Orientador: James Venturini / Resumo: Paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica causada por fungos do gênero Paracoccidioides; suas principais formas clinicas são aguda/subaguda, crônica (FC) e residual. A maioria dos pacientes com a FC da doença, mesmo após tratamento eficaz, apresenta sequelas, principalmente fibrose pulmonar (FP) e enfisema. Os problemas sociais, econômicos e psicológicos desencadeados pela FP são subestimados. Apesar da fibrogênese na PCM ser reconhecida como um processo precoce, seus mecanismos não são totalmente conhecidos. No presente estudo, determinamos o perfil proteômico sérico de pacientes com PCM-FC com diferentes desfechos de FP. Vinte e nove pacientes com PCM pulmonar foram acompanhados periodicamente e as amostras de soro sanguíneo foram coletadas em quatro momentos: antes do tratamento (M0), cura clínica (M1), cura sorológica (M2) e cura aparente (M3). O grupo controle foi constituído por amostras de quinze indivíduos fumantes, pareados com idade e sexo dos pacientes avaliados. Ao final do tratamento (M3), os pacientes foram submetidos à avaliação de tomografia computadorizada e dois grupos de pacientes foram formados com base nos resultados de PF: PF menor (n = 17) e PF maior (n = 12). As proteínas de elevada abundância no soro foram removidas e, em seguida, submetidas à análise proteômica shotgun através do sistema nanoACQUITY UPLC-Xevo QTof MS. A identificação e quantificação das proteínas foram realizadas usando o software PLGS Expression E. Análise de enriquecimento... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Paracoccidioidomycosis (PCM) is systemic mycosis caused by fungi of the genus Paracoccidioides; its main clinical forms are acute / subacute, chronic (CF) and residual. Most FC-PCM patients, even after effective treatment, present sequelae, mainly pulmonary fibrosis (PF) and emphysema. The social, economic and psychological problems triggered by PF are underestimated. Although fibrogenesis in PCM is recognized as an early process, its mechanisms are not fully known. In the present study, we aimed to determine the serum proteomic profile of patients with FC-PCM with different (PF) outcomes. Twenty-nine patients with pulmonary PCM patients were followed up periodically, and blood serum samples were collected in four moments: before treatment (M0), clinical cure (M1), serological cure (M2), and apparent cure (M3). For control group (n=15), serum samples of sex and age-matched smokers were also collected. At the end of treatment (M3), the patients were submitted to CT Scan evaluation and two groups of patients were formed based on PF outcomes: minor PF (n=17) and major PF (n=12). High-abundance proteins were removed from serum and submitted to shotgun proteomic assay using a nanoACQUITY UPLC-Xevo QTof MS system. The identification and quantification of proteins were performed using PLGS Expression E software. Enrichment analysis and protein-protein interaction (PPI) network analysis were performed using String software. Before treatment, patients with minor PF, in comparison to c... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Visando avaliar a extensão da diversidade genética do povo gaúcho, e com isso resgatar parte de sua história, foi realizado um estudo envolvendo 547 indivíduos, sendo 278 Nativos Americanos (Guarani e Kaingang) e 269 provenientes de populações miscigenadas do Rio Grande do Sul (RS). Foram estudados marcadores uniparentais de herança materna e paterna utilizando os seguintes sistemas: a) seqüenciamento da região hipervariável I (HVS I) do DNA mitocondrial (mtDNA), determinação de RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms) e mini-seqüenciamento da porção codificadora, envolvendo os quatro principais haplogrupos mitocondriais ameríndios (A, B, C e D); b) sete polimorfismos de base única (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 e RPS4Y711), uma inserção Alu (YAP) e onze microssatélites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 e DYS385a/b), todos localizados na região não recombinante do cromossomo Y. Além desses marcadores uniparentais, foram obtidos dados para 16 microssatélites do cromossomo X (DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 e DXS993).Analisaram-se 200 Guarani de três parcialidades (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) e 78 Kaingang do Paraná e Rio Grande do Sul, visando identificar diferenças entre as duas tribos, que possam ter ocorrido ao longo do processo histórico. Dezenove linhagens mitocondriais foram detectadas e estas mostraram distribuição diferenciada. A dinâmica de mestiçagem que ocorreu com os Guarani e Kaingang ao longo do tempo foi diversa. O ingresso de genes não-nativos entre as comunidades Guarani foi marcadamente restrito a homens não-ameríndios, enquanto entre os Kaingang há evidências diretas de introdução através do lado materno. Este estudo permitiu desvendar detalhes até então não conhecidos sobre estas duas populações nativas do Rio Grande do Sul, para a história do Estado e para a formação das populações gaúchas atuais. Já os estudos de populações