Drosophila meridionalis é uma espécie endêmica da América do Sul, sendo amplamente distribuída na Costa Atlântica do Brasil. Com o objetivo de elaborar uma hipótese filogeográfica para esta espécie foram obtidas sequências do gene nuclear period e do gene mitocondrial COI. Foram calculados os índices de diversidade nucleotídica e realizados os testes: AMOVA, testes de neutralidade, a Mismatch Distribution, Bayesian Skyline Plot, NCPA. Foram obtidas três redes pelo gene COI, denominadas A (populações do interior), B (populações do litoral sul) e C (populações do litoral sudeste e oriental) e uma única rede obtida para o gene period, esta rede divide as populações em dois grupos sendo o primeiro congruente com a rede A e o segundo compreendendo as redes B e C, do gene COI. A AMOVA mostrou uma estruturação alta e significativa entre as populações do interior e o litoral para os dois genes (ct=0,72 gene COI; ct=0,70 gene period), que pode ser explicada pela presença de barreiras geográficas, como a Serra do Mar. Eventos de expansão populacional e de fluxo gênico restrito com isolamento por distância foram detectados nas populações do litoral e o interior respectivamente. A expansão da área de ocorrência de D. meridionalis provavelmente teve inicio com as populações do litoral do Rio Grande de Sul, em direção ao litoral de Santa Catarina com posterior colonização a longa distância dos estados de São Paulo, Rio de Janeiro e Bahia. Migrações assincrônicas de indivíduos de populações litorâneas de São Paulo e Santa Catarina provavelmente colonizaram o interior de São Paulo, e a partir destas populações, se iniciara uma expansão populacional em direção ao sul pelo interior, colonizando o Paraná e Rio Grande do Sul. A análise bayesiana (MCCT) indicou que o tempo do ancestral comum mais recente (TMRCA) para todos os haplótipos de D. meridionalis é de 81.700 anos atrás, data que marca a separação das populações do interior e do litoral aproximadamente no final do Pleistoceno. Eventos similares têm sido sugeridos para explicar a distribuição geográfica de espécies do cluster D. buzzatii, que ocorrem em simpatria em grande parte com populações de D. meridionalis. Esta espécie, como as espécies do cluster D. buzzatii, apresentou indicativos de flutuações demográficas, podendo estar associadas à expansão e contração da distribuição da vegetação xerofítica, durante as oscilações paleoclimáticas do Pleistoceno. / Drosophila meridionalis is an endemic species of South America, being widely distributed in the Atlantic Coast of Brazil. Aiming to develop a phylogeographic hypothesis for this species, sequences of mitochondrial COI and nuclear period genes were obtained. The diversity indexes, AMOVA, neutrality tests, Mismatch Distribution, Bayesan Skyline Plot and NCPA were calculated. We obtained three networks for the COI gene, denominated A (inland populations), B (south coast populations) and C (eastern and southeastern coast populations) and a single network obtained for the period gene, this network divides the population into two groups, being the first congruent with the network A of the COI gene and the second comprising the networks B and C of the COI gene. The AMOVA results, showed a high and significant structuring among inland and coastal populations, for both genes (ct=0,72 COI gene; ct=0,70 period gene), that can be explained by the presence of geographical barriers, such as Serra do Mar. Population expansion events and restricted gene flow with isolation by distance events were detected in coastal and inland populations respectively. The expansion of the area of occurrence of D. meridionalis probably was initiated with the populations of the coast of Rio Grande do Sul, towards the coast of Santa Catarina with subsequent long-distance colonization of the states of São Paulo, Rio de Janeiro and Bahia. Asynchronic migrations of individuals from coastal populations of São Paulo and Santa Catarina probably colonized the inland of São Paulo, and from these populations, a population expansion towards the south through the inland was initiated, colonizing the states of Paraná and Rio Grande do Sul. The bayesian analysis (MCCT) indicated that the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all haplotypes of D. meridionalis is from 81,700 years ago, a date that marks the separation of inland and coastal populations approximately at the end of the Pleistocene. Similar events have been suggested to explain the geographic distribution of species of the cluster D. buzzatii, occurring in sympatry largely with populations of D. meridionalis. This species, as the cluster D. buzzatii species, presented indicatives of demographic fluctuations, which can be associated with the expansion and contraction of the distribution of xerophytic vegetation, during the paleoclimatic fluctuations of the Pleistocene.

