Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 56.pdf: 1462155 bytes, checksum: 8fc751b5b82ed7e89810da08aec2279a (MD5) Previous issue date: 2009 / O vírus da hepatite B (HBV) infecta o homem e primatas não humanos. A Organização Mundial da Saúde estima que cerca de dois bilhões de pesos já tiveram contato com o HBV, sendo mais de 350 milhões portadores crônicos, O estudo do HBV teve inicio nos anos 60 com a descoberta do antígeno Austrália, cuja correlação com o antígeno de superfície do vírus da hepatite B (HBsAg) foi estabelecida em 1968. Em 1986 foi licenciada a primeira vacina humana contra a hepatite B, utilizando-se a tecnologia de DNA recombinante, para uso geral da população. A potencia das vacinas contra a hepatite B pode ser avaliada através da ação in vivo (camundongos) ou pela determinação do conteúdo antigênico pelo método de avaliação in vitro. O método in vitro pode ser realizado através do uso de kit ELISA comercial ou desenvolvido in house, padronizado e validado conforme os parâmetros estatísticos descritos para a validação de metodologia para biológicos. Durante o desenvolvimento de um projeto institucional em Bio Manguinhos, na FIOCRUZ, quatorze MAbs anti-HBs foram caracterizados quanto a especificidade para o HBsAg e determinação do perfil isotípico sendo identificado como subclasse IgGl. Oito MAbs foram selecionados e avaliados para o estabelecimento de um ELISA in house para avaliação de potencia das vacinas contra o HBV usadas pelo PNI. Dentre estes o MAb CG2 foi selecionado como anticorpo de captura através dos resultados de reatividade para HBsAg das vacinas dos diferentes produtores (Engerix-B, Hepavax-Gene, Butang, Euvax e Quinvaxem). O ensaio ELISA foi otimizado através de vários parâmetros. A padronização foi realizada considerando as condições básicas do ensaio (placa, tampões, saturação, tempo e agitação da incubação. O MAB CG2 como anticorpo de captura (8ug/ml), as concentrações de vacina (0,2, 0,4, 0,6, 0,8 e 1 ug/ml, e foi preparado e titulado (1:2500) um conjugado Mab anti-HBsAG9 ligado a peroxidase...

CRUZ, J. N. M. C. Estudo da prevalência dos genótipos e mutações de resistência associadas aos antivirais em pacientes com hepatite B crônica atendidos nos serviços de referência do Estado do Ceará. 2015. 86 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-01-25T13:45:09Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2016-01-25T13:45:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T13:45:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_jnmcruz.pdf: 963661 bytes, checksum: a5ede67c0a7089849113b951a9684ebc (MD5) Previous issue date: 2015-09-25 / Infection with hepatitis B virus (VHB) is a serious public health problem. An estimated 450 million chronic carriers worldwide, where at least 600,000 people die annually from diseases related to hepatitis B. Viral load, HBe seroconversion-antiHBe, and specific genotype and viral mutations are acquired factors influence the progression of the disease. The aim of this study was to investigate the prevalence of VHB resistance mutations associated with antiviral and evaluate the genotype distribution in a sample of 142 patients with chronic hepatitis B, treated in the State of Ceará referral hospitals. Patients were considered reactive serum HBsAg for at least six months. Serological tests were performed by electrochemiluminescence (EQL), ABBOTT laboratory for HBsAg, HBeAg and anti-HBe. The results of the serological screening showed that all samples: 142 (100%) were reactive serum HBsAg (IgG), 87 (61.0%) were negative to serum and serum HBeAg to anti-HBe reagent, 55 (39, 0%) are seroreactive for HBe and serum non-reactive for anti-HBe. The quantitation of viremia (viral load) was performed by real time PCR (QPCR) in LACEN-EC. The viral load varied between the limits (2067 IU / ml to 3.41 billion IU / ml), with a median of 70 403 IU / ml. Eighty-eight (62%) of all samples were submitted to analysis of mutations associated with treatment and genotyping the Hepatitis laboratory of the FIOCRUZ-RJ, screened for sequencing as quality criteria and routine laboratory biosafety this. The identification of genotypes in the population studied showed the following distribution: F: 47 (53.4%) of A: 34 (38.6%), the D: 4 (4.6%), E: 2 ( 2.3%) and G 1 (1.1%). And the following mutations were detected: L180M (n = 10 / 9.9%), M204V (n = 8 / 7.9%), M204I (n = 4/4%), G173L (n = 1/1%) , T169L (n = 1/1%), T184I (n = 1/1%), L80V (n = 1/1%) while 74.3% showed no change. In the study it was observed that the F genotype (53.4%) was the most prevalent in the research population of Indian origin, followed by genotype (38.6%) due to migration of African slaves. And, the higher frequency of the detected mutations are associated with nucleoside inhibitors and nucleotides, especially lamivudine. / A infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) é um grave problema de saúde pública. Estimam-se em 450 milhões os portadores crônicos no mundo, em que pelo menos 600 mil pessoas morrem anualmente por doenças relacionadas com o vírus da hepatite B. A carga viral, soroconversão HBe – anti-HBe, genótipo e mutações virais específicas e adquiridas são fatores que influenciam a progressão dessa doença. O objetivo do presente estudo foi investigar a prevalência de mutações de resistência do VHB associada aos antivirais e avaliar a distribuição genotípica numa amostragem de 142 pacientes com hepatite B crônica, atendidos nos hospitais de referência do Estado do Ceará. Foram realizadas sorologias por eletroquimioluminescência (EQL), laboratório ABBOTT para HBsAg, HBeAg e anti-HBe. O resultado da triagem sorológica no total das amostras mostrou que: 142 (100%) foram sororeagentes para HBsAg (IgG), 87(61,0%) foram soro não reagentes para HBeAg e soro reagentes para anti-HBe, 55(39,0%) são soros reagentes para HBe e soro não reagente para anti-HBe. A quantificação da viremia (carga viral) foi realizada por PCR em tempo real (QPCR), no LACEN-CE. A carga viral variou entre os limites de (2.067 UI/mL a 3.410.000.000 UI/mL), com mediana de 70.403 UI/mL. Oitenta e oito (62%) do total das amostras foram submetidas à pesquisa de mutações associadas ao tratamento e genotipagem no laboratório de hepatites da FIOCRUZ-RJ, triadas para sequenciamento conforme critérios de qualidade e biossegurança de rotina desse laboratório. A identificação dos genótipos na população estudada apresentou a seguinte distribuição: F: 47 (53,4%), A: 34 (38,6%), D: 4(4,6%), E: 2(2,3%) e genótipo G: 1(1,1%). E as seguintes mutações foram detectadas: L180M (n=10 / 9,9%), M204V (n=8 / 7,9%), M204I (n=4 / 4%), G173L (n=1 / 1%), T169L (n=1 / 1%), T184I (n=1 / 1%), L80V (n=1 / 1%) enquanto que 74,3% não apresentaram mutações. No estudo foi observado que o genótipo F(53,4%) foi o mais prevalente na população pesquisada de origem indígena, seguido do genótipo A (38,6%) devido à migração de escravos africanos. E, que a maior frequência das mutações detectadas está associada a inibidores de nucleosídeos e nucleotídeos, principalmente a lamivudina.

