A subtribo Pericopina (Lepidoptera: Erebidae: Arctiinae: Arctiini) compreende 37 gêneros com distribuição exclusivamente Neotropical. Estudos acerca da taxonomia e relações filogenéticas para esse grupo são escassos. Entre os gêneros arrolados em Pericopina, Dysschema Hübner, 1818 é o mais especioso. O gênero é representado por 146 nomes válidos e 88 espécies, conta com 12 sinonímias genéricas e não há um consenso sobre o número de espécies que o compõem, uma vez que há suspeita por parte de alguns autores (WATSON & GOODGER 1986; LAMAS & GRADOS 1996) de que alguns nomes atualmente válidos para algumas espécies sejam, de fato, sinonímias. Recentemente Becker (2013) estabeleceu uma série de sinônimos, e o gênero passou a somar 59 espécies. O presente trabalho propõe, através do levantamento de caracteres morfológicos de adultos, analisar as relações filogenéticas de Pericopina e das espécies arroladas em Dysschema, atualizar a distribuição das espécies atualmente arroladas no gênero, além de uma melhor delimitação taxonômica. A análise cladística baseada em 156 caracteres morfológicos não corroborou a monofilia da subtribo Pericopina; o gênero Scearctia Hering se mostrou morfologicamente associado à Lithosiini e o gênero Pteroodes Butler se mostrou morfologicamente associado à Phaegopterina. Esses gêneros são realocados nos grupos supragenéricos anteriormente citados, com os quais mostraram maior afinidade filogenética, como taxonomicamente incertae sedis. Adicionalmente o gênero Seileria Dognin é aqui considerado sinônimo junior subjetivo de Thyrgis Walker A monofilia de Dysschema é corroborada apenas com a inclusão dos gêneros monotípicos Sermyla Walker e Are Walker. São descritas quatro novas espécies em Dysschema, 14 novos sinônimos estabelecidos, nove espécies revalidadas, oito sinônimos revalidados e duas combinações novas. Pericopis thyridia é um nome novo proposto em substituição a Pericopis fenestrata Butler, 1872, homônimo júnior de Coborisa fenestrata Walker, 1855. Para garantir a estabilidade taxonômica dos nomes arrolados em Dysschema foram designados 67 lectótipos e fixados 19 holótipos por evidência de monotipia / Pericopina (Lepidoptera: Erebidae: Arctiinae: Arctiini) comprises 37 genera distributed exclusively in the Neotropical region. Studies on the taxonomy and phylogenetic relationships for the species included in this group are scarce. Among the genera enrolled in Pericopina, Dysschema Hübner, 1818 is the most specious genus. The genus is represented by 146 valid names and 88 species, Dysschema has 12 generic synonyms and there is no consensus on the number of species that compose it, as it is suspected by some authors (Watson & Goodger 1986; Lamas & Grados1996) based on that currently valid names for some species are, in fact, synonyms. Recently Becker (2013) introduced several synonyms and the genus currently has 59 species . The present study proposes, through a survey of morphological characters of adults, to analyze the phylogenetic relationships of Pericopina and of the species enrolled in Dysschema, to update the distribution of the species currently enrolled in this genus, and a better taxonomic delimitation. A cladistic analysis based on 156 morphological characters did not corroborate the monophyly of Pericopina. Scearctia Hering is morphologicaly associated to the Lithosiini and Pteroodes Butler is morphologicaly associated to the Phaegopterina. These genera are enrroled in the supra-generic groups which their share phylogenetics afinities as taxonomically incertae sedis. Aditionally, Seileria Dognin is a junior subjective synonym of Thyrgis Walker. The monophyly of Dysschema was supported only with the inclusion of the monotypic genera Sermyla Walker and Are Walker. Four new species are described in Dysschema, 14 new synonyms are established, nine species are revalidated, eight synonyms are revalidated and two new combinations are established. Additionally, Pericopis thyridia is a new name proposed to replace the Pericopis fenestrata Butler, 1872, a junior homonym of Coborisa fenestrata Walker, 1855. In order to assure the estability of the names enrroled in Dysschema 67 lectotypes were designated and 19 holotypes were fixed by evidence of monotypy