Submitted by Rose Suellen (rosesuellen@ufpa.br) on 2018-01-29T15:44:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_SistematicaMolecularImplicacoes.pdf: 2318600 bytes, checksum: f22911beb3366852ff5c9d9d3df98ba1 (MD5) / Approved for entry into archive by Rose Suellen (rosesuellen@ufpa.br) on 2018-01-29T15:44:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_SistematicaMolecularImplicacoes.pdf: 2318600 bytes, checksum: f22911beb3366852ff5c9d9d3df98ba1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-29T15:44:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_SistematicaMolecularImplicacoes.pdf: 2318600 bytes, checksum: f22911beb3366852ff5c9d9d3df98ba1 (MD5) Previous issue date: 2017-03-07 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Hylexetastes é endêmico da floresta Amazônica. Atualmente, duas espécies são aceitas no gênero (H. perrotti e H. stresemannii), cada uma dividida em três subespécies. No entanto, alguns autores defendem que as subespécies de H. perrotti devem ser consideradas como espécies plenas. Em particular, H. p. brigidai é um táxon endêmico do Pará e Mato Grosso e parece ter a menor área de distribuição. Esta linhagem distribui-se pela região mais desmatada dentro do bioma e assim o seu status taxonômico é de particular preocupação para conservação. Até agora, somente caracteres morfológicos foram avaliados para definição taxonômica deste gênero. Portanto, neste estudo apresentamos uma hipótese filogenética molecular para ajudar a resolver as incertezas taxonômicas dentro do gênero. Foram sequenciados fragmentos de dois marcadores mitocondriais (Cytb e ND2) e três marcadores nucleares (BF5, G3PDH e MUSK) em 58 espécimes de Hylexetastes. Além disso, foram elaboradas modelagens de nicho ecológico para cada uma das linhagens identificadas, para avaliar sua potencial área de distribuição, requerimentos climáticos e sua a vulnerabilidade ao desmatamento. As análises filogenéticas sustentam a designação de H. perrotti, H. uniformis e H. brigidai como espécies plenas, sendo que H. perrotti parece ser espécie irmã de H. stresemanni e não dos demais táxons considerados co-específicos. Além disso, foi possível distinguir a presença de duas Unidades Evolutivas Significativas dentro de H. uniformis. Cada um destes táxons está distribuído em diferentes interflúvios / áreas de endemismo da bacia Amazônica. Em particular, confirma-se o status de espécie plena para H. brigidai, endêmica da segunda área de endemismo Amazônica com maior desmatamento. Assim, sugerimos a continuada avaliação aprofundada do seu status de conservação para promover sua preservação. / The genus Hylexetastes is endemic to the Amazon rainforest. Currently, two species are accepted in the genus (H. perrotti and H. stresemannii), each one divided into three subspecies. Nevertheless, some authors defend that the subspecies of H. perrotti should be considered as full species. In particular, H. p. brigidai is an endemic taxon from Pará and Mato Grosso and seems to have the smallest distribution area. This lineage is distributed by the most deforested region within the biome and thus its taxonomic status is of particular concern for conservation. So far, only morphological characters have been evaluated for taxonomic definition of this genus. Therefore, in this study we present a molecular phylogenetic hypothesis to help solve the taxonomic uncertainties within the genus. Fragments of two mitochondrial markers (Cytb and ND2) and three nuclear markers (BF5, G3PDH and MUSK) were sequenced on 58 Hylexetastes specimens. In addition, ecological niche modeling was developed for each of the identified strains to evaluate their potential distribution area, climatic requirements and their vulnerability to deforestation. The phylogenetic analyzes support the designation of H. perrotti, H. uniformis and H. brigidai as full species, and H. perrotti seems to be a sister species of H. stresemanni and not of the other taxa considered co-specific. In addition, it was possible to distinguish the presence of two Significant Evolutionary Units within H. uniformis. Each of these taxa are distributed in different interfluvial / endemic areas of the Amazon basin. In particular, it confirms the status of full species for H. brigidai, endemic to the second area of Amazonian endemism with greater deforestation. Thus, we suggest the continued in-depth evaluation of its conservation status to promote its preservation.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2015-11-27T13:31:20Z No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-27T13:31:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 476493 - Texto Completo.