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Predição computacional de promotores em Xanthomonas axonopodis pv. citri

Tezza, Renata Izabel Dozzi [UNESP] 01 August 2008 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-01Bitstream added on 2014-06-13T18:54:08Z : No. of bitstreams: 1 tezza_rid_me_jabo.pdf: 2155126 bytes, checksum: 33a07381689b0811f980f19b4c0fc487 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com o seqüenciamento completo do genoma do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), em 2002, inúmeras possibilidades de estudo foram viabilizadas, dando margem à busca de novas formas de controle do cancro cítrico, baseadas em alvos moleculares. Estudos dessa natureza têm mostrado a existência de genes que somente são expressos quando a bactéria está se desenvolvendo in planta. Sabe-se que essa regulação é dependente da região promotora e sua identificação pode possibilitar avanços significativos na busca do controle dessa doença. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais in vitro em biologia molecular, identificar um número significante de promotores ainda é uma tarefa difícil e dispendiosa. Os métodos computacionais existentes enfrentam a falta de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método para predizê-Ios em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. O Modelo Oculto de Markov é um modelo estatístico aplicável a muitas tarefas em biologia molecular. Entre elas, predição e mapeamento de seqüências promotoras no genoma de um procarioto. Neste trabalho, estudou-se o mapeamento in silico de promotores gênicos de todo o genoma da Xac e em 68% dos genes a localização de um promotor foi indicada. A análise comparativa com dados experimentais de proteômica mostrou que 72% das proteínas expressas identificaram-se com elementos desta lista de promotores, o que corresponde a 27% do total de genes do genoma. À partir destes dados foi possível levantar um rol de informações sobre estes candidatos a promotores incitando a novos estudos moleculares. / With the complete genome sequencing of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. Citri (Xac), in 2002, several study possibilities were made practical and then creating the search of new citrus canker control ways, based in molecular aims. This kind of studies has shown the genes existences that are only expressed when the bacteria are developing itself in plant. It has been known that this regulation is promoter region dependent and its identification can allow significant advances in the search of this disease control. Although increasing advance of in vitro experimental techniques in molecular biology, identifying a meaningful number of promoters is still a hard and expensive task. The existents computer science methods face the need of a proper number of known promoters to identify conserved patterns among the species. Therefore, a method to predict them in any prokaryote organism is still a challenge. The Hidden Markov Model (HMM) is a statistic model applicable in many tasks in molecular biology. Among them, prediction and mapping of the promoters sequences in prokaryotic genome. In this work, which has studied the genic promoters in silico mapping of the whole Xac genome, in 68% of the genes the promoter localization was indicated. The proteomic experimental data comparative analysis showed that 72% of the expressed proteins identified with elements from the promoters list, which corresponds 27% of the genome genes total. According to these data it was possible to generate an information roll about these promoters candidates inciting new molecular studies.