não-indígenas (N=225) revelaram 94% dos cromossomos no RS como tendo origem européia, 4% ameríndia e 2% africana. Ao levar em consideração as distintas populações aqui investigadas, as quais diferem significativamente em histórias demográficas e de mistura, constatou-se que na Serra 100% das patrilinhagens são de origem européia, enquanto no Pampa há uma parcela decontribuição ameríndia (8%) e africana (4%), embora a maior parte seja de cromossomos Y europeus. Os microssatélites (STR) dos cromossomos X e Y foram tipados apenas para a amostra do Pampa: para os Y-STRs (N=89), 81 haplótipos foram identificados, dos quais 74 deles (91%) são únicos. Comparando-se estes dados com outros previamente publicados para portugueses, espanhóis, italianos, alemães, africanos e outras populações brasileiras, observou-se a importante contribuição de ibéricos, particularmente de espanhóis, na atual formação masculina do Pampa. Para os X-STRs (N=70) o número de alelos variou de 1 a 14 e os níveis de heterozigosidade entre 0.5565 e 0.8817. Nenhum haplótipo foi encontrado mais de uma vez, indicando que existe uma grande diversidade no Pampa gaúcho. Com relação aos resultados obtidos para o mtDNA, no RS como um todo (N=225) foram identificadas matrilinhagens européias (63%), ameríndias (30%) e africanas (7%). Porém, da mesma forma que para as patrilinhagens, a distribuição destas variou de acordo com a região estudada. Na Serra 97% dos haplogrupos mitocondriais são característicos de populações européias e apenas 3% têm origem ameríndia. Já no Pampa 51%, 38% e 11% das linhagens mitocondriais têm, respectivamente, origem ameríndia, européia e africana. Considerando-se apenas as linhagens de origem ameríndia, verificou-se que estão assim distribuídas: A – 30%, B – 31%, C – 31% e D – 8%. A marcante diferença nas distribuições destes haplogrupos, quando comparadas com os Guarani bem como com outros resultados, apontaram para a idéia de que outros grupos nativos (principalmente os Charrua), através de suas mulheres, teriam contribuído de maneira marcante para a formação das populações gaúchas contemporâneas. Foi possível verificar ainda que o legado ameríndio (Charrua e Guarani), tão marcadamente presente na cultura gaúcha tradicional, também pode ser visto em nível genômico, num exemplo extraordinário de continuidade genética e cultural entre populações nativas e miscigenadas. / To evaluate the extension of Gaucho genetic diversity of the Gauchos, and retrieve part of their history, a study with 547 individuals, of which 278 were Native Americans (Guarani and Kaingang) and 269 admixed from the state of Rio Grande do Sul, was carried out. Uniparental markers, of maternal and paternal inheritance, were studied by using the following systems: a) Mitochondrial DNA (mtDNA) Hypervariable Sequence I sequencing (HVS I), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms) determinatins and minisequencing of the coding region, involving the four major mitochondrial Amerindian haplogroups (A, B, C and D); b) seven Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) (DYS199, M242, M9, 92R7, sY81, M19 and RPS4Y711), one Alu insertion (YAP) and eleven microsatellites (DYS19, DYS389 I, DYS389 II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439 and DYS385a/b), all of them located in the nonrecombining region of the Y chromosome (NRY). In addition to these uniparental markers, data for 16 microsatellites of the X chromosome were obtained ((DXS1001, DXS1047, DXS1060, DXS1068, DXS1073, DXS1106, DXS1214, DXS1226, DXS1227, DXS8051, DXS8055, DXS986, DXS987, DXS990, DXS991 and DXS993). Two hundred Guarani of three partialities (Ñandeva, Kaiowá e M’Byá) and 78 Kaingang from Paraná and Rio Grande do Sul were analyzed, aiming to identify differences between the two tribes, that might have occurred during their long historical process. Nineteen mitochondrial lineages were detected and these showed a distinct distribution. The admixture dynamics that occurred along the time with the Guarani and Kaingang was diverse. The introduction of non-native genes in Guarani communities was markedly restricted to non-Amerindian males, while among the Kaingang there are direct evidences of introduction by the maternal side. This study allowed to reveal details that, until now ,were not known about these two Rio Grande do Sul native populations, which had contributed to the state’s history and the formation of the contemporary Gaucho population. The studies with non-native populations (N=225) revealed that 94% of the Y chromosomes have European, 4% Amerindian and 2% African origins. When considering the distinct populations here investigated, which significantly differ in their demographic and admixture histories, it was detected that in the Serra 100% of the patrilineages haveEuropean origin, while in the Pampa there is a fraction of Amerindian (8%) and African (4%) contributions, although the majority is of European origin. The microsatellites (STRs) X and Y were typed only in the Pampa sample: 81 haplotypes were identified for the Y-STRs (N=89), of which 74 (91%) are unique. Comparing these data with previously