Objetivou-se no presente trabalho obter índices de diversidade genética para o SNP (single nucleotide polymorphism) 8514 do íntron quatro do gene OPN e analisar a associação entre esse polimorfismo e a produção de leite em animais participantes do Teste de Progênie da raça girolando, por meio da análise das variáveis de produção de leite em até 305 dias (P305) e capacidade prevista de transmissão (PTA) de leite. Para o estudo de diversidade genética, foram analisados 87 touros e 347 vacas (n = 434) e para a análise de associação foram avaliados 32 touros e 159 vacas (n = 204), os quais apresentavam dados fenotípicos disponíveis. Para amplificação dessa região gênica, foram utilizados os primers descritos para a raça holandesa e a diferenciação dos alelos C/T desse SNP foi obtida por meio da técnica de PCRRFLP. As frequências dos genótipos encontradas foram TT (52,53%), CT (38,71%) e CC (8,76%) e as frequências alélicas de T (71,9%) e C (28,1%) estando de acordo com o equilíbrio de Hardy-Weinberg (p > 0,05). Foi estimado um baixo nível de endogamia (Fis = 0,043), o que sugere que a população apresenta mais indivíduos homozigotos para o alelo T devido à provável herança deste alelo o da raça zebuína e não pela prática de endogamia realizada no rebanho. O estudo de associação entre o gene OPN e a produção de leite não detectou associação com as variáveis analisadas, P305 e PTA. Os resultados deste trabalho estão de acordo com os observados na raça holandesa, na qual não foi observado efeito aditivo dos alelos desse SNP com a produção de leite. Outros estudos devem ser conduzidos para se inferir com maior precisão a importância desse gene na produção de leite na raça girolando. / The objective of the present work to obtain indices of genetic diversity for the SNP (single nucleotide polymorphism) of the 8514 intron four of OPN gene and analyze the association between this polymorphism and milk production in animals participating in the Progeny Test Girolando through analysis of the yield of milk in 305 days (P305) and predicted transmitting ability (PTA) of milk. For the study of genetic diversity, we analyzed 87 bulls and 347 cows (n=434) and the association analysis were evaluated 32 bulls and 159 cows (n=204), which showed phenotypic data available. For amplification of this gene region, we used the primers described for the Holstein and differentiation of alleles C/T SNP that was obtained by PCR-RFLP. The frequencies of TT genotypes were found (52.53%), CT (38.71%) and CC (8.76%) and allele frequencies of T (71.9%) and C (28.1%) being according to the Hardy-Weinberg equilibrium (p>0.05). We estimated a low level of inbreeding (Fis=0.043), suggesting that the population has more individuals homozygous for the T allele likely due to the inheritance of this allele of the zebu breed and not held by the practice of inbreeding in the herd. The study of association between the OPN gene and milk production did not detect association with variables, P305 and PTA. These results are consistent with those observed in Holstein, which was not observed additive effect of alleles of this SNP with milk production. Other studies should be conducted to infer more precisely the importance of this gene in milk production in girolando breed.

Há algum tempo dados genéticos vêm sendo utilizados para inferências quanto à natureza do tráfico de escravos ocorrido no período colonial no Atlântico Sul e sobre a origem dos africanos que chegaram ao Brasil. A utilização de marcadores de linhagem mais específicos, como é o caso do DNA mitocondrial (mtDNA) e da região não-recombinante do cromossomo Y (NRY) pode se constituir em poderoso instrumento para o esclarecimento dessas questões. Este trabalho utilizou esses enfoques através do seqüenciamento da HVS-I do mtDNA (highly variable segment I) e de testes em 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) localizados na região não-recombinante do cromossomo Y, em uma amostra de 133 indivíduos classificados como derivados de africanos (preto e pardo) do estado do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e região metropolitana), bem como 144 homens classificados do mesmo modo no estado do Rio de Janeiro (Rio de Janeiro e região metropolitana). Os dados do mtDNA indicaram que 89,5% e 78% das matrilinhagens encontradas, respectivamente, no Rio de Janeiro e em Porto Alegre eram de origem africana. Destas, 69% e 82% eram de origem da África Centro-oeste (região típica de povos que falam línguas Bantus), enquanto que a fração complementar teria uma origem no Oeste africano (não-Bantu). Estes resultados estão de acordo com os registros históricos. Os marcadores do cromossomo Y revelaram que 56% (Rio de Janeiro) e 36% (Porto Alegre) destes cromossomos tinham uma origem africana. No entanto, diferentemente do que aconteceu com o mtDNA, as análises não permitiram discriminar os locais de origem dentro do continente africano. Parece, portanto, haver maior estruturação nos dados obtidos com o mtDNA do que com o cromossomo Y, sugerindo uma maior taxa de migração dos homens do que das mulheres dentro do grande tronco lingüístico Niger-Congo. Porto Alegre e Rio de Janeiro quando comparadas em relação ao mtDNA, não apresentam diferenciação significativa, embora