Métodos filogenéticos comparativos utilizam informações sobre as relações de ancestralidade entre as espécies para testar hipóteses evolutivas. Neste contexto, a Reconstrução de Caracteres Ancestrais (RCA) pode nos esclarecer muito a respeito dos organismos já extintos. A família Canidae apresenta variada gama de comportamentos, distribuída por quase todo o planeta. Sua rica história fóssil demonstra processos que nos dão pistas sobre a evolução e diversificação destes comportamentos ao longo de 46 Ma. Entender a importância de fatores bióticos e abióticos na evolução de carnívoros tem sido um dos grandes desafios em estudos macroevolutivos nos últimos anos. Aqui foram abordados aspectos evolutivos de Canidae com o intuito de demonstrar o papel de fatores ambientais e comportamentais, além de interações, na diversificação do grupo. Para isso, construiu-se a filogenia para todas as espécies vivas de canídeos e uma espécie recentemente extinta. No total, 37 espécies foram incluídas na árvore filogenética. Foram obtidos 23 marcadores moleculares usados na construção da filogenia. Utilizou-se também 68 caracteres morfológicos. A construção da filogenia foi feita utilizando inferência Bayesiana. O modelo evolutivo escolhido nessa etapa foi GTR + G + I. Também foi utilizado o algoritmo de Monte Carlo Markov Chain (MCMC) para obter a distribuição a posteriori, com 50 x 106 iterações. A datação da árvore filogenética foi feita através do método de Penalized Likelihood, onde foram utilizados 11 registros fósseis de nós conhecidos da filogenia. Após a filogenia feita, obteve-se os dados comportamentais para realização da RCA a respeito dos quatro atributos avaliados. As quatro reconstruções foram criadas com inferência em 1000 árvores cada. Todas análises de RCA foram realizadas com o método de parcimônia. Com o intuito de entender de que maneira os atributos se correlacionam ao longo da filogenia, foi calculada a correlação de Pagel além de Phylogenetic Generalized Least Squares (PGLS). A topologia obtida aqui foi diferente das demais árvores filogenéticas já criadas para Canidae. Além disso, a calibração temporal indica que o split entre Canini e Vulpini se deu há 12.6 Ma, diferente do que é apontado na literatura. A respeito das reconstruções, as linhagens ancestrais dos lobos e das raposas desenvolveram o hábito de viver em áreas abertas. Já os canídeos sulamericanos desenvolveram preferência por áreas florestais. Em relação à dieta, o ancestral de Caninae, assim como os ancestrais diretos das tribos Canini e Vulpini, apresentavam comportamento alimentar hipocarnívoro. O ancestral de todos os canídeos existentes hoje apresentou baixa organização social, enquanto que os lobos desenvolveram alto comportamento social, coincidindo com o surgimento do hábito hipercarnívoro. A respeito do tamanho corporal, o nó ancestral a todos os canídeos possuía tamanho médio, e as duas tribos que surgiram a partir desta linhagem divergiram seus tamanhos. O teste de Pagel demonstrou que há correlação entre dieta e socialidade, mostrando que a alimentação levou a modificações no comportamento Social. Os PGLSs mostram que três tipos de modelos evolutivos explicam as mudanças nos atributos ao longo do tempo. As mudanças no uso de habitat dos canídeos acompanharam as mudanças climáticas no planeta ao longo dos últimos 13 Ma. Já a alimentação meso e hipocarnívora dos sulamericanos se deve ao cenário encontrado na América do Sul ao chegarem, e como reflexo, não desenvolveram alto grau de socialidade. Os resultados sugerem que raposas tentaram evitar a competição com os lobos para não sobreporem seus nichos, sendo o fator fundamental para sua diversificação. / Phylogenetic comparative methods use information on ancestral relationships between species to test evolutionary hypotheses. In this context, the Ancestral Characters Reconstruction (ACR) can shed light on the already extinct organisms. The Canidae family has a wide range of behaviors, distributed throughout most of the planet. Its rich fossil history demonstrates processes that give us clues about the evolution and diversification of these behaviors over 46 Ma. Understanding the importance of biotic and abiotic factors in the evolution of carnivores has been one of the major challenges in macroevolutionary studies in recent years. Here we discuss the evolutionary aspects of Canidae with the purpose of demonstrating the role of environmental and behavioral factors, as well as interactions, in the diversification of the group. For this, the phylogeny was constructed for all living species of canids and a recently extinct species. In total, 37 species were included in the phylogenetic tree. A total of 23 molecular markers were used to construct the phylogeny. We also used 68 morphological characters. The construction of the phylogeny was done using Bayesian inference. The evolutionary model chosen in this step was GTR + G + I. The Monte Carlo Markov Chain algorithm (MCMC) was also used to obtain the posterior distribution, with 50 x 106 iterations. The phylogenetic tree was dated using the Penalized Likelihood method, where eleven fossil records of nodes known from the phylogeny were used. After the phylogeny, the behavioral data were obtained to perform the ACR in relation to the four attributes evaluated. The four reconstructions were created with inference in 1000 trees each. All ACR analyzes were performed using the parsimony method. In order to understand how the attributes correlate throughout the phylogeny, the Pagel correlation was calculated in addition to Phylogenetic Generalized Least Squares (PGLS). The topology obtained here was different from the other phylogenetic trees already created for Canidae. In addition, the time calibration indicates that the split between Canini and Vulpini occurred 12.6 Ma ago, different from what is pointed out in the literature. Concerning reconstructions, the ancestral lineages of wolves and foxes have developed the habit of living in open areas. South American canids have developed preference for forest areas. Regarding diet, Caninae's ancestor, as well as the direct ancestors of the Canini and Vulpini tribes, presented hypocampivorous feeding behavior. The ancestor of all canids present today had a low social organization, while the wolves developed a high social behavior, coinciding with the emergence of the hypercarnivore habit. Regarding the body size, the ancestral node to all canids had medium size, and the two tribes that have emerged from this lineage diverged their sizes. The Pagel test demonstrated that there is a correlation between diet and sociality, showing that diet led to changes in social behavior. The PGLSs show that three types of evolutionary models explain changes in attributes over time. The changes in the habitat use of the canids have accompanied the climatic changes in the planet during the last 13 Ma. The meso and hypocarnivorous feeding of the South Americans is due to the scenario found in South America when they arrived, and as a reflex, they did not develop high degree of Sociality. The results suggest that foxes tried to avoid competition with the wolves to avoid overlapping their niches, being the fundamental factor for their diversification.