published results from Portuguese, Spanish, Italian, German, African and other Brazilian populations, it is noteworthy the major contribution of Iberian, particularly the Spaniards, in the present male fraction of the Pampa. For the X-STRs (N=70) the number of alleles varied from 1 to 14 and the levels of heterozygosity varied between 0.5565 and 0.8817. No haplotype was found more than once, indicating that there is a great diversity in the Gaucho. When considering the mtDNA data, in the RS as a whole (N=225) European (63%), Amerindian (30%) and African (7%) matrilineages were identified. But in the same way as in the patrilineages, their distribution has much variation according to the studied region. In the Serra 97% of the mitochondrial haplogroups are typical of European populations and only 3% have Amerindian origin. On the other hand, in the Pampa 51%, 38% and 11% of the mitochondrial lineages have Amerindian, European and African origins, respectively. When only Amerindian origin lineages were considered, it was verified that they are distributed as follows: A – 30%, B – 31%, C – 31% and D – 8%. The marked difference in these haplogroups’ distributions, when compared to Guarani and other results, pointed to the idea that other native groups (particularly the Charrua), should have contributed, through their women, to the formation of the contemporary Gaucho populations. It was also possible to verify that the Amerindian legacy (Guarani and Charrua), so markedly present in the traditional Gaucho culture, can also be seen at the genomic level, in an extraordinary example of genetic and cultural continuity between native and admixed populations

Desde o final dos anos 80, o estudo de marcadores de DNA tem contribuído enormemente para um melhor entendimento de questões antropológicas. Atualmente, duas questões têm sido debatidas fortemente: a primeira envolve o modelo de origem dos humanos modernos e a possível assimilação de linhagens arcaicas pelas populações de Homo sapiens saídas da África. A segunda envolve o tempo e o modo do povoamento das Américas, o último continente a ser colonizado pelos humanos. Foi realizado um estudo envolvendo o seqüenciamento de 50 locos autossômicos em uma amostra de 12 indígenas americanos, totalizando cerca de 50.000 pares de bases de seqüência por indivíduo. Os dados foram analisados juntamente com seqüências já publicadas oriundas de indivíduos africanos e asiáticos. Usando computação bayesiana aproximada e simulações de coalescência, foi estimada diretamente, pela primeira vez, a probabilidade relativa de três modelos de evolução humana. Um modelo de origem africana com substituição obteve a maior probabilidade relativa (98%), muito superior àquela de modelos de assimilação ou de evolução multirregional. O cenário evolutivo sugerido pode explicar não apenas a ancestralidade recente do DNA mitocondrial e do cromossomo Y, como também a existência de linhagens antigas em locos autossômicos. Quanto ao povoamento das Américas, os dados indicaram a ausência de um efeito de gargalo-de-garrafa forte e sugerem um tempo recente de povoamento, de até 13.350 anos atrás. Para obter um cenário mais refinado para o povoamento das Américas, foram seqüenciados 53 genomas mitocondriais completos de indivíduos nativos americanos pertencentes aos cinco haplogrupos mitocondriais principais (A-D, X), que foram analisados juntamente com 191 genomas disponíveis em bancos de dados públicos. Os resultados indicaram um povoamento após o último máximo glacial há aproximadamente 18.000 anos atrás, associados a uma forte expansão populacional (100 vezes) com uma entrada no continente pela costa do Pacífico.Os dois conjuntos de dados sugerem fortemente a ausência de um efeito fundador marcante durante a colonização das Américas e o povoamento do continente após o último máximo glacial. As discrepâncias entre as duas datas obtidas para a entrada nas Américas podem indicar os efeitos de uma segunda migração, mas a explicação mais simplesenvolveria fatores como desenho amostral e incertezas vinculadas a alguns dos parâmetros utilizados. / Since the end of the 80s, the study of DNA markers has contributed enormously to a better understanding of anthropological questions. Currently, two issues have been hotly debated: the first involves a model for the origin of modern humans, and the possible assimilation of archaic lineages by Homo sapiens populations which had left Africa. The second involves the time and mode of the peopling of the Americas, the last continent colonized by humans. A study involving the sequencing of 50 autosomal loci was performed in a sample of 12 American Indians, totaling about 50,000 base pairs per individual. These data were analyzed in conjunction with previously published sequences from African and Asian individuals. Using approximate Bayesian computation and coalescent simulations, the relative probability of three models of human evolution was assessed for the first time. A model of African origin with replacement received the highest relative probability (98%), much higher than that associated to assimilation or