Submitted by Aelson Maciera (aelsoncm@terra.com.br) on 2017-05-12T19:07:01Z No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2017-05-18T20:27:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-23T18:08:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCGM.pdf: 10297481 bytes, checksum: 5ac9b43d80112267888f4b1428db2dd1 (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Penaeidae family occurs in all oceans, particularly in tropical regions and represents an important global fishing resource. In Brazil, penaeid species have been shown decline, of their populations, which are considered overexploited. Therefore, a greater knowledge about these species is required for the developing of appropriate conservation actions. However, genetic studies of penaeids, including phylogeography, geographic distribution and phylogeny, are still scarce. In the present work, genetic structure and genetic relationships were characterized for different marine shrimp species belonging to the Penaeidae family, with special emphasis on those of occurrence in the Brazilian coast (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Mitochondrial and nuclear markers were used in order to clarify aspects related to the geographic distribution and genetic relationships among the studied penaeid species and the implications for conservationist approaches. Specific oligonucleotides were designed to amplify four mtDNA regions (COI, 16S, Cytb and DLoop). The results showed efficient patterns for 16 native species of Brazilian and Mozambican coasts. Numts presence and its implication for penaeid genetics were investigated using specific and universal primers for COI gene. Pseudogenes were detected for some penaeid species. Cytb pseudogene for the Penaeidae family was reported by the first time. DNA barcoding approach was tested in several species from Brazilian coast. The barcoding analysis evidenced a high range of intraspecific distance, suggesting the necessity of taxonomic review into Penaeidae. The existence of species complex was investigated for both X. kroyeri and F. subtilis. Phylogeographical signs and population structure were no observed for F. subtilis along the Brazilian coast. F. paulensis populations, collected in Lagoa dos Patos (RS) and Cananéia (SP), showed genetic structuring by analyzing of COI gene. That data can be reflecting the existence of differentiated-genetically adult stocks or ancient structure. Two recent population expansions, one of them before and the other one after the last period of the maximum glacial, were observed for F. paulensis. mtDNA and RAD-seq data were using to study the species X. kroyeri populations. The mtDNA analysis suggested that the upwelling from Cabo Frio (RJ) consists in a semipermeable barrier to X. kroyeri species, limiting the genetic flow between populations from North and South of Cabo Frio for. The analysis of approximately three thousand SNPs revealed three different genetic stocks, possibly related to the hydrodynamic characteristics of the sampled geographic regions, which may be holding different larvae pools. The study herein brings important information about genetic relationships and population structure for Penaeidae species, mainly those species occurring in Brazil. Such data can be help to foment future actions aiming the conservation of penaeid species, which present ecological and socioeconomic relevance. / A família Penaeidae ocorre em todos os oceanos, principalmente nas regiões tropicais e presenta grande importância econômica mundial. No Brasil, os peneídeos têm mostrado declínio nas populações, as quais são consideradas sobreexplotadas. Dessa forma, melhor conhecimento dessas espécies se faz necessário para que medidas conservacionistas mais adequadas sejam tomadas. Estudos genéticos em peneídeos, fincluindo filogeografia, distribuição geográfica e filogenia ainda são escassos. No presente estudo, a estrutura genética e as relações genéticas foram caracterizarizadas para distintas espécies de camarões marinhos pertencentes à família Penaeidae, com ênfase especial nas de ocorrência no litoral brasileiro (Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus paulensis, Farfantepenaeus subtilis and Farfantepenaeus brasiliensis). Marcadores mitocondriais e nucleares, foram usados com o intuito de esclarecer aspectos relacionados à distribuição geográfica e relações genéticas entre as espécies estudadas e suas implicações conservacionistas. Oligonucleotideos específicos foram desenvolvidos para amplificação de quatro regiões mtDNA (COI, 16S, Cytb e DLoop), os quais foram eficientes para 16 espécies nativas da costa brasileira e moçambicana. A presença de numts e suas implicações para a genética de peneideos foi investigada utilizando primers específicos e universais para o gene COI, sendo observada a presença pseudogene em algumas espécies. Foi evidenciada pela primeira vez em Penaeidae a presença de pseudogene Cytb. A eficiência do DNA Barcode foi testada em diversas espécies coletadas no litoral brasileiro. Foi observada uma alta variação da distancia intraespecífica, indicando a necessidade de uma revisão nesta família. A existência de um complexo de espécies foi verificada nas espécies X. kroyeri e F. subtilis. Sinais filogeográficos ou estruturação populacional não foram observadas ao longo da costa brasileira para F. subtilis. Uma leve estruturação populacional foi encontrada para Farfantepenaeus paulensis entre populações da Lagoa dos Patos-RS e Cananéia-SP, utilizando-se o gene COI. Este dado pode estar refletindo a existência de estoques de adultos geneticamente diferentes ou uma estruturação antiga. Duas expansões populacionais recentes foram observadas para esta espécie, sendo uma antes e outra após o período da última glaciação máxima. Dados de mtDNA e RAD-seq foram tilizados para estudar as populações de X. kroyeri. A análise mitocondrial sugeriu que ressurgência em Cabo Frio-RJ apresenta-se como uma barreira semipermeável para esta espécie, limitando o fluxo gênico entre populações situadas ao norte e ao sul de Cabo Frio. A análise de aproximadamente 3mil SNPs revelou três possíveis estoques genéticos, possivelmente relacionado a características hidrodinâmicas das regiões amostradas, as quais podem estar retendo larvas. O presente estudo trás importantes informações sobre as relações genéticas, estrutura de populações e filogeografia de espécies da família Penaeidae, principalmente as de ocorrência no litoral brasileiro. Essas informações podem ajudar futuras tomadas de decisão que visem a conservação dessas espécies, as quais apresentam relevância ecológica e/ou socioeconomica, representando um importante recurso pesqueiro.