Tadpoles represent a key element in evolutionary history and the diversification of anurans. Through a two-phase life cycle, anurans can take advantage of the available resources in terrestrial and aquatic environments. Several studies have demonstrated that larval morphology may represent an important source of evidence for evolutionary studies. However, tadpoles are often ignored and little is known about their anatomy and biology. An example of this problem is the superfamily Dendrobatoidea, for which there is almost no information on tadpoles. This study aims to fill this gap. I performed a cladistic analysis of the superfamily Dendrobatoidae with emphasis on larval characters. The final dataset also included adult phenotypic characters and DNA sequences. The final matrix was composed of 621 terminals and more than 500 phenotypic characters of which 392 were individualized from larval systems, such as chondrocranium, cranial musculature and buccopharungeal anatomy. In my optimum hypothesis I recovered Dendrobatoidea as well as all its subfamilies and genera as monophyletic. Larval characters optimized as synapomorphies at different levels. Based on the topology and distribution of the characters, I discuss the evolution of several lifestyles and morphologies, such as oophagy, endotrophy, and carnivory in Dendrobatoidea / Girinos representam um elemento chave na história evolutiva e na diversificação dos anuros. Através de um ciclo de vida bifásico, os anuros conseguem aproveitar os recursos disponíveis tanto no ambiente terrestre como no aquático. Vários estudos demonstraram que a morfologia larvar pode representar uma importante fonte de evidências para estudos evolutivos. No entanto, girinos frequentemente são ignorados e pouco se sabe sobre sua anatomia e biologia. Um exemplo dessa problemática é a superfamília Dendrobatoidea, para a qual quase não há informações sobre seus girinos. O presente estudo visa contribuir para o preenchimento dessa lacuna. Eu realizei uma análise cladística da superfamília Dendrobatoidae, tendo como foco caracteres larvais. O dataset final também incluiu caracteres de adulto e sequências de DNA. A matriz final foi composta por 621 terminais e mais de 500 caracteres fenotípicos, dos quais 392 foram individualizados de sistemas larvais como condrocrânio, musculatura craniana e cavidade buccopharingeal. Em minha hipótese ótima, eu recuperei Dendrobatoidea bem como todas suas subfamílias e gêneros monofiléticos. Caracteres larvais otimizaram como sinapomorfias em diferentes níveis. Mediante a topologia e a distribuição dos caracteres, eu discuto a evolução de uma série de modos de vida e morfologias, como a oofagia, o endotrofismo e a carnivoria em Dendrobatoidea

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Since evolution is considered the unifying thread for the biological sciences, biology Since evolution is considered the unifying thread for the biological sciences, biology education should have an evolutionary perspective in its various contents. To promote a coherent teaching and learning in biology, especially in the field of systematics and taxonomy of living beings, it is necessary to understand the dynamics of life guided by the evolutionary process. A real possibility of evolutionary approach is the use of cladograms in teaching topics such as zoology, botany and physiology, among others. The Phylogenetic Systematics is a methodology for classification of organisms that seeks to reflect the evolutionary history of groups and bring them together based on the degree of phylogenetic relatedness. The importance of Phylogenetic Systematics be effectively worked in schools in a clear and precise way, making integration with several other knowledge, pointed to the relevance of diagnosing different notions that teachers have regarding this topic and the contribution of textbooks. This study aims: 1) to investigate teachers' conceptions about concepts and relevance of biological evolution and phylogenetic systematics in teaching animal diversity; 2) consider whether to approach the subject in textbooks may contribute to the understanding of evolution as a dynamic and non-linear process, stimulating development of the tree thinking by the student; and 3) to prepare a model of activity on the subject for pedagogical practice of teachers. A survey of teachers used a quantitative and qualitative approach, through the analysis of a questionnaire applied to teachers of science and biology. For the analysis and interpretation of the data we used the technique of the Discourse of the Collective Subject,, which is a possibility of preliminary analysis of the reports of the subjects to select the participants central ideas. The questionnaire also contained questions related to the interpretation of phylogenies. The results showed that most teachers use the description of the morphological and physiological characteristics of animals in classes, as well as they recognize the importance of approaching evolution through the phylogenetic systematics, but have difficulty in interpreting and using this tool. The analysis of the textbooks showed that the works have important aspects, such as description of events and procedures for construction of cladograms, and can contribute to the teaching of the "thinking tree". The didactic material prepared in the form of a board game can be a tool to support classes on the subject. Thus, the analysis of the possibilities of use