El documento digital no refiere asesor / Señala que la Neurocisticercosis (NCC) es la infección parasitaria más común del sistema nervioso central y es causante de la mayoría de epilepsias secundarias en países endémicos. En su mayoría los casos son intraparenquimales, aunque existen algunos con presentación extraparenquimal, que a diferencia de los primeros son de difícil manejo y mal pronóstico. El diagnóstico se basa principalmente en hallazgos imagenológicos, que no siempre muestran imágenes patognomónicas y que hacen necesaria la realización de alguna prueba serológica como ayuda diagnóstica. Existen a la fecha muchas pruebas inmunológicas descritas, pero sólo el electroimmunotransfer blot (EITB) más conocido como Western Blot se ha convertido en la prueba de elección. Esta prueba usa suero y líquido cefalorraquídeo (LCR) como fuente de anticuerpos, y aunque este último no ha mostrado ninguna ventaja sobre el suero, en una prueba con tanta especificidad como el EITB, nosotros creemos que sí podría ser de utilidad cuando se comparan muestras pareadas. La mayor reacción del LCR, expresada como número de bandas reactivas e intensidad de la coloración, podrían advertir la sospecha de una neurocisticercosis de mal pronóstico. La detección de antígenos (Ag) circulantes de cisticercos mediante un ELISA tipo sándwich, que usa anticuerpos (Ac) monoclonales es utilizada también para comparar el comportamiento de ambos tipos de muestras en el diagnóstico de NCC. En este estudio se evaluaron 102 pares de muestras de suero y LCR con diagnóstico definido de NCC tanto en EITB como en ELISA para captura de antígeno, a fin de conocer si existe alguna ventaja en el uso de LCR sobre el suero, tanto en la detección de Ac como en la detección de Ag. Los resultados mostraron que si bien, hay una gran asociación entre los niveles de Ac y de Ag entre las muestras de suero y LCR, existen ciertas ventajas en el uso de una u otra muestra según la prueba utilizada. En EITB, el suero presenta igual sensibilidad que el LCR en NCC extraparenquimal; mientras que para NCC intraparenquimal viable el suero es mejor que el LCR, 100% versus 89.7% respectivamente. En términos de intensidad de reacción, las reacciones en LCR con igual o mayorintensidad que en suero estuvieron presentes en el 73.2% de las NCC extraparenquimales y en el 43.6% de las intraparenquimales, no encontrando una diferencia altamente significativa, pero sí una tendencia en las NCC extraparenquimales de presentar mayores cantidades de Ac en LCR. La detección de Ag, muestra 100% de sensibilidad para ambos tipos de muestra en NCC subaracnoidea, pero para NCC intraparenquimal viable y para NCC intraventricular el LCR muestra mayor sensibilidad que el suero, 73.3% versus 60% y 100% versus 77.8%, respectivamente. Concluyendo que, la detección de antígeno tiene mayor sensibilidad cuando se usa LCR, pero que aun así no alcanza o los valores de sensibilidad mostrada por el EITB en el diagnóstico NCC. Dado que la mejor performance del EITB ocurre cuando se usa suero como fuente de Ac, se debería evitar así la necesidad de una punción lumbar, la cual es un procedimiento doloroso, que implica cierto riesgo para el paciente y mayores costos que una venopunción. / Tesis

Tesis entregada a la Universidad de Chile en cumplimiento parcial de los requisitos para optar al grado de Doctor en Ciencias con mención en Microbiología / La mayor concentración y diversidad de microorganismos asociados a la microbiota humana reside en el intestino, estableciendo una relación comensal o mutualista con el hospedero, la cual puede verse interrumpida cuando la estructura y composición microbiana es alterada (disbiosis). La disbiosis puede estar asociada a cambios en la dieta, el uso de antibióticos y en una serie de enfermedades, entre ellas las enfermedades inflamatorias intestinales (EII) como Colitis Ulcerosa (CU) y Enfermedad de Crohn (EC). Si bien la mayor parte de los estudios sobre microbiota intestinal se han realizado a partir muestras de heces debido a su fácil obtención, la microbiota adherente del colon es la más representativa de la comunidad microbiológica que co-evoluciona con el hospedero en el transcurso de la enfermedad, pues ésta puede interactuar de forma más directa con el sistema inmunitario. Considerando los antecedentes expuestos el objetivo de esta tesis es la caracterización de la microbiota adherente de individuos con EII mediante análisis de secuenciación masiva y generación de librerías de rDNA16S, a partir de muestras de biopsias de individuos chilenos y españoles (n=66) diagnosticados con EC, CU y controles (CTL). Nuestros resultados mostraron diferencias significativas entre la abundancia relativa de las phyla Proteobactería y Firmicutes entre individuos con EII y CTL, sin