Orientador: Sonia Marli Zingaretti / Banca: Julio Cezar Franco de Oliveira / Banca: Mozart de Azevedo Marins / Banca: Janete Apparecido Desiderio Sena / Banca: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Resumo: A seca é o principal estresse abiótico que afeta a produtividade das plantas. Para detectar os genes expressos sob condições de deficiência hídrica foi desenvolvido um estudo de expressão gênica usando plantas de cana-de-açúcar tolerantes (cv. SP83-5073) e sensíveis (cv. SP90-1638) à seca. A metodologia de macroarranjos de DNA foi empregada para monitorar a expressão gênica de 3.575 clones de folhas de cana-de-açúcar e os resultados foram confirmados por PCR quantitativo. Na cultivar tolerante 165 genes foram identificados em resposta ao déficit hídrico severo, em contraste à cultivar sensível, na qual um maior número de genes (n = 432) foi diferencialmente expresso ao longo do tratamento de deficiência hídrica. A cultivar tolerante ativou um menor número de genes em função do déficit hídrico aplicado. No entanto, 94% destes genes foram induzidos, enquanto na cultivar sensível 45% dos genes diferencialmente expressos foram reprimidos sob condições de deficiência hídrica. Comparando os perfis de expressão identificados em cada planta verifica-se que aproximadamente 55% dos genes expressos na cultivar tolerante também foram comuns à cultivar sensível, a maioria exibindo um perfil de expressão muito similar entre os genes induzidos. A classificação funcional dos genes foi realizada com base no papel exercido pela proteína no metabolismo celular, e mostrou que importantes vias metabólicas relacionadas ao déficit hídrico foram reprimidas na resposta das plantas sensíveis à seca. Além disso, 50% dos transcritos identificados em cada cultivar representam novos genes, os quais não estão descritos nos bancos de dados ou cuja função ainda não foi caracterizada / Abstract: Drought is a major abiotic stress that affects the plant productivity. To detect expressed genes under drought conditions, a gene expression study using tolerant (SP83-5073) and sensitive (SP90-1638) sugarcane plants was performed. Macroarray methodology was used to monitor the gene expression profile of the 3,575 cDNA clones from sugarcane leaves and the results were confirmed by real time PCR analysis. For the tolerant cultivar 165 genes were identified in response to severe water stress, contrasting with sensitive cultivar, in which a higher number of genes (n = 432) were responsive to the stress-treatment. Tolerant cultivar expressed a few genes in stress conditions. However 94% of them were induced, while for sensitive cultivar 45% of the differentially expressed genes were down-regulated under water stress conditions. Comparing the gene expression profiles identified in each cultivar, it is possible to verify that 55% of the expressed genes in tolerant cultivar were also observed in sensitive cultivar, the majority showing a very similar gene expression pattern. Functional gene classification was performed according to roles in cellular metabolism, and showed that important drought-pathways were repressed in sensitive plants response. Besides, 50% of the identified transcripts in each cultivar represent novel genes, which were not described in databases or whose functions were not characterized yet / Doutor

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2011 / Bibliografia: f. [65]-70 / Pesquisas envolvendo o Projeto Genoma Humano têm avançado bastante em relação ao mapeamento genético. Por conta disso, a quantidade de informações armazenadas em bases de dados gênicas tem aumentado muito rapidamente e análises manuais feitas por cientist / Researches involving the Human Genome Project have significantly advances in genetic mapping. For this reason, the amount of information stored in genetics datasets has increased very rapidly and scientists manual analyses take years to be completed. Anal

Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2006 / Inclui bibliografia / O crescimento exponencial dos dados de expressão gênica provenientes da tecnologia de microarranjo de DNA é acompanhado pelo aumento da necessidade de ferramentas computacionais eficientes que auxiliem o processo de análise e interpretação desses dados. T

