la littérature. Cependant, on retrouve des survivants, quels que soient le rythme et les caractéristiques lésionnelles, fait contestant, en particulier, la bibliographie américaine ainsi que les recommandations en découlant. Toutefois, dans un contexte quasi-expérimental, les chances de survie des ACT étaient significativement inférieures aux ACM, contredisant certaines des rares études antérieures. Ainsi, les recommandations européennes qui soulevaient ces lacunes peuvent bénéficier de ce nouvel apport. Les ACT ont des taux de survie significativement inférieurs aux ACM toutes choses égales par ailleurs. Néanmoins, ils suggèrent qu'il n'est pas « futile » de proposer une RCP préhospitalière pour ces patients. Les résultats nous permettent de nous positionner davantage dans le sens proposé par les recommandations européennes qu’en celui proposé par les Etats-Unis. Toutefois, ces nouvelles données pourraient permettre de les affiner. Enfin, Il est important de garder à l’esprit que le don d’organe n’est pas anecdotique dans cette jeune population. / Traumatic cardiac arrests (TCA) prognosis is known to be dismal and resuscitation attempts “futility” is often discussed. Hence, resuscitation international guidelines regarding their care are frequently debated. This PhD work objective is to provide large scale epidemiological data on these patients, on their care and survival in order to bring matter for orientating the forthcoming guidelines.Material and Methods: National multicentre study based on the French national cardiac arrest registry (RéAC) data. All TCA which occurred between the 01/07/2011 and 01/01/2016 for which RéAC data were available were included. The first step consisted in a description of the TCA population. The second one consisted in a comparison of TCA to medical CA (MCA) before and after propensity score matching.Results: On the selected time span, 3303 TCA victims were included. Three quarter of them were males and the median age was 45. TCA occurred out of home in 75,9% cases. Bystander(s)’ presence was recorded in 54,3% cases. Yet, only 31,8% provided a basic life support. At mobile medical teams’ arrival, 86,9% of patients were in asystole, 5,9% had a pulseless electrical activity, 1,4% had a shockable rhythm and 5,8% had an effective activity. An advanced life support was attempted in 71,3% of patients and 15,6% sustained a return of spontaneous activity. At hospital admission, 14,5% were alive. At Day 30, 1,5% (n=51) survived among which 67,4% had a good neurological outcome. Besides, 48 patients (1,4%) gave their organs, in non-beating heart framework (n=8) or in encephalic death organ retrieval framework (n=40).On the same period, 42628 MCA were included. This population was significantly older, more feminine and most of them occurred at home. Patients were more often cared by bystanders, firemen and medical teams. At hospital admission and at 30 days, their survival chances were higher than in TCA population (TCA OR respectively 0,629[0,570;0,695]; p<10-3 and 0,253[0,191;0,335]; p<10-3). After adjustment, TCA survival odds were even lower than in MCA: 2,4 times lower at admission (OR: 0,416[0,359;0,482]; p<10-3) and 6 times lower at day 30 (OR: 0,168[0,117;0,241]; p<10-3). Included TCA characteristics are coherent with a part of the bibliographical corpus, mostly European. We observe weaknesses in the TCA chain of survival which were also described elsewhere. Survival rate are indeed low, sometimes even regarding some other studies. However, we record survivors regardless of initial recorded rhythm of lesional characteristics. This fact particularly questions American literature and guidelines. However, in a quasi-experimental context, TCA odds of survival were significantly lower than MCA, contradicting the scarce literature dealing with this issue. Therefore, European guidelines that raised these shortcomings can henceforth benefit from this new contributionConclusion: TCA have significantly lower survival rates than MCA all things being equal. Still, prehospital life support initiation does not seem futile in these patients. These results enable us to position ourselves more in favour of European guidelines than in American ones. Yet, this new information could help to refine them. Finally, we can also keep in mind that organ donation is not anecdotical in this young population.