Submitted by PPGASFAR FARMACIA (ppgasfar.rede.ufba@gmail.com) on 2018-07-27T12:46:29Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL JANE CARNEIRO.pdf: 2383278 bytes, checksum: 6f6b2843d42c0a2e8e1aedee93dd637c (MD5) / Approved for entry into archive by Setor de Periódicos (per_macedocosta@ufba.br) on 2018-07-27T17:03:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL JANE CARNEIRO.pdf: 2383278 bytes, checksum: 6f6b2843d42c0a2e8e1aedee93dd637c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T17:03:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO FINAL JANE CARNEIRO.pdf: 2383278 bytes, checksum: 6f6b2843d42c0a2e8e1aedee93dd637c (MD5) / A hepatite C crônica no Brasil tem baixa prevalência, mas afeta 2,3 milhões de pessoas, sendo responsável por 75% dos óbitos por hepatites virais. Os inibidores de protease (IP), boceprevir (BOC) e telaprevir (TVR), foram autorizados para uso no Brasil devido melhor padrão de cura em relação ao tratamento convencional para hepatite C, apesar da maior frequência de eventos adversos observados. O objetivo deste estudo foi demonstrar a efetividade do tratamento com IP por meio da resposta virológica sustentada (RVS), a frequência de eventos adversos ocorridos e os fatores associados, em um serviço de referência de Salvador/Bahia. Este estudo foi realizado de forma retrospectiva e foram selecionados os pacientes assistidos em um ambulatório de referência que usaram algum dos IP. Os dados foram coletados dos prontuários usando um questionário semiestruturado. A análise foi descritiva, utilizando frequências absoluta e relativa dos dados e a razão de prevalência como medida de associação. A maioria dos pacientes já havia realizado tratamento anterior, com recidiva. A RVS por intenção de tratar foi de 44,9% com TVR e 40% com BOC. A ocorrência de evento adverso motivou a interrupção da terapia de 13,2% pacientes quando usado TVR e de 7,5% no uso de BOC. A ocorrência de suspeita de reação adversa grave relacionada ao tratamento apresentou associação com o sexo feminino, idade superior a 60 anos, existência de outra patologia, uso de outro medicamento, história prévia de alergia medicamentosa e alcoolismo prévio. Os resultados sugerem menor eficácia do que os apresentados nos estudos de incorporação e baixa segurança. Desta forma, é feito um alerta para usar melhores procedimentos de análise na incorporação de novas tecnologias. Palavras-chave: Inibidores de Proteases, Hepatite C, Hepatite C crônica, Efetividade do tratamento. / Chronic hepatitis C has a low prevalence in Brazil, but affects 2.3 million people, accounting for 75% of deaths from viral hepatitis. The protease inhibitors (PI), boceprevir (BOC) and telaprevir (TVR), were authorized for use in Brazil because of a better effectiveness compared to standard therapy – peginterferon alfa + ribavirin, but with the higher frequency of adverse events observed. The objective this study is evaluate the sustained virologic response and adverse effects associated to the triple therapy in patients that were going through this treatment in reference service in Salvador / Bahia. A retrospective and descriptive observational study was out sing information from patients assisted in a reference service public hospital who used some of the PI were selected. The data were collected from the medical records using a semi-structured questionnaire and performed descriptive analysis. Most of the patients had already gone through previous treatments, with relapse. The RVS by intention to treat was 44.9% with TVR and 40% with BOC. The occurrence of adverse event motivated the interruption of the therapy of 13.2% patients when used TVR and of 7.5% in the use of BOC. The occurrence of a suspected serious adverse reaction related to the treatment was associated with the female sex, age 60 years old or more, another pathology, another medication use, previous drug allergy and previous alcoholism. The results suggest lower effectiveness than those presented in the incorporation studies and poor safety. In this way an alert is made to use better analysis procedures in the incorporation of new technologies. Key words: Protease Inhibitors, Hepatitis C, Chronic C hepatitis, Treatment Outcome.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências de Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia / Made available in DSpace on 2012-10-21T14:58:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 211024.pdf: 1658537 bytes, checksum: 52fab41f7b0a18bc1a3e296ce952533e (MD5)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-19Bitstream added on 2014-06-13T18:29:07Z : No. of bitstreams: 1 000750960.pdf: 2002921 bytes, checksum: f29767a903b7bf0ec9f1ce7ee7c7c5af (MD5) / Além de fatores virais e do hospedeiro a progressão da fibrose hepática resultante da infecção pelo Vírus da Hepatite C (VHC) tem sido relacionada a polimorfismos genéticos do hospedeiro. Nesta linha, recentemente polimorfismos dos Antígenos Plaquetários Humanos (HPA) foram associados à progressão para fibrose em pacientes monoinfectados pelo VHC. Alguns destes antígenos HPA residem em proteínas da família das integrinas, cuja expressão, também, já foi associada à progressão da fibrose hepática. No entanto, estudos relacionando polimorfismos genéticos do hospedeiro em pacientes coinfectados com o VHC e o Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) são raros e, não há nenhum estudo relacionando polimorfismos HPA com progressão para fibrose. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações dos polimorfismos dos sistemas HPA-1, -3 e -5, que residem em integrinas, na progressão da fibrose hepática em indivíduos coinfectados VHC/HIV. DNA Genômico de 56 pacientes coinfectados VHC/HIV foi utilizado como fonte para genotipagem dos sistemas HPA -1 e -3 por PCR-SSP, e HPA -5 por PCR-RFLP. Progressão da fibrose foi avaliada utilizando o escore de METAVIR, sendo constituídos dois grupos: Grupo 1 (G1): pacientes coinfectados VHC/HIV com baixo grau de fibrose (F1, fibrose portal sem septos ou F2, com poucos septos) e Grupo 2 (G2): pacientes coinfectados VHC/HIV com fibrose avançada (F3, numerosos septos ou F4, cirrose). Um grupo controle, do estudo de Silva e colaboradores (2012), constituído por pacientes monoinfectados pelo VHC com baixo grau de fibrose (F1 ou F2) e fibrose avançada (F3 ou F4) foi utilizado para as análises realizadas neste estudo. O Teste Exato de Fisher foi utilizado para avaliar possíveis associações entre o polimorfismo dos sistemas HPA -1, -3 e -5 e a progressão para fibrose, utilizando um nível de significância de 5%. Não houve desvio do equilíbrio... / To evaluate the associations of Human Platelet Antigen (HPA) polymorphisms -1, -3 and -5 with HIV/HCV coinfection. In this study were included 60 HIV/HCV-coinfected patients from the Sao Paulo State health service centers. Data reported by Verdichio-Moraes et al (2009) were used as the non-infected and HCV monoinfected groups to evaluate the association of HPA -1, -3 and -5 in HIV/VHC coinfected patients. HPA genotyping was performed in 60 HIV/HCV coinfected patients by PCR-SSP or PCR-RFLP. HIV subtyping and HCV genotyping was performed by RT-PCR followed sequencing. The data analyses were performed using the c2 test or Fisher’s Exact Test and the logistic regression model. HIV/HCV coinfected patients presented HCV either genotype 1 (78.3%) or non-1 (21.7%) and HIV either subtype B (85.0%) or non-B (15%). The HPA-1a/1b genotype was more frequent (p<0.05) in HIV/HCV coinfection than in HCV monoinfection and the allelic frequency of HPA-5b in the HIV/HCV coinfected patients was lower (P<0.05) than in HCV monoinfected cases and non-infected individuals. These data suggest that HIV presence may have influenced the interaction of HCV with platelets. On the other hand, HPA-5a/5b was more frequent (p<0.05) in HIV/HCV coinfected and HCV monoinfected groups than in the non-infected individuals, suggesting that this platelet genotype is related to HCV infection, regardless of HIV presence. Results suggest that the HPA profile in HIV/HCV coinfected individuals differs from the one of both HCV monoinfected and non-infected population. So, the HPA polymorphism can be a genetic marker associated with HIV/HCV coinfection

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-18Bitstream added on 2014-06-13T19:06:09Z : No. of bitstreams: 1 dorna_ms_me_botfm.pdf: 421211 bytes, checksum: d580cc91bb5264ed7e4d5966900472c7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O vírus da hepatite C (VHC) afeta cerca de 170 milhões de pessoas, sendo que aproximadamente 3% da população mundial são portadores da sua forma crônica. A cronficação do VHC acarreta diversas complicações como cirrose hepática, carcinoma hepatocelular, além de constituir uma das principais causas de morte por doença hepática e de indicação de transplante hepático. Grande parte desses pacientes evolui com desnutrição energético-protéica, o que torna o acompanhamento do status nutricional imprescindível para o acompanhamento dessa doença. A Bioimpedância Elétrica (BIA) é um instrumento que ganhou espaço na prática clínica e nutricional, em especial por causa do Ângulo de Fase (Å). Baixos valores de Å sugerem morte ou diminuição da integridade celular, e foi considerado como marcador prognóstico em diversas situações clínicas. Contudo, há poucas evidências sobre sua aplicação em portadores do VHC. : O principal objetivo desse estudo foi investigar a associação entre o Å e o estadiamento da fibrose hepática, da gravidade da cirrose hepática e da resistência à insulina dessa população. Trata-se de um estudo transversal, com aplicação de formulário específico, com dados socioeconômicos, exames bioquímicos e avaliação antropométrica. Para avaliação nutricional foram avaliados: peso atual, estatura, índice de massa corporal (IMC), circunferência do braço (CB), circunferência muscular do braço (CMB), área muscular do braço (AMB) e Å. Para determinar a gravidade da cirrose hepática foram utilizados os escores de Child e MELD, e para determinar a presença de resistência insulínica o HOMA-IR. : Os dados foram apresentados em média e desvio padrão, mediana e percentis 25 e 75 e número de vezes... / The hepatitis C virus (HCV) affects around 170 million people worldwilde and 3% of the global population suffers from its chronic form. The chronification of the HCV leads to a variety of complications as liver cirrhosis, hepatocellular carcinoma, besides being one of the main causes of death for hepatic disease and indication for liver transplantation. Most of the patients evolve with proteic energetic desnutrition, so the follow-up of the nutritional status is essential to monitor the disease. The bioelectrical impedance (BIA) is a device that has gained ground in the clinical and nutritional practice, especially because of the phase angle (Å). Low values of Å imply death or decrease in cellular integrity, and it was considered as a prognostic marker in a series of clinical situations. However, there is few evidence of its use in HCV carriers. : The main objective of this study was to investigate the associations between Å and the staging of hepatic fibrosis, the severity of hepatic cirrhosis and the resistance to insulin of this population. : It is a transversal study with the use of specific forms, socioeconomic data, biochemical tests and anthropometric evaluation. The nutritional assessment considered the following factors: actual weight, height, body mass index (BMI), arm circumference (AC), arm muscle circumference (AMC), arm muscle area (AMA) and Å. The scores of Child and MELD were used to determine the gravity of hepatic cirrhosis and the HOMA – IR to determine the presence of insulin resistance. The data were presented in average and standard deviation, median and the 25th and 75th percentile and the number of times the upper limit of normal (n x ULN). The t-test, Mann-Whitney, the Spearman test and Pearson correlation were used to make comparisons between the fibrosis groups. The covariance analysis (ANCOVA) was ... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-02-26Bitstream added on 2014-06-13T20:14:38Z : No. of bitstreams: 1 jardim_acg_me_sjrp.pdf: 3983929 bytes, checksum: 587fc4359397e3ed6de6922651160d80 (MD5) / O HCV é uma das maiores causas de doença do fígado, sendo estimado que mais de 2% da população mundial está infectada. Este vírus possui um genoma de RNA (+) fita simples, que devido à falta de atividade corretiva da polimerase viral apresenta variabilidade genética em vários níveis: genótipos, subtipos e quasispecies. O genótipo 1 é o mais prevalente no Brasil e no mundo, sendo preditivo de uma baixa resposta à terapia antiviral, que atualmente é baseada na administração de PEG-IFN e ribavirina. A variabilidade genética da região viral NS5A tem sido relacionada à sensibilidade ou resistência ao IFN. Este estudo teve como objetivo investigar se a possível relação entre a composição de quasispecies da NS5A e a resposta ao tratamento. Foram selecionados 12 pacientes, sendo 4 respondedores (R), 4 não respondedores (NR) e 4 respondedores ao final do tratamento (RFT). As amostras pré-tratamento destes pacientes foram amplificadas, clonadas e seqüenciadas, resultando em 165 seqüências da NS5A completa. Estas seqüências foram alinhadas, editadas e a construção da topologia da árvore filogenética foi realizada. A NS5A e suas regiões específicas CRS, PKR-binding, ISDR, NLS e V3 foram analisadas quanto às substituições e o grau de variabilidade genético. O grupo de pacientes RFT apresentou uma maior taxa de substituições sinônimas em relação aos demais grupos. Uma maior quantidade de mutações foi observada na região downstream à ISDR, principalmente na região V3. Nenhum sítio específico de mutação foi relacionado a um tipo particular de resposta, e não houve agrupamento filogenético das quasispecies de acordo com o tipo de resposta. Estes resultados sugerem que o número de mutações não é suficiente para predizer a sensibilidade ou resistência à terapia baseada em IFN, sendo necessário avaliar se estas mutações conservaram ou não as propriedades químicas dos aminoácidos. / Hepatitis C virus (HCV) is major causes of liver desease and about 2% of world s population are infected. This virus is a single strain RNA genome of approximately 9.6 kb. Genetics variability of HCV exists at several different levels: genotypes, subtypes and quasispecies. The high mutation rates are related to the low fidelity of viral RNA polymerase. Genotype 1 HCV is the most prevalent in Brazil, as well as worldwide. Genotypes 1a and 1b are predictive of lower sustained virological response in peginterferon (PEG-IFN) plus ribavirin combination therapy. Genetic variability of viral NS5A has been related to IFN sensibility or resistance. To evaluate whether HCV NS5A quasispecies composition are related to responsiveness to combined PEG-IFN and ribavirin therapy, this study analyzed before treatment sample of 12 treated patients (4 sustained responders - SR, 4 non responders - NR and 4 end of treatment responder - ETR). Samples were amplified, cloned and sequenced, resulting in 165 sequences of complete NS5A. Sequences were aligned, edited and phylogenetical tree was constructed. Mutations and mean of genetic distance were analyzed to NS5A and specific regions CRS, PKR-binding, ISDR, NLS and V3. The number of synonymous substitutions per synonymous sites was higher in ETR patients than in other patient groups. Mutations were more common downstream ISDR, mainly concentrated in V3 domain. No single amino acid position or motif was associated with different responses to therapy in any NS5A regions analyzed and phylogenetic analysis did not show clustering of nucleotide sequences of viral isolates from SR, NR or ETR. These results suggest that number of mutations is not sufficient to predict sensibility or resistance to IFN based therapy. Other studies are necessary to evaluate whether chemical characteristics of amino acids were altered for the mutations.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T19:21:44Z : No. of bitstreams: 1 oliva_cb_dr_sjrp.pdf: 1844534 bytes, checksum: 40948c5116118b7b10a75b5b44e849cc (MD5) / A Hepatite C é uma doença presente em todo o mundo. O vírus da Hepatite C (HCV), o agente etiológico dessa doença, é um vírus de RNA de fita simples positiva. Seu genoma codifica uma única poliproteína precursora que após processamento origina dez proteínas virais. A NS5A, uma das proteínas virais não estruturais, esta associada com a resposta ao tratamento baseado em Interferon, tratamento aprovado para Hepatite C no Brazil.O HCV tem uma alta taxa de mutação levando a uma alta variabilidade, fator importante para a evasão da resposta imune e a resposta ao tratamento. O objetivo deste trabalho foi analisar a evolução das quasiespécies antes, durante e após o tratamento em pacientes infectados com HCV genótipo 3a que apresentaram diferentes respostas ao tratamento. O RNA viral foi extraído, o cDNA sintetizado, a região NS5A amplificada e clonada e 15 clones de cada ponto de coleta foram seqüenciados. As sequências foram analisadas com relação a história evolutiva, diversidade genética e seleção. Nossas análises mostram que a população viral que persiste após o tratamento na maioria dos pacientes não respondedores está presente em amostras pré-tratamento sugerindo uma aptidão para evadir o tratamento. Ainda a maioria das amostras pré-tratamento de pacientes respondedores ao final do tratamento ou não apresentou a população encontrada nas amostras pós-tratamento ou apresentou em menor freqüência. As exceções ilustram a característica única do processo evolutivo e conseqüentemente o processo de resistência ao tratamento em cada paciente. A evolução do vírus da Hepatite C ao longo do tratamento aparenta ser o resultado de uma relação evolutiva única entre as cepas virais e cada hospedeiro humano, levando a persistência do vírus ou a resposta ao tratamento / Hepatitis C is a disease spread throughout the world. Hepatitis C virus (HCV), the etiological agent of this disease, is a single-stranded positive RNA virus. Its genome encodes a single precursor protein that yields ten proteins after processing. NS5A, one of the non-structural viral proteins, is most associated with interferon-based therapy response, the approved treatment for hepatitis C in Brazil. HCV has a high mutation rate and therefore high variability, which may be important for evading the immune system and response to therapy. The aim of this study was to analyze the evolution of NS5A quasispecies before, during, and after treatment in patients infected with HCV genotype 3a who presented different therapy responses.Viral RNA was extracted, cDNA was synthesized, the NS5A region was amplified and cloned, and 15 clones from each time-point were sequenced. The sequences were analyzed for evolutionary history, genetic diversity and selection. Our analysis shows that the viral population that persists after treatment for most non-response patients are is present in before-treatment samples, suggesting it is fitted to evasion of treatment. Accordingly, most before-treatment samples from end-of-treatment response patients either did not show the population found after the relapse or showed it in low abundance. The exceptions illustrate the uniqueness of the evolutionary process, and therefore the treatment resistance process, in each patient.Hepatitis C virus evolution throughout treatment appears to be the result of a unique evolutionary relationship between viral strains and each human host, leading to either persistence or clearance

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-12-19Bitstream added on 2014-06-13T19:22:11Z : No. of bitstreams: 1 kenfe_fr_dr_arafcf.pdf: 3010421 bytes, checksum: 0c72cd8f3fb09b23c23aaa33651ce816 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O vírus da hepatite C (VHC) é um vírus envelopado com cerca de 50 a 70 nm de diâmetro, fita positiva de RNA e pertence ao gênero do Hepacivirus e à família Flaviridae. A detecção e quantificação do antígeno do core, proteína do nucleocapsídeo do VHC tem obtido sucesso em muitos ensaios, sendo considerado um marcador da replicação viral, por apresentar uma sequencia de aminoácidos altamente conservada, o que lhe confere alta sensibilidade e especificidade. A proteína E2 é uma glicoproteína de envelope do VHC com 11 sítios de glicosilação e a maioria deles estão bem conservados, tornando-a um alvo antigênico. O objetivo deste estudo foi o de desenvolver métodos diagnósticos para o VHC de alta sensibilidade, baixo custo e que pudessem ser utilizados na triagem sorológica. As regiões genômicas que codificam as proteínas core (parcial 136 aa) e E2 do VHC foram expressas em E. coli da linhagem Rosetta e clonadas no vetor de expressão pET-42a e induzidas por IPTG 0,4mM, produzindo proteínas recombinantes fusionadas a proteína GST (glutationa S-transferase), que foram então purificadas por cromatografia de afinidade. A imunorreatividade foi avaliada por Western Blot, Slot Blot e os métodos diagnósticos (ensaio imunoenzimático (ELISA) de captura, indireto, imunoblotting e imunocromatográfico) desenvolvidos e aprimorados. Os métodos desenvolvidos foram mais sensíveis e específicos utilizando a mistura das proteínas recombinantes fusionadas a GST (core + E2) / The hepatitis C virus (HCV) is an enveloped virus of about 50 to 70 nm in diameter, positive strand RNA, and belongs to the genus Hepacivirus and the family Flaviridae. The detection and quantification of the core antigen, HCV nucleocapsid protein, has been successful in many trials and is considered a marker of viral replication, since it presents a sequence of highly conserved amino acids, giving it high sensitivity and specificity. The E2 protein is an envelope glycoprotein of HCV with 11 glycosylation sites, most of these well-conserved, making it a target antigen. The aim of this study was to develop high sensitivity, low cost diagnostic methods for HCV which could be used for serological screening. The genomic regions encoding the core (part 136 aa) and E2 proteins of HCV were expressed in E. coli Rosetta strain, cloned in expression vector pET-42a, and induced with 0.4 mM IPTG, producing recombinant proteins fused to GST protein (glutathione S-transferase), which were then purified by affinity chromatography. The immunoreactivity was assessed by Western blot, Slot Blot and the developed and improved diagnostic methods (enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) capture and indirect, immunoblotting and immunochromatographic). The methods developed were more sensitive and specific using the mixture of the recombinant proteins fused to GST (core + E2)

