Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of this study was to evaluate the genetic resistance of cultivars for the possible damage caused by Rhizoctonia solani in controlled humidity conditions. For this, the work was divided into parts, which began from the get the pathogen identified in the AG-4 anastomosis group, mainly responsible for causing rot the root system and soybean seedling damping-off. Then the spread was performed in laboratory, cultured in petri dishes, and after standing in a culture medium using corn flour, sand and distilled water, which was evaluated inoculum different doses (0, 5, 15, 25, 40g) in order to adjust the conditions for the damage. For the tests in the greenhouse, all experimental units were formed by a polyethylene tray with a capacity of 2.5 L, containing sterile sand 5.5Kg, with additional fertilizers and 80% of field capacity. For the evaluation of inoculum doses opening was arranged in 5 rows in each tray and the treatments applied to the quantities evaluated with 4 repeated, with a repetition of each tray. Two days after inoculation, 50 seeds were sown in each tray. This procedure was performed twice, each time with a different cultivar. We evaluated the germination and the damage to the root system, considered the end that 25g enough to cause damage. Evaluations were carried germination and sanity 40 cultivars which 10 were selected to be used in the final assay. Finally, selected cultivars were evaluated in a greenhouse in two exposure to the pathogen, with and without R. solani, forming a bi factorial (10x2) with 20 treatments. Emergence were evaluated, and tipping in pre emergency, and morphological analyzes, at 28 DAS, plant height was evaluated, fresh and shoot dry, fresh and dry weight of root and root length and volume. For emergencies, there was no significant difference between cultivars without inoculation, however, in inoculum exposure conditions NS 5959 cultivars, TEC 6070 IRGA and ZIP 64 proved superior. To rot in pre-emergency assessments to grow with higher rates was the BMX NIB, with 53.86% of the seeds. For seedling height, the earliest cultivars showed the highest values, with the NS 5959 and V-TOP with the best rates. Both fresh weight as the shoot dry mass did not differ among cultivars and treatments. The analysis of the root system showed better results for cultivars IRGA TEC 6070, NS 5959, CEP 64 and V-TOP to root length, V-TOP and TEC IRGA 6070 for fresh and dry weight of root and root volume. Pathogen confirmation evaluation, the result was positive for all analyzes. In conclusion, you can see very vulnerable cultivars to R. solani, which is an important pathogen found in lowland conditions and can cause major yield losses. / O objetivo deste trabalho foi avaliar a resistência genética de cultivares comerciais quanto aos possíveis danos causados por Rhizoctonia solani em condições de umidade controlada. Para isso o trabalho foi dividido em partes, onde teve início a partir da obtenção do patógeno identificado no grupo de anastomose AG-4, responsável principalmente por causar podridões ao sistema radicular e tombamento de plântulas de soja. Em seguida foi realizada a sua propagação em laboratório, cultivado em placas de petri, e após em um meio de cultura utilizando farinha de milho, areia e água destilada, onde avaliou-se doses de inóculo distintas (0, 5, 15, 25 e 40 g) visando adequar as condições necessárias para obter os danos. Para os ensaios em casa de vegetação, todas as unidades experimentais foram formadas por uma bandeja de polietileno com capacidade para 2,5 L, contendo 5,5Kg de areia estéril, com adubação complementar e com 80% da capacidade de campo. Para a avaliação das doses de inóculo, procedeu-se a abertura de 5 linhas em cada bandeja e aplicou-se os tratamentos com as quantidades avaliadas, com 4 repetição, sendo cada bandeja uma repetição. Dois dias após a inoculação, foram semeadas 50 sementes em cada bandeja. Esse procedimento foi realizado duas vezes, sendo cada vez, com uma cultivar distinta. Avaliou-se a germinação e os danos causados ao sistema radicular, considerado ao final que 25g suficiente para causar danos. Procedeu-se avaliações de germinação e sanidade de 40 cultivares, onde 10 foram selecionadas para serem utilizadas no ensaio final. Por fim, as cultivares selecionadas foram avaliadas em casa de vegetação em duas condições de exposição ao patógeno, com e sem R. solani, formando um esquema bi fatorial (10x2) com 20 tratamentos. Foram avaliadas emergência de plântulas, e tombamento em pré emergência, e para análises morfológicas, aos 28 DAS, avaliou-se altura de plantas, massa fresca e seca da parte aérea, massa fresca e seca de raiz e comprimento e volume radicular. Para a emergência, não houve diferença significativa entre cultivares sem inoculação, porém, em condições de exposição ao inóculo as cultivares NS 5959, TEC IRGA 6070 e CEP 64 mostraram-se superiores. Para avaliações de podridão em pré-emergência, a cultivar com maiores índices foi a BMX PONTA, com 53,86% das sementes. Para altura de plântulas, as cultivares mais precoces apresentaram os maiores valores, sendo a NS 5959 e V-TOP com os melhores índices. Tanto a massa fresca quanto a massa seca da parte aérea não apresentaram diferenças estatísticas entre cultivares e entre tratamentos. Já a análise do sistema radicular mostrou melhores resultados para as cultivares TEC IRGA 6070, NS 5959, CEP 64 e V-TOP para comprimento radicular, V-TOP e TEC IRGA 6070 para massa fresca e seca de raiz e volume de raiz. Em avaliação de confirmação de patógeno, o resultado foi positivo para todas as análises realizadas. Em conclusão, é possível verificar grande vulnerabilidade de cultivares a R. solani, que é um importante patógeno encontrado em condições de várzea e que pode causar grande perdas de produtividade.