Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) és un colonitzador habitual del tracte respiratori superior dels humans. Es tracta d’un patogen comú de l’espècie humana que presenta una elevada taxa de morbiditat i mortalitat arreu del món. El bacteri pot causar otitis mitjana, sinusitis o infeccions de tracte respiratori superior, (per contigüitat) però també pot causar malaltia invasiva, quan habita en un territori habitualment estèril, produint pneumònia, bacterièmia, septicèmies i meningitis, entre d’altres. La malaltia pneumocòccica és un important problema de salut pública i és la principal causa individual de mortalitat infantil en el món. Segons dades de la Organització Mundial de la Salut (OMS), s’estima que a l’any 2000 es van produir 14.5 milions d’episodis greus de malaltia pneumocòccica, que va resultar en 826 000 morts en nens menors de dos anys. Un 61% d’aquestes morts es van produir a l’Àfrica subsahariana i al sud-est asiàtic. Tanmateix, en aquests països i, en especial a les zones rurals, les capacitats de diagnòstic són limitades o inexistents i la identificació de l’agent etiològic es basa en signes i símptomes clínics. És molt important aïllar l’agent etiològic causant de malaltia per tal de poder avaluar el millor tractament possible. No obstant, les tècniques actuals per al diagnòstic de la malaltia presenten una limitada sensibilitat i especificitat. El cultiu microbiològic, com a mètode de diagnòstic clàssic, té una baixa sensibilitat per a detectar el pneumococ. L’objectiu d’aquesta tesi és avaluar el potencial de les tècniques moleculars per al diagnòstic i caracterització de la malaltia pneumocòccica i discernir si l’ús de tècniques moleculars com la reacció en cadena de la polimerasa (PCR) poden suposar un avantatge tant per la rapidesa del mètode com per la detecció del patogen present en una mostra a baixa concentració. L’aplicació d’aquest tipus de tècniques en mostres biològiques impregnades en paper de filtre (dried-spot) i conservades a temperatura ambient poden ser un excel•lent sistema per a la detecció i serotipat de S. pneumoniae en països en vies de desenvolupament on la falta de recursos econòmics esdevé una de les principals limitacions. La capacitat del pneumococ de causar malaltia depèn de la presència d’una càpsula polisacàrida que impedeix la fagocitosi. Tot i que la presència de la càpsula és un requisit perquè produeixi malaltia, no és suficient per conferir virulència, sinó que són necessaris una varietat de factors determinants addicionals, com ara les adhesines, les proteases, les toxines, els sistemes de transport i enzims que modifiquen el medi extracel•lular. Recentment, s’ha descobert un determinant de virulència del pneumococ que és la proteïna rica en repeticions de serina, PsrP (Pneumococcal-serine rich protein). Es tracta d’una adhesina que intervé en l’adhesió del pneumococ a les cèl•lules pulmonars. PsrP és un important factor de virulència capaç de causar malaltia i un potencial candidat a una nova vacuna proteica. / Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) is a common colonizer of the upper respiratory tract of humans. This is a major human pathogen and leading cause of morbidity and mortality worldwide. The bacteria can cause otitis media, sinusitis or upper respiratory tract infections (contiguity) but can also cause invasive disease, when living in an area usually sterile, causing pneumonia, bacteraemia, sepsis and meningitis, among others. According to the World Health Organization, in 2000, pneumococcal disease was estimated to have caused about 14.5 million severe episodes. There were approximately 826 000 deaths from pneumococcal disease in children under five years and 61% of these deaths occurred in sub-Saharan Africa and Southeast Asia. However, in these countries, especially in rural areas, diagnostic capabilities are limited or nonexistent and agent identification is based on clinical signs and symptoms. It is very important to isolate the etiologic agent of disease in order to assess the best treatment possible. However, present techniques for the diagnosis of the disease have a limited sensitivity and specificity. Microbiological culture, considered the “gold-standard” in microbiological diagnosis has low sensitivity to detect pneumococcus. The aim of this Thesis is to evaluate the potential of molecular techniques for diagnosis and characterization of pneumococcal disease and to discern whether the use of molecular techniques such as PCR, can be an advantage both for the speed of method as for the detection of the pathogen present in a sample in low concentration. The application of these techniques in biological samples impregnated filter paper (dried-spot) and kept at room temperature can be an excellent system for the detection and serotyping of S. pneumoniae in developing countries where lack of financial resources is a major constraint. The ability of the pneumococcus to cause disease depends on the presence of a polysaccharide capsule that prevents phagocytosis. Although the presence of the capsule is a requirement to produce disease, is not sufficient to confer virulence, but need a large number of additional factors such as adhesins, proteases, toxins, transportation systems and enzymes that modify the extracellular medium. One recently identified pneumococcal virulence determinant is the pneumococcal serine-rich repeat protein (PsrP). This is an adhesin involved in adherence of pneumococci to lung cells. PsrP is an important virulence factor capable of causing disease and a potential new vaccine candidate protein.