La peste des petits ruminants (PPR) et la Pleuropneumonie Contagieuse Caprine (PPCC) causées respectivement par un Morbillivirus (Virus de la Peste des Petits Ruminants) et un mycoplasme (Mycoplasma capricolum subsp. Capripneumoniae) sont deux maladies respiratoires très contagieuses des petits ruminants. La PPR est présente en Afrique, en Asie, au Moyen Orient, et depuis peu en Europe. Sur le continent africain, notamment en Afrique de l’Ouest, elle est en expansion et représente un facteur majeur d’insécurité alimentaire pour la population agricole. La PPCC identifiée au Niger en 1995 n’est que suspectée au Mali sur la base de résultats sérologiques.La PPR est un modèle pour l’étude des maladies transfrontalières car sa diffusion est très étroitement liée aux mouvements régionaux d’animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, contrôle aux frontières etc.).La thèse a pour ambition de clarifier la situation épidémiologique de la PPR et de la PPCC au Mali, notamment pour savoir si ces deux maladies coexistent, afin d’en évaluer le risque pour les filières de production de caprins et de proposer des stratégies de contrôle adaptées. Nous n’avons pas réussi à mettre en évidence la présence de la PPCC au Mali. Pour la PPR, l’objectif de la thèse est de caractériser la diversité génétique de souches collectées en Afrique de l’Ouest et plus particulièrement au Mali en utilisant en première instance le gène partiel de la nucléoprotéine du virus. Nous avons ensuite estimé la diversité et le taux d’évolution du PPRV dans la région à partir de séquences génomiques complètes. Notre étude a montré qu’au Mali ainsi que dans les autres pays de l’Afrique de l’Ouest, trois lignées génétiques du PPRV circulent dont l’une d’elles, la lignée II est dominante dans la région et est caractérisée par une grande diversité génétique transfrontalière. Cette étude démontre également une progression de la lignée IV dans l’Afrique de l’Ouest et la persistance au Mali et au Niger de la lignée I (au moins jusqu’en 2001). Ces résultats reflètent par rapport aux données précédentes connues de la répartition des lignées de PPRV, une intensification des mouvements du bétail dus à l’échange et au commerce de ces animaux, flux qui n’est pas contrôlé entre tous les pays de l’ouest africain. Au Mali, il n’existe aucun moyen de contrôle, de traçabilité et d’identification animale. L’utilisation de la diversité génétique comme marqueur épidémiologique serait un moyen d’améliorer notre connaissance de la diffusion de la PPR et de là son contrôle, plus particulièrement dans les pays d’Afrique de l’Ouest. / Peste des petits ruminants (PPR) and Contagious caprine pleuropneumonia (CCPP) caused respectively by a Morbillivirus and a mycoplasma (Mycoplasma capricolum subsp. Capripneumoniae) are two highly contagious respiratory diseases of small ruminants. PPR is present in Africa, Asia, Middle East, and has just entered Europe. On the African continent, particularly in West Africa, it is emerging and is a major factor of food insecurity for low-income farmers. CCPP, identified in Niger in 1995, is only suspected in Mali on the basis of serological results.PPR is a model for the study of transboundary diseases because its diffusion is closely linked to regional movements of livestock. Understanding this diffusion is an essential condition for the implementation of effective control measures (vaccination, border control, etc.).The aims of our study is to clarify the epidemiological situation of PPR and the CCPP in Mali, including whether these two diseases coexist in order to assess the risk for goat production chains and propose appropriate control strategies.We did not succeed in confirming the presence of the CCPP in Mali. PPR has already been identified in Mali. The aim of our study for PPR is to characterize the genetic diversity and therefore the different lineages that circulate in Mali and, more generally, in the West African sub region by using at first the partial gene of Nucleoprotein of PPRV. We then estimated more accurately the diversity and rate of evolution of the virus in the region from PPRV genomic sequences. Our studies showed that three lineages of PPRV are circulating in Mali and West Africa. The lineage II is dominating and is characterized with a wide genetic diversity and extensive transboundary circulation. We also demonstrate the progression of lineage IV in West Africa and the persistence of lineage I in Mali and Niger (at least until 2001). These results reflect the large flow of uncontrolled livestock trade between all West African countries. In Mali, there is no means of control, traceability and animal identification. The use of genetic diversity as an epidemiological marker is an effective means of controlling the spread of PPR in these West African countries.