of phylogenetic systematics as didactic transposition method for teaching science held by the teacher and the textbook, based on evolutionary approach, revealed the need to contribute to a reflection of the teacher's pedagogic practice. Furthermore, the indispensability of charting new paths in teaching and learning process, consistent with current scientific knowledge. / Como a evolução é considerada a linha unificadora para as Ciências Biológicas, o ensino de Biologia deveria ter uma perspectiva evolutiva em seus diversos conteúdos. Para promover um ensino e aprendizagem coerente em Biologia, em especial na área da sistemática e taxonomia dos seres vivos, é necessário entender a dinâmica da vida orientada pelo processo evolutivo. Uma possibilidade real de abordagem evolutiva é a utilização de cladogramas no ensino de tópicos como zoologia, botânica e fisiologia, entre outros. A Sistemática Filogenética é uma metodologia de classificação dos organismos que busca refletir a história evolutiva dos grupos e reuni-los com base no grau de parentesco filogenético. A importância da Sistemática Filogenética ser efetivamente trabalhada nas escolas de forma clara e precisa, fazendo a integração com diversos outros conhecimentos, apontou para a pertinência de diagnosticar diferentes noções que professores têm a respeito deste tema e a contribuição dos livros didáticos. Este estudo tem como objetivos: 1) investigar as concepções dos professores sobre conceitos e relevância da evolução biológica e da sistemática filogenética no ensino da diversidade animal; 2) analisar se a abordagem do tema em livros didáticos pode contribuir para o entendimento da evolução como um processo dinâmico e não linear, estimulando o desenvolvimento do pensamento em árvore (tree thinking) por parte do aluno; e 3) preparar um modelo de atividade sobre a temática para prática pedagógica dos professores. A pesquisa com professores utilizou uma abordagem quanti-qualitativa, tendo como instrumento de coleta um questionário aplicado a professores de Ciências e Biologia. Para a análise e interpretação dos dados foi utilizada a técnica do Discurso do Sujeito Coletivo, sendo esta uma possibilidade de análise preliminar dos relatos dos sujeitos para selecionar as ideias centrais dos participantes. O questionário aplicado também continha questões relacionadas à interpretação de filogenias. Os resultados mostraram que a maioria dos professores utiliza a descrição das características morfológicas e fisiológicas no estudo dos animais, reconhece a importância de abordagem evolutiva através da sistemática filogenética, mas tem dificuldade de interpretação e uso dessa ferramenta. A análise dos livros didáticos mostrou que as obras apresentam aspectos relevantes, como descrição de acontecimentos e procedimentos para construção de cladogramas, podendo contribuir com o ensino do pensamento em árvore . O material didático elaborado em forma de jogo de tabuleiro pode representar uma ferramenta de apoio docente nas aulas sobre o assunto. Dessa forma, a análise das possibilidades de uso da sistemática filogenética como método de transposição didática para o ensino de Ciências, realizada pelo professor e pelo livro didático, pautado numa abordagem evolutiva, revelou a necessidade de contribuir para uma reflexão da prática pedagógica do professor. Além disso, a imprescindibilidade de traçar novos caminhos no processo ensino e aprendizagem, compatíveis com o conhecimento científico atual.

RESUMO Alfonso Castro, H. L. Caracterização molecular de dengue tipo 3 isolados no Brasil e no Paraguai. 2010. 105f. Dissertação (Mestrado). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. O vírus da dengue (DENV), pertencente ao gênero Flavivirus da família Flaviviridae, é a arbovirose de maior impacto em saúde pública na atualidade. A infecção com qualquer do quatro sorotipos de dengue (DENV-1, -2, -3 e -4) pode ser assintomática ou causar doença febril (DF) que pode evoluir para uma forma mais grave, e algumas vezes fatais, caracterizada por derrame capilar, trombocitopenia. A introdução do DENV-3, genótipo III, nas Américas coincidiu com um aumento no número de casos graves da doença. Este vírus causou uma grande epidemia em 2002 no Rio de Janeiro e posteriormente se espalho em todas as regiões do pais, chegando inclusiva ao Paraguai. Diversos estudos filogenéticos e evolutivos foram realizados com o DENV-3 nas Américas, mas utilizando sequências genômicas parciais. Neste trabalho temos por objetivo analisar o relacionamento filogenético e evolutivo de DENV-3 isolados no Brasil e no Paraguai analisando a sequência genômica completa. A sequência de vírus isolados no Brasil (n=9) e no Paraguai (n=3) foram comparadas com 527 sequências depositadas no GenBank. As 12 cepas virais isoladas no Brasil e no Paraguai pertencem ao grupo americano do genótipo III. Analisando a árvore filogenética dos DENV-3 observamos três genótipos e diversas linhagens, sub-linhagens e clados dentro de cada genótipo. A distância genética entre os genótipos foi de 7,3 a 7,5%, entre as linhagens de 3,2 a 5,3%, entre as sub-linhagens 2,5 a 3,2% e entre os clados de 1,0 a 1,9%. A taxa evolutiva dos vírus variou entre 1,2x10-4 a 8,2x10-4 subs/sitio/ano. O ancestral comum do genótipo I teria surgido entre 1849-1945, do genótipo II entre 1916-1960, e do genótipo III entre 1876-1923. Os diferentes grupos genéticos apresentam motif de aminoácidos característicos. Estes dados serão de grande utilidade para uma melhor caracterização dos DENV-3 em futuras epidemias e, inclusive, poderão ser utilizados para seleção de candidatos a vacina. / ALFONSO CASTRO, H. L. Molecular characterization of dengue type 3 isolated in Brazilian and Paraguay. 