Information systems focused on the storage and processing data of animal health are fundamental tools to prove the epidemiological surveillance actions performed by federal, state and municipal government. These softwares promote transparency in the actions performed by defense agencies livestock, given the concerns of importing markets in the acquisition of safe products to its human and animal population. In this context, it was aimed to develop an integrated geoinformation system focused on veterinary epidemiological surveillance, based on structural abstraction of reality, informational and operational processes of the agency's veterinary service of the state of Minas Gerais. The achievement of this research has been structured in four steps: first, the formulation of a theoretical-practical; second, structuring a spatial database as a central data repository; third, developing a geographic information system integrated into the central repository; and fourth, testing and validation practice. The methodology for developing hybrid systems proved effective in a large capillary administrative institution, and the possibility of integration with external databases indicated a new potential for the improvement of agricultural defense. The management system diseases cases and routine immunization (health reports) provided the largest contribution to the primary objectives of veterinary surveillance, with increases in quality and speed of data collection. The Geographic Information System has shown to be effective in the implementation of the tabular data to the space environment, presenting itself as a differential of the proposed system. / Sistemas de informação voltados à estocagem e tratamento de dados da sanidade animal são ferramentas fundamentais para comprovar as ações de vigilância epidemiológica realizadas pelos governos federal, estaduais e municipais. Tais softwares promovem transparência nas ações executadas pelos órgãos de defesa agropecuária, atendendo aos anseios dos mercados importadores na aquisição de produtos inócuos a sua população humana e animal. Nesse contexto, objetivou-se desenvolver um sistema integrado de geoinformação voltado à vigilância epidemiológica veterinária, baseando-se na abstração da realidade estrutural, dos processos operacionais e informacionais do órgão do serviço veterinário oficial do estado de Minas Gerais. A realização dessa pesquisa esteve estruturada em quatro etapas: primeira, formulação de um referencial teórico-prático; segunda, estruturação de um banco de dados espacial como repositório central de dados; terceira, desenvolvimento de um sistema de informação geográfica integrado ao repositório central; e, quarta, teste e validação prática. A metodologia de desenvolvimento de sistemas híbridos mostrou-se eficiente em uma instituição de grande capilaridade administrativa, e a possibilidade de integração com bancos de dados externos indicou um novo potencial para o aperfeiçoamento da defesa agropecuária. O sistema gerencial de casos de doenças e vacinação de rotina (informes sanitários) ofereceu a maior contribuição aos objetivos primários da vigilância veterinária, com incrementos em qualidade e rapidez na obtenção dos dados. O Sistema de Informação Geográfica demonstrou-se eficaz na transposição dos dados tabulares para o ambiente espacial, apresentando-se como diferencial do sistema proposto.