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-16T12:06:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 878278 bytes, checksum: a5bc538eab025dbd1c8aa2ee43aee778 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-16T12:06:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 878278 bytes, checksum: a5bc538eab025dbd1c8aa2ee43aee778 (MD5) Previous issue date: 2014-07-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na interação planta/patógeno, a modulação da transcrição gênica é fundamental para montar uma resposta de defesa eficaz nas células do hospedeiro.Os fatores de transcrição estão entre os principais alvos em plantas para o aumento da tolerância a estresses, uma vez que estas proteínas controlam a expressão de vários genes ao mesmo tempo. Membros da família de fatores de transcrição bZIP podem atuar na defesa contra patógenos. Apesar da função de bZIPs na defesa contra patógenos ser conhecida, poucos trabalhos caracterizaram bioquimicamente membros dessa família que participam de vias de defesa. O GmbZIPE2 (Glyma05g30170.1) é um membro do grupo E da família bZIP de soja, que é responsivo à infecção por Phakopsora pachyrhizi. Esse trabalho teve como objetivo principal caracterizar funcionalmente o transfator GmbZIPE2, mapeando cis-elementos que ele se liga, bem como genes responsivos a GmbZIPE2. A proteína GmbZIPE2 foi capaz de se ligar ao H-box, cis-elemento que é relacionado a patógenos. GmbZIPE2 induz genes de vias importantes para a defesa da planta, como CHS15-6 e PR-1. GmbZIPE2 reprime ANK1, um regulador negativo de morte celular. Os resultados desse trabalho indicam uma relação do fator de transcrição GmbZIPE2 na defesa da planta contra o ataque de patógenos. Maiores conhecimentos sobre o GmbZIPE2 pode contribuir com o conhecimento acerca da resposta da planta a estresse biótico e poderá ser útil para a obtenção de novos alvos para a modificação genética de cultivares. / In a plant/pathogen interaction, modulation of gene transcription is essential to mount an effective defense response in host cells. Transcription factors are among the major targets in plants for increasing stress tolerance, since these proteins control the expression of several genes simultaneously. Members of the bZIP family of transcription factors can act in defense against pathogens. Despite the role in defense against pathogens bZIPs be known, few studies biochemically characterized members of this family that participate in the process of defense. The GmbZIPE2 (Glyma05g30170.1) is a member of the bZIP E group of soybean, which is responsive to infection by Phakopsora pachyrhizi. The objective of this study was functionally characterize the transfator GmbZIPE2, mapping the cis-elements that it binds as well as the responsive genes of GmbZIPE2. The GmbZIPE2 protein was able to bind to the H- box cis-element is related to pathogens. GmbZIPE2 induces genes important for plant defense pathways, as CHS15-6 and PR-1. GmbZIPE2 represses ANK1, a negative regulator of cell death. The results of this study indicate a relationship of GmbZIPE2 transcription factor in plant defense against pathogen attack. Improved knowledge of the GmbZIPE2 can contribute to the knowledge of plant response to biotic stress and may be useful for obtaining new targets for genetic modification of crops.

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T10:59:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Formighieri_EduardoFernandes_D.pdf: 7946045 bytes, checksum: f2194ed5a131ce1c4510fba4a7bbea5f (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O genoma mitocondrial (mtDNA) do fungo Moniliophthora perniciosa foi completamente seqüenciado e contém 109103 pb, com 31% de bases GC, porcentagem menor que a encontrada nas seqüências do genoma nuclear (47%). É o maior genoma mitocondrial de fungos descrito até o momento, e seu tamanho é conseqüência de grande espaço intergênico, que contém diversas ORFs com possibilidade de serem confirmadas como novos genes. Análises computacionais indicam a presença de variação no número de mtDNAs/célula nas diferentes bibliotecas, com tendência significativa de menor número de mtDNAs/célula no grupo de bibliotecas proveniente de culturas submetidas a repetidas repicagens. A maioria dos genes típicos (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, sendo a exceção o atp8), todos os rRNAS, tRNAS (foi encontrado pelo menos um para cada aminoácido) e genes das ORFs intrônicas estão orientados no