2010. 105f. Dissertation (Master). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. Infections of humans with dengue viruses (DENV), which belong to the genus Flavivirus(family, Flaviviridae), can be subclinical or cause illnesses ranging from a mild, flu-like syndrome with rash (dengue fever [DF]) to a severe and some times fatal disease, characterized by capillary leakage, thrombocytopenia, and sometimes hypovolemic shock (hemorrhagic dengue fever [DHF/DSS]). DENV are classified in four immunological distinct serotypes: DENV-1 to 4. Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have bee see, and this increase coincided with the introduction of the dengue virus type 3, genotype III. This virus causes a great epidemic in 2002 in the city of Rio de Janeiro and later, the virus spread in Paraguay. Phylogenetics and evolutionary studies have bee carried out with DENV-3 isolated worldwide, but using sequences partial genomic. In this work, we have analyzed the genetic diversity of DENV-3 of Brazilian and Paraguayan isolated, analyzing the complete sequences genomic. The Brazilian (n=9) and Paraguayan (n=3) isolated, were compared with 527 sequences deposited in the GeneBank. Theses isolated, belong to the American group of the genotype III. The phylogenetic analysis of complete genome of the DENV-3, confirmed the existence of three known genotypes and suggested the presence of other groups within each genotype named of the lineages, sub-lineages and clades. The genetic distance among the genotypes were of 7,3 to 7,5%, among the lineages of 3,2 to 5,3%, among the sub-lineages of 2,5 to 3,2% and among clades of 1,0 to 1,9%. The evolutionary rates of the viruses varied among 1,2x10-4 to 8,2x10-4 s/s/y. The age of the ancestral common more recent of the genotype I, possibly are among 1849-1945, the ancestral common of the genotype II, among 1916-1960 and the ancestral common more recent of the genotype III, among 1876-1923. The different genetic groups present motif of amino acids. These data could provide information for a better understanding of the evolution of theses viruses, and even for selection of candidate vaccine

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 8341348 bytes, checksum: 3c793b10a08a57a4fe65df46346e7385 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The first classifications for the annelids were presented within a peculiar group of worms grouped within Class Vermes. The group was initially divided into Errant Annelides, Tubicolous or Sedentary Annelides, Terricolous Annelids, and Freshwater Annelids. These classifications did not reflect common ancestry. With the advent of phylogenetic systematics, many proposals were made for other organisms, attempting to reflect true relationships. The first proposals for annelids and polychaetes appeared in the 90s, based on morphology, and attempted to confirm the monophyly of these two groups. In these analyses, the Pogonophora were reduced to a family of Polychaeta, the Siboglinidae. These results remained incongruent when compared to results obtained later from molecular data. Another phylogenetic proposal presented the Pogonophora as being close to the sedentary polychaetes, closely related to Owenia. In this proposal, the clade Metameria was established to group the annelids, Enterocoela and Deuterostomia. Pogonophora as a family of Polychaeta disregards the evolutionary relationships that this taxon shares with the deuterostomes. In the present work, polychaetes with tori were selected as the ingroups of the analysis, together with Pogonophora, and including Phoronida and Pterobranchia, in order to establish genealogical relationships among these taxa. For parsimony analyses molecular data from 18S rRNA, morphological data coded as binary (a/p), multistate, and combined data (multistate molecular and morphological data) were used. Several slightly different topologies appeared in our results on morphology and molecules. On the other hand, the combined data was similar to the topology obtained from multistate morphology. From these analyses, we hypothesize that sedentary polychaetes with tori (including Pogonophora) are strictly related to Phoronida and Deuterostomia, their tagmatization being considered a particularly important synapomorphy. Finally, we emphasize the paraphyletic nature of Protostomia, Spiralia, Trochozoa and Lophotrochozoa, which are contrasted to the monophyletic Metameria. / As primeiras classificações para os anelídeos foram representadas para um grupo peculiar de vermes que formavam as primeiras famílias de poliquetas, agrupadas dentro da Classe Vermes. O grupo foi dividido inicialmente em Annélides Errantes, Annélides tubicoles ou Sédentaires, Annélides Terricoles e Annélides souceuses. Essas classificações não refletiam ancestralidade comum. Com o surgimento da sistemática filogenética, muitas propostas foram apresentadas para vários outros grupos de organismos, buscando refletir as relações de parentescos. A partir da década de 90 surgiram os primeiros trabalhos de filogenia com dados morfológicos para os anelídeos e poliquetas, com objetivo de confirmar a monofila dos dois grupos. Nestas análises, Pogonophora foi reduzido a uma família de Polychaeta, os