São sistematizados e discutidos aspectos conceituais e operacionais da vigilãncia epidemiológica e do controle de eventos adversos à saúde, da monitorização em saúde pública, da pesquisa em saúde pública, do controle sanitário de produtos de consumo humano, riscos ambientais e do exercício profissional na área biomédica e, por fim, do apoio laboratorial aos serviços de saúde, vigilância epidemiológica e à pesquisa. Com fundamento nessa sistematização e discussão, é proposto um modelo de vigilância epidemiológica compatível com as diretrizes constitucionais vigentes e, portanto, aplicável, com as adaptações necessárias, ao processo de reorganização do Sistema Nacional de Saúde. Nesse modelo, os sistemas de vigilância epidemiológica para específicos eventos adversos à saúde seriam compostos por três sub-sistemas: a) Sub-sistema de informação para ações de controle: com a atribuição de coletar e analisar sistematicamente dados de específicos eventos adversos à saúde e/ou dos respectivos programas de controle, como também da coleta esporádica de informações por meio de inqüéritos e investigações epidemiológicas de campo. Neste sub-sistema as informações obtidas seriam rapidamente analisadas, para, com base nas recomendações técnicas disponíveis ou em normas já existentes, indicar as medidas imediatas de controle; b) Sub-sistema de inteligência epidemiológica: com a atribuição da análise sistemática dos dados recebidos do correspondente sub-sistema de informação para ações de controle para, incorporando os conhecimentos científicos e tecnológicos disponíveis, elaborar recomendações com as bases técnicas para as ações de controle de agravos específicos à saúde, divulgando-as regularmente a todos que delas necessitam. Este sub-sistema deverá identificar lacunas no conhecimento científico e tecnológico, referentes à especificos eventos adversos à saúde, induzindo pesquisas com vistas a superá-las. Deverá ainda constituir o primeiro nivel de incorporação, pelo Sistema Nacional de Saúde, do conhecimento produzido no campo da investigação cientifica e tecnológica; c) Sub-sistema de pesquisa: com a atribuição de desenvolver investigações cientificas e tecnológicas, induzidas pelo sub-sistema de inteligência epidemiológica e voltadas à solução de problemas emergentes e/ou prioritários em saúde pública. Nesse modelo os sistemas de vigilância para especificos agravos à saúde têm, obrigatoriamente, três componentes: a) coleta da informação; b) análise; c) ampla disseminação das informações analisadas acrescidas de recomendações com as bases técnicas para as ações de controle. Por sua vez, constituem a inteligência do Sistema Nacional de Saúde para específicos agravos à saúde, oferecendo condições técnicas para maior eficiência e eficácia e ainda, contínuo aprimoramento e atualização dos programas de saúde. / Conceptual and operational aspects of epidemiologic surveillance of adverse health events, public health monitoring, research in public health, sanitary control of human consuming products, risk from environment and from medical technologies, and laboratory support for health services, epidemiological surveillance and research are systematized and discussed. Based on this systematization and discussion it is proposed a concept of epidemiologic surveillance which is compatible with the established constitutional guiding, and thence applicable for reorganization process of National Health System, after requisitive adjusting. In this approach the Epidemiological Surveillance System for specific adverse health events would be consisted of three subsystems: a) Information for control actions subsystem: which assures the systematic collection and analysis of data on specific adverse health events and/or of the respective control programs, and of the sporadic collection of data by means of field epidemiological inquiring and investigation. In this subsystem the obtained data will be promptly analysed in order to identify the immediate measures, based on available technical recommendations or established guides or rules; b) Epidemiological intelligence subsystem: which conducts the systematic analysis of data received from the respective information subsystem control actions in order to elaborate recommendations with a technical basis of specific adverse health events related to a control intervention, and publishing them regularly and widely to all concerned, after being incorporated into available scientific and technologic knowledge. This subsystem should identify the gaps in the scientific and technologic knowledge related to the specific adverse health events, and induce researches with the purpose of overcoming these areas of weakness. It should also constitute the first level of incorporation of the knowledge in the scientific and technologic investigation are a by National Health System; c) Research subsystem: which is responsible for scientific and technologic investigation development by epidemiological intelligence subsystem and aimed at solving the emerging and/or priority problems in public health. In this approach the surveillance systems for specific adverse health events require three components: a) the information data collection; b) the data analysis; c) the wide diffusion of the analysed information data including the recommendation with technical support for control proceedings. In its turn, these components constitute the National Health System inteliggence for specific adverse health events to offer technical conditions for high efficiency and efficacy, and also a continuos improvement and modernization of health programs.

