MOREIRA, R. C. Reação de clones de cajueiro comum à resinose. 2011. 50 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-07-29T20:47:43Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_rcmoreira.pdf: 1025018 bytes, checksum: e1b7f6949d2d3421c19394408a8c619f (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-08-06T20:28:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_rcmoreira.pdf: 1025018 bytes, checksum: e1b7f6949d2d3421c19394408a8c619f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-06T20:28:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_rcmoreira.pdf: 1025018 bytes, checksum: e1b7f6949d2d3421c19394408a8c619f (MD5) Previous issue date: 2011 / The cashew nut (Anacardium occidentale) represents a social and economic tradition in Brazilian northeastern as one of the most important source of income and labor for its people. The releasing of early-dwarf clones contributed to increase yield and nut and apple quality, allowing gain in profit by small growers, in spite of increase genetic vulnerability of orchards. Cashew gummosis is presently the most important disease of this species in semi-arid regions of northeast. This study aimed to evaluate reactions of common selected clones of cashew to gummosis under high disease pressure of semi-arid region. Twenty clones selected by the cashew breeding program of Embrapa Agroindústria Tropical were evaluated for three consecutive years. Clones named CNPAT 06, CNPAT 08, CNPAT 11, CNPAT 12 and CNPAT 13 attained the highest levels of resistance, while CNPAT 07, CNPAT 09, CNPAT 14, COMUM 05 and COMUM 31 otherwise were the most susceptible ones. It was also found that clones CNPAT 08, CNPAT 11 and CNPAT 15 are able to heal gummosis cankers, which points to a new kind of resistance to be considered. Finally, it was shown that monitoring gummosis incidence it is possible to estimate disease severity. / O cajueiro (Anacardium occidentale) no nordeste brasileiro caracterizando-se como uma das mais importantes fontes de emprego e renda das populações. O lançamento de clones de cajueiro tipo anão-precoce aumentou a produtividade e qualidade das castanhas e pendúculos, permitindo uma exploração comercial mais vantajosa aos produtores, porem a uniformidade genética deixou os pomares mais vulneráveis. A resinose hoje é considerada a principal doença do cajueiro no semiárido nordestino. Esse estudo teve por objetivo avaliar a reação de genótipos de cajueiro do tipo comum à resinose sob condições de elevada incidência no semiárido. Vinte clones de cajueiro-comum previamente selecionados pelo programa de melhoramento genético da Embrapa Agroindústria Tropical foram usados no estudo e dessa forma foi possível concluir que há fontes de resistência para uso em programas de melhoramento. Os clones CNPAT 06, CNPAT 08, CNPAT 11, CNPAT 12 e CNPAT 13 se apresentara como os mais resistentes a resinose, enquanto que os clones CNPAT 07, CNPAT 09, CNPAT 14, COMUM 05 e COMUM 31 forma os que obtiveram maiores notas de severidade de resinose. Outro importante resultado obtido foi que os clones CNPAT 08, CNPAT 11 e CNPAT 15 apresentaram capacidade de recuperação da resinose. Por fim, sugere-se que com a avaliação da incidência é possível estimar a severidade de resinose em pomares de cajueiro.