sentido horário. Foram identificados também um gene rps3 e um grupo de ORFs com características semelhantes às dos genes típicos. Surpreendentemente o mtDNA apresenta uma região ocupada por uma estrutura de invertron característica de plasmídeos kalilo-like, integrado de maneira estável ao genoma em todas as variedades do biótipo C, e presente nos demais biótipos testados. Esta seqüência está disponível no GenBank através do número de acesso: AY376688. A outra linha de trabalho foi desenvolvida juntamente com outros bioinformatas do Laboratório de Genômica e Expressão. Foram desenvolvidas ferramentas de mineração e anotação de genes para projetos genoma, sendo os maiores destaques o Gene Projects, que permite mineração e anotação de genes durante o processo de seqüenciamento, e a nova interface de anotação, desenvolvida para otimizar a qualidade e a eficiência da anotação de genes / Abstract: The mitochondrial genome (mtDNA) of the fungus Moniliophthora perniciosa was completely sequenced and it contains 109103 bases pair, with 31% of bases GC, smaller percentage than found in the sequences of the nuclear genome (47%). It is the largest mitochondrial genome of fungus described to the moment, and its size is consequence of great intergenic space, with several ORFs who can be confirmed as new genes. Computational analyses show the presence of variation in the number of mtDNAs / cell in different libraries, with significant tendency of smaller mtDNAs / cell number in group of libraries originating from cultures undergoes to repeatedly reply. Most of the typical genes (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, being the exception the atp8), all of the rRNAS, tRNAS (it was found at least one for each amino acid) and genes of the intronic ORFs are guided in the hourly sense. Surprisingly the mtDNA presents one region occupied for a structure of invertron, characteristic of plasmids kalilo-like, integrated in stable way to the genome in all of the varieties of the biotype C, and present in other tested biotypes. This sequence is available in the GenBank through the accession number: AY376688. The other work line was developed together with other bioinformatics of the Genomic and Expression Laboratory. Data mining and annotation of genes tools were developed for projects genome, being the largest prominences the Gene Projects, that allows mining and annotation of genes during the sequencing process, and the new annotation interface, developed to optimize the quality and the efficiency of the annotation of genes / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-11-01T11:22:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993827 bytes, checksum: 8498e005f6e2efc67c76122e44845c7f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-01T11:22:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993827 bytes, checksum: 8498e005f6e2efc67c76122e44845c7f (MD5) Previous issue date: 2018-07-06 / O mal das folhas da seringueira (MDF) é uma doença destrutiva causada pelo fungo Pseudocercospora ulei que pode afetar severamente a seringueira em monocultura na América tropical. O agente causal da doença é um patógeno hemibiotrófico que apresenta crescimento lento in vitro. O isolamento de DNA de boa qualidade em quantidades adequadas não é uma tarefa fácil devido à falta de um protocolo padrão e a dificuldade de cultivar P. ulei em condições de laboratório. Embora o MDF seja conhecido por mais de um século, informações sobre a estrutura genética na região amazônica, seu centro de origem, permanecem desconhecidas. Neste trabalho foram avaliados protocolos adequados para a extração de DNA e a estrutura genética da população de P. ulei na região amazônica. Foram comparados seis protocolos de extração em relação a pureza e ao rendimento do DNA. Um total de 61 isolados foram amostrados ao longo das bacias hidrográficas Madeira, Purus e Juruá localizadas na região amazônica e genotipados para 12 locos SSR. O protocolo de extração de DNA de Doyle e Doyle foi o único que apresentou concentração consistente e melhor qualidade do DNA extraído. Houve desequilíbrio de ligação entre os alelos e diferenciação genética entre populações geograficamente distantes foi detectada. A análise de componentes principais revelou agrupamento dos isolados de acordo com os limites das bacias hidrográficas. Foram formados dois grupos, um constituído pelos indivíduos da bacia do rio Madeira e o outro composto por indivíduos dos rios Purus e Juruá. / South American leaf blight (SALB) is a destructive disease caused by the fungus Pseudocercospora ulei that can severely affect rubber tree in monoculture in tropical America. The causal agent of the disease is a hemibiotrophic pathogen, that grows slowly under in vitro conditions. Isolation of good quality DNA in proper quantities is not an easy task due to the difficulties in the handling of P. ulei under laboratory conditions and the lack of a standard protocol. Although SALB has been known for nearly a century, information on the genetic structure of P. ulei in the Amazon region, its center of origin, remains unknown. In this work, adequate protocols for DNA extraction were