Introdução: a coleta de culturas de vigilância é uma das estratégias utilizadas no controle de infecções causadas por Staphylococcus aureus, especialmente S. aureus resistente a meticilina (MRSA). Estas culturas são utilizadas para determinar portadores assintomáticos e prevenir a disseminação do patógeno para outros pacientes através da tomada de medidas de isolamento do portador. Neste contexto, tem-se demonstrado que a descolonização de portadores pode reduzir o risco de infecções estafilocócicas em certas ocasiões. O sítio anatômico mais comumente analisado são as narinas anteriores, mas continuamos a nos questionar se seria necessária a cultura de outros sítios anatômicos para este fim. Objetivos: este estudo objetivou avaliar o desempenho de diferentes sítios de cultura de vigilância em determinar a colonização de gestantes e recém-nascidos (RN) e determinar os fatores associados a colonização nasal por S. aureus. Metodologia: este é um estudo descritivo, desenvolvido no Hospital das Clínicas de São Paulo, Brasil, um hospital terciário universitário. Os pacientes envolvidos no estudo são gestantes durante trabalho de parto e seus recém-nascidos. A coleta de material de seu em quatro sítios anatômicos para os recém-nascidos: narinas anteriores, orofaringe, períneo e umbigo, no momento do parto, no terceiro dia e semanalmente. Para as gestantes, foram coletados quatro sítios anatômicos: narinas anteriores, anus, períneo e orofaringe. Apenas a primeira cultura positiva foi considerada, os pacientes colonizados nas narinas foram comparados àqueles colonizados apenas em sítios extranasais e os fatores de risco para colonização por S. aureus foram determinados. Resultados: foram incluídas 392 gestantes e 382 recém-nascidos. A colonização materna por S. aureus foi 53% (MSSA 49% e MRSA 9%). A colonização de RN foi 47% (MSSA 39% e MRSA 9%). Entre os RN, o melhor sítio de coleta foi o umbigo (64% para MSSA e 68% para MRSA) e a melhor associação foi narinas anteriores mais umbigo (86% para MSSA e 91% para MRSA). Entre as gestantes o melhor sítio foi narinas anteriores (MSSA 59% e MRSA 67%) e a melhor associação de sítios foi narinas anteriores mais orofaringe (83% para MSSA e 80% para MRSA). Dentre os fatores de risco, apenas o número de moradores na mesma residência foi associado à colonização materna por S. aureus (2,0+0,6 vs 3,6+1,8; p: 0,04). Conclusão: nosso estudo confirma a necessidade da coleta de vários sítios para assegurar a sensibilidade das culturas de vigilância. Não há fatores associados a colonização nasal que distinguem portadores nasais dos colonizados em sítios extranasais. Os programas de controle de infecção baseados em culturas de vigilância nasal podem ser comprometidos / Introduction: Surveillance cultures are one of the strategies used to control Staphylococcus aureus infections, especially methicillin-resistant S. aureus (MRSA). These cultures are used to determine asymptomatic carriers and prevent spread of the organism to other patients by putting carriers under isolation precautions. Also some authors demonstrated that decolonization of carriers can reduce the risk of staphylococcal infections under certain conditions. The most commonly cultured body sites are the anterior nares but the challenge remains to determine whether routine culturing of other body sites is necessary. Objectives: the study objective to evaluate the performance of surveillance cultures at various body sites in determining S.aureus colonization in pregnant women and their newborns (NB) and determine factors associated with nasal colonization. Methods: This is a descriptive study, developed on Hospital das Clinicas, São Paulo, Brazil, a tertiary-care university hospital. Patients enrolled: pregnant women during labor and their newborns. Material collection: For NB four sites were evaluated: nares, oropharynx, perineum and umbilical stump at birth, 3rd day and weekly. For pregnant women four sites during labor: anterior nares, anus, perineum and oropharynx. Only the first positive culture was considered. Nasally colonized patients were compared with