multiregional models. The favored evolutionary scenario can explain not only the recent ancestry for mitochondrial DNA and the Y chromosome, but also the existence of deep lineages in autosomal loci. Regarding the peopling of the Americas, the data indicate the lack of a bottleneck effect and suggest a recent time for its settlement, up to 13,350 years ago. To obtain a more accurate scenario for the peopling of the Americas, 53 mitochondrial genomes from Native American individuals belonging to the five main mitochondrial haplogroups (A-D, X) were sequenced and were analyzed together with 191 genomes available in public databases. The analysis indicated a peopling of the continent after the last glacial maximum at approximately 18,000 years ago, associated to a strong population expansion (100 fold), and with an entry in the continent through the Pacific coast. Both datasets strongly suggest the nonexistence of a marked founder effect during the settlement of the Americas and the peopling of the continent after the last glacial maximum. The discrepancies between the two calculated times for the entry in the continent could reflect the effects of a secondary migration, but the simplest explanation would be related to factors such as sampling design and to uncertainties intrinsic to some of the parameters.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Aquicultura, Florianópolis, 2006. / Made available in DSpace on 2012-10-22T17:43:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 272820.pdf: 636882 bytes, checksum: 190268455be75559d388aabd69ac06e7 (MD5)

Informe de Seminario para optar al grado de Licenciado en Lengua y Literatura Hispánica mención Lingüística. / En los últimos años, los marcadores discursivos han sido objeto de un creciente interés, de manera concomitante al papel protagónico que han mostrado el análisis del discurso y la pragmática en la lingüística del último cuarto del siglo XX. Los artículos y monografías dedicados a su estudio, realizados desde diversas perspectivas, conforman una extensa bibliografía, pese a lo cual aún existen discusiones y vacíos en su descripción y explicación. En la lingüística hispánica, su estudio ha encontrado una favorable acogida y ha dado origen a numerosos artículos, capítulos de libros e, incluso, obras dedicadas por completo a este tema. En el estudio y descripción del español hablado en Chile, se verifica un interés similar. No obstante, como ya señalamos, aún quedan perspectivas por explotar en el estudio de su uso en nuestra modalidad del español. Una de las formas en que no se ha abordado su estudio es considerando la influencia que pueden tener en su empleo factores sociales como la edad, el sexo y el grupo socioeconómico al que pertenezcan los hablantes. En este estudio nos proponemos realizar un análisis sociolingüístico variacionista del empleo de los marcadores discursivos registrados en un corpus del español actual de Santiago de Chile, conformado por 120 entrevistas semiestructuradas realizadas a una muestra socialmente estratificada de hablantes santiaguinos. Tal estudio, de índole descriptiva, tendrá por objeto la identificación de correlaciones significativas entre la aparición de marcadores discursivos en el habla de los informantes y los factores sexo, edad y grupo socioeconómico. Para ello, se realizará un análisis cuantitativo de su empleo. A su vez, de manera complementaria y como condición previa para el análisis cuantitativo, delimitaremos las funciones pragmático-discursivas desempeñadas por los marcadores discursivos registrados, estableciendo una clasificación de los mismos según un criterio funcional, esto es, de acuerdo con la contribución de los marcadores al sentido del discurso de los hablantes que constituyen la muestra.

As populações da América pós-colombiana, em especial as populações brasileiras, foram estabelecidas principalmente através de cruzamentos envolvendo colonizadores europeus e mulheres ameríndias ou africanas. No entanto, têm sido descritas particularidades regionais e locais. Desta forma, este trabalho objetivou esclarecer os detalhes da formação da população de Porto Alegre através de dados genéticos. Para isto uma amostra de 290 indivíduos fenotipicamente identificados como brancos foi investigada com relação a marcadores de linhagens uniparentais maternos e paternos. Duzentos e três homens foram genotipados para doze marcadores bialélicos (single nucleotide polymorphisms - SNPs ) presentes na região não recombinante do cromossomo Y, sendo também seqüenciada a primeira região hipervariável (HVS-I) do DNA mitocondrial (mtDNA) de cento e setenta e dois indivíduos. Com relação aos marcadores do cromossomo Y a freqüência dos SNPs mostrou um cenário predominante de cromossomos europeus (~93%), sendo o restante de cromossomos possivelmente de origem africana. Além disso, mais de 51% dos cromossomos genotipados pertencem ao haplogrupo R1b3*, amplamente distribuído em populações ibéricas. Em consonância com este achado as análises dos dados apontaram para uma herança predominante dos colonizadores açorianos e portugueses, confirmando que o legado