Determina el porcentaje de Lutzomyias naturalmente infectadas con Bartonella bacilliformis usando la técnica de PCR en tiempo real. Esta prueba es desarrollada en un trabajo anterior para poder detectar cantidades tan pequeñas como 100fg de ADN de Bartonella en Lutzomyias. Se utiliza el protocolo anterior usando primers del gen del citrato sintetasa como blanco. En este estudio se estandariza la prueba en un equipo de tiempo real diferente y se refina el protocolo para obtener mejores resultados. Se procesan muestras de la zona epidémica de Cusco, zona donde se encuentra distribuida la especie Lutzomyia peruensis. Se usa las Lutzomyia peruensis hembras sin alimentar en grupos de cinco (pool) para extraer el ADN. Los resultados obtenidos de las 627 muestras procesadas, 45 muestras son positivas que equivale a un rango de infección de 7.18%. La sensibilidad de la prueba es 100% y especificidad es de 95.50% basada en las pruebas usando muestras controles. / Tesis

Los pirógenos son sustancias bacterianas que pueden resistir los métodos convencionales de esterilización presentándose en grandes cantidades después de la muerte y lisis de celular, su administración en productos parenterales contaminados provoca fiebre al hombre y/o animales, siendo los más importantes las endotoxinas de las bacterias Gram negativas. La prueba LAL (Limulus amebocyte lysate) se emplea para cuantificar las endotoxinas mediante una reacción de coagulación y formación de un gel. Esta prueba debe ser validada en cada producto para demostrar la factibilidad de aplicarla con resultados confiables. En el presente trabajo se validó la Prueba de endotoxinas bacterianas por el método de Gel Clot en tres lotes del producto final Clindamicina 600mg / 4mL inyectable, para lo cual se trabajó con equipos calificados, reactivos vigentes y de potencia certificada, material apirógeno. Se encontró que en los tres lotes del producto no se presentaron interferencias (magnificación ni inhibición) lo cual demostró la aplicabilidad del método a esta formulación. El desarrollo del presente trabajo permitió demostrar que es válido el uso de este método para determinar el cumplimiento del límite de las endotoxinas bacterianas y liberar nuestro producto cumpliendo los requerimientos reglamentarios. / Pyrogens are bacterial substances which can resist the conventional sterilization methods and are found in great quantities after death and cellular lysis. They induce fever when administered to humans and animals in contaminated parenteral articles. The most important pyrogen is the endotoxin of the Gram negative bacteria. LAL test (Limulus amebocyte lysate) is used to quantify endotoxins based on a coagulation reaction with endotoxin giving a gel. LAL test must be validated to demonstrate the feasibility to apply this test with certain results. In this monograph I got the Validation of LAL Test by Gel Clot technique on three batches of Clindamycin 600mg / 4mL phosphate injection, for the development of this work, calificated equipment, reagents validated, apyrogen materials were used. There was found a good response of the test. In the three batches, I found that the product doesn’t interfere (neither magnify nor inhibit), so it was demonstrated that we can apply this test to this formulation. The development of this work demonstrated that this method can be used to ensure that the product meet the bacterial endotoxin limit. / Tesis

El cianuro es una sustancia química que se utiliza en el ámbito industrial y minero. No obstante, también es considerado un toxico potencialmente letal. El cianuro es potente inhibidor del metabolismo celular y uno de los gases que contamina el ambiente atmosférico. La mayoría de tratamientos fisicoquímicos empleados para mitigar los efluentes cianurados son caros y/o insuficientes, por esta razón la utilización de microorganismos capaces de biodegradar el cianuro es una buena alternativa por los bajos costos operativos y alta eficiencia que presenta. El objetivo de este trabajo fue evaluar la capacidad biodegradativa de cianuro por bacterias alcalófilas. Se recolectaron 7 muestras de relave procedentes de la Planta Concentradora Mesapata (Cátac – Ancash). Se lograron aislar 25 cepas de las cuales tres (P-CIAN 2, P-NUT 1 y P-KING 2), obtuvieron los mejores rendimientos en las pruebas de selección, tolerando concentraciones de hasta 100 mg/L de CN‾ a pH 11,0. Las cepas P-CIAN 2, P-NUT 1 y P-KING 2 obtuvieron velocidades de crecimiento de 0,063 h-1; 0,039 h-1 y 0,082 h-1; y tasas de biodegradación de 0,472 mg L-1 h-1, 0,688 mg L-1 h-1 y 0,875 mg L-1 h-1, respectivamente. P-CIAN 2, P-NUT 1 y P-KING 2 fueron capaces de biodegradar una concentración de 100 mg/L de CN‾ hasta en 77, 85 y 91%, respectivamente. Solo las cepas P-NUT 1 y P-KING 2 pudieron ser identificadas como Pseudomonas pseudoalcaligenes y Chromobacterium violaceum, respectivamente. / Tesis

La laguna costera del Mar Menor se sitúa en el sureste de España, concretamente en la región de Murcia. Se trata de una laguna somera, separada del Mar Mediterráneo por una estrecha franja de tierra denominada la Manga del Mar Menor. Debido a la singularidad del ecosistema y a los servicios ecosistémicos que genera, esta laguna se encuentra bajo diferentes figuras de protección medioambiental. Sin embargo, estas figuras no han impedido que la laguna se encuentre altamente afectada por presiones de origen antrópico como son los cambios hidrológicos, la eutrofización, la contaminación por residuos mineros así como por otro tipo de compuestos químicos. El Mar Menor y los efectos de estas presiones han sido estudiadas desde el punto de vista de las condiciones fisicoquímicas, la flora, la fauna o las redes tróficas. Sin embargo, solo existen dos trabajos sobre la microbiología del Mar Menor y la información que aportan es escasa y limitada a la columna de agua. No obstante, los sedimentos marinos presentan una elevada densidad microbiana así como una alta heterogeneidad metabólica por lo que tienen una gran influencia en los ciclos biogeoquímicos de estos ambientes. En la presente tesis se analizaron, por primera vez, las comunidades microbianas de los sedimentos del Mar Menor. En el Capítulo 1 se realizó una descripción de las comunidades microbianas de un total de 82 muestras de sedimentos, recogidas en dos puntos temporales, marzo y septiembre del año 2018, y por triplicado, de 14 estaciones de muestreo distribuidas por toda la laguna. Las comunidades microbianas se analizaron mediante la secuenciación de amplicones del gen del ARN ribosómico (ARNr) 16S y recuentos de DAPI en el contexto de varios factores y variables fisicoquímicas. Los resultados mostraron que existe una gran diversidad y heterogeneidad espacial. A nivel taxonómico, las clases principales fueron las Delta- y Gammaproteobacteria seguidos de Bacteroidia. Sin embargo, también se detectaron varios grupos taxonómicos poco conocidos hasta la fecha como son el filo Asgardarchaeota o las clases Woesearchaeia, WCHB1-81 o PAUC43f. Se identificaron a la textura (fango vs arena), la vegetación (Caulerpa vs Cymodocea), la profundidad (somera vs intermedia/profunda) y la zona (norte vs sur) como factores relevantes a la hora de estructurar las comunidades microbianas. Por otro lado, se observó que las estaciones de muestreo contaminadas con elementos potencialmente tóxicos o PTE (Pb, Zn, Cd y As) presentaban cambios temporales significativos mientras que las no contaminadas permanecían estables. Este comportamiento se investigó más en detalle y se concluyó que, probablemente, era debido a la presencia de una comunidad microbiana especializada para sobrevivir en ambientes con altas concentraciones de PTE pero con menor capacidad de adaptación antes cambios en otras variables ambientales en los sedimentos contaminados. Con respecto al Capítulo 2, con el objetivo de identificar las diferencias funcionales entre sedimentos colonizados por Caulerpa y Cymodocea, se realizó una comparación metagenómica y metatranscriptómica de estos sedimentos. Los resultados indicaron que los sedimentos colonizados por Caulerpa presentaban una comunidad microbiana más homogénea pero menos diversa funcionalmente que los sedimentos de Cymodocea. Además, las comunidades de los sedimentos de Caulerpa mostraron estar más especializadas en la degradación de materia orgánica con respecto a las de Cymodocea. El análisis de los genomas ensamblados a partir de los metagenomas (MAGs) reveló la presencia de microorganismos con una potencial capacidad pectinolítica. Finalmente, en este capítulo se identificó, gracias a los análisis metatranscriptómicos, una proteína que podría constituir una nueva CAZyme periplásmica no descrita hasta la fecha. En cuanto al Capítulo 3, se realizó un estudio ecológico, taxonómico y del potencial metabólico de PAUC43f, un grupo del filo Gemmatimonadota, detectado hasta el momento únicamente mediante secuencias del gen del ARNr 16S. PAUC43f se detectó en multitud de ecosistemas, principalmente en sedimentos marinos, esponjas y suelos salinos. Se identificaron 16 géneros dentro de este grupo, algunos de ellos claramente asociados a ambientes específicos. Además, se recuperaron los primeros 39 MAGs de PAUC43f que presentaron un potencial metabolismo quimioorganoheterótrofo y una respiración aerobia facultativa. Finalmente, se realizó una hibridación fluorescente in situ con sondas específicas para PAUC43f y se observó su morfología y estado metabólicamente activo en los sedimentos del Mar Menor. Esta tesis sirve como punto de partida para entender el papel de la microbiota de los sedimentos del Mar Menor en el funcionamiento del ecosistema. / Tesis financiada por el proyecto de la Comisión Europea METAFLUIDICS GA 685474 y las ayudas para contratos predoctorales y estancias en el extranjero ACIF/2018 y BEFPI/2021 de la Generalitat Valenciana.

Señala que la papa (Solanum tuberosum L.) es un cultivo agrícola muy utilizado a nivel mundial. En el Perú, la producción y consumo de este tubérculo es alto. Perú cuenta con más de 600 000 agricultores de 19 departamentos de este cultivo, donde la producción disminuye a causa de la toxicidad de los fertilizantes químicos, fitopatógenos, la erosión de los suelos y otros problemas en su cultivo. En la presente investigación, se determinó la actividad antagónica de actinomicetos rizosféricos de papa nativa en el distrito de Cabana, provincia de Lucanas – Región Ayacucho, frente al Oomiceto Phytophthora infestans, causante de la enfermedad más hostil de la papa, conocida como Tizón Tardío. Mediante cultivos convencionales en el laboratorio se lograron aislar 32 cepas de actinomicetos utilizando agar Avena, agar Almidón Caseína, agar Czapeck y agar Asparragina. Las pruebas se realizaron en agar Avena y agar Centeno, en las que el 71,9% de las cepas de actinomicetos mostraron antagonismo a Phytophthora infestans en agar Avena, mientras que solo el 31,3% de actinomicetos inhibieron en agar Centeno. Se realizaron pruebas de hidrólisis de almidón e hidrólisis de celulosa, siendo el 100% de actinomicetos con capacidad amilolítica y solo el 50% celulolítica. Además, se realizaron ruebas de caracterización fisiológica a través del crecimiento a diferentes rangos de pH y temperatura, las cuales demostraron que crecen mejor a pH básicos de 7,5- 8,5 y a temperaturas de 28°C - 30°C. Se concluye que los actinomicetos rizosféricos de papa nativa producen metabolitos que inhiben el crecimiento de Phytophthora infestans, por lo que son microorganismos con potencial para ser usados en el control de enfermedades en la papa. / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Caracteriza los genes asociados a la producción de ramnolípidos en 61 cepas bacterianas provenientes de la colección del Laboratorio de Microbiología y Biotecnología Microbiana de la Univerdiad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM). Estas cepas han sido aisladas de diferentes ambientes contaminados con crudo de petróleo y fueron clasificados como superproductores de ramnolípidos (n=21), productores de ramnolípidos (n=20) y no productoras de ramnolípidos (n=20). La identificación molecular de los microorganismos usando el gen 16s rRNA estuvo precedida por la identificación bioquímica de las 61 cepas seleccionadas utilizando el sistema API 20 NE. Los cebadores para la detección de los genes rhl fueron diseñados por el Laboratorio de Biología Molecular de la Universidad Autónoma de México (UNAM). Se utilizó PCR y el software FinchTV para el secuenciamiento de la región génica rhlABR y el programa MUSCLE para el análisis bioinformático. Cuatro especies fueron seleccionadas: P.aeruginosa T2K2, P. aeruginosa III T1P2, P. aeruginosa 6K-11, P. aeruginosa ATCC 9027; y fueron comparadas molecularmente con P. aeruginosa PAO1. Se encontró que el 71,4 % y el 90,0% de las cepas superproductoras de ramnolípidos y de las cepas productoras de ramnolípidos, fueron identificadas como Pseudomonas aeruginosa, especies como Burkholderia cepacia, Pseudomonas fluorescens, Aeromonas hydrophila y Chryseobacterium indologenes, fueron también identificadas. Del mismo modo, 55,0% de microorganismos no productores también fueron caracterizadas como P.aeruginosa. x Las regiones génicas rhlAB, rhlC y rhlR presentadas en las cepas superproductoras y productoras de ramnolípidos y las secuencias de todas las cepas mostraron el mismo patrón entre ellas y el estandar P. aeruginosa PAO1. Los resultados muestran que los genes estudiados en las cepas seleccionadas son sinónimos con sus homólogos en la cepa estándar P. aeruginosa PAO1, de modo que las diferencias genotípicas que expliquen la sobreproducción de ramnolípido deberan hallarse en otros marcadores moleculares no cubiertos en este estudio. / Tesis

La industria textil anualmente genera 280 000 toneladas de efluentes contaminados con colorantes azoico, que son tóxicos, cancerígenos y mutagénicos; por ende, requiere soluciones eficientes de descontaminación. Se diseña y caracteriza un consorcio microbiano con excelente capacidad de degradación de azul directo, que podría ser usado para la descontaminación de efluentes. Se colectaron en total 12 muestras: 6 de aguas residuales y 6 de fango acumulado en el punto de confluencia del efluente, ambas colectadas de una fábrica textil ubicada en la región de Lima. Se seleccionaron 2 cultivos debido a su mejor respuesta a la decoloración in vitro en medio Zhou y Zimmerman (ZZ). Se aislaron 5 cepas bacterianas, y con ello se construyeron 27 consorcios. Se seleccionó el consorcio CP23, pues resultó tener mejor rendimiento promedio. Se extrajo el DNA genómico de las 2 cepas bacterianas que conformaban el consorcio CP23, y se secuenciaron mediante tecnología de Illumina MiSeq®. Las cepas fueron identificadas como Enterococcus gallinarum PL23 y Stenotrophomonas maltophilia LS23. Se evaluaron las cinéticas de crecimiento de las cepas puras y cuando conformaban el consorcio CP23 en medio ZZ suplementado con 100 ppm de Azul Directo a través del recuento en cámara PetroffHausser. Se obtuvo una mayor velocidad de crecimiento (μ) de parte del consorcio, siendo esta de 2.6 +/- 0.05 x 10-2 min-1, y un menor tiempo de duplicación, el cual fue de 26.5 +/- 0.5 min. Se optimizaron los parámetros más importantes de biodegradación in vitro cuantificados mediante espectrofotometría UV-Vis, estos fueron 0,5% de glucosa, 1% de extracto de levadura, pH 8, 37ºC, 2 x 106 UFC x ml-1 de inóculo inicial y 100 ppm de colorante, obteniéndose un rendimiento promedio de 91.53% a las 6 horas. Además, se evaluaron cinéticas de decoloración del consorcio CP23 con otros colorantes azo: amarillo drimaren, rojo drimaren, azul marino remazol, azul remazol, amarillo oro remazol, azul turquesa remazol y rojo remazol, con rendimientos de más del 95% en su mayoría. Los resultados representan el primer estudio en el país sobre el diseño y caracterización de consorcios microbianos con capacidad de degradación de colorantes azo, aislados de efluentes textiles en Perú con potencial uso en biorremediación de aguas residuales. / Tesis

Para que los microorganismos probióticos ejerzan su efecto beneficioso sobre el huésped, han de encontrarse en proporciones elevadas en el producto y ser capaces de sobrevivir en suficiente cantidad al tránsito gastrointestinal. Se ha producido una cierta discrepancia entre diferentes líneas de investigación a la hora de afirmar los efectos beneficiosos del yogur tradicional. Algunas de ellas aseguran que sus bacterias no son capaces de sobrevivir al tracto gastrointestinal mientras que otras afirman lo contrario. En este trabajo se planteó desarrollar métodos rápidos alternativos a los tradicionales de cultivo para estudiar las propiedades probióticas de las bacterias contenidas en yogures naturales. Se procedió al aislamiento, identificación y caracterización molecular de las bacterias lácticas presentes en yogures naturales. Se realizó la puesta a punto de las técnicas de PCR y FISH para la detección de ambos microorganismos. Se desarrolló la técnica DVC-FISH para la detección de células viables de Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus y Streptococcus thermophilus que permitió determinar su resistencia in vitro a los jugos gastrointestinales. Finalmente, se hizo un estudio in vivo de la supervivencia al tracto gastrointestinal de estas cepas y se estudió la evolución de la microbiota intestinal a lo largo del ensayo. Este ensayo permitió demostrar la presencia de Streptococcus thermophilus viables en las heces humanas tras la ingesta de producto. La técnica DVC-FISH se mostró como el método más rápido y eficaz para la determinación de la viabilidad de LAB en matrices complejas. Se observó que el consumo de yogur durante un periodo determinado produce un aumento de la microbiota endógena de lactobacilos así como una disminución de la población de enterobacterias. / García Hernández, J. (2010). Técnicas moleculares aplicadas a la caracterización y estudio de la supervivencia de bacterias lácticas del yogur [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/14010 / Palancia

Se identificaron taxonómicamente los microorganismos aislados de la fermentación espontánea de ají charapita “Capsicum frutescens” mediante técnicas moleculares, fenotípicas y microbiológicas. Para ello, se realizó el seguimiento al proceso fermentativo mediante técnicas fisicoquímicas y microbiológicas tanto de bacterias ácido lácticas (BAL) y levaduras en medios MRS y YPD. En la identificación molecular de especies bacterianas se utilizaron los genes ribosómicos 16S amplificados y cortados con AluI, HaeIII y MseI; y para levaduras se amplificó la región 5.8S con los espaciadores intergénicos colindantes (ITS) y se cortaron con HinfI, CfoI y HaeIII. De igual forma, se realizó la genotipificación de cepas, bacterias y levaduras mediante la técnica REP - PCR usando el primer (GTG)5. Asimismo, se realizó la secuenciación parcial de los genes ribosómicos amplificados 16S y la región 5.8S - ITS para bacterias y levaduras respectivamente. Además, se analizó la microbiota del ají charapita sin fermentar. De este modo, se identificó a Lactobacillus plantarum, Leuconostoc pseudomesenteroides y Weissella confusa, la última especie se aisló solo en el ají charapita sin fermentar. Con respecto a las levaduras se identificaron a Kodamaea ohmeri, Hanseniaspora opuntiae, Debaryomyces nepalensis, Pichia kudriavzevii y Candida parapsilosis. En conclusión, mediante técnicas microbiológicas y moleculares, se identificaron a las BAL y levaduras, siendo Lactobacillus plantarum predominante en la fermentación espontánea del ají charapita. / Perú. Ministerio de la Producción. Programa Nacional de Innovación para la Competitividad y Productividad (Innóvate Perú). Fondo para la Innovación, la Ciencia y la Tecnología (FINCyT) / Tesis

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Analiza 35 muestras de productos cárnicos tales como: salchicha, jamonada y chorizo; y 35 muestras de queso fresco procedentes de diferentes mercados de Lima Norte con la finalidad de detectar Listeria monocytogenes en estos productos. El análisis microbiológico se llevó a cabo teniendo en cuenta la metodología recomendada por el Manual de Bacteriología Alimentaria utilizando el caldo ONE Broth-Listeria Base y el agar para Listeria OXFORD como medios selectivos. El control microbiológico permitió el aislamiento de esta bacteria en 9 muestras, siendo 3 en productos cárnicos y 6 en derivados lácteos, correspondientes al 8,6% y 17,1% respectivamente. Las colonias aisladas obtenidas por el método microbiológico fueron confirmadas por biología molecular utilizando la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) que se basa en un dúplex PCR para un fragmento específico para L. monocytogenes (gen plcA) y un fragmento común para toda la Listeria spp. (gen 16S ADNr). Con esta prueba, se confirmaron 2 muestras pertenecientes a productos cárnicos y 3 en quesos frescos. Con ello, la presencia de L. monocytogenes en productos cárnicos es 5,7% y en derivados lácteos es 8,6%. Estos resultados permiten confirmar al queso fresco y embutidos un riesgo potencial para la salud de aquellas personas que la consumen frecuentemente. / Tesis