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015-03-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0.98 and expected heterozygosity: He = 0.81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i.e. deforestation in the Atlantic Forest). Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) ? o menor dos can?deos brasileiros sendo end?mica do bioma Cerrado, por?m podendo ser encontrada tamb?m em ?reas de transi??o adjacentes. Estudos recentes investigaram as rela??es filogen?ticas entre as esp?cies do g?nero Lycalopex e indicaram que L. vetulus ? a esp?cie mais basal deste grupo, cuja diversifica??o ocorreu h? apenas 1 milh?o de anos. Al?m disso, obtiveram evid?ncias que sugerem a ocorr?ncia de um potencial processo de hibrida??o entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato rec?m-formada. Usando dados de microssat?lites e DNA mitocondrial, investigamos a influ?ncia dos processos hist?ricos nos padr?es de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorr?ncia de hibrida??o entre esta esp?cie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribui??o de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as esp?cies e ?reas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos n?veis de diversidade gen?tica para L. vetulus (diversidade haplot?pica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cen?rios populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo g?nico influenciado pelos machos e filopatria das f?meas. Observou-se tamb?m uma parti??o norte-sul entre dois grupos filogeogr?ficos, n?o existindo o compartilhamento de hapl?tipos entre essas regi?es. Este padr?o ? semelhante ao observado em outra esp?cie simp?trica de can?deo (Cerdocyon thous) e em v?rios outros vertebrados da Floresta Atl?ntica, levantando a hip?tese de que tamb?m esp?cies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indiv?duos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composi??o de seu gen?tipo, com cinco destes apresentando hapl?tipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a exist?ncia de hibrida??o entre estas esp?cies, provavelmente induzida por efeitos antropog?nicos (desmatamento na Mata Atl?ntica). Nosso estudo ilustra como a fragmenta??o e a altera??o de habitats naturais pode afetar a constitui??o gen?tica de popula??es nativas, fornecendo dados ?teis para o delineamento de estrat?gias de conserva??o para as duas esp?cies.

A tribo Glandulocaudini inclui os gêneros Lophiobrycon, Glandulocauda e Mimagoniates e dez espécies, distribuídas em ambientes de água doce do leste e sul do Brasil, no Paraguai e nordeste do Uruguai. São peixes neotropicais de pequeno porte, cujo grau de especialização morfológica e comportamental, bem como os padrões de distribuição das espécies, constituem interessante modelo para estudos evolutivos e para o entendimento de padrões biogeográficos de peixes de água doce na América do Sul. Embora os trabalhos sobre sistemática e biogeografia realizados recentemente representem avanço considerável no conhecimento de Glandulocaudini, nenhum foi embasado fundamentalmente em evidências moleculares. Além disso, amostragens recentes revelaram aspectos inéditos relativos à distribuição de populações alopátricas das espécies Glandulocauda melanopleura e Mimagoniates microlepis e estes novos dados indicaram a necessidade de estudos mais aprofundados em nível populacional, envolvendo a análise combinada de dados moleculares e morfológicos. A presente tese aborda estas questões, e para isto está dividida em três capítulos. No primeiro capítulo foi realizada uma análise filogenética com base em sequências gênicas do mtDNA e nuDNA para a tribo Glandulocaudini, que representa a primeira hipótese de relações proposta com base em dados moleculares para o grupo. No segundo e o terceiro capítulos foram realizadas análises filogenéticas, filogeográficas, de demografia histórica, e análises morfológicas das populações alopátricas de Mimagoniates microlepis e Glandulocauda melanopleura, respectivamente. / The tribe Glandulocaudini comprises three genera, Lophiobrycon, Glandulocauda and Mimagoniates, and ten species, distributed in freshwater environments of eastern and southern Brazil, Paraguay, and northeastern Uruguay. Its members include small Neotropical fishes, whose degree of morphological and behavioral specialization, as well as the distributional patterns of the species are of great value for evolutionary studies and understanding of biogeographical patterns of South American freshwater fishes. Although studies on systematics and biogeography carried out recently represent considerable progress on the knowledge of Glandulocaudini, none was grounded in molecular evidence. Furthermore, recent samples