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:42Z : No. of bitstreams: 1 000864243_20170305.pdf: 7143919 bytes, checksum: caed29775e1aef81d31c7ee53b951b52 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-10T13:07:29Z: 000864243_20170305.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-10T13:08:14Z : No. of bitstreams: 1 000864243.pdf: 17228237 bytes, checksum: e60fc4adb3f71274c66a6fc0677f3dea (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introduction: Prematurity is the leading cause of neonatal mortality and serious neonatal morbidity worldwide and the risk is inversely proportional to gestational age at birth. Several studies demonstrate the role of innate immune response and Toll-like receptors (TLRs) in normal and complicated pregnancies, however most studies have focused on the tissues of the maternal-fetal interface. Research of the expression of TLRs in gestational tissues is of great importance for understanding the involvement of innate immunity in normal pregnancies and adverse pregnancy outcomes, but the analysis of these tissues allows for results only after the complete resolution of gestation. In this scenario, a potential biological sample of interest for analysis of TLRs in the ongoing gestation are maternal peripheral blood cells, since they play a crucial role in the immune system and express high levels of many of the TLRs. Main: Evaluate the profile of gene expression of TLR-1, -2, -4 and -6 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and polymorphonuclear cells (PMNs) and compare these expressions between preterm and term pregnancies. Materials and methods: 119 normal pregnant women were included in the study, subdivided into three groups according to the gestational trimester. In addition, 20 pregnant women in preterm labor and 18 pregnant women at term were evaluated. Gene expression analysis was performed by real-time PCR and protein expression evaluation by flow cytometry. Statistical analyses were performed using the nonparametric Kruskal-Wallis and Mann-Whitney tests by SigmaStat 3.1 software. Results: Regarding PBMCs, there were no significant differences in gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 among the trimesters. The same was observed when comparing PBMCs of preterm and term pregnancies. In relation to neutrophils, gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 remained unchanged throughout normal... / Introduction: Prematurity is the leading cause of neonatal mortality and serious neonatal morbidity worldwide and the risk is inversely proportional to gestational age at birth. Several studies demonstrate the role of innate immune response and Toll-like receptors (TLRs) in normal and complicated pregnancies, however most studies have focused on the tissues of the maternal-fetal interface. Research of the expression of TLRs in gestational tissues is of great importance for understanding the involvement of innate immunity in normal pregnancies and adverse pregnancy outcomes, but the analysis of these tissues allows for results only after the complete resolution of gestation. In this scenario, a potential biological sample of interest for analysis of TLRs in the ongoing gestation are maternal peripheral blood cells, since they play a crucial role in the immune system and express high levels of many of the TLRs. Main: Evaluate the profile of gene expression of TLR-1, -2, -4 and -6 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and polymorphonuclear cells (PMNs) and compare these expressions between preterm and term pregnancies. Materials and methods: 119 normal pregnant women were included in the study, subdivided into three groups according to the gestational trimester. In addition, 20 pregnant women in preterm labor and 18 pregnant women at term were evaluated. Gene expression analysis was performed by real-time PCR and protein expression evaluation by flow cytometry. Statistical analyses were performed using the nonparametric Kruskal-Wallis and Mann-Whitney tests by SigmaStat 3.1 software. Results: Regarding PBMCs, there were no significant differences in gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 among the trimesters. The same was observed when comparing PBMCs of preterm and term pregnancies. In relation to neutrophils, gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 remained unchanged throughout normal ... / FAPESP: 11/00269-4

Made available in DSpace on 2015-11-28T01:04:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000476493-Texto+Completo-0.pdf: 10028874 bytes, checksum: 9fa9c4e7c9a4562d60d6d4f21cbd7baa (MD5) Previous issue date: 2015 / The hoary fox (Lycalopex vetulus) is the smallest Brazilian canid and an endemic species of the Cerrado biome, including adjacent transitional areas harboring open habitats. Recent studies reported some evidence suggesting a potential hybridization process between L. vetulus and L. gymnocercus in a contact zone that has likely been formed recently. Using microsatellite and mtDNA markers, we investigated the influence of historical processes on the population structure of L. vetulus, as well as the occurrence of hybridization between this species and L. gymnocercus. For these purposes, tissue and blood samples from animals representing most of the hoary fox distribution were obtained (n = 61), as well as from L. gymnocercus (n = 30) sampled in their contact zone and adjacent areas. Our results showed high levels of genetic diversity for L. vetulus (haplotype diversity: Hd = 0. 98 and expected heterozygosity: He = 0. 