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-30Bitstream added on 2015-04-09T12:47:20Z : No. of bitstreams: 1 000808994_20150530.pdf: 370146 bytes, checksum: b57ece1272febc6027177478678bf29b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:28Z: 000808994_20150530.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:00Z : No. of bitstreams: 1 000808994.pdf: 1388656 bytes, checksum: ff666b142c12af73f1f96183ae305879 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Embora novos medicamentos de ação direta anti-HCV tenham sido recentemente aprovados no mercado, com exceção do genótipo 1, a terapia mais utilizada ainda é baseada em Interferon (IFN) e Ribavirina. Desta forma, o genótipo 3 é o que apresenta mais baixa taxa de sucesso no tratamento, no atual cenário. Um dos fatores determinantes do insucesso deste tratamento no paciente é a variabilidade viral. O HCV apresenta alta taxa de mutação durante a replicação, implicando na produção de variantes intra-hospedeiro, denominadas quasispecies. A região hipervariável 1 (HVR1) da proteína do envelope é uma região de alta variabilidade do genoma viral. A detecção das quasispecies minoritárias pode ser realizada de forma confiável e eficiente por pirossequenciamento de alta cobertura (UPDS), técnica capaz de detectar variantes presentes em frequência <1% na população. Com base neste contexto, foram determinados quasispecies da HVR1-HCV de 14 pacientes infectados com o genótipo 3 do vírus, utilizando a técnica de UPDS. No total, 64.400 sequencias da HVR1 foram obtidas de amostras pré-tratamento. Destas, 27.398 sequências de alta qualidade foram filtradas e corrigidas. Valores de distância genética e entropia de Shannon não foram correlacionados a resposta ao tratamento. Estas sequências foram posteriormente submetidas a construção de redes median-joining e análise Bayesiana de estrutura populacional (BAPS). A análise identificou amostras com diferentes estruturas, desde altamente conservadas (apenas uma população de quasispecies) até altamente estratificadas (6 subpopulações). Este resultado foi condizente com a estrutura das redes median-joining. Várias mutações ao longo da HVR1 do mesmo paciente e algumas repetiram em pacientes do mesmo grupo de resposta. Quanto a avaliação de análise das sequências de aminoácidos, embora haja grande variação quanto a sequência e propriedades físico-químicas, pode-se ... / Hepatitis C is a major public health problem. New HCV antiviral drugs were released on market on 2010; however, excluding for genotype 1, the most used therapy used currently is still based on Interferon (IFN) and Ribavirin. Nowadays, genotype 3 is the one with the highest rate of treatment failure. Viral genome variability is one of the factors that lead in therapy failure. HCV presents a high mutability during replication course, implicating in arising of intra-host variants called quasispecies. The hypervariable region 1 (HVR1) from envelope protein presents as quasispecies and may be related to IFN therapy resistance. Resistant quasispecies may not represent majority of variants population in the host, therefore, in these cases traditional sequencing techniques are unable to detect. For detection of minority quasispecies, ultra-deep pyrosequencing (UPDS) is a reliable and efficient tool, being able to detect even variants with frequency <1% in the population. Regarding this issue, we determined HVR1 quasispecies from 14 patients infected with HCV genotype 3 using the UPDS approach. In total, 64,400 HVR1 sequences were obtained from pre-therapy sample. From these sequences, 27,398 ones with high quality were filtered. Genetic distance and Shannon entropy values were not related to therapy outcome. These sequences were analyzed using median-joining networks and Bayesian population structural analysis. These analysis identified samples with different structures, from high conserved (one sub-population) to high stratified ones (6 sub-populations). Networks analysis also confirmed this result. Mutations exclusive for a type of response of therapy were identified along HVR1. Amino acid sequences indicated that this region presents conserved structure, even if sequence and physical and chemicals properties seem flexible. Especially in turns and coils positions, this conservation seems notable. Potential epitopes positions are concentrated ...