revealed unknown aspects concerning the allopatric distributions of populations of Glandulocauda melanopleura and Mimagoniates microlepis, and this new data indicates the need of more deep studies at population levels, combining both molecular and morphological analysis. This thesis addresses such issues and for this purpose it is divided in three chapters. In the first chapter, a phylogenetic analysis of the tribe Glandulocaudini, based on mtDNA and nuDNA data was performed, representing the first hypothesis of relationship for the group based on molecular data. In the second and third chapters, analysis of phylogeny, phylogeography and historical demography were performed, as well as morphological studies on allopatric population of Mimagoniates microlepis and Glandulocauda melanopleura, respectively.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-14T18:28:21Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLimitesInterespecificos.pdf: 732936 bytes, checksum: 125b2acc7921e187963fdf18c4e4b384 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-15T16:53:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLimitesInterespecificos.pdf: 732936 bytes, checksum: 125b2acc7921e187963fdf18c4e4b384 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-15T16:53:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FilogeografiaLimitesInterespecificos.pdf: 732936 bytes, checksum: 125b2acc7921e187963fdf18c4e4b384 (MD5) Previous issue date: 2012 / A sistemática da espécie politípica Dendrocolaptes certhia (Aves: Dendrocolaptidae) foi estudada até hoje apenas com base em caracteres morfológicos e até então não se conseguiu delimitar as relações e propor diagnoses consistentes para todos os táxons / populações agrupados na espécie. Caracteres moleculares se tornam assim uma ferramenta potencial para fornecer um grau maior de resolução acerca da história evolutiva desta espécie politípica. Para tal, foi utilizado um banco de dados multilocus composto de dois genes mitocondriais e três loci diferentes de genes nucleares, e a partir de análises com diferentes abordagens (bayesianas, coalescentes e genético populacionais) foi então proposta a primeira filogeografia para esta espécie. Os dados moleculares sugerem alterações na taxonomia de Dendrocolaptes certhia em relação a arranjos propostos onde propomos um novo tratamento taxonômico que reconhece sete espécies diagnosticáveis ao invés de uma única espécie politípica reunindo todos os táxons de D. certhia. Estas sete espécies estão distribuídas de maneira a corroborar com as principais áreas de endemismo na Amazônia, e sua diversificação parece estar fortemente correlacionada com a formação da drenagem moderna da Amazônia durante os períodos do Plio-Pleistoceno. / The systematics of the polytypic species Dendrocolaptes certhia (Aves: Dendrocolaptidae) has been studied so far only through morphological characters, which have been unable to resolve relationships and provide consistent diagnoses for many described taxa grouped under this species. Molecular characters thus become a potential tool to provide a higher degree of resolution concerning the evolutionary history of this polytypic species. We used a multilocus database combining two mitochondrial and three nuclear genes from different loci, which was analyzed with different approaches (Bayesian, coalescent, and population genetics), to propose the first phylogeographic hypothesis for this polytypic species. The molecular data indicate that traditional taxonomy contrasts strongly with the evolutionary history of Dendrocolaptes certhia, with the recognition of seven diagnosable independent species rather than a single polytypic species. These seven species are distributed coincidentally with the main areas of endemism in the Amazon, and their diversification appears to be strongly correlated with the formation of the modern Amazonian drainage during Plio-Pleistocene times.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-15T22:40:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_SistematicaMolecularFilogeografia.pdf: 734529 bytes, checksum: d872d96cae8a9b53c7ba7193486ccc43 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-18T12:32:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_SistematicaMolecularFilogeografia.pdf: 734529 bytes, checksum: d872d96cae8a9b53c7ba7193486ccc43 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-18T12:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_SistematicaMolecularFilogeografia.pdf: 734529 bytes, checksum: d872d96cae8a9b53c7ba7193486ccc43 (MD5) Previous issue date: 2012 / Muitas hipóteses já foram propostas na tentativa de explicar a origem e manutenção da grande biodiversidade encontrada na Amazônia, entretanto poucas são passíveis