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Graphical models and point set matching / Modelos Gráficos e Casamento de Padrões de Pontos

Caetano, Tiberio Silva January 2004 (has links)
Casamento de padrões de pontos em Espaços Euclidianos é um dos problemas fundamentais em reconhecimento de padrões, tendo aplicações que vão desde Visão Computacional até Química Computacional. Sempre que dois padrões complexos estão codi- ficados em termos de dois conjuntos de pontos que identificam suas características fundamentais, sua comparação pode ser vista como um problema de casamento de padrões de pontos. Este trabalho propõe uma abordagem unificada para os problemas de casamento exato e inexato de padrões de pontos em Espaços Euclidianos de dimensão arbitrária. No caso de casamento exato, é garantida a obtenção de uma solução ótima. Para casamento inexato (quando ruído está presente), resultados experimentais confirmam a validade da abordagem. Inicialmente, considera-se o problema de casamento de padrões de pontos como um problema de casamento de grafos ponderados. O problema de casamento de grafos ponderados é então formulado como um problema de inferência Bayesiana em um modelo gráfico probabilístico. Ao explorar certos vínculos fundamentais existentes em padrões de pontos imersos em Espaços Euclidianos, provamos que, para o casamento exato de padrões de pontos, um modelo gráfico simples é equivalente ao modelo completo. É possível mostrar que inferência probabilística exata neste modelo simples tem complexidade polinomial para qualquer dimensionalidade do Espaço Euclidiano em consideração. Experimentos computacionais comparando esta técnica com a bem conhecida baseada em relaxamento probabilístico evidenciam uma melhora significativa de desempenho para casamento inexato de padrões de pontos. A abordagem proposta é signi- ficativamente mais robusta diante do aumento do tamanho dos padrões envolvidos. Na ausência de ruído, os resultados são sempre perfeitos. / Point pattern matching in Euclidean Spaces is one of the fundamental problems in Pattern Recognition, having applications ranging from Computer Vision to Computational Chemistry. Whenever two complex patterns are encoded by two sets of points identifying their key features, their comparison can be seen as a point pattern matching problem. This work proposes a single approach to both exact and inexact point set matching in Euclidean Spaces of arbitrary dimension. In the case of exact matching, it is assured to find an optimal solution. For inexact matching (when noise is involved), experimental results confirm the validity of the approach. We start by regarding point pattern matching as a weighted graph matching problem. We then formulate the weighted graph matching problem as one of Bayesian inference in a probabilistic graphical model. By exploiting the existence of fundamental constraints in patterns embedded in Euclidean Spaces, we prove that for exact point set matching a simple graphical model is equivalent to the full model. It is possible to show that exact probabilistic inference in this simple model has polynomial time complexity with respect to the number of elements in the patterns to be matched. This gives rise to a technique that for exact matching provably finds a global optimum in polynomial time for any dimensionality of the underlying Euclidean Space. Computational experiments comparing this technique with well-known probabilistic relaxation labeling show significant performance improvement for inexact matching. The proposed approach is significantly more robust under augmentation of the sizes of the involved patterns. In the absence of noise, the results are always perfect.
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Head motion synthesis : evaluation and a template motion approach

Braude, David Adam January 2016 (has links)
The use of conversational agents has increased across the world. From providing automated support for companies to being virtual psychologists they have moved from an academic curiosity to an application with real world relevance. While many researchers have focused on the content of the dialogue and synthetic speech to give the agents a voice, more recently animating these characters has become a topic of interest. An additional use for character animation technology is in the film and video game industry where having characters animated without needing to pay for expensive labour would save tremendous costs. When animating characters there are many aspects to consider, for example the way they walk. However, to truly assist with communication automated animation needs to duplicate the body language used when speaking. In particular conversational agents are often only an animation of the upper parts of the body, so head motion is one of the keys to a believable agent. While certain linguistic features are obvious, such as nodding to indicate agreement, research has shown that head motion also aids understanding of speech. Additionally head motion often contains emotional cues, prosodic information, and other paralinguistic information. In this thesis we will present our research into synthesising head motion using only recorded speech as input. During this research we collected a large dataset of head motion synchronised with speech, examined evaluation methodology, and developed a synthesis system. Our dataset is one of the larger ones available. From it we present some statistics about head motion in general. Including differences between read speech and story telling speech, and differences between speakers. From this we are able to draw some conclusions as to what type of source data will be the most interesting in head motion research, and if speaker-dependent models are needed for synthesis. In our examination of head motion evaluation methodology we introduce Forced Canonical Correlation Analysis (FCCA). FCCA shows the difference between head motion shaped noise and motion capture better than standard methods for objective evaluation used in the literature. We have shown that for subjective testing it is best practice to use a variation of MUltiple Stimuli with Hidden Reference and Anchor (MUSHRA) based testing, adapted for head motion. Through experimentation we have developed guidelines for the implementation of the test, and the constraints on the length. Finally we present a new system for head motion synthesis. We make use of simple templates of motion, automatically extracted from source data, that are warped to suit the speech features. Our system uses clustering to pick the small motion units, and a combined HMM and GMM based approach for determining the values of warping parameters at synthesis time. This results in highly natural looking motion that outperforms other state of the art systems. Our system requires minimal human intervention and produces believable motion. The key innovates were the new methods for segmenting head motion and creating a process similar to language modelling for synthesising head motion.