colonized only extra-nasally and risk factors to S. aureus colonization were determined. Results: 392 pregnant women and 382 NB were included. S. aureus colonization was 53% among pregnant women (MSSA 49% and MRSA 4%). S. aureus colonization among NB was 47% (MSSA 39% and MRSA 9%). For NB patients, the best body site was the umbilical stump (64% for MSSA and 68% for MRSA). The best combination in NB was nares plus umbilical stump (86% for MSSA and 91% for MRSA). Among pregnant women, the best body site was the anterior nares (MSSA 59% and MRSA 67%). The best combination was nares plus oropharynx, (83% for MSSA and 80% for MRSA). Only the smaller number of household members was associated with MRSA carriage in pregnant women (2.2±0.6 vs 3.6±1.8; p: 0.04). Conclusion: Our study confirms the need for multiple culture sites to assure sensitivity. No features distinguish nasal carriers from only extra-nasal colonized people. Control programs relying mainly on nasal surveillance cultures may be compromised

Cette thèse propose de faire le point sur les indicateurs disponibles pour la surveillance épidémiologique des lombalgies liées au travail, notamment les données de réparation de maladies professionnelles (MP) et les données issues du réseau pilote de surveillance des troubles musculo-squelettiques des Pays de la Loire.La part de hernie discale opérée (utilisée comme traceur de lombalgie) attribuable à l’activité professionnelle était particulièrement élevée pour les ouvriers des deux sexes et les employées femmes. La lombalgie est un phénomène complexe et ne peut être surveillée grâce à un indicateur unique. Les données de MP, malgré leurs limites, donnent des résultats comparables aux autres sources de données et présentent l’avantage de ne nécessiter aucun recueil spécifique. Les données de cohortes, basées sur un questionnaire standardisé, sont nécessaires pour permettre des comparaisons internationales. Enfin, les données chirurgicales issues des bases de données des hôpitaux et cliniques, fournissent l’information la plus fine, si elles sont complétées de données professionnelles. Il s’agit cependant d’un indicateur mixte de morbidité et de soins. Les fortes disparités territoriales qu’il révèle au sein d’une région incitent à la mise en place de programmes de prévention différenciés.En complément de ces trois indicateurs, il serait intéressant d’ajouter un indicateur d’invalidité ou d’incapacité dans le système de surveillance pour mieux cibler les actions de prévention en fonction du risque de désinsertion professionnelle, dimension importante en termes d’impact social pour les individus et de coût pour la société. / This thesis proposes to review the available indicators for the epidemiological surveillance of work-related low back pain, including compensation data of occupational diseases and data from the pilot surveillance system for musculoskeletal disorders in the Pays de la Loire region.The proportion of cases of lumbar disc surgery (used as sentinel event of low back pain) attributable to occupational activity was particularly high among blue-collar workers of both genders and lower-grade female white-collar workers. Low back pain is a complex phenomenon and cannot be monitored using a single indicator. Compensation data, despite their limitations, give results comparable to other data sources and don’t require specific gathering. Cohorts’ data, based on a standardized questionnaire, are necessary for international comparisons. Finally, surgical data from private and public hospitals databases provide the finest information, if they are completed with occupational data. However, this is a mixed indicator of morbidity and care. It shows large local disparities in a region, encouraging the development of differentiated prevention programs.In addition to these three indicators, it would be interesting to add a disability or incapacity indicator in the surveillance system to better target prevention programs according to occupational exclusion which is an important dimension in terms of social impact for people and cost for the society.

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:12:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 137.pdf: 1419630 bytes, checksum: 54d1c7a86a48a97123ef9cd42cad1034 (MD5) Previous issue date: 1999 / Na última década, em Porto Alegre, o aumento dos homicídios e dos acidentes de transporte tornaram as causas externas o principal grupo de causas de morte entre 5 e 34 anos de idade. A identificaçao de grupos expostos a fatores correlacionados à violência é fundamental para sua prevençao. O objetivo geral é analisar a distribuiçao espacial das residências das vítimas de homicídios no município de Porto Alegre, em 1996, visando identificar o seu contexto sócio-espacial. Foram utilizados indicadores demográficos e sócio-econômicos, provenientes do censo demográfico de 1991 e contagem populacional de 1996, para caracterizar os setores censitários que compoem o município, através de análise de aglomerados, pelo método K-means. A mortalidade por homicídios, acidentes de transporte e suicídios, proveniente do sistema de informaçoes sobre mortalidade de 1996, foi localizada pontualmente em malha digital de arruamento, através do sistema de informaçoes geográficas do município. A distribuiçao espacial dos óbitos e da populaçao foi analisada através de métodos de alisamento de kernel. A análise do índice de homicídios, construído através da razao entre estas distribuiçoes, permitiu a identificaçao de microáreas de diferentes índices de homicídios. Estas microáreas foram caracterizadas pelos indicadores sócio-econômicos e pela presença de escolas, serviços de saúde, delegacias e postos de polícia militar. Foram identificados quatro grupos que delimitaram microáreas sócio-econômicas, diferenciados com maior peso dos indicadores relacionados às condiçoes de moradia. As microáreas da periferia urbana, onde se concentram as favelas, com piores indicadores sócio-econômicos apresentaram maior índice de homicídios. Por outro lado, os dois grupos de melhor renda e escolaridade apresentaram índices de homicídios menores, mas com níveis de homicídios muito diferenciados entre si. Quando o município foi dividido em microáreas de três níveis de índices de homicídios, as médias dos indicadores que se diferenciaram entre os níveis foram: o número de habitantes por cômodo, renda, instruçao e medianas etárias, mas com grande variabilidade interna. A distribuiçao dos equipamentos públicos de segurança e educaçao, mostrou-se deficitária nas microáreas com alto índice de homicídios. A classificaçao de microáreas através de indicadores sócio-econômicos mostrou capacidade limitada para identificar populaçoes expostas aos homicídios. Pode-se inferir que as condiçoes sócio-econômicas nao determinaram, por si só, os comportamentos violentos. Esta determinaçao depende da combinaçao com outros fatores que têm participaçao importante no perfil de cada local. Sugere-se a busca de novos indicadores que sejam capazes de diferenciar os grupos vulneráveis, com maior precisao. Os métodos espacias utilizados permitiram a identificaçao de microáreas que concentram óbitos, cujas populaçoes devem ser enfocadas no planejamento de açoes de prevençao das mortes violentas. / During the last decade, violent causes of death became the main group of mortality among people between 5 and 34 years old in Porto Alegre City due to an increasing of homicides and traffic accidents. The identification of groups exposed to factors correlated to violence is a major task for its prevention. The general objective of this study is to analyze the spatial distribution of the victims' homicide residences in the municipality of Porto Alegre, in 1996, aiming to identify its social and spatial context. Demographic and socioeconomic indicators were used, based on data from the demographic census of 1991 and population counting of 1996, to characterize the municipal census tracts through cluster analysis, using the K-means method. The mortality by homicides, traffic accidents and suicides, from the mortality information system was located as points on the street digital map, through Geographic Information System. Spatial distribution of deaths and population were analyzed through Kernel smoothing method. Analysis of homicide index, calculated through the ratio between these distributions, allowed the identification of microareas with different homicide indexes. These microareas were characterized by socioeconomic indicators and by the presence of schools, health services and police stations. Four groups were identified defining socioeconomic microareas in which the dwelling condition indicators played a major role in their differentials. Urban peripheric microareas, where slums are concentrated, with worst socioeconomic indicators, presented higher homicide index. On the other hand, the two groups with better income and education levels presented lower homicide indexes, however, with very differentiated homicide levels between them. When analyzing the municipality by microareas of three homicide index levels, the indicators: household crowding, income, education and age, presented wider differences among microareas, although with large internal variability. Police stations and schools were unequally distributed throughout homicide index microareas. The microareas classification through socioeconomic indicators presented a limited capability to identify exposed groups. Socioeconomic conditions by themselves did not determine the violent behaviors. Other factors can have an important participation in the determination of violence depending on each local combination of factors. New indicators must be incorporated for the precise differentiation of vulnerable groups. The used spatial analysis methods allowed the identification of microareas that concentrate deaths. The target populations should be focused by actions aiming to prevent violent deaths.