de serem testadas sob um ponto de vista filogeográfico. Nós avaliamos padrões de diversificação temporal e espacial de duas espécies de aves endêmicas da região amazônica, as quais apresentam populações alopátricas restritas a diferentes áreas de endemismo e limitadas pelos principais rios da bacia Amazônica. Sequências de dois genes mitocondriais (ND2 e Cytb) e dois nucleares (βf7 e G3PDH intron 11) foram obtidas a partir de 30 indivíduos, abrangendo a área de distribuição total do gênero Phoenicircus e incluindo as duas espécies atualmente válidas P. carnifex e P. nigricollis. A utilização de ferramentas da filogeografia, aliadas a métodos de genética populacional e de datação molecular, nos permitiu reconstruir os contextos espacial e temporal do processo de diversificação destes táxons na região Amazônica, bem como fazer predições sobre sua história geográfica e ambiental. Nossos dados revelaram a existência de quatro grupos geneticamente distintos, evidenciando o status parafilético de P. carnifex e a monofilia recíproca entre as duas populações alopátricas de P. nigricollis, e sugeriram, portanto, alterações na taxonomia atualmente aplicada ao gênero Phoenicircus. A história de evolução de Phoenicircus parece ter sido delineada por dois tipos de eventos vicariantes, inicialmente pela formação dos principais rios da Amazônia, durante os períodos Plio-Pleistoceno, e mais recentemente por eventos de captura de drenagem resultantes da atividade de placas neotectônicas localizadas na região central amazônica, destacando a importância de processos históricos como estes na modelagem da biota Amazônica atual. / Many hypotheses have been erected to attempt to explain the origin and maintenance of the Amazon‟s high biodiversity, although few can been tested under a phylogeographic approach. We evaluated patterns of temporal and spatial genetic diversity of two endemic bird species in the Brazilian Amazon, which have allopatric populations restricted to different areas of endemism and limited by the main rivers of the Amazon basin. Sequences of two mitochondrial genes (ND2 and cytb) and two nuclear (βf7 and G3PDH intron 11) were obtained from 30 individuals, throughout the range of the genus Phoenicircus comprising the two currently-recognised species P. carnifex and P. nigricollis. The use of phylogeographic tools, in combination with population genetics and molecular dating allowed us to reconstruct the spatial and temporal context of the diversification of this genus in the Amazon region, as well as make predictions about its evolutionary history and geographical environment. Our data revealed the existence of four genetically distinct groups, demonstrating the paraphyletic status of P. carnifex and reciprocal monophyly between the two allopatric populations of P. nigricollis. These discoveries necessitate a revision of the current two-species arrangement of the genus Phoenicircus. The group‟s evolutionary history is defined by two types of vicariant events, initially by the formation of the main rivers of the Amazon during the Plio-Pleistocene, and more recently as a result of neotectonics activity in the central Amazon, highlighting the importance of historical processes when modeling the present Amazonian biota.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-11-01T22:05:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-14T16:49:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-14T16:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) Previous issue date: 2010 / As serpentes atuais são tradicionalmente divididas em dois grupos: Alethinophidia, taxonômica e ecologicamente mais diverso e Scolecophidia, grupo de serpentes fossoriais popularmente conhecidas como cobras-cegas, sendo Typhlopidae a família que possui maior número de espécies. Em função do hábito fossorial, os Typhlopidae são pouco representados em coleções cientificas e a escassez de amostras de tecido tem sido um fator limitante para realização de estudos moleculares dessa família. Por isso aspectos da biologia evolutiva como modos de especiação, padrão de diversificação e estruturação geográfica que devido o hábito fossorial e a pouca diferenciação morfológica intra e interespecífica são ainda pouco entendidos. Esse trabalho teve como objetivo analisar a variação morfológica e molecular de Typhlops reticulatus. Para isso foram analisados 314 exemplares de Typhlops, sendo 192 de T. reticulatus. Para análise morfológica foram utilizados caracteres morfométricos, morfológicos (folidose, hemipênis e osteologia craniana). Nas análises moleculares foram sequenciados 21 amostras de T. reticulatus dos genes mitocondriais Coi e Cyt b de diferentes localidades. As árvores filogenéticas foram feitas usando os métodos de Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança e as relações entre os grupos foram inferidos através de rede de haplótipos. Através da combinação de caracteres moleculares e morfológicos foi possível observar a presença de duas linhagens evolutivas distintas de T. reticulatus: uma ao norte do Rio Amazonas e outra ao sul, esta última descrita como nova espécie nesse trabalho. Durante a análise dos exemplares de Typhlops para esse trabalho foi possível identificar duas novas espécies: Typhlops sp nov. 1 presente no Estado do Maranhão e Typhlops sp nov. 2 proveniente de Manaus, Amazonas. Os resultados desse estudo corroboram a afirmação que espécies com ampla distribuição geográfica podem apresentar diversidade críptica considerável e uma história evolutiva mais complexa do que se imagina. / Snakes are traditionally divided in two infraorders: Alethinophidia, taxonomic and ecologically more diverse and Scolecophidia, a group of fossorial snakes known as blindsnakes. Among Scolecophidia, Typhlopidae is the most specious family with 260 species. Due to the fossorial habitat, the Typhlopidae are poorly represented in scientific collections and the paucity of sample tissues has been an impediment to molecular studies. Therefore, many aspects of evolutionary biology including prevalent modes of speciation, patterns of diversification, and geographical structuring of population genetic diversity, are still poorly understood. The goals of this study are to analyze the morphological and molecular variation of Typhlops reticulatus, a fossorial snake. For the morphological analysis, 314 specimens of Typhlops (196 of Typhlops reticulatus). were used, morphometric, scalation, hemipenis and cranial osteology characters were analysed. We sequenced the mitochondrial genes Coi and Cyt b for 21 tissue samples of T. reticulatus from different localities. We used Maximum Parsimony and Maximum Likelihood to construct the phylogenetic trees and the relationships among the groups were infered through haplotype network. Through molecular and morphological characters, we detected two different evolutionary lineages of T. reticulatusAmazon River; the last described as a new species in this study. Our analysis also identified two new species: Typhlops sp nov. 1 collected in Urbano Santos, Maranhão and Typhlops sp nov. 2 from Manaus, Amazonas. The results of this study support the previous idea that species with wide geographic distributions conceal cryptic diversity and have evolutionary histories more complex than previewed.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2012-04-12T17:06:14Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AplicacaoRedesNeurais.pdf: 1147631 bytes, checksum: 0cc08fca626cf59a4b1641eb44f906fd (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos(edisangela@ufpa.br) on 2012-04-12T17:11:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AplicacaoRedesNeurais.pdf: 1147631 bytes, checksum: 0cc08fca626cf59a4b1641eb44f906fd (MD5) / Made available in DSpace on 2012-04-12T17:11:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AplicacaoRedesNeurais.pdf: 1147631 bytes, checksum: 0cc08fca626cf59a4b1641eb44f906fd (MD5) Previous issue date: 2007 / Historicamente, o processo de formação das populações da Amazônia, assim como de todo território brasileiro, envolveu três grupos étnicos principais: o ameríndio, o europeu e o africano. Como conseqüência, estas populações possuem em geral constituição miscigenada do ponto de vista social e biológico. Desde o final do século passado, estudos do DNA mitocondrial (mtDNA) tem sido desenvolvidos com o propósito de estimar a mistura interétnica presente nestas populações. Para isto, é de fundamental importância a classificação de uma determinada linhagem de mtDNA em um dos mais de 250 haplogrupos/subclados propostos na literatura. Com o objetivo de desenvolver um sistema automatizado, preciso e acurado de classificação de seqüências (linhagens) de mtDNA, o presente trabalhou lançou mão da técnica de Redes Neurais Artificiais (RNA’s) tendo como base os estudos de filogeografia. Para esta classificação, foram desenvolvidas quatro redes neurais artificiais diretas, com múltiplas camadas e algoritmo de aprendizagem de retropropagação. As entradas de cada rede equivalem às posições nucleotídicas polimórficas da região hipervariável do DNA mitocondrial, as quais retornam como saída a classificação específica de cada linhagem. Posterior ao treinamento, todas as redes apresentaram índices de acerto de 100%, demonstrando que a técnica de Rede Neural Artificial pode ser utilizada, com êxito, na classificação de padrões filogeográficos com base no DNA mitocondrial. / Historically, the process of formation of the populations of the