MOURA, Hudson Fernando Nunes. Análise proteômica diferencial da interação incompatível entre o feijão-de-corda e o fitopatógeno Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Penz. & Sacc. 2013. 107 f. Dissertação (Mestrado) - Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Eric Santiago (erichhcl@gmail.com) on 2016-05-23T12:39:52Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_hfnmoura.pdf: 3809000 bytes, checksum: 421954cdf8bcca7c2a89805297537b8f (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-07-05T19:08:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_hfnmoura.pdf: 3809000 bytes, checksum: 421954cdf8bcca7c2a89805297537b8f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T19:08:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_hfnmoura.pdf: 3809000 bytes, checksum: 421954cdf8bcca7c2a89805297537b8f (MD5) Previous issue date: 2013 / Cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.] belongs to the family Fabaceae and is widely used in food as a source of protein, carbohydrates, vitamins and minerals. Among the main features of cowpea, its high protein content and good tolerance to conditions of low water availability in soils, high temperatures and relative tolerance to salinity conditions typical of semi-arid regions of northeastern Brazil, are some of which can be cited. However, despite the considerable capacity of tolerance to different stress conditions, the productivity of cowpea is threatened by the action of various pathogens, among which stand out as major causes of fungal diseases of this crop, the example of Anthracnose as a result of infection by C. gloeosporioides, characterized by reddish-brown spots on the leaf veins that can be extended by all organs of the host plant. Fortunately, the cowpea has cultivars that have different characteristics of resistance against C. gloeosporioides, regarding the activation of plant defenses in incompatible interactions said, given that the pathogen is unable to resolve the infection. From this premise, it is worth mentioning that most of the mechanisms of plant resistance to pathogens is related to the differential gene expression of proteins that act as markers of defense in response to infection. Thus, this study proposes a differential proteomic analysis of the incompatible interaction (resistance) between plants of cowpea genotype BR3, and isolated LPVD-1, the fungus C. gloeosporioides in order to identify potential protein markers for the determinants of this resistance pathossystem. By using the approach 2D-PAGE in addition with mass spectrometry ESI-Q-TOF MS / MS, we have identified 118 differentially expressed proteins, whereas proteins overexpressed (102) and down-expressed (16), involved in various cellular processes, such as : energy metabolism, photosynthesis, protein and nucleic acids metabolism, stress response, cellular transport, redox homeostasis, signaling and defense, with emphasis on expression of PR-10 proteins (pathogenesis-related), remorina and ascorbate peroxidase that had significant alterations at all time points tested. These findings demonstrate the complexity of the mechanisms involved in plant resistance and assist in directing the programs of genetic improvement of this crop against fungal attack. Furthermore, it’s promoting the understanding of the biochemical and physiological interconnections arising from incompatible plant-fungus interaction. / O feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] pertence à família Fabaceae e é bastante utilizado na alimentação humana como fonte de proteínas, carboidratos, vitaminas e minerais. Dentre as principais características do feijão-de-corda, seu elevado conteúdo proteico e a boa tolerância às condições de baixa disponibilidade de água nos solos, altas temperaturas e relativa tolerância à salinidade, condições típicas das regiões semi-áridas do nordeste do Brasil, são algumas das que podem ser citadas. Entretanto, apesar da considerável capacidade de tolerância às diferentes condições de estresses, parte da produtividade do feijão-de-corda é ameaçada pela ação de diversos fitopatógenos, dentre os quais se destacam os fungos como maiores causadores de patologias desta cultura, a exemplo da Antracnose, resultado da infecção por C. gloeosporioides, caracterizada por manchas marrom-avermelhadas nas nervuras foliares que podem se prolongar por todos os órgãos da planta hospedeira. Felizmente, o feijão-de-corda possui cultivares que apresentam características diferenciadas de resistência, frente ao C. gloeosporioides, no que concerne à ativação das defesas da planta em interações ditas incompatíveis, haja vista que o patógeno não consegue deliberar a infecção. Partindo dessa premissa, é válido mencionar que grande parte dos mecanismos de resistência de plantas aos patógenos está relacionada com a expressão gênica diferencial de proteínas que funcionariam como marcadores de defesa em resposta à infecção. Nesse sentido, esse estudo propõe a análise proteômica diferencial da interação incompatível (resistência) entre plantas de feijão-de-corda, genótipo BR3, e o isolado LPVD-1, do fungo C. gloeosporioides a fim de identificar possíveis marcadores proteicos determinantes da resistência para esse patossistema. Por meio da utilização da abordagem Eletroforese Bidimensional em combinação com Espectrometria de Massas ESI-Q-TOF MS/MS, foram identificadas 118 proteínas diferencialmente expressas, considerando proteínas superexpressas (102) e subexpressas (16), envolvidas em diversos processos celulares, tais como: Metabolismo energético, fotossíntese, metabolismo de proteínas e ácidos nucleicos, resposta ao estresse, transporte celular, homeostase redox, sinalização e defesa, com destaque para expressão das proteínas PR-10 (relacionada à patogênese), Remorina e Ascorbato peroxidase que apresentaram alterações significativas em todos os tempos experimentais testados. Esses achados demonstram a complexidade dos mecanismos envolvidos durante a resistência vegetal e auxiliam no direcionamento dos programas de melhoramento genético dessa cultura frente ao ataque de fungos. Além de favorecerem o entendimento das interconexões bioquímicas e fisiológicas que decorrem da interação incompatível planta-fungo.