81) and different population scenarios with each of the molecular marker types, suggesting male-mediated gene flow. We also observed a south-north partition, with no haplotype sharing between these regions. This pattern is similar to the one observed in a sympatric canid (Cerdocyon thous) and in various other Atlantic Forest vertebrates, raising the hypothesis that species occurring in open habitats may undergo equivalent vicariant processes. Six individuals caught in the contact zone showed signs of mixing with L. gymnocercus in the composition of their microsatellite genotypes, five of which presenting introgressed mtDNA haplotypes from the same species. These results support the inference of hybridization between these canids, likely induced by anthropogenic effects (i. e. deforestation in the Atlantic Forest).Our study illustrates how the fragmentation and alteration of natural habitats can play an important role in the genetic composition of wild populations, and should provide useful data for the design of conservation strategies on behalf of both species. / A raposinha-do-campo (Lycalopex vetulus) é o menor dos canídeos brasileiros sendo endêmica do bioma Cerrado, porém podendo ser encontrada também em áreas de transição adjacentes. Estudos recentes investigaram as relações filogenéticas entre as espécies do gênero Lycalopex e indicaram que L. vetulus é a espécie mais basal deste grupo, cuja diversificação ocorreu há apenas 1 milhão de anos. Além disso, obtiveram evidências que sugerem a ocorrência de um potencial processo de hibridação entre L. vetulus e L. gymnocercus em uma zona de contato recém-formada. Usando dados de microssatélites e DNA mitocondrial, investigamos a influência dos processos históricos nos padrões de estrutura populacional de L. vetulus, bem como a ocorrência de hibridação entre esta espécie e L. gymnocercus. Com este objetivo, foram obtidas amostras de tecido e sangue provenientes de animais que representam a maior parte da distribuição de L. vetulus (n = 61), bem como amostras de L. gymnocercus (n = 30) oriundas da zona de contato entre ambas as espécies e áreas adjacentes. Nossos resultados mostraram altos níveis de diversidade genética para L. vetulus (diversidade haplotípica: Hd = 0,98 e heterozigosidade esperada: He = 0,81) e diferentes cenários populacionais de acordo com o marcador molecular utilizado, o que sugere um fluxo gênico influenciado pelos machos e filopatria das fêmeas. Observou-se também uma partição norte-sul entre dois grupos filogeográficos, não existindo o compartilhamento de haplótipos entre essas regiões. Este padrão é semelhante ao observado em outra espécie simpátrica de canídeo (Cerdocyon thous) e em vários outros vertebrados da Floresta Atlântica, levantando a hipótese de que também espécies que ocorrem em habitats abertos possam ser afetadas por processos vicariantes equivalentes. Seis indivíduos capturados na zona de contato mostraram sinais de mistura com L. gymnocercus na composição de seu genótipo, com cinco destes apresentando haplótipos de mtDNA compartilhados. Estes resultados suportam a existência de hibridação entre estas espécies, provavelmente induzida por efeitos antropogênicos (desmatamento na Mata Atlântica). Nosso estudo ilustra como a fragmentação e a alteração de habitats naturais pode afetar a constituição genética de populações nativas, fornecendo dados úteis para o delineamento de estratégias de conservação para as duas espécies.

Orientador: Fernando Barbosa Noll / Banca: Eduardo Andrade Botelho de Almeida / Banca: Camila Cherem Ribas / Banca: Adriana Coletto Morales Corrêa e Castro / Banca: James M. Carpenter / Resumo: Os processos históricos e ecológicos de diversificação da fauna têm sidoamplamente estudados sob a luz da filogeografia, disciplina que lida com oarranjo espacial das linhagens genéticas. As vespas enxameadoras (Epiponini)como Protonectarina sylveirae (Saussure) são representantes comuns da faunaNeotropical. Esta espécie ocorre amplamente pela floresta Atlântica e apresentauma distribuição peculiar dentro de Epiponini devido à sua ausência na regiãoAmazônica. Apesar de muitos estudos apontarem para a existência dedescontinuidades filogeográficas para diferentes organismos na floresta Atlântica,explicações sobre as causas de tais padrões permanecem inconclusivas. Estetrabalho teve como objetivo investigar o padrão filogeográfico de P. sylveirae,com especial interesse na presença de estruturação genética e diferenciaçãomorfológica, bem como nos eventos históricos que possam explicar o padrãofilogeográfico observado. Os espécimes de P. sylveirae foram coletadosativamente em 13 áreas ao longo de sua distribuição para a extração, amplificaçãoe sequenciamento dos genes mitocondriais 12S, 16S e COI. Foram realizadasanalyses de diversidade genética, demografia histórica, tempo de divergência eestruturação populacional. Identificou-se 22 haplótipos, uma forte estruturaçãogenética foi encontrada pela análise de variância molecular (AMOVA) e a rede dehaplótipos revelou 3 grupos de haplótipos, também corroborados pela AMOVA.As análises de demografia... / Abstract: Ecological and historical processes of fauna diversification have been widelystudied under the light of phylogeography, a discipline that deals with the spatialarrangements of genetic lineages. Swarm-founding wasps (Epiponini) asProtonectarina sylveirae (Saussure) are common representatives of Neotropicalfauna. This species is widespread in Atlantic forest and presents a peculiardistribution within Epiponini because of its absence in Amazon region. Manystudies point to the existence of recurrent phylogeographical discontinuities todifferent groups of organisms in Atlantic forest, but the explanations about eventscausing this patters remain inconclusive. This work aimed to investigate thephylogeographic pattern of P. sylveirae with special interest in presence of geneticstructure, morphological differences among populations, and historical event(s)which could explain the observed phylogeographic pattern. Specimens of P.sylveirae were actively collected in 13 areas throughout its distribution for DNAextraction and amplification of mitochondrial genes 12S, 16S and COI. Analysisof genetic diversity, historical demography, divergence time, and populationstructure were performed. Twenty-two haplotypes were identified, a stronggenetic structuration was found by the analysis of molecular variance (ANOVA)and the haplotype network revealed three haplotype groups, also corroborated byAMOVA. Analysis of historical demography showed that populations of ... / Doutor

