Submitted by Amanda Silva (amanda.osilva2@ufpe.br) on 2015-03-13T14:39:06Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Emanuelle Vasconcelos.pdf: 1061368 bytes, checksum: 24a6fe50b5333a771ee76d0549eb755e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T14:39:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Emanuelle Vasconcelos.pdf: 1061368 bytes, checksum: 24a6fe50b5333a771ee76d0549eb755e (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / FACEPE; CNPq / O feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.] é uma leguminosa anual cultivada em regiões tropicais e subtropicais, importante pelo alto teor de proteínas contido em suas sementes secas, vagens verdes e folhas. Neste trabalho, um estudo citogenético comparativo entre V. unguiculata e Phaseolus vulgaris L. (feijão comum) foi realizado por BAC-FISH. Sequências mapeadas em cromossomos de P. vulgaris (Pv) foram utilizadas como sondas em cromossomos de V. unguiculata (Vu), contribuindo para as análises de macrossintenia entre estes dois legumes. Trinta e sete clones da biblioteca BAC de P. vulgaris ‘cv. BAT93’, previamente selecionados com marcadores mapeados em seus 11 grupos de ligação correspondentes, foram hibridizados in situ nos cromossomos metafásicos de V. unguiculata. Foram identificados vários rearranjos cromossômicos, tais como translocações (entre BACs de Pv1 e Pv8; Pv2 e Pv3, como também Pv2 e Pv11), duplicações visualizadas em cromossomos metafásicos e/ou paquitênicos (BAC 147K17 de Pv3), inversões paracêntricas (entre os BACs 267H4 e 147K17 de Pv3) e pericêntricas (entre os BACs 221J10 e 190C15 de Pv4). Destacam-se também os BACs 14F2 (Pv2) e 86I17 (Pv7), que em P. vulgaris hibridizou nas regiões terminais de quase todos os cromossomos e em Vu apresentou marcação única. Adicionalmente, 17 BACs não apresentaram sinal único nos cromossomos de V. unguiculata. Os resultados do presente trabalho demonstraram que apesar dos gêneros Vigna e Phaseolus estarem intimamente relacionados, ocorreram várias quebras de macrossintenia ou de colinearidade ao longo da evolução cariotípica destes legumes.

Orientadores: Shirlei Maria Recco-Pimentel, Luciana Bolsoni Lourenço Morandini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T17:27:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vittorazzi_StenioEder_M.pdf: 1698813 bytes, checksum: 820a78de37442254ed35e58e413de026 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: O gênero Physalaemus é atualmente constituído de 42 espécies, distribuídas em sete grupos. No grupo de Physalaemus cuvieri, além dessa, estão alocadas outras oito espécies. Estudos citogenéticos disponíveis até momento para algumas espécies do gênero nos mostram um número diplóide de 2n = 22, sendo a morfologia cromossômica similar entre elas. O objetivo desse trabalho foi desenvolver novos marcadores citogenéticos para o estudo do grupo de Physalaemus cuvieri. Foram estudadas três populações de P. cuvieri e duas outras espécies do grupo, P. albonotatus e P. centralis. Foram isoladas três sequências de DNA repetitivo, as quais foram denominadas PcP190EcoRI, PcP883EcoRI e PcP174PstI. A primeira sequência apresentou similaridade com os DNAr 5S disponíveis no GenBank e assim, adicionalmente, foi feito experimento para isolar o DNAr 5S de P. cuvieri. Foram obtidos dois fragmentos com cerca 201 e 690pb, localizados por double- FISH em cromossomos distintos. A sequência PcP190EcoRI mostrou similaridade de aproximadamente 70% com a região de transcrição de ambos os tipos de DNAr 5S, sugerindo a origem dessa sequência a partir do DNAr 5S. A hibridação in situ com sondas das três sequências de DNA repetitivo isoladas, nas três populações de P. cuvieri, em P. albonotatus e em P. centralis, mostrou que todas as regiões cromossômicas marcadas são coincidentes com regiões de banda C detectadas em estudo prévio. No entanto, as populações de P. cuvieri e as espécies estudadas diferem entre si pelo número e localização de marcações com sondas das três sequências. Essas sequências representam bons marcadores cromossômicos, já que permitiram demonstrar tanto variações interpopulacionais em P. cuvieri como também diferenças interespecíficas, corroborando a sugestão prévia de que as diferentes populações de P. cuvieri podem se tratar de um complexo de espécies crípticas. / Abstract: The genus Physalaemus is currently composed of 42 species, divided into seven groups. Within the Physalaemus cuvieri group are eight other species. Cytogenetic studies for some of the species within the genus show a diploid number of 2n = 22 and similar chromosome morphology. The aim of this research was to develop new cytogenetic markers to study the group of Physalaemus cuvieri. We studied three populations of P. cuvieri in addtion to two other species: P. albonotatus and P. centralis. We isolated three repetitive DNA sequences, which were named PcP190EcoRI, PcP883EcoRI and PcP174PstI. The former sequence showed similarities with the 5S rDNA available in GenBank and, therefore, an experiment was done to isolate the 5S rDNA of P. cuvieri. We obtained two fragments of about 201 bp and 690 bp, which were localized by double-FISH to distinct chromosomes. The PcP190EcoRI sequence showed approximately 70% similarity with the transcription regions of both types of 5S rDNA, suggesting the PcP190EcoRI sequence originated from the 5S rDNA. The three repetitive DNA sequences were detected by in situ hybridization to chromosomes from P. albonotatus, P. centralis and the three populations of P. cuvieri. These chromosome regions are coincident with C-bands detected in a previous study. Populations of P. cuvieri and others two species, however, differ by the number and location of the three sequences. These sequences seem to be good chromosomes markers since they were used to show interpopulational variation in P. cuvieri, as well interspecific differences. This supports the previous suggestion that different populations of P. cuvieri may be a complex of cryptic species. / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Eliana Regina Forni-Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T11:15:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Correa_AndreaMacedo_D.pdf: 19211818 bytes, checksum: 07d31bbebbd33e949ec374c90c095f2a (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: As Rubiaceae (A. L. de Jussieu), ordem Gentianales, subclado Euasteride I do clado Asteride, é composta por plantas de hábito variado, e compreende uma das maiores famílias de Angiospermas. A família está subdividida em quatro subfamílias, 637 gêneros e aproximadamente 10.700 espécies. São plantas cosmopolitas, com espécies de considerável expressão econômica como o café (C. arabica L. e C. canephora Pierre ex A. Froehner), além de espécies de interesse farmacológico (Cinchona L.) e florístico (Ixora L., Gardenia J. Ellis e Pentas Benth.). Apresenta ampla distribuição, com considerável representação no Cerrado brasileiro, região considerada para esse estudo. Foram realizadas análises cromossômicas em espécies da subfamília Rubioideae, encontradas no estado de São Paulo, nas áreas das Estações Experimentais de Itirapina e Assis, na Reserva Biológica de Mogi-Guaçu e em Corumbá e Três Lagoas, Mato Grosso do Sul. Algumas contagens cromossômicas apresentadas concordaram com as já relatadas na literatura, como 2n = 20 (Coccocypselum lanceolatum (Ruiz & Pav.) Pers.) e 2n = 22 (Coussarea hydrangeifolia (Benth.) Müll. Arg. e Psychotria hoffmannseggiana (Willd. Ex Roem. & Schult.) Müll. Arg.). Foram obtidas contagens inéditas para o gênero Rudgea Salisb. (2n = 44 R. viburnoides (Cham.) Benth.), e para uma espécie da tribo Hedyotideae, Manettia cordifolia Mart. (2n = 66). Para a tribo Psychotria, foram apresentados dados inéditos para espécies pertencentes a três gêneros: Decleuxia H.B.K., com Decleuxia fruticosa (R. & S.) Kuntze (2n = 20); Palicourea Aubl. com 2n = 22 em Palicourea croceoides Ham., P. marcgravii St. Hil. e P. rigida H.B.K., sendo que em P. marcgravii, a contagem divergiu da encontrada na literatura; e Psychotria L. com 2n = 22 para Psychotria lupulina Benth., P. marginata Sw., P. tenerior (Cham.) M. Arg. e P. trichophora Müll. Arg.; 2n = 40 para Psychotria mapourioides DC. e 2n = 44 para Psychotria carthagenensis Jacq., P. gracilenta M. Arg., P. sessilis (Vell) M. Arg., P. suterella M. Arg. e P. vellosiana Benth. São apresentados também dados de hibridação in situ com DNAr 45S para a tribo Psychotrieae com seis espécies de Psychotria, sendo uma do subgênero Psychotria (P. carthagenensis), cinco de Heteropsychotria (Psychotria deflexa, P. hoffmannseggiana, P. trichophora, P. tenerior e P. vellosiana), além de uma espécie do gênero Palicourea (Palicourea marcgravii) e uma Rudgea (Rudgea. viburnoides). O número de pares de sítios de DNAr 45S foi variável, assim como o número cromossômico das espécies. Não se observou relação entre o número de sítios e o nível de ploidia das espécies. A hibridação in situ DNAr 45S também foi aplicada em duas espécies da tribo Spermacoceae, gênero Borreria G. Mey. (Borreria latifolia (Aubl.) K. Schum. e B. verticillata (L.) G. Mey.), nesse caso, as duas espécies apresentaram mesmo número cromossômico e ideogramas muito semelhantes, no entanto, a diferenciação no número de sítios de DNAr 45S possibilitou a discriminação das duas espécies de Borreria / Abstract: The Rubiaceae (A. L. de Jussieu) family, order Gentianales, sub-clade Euasteride I, steride clade, is composed by plants of varied habit, comprising one of the largest Angiosperm amilies, with four subfamilies, 637 genera and approximately 10.700 species. The family is cosmopolitan, including species of considerable economic expression like coffee (C. arabica L. and C. canephora Pierre ex A. Froehner), as well as with pharmacological (Cinchona L.) and floristic interest (Gardenia J. Ellis, Ixora L. and Pentas Benth.). It is a great family showing a broad range of distribution, with considerable representation in the Brazilian Cerrado the ecosystem considered in this study. Chromosome analyses were carried out in some species of Rubiaceae belonged to subfamily Rubioideae that occur in areas of Cerrado on the states of São Paulo (Experimental station of Itirapina and Assis and Biological Reserve of Mogi-Guaçu) and Mato Grosso do Sul (Corumbá and Três Lagoas counties). Some chromosome counts were in agreement to literature, as 2n = 20 (Coccocypselum lanceolatum (Ruiz & Pav.) Pers.) and 2n = 22 (Coussarea hydrangeifolia (Benth.) Müll. Arg. and Psychotria hoffmannseggiana (Willd. Ex Roem. & Schult.) Müll. Arg.). On the other hand, new counts werw obtained for genus Rudgea Salisb. (2n = 44 Rudgea viburnoides (Cham.) Benth.), and for Manettia cordifolia Mart. (2n = 66), wich belongs to the Hedyotideae tribe. For Psychotria tribe, we present new data for species from three genera: Decleuxia fruticosa (R. & S.) Kuntze (2n = 20); Palicourea croceoides Ham., P. marcgravii St. Hil. and P. rigida H.B.K., 2n = 22 and Psychotria with 2n = 22 for Psychotria lupulina Benth., P .marginata Sw., P. tenerior (Cham ) M. Arg. and P. trichophora Müll. Arg.; 2n = 40 for Psychotria mapourioides DC. and 2n = 44 for Psychotria carthagenensis Jacq., P. gracilenta M. Arg., P. sessilis (Vell) M. Arg., P. suterella M. Arg. and P. vellosiana Benth. Inedit data of in situ hybridization with the 45S rDNA were obtained for eight species beloning to Psychotrieae tribe, being six for genus Psychotria (Psychotria carthagenensis subgenus Psychotria; Psychotria deflexa, P hoffmannseggiana, P.sciaphila, P. tenerior and P vellosiana, subgenus Heteropsychotria) one for genus Palicourea (Palicourea marcgravii) and one for genus Rudgea (Rudgea viburnoides). The number of rDNA 45S sites varied among species. No relation was observed between the number of rDNA sites and the ploidy level of the species. The in situ hybridization with 45S rDNA was