Submitted by Naira Barbosa (nairacsb@gmail.com) on 2016-04-06T19:43:23Z No. of bitstreams: 1 Anatomia foliar e diversidade genética (Dissertação) 2016.pdf: 1843568 bytes, checksum: 913521d732501d52121efcc41937185f (MD5) / Approved for entry into archive by Alda Lima da Silva (sivalda@ufba.br) on 2016-04-06T21:17:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Anatomia foliar e diversidade genética (Dissertação) 2016.pdf: 1843568 bytes, checksum: 913521d732501d52121efcc41937185f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-06T21:17:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anatomia foliar e diversidade genética (Dissertação) 2016.pdf: 1843568 bytes, checksum: 913521d732501d52121efcc41937185f (MD5) / CAPES, Fapesb, Embrapa Mandioca e Fruticultura. / O maracujá, Passiflora sp., possui grande importância econômica no Brasil, sendo o país o principal produtor mundial da fruta e importante centro de diversidade do gênero. As pragas são os principais problemas que afetam a cultura, e dentre estas destaca-se o endurecimento do fruto, causada, principalmente, pelo Cowpea aphid-borne mosaic virus, CABMV. Ainda não se conhece uma medida de controle efetiva para esta doença, de forma que são imprescindíveis técnicas alternativas para seu controle e manejo. Neste contexto, o melhoramento genético do maracujazeiro pode ser realizado a partir de espécies silvestres resistentes a pragas. Este trabalho teve como objetivos: a) avaliar as alterações anatômicas decorrentes da infecção com o CABMV em cinco espécies de Passiflora (P. edulis f. flavicarpa, P cincinnata, P. gibertii, P. maliformis e P. setacea) e b) avaliar a diversidade genética em populações da espécie com menores alterações anatômicas decorrentes da infecção. Para a avaliação anatômica foi estabelecido um ensaio biológico, constituído de seis plantas de cada espécie, das quais a metade foi inoculada mecanicamente com um isolado do CABMV e a outra metade inoculada somente com tampão de inoculação. Após 60 dias da inoculação, foram coletadas, como amostras, a quinta folha, do ápice para a base, de cada planta. As amostras foram fixadas em FAA e posteriormente conservadas em etanol 70%, posteriormente foram realizadas seções paradérmicas e transversais, à mão livre e em micrótomo rotativo. Para cada espécie foram realizadas comparações das plantas infectadas com as sadias através de análises qualitativas e quantitativas. As alterações anatômicas observadas nas plantas infectadas foram a hiperplasia e hipertrofia de células parenquimáticas, depressões no limbo e desorganização do sistema vascular. P. setacea foi a espécie que, quando infectada com o vírus, apresentou menos alterações anatômicas, sendo selecionada para o estudo de diversidade genética. Para tanto, foram coletadas folhas jovens de 18 populações no estado da Bahia, nas regiões do Centro-Sul e Chapada Diamantina, totalizando 147 indivíduos, e testados 55 loci de SSR, dos quais seis foram selecionados para as análises. Os resultados das análises bayesiana de estruturação genética e da análise fenética indicaram a existência de dois grupos genéticos no estado, que não apresentaram correlação significativa com as distâncias geográficas. A AMOVA mostrou grande diversidade interpopulacional (45%), apesar do maior percentual de variação intrapopulacional (55%). Foi encontrado um Gst médio de 0,221 indicando um alto nível de estruturação genética entre as populações. As populações de maior diversidade foram as de Licínio de Almeida e Caetité, com maior percentual de polimorfismo, além de pertencerem a grupos genéticos distintos, sendo, portanto, consideradas as mais promissoras para enriquecimento de bancos de germoplasma de P. setacea e utilização em programas de melhoramento genético do maracujá. / The passion fruit, Passiflora sp., has great economic importance in Brazil, the country the world's leading producer of fruit and important gender diversity center. Pests are the main problems affecting the culture, and among them stands out the passion fruit woodiness disease, caused mainly by the Cowpea aphid-borne mosaic virus, CABMV. An effective control measure for this disease has not yet known, so that they are indispensable alternative techniques for its control and management. In this context, the genetic improvement of passion fruit can be held from wild species that are resistant to diseases and pests. This work aimed: a) to evaluate the anatomical changes resulting from infection with CABMV in five species of Passiflora (P. edulis f. flavicarpa, P cincinnata, P. gibertii, P. maliformis and P. setacea) and b) to evaluate the genetic diversity in populations of species with smaller anatomical changes resulting from infection. For anatomical assessment was established a bioassay, consisting of six plants of each species, of which half were mechanically inoculated with an isolated characterized the CABMV and the other half only inoculated with inoculation buffer. After 60 days of inoculation, they were collected as samples, the fifth leaf from the apex to the base of each plant. Samples were fixed in FAA and later preserved in 70% ethanol, were subsequently held paradermic and cross sections, freehand and rotary microtome. For each species comparisons were made of plants infected with sound through qualitative and quantitative analysis. The anatomical changes observed in infected plants were hyperplasia and hypertrophy of parenchyma cells, depressions in limbo and disorganization of the vascular system. P. setacea was the kind that when infected with the virus, had fewer anatomical changes, being selected for the study of genetic diversity. To this end, young leaves of 18 populations were collected in the state of Bahia, in the regions of South-Central and Chapada Diamantina, totaling 147 individuals, and 55 tested loci SSR, of which six were selected for analysis. The results of bayesian analysis of genetic structure and phenetics analysis indicated the existence of two genetic groups in the state, which showed no significant correlation with the geographical distances. The AMOVA showed great inter-population diversity (45%), despite the higher percentage of intra-population variation (55%). An average Gst was found of 0.221 indicating a high level of genetic structure among populations. The populations of most diversity were Licinio de Almeida and Caetité, with the highest percentage of polymorphism, in addition to belonging to different genetic groups and they are therefore considered the most promising for enrichment of P. setacea genebanks and use in breeding programs of passion fruit.

Tese (Doutorado) - Universidade Federal de Viçosa. Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia / Made available in DSpace on 2012-10-20T12:31:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:43:21Z : No. of bitstreams: 1 ozatojunior_t_dr_sjrp.pdf: 1586824 bytes, checksum: dea85cc33a334b628fea61b143707b14 (MD5) / A expressão de proteínas recombinantes em Escherichia coli produz proteínas que se acumulam como agregados insolúveis conhecidos como corpos de inclusão (CI). As proteínas na forma de CI são biologicamente ativas e com estrutura semelhante à proteína nativa quando a expressão é induzida a baixa temperatura. Estas características e a facilidade em purificar os CIs podem representar uma possibilidade de utilização dos CIs como antígenos para a produção de anticorpos policlonais. O gene da proteína capsidial (CP) do Southern bean mosaic virus (SBMV), um Sobemovirus, foi clonado no vetor pET 28a e a proteína expressa em E. coli a 25 º C. Uma análise comparativa entre a CP recombinante presente na forma de corpos de inclusão e a proteína nativa presente nas partículas virais purificadas foi realizada utilizando a técnica de espectroscopia de infravermelho (FT-IR). Os conteúdos de estruturas secundárias identificados diferiram nos percentuais de folha-β enquanto os percentuais hélices-α foram preservados. Uma estrutura tridimensional foi gerada por modelagem molecular por homologia e comparada com os dados obtidos nas análises de FT-IR. Os percentuais obtidos por FT-IR da CP nativa foram condizentes com os dados gerados por modelagem molecular por homologia. Mesmo com algumas diferenças nos conteúdos de folha- β da CP recombinante foi possível verificar um estado conformacional semelhante à proteína nativa. Os corpos de inclusão contendo a proteína recombinante expressa foram utilizados como antígenos para a imunização de coelhos. O antissoro obtido mostrou ser específico e compatível a um antissoro previamente preparado com partículas virais purificadas do SBMV na detecção do vírus em extratos de feijoeiros infectados utilizando imunoensaios por Western blot, PTA-ELISA, Dot Blot e Tissue Printing... / The production of recombinant proteins in Escherichia coli yields proteins that accumulate as insoluble aggregates known as inclusion bodies (IBs). Biologically active with native-like structure is trapped inside IBs when the expression is induced at low temperature. These features, and the facility to purify the IBs, can represent a possibility to use the IBs as an antigen for the production of polyclonal antibodies. The coat protein gene of Southern bean mosaic virus, a Sobemovirus, was cloned in the vector pET 28a and expressed in Escherichia coli at 25 ºC. The inclusion bodies containing the recombinant protein were isolated and purified. A comparative analysis between recombinant protein present in the form of inclusion bodies and native coat protein present in the purified virus particles was performed using Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR). The secondary structure contents identified differences in the percentage of β-sheets while α-helices content was much preserved. The three-dimensional structure was generated using molecular modeling and was compared to the data obtained from FT-IR analysis. The percentages obtained from FT-IR analyses of the native CP were consistent with the structure generated through homology molecular modeling. Nevertheless, some differences were present on the content of β-sheets structure of the recombinant CP indicating that the protein conformational state is found in a native like condition. The IBs containing the expressed protein were used as an antigen to immunize rabbits. The antiserum obtained showed to be specific and comparable to one previously prepared with purified SBMV particles, in the virus detection in leaf extracts of infected bean plants using Western blot, PTA-ELISA, Dot Blot and Tissue Printing assays. So, the use of IBs containing recombinant viral proteins to immunize rabbits is a new, easy and very... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:02:43Z : No. of bitstreams: 1 facincani_ap_dr_jabo.pdf: 858313 bytes, checksum: ed1c0a29bbfb5d008f9e8ca583e52cf0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A bactéria fitopatogênica Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, responsável por perdas significativas na citricultura nacional e mundial. Com a finalidade de se obter um primeiro mapa proteômico de referência da Xac, as bactérias foram cultivadas em dois meios não indutores de virulência (meios CN e TS8), e as proteínas foram digeridas com tripsina e analisadas pela tecnologia de MudPIT (Tecnologia de Identificação Multidimensional de Proteínas). Trinta e nove por cento de todas as proteínas preditas pelo genoma da Xac foram identificadas através de seus peptídeos, e estão distribuídas em todas as categorias funcionais. Além disso, 25% das proteínas designadas como hipotéticas conservadas do genoma foram identificadas. Outro objetivo deste trabalho foi analisar o perfil de expressão protéico durante a patogênese decorrente do contato Xac / The phytopathogenic bacteria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac) is the causal agent of the citrus canker disease, which responds for important losses in national and worldwide citriculture. In arder to obtain the first proteomic reference map of Xac, the bacterium was grown on two non-inductive media for bacterial virulence (CN and TSB media) and proteins were proteolysed with trypsin and analyzed by MudPIT technology (Multidimensional Protein Identification Technology). Thirty nine per cent of ali predicted proteins from Xac genome were identified with their component peptides as belonging to ali functional categories. Besides, 25% of proteins described as conserved hypothetical in Xac's genome were identified. Another aim of this study was to analyze the proteome profile during Xac

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-17Bitstream added on 2014-06-13T20:25:43Z : No. of bitstreams: 1 souza_se_dr_botfca.pdf: 819772 bytes, checksum: f7cd95ae9d4f5c4dc21861b150059d3e (MD5) / Em três povoamentos de Eucalyptus grandis na região norte do Estado de São Paulo, foi realizado um estudo com objetivo de conhecer a dinâmica espaço-temporal do cancro basal, quantificar os danos no volume e efeito na qualidade da madeira. Foram instaladas nove parcelas de 7500 m², com 1000 árvores de E. grandis, procedência Santa Rita do P. Quatro-SP, origem Coffs Harbour, dos plantios seminais em solos de areia franca AQ1, AQ3 (10 a 15% de argila) e textura franco-argila-arenosa LEm2 (26 a 35% de argila). As avaliações foram realizadas em nove mil árvores com idade de dois anos. A incidência foi monitorada individualmente de acordo com a presença ou ausência da doença e a severidade, mediante o uso de uma escala diagramática de notas. Foram feitas avaliações nos anos 2000, 2001 e 2002, o que gerou 26 mapas de evolução da doença. Os resultados permitiram concluir que: (1) A incidência média do cancro basal foi influenciado pelo tipo de solo AQ3 (0,25%), AQ1 (0,21%) e LEm2 (0,09%); (2) Os valores do índice de dispersão (ID) foram > 1, para os tamanhos de quadrat 2x4, 5x2, 5x4 e 5x10; os valores de log (A) = log (Vobs) e log de (b) = log (Vbin) foram maiores que 1 e diferentes de zero, sugerindo uma tendência à agregação independente do tipo de solo; (3) 54,6% dos focos foram unitários, indicando que o cancro basal inicia-se com focos de apenas uma árvore; 80,8% dos focos apresentam maior comprimento na direção entre as linhas de plantio do que na direção da linha; focos maiores ocorreram no solo AQ3, que apresentaram-se menos compactos; a disseminação do cancro nesses povoamentos parece ter sido via sementes através das mudas; 89,1% dos mapas apresentaram focos com tamanho médio inferior a 10 árvores, no solo AQ3 em 10,9% dos focos o tamanho variou entre 11 a 30 árvores e nenhum foco foi formado acima de 30 árvores;... / A study was carried out in three Eucalyptus grandis stands in the northern region of the State of São Paulo, in order to provide information on the spatio-temporal dynamics of eucalyptus canker, evaluate volume losses, and determine the effect of the disease on wood quality. Nine 7500 m² plots (10×100) containing 1000 E. grandis trees from Santa Rita do P. Quatro-SP (origin: Coffs Harbour), in seed plantations on soils classified as loamy sands, AQ1 and AQ3 (10 to 15% clay), and on a silty-clay-loam-textured soil, LEm2 (26 – 35% clay). Evaluations were made in nine thousand two-year-old trees. Incidence was monitored individually according to the presence or absence of the disease. Severity was evaluated through the use of a diagrammatic rating scale. Evaluations were made in 2000, 2001, and 2002, and 26 disease progress maps were generated. The results allowed us to conclude that: (1) The mean incidence of eucalyptus canker followed a trend that matched the soil types:AQ3 (0.25%), AQ1(0.21.%), and LEm2 (0.09%); (2) The ID values were > 1 for quadrat sizes equal to 2×4, 5×2, 5×4, and 5×10; The log (A) = log (Vobs) and log (b) = log (Vbin) values were higher than 1 and different from zero, suggesting a tendency for aggregation, regardless of soil type; (3) 54.6% of the foci were single-unit, indicating that eucalyptus canker starts with single-tree foci; 80.8% of the foci had greater lengths between planting rows than along the rows; larger foci occurred in the AQ3 soil, which were less compact; canker dissemination in those stands seemed to have occurred via seeds through the seedlings; 89.1% of the maps had foci with mean sizes smaller than 10 trees in the AQ3 soil; in 10.9% of the foci the size ranged between 11 and 30 trees, and no focus formed at sizes above 30 trees; the ICF and ICFNU values were not close nor very far from ...(Complete abstract click electronic access below)

Orientador: José Osmar Gaspar / Banca: Mário Tyago Murakami / Banca: Marinônio Lopes Cornélio / Resumo: No Brasil, foram descritas mais de dez viroses em feijoeiro, citando-se aquela causada pelo Southern bean mosaic virus (SBMV) do gênero Sobemovirus. Este vírus tem uma restrita gama de hospedeiras, confinada quase exclusivamente a espécies da família das leguminosas, sendo algumas de interesse econômico como o feijoeiro comum e a soja. O SBMV é a espécie tipo do gênero, possui partículas isométricas (28-30nm) contendo RNA genômico de 4-4,5kb com polaridade positiva e proteína capsidial com massa molecular de 29-30 kDa. O genoma do SBMV é constituído por quatro Open Reading Frames (ORFs) com sobreposição entre elas. A ORF 1 codifica uma possível proteína do movimento, a ORF 2 uma poliproteína, que por clivagem, origina três produtos funcionais: uma serino protease, uma proteína ligadora do genoma viral (VPg) e uma polimerase com atividade relacionada à replicação do RNA viral (RNA polimerase RNA-dependente, RpRd). Dentro da ORF 2 encontra-se a ORF 3, que codifica uma proteína de função desconhecida. A ORF 4 codifica a proteína capsidial, traduzida a partir de um RNA subgenômico. O presente trabalho consiste na expressão da proteína P1 do SBMV-SP em Escherichia coli, sua purificação e a posterior utilização para a produção de antissoro policlonal. As atividades realizadas compreenderam a purificação das partículas virais do SBMV isolado São Paulo (SBMV-SP) a partir de folhas infectadas de Phaseolus vulgaris 'Jalo', obtenção do RNA viral a partir de partículas purificadas, produção de cDNA utilizando primer anti-senso, amplificação do gene da proteína do movimento, purificação do fragmento amplificado, ligação em vetor de multiplicação pGEM-T, transformação em células competentes de Escherichia coli linhagem TOP 10, purificação do vetor, corte enzimático com as enzimas Bam HI e Hind III, subclonagem nos vetores de expressão... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In Brazil, more than ten bean viroses were described, including the one caused by Southern bean mosaic virus (SBMV) from genus Sobemovirus. This virus has a strict host range, confined almost exclusively to species from leguminosas family, and some of them have economic importance, like the common bean and soya. SBMV is the type species from this genus, has isometric particles (28-30nm) that contains genomic RNA of 4-4,5kb with positive polarity and a capsidal protein with molecular mass of 29-30kDa. SBMV genome consistis of four Open Reading Frames (ORFs) with overlap between them. ORF 1 encodes a possible movement protein, ORF 2 a poliprotein, which origin three functional products by clivage: a serin protease, a viral genomic biding protein (VPg) and a polimerase. Inside ORF 2 is situated the ORF 3, that encodes a protein with unknow function. ORF 4 encodes the capsidal protein, translated by a subgenomic RNA. The activities performed until this moment were the purification of SBMV isolated São Paulo(SBMV-SP) viral particles, obtention of viral RNA from SBMV purified partcles, cDNA production using anti-sense primer, amplification of the supposed gene of movement protein, purification of the amplified fragment and later biding on expression vector pGEM-T. The recombinat vector were transformed in Escherichia coli cells competent and than purified and digested with Bam HI and Hind III enzime. The released fragment was subcloned in pMAL and pET28a, which were used on competent cells for expression tests. Analysis of gel poliacrialamida showed the efficiency of tests of expression. Using pET28a was observed an expression of a protein of approximately 22 kDa (17 kDa relating to MP + 5 kDa relating to the tail of histidine) which was purified in resin Ni-NTA by affinitive chromatography.Using pMAL was observed an expression of a protein of approximately... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-18Bitstream added on 2014-06-13T19:35:18Z : No. of bitstreams: 1 ferreira_v_me_sjrp.pdf: 538455 bytes, checksum: 8d5166c99baf599f17059bcb2837c59a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As Cyanobacteria são dominantes em diversos tipos de ambientes, são especialmente bem distribuídas e abundantes em ambientes terrestres e possuem importante função ecológica no ecossistema. Em ambientes aerofíticos, atuam como colonizadores primários e na economia na produção de compostos de interesse industrial como auxinas, antivirais, antifúngicos, antibacterianos, biofertilizantes, entre outros. Atualmente, para o estudo de cianobactérias tornou-se importante o cultivo laboratorial para que se consiga biomassa e controle de contaminantes. Porém, são escassos os trabalhos sobre o cultivo, em particular das Nostocales com ramificações verdadeiras, e vários dos poucos existentes relatam tentativas frustradas na obtenção de cultivos específicos demonstrando a forte resistência destes organismos ao crescimento em condições laboratoriais. Os resultados presentemente obtidos indicaram que in vitro as Nostocales com ramificações verdadeiras seguem as mesmas características de crescimento quando em hábitat natural: crescimento lento, baixa taxa de colonização e competição. Dentre as variações testadas, a diluição de 2:1 (tanto líquido quanto sólido) foi considerada a melhor concentração do meio de cultivo e a agitação em shaker resultou em melhorias para o crescimento. A realização ou não de repicagens não foi suficiente para o estabelecimento de coleções, pois estes organismos não resistem a muitos meses sob condições de cultura. O teste de antibióticos para o controle de contaminantes mostrou-se ineficiente e, portanto, não foi possível estabelecer quantidade segura para o seu emprego. As pesquisas em relação ao cultivo destes organismos são ainda muito escassas. Neste estudo pôdese indicar um conjunto de condições de crescimento mais favoráveis para estes organismos, mas para um melhor estabelecimento das condições ainda são necessários estudos mais abrangentes e aprofundados.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-06-22Bitstream added on 2014-06-13T19:55:51Z : No. of bitstreams: 1 mariutti_rb_me_sjrp.pdf: 594995 bytes, checksum: 89516139d0654c33b1221cfd31a27c6d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No Brasil, foram descritas mais de dez viroses em feijoeiro, citando-se aquela causada pelo Southern bean mosaic virus (SBMV) do gênero Sobemovirus. Este vírus tem uma restrita gama de hospedeiras, confinada quase exclusivamente a espécies da família das leguminosas, sendo algumas de interesse econômico como o feijoeiro comum e a soja. O SBMV é a espécie tipo do gênero, possui partículas isométricas (28-30nm) contendo RNA genômico de 4-4,5kb com polaridade positiva e proteína capsidial com massa molecular de 29-30 kDa. O genoma do SBMV é constituído por quatro Open Reading Frames (ORFs) com sobreposição entre elas. A ORF 1 codifica uma possível proteína do movimento, a ORF 2 uma poliproteína, que por clivagem, origina três produtos funcionais: uma serino protease, uma proteína ligadora do genoma viral (VPg) e uma polimerase com atividade relacionada à replicação do RNA viral (RNA polimerase RNA-dependente, RpRd). Dentro da ORF 2 encontra-se a ORF 3, que codifica uma proteína de função desconhecida. A ORF 4 codifica a proteína capsidial, traduzida a partir de um RNA subgenômico. O presente trabalho consiste na expressão da proteína P1 do SBMV-SP em Escherichia coli, sua purificação e a posterior utilização para a produção de antissoro policlonal. As atividades realizadas compreenderam a purificação das partículas virais do SBMV isolado São Paulo (SBMV-SP) a partir de folhas infectadas de Phaseolus vulgaris ‘Jalo’, obtenção do RNA viral a partir de partículas purificadas, produção de cDNA utilizando primer anti-senso, amplificação do gene da proteína do movimento, purificação do fragmento amplificado, ligação em vetor de multiplicação pGEM-T, transformação em células competentes de Escherichia coli linhagem TOP 10, purificação do vetor, corte enzimático com as enzimas Bam HI e Hind III, subclonagem nos vetores de expressão... / In Brazil, more than ten bean viroses were described, including the one caused by Southern bean mosaic virus (SBMV) from genus Sobemovirus. This virus has a strict host range, confined almost exclusively to species from leguminosas family, and some of them have economic importance, like the common bean and soya. SBMV is the type species from this genus, has isometric particles (28-30nm) that contains genomic RNA of 4-4,5kb with positive polarity and a capsidal protein with molecular mass of 29-30kDa. SBMV genome consistis of four Open Reading Frames (ORFs) with overlap between them. ORF 1 encodes a possible movement protein, ORF 2 a poliprotein, which origin three functional products by clivage: a serin protease, a viral genomic biding protein (VPg) and a polimerase. Inside ORF 2 is situated the ORF 3, that encodes a protein with unknow function. ORF 4 encodes the capsidal protein, translated by a subgenomic RNA. The activities performed until this moment were the purification of SBMV isolated São Paulo(SBMV-SP) viral particles, obtention of viral RNA from SBMV purified partcles, cDNA production using anti-sense primer, amplification of the supposed gene of movement protein, purification of the amplified fragment and later biding on expression vector pGEM-T. The recombinat vector were transformed in Escherichia coli cells competent and than purified and digested with Bam HI and Hind III enzime. The released fragment was subcloned in pMAL and pET28a, which were used on competent cells for expression tests. Analysis of gel poliacrialamida showed the efficiency of tests of expression. Using pET28a was observed an expression of a protein of approximately 22 kDa (17 kDa relating to MP + 5 kDa relating to the tail of histidine) which was purified in resin Ni-NTA by affinitive chromatography.Using pMAL was observed an expression of a protein of approximately... (Complete abstract click electronic access below)