Les salmonelles sont la première cause bactérienne d'infections d'origine alimentaire en France. Ces pathogènes zoonotiques sont présents dans de nombreuses sources animales et font l'objet d'une lutte dès l'élevage. Ainsi, identifier la contribution relative des différentes sources aux cas humains est essentiel pour mettre en place une politique de lutte efficace. L'outil bayésien d'attribution par typage microbiologique qui permet de déterminer le nombre de cas liés à chaque source est pour cela particulièrement adapté. Le principe du modèle consiste à comparer la distribution de types microbiologiques (sérotypes et sous-types), parmi les cas humains et dans les sources animales, en pondérant par les quantités des sources consommées et en tenant compte des spécificités des sources et des types. Les objectifs des travaux de thèse étaient d'identifier et collecter les données nécessaires pour appliquer un tel modèle et d'évaluer sa robustesse et l'impact de la qualité des données sur les résultats. Le système de surveillance français des salmonelles a pour cela été décrit et analysé, et une base de données suffisante pour appliquer le modèle a été constituée. L'application du modèle dans divers pays européens a montré les limites de l'approche. Comme attendu, le modèle est très sensible à l'information a priori informative que sa structure surparamétrée rend nécessaire. Nous avons proposé une paramétrisation plus adaptée basée sur les données. L'application du modèle à des données de surveillance passive (proportions) et actives (prévalences) a alors montré la robustesse du modèle. Ainsi, mettre en place une démarche d'attribution est possible en France. Les limites méthodologiques sont à explorer plus avant, mais les perspectives d'utilisation, notamment pour attribuer les cas en fonction de la résistance aux antibiotiques, justifient les efforts requis.

L’activité physique est un facteur protecteur vis à vis des pathologies chroniques les plus fréquentes, tandis que la sédentarité en est un facteur de risque. Parmi les domaines de l’activité physique habituelle, le transport actif (marche, vélo) est l’objet d’un intérêt croissant. Mieux comprendre les déterminants et les effets sur la santé de l’activité physique et de la sédentarité est essentiel pour élaborer des interventions de santé publique ciblées sur les populations à risque. Les objectifs de cette thèse étaient d’étudier certains facteurs individuels associés à des domaines spécifiques de la marche et du vélo et étudier les relations de domaines spécifiques de la sédentarité avec certains événements de santé, en prenant en compte les effets de l’activité physique. Nous avons mesuré par questionnaires l’activité physique et la sédentarité d’adultes français de manière transversale dans la cohorte NutriNet-Santé (n=39 295), et longitudinalement dans la cohorte SU.VI.MAX (n=2 841). Nous avons mis en évidence que les différentes pratiques de marche (pour aller au travail, de loisir et utilitaire) et leurs relations avec des facteurs individuels ne sont pas homogènes, que lors du passage à la retraite la diminution d’activité physique professionnelle n’était pas compensée par les nouveaux comportements développés, et enfin que les spécificités de l’activité physique et de la sédentarité pouvaient influer sur des facteurs de risque cardiométaboliques et sur le sommeil. Ces résultats participent à une compréhension approfondie des pratiques et des modes de vie de la population française, pour pouvoir mieux cibler les actes de prévention ou de promotion de la santé. / Physical activity is a protective factor for common chronic diseases, while sedentary behavioris a risk factor. Among the different domains of habitual physical activity, active transportation (walking, cycling) is a topic of growing interest. A better understanding of the determinants and health effects of physical activity and sedentary lifestyles is essential to develop public health interventions targeted for at-risk populations. The objectives of this thesis were to investigate some individual factors associated with specific domains of walking and cycling, and to explore the relationship of specific areas of sedentary lifestyle with health outcomes, taking into account the effects of habitual physical activity. We measured physical activity and sedentary behavior cross-sectionally with questionnaire in the NutriNet-Santé French adults cohort (n = 39,295 subjects) and longitudinally in the SU.VI.MAX cohort (n =2,841). Our results indicate that the different domains of walking (commuting, leisure andutility) and their relationships with individual factors are not homogeneous, that during the transition to retirement the decrease in occupational physical activity was not offset by newly developed behaviors, and finally that specific physical activity and sedentary lifestyles could affect cardiometabolic risk factors and excessive daytime sleepiness. These results should contribute to a better understanding of the health behaviors of the French population, in order to better target preventive and health promotion interventions.