Orientador: Célio Fernando Baptista Haddad / Coorientadora: Clarissa Coimbra Canedo / Banca: Fábio Sarubbi Raposo do Amaral / Banca: Maria Tereza Chiarioni Thomé / Resumo: Entre os diferentes ambientes da Mata Atlântica as áreas de maior altitude são o hábitat de algumas espécies endêmicas de anfíbios anuros. Tais espécies podem fornecer evidências para testar a hipótese de que os ambientes montanhosos e acidentados propiciam barreiras à dispersão, fazendo com que cada população, passando por processos independentes de evolução, sofra especiação. Ischnocnema holti encontra-se em áreas de altitude da Mata Atlântica e trabalhos anteriores revelaram que há divergência genética entre os espécimes de diferentes localidades, havendo confusão de identificação com Ischnocnema lactea. Os objetivos deste estudo foram caracterizar geograficamente a diversidade genética de I. holti; discutir a existência de possíveis novas espécies neste complexo e inferir os processos históricos envolvidos em sua diversificação. Para inferir as relações filogenéticas, utilizamos dados de sequências de dois genes de DNA mitocondrial e quatro genes nucleares juntamente com Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança. Estimamos tempos de divergência (TMRCA) e também utilizamos a análise de agrupamento Bayesiano. Finalmente, nós modelamos o complexo sob condições atuais e passadas. Os resultados deste trabalho indicam que as populações de I. holti e I. lactea formam um complexo de espécies distribuídas nos topos das montanhas da Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. Nós encontramos seis clados bem suportados pelos marcadores mitocondriais e nucleares (ainda que com pequenas variações) e geneticamente bem divergentes, porém não foi possível resolver a relação entre os mesmos. As modelagens sugerem que as populações deste complexo permaneceram restritas as regiões de altitude pelo menos desde o Último Interglacial (120 mil anos atrás), ainda que possam ter tido uma pequena expansão de habitat no último Máximo Glacial. A datação da... / Abstract: Among the different environments of the Atlantic forest, the high altitude areas are habitat for some endemic species of amphibians. Such species can provide evidence to test the hypothesis that mountainous environments provide barriers to the dispersion. Thus, each population can evolve independently, suffering speciation. Ischnocnema holti is found in high altitude areas of the Atlantic forest. Previous papers have shown that there is genetic divergence between samples from different locations and that there is misidentification with Ischnocnema lactea. The aims of this study were to characterize geographically the genetic diversity of Ischnocnema holti, to discuss the existence of possible new species in this complex, and to infer the historical processes involved in the diversification of Ischnocnema holti. We infer phylogenetic relationships using DNA sequence data from two mitochondrial and four nuclear genes coupled with Bayesian and Maximum Likelihood reconstructions.We estimated divergence times (tMRCA) and also used Bayesian clustering analysis. Finally, we modelled the location of suitable climate for the complex species under present-day conditions and paleoclimates (SDMs). These results indicate that populations of I. holti and I. lactea form a complex of species distributed in the tops of the mountains of the Atlantic Forest of southeastern Brazil. We found six clades supported by mitochondrial and nuclear markers (even with minor variations) and genetically divergent, however we could not resolve the relationship between them. The modeling suggests that the populations of this complex remained restricted regions of altitude at least since the Last Interglacial (LIG), although they may have had a small habitat expansion in the last Glacial Maximum. The dating of the separation of lineages also suggests an older isolation, and the separation would have occurred between 7 and 11 million years... / Mestre

Orientador: Claudio de Oliveira / Coorientador: Jonathan Stuart Ready / Banca: Anderson Luis Alves / Banca: Luiz Henrique Garcia Pereira / Banca: Guilherme José da Costa / Banca: Ricardo Cardoso Benine / Resumo: Introduction: Prematurity is the leading cause of neonatal mortality and serious neonatal morbidity worldwide and the risk is inversely proportional to gestational age at birth. Several studies demonstrate the role of innate immune response and Toll-like receptors (TLRs) in normal and complicated pregnancies, however most studies have focused on the tissues of the maternal-fetal interface. Research of the expression of TLRs in gestational tissues is of great importance for understanding the involvement of innate immunity in normal pregnancies and adverse pregnancy outcomes, but the analysis of these tissues allows for results only after the complete resolution of gestation. In this scenario, a potential biological sample of interest for analysis of TLRs in the ongoing gestation are maternal peripheral blood cells, since they play a crucial role in the immune system and express high levels of many of the TLRs. Main: Evaluate the profile of gene expression of TLR-1, -2, -4 and -6 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and polymorphonuclear cells (PMNs) and compare these expressions between preterm and term pregnancies. Materials and methods: 119 normal pregnant women were included in the study, subdivided into three groups according to the gestational trimester. In addition, 20 pregnant women in preterm labor and 18 pregnant women at term were evaluated. Gene expression analysis was performed by real-time PCR and protein expression evaluation by flow cytometry. Statistical analyses were performed using the nonparametric Kruskal-Wallis and Mann-Whitney tests by SigmaStat 3.1 software. Results: Regarding PBMCs, there were no significant differences in gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 among the trimesters. The same was observed when comparing PBMCs of preterm and term pregnancies. In relation to neutrophils, gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 remained unchanged throughout normal... / Abstract: Introduction: Prematurity is the leading cause of neonatal mortality and serious neonatal morbidity worldwide and the risk is inversely proportional to gestational age at birth. Several studies demonstrate the role of innate immune response and Toll-like receptors (TLRs) in normal and complicated pregnancies, however most studies have focused on the tissues of the maternal-fetal interface. Research of the expression of TLRs in gestational tissues is of great importance for understanding the involvement of innate immunity in normal pregnancies and adverse pregnancy outcomes, but the analysis of these tissues allows for results only after the complete resolution of gestation. In this scenario, a