Siboglinidae. Os resultados permaneceram incongruentes quando comparados os dados morfológicos com os dados moleculares, que surgiram posteriormente. Outras propostas filogenéticas apresentaram os Pogonophora como grupo próximo aos poliquetas sedentários, relacionados com os Owenia. Nessa proposta, foi estabelecido o clado Metameria para agrupar anelídeos, Enterocoela e Deuterostomia. Pogonophora como uma família de Polychaeta quebra a relação de paradigma evolutivo que este táxon compartilha com os Deuterostômios. Neste trabalho, se usou como grupo interno poliquetas com tori, Pogonophora, Phoronida e Pterobranchia, a fim de estabelecer relações genealógicas entre eles. Desta forma, se usou para análise de parcimônia dados moleculares 18S rRNA, dados morfológicos codificados como binário e multiestados, e dados combinados (moleculares e morfológicos multiestados). Os resultados mostraram várias hipóteses que se diferenciaram um pouco nas topologias, quando foram comparados os cladogramas de caracteres moleculares com os cladogramas de caracteres morfológicos. Embora, a topologia de caracteres combinadas se mostrou igual à topologia de caracteres morfológicos multiestados. Dessa maneira, hipotetiza-se a partir das análises aqui obtidas, que os poliquetas sedentários portadores de tori (incluindo Pogonophora) estão estritamente relacionados aos Phoronida e Deuterostomia, principalmente quando se ressalta o processo de tagmatização. Finalmente, enaltece-se a parafilia de Protostomia, Spiralia, Trochozoa e Lophotrochozoa, ressaltando o monofiletismo de Metameria.

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-12T17:15:35Z No. of bitstreams: 1 552144.pdf: 6450057 bytes, checksum: fbf827524d4f6cffe95aa715f8f77521 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-12T17:15:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 552144.pdf: 6450057 bytes, checksum: fbf827524d4f6cffe95aa715f8f77521 (MD5) Previous issue date: 2002-03-05 / CAPES / Os Mesoeucrocodylia compreendem os crocodilianos classicamente reunidos em dois grupos - Mesosuchia e Eusuchia. Enquanto o segundo é representado principalmente pelos crocodilianos viventes, hoje restritos a ambientes quentes e úmidos dos Trópicos, o primeiro inclui uma gama diversa de formas e hábitos, comumente encontrados em ambientes deposicionais das principais bacias sedimentares mesozóicas brasileiras. Diversas são as propostas de relacionamentos para os Mesoeucrocodylia, porém as controvérsias existem em relação aos grupos basais terrestres, principalmente os crocodilianos de distribuição gonduânica. O quase consenso entre autores sugere que estes formam um grupo polifilético. Nesta contribuição foram analisados 17 táxons de Mesoeucrocodylia basais do Mesozóico sulamericano e áreas relacionadas da Gondwana. Uma análise filogenética de parcimônia máxima por busca heurística de árvores revelou uma única hipótese de relacionamento completamente resolvida para estes táxons, evidenciando as seguintes conclusões. Os Notosuchia revelaram-se um grupo monofilético, no qual foram identificados alguns grupos monofiléticos inclusos fortemente suportados, tanto por análise de bootstrap quanto pelo índice de Bremer. Confirmou-se o monofiletismo das famílias Peirosauridae, Baurusuchidae e Uruguaysuchidae, ainda que tenham sido acrescidas de alguns táxons transferidos. Três novos grupos foram reconhecidos para a manuntenção de uma taxonomia monofilética. Uma análise de parcimônia de Brooks foi utilizada para investigar o relacionamento das massas continentais derivadas do supercontinente de Gondwana. Ao contrário das proposições de alguns autores anteriores, os resultados indicam um isolamento da África durante o Cretáceo Superior, enquanto a América do Sul se encontrava ligada a Antártica, Índia e Magadascar. / Mesoeucrocodylia includes the crocodylians usually divided in two groups - Mesosuchia and Eusuchia. Although the latter is mainly represented by living forms, today restrict to warm and wet habitats in the Tropics, the former includes a diverse set of forms, often found in sedimentary deposits from the main Mesozoic Brasilian basins. Many are the relationship hypotheses for the Mesoeucrocodylia. However, there is dispute between the phylogenetic relationships of the basal terrestrial groups, especially in regard to gondwanic forms (to those of Gondwanic distribution). lt is near a consensus between authors that gondwanic mesoeucrocodylia form a polyphiletic group. ln the present work, were analyzed 17 basal Mesoeucrocodylia taxa from the South American Mesozoic and Gondwanic related areas. An heuristic tree search under a maximum parsimony phylogenetic analysis revealed a single fully resolved relationship hypothesis to those taxa stressing the following conclusions. The Notosuchia forms a monophyletic group that includes a few monophyletic groups, highly supported under bootstrap analysis and Bremer indexes. The monophyly of the families Peirosauridae, Baurusuchidae, and Uruguaysuchidae were confirmed, although a few taxa were transferred to maintain monophyly. Three previously unrecognized groups were identified to maintain a monophyletic taxonomy. Brooks parsimony analysis was employed to investigate the relationships of the continental blocks derived from Gondwana. Contrary to previous authors propositions, the results indicate an isolated Africa during the Upper Cretaceous, while South America was linked to Antarctica, lndia, and Madagascar.