also applied in two species of the Spermacoceae tribe, Borreria latifolia (Aubl.) K. Schum. and B. verticillata (L.) G. Mey. Both species present the same chromosome number and very similar ideograms, but different number of 45S rDNA sites made possible the Karyotype discrimination between the two species of Borreria / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientadores: Liliana Aparecida Lucci de Angelo Andrade, Konradin Metze / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-15T06:41:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Triglia_RenatadeMarchi_D.pdf: 2275218 bytes, checksum: 3b9b61ceb5abbf3cd2002df7cf26737a (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: As Neoplasias Intra-epiteliais Cervicais (NIC) são precursoras do carcinoma do colo uterino e, em sua maioria, causadas pelos vírus do Papiloma Humano (HPV) de alto risco oncogênico. A maior parte das NIC1 regride, mas cerca de 15% pode progredir e a integração viral ao genoma da célula tem papel importante neste evento. A hibridização in situ (HIS) detecta o tipo de vírus na lesão e, tem sido atribuído que o sinal difuso desta reação se relaciona à forma epissomal do vírus, enquanto o puntiforme representa o DNA viral integrado ao genoma. O Ki67, marcador de proliferação celular, tem sido usado na graduação das NIC e pode ser um adjuvante na avaliação do comportamento das NIC1. Métodos: 74 biópsias de NIC1 foram estudadas, cujas pacientes apresentaram no acompanhamento biópsias com diagnósticos variados: 19 de cervicite (regressão), 29 com manutenção de NIC1 e 26 com progressão para NIC 2-3. A primeira biópsia foi analisada pela reação de HIS para HPV de alto risco oncogênico (Genpoint®) e pela reação imunoistoquímica para Ki67. Na HIS foram avaliados o número e a distribuição das células nas camadas epiteliais (basal, intermédia ou superficial) e o tipo de sinal (puntiforme ou difuso). A análise do Ki67 foi realizada de 2 formas: a) leitura com avaliação subjetiva da expressão em diferentes níveis do epitélio (camadas basal e para-basal, até a metade e mais da metade da espessura epitelial), b) análise morfológica quantitativa por um programa de computador ("Sociology"), capaz de fazer muitas medidas, como densidade nuclear e relações de vizinhança entre os núcleos. Resultados: a idade da pacientes variou de 16 a 65 anos, sendo a média diferente entre os grupos com e sem progressão (31 e 26, respectivamente, p=0,02). A HIS foi positiva em 22 casos (30%), dos quais 8 progrediram e 14, não. Todos mostraram sinais puntiformes e difusos, entretanto sinal puntiforme na camada basal foi observado em 58,5% dos que progrediram e em apenas 4% dos casos sem progressão (p=0,05). A avaliação subjetiva do Ki67 demonstrou que o grupo que progrediu expressou positividade em mais da metade do epitélio (p=0.02). A análise morfológica quantitativa do Ki67 evidenciou os seguintes resultados significativos no grupo com regressão: menor densidade nuclear, menor quantidade de vizinhos e maior distância entre os núcleos vizinhos mais próximos (p=0,019; 0,008 e 0,02). As medidas da altura dos núcleos positivos no epitélio e da espessura epitelial não mostraram diferença. Conclusão: o sinal puntiforme da HIS na camada basal, a expressão do Ki67 em mais da metade do epitélio, avaliada subjetivamente, e a maior densidade de núcleos na análise morfológica quantitativa estão mais associados à manutenção e progressão das lesões de NIC1 / Abstract: Cervical Intraepithelial Neoplasias (CIN) are precursory lesions of the cervical carcinoma, and most of them are caused by high-risk Human Papillomavirus (HPV). The majority of CIN1 can regress, but around 15% progress, and viral integration has an important role in this event. Integration can be identified by In situ hybridization (ISH). Literature has considered a punctate signal in ISH as integrated HPV, and the diffuse signal as episomal virus. Ki67, a marker of cellular proliferation, can be useful in graduating CIN and evaluating CIN1 behavior. Methods: 74 CIN1 cases were studied and all patients had another biopsy in the follow-up which revealed: 19 without CIN (regression), 29 with maintenance of CIN1 diagnosis, and 26 that progressed to CIN2-3. ISH with Genpoint® for high risk HPV was evaluated according to the distribution of positive cells at different levels in squamous epithelium: basal, intermediate or superficial layers. The pattern of ISH reaction was classified as diffuse or punctate. Ki67 analysis was performed by 2 different ways: a) interpretation with subjective estimation of the immunostaining in different epithelium levels (basal and parabasal layers, until a half and more than a half of the epithelium thickness); b) quantitative morphological analysis by a software ("Sociology"), capable of performing many measurements, as nuclear density and neighborhood relations among the nuclei. Results: the age varied from 16 to 65 and mean age without progression was 26 and 31 for progression (p=0.02). ISH was positive in 30% (22 cases: 8 with lesion progression and 14 without). All cases showed punctate and diffuse signals, but punctate were observed in 58.5% with progression and only in 4% without (p=0.05). Ki67 subjective analysis revealed that group with progression expressed positive nuclei in more than a half of the epithelium thickness (p=0.02). In the regression group, Ki67 quantitative morphological analysis showed smaller nuclei density, a lower quantity of positive cells and a longer distance between neighbor cells when compared to the others (p=0,019; 0,008 e 0,02). The height of Ki67 positive nuclei and the epithelial thickness were not different among the 3 groups. Conclusion: an ISH punctate signal in the basal layer, Ki67 expression in more than a half of epithelium thickness and the nuclear Ki67 density evaluated quantitatively can be related to CIN1 maintenance and progression / Doutorado / Anatomia Patologica / Doutor em Ciências Médicas

Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T14:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Engel_ThaissaBrogliatoJunqueira_M.pdf: 3058703 bytes, checksum: 0c07b7bfd8295f9d32498e3cb53cd894 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O gênero Griffinia Ker Gawl pertence à subfamília Amaryllidoideae que, junto às subfamílias Agapanthoideae e Allioideae, compõem a família Amaryllidaceae, com cerca de 73 gêneros e 1605 espécies. As Amaryllidaceae, incluindo as Griffinia, são apreciadas pelas suas flores e cultivadas para a jardinagem e ornamentação. Endêmico do Brasil, esse importante gênero está ameaçado de extinção pela constante degradação de seu ambiente natural, sendo que muitas espécies não foram mais encontradas na natureza e nem em cultivo. A taxonomia de Griffinia é bastante dificultada pela morfologia floral e vegetativa bastante semelhante entre algumas espécies, e pela variação morfológica dentro de uma mesma espécie, ocasionada pelo isolamento entre populações e pela existência de diferentes citótipos. Os objetivos deste trabalho foram obter o cariótipo de diferentes espécies de Griffinia e de espécies proximamente relacionadas, e fornecer à sistemática informações que auxiliem na compreensão das relações filogenéticas e evolutivas das espécies desse gênero. Foram estudadas 10 espécies e duas morfoespécies não identificadas de Griffinia, bem como quatro espécies de gêneros próximos. Pontas de raízes coletadas dessas espécies foram pré-tratadas em colchicina e fixadas em solução Farmer para a produção de lâminas com metáfases mitóticas. Foram determinados número e morfologia cromossômicos e realizados bandamentos com os fluorocromos cromomicina3 (CMA3) e 4',6-diamidino-2-fenilindol (DAPI), e in situ fluorescent hybridization (FISH) com DNA ribossomal (DNAr 5S). Todas as espécies de Griffinia apresentaram 2n=20. Os números cromossômicos para as espécies analisadas de Eithea, Hippeastrum, Tocantinia e Worsleya foram 2n=18, 44, 22, e 42 respectivamente. Foram observadas espécies de Griffinia com duas, quatro, cinco e seis bandas CMA3+. De um a três sítios de DNAr 5S foram observados em dois a seis pares cromossômicos, em posição terminal, subterminal ou pericentromérica. Para cada espécie, foi observado um padrão único de distribuição de sítios de DNAr 5S, sendo assim possível a delimitação de espécies por meio das técnicas citogenéticas aplicadas. As espécies do grupo reportado na literatura como complexo Liboniana apresentaram semelhanças cariotípicas que podem corroborar a proximidade entre espécies: possuem apenas um par cromossômico com banda CMA3+ e dois pares cromossômicos com sítios de DNAr 5S. Variações cariotípicas foram observadas não apenas entre as espécies, mas também entre populações de uma mesma espécie. Casos de variação intraespecífica são conhecidos para plantas. Contudo, essa variação pode não ser uma variação interpopulacional, mas sim, reflexo da dificuldade taxonômica no gênero. Os resultados obtidos nesse estudo, apontam a citogenética como uma ferramenta útil na delimitação dos gêneros e espécies, e no reconhecimento de grupos dentro de Griffinia. / Abstract: The genus Griffinia Ker Gawl belongs to the subfamily Amaryllidoideae which together with the subfamilies Agapanthoideae and Allioideae, forms the Amaryllidaceae family, with about 73 genera and 1605 species. Amaryllidaceae plants, including Griffinia, are aprecciated because of their flowers and cultivated for gardening and ornamentals. Endemic to Brazil, the genus is endangered by the continuous degradation of their natural environment, and many species have not been found in nature. Taxonomy of Griffinia is very complicated because of its vegetative and floral morphology, which are quite similar between some species. There is also some morphological variation within a single species, caused by the isolation between populations and the existence of different cytotypes. The aim of this study was to obtain the karyotype of different species of Griffinia and closely related species, thus providing for systematic studies some information to assist in the understanding of the evolutionary and phylogenetic relationships of the species of this genus. We studied 10 species and two unidentified morphospecies of Griffinia, as well as four species of closely related genera. Root tips collected from these species were pretreated with colchicine and fixed in Farmer solution for the production of slides with metaphasic cells. We determined the number and chromosomal morphology. We performed banding with chromomicin3 (CMA3) and 4',6-diamidino-2-phenilindole (DAPI) fluorochromes and fluorescent in situ hybridization (FISH) with ribosomal DNA (5S rDNA). All Griffinia species presented 20 chromosomes. Chromosome numbers for the analyzed species of Eithea, Hippeastrum, Tocantinia and Worsleya were 2n= 18, 44, 22 and 42 respectively. Griffinia species presented two, four, five or six CMA3+ bands. One to three 5S rDNA sites were observed in two to six chromosome pairs in the terminal, subterminal or pericentromeric position. For each species, there was a unique pattern of distribution of DNAr 5S sites, so it is possible to delimitate species trough this cytogenetic technique. The species of a group reported in the literature as Liboniana complex showed similar karyotypes that can corroborate the closeness among the species of the group: they have only one chromosome pair with a CMA3+ band and two chromosome pairs with 5S rDNA sites. We observed karyotypic variations not only among species but also between populations of the same species. Cases of intraspecific variation are known for plants. However, this variation may be either an interpopulational variation, or a simple reflection of the difficulty in taxonomy of the genus. The data found at this analysis proved cytogenetic studies to be a quite useful tool in the delimitation of genera and species, and recognition of groups within Griffinia. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestra em Biologia Vegetal

Orientadores: Eliana Regina Forni Martins, Vidal de Freitas Mansano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T00:22:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_RafaelBarbosa_M.pdf: 4856945 bytes, checksum: 7af922214bf499ea2e8fe2cfb2e9e2f4 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Swarzia é um gênero basal da subfamília Papilionoideae (Leguminosae). Apesar do seu posicionamento ter gerado debate entre muitos autores no passado, estudos sistemáticos recentes confirmam a monofilia de Swartzia, compondo o clado swartzióide juntamente com mais sete gêneros. A diversidade morfológica e a ampla distribuição geográfica na região neotropical tornam o gênero um interessante objeto de estudos taxonômicos e sistemáticos. Embora Swartzia apresente centro de diversidade amazônico, também possui alta riqueza de espécies na região extra-amazônica, apresentando complexos de espécies, com difícil delimitação morfológica de alguns táxons, necessitando de ferramentas adicionais para uma melhor compreensão da evolução no grupo. A citogenética, mediante estudos cromossômicos, fornece informações importantes na elucidação de relações supra e infra genéricas e, através de uma abordagem citotaxonômica, pode contribuir para o esclarecimento de problemas sistemáticos e taxonômicos. O presente trabalho visa ampliar os estudos do gênero, contribuindo com um inédito estudo citogenético e ampliando estudos taxonômicos das Swartzia na região extra-amazônica brasileira. Para o capítulo 1 foram coletadas sementes de 18 espécies distribuídas no território brasileiro para análise cromossômica e no capítulo 2 é apresentado um estudo taxonômico de Swartzia na região extra-amazônica brasileira, com chave de identificação. Swartzia apresentou número cromossômico constante entre as espécies analisadas (2n=2x=26). Entretanto, S. leptopetala demonstrou potencial de autopoliploidização ao apresentar sementes 2n=2x=26 e 2n=4x=52 numa mesma árvore, configurando processos de poliploidização em meristemas isolados. O tamanho dos cromossomos (tamanho relativo dos cromossomos e comprimento total de cromatina - TCL) foi medido para todas as 18 espécies coletadas. No geral, os cromossomos são pequenos, sendo o menor cromossomo encontrado em S. acuminata (0.25?m), enquanto o maior foi encontrado em S. euxylophora (1.41?m). Os números de bandas CMA+/DAPI- (2) e sítios de rDNA 45S (2) e 5S (2) também não apresentaram variação interespecífica. Swartzia euxylophora, cuja inclusão no gênero havia sido anteriormente questionada, apresentou as características citogenéticas semelhantes às demais Swartzia e, somadas à morfologia observada em campo, sustentam o posicionamento do táxon dentro do gênero. Os dados cariotípicos (número e tamanho cromossômicos, e número de bandas CMA/DAPI e de genes ribossomais) não permitem a diferenciação das espécies em nível de sessão. Até o momento são disponibilizadas informações cromossômicas para cerca de 10% das Swarztia, não sendo possível sugerir mecanismos de evolução cariotípica no gênero. Mediante a análise dos dados citogenéticos fornecidos neste trabalho e disponíveis na literatura é possível afirmar que os gêneros do clado swartzióide apresentam números cromossômicos diferentes, sendo este um caráter diagnóstico. No capítulo 2, os estudos taxonômicos para as Swartzia extra-amazônicas resultaram na descrição de cinco novas espécies e na elaboração de uma chave de identificação para táxons da região. Quatro delas, S. alagoensis, S. arenophila, S. revoluta e S. submontana, pertencem à seção Acutifoliae que se destaca por possuir alta diversidade e por ser exclusivamente brasileira. Swartzia thomasii pertence à seção Glabriplantae, anteriormente uma seção exclusivamente amazônica / Abstract: Swartzia is a basal genus of subfamily Papilionoideae (Leguminosae). Although the positioning of the genus has been a controversial issue among some authors in the past, recent systematic studies confirm the monophily of Swartzia as being part of a swartzioid clade with other seven genera. The morphological diversity and the widespread geographical distribution at the Neotropical region, make the genus an interesting object of taxonomic and systematic studies. Although Swartzia present an amazonian diversity center, it also has high species richness at extra-amazonian region, presenting species complex, with hard morphological delimitation of some taxa, requiring additional tools for a better comprehension of evolution within the group. Cytogenetics, by studying chromosomes, provides important informations for elucidating supra- and infrageneric relations and, by a citotaxonomic approach, it can contribute to solve systematic and taxonomic problems. The present study aims to increase the studies of the genus, contributing with an inedit cytogentic study and extending taxonomic studies of Brazilian extra-amazonian Swartzia. For chapter 1, there were collected 18 species distributed through Brazilian territory for chromosomal analyses and in chapter 2 we presenting a taxonomic study of Swartzia in extra-Amazonian region of Brazil with a description key. Swartzia presented a conservated chromosome number among species (2n=2x=26). However, S. leptopetala demonstrated an autopolyploidization potential, presenting seeds with 2n=2x=26 and 2n=4x=52 in the same tree, being a polyploidization process in isolated meristems. Chromosome length (relative chromosome length and total chromatin length - TCL) were measured for all 18 species collected. In general, Swartzia chromosomes are small, being the shortest chromosome found in S. acuminata (0.25?m) and the longest in S. euxylophora (1.41?m). The number of CMA+/DAPI- bands (2) and rDNA sites 45S (2) and 5S (2) did not present interspecific variation too. Swartzia euxylophora, which the inclusion in the genus was questioned, presented all cytogentics characteristics similar to all other analyzed Swartzia and together with morphological features observed in the field, it supports the taxon as belonging to the genus. The karyotypic data (number and size of chromosomes, and number of CMA/DAPI and ribosomal genes) do not allow the differentiation of species at section level. Until now, there is chromosomal information for about 10% of Swartzia species available, not being possible suggest karyotypic evolution mechanisms in the genus. By analyzing cytogentic data provided by this study and available in the literature, it is possible to say that genera in swartzioid clade have different chromosome number, being a diagnostic character. In chapter 2, the taxonomic studies of extra-Amazonian Swartzia resulted in a description of five new species and the elaboration of a regional key for the regional taxa. Four of them, S. alagoensis, S. arenophila, S. revoluta and S. submontana, belong to section Acutifoliae, which stands out for having high diversity and for be exclusively Brazilian. Swartzia thomasii belongs to section Glabriplantae, otherwise an exclusively Amazonianian section / Mestrado / Taxonomia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Orientadores: Eliana Regina Forni Martins, Ana Paula de Moraes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T11:58:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Polido_CarolinedoAmaral_D.pdf: 4429006 bytes, checksum: a6c32402c33fb0d67c72b757af07b400 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital quando for liberada / Abstract: The abstract is available with the full electronic document when available / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal

Orientador: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T02:52:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sgardioli_IlariaCristina_M.pdf: 3234786 bytes, checksum: cb2f0f67f9d7df7814742dbf6ed4fb44 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A Síndrome Velocardiofacial (SVCF), uma das formas do espectro da Síndrome de deleção 22q11.2, possui incidência de 1/4.000 a 1/6.000 nascimentos. Embora a microdeleção em 22q11.2 seja a principal causa da síndrome, cerca de 10 a 20% dos pacientes com características clínicas da SVCF não a apresentam. Em alguns indivíduos com características clinicas da SVCF e sem microdeleção em 22q11.2, foram encontradas outras aberrações cromossômicas e mutações no gene TBX1. Existem evidências em modelos animais que aventam a associação de alterações no gene FGF8 ao fenótipo da SVCF em humanos. No entanto, até o momento, o gene FGF8 ainda não havia sido estudado em pacientes com SVCF sem microdeleção. Os objetivos deste trabalho foram: 1 - investigar as causas genéticas em pacientes com suspeita clínica da SVCF por meio de cariótipo e triagem de microdeleções, utilizando a técnica de MLPA e FISH; 2 - verificar a presença de alterações nas seqüências codificantes dos genes TBX1 e FGF8 em pacientes sem deleção 22q11.2. Foram incluídos 109 indivíduos com suspeita clínica de SVCF avaliados clinicamente por médico geneticista e os métodos utilizados foram: cariótipo com bandas G; MLPA, FISH; seqüenciamento direto das regiões codificantes dos genes TBX1 e FGF8 e SNP-array. Dos 101 casos em que o exame de cariótipo foi realizado, quatro apresentaram aberrações cromossômicas não relacionadas à SVCF, sendo que em duas foi possível a confirmação dos resultados por SNP-array. Realizou-se MLPA de 106 casos, sendo que 29 foram positivos para a deleção. Dos casos negativos, selecionou-se 31 indivíduos após reavaliação clínico-dismorfológica com a hipótese clínica mantida e foi realizado seqüenciamento das regiões codificantes dos genes TBX1 e FGF8. No gene TBX1 foram encontradas variações normais na seqüência e no gene FGF8 não foram detectadas alterações, com exceção dos exons 1 e 2, em que não foi possível análise por problemas técnicos. O exame de cariótipo contribuiu na investigação inicial e permitiu concluir a investigação por outras técnicas. O MLPA se mostrou eficiente para a investigação diagnóstica da deleção 22q11.2, identificando, também, outras alterações; FISH confirmou 82,1% dos resultados obtidos por MLPA. Não foram identificadas alterações patogênicas nas regiões codificantes dos genes TBX1 e em 90% das regiões codificantes do gene FGF8 / Abstract: Velocardiofacial Syndrome (SVCF), one of the forms of the 22q11.2 Microdeletion Syndrome spectrum, has an incidence of 1/4.000 to 1/6.000 births. Although the 22q11.2 microdeletion is the main cause of the syndrome, approximately 10 to 20% of the patients with clinical features of SVCF don't present it. In a few individuals with SVCF clinical features and without 22q11.2 microdeletion other chromosomal aberrations and changes in TBX1 gene were found. There is evidence in animal models that suggests the associated changes in FGF8 gene in humans. However, the FGF8 gene had not been studied in patients with SVCF without microdeletion yet. The purpose of this work was: 1 - To investigate the genetic causes in patients with clinical suspicion of SVCF through the karyotype and microdeletion screening using MLPA and FISH techniques; 2 - To check the presence of changes in coding sequences of the TBX1 gene and FGF8 gene in patients without 22q11.2 deletion. 109 individuals with clinical suspicion of SVCF and clinically evaluated by a clinical geneticist were included, and the following methods were used: karyotype with GTG banding, MLPA, FISH, direct sequencing of coding regions of TBX1 and FGF8 gene and SNP-array. Four out of 102 cases in which the tests of karyotype were performed presented chromosomal aberrations not related to SVCF, two of them confirmed by SNP-array. The MLPA of 106 cases was performed, 29 of them positive to deletion. 31 individuals were selected among negative cases, after clinical reevaluation based on the same clinical hypothesis maintained, and direct sequencing of coding regions of TBX1 and FGF8 gene were performed. Normal variations in sequence were found in TBX1 gene and alterations were not detected in FGF8 gene except for 1 and 2 exons because of technical problems. The karyotype test contributed in the first investigation and permitted us to conclude the investigation by means of other techniques. The MLPA proved to be effective for the diagnostic investigation of 22q11.2 deletion, identifying other alterations as well; FISH confirmed 82,1% results obtained by MLPA. Pathogenic alterations in coding regions of TBX1 gene and in 90% of the coding regions of FGF8 gene were not identified / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

INTRODUÇÃO: A leucemia promielocítica aguda (LPA) é um subtipo distinto de leucemia mielóide aguda (LMA), caracterizado pela presença de um acúmulo de promielócitos anormais na medula óssea e/ou sangue periférico, riscos de coagulopatias e por alterações cromossômicas estruturais envolvendo sempre o locus gênico para o receptor alfa do ácido retinóico (RAR). Corresponde morfologicamente aos subtipos M3 e M3variante de LMA, segundo a Classificação Franco- Américo- Britânica (FAB) e ao subtipo de LMA associada à translocação recíproca e balanceada entre os cromossomos 15 e 17[t(15;17)] e variantes, segundo a classificação da Organização Mundial de Saúde. O curso clínico da LPA tem sido modificado, nos últimos anos, de uma leucemia aguda rapidamente fatal para um dos mais curáveis subtipos de LMA. A introdução de agentes terapêuticos que atuam diretamente na lesão molecular, como o ATRA e o Trióxido de Arsênico, teve grande impacto na sobrevida da LPA. A eficácia do tratamento é dependente do rearranjo genético presente nas células leucêmicas, o diagnóstico morfológico é sugestivo da alteração genética, devendo ser rapidamente confirmado por técnicas de citogenética molecular. MÉTODOS: Utilizando a citogenética convencional e molecular (FISH) com sondas de fusão para o rearranjo PML-RAR e de ruptura para o gene RAR, analisou-se 62 pacientes portadores de LPA, diagnosticados por estudo morfológico/imunofetípico no HC-FM/USP entre os anos de 1997 a 2006. RESULTADOS: Dos 62 pacientes analisados, 37 (59,7%) apresentaram a t(15;17)(q22;q21) visível no cariótipo; destes, 26 (42,0%) apresentaram a t(15;17) como anormalidade clonal isolada, 10 (16,1%) apresentaram outras alterações cromossômicas clonais em adição a t(15;17) e um paciente (1,6%) apresentou uma variante complexa da t(15;17). Dezoito pacientes (29%) tiveram a confirmação da presença da t(15;17)-rearranjo PML-RAR através da técnica de FISH-fusão e sete (11,3%) não apresentaram ruptura no RAR. Ausência de sangramento ao diagnóstico (p<0,02) e a presença de morfologia M3v (p<0,01) se associaram à ausência ruptura no RAR. A taxa de sobrevida global (SG) em dois anos, entre os 55 pacientes que apresentaram a t(15;17)-rearranjo- PML-RAR ao diagnóstico citogenético, foi de 49,28%. Duas variáveis prognósticas mostraram estar estatisticamente relacionadas à pior taxa de SG nesse estudo: idade acima de 60 anos e presença de morfologia de M3v. A taxa de Sobrevida Livre de Doença em dois anos nesses pacientes foi de 72,10%.CONCLUSÃO: Cerca de 11% dos pacientes diagnosticados para LPA, através de estudo morfológico/imunofenotípico, não apresentaram diagnóstico citogenético compatível para esta doença. Na ausência de sangramento ao diagnóstico e na presença de morfologia M3v o teste de FISH deve ser priorizado. / INTRODUCTION: Acute promyelocytic leukemia (APL) is a distinct subtype of acute myeloid leukemia (AML), characterized by clonal expansion of myeloid precursors blocked at promyelocytic stage, risks of coagulopathy and presence of chromosomal translocations involving RAR (retinoic acid receptor ) gene. Corresponds to the M3 and M3variant subtypes of AML, according to the French-American-British (FAB) classification and the subtype of AML associated with balanced reciprocal translocation between chromosomes 15 and 17 [t (15; 17)] and variants, according to the World Health Organization classification. The clinical APL course has been changed in late years, from highly fatal to highly curable subtype of AML. The introduction of therapeutic agents that act directly on the molecular lesion, such as ATRA and arsenic trioxide, had a great impact on survival of APL. The efficacy of treatment is dependent on genetic rearrangement present in the leukemia cells, the morphologic diagnosis although predictive of the specific genetic lesion genetic, should be quickly confirmed by molecular techniques. METHODS: We analysed cytogenetics findings in 62 patients diagnosed as promyelocytic leukemia by morphological and immunophenotypic studies at the Hematology Service of Clinical Hospital of Sao Paulo Medical School from 1997 to 2006. For this, we used karyotype and FISH with PML-RARA fusion translocation and RARA break-apart probes. RESULTS: Of the 62 patients studied, 59.7% showed the t(15;17)(q22;q21) visible in the karyotype [42.0% had t(15;17) as the sole clonal abnormality, 16.1% showed other additional abnormalities and 1.6% had a complex variant of t(15;17)], 29% had the confirmation of the rearrangement PML-RAR through the FISH-fusion technique and 11.3% showed no break in RAR. No bleeding at diagnosis (p<0.02) and the presence of M3v morphology (p<0.01) were associated to no RAR rearrangement. The 24months overall survival of 55 patients with t(15;17) confirmed by cytogenetics was 49.28%. Two parameters were associated to worse rate of overall survival in this study: age > 60 years and M3v morphology . The 24 months disease-free survival was 72.10%. CONCLUSION: 11,3% of patients diagnosed as promyelocytic leukemia by morphological and immunophenotypic studies, showed no consistent cytogenetic diagnosis for this disease. In the absence of bleeding at diagnosis and in the presence of the M3v morphology, FISH test should be prioritized.

A flor se caracteriza como um ramo altamente modificado, especializado na reprodução das angiospermas. Por ser responsável por um processo tão crucial no ciclo de vida das plantas, o desenvolvimento das flores é estritamente regulado por vias genéticas e sinais ambientais que controlam a transição da fase vegetativa para fase reprodutiva. Esse controle culmina na determinação no meristema floral, o qual se diferenciará nos quatro verticilos florais: sépalas, pétalas, estames e pistilo. Dentre os quatro verticilos, os estames e o pistilo são os órgãos responsáveis pela reprodução, logo é de suma importância compreender mecanismos moleculares responsáveis pelo correto desenvolvimento desses órgãos. Com o intuito de melhor compreender o desenvolvimento do pistilo, nosso grupo de pesquisa fez a caracterização inicial de um gene preferencialmente expresso no pistilo de Nicotiana tabacum, que controla a proliferação celular nesse órgão e foi denominado SCI1 (Stigma/style Cell-cycle Inhibitor 1). No entanto, seu mecanismo de ação ainda não foi elucidado. Avanços nas investigações tem revelado uma extensa rede de proteínas com as quais SCI1 interage, o que permitiu assumir que SCI1 está envolvido em vias de processamento de RNA e no ciclo celular. Seu envolvimento em processos celulares básicos, levantou a hipótese de uma possível expressão no início do desenvolvimento floral. Portanto, este trabalho teve por objetivos determinar onde e quando o gene SCI1 inicia sua expressão em flores de Nicotiana tabacum; relacionar a expressão de SCI1 com o desenvolvimento do pistilo; e analisar a regulação transcricional de SCI1. Através da hibridização in situ foi possível determinar que SCI1 inicia sua expressão no meristema floral e segue se expressando intensamente nos primórdios iniciais dos verticilos florais. A expressão de SCI1 no meristema floral e primórdios dos verticilos indica que este gene pode estar envolvido no desenvolvimento de todos os verticilos florais. A medida que os verticilos se especificam, a expressão de SCI1 é reduzida, exceto no pistilo, órgão em que se localizam as últimas células meristemáticas a se diferenciarem. O mRNA de SCI1 foi detectado tanto nos carpelos não fusionados, quanto já fusionados. A hibridização in situ também revelou a coexpressão de SCI1 com o gene NAG1 no meristema floral, nos verticilos dos estames e carpelos. NAG1 codifica um fator de transcrição responsável pela especificação do terceiro e quarto verticilos florais e SCI1 foi descrito como um gene que controla o desenvolvimento de estigmaxv e estilete, estruturas que fazem parte do quarto verticilo, logo essa co-expressão revela uma possível interação desse fator de transcrição com o promotor de SCI1. Essa interação foi predita in silico e confirmada em ensaio de mono híbrido (Yeast One Hybrid) com uma porção do promotor de SCI1, denominada frag1, que compreende 443pb acima do códon de iniciação (ATG). Análises in silico também encontraram um putativo sítio para a interação do fator de transcrição WUSCHEL nesse mesmo fragmento, no entanto os resultados obtidos nos ensaios de mono híbrido para esta interação foram inconclusivos. Plantas transgênicas expressando a proteína SCI1 em fusão traducional a GFP, sob controle do promotor endógeno de SCI1, foram capazes de reproduzir a expressão endógena desse gene e possibilitaram determinar a localização da proteína. Como o mRNA, a proteína SCI1 é encontrada a partir do meristema floral e em todos os verticilos florais. A medida que a flor se desenvolvia, a proteína foi reduzindo sua quantidade de maneira centrípeta nos verticilos, no entanto essa redução não foi observada no pistilo até o estádio 2, estádio em que foi possível a observação (devido ao tamanho da flor). Nessas plantas também foi possível detectar a proteína SCI1 nos tecidos especializados do estilete e estigma, tecido transmissor do estilete e zona secretória do estigma, respectivamente, assim como nas células do parênquima. Essas plantas também possibilitaram observar a proteína nos óvulos e confirmar sua localização em núcleo e nucléolo. Esse conjunto de dados confirmam a hipótese da expressão de SCI1 no meristema floral. Além disso, os resultados demonstram que a expressão de SCI1 é regulada diretamente pelo fator de transcrição NAG1 / The flower is characterized as a highly modified branch, specialized in the reproduction of angiosperms. Since it is responsible for such a crucial process in the life cycle of plants, flower development is strictly regulated by genetic pathways and environmental signals that control the transition from the vegetative phase to the reproductive phase. This control culminates in the floral meristem determination, which will differentiate in the four flower whorls: sepals, petals, stamens and pistil. Among the four whorls, stamens and pistil are the organs responsible for reproduction, so it is extremely important to understand the molecular mechanisms responsible for the correct development of these organs. In order to better understand the development of pistil, our research group made the initial characterization of a gene preferentially expressed in the pistil of Nicotiana tabacum, which controls cell proliferation in this organ and was denominated SCI1 (Stigma/style Cell-cycle Inhibitor 1). However, its mechanism of action has not yet been elucidated. Advances in the investigations have revealed an extensive network of proteins with which SCI1 interacts, which has allowed to assume that SCI1 is involved in RNA processing pathways and in the cell cycle. Its involvement in basic cellular processes, raised the hypothesis of a possible expression at the beginning of floral development. Therefore, this work had as objectives to determine where and when the SCI1 gene starts its expression in flowers of Nicotiana tabacum; to correlate SCI1 expression to pistil development; and to analyze the transcriptional regulation of SCI1. Through in situ hybridization, it was possible to determine that SCI1 starts its expression in the floral meristem and continues to express intensely in the early primordia of floral whorls. The expression of SCI1 in floral meristem and whorl primordia indicates that this gene may be involved in the development of all floral whorls. As the whorls are specified, the expression of SCI1 is reduced, except in the pistil, organ in which the last meristematic cells are located. SCI1 mRNA was detected in both unfused and fused carpels. In situ hybridization also revealed the co-expression of SCI1 with the NAG1 gene in the floral meristem, in the whorls of stamens and carpels. NAG1 encodes a transcription factor responsible for the specification of the third and fourth floral whorls and SCI1 was described as a gene that controls the development of stigma and style, structures that are part of the fourth whorl, so this co-expression reveals a possible interaction of this transcription factor with the SCI1 promoter. This interaction was predicted in silico and confirmed in a Yeast One Hybrid assay with a portion of the SCI1 promoter, called frag1, comprising 443bp upstream the initiation codon (ATG). In silico analyzes also found a putative site for the interaction of the WUSCHEL transcription factor in this same fragment, however the results obtained in Yeast One Hybrid assays for this interaction were inconclusive. Transgenic plants expressing the SCI1 protein in translational fusion to GFP, under the control of the endogenous SCI1 promoter, were able to reproduce the endogenous expression of this gene and enabled to determine the location of the protein. Like the mRNA, the SCI1 protein is found since the floral meristem and on all floral whorls. As the flower developed, the protein was reducing its amount in a centripetal way in the whorls, however this reduction was not observed in the pistil until the stage 2, the last stage in which the observation was possible (due to the size of the flower). In these plants it was also possible to detect the SCI1 protein in the specialized tissues of style and stigma, stylar transmitting tissue and stigmatic secretory zone, respectively, as well as in the parenchyma cells. These plants also allowed the observation of the protein in ovules and to confirm its localization in nucleus and nucleolus. This data set confirms the hypothesis of SCI1 expression in floral meristem. In addition, the results demonstrate that SCI1 expression is directly regulated by the transcription factor NAG1