pudessem ser observadas algumas diferenças, em destaque a maior presença de linhagens mitocondriais de origem ameríndia em Porto Alegre (16,4%) do que no Rio de Janeiro (8,5%). Já a diferença entre Porto Alegre e o Rio de Janeiro foi significativa quanto aos dados do cromossomo Y. Especialmente notável, é a presença de cromossomos de origem indígena em Porto Alegre: haplogrupos Q* e Q3*, nas freqüências de 3,5% e 1,7%, respectivamente. Analisando somente os indivíduos tipados tanto para o mtDNA quanto para os marcadores do Y, nota-se que ~ 50% deles nas duas amostras apresentam linhagens mitocondriais e do cromossomo Y de origem africana, enquanto de forma complementar, o número de indivíduos com matrilinhagens africanas e cromossomos Y europeus e/ou asiáticos ou ameríndios foi de ~ 41% e ~ 35% para o Rio de Janeiro e Porto Alegre, respectivamente. As amostras estudadas, portanto, caracterizam-se como sendo amplamente mescladas, apenas metade dos genomas considerados sendo de origem completamente africana. / Genetic data have been used for some time now for inferences about the nature of the slave trade that occurred in South Atlantic in the Colonial Period, as well as about the origins of the Africans who arrived in Brazil. The use of lineage-specific markers, like mitochondrial DNA (mtDNA) and those of the non-recombining region of the Y chromosome (NRY), can constitute a powerful tool for elucidation of these questions. This work utilized this approach through sequencing of the mtDNA HVS-I (highly variable segment I), as well by testing 30 SNPs (single nucleotide polymorphisms) located in chromosome Y’s nonrecombining region in a sample of 133 individuals classified as African-derived (black or mulatto) from the state of Rio Grande do Sul (Porto Alegre and metropolitan region), as well as 144 men classified in the same manner in the state of Rio de Janeiro (Rio de Janeiro and metropolitan region). The mtDNA data indicated that 89.5% and 78% of the matrilineages found in Rio de Janeiro and Porto Alegre were of African origin. Of these, respectively, 69% and 82% were of Central-West African origin (region typically of people who speak Bantu languages), while the complementary fraction would have the West African origin (non-Bantu). These results are in accordance with the historical records. The Y chromosome markers revealed that 56% (Rio de Janeiro) and 36% (Porto Alegre) of these chromosomes should have an African origin. But differently of what occurred with the mtDNA results, the analyses did not allow a discrimination of the places of their origin within the African continent. It seems, therefore, that a higher structuration occurs in the mtDNA data as compared to the Y chromosome results, suggesting a higher male in relation to female migration rates within the large Niger-Congo linguistic family. Porto Alegre and Rio de Janeiro do not present significant mtDNA frequency differences, although the Amerindian mtDNA presence is higher in Porto Alegre (16.4%) than Rio de Janeiro (8.5%). On the other hand, Porto Alegre and Rio de Janeiro do show significant differences in the Y chromosome data. Especially notable is the presence of Amerindian chromosomes in Porto Alegre: frequencies of, respectively, 3.5% and 1.7% for haplogroups Q* and Q3*. Considering just the individuals simultaneously typed for mtDNA and the Y chromosome, it is verified that ~50% of then show mtDNA and Y chromosome lineages of African origin, while the number of individuals with African mtDNA but European and/or Asiatic or Amerindian lineages was ~41% for Rio de Janeiro and ~35% for Porto Alegre. The samples studied, therefore, can be characterized as amply admixed, only half of the genomes considered being completely of African origin.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-10-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:39Z : No. of bitstreams: 1 000849697_20161006.pdf: 348375 bytes, checksum: 2ad132aa375cdd27539e8502e36300ab (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-10T12:18:24Z: 000849697_20161006.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-10T12:19:00Z : No. of bitstreams: 1 000849697.pdf: 898738 bytes, checksum: 508c809deaf9bfeff728c72d77c3145b (MD5) / As técnicas aplicadas à utilização do ácido desoxirribonucleico (DNA) associadas ao desenvolvimento da bioinformática viabilizaram a criação de bancos de perfis genéticos destinados à apuração de delitos. O uso deste aparato foi regulamentado no Brasil pela Lei nº 12.654, de 28 de maio de 2012, e pelo Decreto nº 7.950, de 12 de março de 2013. Esta lei autorizou a coleta de perfil genético quando a identificação criminal for considerada pelo juiz como essencial às investigações policiais, e previu a obrigatoriedade da extração de material biológico e do cadastro de perfil genético em bancos de dados para condenados por crime praticado dolosamente, com violência de natureza grave, ou por qualquer crime hediondo. O Decreto nº 7.950/2013, por sua vez, instituiu o Banco Nacional de Perfis Genéticos e a Rede Integrada de Bancos de Perfis Genéticos, no âmbito do Ministério da Justiça, com o objetivo de armazenar, compartilhar e comparar os dados cadastrados nos bancos da União, dos Estados e do Distrito Federal. Tendo em vista que as informações genéticas demandam uma tutela jurídica reforçada, pois afetam o núcleo mais profundo da intimidade do ser humano, busca-se analisar as questões bioéticas e jurídicas suscitadas pela adoção deste instrumento de biopoder, bem como refletir sobre suas consequências sociais. Para o desenvolvimento da pesquisa, adota-se o procedimento metodológico clássico da consulta bibliográfica, numa perspectiva interdisciplinar. Quanto aos mecanismos de inferência, utiliza-se o raciocínio indutivo e o dedutivo. No que se refere ao método de pesquisa, emprega-se o método dialético na análise dos conflitos que envolvem a adoção dos bancos de perfis genéticos criminais. Analisa-se a problemática trazida pela implementação dessa ferramenta no Brasil sob o enfoque crítico da bioética da intervenção, asseverando-se que a violência no Brasil não será reduzida enquanto a... / Techniques of manipulation of deoxyribonucleic acid (DNA) associated with the development of the bioinformatics, enabled the creation of genetic-profile banks - created to investigate crimes. The use of such techniques is set on Act 12.654/2012 and on Decree 7.950/2013. These laws authorize judges to determine the gathering of genetic profiles when criminal identification is essential to the investigation of a crime. It also determines the obligation of biological material extraction and the registration of genetic profiles on databases where convicted criminals of felonies and heinous crimes are recorded. On the other hand, Decree 7.950/2013 established the Genetic Profiles National Bank and the Genetic Profiles Integrated Network - both bounded to the Justice Department - with the objective of store, share and compare genetic profile data. Since genetic data require a stronger legal guardianship - for they affect the deepest core of human intimacy - this study will seek to analyze the bioethical and legal matters raised by the adoption of such power instrument, as well as its social consequences. To do so, this study adopts a bibliographical methodology (used in a multidisciplinary perspective) and both deductive and inductive arguments. Dialectics will be used as research method, specifically to analyze conflicts evolving the adoption of criminal genetic profile database. The problems that such tool raises in Brazil will be analyzed under a critical focus, particularly to emphasize that violence will not diminish while criminality is seen as product of wickedness of criminals, whilst it is a result of inadequate social, cultural and economic structures. The importance of protection of countless constitutional and procedural rights will also be pointed out - especially those affected by Act 12.654/2012 - as well as the need to enhance the protection of the right to genetic intimacy in the era of comparable...

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-06-10. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:28Z : No. of bitstreams: 1 000848862.pdf: 1362469 bytes, checksum: ecb358806a7f2339216f60fc6b4979f6 (MD5) / A elevada produção de cana-de-açúcar no Brasil é resultado do adequado manejo usado no campo com a cultura, e quando não adequado causa perdas significativas em produtividade. Dentre os tratos culturais, está o manejo das plantas daninhas, as quais são plantas indesejáveis as culturas. Entre as plantas daninhas, o capim-camalote (Rottboellia cochinchinensis) destaca-se como planta de difícil controle. Esse difícil controle está associado ao reduzido número de herbicidas registrados e seletivos a cultura da cana-de-açúcar, à variabilidade genética presente nas plantas daninhas, característica intrínseca a elas, e também a dormência das sementes e o vigor das plantas. Mediante a dificuldade do controle químico observada pelos produtores elaborou-se a hipótese de que isso pode ser devido a existência de biótipos entre e dentro das diferentes populações infestantes de canaviais que respondem de forma diferente aos tratamentos com herbicidas. Para verificar esta hipótese o presente trabalho teve como objetivo estudar a variabilidade genética em plantas de Rottboellia cochinchinensis em três populações (municípios de Igarapava, Mococa e Piracicaba) do Estado de São Paulo, utilizando-se da técnica AFLP. Foram também avaliadas a aplicação de herbicidas em pós-emergência das plantas e a análise citogenética. Nos três locais foram realizadas coletas de folhas no terço superior da plantas e sementes, em áreas de produção comercial de cana-de-açúcar. Para a caracterização molecular seis iniciadores foram utilizados com o marcador AFLP, em 10 indivíduos por população (30 indivíduos no total), com base na presença (1) e ausência (0) de bandas, no ano de 2012. Para a sensibilidade à herbicidas o experimento foi instalado em vasos com capacidade para 20 L, em delineamento inteiramente casualizado. Os tratamentos... / The Brazilian high sugarcane production comes from adequate management techniques, which when non-properly used may cause significant yield losses. The weed control is one of these crop practices; such technique consists of eliminating unwelcome plants from farming areas. Among weed species, itchgrass (Rottboellia cochinchinensis) can be highlighted as one of the plants difficult to be controlled. This fact may be associated to a reduced number of selective herbicides registered for sugarcane crop, weed genetic variability, seed dormancy and plant vigor. By means of the difficult chemical control faced by farmers, we have drawn up a hypothesis that such fact might be related to the existence of varied biotypes between and within the different weed populations in sugarcane fields, responding distinctly to herbicide applications. To check this hypothesis, we aimed to study the genetic variability of Rottboellia cochinchinensis (itchgrass) from three different populations (in the cities of Igarapava, Mococa and Piracicaba) in São Paulo State, Brazil, and using AFLP technique. Moreover, post-emergence application and cytogenetics were tested. Upper third leaf and seed samples were collected from the three locations, in areas of sugarcane commercial production. For molecular characterization, six primers were used with the AFLP marker, using 10 plants per population (30 in total), based on band presence (1) and absence (0) in the year of 2012. A completely randomized experiment was set to evaluate herbicide responses, using 20-L pots. Chemical treatments were performed by the herbicides: ametryn (3,000 g ha-1) - T1; isoxaflutole (135 g ha-1) - T2; ametryn (300 g ha-1)+isoxaflutole (135 g ha-1) T3; isoxaflutole (135 g ha-1)+clomazone (1200 g ha-1) T4; amicarbazone (1400 g ha-1) - T5; ametryn (3,000 g ha-1)+trifloxysulfuron-sodium (22.5 g ha-1) - T6; glyphosate (2,160 g ha-1) - T7; MSMA (2,880 g ha-1) - T8 and ametryn ...

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:14Z : No. of bitstreams: 1 000858227.pdf: 2229250 bytes, checksum: 18f759cccd6aa5b7d7f729d06fcc14ec (MD5) / A espécie Baccharis dracunculifolia, popularmente conhecida como vassoura ou alecrim-do-campo, é amplamente utilizada na medicina caseira. A infusão de suas folhas é empregada para problemas hepáticos, disfunções estomacais e como anti-inflamatória. Estudos de literatura relatam o uso medicinal e religioso do alecrim-do-campo comercializado em mercados e feiras livres no Rio de Janeiro, assim como a utilização das folhas para feridas e o uso dos ramos, em decocto, como antifebril. Este trabalho objetivou a caracterização da composição química do óleo essencial e diversidade genética da Baccharis dracunculifolia D.C. (Asteraceae) nativa do bioma Cerrado. Foram coletados, em media, 30 indivíduos em quatro populações naturais, sendo uma em Botucatu, estado de São Paulo, uma em Delfinópolis, no estado de Minas Gerais e duas em Dourados e Itahum, estado de Mato Grosso do Sul. A composição química do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, foi analisada por meio de cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas. As substâncias majoritárias dos acessos coletados foram trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacreno-D, trans-cariofileno, limoneno, α-pineno, β-mirceno, delta-cadineno, β-pineno e espatulenol. Esses componentes perfizeram uma média geral de 80,97% da composição química dos óleos essenciais nas quatro localidades. De acordo com a análise dos resultados a substância trans-nerolidol foi a que mais se destacou dentre os compostos presentes no óleo essencial da B. dracunculifolia em todas as populações. Entretanto, os acessos coletados em Itahum tiveram como componente principal o espatulenol seguido do trans-nerolidol. O estudo da diversidade ... / The species Baccharis dracunculifolia, popularly known as rosemary-of-field, is widely used in folk medicine. The form of infusion of its leaves is used for liver problems, stomach disorders and as anti-inflammatory. Studies have reported the use of medical and religious rosemary-of-field sold in markets and fairs in Rio de Janeiro, as well as the use of leaves for wounds and the use of branches as decoction as antipyretic. This study aimed to characterize the chemical composition of essential oils and genetic diversity of native species B. dracunculifolia DC (Asteraceae) in the Cerrado biome. Were collected, on average, 30 individuals from four natural populations, one in Botucatu, in the state of São Paulo, a city of Delfinópolis in the state of Minas Gerais and two in Dourados and Itahum, state of Mato Grosso do Sul. The chemical composition of essential oil extracted by hydrodistillation, was analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometer. The majority of accessions collected substances were trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacrene-D, trans-caryophyllene, limonene, α-pinene, β-myrcene, delta-cadinene, β-pinene and spathulenol. These components amounted to an overall average of 80.97% of the chemical composition of essential oils in four locations. According to the analysis results of the substance trans-nerolidol was the most outstanding among which the present compounds in the essential oil of the species B. dracunculifolia in all populations. However, the accessions were collected in Itahum spathulenol as major components followed by the trans-nerolidol. The study of genetic diversity was performed by analyzing the DNA polymorphism using microsatellite markers. Five microsatellite loci were tested for the species revealed 48 alleles for the four populations ...

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-23. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:34:02Z : No. of bitstreams: 1 000854099_20160910.pdf: 233444 bytes, checksum: 6c4c03b5cf476a93bb3f2b9e38bf3215 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-09-12T15:36:46Z: 000854099_20160910.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-12T15:37:24Z : No. of bitstreams: 1 000854099.pdf: 1329915 bytes, checksum: 9736b74098f805bbb61fca3cf8ffb9ba (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A obesidade tem se configurado como um dos principais problemas de saúde pública da atualidade. É resultante de uma complexa interação entre fatores genéticos, ambientais e metabólicos, o que torna desafiador o seu tratamento. A cirurgia vem se apresentando como uma opção eficaz ao controle do problema, por promover modificações anatômicas e hormonais que levam à redução da ingestão energética e, consequentemente, perda de peso, melhoria da qualidade de vida e das comorbidades. O seu resultado em termos de redução do peso corporal depende de uma série de fatores intrínsecos e extrínsecos ao paciente, nem sempre conhecidos. Os polimorfismos genéticos estão entre os fatores que necessitam ser explorados, visto que em muitos estudos têm sido mostrada a contribuição genética para a patogênese da obesidade, a qual, em teoria, também poderia influenciar os resultados da perda de peso pós-cirúrgica. Diante do exposto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar o resultado da Derivação Gástrica em Y de Roux (DGYR) em mulheres, quanto ao peso corporal e à resolução do diabetes mellitus tipo 2 (DM2) e hipertensão arterial sistêmica (HAS), em associação ao efeito de polimorfismos genéticos (GHRL rs26802; GHSR rs572169; LEP rs7799039; LEPR rs1137101; 5-HT2C rs3813929; UCP2 rs659366; UCP2 rs660339; UCP3 rs1800849; SH2B1 rs7498665; TAS1R2 rs35874116; TAS1R2 rs9701796; FTO rs9939609) e ao consumo de energia e macronutrientes após um ano do tratamento cirúrgico. Os resultados do trabalho mostraram que em relação à perda de peso, o índice de massa corporal pré-cirúrgico e a presença do genótipo AA do gene FTO foram determinantes do resultado da cirurgia sobre o peso corporal. Em análise para identificação de potenciais polimorfismos preditores da perda de peso pós-cirurgia encontrou-se relação com o polimorfismo do gene 5-HT2C. Em... / Obesity is one of the main public health problems today. It results from a complex interaction between genetic, environmental, and metabolic factors, making its treatment challenging. Surgery is proving to be an effective option for controlling the problem as it promotes anatomic and hormonal changes that reduce energy intake and consequently, promote weight loss and better quality of life and improve comorbidities. Weight loss depends on a series of factors intrinsic and extrinsic to the patient, not always known. Genetic polymorphisms are among the factors that need to be explored because many studies have shown how genes contribute to the pathogenesis of obesity, which theoretically could also affect weight loss after surgery. Considering the above, the general objective of the present study was to assess the effects of roux-en-Y gastric bypass (RYGB) on weight loss and resolution of diabetes type 2 (DM2) and high blood pressure (HBP) in women, and whether the said effects are associated with the genetic polymorphisms (GHRL rs26802; GHSR rs572169; LEP rs7799039; LEPR rs1137101; 5-HT2C rs3813929; UCP2 rs659366; UCP2 rs660339; UCP3 rs1800849; SH2B1 rs7498665; TAS1R2 rs35874116; TAS1R2 rs9701796; FTO rs9939609) and energy and macronutrient intakes one year after surgery. The results show that the effect of surgery on weight loss was determined by preoperative body mass index and the presence of the genotype AA of the gene FTO. Analysis of the potential polymorphisms that could predict postoperative weight loss found a relationship between weight loss and gene 5-HT2C polymorphism. Surgery controlled DM2 and HBP in 87% and 99% of the women, respectively. The prevalence of preoperative DM2 was influenced by polymorphisms of the genes 5-HT2C and UCP3. None of the study polymorphisms were associated with energy and macronutrient intakes one year after surgery. In conclusion, the ... / FAPESP: 12/03924-6

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:30:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-13. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:34:13Z : No. of bitstreams: 1 000857549_20161019.pdf: 500718 bytes, checksum: 01044f2b8748a9636027acc91a2eee72 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-21T11:52:44Z: 000857549_20161019.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-21T11:53:22Z : No. of bitstreams: 1 000857549.pdf: 2622657 bytes, checksum: 8c10e2e7974447bb0dccb57c6c8c35ae (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O gênero Leptodactylus compreende, atualmente, 74 espécies distribuídas na Região Neotropical, das quais 57 foram relatadas no Brasil. Fatores como a alta similaridade morfológica, bem como a carência de dados diversificados de diferentes populações, refletem no status taxonômico confuso para alguns dos representantes do gênero. Avanços nessa questão foram obtidos através do aumento de estudos, principalmente aqueles envolvendo comparação de dados moleculares mas, muitas vezes, não foram analisados espécimes coletados em localidade tipo, fundamental para a avaliação da real diversidade de espécies, considerada subestimada para os anfíbios anuros em geral. Além da importância da citogenética em diferentes aspectos referentes à organização genômica, bem como na identificação de sistemas de determinação cromossômica do sexo, diferentes dados citogenéticos têm se mostrado uma importante ferramenta para o estudo de anuros, permitindo, pela comparação das variações cromossômicas, a identificação de espécies crípticas, principalmente quando aliados a informações moleculares, zoológicas e ecológicas. Entre os objetivos do presente trabalho destacam-se a busca por variações cariotípicas que auxiliem na elucidação de problemas de taxonomia e sistemática no gênero Leptodactylus, pelo emprego de técnicas de citogenética clássica e molecular, bem como a obtenção de sondas cromossomo-específicas para procedimentos de pintura cromossômica em anfíbios anuros. Entre os resultados obtidos, são destacados: a identificação de um extraordinário sistema cromossômico de determinação do sexo em L. pentadactylus (X1X2X3X4X5X6:Y1Y2Y3Y4Y5Y6), considerado o maior já relatado para vertebrados; a revisão citogenética e molecular de espécimes do grupo de L. melanonotus, o qual apresenta complexo de espécies pendente de resolução. Os dados obtidos indicam a revalidação das espécies L. brevipes e L.... / The genus Leptodactylus currently has 74 recognized species in the Neotropical Region, of which 57 were reported in Brazil. Factors such as high morphological similarity, as well as the lack of diverse data from different populations, result in the confusing taxonomic status of some species in the genus. Advances in this matter were obtained by increasing studies involving mainly comparison of molecular data, but often are not examined specimens collected in the type localities, fundamental for assessing the real diversity of species, considered underestimated for amphibians in general. Besides the importance of cytogenetics in describing the genomic organization, such as the presence of chromosomal sex determination systems, different cytogenetic data has been an important tool for studying frogs, allowing comparison of chromosomal variations, inferring / identifying through these the suggestion of taxa, especially when combined with zoological and ecological information. Here we studied cytogenetically species currently in the genus Leptodactylus. Among the results are outstanding: the identification of an extraordinary chromosome system of sex determining in L. pentadactylus (X1X2X3X4X5X6: Y1Y2Y3Y4Y5Y6), considered the highest reported for vertebrates; Cytogenetic and molecular review of specimens in the Leptodactylus melanonotus group, which are in a complex of species pending resolution. With our data, it was possible revalidate the species L. brevipes and L. intermedius as they were in synonymy with L. petersii. Additionally we showed the first construction of DNA probes from whole chromosomes of amphibian, obtained by flow cytometry from Xenopus tropicalis, a model organism for genetic and developmental studies, and the possibility of application in the studies on chromosome evolution of other species of frogs, even those phylogenetically ...

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:20:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:23:57Z : No. of bitstreams: 1 000858103.pdf: 6986071 bytes, checksum: 61cc82fb4f22cd71ec70c868dc8f37e5 (MD5) / Objetivou-se com este estudo realizar associação genômica ampla, visando detectar regiões cromossômicas associadas a características indicadoras de precocidade sexual de bovinos da raça Nelore, bem como avaliar metodologias para a predição de valores genômicos visando à seleção destas características. Foram utilizados dados de animais da raça Nelore, pertencentes a fazendas que integram os programas de melhoramento genético da DeltaGen® e Paint® (CRV Lagoa). As características associadas à precocidade sexual utilizadas neste estudo foram a idade ao primeiro parto (IPP), a ocorrência de prenhez precoce de novilhas (P16) e o perímetro escrotal (PE). Após o controle de qualidade e consistência dos dados fenotípicos, permaneceram para as análises informações de 68.170, 72.675 e 83.911 animais com fenótipo e de 1.738, 1.770 e 1.680 animais genotipados para IPP, P16 e PE, respectivamente, e 412.993 SNPs. No Capítulo 2, as estimativas dos efeitos dos SNPs foram obtidas utilizando-se a metodologia single-step (WssGBLUP). Todos os animais foram utilizados aplicando-se modelo animal unicaracterística para predizer os valores genéticos e, posteriormente, as soluções dos efeitos dos SNPs foram obtidas a partir destes valores genéticos. Foram identificadas as 10 janelas de 150 SNPs que capturaram a maior proporção da variância explicada pelos marcadores. As 10 janelas de maior efeito obtidas para a P16 estão localizadas nos cromossomos 5, 6, 7, 14, 18, 21 e 27 e somadas explicaram 7,91% da variância genética total. Para o PE, estas janelas estão nos cromossomos 4, 8, 11, 13, 14, 19, 22 e 23, explicando 6,78% da variância total. Com as análises de GWAS foi possível identificar regiões cromossômicas associadas com P16 e PE. A identificação dessas regiões possibilita o melhor entendimento e avaliação destas características, além de indicar genes candidatos para estudos futuros de investigação de... / The objective of this study was to perform genome-wide association to detect chromosomal regions associated with indicator traits of sexual precocity of Nellore cattle, and evaluating methodologies for prediction of genomic values to use for selection of these traits. Data from Nellore animals belonging to farms integrating animal breeding programs of DeltaGen® and Paint® (CRV Lagoa), were used. Age at first calving (AFC), the occurrence of early pregnancy of heifers (EP) and scrotal circumference (SC) were used as traits associated with sexual precocity. After quality control and consistency of phenotypic data, information of 68,170; 72,675 and 83,911 animals with phenotype, and of 1,738; 1,770 and 1,680 genotypes for AFC, EP and SC, respectively, and 412,993 SNPs, remained for analysis. In chapter 2, the estimates of the SNP effects were obtained using the single-step method (WssGBLUP). All animals were used applying single trait animal model to predict the genetic values and, subsequently, the solutions of the SNP effects were obtained from these genetic values. The 10 windows of 150 SNPs that captured the greatest proportion of variance explained by markers were identified. The 10 windows with greater effect obtained for EP are located on chromosomes 5, 6, 7, 14, 18, 21 and 27 and together explained 7.91% of the total genetic variance. For SC, these windows are on chromosomes 4, 8, 11, 13, 14, 19, 22 and 23, explaining 6.78% of the total variance. With GWAS analysis it was possible to identify chromosomal regions associated with EP and SC. Identifying these regions enables better understanding and evaluation of these traits, besides indicating candidate genes for future research studies of causal mutations. In Chapter 3, two multi-step methods were used to estimate the marker effects - GBLUP and IBLASSO; besides the single-step method (ssGBLUP). Observed phenotype was used as the dependent variable to estimate the genomic value ...

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:20:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-13. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:24:14Z : No. of bitstreams: 1 000854521_20160812.pdf: 82338 bytes, checksum: e4da31f0cbbba0357b1f03a80a768a0e (MD5) Bitstreams deleted on 2016-08-12T12:00:48Z: 000854521_20160812.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-12T12:01:21Z : No. of bitstreams: 1 000854521.pdf: 1322164 bytes, checksum: 7b22d155b69c968406f0adc4a9c9c1de (MD5) / O Brasil possui uma grande diversidade botânica, graças a seus diversos biomas, sendo a documentação das espécies existentes muito importante para o conhecimento da biodiversidade mundial. O gênero Senna possui 80 espécies enquanto o gênero Casearia apresenta 37 espécies no Brasil. O gênero Lantana possui cerca de 150 espécies. Alguns princípios ativos dessas espécies foram testados previamente no laboratório da Orientadora, apresentando atividade tripanocida promissora; entretanto existem dificuldades na classificação de alguns espécimes desses gêneros. Novas técnicas de identificação surgem para auxiliar na taxonomia. DNA Barcoding é uma técnica muito útil, pois é rápida, precisa, e com alta relação custo-benefício, utilizando uma pequena sequência de DNA para identificação. Suas aplicações vão desde identificar espécies crípticas até na luta contra o comércio ilegal de espécies ameaçadas de extinção e madeira extraída ilegalmente, dentre outras. Para realização desta técnica em plantas, utilizam-se genes localizados no cloroplasto - matK (codifica a proteína maturase K), rbcL (codifica a proteína ribulose 1,5-bifosfato ou Rubisco) e/ou regiões de espaçador intergênicos presente no cloroplasto (trbH-psbA). Neste trabalho em parceria com o NuBBE - Núcleo de Bioensaios, Biossíntese e Ecofisiologia de Produtos Naturais, visamos identificar as espécies pela técnica de DNA Barcoding, utilizando as regiões rbcL, trbH-psbA e ITS2, para para verificar a acurácia de banco de dados e melhorar a classificação taxonômica. Os resultados mostraram que a região rbcL é uma boa região para amplificação e sequenciamento, com boa taxa de discriminação de espécie. A região psbA-trnH é menos efetiva na discriminação de espécie comparada à região rbcL. A região ITS2 apresentou identidade com sequência de fungos, mostrando dificuldade na... / Brazil has a great botanical diversity, thanks to its various biomes, and the documentation of existing species is very important for understanding the world's biodiversity. Senna genus has 80 species while Casearia genus has 37 species in Brazil. The Lantana genus has about 150 species. Some active compounds of these species were tested in the laboratory presenting promising trypanocidal activity; however there are difficulties in classification of some specimens of these genres. New identification techniques emerge to assist in taxonomy. DNA barcoding is a very useful technique because it is fast, accurate, and highly cost-effective, using a small DNA sequence for identification. Its applications range from identifying cryptic species to the fight against illegal trade in endangered species and illegally harvested timber, among others. To perform this technique, in plants, use genes located in the chloroplast - matK (encoding the protein maturase K) rbcL (encoding ribulose 1,5-bisphosphate or protein Rubisco) and/or intergenic spacer regions in the chloroplast (trbH-psbA). In this work in partnership with NuBBE - Center for Bioassays, Biosynthesis and Ecophysiology of Natural Products, we aimed to identify the species by DNA barcoding technique, using the regions rbcL, trbH-psbA and ITS2, to check the database accuracy and improve the taxonomic classification. The results showed that the rbcL region is a good region for amplification and sequencing, with good species discrimination rate. The psbA-trnH region is less effective in discrimination compared to the rbcL region. The ITS2 region showed identity with fungal sequence, showing difficulty in using this region.

Made available in DSpace on 2016-03-07T19:20:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-10-15. Added 1 bitstream(s) on 2016-03-07T19:24:20Z : No. of bitstreams: 1 000858042.pdf: 2321453 bytes, checksum: d56468b7b1d5643182c61f38e1a2372d (MD5) / Com o atual cenário de mudanças climáticas, observa-se a tendência a eventos de seca mais longos e recorrentes, desta forma a obtenção de plantas mais tolerantes à seca figura como um dos principais investimentos dentro da ciência e tecnologia nacional. Os oligossacarídeos da família das rafinoses (RFOs) desempenham múltiplas funções nas plantas e sabe-se que estes são acumulados nos tecidos vegetais em situações de déficit hídrico, garantindo a estabilidade das membranas celulares, consequentemente mantendo as funções vitais da planta. Por sua vez, a enzima galactinol sintase (GolS, EC 2.4.1.123), catalisa o primeiro passo na biossíntese dos oligossacarídeos dos RFOs desempenhando um importante papel regulador na partição do carbono entre sacarose e RFOs. Desta forma, o objetivo do presente trabalho foi introduzir em soja, via Agrobacterium tumefaciens, a construção gênica 35S:AtGolS2 e caracterizar molecularmente e fisiologicamente os eventos obtidos sob déficit hídrico. Para o processo de transformação, a cultivar convencional de soja BRS 184 foi utilizada e os eventos obtidos foram caracterizados quanto ao número de cópias através da técnica de qPCR. Para a análise da expressão gênica constitutiva o RNA total dos eventos, em condições bem irrigadas, foi extraído e a expressão determinada via RT-qPCR. A taxa de segregação foi calculada através do teste do X2 (p≤ 0.05). Com base nos resultados obtidos, dois eventos (2Ia1 e 2Ia4) foram selecionados para serem analisados quanto a respostas moleculares e fisiológicas sob déficit hídrico induzido em condições de casa de vegetação. Os resultados mostraram que nas plantas do evento 2Ia4 o maior acumulo de água associado a menor área foliar na condição controle levou a manutenção das trocas gasosas causado pela redução na transpiração foliar, maior acúmulo de água no substrato e acúmulo de transcritos de rafinose e galactinol nos tecidos / With the current scenario of climate change, there is a tendency to longer and recurrent drought events, thus obtaining more drought tolerant plants figure as a major investment in the national science and technology. Raffinose family oligosaccharides (RFOs) plays multiple functions in plants and it is known that these are accumulated in plant tissues in water deficit situations, guaranteeing the stability of cell membranes, thus maintaining the vital functions of the plant. In turn, galactinol synthase (GolS, EC 2.4.1.123) catalyzes the first step in the biosynthesis of RFOs plays an important regulatory role in carbon partitioning between sucrose and orphans. Thus, our objective was to introduce gene construction 35S:AtGolS2 via Agrobacterium tumefaciens in soybean plants and characterize molecularly and physiologically events obtained under water deficit. In this context, the conventional soybean BRS 184 was used in the transformation process and the soybean events were molecularly characterized in regard to the transgene copy number by qPCR technique. For the analysis of constitutive gene expression total RNA of events, well-watered conditions, was extracted and the expression determined by RT-qPCR. The segregation rate was calculated using the X2 test (p ≤ 0.05). Based on our results, two events (2Ia1 and 2Ia4) were selected to be analyzed for physiological responses under drought simulated under greenhouse conditions. The results showed that the plants 2Ia4 event the largest accumulation of water associated with lower leaf area in the control condition led to maintenance of gas exchange caused by the reduction in leaf transpiration, increased water accumulation in the substrate and accumulation of raffinose and galactinol transcripts in tissues. Thus, the increased levels of these carbohydrates would have made these act as osmoprotectors, enabling the recommendation of 2Ia4 plants breeding programs aimed at tolerance to drought