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Validation and Investigation of the Four Aspects of Cycle Regression: A New Algorithm for Extracting Cycles

Mehta, Mayur Ravishanker 12 1900 (has links)
The cycle regression analysis algorithm is the most recent addition to a group of techniques developed to detect "hidden periodicities." This dissertation investigates four major aspects of the algorithm. The objectives of this research are 1. To develop an objective method of obtaining an initial estimate of the cycle period? the present procedure of obtaining this estimate involves considerable subjective judgment; 2. To validate the algorithm's success in extracting cycles from multi-cylical data; 3. To determine if a consistent relationship exists among the smallest amplitude, the error standard deviation, and the number of replications of a cycle contained in the data; 4. To investigate the behavior of the algorithm in the predictions of major drops.
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Problema do subgrupo oculto em grupos nilpotentes / Hidden subgroup problem in nilpotent groups

Tharso Dominisini Fernandes 13 March 2008 (has links)
Computadores quânticos prometem resolver certos problemas assintoticamente mais rápido do que os computadores clássicos. Algoritmos quânticos, como o algoritmo de Shor, podem ser considerados casos particulares do chamado Problema do Subgrupo Oculto(PSO). O PSO consiste em encontrar um subgrupo H de um grupo G por meio de avaliações de uma função f que é constante em classes laterais de H e distinta em classes laterais diferentes. O PSO em grupos abelianos é resolvido eficientemente em um computador quântico, mas será que os computadores quânticos podem resolver o PSO em grupos não abelianos? Esta questão tem sido discutida regularmente pela comunidade científica devido a importantes aplicações, como é o caso do problema de isomorfismo de grafos e do problema do menor vetor em um reticulado. Nesta dissertação é feita uma revisão do trabalho de Ivanyos et al. (2007a), o qual apresenta uma solução para o PSO em grupos nilpotentes de classe 2. Com esta finalidade, é elaborada uma breve revisão sobre a Computação Quântica; são mostradas algumas características dos grupos nilpotentes e dos grupos solúveis, dando uma atenção especial aos grupos nilpotentes de classe 2; é exposto o método padrão de solução do PSO em grupos abelianos; também são exibidas as principais características de sequencias policıclicas e reduçõesde grupos nilpotentes usando as propriedades de sequencias policıclicas / Quantum computers may solve certain problems asymptotically faster than the classical computers. Quantum algorithms, such as Shors algorithm, may be considered as a particular case of the Hidden Subgroup Problem (HSP). The HSP consists in finding a subgroup H of a group G by evaluating a function f, which is constant in cosets of H and distinct for each coset. The HSP for Abelian groups is efficiently solved in a quantum computer, but is quantum computers can solve the HSP in non-Abelian groups efficiently? This question has been regularly discussed by the scientific community due to the importance of some applications, such as the graph isomorphism problem and the short vector in a lattice. In this dissertation we review the Ivanyos et al. (2007a) that address HSP in nilpotent groups of class 2. We make a brief review on Quantum Computing; we address some characteristics of nilpotent groups and solvable groups, with special attention to nilpotent groups of class 2; we discuss the standard method of solution of the HSP in Abelian groups; we present the main characteristics of the polycyclic sequences and important reductions of the HSP in classes of nilpotent groups using the properties of polycyclic sequences. Finally, we present an efficient algorithm to solve the HSP in nilpotent groups of class 2.