genético masculino da população de Porto Alegre tem origem em seus colonizadores históricos. Um cenário diferente foi encontrado para o mtDNA, pois além da presença européia (69%), também foram detectadas linhagens ameríndia (21%) e africana (10%). A avaliação das seqüências ameríndias mostrou a presença Guarani e também pela primeira vez, considerando-se uma amostra gaúcha, a herança Kaingang. Finalmente, os dados comparativos com uma amostra de negros revelaram a possibilidade de que distintas dinâmicas de mestiçagem ocorreram na formação da população porto-alegrense. / The post-Columbian American populations, especially Brazilians, are mainly the result of intercrossings between European males and Amerindian or African females. However, regional and local particularities have been described. The main objective of this investigation was to reveal details about the formation of the Porto Alegre population using genetic markers. A sample of 290 persons phenotypically classified as white was investigated in relation to several uniparental genetic systems. Two-hundred and three men were genotyped considering twelve biallelic loci (single nucleotide polymorphisms - SNPs) located in the non-recombinant region of the Y-chromosome, while the first hipervariable region (HVS-I) of the mitocondrial DNA (mtDNA) was sequenced in 172 individuals. The main origin of Y-chromosomes is European (~93%), the complementary fraction having a probable African origin. The Y-SNP haplogroup R1b3*, the most frequent in Iberian populations, is present in Porto Alegre with a frequency of 51%. These and other results show that the male contribution to this population is predominantly Azorean and Portuguese, confirming historical sources. A different scenario was oberved considering the mtDNA, because European (69%), Amerindian (21%) and African (10%) mtDNA sequences were identified. Restricting our attention to the sequences of Amerindian origin, it was Introdução possible to detect Guarani and for the first time considering a gaúcho sample, Kaingang heritages. The comparative analysis with a black sample revealed that distinct admixture dynamics have occurred in the formation of the Porto Alegre population.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-05-02T12:45:54Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294220 bytes, checksum: 4807ec02af7b7a20b2a40958f2187326 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T12:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 294220 bytes, checksum: 4807ec02af7b7a20b2a40958f2187326 (MD5) Previous issue date: 2001-03-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A soja cultivada apresenta base genética bastante restrita, com baixo nível de polimorfismo fenotípico, o que dificulta sobremaneira a identificação inequívoca de cultivares por meio de descritores morfológicos. Entre os marcadores moleculares, os mais indicados para a caracterização genética da soja são os microssatélites, por sua natureza co-dominante e multi-alélica, além de serem extremamente conservados dentro da espécie. Este trabalho teve como objetivo estabelecer um protocolo, de fácil aplicação em análises de rotina, para a identificação molecular de genótipos de soja. Foram utilizados 32 genótipos de soja, sendo 30 cultivares elites e 2 acessos norte-americanos. Foram utilizados 22 pares de primers de microssatélites de soja, dos quais 19 evidenciaram polimorfismos. O uso desses primers permitiu a detecção de 61 alelos em diferentes locos nos 32 genótipos estudados. A diversidade genética nos 22 locos estudados variou de 0 a 0,73, com média de 0,41. O número de alelos por loco variou de 1 a 5, com média de 2,77. Com a combinação dos pares de primers SATT186, SATT094, SATT070 e SATT197 foi possível identificar 28 dos 32 genótipos. Mantendo-se os 4 primers acima, quatro diferentes combinações de 5 pares de primers identificaram todos os genótipos, bastando incluir um dos seguintes pares de primers: SATT115, SATT184, SATT309 ou SATT536. Com base nos dados relativos à freqüência de alelos comuns nos 32 genótipos estudados, foram determinadas as dissimilaridades entre eles. As medidas de dissimilaridade variaram de 9 a 67%, com média de 43%. Apenas dois pares apresentaram dissimilaridade inferior a 10%. A maioria apresentou índices de dissimilaridade superiores a 20%. Visando classificar os 32 cultivares de soja em grupos homogêneos, a matriz de dissimilaridade foi utilizada para a análise de agrupamento dos indivíduos pelo método aglomerativo. Foram utilizados 3 métodos: UPGMA, vizinho mais próximo e vizinho mais distante. O método UPGMA (“unweighted pair-group method using an aritmetic average” ) foi o que melhor representou o inter-relacionamento entre os genótipos, com correlação cofenética de 70,5%. O método do vizinho mais próximo e vizinho mais distante tiveram correlação cofenética com os dados de dissimilaridade de 58,6% e 56,9%, respectivamente. Para obter grupos mutuamente exclusivos, foi utilizado o método de otimização de Tocher, que produziu 6 grupos, sendo o grupo 1 formado por 25 indivíduos (divididos em 8 subgrupos), os grupos 2 e 3 