potential biological sample of interest for analysis of TLRs in the ongoing gestation are maternal peripheral blood cells, since they play a crucial role in the immune system and express high levels of many of the TLRs. Main: Evaluate the profile of gene expression of TLR-1, -2, -4 and -6 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and polymorphonuclear cells (PMNs) and compare these expressions between preterm and term pregnancies. Materials and methods: 119 normal pregnant women were included in the study, subdivided into three groups according to the gestational trimester. In addition, 20 pregnant women in preterm labor and 18 pregnant women at term were evaluated. Gene expression analysis was performed by real-time PCR and protein expression evaluation by flow cytometry. Statistical analyses were performed using the nonparametric Kruskal-Wallis and Mann-Whitney tests by SigmaStat 3.1 software. Results: Regarding PBMCs, there were no significant differences in gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 among the trimesters. The same was observed when comparing PBMCs of preterm and term pregnancies. In relation to neutrophils, gene and protein expressions of TLR-1, TLR-2, TLR-4 and TLR-6 remained unchanged throughout normal ... / Doutor

Orientador: Adriana Coletto Morales Corrêa e Castro / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Maurício Martins da Rocha / Resumo: Cupins são insetos eussociais da infraordem Isoptera, que, atualmente, é composta por nove famílias com representantes vivos. Ecologicamente, os cupins desempenham um importante papel na ciclagem de nutrientes do solo, e são conhecidos como "super decompositores". A região Neotropical é a terceira em número de espécies de cupins conhecidas, com aproximadamente 600 descritas, que são divididas em cinco famílias, incluindo Termitidae, que abriga a espécie deste trabalho, Nasutitermes corniger. O presente trabalho se propôs a estudar as populações de N. corniger sob a perspectiva da genética de populações e da filogeografia. Essas duas áreas de estudo, aliadas, permitem que se trace a história evolutiva dos processos responsáveis pelo surgimento de padrões encontrados atualmente. De modo geral, esse foi o objetivo deste trabalho: encontrar e compreender os padrões e os processos que permitem traçar a história evolutiva da espécie N. corniger, distribuída ao longo da região Neotropical, utilizando-se o marcador molecular mitocondrial 16S rDNA. Foram utilizados 230 espécimes de N. corniger, provenientes de mais de 15 estados brasileiros, de países da América do Sul, América Central e Ilhas do Caribe. Após sequenciamento dos fragmentos de 16S rDNA, obteve-se 45 haplótipos, que puderam ser divididos em 6 agrupamentos. Com exceção de alguns haplótipos do agrupamento 1, considerado o mais antigo, os agrupamentos estão distribuídos de modo a relacionar áreas geográficas proximamente localizadas. A observação desse padrão, junto aos resultados da Análise de Variância Molecular (AMOVA), permitiu que se inferisse que as populações analisadas estão estruturadas ao longo da área amostrada. Os resultados da Nested Clade Phylogeografic Analysis (NCPA) frequentemente indicaram isolamento por distância como causa do padrão de distribuição de... / Abstract: Termites are eusocial insects of the infraorder Isoptera, which is currently composed of nine families with living representatives. Ecologically, termites have an important role in nutrient cycling of the soil, and are known as "super decomposers". The Neotropical region is the third in number of known species, with about 600 described species, that are divided in five families, including Termitidae, which involving the specie of this work, Nasutitermes corniger. This work proposed to study the populations of N. corniger by the approach of Populations Genetics and Phylogeography. Both study areas, together, allow to trace the evolutionary history of the processes responsible for the origin of currently found patterns. Overall, this was the aim of this work: to find and understand the patterns and processes which allow to trace the evolutionary history of the specie N. corniger, distributed along the Neotropics, using the mitochondrial molecular marker 16S rDNA. Have been used 230 specimens of N. corniger, from more than 15 Brazilian states, South and Central America countries and Caribbean Islands. After sequencing of 16S rDNA fragments, 45 haplotypes were obtained, which could be divided into six groupings. Except some haplotypes of grouping 1, considered oldest, the groupings are distributed to relate geographical areas most closely located. The observation of this pattern, together with the results of Analysis of Molecular Variance (AMOVA), allowed it to be deduced that populations are structured along sampled area. The results of Nested Clade Phylogeografic Analysis (NCPA) indicate, frequently, isolation by distance as cause of distribution pattern found, inference supported by Mantel's test. From the groupings which were observed at haplotypic network and the haplotype distribution pattern throughout the sampled region, it was still possible to infer a probable ... / Mestre

O gênero Petunia Juss. é caracterizado pela distribuição exclusivamente sulamericana e diversificação recente. Petunia exserta Stehmann é uma espécie endêmica da região fisiográfica da Serra do Sudeste (RS). Essa região faz parte do Bioma Pampa e apresenta um relevo muito característico com a presença de grandes torres de pedra. As plantas de Petunia exserta são encontradas nessas torres, em reentrâncias semelhantes a pequenas cavernas, um habitat muito restrito e inóspito para as outras espécies do gênero. Além de P. exserta, são descritas cerca de 30 espécies de plantas endêmicas dessa região, o que faz da Serra do Sudeste um local muito importante para a preservação da biodiversidade do Bioma Pampa. Este trabalho teve como objetivo principal caracterizar a estrutura populacional da espécie P. exserta através de marcadores moleculares plastidiais e nucleares. Dentro desse objetivo maior, também são objetivos desse trabalho: caracterizar as novas populações encontradas quanto ao modo de vida e variabilidade fenotípica; avaliar a presença de introgressão gênica a partir de P. axillaris; e fornecer subsídios que reforcem a necessidade da criação de uma unidade de conservação na Serra do Sudeste. Foram analisados 655 indivíduos para as sequências concatenadas dos espaçadores intergênicos plastidiais trnH/psbA e trnG/trnS e 487 indivíduos foram genotipados para cinco marcadores nucleares do tipo CAPS (cleaved amplified polymorphic sequences). As populações de P. exserta estudadas se caracterizam por uma ampla variabilidade fenotípica na coloração das flores e posição do aparelho reprodutivo. A análise dos dados demonstrou que a introgressão entre P. exserta e P. axillaris é restrita, possivelmente devido à seleção adaptativa, o que sugere que o habitat diferenciado pode desempenhar um papel importante nesse aspecto. A Análise de Variância Molecular (AMOVA) demonstrou grande estruturação genética, indicando o endocruzamento como uma característica da espécie. O compartilhamento de haplótipos plastidiais e alelos nucleares juntamente com a distribuição geográfica simpátrica, a ocorrência de eventos de hibridação e a pouca variabilidade genética permitem sugerir que P. exserta é uma espécie derivada de P. axillaris. Assim, a manutenção dessa espécie é dependente da manutenção do seu habitat que é limitado aos pequenos abrigos das torres da Serra do Sudeste. / Petunia Juss. is a genus characterized by an exclusive South American distribution and by its recent diversification. Petunia exserta Stehmann is an endemic species from Serra do Sudeste (RS) phisiographic region, which is parte of the Pampa biome and has a characteristic landscape with the presence of stone towers. P. exserta plants grow in these towers, in shady cracks resembling small caves. Its habitat is very restrict and inhospitable for the other species of the genus. In addition to P. exserta, more than 30 endemic plant species are described for this region, making of the Serra do Sudeste a very important region for maintaining the biodiversity of the Pampa biome. The main goal of this study was characterizing P. exserta population structure using chloroplast and nuclear markers. Within this framework, other goals of this study are: characterizing the newly discovered populations regarding its habit and phenotypic variation; evaluating the occurrence of introgression from P. axillaris; and presenting evidences that reinforce the need of a conservation unit in the Serra do Sudeste region. Overall, 655 plants were analyzed for the plastidial intergenic spacers trnH/psbA and trnG/trnS, and five CAPS (cleaved amplified polymorphic sequences) nuclear markers were used to genotype 487 individuals. The populations of P. exserta found were characterized by a wide phenotypic variation regarding flower color and position of the reproductive organs. Data analyses indicated low levels of introgression between P. exserta and P. axillaris, possibly due to natural selection, suggesting that the different habitat for these two species may influence this point. As shown by the Molecular Variance Analyze (AMOVA) the species presents strong genetic structure, indicating that inbreeding seems to be a characteristic of this species. The sharing of both cpDNA haplotypes and nuclear alleles, together with the sympatric geographical distribution, hybridization, and low genetic variability in P. exserta allow the suggestion that P. exserta is derived from P. axillaris. Thus, the maintenance of this species depends on the maintenance of its habitat, which is restricted to the small shelters on the towers in the Serra do Sudeste region.

Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) é um gênero sul-americano de peixes de água doce composto por onze espécies reconhecidas, sendo dez delas já descritas formalmente. A maioria dessas espécies ocorre no sul do Brasil nos Biomas Floresta Atlântica e Pampa. Acredita-se que o gênero possua um elevado grau de endemismo, com oito espécies associadas a regiões específicas de distribuição muito restrita. As espécies do gênero habitam ambientes de água doce com baixa correnteza e estão tipicamente associadas à vegetação campestre. Este trabalho teve como objetivo principal estudar e entender os padrões de diversificação em Cnesterodon através da utilização de ferramentas moleculares, e os resultados foram divididos em três manuscritos. No primeiro, foram utilizadas sequências de DNA dos genomas mitocondrial e nuclear para avaliar a estrutura genética e geográfica de C. decemmaculatus, uma espécie amplamente difundida no Bioma Pampa. Os resultados demonstraram que C. decemmaculatus possui uma estrutura genética associada aos amplos sistemas de drenagem do Sul da América do Sul. Esta espécie possui uma história evolutiva recente, com estimativas de divergência entre grupos genéticos entre 0.8 e 0.02 milhões de anos. Reconstruções filogeográficas apontam para um ancestral de C. decemmaculatus originado na Bacia do Uruguai, com posterior colonização para a Bacia do Rio Negro e bacias costeiras do Uruguai, com evidências de eventos de captura de cabeceiras ao longo de sua diversificação no Bioma Pampa. No segundo estudo, o objetivo foi estabelecer o número de linhagens genéticas relacionadas aos táxons Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus através de sequenciamento de nova geração pela técnica de RAD-seq. Essas espécies, simpátricas, endêmicas do Planalto Sul- Brasileiro (PSB), e restritas a altitudes acima de 750 metros podem ser distinguidas pela morfologia do órgão copulador masculino (gonopódio). Porém, a distinção baseada em outras estruturas morfológicas em fêmeas e machos jovens é extremamente difícil e até o momento não existem limites morfológicos claros entre esses táxons. Os resultados permitiram concluir que Cnesterodon sp. nov. B e C. brevirostratus constituem um complexo de espécies crípticas formado por quatro linhagens genéticas distintas, associadas ao tamanho do gonopódio e aos sistemas de drenagem Tramandaí-Mampituba, Laguna dos Patos e Rio Uruguai . A origem, diversificação e manutenção destes grupos genéticos estão provavelmente associadas a eventos de especiação alopátrica e seleção sexual. Finalmente, no terceiro estudo, dados de sequência de DNA (mitocondrial e nuclear) foram usados para propor uma hipótese filogenética, incluindo as novas linhagens identificadas no trabalho anterior. As filogenias moleculares se mostraram discordantes das resultantes a partir de dados morfológicos, e sugeriram que as espécies do Bioma Pampa e do complexo de espécies crípticas do PSB são grupos irmãos. A idade do ancestral comum mais recente do gênero foi estimada em 8 milhões de anos, sugerindo que o início da diversificação das espécies atuais do gênero teria ocorrido no Mioceno. As partes elevadas da bacia do Paraná podem ter sido o centro de origem de Cnesterodon, com posterior colonização, através de eventos vicariantes, para drenagens ao Norte e ao Sul. Os resultados obtidos neste trabalho revelaram que o conhecimento sobre a diversidade de Cnesterodon era subestimada, e que o grupo possui uma história evolutiva complexa, cuja diversidade genética e distribuição geográfica foram moldadas por processos geológicos e biológicos. / Cnesterodon Garman, 1895 (Poeciliidae) is a South American genus of freshwater fishes composed of eleven recognized species, with ten of them formally described. Most species occur in Southern Brazil, in the Atlantic Forest and Pampa biomes. It is believed that this genus has high endemism, with eight species associated to specific regions and a narrow distribution. This genus inhabits freshwater environments with low streamflow, and is typically associated to grassland vegetation. This work had as its main goal to study and understand the diversification patterns of Cnesterodon using molecular tools, and the results were divided in three manuscripts. In the first study, DNA sequences from mitochondrial and nuclear genomes were used to evaluate the genetic and geographic structure of C. decemmaculatus, a species widely distributed in the Pampa Biome. The results showed that C. decemmaculatus has a genetic structure associated to the broad drainage systems in Southern South America. This species has a recent evolutionary history, with divergence time estimates among genetic groups between 0.8 and 0.02 million years. Phylogeographic reconstructions suggest a C. decemmaculatus ancestor originated in the Uruguay basin with subsequent colonization of Rio Negro and Coastal basins of Uruguay, showing evidence for headwater capture events along its diversification in the Pampa Biome. In the second study, the goal was to establish the number of genetic lineages related to the taxa Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus using nextgeneration sequencing (RAD-seq). These sympatric species, endemic to the Southern Brazilian Highlands (SBH) and restricted to elevations above 750m can be distinguished by the morphology of the male copulatory organ (gonopodium). However, the distinction based on other morphological structures in females and young males is extremely difficult, and so far there are no clear morphological limits between these taxa. The results allowed us to conclude that Cnesterodon sp. nov. B and C. brevirostratus constitute a complex of cryptic species formed by four distinct genetic lineages, associated to gonopodium morphology and to hydrological basins. The origin, diversification and maintenance of these genetic groups are probably associated to events of allopatric speciation and sexual selection. Finally, in the third study, DNA sequence data (mitochondrial and nuclear) were used to propose a phylogenetic hypothesis including the new lineages identified in the previous study. Molecular phylogenies were discordant from those based on morphological data, and suggested that the species from the Pampa Biome and those from SBH represent sister groups. The time to the most common ancestor of the genus was estimated around 8 million years, suggesting that the initial diversification of the current species in the genus occurred in the Miocene. High elevation areas in the Paraná basin could have been Cnesterodon center of origin, with the subsequent colonization, based on vicariant events, to Northern and Southern drainages. The results from this work revealed that knowledge about Cnesterodon diversity was underestimated, and that this group has a complex evolutionary history, in which genetic diversity and geographic distribution have been shaped by geological and biological processes.

Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) é uma família de Characiformes com 14 espécies válidas divididas em duas subfamílias (Cynodontinae e Roestinae). As espécies de Cynodontinae sempre foram classificadas em um mesmo grupo, enquanto que Roestinae já foi classificada junto com Characidae. Com o objetivo de testar o monofiletismo de Cynodontidae, realizamos uma análise de máxima parcimônia com o algoritmo TBR em 42 táxons representando 12 famílias de Characiformes. A análise foi realizada com três regiões nuclearas e três genes mitocondriais; entretanto, o íntron da RPS7 foi retirado da análise final por questões de homologia do alinhamento. A árvore consenso obtida com 9842 passos (IC = 0,351 e IR = 0,358) evidencia o não monofiletismo de Cynodontidae, com Cynodontinae relacionada a um clado composto por Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae e Parodontidae, enquanto que Roestinae aparece dentro de Characidae relacionada à Heterocharacinae. Acestrorhynchidae foi recuperada na base do clado Roestinae/Heterocharacinae, o que condiz com outras filogenias moleculares e difere das filogenias morfológicas. As relações entre as espécies de Roestes e de Hydrolycus também foram recuperadas. As outras relações encontradas condizem com dados recentes da literatura, fortalecendo o conhecimento sobre a ictiofauna de água doce. A espécie Rhaphiodon vulpinus se destaca entre os Cynodontíneos por apresentar uma ampla distribuição geográfica, sendo encontrada em sistemas atualmente separados como as bacias do Paraná e do Amazonas. Por isso, uma análise da variabilidade e da estrutura populacional desta espécie foi realizada com o intuito de ampliar o conhecimento sobre a influência do passado geológico na distribuição da ictiofauna Neotropical, além de fornecer áreas prioritárias de conservação. Inicialmente, o estudo foi realizado com sequencias do gene da ATPase do mtDNA, e os resultados evidenciaram a existência de três grupos genéticos que foram considerados UES distintas (Bacia do Paraná, oeste da Amazônia e leste da Amazônia). Entretanto, a hipótese de contato secundário com mistura de fauna entre a Bacia do Paraná e o Rio Madeira foi postulada para explicar os resultados. Para testar tal hipótese, foi desenvolvida a biblioteca de microssatélites de R. vulpinus, já que este marcador é mais sensível para a detecção de estruturas populacionais. Foram obtidos 11 locos polimórficos, sendo que sete funcionaram em outros gêneros de Cynodontinae. A análise com microssatélites