Em ambientes florestais, a luz é o recurso que com mais frequência limita o crescimento, a sobrevivência e a reprodução em plantas. Assim, a variação na disponibilidade de luz no sub-bosque influencia a composição local de espécies lenhosas, que se segregam em diferentes nichos de luz de acordo com suas preferências e tolerâncias, conferidas através de suas adaptações e plasticidade fenotípica. Os atributos das espécies atuais, além de serem adaptados ao ambiente onde vivem, são um legado de seus ancestrais, motivo pelo qual espécies mais próximas filogeneticamente, com frequência compartilham atributos semelhantes e, por consequência, ocupam nichos similares, padrão conhecido como conservação filogenética. Estudos recentes mostram que atributos funcionais relacionados à captação de luz teriam se diversificado através de diferentes grupos filogenéticos, conferindo a estes capacidades distintas para a conquista de novos ambientes de luz. Nosso trabalho teve como objetivo detectar a presença de padrões filogenéticos na distribuição e nas respostas ecofisiológicas de oito espécies lenhosas co-ocorrentes e de seus respectivos clados em um sub-bosque florestal, a partir da comparação do nicho de luz e do desempenho de plantas juvenis em resposta ao gradiente luminoso existente. Assim nossas hipóteses são de que 1) as espécies filogeneticamente próximas tem maior semelhança em estratégias adaptativas do que espécies filogeneticamente distantes; 2) a amplitude de nicho e 3) a plasticidade de atributos em resposta à luz aumentam em clados mais derivados. Os resultados apresentados aqui mostraram uma maior similaridade entre as espécies mais relacionadas do que entre aquelas que são filogeneticamente distantes, sugerindo conservação filogenética do nicho. Quanto à amplitude de nicho, também há uma influência filogenética, porém, contrário ao esperado, os clados mais antigos apresentaram um nicho mais amplo. Para a plasticidade dos atributos os resultados aqui apresentados mostram que não há padrões filogenéticos na plasticidade das respostas de espécies e clados estudados, sugerindo o efeito de outros fatores sobre a plasticidade das plantas, como efeitos ontogenéticos ou estresse ambiental. / In forest environments, light is the resource that most often limits the growth, survival and reproduction in plants. Thus, the variation in light availability, regarded as one of the most important resources for woody plants in the understory, results in differences in species composition, which segregate in different light niches according to their preferences and tolerances, conferred by their adaptations and phenotypic plasticity. Extant plant traits are not only adapted to the present environment, they are also a legacy from their ancestors and, for that reason, phylogenetically related species often share similar attributes and consequently occupy similar niches, pattern known as phylogenetic conservatism. Recent studies show that functional traits related to the capture of this resource have diversified across different phylogenetic groups, giving them distinct abilities to occupy new light environments. The present study aimed to detect the presence of phylogenetic patterns in species distribution along a light gradient and in ecophysiological responses of eight co-occurring woody species and their respective clades in a forest understory. This was accomplished by comparing the light niche of juvenile plants in response to the existing light gradient, as well as their physiological plasticity in response to understory light variations. We hypothesized that (1) phylogenetic related species have greater similarity of adaptive strategies, and consequently of their niche, than more distantly related ones; and that (2) the niche breadth is wider and (3) traits plasticity is greater in more recent than in more basal clades. The results presented here showed that there is a greater niche similarity between closely related species than between those that are phylogenetically distant, suggesting niche conservatism. Regarding to niche amplitude, there is also a phylogenetic influence but, contrary to our expectations, the older clades showed a greater niche breadth. For plasticity of selected plant traits, results showed no phylogenetic pattern for the studied species and clades, suggesting that other factors act on the phenotypic plasticity of plants, such as ontogenetic effects and/or environmental stress.