A. phagocytophilum, une bactérie transmise par les tiques, est responsable de l’anaplasmose granulocytaire, une maladie émergente qui infecte une large gamme de mammifères dont l’homme. Actuellement, la description des cycles épidémiologiques de cette bactérie est incomplète. L’objectif de cette thèse est de caractériser la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez différentes espèces d’hôtes, afin de déterminer quelles espèces participent au même cycle épidémiologique. D’abord, nous avons caractérisé la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez les animaux domestiques malades à l’aide d’une MLSA. Nous avons identifié trois groupes de génotypes infectant les bovins, dont un groupe est partagé avec les chevaux et les chiens, et un avec les chevreuils. Ensuite, nous avons recherché quelles espèces de tiques pouvaient transmettre la bactérie, et quels pouvaient être les réservoirs parmi les mammifères sauvages. En Camargue, un génotype au fort potentiel zoonotique a été identifié chez cinq espèces de tiques du genre Rhipicephalus, Dermacentor et Hyalomma. La prévalence chez des rongeurs suggère qu’ils peuvent être réservoirs, mais la présence de génotypes infectant les bovins chez les mulots est à vérifier. Enfin, la comparaison des génotypes obtenus chez les tiques et les chevreuils par séquençage 454, a montré que la contribution des chevreuils à l’infection des tiques était faible sur le site des Vallons de Gascogne. L’absence de rongeurs infectés sur ce site suggère que d’autres mammifères réservoirs sont présents. Cette étude montre la complexité des cycles d’A. phagocytophilum et l’intérêt des outils moléculaires. / A. phagocytophilum, a tick-borne bacterium, is responsible of the granulocytic anaplasmosis, an emerging disease that infects a large range of mammals including humans. Currently, the description of the epidemiological cycles of this bacterium is incomplete. The objective of this thesis was to characterize the genetic diversity of A. phagocytophilum in different host species to determine those involved in the same epidemiological cycle. First, we characterized the genetic diversity of A. phagocytophilum in sick domestic animals with a MLSA. We identified three groups of genotypes infecting cattle, including one group shared with horses and dogs, and another shared with roe deer. Then, we investigated what species of ticks can transmit the bacteria, and what wild mammals could be reservoirs. In Camargue, a genotype with high zoonotic potential was identified in five species of ticks of the genus Rhipicephalus, Dermacentor and Hyalomma. The prevalence in French rodents suggests that they may be reservoir hosts, but the presence of genotypes infecting cattle in rodents must be checked. Finally, comparing the bacterial genotypes in ticks and roe deer by 454 sequencing, showed that the contribution of the roe deer to tick infection was low in the site of “Vallons de Gascogne”. The absence of infected rodents in this location suggests that other reservoir mammals are present. This study demonstrates the complexity of the A. phagocytophilum cycle and the contribution of molecular tools.

Le déclin des performances motrices du sujet âgé est associé à un risque accru de morbimortalitéet représente une problématique majeure pour nos sociétés vieillissantes. Son origine est le plus souvent multifactorielle et nous nous sommes plus particulièrement intéressés au rôle des facteurs de risque vasculaire à partir des données longitudinales et transversales de la cohorte dijonnaise de l’étude des 3 Cités. Les performances motrices ont été évaluées à travers la mesure de la vitesse de marche sur 6 mètres chez des sujets âgés de 65 à 85 ans à l'inclusiondans l'étude.Nous avons ainsi observé que l’hypertension artérielle à l’inclusion dans l’étude était associée à une vitesse de marche plus lente et à un déclin de la vitesse de marche plus important au cours du suivi. Parmi les participants ayant eu une IRM cérébrale à l’inclusion, nous avons observé une relation entre la vitesse de marche et les volumes sous-corticaux de substance grise cérébrale, en particulier le volume du noyau caudé. Une vitesse de marche plus lente à l'inclusion était associée à un risque accru de mortalité toutes causes 5 ans plus tard, avec une association plus forte pour la mortalité cardiovasculaire.Ces résultats sont en faveur d’une contribution cérébrovasculaire au déclin des fonctions motrices du sujet âgé, et participent à une meilleure compréhension de ce processus. / Motor decline in the elderly is associated with an increased risk of morbidity and mortality, and represents a major issue for our ageing societies. Its etiology is usually multifactorial, and, in this work, we specifically addressed the contribution of vascular risk factors, based on crosssectional and longitudinal data from the Dijon center of the Three-City study. Motor function was assessed through measures of walking speed over 6 meters in participants aged 65 to 85 years old.We observed that baseline hypertension was associated with lower walking speed at baseline and greater motor decline over follow-up. Among participants with a baseline brain MRI, we observed a relationship between walking speed and the volume of brain subcortical gray matter structures, particularly the volume of the caudate nucleus. Slower walking speed at baseline was associated with an increased risk of all-cause death over 5 years of follow-up; this association was stronger for cardiovascular deaths.These results support the hypothesis of a contribution of vascular risk factors to motor decline in the elderly and contribute to improve our understanding of this process.