formados por 2 individuos cada um, e os outros três grupos, formados por um único indivíduo cada um. / The cropped soybean presents a genetic base quite restricted with low level of phenotypic polymorphism, what excessively hinders the unequivocal identification of cultivars by morphologic describers. Among the molecular markers, the most indicated for soybean genetic characterization are the microsatellites due to their co-dominant and multi-allelic nature, besides being extremely preserved in the species. The objective of this study was to establish an protocol that could be easily applied on routine analyses for molecular identification of soybean genotypes. Thirty two soybean genotypes were used, being 30 elite cultivars and 2 North American accesses. Twenty two primers pairs of soybean microsatellite were used, from which 19 showed polymorphism. The use of those primers allowed for detection of 61 alleles at different loci in all studied genotypes. The genotype diversity in the 22 studied loci varied from 0 to 0.73, reaching an average of 0.41. The number of alleles per locus varied from 1 to 5 with an average of 2.77. By combining the primers pairs SATT186, SATT094, SATT070 and SATT197 it was possible to identify 28 from the 32 genotypes. By maintaining these 4 primers, four different combinations of 5 primers pairs identified all studied genotypes, being enough to include one of the following primers pairs: SATT115, SATT184, SATT309 or SATT536. Based on the data relative to the frequency of common alleles in the 32 studied genotypes, the dissimilarities among them were determined. The dissimilarity measures varied from 9 to 67% and reached an average of 43%. Only two pairs presented a dissimilarity below 10%. Most pairs presented dissimilarity indexes above 20%. In order to classify all 32 soybean cultivars into homogeneous groups, the dissimilarity matrix was used to analyze the individuals grouping by agglomerative method. Three methods were used: the UPGMA, the Single Linkage and the Complete Linkage methods. The UPGMA method (" unweighted pair-group method using an arithmetic average ") was the one representing better the inter-relationship among genotypes, with a cophenetic correlation of 70.5%. Both the Single Linkage and the Complete Linkage methods showed a cophenetic correlation with dissimilarity data of 58.6% and 56.9%, respectively. To obtain mutually exclusive groups the Tocher optimization method was used, that produced 6 groups, being group 1 formed by 25 individuals (divided into 8 subgroups) and groups 2 and 3 formed by 2 individuals each one, whereas the other three groups were formed by only an individual in each one.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A Doenca de Alzheimer e uma das causas mais comuns de demencia na populacao idosa. Esta doenca e caracterizada por um complexo processo neurodegenerativo que afeta diversos genes e proteinas. Desta forma, genes diferencialmente expressos tem sido investigados como possiveis biomarcadores para condicoes tais como o envelhecimento e a Doenca de Alzheimer. Objetivos: A expressao dos genes LR11, SNAP25 e SIRT1, envolvidos respectivamente com processamento da proteina precursora ƒÀ-Amiloide, transmissao sinaptica e neuroprotecao, foram quantificados em tecido cerebral e sanguineo. Alem disso, tambem foi comparada a expressao entre estes dois tecidos a fim de identificar marcadores sistemicos que pudessem estar correlacionados ao cerebro. Metodos: A quantificacao de RNAm foi realizada por meio de qRT-PCR em tres regioes cerebrais post mortem (cortices entorrinal e auditivo e hipocampo) de 10 pacientes com Doenca de Alzheimer e 10 idosos saudaveis, assim como em leucocitos de sangue periferico de 25 jovens, 20 idosos saudaveis e 35 pacientes com Doenca de Alzheimer. Foi utilizado o metodo ƒ¢ƒ¢CT e a formula 2-ƒ¢ƒ¢CT foi empregada no calculo da quantificacao relativa. Resultados: A quantificacao do RNAm de LR11 nao diferiu entre as regioes cerebrais de pacientes com Doenca de Alzheimer e de idosos saudaveis. Em leucocitos, porem, sua expressao foi cerca de tres vezes maior em pacientes com Doenca de Alzheimer e idosos saudaveis em relacao ao grupo de jovens. Em relacao ao gene SIRT1, sua expressao foi duas vezes maior em pacientes com Doenca de Alzheimer do que em idosos saudaveis para as tres regioes cerebrais estudadas. Em leucocitos, por sua vez, a quantificacao do RNAm de SIRT1 nao diferiu entre os tres grupos estudados. Alem disso, leucocitos de sangue periferico apresentaram maior expressao dos genes LR11 e SIRT1 quando comparados ao cerebro. Para o gene SNAP25, foi observada ausencia de expressao em leucocitos de sangue periferico. Em relacao ao tecido cerebral de idosos saudaveis, o cortex entorrinal e o hipocampo apresentaram menor expressao de SNAP25 do que o cortex auditivo. Alem disso, a quantificacao relativa de SNAP25 nas regioes cerebrais de pacientes com Doenca de Alzheimer variou entre 34 e 39% do total de expressao observada em idosos saudaveis. Conclusoes: Os resultados deste estudo indicaram alguns potenciais marcadores para o envelhecimento e para a