Compreender como as espécies interagem e como a topologia de redes ecológicas influencia a dinâmica de populações e comunidades tem sido um dos principais objetivos de estudos ecológicos há mais de um século. Apesar desta longa tradição, o estudo de redes ecológicas tem aumentado drasticamente nas últimas duas décadas. No entanto, só recentemente ecólogos começaram a ir além da descrição de padrões topológicos e passaram a integrar outros dados biológicos importantes, como características funcionais e filogenia. Esta tese teve principalmente dois objetivos: i) desenvolver novas abordagens analíticas capazes de integrar informações funcionais e filogenéticas, a fim de descrever padrões estruturais em redes ecológicas, e ii) compreender a influência de dinâmicas eco-evolutivas na robustez de redes mutualísticas. No Capítulo I, desenvolvi uma abordagem analítica integradora para particionar os efeitos da filogenia e de características funcionais sobre a estrutura de redes de interação biótica. O método combina Teoria de Conjuntos Difusos e correlação matricial. Eu também desenvolvi um estudo de simulação para testar a acurácia da metodologia proposta em termos de Erro Tipo I. As simulações demonstram que o método é acurado, ou seja, rejeita incorretamente uma hipótese nula verdadeira em ~ 5% dos casos. No Capítulo II, investiguei como diferentes cenários de extinção afetam a robustez de uma rede de dispersão de sementes do sul do Brasil, incluindo cenários onde as espécies são eliminadas com base em sua distinção evolutiva e funcional. Os resultados indicam que a perda de espécies generalistas e diversidade funcional faz com que rede seja mais propensa a colapsar. No Capítulo III, desenvolvi uma investigação teórica sobre a influencia de diferentes modos de evolução de atributos sobre a robustez de redes mutualísticas que estão sofrendo um ataque funcional. Os resultados mostram que, apesar da pequena faixa de variação na robustez das redes, o modo de evolução dos atributos, e a interação entre modos de evolução de cada conjunto de espécies que interagem, influenciam a robustez de redes ecológicas, especialmente em casos extremos, onde os atributos das espécies apresentam sinal filogenético muito baixo ou muito forte. / Understanding how species interact and how the topology of ecological networks influences the dynamics of populations and communities has been mindboggling ecologists for over a century now. Despite this long tradition, the study of complex ecological networks has increased dramatically in the past two decades. Nonetheless, only recently ecologists have started to move beyond the description of topological patterns and started to integrate other important biological data, such as functional traits and phylogenies. Therefore, the aim of this dissertation was mainly two-fold: develop new analytical approaches capable to integrate functional and phylogenetic information in order to describe structural patterns in ecological networks, and to understand the effects of ecoevolutionary dynamics on network robustness. In Chapter I, I developed a new and integrative analytical framework to partition the effects of phylogenies and functional traits on the structure of ecological networks. The method combines fuzzy set theory and matrix correlation. I also developed a simulation study to test the accuracy of the framework I proposed. My simulation study demonstrates that the method is accurate, i.e., incorrectly rejecting a true null hypothesis in ~ 5%. In Chapter II, I investigated how different extinction scenarios affect the robustness of a seed dispersal network, from southern Brazil, including scenarios where species are eliminated based on their evolutionary and functional distinctiveness. The results indicate that loss of generalist species and functional diversity makes the system more likely to collapse. In Chapter III, I developed a theoretical investigation of the role of distinct trait evolution modes on the robustness of mutualistic networks undergoing functional trait extinctions. My results show that, despite the small range of variation in network robustness, the mode of trait evolution alone and the interaction between modes of evolution of each set of interacting species matter for network robustness, especially in extreme cases, where species traits present either very low or very strong phylogenetic signal.

A bovinocultura é um dos destaques do agronegócio brasileiro no cenário mundial, uma vez que o País tem o maior rebanho bovino comercial do mundo e é o maior exportador de carne bovina. Para manter e melhorar a competitividade no mercado internacional é fundamental o monitoramento da sanidade animal e a aplicação de programas sanitários adequados e eficientes, especialmente em relação às doenças virais que causam grande impacto na produtividade. As infecções em bovinos causadas por pestivírus resultam em grandes perdas econômicas em todo mundo. Estas podem variar de subclínicas até fatais e pode envolver sinais clínicos respiratórios, reprodutivos e digestivos. As espécies virais pertencentes à família Flaviviridae, gênero Pestivirus, que causam estas infecções são: vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), BVDV tipo 2 (BVDV-2) e vírus da doença da fronteira (BDV), além de um pestivírus atípico, o vírus Hobi-like. O objetivo deste trabalho foi caracterizar filogeneticamente isolados de pestivírus detectados no Brasil entre 1995 e 2014. Para isso, 89 isolados de pestivírus foram amplificadas por RT-PCR, sequenciadas e analisadas filogeneticamente em três regiões genômicas, região 5’ não traduzida (5’UTR), autoprotease N terminal (Npro) e glicoproteína 2 (E2). Estes isolados eram provenientes de amostras biológicas de bovinos, soro fetal bovino e de cultivos celulares contaminados, de seis estados brasileiros (PB, PR, MS, MT, RS, SC). No total, 53,9% das sequências foram identificadas como BVDV-1, 33,7% como BVDV-2 e 12,3% como vírus Hobi-like. Os subgenótipos predominantes foram BVDV-1a (35,9%) e BVDV-2b (31,4%), porém, BVDV-1b (10,1%), 1d (6,7%), 2c (2,2%) e 1e (1,1%) também foram identificados. O BVDV-1e e 2c foram descritos pela primeira vez no Brasil. Estes resultados poderão contribuir para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos mais eficazes, visando futuros programas de controle e erradicação destes vírus no País. / The livestock is one of the highlights of Brazilian agribusiness in the world scenario. Since Brazil has the world’s largest commercial cattle population and is the largest beef exporter. To maintain and improve the competitiveness in the international market, is essential to monitor the animal health and the application of appropriate and efficient disease control programs, especially in relation to viral diseases, which cause major impact on productivity. Infection caused by pestiviruses in cattle results in great economic losses worldwide. It can vary from subclinical to fatal, and may involve respiratory, reproductive and digestive clinical signs. The viral species belongs to the family Flaviviridae, genus Pestivirus, that are the bovine viral diarrhea virus type 1 (BVDV-1), BVDV type 2 (BVDV-2) and border disease virus (BDV), and one atypical pestivirus, the Hobi-like virus. The aim of this study was to phylogenetically characterize pestiviruses detected in Brazil between 1995 and 2014. For this, 89 pestivirus isolates were amplified by RT-PCR, sequencing and phylogenetically analyzed in three genomic regions, 5’ untranslated region (5’UTR), N terminal autoprotease (Npro) and envelope glycoprotein 2 (E2). These isolates were from biological samples of cattle, fetal bovine serum and contaminated cell cultures from six Brazilian Federal States (PB, PR, MS, MT, RS, SC). In total, 53.9% sequences were identified as BVDV-1, 33.7% as BVDV-2 and 12.3% as Hobi-like viruses. The predominant subgenotypes were BVDV-1a (35.9%) and BVDV-2b (31.4%). Furthermore, BVDV-1b (10.1%), 1d (6.7%), 2c (2.2%) and 1e (1.1%) were also identified. The BVDV-1e and 2c were described for the first time in Brazil. These results will contribute for the development of more efficient vaccines and diagnostic tests, aiming future pestivirus control and eradication programs in Brazil.

El presente artículo ofrece una propuesta de clasificación de las variedades lingüísticas pertenecientes a la familia lingüística pano habladas en la provincia del Purús (región Ucayali, Perú). Los datos empleados recogen información léxica sobre nueve de estas variedades lingüísticas e información gramatical sobre ocho de ellas. Este material ha sido analizado empleando métodos filogenéticos y demuestra la pertinencia de agrupar a todas estas lenguas en un subgrupo al interior de la familia pano. Sin embargo, los resultados revelan una contradicción entre los datos provenientes del léxico y los datos provenientes de la gramática: los primeros sugieren la existencia de tres unidades lingüísticas bien delimitadas, mientras que los segundos sugieren la existencia de cuatro. Esto abre interesantespreguntas en torno a la posible existencia de un continuo dialectal yaminawa. Finalmente, este artículo discute la posición de la lengua iskonawa (una lengua pano obsolescente) en relación con las lenguas del Purús. Los datos muestran que el iskonawa exhibe una fuerte base purusina, que nos lleva a postularlo como una lengua muy cercana a las lenguas habladas en el Purús. / The present paper aims to provide a classification of the Panoan linguistic varieties spoken in the province of Purus (Ucayali, Peru). The data covers lexical information coming from nine Panoan linguistic varieties of the Purus province, as well as grammatical information taken from eight of them. The data have been analyzed using phylogenetic methods and show the need of including all these languages in a single Panoan subgroup. The results, however, show inconsistent trends between the lexical and the grammatical data: lexical data suggest the existence of three well-defined linguistic units, while the grammatical data point towards the existence of four. This fact opens interesting questions regarding the so-called Yaminawadialectal continuum. Finally, this paper discusses the position of Iskonawa (an obsolescent Panoan language) in relation to the languages of Purus. The data shows that Iskonawa is closely-related to the languages of the Purus region.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-15T11:01:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-15T12:24:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-15T12:24:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tharlley Rodrigo Eugenio Duarte - 2018.pdf: 3238895 bytes, checksum: 4372ea2b66d739dd3a82a02b57e2b24a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-26 / Brazil is the largest arbovirus granary in the world and presents the largest endemic area of yellow fever (YF). The Ministry of Health reported in 1170 suspected cases of yellow fever, of which 847 are under investigation, 93 were discarded and 230 were confirmed, being in the states of Minas Gerais (201), Espírito Santo (25) and São Paulo (4). Of the total number of cases reported, 186 died, 104 of which remained in the investigation, 79 deaths were confirmed and 3 were discarded. The case fatality rate among confirmed cases was 34.3%. For YF there is no specific treatment, however, vaccination is effective being the only and best way of prevention. Precisely because of this factor and others involved the diagnosis of YF is not made in the health system except by a relevant suspicion. The problem is that in many cases viruses go unnoticed in cases of Dengue virus infection because of cross reactivity between members of the genus Flavívirus or because of non-specific symptoms. The present study analyzed 118 samples that were screened for suspected Dengue Virus infections (VDEN) for the year 2011 to 2013, but discarded for this virus because they gave negative results to the viral agent through serological and molecular tests in the municipality of Goiânia, Goiás. Samples were sent to the Virology Laboratory of the Federal University of Goiás Regional Jataí and analyzed by molecular methods such as RT-PCR and Nested-PCR followed by verification of the amplicon by agarose gel electrophoresis. Among the 118 negative samples for the DENV virus, three of the samples were positive for the Yellow Fever Virus (YVF) according to the production of amplicons of 253 bp of the NS5 region and confirmation of the identity of the amplicon by nucleotide sequencing. The sequences obtained were submitted to BLAST for identity confirmation. The translated sequence was analyzed by MEGA software version 7.0. For phylogenetic analysis, the best model was previously determined and then the tree was constructed with 53 sequences of all Yellow Fever viruses present in databases for a comparative analysis. The sequences found were compared to sequences from the VFA recorded in the Genbank database and were identified as referring to a portion of the NS5 nonstructural protein, position 216 to 296 of this protein, conferring 81 amino acids. The representative tree demonstrated that the sequences submitted were directly related to Senegal taxa. The robustness of the phylogenetic method was by Bootstrap 2000 replicates using the best JTT + G model, Maximum Likelihood. The Tajima test applied yielded a value of D = 1.159570, thus demonstrating that there was no population expansion of the taxa analyzed, considering that they have a significant degree of conservation during evolution. From the results obtained in the study, it can be affirmed that there was already an YFV circulation in the year 2013, at least of patients seen in the central region of Brazil, even before the last outbreak in 2017. / O Brasil é o maior celeiro de arbovírus do mundo e apresenta a maior área endêmica de febre amarela (FA). O Ministério da Saúde notificou, em 2017, 1170 casos suspeitos de febre amarela, sendo que desses 847 estão em investigação, 93 foram descartados e 230 foram confirmados, sendo nos estados de Minas Gerais (201), Espírito Santo (25) e São Paulo (4). Do total de casos notificados, 186 evoluíram para óbito, sendo que 104 óbitos permanecem em investigação, 79 óbitos foram confirmados e 3 foram descartados. A taxa de letalidade entre os casos confirmados foi de 34,3%. Para FA não há tratamento específico, no entanto, a vacinação é eficaz sendo a única e melhor maneira de prevenção. Justamente por esse fator e outros envolvidos o diagnóstico da FA não é feito no sistema de saúde a não ser por uma suspeita relevante. O problema é que em muitos casos os vírus passam despercebidos em casos de infecção pelo vírus Dengue por apresentar reatividade cruzada entre membros do gênero Flavívirus ou por apresentar sintomas inespecíficos. O presente estudo analisou 118 amostras que foram triadas para infecções suspeitas de Vírus da Dengue (VDEN) referentes ao ano de 2011 a 2013, porém descartadas para esta virose por terem dado resultados negativos para o agente viral através de testes sorológicos e moleculares no município de Goiânia, Goiás. As amostras foram encaminhadas para o Laboratório de Virologia da Universidade Federal de Goiás Regional Jataí e analisadas por métodos moleculares, como o de RT-PCR e Nested-PCR seguida da verificação do amplicon por eletroforese em gel de Agarose. Dentre as 118 amostras negativas para os vírus DENV, três das amostras foram positivas para o Vírus da Febre Amarela (VFA) conforme produção de amplicons de 253 pb da região NS5 e confirmação da identidade do amplicon por sequenciamento nucleotídico. As sequências obtidas foram submetidas ao BLAST para confirmação da identidade. A sequência traduzida foi analisada pelo software MEGA versão 7.0. Para análise filogenética foi determinado previamente o melhor modelo e em seguida a árvore foi construída com 53 sequências de todos os vírus da Febre Amarela presentes em bancos de dados para uma análise comparativa. As sequências encontradas foram comparadas com sequências do VFA registradas no banco de dados Genbank e identificouse que se refere a uma porção da proteína não estrutural NS5, posição 216 a 296 desta proteína, conferindo 81 aminoácidos. A árvore representativa demonstrou que as sequências submetidas estavam diretamente relacionadas com táxons do Senegal. A robustez do método filogenético foi por Bootstrap 2000 réplicas utilizando o melhor modelo JTT+G, Maximum Likelihood (Máxima probabilidade). O teste D de Tajima aplicado gerou um valor de D= 1.159570, demonstrando assim que não houve expansão populacional dos táxons analisados, considerando que os mesmos possuem significativo grau de conservação durante a evolução. A partir dos resultados obtidos no estudo, pode-se afirmar que já havia circulação do VFA no ano de 2013, pelo menos de pacientes atendidos na região central do Brasil, antes mesmo do último surto em 2017.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-09-25T12:11:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2014.pdf: 1922668 bytes, checksum: 8ba35cacc2f1d99252124085bf81a549 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-09-26T11:42:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2014.pdf: 1922668 bytes, checksum: 8ba35cacc2f1d99252124085bf81a549 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-26T11:42:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2014.pdf: 1922668 bytes, checksum: 8ba35cacc2f1d99252124085bf81a549 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / We have been describing species for a long time and we have been asking about how many of them are left on the Earth. Species are evolutionary lineages and the answer to that question maybe is not in richness estimates, but in how much of the evolutionary tree was already described. Here, we studied how richness and phylogenetic diversity have been accumulated in Tetrapods and how those metrics differ from each other. We also tested if there were biases for particular clades in species describing process, it would mean non-random description along the phylogeny. We found Amphibia and Squamata have ascendant curves for both metrics, Mammals are beginning its stabilization and Birds are stabilizing for about 60 years. Nonetheless, phylogenetic diversity trends to stabilize firstly than richness, due to the convex relationship between them. We also founde that description has been at random about clades. Thus, more efforts are necessary to improve our phylogenetic resolution of Amphibia, Squamata and Mammals. Once we have an ample sample size in Birds and a random sample along phylogeny, we need to resolve Darwinian and Wallacean shortfalls, taking into consideration the phylogenetic relationship among species, the evolutionary model of their traits and where those species occur. Understanding species as lineages permits us to stabilize early the number of species and to infer which species could have been extinct before description, such as what would be their impacts in conservation, community ecology and ecosystem function. / Nós temos descrito espécies há muito tempo e nos perguntamos sobre quantas delas existem na Terra. Espécies são linhagens evolutivas e a resposta à essa pergunta talvez não esteja na estimativa de riqueza, mas em quanto da árvore evolutiva já foi descrita. Aqui nós estudamos como tem sido o acúmulo de riqueza e diversidade filogenética desde 1758 nos Tetrápodas e como essas duas métricas se diferem. Também testamos se havia vieses para descrições de espécies em determinados clados, indicando descrição não aleatória na filogenia. Nós encontramos que Anfíbios e Squamata possuem curvas ascendentes, Mamíferos estão começando a estabilizar e Aves estão estabilizando nos últimos 60 anos. No entanto, apesar de riqueza e diversidade filogenética serem correlacionadas, a segunda tende a estabilizar primeiro que riqueza, devido a relação convexa entre elas, parecida com as relações espécie-área. Nós também encontramos que o processo de amostragem (descrição) ao longo da filogenia tem sido aleatório. Assim, mais esforços são necessários para melhorarmos nossa resolução filogenética de Anfíbio, Squamata e Mamíferos. Já Aves, uma vez que temos grande tamanho amostral necessitamos focar agora nas suas lacunas Darwinianas e Wallaceanas, resolvendo as incerteza sobre a relação de parentesco entre as espécies, quais são os modelos evolutivos que explicam a evolução de suas características e onde essas espécies ocorrem. Entender espécies como linhagens permite-nos estabilizar o número de espécies mais cedo e inclusive inferir quais espécies poderiam ter sido extintas antes de descritas e quais seriam seus impactos em conservação, ecologia de comunidades e funcionamento de ecossistemas.

INTRODUÇÃO: O subgrupo Anopheles strodei é pouco estudado apesar de sua importância epidemiológica potencial. Espécies desse subgrupo foram encontradas naturalmente infectadas por parasitos que causam malária em humanos, Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax e Plasmodium malariae, no Brasil. O subgrupo Anopheles strodei compreende oito espécies: An. rondoni (Neiva & Pinto), An. albertoi Unti, An. arthuri Unti, An. strodei Root, An. strodei CP, e três outras espécies que foram propostas por Bourke et al. (2013), mas não foram descritas: An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. OBJETIVOS: A definição e delimitação precisa de espécies que atuam como vetores de agentes infecciosos é um dos objetivos da entomologia da saúde pública. Os objetivos deste estudo foram: 1) Estabelecer as relações filogenéticas entre espécies do Subgrupo Strodei; 2) Estimar a distribuição espacial potencial das espécies do Subgrupo Strodei; 3) Confirmar a presença de quatro espécies sob o nome An. arthuri. MÉTODOS: Sequências de DNA de um gene mitocondrial (fragmento de 658 pares de bases do código de barras do gene COI, citocromo oxidase subunidade I) e de três genes nucleares codificadores de proteínas (White, CAD e CAT) foram empregadas para estabelecer as relações filogenéticas potenciais entre as espécies que compõe o subgrupo An. strodei. As análises filogenéticas foram conduzidas utilizando abordagem Bayesiana das sequências de DNA dos quatro genes. Para estabelecer a distribuição espacial potencial das espécies, utilizou-se abordagem de máxima entropia de nichos ecológicos. Para isso as localidades das coletas, juntamente com os dados climáticos e geográficos foram introduzidos no programa MAXENT. RESULTADOS: Os resultados das análises filogenéticas demonstraram e, portanto, confirmaram o monofiletismo do Subgrupo Strodei, a presença de pelo menos sete espécies sob o nome An. strodei, ou seja, corroborou a validade de An. albertoi, An. arthuri, An. strodei, An. strodei CP, além das espécies denominadas, preliminarmente, como An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. Portanto, como definida atualmente, An. arthuri não representa grupo monofilético, pois inclui táxons que deverão ser formalmente descritos em estudos futuros. CONCLUSÃO: As distribuições potenciais de espécies do Subgrupo Strodei foram propostas pela primeira vez. Cinquenta e cinco sequências do gene nuclear CAT e outras 46 sequências do gene nuclear CAD únicas foram recentemente caracterizadas para espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus), confirmando a presença de pelos menos sete espécies, além de An. rondoni que não foi alvo deste estudo, mas de outros anteriores que confirmaram a validade da mesma. / Introduction Anopheles strodei sensu lato is an understudied subgroup of potential epidemiological importance, having been found naturally infected in Brazil with Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax and Plasmodium malariae. An. strodei s.l. is currently composed on 8 species: An. albertoi Unti, An. CP Form, An. rondoni (Neiva & Pinto), An. strodei Root, An. arthuri Unti and three other unnamed species that have been proposed by Bourke et al. (2013): An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D. Objectives As delineating species accurately is an essential goal of public health entomology, the objectives of this study were to: 1) Determine the phylogenetic relationships within the Strodei Subgroup and reaffirm or reject the hypothesis of the 3 new species (An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D) 2) Address the potential spatial distribution of species of the An. strodei subgroup to provide support for the candidate species in the Strodei Subgroup Methods Bayesian inference, which included DNA sequences of one mitochondrial and three nuclear protein coding genes: CO1, white, CAD and CAT, was used to determine the phylogenetic relationship within the group. To propose a species distribution, collection localities, along with climatic and geographic data were input into MAXENT. Results When analyzing the four molecular markers employed, support was found for allopatry in the Strodei Subgroup. The paraphyletic clade of An. arthuri was supported. Conclusion Potential species distributions of the Strodei Subgroup were addressed for the first time. Fifty-five unique CAT sequences and 46 unique CAD sequences were newly characterized.

Devido à atual crise da biodiversidade e à falta de recursos destinados à conservação, as espécies ameaçadas devem ser diferenciadas umas das outras para que aquelas sob maior risco possam receber atenção antes. Dentro de uma mesma linhagem, as espécies terão diferentes importâncias relativas para a conservação da diversidade evolutiva e ecológica, atual e passada. Propomos aqui uma nova abordagem ao criar um índice de priorização (PI) que possa ser utilizado em grupos monofiléticos, e que considere conjuntamente características de história de vida, singularidade ecológica e grau de distinção filogenética. Nossa linhagem modelo foi a tribo Pseudoboini, um grupo de serpentes neotropicais para o qual compilamos informações disponíveis na literatura, informações fornecidas por outros pesquisadores e dados originais coletados em coleções científicas. Para criar o PI combinamos três diferentes índices: vulnerabilidade à extinção (IVE), singularidade ecológica (EO) e grau de distinção filogenética (PD). O IVE foi calculado a partir da média do ranqueamento das espécies de acordo com sete fatores que afetam a sobrevivência das populações de serpentes (tamanho corporal, fecundidade média, amplitude alimentar, distribuição geográfica, amplitude de utilização de habitats, amplitude altitudinal e habilidade de persistir em ambientes alterados). O EO considera a distância absoluta do fenótipo de uma determinada espécie em relação ao fenótipo mais comum na linhagem (calculado para tamanho corporal, fecundidade média, amplitude alimentar e amplitude de utilização de habitats). Já o PD considera o quão relictual uma determinada espécie é. Houve uma grande variação em relação aos dados biológicos dos pseudoboine. O IVE foi uniformemente distribuído por toda a Tribo e Oxyrhopus petola apresentou o menor IVE. As espécies com maior IVE foram: Clelia langeri, Pseudoboa martinsi, Siphlophis compressus, Clelia hussami e Clelia scytalina. Phimophis iglesiasi, que parece ser a espécie irmã de todos os pseuboíneos, apresentou o maior PD. Exceto por Clelia errabunda, Oxyrhopus doliatus, e Phimophis chui, a maior parte das espécies apresentou valores baixos de EO. O menor PI foi apresentado pela espécie Oxyrhopus melanogenys e encontramos os maiores valores de PI para as espécies Phimophis iglesiasi, Clelia hussami, P. chui, C. langeri, e C. scytalina. Apenas duas espécies que apresentaram altos valores de IVE neste estudo estão presentes em listas vermelhas (Clelia langeri e Siphlophis longicaudatus), além de outras cinco espécies de pseudoboíneos. Desta forma, futuras avaliações de risco de extinção devem prestar especial atenção a todas estas espécies. Além disso, espécies que apresentaram altos valores de IVE também apresentaram alto grau de distinção filogenética, o que reforça a necessidade de conservação de espécies mais relictuais. Representantes de quase todos os clados dos pseudoboíneos estão presentes entre as 10 espécies com maiores valores de PI, maximizando a diversidade filogenética dos táxons priorizados. Apesar de não ser possível comparar valores obtidos em estudos com diferentes linhagens (os índices gerados são clado-específicos), quando esta abordagem for aplicada a grupos mais inclusivos de organismos (e.g., famílias e subfamílias), poderá haver uma melhora na qualidade dos processos de priorização. / Given the present biodiversity crisis and the lack of available resources, threatened species must be differentiated from each other so that those at higher risk can be attended first. Within lineages, species differ in their need for conservation action and in their relative importance for conserving current and ancient ecological and evolutionary diversity. We here propose a new approach to create a priority index (PI) for species within monophyletic groups, by combining life history traits, ecological singularity, and phylogenetic distinctness. Our model lineage was the tribe Pseudoboini, a group of Neotropical snakes for which we gathered literature data, unpublished observations provided by other researchers, as well as original data from museums specimens. To create the PI, we combined three different indices: vulnerability to extinction (IVE), ecological oddity (EO) and phylogenetic distinctness (PD). IVE was calculated by ranking species according to a combination of six factors known to affect snake population survival (body size, mean fecundity, dietary breadth, geographic distribution, altitudinal range, and ability to persist in altered habitats). Ecological oddity, which takes into account the distance of a given trait of a given species in relation to the lineage mean for that trait, was calculated for four characters (body size, mean fecundity, habitat breadth, and dietary breadth), and PD takes into account how relictual a given species is. There was a great amount of variation in the biological variables among pseudoboines. IVE was evenly distributed across the Tribe. Oxyrhopus petola presented the lowest IVE and Clelia langeri the highest. Besides the latter, five additional species showed high IVEs: Pseudoboa serrana, Clelia scytalina, Clelia hussami, Siphlophis compressus, and Pseudoboa martinsi. Phimophis iglesiasi, which seems to be the sister species of all pseudoboines, showed the highest PD. Except for Clelia errabunda, Oxyrhopus doliatus, and Phimophis chui, most species presented low EO values. The lowest PI was obtained for Oxyrhopus melanogenys and the highest for Phimophis iglesiasi. Besides the latter, Clelia hussami, P. chui, C. langeri, and C. scytalina also presented high PIs. Only two species with high IVE in our study are included in red lists (Clelia langeri and Siphlophis longicaudatus), and five additional species appeared with high IVEs; thus, all these species should receive special attention in future assessments of extinction risk. Species with higher vulnerability to extinction were also those with higher phylogenetic distinctness, reinforcing the importance of conserving relictual species. Representatives from almost all clades within the pseudoboines are listed amongst the ten higher PI values, what maximizes the phylogenetic diversity of the prioritized taxa. Although it is not possible to compare values obtained in studies with different lineages (the indices generated are cladespecific), when extended to more inclusive lineages within a group of organisms (e.g., subfamilies, families) this approach might enhance the quality of future prioritization processes.

Este estudo teve o objetivo de avaliar a eficiência do probiótico em manter o equilíbrio da microbiota intestinal de aves submetidas à antibioticoterapia e as associações com o desempenho. Os tratamentos dietéticos consistiram de uma dieta basal única, à base de milho e farelo de soja, à qual foi acrescido ou não o probiótico Bacillus subtillis (100 g/ton de ração), na concentração de 10? UFC/g. Por 3 dias consecutivos a partir de 21 dias de idade, as aves foram submetidas à antibioticoterapia via água de bebida consistindo de 200 ppm de bacitracina metileno dissacilato (efeito em bactérias Gram-positivas ) e 1000 ppm de sulfato de neomicina (efeito em bactérias Gram-negativas). O experimento foi conduzido com frangos de corte no período de 1 a 42 dias, sendo que de 1 a 21 dias as aves receberam somente o tratamento dietético, e, a partir de 21 dias, as aves receberam os tratamentos dietético e terapêutico. Aos 2, 4 e 6 dias após a antibioticoterapia, 3 aves de cada unidade experimental foram sacrificadas para coleta do conteúdo do intestino delgado e do ceco e obtidos \"pools\" dos conteúdos intestinais em cada unidade experimental para constituir uma repetição. O experimento foi realizado com 4 tratamentos, obedecendo a esquema fatorial 2×2 para as variáveis de desempenho (com e sem probiótico × com e sem antibioticoterapia) com 9 repetições e 2×2×3 para as análises da microbiota intestinal (com e sem probiótico na dieta × com e sem antibioticoterapia × 2, 4 e 6 dias após a antibioticoterapia) com 3 repetições. O DNA total foi extraído dos conteúdos do intestino delgado e ceco para o isolamento da região 16S rRNA e análise das comunidades bacterianas. As técnicas moleculares utilizadas foram a de fingerprinting Terminal Restriction Length Polymorphism (T-RFLP), PCR em tempo real (qPCR) e o sequenciamento, sendo que, para todas as técnicas, a região alvo foi o gene 16S rRNA. Os fatores dietético e terapêutico modularam a microbiota intestinal de forma independente. Houve efeito dos fatores probiótico e antibioticoterapia nos grupos predominantes do conteúdo do intestino, desde a classificação taxonômica filo até a classificação gênero. Alguns grupos filogenéticos foram igualmente afetados pelos 2 fatores em estudo, enquanto que outros grupos foram alterados de forma específica em função do probiótico ou antibioticoterapia. A antibioticoterapia, assim como o probiótico dietético, reduziu o número de unidades taxonômicas operacionais (OTUs) no conteúdo do ceco. O melhor desempenho observado nas aves alimentadas com dietas com probiótico provavelmente está relacionado às alterações observadas na estrutura das comunidades intestinais e grupos filogenéticos, como o acréscimo de Lactobacillus e redução de Clostridiales. A antibioticoterapia modificou a estrutura da comunidade bacteriana, entretanto não provocou queda no desempenho das aves. A comunidade bacteriana do intestino das aves medicadas e suplementadas com probiótico apresentou alta similaridade com a comunidade das aves que receberam apenas probiótico dietético, indicando a possível recuperação da microbiota intestinal aos 6 dias após a antibioticoterapia. / The purpose of this study was to verify the ability of a probiotic in the feed to maintain the stability of gut microbiota in chickens after antibiotic therapy and associations with the performance. The dietary treatments consisted of a cornsoybean meal basal diet that was supplemented or not with a probiotic (Bacillus subtilis) in the concentration of 3×109 cfu/kg of feed. Starting on day 21, the birds were submitted to the antibiotic therapy consisting of 200 ppm of bacitracin methylene disalicylate (for Gram-positive bacteria) and 1,000 ppm of neomycin sulfate (for Gram-negative bacteria) in the drinking water, during 3 days. The trial was conducted with broiler chickens from 1 to 42 days of age, however, from 1 to 21 days, the chickens received only the dietary treatment, and after of the 21 days, the birds received the dietary and therapeutic treatments. At 2, 4 and 6 days after the antibiotic therapy, three chickens from each experimental unit were euthanized and the contents of the small intestine and ceca were collected and pooled by pen. The trial was conducted in a completely randomized design with 4 treatments and 9 replicates in a 2×2 factorial arrangement for performance characteristics (with and without probiotic × with and without antibiotic therapy), and in a 2×2×3 factorial arrangement for gut microbiota (with and without probiotic × with and without antibiotic therapy × 2, 4 and 6 days after of the antibiotic therapy) with 3 replicates per treatment. The DNA was extracted from the contents of the small intestine and ceca to isolate the 16S r RNA and study of the bacterial communities. The molecular techniques used were the terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP), quantitative PCR (qPCR) and sequencing, considering the 16S rRNA -genetargeted. The dietary and therapeutic factors modulated the gut microbiota independently. The probiotic and antibiotic therapy affected the main groups within of the gut content from the phylogenetic classification at the phylum level until the phylogenetic classification at the genera level. Some phylogenetic groups were equally affected by the two factors while other groups were changed in a distinct form depending on of the probiotic or antibiotic therapy. The antibiotic therapy and dietary probiotic decreased the number of taxonomic operational unit (OTUs) in cecal content. The improved performance observed in birds supplemented with probiotic was probably related to changes in the structure of intestinal bacterial communities and phylogenetic groups such as higher Lactobacillus and decreased Clostridiales. Antibiotic therapy modified the bacterial community structure; however it did not cause loss of broiler performance. The gut bacterial community in birds medicated and supplemented with probiotic had high similarity with the gut community of birds that received dietary probiotic only, indicating the possible recovery of the gut bacterial community 6 days after the antibiotic therapy.