embargo no observamos diferencias significativas entre la microbiota de individuos con CU y EC. Por otro lado, a diferencia de los estudios realizados con muestras de heces, donde los individuos con EII fueron clasificados en grupos únicos y definidos (EC, CU o CTL), en nuestro estudio los individuos con EII se clasificaron en 5 grupos distintos según su composición microbiana. Los grupo denominados EII-1, EII-3, EII-2 y EII-5 albergaron únicamente individuos con EC y CU, presentando un enriquecimiento de las phyla Bacteroidetes (34.5%), Proteobacteria (75.4%), y de las Unidades Filogenéticas Operacionales (OPUs) afiliadas a las bacterias Ruminococcus gnavus (9.75%); Cupriavidus necator/Ralstonia pickettii (6.60%); Brevundimonas diminuta/Brevundimonas vancanneytii (5.87%) y Klebsiella oxytoca (32.16%). El grupo EII-4 contuvo individuos con EII y CTL mostrando un enriquecimiento del phylum Firmicutes (59.85%) y OPUs afiliados a Faecalibacterium prausnitzii (14.67%), (bacteria características de individuos sanos). Sumado a los anterior aquellos individuos pertenecientes a los grupos EII-3, EII-2 y EII-5 presentaron abundancias que abarcaron entre el 12.74 al 55.60% en OPUs afiliados a bacterias anaeróbicas facultativas y abundancias del 4.25% al 9.68% en OPUs afiliados a bacterias aeróbias estrictas. Por el contrario, los grupos EII-4 y EII-1 abarcaron abundancias del 41.21% al 45.3% en OPUs afiliados a bacterias anaerobias obligadas y abundancias cercanas al 1.5% en OPUs afiliados a bacterias aerobias estrictas. Además, los análisis de correlación mostraron asociaciones negativas entre los OPUs anaerobios facultativos o aerobios, (indicadores de individuos con EII pertenecientes a los grupos EII-1, EII-2, EII-3, EII-5) con aquellos OPUs anaerobios (indicadoras de EII-4). Este tipo de correlación da cuenta de relaciones de competencia (exclusión) entre estas bacterias, dadas posiblemente por las condiciones ambientales del intestino, es decir un incremento en los niveles de oxígeno durante el proceso de inflamación. Estos resultados concuerdan con lo sugerido en la “hipótesis del oxígeno”, donde se plantea que en condiciones de inflamación crónica las paredes intestinales de individuos con EII conducen a una mayor liberación de hemoglobina (que lleva oxígeno), y especies reactivas de oxígeno a la luz del intestinal. Sumado a lo anterior, los colonocitos bajo señales pro-inflamatorias realizarían un cambio en su metabolismo hacia una glicólisis anaeróbica, la cual no consume oxígeno permitiendo que este difunda hacia el epitelio intestinal conduciendo así un ambiente favorable para bacterias anaerobias facultativas y aerobias. En este contexto, uno de los componentes de la respuesta inmune innata que parece controlar la población que conforma la microbiota intestinal son los péptidos antimicrobianos (PAMs). Entre los PAMs estudiados en el epitelio colónico se encuentran las Catelicidina (CAMP) y β-defensinas (hBD), los cuales poseen actividad antimicrobiana sobre grupos bacterianos específicos. Modelos murinos que sobreexpresan PAMs muestran una disbiosis con respecto a sus pares silvestres, dando cuenta de la importancia de los PAMs como reguladores de la composición microbiana intestinal. Adicionalmente, investigaciones recientes han demostrado que pacientes con EII poseen una expresión alterada de PAMs con respecto a individuos CTL. En esta línea de pensamiento, esta tesis propuso como hipótesis “El aumento de la población de Proteobacteria observado en la mucosa intestinal en pacientes con EC con respecto a pacientes CU, se asocia con la disminución en la expresión de péptidos antimicrobianos CAMP y hBD 2-4”. Sin embargo, debido al bajo número de muestras que permitieran obtener un RNA íntegro y de calidad para analizar los niveles de expresión de los PAMs CAMP y hBD-2, no fue posible demostrar que nuestros resultados fueron significativos en la correlación con respecto a los phylum bacterianos. En esta condición esta hipótesis no puede ser aceptada ni rechazada. / The highest concentration and diversity of microorganisms belonging to the human microbiota reside in the intestine, establishing a commensal or mutualistic relationship with the host. This relationship can be modified when the microbial structure and composition is altered (dysbiosis). Dysbiosis may be associated to changes in diet, use of antibiotics and to a number of diseases, including inflammatory bowel diseases (IBD) such as Ulcerative Colitis (UC) and Crohn's Disease (CD). Although, due to the easiness to collect them, most of the studies on intestinal microbiota are carried out analyzing stool samples, the adherent microbiota of the colon is representative of the microbial community which co-evolves with the host, interacting directly with the immune system, during the course of the disease. Considering the above, the aim of this thesis was to characterize the adherent microbiota of individuals suffering IBD by means of massive sequencing analysis. Samples (biopsies) were obtained from Chilean and Spanish individuals (n = 66) diagnosed with CD, UC, and control (CTL). Our results showed significant differences between the relative abundance of phyla Proteobacteria and Firmicutes among individuals with IBD and CTL but no differences were observed when comparing the microbiota of individuals with UC and CD. Unlike the studies based on stool samples, in which individuals with IBD are classified as unique and defined groups (CD, CU or CTL) in our study individuals with IBD were classified into five different groups according to their microbial composition. Groups IBD-1, IBD-3, IBD-2 and IBD-5 contained only individuals with CD and UC, presenting an enrichment of phyla Bacteroidetes (34.5%) and Proteobacteria (75.4%) and Operational Phylogenetic Units (OPUs) affiliated with bacteria Ruminococcus gnavus (9.75%) ;Cupriavidus necator / Ralstonia pickettii (6.60%); Brevundimonas diminuta / B revundimonas vancanneytii (5.87%) and Klebsiella oxytoca (32.16%). Group IBD-4 contained individuals with IBD and CTL showing an enrichment of phylum Firmicutes (59.85%) and OPUs affiliated with Faecalibacterium prausnitzii (14.67%), (bacterium characteristic of healthy individuals). In addition to the above, individuals belonging to groups IBD-3, IBD-2 and IBD-5 showed abundances between 12.74 to 55.60% of OPUs affiliated to anaerobic or facultative bacteria, and abundances of 4.25% to 9.68% of OPUs affiliated to obligate aerobes. On the contrary, groups IBD-4 and IBD-1 showed abundances of 41.21% to 45.3% of OPUs affiliated with obligated anaerobic bacteria and abundances close to 1.5% of OPUs affiliated to obligated aerobic bacteria. In addition, correlation analyzes showed negative associations between facultative anaerobic and aerobic OPUs (indicators of individuals with IBD belonging to groups IBD-1, IBD-2, IBD-3, IBD-5) with those obligated anaerobic OPUs (indicators of IBD-4). This kind of correlation exemplifies competition relationships (exclusion) between these bacteria, possibly due to the environmental conditions of the intestine, i.e. an increase in oxygen levels during the process of inflammation. These results are consistent with the "oxygen hypothesis" which proposes that in/under conditions of chronic inflammation, causing the release of oxygen carrying hemoglobin in the intestinal mucosa and reactive oxygen species in the intestinal lumen. In addition, colonocytes under pro-inflammatory signals shift their metabolism towards an oxygen consuming anaerobic glycolysis, increasing epithelial oxygenation which leads to a favorable environment for facultative and aerobic bacteria. One of the components of the innate immune response that seems to control the microbial population are the antimicrobial peptides (AMPs). Among the AMPs studied in the colonic epithelium, Cathelicidin (CAMP) and β-defensins (hBD), which have antimicrobial activity on specific bacterial groups, can be mentioned. Murine models overexpressing AMPs showed a dysbiosis when compared to their wild type mates, revealing the importance of AMPs as regulators of the intestinal microbial composition. Additionally, recent research showed that patients with IBD have an altered expression of AMPs when compared to CTL individuals. In this context, this thesis proposed the following hypothesis: "The increase in the population of Proteobacteria observed in the intestinal mucosa in patients with CD when compared to patients with UC is associated with the decrease in the expression of antimicrobial peptides CAMP and hBD 2-4". However, due to the low number of samples that allowed to obtain a high-quality RNA to analyze the levels of expression of the CAMP and hBD-2 MAPs, it was not possible to demonstrate that our results were significant in the correlation of MAPs with bacterial phyla. In this condition this hypothesis cannot be accepted or rejected. / Fundación Maria Ghilardi, beca para estudios de postgrado durante el año 2013, Comisión Nacional de Ciencia y Tecnología (CONICYT-21140975), beca para estudios de Doctorado (años 2014-2017) y FONDECYT 1161161. / 15 de julio 2019

Evalúa la expresión transcripcional de citoquinas moduladoras de la respuesta inmune innata y adaptativa en células mononucleares humanas (PBMC) tratadas con fucoidan del alga parda Lessonia trabeculata. El fucoidan de Lessonia trabeculata fue proporcionado por la empresa PSW S.A y caracterizado fitoquímicamente por el Laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad Nacional Agraria La Molina. Las PBMC se trataron con diferentes concentraciones de fucoidan de Lessonia trabeculata (FLt, 80.84% pureza) y como controles se emplearon fucoidan de Fucus vesiculosus (FFv, 95% pureza) y lipopolisacárido de E. coli. La citotoxicidad se evaluó mediante el ensayo de reducción metabólica del bromuro de 3-(4,5-dimetiltiazol-2-ilo)-2,5-difeniltetrazol (MTT). Para evaluar la expresión transcripcional de las citoquinas de la inmunidad innata: IL-8, IL-12 (p35 y p40) y TGF-􀈕 y las citoquinas de inmunidad adaptativa; IL-2 e IL-10 se empleó la reacción en cadena de la polimerasa convencional (PCR convencional). El tratamiento de cultivos de PBMC a las concentraciones de 10 y 100 μg/ml de FLt y FFv no ocasionó efecto citotóxico; por el contrario, FLt a 100 μg/ml incrementó significativamente el porcentaje de viabilidad celular respecto al control sin fucoidan (p<0.05). Respecto a la expresión transcripcional, el tratamiento con FLt a 10 y 100 μg/ml incrementó el ARNm IL-10 (p<0.0001) y ARNm IL-12p40 (p<0.05) respectivamente en relación al control sin fucoidan. Se concluye que el fucoidan de L. trabeculata a 10 y 100 μg/ml modula la expresión transcripcional de IL-12 de inmunidad innata e IL-10 de inmunidad adaptativa. / Universidad Nacional Mayor de San Marcos (Lima). Vicerrectorado de Investigación y Posgrado / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Con la finalidad de esclarecer cual es la fuente de carbono con la que se produce mayor cantidad de RL, en esta investigación se compara la producción de RL por P. aeruginosa 6K11 en cinéticas de crecimiento manteniendo parámetros constantes usando 5 fuentes de carbono: glucosa (G) al 3%, 4% y 5%; glicerol (Y) al 3%, 4% y 5%; aceite de maíz (M) al 6%, 7% y 8%, aceite de pescado (P) al 2%, 3% y 4% y aceite de soya quemado (Q) al 4%, 5% y 6%. Para las cinéticas se usa el medio mineral base Sigmund y Wagner modificado a pH 6.8 y la incubación es a 35°C con 140 rpm de agitación por 250 horas. Los resultados confirman que existe una diferencia significativa (p<0.05) entre las producciones de RL al usar diversas fuentes de carbono. De igual manera se encuentra diferencia entre las diversas concentraciones de la misma fuente de carbono. El orden según producción de RL es: M7% > M8% > M6% > Y4% > Y5% > Q5% > Q6% > Q4% > Y3% > G4% > P2% > P3% > G5% > P4% > G3%. Así mismo se encuentra que el aceite de maíz al 7% es la fuente de carbono que genera la mayor producción de RL equivalente a 17.49 gRL/L. / Perú. Ministerio de la Producción. Programa Nacional de Innovación para la Competitividad y Productividad (Innóvate Perú). Fondo para la Innovación, la Ciencia y la Tecnología (FINCyT) / Tesis

Few genomic and metagenomic studies have focused on freshwater systems in the last years. Most of the studies carried out on these particular environments so far rely on microscopy, physiology, phenotypic observations, individual genes and 16S rRNA sequencing. Here, we shed light on microbial communities from oligotrophic and mesotrophic freshwater systems using high-throughput deep sequencing metagenomics and genome-resolved metagenomics. We have focused on the study of ubiquitous and cosmopolitan microbial groups from two temperate Spanish reservoirs (Tous, Amadorio). Among these, we studied freshwater picocyanobacteria from Synechococcus and Cyanobium genera, which so far have not been well characterized at the genomic level, compared to the marine representatives. In particular, we were able to isolate two of the most abundant picocyanobacteria from Tous reservoir, which were previously studied via metagenomics. These picocyanobacteria are not only abundant in this reservoir but are widely distributed in different freshwater and brackish systems. In this work we also shed light on some of the first freshwater representatives of the phylum Verrucomicrobia, that are ecologically uncharacterized in freshwater systems about which relatively little is known. We discovered a wide range of metabolisms in these microbes, ranging from nitrogen fixation and photoheterotrophy via rhodopsin pumps to important contributions in the degradation of recalcitrant matter and polysaccharides. We also include the first metagenomic study of the microbial communities under the ice waters of the largest (by volume) ultraoligotrophic lake in the world, Lake Baikal. This study has provided a first glimpse and a particular microbial composition on the sub-ice, having found an unusual fraction of Verrucomicrobia and new microbial lineages from many typical freshwater phyla, including the first freshwater representative of the groups I/II of SAR11 lineage and novel genomes of Proteobacteria, Thaumarchaeaota, Gemmatimonadetes, Cyanobacteria, Planctomycetes, Bacteroidetes, Acidobacteria, Nitrospirae, Verrucomicrobia or Actinobacteria.

Realiza el inventario etnobotánico de la flora silvestre, evalúa si la popularidad, la versatilidad y la riqueza de especies son factores determinantes de la importancia cultural de una especie, así como constatar si hay similitud entre las plantas medicinales silvestres que se comercializan entre mercados andinos del Perú. La metodología se basó en la recolección intensiva de la flora útil a través de visitas guiadas; asimismo, la toma de datos etnobotánicos se realizó mediante listas libres, entrevistas semiestructuradas y entrevistas de mercado a colaboradores locales que tenían un sólido conocimiento tradicional sobre las plantas silvestres útiles. Además, se utilizó el índice de Importancia Cultural con el fin de estimar la significancia cultural de las especies, familias, categorías de uso y partes usadas de las plantas silvestres. Para comparar la riqueza de especies comercializadas en zonas andinas del Perú se utilizó el índice de similitud de Jaccard. Se registró un total de 208 especies silvestres útiles con 255 nombres comunes, agrupadas en 148 géneros y 57 familias, siendo las familias con mayor riqueza de especies Asteraceae (42 spp.), Poaceae (25 spp.) y Fabaceae (23 spp.). Se documentó que 90 plantas silvestres son comercializadas en las ferias y mercados del distrito. Asimismo, las especies fueron agrupadas en nueve categorías de uso, reportándose el mayor número especies en las categorías medicinal (140 spp.), alimento para animales (79 spp.) y materiales (60 spp.). En cuanto a la importancia cultural, se determinó que las especies más resaltantes son Minthostachys andina “muña” y Ambrosia arborescens “marku”. De igual manera, las familias más relevantes son Asteraceae y Fabaceae; la categoría medicinal reporta la mayor importancia cultural; y las partes aéreas y las hojas son los órganos vegetales más utilizados. El promedio de similitud entre mercados de regiones andinas es de 0.16, lo que significa que hay un alto recambio en las especies comercializadas. Se concluye que las especies vegetales más populares son las de mayor importancia cultural, también que la similitud de las plantas medicinales silvestres entre los mercados andinos es baja / Tesis

[ES] Antecedentes: La leche humana es el alimento natural ideal para el desarrollo y la protección del recién nacido y el niño en crecimiento. Estudios recientes han demostrado la presencia de bacterias en la leche humana en condiciones de salud, y se cree que podrían conferir propiedades beneficiosas para el bebé. Sin embargo, poco se sabe sobre la relación entre las bacterias y los macronutrientes de la leche y las células humanas, y no existe un protocolo óptimo para estimar el número de bacterias en las muestras. Además, hasta la fecha no se ha explorado la posible presencia de hongos en la leche humana, a pesar de que previamente éstos se han encontrado en la leche de otros animales y en el intestino neonatal. Por otro lado, la etiología de la mastitis sub-aguda no está bien descrita, y esfuerzos para describir la composición de la microbiota de la leche durante este proceso por medio de tecnologías de secuenciación próxima, y su potencial implicación en la enfermedad son escasos. Esta tesis está dirigida a mejorar nuestra comprensión de la microbiota de la leche humana, su composición y diversidad, e interacciones con otros componentes de la leche en condiciones de salud y durante la mastitis sub-aguda. También exploramos el efecto potencial de factores ambientales, como el tipo de parto y el origen geográfico, y el periodo de la lactancia en la composición de la microbiota de la leche. Métodos: Se utilizaron tecnologías de secuenciación de próxima generación dirigidas al gen bacteriano 16S rRNA y a los genes fúngicos 28S rRNA y la región ITS1, en combinación con análisis microbiológicos clásicos, para evaluar la composición bacteriana y fúngica en la leche de madres sanas, y de madres con mastitis sub-aguda. Las cargas bacterianas y fúngicas en la leche humana se obtuvieron mediante la metodología qPCR calibrada con citometría de flujo. Resultados: La composición bacteriana en la leche humana tiene una alta variabilidad interindividual, y también a lo largo del tiempo, y está compuesta predominantemente por bacterias de la familia Staphylococacceae. Se encontró un "núcleo" de bacterias y hongos en la leche humana de donantes españolas. Se observaron algunas correlaciones entre bacterias con los macronutrientes de la leche y células somáticas humanas, lo que indica una relación activa entre microbiota y ambiente. La carga bacteriana resultó ser más alta que lo estimado previamente, a una media de 106 células/ml, presentes en estado libre y asociadas a células humanas. No se observaron correlaciones entre carga bacteriana, número de células somáticas, y la riqueza y diversidad bacteriana, lo que podría indicar que un aumento en la densidad bacteriana en condiciones de salud no activa una respuesta inmune en la glándula mamaria, ni altera la comunidad microbiana. Además, nuestros resultados revelaron la existencia de hongos en la leche humana que se confirmó mediante métodos de cultivo y microscopía. El 89% de las muestras españolas analizadas tenían niveles detectables de ADN fúngico, con una carga aproximada de 105 células/ml. Malassezia, Candida y Saccharomyces eran prevalentes en las muestras, y se observaron diferentes interacciones fúngicas con los componentes de la leche. La presencia de hongos en la leche se confirmó posteriormente en muestras de orígenes geográficos distantes, y se observó que factores maternos y tipo de parto pueden afectar a las comunidades microbianas de la leche. Tras describir la microbiota de la leche en condiciones de salud, realizamos un estudio observacional prospectivo de casos/controles, donde se estudió el ADN y el ARN de la microbiota de la leche de madres sanas y madres con mastitis sub-aguda, antes y después del tratamiento. La carga bacteriana aumentó durante la enfermedad, la diversidad disminuyó y las alteraciones en la composición bacteriana probablemente reflejen un proceso disbiótico en la glándula mamari / [CAT] Antecedents: La llet humana és l'aliment natural ideal per al desenvolupament i la protecció del nadó i el nen en creixement. Estudis recents han demostrat la presència de bacteris a la llet humana en condicions normals de salut, i es creu que podrien conferir propietats beneficioses per al nadó. No obstant això, poc se sap sobre la relació entre els bacteris i els macronutrients de la llet i les cèl·lules humanes, i no hi ha un protocol òptim per estimar el nombre de bacteris en les aquestes mostres. A més, fins a la data no s'ha explorat la possible presència de fongs en la llet humana, tot i que prèviament s'havien trobat en la llet d'animals i en l'intestí neonatal. D'altra banda, l'etiologia de la mastitis sub-aguda no està ben descrita, i esforços per descriure la composició de la microbiota de la llet durant aquest procés per mitjà de tecnologies de seqüenciació propera, i la seua potencial implicació en la malaltia són escassos. Aquesta tesi està dirigida a millorar la nostra comprensió de la microbiota de la llet humana, la seva composició i diversitat, i les interaccions amb altres components de la llet, en condicions de salut i durant la mastitis sub-aguda. També explorem l'efecte potencial de factors ambientals, com el tipus de part i l'origen geogràfic, i el període de la lactància en la composició de la microbiota de la llet humana. Mètodes: Es van utilitzar tecnologies de seqüenciació de pròxima generació dirigides al gen bacterià 16S rRNA i als gens fúngics 28S rRNA i la regió ITS1, en combinació amb anàlisis microbiològiques clàssics, per avaluar la composició bacteriana i fúngica en la llet de mares sanes i de mares amb mastitis sub-aguda. Les quantitats bacterianes i fúngiques en la llet humana es van obtenir mitjançant la metodologia qPCR calibrada amb citometria de flux. Resultats: La composició bacteriana en la llet humana té una alta variabilitat interindividual, i també al llarg del temps, i està composta predominantment per bacteris de la família Staphylococacceae. Es va trobar un "nucli" de bacteris i fongs a la llet humana de donants espanyoles. Es van observar algunes correlacions entre bacteris amb els macronutrients de la llet i cèl·lules somàtiques humanes, el que indica una relació activa entre la microbiota de la llet i el medi. La densitat bacteriana va resultar ser més alta que l'estimat prèviament, a una mitjana de 106 cèl·lules/ml, presents en estat lliure i associades a cèl·lules humanes. No es van observar correlacions entre càrrega bacteriana, el nombre de cèl·lules somàtiques, i la riquesa i diversitat bacteriana, la qual cosa podria indicar que un augment en la densitat bacteriana en condicions de salut no activa una resposta immune en la glàndula mamària, ni alteren la comunitat microbiana. A més, els nostres resultats de seqüenciació van revelar l'existència de certa diversitat de fongs a la llet humana que es va confirmar mitjançant mètodes de cultiu i microscòpia. El 89% de les mostres espanyoles analitzades tenien nivells detectables d'ADN fúngic, amb una càrrega mitjana de 105 cèl·lules/ml. Malassezia, Candida i Saccharomyces eren prevalents en les mostres, i es van observar interaccions fúngiques amb els components de la llet de diferents maneres. La presència de fongs a la llet es va confirmar posteriorment en mostres d'orígens geogràfics distants, i es va observar que els factors materns i de part poden afectar les comunitats microbianes de la llet. Després de descriure la microbiota de la llet en condicions de salut, vam realitzar un estudi observacional prospectiu de casos/controls, on es va estudiar l'ADN i l'ARN de la microbiota de la llet humana de mares sanes i mares amb mastitis sub-aguda, abans i després del tractament. La càrrega bacteriana va augmentar durant la malaltia, la diversitat va disminuir i les alteracions en la composició bacteriana probablement reflecteixin un procés d / [EN] Background: Human milk is nature's ideal food for the nurture and protection of the new-born and growing infant. Recent evidence reported the presence of bacteria in human milk under normal, healthy conditions, which are thought to confer beneficial properties to the infant. However, little is known about the relationship between bacteria and milk macronutrients and human cells, and there is no optimal protocol to estimate bacterial numbers in the samples. Also, the potential presence of fungi in human milk has not been explored to date, despite the fact that fungi has been previously detected in dairy animal's milk and in the neonatal gut. In addition, the aetiology of sub-acute mastitis is not well understood, and information about the composition of the milk microbiota during this process by means of next-generation sequencing and its potential implications in the disease is scarce. This thesis is aimed to improve our understanding of human milk microbiota, its composition and diversity as well as the interactions with other milk components, in health and during sub-acute mastitis. We also explore the potential effect of environmental factors, such as mode of delivery and geographic location, and the lactation stage on milk's microbiota composition. Methods: Next-generation sequencing technologies targeting the bacterial 16S rRNA gene, and the fungal 28S rRNA gene and ITS1 genetic region, in combination with classic microbiological analyses, were used in order to assess the bacterial and fungal composition in milk of healthy mothers, and in mothers suffering sub-acute mastitis. Bacterial and fungal loads in human milk were obtained by qPCR methodology calibrated with flow cytometry. Results: Bacterial composition in human milk has a high inter-individual variability, and also over time, and is predominantly comprised of bacteria from the Staphylococacceae family. A bacterial and fungal "core" were found in the human milk of Spanish donors. Some correlations were observed between bacteria with milk macronutrients and somatic cells, indicating an active relationship between milk microbiota and the environment. Bacterial density appeared to be higher than previously estimated, at a mean of 106 cells/ml, and bacteria were found both in a free-living state and associated to human cells. No correlations were observed between bacterial load with number of somatic cells nor bacterial richness and diversity, indicating that higher bacterial densities under healthy conditions do not trigger an immune response in the mammary gland, nor alter the microbial community. In addition, our results revealed the existence of certain diversity of fungi in human milk that was further confirmed by culture-dependent methods and microscopy. 89% of the Spanish samples analysed had detectable levels of fungal DNA, at a median load of approximately 105 cells/ml. Malassezia, Candida and Saccharomyces prevailed in the samples, and fungi interacted with milk components in different ways. The presence of fungi in milk was further confirmed in samples from distant geographic origins, and it was observed that maternal and delivery factors can impact milk microbial communities. After describing milk microbiota in healthy conditions, we performed an observational, prospective case-control study, where DNA and RNA from human milk microbiota from healthy and sub-acute mastitis-suffering mothers were studied before and after the treatment. Bacterial loads increased during the disease, diversity decreased and alterations in bacterial composition likely reflected a dysbiotic process in the mammary gland. This supports that sub-acute mastitis is a microbial-driven disease. / Boix Amorós, A. (2019). Human milk microbiota and its relationship with milk components in health and during lactational mastitis [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/129870 / TESIS

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Identifica los taxones de helmintos, adultos y larvarios, parásitos en Hoplerythrinus unitaeniatus “Shuyo” (Erythrinidae) y Pterodoras granulosus “Cahuara” (Doradidae) del distrito de Yurimaguas, Alto Amazonas, Región Loreto. Se realizó la colecta de los parásitos en el mes febrero de 2014 en el Terminal portuario de Yurimaguas (5° 54′ 0″ S, 76° 5′ 0″ W). Los peces provenientes de la pesca artesanal se transportaron al laboratorio de Parasitología en Fauna Silvestre y Zoonosis, UNMSM. Los trematodos colectados fueron prensados previamente y conservados en alcohol al 70%. Los nematodos se fijaron en alcohol al 70% caliente. En el laboratorio, los trematodos fueron coloreados con Carmín acético de Semichon y los nematodos se clarificaron usando aclarante (alcohol-fenol). Se analizaron cinco especímenes de H. unitaeniatus y uno de P. granulosus. Se identificaron los trematodos larvarios Ithyoclinostomum dimorphum, Sphincterodiplostomum musculosum y el nematodo Contracaecum sp. localizados en la superficie visceral de H. unitaeniatus; también se identificaron Dadaytrema oxycephala colectado del intestino delgado y Rondonia rondoni del intestino grueso de P. granulosus. Se registran, por primera vez para el Perú a las metacercarias de los trematodos Ithyoclinostomum dimorphum y Sphincterodiplostomum musculosum. H. unitaeniatus es un nuevo hospedero para el trematodo S. musculosum. Se da a conocer a Dadaytrema oxycephala y Rondonia rondoni en P. granulosus, nuevo hospedero en el Perú. La larva L3 de Contracaecum sp. es considerada como potencialmente zoonótica. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Presenta a los bacteriófagos que son biocontroladores naturales de las bacterias como una alternativa para el control de las poblaciones de Vibrio cholerae, causantes de la enfermedad de transmisión alimentaria (ETA). El objetivo de este trabajo es aislar y caracterizar bacteriófagos capaces de infectar a Vibrio cholerae. Se toman muestras de aguas residuales de Lima - Perú. Los métodos empleados son para el aislamiento de Vibrio cholerae enriqueciendo, aislando en medio TCBS y bioquímica. Para el aislamiento y purificación del bacteriófago Φ K14 se realiza las pruebas de enfrentamiento en caldo, goteo, propagación y titulación. Para la caracterización microbiológica del bacteriófago Φ K14 se realiza las pruebas de rango de hospedero, multiplicidad de infección y curva de un paso. Para la caracterización fisicoquímica son las pruebas de estabilidad a diferentes condiciones ambientales (temperatura, pH y sensibilidad al cloroformo) y se realiza la microscopía electrónica. El bacteriófago K14 de Vibrio cholerae es caracterizado microbiológica y fisicoquímicamente de un total de 3 bacteriófagos aislados de aguas residuales es caracterizado microbiológica y fisicoquímicamente. Presenta una multiplicidad de infección (MOI) óptima de 0.001. El periodo latente del fago K14 es de 10 a 15 minutos y el tamaño de explosión de 25 UFP por célula infectada. Es estable a temperaturas de 40 oC, 50 oC y 60 oC e inestable a los 70 oC y 80 oC. El bacteriófago K14 no es sensible al cloroformo. Es inestable a pH 3 y estable del pH 7 a pH 9 pero tiene mayor estabilidad a pH 8. Según la micrografía electrónica el bacteriófago Φ K14 pertenece según sus estructuras a la familia Myoviridae. / Tesis

Detecta fenotípicamente enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido (BLEE) aisladas en urocultivos de gestantes. Es un estudio de tipo descriptivo, observacional y prospectivo. Participan gestantes que acudieron a realizarse urocultivo en el periodo de marzo a octubre del 2012 en el Hospital Nacional Guillermo Almenara Irigoyen. Identifica las cepas productoras y no productoras de BLEE con los sistemas de identificación rutinarios del hospital, se recolectaron los aislados bacterianos con sus reportes de antibiogramas. Realiza confirmatorio de fenotipo BLEE por el método de Jarlier a todos los aislados, y aplica antibiograma por método de Kirby Bauer para fosfomicina y nitrofurantoina, se almacena a -20ºC en glicerol al 20%, dos meses después realiza PCR convencional para tipificar molecularmente los aislados. Encuentra que de 265 muestras de orina de gestantes que se recolectaron, 25.2% (67) presentan crecimiento en el cultivo. Halla 73.2% (49) enterobacterias, en las cuales la Escherichia coli ocupó el primer lugar con 65.8% (44), seguida por Klebsiella pneumoniae 5.9% (4) y Morganella morgani 1.5% (1). Detecta mediante el sistema Vitek 2 compact 19 aislados productoras de BLEE, lo cual se traduce en una prevalencia del 38.8%. Recupera 10 aislados BLEE después del almacenamiento, los genes CTX-M1 Y CTX-M2 se encuentran en 70% y 10% respectivamente. Concluye que existe alta prevalencia de BLEE en enterobacterias de gestantes y alta frecuencia de genes CTX-M1. / Tesis