Amazon, as well as from all Brazilian territory, involved three main ethnic groups: the Amerindian, European and African. As a result, these populations have in general admixed constitution the point of view of social and biological. Since the end of the last century, studies of mitochondrial DNA (mtDNA) has been developed for the purpose of estimating the mixture inter present in these populations. For this, it is of fundamental importance classification of a particular strain of mtDNA in one of more than 250 haplogroups/sub-clades proposed in the literature. With the goal of developing an automated system, precise and accurate classification of the sequences (strains) of mtDNA, this has worked hand of the art of Artificial Neural Networks (RNAs) on the basis of the studies of Philogeography. For this classification, four networks have been developed artificial neural direct, with multiple layers and the learning algorithm to backpropagation. The entries of each network equivalent positions at nucleotide polymorphic region's hipervariable of mitochondrial DNA, which returned as output classification specific to each lineage. Subsequent to the training, all the networks had indices of adjustment of 100%, demonstrating that the technique of Artificial Neural Network (ANN) can be used, with success, in the classification of standards Philogeography based on mitochondrial DNA.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-26T12:18:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_SistematicaFilogeniaBiogeografia.pdf: 3062625 bytes, checksum: d5138a505e471389b580688c44dd5a60 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-26T12:26:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_SistematicaFilogeniaBiogeografia.pdf: 3062625 bytes, checksum: d5138a505e471389b580688c44dd5a60 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-26T12:26:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_SistematicaFilogeniaBiogeografia.pdf: 3062625 bytes, checksum: d5138a505e471389b580688c44dd5a60 (MD5) Previous issue date: 2014 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho foi organizado em quatro seções: Introdução Geral; e as demais seções organizadas em forma de artigo: Capítulo 1 “Molecular systematics and taxonomic revision of the Curve-billed Scythebill complex (Campylorhamphus procurvoides: Dendrocolaptidae), with description of a new species from western Amazonian Brazil”; Capítulo 2 “A new species of Campylorhamphus (Aves: Dendrocolaptidae) from the Tapajós – Xingu interfluve in Amazonian Brazil” e Capítulo 3 “Historical diversification and species limits in the genus Campylorhamphus (Aves: Furnariidae)”.

Por que os trópicos sustentam tanta diversidade? Essa é a pergunta principal que motivou este trabalho. Uma das frentes para contribuir ao entendimento deste fenômeno é estudar a origem da diversidade. Diversas hipóteses de diversificação existem, e existe também uma acalorada discussão no campo de estudo que busca testar essas diferentes hipóteses. Uma das hipóteses mais conhecida, se também não a mais polêmica, é a Hipótese de Refúgios. O objetivo deste trabalho foi, portanto, testar a Hipótese de Refúgios na Floresta Atlântica através de um estudo de caso. Para tanto, inicialmente os padrões de distribuição morfológica e genética do marsupial Didelphis aurita Wied, 1826 foram investigados através do método de quadrantes. As medidas cranianas revelaram uma correlação longitudinal para fêmeas, mas ausência de associação geográfica na variação do crânio dos machos. Entretanto, complementarmente, outro critério foi utilizado. Através de uma Análise de Componentes Principais sobre a variação da latitude e longitude resumiu-se a variação geográfica em apenas uma variável. Esta acaba se refletindo em uma diagonal da latitude e longitude, que acompanha a própria distribuição da Floresta Atlântica na costa brasileira. Agora, os grupos são formados se apresentam diferenças significativas ao longo desta diagonal, permitindo que populações biológicas distintas, mas próximas geograficamente, sejam separadas. Assim, verificou-se que a associação longitudinal das fêmeas provém basicamente da diferenciação das populações da Bahia, e mais, isso também afeta os machos. Contudo, o sinal não aparece através do outro critério devido ao fato de machos também apresentarem diferenciações em menor escala dentro da distribuição ao sul da Bahia, possivelmente devido à presença do ecótone entre a Floresta Atlântica e o cerrado latu sensu. Por usa vez, os dados genéticos como explorados através da variação geográfica do marcador mitocondrial citocromo B, revelaram que também existe uma associação com a longitude, e novamente, ela provém principalmente da diferenciação dos extremos da