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Câmera escondida: a ideologia do discurso jornalístico frente ao espectador

Santos, Waléria Cristina dos 24 February 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:16:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3885.pdf: 1610511 bytes, checksum: c58a21f29f99f02817c769b13f2d35b8 (MD5) Previous issue date: 2011-02-24 / The hidden camera has been constantly utilized in televised journals as a tool to acquire the news being broadcast. What no one takes into consideration is how the spectators feel about this type of attitude coming from the journalists. This research's objective is to analyze the way in which the spectator attributes meaning to the televised reports obtained through the use of the hidden camera. Therefore, it was taken into consideration factors such as the ideological character of both the broadcaster, responsible for broadcasting the story, with it's news production routines, as well as the journalist itself, who elaborates the story and it's inter-relation with the spectator. The discussion begins with subjects such as genders of speech and the ideology of journalistic speech narrowing down into investigative journalism, for the understanding that it is within' this gender that he journalists make use of hidden cameras. The question that rises is that in the intent of showing the story the journalist drifts away from more ethical approaches, not minding the consequences but merely the impact of the story, using the journalistic fact to intensify the individual appearing in front of the camera as a contraventor. At first this focus shift from the fact to the subject in hand can generate certain sensationalism and destitute the spectator of its right to be in contact with the true message the story should be focusing on. To develop the proposed questions this study was fundamented under the optic of the theorist Mikhail Bakhtin, who discusses the language under the social interactionist perspective and allows us, through his studies, to work with themes such as society, ideology, ethics and aesthetics, and above all, the way the subject interacts with these speeches. Therefore, two televised stories obtained with the use of hidden cameras were utilized, which have been broadcast in televised journals on TV Globo and that were presented to the interviewed subjects. Their answers were of utmost importance, since they allowed the reflection about the subject as well as some important factors. / A Câmera escondida tem sido utilizada constantemente em telejornais como ferramenta de apreensão da notícia que será veiculada. O que ninguém leva em consideração é como o espectador absorve este tipo de atitude que parte do jornalista. Esta pesquisa teve como objetivo analisar a maneira pela qual o espectador atribui significação às reportagens televisivas obtidas por meio da ferramenta câmera escondida. E, para tanto, levou-se em consideração fatores como o caráter ideológico tanto da emissora, veículo que transmite a matéria, com suas rotinas de produção da notícia, quanto do próprio jornalista que elabora a reportagem e sua inter-relação com o espectador. A discussão tem como ponto de partida temas como gêneros do discurso e a ideologia do discurso jornalístico afunilando para o jornalismo investigativo, por entender que é dentro deste gênero que o jornalista faz uso de câmeras escondidas. A questão que surge é que na intenção de mostrar a notícia o jornalista afaste-se dos meios éticos não se importando com conseqüências, mas apenas com o impacto da reportagem, colocando o fato jornalístico para intensificar o indivíduo que aparece na frente da câmera como um contraventor. A princípio essa mudança de foco que deixa de olhar o fato e passa a ter o sujeito em primeiro plano pode gerar certo sensacionalismo e fazer com que o espectador seja destituído do direito de receber a verdadeira mensagem que a reportagem deveria se propor. Para desenvolver as questões propostas o estudo foi fundamentado sob a ótica do teórico Mikhail Bakhtin que discute a linguagem sob a perspectiva sócio interacionista e que nos permite, por meio de seus estudos, trabalhar com temas como a sociedade, ideologia, ética e estética, e sobretudo, pela maneira como o sujeito interage com esses discursos. Para tanto, foram utilizadas duas reportagens televisivas obtidas pelo usa da câmera escondida, que foram transmitidas em telejornais da TV Globo, e que foram apresentadas aos sujeitos entrevistados. As respostas foram fatores de máxima importância, uma vez que permitiram refletir sobre o assunto e pontuar alguns fatores importantes.