Os gradientes de riqueza e diversidade foram extensivamente explorados por ecólogos, estudando as interações dos organismos com o meio em escalas locais, e biogeógrafos, que buscam entender como os organismos se distribuem atualmente e no passado na superfície da terra em relação a dinâmicas de extinção, especiação e dispersão. Mas tão fundamental quanto saber o que determina o número de espécies em um determinado local, é saber o que determina quem são as espécies que ocorrem ali, ou seja, a composição de espécies. Nas últimas décadas, os ecólogos têm reconhecido que a organização das comunidades não é determinada apenas pelo ambiente atual e por interações biológicas, mas também pela história evolutiva dos clados que compõem as comunidades e pelo histórico biogeográfico da região. Os caminhos evolutivos de cada linhagem que compõe o pool de espécies se tornam as peças chave na explicação dos padrões de riqueza e diversidade atuais. Eu avaliei fatores ambientais e espaciais que influenciaram a organização dos clados de tiranídeos em sítios distribuídos ao longo da área de ocorrência da floresta com Araucaria, e como os gradientes de estrutura filogenética, juntamente com variáveis espaciais, ambientais e de disponibilidade de recurso, afetam a distribuição dos tiranídeos frugívoros naquele bioma. Os resultados mostraram que fatores históricos são os principais determinantes da organização dos clados e da variação espacial da frugivoria por Tyrannidae ao longo do gradiente de distribuição da floresta com Araucaria. Os resultados indicam que os processos ecológicos de organização das diferentes comunidades localizadas nesse tipo florestal são, de maneira geral, determinados pela dinâmica histórica de retração e expansão da floresta com Araucaria como um todo. A utilização de gradientes filogenéticos ajudou a elucidar alguns mecanismos históricos, como dinâmicas passadas de dispersão e especiação dos grupos, por trás de padrões de variação na frugivoria, que indicam uma possível conservação filogenética de nicho. / Gradients of richness and diversity were extensively addressed by ecologists studying the interactions between organisms and the environment in local scales, and by biogeographers seeking to understand the current and past distribution of organisms in relation to extinction, speciation and dispersal dynamics. Besides untangling the drivers of species richness in a certain site, it is also important to understand what species occur in that site, i.e. species composition. Recently, ecologists have recognized that community assembly is not only influenced by current environment and biological interactions, but also by the evolutionary history of clades in the community and by the biogeographical history of the region. The evolutionary path of each lineage within the species pool is now considered important to explain the current richness and diversity patterns. I evaluated how environmental and spatial factors drive Tyrannidae phylogenetic assembly in sites distributed along Araucaria forest range and how phylogenetic gradients, together with resource availability, spatial and environmental variables, affect the frugivorous Tyrannidae in that biome. The results showed that historical factors are the main determinants of phylogenetic assembly and of spatial variation in frugivory by Tyrannidae in the distribution range of the Araucaria forests. The results indicated that ecological processes that structure community assemblies in the Araucaria forests are, in a general way, determined by the historical dynamic of expansion and contraction of Araucaria forest as a hole. The use of phylogenetic information helped us to elucidate some historical mechanisms behind the variation pattern of frugivory, which indicated possible phylogenetic niche conservatism.

Em estudos prévios sobre a filogenia de Passiflora, as espécies P. actinia e P. elegans destacaram-se pela sua grande similaridade genética, apesar de sua classificação em séries taxonômicas distintas. As duas espécies apresentam distribuição geográfica muito diferente. Enquanto P. actinia é encontrada em áreas de Mata Atlântica desde o estado do Espírito Santo até o Rio Grande do Sul (RS), P. elegans está restrita ao RS e a poucas regiões limítrofes. Para melhor avaliar as relações evolutivas entre estas duas espécies foram realizadas coletas intensivas em todo o estado e desenvolvidos testes quanto às seqüências dos espaçadores intergênicos cloroplasmáticos trnL-trnF e psbA-trnH, e dos espaçadores transcritos dos genes ribossomais nucleares ITS de plantas de diferentes localidades. As análises revelaram uma baixa variabilidade intraespecífica, e evidenciaram um perfil genético próprio a cada espécie. Nas comparações interespecíficas, foram utilizadas seqüências de espécies do subgênero (Passiflora) estudadas previamente, pertencentes às séries Simplicifoliae e Lobatae, as mesmas de P. actinia e P. elegans, respectivamente. Nos três marcadores as menores distâncias genéticas encontradas foram entre estas duas espécies, sugerindo o pouco tempo de divergência entre elas. Estas comparações não mostraram diferenças marcantes nas diversidades dentro e entre as duas séries, indicando similaridade genética entre elas Apesar da intensa amostragem realizada na área limítrofe das distribuições de P. actinia e P. elegans, somente foi encontrado um híbrido entre as duas. Além do fenótipo morfológico intermediário, o híbrido pôde ser reconhecido através das suas características genéticas, o espaçador nuclear ITS apresentando padrão aditivo nos sítios variáveis destas duas espécies; as seqüências dos marcadores cloroplasmáticos foram iguais às de P. actinia, indicando que esta é a espécie doadora deste genoma. Os padrões genéticos e geográficos destas duas espécies sugerem que o processo de especiação que se desenvolveu entre as duas seja recente e tenha ocorrido em alopatria, estando provavelmente ligado aos eventos geológicos do Holoceno que influenciaram a migração da Mata Atlântica no RS. A investigação das características abióticas das regiões de ocorrência das espécies não apresentou grandes dissimilaridades, podendo indicar que a atual segregação espacial deva-se à fragmentação florestal ou que haja exclusão competitiva entre elas, pois apresentam nichos ecológicos muito semelhantes.

A bovinocultura é um dos destaques do agronegócio brasileiro no cenário mundial, uma vez que o País tem o maior rebanho bovino comercial do mundo e é o maior exportador de carne bovina. Para manter e melhorar a competitividade no mercado internacional é fundamental o monitoramento da sanidade animal e a aplicação de programas sanitários adequados e eficientes, especialmente em relação às doenças virais que causam grande impacto na produtividade. As infecções em bovinos causadas por pestivírus resultam em grandes perdas econômicas em todo mundo. Estas podem variar de subclínicas até fatais e pode envolver sinais clínicos respiratórios, reprodutivos e digestivos. As espécies virais pertencentes à família Flaviviridae, gênero Pestivirus, que causam estas infecções são: vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), BVDV tipo 2 (BVDV-2) e vírus da doença da fronteira (BDV), além de um pestivírus atípico, o vírus Hobi-like. O objetivo deste trabalho foi caracterizar filogeneticamente isolados de pestivírus detectados no Brasil entre 1995 e 2014. Para isso, 89 isolados de pestivírus foram amplificadas por RT-PCR, sequenciadas e analisadas filogeneticamente em três regiões genômicas, região 5’ não traduzida (5’UTR), autoprotease N terminal (Npro) e glicoproteína 2 (E2). Estes isolados eram provenientes de amostras biológicas de bovinos, soro fetal bovino e de cultivos celulares contaminados, de seis estados brasileiros (PB, PR, MS, MT, RS, SC). No total, 53,9% das sequências foram identificadas como BVDV-1, 33,7% como BVDV-2 e 12,3% como vírus Hobi-like. Os subgenótipos predominantes foram BVDV-1a (35,9%) e BVDV-2b (31,4%), porém, BVDV-1b (10,1%), 1d (6,7%), 2c (2,2%) e 1e (1,1%) também foram identificados. O BVDV-1e e 2c foram descritos pela primeira vez no Brasil. Estes resultados poderão contribuir para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos mais eficazes, visando futuros programas de controle e erradicação destes vírus no País. / The livestock is one of the highlights of Brazilian agribusiness in the world scenario. Since Brazil has the world’s largest commercial cattle population and is the largest beef exporter. To maintain and improve the competitiveness in the international market, is essential to monitor the animal health and the application of appropriate and efficient disease control programs, especially in relation to viral