distribuição. Aqui, não só a mesma quebra na Bahia aparece, mas também uma outra quebra mais ao norte, de indivíduos provenientes de Alagoas. Tanto para os dados morfológicos quanto para os moleculares, demonstrou-se que há isolamento por distância no gambá, entretanto, toda a distribuição ao sul da Bahia se comporta como uma grande população panmítica. Essa ausência de estruturação geográfica, também aparente em análises de diferenciação (Fst), unidas aos testes de neutralidade (D de Tajima e F de Fu) negativos e significativos, que dão sinal de expansão demográfica recente mostram, juntos, as assinaturas esperadas pela Hipótese de Refúgios. Contudo, a divergência entre as populações deste sul datam de aproximadamente 140.000≅60.000 anos, o que não pode ser atribuída como sendo reflexo do último interglacial, esperado em cerca de 20.000 anos. Explorando mais a fundo as análises de Fst e os testes de neutralidade, revelou-se que suas estimativas são altamente influenciadas por desbalanço no tamanho de amostras, assim como baixa representatividade e agrupamentos inadequados que unem populações biológicas distintas. Os aparentes sinais de refúgios obtidos foram, portanto, artefato de três população bem amostradas no Rio de Janeiro. Sendo assim, não se pode atribuir esta hipótese como tendo criado diversidade dentro da espécie D. aurita. / How can the tropics present such diversity? This question lies at the very core of this work. While for the origins of diversity, numerous hypotheses have been put forward over time, the pursuit of empirical proofs for them is almost as old as the hypotheses themselves. One of the better known such hypothesis, and at the same time one of the most controversial, is the Refugee Hypothesis. In this context, the main goal of this thesis has been to test the Refugee Hypothesis in the Atlantic Forest by means of a study case. Initially, the morphologic and genetic distribution patterns of Didelphis aurita Wied, 1826 marsupial have been investigated using the grids method. Cranial measurements revealed a longitudinal correlation for the females and, at the same time, the absence of any geographic correlation in the variation of male skulls. By means of a Principal Component Analysis, the latitudinal and longitudinal variations have been reduced to a geographical variation dependent on one variable only _ a diagonal that follows the extension of the Atlantic Forest along the Brazilian coast. Groups have been formed if they presented significant differences along this diagonal, thus allowing distinct, but geographically close populations, to be differentiated. It could hereby be proven that the longitudinal correlation for females reflects mainly the differentiation between populations from Bahia state, and even more, that this differentiation affects the males as well. The signature does not appear in the grid criterium for the males since they also present lower levels of differentiation in the south of Bahia, possibly due to the presence of the ecotone of the Atlantic Forest with the cerrado latu sensu biome. There is, nevertheless, a break in Bahia for both males and females. As for the geographic variation of the molecular mitochondrial marker cytochrome B, it also presented a longitudinal variation, and a clear differentiation between the two extremes of the analyzed distribution. Here, not only a similar break could be seen in Bahia, but another one further north in the specimens from Alagoas state. For both the morphological and the molecular data, while there is isolation by distance effect for the opossum, all the distribution south of Bahia behaves as a large panmitic population. This lack of geographical structuring, also apparent in differentiation analyzes (Fst), together with neutrality tests (Tajima\'s D and Fu\'s F) which point towards recent geographic expansion, show the signatures expected by the Refugee Hypothesis. Since, however, the data indicates that the divergence of southern populations occurred approximately 140,000≅60,000 years ago, the diversification cannot be due to the last inter-glacial period from 20,000 years ago. To understand this seeming contradiction, further in-depth investigations of the Fst analyzes and the neutrality tests revealed that the estimations had been highly influenced by the heterogeneity in the number of samples, as well as by the low representability of some localities and also inadequate grouping of specimens, which mixed distinct biological populations. The apparent refugee signatures have thus been the misleading consequence of three well-sampled populations from Rio de Janeiro state. Therefore, the Refugee Hypothesis cannot be regarded as an explanation for the existing diversity of the species D. aurita.