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:41Z : No. of bitstreams: 1 000854236.pdf: 3500858 bytes, checksum: 0816f15b9343c3e3ecc9d4ad9291ee5e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O carcinoma de células escamosas de laringe (CCEL) é um dos mais comuns que acometem a região da cabeça e pescoço, representando aproximadamente 25% dos tumores malignos desta localização anatômica. Os fatores de risco associados ao desenvolvimento deste tumor são o consumo de tabaco e álcool, história familiar e a infecção pelo vírus do papiloma humano (HPV) em uma parcela dos casos. A ocorrência de segundos tumores primários e metástases é frequentemente relatada nos CCEL. Entretanto, até o momento, não há marcadores moleculares úteis na prática clínica que sejam capazes de predizer a progressão e a evolução clínica da doença. Neste contexto, as plataformas de microarranjos de oligonucleotídeos (microarrays), têm possibilitado uma análise mais ampla na busca por marcadores de detecção precoce, progressão, resposta e risco de recorrência e metástase. Foram incluídos neste estudo 88amostras de CCEL de pacientes não tratados. O grupo teste foi composto por 35 CCEL avaliados previamente para expressão gênica global (8x60K, Agilent Technologies) e 33 para a expressão de miRNAs (plataforma Array 8x60K, Agilent Technologies). O grupo de validação foi formado por 33amostras fixadas em formalina e em blocos de parafina (FFPE) e 19 amostras de tumor a fresco. O grupo teste foi avaliado para genotipagem para o HPV (LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test, Roche), resultando em dois casos positivos para HPV16. A análise de expressão de transcritos revelou 1.680 genes diferencialmente expressos comparados aos tecidos normais de laringe (necrópsias). A análise de expressão global de miRNAs revelou 89 miRNAs diferencialmente expressos na comparação entre tecido normal e tumoral. A integração entre os dados de transcritos codificadores e de miRNAs (correlação negativa r<0) revelou alterações recorrentes em um subgrupo de genes associados com a degradação de componentes da matriz extracelular... / Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common head and neck malignancies representing approximately 25% of the tumors located in this region. Risk factors associated to development of LSCCs include alcohol and tobacco consumption, family history of cancer and human papilloma virus (HPV) infection. Second primary tumors and metastasis are frequently observed in patients with LSCC. To date, no useful molecular markers have been described that can successfully predict disease progression and clinical outcome. In this context, large scale molecular studies enable a global analysis of tumor molecular alterations aiming to reveal biomarkers for early diagnosis, prognosis and response to therapy. LSCC samples were obtained from 88 untreated patients. Global gene (Array plataform 8x60K, Agilent Technologies) and miRNA expression (Array platform 8x60K, Agilent Technologies) profiles were evaluated in 35 and 33 samples, respectively (Test group, N=36). An independent group of samples (N=33, validation group) was included, being 33 formalin fixed and paraffin embedded tissue samples and 19 fresh frozen tissues. HPV genotyping using LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test (Roche) was performed in tumor samples from test group. Only two cases were HPV16-positive. The expression analysis revealed 1,680 differentially expressed genes in tumors compared to normal tissue (pool of normal laryngeal samples from necropsies). The miRNA analysis revealed 89 miRNAs differentially expressed. Integrative transcriptome and miRNAs analysis data (negative correlation r<0) revealed a subset of altered genes associated with the degradation of extracellular matrix components (MMP3, MMP9, MMP10, MMP13, COL10A1 and COL3A1) and neoplastic processes (CAV1, ERBB4, HLF,HMGA2, HOXB6, KLF2, PDCD4, PPP1R3 and TOP2), as well as their putative miRNA regulators (hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-218-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR- ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:43:08Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_fa_dr_jabo.pdf: 1200881 bytes, checksum: de16e9283bd6c69ea47cb6957b6c81fb (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A seca é o principal estresse abiótico que afeta a produtividade das plantas. Para detectar os genes expressos sob condições de deficiência hídrica foi desenvolvido um estudo de expressão gênica usando plantas de cana-de-açúcar tolerantes (cv. SP83-5073) e sensíveis (cv. SP90-1638) à seca. A metodologia de macroarranjos de DNA foi empregada para monitorar a expressão gênica de 3.575 clones de folhas de cana-de-açúcar e os resultados foram confirmados por PCR quantitativo. Na cultivar tolerante 165 genes foram identificados em resposta ao déficit hídrico severo, em contraste à cultivar sensível, na qual um maior número de genes (n = 432) foi diferencialmente expresso ao longo do tratamento de deficiência hídrica. A cultivar tolerante ativou um menor número de genes em função do déficit hídrico aplicado. No entanto, 94% destes