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O currículo oculto no ensino do teatro na rede municipal de educação de Florianópolis

Franceschi, Waleska Regina Becker Coelho de 19 December 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2016-12-08T16:51:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 113139.pdf: 93854 bytes, checksum: c2412520946113fddad20dbbe24a7fc5 (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This dissertation investigates the hidden curriculum by looking at the differences between discourse and practice in theatre teachers teaching. The aim is to examine the theatre curriculum in the context of the Municipal Network of Education in Florianopolis in order to highlight the pedagogical actions that are not explicit in official documents, yet present in the teachers practice. This research was restricted to full time theatre teachers who where working in classroom during the investigation process; therefore, this work was based on the teaching processes of 10 teachers. The theoretical approaches that support this investigation are: Michel Foucault, Pierre Bourdieu and Henry Giroux. Under this scope, an examination of documents of exposed curriculum was required in order to define curriculum elements which are here understood as hidden. The exposed curriculum federal, state, and municipal parameters were locked at, as well as the school documents where the investigation took place. The recurrent practices of the teachers, which reveal their education approaches and influence the social behaviour of their students, are here considered as the hidden curriculum. From crossing the collected data, documents of exposed curriculum and the quantitative data resulting from questionnaires, with the qualitative data resulting from interviews and classroom observations, it was possible to observe different pedagogical praxis, which reveal the differences between the exposed curriculum and the hidden one. / Esta dissertação investiga o currículo oculto observando as diferenças entre os discursos e práticas dos professores do ensino do teatro na Rede Municipal de Educação de Florianópolis. A intenção é examinar o currículo do teatro neste contexto e destacar ações pedagógicas que não estão explícitas nos documentos curriculares oficiais, mas que estão presentes nas práticas destes professores. Esta pesquisa restringiu-se aos professores efetivos de teatro que estavam atuando em sala de aula durante o processo de investigação; assim sendo, o trabalho se desenvolveu com base no processo de ensino de 10 docentes. As leituras dos teóricos que serviram de suporte para as questões conceituais deste estudo foram: Michel Foucault, Pierre Bourdieu e Henry Girroux. Neste âmbito, foi necessário examinar os documentos do currículo exposto para definir os elementos curriculares aqui entendidos como ocultos. O currículo exposto - parâmetros curriculares federal, estadual e municipal ¿ foi apreciado, bem como os documentos das escolas onde aconteceram as investigações. As práticas recorrentes dos professores, que se revelam nas ações do fazer educacional e influenciam a formação social de seus alunos são aqui consideradas como o currículo oculto. Através do cruzamento das informações coletadas, documentos do currículo exposto e os dados quantitativos que resultaram dos questionários, com os dados qualitativos que resultaram das entrevistas e observações em sala de aula, foram possíveis observar distinções na práxis pedagógica, que revelam as diferenças entre o currículo exposto e o oculto.
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Análise de técnicas de reconhecimento de padrões para a identificação biométrica de usuários em aplicações WEB Utilizando faces a partir de vídeos

Kami, Guilherme José da Costa [UNESP] 05 August 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-05Bitstream added on 2014-06-13T19:38:57Z : No. of bitstreams: 1 kami_gjc_me_sjrp.pdf: 1342570 bytes, checksum: 240c6d6b92fda1861dfbed94c9213a10 (MD5) / As técnicas para identificação biométrica têm evoluído cada vez mais devido à necessidade que os seres humanos têm de identificar as pessoas em tempo real e de forma precisa para permitir o acesso a determinados recursos, como por exemplo, as aplicações e serviços WEB. O reconhecimento facial é uma técnica biométrica que apresenta várias vantagens em relação às demais, tais como: uso de equipamentos simples e baratos para a obtenção das amostras e a possibilidade de se realizar o reconhecimento em sigilo e à distância. O reconhecimento de faces a partir de vídeo é uma tendência recente na área de Biometria. Esta dissertação tem por objetivo principal comparar diferentes técnicas de reconhecimento facial a partir de vídeo para determinar as que apresentam um melhor compromisso entre tempo de processamento e precisão. Outro objetivo é a incorporação dessas melhores técnicas no sistema de autenticação biométrica em ambientes de E-Learning, proposto em um trabalho anterior. Foi comparado o classificador vizinho mais próximo usando as medidas de distância Euclidiana e Mahalanobis com os seguintes classificadores: Redes Neurais MLP e SOM, K Vizinhos mais Próximos, Classificador Bayesiano, Máquinas de Vetores de Suporte (SVM) e Floresta de Caminhos Ótimos (OPF). Também foi avaliada a técnica de Modelos Ocultos de Markov (HMM). Nos experimentos realizados com a base Recogna Video Database, criada especialmente para uso neste trabalho, e Honda/UCSD Video Database, os classificadores apresentaram os melhores resultados em termos de precisão, com destaque para o classificador SVM da biblioteca SVM Torch. A técnica HMM, que incorpora informações temporais, apresentou resultados melhores do que as funções de distância, em termos de precisão, mas inferiores aos classificadores / The biometric identification techniques have evolved increasingly due to the need that humans have to identify people in real time to allow access to certain resources, such as applications and Web services. Facial recognition is a biometric technique that has several advantages over others. Some of these advantages are the use of simple and cheap equipment to obtain the samples and the ability to perform the recognition in covert mode. The face recognition from video is a recent approach in the area of Biometrics. The work in this dissertation aims at comparing different techniques for face recognition from video in order to find the best rates on processing time and accuracy. Another goal is the incorporation of these techniques in the biometric authentication system for E-Learning environments, proposed in an earlier work. We have compared the nearest neighbor classifier using the Euclidean and Mahalanobis distance measures with some other classifiers, such as neural networks (MLP and SOM), k-nearest neighbor, Bayesian classifier, Support Vector Machines (SVM), and Optimum Path Forest (OPF). We have also evaluated the Hidden Markov Model (HMM) approach, as a way of using the temporal information. In the experiments with Recogna Video Database, created especially for this study, and Honda/UCSD Video Database, the classifiers obtained the best accuracy, especially the SVM classifier from the SVM Torch library. HMM, which takes into account temporal information, presented better performance than the distance metrics, but worse than the classifiers
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Ställ upp på led! : En vetenskaplig essä om individens subjektifieringsprocess i fritidshemmets gruppbaserade struktur

Hansson, Jenny January 2018 (has links)
This scientific essay is based on a self experienced situation from my work in after-school activities. Suddenly I find myself in a situation that is not thought through were the only goal is to transfer the students in the school area. I am asking them to stand in line to go to the lunch cafeteria. An obstacle occurs when the students fail or refuses to stand in line, which demands me to reflect over what just has happened. Through this I am stimulated to increase my understanding of the situation. The purpose of this essay is to investigate effects in the initially unreflected structure which is being used in afterschool activities. The standing in line is here used as a representation of that group-based structure. My three main focus areas for this research is learning, power and the tension between individuals and a group. To illustrate the effects in afterschool group-based structure I have chosen a hermeneutic writing. Foucault enriches my knowledge on the complexity of power perspectives that is being revealed in the situation. Through Asap Bartholdsson I am introduced to the concept of ”friendly power” (my translation). With the support of Gert Biestas ́s theories about ”qualification, socialization and subjectification”. I investigate the learning which is not immediately visible. Broadys view on the hidden curriculum shows me a new perspective on the structure and education in after-school activities as normative learning. By the analysis of the tension between individuals and the group I have made visible that the seeing made by the teacher has a big role to play. Also it has become clear that the students individuality and integrity sometimes has to take a step back in favour of the group and vice versa. But if this interaction is balanced it has an enriching effect on both perspectives. / Denna vetenskapliga essä har sin utgångspunkt i en egenupplevd situation från mitt arbete i fritidshemmet. Jag finner mig plötsligt i en situation som ger sig till känna som dittills oreflekterad med enda mål att förflytta eleverna. De blir tillbedda att ställa upp på led för att gå till mellanmålet i matsalen. Svårigheten uppstår när eleverna utmanar strukturen och min styrning vilket väcker stort intresse för att analysera händelsen vidare. Syftet med denna essä är att undersöka effekter av den gruppbaserade strukturen i fritidshemmet som ledbildandet här får stå som representant för. Jag fokuserar främst på tre områden som behandlar lärande, makt och spänningsfältet mellan individ och grupp. För att synliggöra effekter i fritidshemmets gruppbaserade struktur har jag valt ett hermeneutiskt essäskrivande. Jag tar hjälp av Foucaults maktperspektiv för att tolka pluraliteten av maktrelationer som uppenbarar sig. Med hjälp av Åsa Bartholdsson närmar jag mig begreppet vänlig maktutövning och med understöd av Biestas begrepp kvalificering, socialisation och subjektifiering utforskar jag det underliggande lärandet. Broadys syn på den dolda läroplanen synliggör de normerande kunskaper som eleverna förvärvar i ledbildandet. Vid analys av individ kontra grupp har det gjort sig tydligt att pedagogens seende har stor roll. Det har också visat sig att elevens subjekt- och integritetsskapande ibland får stå tillbaka för gruppen och vice versa. Dock är det viktigt för båda perspektiv att de får lika stor del utrymme och genom detta sker en berikande sammanflätning.
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Predição computacional de promotores em Xanthomonas axonopodis pv. citri /

Tezza, Renata Izabel Dozzi. January 2008 (has links)
Resumo: Com o seqüenciamento completo do genoma do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), em 2002, inúmeras possibilidades de estudo foram viabilizadas, dando margem à busca de novas formas de controle do cancro cítrico, baseadas em alvos moleculares. Estudos dessa natureza têm mostrado a existência de genes que somente são expressos quando a bactéria está se desenvolvendo in planta. Sabe-se que essa regulação é dependente da região promotora e sua identificação pode possibilitar avanços significativos na busca do controle dessa doença. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais in vitro em biologia molecular, identificar um número significante de promotores ainda é uma tarefa difícil e dispendiosa. Os métodos computacionais existentes enfrentam a falta de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método para predizê-Ios em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. O Modelo Oculto de Markov é um modelo estatístico aplicável a muitas tarefas em biologia molecular. Entre elas, predição e mapeamento de seqüências promotoras no genoma de um procarioto. Neste trabalho, estudou-se o mapeamento in silico de promotores gênicos de todo o genoma da Xac e em 68% dos genes a localização de um promotor foi indicada. A análise comparativa com dados experimentais de proteômica mostrou que 72% das proteínas expressas identificaram-se com elementos desta lista de promotores, o que corresponde a 27% do total de genes do genoma. À partir destes dados foi possível levantar um rol de informações sobre estes candidatos a promotores incitando a novos estudos moleculares. / Abstract: With the complete genome sequencing of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. Citri (Xac), in 2002, several study possibilities were made practical and then creating the search of new citrus canker control ways, based in molecular aims. This kind of studies has shown the genes existences that are only expressed when the bacteria are developing itself in plant. It has been known that this regulation is promoter region dependent and its identification can allow significant advances in the search of this disease control. Although increasing advance of in vitro experimental techniques in molecular biology, identifying a meaningful number of promoters is still a hard and expensive task. The existents computer science methods face the need of a proper number of known promoters to identify conserved patterns among the species. Therefore, a method to predict them in any prokaryote organism is still a challenge. The Hidden Markov Model (HMM) is a statistic model applicable in many tasks in molecular biology. Among them, prediction and mapping of the promoters sequences in prokaryotic genome. In this work, which has studied the genic promoters in silico mapping of the whole Xac genome, in 68% of the genes the promoter localization was indicated. The proteomic experimental data comparative analysis showed that 72% of the expressed proteins identified with elements from the promoters list, which corresponds 27% of the genome genes total. According to these data it was possible to generate an information roll about these promoters candidates inciting new molecular studies. / Orientadora: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Marcelo Luiz de Laia / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Mestre

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