diseases, which cause major impact on productivity. Infection caused by pestiviruses in cattle results in great economic losses worldwide. It can vary from subclinical to fatal, and may involve respiratory, reproductive and digestive clinical signs. The viral species belongs to the family Flaviviridae, genus Pestivirus, that are the bovine viral diarrhea virus type 1 (BVDV-1), BVDV type 2 (BVDV-2) and border disease virus (BDV), and one atypical pestivirus, the Hobi-like virus. The aim of this study was to phylogenetically characterize pestiviruses detected in Brazil between 1995 and 2014. For this, 89 pestivirus isolates were amplified by RT-PCR, sequencing and phylogenetically analyzed in three genomic regions, 5’ untranslated region (5’UTR), N terminal autoprotease (Npro) and envelope glycoprotein 2 (E2). These isolates were from biological samples of cattle, fetal bovine serum and contaminated cell cultures from six Brazilian Federal States (PB, PR, MS, MT, RS, SC). In total, 53.9% sequences were identified as BVDV-1, 33.7% as BVDV-2 and 12.3% as Hobi-like viruses. The predominant subgenotypes were BVDV-1a (35.9%) and BVDV-2b (31.4%). Furthermore, BVDV-1b (10.1%), 1d (6.7%), 2c (2.2%) and 1e (1.1%) were also identified. The BVDV-1e and 2c were described for the first time in Brazil. These results will contribute for the development of more efficient vaccines and diagnostic tests, aiming future pestivirus control and eradication programs in Brazil.

Em estudos prévios sobre a filogenia de Passiflora, as espécies P. actinia e P. elegans destacaram-se pela sua grande similaridade genética, apesar de sua classificação em séries taxonômicas distintas. As duas espécies apresentam distribuição geográfica muito diferente. Enquanto P. actinia é encontrada em áreas de Mata Atlântica desde o estado do Espírito Santo até o Rio Grande do Sul (RS), P. elegans está restrita ao RS e a poucas regiões limítrofes. Para melhor avaliar as relações evolutivas entre estas duas espécies foram realizadas coletas intensivas em todo o estado e desenvolvidos testes quanto às seqüências dos espaçadores intergênicos cloroplasmáticos trnL-trnF e psbA-trnH, e dos espaçadores transcritos dos genes ribossomais nucleares ITS de plantas de diferentes localidades. As análises revelaram uma baixa variabilidade intraespecífica, e evidenciaram um perfil genético próprio a cada espécie. Nas comparações interespecíficas, foram utilizadas seqüências de espécies do subgênero (Passiflora) estudadas previamente, pertencentes às séries Simplicifoliae e Lobatae, as mesmas de P. actinia e P. elegans, respectivamente. Nos três marcadores as menores distâncias genéticas encontradas foram entre estas duas espécies, sugerindo o pouco tempo de divergência entre elas. Estas comparações não mostraram diferenças marcantes nas diversidades dentro e entre as duas séries, indicando similaridade genética entre elas Apesar da intensa amostragem realizada na área limítrofe das distribuições de P. actinia e P. elegans, somente foi encontrado um híbrido entre as duas. Além do fenótipo morfológico intermediário, o híbrido pôde ser reconhecido através das suas características genéticas, o espaçador nuclear ITS apresentando padrão aditivo nos sítios variáveis destas duas espécies; as seqüências dos marcadores cloroplasmáticos foram iguais às de P. actinia, indicando que esta é a espécie doadora deste genoma. Os padrões genéticos e geográficos destas duas espécies sugerem que o processo de especiação que se desenvolveu entre as duas seja recente e tenha ocorrido em alopatria, estando provavelmente ligado aos eventos geológicos do Holoceno que influenciaram a migração da Mata Atlântica no RS. A investigação das características abióticas das regiões de ocorrência das espécies não apresentou grandes dissimilaridades, podendo indicar que a atual segregação espacial deva-se à fragmentação florestal ou que haja exclusão competitiva entre elas, pois apresentam nichos ecológicos muito semelhantes.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:49Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-25 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As leveduras do gênero Trichosporon surgem como patógenos emergentes com altas taxas de morbidade e mortalidade em uma população de imunocomprometidos em crescente expansão. O aumento expressivo de relatos de casos de tricosporonose invasiva e a identificação controversa desse gênero implicam em um déficit epidemiológico que por sua vez, dificulta a compreensão da história natural dessas infecções. Isso conduz a atrasos no diagnóstico e, conseqüentemente, na terapia antifúngica apropriada. A presente investigação teve como objetivos avaliar os aspectos epidemiológicos relacionados à colonização e infecção humana por leveduras do gênero Trichosporon através de metodologias fenotípicas e genotípicas e sua correlação com fatores de virulência in vitro. Avaliamos 