genes foram induzidos, enquanto na cultivar sensível 45% dos genes diferencialmente expressos foram reprimidos sob condições de deficiência hídrica. Comparando os perfis de expressão identificados em cada planta verifica-se que aproximadamente 55% dos genes expressos na cultivar tolerante também foram comuns à cultivar sensível, a maioria exibindo um perfil de expressão muito similar entre os genes induzidos. A classificação funcional dos genes foi realizada com base no papel exercido pela proteína no metabolismo celular, e mostrou que importantes vias metabólicas relacionadas ao déficit hídrico foram reprimidas na resposta das plantas sensíveis à seca. Além disso, 50% dos transcritos identificados em cada cultivar representam novos genes, os quais não estão descritos nos bancos de dados ou cuja função ainda não foi caracterizada / Drought is a major abiotic stress that affects the plant productivity. To detect expressed genes under drought conditions, a gene expression study using tolerant (SP83-5073) and sensitive (SP90-1638) sugarcane plants was performed. Macroarray methodology was used to monitor the gene expression profile of the 3,575 cDNA clones from sugarcane leaves and the results were confirmed by real time PCR analysis. For the tolerant cultivar 165 genes were identified in response to severe water stress, contrasting with sensitive cultivar, in which a higher number of genes (n = 432) were responsive to the stress-treatment. Tolerant cultivar expressed a few genes in stress conditions. However 94% of them were induced, while for sensitive cultivar 45% of the differentially expressed genes were down-regulated under water stress conditions. Comparing the gene expression profiles identified in each cultivar, it is possible to verify that 55% of the expressed genes in tolerant cultivar were also observed in sensitive cultivar, the majority showing a very similar gene expression pattern. Functional gene classification was performed according to roles in cellular metabolism, and showed that important drought-pathways were repressed in sensitive plants response. Besides, 50% of the identified transcripts in each cultivar represent novel genes, which were not described in databases or whose functions were not characterized yet

Esquistossomose é uma doença crônica e debilitante. Schistosoma representa a única classe de trematódeos com vida dióica. Um contínuo pareamento com o macho é essencial para a maturação sexual do sexo feminino. Fêmeas adultas provenientes de infecções uni-sexuadas são subdesenvolvidas, apresentam atrofia do tamanho e um sistema reprodutivo imaturo. Para estudar os mecanismos envolvidos no pareamento de vermes adultos foram utilizadas duas plataformas de microarranjos distintas: uma composta por 4 mil sondas de cDNA dupla fita produzida pelo nosso grupo de pesquisas e outra composta por 44 mil sondas de oligonucleotideos desenhadas pelo nosso grupo e produzida pela empresa Agilent Technologies. Com a plataforma de 4 mil sondas detectamos 113 transcritos diferencialmente expressos em fêmeas adultas mantidas separadas de seus respectivos pares durante 24 horas de cultivo in vitro quando comparadas com fêmeas adultas pareadas; para 10 destes genes obtivemos uma confirmação adicional da expressão diferencial por transcrição reversa fita específica seguida de PCR em Tempo Real. Observamos também os efeitos do pareamento no perfil de expressão gênica de machos adultos mantidos separados de seus respectivos pares durante 24 horas de cultivo in vitro; foram encontrados 152 transcritos diferencialmente expressos. Com a plataforma de 44 mil sondas foi detectada a expressão de 5.798 genes transcricionalmente ativos em verme adulto, em um conjunto de 19.907 genes únicos representados nesta plataforma. A análise do conjunto de genes \"no match\" mostrou que em 156 genes ocorria expressão senso e anti-senso; para 6 destes transcritos obtivemos uma confirmação adicional da expressão nas duas fitas por transcrição reversa fita específica seguida de PCR em Tempo Real. Adicionalmente foram identificados 2717 transcritos diferencialmente expressos em fêmeas separadas de seus respectivos pares durante 13 dias de cultivo in vitro, quando comparadas com fêmeas mantidas pareadas. Para as análises com machos separados durante 13 dias foram encontrados 243 transcritos diferencialmente expressos. Por fim, realizamos estudos com o objetivo de observar os genes que podem estar correlacionados com o contato físico do pareamento (macho e fêmea) e genes que podem ser regulados pela possível difusão de proteínas e hormônios secretados no meio, para os quais a mudança do nível de expressão não dependa da necessidade de contato entre o macho e a fêmea. Sabe-se que o contato direto da fêmea com o macho é necessário para manter a atividade reprodutiva feminina e observamos que o re-pareamento pode restabelecer o perfil de expressão gênica de fêmeas ou machos separados. Além disso, observamos que fêmeas separadas e depois mantidas na presença do macho, porém sem re-pareamento, apresentam uma expressão gênica diferente das fêmeas separadas e depois mantidas na ausência de machos, sugerindo que algum fator secretado pelo macho no meio regula a expressão. Este trabalho representa uma importante contribuição no entendimento da relação macho-fêmea em nível molecular. / Schistosomiasis is a chronic and debilitating disease. Schistosoma represents the only class of trematodes with a dioecious life. A continuous pairing with the male is essential for female sexual maturation. Adult females from uni-sexual infections are underdeveloped, have body atrophy and an immature reproductive system. To study the mechanisms involved in pairing of adult worms two microarray platforms were used: one comprised by 4000 cDNA probes and printed by our research group and another comprised by 44 000 oligonucleotide probes designed by our group and printed by Agilent Technologies Company. With the 4000-probes platform we detected 113 transcripts differentially expressed in adult females kept separated from their mates during 24 hours in vitro when compared with paired adult females; for 10 of these genes we obtained additional confirmation of differential expression by Real Time RT-PCR. We also observed the effects of pairing on the gene expression profile of adult males kept separate from their mates during 24 hours in vitro, where we found 152 differentially expressed transcripts. With the 44 000-probes platform we detected the expression of 5798 genes in adult worms, out of a set of 19 907 unique genes represented on this platform. Analysis of the \"no match\" genes showed that 156 have transcription from the sense and anti-sense strands; for 6 of them we obtained additional confirmation of expression by strand specific Real Time RT-PCR. Additionally, we identified 2717 differentially expressed transcripts in females separated from their mates during 13 days in vitro when compared to females that remained paired. In the analysis of males separated for 13 days we found 243 differentially expressed transcripts. Finally, we performed a study aimed at observing genes which might be correlated to physical contact pairing (male and female) and compared to genes that might be regulated by the possible diffusion of secreted proteins and hormones in the medium, for which the change of expression level does not depend on physical contact between male and female. It is known that direct female-male contact is needed to keep the female reproductively activity and we observed that repairing can restore the gene expression profile of females or males that were kept separated. Furthermore, we observed that females separated and then maintained in the presence of male, but without re-pairing, have a different gene expression from the separated females kept without males, suggesting that some male secreted factors might be involved in gene regulation. This work represents an important contribution to the understanding of male-female relation at the molecular level

O câncer de mama é uma doença extremamente heterogênea compreendendo diferentes subtipos moleculares que resultam em evoluções clínicas e condutas terapêuticas distintas. A maior gravidade desta patologia está associada a sua capacidade de formação de metástases Mudanças no padrão de expressão gênica têm sido associadas à manifestação do fenótipo metastático. Neste trabalho, utilizamos microarranjos de tecido (TMAs) para investigar a expressão de 8 biomarcadores candidatos (CIP4, PPIL1, ITGAV, AKAP14, MICA, FXYD1, ARPC3, ABG1) e avaliar seu potencial prognóstico em pacientes com carcinoma ductal invasivo da mama. Destes, ARPC3 PPIL1 e CIP4 mostraram associações estatisticamente significativas com a sobrevida câncer específica e/ou a probabilidade de desenvolvimento de metástases. Determinamos que a expressão aumentada de CIP4 nos tumores está associada a maior probabilidade de desenvolvimento de metástases. CIP4 é uma proteína adaptadora descrita na literatura como moduladora de migração e invasão celular e portanto selecionamos este candidato para caracterização funcional detalhada. Observamos que a expressão de CIP4 encontra-se aumentada em linhagens tumorais com características invasivas. A partir do silenciamento estável e regulado de CIP4 na linhagem metastática MDA-MB-231, determinamos que CIP4 modula positivamente a ativação de MAPK-p38 e a expressão de MMP2 , sugerindo que CIP4 participe em vias de sinalização importantes para a transição epitélio-mesenquima (EMT). O silenciamento de CIP4 resultou em uma redução de aproximadamente 50% da capacidade migratória e invasiva das células tumorais in vitro , e na diminuição da formação de metástases pulmonares in vivo. Coletivamente, nossos resultados indicam que CIP4 tem potencial como marcador de prognóstico assim como um possível alvo terapêutico no controle da disseminação de metástases nos tumores da mama. / Breast cancer is an extremely heterogeneous disease comprising different molecular subtypes that result in different clinical outcomes and therapeutic procedures. The severity of this disease is mainly associated with its ability to produce metastasis. Changes in gene expression profile have been associated with the manifestation of the metastatic phenotype. In this study, we used tissue microarrays (TMAs) to investigate the expression of 8 candidate biomarkers (CIP4, PPIL1, ITGAV, AKAP14, MICA, FXYD1, ARPC3 e ABG1) and to evaluate their prognostic potential in patients with invasive ductal breast carcinoma. Among these, ARPC3, PPIL1 and CIP4 showed statistically significant associations with cancer specific survival and/or the patient\'s probability to develop metastasis. We found that increased expression of CIP4 in tumors is associated with a higher probability of developing metastasis. CIP4 is an adaptor protein described in the literature as a modulator of cell migration and invasion and therefore we selected this candidate for detailed functional characterization. We observed that CIP4 expression is increased in tumor cell lines with invasive characteristics. Following the stable and regulated knockdown of CIP4 in the metastatic line MDA-MB-231, we determined that it modulates positively the activation of MAPK-p38 and the expression of MMP2, suggesting that CIP4 participates in important signaling pathways required for the epithelial mesenchymal transition (EMT). CIP4 silencing resulted in an approximate 50% reduction of the migratory and invasive capacity of tumor cells in vitro and decreased the generation of lung metastases in vivo. Collectively, our results indicate that CIP4 has potential as a prognostic marker as well as a potential therapeutic target to control the metastatic dissemination of breast tumors.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The research on molecular interactions which cause genetic diseases has been the focus of many studies in recent years. With the inclusion of informatics in biological research, there was a great advance in the discovery of new solutions and diagnostic techniques for the treatment of diseases. Cancer is one of the diseases that have caused more interest among scientists around the world, and between their variations, are those caused by genetic defects that affect the genome maintenance mechanisms (GMM), which promote the proper functioning of the organism of an individual. Halazonetis and colaborators (2008) published a study involving of the metabolic pathways GMM, which identifies the appearance of a barrier that prevents the spread of cancer, but it is broken by initiating uncontrolled reproduction of defective cells that cause the cancerous tumors. The motivation of this work is to investigate the process of activation of anticancer barrier, using quantitative methods to analysis of the expression of genes and pathways. For this reason, it was used the Ontocancro ontology as analysis tool, being made several changes in its architecture for the realization of this study. / A investigação sobre as interações moleculares, que causam doenças genéticas têm sido foco de muitos estudos nos últimos anos. Com a inclusão da informática em pesquisas biológicas, houve um grande avanço na descoberta de novas soluções e técnicas de diagnósticos para o tratamentos de doenças. O câncer é uma das doenças que mais tem causado interesse entre cientistas do mundo inteiro, e entre suas variações, estão aquelas causadas por defeitos genéticos que afetam os mecanismos de manutenção do genoma (GMM), que promovem o bom funcionamento do organismo de um indivíduo. Halazonetis e colaboradores, em 2008, publicou um estudo envolvendo as vias metabólicas GMM, que identifica o surgimento de uma barreira que evita a propagação do câncer, mas é rompida dando início a reprodução descontrolada de células defeituosas que causam os tumores cancerígenos. A motivação desta dissertação consiste em investigar o processo de ativação da barreira anticâncer, usando métodos quantitativos para análise da expressão de genes e vias. Para isso, utilizou-se a ontologia Ontocancro como ferramenta de análise, sendo efetuadas diversas alterações em sua arquitetura para a realização deste estudo.

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Resumo: O carcinoma de células escamosas de laringe (CCEL) é um dos mais comuns que acometem a região da cabeça e pescoço, representando aproximadamente 25% dos tumores malignos desta localização anatômica. Os fatores de risco associados ao desenvolvimento deste tumor são o consumo de tabaco e álcool, história familiar e a infecção pelo vírus do papiloma humano (HPV) em uma parcela dos casos. A ocorrência de segundos tumores primários e metástases é frequentemente relatada nos CCEL. Entretanto, até o momento, não há marcadores moleculares úteis na prática clínica que sejam capazes de predizer a progressão e a evolução clínica da doença. Neste contexto, as plataformas de microarranjos de oligonucleotídeos (microarrays), têm possibilitado uma análise mais ampla na busca por marcadores de detecção precoce, progressão, resposta e risco de recorrência e metástase. Foram incluídos neste estudo 88amostras de CCEL de pacientes não tratados. O grupo teste foi composto por 35 CCEL avaliados previamente para expressão gênica global (8x60K, Agilent Technologies) e 33 para a expressão de miRNAs (plataforma Array 8x60K, Agilent Technologies). O grupo de validação foi formado por 33amostras fixadas em formalina e em blocos de parafina (FFPE) e 19 amostras de tumor a fresco. O grupo teste foi avaliado para genotipagem para o HPV (LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test, Roche), resultando em dois casos positivos para HPV16. A análise de expressão de transcritos revelou 1.680 genes diferencialmente expressos comparados aos tecidos normais de laringe (necrópsias). A análise de expressão global de miRNAs revelou 89 miRNAs diferencialmente expressos na comparação entre tecido normal e tumoral. A integração entre os dados de transcritos codificadores e de miRNAs (correlação negativa r<0) revelou alterações recorrentes em um subgrupo de genes associados com a degradação de componentes da matriz extracelular... / Abstract: Laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC) is one of the most common head and neck malignancies representing approximately 25% of the tumors located in this region. Risk factors associated to development of LSCCs include alcohol and tobacco consumption, family history of cancer and human papilloma virus (HPV) infection. Second primary tumors and metastasis are frequently observed in patients with LSCC. To date, no useful molecular markers have been described that can successfully predict disease progression and clinical outcome. In this context, large scale molecular studies enable a global analysis of tumor molecular alterations aiming to reveal biomarkers for early diagnosis, prognosis and response to therapy. LSCC samples were obtained from 88 untreated patients. Global gene (Array plataform 8x60K, Agilent Technologies) and miRNA expression (Array platform 8x60K, Agilent Technologies) profiles were evaluated in 35 and 33 samples, respectively (Test group, N=36). An independent group of samples (N=33, validation group) was included, being 33 formalin fixed and paraffin embedded tissue samples and 19 fresh frozen tissues. HPV genotyping using LINEAR ARRAY HPV Genotyping Test (Roche) was performed in tumor samples from test group. Only two cases were HPV16-positive. The expression analysis revealed 1,680 differentially expressed genes in tumors compared to normal tissue (pool of normal laryngeal samples from necropsies). The miRNA analysis revealed 89 miRNAs differentially expressed. Integrative transcriptome and miRNAs analysis data (negative correlation r<0) revealed a subset of altered genes associated with the degradation of extracellular matrix components (MMP3, MMP9, MMP10, MMP13, COL10A1 and COL3A1) and neoplastic processes (CAV1, ERBB4, HLF,HMGA2, HOXB6, KLF2, PDCD4, PPP1R3 and TOP2), as well as their putative miRNA regulators (hsa-miR-199b-5p, hsa-miR-218-5p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-21-5p, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR- ... / Mestre

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-07-21T17:14:40Z No. of bitstreams: 1 AmandaLarissaMarquesDeMedeiros_TESE.pdf: 2401701 bytes, checksum: 6c9f1744f688fa158feed1ba0fad56b1 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-07-22T11:33:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AmandaLarissaMarquesDeMedeiros_TESE.pdf: 2401701 bytes, checksum: 6c9f1744f688fa158feed1ba0fad56b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-22T11:33:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AmandaLarissaMarquesDeMedeiros_TESE.pdf: 2401701 bytes, checksum: 6c9f1744f688fa158feed1ba0fad56b1 (MD5) Previous issue date: 2015-10-16 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A cana-de-a??car ? uma importante cultura para nosso pa?s, que contribui com quase metade de toda a produtividade mundial. Muitos desafios s?o enfrentados pelas plantas, que muitas vezes n?o atingem todo o seu potencial gen?tico devido a presen?a de estresses bi?ticos e abi?ticos. Como consequ?ncia, esses estresses podem gerar esp?cies reativas de oxig?nio, que podem danificar o material gen?tico. Outra consequ?ncia do estresse ? a flora??o precoce, que diminui tamb?m a produtividade da cana-de-a??car. Neste contexto, este trabalho apresenta como objetivos caracterizar os genes scMUTM1 e scMUTM2, duas DNA glicosilases pertencentes ? via de reparo por excis?o de base (BER), al?m de identificar transcritos potencialmente relacionados com estresse e reparo de DNA, em duas variedades com fen?tipo contrastante para flora??o. A caracteriza??o das glicosilases incluiu a constru??o de cassetes de express?o de prote?nas, para posterior purifica??o e uso em ensaios enzim?ticos; constru??o de ?rvore filogen?tica e an?lise de promotor deste gene. Com a reconstru??o filogen?tica de MUTM foi poss?vel observar que h? o agrupamento desta sequ?ncia em um ramo com monocotiled?neas e outro com dicotiled?neas. Isto sugere que a duplica??o desta sequ?ncia pode ter ocorrido depois da diverg?ncia desses dois grupos. Com a an?lise do promotor deste gene, ? sugerido que, provavelmente, o gene ScMUTM1 pode estar sofrendo subfuncionaliza??o, uma vez que a regi?o promotora do gene ScMUTM2 apresenta uma maior quantidade de sequ?ncias regulat?rias relacionadas ao estresse. Por meio das an?lises de express?o g?nica utilizando microarranjos, se observou a superexpress?o de genes relacionados ao estresse de forma marcante em uma das condi??es de an?lise relacionadas com flora??o precoce. / Sugarcane is an important culture for Brazil that holds almost half of all worldwide productivity. Plants face many challenges, because of biotic and abiotic stresses presents in the production field, which could prevent plants from reaching their genetic potential. As consequence, those stresses can generate Reactive Oxygen Species ? ROS ? that can cause damages on DNA. Another consequence of stress is the early-flowering process, which contributes for a reduction on yield. In this context, the aim of this work is to characterize ScMUTM1 and ScMUTM2, two DNA glycosylases belonging to base excision repair pathway; and identify genes potentially related to stress and DNA repair in two sugarcane cultivars with contrasting flowering phenotypes. The characterization of the DNA glycosylases included the construction of vector to over express the recombinant proteins ScMUTM1 and ScMUTM2; they will be used in a near future to purification of these proteins and use in enzymatic assays. It was also made a phylogenetic reconstruction of this gene in plants and analysis of its promoter. With the phylogenetic analysis, it is possible to observe the presence of these genes grouped inside a branch with monocots and another one with dicots. This suggests that the duplication of this gene probably occurred after the separation of these two groups. The analysis of the promotor of MUTM shows of the presence of stress-related regulatory motifs at ScMUTM2 promoter, when compared with ScMUTM1. This may suggests that ScMUTM1 might be suffering sub functionalization process. After the analysis of microarrays data, it is observed an up-regulation from some stress-related genes in one of the conditions analyzed, related to early flowering process.