Doenca de Alzheimer. O nivel de expressao de LR11 pode ser considerado um marcador de envelhecimento em tecido sanguineo. A maior expressao de SIRT1 no cerebro de pacientes com Doenca de Alzheimer sugere que este gene possa estar envolvido em mecanismos compensatórios nos estágios tardios da doença. A expressão cerebral dos genes LR11 e SIRT1 não se correlacionou com a de leucócitos, não sendo possível utilizá-los como biomarcadores sistêmicos da doença. O gene SNAP25 não se expressou em tecido sanguíneo na DA, desse modo, não foi indicado como biomarcador para a doença nesse tecido. No cérebro, porém, a diminuição de sua expressão em pacientes com DA sugere disfunção sináptica e de neurotransmissão associada à doença. / Alzheimer Disease is the most common cause of dementia in elderly people. This disorder is characterized by a complex neurodegenerative process affecting multiple genes and proteins. Therefore, efforts have been made in identifying differentially expressed genes to be used as biomarkers in conditions such as aging and Alzheimer fs Disease. Purpose: Quantitative expression analysis of LR11, SNAP25 and SIRT1 genes, involved respectively in APP processing, synaptic transmission and neuroprotection, were investigated in brain and blood tissues. Furthermore, the expression between both tissues was also compared in order to find systemic markers that could represent the brain. Methods: mRNA quantification was performed using qRT-PCR in three post mortem brain regions (entorhinal and auditory cortices and hippocampus) of 10 Alzheimer fs Disease patients and 10 healthy elderly as well as in peripheral blood lymphocytes of 25 young, 20 healthy elderly and 35 Alzheimer fs Disease patients. We used the ƒ¢ƒ¢CT method in the analysis and the 2-ƒ¢ƒ¢CT formula to calculate the relative quantification. Results: LR11 mRNA quantification did not differ significantly concerning brain regions between Alzheimer fs Disease and healthy elderly subjects. However, in lymphocytes, its expression was threefold higher in Alzheimer fs Disease and healthy elderly subjects in comparison to the young group. Regarding SIRT1 gene, its expression was twofold higher in Alzheimer fs Disease patients than in healthy elderly for all brain regions. In lymphocytes, however, SIRT1 mRNA quantification was not significantly different among the three studied groups. Furthermore, lymphocytes showed a higher gene expression than brain regions for both LR11 and SIRT1 genes. In addition, a lack of SNAP25 expression was observed in blood lymphocytes. In brain tissues of the healthy elderly group, SNAP25 mRNA quantification was lower in the entorhinal cortex and hippocampus than in the auditory cortex. Furthermore, relative quantification of SNAP25 mRNA in brain regions of Alzheimer fs Disease patients was 34-39% of the total expression observed in the healthy elderly group. Conclusions: Our results presented some potential markers of Alzheimer fs Disease and aging processes. LR11 expression may be considered an age-related marker in blood tissue. The higher SIRT1 expression in Alzheimer fs Disease patients f brain suggested that this gene might be involved in compensatory mechanisms in the late stages of Alzheimer fs Disease. Both LR11 and SIRT1 brain expression was not correlated with blood expression, not being possible to consider them as systemic biomarker of the disease. Furthermore, it was not possible to use SNAP25 gene as a biomarker in blood once it was not expressed in this tissue. However, in the Alzheimer’s Disease patients’ brain, the decrease of SNAP25 expression might suggest an impairment of the synaptic function and neurotransmission found in the disease. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:51:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 327934.pdf: 2235046 bytes, checksum: 0d7156695211029239113810c4ad8cbd (MD5) Previous issue date: 2014 / Introdução: Muitos aspectos da etiopatogênese da doença óssea de Paget ainda estão por ser elucidados, incluindo seus fatores causais, os motivos de acometer alguns ossos e poupar outros e os fatores determinantes da variabilidade de sua distribuição geográfica. Métodos: Portadores de doença óssea de Paget foram comparado com controles portadores de osteoartrite para avaliar diferenças nas concentrações séricas das citocinas: TNFa, IL1B, IL-6 e IL-17. Em outro protocolo, portadores de doença óssea de Paget foram comparados com controles portadores de osteoartrite para avaliar diferenças nas concentrações séricas dos biomarcadores de metabolismo ósseo: RANKL, osteoprotegerina, DKK-1, sFRP-1 e osteopontina. Para avaliar a presença de mutações genéticas associadas à doença óssea de Paget, portadores de doença óssea de Paget foram avaliados quanto à presença de polimorfismos genéticos dos genes: sequestossomo 1 (SQSTM1), VCP, TNFRSF11B e TNFRSF11A. A qualidade de vida e seus fatores determinantes foram avaliadas com as os questionários de qualidade de vida SF-36 e WHOQOL-bref. Resultados: Portadores de doença óssea de Paget apresentaram concentrações séricas aumentadas de IL-6 (p<0,05) e concentrações séricas reduzidas de IL-17 (p<0,05) quando comparados com o grupo controle. Os pacientes apresentaram concentrações séricas mais elevadas de osteopontina em comparação aos controles (p<0,05). Além disso, as concentrações de osteopontina e fosfatase alcalina óssea se correlacionaram à atividade e à extensão da doença (p<0,05). Quinze sujeitos (20,8%) apresentavam mutações no exon 8 do gene SQSTM1, oito (11,1%) apresentaram a mutação Pro392Leu, e os restantes apresentavam uma mutação ainda não descrita na literatura, Thr430Pro. Os únicos parâmetros significativamente associados à pior qualidade de vida foram: dor óssea, deformidades e estado civil (p<0,05). Conclusão: O presente estudo demonstrou pela primeira vez concentrações reduzidas de IL-17 e aumento das concentrações de osteopontina em portadores de doença óssea de Paget. Além disso, foi encontrada uma mutação do gene SQSTM1 até então inédita na literatura médica.<br> / Abstract : Many aspects of Paget's Disease of Bone (PDB) are still unknown, including its cause, the reasons for its bone distribution and the what determines is geographic distribution. Methods: Patients with PDB were compared with controls with primary osteoarthritis to evaluate possible differences in levels of pro-inflammatory cytokines: TNFa, IL1B, IL-6 and IL-17. In another protocol, patients with PDB were compared with controls with primary osteoarthritis to evaluate possible differences in levels of RANKL, osteoprotegerin, DKK-1, sFRP-1, osteopontin. Polymorphism of the following genes: SQSTM1, VCP, TNFRSF11B and TNFRSF11A were evaluated in PDB patients. To evaluate quality of life and determinant parameters, PDB patients answered to Brazilian versions of SF-36 and WHOQOL questionnaires. Results: Patients with PDB presented higher levels of IL-6 (p<0.05) and lower levels of IL-17 (p<0.05) in comparison to controls. PDB patients presented higher levels of osteopontin in comparison to controls (p<0.05). Moreover, osteopontin and BAP were correlated to disease activity and extension (p<0.05). Fifteen subjects (20.8%) carried mutations in exon 8 of ths SQSTM1 gene, eight (11.1%) carried the Pro392Leu mutation, while the remainders presented a previously undescribed mutation, Thr439Pro. The only parameters significantly associated to quality of life were: bone pain, deformities and marital status (p<0.05). Conclusion: The present study has demonstrated lfor the first time low levels of IL-17 and high levels of osteopontin in PDB patients. Besides, a previously not described mutation of the SQSTM1 gene were found.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:40:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000007.pdf: 1784472 bytes, checksum: 2c26aaa00b8b82c4f1f98ae160132950 (MD5) Previous issue date: 2007 / A fibrose é a principal causa de morbidade e mortalidade relacionada a hepatite C e esquistossomose. Vários estudos surgiram na tentativa de desenvolver métodos não invasivos para avaliar o grau da fibrose hepática. O grau das lesões necro-inflamatórias, estágio da fibrose e a possível relação sinérgica na co-infecção hepatite C e esquistossomose para uma progressão à doença hepática severa não foi completamente elucidada. O objetivo principal desse projeto foi avaliar marcadores biológicos com potencial para previsão de severidade/gravidade de fibrose hepática na esquistossomose, hepatite C e na co-infecção. Foram selecionados: pacientes com hepatite C (n=37), hepatite C/ esquistossomose hepatoesplênica (n=19), e com esquistossomose hepatoesplênica, (EHE, n=23) e grupo controle (n=13). Biópsias hepáticas, ultrassonografia, parasitológicos de fezes, testes bioquímicos de bilirrubinas, alanina amino transferase (ALT) e aspartato amino transferase (AST), eletroforese de proteínas, gama- glutamil transferase (g-GT), fosfatase alcalina (FA) e ácido hialurônico foram realizados em todos os pacientes. Também foram realizadas pesquisa de anticorpos para hepatite B, anti-HIV, anti-HCV e confirmação da hepatite C através da detecção do RNA viral e genotipagem. As citocinas IFN-g, TGF-b, TNF-? e IL-13 foram dosadas no plasma e as citocinas IL-13 e IFN-g foram detectadas nas biópsias hepáticas através da técnica de RT-PCR em Tempo Real. A análise estatística foi realizada através de ANOVA e curvas ROC, considerando p < 0,05 como significativo. Não se observou diferenças estatísticas nos níveis séricos das citocinas TGF-b, IFN-g, TNF-a e IL-13 entre os 4 grupos estudados. Em relação aos graus de fibrose demonstrou-se que a citocina TNF-a (p= 0,010), ácido hialurônico (p= 0,036) e FA (p= 0,004) diferenciaram os pacientes com hepatite C entre fibrose leve e severa. Nesses pacientes, os níveis de ALT (p = 0,013), AST (p = 0,030) e FA (p = 0,021) diferenciaram em atividade inflamatória leve e severa. Nos pacientes com EHE, demonstramos que a gGT (p= 0,034) e relação AST/ plaquetas diferenciou fibrose grau II e III. Analisando sensibilidade e especificidade, concluiu-se que os possíveis marcadores biológicos para diagnosticar fibrose e atividade inflamatória hepática em pacientes com hepatite C foram TNF-a, ácido hialurônico, FA, ALT e AST