O gênero Heliura Butler contava, no início deste trabalho, com 53 nomes e 40 espécies válidas. Foi realizada uma análise cladística com o intuito de testar o monofiletismo do gênero e construir uma hipótese de relações filogenéticas entre suas espécies. A análise mostrou que o conceito prévio de Heliura era polifilético, o que também se revelou verdadeiro para todos os gêneros estudados que tiveram mais de uma espécie incluída nas análises. Este gênero, como aqui redefinido, é composto por 66 espécies no sensu stricto, dentre as quais 16 são espécies novas, e 76 no sensu lato (incluindo as espécies incertae sedis). Tal rearranjo conta com dois novos sinônimos para Heliura, Ptychotricos Schaus, sin. nov. e Mesocerea Hampson, sin. nov. Todas as espécies que pertencem a Heliura no senso revisado foram redescritas e ilustradas, e tiveram sua distribuição geográfica mapeada. As demais foram realocadas de acordo com o que foi possível apurar a respeito de suas relações filogenéticas. Dentre as que foram realocadas com sucesso, estão Eucereon baleris Dyar, comb. nov. e Pseudaethria cosmosomodes Dognin, comb. nov. Dois gêneros novos são criados para realocar outras espécies que não pertencem a Heliura: Bus, gen. nov. e Dus, gen. nov. Entretanto, não foi possível realocar todas elas, de modo que as demais receberam o status de incertae sedis. Onze novos sinônimos foram descobertos: Heliura cadroe Schaus (= Acridopsis lucis Butler), Pseudaethria cessogae Schaus (= Heliura cosmosomodes Dognin), Pseudohyaleucerea manicorensis Rego Barros & Machado (= Heliura quadriflavata Kaye), Delphyre nilammon Schaus (= Eucereon inconspícua Kaye), Heliura klagesi meridionalis Rothschild, Delphyre lemoulti Draudt (= Neacerea rhodocrypta Druce), Automolis oviplaga Rothschild (= Delphyre subapicalis Dukinfield-Jones), Theages quadricolor Walker, Eucereon quadricolor boreale Rothschild e E. quadricolor meridionale Rothschild (estes três = Chelonia punctata Guérin-Meneville) e Eucereon tigrisoma Rothschild (= Galethalea pica Walker). Outras duas espécies também tratadas aqui em Heliura, H. pierus Cramer e H. dares Cramer, são declaradas species inquirendae. Heliura distincta Rothschild passa a ser conhecida como Heliura rothschildi nom. nov., uma vez que ,Teucer distincta Rothschild, um ano mais antiga, também passa a fazer parte de Heliura. A combinação nova Heliura elongata (Schaus), comb. nov. é mais antiga que H. elongata Rothschild, e, portanto, este último nome passa a ser conhecido como H. umbrimaculodes nom. nov. São apresentadas notas sobre Delphyre Walker e Eucereon Hübner, com a revalidação de alguns de seus sinônimos (Neacerea Druce, gen. revalid. e Erithales Poey, gen. revalid.), além da criação de um gênero novo, Aus, gen. nov., para algumas espécies previamente alocadas em Delphyre. As identidades de Eucereon archias e E. punctatum são discutidas à luz de novas descobertas. Novas combinações são propostas em Galethalea Butler, Pseudohyaleucerea Rego Barros & Machado, Diabaena Felder, Pseudopharus Hampson, Eucereon Hübner e Rhipha Walker. Outras duas espécies novas são descritas, em Delphyre e Erithales. Lectótipos foram designados quando apropriado para todos os nomes descritos ou presumivelmente descritos a partir de mais de um espécime / The genus Heliura Butler had 53 names and 40 valid species at the beginning of this study. A cladistic analysis was performed to test its monophyletism, which results showed that it is polyphyletic, as well as all other genera included in the analysis and represented by more than one taxon. Heliura, as defined here, comprises 66 species in its sensu stricto, 16 of which are new, and 76 in its sensu lato (which includes incertae sedis species). This arrangement counts with two new synonyms for Heliura, Ptychotricos Schaus, sin. nov. e Mesocerea Hampson, sin. nov. All the species belonging to Heliura in the sense here defended were redescribed, illustrated and mapped. The other ones were rearranged according to the results obtained at the analysis. Among those successfully placed in genera already described are Eucereon baleris Dyar, comb. nov. and Pseudaethria cosmosomodes Dognin, comb. nov. Two new genera were created to place other species that do not belong in Heliura: Bus, gen. nov. and Dusi, gen. nov. However, it was not possible to place confidently all the species that do not belong in Heliura, and those which phylogenetic positions remain a mistery were given the status of incertae sedis. Eleven new synonyms were discovered: Heliura cadroe Schaus (= Acridopsis lucis Butler), Pseudohyaleucerea manicorensis Rego Barros & Machado (= Heliura quadriflavata Kaye), Delphyre nilammon Schaus (= Eucereon inconspicua Kaye), Heliura klagesi meridionalis Rothschild, Delphyre lemoulti Draudt (= Neacerea rhodocrypta Druce), Automolis oviplaga Rothschild (= Delphyre subapicalis Dukinfield-Jones), Theages quadricolor Walker, Eucereon quadricolor boreale Rothschild e E. quadricolor meridionale Rothschild (these three = Chelonia punctata Guérin-Meneville), and Eucereon tigrisoma Rothschild (= Galethalea pica Walker). Two other species here treated in Heliura were declared species inquirendae: H. Pierus Cramer and H. Dares Cramer. Heliura distinct Rothschild received a new name, Heliura rothschildi, nom. nov., because Teucer distinct Rothschild, which is one year older, is now also part of Heliura. At last, notes on Delphyre Walker and Eucereon Hübner are provided, with the revalidation of some of its synonyms (Neacerea Druce, gen. revalid. and Erithales Poey, gen. revalid.), plus the creation of a new genus, Aus, gen. nov., for some species previously placed in Delphyre. The identities of Eucereon archias and E. Punctatum are discussed based on new evidence. New combinations are proposed in Galethalea Butler, Pseudohyaleucerea Rego Barros & Machado, Diabaena Felder, Pseudopharus Hampson, Eucereon Hübner, and <i.Rhipha Walker. Two other new species are described, in Delphyre and Erithales. Lectotypes were designated when appropriated for all names described or supposedly described from more than one specimen

A família Baurusuchidae é composta por crocodiliformes de médio porte do Cretáceo Superior da América do Sul, que apresentam oreinirrostria e dentição zifodonte, e outras características muito peculiares, como por exemplo: ectopterigóide fazendo parte da borda das coanas; redução drástica da fórmula dentária pra menos de seis dentes maxilares e menos de onze dentes mandibulares; uma depressão semicircular na lateral do quadrado; frontal dorsalmente deprimido em relação aos pré-frontais e parietal; contato entre nasal e frontal quase ausente; nasais fusionados posteriormente. Nas filogenias presentes na literatura, sua posição dentro de Mesoeucrocodylia costuma ser como grupo-irmão de Sebecus ou outros sebecídeos, e geralmente é incluída na irradiação notossúquia. A descrição de novas espécies de baurussuquídeos nos últimos anos deixou o gênero Baurusuchus sem uma definição precisa, uma vez que suas diagnoses originais agora se confundem com as da família como um todo. Neste trabalho foi feita a redescrição anatômica craniana da família Baurusuchidae, bem como uma análise filogenética através de uma matriz de 386 caracteres contendo 81 táxons, entre eles todos os baurussuquídeos conhecidos até o momento. Esta análise encontrou Baurusuchidae como um clado monofilético, fortemente sustentado por quatorze sinapomorfias, e o clado Bergisuchidae como seu grupo-irmão, ambos inseridos dentro de um clado Sebecosuchia mais inclusivo. Sebecosuchia, junto com Mahajangasuchidae e Peirosauridae, formaram um clado inédito na literatura, que aqui foi chamado de Oreinirostra. O gênero Baurusuchus mostrou-se monofilético, e se diferencia dos demais gêneros da família basicamente pela sua estrutura coanal, sem pneumatizações dos elementos ou fossas paracoanais acessórias, além de ter uma delgada parede posterior no teto do crânio, apresentar a sutura entre pós-orbital e esquamosal anteriormente convexa, e as aberturas laterais de Eustáquio menores que a abertura medial / Baurusuchidae is a family of mid-sized crocodyliforms from the Upper Cretaceous of South America that present oreinirostry, ziphodont dentition and several peculiar features as, for example: ectopterygoids taking part of the edge of the internal naris; drastic reduction of the dentary formula to less than six maxillary teeth and less than eleven mandibular teeth; a semicircular depression in the lateral surface of quadrate; dorsally depressed frontal in relation to prefrontals and parietal; contact between frontal and nasals almost absent or absent; nasals posteriorly fused. In the previously published phylogenetic trees for the group, Baurusuchidae is always nested within Mesoeucrocodylia, and commonly appears as sister group of Sebecus or other sebecids, also usually included in the notosuchian irradiation. The description of new baurusuchid species in the last few years has caused the Baurusuchus genus to lack a precise definition, since its original diagnosis can be used for the family as a whole. This work presents an anatomical cranial redescription of the Baurusuchidae family, as well as a phylogenetic analysis constructed based on a dataset of 386 characters and 81 taxa, with all known baurusuchids among them. The present analysis found a monophyletic Baurusuchidae clade, strongly supported by fourteen synapomorphies, and a Bergisuchidae clade as its sister group, both within a more inclusive clade Sebecosuchia. Sebecosuchia, Mahajangasuchidae and Peirosauridae formed together a new clade, named as Oreinirostra. The Baurusuchus genus appeared as monophyletic, and it differs from the other genera of Baurusuchidae primarily for its choanal structure, that lacks a pneumatization of its elements and accessories parachoanal fossae. It also has a thin wall in the skull roof posterior to the supratemporal fenestrae, an anteriorly convex suture between the postorbital and the squamosal elements, and lateral Eustachian openings smaller than the medial ones

Orientador: Valeria Maia Merzel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T20:30:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tomazetto_Geizecler_D.pdf: 2728814 bytes, checksum: 5ca8845e4db01805f12ccff354b0a0b0 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O hidrogênio é apontado como o candidato mais promissor para substituição do combustível fóssil devido a sua maior eficiência na conversão de energia útil e ausência de emissão de substâncias tóxicas. A produção de hidrogênio a partir de resíduos orgânicos é realizada por meio de digestão anaeróbica, tornando-se uma alternativa ecologicamente correta para atender à futura demanda por hidrogênio. No entanto, os micro-organismos e os processos metabólicos envolvidos estão longe de serem exaustivamente caracterizados. Nesse trabalho, amostras de uma planta de tratamento de esgoto doméstico foram analisadas em dois estudos complementares visando à caracterização de sua diversidade filogenética e a descrição de novas hidrogenases. O primeiro trabalho combinou a análise dos genes de RNAr 16S e FeFehidrogenase (hydA) com ferramentas estatísticas para estimar a riqueza e diversidade da comunidade procariótica em nível filogenético e funcional. As análises filogenéticas e de diversidade das bibliotecas gênicas demonstraram que todas as sequências de arquéias foram afiliadas a Euryarchaeota não cultivadas e, com relação ao Dominio Bactéria, Proteobacteria foi grupo filogenético predominante apresentando os maiores índices de diversidade e riqueza. As sequências putativas de hydA foram identificadas como sequências de genes de FeFehidrogenases ainda não descritas. Na segunda abordagem, a biblioteca metagenômica de fosmideo construída nesse estudo foi analisada empregando a tecnologia de pirosequenciamento 454 e resultou em aproximadamente 218 Mb de dados. Os três diferentes classificadores aplicados permitiram uma visão geral dos grupos taxonômicos mais abundantes devido ao enorme número de sequências metagenômicas não classificadas. Contudo, análises taxonômicas revelaram Gammaproteobacteria e Deltaproteobacteria, respectivamente, como as classes taxonômicas predominantes, enquanto que as espécies do gênero Methanospirillum foram dominantes entre as arquéias metanogênicas. A análise do metabolismo da comunidade microbiana através das bases de dados COG e Carma revelou que a degradação da biomassa depende de diferentes grupos filogenéticos, como por exemplo, Bacteroidia e Gammaproteobacteria, os quais foram indicados como envolvidos na degradação de carboidratos e proteínas, respectivamente. Além disso, as análises sugerem Clostridia e Methanomicrobiales e Methanosarcinales como principais micro-organismos produtores de hidrogênio e metano, respectivamente. As análises das seis sequências codificantes de FeFehidrogenase identificadas no conjunto de dados metagenômicos revelaram que essas representam novas sequências do gene alvo. Contudo, quatro dessas sequências foram identificadas na biblioteca de fosmídeo pela triagem gênica baseada no uso de PCR. O conjunto de resultados obtido nesse estudo permitiu elucidar a composição e o potencial metabólico dos micro-organismos residentes na planta de tratamento de esgoto analisada e sugere esse ambiente como um reservatório potencial de novos genes de hidrogenases para a exploração biotecnológica / Abstract: Hydrogen appears to be the most promising candidate for the replacement of fossil fuel due to its potentially higher efficiency of conversion to usable power and no toxic emission production. The production of hydrogen from organic wastes is performed through the anaerobic digestion, making it an environmentally friendly alternative for satisfying future hydrogen demands. Nonetheless, the microorganisms and metabolic processes involved are far from being exhaustively characterized. In this work, samples of a domestic sewage treatment plant were analyzed in two complementary studies aiming at the characterization of its phylogenetic diversity and the description of new hydrogenases. The first one, combined the analysis of 16S rRNA and [FeFe]-hydrogenase (hydA) genes with statistical tools to estimate richness and diversity of the prokaryotic community at the phylogenetic and functional levels. Phylogenetic analysis showed that all archaeal sequences were affiliated with yet uncultured Euryarchaeota and that Proteobacteria were the most predominant and diversified phylogenetic group within the bacterial library. The putative hydA sequences were identified as hitherto undetected [Fe-Fe]- hydrogenase gene sequences. Diversity statistical analysis confirmed a great richness and diversity of bacterial and hydA sequences retrieved from the sewage sludge sample. In the second approach, a fosmid metagenomic library was constructed and analyzed employing 454- pyrosequencing technology, resulting in approximately 218 Mb of data. Three different classifiers applied allowed a broad overview of the most abundant taxonomic groups due to a huge number of metagenome reads remained unidentified. However, taxonomic analysis revealed Gammaproteobacteria and Deltaproteobacteria, respectively, as the most abundant classes, whereas species of the genus Methanospirillum were dominant among methanogenic Archaea. The analyzes of the microbial community metabolism by means of COG and Carma databases revealed that the degradation of biomass depends on different phylogenetic groups, for instance, Bacteroidia and Gammaproteobacteria were indicated as involved into the degradation of carbohydrate and proteins. Furthermore, the analysis suggested Clostridia and Methanomicrobiales and Methanosarcinales as the main microorganisms producing hydrogen and methane, respectively. Analysis of the six coding sequences of FeFe-hydrogenases identified into the dataset revealed that they represented novel target gene sequences. However, only four of these coding sequences could be detected into the fosmid library by PCR screening. The combined results obtained in this study allowed us to have an insight of the composition and potential metabolism of the microbes residing in the analyzed domestic sewage treatment plant and suggested such environment as a potential reservoir for new hydrogenase genes to biotechnological exploration / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutora em Genética e Biologia Molecular

A microbiota intestinal humana desempenha papel essencial no organismo saudável, pois sintetiza vitaminas, influencia no desenvolvimento e maturação do sistema imune da mucosa intestinal, além de exercer importante função protetora, competindo por nutrientes e receptores com bactérias patogênicas. A colonização desta microbiota se inicia na criança recém-nascida e alcança estabilidade em torno do segundo ano de vida, com consequência para a saúde da criança e do adulto. As diferenças na composição da microbiota estão relacionadas a diferentes níveis de contaminação ambiental e de diferentes fatores endógenos. O objetivo do nosso estudo foi analisar a microbiota fecal de crianças com idade entre 2 dias a 1 ano de idade, que vivem em baixas condições socioeconômicas em São Paulo, Brasil. Foram coletadas amostras de fezes de crianças saudáveis, nos seguintes pontos pós-nascimento: 2º e 7º dias, 1 mês, 3 meses, 6 meses e 1 ano de vida. O DNA bacteriano foi extraído diretamente a partir das amostras de fezes e as bibliotecas 16S rRNA foram construídas utilizando 2 iniciadores bactéria-específicos. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em bibliotecas de gene 16S rRNA. Os principais grupos filogenéticos identificados foram Escherichia, Clostridium, Streptococcus e Bacteroides, do 1º ao 30º dia de vida. A partir do 3º mês, Streptococcus e bactérias não cultiváveis, além do gênero Escherichia, ganharam relevância na microbiota. Estes dados, em conjunto com as informações nutricionais, intercorrências clínicas e ambientais, sugerem a influência da contaminação ambiental e interpessoal no aumento da complexidade na composição da microbiota fecal. Essa abordagem molecular permitiu a análise da microbiota fecal do grupo selecionado, encontrando perfil bacteriano diferente do que é descrito nos países desenvolvidos. / The human intestinal microbiota plays essential role in healthy body since it synthesizes vitamins, influences on the development and maturation of the immune system of the intestinal mucosa. Furthermore, it also plays an important protective function competing for nutrients and receptors with pathogenic bacteria. The colonization of this microbiota starts in the newborn child and achieves stability around the second year of life, with consequence for the health of children and adults. The differences in the microbiota composition are related to different levels of environmental contamination and different endogenous factors. The aim of our study was to analyze the fecal microbiota of children ranging from 2º days to 1º year old living in low socioeconomic status in São Paulo, Brazil. We collected fecal samples of healthy children at the following points after birth: 2º e 7º days, 1 month, 3 months, 6 months and one year of life. Bacterial DNA was extracted directly from stool samples, and the 16S rRNA libraries were made using 2 bacterium-specific primers. The clones were randomly selected, and partially sequenced and analyzed based on 16S rRNA libraries. The main phylogenetic groups identified were Escherichia, Clostridium, Streptococcus, Bacteroides ranging from the 1º to 30º days of life. From the third month Streptococcus and uncultured bacteria, and, besides, Escherichia gender gained relevance in the microbiota. These data together with nutritional information, environmental and clinical intercurrents suggest the influence of interpersonal and environmental contamination in the increase of complexity in fecal microbiota composition. This molecular approach allowed the fecal microbiota analysis. This bacterial profile is different from described in developed countries.

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.

Dengue é uma doença infecciosa não contagiosa causada pelo vírus da dengue (gênero Flavivirus, família Flaviviridae), transmitida pela picada de artrópodes do gênero Aedes, principalmente Aedes aegypti, e sendo atualmente um importante problema de saúde pública em todo o mundo. Segundo a Organização Mundial de Saúde, cerca de 50 a 100 milhões de pessoas se infectam anualmente em mais de 100 países de todos os continentes. A dengue apresenta-se em três formas clínicas principais; doença febril indiferenciada, febre clássica do dengue (DF) e dengue hemorrágico com ou sem choque (DHF/DSS). Recentemente, viu-se um dramático aumento do número de casos de DHF/DSS nas Américas, e este aumento coincidiu com a introdução do dengue tipo 3, genótipo III. Neste trabalho, caracterizamos completamente o genoma de um vírus brasileiro de dengue tipo 3 (D3BR/RP1/2003) isolado de um paciente com dengue clássica. O genoma viral possui um tamanho de 10707 nucleotídeos e contém uma única região codificadora (posição 95 a 10264) flanqueada por duas regiões não codificadoras (RNC5, 1 a 94; RNC3, 10268 a 10707). A comparação do genoma viral com outros vírus isolados de pacientes com DF e DHF não mostrou diferenças significativas que sugerissem a presença de um fator genético associado à virulência. A analise filogenética baseada no genoma completo, mostra que a cepa D3BR/RP1/2003 pertence ao genótipo III e encontra-se proximamente relacionada a outro vírus isolado no Rio de Janeiro em 2002. Entretanto, quando essa análise filogenética é realizada com as regiões codificadoras das proteínas E e NS5 individualmente, a cepa D3BR/RP1/2003 encontra-se mais proximamente relacionada a um vírus isolado na Ilha de Martinica no Caribe. Este achado sugere que o isolado D3BR/RP1/2003 pode ter sido originado através de um evento de recombinação entre duas cepas virais distintas antes ou após sua introdução no Brasil. Dados sugestivos de recombinação foram observados também quando analisada a relação filogenética entre vírus isolados na Ásia. / Dengue is an infectious disease caused by dengue virus (genus Flavivirus, family Flaviviridae), transmitted by the bite of arthropods of the Aedes genus, mainly Aedes aegypti, and being currently an important problem of public health worldwide. According to the World Health Organization, about 50 the 100 million people are infected annually in more than 100 countries of all continents. Dengue can be presented in three main clinical forms; undifferentiated febrile illness, classic dengue fever (DF) and hemorrhagic dengue fever with or without shock (DHF/DSS). Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have been seen, and this increase coincided with the introduction of the dengue type 3, genotype III. In this work, we have completely characterized the genome of a Brazilian dengue type 3 (D3BR/RP1/2003 strain) isolated from a DF patient. The viral genome possesses a size of 10707 nucleotides and has a unique open reading frame (position 95 to 10264), flanked by two untranslated regions (UTR5\', 1 to 94; UTR3\', 10268 to 10707). The comparison of the viral genome with other viruses isolated from patients with DF and DHF did not show significant differences to suggest the presence of a genetic factor associate with virulence. Phylogenetic analysis based on the complete genome showed that D3BR/RP1/2003 strain belongs to genotype III and is close related to another virus isolated in Rio de Janeiro in 2002. However, when the phylogenetic analysis was based on the individual coding regions of E and NS5 proteins, D3BR/RP1/2003 strain was closely related to a virus isolated in the Island of Martinique in the Caribbean. This finding suggests that D3BR/RP1/2003 strain could have been originated through an event of recombination between different virus strains before or after its introduction to Brazil. Data supporting recombination events between viruses isolated in Asia have also been observed.

A fibropapilomatose é uma neoplasia caracterizada pela formação de múltiplos tumores que acomete, mais frequentemente, a espécie de tartaruga marinha Chelonia mydas. Estudos recentes apontam o Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) como o provável agente etiológico dessa doença, embora a associação com ambientes antropogenicamente alterados parecem contribuir para o desenvolvimento da doença. Nesse estudo, biópsias de tumores e secreções de tartarugas verdes capturadas no litoral do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a análises histológicas e moleculares visando detectar e caracterizar ChHV5. Em 45,5 % dos casos, os achados histopatológicos revelaram células epiteliais balonizantes com corpúsculos de inclusão intranucleares. ChHV5 foram detectados nas biópsias de pele e oculares dos animais e em secreções oculares e saliva por PCR. A análise das sequências parciais do gene da polimerase do ChHV5 detectadas revelou duas sequências gênicas distintas entre si. A análise filogenética indicou que as amostras brasileiras são similares às amostras de ChHV5 do grupo filogeográfico do Atlântico, compartilhando o mesmo clado que amostras provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico, sugerindo um possível fluxo dos vírus entre essas três regiões. / Fibropapillomatosis is a neoplastic disease characterized by the formation of multiple tumors affecting different species of sea turtles and, most often, Chelonia mydas. Recent studies indicate that Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) is the etiological agent of this disease, though its association with anthropogenically altered environments also appears to contribute to disease expression and tumor formation. In this study, tumor biopsy and secretions from green turtles captured off the coast of São Paulo State, Brazil, were used in histological and molecular analyses to detect and characterize ChHV5. In 45.5 % of cases, the tumor histopathological findings revealed ballooning degeneration with intranuclear inclusion bodies. ChHV5 was detected using polymerase chain reaction on the animals skin, ocular tumor biopsies, and ocular and oral secretions. The analysis of the detected ChHV5 sequences revealed two distinct genetic sequences together. Phylogenetic analysis indicated that Brazilian samples were similar to ChHV5 samples described for the Atlantic phylogeographic group and are therefore part of the same clade as the Gulf of Guinea and Puerto Rico samples. This similarity suggests a possible flow of the virus between these three regions.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigo Carvalho.pdf: 354139 bytes, checksum: 4f557de5909b41993211b240c60d40cd (MD5) Previous issue date: 2009-06-05 / Biological invasions has been a major threat to whole biomes around the world, affecting communities and ecossistems with consequences to the trophic web. At the same time it is a huge biogeographical experiment that allows the formulation of hypotheses about the rules for communitie assembly. This study tested the hypothesis that the level of phylogenetic relationship is positively correlated with the magnitude of competitive interactions, being stronger for closer species. We used two exotic African species (Panicum maximum and Andropogon gayanus) and a native of South America (Paspalum atratum-focal species) in a partial additive design for the mix of native-exotic, with an increase in density of the exotic. The results showed greater competitive effect on the focal species when in the presence of P. maximum (closer to the focal), suggesting that predictions can be made on potential invasive species based on the Darwin s Naturalization Hypothesys. / Invasões biológicas são atualmente umas das mais graves ameaças aos ecossistemas. Suas consequências estendem-se por toda a cadeia trófica, atingindo também comunidades e ecossistemas, com altos custos estimados para ações mitigadoras. Ao mesmo tempo revela-se um imenso experimento biogeográfico que possibilita a formulação de hipóteses sobre regras de assembléia de comunidades. Este trabalho testou a hipótese de que o nível de relação filogenética esta positivamente associado com a magnitude da interação competitiva, sendo maior para espécies mais aparentadas. Foram utilizadas duas espécies exóticas africanas (Panicum maximum e Andropogon gayanus) e uma nativa da América do Sul (Paspalum atratum-espécie focal) em um delineamento aditivo parcial para a combinação exótica-nativa, com aumento na densidade da espécie exótica. Os resultados mostraram maior efeito competitivo sobre a espécie focal quando na presença de P. maximum (mais próxima à focal), o que sugere que podem ser feitas predições sobre potenciais espécies invasoras com base na Hipótese de Naturalização de Darwin.

Um total de 8.961 amostras fecais coletadas de pacientes com diarréia aguda, no período de 1996 a 2006, no Estado de São Paulo foi testado para rotavírus por EIE. Destas, 20,0% foram positivas e posteriormente realizadas a caracterização dos rotavírus em genótipos G e P por nested RT-PCR. O genótipo G1 de rotavírus foi o mais freqüente, detectado em 35,2% das amostras, seguidos dos tipos G9, G2, G3, G4, infecção mista e G12. A associação mais freqüente foi a P[8]G1 e P[8]G9. Foi realizada a sequencia nucleotídica do gene 9 (VP7) de 38 rotavirus genótipo G1. Duas cepas foram analisadas dos anos de 1997, 1998, 2001 e 2002, três cepas dos anos 1996, 1999 e 2003, quatro cepas em 2000, sete cepas em 2004 e 2005, e cinco em 2006. Os 38 rotavírus G1 foram classificados em duas linhagens distintas, linhagem G1-I e linhagem G1-II. A linhagem G1-I foi detectada durante seis anos, 1996-1997, 2001-2002 e 2004-2006, e a linhagem G1-II foi detectada durante os anos de 1998-2001, e 2003-2005. Análises preliminares mostraram que Rotarix ® foi eficiente contra estas linhagens G1. / Rotavirus (RV) infections are recognized as a major cause of severe gastroenteritis in children worldwide. In March 2006, a monovalente P[8]G1, human RV vaccine (Rotarix® GlaxoSmithKline Biologicals) was introduced in Brazil into the routine childhood immunization schedule. Therefore, the study of genetic diversity among rotavirus strains before and after the introduction of this vaccine may be important for the development of vaccination strategies. A total of 8,961 fecal samples collected from patients with acute diarrhea, during the 11-year period surveillance in São Paulo State (1996 to 2006) were tested for rotavirus by ELISA. One thousand seven hundred eighty- four (1,784, 20.0%) were positive, and the characterization of the G and P genotypes was performed on 1,300 rotavirus samples by nested RT-PCR. The G1 type was the most prevalent rotavirus strain (35.2%). The second most prevalente was the G9 type (31.2%), followed by G2 (4.0%), G3 (3.5%), G4 (2.2%), mix infection (1.8%) and G12 (0.5%). The more frequent association was P[8]G1 and P[8]G9. We performed a sequence analysis of 38 P[8]G1 rotavirus strains, selected from a total of 341 P[8]G1.Two strains from 1997, 1998, 2001, and 2002 were analyzed; three strains from 1996, 1999, and 2003; four strains from 2000; seven strains from 2004, and 2005; and five strains from 2006. All 38 rotavirus G1 sequence in this study were found to be classified into two distinct lineages, lineage I with 44.7% (17/38) and lineage II with 55.3% (21/38). The G1I lineages were detected during six rotavirus seasons 1996-1997, 2001- 2002, and 2004-2006 whereas and lineage G1- II was detected during 1998-2001, and 2003-2005. Preliminary analyses 4 demonstrated that Rotarix® has been efficacious against these G1 lineages.