assessed and the population genetic structure of P. ulei in the Amazon region was determined using 12 microsatellite loci (SSR). Six extraction protocols were compared regarding yield and purity of the DNA. A total of 61 isolates were sampled along the Madeira, Purus and Juruá watersheds located in the Amazon region and SSR genotyped. The Doyle and Doyle DNA extraction protocol was the one that presented consistent and better quality extracted DNA. There was linkage disequilibrium between alleles and genetic differentiation between geographically distant populations was detected. Principal component analysis revealed clustering of the isolates according to the watershed boundaries. Two groups were formed, one comprised by individuals from the Madeira river and the other comprised of individuals from the Purus and Juruá rivers.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-20T13:02:10Z No. of bitstreams: 1 Daniela Silva Salgues de Matos.pdf: 463245 bytes, checksum: 6041b12480d1db2b27dea971c15113a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-20T13:02:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Daniela Silva Salgues de Matos.pdf: 463245 bytes, checksum: 6041b12480d1db2b27dea971c15113a0 (MD5) Previous issue date: 2006-02-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / More than 35 species of plant parasitic nematodes are reported associated with papaya (Carica papaya) being the root-knot nematodes one of the most important. These populations occur in polyspecific communities and different densities depending on cultivars, host stress and physical, chemical and biological soil properties. The present study had the objectives of describing nematode community structure associated with papaya croping in soil infested with Meloidogyne sp. in Mamanguape, Paraíba, and evaluating number of samples and pattern for soil colllection in order to monitore Meloidogyne sp. and Rotylenchulus sp. population density in field. Samplings were carried out in three areas with different population levels of root-knot and reniform nematodes. In each area, 5,776 m2 was split in 400 (20 × 20) squares of 14.44 m2 (3.8 × 3.8 m), containing three plants. Evaluations for nematode community structure based upon nematode community indexes: maturity index (MI), plant parasitic index (PPI) and modified maturityindex (MMI), and nematode trophic group ratios. It was simulated collecting samples in “X”, diamond, parallel lines, parallel rows, inverted “V”, zig-zag, inverted “W”, “degree”, “S”, randomly and in ordinary walking in order to select diagram pattern for sampling. For sample size evaluation, all diagram patterns were used changing the number of samples (40, 30 e 20) in each area. Population density (specimes/300cm3 soil) of both nematodes were predicted according to size and diagram of sampling and compared through Kruskal-Wallis test at 5% probability level. In areas 1 and 3 there was predominance of plant parasitic nematodes, 43.84 and 39.95 % respectively, especially Rotylenchulus sp. In area 2, Meloidogyne was the taxon of highest dominance among the plant parasitic nematodes. Inthe three areas MI and MMI were high (> 30%) and PPI ranged from 20.95 to 32.88%. Twenty samples per area were indicated for both nematode genus, being recommended to collect the samples randomly, in parallel bars, or in diamond for monitoring Meloidogyne sp. and in parallel bars or parallel lines for Rotylenchulus sp / Mais de 35 espécies de fitonematóides são relatadas na rizosfera de mamoeiro (Carica papaya), com destaque para os nematóides das galhas. Essas populações ocorrem em comunidades constituídas por diferentes espécies e densidades populacionais que variam com a cultivar, estresse sobre a hospedeira e propriedades física, química e biológica do solo. O presente estudo teve como objetivos: descrever a estrutura da comunidade de nematóides associada ao cultivo comercial do mamoeiro em áreas com diferentes níveis populacionais de Meloidogyne sp. em Mamanguape, Paraíba, e determinar padrão de caminhamento e número de amostra, para monitoramento de populações de Meloidogyne sp. e Rotylenchulus sp. no campo. Foram avaliadas três áreas, com diferentes níveis populacionais de nematóide das galhas e reniforme. Em cada área, tomou-se 5.776 m2 que foi dividido em 400 (20 × 20) quadriláteros contíguos de 14,44 m2 (3,8 × 3,8 m),com três plantas por quadrilátero. Para descrição da estrutura da nematofauna, foram usados índices de comunidade de nematóides: índice de maturidade (MI), índice de parasitos de plantas (PPI) e índice de maturidade modificada (MMI), e razões entre grupos tróficos de nematóides. Para seleção do diagrama para coleta de amostras foram simulados padrões de caminhamento em “X”, diamante, linhas paralelas, barras paralelas, “V” invertido, zigue-zague, “W” invertido, “degrau”, “S”, aleatório e caminhamento geral. Para determinação do tamanho das amostras utilizou-se todos os padrões de caminhamento testados e variou-se o número de amostras (40, 30 e 20) dentro de cada padrão em cada área. As densidades populacionais (espécimes/300cm3 de solo) de ambas espécies, estimadas em função do número de amostras e padrão de caminhamento, foramcomparadas pelo teste de Kruskal-Wallis a 5% de probabilidade. Nas áreas 1 e 3 houve predominância de fitoparasitos, respectivamente 43,84 e 39,95 % do total de nematóides encontrados, destacando-se o gênero Rotylenchulus sp. Na área 2, Meloidogyne foi o taxon de maior dominância entre os fitoparasitos. Nas três áreas, MI e MMI foram altos (> 30%) e PPI variou de 20,95 a 32,88%. Vinte amostras por área foi indicado para monitoramento dos dois gêneros de nematóides, recomendando-se caminhamento aleatório, em diamante ou em barras paralelas para coleta de amostras de Meloidogyne sp. e caminhamento em linhas ou barras paralelas para Rotylenchulus sp.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 321107 bytes, checksum: 908241592d4e38b9e9d64df652b74e85 (MD5) Previous issue date: 2010-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The rice crop is of great importance on the world stage because it serves as the main food for millions of people around the world. However, several factors affect its production, mainly the diseases. The seed spot is caused by various fungi such as Bipolaris oryzae, Pyricularia grisea, Microdochium oryzae, Phoma sorghina, Cladosporium sp. and others. In seeds, this disease can cause reduction on germination and decrease on production due to the sterility of panicles. The application of silicon (Si) has been studied as an alternative in the control of plant diseases. Thus, the aim of this work was to evaluate the effect of calcium silicate and rice husk hulls in the incidence of fungi associated with flooded rice seed. Rice plants were submitted with rice husk hulls and calcium silicate in the doses 0, 153 and 357 kg/ha of Si. Two experiments were performed, one in the 2007/2008 harvest season and another in 2008/2009 and later seed samples were analyzed in the laboratory. Evaluations of Browning Index Seeds (BIS), the Si concentration in the pericarp of the seeds and determination of seedborne fungi were executed. There was no significant difference from the F test for IES and Si concentration for the two sources of Si in the doses used in both experiments. The efficiency of the products used and the concentration of Si in the pericarp of the seeds were similar, independently of the applied dose. In general, the fungi found in both experiments were Bipolaris oryzae, Curvularia lunata, Fusarium semitectum, F. solani, Microdochium oryzae, Nigrospora oryzae, Pyricularia grisea, Trichoconiella padwickiii and Cladosporium cladosporioides. The incidence of these fungi was not affected by the application of rice husk hulls or calcium silicate in the doses used. / A cultura do arroz tem grande importância no cenário mundial, pois se faz base da alimentação de milhões de pessoas ao redor do mundo. Porém, vários fatores afetam sua produção, dentre eles, as doenças. As manchas em sementes é causada por diversos fungos como Bipolaris oryzae, Pyricularia grisea, Microdochium oryzae, Phoma sorghina, Cladosporium sp., dentre outros. Em sementes, esta doença pode levar a redução da germinação e queda na produção devido à esterilidade de panículas. A aplicação de silício (Si) tem sido estudada como alternativa para o auxílio no controle de doenças de plantas. Desta forma, objetivou-se com este trabalho avaliar o efeito da aplicação de silicato de cálcio e de casca de arroz carbonizada na incidência de fungos associados a manchas em sementes de arroz. Plantas de arroz foram submetidas à aplicação de cinza de casca de arroz e silicato de cálcio nas doses utilizadas foram de 0; 153 e 357 kg/ha de Si. Dois experimentos foram conduzidos, sendo um na safra 2007/2008 e outro na safra 2008/2009 e, posteriormente, amostras de sementes foram analisadas em laboratório. Foram realizadas avaliações do Índice de Escurecimento de Sementes (IES), da Concentração de Si no pericarpo das sementes e a determinaçãp dos fungos presentes nas sementes. Não foi encontrada diferença significativa a partir do teste F para IES e concentração de Si para as duas fontes de Si empregadas, nas doses utilizadas nos dois experimentos, ou seja, a eficiência dos produtos utilizados e a concentração de Si no pericarpo das sementes foi semelhante, independente da dose aplicada. Em geral, os fungos encontrados em ambos experimentos foram Bipolaris oryzae, Curvularia lunata, Fusarium semitectum, F. solani, Microdochium oryzae, Nigrospora oryzae, Pyricularia grisea, Trichoconiella padwickiii e Cladosporium cladosporioides. A incidência destes fungos não foi afetada pela aplicação de casca de arroz carbonizada ou silicato de cálcio nas doses utilizadas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 752482 bytes, checksum: a4ec60bad1c1315d52f2a91132509d98 (MD5) Previous issue date: 2014-03-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Pepper yellow mosaic virus (PepYMV) naturally infects sweet pepper and tomato plants, leading to severe losses since its first report in Brazil (Brasília, DF, 2002). Molecular and serological methods can be used to detect the pathogen. Serological methods for viral detection require the use of a high quality antiserum, offering good sensitivity and specificity. Traditionally, purified viral particles are used as immunogens. However, the purification process is very laborious and the final preparation may have unsatisfactory purity and/or concentration. Thus, the aim of this work was to produce a polyclonal antiserum against the recombinant capsid protein (CP) of PepYMV to allow its use both for diagnosis and for studies of the interaction of the PepYMV CP with other viral proteins and host factors. The coding sequence of the capsid protein gene of PepYMV was cloned into an expression vector (pRSET-A) and transformed into Escherichia coli strain BL21::DE3 for in vitro expression. The recombinant protein, fused to a histidine tag, was purified under denaturing conditions by affinity chromatography using a Ni-NTA column. The purified recombinant protein was dialyzed under renaturing conditions. Its integrity and identity were confirmed by polyacrylamide gel electrophoresis and mass spectrometer analyses. New Zealand rabbits were immunized with increasing amounts of the recombinant protein. The sensitivity and specificity of the antisera were analyzed by Western blot and indirect ELISA assays. The antisera raised against the recombinant CP showed good specificity and sensibility, proving to be a reliable tool for the detection of PepYMV. / O Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), agente causal do mosaico amarelo do pimentão e do tomateiro, desde seu primeiro relato no Brasil no ano de 2002 em Brasília, DF, vem se disseminando em regiões produtoras de pimentão e tomate causando perdas substanciais ao produtores dessas culturas. Para identificação dessa enfermidade algumas ferramentas são utilizadas, dentre elas, podemos destacar os métodos moleculares e sorológicos, sendo estes últimos mais utilizados por apresentarem alta especificidade e sensibilidade, além de possuir um custo relativamente baixo. Para a produção de anti-soro, tradicionalmente, utilizam-se partículas virais concentradas como imunógenos. No entanto, o processo de purificação é muito trabalhoso e pode apresentar pureza e concentrações insatisfatórias. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi produzir um anti-soro policlonal, a partir da proteína capsidial recombinante do PepYMV, que permita sua utilização tanto para diagnose quanto para estudos de interação da proteína capsidial do PepYMV com outras proteínas virais e fatores do hospedeiro. A sequência do gene da proteína capsidial do PepYMV foi clonada em vetor de expressão (pRSET-A) e transformada em Escherichia coli, linhagem BL21::DE3, para expressão in vitro. A proteína expressa fusionada a uma cauda de histidina foi purificada sob condições desnaturantes por cromatografia de afinidade em coluna de resina Ni-NTA. Em seguida a proteína purificada foi dialisada sob condições renaturantes e sua integridade e identidade foram confirmadas por gel de poliacrilamida a 12% e análise de espectrometria de massa. Dois coelhos da raça Nova Zelândia foram imunizados com quantidades crescentes da proteína recombinante dialisada adicionados do adjuvante de Freud incompleto na proporção 1:1. A sensibilidade e a especificidade do anti-soro foram testados por Western blot e ELISA indireto. O anti-soro produzido apresentou boa especificidade e sensibilidade, provando ser uma ferramenta confiável para a diagnose do PepYMV.

Orientador: Dagoberto Martins / Banca: Mario Sergio Tomazela / Banca: Sidnei Roberto de Marchi / Banca: Fernando Tadeu de Carvalho / Banca: Eduardo A. Lemus Erasmo / Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a deposição proporcionada por diferentes pontas e volumes de calda de pulverização sobre a cultura do milho e duas espécies de plantas daninhas presentes na linha e entrelinha da cultura em duas épocas de aplicação. O estudo em campo foi conduzido na Faculdade de Ciências Agronômica - FCA/UNESP, campus de Botucatu/SP, e as análises laboratoriais foram realizadas no Núcleo de Pesquisas Avançadas em Matologia / FCA. O milho foi semeado em espaçamento de 0,8 m, com 7 plantas/m. Sementes de Euphorbia heterophylla e Brachiaria plantaginea, foram semeadas e em média obteve-se 222,1 e 164,3 plantas/mø, respectivamente. Os tratamentos foram constituídos de duas pontas (DG 11002VS, TX08) e dois volumes de pulverização (100 e 200 Lha-1). Aos 13 dias após a germinação do milho realizou a primeira aplicação, pulverizando uma calda com corante alimentício azul brilhante FDC-1, a uma concentração de 3000 ppm. Para tal, foi utilizado um pulverizador costal pressurizado a CO2 com pressão constante de 30 l/polø, equipado com uma barra de pulverização com quatro bicos. Após a aplicação, coletaram-se 20 plantas daninhas de ambas as espécies presentes na linha e entrelinha do milho, e em seguida coletaram-se 20 plantas de milho. As plantas coletadas foram colocadas em sacos plásticos nos quais as plantas daninhas foram lavadas com 35,7 ml e o milho com 100 ml de água destilada. Após a lavagem as plantas foram colocadas em sacos de papel e levadas para estufa de ventilação forçada para secagem. Aos 26 dias após o início da germinação do milho realizouse segunda aplicação, com procedimentos idênticos ao da primeira, com exceção para coleta e lavagem. As plantas de milho foram divididas em ápice e base e a quantidade de água de lavagem, nesta ocasião, foi de 100 ml para as plantas daninhas e 300 ml para o milho... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this reseach was to evaluate the deposition of different nozzles and spraying volumes on maize crop and two species of weed in the line and space between lines at two application times. The field trial was carried in the Faculdade de Ciências Agronômica - FCA/UNESP, campus of Botucatu/SP, and the laboratories analyses had been carried through in the Núcleo de Pesquisas Avançadas em Matologia from FCA. The maize was sown in space of 0,8 m, with 7 plants/m. Seeds of Euphorbia heterophylla and Brachiaria plantaginea had been sown and in 164.3 average it got 222.1 plants/mø, respectively. The treatments had been constituted of two nozzles (DG 11002VS, TX08) and two spraying volumes (100 and 200 Lha-1). After 13 days the germination carried through the first application, spraying with brilliant blue FDC-1 tracer solution (3000 ppm). It was used a back pack sprayer pressurized by CO2 at 30 l/polø, equipped with spraying bar with four nozzles. After the application, were collected 20 plants of both weeds and crop in the line and space between lines of the maize. The collected had been put in plastic bags in which the weed had been washed with 35,7 ml and the maize with 100 ml of distilled water. After the plants had been put in bags of paper to drying. After 26 days the germination beginning of the maize carried through the second spraying, with identical procedures to the first one, with exception for the maize plants, which had been divided in apice and base and, the amount of water, with the tracing but in two case had been 100 ml to weed and 300 ml to the maize. The samples obtained were analyzed through spectrophotometer at wavelength of 630 nm. Just to determine the tracer concentration. The plants stadium influenced the spraying drift. In the crop, the spraying deposition was depended of the stadium, type of nozzles and volume of application... (Complete abstract, click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-06Bitstream added on 2014-06-13T20:48:38Z : No. of bitstreams: 1 lorenzetti_er_me_botfca.pdf: 1497737 bytes, checksum: 301fad7ec025809e7f69e3df89b5a8b9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Cymbopogon citratus (DC.) Stapf é uma gramínea perene, de grande importância para a indústria farmacêutica e alimentícia, fornecedora de óleo essencial. Um problema limitante para a produção comercial é a ferrugem, causada pelo patógeno Puccinia nakanishikii Dietel. O trabalho objetivou estudar a interação patógeno-hospedeiro e availar princípios ativos naturais no controle da doença. Para os estudos anatômicos foram elaborados cortes, objetivando analisar as estruturas lesionadas e o desenvolvimento do patógeno. Foram avaliadas as trocas gasosas nas diferentes severidades da doença. Realizaram-se testes in vitro, com diferentes agentes de controle sobre a germinação de esporos do patógeno, sendo estes: óleos essenciais de eucalipto, palma-rosa, cravo-da-índia, menta, limão, citronela e mil-folhas; extrato pirolenhoso de eucalipto e mentol cristalizado. A partir destes testes foram escolhidos quatro agentes para os testes em campo, óleo de citronela e de eucalipto, extrato pirolenhoso e mentol. A área foi preparada a partir de mudas, sendo manejadas até os seis meses. Quando todas as plantas apresentavam sintomas, iniciaram-se os tratamentos com aplicações semanais. Foi avaliada ainda a doença após um corte. Os sintomas iniciais manifestam-se como manchas amareladas evoluindo para a formação de pústulas bronzeadas alongadas. Quanto à avaliação anatômica, após a infecção houve o desenvolvimento das estruturas fúngicas, prosseguindo com o rompimento da cutícula, possibilitando a observação das estruturas do patógeno de forma clara sobre as células da epiderme. Nas regiões lignificadas dos feixes vasculares não há desenvolvimento dessas estruturas. Com o aumento da severidade da doença observou-se a redução da assimilação de gás carbônico. A concentração interna de gás carbônico foi maior em severidades mais altas. Tal fato relaciona-se... / Cymbopogon citratus (DC) Stapf is a perennial grass, that has a large importance to the pharmaceutical and food industry, supplier of essential oil. One limiting problem to the commercial production is the rust caused by pathogen Puccinia nakanishikii Dietel. This work aimed to investigate the pathogen-host interactions and contribute to the researches with alternative methods of disease control. For anatomical studies were prepared anatomical sections, with the objective to analyze the structures injured and the development of the pathogen with different corants. On cultivated plants were evaluated gas exchange in different severity levels. In vitro tests were performed with different control agents, to the germination of pathogen spores, which are: essential oil of eucalyptus, palmarosa, clove, peppermint, lemon, citronella and yarrow; pyroligneous extract of eucalyptus and crystallized menthol. From these tests four products were chosen for the tests in a camp experiment, citronella oil, eucalyptus oil, pyroligneous extract and menthol. The area was prepared from seedlings, which were managed by six months age. When all plants had symptoms the treatments begin, with weekly applications. One avaliation happened after the cut of the lemongrass. The initial symptoms manifest as yellow spots progressing to formation of elongated pustules. These symptoms beginning with the development of fungal structures, after occurred the disruption of the cuticle, so the structures of the pathogen may be clearly observed on epidermis parenchyma cells of the leaf abaxial surface, however, in regions of vascular bundles, no development of such structures, these regions that have lignified structures. With the increase of the disease severity was a significant reduction in the assimilation of carbonic gas. The internal concentration of carbon dioxide was major... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-10T14:20:09Z No. of bitstreams: 1 Eliane Mayumi Inokuti.pdf: 262975 bytes, checksum: 46e8a0576767e569d0817560c99aae40 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T14:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eliane Mayumi Inokuti.pdf: 262975 bytes, checksum: 46e8a0576767e569d0817560c99aae40 (MD5) Previous issue date: 2012-07-30 / The fungi Rhizoctonia spp. is an important soilborne plant pathogen. The objective of this study was to evaluate the effectiveness of baits to quantify the saprophytic activity of Rhizoctonia in soil and determine the relationship between saprophytic and pathogenic activities in order to fit an equation of pathogenic activity risk in soils for cowpea and common bean planting. In the evaluation of baits, soils from three locations were packed in trays and infested with an isolate of R. solani (50 mg colonized substrate kg-1 soil). After seven days, soil samples were transferred to gerboxes and sown six baits: beet, cowpea, maize and sorghum seeds, cowpea segment stalks and toothpick segments. After 48 h at 25 ° C, the baits were transferred to the Ko & Hora modified medium. The wood toothpick bait led to the detection of higher levels of saprophytic activity in all soils. The bait toothpick was evaluated against eight isolates and six inoculum densities of R. solani, demonstrating highly effective in all situations. In the analysis of the relationship between saprophytic and pathogenic activities, were used 12 soils collected in areas for cowpea and common bean planting. The saprophytic activity was evaluated using toothpick baits and the pathogenic activity was assessed by the distribution of soils in trays, planting of cowpea seeds and assessment of Rhizoctonia canker severity. There was a significant (P≤0.05) positive correlation (r = 0.7698) between the saprophytic (ATS) and pathogenic (ATP) activities. The regression equation ATP = 1 / (0.5822 to 0.0056 ATS) was estimated with high precision (R2 = 0.9930, P≤0.05), indicating that the risk of pathogenic activity of Rhizoctonia in soils for cowpea and common bean planting can be estimated from the analysis of saprophytic activity. / O fungo Rhizoctonia spp. é um importante fitopatógeno habitante do solo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia de iscas para quantificação da atividade saprofítica de Rhizoctonia no solo e determinar a relação entre atividade saprofítica e atividade patogênica, visando ajustar uma equação de risco de atividade patogênica em áreas destinadas ao plantio de feijão-caupi e feijão-comum. Na avaliação das iscas, solos de três localidades foram acondicionados em bandejas e infestados com um isolado de R. solani (50 mg de substrato colonizado kg-1 solo). Após sete dias, amostras dos solos foram transferidas para caixas gerbox e semeadas seis iscas: sementes de beterraba, feijão-caupi, milho e sorgo, segmentos de talos de feijão-caupi e segmentos de palito de dente. Após 48 h a 25 ºC, as iscas foram transferidas para o meio de Ko & Hora modificado. A isca de palito de dente de madeira propiciou a detecção dos maiores níveis de atividade saprofítica em todos os solos. A isca de palito de dente foi avaliada em relação a oito isolados e seis densidades de inóculo de R. solani, demonstrando elevada eficácia em todas as situações. Na análise da relação entre as atividades saprofítica e patogênica, foram utilizados 12 solos coletados em áreas destinadas ao cultivo de feijão-caupi e feijão-comum. A atividade saprofítica foi avaliada com iscas de palito de dente e a atividade patogênica foi avaliada pela distribuição dos solos em bandejas, plantio de sementes de feijão-caupi e avaliação da severidade da rizoctoniose. Houve correlação positiva (r = 0,7698) significativa (P≤0,05) entre as atividades saprofítica (ATS) e patogênica (ATP). A equação de regressão ATP=1/(0,5822-0,0056 ATS) foi estimada com elevada precisão (R2 = 0,9930; P≤0,05), indicando que o risco de atividade patogênica de Rhizoctonia nos solos destinados ao cultivo de feijão-caupi e feijão-comum pode ser estimado a partir da análise da atividade saprofítica.