confirmou a conexão entre o oeste da Amazônia e a Bacia do Paraná, provavelmente devido à captura de riachos para a sub bacia do Rio Madeira. Uma grande diferença entre as análise é a subdivisão UES do leste da Amazônia (rios Araguaia e Xingu) devido à grande diferenciação do alto Xingu. Além disso, esta localidade parece ter contribuído no pool gênico do Araguaia após a estruturação, o que pode indicar outro evento de captura de cabeceiras. Estes eventos, no entanto, seriam relativamente recentes na história evolutiva de R. vulpinus, assim como é a barreira estabelecida pela Cachoeira do Teotônio no Rio Madeira, já que a mesma não foi detectada como barreira na análise do mtDNA. A história demográfica de Rhaphiodon vulpinus parece estar intimamente relacionada a eventos geológicos, já que a estruturação encontrada reflete o conhecimento atual sobre a formação das bacias hidrográficas. Além disso, R. vulpinus parece ser uma espécie bastante antiga, especialmente pela estruturação encontrada dentro da Bacia Amazônica. Por isso, tanto a diminuição do tamanho populacional (detectada no leste da Amazônia pelos microssatélites) quanto a expansão populacional (detectada no oeste da Amazônia pela ATPase) podem ter acontecido nesta espécie. R. vulpinus parece ser uma espécie com grande capacidade migratória, já que apresenta isolamento pela distância e estruturação relacionada à barreiras históricas. Em relação aos padrões de diversidade, ambos os marcadores evidenciaram uma diversidade moderadamente alta na Amazônia (com os maiores valores no oeste) e uma baixa diversidade na Bacia do Paraná, provavelmente devido à colonização da bacia aliado às alterações ambientais ocorridas na região. O conjunto de dados obtidos contribuirá para o esclarecimento das relações filogenéticas em Characiformes e também para a compreensão de aspectos da história evolutiva e da dinâmica de populações de R. vulpinus, uma espécie que parece ser mais antiga do que a formação atual dos sistemas de drenagem. / Cynodontidae (sensu Lucena & Menezes, 1998) is a Characiform family with 14 valid species which are divided in two subfamilies (Cynodontinae and Roestinae). Cynodontinae species were always classified in the same group meanwhile Roestinae has already been classified together with Characidae. In order to test the monophylestism of Cynodontidae, we have conducted a Maximum Parsimony Analysis using the algorithm TBR in 42 taxa, which represent 12 Characiform families. The analysis was performed with three nuclear regions and three mitochondrial genes; the first intron of RPS7 was removed from the final analysis due to problems related to alignment homology. The consensus tree obtained with 9842 steps (IC = 0,351 and IR = 0,358) does not support the monophylestism of Cynodontidae, which appears in a clade composed by Serrasalmidae, Prochilodontidae, Hemiodontidae, and Parodontidae; Roestinae appears within Characidae, close-related to Heterocharacinae. Acestrorhynchidae was recovered at the base of Roestinae/Heterocharacinae clade, which is in agreement with other molecular phylogenies and in disagreement with the morphological ones. The relationship between Roestes and Hydrolycus species was also recovered. Other relationships obtained are in agreement with recent data described elsewhere, which reinforces the knowledge on the freshwater fish fauna. The species Rhaphiodon vulpinus stands out from other Cynodontinae species due to its wide geographic distribution, occurring in basins that are currently separated as is the case of Paraná and Amazon. Within this context, population variability and structure analyses were conducted with the aim of expanding the knowledge related to the influence of geological history on the distribution of Neotropical fish fauna as well as to provide priority areas for conservation means. Initially, the study was carried out with ATPase gene sequences from mtDNA and the results evidenced the existence of three genetic groups which were considered as different ESUs (Evolutionary Significant Units; Paraná, Western Amazon, and Eastern Amazon). However, a secondary contact hypothesis with fauna mixture between Paraná and Madeira river basins was formulated in order to explain the results. In order to test such hypothesis, a microsatellite library was developed for R. vulpinus, once this marker is more sensitive for the detection of population structure. 11 polymorphic loci were obtained and among them, seven showed to be useful in other Cynodontinae genus. The microsatellite analysis confirmed the connection between the Western Amazon and the Paraná basin, which probably occurred as a result of headwaters capture by the Madeira river sub-basin. The major difference between the analyses comprises the ESU sub-division in Easter Amazon (Araguaia and Xingu rivers) due to the high differentiation of Upper Xingu. Moreover, this locality may have contributed on the Araguaia gene pool after its structuration process, which may be an indicative of another headwaters capture event. However, those events would be relatively recent in the R. vulpinus evolutive history, likewise the barrier formed by Teotônio Falls in Madeira river, once it was not detected as a barrier by mtDNA analysis. The demographic history of R. vulpinus seems to be tightly related to geologic events, once the structure obtained reflects the current knowledge on the formation of hydrographic basins. Furthermore, R. vulpinus seems to be a very old species, mainly due to the structure found within the Amazon basin. Thus, both the reduction of population size (detected in Eastern Amazon by microsatellite) and the population expansion (detected in Western Amazon by ATPase) may have occurred in this species. R. vulpinus seems to be a species with a high migration capacity, once it presents isolation by the distance and structuration related to historical barriers. Regarding the diversity patterns, both markers evidenced a slightly high diversity in the Amazon (high values on Western) and low diversity in the Paraná basin, possibly due to the occupation of the basin modulated by environmental changes that occurred in the region. Those data will contribute to resolve the phylogenetic relationships in Characiform and for the understanding of some aspects of the evolutive history and population dynamics of R. vulpinus, a species that seems to be older than the current drainage systems.