112 isolados de pele de indivíduos sadios e 26 isolados de urina (22) e cateter (4) identificados pelo método fenotípico. Dos isolados colonizantes (112) as seguintes espécies foram identificadas: T. cutaneum (29,46%), T. asteroides (20,53%), T. ovoides (15,17%), T. inkin (10,71%), T. mucoides (8,92%) e T. asahii (6,25%). Dentre os isolados de urina e cateter as espécies identificadas foram T. asahii, a espécie mais isolada (n = 23; 76,66%), seguido por T. inkin (n = 5; 16,66%) e T. asteroides (n = 2; 6,6%). Na identificação genotípica das leveduras do gênero Trichosporon utilizamos as regiões ITS e IGS do DNA ribossômico. Após a análise filogenética constatamos que a região que melhor discrimina as espécies é a IGS, assim o padrão ouro para nossa investigação foi baseado nessa região. Nos isolados de urina e cateter a espécie T. asahii foi predominante, sendo identificada em 22 isolados (84,6%), seguida por dois isolados de T. inkin (7,69%). T. coremiiforme e T. debeurmannium foram isolados em uma amostra cada (3,84%). Quando comparamos os dados obtidos pela identificação molecular e fenotípica observamos que apenas em 30% dos isolados (21/70), a identificação fenotípica foi capaz de identificar corretamente os isolados de Trichosporon spp. Como ferramenta epidemiológica analisamos o polimorfismo das sequências de T. asahii, segundo a classificação em genótipos. A análise bayesiana classificou o isolado 062 pertencente ao genótipo 3, o isolado 002 pertencente ao genótipo 4 e nenhum isolado pertencente aos genótipos 5, 6 e 7. Da mesma forma não podemos afirmar com qual genótipo, 1 ou 2, o restante dos isolados mais se assemelha devido à grande politomia e a baixa probabilidade a posteriori dos ramos. Avaliamos como fatores de virulência a produção de exoenzimas (Proteinase, Fosfolipase e DNAse) e Índice de adesão desses isolados, sendo possível observar que existe dois padrões distintos: isolados colonizantes com baixa produção de exoenzimas e pouco aderentes e isolados de urina e cateter com produção pronunciada de exoenzimas e com índice de aderência elevados. / Yeasts of the genus Trichosporon appear as emerging pathogens with high rates of morbidity and mortality in immunocompromised patients and is becoming increasingly widespread. The significant increase of invasive tricosporonose and the controversial identification of this kind imply an epidemiological deficit which in turn complicates the understanding of the natural history of these infections, leading to delays in diagnosis and, consequently, appropriate antifungal therapy. The present study aimed to evaluate the epidemiological aspects related to human colonization and infection by Trichosporon spp. through phenotypic and genotypic methods and its correlation with virulence factors in vitro. We evaluated 112 isolates from skin of healthy individuals and 26 isolates from urine (22) and catheter (4) identified by the phenotypic method. Among the colonizing isolates (112) the following species were identified: T. cutaneum (29.46%), T. asteroides (20.53%), T. ovoides (15.17%), T. inkin (10.71%), T. mucoid (8.92%) and T. asahii (6.25%). Among the isolates from urine and catheter the species identified were T. asahii the most species isolated (n = 23; 76.66%), followed by T. inkin (n = 5; 16.66%) and T. asteroides (n = 2, 6.6%). For the genotypic identification of yeasts Trichosporon, the ITS and IGS regions of ribosomal DNAwere used. After phylogenetic analysis, the region that better discriminates the species is IGS, and the gold standard for our investigation was based in that region. In isolates from urine and catheter the T. asahii was the predominant species, being identified in 22 isolates (84.6%), followed by two T. inkin (7.69%). T. coremiiforme and T. debeurmannium were isolated in one sample each (3.84%). When comparing the data obtained by molecular and phenotypic identifications it was observed that only in 30% of the isolates (21/70), the phenotypic identification was able to correctly identify isolates of Trichosporon spp. The polymorphism of the sequences of T. asahii, was analyzed according to the classification of genotypes. Bayesian analysis classified the 062 isolate belonging to genotype 3, the isolated 002 belonging to genotype 4 and no isolate belonging to genotypes 5, 6 and 7. Likewise we cannot say with which genotype 1 or 2, the remainder of the isolates most closely because of the large polytomous and low posterior probability of the branches. Evaluated as virulence factors of production of exoenzymes (proteinase, phospholipase and DNase) and index of adhesion of these isolates and it was observed that there are two distinct patterns: isolates colonizing lowexoenzymes and loosely adhering, and isolated from urine and catheter pronounced production of exoenzymes and high rate of adherence. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações