Orientador: Nelson Eduardo Duran-Caballero / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-21T02:47:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pimentel_MariadoCarmodeBarros_D.pdf: 3396948 bytes, checksum: e3fdc00c539b9a171e76fe96bc15b45f (MD5) Previous issue date: 1996 / Doutorado

Orientador: Lucia Regina Durrant / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-22T08:53:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pavarina_ErikaCristina_M.pdf: 5888570 bytes, checksum: 9bb8a3c72dae3271547cae3cd3568695 (MD5) Previous issue date: 1997 / Resumo: A celulose é o principal constituinte da parede celular das plantas terrestres e é uma das maiores fonte de carbono renováveis. O sistema enzimático que desintegra a celulose compreende, as endoglucanases (CMCase), exoglucanases e f3-glicosidases. Neste trabalho foram utilizados 10 microrganismos isolados de amostras de solo, sendo que após análise das atividades enzimáticas (celulolíticas e ligninolíticas), 5linhagens foram selecionadas e utilizadas em estudos de produção de enzimas que promovem a degradação de materiais celulósicos e provável fermentação destes materiais a etanol. Celulose microcristalina, xilana, papel de filtro e resíduos agroindustriais foram utilizados como fonte de carbono em um meio específico contendo sais minerais, vitaminas e como agente redutor cisteína. A maior atividade de avicelase foi obtida com o microrganismo H2 após crescimento em meio contendo xilana sob condição microaerofilica. A linhagem H2 também apresentou alta atividade de carboximetilcelulase, quando crescido em meio bagaço de cana sob condição microaerofilica, e o máximo de atividade xilanase foi obtido quando a linhagem F.20 foi crescida em meio xilana sob condição microaerofilica. A maior produção de ß-glicosidase foi obtida pelo microrganismo LH5 após crescimento em meia serragem sob condição microaerofilica. Os microrganismos F.20, Geotrichum sp (LD) e LH5 produziram etanol sob condição de agitação e posterior microaerofilia quando crescidos nos meios contendo papel de filtro, bagaço de cana e serragem. Enquanto que os microrganismos H2 e Trichocladium canadense (Q10) apresentaram produção de etanol após crescimento em meio contendo xilana sob condição microaerofilica. Os monômeros de celulose e hemicelulose foram utilizados como fonte de carbono para verificar a capacidade de utilização destes microrganismos selecionados. A linhagem F.20 apresentou desenvolvimento ótimo da massa micelial para a maioria dos substratos utilizados / Abstract: Cellulose is the main constituent of the cell walls of terrestrial plants and is one of the biggest renewable carbon sources. The enzymatic system that degrades cellulose comprises the endoglucanases (CMCase), exoglucanases and ß-glucosidases. In this work were used ten microorganisms isolated from soil samples and after the analysis of enzymatic activities (cellulolytic and lignicellulolytic), 5 microorganisms were selected and used in studies of the production of enzymes that promote the degradation of cellulosic materials and the production of ethanol. Avicel, xylan, Whatman nº1 paper and agro industrial wastes were used as carbon sources in a specific medium containing mineral salts, vitamins and cystein as a reducing agent. The best activity of avicelase was achieved with the microorganism H2 after growth in a medium containing xylan under microaerophylic conditions. The microorganism H2 also presented higher carboximethylcellulase activity when incubated in sugar-cane bagasse medium under microaerophylic conditions, and a maximum value of xylanase activity was achieved with the microorganism F.20 when grown in xylan medium under microaerophylic conditions. The higher production of ß-glucosidase was achieved with the strain LH5 after growing in a sawdust medium under microaerophylic conditions. The microorganisms F.20, LH5 and Geotrichum sp (LD) produced ethanol under the combined shaking followed by microaerophylic conditions when grown in Whatman n°1, sugar-cane bagasse and sawdust media. On the other hand, the strains H2 and Trichocladium canadense (Q10) presented ethanol production when grown in xylan medium under microaerophylic conditions. Cellulose and hemicellulose monomers were used as the carbon sources. The strain F.20 showed optimum development of mycelial mass for almost all the substrates utilized / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos

Orientador: Vanderlei Perez Canhos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-26T05:43:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_ArgentinaSampaio_D.pdf: 3583472 bytes, checksum: 141d7e7d0a97209e763b1d63b2769a7b (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: Foi efetuado um estudo taxonômico de vinte e duas linhagens de Neurospora isoladas de beiju de mandioca e vegetação queimada nos Estados do Maranhão e São Paulo. As linhagens estudadas foram caracterizadas quanto à sua morfologia, perfil de proteínas totais, polimorfismos e fragmentos do rDNA 188,288, região espaçadora 188­288 e do gene histona H3-1, e produção de aroma. Foram incluídas neste estudo 7 linhagens de referência de 4 espécies de Neurospora: N crassa NRRL 2223, CCT 2680 (=ATCC 24698); N. sitophila ATCC 46892 (produtora de aroma), NRRL 2884 (=ATCC 36935, =CCT 0045); N. intermedia NRRL 5506 (N. sitophila ATCC 56753) e N. tetrasperma NRRL 2164. Os resultados obtidos na análise das características morfológicas sugerem que os isolados pertencem a 7 espécies diferentes. As linhagens obtidas do Maranhão foram identificadas como N. sitophila, com exceção de AC9, identificada como N crassa, enquanto que os isolados do Estado de 8ão Paulo apresentaram uma maior diversidade de espécies: N. sitophila, N. crassa, N tetrasperma, N. dodgei, N. galapogensis, N. africana e N. lineolata. As análises dos perfis de proteínas totais corroboraram os resultados da análise morfológica. Os resultados da análise de proteínas totais, assim como os de digestão da região espaçadora 188-288 com a endonuclease Ava II, permitiram agrupar a linhagem N. sitophila ATCC 46892 produtora de aroma e isolados obtidos do mesmo susbstrato (beiju de mandioca) e local (Maranhão). Estas linhagens formaram um grupo distinto das linhagens de referência e dos demais isolados. A digestão do rDNA 18S com a enzima de restrição Hae III resultou em padrões diferentes para as três linhagens de referência em estudo. A linhagem produtora de aroma N sitophila A TCC 46892 apresentou o mesmo padrão de restrição que as linhagens de referência N crassa NRRL 2223 e CCT 2680, assim como a maioria dos demais isolados. As linhagens AC4 e AC15 apresentaram padrão de restrição igual ao de N tetrasperma NRRL 2164. Os perfis de restrição do gene da proteína histona, his-3 obtido com as enzimas Dde I e Hae III, permitiram a diferenciação das duas espécies N. sitophila NRRL 2884, CCT 0045 e N. crassa NRRL 2223, CCT 2680. A linhagem N sitophila ATCC 46892 produtora de aroma, as linhagens N crassa NRRL 2223, CCT 2680, e as linhagens de Neurospora isoladas do mesmo local (Maranhão) apresentaram perfis idênticos de restrição. Os fragmentos amplificados na região conservada 288 não apresentaram polimorfismo com nenhuma das enzimas em estudo. Os resultados da avaliação sensorial indicaram que as linhagens de Neurospora isoladas do beiju de mandioca, apresentam características aromáticas muito semelhantes à da linhagem produtora de aroma de frutas N sitophila ATCC 46892. Os métodos moleculares e a taxonomia polifásica forneceram informações referentes ao grupo de linhagens de Neurospora obtidas do mesmo substrato da linhagem produtora de aroma N. sitophila ATCC 46892, reforçando o uso desses métodos na caracterização de microrganismos associados à produção de aroma, podendo auxiliar na escolha de linhagens para futuros estudos envolvendo a produção e aplicação tecnológica / Abstract: Polyphasic taxonomic studies were done with twenty-two Neurospora strains isolated from cassava beiju and burned vegetation in Maranhão and São Paulo states. Strains were characterized regarding morphology, protein profiles and polymorphisms of 18S, 28S and 18S-28S rDNA spacer fragment, histone H3-1 gene, and aroma production. References strains: N crassa NRRL 2223, CCT 2680 (=ATCC 24698); NRRL 2884 (=ATCC 36935), CCT 0045 (=NRRL 2884); N. intermedia (N. sitophila ATCC 36935) N. sitophila ATCC 46892 (aroma producer) and N. tetrasperma NRRL 2164, were also studied. Results obtained from morphological analyses suggested that the isolates comprised 7 different species. Strains from Maranhão were identified as N. sitophila but, except for strain AC9, identified as N. crassa, whereas isolates from São Paulo were assigned to N. africana, N. crassa, N. dodgei, N. galapogensis, N. lineolata, N. sitophila, and N. tetrasperma. The analyses of total protein profiles agreed with the results from morphological analysis. Analysis of total protein profiles as well as spacer region digestion with Ava II endonuclease allowed the grouping of N sitophila A TCC 46892 aroma producer strain with the isolates of Neurospora spp. originated of same substrate (cassava beiju) and local (Maranhão). These strains formed a group distinct from the reference strains and from the others isolates. Digestion of 18S rDNA with restriction enzyme Hae III resulted in different patterns for the three reference strains in study. N sitophila ATCC 46892 aroma producer strain, reference strains N. crassa NRRL 2223, CCT 2680 and most of the isolates presented the same restriction patterns. AC4 and AC15 strains and the N. tetrasperma NRRL 2164 reference strain presented identical restriction patterns. Restriction profiles of the histone protein gene, his-3 obtained with Dde I and Hae III enzymes allowed the differentiation of the two species N. sitophila NRRL 2884, CCT 0045 and N. crassa NRRL 2223, CCT 2680. N. sitophila ATCC 46892 aroma producer strain, N crassa NRRL 2223, CCT 2680 strains and Neurospora strains isolated from same local (Maranhão) presented identical restriction pattern. Amplified fragments from 28S rDNA conserved region with studied enzymes did not present polymorphism. Sensorial evaluation indicated that Neurospora strains isolated of cassava beiju show aromatic characteristics similar to that of N sitophila ATCC 46892, producer of fruit aroma strain. Molecular methods and the polyphasic taxonomy provided information for the Neurospora group originated from the same substrate of the N. sitophila ATCC 46892 aroma producer strains. These methods corroborate characterization of microorganisms associated to production of aroma, and could was be collaborate useful with selection of strains for future studies related with technological production and application / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador: Telma Teixeira Franco / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-27T08:22:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_AnaPauladosSantos_M.pdf: 2171899 bytes, checksum: 7cac906a30aa8e097dcc2c5be3d20c69 (MD5) Previous issue date: 2000 / Resumo: Enzimas quitinolíticas, como as quitinases, presentes nos reinos animal, vegetal e fúngico, constituem um importante grupo de enzimas associadas com o metabolismo e degradação de substratos insolúveis como a quitina. Neste trabalho foi realizado um estudo para a verificação da influência da fonte de carbono livre (glicose e lactose) e das condições de cultivo (agitação e pH) na produção de quitinase da linhagem de Trichoderma sp. T 6. As fermentações foram realizadas a 27°C, retirando-se amostras a cada 12 horas ao longo de 72 horas de fermentação para determinação da atividade quitinolítica, proteolítica, açúcares redutores e pH. Foi avaliado o efeito das três variáveis sobre a produção de quitinase por Trichoderma sp. T6. As melhores condições encontradas para o meio contendo glicose, foram agitação de 200 rprn, pH 6,0,0,3% de glicose atingindo uma média de produção de enzima de 1,92 U/rnL. Para os meios de cultura contendo lactose, a máxima produção de quitinase se deu nos ensaios 5,6 e 7 (0,5% lactose) com 0,76,0,75 e 0,85 U/rnL, respectivamente. Foi observada formação de proteases desde o início da fermentação nos ensaios contendo lactose. A hidrólise enzimática com o caldo bruto do ensaio de máxima produção quitinolítica foi acompanhada por 8 horas produzindo dois oligossacarídeos predominantes, o mono e o di-acetilquitobiose / Abstract: Chitynolytics enzymes, as chitinases, constitute an important group of enzymes related with metabolism and degradation of insoluble substract as chitin present in animal, plants and fungi. In this work studies of carbon source (glucose and lactose) and cultivation conditions (agitation and pH) to produce chitinase by Trichoderma sp. T6 were carried out. The effect of carbon source, agitation and pH upon chitinase production by Trichockrma sp. T6 was investigated. Fermentations were performed at 27°C, and samples were withdraw every 12 hours during 72 hours of fermentation in order to assay both chitinolytic and proteolytic activity, as well as reducing sugar and pH. The optimal conditions for chitinase production found in glucose medium were 200 rpm (agitation), 6,0 (pH) and 0,3% (glucose) achieving an average value of 1,92 V/roL. Liquid culture medium with lactose showed maximum production of chitinase at 5th, 6th and 7th experiments (0,5% lactose) with 0,76, 0,75 and 0,85 V/roL, respectively. lt was observed that proteases were formed at beginning of fermentation in the experiments using lactose. Chitin hydrolysis by the raw broth of maximum chitinolytic activity was followed for 8 hours and the two predominant oligosaccharides, were mono and di-acetylchitobiose, respectively / Mestrado / Desenvolvimento de Processos Químicos / Mestre em Engenharia Química

No presente trabalho estudou-se a caracterização morfológica, a esporulação, e a patogenicidade dos fungos Alternaria solani e Alternaria alternata obtidos a partir de lesões foliares de tomateiro, pimentão, berinjela, batata, jiló e fumo; também se avaliou a sua sensibilidade à fungicidas. Para a caracterização morfológica utilizou-se como parâmetros, a mensuração do comprimento e largura do corpo e o comprimento do bico dos conídios. Os resultados obtidos, apesar de variabilidade observada estão de acordo com as caracterizações morfológicas dessas espécies, em literaturas citadas·Para esporulação estudou-se a influência da luz negra (N.U.V.) e escuro, idade do micélio (margem e interno) e a adição suplementar de água ou não no meio de esporulação. O melhor índice de esporulação de A. solani foi obtida com discos de micélio retirados da margem da colônia e incubados em luz negra (N.U.V.) e sem adição suplementar de água, enquanto que para A. alternata somente a luz negra foi suficiente para propiciar ótima esporulação. No estudo de inoculações cruzadas com os isolados de A. solani e A. alternata em tomateiro, pimentão e berinjela, verificou-se que todos os isolados foram patogênicos, exceto o isolado de A. solani de berinjela que não mostrou patogenicidade a pimentão. Entretanto, quando inoculado em sementes de tomate somente o isolado de A. solani de tomateiro foi patogênico no período de pós emergência das plântulas. Os isolados de A. alternata não demonstraram serem patogênicos em pré e pós emergência das plântulas. Porém, quando inoculados em frutos semi-maduros de tomateiro, os isolados de A. alternata de tomateiro, batata, berinjela e pimentão foram mais patogênicos do que os de jiló e fumo. Quanto a fungitoxicidade de 10 fungicidas em diferentes concentrações a um isolado de A. solani e a outro de A. alternata de tomateiro observou-se que o captafol, propiconazol e acetato de trifenil estanho a 100 ppm inibiram totalmente o crescimento micelial de A. alternata, enquanto que para A. solani somente o acetato de trifenil estanho a 100 ppm foi eficiente. / Morphological characteristics, sporulation and pathogenicity of A. solani and A. alternate were estudied. Isolates were obtained from tomato, sweet-pepper, eggplant, potato,"jiló"(Solanum gilo Raddi) and tobacco fungicidal sensibility of these isolates to various fungicidas was also evaluated. For morphological characterization, length and width of the conidium body and length of the conidium beak were measured. The results obtained confirmed the morphological variation between the two species of Altenaria,/i> studied. Influence of NUV, light and darkness, mycelium age and the addition of supplementary water to the medium was studied in relation to sporulation of both species of Alternaria. The best sporulation index for A. solani was obtained with mycelium discs removed from the colony margins, incubation under NUV light conditions and without the addition of supplementary water. For A. alternate only NUV light was enough to induce optimum sporulation. Cross inoculations tests with the various isolates of A. solani and A. alternate which were tested against tomato, pepper and eggplant, showed that all isolates were pathogenic to all hosts, with the exception of the A. solani isolate obtained from eggplant which was not pathogenic to pepper. Seed inoculations 'of tomato with A. solani was positive only for the tomato isolate, during the period of post-emergence of the seedlings. Isolates of A. alternate were not pathogenic to seedlings in pre and post-emergence. However, isolates of A. alternate,/i> from tomato, potato, eggplant and sweet-pepper were most pathogenic, whereas the"jiló"and tobacco isolates were the less agressive ones, when inoculated in semi-matured tomato fruits. With respect to the fungitoxicity of 10 fungicides, at different concentrations, against the isolates of A. solani and A. alternate from tomato, it was found that 100 ppm captafol, propiconazole and phenyltin acetate totally inhibited the mycelial growth of A. alternate, whereas for A. solani only 100 ppm phenyltin acetate was effective.

Culturas monozoospóricas de Phytophthora, num total de dezesseis, originárias do Estado de São Paulo, foram estudadas quanto as suas características morfológicas, culturais, moleculares e sensibilidade ao fungicida metalaxyl. Todos os isolados foram identificados como P. parasitica pelas suas características morfológicas, culturais e fisiológicas. Houve diferenças estatísticas entre os isolados quanto a suas dimensões no comprimento (c), largura (l) e relação c/l dos esporângios em meio cenoura-dextrose, incubados a 25ºC; assim como na capacidade de produção de clamidósporos no mesmo meio. Todos os isolados foram sensíveis ao metalaxul, todos crescendo na concentração de 1 ppm, a maioria na concentração de 10 ppm e alguns isolados a 100 ppm, apesar que no último caso ao redor do disco que continha micélio do patógeno. O qual vem a demonstrar que há genótipos com alguma tolerância ao produto no Estado de São Paulo. Essa tolerância teve uma distribuição independente do local de isolamento e a análise molecular com a técnica de RAPD não foi suficientemente sensível par detectar grupos com similaridade genética com essa característica. A técnica de RAPD conseguiu distinguir os isolados, mas observou-se uma baixa diversidade genética entre eles, apesar de terem sido isolados em diferentes pontos do Estado. Mesmo assim houve diferenças entre isolados provindos da mesma cultura original / not available

Orientadores: Maria Cecilia Barisson Villares, Maria Luiza Moretti Branchini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-02T17:01:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Delgado_AnaCeciliaNastrini_M.pdf: 41741337 bytes, checksum: 654fbd6ad05d4baab904d62abe9ad86e (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: A criptococose representa importante micose oportunista de ocorrência freqüente e grave nos pacientes atendidos no HC-UNICAMP, em especial nos pacientes com síndrome da imunodeficiência adquirida (Aids). O presente estudo foi proposto para aprimorar o conhecimento de C. neoformans isolados de pacientes com criptococose e sua correlação com o meio ambiente. Foram estudadas 52 cepas clínicas e 55 cepas ambientais (excretas de pombos) de C. neoformans procedentes da cidade e região de Campinas, São Paulo, Brasil. As cepas de C. neoformans foram isoladas em meio ágar "cornmeal" com ácido cafeico e as variedades e sorotipos foram identificados, respectivamente, pelo meio de canavanina-glicina-azul de bromotimol (CGB) e pelo teste de aglutinação em lâmina utilizando o kit "Crypto Check latron Co. Japão". Foi realizado estudo do perfil genômico através da eletroforese em campo pulsátil (PFGE), utilizando o sistema "Counter-Clamped Homogeneus Electric Field" (CHEF). O estudo da suscetibilidade de C. neoformans frente a anfotericina B, 5-fluorocitosina, fluconazol e itraconazol foi realizado pelo método da microdiluição em caldo, segundo o National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS)...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Cryptococcosis represents an important opportunistic mycosis with frequent and serious occurance in patients hospitalized at the Hospital and Clinics of UNICAMP, specially in immunocompromised patients. The present study was proposed to perfect the knowledge of C. neoformans isolated from patients with cryptococcosis and its correlation with the environment. Fifty-two clinical isolates and 55 environmental (pigeon droppings) isolates of C. neoformans were investigated, from Campinas, which is located in the state of São Paulo in Brazil. The clinical and environmental isolates were identified to species level based on micromorphological and biochemical characteristics and confirmed to be C. neoformans var. neoformans based on the reaction of canavanine-glycine-bromthymol blue agar. Serotyping was performed by slide agglutination test (Crypto Check; latron Co., Japan). Electrophoretic karyotype (EK) analysis was performed by Counter-Clamped Homogeneous Electric Field (CHEF DR-III). All the isolates were tested by broth microdilution method, performed according to the NCCLS guidelines for amphotericin B (AMB), fluconazole (FLCZ), itraconazole (ITCZ), and fluorocytosine (5-FC)...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Lucia Regina Durrant / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-02T22:06:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pavarina_ErikaCristina_D.pdf: 37450116 bytes, checksum: e77122db8b0fffd43e33fb0f9365a346 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: A maior fração que compõe a biomassa lignocelulósica é a celulose, representando o material orgânico renovável mais abundante e viável, que através de conversão biológica, química ou fisiológica, leva a formação de produtos de interesse econômico. A degradação biológica do materiallignocelulósico constitui uma das etapas mais importantes do ciclo do carbono. Muitos microrganismos possuem a habilidade de degradar o material lignocelulósico em diferentes graus, metabolizando os compostos intermediários de baixo peso molecular. Os microrganismos celulolíticos possuem um papel importante na degradação da celulose, uma vez que as hifas destes fungos penetram na madeira, liberam enzimas e degradam o material lignocelulósico. A maioria dos microrganismos conhecidos em degradar a celulose eficientemente, produzem um conjunto de enzimas com diferentes especificidades, atuando juntas em sinergismo. A capacidade de produção de enzimas ligninolíticas sob condição microaeróbica pode conferir ao microrganismo vantagem seletiva para sua sobrevivência em meio natural, proporcionando a este uma maior versatilidade em relação aos estritamente aeróbios ou anaeróbios. A fim de verificar a capacidade dos fungos em degradar materiallignocelulósico sob diferentes condições microaeróbica, foram testados 7 microrganismos, selecionando-se 3 linhagens: linhagem H2 (basidiomiceto); Geotrichum terrestre (levedura) e Fusarium oxysporum (fungo imperfeito). As linhagens apresentaram maiores produções das enzimas lignocelulolíticas após crescimento em meio complemento (adição de tween 80, Mn02, e ausência de cisteína) quando comparados os resultados obtidos após cultivo em meio nutriente. De acordo com os resultados obtidos durante o desenvolvimento deste trabalho verificou-se que o tween 80 tem influência na secreção enzimática, pois houve aumento na produção das enzimas pelas linhagens. Com relação aos produtos de fermentação obtidos pode-se observar que algumas linhagens apresentaram melhor produção quando tween 80 foi adicionado ao meio, como por exemplo a linhagem G. terrestre que apresentou maior produção de ácido cítrico, ácido tartárico, ácido lático e ácido acético, e pela linhagem H2 com maior produção de etanol. De uma forma geral todos os microrganismos testados foram capazes de degradar e fermentar o material lignocelulósico nas diferentes concentrações de substratos (1%-20%) e produzir as enzimas celulolíticas e ligninolíticas sob condições de baixa oxigenação. Este resultado é importante, uma vez que a degradação da lignina é conhecida como um processo oxidativo e a possibilidade de sua degradação ocorrer em ambientes microaeróbicos implica em novas oportunidades de aplicações biotecnológicas. / Abstract: Cellulose accounts for the major part of lignocellulose found in nature, and consequently, its degradation is essential for the operation of the global carbon cycle. Lignocellulose, such as wood, is mainly composed of a mixture of cellulose (40%), hemicellulose (20-30%), and lignin (15-30%). An association of enzymes acting in a concerted fashion degrades cellulose. This cellulase enzyme system consists of three major components, which are referred to as endoglucanase (carboximethylcellulase), exoglucanase (avicelase), and cellobiase (beta-glucosidase). These enzymatic components act synergistically in the hydrolysis of crystalline cellulose. The process by which the microorganisms degrade lignin is oxidative, involving enzymes such as lignin peroxidase, manganese peroxidase, and laccase. Cellulolytic microorganisms are found among various taxonomic groups. They include fungi and bacteria, aerobes and anaerobes, mesophiles and thermophiles and occupy a variety of habitats. Only a few groups of microorganisms are capable of degrading the complex lignin polymers and the white-rot fungi, which cause the greatest degree of mineralization, best exemplify them. Most of the lignocelluloses in nature are oxidized to carbon dioxide by aerobic microorganisms, but a substantial amount is degraded in anaerobic environments such as soil and mud that contain plant material. To verify the microbial capacity to degrade lignocellulosic material under microaerophilic conditions, seven strains were studied and three were selected: Geotríchum terrestre, Fusarium oxysporum and H2 strain (basidiomycete). The results obtained with strains H2, F. oxysporum and G. terrestre suggest that they prefer lower oxygen concentratioris for growth and enzyme production. Lignocellulolytic activities were detected in ali strains but varied with the carbon source used. The highest levels of these activities were produced by strains after growth in the complement media (addition of Tween 80, MnO2, without cystein), when compared with the result obtained after growth in nutrient media. The results obtained in this study showed that Tween 80 influences the enzymatic activity, due to better enzyme production. Ethanol and other non-gaseous fermentation products were detected following HPLC analysis. Strain H2 showed a greater production of ethanol and G. terrestre of citrate, tartarate, lactate and acetate. Since they produce enzymes necessary for the breakdown of lignocellulosic materiais and utilize most of the degradation products for growth, these strains show great potential for novel biotechnological applications. / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Orientadores: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Lyndel W. Meinhardt / Dissertção (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:36:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cotomacci_Carolina_M.pdf: 1686245 bytes, checksum: 0c1ced68745955b067ac66ec4f710046 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: A doença vassoura-de-bruxa em Theobroma cacao (cacaueiro), causada pelo fungo Crinipellis perniciosa, é uma das doenças de maior impacto econômico nos países produtores de cacau, sendo o Brasil um destes países. Esse fungo infecta os tecidos meristemáticos do cacaueiro em duas fases: parasítica e saprofítica. Pesquisas com outros fitopatógenos têm demonstrado que a mudança da fase parasítica para a saprofítica é regulada por genes do sistema mating type tornando este estudo extremamente importante para inferir estratégias de combate à doença. O presente trabalho teve por finalidade identificar os genes mating type de C. perniciosa através da análise dos dados gerados pelo seu projeto genoma. Para a identificação dos genes do sistema mating type (Hd1, Hd2, Rc e Fe) foram feitas buscas no banco de dados do genoma de C. perniciosa comparando seqüências similares àquelas codificadas pelos fungos basidiomicetos Coprinus cinereus, Coprinus bilanatus, Schizophyllum commune e Ustilago maydis, identificadas e disponibilizadas em rede. Foram identificados seis genes do sistema mating type de C. perniciosa. Um gene que codifica a proteína regulatória Hd1, um gene que codifica a proteína regulatória Hd2 e quatro genes que codificam as proteínas receptoras de ferormônio Rc1, Rc2, Rc3 e Rc4. Não foram identificados genes que codificam ferormônios. Portanto, concluímos que a organização molecular do sistema mating type de C. perniciosa é tetrapolar, contendo o locus HD bialélico e o locus FRF multialélico / Abstract: The witch's broom disease in Theobroma cacao, caused by mushroom Crinipellis perniciosa, is one of the diseases with the biggest economic impact in cocoa producing countries, and Brazil is one of them. The mushroom infects the meristematics tissues of the cocoa tree in two phases: parasitic and saprofitic. Research with other phytopathogens have demonstrated that the change from the parasitic to the saprophytic phase is regulated by genes of the mating type system, making this study extremely important to infer fighting strategies to this disease. This work's proposal is to identify mating type genes of C. perniciosa through the analysis of data generated by its genome project. The genes identification of the (Hd1, Hd2, Rc and Fe) mating type system was made by database search in the C. perniciosa genome comparing similar sequences with the ones codified by the basidiomycetes mushrooms Coprinus cinereus, Coprinus bilanatus, Schizophyllum commune and Ustilago maydis, identified and available in the internet. Six genes were identified in C. perniciosa mating type system. One gene that codifies the regulatory protein Hd1, another that codifies the regulatory protein Hd2 and four genes that codify the pheromone receptor proteins Rc1, Rc2, Rc3 and Rc4. Genes that codify pheromones were not identified. Therefore, we concluded that the molecular organization of C. perniciosa mating type system is tetrapolar, containing the bialelic HD locus and the multialelic FRF locus / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Orientador: Maria Luiza Moretti Branchini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T20:05:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moreira_LucianaSarmento_M.pdf: 615387 bytes, checksum: 42dae5da9ccb25a99c7957261e5866ca (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: O crescente aumento de casos de candidemia nas últimas décadas vem sendo um fato preocupante devido a diversos fatores, e dentre eles destacam-se a mortalidade, o aumento de casos de espécies não-albicans como causadoras de candidemia, e a crescente emergência da resistência de leveduras aos antifúngicos. Para o tratamento da candidemia, temos como drogas mais usadas a anfotericina B (ANF), o itraconazol (ITZ), o fluconazol (FCZ), a 5-fluorocitosina (5-FC), como também as combinações de ANF com FCZ ou 5-FC que visam favorecer a terapia. Porém, atualmente, ainda pouco se sabe a respeito das respostas clínicas dadas por Candida sp. ás terapias utilizadas quando comparadas com testes de suscetibilidade in vitro. Os testes padronizados para estudar a suscetibilidade de Candida sp. in vitro não avaliam as células individualmente, e sim uma população celular. O sistema automatizado Bio-Cell Tracer ® (BCT®), surge como uma nova ferramenta complementar para o estudo da dinâmica da formação de hifas, pseudo-hifas e germinação de conídios e de respostas quanto a suscetibilidade aos antifúngicos. Neste trabalho, utilizamos o BCT® para avaliar o crescimento de cepas de Candida albicans frente aos seguintes antifúngicos: FCZ, 5-FC e ANF, além das combinações 5-FC/ANF e FCZ/ANF em adições com tempos simultâneos e seqüenciais. O sistema BCT® consiste de uma base para placas, microscópio, digitalizador de imagem e computador com programa que permitiu o acompanhamento do crescimento automático das extremidades das pseudo-hifas estudadas. Os resultados para Candida albicans obtidos com o teste de resistência ao FCZ, encontrados no BCT® foram correspondentes àqueles utilizando o teste padrão de microdiluição em caldo (NCCLS A27), sugerindo diferentes classes de taxas de inibição que poderiam ser agrupadas como valores associados a suscetibilidade e resistência. Os estudos com drogas combinadas, em tempos seqüenciais, revelou que a cepa (UN 219) apresentou comportamento de antagonismo para a combinação de FCZ/ANF, dado que diferiu do encontrado na microdiluição em caldo. Neste caso, a possibilidade de monitoramento de hifas, pseudo-hifas pode permitir maior versatilidade e induzir respostas biológicas antes não encontradas nos testes in vitro. Este estudo contribuiu com novas informações a respeito de um sistema automatizado para análise de pseudo-hifas e germinação de conídios, que pode vir a ser utilizado no desenvolvimento de novas estratégias para uma rápida determinação de suscetibilidade antifúngica de C. albicans ou de outros fungos patogênicos / Abstract: Candida species are opportunistic fungal pathogens that are often the causative agents of infections in immunocompromised patients. amphotericin B (AMPH), itraconazole (ITCZ), fluconazole (FLCZ) and 5-flucytosine (5-FC) are the principal drugs used on the treatment of candidemic patients. However, in some cases, the clinical responses of Candida are different from those obtained with the in vitro susceptibility tests. Moreover, the standard methods of monitoring the susceptibility of Candida to antifungal agents are unable to evaluate single cells, true hyphae or pseudohyphae forms. Thus, new techniques developed to measure the growth rate of true hyphae or pseudohyphae forms in vitro could contribute to better understand the dynamics of the formation of these invasive structures and the response of the organism to antifungal agents. Here we describe the application of an automated system (Bio-Cell Tracer® - BCT®) to examine the responses of Candida albicans to AMPH, FLCZ, 5-FC, as well as AMPH/FLCZ and AMPH/5-FC combinations, in simultaneous and distinct addiction times. The BCT® consists of a culture vessel, a microscope and a image analyzer with a computer program system that traces the growth of a hyphal tip automatically. The results obtained using the BCT® system were correspondent to those using the standard MIC (NCCLS A27) assay on the detection of susceptibility and resistance in clinical isolates and reference samples. The combinatory studies show an antagonistic pattern on the UN 219 strain, differently from the MIC studies. The possibility of tracing pseudohyphae structures allows a larger versatility and biological responses not found on the other tests. This work contributed with new information about an automated system for analysis of pseudohyphal structures, that may be used on the development of new strategies for a rapid and reliable assessment of antifungal susceptibility in Candida albicans or other infectious species / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica